專利名稱：：用于癌癥的診斷和治療的方法和組合物的制作方法用于癌癥的診斷和治療的方法和組合物胃腸道癌癥(消化系統(tǒng)癌癥)包括食管癌、膽囊癌、肝癌、胰腺癌、胃癌、小腸癌、大腸(結(jié)腸)癌和直腸癌。各種形式的胃腸癌占每年全部新診出癌癥的約20%。結(jié)腸直腸癌包括結(jié)腸、直腸和闌尾中的癌生長。它是西方世界中第三大最常見的癌癥形式和癌相關(guān)死亡的第二大首要原因。結(jié)腸癌和直腸癌統(tǒng)共占男性癌中的10%和女性癌中的11%。它是影響男性和女性的第二大最常見的部位特異性癌。很多結(jié)腸直腸癌被認(rèn)為源自結(jié)腸中的腺瘤性息肉。這些蘑菇樣的生長物通常是良性的，但其中有些可隨著時間發(fā)展成癌。結(jié)腸直腸癌常常表現(xiàn)為轉(zhuǎn)移性疾病，這妨礙了手術(shù)的治愈效果。超過20%的患者在診斷時即表現(xiàn)為轉(zhuǎn)移性(IV期)結(jié)腸直腸癌，而這些人群中高達(dá)25%會具有孤立性肝轉(zhuǎn)移(isolatedlivermetastasis)，其可能需要切除。結(jié)腸的癌或結(jié)腸癌是具有如下特征的疾病在大腸的第一和最長部分的內(nèi)壁或上皮中產(chǎn)生惡性細(xì)胞。惡性細(xì)胞已失去控制生長的正常調(diào)控機(jī)制。這些細(xì)胞可侵入周圍的局部組織，或者它們可在全身擴(kuò)散并侵入其它器官系統(tǒng)。結(jié)腸癌被認(rèn)為在約80%的發(fā)生所述疾病的人中偶發(fā)產(chǎn)生。20%的人被認(rèn)為具有遺傳傾向，這意味著他們的基因攜帶該疾病的觸發(fā)物。在早年時或在多部位發(fā)生結(jié)腸癌或者復(fù)發(fā)性結(jié)腸癌提示為該疾病的“遺傳因素形式”，而非“偶發(fā)形式”。結(jié)腸直腸癌的篩選包括身體檢查、簡單的實驗室測試和結(jié)腸內(nèi)壁的可視化檢查。醫(yī)生使用X射線(間接可視化檢查)和內(nèi)窺鏡(直接可視化檢查)來對結(jié)腸上皮進(jìn)行可視化檢查。癌有時產(chǎn)生蛋白質(zhì)，這些蛋白質(zhì)的水平可在患者血液中升高。在這種情況下，所產(chǎn)生的蛋白質(zhì)被稱為“腫瘤標(biāo)志物”。結(jié)腸的某些癌具有腫瘤標(biāo)志物，也稱為“癌胚抗原(carcinoembryonicantigen)”或“CEA”。遺憾的是，該蛋白質(zhì)也可由其它腺癌產(chǎn)生，此外，某一特定的結(jié)腸癌可能不產(chǎn)生該蛋白質(zhì)。因此，借助化學(xué)分析CEA進(jìn)行篩選尚無太大助益。然而，CEA在如下情形中是有益的即如果患者的腫瘤產(chǎn)生該蛋白質(zhì)，則將CEA用于進(jìn)行結(jié)腸癌治療之患者的隨訪中。結(jié)腸直腸癌的治療有賴于癌的分期?；谌缦碌囊话銟?biāo)準(zhǔn)，結(jié)腸癌被分成I至IV期1期腫瘤限于上皮或者尚未穿透腸壁的第一層肌肉；II期腫瘤已穿透結(jié)腸的外壁或者已穿過結(jié)腸外壁，有可能侵入其它局部組織；III期局部淋巴結(jié)參與的任何深度或大小的腫瘤；IV期與遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移有關(guān)的任何前述標(biāo)準(zhǔn)?；荚缙?幾乎沒有擴(kuò)散)結(jié)腸直腸癌時，是可治愈的。然而，當(dāng)在較晚期(出現(xiàn)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移)檢測到時，治愈的可能性較低。手術(shù)仍是主要的治療方式，同時根據(jù)個體患者的分期及其它醫(yī)學(xué)因素，可推薦進(jìn)行化學(xué)治療和/或放射治療。將手術(shù)作為I至III期結(jié)腸癌的首要治療，除非有跡象表明局部侵襲使得不能完全切除腫瘤(如，可發(fā)生在晚期III期腫瘤中)。然而，這種情況很罕見，僅發(fā)生于少于2%的全部結(jié)腸癌病例中。結(jié)腸癌的手術(shù)治療通常包括切除所涉及的結(jié)腸區(qū)段(結(jié)腸切除術(shù))連同其血液供應(yīng)和局部淋巴結(jié)。通常，基于血液供應(yīng)，部分結(jié)腸切除術(shù)分為右結(jié)腸、左結(jié)腸、橫結(jié)腸或乙狀結(jié)腸切除。伴隨結(jié)腸的切除，從其源頭切除血液供應(yīng)連同局部淋巴節(jié)確保了原發(fā)腫瘤任一側(cè)正常結(jié)腸的足夠余量。當(dāng)癌位于兩條大血管之間的血液供應(yīng)和淋巴引流處時，兩條血管都要切除，以確保完全徹底地切除或去除(擴(kuò)大化的根治性右或左結(jié)腸切除術(shù))。如果原發(fā)腫瘤穿透腸壁，(如可行的話)鄰近所述腫瘤擴(kuò)大部分的任何組織也要切除?；瘜W(xué)治療可用于所有可識別的腫瘤均已切除并且有復(fù)發(fā)風(fēng)險的患者(輔助性化學(xué)治療)。當(dāng)癌處于IV期并且超出局部治療的范圍時，也可使用化學(xué)治療，但這種用法不常見。在伴有深度穿透的II期疾病或在III期患者中，考慮使用輔助治療。標(biāo)準(zhǔn)治療是用5-氟尿嘧啶(5FU)聯(lián)合甲酰四氫葉酸治療6至12個月。5FU是抗代謝物，而甲酰四氫葉酸提高應(yīng)答率。(所謂應(yīng)答是化學(xué)治療引起的癌腫的暫時消退。)另一種藥劑——左旋咪唑(其似乎激活免疫系統(tǒng))可替代甲酰四氫葉酸。這些方案使復(fù)發(fā)率降低了約15%，并使死亡率降低了約10%。該治療方案的確具有某些毒性，但通常耐受性很好。對于IV期疾病或者說如果患者發(fā)展成轉(zhuǎn)移的話，可施用類似的化學(xué)治療。結(jié)果顯示，應(yīng)答率約為20%。遺憾的是，這些患者最終死于該疾病，這種化學(xué)治療在IV期患者中也許無法延長存活或提高生存質(zhì)量。臨床試驗現(xiàn)已顯示，在該治療方案中添加另一種藥劑可改善所述結(jié)果。伊立替康(Irinotecan)似乎不增加毒性，但其使應(yīng)答率提高到39%，增加2至3個月的無病存活期，并將總存活期延長兩個月多一點。如果考慮到手術(shù)后可能的局部復(fù)發(fā)并且所涉及的區(qū)域耐受輻射的話，則使用放射治療作為手術(shù)的輔助手段。例如，如果腫瘤侵入腹壁肌肉但未被完全切除的話，則可考慮對該區(qū)域進(jìn)行輻射。當(dāng)殘余的腸暴露于輻射時，輻射有顯著的劑量限制，這是因為小腸和大腸均不能很好地耐受輻射。輻射也用于治療轉(zhuǎn)移性疾病的患者。它對于縮小向腦轉(zhuǎn)移的結(jié)腸癌時尤其有用。非結(jié)腸直腸的胃腸癌包括胰腺癌、肝膽癌、胃癌、小腸癌和食管癌。對非結(jié)腸直腸的胃腸癌的治療常常包括聯(lián)合了手術(shù)、放射治療和化學(xué)治療的多模式方法。胃的癌(也稱為胃癌或胃惡性腫瘤)是可治療的疾病，當(dāng)其在局部階段被發(fā)現(xiàn)和治療時常?？杀恢斡８鶕?jù)開始發(fā)生的組織類型對胃癌進(jìn)行分類。最常見的類型發(fā)生于胃內(nèi)壁的腺組織。這些腫瘤稱為腺癌，并占所有胃部腫瘤的95%以上。通過血流的轉(zhuǎn)移可擴(kuò)散到肝、肺、骨和腦。還在腹腔內(nèi)壁(腹膜)中和直腸附近發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移。胃癌的理想的治療是根治性手術(shù)，意指切除胃的大部分或全部(胃次全切除術(shù)或胃全切除術(shù))連同周圍的淋巴結(jié)。根治性手術(shù)是能實現(xiàn)治愈的唯一的治療方式，盡管手術(shù)步驟較少，但其在旨在減輕癥狀的治療中可發(fā)揮重要的作用。放射和化學(xué)治療也是可選擇的治療方式。通過兩種分別的方式(固有免疫和獲得性免疫)，免疫系統(tǒng)具有識別和破壞細(xì)胞的能力。固有免疫成員由巨噬細(xì)胞、自然殺傷(NK，naturalkiller)細(xì)胞、單核細(xì)胞和粒細(xì)胞組成。這些細(xì)胞識別參與細(xì)胞轉(zhuǎn)化的分子模式并釋放多種細(xì)胞因子和炎性介質(zhì)。固有應(yīng)答缺乏對外來抗原的記憶能力，而獲得性免疫應(yīng)答具有該特征。免疫系統(tǒng)的該后一構(gòu)成還具有針對外來抗原之特異性的特征，這是由存在于淋巴細(xì)胞上的受體所賦予的。抗原呈遞細(xì)胞(APC，antigenpresentingcell)也在獲得性應(yīng)答中發(fā)揮作用，它們吞噬外來抗原并基于主要組織相容性復(fù)合物的存在情況將其呈遞給淋巴細(xì)胞。CD4+T細(xì)胞具有在II類MHC分子存在下識別抗原的受體，隨后使其釋放細(xì)胞因子并進(jìn)一步激活CD8+T淋巴細(xì)胞(CTL)或B細(xì)胞。CTL是細(xì)胞介導(dǎo)免疫的一部分，在I類MHC分子存在下，其能通過凋亡或穿孔素介導(dǎo)的細(xì)胞溶解來清除所呈遞的細(xì)胞。人們廣泛地接受，T細(xì)胞介導(dǎo)的免疫在抗腫瘤應(yīng)答中發(fā)揮至關(guān)重要的作用。B細(xì)胞參與免疫球蛋白的釋放，因而是體液免疫系統(tǒng)的一部分。如果適當(dāng)?shù)匕邢蚝驮鰪?qiáng)，免疫功能可被開發(fā)用于治療以控制以及根除惡性病變。參與致癌作用的遺傳和表觀遺傳的改變產(chǎn)生抗原，這些抗原可被免疫系統(tǒng)以類似于識別微生物抗原的方式進(jìn)行識別。治療結(jié)腸直腸癌的新策略(例如，用樹突狀細(xì)胞(DC，dendriticcell)主動免疫、將細(xì)胞因子基因轉(zhuǎn)移進(jìn)腫瘤細(xì)胞或施用免疫刺激性單克隆抗體)已在臨床前研究中進(jìn)行了評價，并已進(jìn)入早期臨床開發(fā)階段。重要的是，越來越多的證據(jù)表明化學(xué)治療和免疫治療可聯(lián)合用于治療一些結(jié)腸直腸癌病例，由于樹突狀細(xì)胞交叉呈遞抗原和/或清除了競爭性或抑制性T淋巴細(xì)胞群(調(diào)節(jié)性T細(xì)胞)，其具有協(xié)同增強(qiáng)作用。在結(jié)腸直腸腫瘤(尤其是結(jié)腸腫瘤)和胃腫瘤以及由其衍生的轉(zhuǎn)移性腫瘤的遺傳標(biāo)志物和靶標(biāo)的領(lǐng)域中，有設(shè)計這些疾病的特異性的、可靠的和靈敏的診斷和治療方法的需求。本發(fā)明涉及結(jié)腸直腸腫瘤(尤其是結(jié)腸腫瘤)和胃腫瘤以及由其衍生的轉(zhuǎn)移性腫瘤的治療和診斷。本發(fā)明特別涉及分子結(jié)構(gòu)的鑒定，所述分子結(jié)構(gòu)存在于結(jié)腸直腸腫瘤和胃腫瘤上并可作為用于這些疾病的診斷和治療方法的靶標(biāo)。發(fā)明_既述本發(fā)明涉及鑒定結(jié)腸直腸的(尤其是結(jié)腸的)和胃的腫瘤組織以及結(jié)腸直腸的(尤其是結(jié)腸的)和胃的組織之特征性核酸和氨基酸序列，所述序列代表用于治療或診斷對象中所述腫瘤疾病的靶標(biāo)。這些序列包括鑒定為在所述細(xì)胞之質(zhì)膜中的、并可在細(xì)胞外區(qū)域接近的蛋白質(zhì)，從而所述序列可用于制備腫瘤疫苗(包括預(yù)防性和治療性疫苗)。根據(jù)本發(fā)明鑒定的在腫瘤細(xì)胞中表達(dá)的核酸包含序列表中SEQIDNO=I的核酸序列或所述核酸序列的變體。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明鑒定的在腫瘤細(xì)胞中表達(dá)的核酸編碼包含序列表中SEQIDNO2的氨基酸序列或所述氨基酸序列的變體的肽。這些核酸在本文中也稱為“腫瘤相關(guān)核酸”或簡稱為“腫瘤核酸”。另一方面，本發(fā)明涉及由根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸編碼的肽，在本文中也稱為“腫瘤相關(guān)抗原”或簡稱為“腫瘤抗原”。因此，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原包含序列表中SEQIDNO:2的氨基酸序列或所述氨基酸序列的變體。在一方面，本發(fā)明提供包含衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原序列的氨基酸序列的肽，本文中也稱為“腫瘤抗原肽”。優(yōu)選地，本發(fā)明的腫瘤抗原肽能夠激活針對具有如下特征之細(xì)胞的細(xì)胞應(yīng)答，所述細(xì)胞以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原，和/或當(dāng)用利其本身或與免疫原性載體結(jié)合時能夠誘導(dǎo)出結(jié)合根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的特異性抗體。優(yōu)選的腫瘤抗原肽可以直接或經(jīng)過加工后被I類MHC分子呈遞。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤抗原肽是I類和/或II類MHC所呈遞的肽，或可被加工產(chǎn)生I類和/或II類MHC所呈遞的肽。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤抗原肽包含這樣的氨基酸序列，所述氨基酸序列基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原之片段的氨基酸序列。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原的所述片段是I類和/或II類MHC呈遞的肽，或是能夠誘導(dǎo)出結(jié)合所述片段之抗體的免疫原。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤抗原肽包含這樣的氨基酸序列，所述氨基酸序列基本上對應(yīng)于所述片段的氨基酸序列，并被加工生成所述片段，即I類和/或II類MHC呈遞的、衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原或衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的免疫原的肽，所述免疫原能夠誘導(dǎo)出結(jié)合所述片段的抗體。因此，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤抗原肽包含這樣的氨基酸序列，所述氨基酸序列基本上對應(yīng)于腫瘤抗原之片段的氨基酸序列，其包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且其優(yōu)選地包含與腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列，其包含序列表中SEQIDNO2的氨基酸序列或所述氨基酸序列的變體。本發(fā)明一般地涉及通過靶向腫瘤核酸或腫瘤抗原來治療和/或診斷腫瘤疾病。這些方法提供了對表達(dá)所述腫瘤核酸和/或腫瘤抗原之細(xì)胞的選擇性檢測和/或根除，從而使對不表達(dá)所述腫瘤核酸和/或腫瘤抗原的正常細(xì)胞的不良作用最小化。因此，適于治療或診斷的優(yōu)選疾病是表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的一種或多種腫瘤核酸和/或腫瘤抗原的疾病，例如腫瘤疾病，尤其是癌癥(例如本文所述的那些)。根據(jù)本發(fā)明，根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原中尤其適于靶向的是對應(yīng)于非跨膜區(qū)域的腫瘤抗原部分，尤其是腫瘤抗原的細(xì)胞外區(qū)域或其中所包含的區(qū)域。因此，根據(jù)本發(fā)明使用的、能夠結(jié)合根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的實體優(yōu)選地能夠結(jié)合對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的非跨膜區(qū)域(尤其是細(xì)胞外區(qū)域)或其所包含之區(qū)域的部分。類似地，根據(jù)本發(fā)明使用的、用于誘導(dǎo)特異性針對根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的免疫應(yīng)答的肽和核酸優(yōu)選地誘導(dǎo)針對根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原對應(yīng)于腫瘤抗原之非跨膜區(qū)域(尤其是細(xì)胞外區(qū)域)或其所包含之區(qū)域的部分。優(yōu)選地，所述肽包含基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原對應(yīng)于腫瘤抗原之非跨膜區(qū)域(尤其是細(xì)胞外區(qū)域)或其所包含之區(qū)域的部分的序列。本發(fā)明的一個方面涉及治療腫瘤疾病(尤其是結(jié)腸直腸腫瘤(例如結(jié)腸腫瘤)和胃腫瘤)的療法，包括施用根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的表達(dá)和/或活性的抑制劑。在這一方面，本發(fā)明涉及藥物組合物，所述藥物組合物包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的表達(dá)和/或活性的抑制劑。在一個實施方案中，所述抑制劑特異性針對根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。在另一實施方案中，所述抑制劑特異性針對根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原。根據(jù)本發(fā)明，短語“抑制表達(dá)和/或活性”包括完全地或基本上完全地抑制表達(dá)和/或活性以及降低表達(dá)和/或活性。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的表達(dá)抑制可通過抑制編碼根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的轉(zhuǎn)錄本(即mRNA)的產(chǎn)生或降低其水平來實現(xiàn)(例如通過抑制轉(zhuǎn)錄本的轉(zhuǎn)錄或誘導(dǎo)其降解來實現(xiàn))，和/或通過抑制根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的產(chǎn)生來實現(xiàn)(例如通過抑制編碼根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的轉(zhuǎn)錄本的翻譯來實現(xiàn))。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原的表達(dá)和/活性的抑制減緩腫瘤細(xì)胞生長和/或誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞死亡，并因此具有腫瘤抑制或腫瘤破壞作用。在一個具體實施方案中，根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的表達(dá)抑制劑是選擇性雜交并特異性地針對根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸、從而抑制(例如，降低)其轉(zhuǎn)錄和/或翻譯的抑制性核酸(例如，反義寡核苷酸、核酶、iRNA、siRNA或編碼其的DNA)。本發(fā)明的抑制性核酸包括具有與靶核酸反義方向之序列的寡核苷酸。合適的抑制性寡核苷酸的長度通常從個5至幾百個核苷酸，更通常為約2070個核苷酸或更短，更加通常為約1030個核苷酸。這些抑制性寡核苷酸可作為游離(裸)核酸或采用經(jīng)保護(hù)的形式(例如，包封在脂質(zhì)體中)來施用。使用脂質(zhì)體或其它保護(hù)形式可具有優(yōu)勢，因為其可提高體內(nèi)穩(wěn)定性并因而有利于遞送至靶部位。另外，所述靶腫瘤核酸可用于設(shè)計靶向切割腫瘤細(xì)胞中對應(yīng)mRNA的核酶。類似地，這些核酶可以以游離(裸)形式施用，或通過使用提高穩(wěn)定性和/或靶向性的遞送系統(tǒng)(例如，脂質(zhì)體)來施用。另外，所述靶腫瘤核酸可用于設(shè)計能夠抑制(例如，降低)所述腫瘤核酸之表達(dá)的SiRNA0所述siRNA可以以游離(裸)形式施用，或通過使用提高穩(wěn)定性和/或靶向性的遞送系統(tǒng)(例如，脂質(zhì)體)來施用。它們也可以其前體或編碼DNA的形式來施用。siRNA優(yōu)選地包含有義RNA鏈和反義RNA鏈，其中所述有義和反義RNA鏈形成RNA雙鏈體，且其中所述有義RNA鏈包含與靶序列基本相同的核苷酸序列，所述靶序列為根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸中約19至約25個連續(xù)核苷酸，優(yōu)選編碼所述靶腫瘤抗原的mRNA。在另一實施方案中，根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的活性抑制劑是特異性地結(jié)合所述腫瘤抗原的抗體。所述抗體與腫瘤抗原的結(jié)合可干擾所述腫瘤抗原的功能，例如，通過抑制結(jié)合活性或催化活性來實現(xiàn)。另外，本發(fā)明另一方面涉及治療腫瘤疾病的療法，其包括施用靶分子(即，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸或腫瘤抗原)的配體。在這一方面，可施用選擇性地與靶核酸雜交的核酸或者可施用特異性結(jié)合靶抗原的抗體，所述核酸或抗體與治療效應(yīng)部分(therapeuticeffectormoiety)(例如，放射性標(biāo)記、細(xì)胞毒素、細(xì)胞毒性酶等)連接，從而選擇性地靶向并殺死表達(dá)這些靶標(biāo)的細(xì)胞(例如腫瘤細(xì)胞)。在這一方面，本發(fā)明涉及藥物組合物，所述藥物組合物包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸或腫瘤抗原的配體，所述配體與一種或多種治療效應(yīng)部分連接。優(yōu)選地，所述配體特異性地針對所述腫瘤核酸或腫瘤抗原。在一個實施方案中，腫瘤核酸或腫瘤抗原的所述配體減緩腫瘤細(xì)胞的生長和/或誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞死亡，并因此具有腫瘤抑制或腫瘤破壞作用。根據(jù)本發(fā)明的另一方面，對腫瘤核酸和腫瘤抗原的鑒定使得開發(fā)特異性免疫療法成為可能，所述免疫療法基于攻擊具有所鑒定抗原的腫瘤細(xì)胞，從而推遲或防止腫瘤疾病的發(fā)生或根除腫瘤細(xì)胞。免疫治療包括多種目的在于誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞之破壞性免疫應(yīng)答的干預(yù)和技術(shù)。應(yīng)用這些核酸和抗原的多種臨床方法是可能的，總結(jié)如下。癌癥免疫治療的方法可分為主動和被動兩類。主動免疫治療可涉及使用抗原或編碼該抗原的核酸直接免疫患者，以期加強(qiáng)針對腫瘤的免疫應(yīng)答。被動免疫治療是指施用免疫試劑，以期直接介導(dǎo)抗腫瘤應(yīng)答。本發(fā)明涵蓋這兩種方法。在這一方面，本發(fā)明涉及藥物組合物，所述藥物組合物包含選自以下的一種或多種藥劑(i)包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，或所述肽的衍生物，(ii)編碼包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽的核酸，或所述核酸的衍生物，(iii)編碼包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽的宿主細(xì)胞，(iv)編碼包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽的病毒，(V)呈遞包含衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽或所述肽的衍生物的細(xì)胞，(vi)與包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽結(jié)合的抗體或T細(xì)胞受體，(Vii)經(jīng)體外敏化識別包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽的免疫反應(yīng)性細(xì)胞，和(viii)轉(zhuǎn)導(dǎo)了編碼T細(xì)胞受體之核酸的效應(yīng)細(xì)胞(或干細(xì)胞)，所述T細(xì)胞受體識別包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽。在一個實施方案中，根據(jù)(i)的肽是腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，或者是可被加工生成腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，優(yōu)選腫瘤抗原特異性的、I類MHC呈遞的肽。優(yōu)選地，所述肽具有與根據(jù)本發(fā)明鑒別之腫瘤抗原的片段基本上對應(yīng)的序列，所述片段由I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞或者可被加工生成具有所述序列的肽片段。優(yōu)選地，所述肽能夠激活針對腫瘤(特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的細(xì)胞應(yīng)答和/或能夠激活針對腫瘤(特征在于表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的體液免疫應(yīng)答。在一個實施方案中，根據(jù)(ii)的核酸編碼腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，或者編碼可被加工生成腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，優(yōu)選腫瘤抗原特異性的、I類MHC呈遞的肽。優(yōu)選地，所述肽具有與根據(jù)本發(fā)明鑒別之腫瘤抗原的片段基本上對應(yīng)的序列，所述片段由I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞或者可被加工生成具有所述序列的肽片段。優(yōu)選地，所述肽能夠激活針對腫瘤(特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的細(xì)胞應(yīng)答和/或能夠激活針對腫瘤(特征在于表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的體液免疫應(yīng)答。所述核酸可存在于質(zhì)?；虮磉_(dá)載體中，并可與啟動子功能性連接。在一個實施方案中，根據(jù)(iii)的宿主細(xì)胞編碼腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，或者編碼可被加工生成腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，優(yōu)選腫瘤抗原特異性的、I類MHC呈遞的肽。優(yōu)選地，所述肽具有與根據(jù)本發(fā)明鑒別之腫瘤抗原的片段基本上對應(yīng)的序列，所述片段由I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞或者可被加工生成具有所述序列的肽片段。優(yōu)選地，所述肽能夠激活針對腫瘤(特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的細(xì)胞應(yīng)答和/或能夠激活針對腫瘤(特征在于表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的體液免疫應(yīng)答。所述宿主細(xì)胞可為重組細(xì)胞并可分泌所述編碼的肽或其加工產(chǎn)物，可將其表達(dá)在表面上并優(yōu)選可額外表達(dá)MHC分子，所述MHC分子結(jié)合所述肽或其加工產(chǎn)物并優(yōu)選呈遞所述肽或其加工產(chǎn)物于細(xì)胞表面。在一個實施方案中，所述宿主細(xì)胞內(nèi)源性地表達(dá)MHC分子。在另一實施方案中，所述宿主細(xì)胞以重組的方式表達(dá)MHC分子和/或肽或者其加工產(chǎn)物。所述宿主細(xì)胞優(yōu)選是非增殖性的。在一個優(yōu)選的實施方案中，所述宿主細(xì)胞是抗原呈遞細(xì)胞，尤其是樹突狀細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞。在一個實施方案中，根據(jù)(iv)的病毒編碼腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，或者編碼可被加工生成腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，優(yōu)選腫瘤抗原特異性的、I類MHC呈遞的肽。優(yōu)選地，所述肽具有與根據(jù)本發(fā)明鑒別之腫瘤抗原的片段基本上對應(yīng)的序列，所述片段由I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞或者可被加工生成具有所述序列的肽片段。優(yōu)選地，所述肽能夠激活針對腫瘤(特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的細(xì)胞應(yīng)答和/或能夠激活針對腫瘤(特征在于表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原)的體液免疫應(yīng)答。在一個實施方案中，根據(jù)(ν)的細(xì)胞內(nèi)源性地表達(dá)MHC分子。在另一實施方案中，所述細(xì)胞重組表達(dá)MHC分子和/或包含衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽。優(yōu)選地，所述細(xì)胞通過其表面上的MHC分子呈遞包含衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽或所述肽的衍生物。優(yōu)選地，所呈遞的肽是這樣的肽，其具有與根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段基本上對應(yīng)的序列，所述片段由I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞。所述細(xì)胞優(yōu)選是非增殖性的。在一個優(yōu)選的實施方案中，所述細(xì)胞是抗原呈遞細(xì)胞，例如樹突狀細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞。因此，在一個優(yōu)選的實施方案中，根據(jù)(ν)的細(xì)胞是包含本文所述的、I類MHC呈遞的腫瘤抗原肽的抗原呈遞細(xì)胞。在一個實施方案中，根據(jù)(Vi)的抗體是單克隆抗體。在另一些實施方案中，所述抗體是嵌合的、人的或人源化的抗體，或者是抗體片段或合成抗體。所述抗體可與治療效應(yīng)部分或可檢測標(biāo)簽偶聯(lián)。優(yōu)選地，根據(jù)(vi)的抗體或T細(xì)胞受體結(jié)合肽中的序列，所述肽基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段。優(yōu)選地，根據(jù)(Vii)的細(xì)胞結(jié)合肽中的序列，所述肽基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段，所述片段優(yōu)選被I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)所呈遞。在一個實施方案中，根據(jù)(vii)的細(xì)胞可通過包括如下步驟的方法獲得(a)提供含有免疫反應(yīng)性細(xì)胞的樣品，其獲得自患者或者獲得自同一物種的另一個體(尤其是健康的個體)或不同物種的個體，(b)在利于產(chǎn)生針對所述肽之CTL的條件下，將所述樣品與呈遞肽或所述肽之衍生物的細(xì)胞接觸，所述肽包含與根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段基本上對應(yīng)的氨基酸序列，和(c)向患者引入合適量的CTL，所述量適于裂解表達(dá)所述腫瘤抗原并優(yōu)選以I類MHC呈遞的細(xì)胞(例如，腫瘤細(xì)胞)。在一個實施方案中，所述方法包括克隆所得CTL的T細(xì)胞受體并將編碼該T細(xì)胞受體的核酸轉(zhuǎn)移到效應(yīng)細(xì)胞(例如CTL或未成熟的CTL)中，所述效應(yīng)細(xì)胞獲得自所述患者或者獲得自同一物種的另一個體(尤其是健康的個體)或不同物種的個體，所述效應(yīng)細(xì)胞因而獲得期望的特異性并可被引入患者?？捎眠@種方式生成根據(jù)(viii)的效應(yīng)細(xì)胞。使用上述藥劑進(jìn)行免疫接種可提供II類MHC呈遞的表位，所述表位能夠誘導(dǎo)出針對根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的CD4+輔助T細(xì)胞應(yīng)答和/或CD8+T細(xì)胞應(yīng)答，特別是當(dāng)表達(dá)于細(xì)胞(例如，腫瘤細(xì)胞)中時。作為替代或此外，使用上述藥劑進(jìn)行免疫接種可提供I類MHC呈遞的表位，所述表位能夠誘導(dǎo)出針對根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的CD8+T細(xì)胞應(yīng)答，特別是當(dāng)表達(dá)于細(xì)胞(例如，腫瘤細(xì)胞)中時。另外，使用上述藥劑進(jìn)行免疫接種可誘導(dǎo)出特異性針對根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的抗體。在一個實施方案中，本發(fā)明的藥物組合物是治療性或預(yù)防性的抗腫瘤疫苗，其優(yōu)選還包含免疫調(diào)節(jié)劑或編碼其的核酸。在一個實施方案中，所述免疫調(diào)節(jié)劑是正性(positive)共刺激分子的激動劑，例如，能夠產(chǎn)生CTL共刺激作用的Ig-融合蛋白。在另一實施方案中，所述共刺激劑是負(fù)性(negative)共刺激分子的拮抗劑，例如，能夠降低CTL共刺激之抑制作用的抗體。在一個優(yōu)選的實施方案中，所述免疫調(diào)節(jié)劑是抗-CTLA4抗體。本發(fā)明的藥物組合物可包含藥學(xué)上可接受的載體，并可任選地包含一種或多種佐劑、穩(wěn)定劑等。本發(fā)明的另一方面涉及本文所述的藥劑和組合物用于預(yù)防性和/或治療性地治療腫瘤疾病的用途。在一方面，本發(fā)明提供了治療患有腫瘤疾病或具有發(fā)生腫瘤疾病之風(fēng)險的患者的治療性和預(yù)防性方法。在一方面，本發(fā)明提供了抑制腫瘤生長的方法。在一方面，本發(fā)明提供了誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞死亡的方法。優(yōu)選地，所述腫瘤疾病是癌癥，優(yōu)選地選自結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)、胃癌、轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)和轉(zhuǎn)移性胃癌。在一個實施方案中，所述腫瘤細(xì)胞是上述癌的細(xì)胞。根據(jù)多種實施方案，本發(fā)明的方法包括施用根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的表達(dá)和/或活性抑制劑，施用根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸或腫瘤抗原的配體，和/或施用本文所述的一種或多種免疫治療劑。在一個實施方案中，所述方法包括向患者施用本文所述的藥物組合物，以及優(yōu)選地用本文所述的抗腫瘤疫苗接種患者。根據(jù)本發(fā)明，可以使用本領(lǐng)域已知的多種免疫接種方法中的任何方法。本發(fā)明的抗腫瘤疫苗優(yōu)選能夠誘導(dǎo)或促進(jìn)針對腫瘤的CTL活性，所述腫瘤的特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原。這些可與佐劑聯(lián)合使用，通過直接作用于T細(xì)胞或通過APC來促進(jìn)免疫系統(tǒng)的激活。如本文所述，佐劑包括具有正性免疫調(diào)節(jié)作用的免疫調(diào)節(jié)物質(zhì)。在多個實施方案中，本發(fā)明的方法包括激活針對腫瘤細(xì)胞的抗腫瘤CTL應(yīng)答，所述腫瘤細(xì)胞表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原并優(yōu)選地以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原；抑制腫瘤細(xì)胞的生長，所述腫瘤細(xì)胞表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原并優(yōu)選地以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原；和/或誘導(dǎo)細(xì)胞死亡，所述細(xì)胞表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原并優(yōu)選地以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原。在一方面，本發(fā)明提供了根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的表達(dá)和/或活性抑制劑、根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸或腫瘤抗原的配體和/或本文所述的用于本文所述治療方法的一種或多種免疫治療劑。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了本文所述的用于本文所述治療方法的藥物組合物?；诎邢蚰[瘤核酸或腫瘤抗原的治療(例如本文所述的免疫治療)可與手術(shù)切除和/或放射和/或傳統(tǒng)的化學(xué)治療聯(lián)用。本發(fā)明的另一目的是提供診斷、檢測或監(jiān)測腫瘤疾病的方法，即確定腫瘤疾病的消退、發(fā)展、進(jìn)程和/或發(fā)病。優(yōu)選地，所述方法包括使用特異性結(jié)合靶分子的配體(例如，單克隆抗體和核酸探針)。合適的靶分子有(i)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸，()根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原或從其衍生的腫瘤抗原肽，(iii)針對根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或從其衍生之腫瘤抗原肽的抗體，(iv)識別根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或從其衍生之腫瘤抗原肽的T細(xì)胞，和/或(ν)以I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的腫瘤抗原肽的細(xì)胞。所述方法可用于檢測對象是否患有腫瘤疾病或具有(增加的)發(fā)生腫瘤疾病的風(fēng)險，或者例如治療方案是否有效。因此，本發(fā)明涉及診斷、檢測或監(jiān)測腫瘤疾病的方法，所述方法包括檢測和/或定量選自以下的一個或多個參數(shù)(i)包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸的核酸序列的核酸；編碼包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列的肽的核酸，()包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，(iii)與肽結(jié)合的抗體，所述肽包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(iv)識別肽的T細(xì)胞，所述肽包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，和/或(ν)在分離自患者(優(yōu)選分離自患有腫瘤疾病、懷疑患有或患上腫瘤疾病或具有患腫瘤疾病可能性的患者)的生物樣品中，以I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞肽的細(xì)胞，所述肽包含衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的腫瘤抗原肽的氨基酸序列。在一個實施方案中，根據(jù)(i)的核酸編碼這樣的肽，所述肽被加工生成腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，優(yōu)選腫瘤抗原特異性的、I類MHC呈遞的肽。在一個實施方案中，根據(jù)(ii)的肽是腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，或者是可被加工生成腫瘤抗原特異性的、I類或II類MHC呈遞的肽，優(yōu)選腫瘤抗原特異性的、I類MHC呈遞的肽。優(yōu)選地，根據(jù)(iv)的T細(xì)胞識別肽中的序列，所述肽基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段，所述片段由I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞。在一個實施方案中，根據(jù)(ν)的細(xì)胞通過I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)將所述肽呈遞于其表面上。所述細(xì)胞優(yōu)選是非增殖性的。在一個優(yōu)選的實施方案中，所述細(xì)胞是抗原呈遞細(xì)胞，例如樹突狀細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞。因此，在一個優(yōu)選的實施方案中，根據(jù)(ν)的細(xì)胞是這樣的抗原呈遞細(xì)胞，其包含本文所述的以I類MHC呈遞的腫瘤抗原肽。在另一實施方案中，所述細(xì)胞是腫瘤細(xì)胞。在一個實施方案中，在細(xì)胞(優(yōu)選腫瘤細(xì)胞)中原位檢測或定量確定根據(jù)(i)的核酸或根據(jù)(ii)的肽。在一個實施方案中，在細(xì)胞表面上原位檢測或定量根據(jù)(ii)的肽，所述肽摻入質(zhì)膜中或者在與I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)形成的復(fù)合物中。在診斷、檢測或監(jiān)測腫瘤疾病的方法的一個實施方案中，所述生物樣品來自組織或器官，其中，當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。優(yōu)選地，所述組織是除結(jié)腸組織或胃組織以外的組織。優(yōu)選地，所述組織是小腸、腦、乳房、肝、肺、胰腺、腎、前列腺、脾、淋巴結(jié)、子宮內(nèi)膜、食管、胎盤、卵巢、睪丸、子宮、皮膚、胸腺、膀胱、肌肉和子宮頸的組織。根據(jù)本發(fā)明，如果與在結(jié)腸細(xì)胞和/或胃細(xì)胞或結(jié)腸組織和/或胃組織中的表達(dá)相比表達(dá)水平較低，則腫瘤抗原和/或腫瘤核酸基本不表達(dá)。優(yōu)選地，與結(jié)腸細(xì)胞和/或胃細(xì)胞或結(jié)腸組織和/或胃組織相比，所述表達(dá)水平低于10%，優(yōu)選地低于5^^3^^2%.1%、0.5%、0.1%或0.05%，或更低。優(yōu)選地，如果表達(dá)水平低于檢出限，則腫瘤抗原和/或核酸基本不表達(dá)。所述用于診斷、檢測或監(jiān)測的方法允許定量和/或定性地評估例如靶分子的絕對的和/或相對的量度(例如，腫瘤核酸或腫瘤抗原的表達(dá)水平)。本文中描述了用于實現(xiàn)所述檢測和/或定量的方法，這對本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是顯然的。優(yōu)選地，本發(fā)明方法中的檢測和/或定量包括(i)將生物樣品與特異性結(jié)合待檢測和/或待定量之核酸、肽、抗體、T細(xì)胞或細(xì)胞的藥劑相接觸，和(ii)檢測所述藥劑與所述待檢測或待定量之核酸、肽、抗體、T細(xì)胞或細(xì)胞的復(fù)合物的形成和/或?qū)λ鰪?fù)合物進(jìn)行定量。通常，將生物樣品中靶分子的水平與參照水平進(jìn)行比較，其中與所述參照水平的偏差反映了對象中腫瘤疾病的存在和/或分期。所述參照水平可為對照樣品(例如，來自健康組織或?qū)ο蟮臉悠?中測定的水平或者來自健康對象的中值水平。與所述參照水平的“偏差”指示任何顯著的差異，例如增加或減少至少10^^20%或30%，優(yōu)選地至少40%或50%，或更高。優(yōu)選地，所述生物樣品中存在所述核酸、肽、抗體、T細(xì)胞和/或細(xì)胞或者所述生物樣品中所述核酸、肽、抗體、T細(xì)胞和/或細(xì)胞的量與參照水平相比有所增加，則表明存在腫瘤疾病。通常，本發(fā)明方法中的檢測和/或定量涉及使用經(jīng)標(biāo)記的配體，所述配體特異性地結(jié)合靶分子，例如與靶核酸雜交的經(jīng)標(biāo)記核酸探針和/或特異性地結(jié)合靶肽的經(jīng)標(biāo)記抗體或其片段/衍生物。根據(jù)本發(fā)明，可使用已知的核酸檢測方法(例如涉及雜交或核酸擴(kuò)增技術(shù)的方法)來進(jìn)行核酸檢測或核酸定量。在一個實施方案中，使用RT-PCR或Northern印跡分析來檢測mRNA轉(zhuǎn)錄本或?qū)ζ涠?。所述核酸檢測方法可包括使用與靶核酸雜交的寡核苷酸。合適的寡核苷酸的長度通常為5至幾百個核苷酸，更通常地為約2070個核苷酸或更短，甚至更通常地為約1030個核苷酸。根據(jù)本發(fā)明，可通過多種方式進(jìn)行肽檢測或肽定量，包括但不限于使用與所述肽特異性結(jié)合的抗體進(jìn)行免疫檢測。優(yōu)選地，所述抗體與基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段的序列結(jié)合。使用抗體檢測肽的方法是公知的，包括ELISA、競爭性結(jié)合測定等。一般來說，這樣的測定使用特異性結(jié)合靶肽的抗體或抗體片段，所述抗體或抗體片段直接或間接地與用于檢測的標(biāo)記物結(jié)合，所述標(biāo)記物例如指示酶、放射性標(biāo)記、熒光團(tuán)或順磁顆粒。根據(jù)本發(fā)明，可使用與所述抗體特異性結(jié)合的肽來進(jìn)行抗體檢測或抗體定量。T細(xì)胞可分離自患者的外周血、淋巴結(jié)、組織樣品(例如，源自活檢和切除的樣品)或其它來源?？衫迷鶷細(xì)胞或其它合適的衍生物進(jìn)行反應(yīng)性測定。例如，T細(xì)胞可融合生成雜交瘤。測量T細(xì)胞應(yīng)答性的測定在本領(lǐng)域中是已知的，包括增殖測定和細(xì)胞因子釋放測定。在一個實施方案中，識別包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽的τ細(xì)胞是腫瘤抗原應(yīng)答性CTL?？梢远喾N方式檢測及定量CTL，包括但不限于如下優(yōu)選實施方案。在一個實施方案中，用合適的熒光腫瘤抗原肽/MHC四聚體對CTL直接進(jìn)行染色。在另一實施方案中，使用了“TRAP”測定(“通過蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移對APC進(jìn)行T細(xì)胞識別(T-cellrecognitionofAPCsbyproteintransfer)，，)(例如，見Beadling等，NatureMedicine12:1208(2006))。在另一實施方案中，使用Yuan等描述的方法(Cytotherapy8=498,2006)在血液樣品中進(jìn)行T細(xì)胞檢測。檢測反應(yīng)性T細(xì)胞的測定和指標(biāo)是已知的，包括但不限于使用IFN-yELISP0T和IFN-Y細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞因子染色。本領(lǐng)域已知用于測定T細(xì)胞克隆是否應(yīng)答于特定抗原肽的多種其它方法。通常，將肽加至T細(xì)胞懸液中1至3天?？赏ㄟ^增殖(例如，對經(jīng)標(biāo)記之胸腺嘧啶的攝取)或通過細(xì)胞因子(例如，IL-2)的釋放來測量T細(xì)胞的應(yīng)答。有多種測定用于檢測所釋放細(xì)胞因子的存在情況。可使用T細(xì)胞細(xì)胞毒測定來檢測對腫瘤抗原具有特異性的細(xì)胞毒T細(xì)胞。在一個實施方案中，測試了細(xì)胞毒τ細(xì)胞殺死以I類MHC分子呈遞腫瘤抗原肽之靶細(xì)胞的能力。呈遞腫瘤抗原肽的靶細(xì)胞可被標(biāo)記并加至來自患者樣品的T細(xì)胞懸液中。可通過定量從裂解細(xì)胞釋放的標(biāo)記物來測量細(xì)胞毒性。測定中可包括自發(fā)釋放和總釋放的對照。呈遞肽的細(xì)胞可通過測試其誘導(dǎo)細(xì)胞應(yīng)答(例如，激活T細(xì)胞)的能力或通過測量CTL對細(xì)胞的裂解來檢測或定量，所述CTL對所述細(xì)胞具有特異性。待檢測和/或定量的所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的存在，和/或與參照水平相比(例如，與未患腫瘤疾病的患者相比)所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量的增加，可指示在所述患者中存在腫瘤疾病或具有發(fā)生腫瘤疾病的風(fēng)險(即，發(fā)生腫瘤疾病的可能性)。在一個實施方案中，待檢測和/或定量的所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的存在，和/或與參照水平相比(例如，與未患腫瘤疾病的患者相比)待檢測和/或定量的所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量的增加，可指示在所述患者中存在轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌或者具有發(fā)生上述癌的風(fēng)險。在一個實施方案中，所述生物樣品來自組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。通過本發(fā)明的方法指示患者中存在腫瘤疾病或具有其風(fēng)險可表明在所述組織或器官中存在所述腫瘤疾病，或者所述組織或器官具有發(fā)生所述腫瘤疾病的風(fēng)險。在一個實施方案中，所述生物樣品來自組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸，并且所述組織或器官已被診斷為受到腫瘤疾病的影響(例如，通過視覺檢查或培養(yǎng)測試所述組織或器官的細(xì)胞來實現(xiàn))。在這一實施方案中，待檢測和/或定量的所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的存在，和/或與參照水平相比(例如，與未患腫瘤疾病的患者相比)所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量的增加，可指示所述腫瘤疾病是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌。通過本發(fā)明的方法指示患者中存在轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌或具有其風(fēng)險，也可表明所述患者中存在結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)和胃癌或具有其風(fēng)險。本發(fā)明的用于診斷、檢測或監(jiān)測腫瘤疾病的所述方法還包括這樣的一些實施方案，其中可通過檢測或測定所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量，對腫瘤疾病的轉(zhuǎn)移行為進(jìn)行評價和/或預(yù)測，其中，優(yōu)選地，所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的存在，和/或與參照水平相比(例如，與未患腫瘤疾病或無所述疾病轉(zhuǎn)移的患者相比)所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量增加，可表明腫瘤疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移或有發(fā)生腫瘤疾病轉(zhuǎn)移的風(fēng)險。在一個實施方案中，所述腫瘤樣品來自組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。在一個實施方案中，所述腫瘤疾病存在于所述組織或器官中。根據(jù)本發(fā)明的監(jiān)測方法優(yōu)選地包括在第一時間點、在第一樣品中和在第二時間點、在另一樣品中檢測和/或定量一個或多個上述參數(shù)，其中可通過比較這兩個樣品來確定腫瘤疾病的消退、發(fā)展、進(jìn)程和/或發(fā)病。與較早前從患者中獲取的生物樣品相比，生物樣品中所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量的降低，可表明所述患者中腫瘤疾病(例如轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌)的消退、積極的進(jìn)展(例如，成功的治療)或發(fā)病風(fēng)險降低。在一個實施方案中，所述生物樣品來自組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。在一個實施方案中，所述腫瘤疾病存在于所述組織或器官中。與較早前從患者中獲取的生物樣品相比，生物樣品中所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞和/或所述細(xì)胞的量的增加，可表明所述患者中腫瘤疾病(例如轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌)的進(jìn)展、不樂觀的進(jìn)展(例如，失敗的治療)、復(fù)發(fā)或發(fā)生轉(zhuǎn)移、發(fā)病或有發(fā)病風(fēng)險。在一個實施方案中，所述腫瘤樣品來自組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。在一個實施方案中，所述腫瘤疾病存在于所述組織或器官中。在一個特別的方面中，本發(fā)明涉及檢測腫瘤疾病(即，確定腫瘤疾病的位置或部位，例如特定的組織或器官)的方法。在一個實施方案中，所述方法包括向患者施用與根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原結(jié)合并與檢測標(biāo)記物偶聯(lián)的抗體。所述抗體可為單克隆抗體。在另一些實施方案中，所述抗體為嵌合的、人的或人源化的抗體、抗體片段或合成抗體。所述患者中組織或器官被標(biāo)記可表明在所述組織或器官中腫瘤疾病(例如，轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌)的存在或風(fēng)險。在一個實施方案中，所述組織或器官是這樣的組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸。在一個實施方案中，所述組織或器官是這樣的組織或器官，其中當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸，并且所述組織或器官已被診斷為受腫瘤疾病的影響(例如通過視覺檢查或培養(yǎng)測試所述組織或器官的細(xì)胞來實現(xiàn))。在這一實施方案中，所述組織或器官的標(biāo)記可表明所述腫瘤疾病是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌。通過本發(fā)明的方法指示組織或器官中存在轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)或轉(zhuǎn)移性胃癌或具有其風(fēng)險，也可表明所述患者中存在結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)和胃癌或具有其風(fēng)險。優(yōu)選地，在本發(fā)明用于診斷、檢測或監(jiān)測腫瘤疾病的方法中的腫瘤疾病是除結(jié)腸組織或胃組織以外的組織的腫瘤疾病。優(yōu)選地，所述組織是小腸、腦、乳房、肝、肺、胰腺、腎、前列腺、脾、淋巴結(jié)、子宮內(nèi)膜、食管、胎盤、卵巢、睪丸、子宮、皮膚、胸腺、膀胱、肌肉和子宮頸的組織。在另一方面，所述腫瘤疾病選自轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌和轉(zhuǎn)移性胃癌。使用本發(fā)明方法得出的上述腫瘤疾病和/或轉(zhuǎn)移性腫瘤疾病和/或腫瘤疾病復(fù)發(fā)的陽性診斷可指示腫瘤疾病和/或轉(zhuǎn)移性腫瘤疾病和/或腫瘤疾病復(fù)發(fā)適于接受本文所述的治療方法。已在患有上皮來源之癌的患者的外周血中觀察到了超低濃度的循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC，circulatingtumorcell)。已顯示，這些細(xì)胞的數(shù)目與取樣時患有進(jìn)行性疾病的轉(zhuǎn)移性癌患者人群的預(yù)后相關(guān)。一些報道揭示了循環(huán)腫瘤細(xì)胞在受結(jié)腸癌影響的患者中的預(yù)后作用。因此，測量循環(huán)腫瘤細(xì)胞的儀器可以是有價值的診斷工具。通過提供上皮細(xì)胞特異性標(biāo)記物(即，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸或腫瘤抗原)，本發(fā)明滿足了該需求。該內(nèi)皮細(xì)胞特異性標(biāo)記物可用于檢測患者中循環(huán)腫瘤細(xì)胞的方法中。所述方法可指示轉(zhuǎn)移性癌或早期癌的存在。在所述方法的一方面中，在樣本中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞表明哺乳動物對象中癌復(fù)發(fā)的可能性。在所述方法的另一方面中，樣本中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞表明在哺乳動物對象中癌的減退狀態(tài)。因此，本發(fā)明涉及檢測患者中循環(huán)腫瘤細(xì)胞的方法，所述方法包括在從所述患者分離的含有或懷疑含有散布的或循環(huán)的腫瘤細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性腫瘤細(xì)胞的生物樣品中檢測和/或定量(i)包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸的核酸序列的核酸；編碼包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列的肽的核酸，和/或(ii)包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽。優(yōu)選地，所述患者是患有、懷疑患有或患上腫瘤疾病或者具有患腫瘤疾病可能性的患者。因此，在本發(fā)明用于檢測循環(huán)腫瘤細(xì)胞的方法中，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原或從其衍生的腫瘤抗原肽被用作靶分子，用于鑒定特征在于存在所述靶分子的細(xì)胞。這些細(xì)胞可能代表循環(huán)的腫瘤細(xì)胞。在一個實施方案中，在細(xì)胞(優(yōu)選腫瘤細(xì)胞)中原位檢測或定量所述核酸或所述肽。在一個實施方案中，在細(xì)胞表面上原位檢測或定量所述肽，所述肽摻入質(zhì)膜中或者在與I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)形成的復(fù)合物中。本文描述了用于實現(xiàn)所述檢測和/或定量所述靶分子的手段，所述手段對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是顯見的。含有或懷疑含有散布的或循環(huán)的腫瘤細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性腫瘤細(xì)胞的生物樣品包括例如血液、血清、骨髓、痰、支氣管吸出物和/或支氣管灌洗液。在本方法的一方面中，在所述生物樣品中存在根據(jù)(i)的所述核酸和/或根據(jù)(ii)的所述肽，或者與參照水平相比所述生物樣品中所述核酸和/或所述肽的量增加，表明在所述患者中存在循環(huán)的腫瘤細(xì)胞。在本方法的一方面中，在樣品中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明患者中存在腫瘤疾病(尤其是轉(zhuǎn)移性腫瘤疾病)或具有其風(fēng)險。在另一方面，在樣品中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明患者中存在早期腫瘤疾病或具有其風(fēng)險。在另一方面，所述患者中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明存在下述腫瘤疾病或具有其風(fēng)險，所述腫瘤疾病選自結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)、胃癌、轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)和轉(zhuǎn)移性胃癌。在一些具體的實施方案中，本發(fā)明的方法使得評價和/或預(yù)測已施用或待施用之癌癥治療是否成功成為可能。在本方法的一方面中，在樣品中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明在患者中存在腫瘤轉(zhuǎn)移或腫瘤復(fù)發(fā)或具有其風(fēng)險。在本方法的另一方面中，樣品中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明患者中腫瘤的減退狀態(tài)。使用本發(fā)明用于檢測循環(huán)腫瘤細(xì)胞的方法檢測循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明腫瘤疾病和/或腫瘤疾病的轉(zhuǎn)移和/或腫瘤疾病的再度惡化適于接受本文所述的治療方法。在一個詳細(xì)的方面，樣品中存在循環(huán)腫瘤細(xì)胞可表明癌的存在或風(fēng)險，所述癌包括但不限于淋巴瘤、骨髓瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、小細(xì)胞肺腫瘤、原發(fā)性腦腫瘤、胃癌、結(jié)腸癌、胰腺癌、膀胱癌、睪丸癌、甲狀腺癌、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、食管癌、泌尿生殖道癌、子宮頸癌、子宮內(nèi)膜癌、腎上腺皮質(zhì)癌或前列腺癌。優(yōu)選地，使用針對靶肽的抗體進(jìn)行針對循環(huán)腫瘤細(xì)胞的所述測定，其中對所述抗體進(jìn)行可檢測地標(biāo)記。在一個具體的實施方案中，使用免疫熒光測定、利用針對靶肽的單克隆抗體來進(jìn)行循環(huán)腫瘤細(xì)胞的所述測定，并優(yōu)選利用患者的外周血進(jìn)行。血液中循環(huán)腫瘤細(xì)胞的存在可與轉(zhuǎn)移性腫瘤疾病或轉(zhuǎn)移性腫瘤疾病的風(fēng)險相關(guān)聯(lián)，并可與差的預(yù)后和較低的存活率相關(guān)聯(lián)。當(dāng)前可用的最可靠的CTC檢測法是使用影像分析來識別經(jīng)免疫細(xì)胞化學(xué)標(biāo)記的腫瘤細(xì)胞的自動數(shù)碼顯微鏡檢測法(ADM，automateddigitalmicroscopy)。然而，ADM的劣勢是其掃描速度非常慢(800個細(xì)胞/秒)。Kraeft等，ClinCancerRes10:3020-8，2004。所述ADM掃描速度受限于由于視野有限所致的多次分步檢測樣品相關(guān)的時間延遲。為克服該速度限制，已開發(fā)了幾種CTC富集技術(shù)，以減少需要掃描的細(xì)胞總數(shù)。這些富集方法中迄今最成功的是免疫磁性富集法(IME，immunomagneticenrichment)0Smirnov等，CancerRes65:4993_7，2005;Allard等，ClinCancerRes10:6897-904，2004;Cristofanilli等，NEnglJMed351:781-91,2004在大多數(shù)IME的應(yīng)用中，與小磁珠綴合的單克隆抗體靶向內(nèi)皮細(xì)胞粘附分子——EpCAM(epithelialcelladhesionmolecule)0隨后，在磁場中富集所述磁珠。本發(fā)明的另一方面涉及檢測患者中轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞的方法，所述方法包括在從所述患有腫瘤之患者的組織或器官分離的生物樣品中檢測和/或定量(i)包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤核酸的核酸序列的核酸；編碼包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列的肽的核酸，和/或(ii)包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，其中當(dāng)組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)所述核酸或肽。因此，在檢測轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞的方法中，根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸和/或根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原或從其衍生的腫瘤抗原肽被用作靶分子，用來鑒定特征在于存在所述靶分子的腫瘤細(xì)胞。這些細(xì)胞很可能代表轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞。在一個實施方案中，在細(xì)胞(優(yōu)選腫瘤細(xì)胞)中原位檢測或定量所述核酸或所述肽。在一個實施方案中，在細(xì)胞表面上原位檢測或定量所述肽，所述肽摻入質(zhì)膜中或者在與I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)形成的復(fù)合物中。本文描述了用于實現(xiàn)所述檢測和/或定量所述靶分子的方法，所述方法對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是顯見的。根據(jù)本發(fā)明，如果與在結(jié)腸細(xì)胞和/或胃細(xì)胞或結(jié)腸組織和/或胃組織中的表達(dá)相比表達(dá)水平較低，則核酸和/或肽基本上不表達(dá)。優(yōu)選地，與結(jié)腸細(xì)胞和/或胃細(xì)胞或結(jié)腸組織和/或胃組織相比，所述表達(dá)水平低于10%，優(yōu)選地低于5%、3(%、2(%、1(%、0.5(%、0.或0.05%，或更低。優(yōu)選地，如果表達(dá)水平低于檢出限，則核酸和/或肽基本上不表達(dá)。優(yōu)選地，所述組織是除結(jié)腸組織或胃組織以外的組織。優(yōu)選地，所述組織是小腸、腦、乳房、肝、肺、胰腺、腎、前列腺、脾、淋巴結(jié)、子宮內(nèi)膜、食管、胎盤、卵巢、睪丸、子宮、皮膚、胸腺、膀胱、肌肉和子宮頸的組織。優(yōu)選地，所述組織或器官已通過視覺檢查或培養(yǎng)測試所述組織器官的細(xì)胞而被診斷為受腫瘤疾病的影響。在本方法的一方面中，在所述生物樣品中存在根據(jù)(i)的所述核酸和/或根據(jù)(ii)的所述肽，或者與參照水平相比所述生物樣品中所述核酸和/或所述肽的量增加，表明所述組織或器官中存在轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞或具有其風(fēng)險。所述組織或器官中存在轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞在也可表明所述患者中存在結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)和胃癌或具有其風(fēng)險。轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞的陽性診斷可表明，從中分離出所述生物樣品的組織或器官的腫瘤適于接受本文所述的治療方法。本發(fā)明的另一目的涉及診斷測試試劑盒，其可用于診斷、檢測或監(jiān)測方法，并且可用于檢測循環(huán)腫瘤細(xì)胞的方法，和/或可用于本發(fā)明的檢測轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞的方法。在一個實施方案中，這些試劑盒包含如上定義的特異性結(jié)合靶分子的配體以及任選地可檢測標(biāo)記物(例如指示酶、放射性標(biāo)記、熒光團(tuán)或順磁顆粒)。在一個具體的實施方案中，所述配體包含特異性針對上述靶核酸的核酸引物或探針，或特異性針對上述靶肽的抗體或其衍生物。試劑盒可包含說明性的小手冊，例如告知如何使用試劑來實施本文公開之方法的小手冊。在另一方面，本發(fā)明涉及重組核酸分子(尤其是DNA或RNA分子)，其包含編碼如下肽的核酸，所述肽含有腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列。本發(fā)明還涉及包含本發(fā)明重組核酸分子的宿主細(xì)胞。優(yōu)選地，所述宿主細(xì)胞表達(dá)所述編碼肽。宿主細(xì)胞可為重組細(xì)胞，并可分泌所述編碼肽，可將其表達(dá)在表面上，并優(yōu)選地可額外表達(dá)結(jié)合所述肽或其加工產(chǎn)物的MHC分子。在一個實施方案中，所述宿主細(xì)胞內(nèi)源性地表達(dá)MHC分子。在另一實施方案中，所述宿主細(xì)胞以重組的方式表達(dá)所述MHC分子和/或所述肽或其加工產(chǎn)物。所述宿主細(xì)胞優(yōu)選是非增殖性的。在一個優(yōu)選的實施方案中，所述宿主細(xì)胞是抗原呈遞細(xì)胞，尤其是樹突狀細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞。在另一方面，本發(fā)明涉及包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，或所述肽的衍生物。在另一方面，本發(fā)明涉及與如下肽結(jié)合的藥劑，所述肽包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，或所述肽的衍生物。在一個優(yōu)選的實施方案中，所述藥劑是蛋白質(zhì)或肽，尤其是抗體、T細(xì)胞受體或MHC分子。在另一些實施方案中，所述抗體是單克隆的、嵌合的、人的或人源化的抗體、通過重組技術(shù)產(chǎn)生的抗體、抗體片段或合成抗體。本發(fā)明還涉及由本發(fā)明中結(jié)合肽或所述肽之衍生物的藥劑與治療效應(yīng)部分或檢測標(biāo)記物形成的綴合物，所述肽包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列。發(fā)明詳述本發(fā)明的一些方面通過主動或被動免疫治療方法、應(yīng)用根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸和腫瘤抗原涉及腫瘤疾病(尤其是癌疾病)的免疫治療，所述免疫治療方法總結(jié)如下免疫治療I.主動免疫治療(“癌疫苗”)用如下各項來免疫i)抗原或肽(天然的或修飾的)ii)編碼所述抗原或肽的核酸iii)編碼所述抗原或肽的重組細(xì)胞iv)編碼所述抗原或肽的重組病毒ν)用抗原或肽(天然的或修飾的)進(jìn)行脈沖處理的抗原呈遞細(xì)胞或用編碼所述抗原或肽的核酸轉(zhuǎn)染的抗原呈遞細(xì)胞II.被動免疫治療(“獲得性免疫治療”)vi)轉(zhuǎn)移識別抗原的抗體或T細(xì)胞受體vii)轉(zhuǎn)移在體外用抗原致敏的細(xì)胞(大量或克隆的群體)viii)轉(zhuǎn)移用編碼T細(xì)胞受體的核酸轉(zhuǎn)導(dǎo)的效應(yīng)細(xì)胞(或干細(xì)胞)，所述T細(xì)胞受體識別抗原并優(yōu)選地對腫瘤特異性的、I類MHC呈遞的肽有響應(yīng)。在過去的幾年中，非常關(guān)注CD8+T細(xì)胞在腫瘤免疫中的作用。腫瘤特異性CD8+CTL已表明能夠直接裂解腫瘤細(xì)胞并在動物模型體內(nèi)根除瘤塊。然而，CD4+T細(xì)胞也被認(rèn)為發(fā)揮關(guān)鍵作用，而最佳的癌疫苗也許需要CD4+和CD8+T細(xì)胞共同參與。用完整的或基本完整的腫瘤抗原進(jìn)行免疫具有同時針對I類和II類表位進(jìn)行免疫的潛在優(yōu)勢，但需要大量和耗時的努力來純化大量腫瘤抗原。在腫瘤抗原中鑒定I類和II類MHC肽使得用高水平的純的合成肽進(jìn)行免疫成為可能。該肽法還具有這樣的優(yōu)勢人們可以通過選用表位而在I類和II類MHC型應(yīng)答之間(或混合)進(jìn)行選擇。用肽免疫還意味著可以選擇次優(yōu)勢和/或隱蔽表位(因為抗原加工的需要可被繞過或降至“修剪(trimming)，，作用)，以激活不同的T細(xì)胞亞群。另外，可修飾所述肽(例如，在其I或II類HLA錨定位點)以提高其免疫原性。本發(fā)明涉及腫瘤特異性的、I類MHC呈遞的肽和使用所述肽的方法，以及對腫瘤特異性的、I類MHC呈遞的肽有響應(yīng)的細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞(CTL)和使用該細(xì)胞的方法。在一個方面，本發(fā)明提供能夠激活針對腫瘤之細(xì)胞應(yīng)答的抗腫瘤疫苗，所述腫瘤的特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原。本發(fā)明的抗腫瘤疫苗優(yōu)選包含腫瘤抗原肽或腫瘤抗原肽核酸。本發(fā)明還涉及編碼一種或多種根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原或者一種或多種從其衍生的腫瘤抗原肽的核酸的用途。據(jù)預(yù)測，如此編碼的抗原或肽有效地用作治療性或預(yù)防性的抗腫瘤疫苗。例如，這些核酸的一個具體涉及的應(yīng)用涉及誘導(dǎo)針對所述抗原的細(xì)胞應(yīng)答(例如CTL應(yīng)答)和/或體液免疫應(yīng)答。用質(zhì)粒DNA免疫可誘導(dǎo)出抗原特異性的由⑶8+T細(xì)胞、⑶4+T細(xì)胞和抗體構(gòu)成的免疫應(yīng)答。可通過免疫基因槍法施用DNA。在基因槍免疫中，可將質(zhì)粒DNA包被到金顆粒上，然后通過高壓、氦驅(qū)動基因槍將所述經(jīng)DNA包被的顆粒遞送進(jìn)皮膚中。分子生物學(xué)的進(jìn)步已使得構(gòu)建本文所述的編碼腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的重組病毒成為可能。迄今，已使用幾種重組病毒疫苗。在改善惡性疾病之免疫治療的潛力方面，幾種病毒載體已顯示出樂觀的前景?？墒褂糜袕?fù)制能力和無復(fù)制能力的病毒(優(yōu)選后一組)。根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選使用的病毒的實例有皰疹病毒、腺病毒、牛痘、呼腸孤病毒和新城疫病毒?？乖蔬f細(xì)胞(APC)(例如，樹突狀細(xì)胞(DC))可用I類MHC呈遞的肽或腫瘤裂解物加載，或用核酸轉(zhuǎn)導(dǎo)(例如用編碼腫瘤抗原的腺病毒來轉(zhuǎn)導(dǎo))。在一個優(yōu)選的實施方案中，本發(fā)明的抗腫瘤疫苗包含載有腫瘤抗原肽的APC。在這一方面，實驗方案可依賴于DC的體外培養(yǎng)/分化，以使其人工地呈遞腫瘤抗原肽的方式操作。產(chǎn)生遺傳改造的DC可包括將編碼腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的核酸引入DC。用mRNA轉(zhuǎn)染DC是激活強(qiáng)抗腫瘤免疫的有前景的抗原加載技術(shù)。樹突狀細(xì)胞(DC)是通過II和I類MHC抗原呈遞途徑將外周組織中捕獲的抗原呈遞給T細(xì)胞的白細(xì)胞群。眾所周知，DC是免疫應(yīng)答的強(qiáng)誘導(dǎo)劑，而這些細(xì)胞的活化是誘導(dǎo)抗腫瘤免疫的關(guān)鍵步驟。DC的成熟是指DC活化的狀態(tài)，在該狀態(tài)下，所述抗原呈遞DC導(dǎo)致T細(xì)胞的活化，而其通過未成熟DC的呈遞則導(dǎo)致耐受。DC成熟主要由通過固有受體檢測到的具有微生物特征的生物分子(細(xì)菌DNA、病毒RNA、內(nèi)毒素等)、促炎細(xì)胞因子(TNF、IL-I、IFN)、⑶40L與DC表面上⑶40的連接以及從發(fā)生應(yīng)激性細(xì)胞死亡的細(xì)胞中釋放的物質(zhì)所引起。可通過用細(xì)胞因子(例如粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF)和腫瘤壞死因子α)體外培養(yǎng)骨髓細(xì)胞來獲得DC。本發(fā)明的另一實施方案包括抗體的制備，所述抗體優(yōu)選為針對上述靶抗原的單克隆抗體。所述單克隆抗體可通過常規(guī)方法生產(chǎn)，且包括其片段或衍生物，包括但不限于人單克隆抗體、人源化單克隆抗體、嵌合單克隆抗體、單鏈抗體(例如，scFv)和結(jié)合抗原的抗體片段(例如Fab和Fab’片段)。制備單克隆抗體的方法在本領(lǐng)域中是已知的。一般來說，單克隆抗體的制備包括用目的抗原免疫合適的宿主，從中分離免疫細(xì)胞，使用這樣的免疫細(xì)胞來分離單克隆抗體，并篩選特異性結(jié)合任一所述抗原的單克隆抗體?？捎靡阎姆椒ㄖ苽淇贵w片段，例如單克隆抗體的酶裂解法。這些單克隆抗體和片段可用于被動抗腫瘤免疫治療，或者可與治療效應(yīng)部分(放射性標(biāo)記、細(xì)胞毒素、治療性酶、誘導(dǎo)凋亡的制劑等)連接，從而提供靶向的細(xì)胞毒性(即殺死腫瘤細(xì)胞)。在本發(fā)明的一個實施方案中，采用標(biāo)記的或未標(biāo)記的形式、單獨地或與其它療法(例如適于治療癌的化學(xué)治療(例如，順鉬、甲氨蝶呤、阿霉素等))一起施用所述抗體或片段。如果用于被動抗腫瘤免疫治療，則抗體可以與或不與治療效應(yīng)部分連接。優(yōu)選地，本文所述的抗體通過誘導(dǎo)補(bǔ)體依賴性細(xì)胞毒作用(CDC，complementdependentcytotoxicity)介導(dǎo)的裂解、抗體依賴的細(xì)胞毒作用(ADCC，antibodydependentcellularcytotoxicity)介導(dǎo)的裂解、凋亡、同質(zhì)性粘附和/或噬菌作用(優(yōu)選地通過誘導(dǎo)⑶C介導(dǎo)的裂解和/或ADCC介導(dǎo)的裂解)來介導(dǎo)殺死細(xì)胞。本文所述的抗體優(yōu)選地與免疫系統(tǒng)的組分相互作用(優(yōu)選地通過ADCC或CDC來實現(xiàn))。然而，本發(fā)明的抗體還可以簡單地通過與細(xì)胞表面上的腫瘤抗原結(jié)合而發(fā)揮作用，從而例如阻斷所述細(xì)胞的增殖。ADCC描述了本文所述效應(yīng)細(xì)胞(尤其是淋巴細(xì)胞)的細(xì)胞殺死能力，其優(yōu)選地需要用抗體標(biāo)記靶細(xì)胞。當(dāng)抗體與腫瘤細(xì)胞上的抗原結(jié)合并且抗體Fc結(jié)構(gòu)域與免疫效應(yīng)細(xì)胞表面上的Fc受體(FcR)連結(jié)時，ADCC優(yōu)選地發(fā)生。已鑒定出幾個Fc受體家族，特定細(xì)胞群特征性地表達(dá)所定義的Fc受體?？蓪DCC看作是直接誘導(dǎo)不同程度的立即腫瘤破壞的機(jī)制，其也導(dǎo)致抗原呈遞和誘導(dǎo)針對腫瘤的T細(xì)胞應(yīng)答。優(yōu)選地，ADCC的體內(nèi)誘導(dǎo)會導(dǎo)致針對腫瘤的T細(xì)胞應(yīng)答和源自宿主的抗體應(yīng)答。CDC是另一種殺死細(xì)胞的方法，其可由抗體指導(dǎo)。IgM是最有效地激活補(bǔ)體的同種型。IgGl和IgG3對于通過經(jīng)典的補(bǔ)體激活途徑指導(dǎo)⑶C也都很有效。優(yōu)選地，在該級聯(lián)中，抗原-抗體復(fù)合物的形成導(dǎo)致參與抗體分子(例如IgG分子)的(^2結(jié)構(gòu)域上緊鄰的多個Clq結(jié)合位點暴露(Clq是補(bǔ)體Cl的三個亞組分之一)。優(yōu)選地，這些暴露的Clq結(jié)合位點將先前低親和力的Clq-IgG相互作用轉(zhuǎn)化為高親和力的相互作用，這觸發(fā)了涉及其它補(bǔ)體蛋白復(fù)合物的級聯(lián)事件，并導(dǎo)致效應(yīng)細(xì)胞趨化/激活物質(zhì)C3a和Cfe的蛋白水解釋放。優(yōu)選地，在形成膜攻擊復(fù)合物之后，補(bǔ)體級聯(lián)終止，所述膜攻擊復(fù)合物在細(xì)胞膜中形成孔道從而促進(jìn)水和溶質(zhì)自由進(jìn)出細(xì)胞，并可導(dǎo)致凋亡。用能夠識別腫瘤抗原的免疫細(xì)胞(任選地，經(jīng)遺傳修飾的免疫細(xì)胞)進(jìn)行被動免疫治療有效地介導(dǎo)選定患者中癌的消退。這些技術(shù)可基于腫瘤反應(yīng)性T細(xì)胞的克隆或多克隆培養(yǎng)物的離體再活化和擴(kuò)增。培養(yǎng)之后，可將τ細(xì)胞與IL-2再次輸注進(jìn)患者中。已開發(fā)了體外技術(shù)，其中在體外用抗原呈遞細(xì)胞上呈遞的腫瘤抗原肽使入淋巴細(xì)胞致敏。通過反復(fù)的體外刺激，細(xì)胞可獲得強(qiáng)的識別人腫瘤抗原的能力。與常規(guī)培養(yǎng)的細(xì)胞相比，這些細(xì)胞的獲得性轉(zhuǎn)移可以更有效地介導(dǎo)體內(nèi)腫瘤的消退。在一個實施方案中，可從癌癥患者中獲得自體細(xì)胞毒淋巴細(xì)胞或腫瘤浸潤性淋巴細(xì)胞。所述淋巴細(xì)胞可在培養(yǎng)物中培養(yǎng)，且腫瘤抗原應(yīng)答性CTL在I類MHC呈遞的腫瘤抗原肽存在下、單獨地或與至少一種免疫調(diào)節(jié)劑(優(yōu)選額外地與細(xì)胞因子)聯(lián)合培養(yǎng)而進(jìn)行擴(kuò)增。隨后，將所述腫瘤抗原應(yīng)答性CTL以有效降低或清除所述患者中腫瘤的量輸注回患者中。如果已有的應(yīng)答不夠，則可在收獲淋巴細(xì)胞之前用抗腫瘤肽疫苗預(yù)刺激患者。預(yù)計利用低至中等劑量的IL-2輸注可使獲得性轉(zhuǎn)移的CTL存活得最好?！澳[瘤抗原應(yīng)答性CTL”意為對衍生自所述腫瘤抗原的腫瘤抗原肽有響應(yīng)的CD8+T細(xì)胞，所述腫瘤抗原肽由I類MHC呈遞于例如腫瘤細(xì)胞表面上。根據(jù)本發(fā)明，CTL的應(yīng)答性可包括持續(xù)的鈣流、細(xì)胞分裂、產(chǎn)生細(xì)胞因子(例如，IFN-γ和TNF-α)、上調(diào)活化標(biāo)志物(例如，⑶44和⑶69)以及特異性地細(xì)胞裂解性殺死表達(dá)腫瘤抗原的靶細(xì)胞。還可使用精確指示CTL應(yīng)答性的人工報告子來測定CTL的應(yīng)答性?！澳[瘤抗原肽”或“衍生自腫瘤抗原的腫瘤抗原肽”意為包含基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段或肽的氨基酸序列的氨基酸序列的寡肽或多肽。優(yōu)選地，腫瘤抗原肽當(dāng)使用其本身或與免疫原性載體連接時能夠激活針對特征在于以I類MHC呈遞本文所鑒定腫瘤抗原的腫瘤的細(xì)胞應(yīng)答，優(yōu)選地能夠激活腫瘤抗原應(yīng)答性CTL和/或能夠誘導(dǎo)特異性結(jié)合根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的抗體。根據(jù)本發(fā)明的腫瘤抗原肽優(yōu)選為包含基本上對應(yīng)于序列表中SEQIDNO:2之氨基酸序列的片段的序列，或是所述肽的衍生物。腫瘤抗原肽可為任意長度。如果要直接呈遞腫瘤抗原肽(即不經(jīng)加工，尤其是不經(jīng)切割)，則其具有適于結(jié)合MHC分子(尤其是I類MHC分子)的長度，優(yōu)選長度為720個氨基酸，更優(yōu)選長度為712個氨基酸，更優(yōu)選長度為811個氨基酸，尤其是長度為9或10個氨基酸。優(yōu)選地，要直接呈遞的腫瘤抗原肽的序列衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列，即其序列基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段，并優(yōu)選與其完全相同。如果腫瘤抗原肽在加工之后(尤其是切割之后)被呈遞，則經(jīng)加工產(chǎn)生的肽具有適于結(jié)合MHC分子(尤其是I類MHC分子)的長度，優(yōu)選長度為720個氨基酸，更優(yōu)選長度為712個氨基酸，更優(yōu)選長度為811個氨基酸，尤其是長度為9或10個氨基酸。優(yōu)選地，要在加工之后呈遞的肽的序列衍生自根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的氨基酸序列，即其序列基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段，并優(yōu)選與其完全相同。因此，在一個實施方案中，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤抗原肽包含長度為720個氨基酸(更優(yōu)選長度為712個氨基酸，更優(yōu)選長度為811個氨基酸，尤其是長度為9或10個氨基酸)的序列，所述序列基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段，并優(yōu)選與其完全相同，并且在腫瘤抗原肽加工之后形成了所呈遞的肽。然而，所述腫瘤抗原肽還可包含這樣的序列，所述序列基本上對應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段，并優(yōu)選與其完全相同，所述序列比上面提及的序列更長。在一個實施方案中，腫瘤抗原肽可包含根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的整個序列。優(yōu)選地，腫瘤抗原肽可以直接地或在加工之后以I類MHC分子進(jìn)行呈遞，當(dāng)如此呈遞時能夠激活腫瘤抗原應(yīng)答性CTL。具有與I類MHC所呈遞肽基本上對應(yīng)于之序列的氨基酸序列的肽可在一個或多個殘基處有差異，所述殘基對于TCR識別所述I類MHC所呈遞之肽或?qū)τ陔暮蚆HC的結(jié)合不是必需的。所述基本上對應(yīng)的肽也能夠激活腫瘤抗原應(yīng)答性CTL。具有如下氨基酸序列的肽可改善腫瘤抗原肽的免疫原性并在本文中可稱為“優(yōu)化肽”，所述氨基酸序列與所呈遞的肽在不影響TCR識別而是提高M(jìn)HC結(jié)合穩(wěn)定性的殘基處有差異。使用關(guān)于哪些殘基更可能影響與MHC或TCR結(jié)合的已有知識，可采用理性方法來設(shè)計基本上對應(yīng)的肽。所得到的有功能的肽均歸為“腫瘤抗原肽”。“免疫反應(yīng)性細(xì)胞”意指在適當(dāng)刺激后可成熟為免疫細(xì)胞(例如，B細(xì)胞、輔助T細(xì)胞或CTL)的細(xì)胞。因此，免疫反應(yīng)性細(xì)胞包括CD34+造血干細(xì)胞、未成熟T細(xì)胞和未成熟B細(xì)胞。當(dāng)期望產(chǎn)生識別腫瘤抗原的CTL時，在利于CTL產(chǎn)生、分化和/或選擇的條件下使免疫反應(yīng)性細(xì)胞與呈遞腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的細(xì)胞相接觸?！疤卣髟谟谝訧類MHC呈遞腫瘤抗原的細(xì)胞”或“以I類MHC呈遞腫瘤抗原的細(xì)胞”或類似的表述意指在I類MHC分子存在下，呈遞其表達(dá)之腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之片段(例如，通過加工所述腫瘤抗原來實現(xiàn))的細(xì)胞(例如，腫瘤細(xì)胞或抗原呈遞細(xì)胞)。類似地，術(shù)語“特征在于以I類MHC呈遞腫瘤抗原的腫瘤”表示這樣的腫瘤，其包含特征在于以I類MHC呈遞腫瘤抗原的細(xì)胞?！八蔬f的根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的片段”或類似表述意指，當(dāng)直接加至抗原呈遞細(xì)胞時，所述片段可被I類或II類MHC(優(yōu)選I類MHC)呈遞。在一個實施方案中，所述片段是由表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的細(xì)胞(例如，腫瘤細(xì)胞)天然呈遞的片段?！白R別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的細(xì)胞”或“識別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的免疫反應(yīng)性細(xì)胞”或類似表述意指能夠以一定程度的特異性識別所述腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的細(xì)胞，尤其是在MHC分子存在下呈遞到例如抗原呈遞細(xì)胞或腫瘤細(xì)胞的表面上。優(yōu)選地，所述識別使得識別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的細(xì)胞有響應(yīng)。如果所述細(xì)胞是具有在II類MHC分子存在下識別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的受體的輔助T細(xì)胞(CD4+T細(xì)胞)，則所述應(yīng)答性可涉及釋放細(xì)胞因子和/或激活CD8+淋巴細(xì)胞(CTL)和/或B細(xì)胞。如果所述細(xì)胞是CTL，則所述應(yīng)答性可涉及清除I類MHC分子存在下呈遞的細(xì)胞，即以I類MHC呈遞腫瘤抗原為特征的細(xì)胞，例如通過凋亡或穿孔素介導(dǎo)的細(xì)胞裂解來實現(xiàn)。識別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽并且有應(yīng)答性的所述CTL在本文中也稱為“腫瘤抗原應(yīng)答性CTL”。如果所述細(xì)胞是B細(xì)胞，則所述免疫應(yīng)答性可涉及免疫球蛋白的釋放?！白R別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的T細(xì)胞受體”意指能夠以一定程度的特異性識別所述腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的T細(xì)胞受體，尤其是在MHC分子存在下呈遞時。優(yōu)選地，所述識別使得攜帶識別腫瘤抗原或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的T細(xì)胞受體的細(xì)胞具有上述應(yīng)答性?！搬槍δ[瘤抗原的細(xì)胞應(yīng)答”意在包括針對特征在于以I類或II類MHC呈遞腫瘤抗原之細(xì)胞的細(xì)胞應(yīng)答。所述細(xì)胞應(yīng)答涉及稱為T細(xì)胞或T淋巴細(xì)胞的細(xì)胞，其作為“輔助者”或“殺傷者”發(fā)揮作用。所述輔助τ細(xì)胞(也稱為CD4+T細(xì)胞)通過調(diào)節(jié)免疫應(yīng)答而發(fā)揮重要作用，所述殺傷細(xì)胞(也稱為細(xì)胞毒T細(xì)胞、細(xì)胞裂解T細(xì)胞、CDS+T細(xì)胞或CTL)殺死腫瘤細(xì)胞，防止更多腫瘤細(xì)胞的產(chǎn)生。盡管免疫應(yīng)答的這兩個分支都被認(rèn)為是必要的，但所述CTL應(yīng)答對于控制腫瘤來說可能更為重要。根據(jù)本發(fā)明，“參照”(例如參照樣品或參照生物體)可用于與通過本發(fā)明方法獲得的來自測試樣品或測試生物體(即，患者)的結(jié)果進(jìn)行關(guān)聯(lián)和比較。所述參照生物體一般是健康生物體，尤其是未患有腫瘤疾病的生物體。“參照值”或“參照水平”可通過測量足夠大數(shù)目的參照物而根據(jù)參照物來經(jīng)驗性地確定。優(yōu)選地，通過測量至少2個、優(yōu)選至少3個、優(yōu)選至少5個、優(yōu)選至少8個、優(yōu)選至少12個、優(yōu)選至少20個、優(yōu)選至少30個、優(yōu)選至少50個或優(yōu)選至少100個參照物來確定參照值。根據(jù)本發(fā)明，術(shù)語“結(jié)合”優(yōu)選地涉及特異性結(jié)合?！疤禺愋越Y(jié)合”意為藥劑(例如，抗體)較強(qiáng)地與靶標(biāo)(例如，表位)結(jié)合，與結(jié)合其它靶標(biāo)相比該結(jié)合是特異性的。如果結(jié)合第一靶標(biāo)的解離常數(shù)(Kd)低于結(jié)合第二靶標(biāo)的解離常數(shù)，則藥劑與所述第一靶標(biāo)的結(jié)合強(qiáng)于與所述第二靶標(biāo)的結(jié)合。優(yōu)選地，與不特異性結(jié)合藥劑的靶標(biāo)之解離常數(shù)(Kd)相比，特異性結(jié)合藥劑的靶標(biāo)之解離常數(shù)(Kd)低出超過IO2倍、IO3倍、IO4倍、IO5倍、IO6倍、IO7倍、IO8倍、IO9倍或101°倍。根據(jù)本發(fā)明，核酸優(yōu)選為脫氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。根據(jù)本發(fā)明的核酸包括基因組DNA、cDNA、mRNA、重組產(chǎn)生的和化學(xué)合成的分子。根據(jù)本發(fā)明，核酸可為單鏈或雙鏈、線性或共價環(huán)狀閉合的分子。術(shù)語“根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸”和“編碼根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的核酸”具有相似的含義。本文中使用的術(shù)語“RNA”意為包含至少一個核糖核苷酸殘基的分子?！昂颂呛塑账帷币鉃棣?D-核呋喃糖部分的2’位為羥基的核苷酸。該術(shù)語包括雙鏈RNA、單鏈RNA、分離的RNA(例如，部分純化的RNA)、基本上純的RNA、合成的RNA、重組產(chǎn)生的RNA以及通過添加、缺失、替換和/或改變一個或多個核苷酸而不同于天然RNA的經(jīng)改變RNA。所述改變可包括添加非核苷酸物質(zhì)，例如，添加到RNA的末端或內(nèi)部，例如，在RNA的一個或多個核苷酸處。RNA分子中的核苷酸也可包括非標(biāo)準(zhǔn)核苷酸，例如非天然核苷酸或化學(xué)合成的核苷酸或脫氧核苷酸。這些經(jīng)改變RNA可稱為類似物或天然RNA之類似物。當(dāng)本文中涉及對核酸的檢測或定量時，實際上待檢測或待定量的核酸優(yōu)選為mRNA。然而，應(yīng)當(dāng)理解，其也可包括這樣的一些實施方案，其中mRNA被間接地檢測或定量。例如，mRNA可被轉(zhuǎn)化成cDNA，繼而檢測或定量cDNA。本文中將mRNA視為cDNA的等同概念。本領(lǐng)域?qū)I(yè)人員會理解，所述cDNA序列等同于mRNA序列，并可用于本文中的相同目的，例如，生成與待檢測核酸雜交的探針。因此，當(dāng)本文中涉及序列表中所示序列時，其也包括所述序列的RNA等同物。根據(jù)本發(fā)明所述的核酸優(yōu)選地已被分離。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“分離的核酸”意為所述核酸是⑴體外擴(kuò)增的，例如通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來實現(xiàn)，(ii)通過克隆重組地產(chǎn)生的，(iii)純化的，例如通過切割和凝膠電泳分級分離來實現(xiàn)，或(iv)合成的，例如通過化學(xué)合成來實現(xiàn)。分離的核酸是可用于重組DNA技術(shù)操作的核酸。當(dāng)例如涉及核酸和氨基酸序列時，根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“變體”包括任何變體，尤其是突變體、剪接變體、構(gòu)象變體(conformation)、同工型、等位基因變體、種間變體(speciesvariant)和物種同源物，尤其是那些天然存在的變體。等位基因變體涉及基因正常序列中的改變，其意義常常是不清楚的。全基因測序常鑒定出給定基因中的多個等位基因變體。物種同源物是與給定核酸或氨基酸序列具有不同物種來源的核酸或氨基酸序列。對于核酸分子，術(shù)語“變體”包括簡并核酸序列，其中根據(jù)本發(fā)明的簡并核酸是由于遺傳密碼的簡并性在密碼子序列上不同于參照核酸的核酸。另外，根據(jù)本發(fā)明的特定核酸序列的“變體”包括這樣的核酸序列其包含一個或多個(例如至少2個、至少4個或至少6個，優(yōu)選多達(dá)3個、多達(dá)4個、多達(dá)5個、多達(dá)6個、多達(dá)10個、多達(dá)15個或多達(dá)20個)核苷酸替換、缺失和/或添加。優(yōu)選地，給定核酸序列與所述給定核酸序列之變體的核酸序列之間的同一性程度為至少70%，優(yōu)選至少75%，優(yōu)選至少80%，更優(yōu)選至少85%，甚至更優(yōu)選至少90%或最優(yōu)選至少95%、96%、97%、98%或99%。同一性程度優(yōu)選在至少約30個、至少約50個、至少約70個、至少約90個、至少約100個、至少約150個、至少約200個、至少約250個、至少約300個或至少約400個核苷酸的區(qū)域上給出。在一些優(yōu)選實施方案中，同一性程度在參考核酸序列的整個長度上給出。“序列相似性”表示相同氨基酸或作為保守氨基酸替換之氨基酸的百分比。兩個多肽或核酸序列的“序列相似性”表示所述序列之間相同氨基酸或核苷酸的百分比。術(shù)語“同一性百分比”旨在表示待比較的兩個序列之間相同的核苷酸或氨基酸殘基的百分比，其在最優(yōu)比對后獲得，該百分比是純粹統(tǒng)計學(xué)意義上的，兩個序列之間的差異在其整個長度上隨機(jī)分布。兩個核苷酸序列或氨基酸序列之間的序列比較在最優(yōu)比對之后、通過比較這些序列來常規(guī)地進(jìn)行，所述比較通過分段(segment)或通過“比較窗口”來進(jìn)行，以鑒定和比較局部區(qū)域的序列相似性。為比較而進(jìn)行的序列最優(yōu)比對可通過手動方式或如下方法得到Smith和Waterman，1981，AdsApp.Math.2，482的局部同源性算法；Neddleman和Wunsch，1970，J.MoI.Biol.48，443的局部同源性算法；Pearson和Lipman，1988，Proc.NatlAcad.Sci.USA85,2444的相似性檢索法；或使用這些算法的計算機(jī)程序(WisconsinGeneticsSoftware軟件包中的GAP、BESTFIT、FASTA、BLASTP、BLASTN禾口TFASTA,GeneticsComputerGroup,575ScienceDrive,Madison,Wis.)。如下計算同一性百分比確定要比較的兩個序列之間相同位置的數(shù)目，將該數(shù)目除以所比較的位置數(shù)，并將所得結(jié)果乘以100，從而獲得這兩個序列之間的同一性百分比。如果兩個序列彼此互補(bǔ)，則核酸“能夠雜交”或“雜交”到另一核酸。如果兩個序列能夠彼此形成穩(wěn)定的雙鏈體，則核酸與另一核酸“互補(bǔ)”。根據(jù)本發(fā)明，雜交優(yōu)選在允許多核苷酸之間特異性雜交的條件下進(jìn)行(嚴(yán)格條件)。嚴(yán)格條件描述于例如MolecularCloning:ALaboratoryManual,J.Sambrook等編輯，第2版，ColdSpringHarborLaboratorypress,ColdSpringHarbor,NewYork,1989或CurrentProtocolsinMolecularBiology,F.M.Ausubel等編輯，JohnWiley&Sons，Inc.,NewYork，并指例如于65°C在雜交緩沖液(3.5XSSC，0.02%Ficoll，0.02%聚乙烯吡咯烷酮，0.02%牛血清白蛋白，2.5mMNaH2PO4(pH7),0.5%SDS,2mMEDTA)中雜交。SSC是0.15M氯化鈉/0.15M檸檬酸鈉(PH7)。雜交后，清洗已轉(zhuǎn)移有DNA的膜(例如于室溫下在2XSSC中，隨后在高達(dá)68°C的溫度下在0.10.5XSSC/0.IXSDS中)。互補(bǔ)百分比表示核酸分子中可與另一核酸序列形成氫鍵(例如，Watson-Crick堿基配對)的連續(xù)殘基的百分比(例如，10個中有5、6、7、8、9、10個互補(bǔ)，則為50%、60%、70^^80^^90%和100%互補(bǔ))?！巴昝阑パa(bǔ)”或“完全互補(bǔ)”意指核酸序列的所有連續(xù)殘基與另一核酸序列中相同數(shù)目的連續(xù)殘基形成氫鍵。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的互補(bǔ)程度為至少70%，優(yōu)選至少75%，優(yōu)選至少80%，更優(yōu)選至少85%，甚至更優(yōu)選至少90%，或最優(yōu)選至少95%、96%、97%、98%或99%。根據(jù)本發(fā)明，最優(yōu)選地，所述互補(bǔ)程度為100%。術(shù)語“衍生物”包括核酸在核苷酸堿基、糖或磷酸上的任何化學(xué)衍生化。術(shù)語“衍生物”也包括含有核苷酸和非天然核苷酸類似物的核酸。優(yōu)選地，核酸的衍生化提高其穩(wěn)定性。根據(jù)本發(fā)明，編碼腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的核酸可單獨或與其它核酸(尤其是異源性核酸)聯(lián)合存在。優(yōu)選地，編碼腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的核酸表達(dá)所述腫瘤抗原或腫瘤抗原肽。在一些優(yōu)選的實施方案中，核酸與表達(dá)調(diào)控序列或調(diào)節(jié)序列功能性連接，所述表達(dá)調(diào)控序列或調(diào)節(jié)序列可與所述核酸是同源的或異源的。如果編碼序列和調(diào)節(jié)序列以如下方式彼此共價連接，則它們彼此“功能性地”連接所述編碼序列的表達(dá)或轉(zhuǎn)錄置于所述調(diào)節(jié)序列的控制或影響之下。如果要將編碼序列翻譯成功能蛋白質(zhì)，則借助與所述編碼序列功能性連接的調(diào)節(jié)序列，誘導(dǎo)所述調(diào)節(jié)序列會導(dǎo)致所述編碼序列的翻譯，而不引起編碼序列移框或者所述編碼序列不能翻譯成期望蛋白質(zhì)或肽。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“表達(dá)調(diào)控序列，，或“調(diào)節(jié)序列，，包括啟動子、增強(qiáng)子和其它調(diào)節(jié)基因表達(dá)的調(diào)控元件。在一些具體的實施方案中，表達(dá)調(diào)控序列可被調(diào)節(jié)。調(diào)節(jié)序列的確切結(jié)構(gòu)根據(jù)物種或細(xì)胞類型而變化，但一般包含5’非轉(zhuǎn)錄和5’非翻譯序列，其分別參與轉(zhuǎn)錄和翻譯的起始，例如，TATA盒、加帽序列、CAAT序列等。更具體地，5’非轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)序列包含啟動子區(qū)，所述啟動子區(qū)包含用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控功能性連接之基因的啟動子序列。調(diào)節(jié)序列還可包括增強(qiáng)子序列或上游激活子序列。根據(jù)本發(fā)明，核酸還可與其它核酸聯(lián)合存在，所述其它核酸編碼控制由所述核酸編碼的蛋白質(zhì)或肽從宿主細(xì)胞中分泌的肽。根據(jù)本發(fā)明，核酸也可與另一核酸聯(lián)合存在，所述另一核酸編碼這樣的肽，所述肽使所編碼的蛋白質(zhì)或肽錨定于宿主細(xì)胞的細(xì)胞膜上或者分隔于所述細(xì)胞的特定細(xì)胞器中。類似地，可以與代表報告基因或任何“標(biāo)簽”的核酸組合。在一個優(yōu)選的實施方案中，根據(jù)本發(fā)明的重組核酸分子是載體，其適當(dāng)?shù)鼐哂袉幼樱鰡幼涌刂坪怂?例如，編碼根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的核酸)的表達(dá)。本文以其最一般的含義使用術(shù)語“載體”，所述載體包括針對核酸的任何中介運載體(intermediaryvehicle)，所述運載體使得所述核酸例如被導(dǎo)入原核和/或真核細(xì)胞中，并在適當(dāng)時整合進(jìn)基因組。此類載體優(yōu)選地在細(xì)胞中復(fù)制和/或表達(dá)?？蓪χ薪檫\載體進(jìn)行改造，例如為了用于電穿孔、微粒轟擊、脂質(zhì)體施用、借助農(nóng)桿菌的轉(zhuǎn)移或者通過DNA或RNA病毒的插入。載體包括質(zhì)粒、噬菌粒、噬菌體或病毒基因組。編碼根據(jù)本發(fā)明鑒定之腫瘤抗原的核酸可用于轉(zhuǎn)染宿主細(xì)胞。本文中，核酸意在包括重組DNA和RNA。重組RNA可通過DNA模板的體外轉(zhuǎn)錄來制備。另外，在應(yīng)用之前，可通過穩(wěn)定序列、加帽和多聚腺苷酸化來對其進(jìn)行修飾。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“宿主細(xì)胞”涉及可用外源性核酸轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染的任何細(xì)胞。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“宿主細(xì)胞”包括原核細(xì)胞(例如，大腸桿菌)或真核細(xì)胞(例如，樹突狀細(xì)胞、B細(xì)胞、CHO細(xì)胞、COS細(xì)胞、K562細(xì)胞、酵母細(xì)胞和昆蟲細(xì)胞)。特別優(yōu)選的是哺乳動物細(xì)胞，例如來自人、小鼠、倉鼠、豬、山羊、靈長類的細(xì)胞。所述細(xì)胞可源自多種組織類型，并包括原代細(xì)胞和細(xì)胞系。特別的實例包括角質(zhì)形成細(xì)胞、外周血白細(xì)胞、骨髓和胚胎干細(xì)胞。在另一些實施方案中，宿主細(xì)胞是抗原呈遞細(xì)胞，尤其是樹突狀細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞。在一個實施方案中，核酸可以以單拷貝或兩拷貝或多拷貝的形式存在于宿主細(xì)胞中，并在宿主細(xì)胞中表達(dá)。根據(jù)本發(fā)明，以其最一般的含義使用術(shù)語“表達(dá)”，其包括RNA的產(chǎn)生或者RNA和蛋白質(zhì)的產(chǎn)生。其還包括核酸的部分表達(dá)。另外，表達(dá)可瞬時地或穩(wěn)定地進(jìn)行。哺乳動物細(xì)胞中優(yōu)選的表達(dá)系統(tǒng)包括pcDNA3.1、pcDNA3.3和pRc/CMV(Invitrogen，Carlsbad,CA)，其包含選擇標(biāo)記(例如，賦予G418抗性的基因(并因此使穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的細(xì)胞系能夠被選出)和巨細(xì)胞病毒(CMV，cytomegalovirus)的增強(qiáng)子-啟動子序列。本發(fā)明中MHC分子呈遞腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的情形中，表達(dá)載體還可包含編碼所述MHC分子的核酸序列。編碼MHC分子的核酸序列可與編碼所述腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的核酸存在于同一表達(dá)載體上，或者這兩種核酸可存在于不同表達(dá)載體上。在后一種情形中，可將所述兩種表達(dá)載體共轉(zhuǎn)染進(jìn)細(xì)胞中。如果宿主細(xì)胞既不表達(dá)所述腫瘤抗原或腫瘤抗原肽，也不表達(dá)MHC分子，則可將編碼它們的兩種核酸(在同一表達(dá)載體上或在不同表達(dá)載體上)轉(zhuǎn)染進(jìn)細(xì)胞中。如果細(xì)胞已表達(dá)MHC分子，則可僅轉(zhuǎn)染編碼所述腫瘤抗原或腫瘤抗原肽的核酸序列?！胺戳x分子”或“反義核酸”可用于調(diào)節(jié)(尤其是降低)核酸的表達(dá)。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“反義分子”或“反義核酸”是指這樣的寡核苷酸，所述寡核苷酸是寡核糖核苷酸、寡脫氧核糖核苷酸、經(jīng)修飾的寡核糖核苷酸或經(jīng)修飾的寡脫氧核糖核苷酸，并且所述寡核苷酸在生理條件下與包含特定基因的DNA或與所述基因的mRNA雜交，因而抑制所述基因的轉(zhuǎn)錄和/或所述mRNA的翻譯。根據(jù)本發(fā)明的“反義分子”還包括含有與其天然啟動子方向相反的核酸或其一部分的構(gòu)建體。核酸或其一部分的反義轉(zhuǎn)錄本可與天然mRNA形成雙鏈體，并因此阻止mRNA的累積或翻譯。另一種可能性是使用核酶使核酸失活。在一些優(yōu)選的實施方案中，反義寡核苷酸與N-端或5’上游位點(例如，翻譯起始位點、轉(zhuǎn)錄起始位點或啟動子位點)雜交。在另一些實施方案中，反義寡核苷酸與3’非翻譯區(qū)或mRNA剪接位點雜交。在一個實施方案中，本發(fā)明的寡核苷酸由核糖核苷酸、脫氧核糖核苷酸或其組合組成，其中一個核苷酸的5’端與另一核苷酸的3’端通過磷酸二酯鍵彼此相連?？捎贸Ｒ?guī)的方式合成這些寡核苷酸，或重組生產(chǎn)。在一些優(yōu)選的實施方案中，本發(fā)明的寡核苷酸是“經(jīng)修飾的”寡核苷酸。本文中，所述寡核苷酸可以用不同的方式進(jìn)行修飾，而不削弱其結(jié)合靶標(biāo)的能力，從而提高例如其穩(wěn)定性或療效。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“經(jīng)修飾的寡核苷酸”意指這樣的寡核苷酸，其中(i)其至少兩個核苷酸通過合成的核苷間鍵(即，非磷酸二酯鍵的核苷間鍵)彼此連接，和/或(ii)在核酸中不常見的化學(xué)基團(tuán)共價連接到寡核苷酸。優(yōu)選的合成的核苷間鍵是硫代磷酸酯鍵、烷基磷酸酯鍵、二硫代磷酸酯鍵、磷酸酯鍵、烷基硫代磷酸酯鍵、氨基磷酸酯鍵、氨基甲酸酯鍵、碳酸酯鍵、磷酸三酯鍵、乙酰亞胺酯鍵、羧甲基酯鍵和肽鍵。術(shù)語“經(jīng)修飾的寡核苷酸”還包括具有共價修飾的堿基和/或糖的寡核苷酸?！敖?jīng)修飾的寡核苷酸”包括例如糖殘基與低分子量有機(jī)基團(tuán)共價連接的寡核苷酸，而非3’位為羥基及5’位為磷酸基。經(jīng)修飾的寡核苷酸可包含例如2'-0-烷基化的核糖殘基或非核糖的其它糖(例如阿拉伯糖)。應(yīng)理解，所有上述關(guān)于寡核苷酸的實施方案均可適用于多核苷酸。本文使用的“小干擾RNA”或“siRNA”是指分離的RNA分子，優(yōu)選長度大于10個核苷酸，更優(yōu)選長度大于15個核苷酸，最優(yōu)選長度為18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸，所述RNA分子用于識別待降解的靶基因或mRNA。1925個核苷酸的范圍是siRNA最優(yōu)選的大小。根據(jù)本發(fā)明，siRNA可包括部分純化的RNA、基本上純的RNA、合成的RNA或重組產(chǎn)生的RNA以及通過添加、缺失、替換和/或改變一個或多個核苷酸而不同于天然RNA的經(jīng)改變RNA。所述改變可包括添加非核苷酸物質(zhì)，例如添加到siRNA的末端或siRNA的一個或多個內(nèi)部核苷酸；使siRNA抵抗核酸酶消化的修飾(例如，使用2’-取代的核糖核苷酸或者對糖-磷酸骨架進(jìn)行修飾)；或用脫氧核糖核苷酸替換siRNA中的一個或多個核苷酸。另外，如上文中針對經(jīng)修飾的寡核苷酸所述地，可修飾siRNA以提高其穩(wěn)定性，尤其是通過引入一個或多個硫代磷酸酯連接來實現(xiàn)。siRNA的一條或兩條鏈也可包含3’-突出。本文使用的“3’-突出端”是指從RNA鏈的3’-端伸出的至少一個未配對核苷酸。因此，在一個實施方案中，所述siRNA包含長度為1至約6個核苷酸(包括核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸)的至少一個3’-突出端，優(yōu)選長度為1至約5個核苷酸，更優(yōu)選長度為1至約4個核苷酸，尤其優(yōu)選長度為約2至約4個核苷酸。在siRNA分子的兩條鏈都包含3’-突出端的實施方案中，每條鏈的突出端的長度可以相同或不同。在一個最優(yōu)選的實施方案中，所述3’_突出端存在于SiRNA的兩條鏈上，長度為2個核苷酸。例如，本發(fā)明的SiRNA的每條鏈可包含二脫氧胸腺嘧啶核苷酸(“TT”)或二尿嘧啶核苷酸(“uu”)的3’-突出端。為了提高SiRNA的穩(wěn)定性，3’-突出端也可對降解穩(wěn)定。在一個實施方案中，通過包含嘌呤核苷酸(例如，腺嘌呤或鳥嘌呤核苷酸)來穩(wěn)定突出端?；蛘?，用修飾的類似物替換嘧啶核苷酸(例如，用2’-脫氧胸腺嘧啶替換3’-突出端中的尿嘧啶核苷酸)是耐受的，且不影響RNAi降解的效率。特別地，在2’-脫氧胸腺嘧啶中沒有2’-羥基可顯著增強(qiáng)組織培養(yǎng)基中3’-突出端對核酸酶的抗性。siRNA的有義鏈和反義鏈可包括兩條互補(bǔ)的單鏈RNA分子，或者可包括單個分子(其中兩個互補(bǔ)區(qū)域堿基配對并通過單鏈“發(fā)卡”區(qū)域共價連接)。也就是說，有義區(qū)和反義區(qū)可通過連接分子共價相連。所述連接分子可為多聚核苷酸或非核苷酸連接物。不希望被任何理論所約束，據(jù)信，后一類型的siRNA分子的發(fā)卡區(qū)域在細(xì)胞內(nèi)被“Dicer”蛋白(或其等同物)切割形成具有兩個分別堿基配對RNA分子的siRNA。本文使用的“靶mRNA”是指用于下調(diào)的靶標(biāo)的RNA分子。siRNA可從polIII表達(dá)載體中表達(dá)，無需改變靶位點，這是因為只有當(dāng)?shù)谝晦D(zhuǎn)錄核苷酸是嘌呤時才認(rèn)為從polIII啟動子表達(dá)RNA是有效的。根據(jù)本發(fā)明的siRNA可被靶向至任何靶mRNA序列(“靶序列”)中約1925個連續(xù)核苷酸的任何區(qū)段。選擇siRNA靶序列的技術(shù)在例如TuschlT.等，“ThesiRNAUserGuide”(2002年10月11日修訂)中給出，其全部公開內(nèi)容通過引用并入本文中?！癟hesiRNAUserGuide，，可通過互聯(lián)從Dr.ThomasTuschl,LaboratoryofRNAMolecularBiology,RockefellerUniversity,NewYork,USA維護(hù)的網(wǎng)站獲得，并可通過登錄RockefellerUniversity的網(wǎng)站并以“siRNA”為關(guān)鍵詞進(jìn)行搜索而找到。因此，本文中siRNA的有義鏈包含的核苷酸序列與靶mRNA中約19至約25個核苷酸的任何連續(xù)區(qū)段基本上相同。一般來說，靶mRNA上的靶序列可選自對應(yīng)于所述靶mRNA的給定cDNA序列，優(yōu)選地始于起始密碼子下游50至IOOnt(即，以3’方向)。然而，所述靶序列可位于5’-或3’-非翻譯區(qū)，或位于臨近起始密碼子的區(qū)域?？墒褂枚喾N本領(lǐng)域已知的技術(shù)來獲得siRNA。例如，可使用本領(lǐng)域已知的方法化學(xué)合成或重組生產(chǎn)siRNA，例如，在美國公布的Tuschl等的申請2002/0086356中所述的果蠅體外系統(tǒng)，其全部公開內(nèi)容通過引用并入本文中。優(yōu)選地，使用適當(dāng)保護(hù)的核糖核苷亞磷酰胺和常規(guī)的DNA/RNA合成儀來化學(xué)合成siRNA.siRNA可作為兩個單獨的、互補(bǔ)的RNA分子來合成，或者作為具有兩個互補(bǔ)區(qū)的單個RNA分子來合成?；蛘撸部墒褂萌魏魏线m的啟動子從重組的環(huán)狀或線性DNA質(zhì)粒中表達(dá)siRNA。根據(jù)本發(fā)明，當(dāng)本文涉及施用siRNA或?qū)iRNA摻入藥物組合物中時包括這樣的一些實施方案。用于從質(zhì)粒中表達(dá)本發(fā)明siRNA的合適啟動子包括例如TO或HlRNApolIII啟動子序列和巨細(xì)胞病毒啟動子。其它合適的啟動子的選擇在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍之內(nèi)。本發(fā)明的重組質(zhì)粒還可包含用于在特定組織或在特定細(xì)胞內(nèi)環(huán)境中表達(dá)siRNA的可誘導(dǎo)的或可調(diào)節(jié)的啟動子。從重組質(zhì)粒中表達(dá)的SiRNA可從培養(yǎng)的細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng)中通過標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行分離，或者可在細(xì)胞內(nèi)表達(dá)。用重組質(zhì)粒向體內(nèi)細(xì)胞遞送siRNA將在下文中更詳細(xì)地討論。siRNA可從重組質(zhì)粒中作為兩個分別的、互補(bǔ)的RNA分子或者作為具有兩個互補(bǔ)區(qū)的單一RNA分子而表達(dá)。適用于表達(dá)siRNA的質(zhì)粒的選擇、將表達(dá)siRNA的核酸序列插入質(zhì)粒的方法以及向目的細(xì)胞遞送重組質(zhì)粒的方法都在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍之內(nèi)。siRNA也可在體內(nèi)細(xì)胞中通過重組病毒載體表達(dá)。所述重組病毒載體包含編碼siRNA和用于表達(dá)該siRNA序列的任何合適啟動子的序列。所述重組病毒載體還可包含用于在特定組織中或在特定細(xì)胞內(nèi)環(huán)境中表達(dá)siRNA的可誘導(dǎo)的或可調(diào)節(jié)的啟動子。siRNA可從重組病毒載體中作為兩個分開的、互補(bǔ)的RNA分子或者作為具有兩個互補(bǔ)區(qū)的單個RNA分子而表達(dá)。術(shù)語“肽”包括寡肽和多肽，是指包含通過肽鍵共價連接的兩個或更多個、優(yōu)選3個或更多個、優(yōu)選4個或更多個、優(yōu)選6個或更多個、優(yōu)選8個或更多個、優(yōu)選10個或更多個、優(yōu)選13個或更多個、優(yōu)選16個或更多個、優(yōu)選21個或更多個以及高達(dá)優(yōu)選8、10、20、30、40或50個(尤其是100個)氨基酸的物質(zhì)。術(shù)語“蛋白質(zhì)”是指大的肽，優(yōu)選指超過100個氨基酸殘基的肽，但一般來說，術(shù)語“肽”和“蛋白質(zhì)”是同義詞，并可在本文中互換使用。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明所述的蛋白質(zhì)和肽已被分離。術(shù)語“分離的蛋白質(zhì)”或“分離的肽”意指所述蛋白質(zhì)或肽已從其天然環(huán)境中被分離出來。分離的蛋白質(zhì)或肽可處于基本上純化的狀態(tài)。術(shù)語“基本上純化的”意指所述蛋白質(zhì)或肽基本上不含與其在自然界中或在體內(nèi)相附著的其它物質(zhì)。所述蛋白質(zhì)和肽可用于例如生產(chǎn)抗體以及用于免疫學(xué)測定或診斷測定或作為治療劑。根據(jù)本發(fā)明所述的蛋白質(zhì)和肽可從生物樣品(例如，組織或細(xì)胞勻漿物)中分離出來，并且還可在多種原核或真核表達(dá)系統(tǒng)中重組表達(dá)。針對本發(fā)明的目的，蛋白質(zhì)或肽的或者氨基酸序列的“變體”包括氨基酸插入變體、氨基酸缺失變體和/或氨基酸替換變體。氨基酸插入變體包括氨基端和/或羧基端融合，以及在特定氨基酸序列中插入單個或兩個或更多個氨基酸。在具有插入的氨基酸序列變體的情形中，將一個或多個氨基酸殘基插入氨基酸序列的特定位點，但是也可以隨機(jī)插入并適當(dāng)?shù)睾Y選所得產(chǎn)物。氨基酸缺失變體的特征在于從序列中除去一個或多個氨基酸。氨基酸替換變體的特征在于從序列中除去至少一個殘基并在該位置插入另一殘基。優(yōu)選地，在同源蛋白質(zhì)或肽之間非保守的氨基酸序列的位置處進(jìn)行修飾，和/或用具有類似特性的其它氨基酸來替代氨基酸。優(yōu)選地，蛋白質(zhì)變體中的氨基酸改變是保守的氨基酸改變，S卩，類似荷電或不荷電氨基酸的替換。保守的氨基酸改變包括一個家族之氨基酸的替換，所述氨基酸的側(cè)鏈?zhǔn)窍嚓P(guān)的。天然氨基酸一般分為四個家族酸性(天冬氨酸、谷氨酸)、堿性(賴氨酸、精氨酸、組氨酸)、非極性(丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)和不荷電極性(甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸)氨基酸。苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸有時一起劃分為芳香氨基酸。優(yōu)選地，相似性(優(yōu)選地，給定氨基酸序列與所述給定氨基酸序列之變體的氨基酸序列的同一性)程度至少為70%，優(yōu)選至少為80%，優(yōu)選至少為85%，甚至更優(yōu)選至少為90%，或最優(yōu)選為至少95%、96%、97%、98%或99%。相似性或同一性程度優(yōu)選地在至少約20個、至少約40個、至少約60個、至少約80個、至少約100個、至少約120個、至少約140個、至少約160個、至少約200或250個氨基酸的區(qū)域上給出。在一些優(yōu)選的實施方案中，相似性或同一性程度在參照氨基酸序列的整個長度上給出。本文所述的肽和氨基酸變體可借助已知的肽合成技術(shù)(例如，通過固相合成(Merrifield，1964))和類似的方法或者通過重組DNA操作容易地進(jìn)行制備。例如，Sambrook等(1989)中詳細(xì)地描述了用于制備具有替換、插入或缺失的蛋白質(zhì)和肽的DNA序列的操作。根據(jù)本發(fā)明，蛋白質(zhì)和肽的“衍生物”是蛋白質(zhì)和肽的經(jīng)修飾形式。所述修飾包括任何化學(xué)修飾，并包括單個或多個替換、缺失和/或添加與所述蛋白質(zhì)或肽相關(guān)的任何分子(例如糖、脂質(zhì)和/或蛋白質(zhì)或肽)。術(shù)語“衍生物”還延伸到所述蛋白質(zhì)和肽的所有功能性化學(xué)等同物。優(yōu)選地，經(jīng)修飾肽具有提高的穩(wěn)定性和/或提高的免疫原性。根據(jù)本發(fā)明，核酸或氨基酸序列的變體、基本上對應(yīng)的氨基酸序列或者肽的片段或衍生物優(yōu)選地分別具有其所來源之核酸或氨基酸序列、氨基酸序列或肽的功能特性。所述功能特性包括與抗體的相互作用，與其它肽或蛋白質(zhì)的相互作用，與核酸的選擇性結(jié)合以及酶活性。在一個實施方案中，核酸或氨基酸序列的變體、基本上對應(yīng)的氨基酸序列或者肽的片段或衍生物在免疫原性上分別等同于其所來源的核酸或氨基酸序列、氨基酸序列或肽。在一個實施方案中，所述功能特性是免疫原性。一個具體的特性是與MHC分子形成復(fù)合物的能力以及需要時產(chǎn)生免疫應(yīng)答的能力(優(yōu)選地通過激活細(xì)胞毒T細(xì)胞或T輔助細(xì)胞來實現(xiàn))。腫瘤抗原的片段優(yōu)選地包含腫瘤抗原之至少6個、尤其是至少8個、至少10個、至少12個、至少15個、至少20個、至少30個或至少50個連續(xù)氨基酸的序列。腫瘤抗原的片段優(yōu)選包含腫瘤抗原之多達(dá)8個、尤其是多達(dá)10個、多達(dá)12個、多達(dá)15個、多達(dá)20個、多達(dá)30個或多達(dá)55個連續(xù)氨基酸的序列。腫瘤抗原的片段優(yōu)選為腫瘤抗原的一部分，所述部分可被MHC分子呈遞，且當(dāng)被這樣呈遞時能夠激活細(xì)胞應(yīng)答。優(yōu)選的腫瘤抗原片段適于體內(nèi)激活細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞，也適于產(chǎn)生用于治療性離體獲得性轉(zhuǎn)移的擴(kuò)增的和激活的T淋巴細(xì)胞。包含特異性結(jié)合靶蛋白之特異性抗體的抗血清可通過多種標(biāo)準(zhǔn)方法來制備，例如參見"MonoclonalAntibodies:APracticalApproach，，，PhilipShepherd,ChristopherDeanISBN0-19-963722-9；"Antibodies:ALaboratoryManual",EdHarlow,DavidLane,ISBN:0879693142VX"UsingAntibodies:ALaboratoryManual=PortableProtocolNO”，EdwardHarlow,DavidLane,EdHarlowISBN0879695447。因此，也可產(chǎn)生識別天然形式之復(fù)合膜蛋白的親和性的和特異性的抗體(Azorsa等，J.Immunol.Methods229:35-48,1999；Anderson等，J.Immunol.143:1899-1904,1989；Gardsvol1,J.Immunol.Methods234:107-116,2000)。這尤其與制備治療用抗體相關(guān)，但也與多種診斷性應(yīng)用相關(guān)。在該方面，可用完整蛋白質(zhì)、用細(xì)胞外部分序列以及用表達(dá)生理折疊形式之靶分子的細(xì)胞來進(jìn)行免疫。使用雜交瘤技術(shù)常規(guī)地制備單克隆抗體。(技術(shù)細(xì)節(jié)參見“MonoclonalAntibodies:APracticalApproach，，，PhilipShepherd,ChristopherDeanISBN0-19-963722-9；"Antibodies:ALaboratoryManual"EdHarlow,DavidLaneISBN0879693142；"UsingAntibodies:ALaboratoryManualportableProtocolNO"EdwardHarlow,DavidLane,EdHarlowISBN:0879695447)。已知僅抗體分子的一小部分(互補(bǔ)位(paratope))參與抗體與其表位的結(jié)合(參見Clark,W.R.(1986),TheExperimentalFoundationsofModernImmunology,Wiley&Sons,Inc.,NewYork；Roitt,I.(1991),EssentialImmunology,第7版，BlackwellScientificPublications,Oxford)。例如，pFc，和Fc區(qū)是補(bǔ)體級聯(lián)的效應(yīng)物，但不參與抗原結(jié)合。其pFc’區(qū)已被酶切除的抗體或其生產(chǎn)時即不含pFc’區(qū)的抗體表示為F(ab')2片段，其攜帶了完全抗體的兩個抗原結(jié)合位點。類似地，F(xiàn)c區(qū)已被酶切除的抗體或其生產(chǎn)時即不含F(xiàn)c區(qū)的抗體表示為Fab片段，其攜帶了完整抗體分子的一個抗原結(jié)合位點。另外，F(xiàn)ab片段由共價結(jié)合的抗體輕鏈和所述抗體的部分重鏈(稱為Fd)組成。所述Fd片段是抗體特異性的主要決定簇(一個Fd片段可與多達(dá)10個不同的輕鏈相連，而不改變抗體的特異性)，當(dāng)被分離時，F(xiàn)d片段保持結(jié)合表位的能力?；パa(bǔ)決定區(qū)(CDR，complementary-determiningregion)位于抗體的抗原結(jié)合部分中，其與抗原表位和框架區(qū)(FR，frameworkregion)直接相互作用，所述框架區(qū)維持互補(bǔ)位的三級結(jié)構(gòu)。IgG免疫球蛋白的重鏈之Fd片段和輕鏈包含4個框架區(qū)(FRl至FR4)，在每種情形中，它們被三個互補(bǔ)決定區(qū)(CDR1至CDR3)所分隔開。所述CDR(尤其是CDR3區(qū)，更尤其是重鏈的CDR3區(qū))很大程度上決定了抗體特異性。已知哺乳動物抗體的非CDR區(qū)能被具有相同或不同特異性的類似抗體區(qū)域所替代，保留了針對原抗體之表位的特異性。這使得開發(fā)“人源化”抗體成為可能，其中非人CDR與人FR和/或Fc/pFc'區(qū)共價連接，以產(chǎn)生功能性抗體。另一個實例(W092/04381)描述了人源化鼠RSV抗體的產(chǎn)生和應(yīng)用，其中鼠FR區(qū)的至少一部分被人來源的FR區(qū)所替代。這類抗體(包括具有抗原結(jié)合能力的完整抗體之片段)常稱為“嵌合”抗體。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“抗體”還包括抗體的F(ab')2、Fab、Fv和Fd片段；嵌合抗體，其中Fc和/或FR和/或CDRl和/或CDR2和/或輕鏈-CDR3區(qū)已被同源的人或非人序列替代；嵌合的F(ab‘)2-片段抗體，其中FR和/或CDRl和/或CDR2和/或輕鏈-CDR3區(qū)已被同源的人或非人序列替代；嵌合的Fab-片段抗體，其中FR和/或CDRl和/或CDR2和/或輕鏈-CDR3區(qū)已被同源的人或非人序列替代；以及嵌合的Fd-片段抗體，其中FR和/或⑶Rl和/或⑶R2區(qū)已被同源的人或非人序列替代。術(shù)語“抗體”還包括“單鏈”抗體。當(dāng)根據(jù)本發(fā)明使用時，特異性結(jié)合腫瘤抗原的非抗體之蛋白質(zhì)和肽可替代抗體。這類結(jié)合物質(zhì)可例如由簡并肽文庫提供，所述肽文庫可簡單地在溶液中以固定形式或作為噬菌體展示文庫而制備。同樣地，可制備具有一個或多個氨基酸的肽組合文庫。也可制備類胨(ρ印toid)和非肽合成殘基文庫?？贵w也可與治療性標(biāo)記物偶聯(lián)，所述標(biāo)記物用于展示表達(dá)腫瘤抗原的細(xì)胞和組織。它們還可與治療效應(yīng)部分偶聯(lián)?？蓹z測標(biāo)記物包括任何發(fā)揮如下功能的標(biāo)記物⑴提供可檢測的信號；(ii)與第二標(biāo)記物相互作用以改變由第一或第二標(biāo)記物提供的可檢測信號(例如，F(xiàn)RET(熒光共振能量轉(zhuǎn)移，F(xiàn)luorescenceResonanceEnergyTransfer))；(iii)通過電荷、疏水性、形狀或其它物理參數(shù)影響運動力(例如，電泳遷移)，或(iv)提供捕獲部分(例如，親和力、抗體/抗原、或離子絡(luò)合物)。適于作為標(biāo)記物的是這樣的結(jié)構(gòu)，例如熒光標(biāo)記物、發(fā)光標(biāo)記物、熒光團(tuán)標(biāo)記物、放射性同位素標(biāo)記物、同位素標(biāo)記物(優(yōu)選穩(wěn)定的同位素標(biāo)記物)、同質(zhì)異位標(biāo)記物(isobariclabel)、酶標(biāo)記物、顆粒標(biāo)記物(尤其是金屬顆粒標(biāo)記物、磁性顆粒標(biāo)記物、聚合物顆粒標(biāo)記物)、小有機(jī)分子(例如，生物素、受體之配體或結(jié)合分子，例如細(xì)胞粘附蛋白或凝集素)、標(biāo)記物序列(包含可通過使用結(jié)合劑而檢測的核酸和/或氨基酸殘基)等。可檢測標(biāo)記物非限制性地包括硫酸鋇、碘酸胺酸、碘番酸、碘泊酸鈣、泛影鈉、泛影葡胺(megluminediatrizoate)、甲泛葡胺、酪泮酸鈉和放射性診斷劑(包括正電子發(fā)射體(例如，氟-18和碳-11)、γ發(fā)射體(例如，碘-123、锝-99m、碘-131和銦-111)、核磁共振核素(例如，氟和釓))。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“治療效應(yīng)分子”意為可發(fā)揮治療效用的任何分子。根據(jù)本發(fā)明，治療效應(yīng)分子優(yōu)選地被選擇性引導(dǎo)至表達(dá)一種或多種腫瘤抗原的細(xì)胞，其包括抗癌劑、放射性碘標(biāo)記化合物、毒素、抑制細(xì)胞生長或裂解細(xì)胞的藥物等?？拱﹦┌ɡ绨濒斆滋亍⒘蜻蜞堰?、硫酸博萊霉素、白消安、卡莫司汀、苯丁酸氮芥、順鉬、環(huán)磷酰胺、環(huán)孢霉素、阿糖胞苷、達(dá)卡巴嗪、更生霉素、柔紅霉素、多柔比星、紫杉醇、依托泊苷、氟尿嘧啶、干擾素-α、洛莫司汀、巰基嘌呤、甲氨蝶呤、米托坦、鹽酸丙卡巴胼、硫鳥嘌呤、硫酸長春堿和硫酸長春新堿。其它抗癌藥描述于例如Goodman和Gilman，“ThePharmacologicalBasisofTherapeutics”，第8版，1990，McGraw-Hill,Inc.，尤其是其中第52章，AntineoplasticAgents(PaulCalabresi和BruceA.Chabner)。毒素可為蛋白質(zhì)，例如商陸抗病毒蛋白、霍亂毒素、百日咳毒素、蓖麻毒素、白樹毒素、相思豆毒素、白喉外毒素或綠膿桿菌(Pseudomonas)外毒素。毒素殘基也可為發(fā)射高能量的放射性核素(例如鈷_60)。術(shù)語“主要組織相容性復(fù)合物”或“MHC”包括I類和II類MHC，是指存在于所有脊椎動物中的基因復(fù)合物。在正常的免疫反應(yīng)中，MHC蛋白質(zhì)或分子通過與肽結(jié)合并將其呈遞用于T細(xì)胞受體(TCR，Tcellrec印tor)識別來參與淋巴細(xì)胞與抗原呈遞細(xì)胞之間的信號傳導(dǎo)。MHC分子在細(xì)胞內(nèi)加工分隔區(qū)內(nèi)與肽結(jié)合，并將這些肽呈遞到抗原呈遞細(xì)胞的表面上用于T細(xì)胞的識別。人MHC區(qū)也稱為HLA，位于6號染色體，包括I類和II類區(qū)。在本發(fā)明所有方面的一個優(yōu)選實施方案中，MHC分子是HLA分子。本文中使用的“降低”或“抑制”意為與參照樣品(例如，未用SiRNA處理的樣品)相比，能夠引起水平(例如，蛋白質(zhì)或mRNA水平)整體降低，優(yōu)選20%或更多，更優(yōu)選50%或更多，并最優(yōu)選75%或更多。RNA或蛋白質(zhì)表達(dá)的降低或抑制可通過靶向mRNA切割或降解而發(fā)生。用于蛋白質(zhì)表達(dá)或核酸表達(dá)的測定是本領(lǐng)域已知的，包括例如針對蛋白質(zhì)表達(dá)的ELISA、western印跡分析以及針對RNA的northern印跡或RNA酶保護(hù)測定。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“患者”意為人類、非人靈長類或其它動物，尤其是哺乳動物，例如牛、馬、豬、綿羊、山羊、犬、貓或嚙齒類(例如小鼠和大鼠)。在一個特別優(yōu)選的實施方案中，所述患者為人類。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“增加”或“增加量”優(yōu)選地指增加至少10%，尤其是至少20%、至少50%或至少100%。如果在測試樣品中可檢測到，但在參照樣品中沒有或未檢測到，則與參照樣品相比，測試樣品(例如，生物樣品)中物質(zhì)的量也增加了。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“腫瘤”或“腫瘤疾病”是指細(xì)胞(稱為“贅生細(xì)胞”或“腫瘤細(xì)胞”)的異常生長形成的腫塊或病變?！澳[瘤細(xì)胞”意指這樣的異常細(xì)胞，其生長迅速、細(xì)胞增殖失控并且在引發(fā)新生長的刺激停止之后仍繼續(xù)生長。腫瘤表現(xiàn)出部分或完全地缺乏組織結(jié)構(gòu)性以及與正常組織的功能協(xié)調(diào)性，并通常形成單獨的組織塊，該組織塊可以是良性、前惡性或惡性的。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤疾病是癌癥(即惡性疾病)，腫瘤細(xì)胞是癌細(xì)胞。優(yōu)選地，腫瘤疾病的特征在于細(xì)胞表達(dá)或異常表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸和/或腫瘤抗原，腫瘤細(xì)胞或者循環(huán)或轉(zhuǎn)移性腫瘤細(xì)胞的特征在于表達(dá)或異常表達(dá)根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤核酸和/或腫瘤抗原。優(yōu)選地，腫瘤疾病、腫瘤細(xì)胞或者循環(huán)或轉(zhuǎn)移性腫瘤細(xì)胞的特征在于以I類MHC呈遞根據(jù)本發(fā)明鑒定的腫瘤抗原。根據(jù)本發(fā)明，“異常表達(dá)”意指與健康個體的情況相比，表達(dá)發(fā)生改變(優(yōu)選地增加)。表達(dá)增加是指增加至少10%，尤其是至少20%、至少50%或至少100%。在一個實施方案中，表達(dá)僅發(fā)現(xiàn)于疾病組織中，而在健康組織中的表達(dá)被抑制。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明的腫瘤疾病是癌，其中，根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“癌”包括白血病、精原細(xì)胞瘤、黑色素瘤、畸胎瘤、淋巴瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、直腸癌、子宮內(nèi)膜癌、腎癌、腎上腺癌、甲狀腺癌、血癌、皮膚癌、腦癌、子宮頸癌、腸癌、肝癌、結(jié)腸癌、胃癌、腸癌、頭頸癌、胃腸癌、淋巴結(jié)癌、食管癌、結(jié)腸直腸癌、胰腺癌、耳鼻喉(ENT，ear,noseandthroat)癌、乳腺癌、前列腺癌、子宮癌、卵巢癌和肺癌，及其轉(zhuǎn)移。其實例有肺癌、乳癌(mammacarcinomas)、前列腺癌、結(jié)腸癌、腎細(xì)胞癌、子宮頸癌或上述各類癌或腫瘤的轉(zhuǎn)移。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“癌”還包括癌轉(zhuǎn)移。根據(jù)本發(fā)明，特別優(yōu)選的腫瘤疾病或癌選自結(jié)腸直腸癌(尤其是結(jié)腸癌)、胃癌、轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌(尤其是轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌)和轉(zhuǎn)移性胃癌?！稗D(zhuǎn)移”意指癌細(xì)胞從其原發(fā)位置擴(kuò)散到身體的另一部分。轉(zhuǎn)移的形成是非常復(fù)雜的過程，其有賴于惡性細(xì)胞從原發(fā)腫瘤脫離、細(xì)胞外基質(zhì)的侵襲、穿透內(nèi)皮基底膜進(jìn)入體腔和血管、以及之后地經(jīng)血液轉(zhuǎn)運后浸潤靶器官。最后，新腫瘤(即，繼發(fā)性腫瘤或轉(zhuǎn)移性腫瘤)在靶部位的生長有賴于血管生成。即使切除原發(fā)腫瘤之后，腫瘤轉(zhuǎn)移也常會發(fā)生，這是因為腫瘤細(xì)胞或組分可保留并發(fā)展出轉(zhuǎn)移性潛力。在一個實施方案中，根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“轉(zhuǎn)移”是指“遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移”，其是指遠(yuǎn)離原發(fā)腫瘤和局部淋巴結(jié)系統(tǒng)的的轉(zhuǎn)移。繼發(fā)性或轉(zhuǎn)移性腫瘤的細(xì)胞與原發(fā)腫瘤中的一樣。這意味著，例如，如果結(jié)腸癌轉(zhuǎn)移到肝，則繼發(fā)性腫瘤由異常的結(jié)腸細(xì)胞(而非異常的肝細(xì)胞)組成。此時，肝中的腫瘤被稱為轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌，而非肝癌。根據(jù)本發(fā)明，轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌包括淋巴結(jié)中的癌、肝中的癌、肺中的癌、骨中的癌和腦中的癌。類似地，轉(zhuǎn)移性胃癌是指從胃擴(kuò)散到身體的遠(yuǎn)處部位和/或多個部位的癌，包括淋巴結(jié)中的癌、肝中的癌、肺中的癌、骨中的癌、腦中的癌、腹膜中的癌和直腸中的癌。當(dāng)某人再次被先前所患病癥所影響時，則發(fā)生“再度惡化”或“復(fù)發(fā)”。例如，如果患者患有腫瘤疾病，并已接受所述疾病的成功治療，而再次發(fā)生所述疾病，則所述新發(fā)疾病可被認(rèn)為是再度惡化或復(fù)發(fā)。然而，根據(jù)本發(fā)明，腫瘤疾病的再度惡化或復(fù)發(fā)可以(但不是必須地)發(fā)生在原發(fā)腫瘤疾病的部位。因此，例如，如果患者已患有結(jié)腸腫瘤，并已接受成功的治療，則再度惡化或復(fù)發(fā)可以是發(fā)生結(jié)腸腫瘤或發(fā)生非結(jié)腸部位的腫瘤。腫瘤的再度惡化或復(fù)發(fā)還包括腫瘤發(fā)生在不同于原來腫瘤的部位以及發(fā)生在原來腫瘤的部位的情況。優(yōu)選地，原來的腫瘤(患者已針對其接受了治療)是原發(fā)腫瘤，而不同于原來腫瘤部位的腫瘤是繼發(fā)性或轉(zhuǎn)移性腫瘤。根據(jù)本發(fā)明，生物樣品可以是組織樣品(包括體液)和/或細(xì)胞樣品，并可以以常規(guī)方式獲取(例如通過組織活檢(包括鉆取活檢)，和通過取血、支氣管吸出物、痰、尿、糞便或其它體液而獲得)。根據(jù)本發(fā)明，術(shù)語“生物樣品”也包括經(jīng)處理的生物樣品，例如生物樣品的級分或分離物，例如核酸和肽/蛋白質(zhì)分離物。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“免疫反應(yīng)性細(xì)胞”意為在適宜的刺激下可成熟化為免疫細(xì)胞(例如，B細(xì)胞、T輔助細(xì)胞或細(xì)胞裂解性T細(xì)胞)的細(xì)胞。免疫反應(yīng)性細(xì)胞包括CD34+造血干細(xì)胞、未成熟和成熟的T細(xì)胞以及未成熟和成熟的B細(xì)胞。如果需要產(chǎn)生識別腫瘤抗原的細(xì)胞裂解性或T輔助細(xì)胞，則在利于細(xì)胞裂解性T細(xì)胞和T輔助細(xì)胞的產(chǎn)生、分化和/或選擇的條件下，將免疫反應(yīng)性細(xì)胞與表達(dá)腫瘤抗原的細(xì)胞相接觸。當(dāng)暴露于抗原時，T細(xì)胞前體分化成為細(xì)胞裂解性T細(xì)胞，這與免疫系統(tǒng)的克隆選擇類似。在本文中，術(shù)語“T細(xì)胞”和“T淋巴細(xì)胞”可互換使用，包括輔助T輔助細(xì)胞(CD4+T細(xì)胞)以及細(xì)胞毒T細(xì)胞(CTL，CDS+T細(xì)胞)(包括細(xì)胞裂解性T細(xì)胞)。某些治療方法基于患者免疫系統(tǒng)的反應(yīng)，其導(dǎo)致疾病細(xì)胞(例如癌細(xì)胞)的裂解，所述癌細(xì)胞以I類MHC呈遞腫瘤抗原。在這一方面，例如，可向患有腫瘤疾病的患者施用特異性針對腫瘤抗原肽與MHC分子復(fù)合物的自體細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞。體外產(chǎn)生這種細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞是已知的。分化T細(xì)胞的方法的實例可在W0-A-9633265中找到。一般來說，從患者采集包含細(xì)胞(例如，血細(xì)胞)的樣品，將所述細(xì)胞與呈遞所述復(fù)合物并且可引起細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞(例如，樹突狀細(xì)胞)增殖的細(xì)胞相接觸。所述靶細(xì)胞可為轉(zhuǎn)染的細(xì)胞(例如COS細(xì)胞)。這些轉(zhuǎn)染的細(xì)胞呈遞所需復(fù)合物到其表面上，當(dāng)與細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞相接觸時，刺激后者的增殖。隨后，將該克隆擴(kuò)充的自體細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞施用給患者。在另一選擇細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞的方法中，使用I類MHC分子/肽復(fù)合物的熒光四聚體來獲取細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞的特異性克隆(Altman等，Science274=94-96,1996；Dunbar等，Curr.Biol.8:413-416,1998)。另外，呈遞所需復(fù)合物的細(xì)胞(例如，樹突狀細(xì)胞)可與健康個體或其它物種(例如，小鼠)的細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞聯(lián)用，所述聯(lián)用可導(dǎo)致具有高親和力的特異性細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞的增殖。這些增殖的特異性T淋巴細(xì)胞的高親和力T細(xì)胞受體可被克隆并任選地進(jìn)行不同程度地人源化，而如此獲得的T細(xì)胞受體隨后通過基因轉(zhuǎn)移而轉(zhuǎn)導(dǎo)(例如，使用逆轉(zhuǎn)錄病毒載體)進(jìn)入患者的T細(xì)胞中。隨后可使用這些經(jīng)遺傳改造的T淋巴細(xì)胞來進(jìn)行獲得性轉(zhuǎn)移(Stanislawski等，NatImmunol.2:962-70,2001；Kessels等，NatImmunol.2957-61,2001)。細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞也可以其本身已知的方式在體內(nèi)產(chǎn)生。一種方法使用表達(dá)I類MHC/肽復(fù)合物的非增殖性細(xì)胞。本文使用的細(xì)胞是通常表達(dá)所述復(fù)合物的細(xì)胞，例如，經(jīng)輻照的腫瘤細(xì)胞或者用一種或兩種呈遞所述復(fù)合物必需之基因(即，抗原肽和呈遞MHC分子)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞。另一優(yōu)選的形式是以重組RNA的形式引入腫瘤抗原，其可例如通過脂質(zhì)體轉(zhuǎn)移或通過電穿孔引入細(xì)胞。所得到的細(xì)胞呈遞目的復(fù)合物，并被自體細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞所識別，所述細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞隨后增殖。類似的作用可通過將腫瘤抗原或腫瘤抗原肽與佐劑聯(lián)用而實現(xiàn)，從而使體內(nèi)整合進(jìn)入抗原呈遞細(xì)胞成為可能。所述腫瘤抗原或腫瘤抗原肽也可作為蛋白、作為DNA(例如，在載體中)或作為RNA而存在。所述腫瘤抗原可被加工而產(chǎn)生MHC分子的肽伴侶(ρ印tidepartner)，而其片段可無需進(jìn)一步加工而被呈遞。如果這些能夠結(jié)合MHC分子，則尤其適用后一情形。優(yōu)選施用完全抗原在體內(nèi)被樹突狀細(xì)胞加工的形式，因為這也可產(chǎn)生有效免疫應(yīng)答中所需要的T輔助細(xì)胞應(yīng)答(Ossendorp等，ImmunolLett.74:75-9,2000；Ossendorp等，JExp.Med.187=693-702,1998)0一般來說，例如，可以皮內(nèi)注射的方式向患者施用有效量的腫瘤抗原。然而，也可進(jìn)行淋巴結(jié)內(nèi)注射(Maloy等，ProcNatlAcadSciUSA983299-303,2001)。根據(jù)本發(fā)明描述的藥物組合物和治療方法也可用于免疫或接種，以治療性地治療或預(yù)防本文中所述的疾病。根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語“免疫”或“接種”優(yōu)選是指提高或激活針對抗原的免疫應(yīng)答。可使用動物模型來測試對腫瘤的免疫作用。例如，可將人癌細(xì)胞引入小鼠以產(chǎn)生腫瘤。對癌細(xì)胞的作用(例如，降低腫瘤大小)可通過向動物施用藥劑測量免疫的有效性來測量。作為用于免疫或接種的組合物的一部分，優(yōu)選將本文所述的一種或多種藥劑與一種或多種佐劑一起使用，用于誘導(dǎo)免疫應(yīng)答或用于提高免疫應(yīng)答。佐劑是增強(qiáng)免疫應(yīng)答的物質(zhì)。佐劑可通過提供抗原儲庫(antigenreservoir)(細(xì)胞外或在巨噬細(xì)胞中)、活化巨噬細(xì)胞和/或激活特定淋巴細(xì)胞來提供免疫應(yīng)答。佐劑是已知的，并以非限制性的方式包括單磷酰脂質(zhì)A(MPL，SmithKlineBeecham)、皂苷(例如，QS21(SmithKlineBeecham)、DQS21(SmithKlineBeecham；WO96/33739)、QS7、QS17、QS18和QS-L1(So等，Mol.Cells7:178-186,1997))、不完全弗氏佐劑(Freund'sadjuvant)、完全弗氏佐劑、維生素E、montanide、明fUCpG寡核苷酸(參見Kreig等，Nature374:546-9,1995)和多種用生物可降解的油(例如，角鯊烯和/或生育酚)制備的油包水型乳劑。根據(jù)本發(fā)明，優(yōu)選與DQS21/MPL混合來施用肽。DQS21與MPL的比例一般為約110至101，優(yōu)選約為15至51，尤其是約11。用于人類施用的疫苗制劑一般包括約Iyg至約IOOyg的DQS21禾口MPL0也可施用激活患者免疫應(yīng)答的其它物質(zhì)。例如，因為其對淋巴細(xì)胞的調(diào)節(jié)特性，可在接種中使用細(xì)胞因子。這樣的細(xì)胞因子包括例如白介素-12(IL-12，其顯示提高疫苗的保護(hù)性作用)(參見Science2681432-1434，1995)、GM-CSF和IL-18。有很多增強(qiáng)免疫應(yīng)答的化合物，因此其可用于免疫接種。所述化合物包括以蛋白質(zhì)或核酸形式提供的共刺激分子，例如B7-1和B7-2(分別為⑶80和⑶86)?？梢酝ㄟ^已知的方式施用肽。在一個實施方案中，通過離體方法施用核酸，即，通過從患者中取出細(xì)胞、遺傳修飾所述細(xì)胞以整合核酸并再次將改變的細(xì)胞引入所述患者。這一般包括將基因的功能性拷貝體外引入患者中，并再次將經(jīng)遺傳改變的細(xì)胞引入所述患者。所述基因的功能性拷貝在調(diào)節(jié)元件的功能性控制之下，所述調(diào)節(jié)元件允許所述基因在經(jīng)遺傳改變的細(xì)胞中表達(dá)。轉(zhuǎn)染和轉(zhuǎn)導(dǎo)的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。本發(fā)明還提供了通過使用例如載體(例如，病毒和靶標(biāo)控制脂質(zhì)體)體內(nèi)施用核酸。在一個優(yōu)選的實施方案中，用于施用核酸的病毒或病毒載體選自腺病毒、腺相關(guān)病毒、痘病毒(包括牛痘病毒和減毒痘病毒)、塞姆利基森林病毒(SemlikiForestvirus)、逆轉(zhuǎn)錄病毒、辛德比斯病毒(Sindbisvirus)和Ty病毒樣顆粒。特別優(yōu)選腺病毒和逆轉(zhuǎn)錄病毒。所述逆轉(zhuǎn)錄病毒一般是復(fù)制缺陷的(即，它們不能產(chǎn)生感染性顆粒)。將核酸體外或體內(nèi)引入細(xì)胞的方法包括核酸磷酸鈣沉淀轉(zhuǎn)染、DEAE相關(guān)的核酸轉(zhuǎn)染或用攜帶目的核酸的上述病毒感染或轉(zhuǎn)染、脂質(zhì)體介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染等。在一些具體的實施方案中，優(yōu)選將核酸引入特定細(xì)胞。在這樣的一些實施方案中，用于施用核酸進(jìn)入細(xì)胞的載劑(carrier)(例如，逆轉(zhuǎn)錄病毒或脂質(zhì)體)可具有結(jié)合的靶標(biāo)控制分子。例如，可將分子(如，特異性針對靶細(xì)胞上表面膜蛋白的抗體，或靶細(xì)胞上受體的配體)整合進(jìn)或連接至核酸載劑。優(yōu)選的抗體包括選擇性結(jié)合腫瘤抗原的抗體。如果需要通過脂質(zhì)體來施用核酸，則將與胞吞作用相關(guān)表面膜蛋白結(jié)合的蛋白質(zhì)整合進(jìn)脂質(zhì)體制劑，從而使靶標(biāo)控制和/或攝取成為可能。這樣的蛋白質(zhì)包括衣殼蛋白或其片段(其為特定細(xì)胞類型特異的)、針對內(nèi)化蛋白質(zhì)的抗體、尋址細(xì)胞內(nèi)位點的蛋白質(zhì)等。本發(fā)明的治療活性化合物可通過常規(guī)的途徑施用，包括通過注射或輸注施用。所述施用可例如通過口服、靜脈內(nèi)、腹膜內(nèi)、肌內(nèi)、皮下或透皮來進(jìn)行。優(yōu)選地，通過肺氣霧劑的方式治療性施用抗體。反義核酸優(yōu)選通過慢靜脈內(nèi)施用方式來施用。以有效量施用本發(fā)明的組合物?！坝行Я俊笔侵竼为毜鼗蚺c其它給藥一起地實現(xiàn)期望反應(yīng)或期望作用的量。在治療特定疾病或特定病癥時，期望的反應(yīng)優(yōu)選涉及疾病進(jìn)程的抑制。這包括減緩疾病進(jìn)展，尤其是阻止或逆轉(zhuǎn)疾病進(jìn)程。在疾病或病癥的治療中，期望的反應(yīng)也可以是推遲或防止所述疾病或所述病癥的發(fā)病。根據(jù)本發(fā)明，癌的診斷或治療也可包括已形成或?qū)⑿纬傻陌┺D(zhuǎn)移的診斷和治療。根據(jù)本發(fā)明，術(shù)語“治療”包括治療性和預(yù)防性治療(即，預(yù)防)。本發(fā)明組合物的有效量將取決于所要治療的病癥、疾病的嚴(yán)重程度、患者的個體參數(shù)(包括年齡、生理狀況、體型和體重、治療時程、伴隨治療的類型(如果有的話)、施用的特定途徑以及類似因素。因此，所施用的本發(fā)明組合物的劑量可取決于多種這樣的參數(shù)。當(dāng)初始劑量引起的患者反應(yīng)不夠時，可使用更高劑量(或通過不同的、更局部的施用途徑實現(xiàn)足夠高的劑量)。本發(fā)明的藥物組合物優(yōu)選是無菌的并包含有效量的治療活性物質(zhì)，以產(chǎn)生期望的反應(yīng)或期望的作用。一般來說，配制并施用Ing至lmg、優(yōu)選IOng至100μg劑量的肽。如果需要施用核酸(DNA和RNA)，可配制和施用Ing至0.Img的劑量。本發(fā)明的藥物組合物一般以藥學(xué)相容性的量和藥學(xué)相容性的制劑來施用。術(shù)語“藥學(xué)相容性”是指無毒材料，其不與藥物組合物的活性組分的作用發(fā)生相互作用。這類制劑通?？珊}、緩沖物質(zhì)、防腐劑、載劑、補(bǔ)充的免疫增強(qiáng)物質(zhì)(例如佐劑(如CpG寡核苷酸、細(xì)胞因子、趨化因子、皂苷、GM-CSF和/或RNA))以及適當(dāng)時地其它治療活性化合物。當(dāng)用于藥物時，所述鹽應(yīng)為藥學(xué)相容性鹽。然而，藥學(xué)不相容的鹽也可用于制備藥學(xué)相容性鹽，并且包括在本發(fā)明中。此類藥理學(xué)和藥學(xué)相容性鹽非限制性地包含由以下的酸所制備的鹽氫氯酸、氫溴酸、硫酸、硝酸、磷酸、馬來酸、醋酸、水楊酸、檸檬酸、甲酸、丙二酸、琥珀酸等。藥學(xué)相容性鹽也可制備成堿金屬鹽或堿土金屬鹽，例如鈉鹽、鉀鹽或鈣鹽。本發(fā)明的藥物組合物可包含藥學(xué)相容性載劑。術(shù)語“載劑”是指天然或合成的、有機(jī)或無機(jī)組分，其與活性組分聯(lián)用從而有利于應(yīng)用。根據(jù)本發(fā)明，術(shù)語“藥學(xué)相容性載劑”包括一種或多種相容性固態(tài)或液態(tài)填充劑、稀釋劑或包封物質(zhì)，所述載劑適于施用給患者。本發(fā)明藥物組合物的組分一般不會發(fā)生顯著影響期望藥物療效的相互作用。本發(fā)明的藥物組合物可包含合適的緩沖物質(zhì)，例如醋酸鹽、檸檬酸鹽、硼酸鹽和磷酸鹽。所述藥物組合物還可酌情包含合適的防腐劑，例如苯扎氯銨、氯丁醇、尼泊金(paraben)禾口硫柳汞。通常以均一劑型提供所述藥物組合物，并可通過已知的方式制備。本發(fā)明的藥物組合物可采用例如膠囊、片劑、錠劑、溶液劑、混懸劑、糖漿劑、酏劑的形式，或是乳劑的形式。適于腸胃外施用的組合物通常包括活性化合物的無菌的、水性或非水性的制劑，所述制劑優(yōu)選與接受者的血液等滲。相容性載劑和溶劑的實例有林格氏液(Ringersolution)和等滲氯化鈉溶液。此外，通常無菌的不揮發(fā)油被用作溶液或混懸液介質(zhì)。應(yīng)強(qiáng)調(diào)的是，本說明書中使用的術(shù)語“包含/含有”用于具體說明所指出的特征、整數(shù)、步驟或組分的存在，但不排除一種或多種其它特征、整數(shù)、步驟、組分或其組的存在或增加。僅僅因為某些手段在不同的從屬權(quán)利要求中記載或在不同的實施方案中描述，不表明這些手段的組合不能有利地使用。然而，術(shù)語“包含/含有”也包括由所指出的特征、整數(shù)、步驟或組分組成的實施方案。通過如下的附圖和實施例對本發(fā)明進(jìn)行詳細(xì)地描述，所述附圖和實施例僅用作舉例說明，而不旨在限制?；谝韵旅枋龊蛯嵤├绢I(lǐng)域技術(shù)人員可獲得同樣包括于本發(fā)明中的其它實施方案。圖1.根據(jù)SEQIDNO1的核酸在正常和癌變的結(jié)腸組織和胃組織中表達(dá)，其編碼存在于所述組織之上皮細(xì)胞中的質(zhì)膜蛋白。A)在正常組織和結(jié)腸癌中的35個循環(huán)的終點法RT-RCR。B)在正常組織中，定量40個循環(huán)的實時RT-PCR。C)在結(jié)腸癌和胃癌中，40個循環(huán)的實時定量RT-PCR。針對每種正常組織，顯示了兩個單獨組織樣本的平均表達(dá)值。誤差棒，STD；點劃線，表達(dá)取舍點(cut-off)。D)經(jīng)SEQIDNO:2_熒光標(biāo)記物轉(zhuǎn)染并用抗SEQIDNO2多克隆抗體染色的CHO細(xì)胞的IF顯微分析。E)根據(jù)SEQIDNO2的蛋白在正常結(jié)腸和結(jié)腸癌中表達(dá)的IHC檢測。圖2.根據(jù)SEQIDNO2的蛋白質(zhì)是質(zhì)膜蛋白。根據(jù)SEQIDNO2之蛋白質(zhì)的預(yù)測的質(zhì)膜拓?fù)鋵W(xué)和結(jié)構(gòu)特征。實施例本文中使用的技術(shù)和方法在文中描述或以已知的方式來實施，并描述在例如Sambrook等，MolecularCloning:ALaboratoryManual,第2片反(1989)ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,N.Y.中。除非特別地指明，所有方法(包括試劑盒和試劑的使用)根據(jù)制造商提供的信息來進(jìn)行。實施例1材料和方法數(shù)據(jù)挖掘策略第一步，我們從所有可獲得的、在dbEST報告文件(ftp://ncbi.nlm.nih.gov/repository/dbEST)的生物體范疇中包含關(guān)鍵詞“人”的文庫創(chuàng)建了通用的人表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)文件。為降低該方法的復(fù)雜性，僅考慮代表超過100個EST的文庫和編碼已知全長基因的EST。下一步，通過從所述通用文件中抽取所有在文庫名、生物體、組織類型、器官或細(xì)胞系范疇中包含詞語“結(jié)腸”和“腸”的EST，產(chǎn)生結(jié)腸/腸組織特定子文件。為了說明事實，幾個EST可來源于同一基因，所述結(jié)腸/腸組織EST被分成多個組，所述組集合了共有一個或多個高序列同一性區(qū)段的EST。針對通用列表中的所有人類EST，為結(jié)腸/腸組織EST子文件中記錄的每個序列運行序列同源性檢索程序blastn(www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)，同源性的嚴(yán)格性設(shè)置為S=300；V=300；B=300；η=-20。針對所述結(jié)腸/腸組織子文件中的每個查詢EST，所述檢索從所述通用EST文件中提取出一系列EST條目(命中)，對其中每一個注明組織來源，提供“電子Northern”。確定所述命中列表中表示的不同的非-結(jié)腸/腸組織之?dāng)?shù)目，用作每個單獨的EST的結(jié)腸/腸組織特異性程度的量度。用SMART(http://smart,embl.de/smart)對通過該方法獲得的所有候選結(jié)果進(jìn)行基序和結(jié)構(gòu)分析，以鑒定出潛在的表面分子(最低要求根據(jù)TMHMM跨膜預(yù)測服務(wù)器(www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0)，至少有一個疏水區(qū)被定性為跨膜結(jié)構(gòu)域，并預(yù)測出至少一個細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域)。RNA分離，RT-PCR和實時RT-PCR如先前的描述(Koslowski等，CancerRes.64:5988-93,2004)進(jìn)行RNA提取、第一鏈cDNA合成、RT-PCR和定量實時RT-PCR。簡言之，使用RNeasyMiniKit(Qiagen)從冷凍的組織樣本中提取總細(xì)胞RNA，根據(jù)制造商的說明書，以dT18寡核苷酸為引物，用SuperscriptII(Invitrogen)進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。用30個循環(huán)的PCR，通過p53轉(zhuǎn)錄本的擴(kuò)增，測試所得cDNA的完整性(有義，5'-CGTGAGCGCTTCGAGATGTTCCG-3'(SEQIDNO4)；反義，5'-CCTAACCAGCTGCCCAACTGTAG-3'(SEQIDNO5)；退火溫度67V)。將SEQIDNO:1特異性寡核苷酸(有義5‘-ACTCTGCCTGTCCTCAGGCTG-3‘(SEQIDNO6)；反義5'-GTGCTTTCTTCTCCAGTCCAG-3‘(SEQIDNO7),60°C退火)用于35個循環(huán)的RT-PCR，以進(jìn)行終點分析。在40個循環(huán)的RT-PCR中，一式三份地進(jìn)行實時定量表達(dá)分析。針對HPRT(有義5'-TGACACTGGCAAAACAATGCA-3‘(SEQIDNO8)；反義5'-GGTCCTTTTCACCAGCAAGCT-3‘(SEQIDN0:9，62°C退火)進(jìn)行歸一化之后，使用△ACT計算對腫瘤樣品中的靶轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行相對于正常組織的定量。通過對來自任意選定樣品的擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行克隆和測序來確定PCR反應(yīng)的特異性。抗血清、免疫熒光和免疫化學(xué)針對KLH偶聯(lián)的覆蓋SEQIDNO2之120132位氨基酸的合成肽(SEQIDNO3)制備多克隆抗血清，并通過定制抗體服務(wù)(CharlesRiver)進(jìn)行親和純化。根據(jù)制造商的說明書，利用石蠟包埋的組織切片，使用VECTORNovaREDSubstrateKit(Vector)進(jìn)行免疫組織化學(xué)檢測。實施例2篩選結(jié)腸上皮細(xì)胞特異性靶標(biāo)應(yīng)用基因組范圍的數(shù)據(jù)發(fā)掘策略，來尋找用于結(jié)腸癌單克隆抗體治療的靶標(biāo)。該方法是基于數(shù)字cDNA文庫消減來發(fā)現(xiàn)對結(jié)腸上皮細(xì)胞具有特異性的差異基因，所述基因至少有一個疏水區(qū)被定性為跨膜區(qū)。隨后測試這些候選基因在該細(xì)胞系來源的癌中的保守表達(dá)。滿足所述篩選標(biāo)準(zhǔn)的計算篩選的命中條目中的一個是根據(jù)SEQIDNO:1的序列。為了實驗性驗證計算機(jī)所預(yù)測的所述序列的結(jié)腸特異性表達(dá)，我們首先用特異性的35個循環(huán)的終點法RT-PCR測試了一小組正常組織和結(jié)腸癌樣品(圖1A)。除了結(jié)腸之外，在任何正常組織中均未檢測到所述序列的表達(dá)，且在5/7的結(jié)腸癌樣品中有表達(dá)。之后，在一組23個不同正常人組織中，通過40個循環(huán)的實時定量RT-PCR對所述序列進(jìn)行更全面和靈敏的表達(dá)分析(圖1B)。同樣，發(fā)現(xiàn)所述序列在正常結(jié)腸中高表達(dá)。除了所述終點法RT-PCR結(jié)果之外，也檢測了在胃中的表達(dá)，但是其水平比結(jié)腸中低100倍。在所有其它正常組織中，未能檢測到轉(zhuǎn)錄本或僅檢測到痕量的轉(zhuǎn)錄本。未超過表達(dá)取舍點(在所有正常非結(jié)腸和非胃組織樣品中的平均表達(dá)+3個標(biāo)準(zhǔn)偏差(99%百分位))的所有組織都被歸為陰性(表1)。表1.通過定量實時RT-PCR分類的SEQIDNO=I在組織中的表達(dá)。根據(jù)正常組織類型來研究獲自2至5個不同個體的樣本。正常組織的取舍點被設(shè)定為除結(jié)腸和胃之外的正常組織中的平均表達(dá)+3個標(biāo)準(zhǔn)偏差。在腫瘤組織中，僅表達(dá)值高于正常組織中取舍點至少10倍時才被計為陽性。權(quán)利要求1.藥物組合物，其包含腫瘤抗原的表達(dá)和/或活性的抑制劑，其中所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體。2.權(quán)利要求1的藥物組合物，其中(i)所述腫瘤抗原的表達(dá)抑制劑是與如下核酸選擇性雜交的抑制性核酸，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，所述抑制性核酸優(yōu)選地選自反義寡核苷酸、核酶、iRNA、siRNA或編碼它們的DNA，或(ii)所述腫瘤抗原的活性抑制劑是特異性結(jié)合所述腫瘤抗原的抗體。3.藥物組合物，其包含腫瘤抗原的配體或編碼腫瘤抗原之核酸的配體，其中所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDN0:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且其中所述的腫瘤抗原配體或編碼腫瘤抗原之核酸的配體與一個或多個治療效應(yīng)部分結(jié)合，所述治療效應(yīng)分子優(yōu)選地為放射性標(biāo)記、細(xì)胞毒素或細(xì)胞毒性酶。4.權(quán)利要求3的藥物組合物，其中所述的腫瘤抗原配體包括特異性結(jié)合所述腫瘤抗原的抗體，或者所述編碼腫瘤抗原之核酸的配體是選擇性地與所述核酸雜交的核酸。5.藥物組合物，其包含選自以下的一種或多種藥劑(i)包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，或所述肽的衍生物，()編碼如下肽的核酸，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，或所述核酸的衍生物，(iii)編碼如下肽的宿主細(xì)胞，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(iv)編碼如下肽的病毒，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(ν)呈遞如下肽或所述肽之衍生物的細(xì)胞，所述肽包含衍生自腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(Vi)與如下肽結(jié)合的抗體或T細(xì)胞受體，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(vii)體外致敏以識別如下肽的免疫反應(yīng)性細(xì)胞，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，和(viii)用編碼識別如下肽之T細(xì)胞受體的核酸轉(zhuǎn)導(dǎo)的效應(yīng)細(xì)胞或干細(xì)胞，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，其中，所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且所述腫瘤抗原肽包含與所述腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列。6.權(quán)利要求5的藥物組合物，其中所述肽是I類或II類MHC呈遞的肽，或者可被加工產(chǎn)生I類或II類MHC呈遞的肽。7.權(quán)利要求5的藥物組合物，其中所述宿主細(xì)胞表達(dá)與所述經(jīng)編碼肽或其加工產(chǎn)物結(jié)合的MHC分子。8.權(quán)利要求5的藥物組合物，其中所述抗體是單克隆的、嵌合的、人的或人源化的抗體，或是抗體片段或合成抗體。9.權(quán)利要求5至8中任一項的藥物組合物，其采用治療性或預(yù)防性腫瘤疫苗的形式。10.權(quán)利要求5至9中任一項的藥物組合物，其用于治療或預(yù)防腫瘤疾病。11.治療患有腫瘤疾病或具有發(fā)生腫瘤疾病之風(fēng)險的患者的方法，其包括向所述患者施用權(quán)利要求1至10中任一項的藥物組合物，所述施用優(yōu)選地誘導(dǎo)或促進(jìn)針對如下腫瘤的CTL活性，所述腫瘤的特征在于以I類MHC呈遞包含由下述核酸編碼之氨基酸序列的腫瘤抗原，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO1的核酸序列或所述核酸序列的變體。12.用于診斷、檢測或監(jiān)測腫瘤疾病的方法，其包括在從患者分離的生物樣品中檢測和/或定量選自以下的一種或多種參數(shù)(i)編碼如下肽的核酸，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列，()包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，(iii)與如下肽結(jié)合的抗體，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(iv)識別如下肽的T細(xì)胞，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，和/或(ν)呈遞如下肽的細(xì)胞，所述肽包含衍生自腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，其中，所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且所述腫瘤抗原肽包含與所述腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列。13.用于檢測患者中的循環(huán)腫瘤細(xì)胞的方法，其包括在從所述患者分離的、含有或懷疑含有散布的或循環(huán)的腫瘤細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性腫瘤細(xì)胞的生物樣品中檢測和/或定量(i)編碼如下肽的核酸，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列，和/或(ii)包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，其中，所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且所述腫瘤抗原肽包含與所述腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列。14.檢測患者中轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性胃癌細(xì)胞的方法，其包括在從患有腫瘤的所述患者的組織或器官分離的生物樣品中檢測和/或定量(i)編碼如下肽的核酸，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列，和/或(ii)包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，其中，當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)所述核酸或肽，其中，所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且所述腫瘤抗原肽包含與所述腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列。15.權(quán)利要求12至14中任一項的方法，其中所述生物樣品來自組織或器官，其中，當(dāng)所述組織或器官不具有腫瘤時，所述細(xì)胞基本上不表達(dá)所述腫瘤抗原和/或編碼所述腫瘤抗原的核酸。16.權(quán)利要求12至15中任一項的方法，其中所述檢測和/或定量包括(i)使所述生物樣品與如下藥劑相接觸，所述藥劑特異性地結(jié)合待檢測/或待定量的所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞或所述細(xì)胞，和()檢測由所述藥劑與待檢測或待定量之所述核酸、所述肽、所述抗體、所述T細(xì)胞或所述細(xì)胞之間復(fù)合物的形成和/或?qū)ζ溥M(jìn)行定量。17.權(quán)利要求16的方法，其中(i)特異性結(jié)合所述核酸的所述藥劑包含特異性地與所述核酸雜交的寡核苷酸，(ii)特異性結(jié)合所述肽的所述藥劑包含特異性結(jié)合所述肽的抗體，(iii)特異性結(jié)合所述抗體的所述藥劑包含特異性結(jié)合所述抗體的肽，或(iv)特異性結(jié)合所述T細(xì)胞的所述藥劑包含呈遞MHC分子和如下肽之間復(fù)合物的細(xì)胞，所述肽包含衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列。18.權(quán)利要求16或17的方法，其中所述藥劑還包含可檢測標(biāo)記。19.診斷測試試劑盒，其包含與如下項特異性結(jié)合的藥劑(i)編碼如下肽的核酸，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列，()包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列的肽，(iii)結(jié)合如下肽的抗體，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，(iv)識別如下肽的T細(xì)胞，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，和/或(ν)呈遞如下肽的細(xì)胞，所述肽包含衍生自腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，其中，所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且所述腫瘤抗原肽包含與所述腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列，其中所述藥劑優(yōu)選地還包含可檢測標(biāo)記。20.結(jié)合如下肽的藥劑，所述肽包含腫瘤抗原的氨基酸序列或衍生自所述腫瘤抗原之腫瘤抗原肽的氨基酸序列，其中所述腫瘤抗原包含由如下核酸編碼的氨基酸序列，所述核酸包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:1的核酸序列或所述核酸序列的變體，并且所述腫瘤抗原肽包含與所述腫瘤抗原之片段的氨基酸序列基本上對應(yīng)的氨基酸序列，其中所述藥劑優(yōu)選地為抗體，更優(yōu)選地為單克隆的、嵌合的、人的或人源化的抗體、抗體片段或合成抗體。21.權(quán)利要求20的藥劑與治療效應(yīng)部分或可檢測標(biāo)記之間的綴合物。22.權(quán)利要求1至10中任一項的藥物組合物、權(quán)利要求11至18中任一項的方法、權(quán)利要求19的診斷測試試劑盒、權(quán)利要求20的藥劑或權(quán)利要求21的綴合物，其中所述腫瘤抗原包含根據(jù)序列表中SEQIDNO:2的氨基酸序列或所述氨基酸序列的變體。23.權(quán)利要求10或22的藥物組合物或者權(quán)利要求11至12、14至18和22中任一項的方法，其中所述腫瘤疾病選自結(jié)腸癌、胃癌、轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌和轉(zhuǎn)移性胃癌。全文摘要本發(fā)明涉及鑒定結(jié)腸直腸的(尤其是結(jié)腸的)和胃的腫瘤組織以及結(jié)腸直腸的(尤其是結(jié)腸的)和胃的組織之特征性核酸和氨基酸序列，所述序列代表用于治療或診斷對象中此類腫瘤疾病的靶標(biāo)。文檔編號A61K39/395GK102325548SQ201080008656公開日2012年1月18日申請日期2010年2月18日優(yōu)先權(quán)日2009年2月20日發(fā)明者烏爾·沙欣,厄茲萊姆·圖雷奇,米夏埃爾·科斯洛夫斯基申請人:加尼梅德藥物公司,約翰內(nèi)斯·古滕伯格美因茲大學(xué)