專(zhuān)利名稱(chēng)：用于rna及其衍生物的合成的新型保護(hù)基的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及能夠在低聚核糖核酸等的化學(xué)合成中利用的新型的保護(hù)基。
背景技術(shù)：
低聚核糖核酸具有各種各樣的有用性，除了能夠用作基因分析用的RNA探針之外，還能夠用作反義RNA或RNAi等基因表達(dá)調(diào)節(jié)用醫(yī)藥用品的有效成分等。低聚核糖核酸通常可以使用亞磷酰胺化合物通過(guò)固相合成法來(lái)制造(J. Am. Chem. Soc.，109，7845，1987)， 但由于構(gòu)成核糖核酸的核糖核苷酸的β-D-核糖在2-位具有羥基(本說(shuō)明書(shū)中，對(duì)于核糖核苷酸及其衍生物而言，將該羥基稱(chēng)為“2'-位羥基”，對(duì)于核糖核苷及其衍生物也同樣稱(chēng)呼)，因此與脫氧核糖核酸(DNA)的制造方法不同，存在制造收率因該2'-位羥基的保護(hù)基的種類(lèi)不同而受到很大影響的問(wèn)題。作為在低聚核糖核酸的制造中使用的2'-位羥基的保護(hù)基，已知上述出版物 (J. Am. Chem. Soc.，109，7845，1987)中記載的叔丁基ニ甲基甲硅烷基(TBDMS)和三異丙基甲硅烷基(TIPS)等甲硅烷基保護(hù)基。特別是，TBDMS通過(guò)在中性條件下與氟化物離子發(fā)生反應(yīng)從而能夠去除，因此在低聚核糖核酸的制造中是通用的。但是，在使用TBDMS作為2 ‘-位羥基的保護(hù)基的情況下，在將3 ‘-位羥基亞磷酰胺化吋，TBDMS可能會(huì)轉(zhuǎn)位到 3'-位羥基。并且，由于TBDMS基的空間體積大，因此還具有因空間位阻而使生成核苷酸鍵合的縮合反應(yīng)的效率降低的問(wèn)題。并且已知通過(guò)將作為乙縮醛系保護(hù)基提供的1-(2-氰基乙氧基)乙基(CE^用作 2'-位羥基的保護(hù)基(Helvetica Chimica Acta，81，1545，1998 ；Tetrahedorn Lett.， 45，9529，2004)，從而能夠有效地制造低聚核糖核酸(國(guó)際公開(kāi)W02005/23828)。但是，已知通常乙縮醛系保護(hù)基對(duì)酸不穩(wěn)定，在長(zhǎng)鏈合成時(shí)無(wú)法確保充分的穩(wěn)定性，進(jìn)而在脫保護(hù)時(shí)會(huì)在反應(yīng)體系內(nèi)生成丙烯腈，與核酸堿基部位產(chǎn)生副反應(yīng)。并且，由于該保護(hù)基具有不對(duì)稱(chēng)中心，因此通過(guò)引入保護(hù)基，反應(yīng)產(chǎn)物成為非對(duì)映混合物，還存在難以鑒定目標(biāo)物的問(wèn)題。為了解決這樣的問(wèn)題，作為在低聚核糖核酸的制造中使用的2'-位羥基的保護(hù)基，有文獻(xiàn)提出了-CH2-O-CH2-CH2-WG1所示的保護(hù)基(國(guó)際公開(kāi)W02006/22323 式中， WG1表示吸電子基)，上述出版物中具體示出了使用氰基作為WG1所示的吸電子基的保護(hù)基 (-CH2-O-CH2-CH2-CN 該保護(hù)基有時(shí)被稱(chēng)為“CEM”)。該保護(hù)基具有下述特征空間位阻小， 在中性條件下與氟化物離子發(fā)生反應(yīng)，從而能夠去除。但是，在與氟化物離子發(fā)生反應(yīng)時(shí)的去除效率不能充分令人滿(mǎn)意，在保護(hù)基去除エ序中需要嚴(yán)密地調(diào)節(jié)所使用的溶劑的含水率，還具有從制造成本方面考慮不優(yōu)選的問(wèn)題。此外已知，與CEE基同樣地，脫保護(hù)時(shí)在反應(yīng)體系內(nèi)生成丙烯腈，與核酸堿基部位產(chǎn)生副反應(yīng)，因此必須向反應(yīng)體系內(nèi)添加捕捉劑，從制造成本和對(duì)環(huán)境的影響的方面考慮也存在問(wèn)題?，F(xiàn)有技術(shù)文獻(xiàn)專(zhuān)利文獻(xiàn)專(zhuān)利文獻(xiàn)1 國(guó)際公開(kāi)W02006/22323
4
專(zhuān)利文獻(xiàn)2 國(guó)際公開(kāi)102005/238 非專(zhuān)利文獻(xiàn)非專(zhuān)利文獻(xiàn)1 J. Am. Chem. Soc. , 109, 7845,1987非專(zhuān)利文獻(xiàn)2 =Helvetica Chimica Acta, 81,1545，1998非專(zhuān)利文獻(xiàn)3 :Tetrahedorn Lett.，45，9529，200
發(fā)明內(nèi)容
發(fā)明要解決的課題本發(fā)明的課題在于提供在低聚核糖核酸的制造等中使用的核糖核苷、核糖核苷酸以及它們的衍生物的2'-位羥基的保護(hù)基。更具體地說(shuō)，本發(fā)明的課題在于提供上述保護(hù)基，其在核酸合成循環(huán)的反應(yīng)條件下穩(wěn)定，空間位阻小，并且在使用氟化物離子作為堿的溫和條件下(Chem. Rev. ,80,429, 1980)、或在甲硅烷基化劑等親核物質(zhì)捕捉劑存在下或強(qiáng)堿性條件下能夠離去。用于解決課題的方案為了解決上述課題，本發(fā)明人進(jìn)行了深入研究，結(jié)果發(fā)現(xiàn)下述通式(I)所示的保護(hù)基具有以下優(yōu)異的性質(zhì)在核酸合成循環(huán)的反應(yīng)條件下穩(wěn)定，空間位阻小，并且通過(guò)在溫和的條件下利用氟化物離子進(jìn)行處理能夠極有效且在短時(shí)間內(nèi)去除，另外即使在水的存在下也能夠容易去除，在保護(hù)基去除エ序中能夠直接利用通?？色@得的溶劑而無(wú)需在意含水率。另外還發(fā)現(xiàn)即使在甲硅烷基化劑等親核物質(zhì)捕捉劑存在下、在強(qiáng)堿性條件下，也能夠迅速進(jìn)行去除。本發(fā)明是基于上述見(jiàn)解而完成的。S卩，根據(jù)本發(fā)明，提供一種下述通式(I)所示的保護(hù)基，其為核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物的2'-位羥基的保護(hù)基
權(quán)利要求
1. 一種保護(hù)基，其為核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物的2'-位羥基的保護(hù)基，該保護(hù)基如下述通式(I)所示
2.如權(quán)利要求1所述的保護(hù)基，其中，R1和R2均為氫原子。
3.如權(quán)利要求1或2所述的保護(hù)基，其中，R3和R4均為氫原子。
4.如權(quán)利要求1至3的任一項(xiàng)所述的保護(hù)基，其中，R5和R6各自獨(dú)立地為鹵原子或氟取代Cp6烷基。
5.如權(quán)利要求1至3的任一項(xiàng)所述的保護(hù)基，其中，R5和R6為相同的氟取代Cp6烷基。
6.如權(quán)利要求1至3的任一項(xiàng)所述的保護(hù)基，其中，R5和R6為相同的全氟Cp6烷基。
7.如權(quán)利要求1至3的任一項(xiàng)所述的保護(hù)基，其中，R5和R6均為三氟甲基。
8.如權(quán)利要求1至7的任一項(xiàng)所述的保護(hù)基，其中，核糖核苷酸的衍生物為亞磷酰胺化合物。
9.核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物，其2'-位羥基的氧原子被權(quán)利要求1 至7的任一項(xiàng)所述的保護(hù)基所保護(hù)。
10.如權(quán)利要求9所述的核糖核苷酸的衍生物，其為亞磷酰胺化合物。
11.如權(quán)利要求10所述的核糖核苷酸的衍生物，其中，亞磷酰胺化合物為下述通式 (II)所示的化合物
12.如權(quán)利要求11所述的亞磷酰胺化合物，其為下述式(IIA)所示的化合物
13.一種低聚核糖核酸的制造方法，其使用權(quán)利要求11或12所述的亞磷酰胺化合物。
14.一種試劑，其為用于對(duì)核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物的2'-位羥基進(jìn)行保護(hù)的試劑，該試劑包含下述通式(III)所示的化合物
15.ー種方法，其為權(quán)利要求1至8任一項(xiàng)所述保護(hù)基的引入方法，該方法包括使R21為羥基的權(quán)利要求13所述的試劑與2'-位羥基被Cp6烷基硫甲基保護(hù)的核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物進(jìn)行反應(yīng)的エ序。
16.ー種方法，其為權(quán)利要求1至8任一項(xiàng)所述保護(hù)基的引入方法，該方法包括使R21為羥基以外的基團(tuán)的權(quán)利要求13所述的試劑與2'-位羥基未被保護(hù)的核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物進(jìn)行反應(yīng)的ェ序。
全文摘要
本發(fā)明涉及下述通式(I)所示的保護(hù)基，該保護(hù)基在核酸合成循環(huán)的反應(yīng)條件下穩(wěn)定，空間位阻小，并且在使用氟化物離子作為堿的溫和條件下能夠離去。在通式(I)中，帶*的氧原子表示核糖核苷、核糖核苷酸、或者它們的衍生物的2′-位羥基的氧原子；R1和R2均為氫原子，或者表示鹵原子、C1-6烷基、或者C1-6鹵代烷基；R3和R4表示氫原子、鹵原子、C1-6烷基、或者C1-6鹵代烷基；R5和R6表示鹵原子、C1-6鹵代烷基、氰基、或者硝基等。
文檔編號(hào)C07H19/167GK102574888SQ20108004145
公開(kāi)日2012年7月11日 申請(qǐng)日期2010年9月15日 優(yōu)先權(quán)日2009年9月16日
發(fā)明者和田猛, 清水護(hù) 申請(qǐng)人:株式會(huì)社啟拉堅(jiān)