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預(yù)測受試者患癌癥的風(fēng)險或診斷癌癥的方法_2

文檔序號:9221492閱讀:來源:國知局
E HLLQRIA內(nèi)的兩個不同區(qū)域相結(jié)合,則使用至少一種或兩種與PTA1-37, SEQ ID NO. 2, EEIG ANDDLNYWSDWYDSDQIKEELPEPFEHLLQRIA相結(jié)合的結(jié)合劑。所述結(jié)合劑優(yōu)選可為抗體或其結(jié) 合片段。
[0076] 在甚至更具體的實(shí)施方案中,使用結(jié)合劑確定分別與PTA 1-37內(nèi)以下區(qū)域中的 一個或兩個相結(jié)合的PTA、其變體和片段:
[0077]
[0078] 在具體的實(shí)施方案中,利用使用與PTA、其剪接變體或其片段相結(jié)合的抗體或抗體 片段的免疫測定法,測量了 PTA、其剪接變體或其片段的水平。可用于確定PTA、其剪接變體 或其至少5個氨基酸的片段的水平的免疫測定法可包括實(shí)施例1中所示的步驟。所有閾值 和值必須根據(jù)實(shí)施例1所用的測試和校準(zhǔn)來理解。本領(lǐng)域技術(shù)人員可能知道,閾值的絕對 值可受所使用的校準(zhǔn)影響。這意味著本文給出的所有值和閾值應(yīng)在本文(實(shí)施例1)中使 用的校準(zhǔn)環(huán)境下理解。
[0079]根據(jù)本發(fā)明,PTA或其他另外的生物標(biāo)志物的診斷性結(jié)合劑選自抗體,如IgG (典 型的全長免疫球蛋白),或者包含至少重鏈和/或輕鏈的F-可變域的抗體片段,如化學(xué)偶聯(lián) 的抗體(抗原結(jié)合片段),包括但不限于Fab-片段,包括Fab小體(minibodies)、單鏈Fab 抗體、具有表位標(biāo)記的單價Fab抗體如Fab-V5Sx2 ;以CH3結(jié)構(gòu)域二聚化的二價Fab (小抗 體);二價Fab或多價Fab,如通過在異源結(jié)構(gòu)域幫助下的多聚化而形成,例如經(jīng)dHLX結(jié)構(gòu) 域的二聚化,例如Fab-dHLX-FSx2 ;F (ab')2-片段、scFv-片段、多聚化的多價或/和多特異 性scFv-片段、二價和/或雙特異性雙體抗體、BITE? (雙特異性T-細(xì)胞連接物)、三功 能抗體、多價抗體,如來自不同于G的類別;單結(jié)構(gòu)域抗體,如來源于駱駝或魚免疫球蛋白 的納米抗體。
[0080] 在具體實(shí)施方案中,利用使用選自如下文中更詳細(xì)描述的與PTA、其剪接變體或其 片段或者另外的生物標(biāo)志物相結(jié)合的適體、非-Ig支架的結(jié)合劑的測定法,測量了 PTA、其 剪接變體或其片段或者其他另外的生物標(biāo)志物的水平。
[0081] 可用于確定PTA、其剪接變體或其片段水平的結(jié)合劑顯示與PTA、其剪接變體 或其片段的親和常數(shù)為至少l〇 7M'優(yōu)選108M'優(yōu)選親和常數(shù)大于KAT1,最優(yōu)選大于 io^t1。本領(lǐng)域技術(shù)人員了解,可考慮通過應(yīng)用較高劑量的化合物來補(bǔ)償較低的親和力, 并且這一措施不會導(dǎo)致超出本發(fā)明的范圍??墒褂肂iacore法確定結(jié)合親和力,其在例如 Biaffm, Kassel, Germany (http://www. biaffm. com/de/)提供服務(wù)分析。
[0082]親和常數(shù)
[0083] 為了確定抗體的親和力,使用Biacore 2000系統(tǒng)(GE Healthcare Europe GmbH, Freiburg, Germany),通過無標(biāo)記的表面等離子體共振確定了 PTA、其剪接變體或其片 段與固定抗體的結(jié)合動力學(xué)。根據(jù)廠商的指導(dǎo)(小鼠抗體捕獲試劑盒;GE Healthcare),使 用以高密度與CM5傳感器表面共價偶聯(lián)的抗小鼠Fc抗體進(jìn)行了可逆的抗體固定(Lorenz et al.,"Functional Antibodies Targeting IsaA of Staphylococcus aureus Augment Host Immune Response and Open New Perspectives for Antibacterial Therapy" ; Antimicrob Agents Chemother. 2011January ;55 (1):165-173)〇
[0084]人 PTA 對照樣品可獲自 ICI-Diagnostics, Berlin, Germany http://www. ici-diagnostics.com/。也可通過合成(在我們的實(shí)驗中,我們使用了合成的P37,SEQ ID NO. 2)或重組PTA、其剪接變體或其片段來校準(zhǔn)測定。
[0085] 根據(jù)本發(fā)明的方法,用于確定女性受試者患乳腺癌的風(fēng)險或者診斷女性受試者 乳腺癌的PTA、其剪接變體或其片段的閾值為100pm 〇l/l以下,優(yōu)選80pmol/L以下,優(yōu)選 60pmol/L以下,優(yōu)選50pmol/L以下,優(yōu)選45. 6pmol/L以下,優(yōu)選40pmol/L以下。這些閾值 與上述校準(zhǔn)方法相關(guān)。所述閾值以下的PTA值意味著所述受試者具有增加的患癌癥的風(fēng)險 或者已患有癌癥。
[0086] 在本發(fā)明的一實(shí)施方案中,實(shí)施所述方法多于一次,以監(jiān)測女性受試者患乳腺癌 的風(fēng)險或者監(jiān)測治療進(jìn)程。在一具體實(shí)施方案中,進(jìn)行所述監(jiān)測是為了評估所述女性受試 者對采用的預(yù)防性和/或治療性措施的反應(yīng)。
[0087] 在本發(fā)明的一實(shí)施方案中,使用所述方法是為了將所述受試者分級為風(fēng)險組。
[0088] 本發(fā)明的主題還有用于確定樣品中的PTA、其剪接變體或片段的測定法, 其包含與PTA區(qū)域即氨基酸3-22 (GANDDLNYWSDWYDSDQIK, SEQ ID N0. 12)和氨基酸 21-36(IKEELPEPFEHLLQRI,SEQ ID N0. 13)中的兩個不同區(qū)域相結(jié)合的兩種結(jié)合劑,其中所 述區(qū)域中的每一個包含至少4或5個氨基酸。
[0089] 根據(jù)本發(fā)明用于確定樣品中的PTA、其剪接變體或片段的測定法的一實(shí)施方案中, 所述測定法的分析測定靈敏度能夠定量健康受試者的PTA、其剪接變體或PTA片段,并且為 <20pmol/,優(yōu)選〈10pmol/l,且更優(yōu)選 <5pmol/l。
[0090] 根據(jù)本發(fā)明用于確定樣品中的PTA、其剪接變體或片段的測定法的一實(shí)施方案中, 這樣的測定法為三明治測定法,優(yōu)選完全自動化的測定法。其可為ELISA、完全自動化測 定法或手動測定法。其可被稱為P0C-測試(即時測試)。自動化或完全自動化測定法的 實(shí)例包括可用于以下系統(tǒng)中的一種的測定法:RocheElecsys?、AbbottArchitect?、 Siemens Centauer?、BrahmsKryptor?、Biomerieux Vidas?、AlereTriage?。測試形式 的實(shí)例在上文中提供。
[0091] 根據(jù)本發(fā)明用于確定樣品中的PTA、其剪接變體或片段的測定法的一實(shí)施方案中, 為了檢測而對所述兩種結(jié)合劑中的至少一種進(jìn)行了標(biāo)記。標(biāo)記的實(shí)例在上文中提供。
[0092] 根據(jù)本發(fā)明用于確定樣品中的PTA、其剪接變體或片段的測定法的一實(shí)施方案中, 所述兩種結(jié)合劑中的至少一種與固相結(jié)合。固相的實(shí)例為磁珠、聚苯乙稀管或微量滴定 板。在一實(shí)施方案中使用了同源測定法,即使用時間分辨擴(kuò)增穴合物發(fā)射(Time Resolved Amplified Cryptate Emission, TRACE)技術(shù)。
[0093] 根據(jù)本發(fā)明用于確定樣品中的PTA、其剪接變體或片段的測定法的一實(shí)施方案中, 所述標(biāo)記選自化學(xué)發(fā)光標(biāo)記、酶標(biāo)記、熒光標(biāo)記、放射性碘標(biāo)記。
[0094] 本發(fā)明的另一主題為試劑盒,其包含根據(jù)本發(fā)明的測定法,其中所述測定法中的 組分可容納于在一個或多個容器中。
[0095] 根據(jù)任何前述實(shí)施方案,本發(fā)明的主題還有用于預(yù)測女性患癌癥的風(fēng)險或者鑒定 受試者具有患癌癥的風(fēng)險增加的方法,其中可通過選自以下供選擇的方法,將獲自所述受 試者的體液中PTA、其剪接變體或其至少5個氨基酸的片段的水平單獨(dú)或組合其他預(yù)測性 實(shí)驗或臨床參數(shù)用于預(yù)測受試者獲得不良事件的風(fēng)險:
[0096]?在獲自"健康的"或"表面上健康的"受試者群體中的預(yù)定樣品的總體中,比較 所述受試者的體液中PTA、其剪接變體或其至少5個氨基酸的片段水平的中值,
[0097]?在獲自"健康的"或"表面上健康的"受試者群體中的預(yù)定樣品的總體中,比較 所述受試者的體液中PTA、其剪接變體或其至少5個氨基酸的片段水平的四分位數(shù),
[0098] 魯基于Cox比例風(fēng)險分析或通過使用風(fēng)險指數(shù)計算如NRI (凈重新分類指數(shù))或 IDI (綜合鑒別指數(shù))進(jìn)行計算。
[0099] 根據(jù)任何前述實(shí)施方案,在本發(fā)明的一實(shí)施方案中,本發(fā)明的主題還有預(yù)測女性 患癌癥的風(fēng)險或者鑒定受試者具有患癌癥的風(fēng)險增加的方法,其中獲自所述受試者的體液 中PTA、其剪接變體或其至少5個氨基酸的片段的水平單獨(dú)或者組合其他預(yù)測性生物標(biāo)志 物。
[0100] 這類有用的其他生物標(biāo)志物可為神經(jīng)降壓素原及其至少5個氨基酸的片段,或者 腦啡肽原及其至少5個氨基酸的片段,或者胰島素。
[0101] 根據(jù)本發(fā)明方法的一具體實(shí)施方案中,除了確定PTA、其剪接變體或其片段外,還 確定了神經(jīng)降壓素原1-117或其片段的水平。
[0102]當(dāng)在整個本申請中提及片段時,所述片段包含至少4或5個氨基酸。
[0103] 因此,本發(fā)明的主題還有預(yù)測未患癌癥的受試者患癌癥的風(fēng)險或者診斷受試者癌 癥的方法,包括:
[0104] 確定獲自所述受試者的體液中包含物質(zhì)P和神經(jīng)激肽的PTA、其剪接變體或其 至少5個氨基酸的片段的水平;以及
[0105] 確定獲自所述受試者的體液中神經(jīng)降壓素原或其至少5個氨基酸的片段的水 平;以及
[0106] 將所述PTA、其剪接變體或其片段以及神經(jīng)降壓素原或其至少5個氨基酸的片 段水平與患癌癥的風(fēng)險相關(guān)聯(lián),其中PTA、其剪接變體或其片段水平降低預(yù)示患癌癥的風(fēng)險 增加,或者診斷癌癥,其中PTA、其剪接變體或片段水平降低與癌癥診斷相關(guān),并且其中神經(jīng) 降壓素原及其片段水平增加預(yù)示患癌癥的風(fēng)險增加,或者診斷癌癥,其中神經(jīng)降壓素原及 其片段水平增加與癌癥診斷相關(guān)。
[0107] 神經(jīng)降壓素原和片段可具有以下序列:
[0108] SEQ ID N0. 14 (神經(jīng)降壓素原 1-147)
[0109] SDSEEEMKAL EADFLTNMHT SKISKAHVPS WKMTLLNVCS
[0110] LVNNLNSPAE ETGEVHEEEL VARRKLPTAL DGFSLEAMLT
[0111] TYQLHKICHS RAFQHWELIQ EDILDTGNDK NGKEEVIKRK
[0112] IPYILKRQLY ENKPRRPYIL KRDSYYY
[0113] SEQ ID N0. 15 (神經(jīng)降壓素原1-125 (較大的神經(jīng)介素N))
[0114] SDSEEEMKAL EADFLTNMHT SKISKAHVPS WKMTLLNVCS
[0115] LVNNLNSPAE ETGEVHEEEL VARRKLPTAL DGFSLEAMLT
[0116] TYQLHKICHS RAFQHWELIQ EDILDTGNDK NGKEEVI KR KIPYIL
[0117] SEQ ID NO. 16 (神經(jīng)介素 N)
[0118] KIPYIL
[0119] SEQ ID NO. 17 (神經(jīng)降壓素)
[0120] pyroQLYENKPRRP YIL
[0121] SEQ ID NO. 18 (神經(jīng)降壓素原 1-117)
[0122] SDSEEEMKAL EADFLTNMHT SKISKAHVPS WKMTLLNVCS
[0123] LVNNLNSPAE ETGEVHEEEL VARRKLPTAL DGFSLEAMLT
[0124] IYQLHKICHS RAFQHWELIQ EDILDTGNDK NGKEEVI
[0125] SEQ ID NO. 19 (神經(jīng)降壓素原 1-132)
[0126] SDSEEEMKAL EADFLTNMHT SKISKAHVPS WKMTLLNVCS
[0127] LVNNLNSPAE ETGEVHEEEL VARRKLPTAL DGFSLEAMLT
[0128] IYQLHKICHS RAFQHWELIQ EDILDTGNDK NGKEEVIKRK
[0129] IPYILKRQLY EN
[0130] SEQ ID NO. 20 (神經(jīng)降壓素原 120-140)
[0131] KIPYILKRQL YENKPRRPYI L
[0132] SEQ ID NO. 21 (神經(jīng)降壓素原 120-147)
[0133] KIPYILKRQL YENKPRRPYIL KRDSYYY
[0134] SEQ ID NO. 22 (神經(jīng)降壓素原 128-147)
[0135] QLYENKPRRP YILKRDSYYY
[0136] 在具體的實(shí)施方案中,利用免疫測定法測量了神經(jīng)降壓素原的水平。更具體地,如 Ernst等(P印tides (2006),(27) 1787-1793)所述使用免疫測定法。可用于確定神經(jīng)降壓素 原或其至少5個氨基酸的片段水平的免疫測定法可包括如實(shí)施例3中所示的步驟。所有閾 值和值必須根據(jù)實(shí)施例3使用的測試和校準(zhǔn)來理解。本領(lǐng)域技術(shù)人員可能知道閾值的絕對 值可受所使用的校準(zhǔn)影響。這意味著本文給出的所有值和閾值應(yīng)在本文(實(shí)施例3)使用 的校準(zhǔn)背景下理解。人神經(jīng)降壓素原-校準(zhǔn)物可獲自ICI-Diagnostics,
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