1.一種確定一個或多個細(xì)胞特性的方法，所述方法包括：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述測量進(jìn)一步包括：(i)將載體特異性引物與所述經(jīng)擴(kuò)增的基因組dna退火；(ii)延伸所述載體特異性引物，從而獲得包括所述基因組dna的區(qū)段的拷貝的延伸產(chǎn)物；以及(iii)從所述區(qū)段識別所述載體特異性引物與所述基因組dna的一個或多個整合位點(diǎn)。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述細(xì)胞是哺乳動物細(xì)胞，并且其中所述測量進(jìn)一步包括：(i)對所述經(jīng)擴(kuò)增的基因組dna的一個或多個片段進(jìn)行測序，從而獲得所述一個或多個片段的序列；和(ii)從所述一個或多個片段的所述序列確定所述細(xì)胞的基因組拷貝數(shù)變異。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述測序包括獲取0.25x或更大的所述經(jīng)擴(kuò)增的基因組dna的序列覆蓋度。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述基因組拷貝數(shù)變異的所述確定具有3兆堿基或更高的分辨率。
6.一種確定一個或多個細(xì)胞的一個或多個細(xì)胞特性的方法，所述方法包括：
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中(i)所述一個或多個細(xì)胞特性包括增殖率，(ii)在所述測定條件下的所述溫育包括在生長條件下的溫育，并且(iii)所述方法進(jìn)一步包括：在所述溫育后，確定至少部分地被所述一個或多個室包封的所述一個或多個細(xì)胞的增殖率。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述增殖率的所述確定包括對至少部分地被所述一個或多個室包封的所述一個或多個細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)。
9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞特性進(jìn)一步包括細(xì)胞膜蛋白的譜，并且其中所述方法進(jìn)一步包括用抗體溫育所述一個或多個細(xì)胞，所述抗體各自對不同的細(xì)胞表面蛋白具有特異性，所述不同的細(xì)胞表面蛋白的相對表達(dá)允許識別所述一個或多個細(xì)胞，并且其中此類抗體中的每一個具有不同的標(biāo)記。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述第一表面包括一個或多個捕獲元件，所述一個或多個捕獲元件用于捕獲一種或多種測定組分或者所述一個或多個細(xì)胞的一種或多種組分。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中所述抗體中的每一個具有寡核苷酸標(biāo)記，所述寡核苷酸標(biāo)記包括能夠被所述一個或多個捕獲元件捕獲的抗體特異性條形碼。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其中所述方法進(jìn)一步包括：(i)提供所述寡核苷酸標(biāo)記，其中所述寡核苷酸標(biāo)記通過易裂開鍵聯(lián)附接到所述抗體；(ii)向所述通道加載釋放試劑以切割所述易裂開鍵聯(lián)，使得所述寡核苷酸標(biāo)記被釋放并且被所述捕獲元件捕獲；(iii)復(fù)制被捕獲的所述寡核苷酸標(biāo)記以產(chǎn)生被捕獲的所述寡核苷酸標(biāo)記的互補(bǔ)dna；以及(iv)對所述互補(bǔ)dna進(jìn)行測序以識別被捕獲的所述寡核苷酸標(biāo)記。
13.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述第一表面包括一個或多個捕獲元件，所述一個或多個捕獲元件用于捕獲一種或多種測定組分或者所述一個或多個細(xì)胞的組分，其中所述一個或多個細(xì)胞特性進(jìn)一步包括細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，并且其中所述方法進(jìn)一步包括：(i)向所述通道加載裂解試劑，使得所述一個或多個細(xì)胞的信使rna被釋放并且被所述一個或多個捕獲元件捕獲；(ii)向所述通道加載逆轉(zhuǎn)錄試劑，以復(fù)制被捕獲的所述信使rna，從而產(chǎn)生互補(bǔ)dna；以及(iii)對所述互補(bǔ)dna進(jìn)行測序。
14.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中(i)所述一個或多個細(xì)胞特性進(jìn)一步包括由所述一個或多個細(xì)胞分泌的蛋白質(zhì)的譜，(ii)所述通道進(jìn)一步包括蛋白質(zhì)捕獲表面，所述蛋白質(zhì)捕獲表面包括結(jié)合由所述一個或多個細(xì)胞分泌的所述蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)親和試劑，并且(iii)所述方法進(jìn)一步包括使用一定量的經(jīng)標(biāo)記的蛋白質(zhì)檢測抗體來檢測由所述一個或多個細(xì)胞分泌的與相鄰于所述一個或多個細(xì)胞的所述蛋白質(zhì)捕獲表面結(jié)合的所述蛋白質(zhì)。
15.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中(i)所述一個或多個細(xì)胞特性包括細(xì)胞毒性，(ii)所述第一表面包括布置在所述第一表面上的靶細(xì)胞，(iii)所述方法進(jìn)一步包括向所述通道加載效應(yīng)細(xì)胞，使得所述效應(yīng)細(xì)胞布置在所述第一表面上或所述第一表面附近，(iv)所述溫育的步驟包括用在死細(xì)胞但不在活細(xì)胞中生成光信號的活體染劑溫育所述效應(yīng)細(xì)胞和所述靶細(xì)胞；并且(v)對所述一個或多個室中的每一個中的死細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)以確定被所述一個或多個室中的每一個包封的所述效應(yīng)細(xì)胞的細(xì)胞毒性值。
16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述第一表面包括一個或多個捕獲元件，所述一個或多個捕獲元件用于捕獲一種或多種測定組分或者所述一個或多個細(xì)胞的一種或多種組分。
17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞特性進(jìn)一步包括細(xì)胞膜蛋白的譜，其中所述方法進(jìn)一步包括用抗體溫育所述一個或多個細(xì)胞，所述抗體各自對不同的細(xì)胞表面蛋白具有特異性，所述不同的細(xì)胞表面蛋白的相對表達(dá)允許識別所述細(xì)胞，并且其中此類抗體中的每一個具有不同的標(biāo)記。
18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的方法，其中所述抗體中的每一個具有寡核苷酸標(biāo)記，所述寡核苷酸標(biāo)記包括能夠被所述一個或多個捕獲元件捕獲的抗體特異性條形碼。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述方法進(jìn)一步包括：(i)提供所述寡核苷酸標(biāo)記，其中所述寡核苷酸標(biāo)記通過易裂開鍵聯(lián)附接到所述抗體；(ii)向所述通道加載釋放試劑以切割所述易裂開鍵聯(lián)，使得所述寡核苷酸標(biāo)記被釋放并且被所述捕獲元件捕獲；(iii)復(fù)制被捕獲的所述寡核苷酸標(biāo)記以產(chǎn)生被捕獲的所述寡核苷酸標(biāo)記的互補(bǔ)dna；以及(iv)對所述互補(bǔ)dna進(jìn)行測序以識別被捕獲的所述寡核苷酸標(biāo)記。
20.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中所述第一表面包括一個或多個捕獲元件，所述一個或多個捕獲元件用于捕獲一種或多種測定組分或者所述一個或多個細(xì)胞的組分，其中所述一個或多個細(xì)胞特性進(jìn)一步包括細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，并且其中所述方法進(jìn)一步包括：(i)向所述通道加載裂解試劑，使得所述一個或多個細(xì)胞的信使rna被釋放并且被所述一個或多個捕獲元件捕獲；(ii)向所述通道加載逆轉(zhuǎn)錄試劑，以復(fù)制被捕獲的所述信使rna，從而產(chǎn)生互補(bǔ)dna；以及(iii)對所述互補(bǔ)dna進(jìn)行測序。
21.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中(i)所述一個或多個細(xì)胞特性進(jìn)一步包括由所述一個或多個細(xì)胞分泌的蛋白質(zhì)的譜，(ii)所述通道進(jìn)一步包括蛋白質(zhì)捕獲表面，所述蛋白質(zhì)捕獲表面包括結(jié)合由所述一個或多個細(xì)胞分泌的所述蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)親和試劑，并且(iii)所述方法進(jìn)一步包括使用一定量的經(jīng)標(biāo)記的蛋白質(zhì)檢測抗體來檢測由所述一個或多個細(xì)胞分泌的與相鄰于所述一個或多個細(xì)胞的所述蛋白質(zhì)捕獲表面結(jié)合的所述蛋白質(zhì)。
22.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞特性包括所述一個或多個細(xì)胞的基因組dna中的一個或多個核苷酸序列的拷貝數(shù)，并且其中所述方法進(jìn)一步包括：(a)裂解所述一個或多個細(xì)胞以釋放所述基因組dna；(b)擴(kuò)增所述一個或多個核苷酸序列，從而獲得一個或多個經(jīng)擴(kuò)增的核苷酸序列；(c)用布置在所述通道上的一個或多個捕獲元件捕獲經(jīng)擴(kuò)增的所述一個或多個核苷酸序列；(d)復(fù)制被捕獲的所述一個或多個經(jīng)擴(kuò)增的核苷酸序列以產(chǎn)生被捕獲的所述一個或多個經(jīng)擴(kuò)增的核苷酸序列的互補(bǔ)dna；以及(e)對所述互補(bǔ)dna進(jìn)行測序以識別所述一個或多個核苷酸序列的所述拷貝數(shù)。
23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中所述一個或多個核苷酸序列各自為條形碼。
24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的方法，其中所述條形碼各自包括獨(dú)特分子標(biāo)識符。
25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中所述獨(dú)特分子標(biāo)識符識別整合到所述基因組dna中的病毒dna，并且其中在單細(xì)胞中識別的許多不同的所述獨(dú)特分子標(biāo)識符指示此類單細(xì)胞的病毒拷貝數(shù)。
26.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞特性包括所述一個或多個細(xì)胞的基因組dna中的一個或多個核苷酸序列的拷貝數(shù)，并且其中所述方法進(jìn)一步包括：(a)裂解所述一個或多個細(xì)胞以釋放基因組dna；(b)向所述通道加載擴(kuò)增試劑，所述擴(kuò)增試劑生成與所述一個或多個核苷酸序列的拷貝數(shù)成比例的信號；以及(c)擴(kuò)增所述一個或多個核苷酸序列以生成與所述一個或多個核酸序列的所述拷貝數(shù)成比例的光信號。
27.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中所述擴(kuò)增試劑是定量pcr試劑，并且其中所述信號是光信號。
28.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中(i)所述第一表面包括橋式pcr引物，(ii)所述擴(kuò)增試劑包括橋式pcr試劑，并且(iii)所述信號是由橋式pcr形成的許多簇。
29.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中所述擴(kuò)增試劑包括滾環(huán)擴(kuò)增試劑，并且其中所述信號是許多dna納米球。
30.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞隨機(jī)布置在所述第一表面上。
31.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述一個或多個室中的每一個包封所述一個或多個細(xì)胞中的單細(xì)胞。
32.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞包括被載體轉(zhuǎn)導(dǎo)的細(xì)胞，并且其中所述一個或多個細(xì)胞特性包括被所述載體轉(zhuǎn)導(dǎo)的所述細(xì)胞的載體整合位點(diǎn)，并且其中所述方法進(jìn)一步包括：(a)裂解被所述載體轉(zhuǎn)導(dǎo)的所述細(xì)胞，以將每個細(xì)胞的基因組dna釋放到所述每個細(xì)胞的相應(yīng)的室中；(b)擴(kuò)增被釋放的所述基因組dna；(c)將載體特異性引物與經(jīng)擴(kuò)增的所述基因組dna退火；(d)延伸所述載體特異性引物，從而獲得包括所述基因組dna的區(qū)段的拷貝的延伸產(chǎn)物；以及(e)從所述區(qū)段識別所述載體特異性引物與所述基因組dna的一個或多個整合位點(diǎn)。
33.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述一個或多個細(xì)胞是哺乳動物細(xì)胞，并且所述一個或多個細(xì)胞特性包括基因組拷貝數(shù)變異，并且其中所述方法進(jìn)一步包括：(a)裂解所述一個或多個細(xì)胞以將每個細(xì)胞的基因組dna釋放到所述每個細(xì)胞的相應(yīng)的室中；(b)擴(kuò)增被釋放的所述基因組dna；(c)對經(jīng)擴(kuò)增的所述基因組dna的片段進(jìn)行測序，從而獲得所述基因組dna片段的序列；以及(d)從所述基因組dna片段的所述序列確定每個細(xì)胞的所述基因組拷貝數(shù)變異。
34.根據(jù)權(quán)利要求33所述的方法，其中所述測序包括獲取0.25x或更大的所述基因組dna片段的序列覆蓋度，并且其中所述基因組拷貝數(shù)變異的所述確定具有3兆堿基或更高的分辨率。
35.一種用于測量細(xì)胞群的單細(xì)胞特性的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括：
36.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述凝膠室隨機(jī)布置在所述表面中的至少一個上。
37.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述凝膠室中的每一個包封單細(xì)胞。
38.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述聚合物基體壁對于分子量小于3×106道爾頓的分子是可滲透的，并且對于分子量大于3×106道爾頓的分子是不可滲透的。
39.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述聚合物基體壁對于分子量小于3×105道爾頓的分子是可滲透的，并且對于分子量大于3×105道爾頓的分子是不可滲透的。
40.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述聚合物基體壁對于分子量小于3×104道爾頓的分子是可滲透的，并且對于分子量大于3×104道爾頓的分子是不可滲透的。
41.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述聚合物基體壁對于分子量小于3×103道爾頓的分子是可滲透的，并且對于分子量大于3×103道爾頓的分子是不可滲透的。
42.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述凝膠室是可降解的水凝膠室。
43.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述凝膠室是中空的，并且包封所述表面的區(qū)域。
44.根據(jù)權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述表面包括被配置為捕獲核酸的捕獲元件。
45.一種確定一個或多個細(xì)胞的一個或多個細(xì)胞特性的方法，所述方法包括：
46.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法，其中所述流體裝置進(jìn)一步包括多個通道，并且其中所述執(zhí)行一項(xiàng)或多項(xiàng)測定包括執(zhí)行多項(xiàng)所述測定，其中所述一項(xiàng)或多項(xiàng)測定中的每一項(xiàng)不同測定在所述多個通道中的不同通道中執(zhí)行。