專利名稱：用于預(yù)測對hcv治療持續(xù)應(yīng)答的生物標(biāo)志物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及對于預(yù)測丙型肝炎病毒感染的患者對藥理學(xué)治療的應(yīng)答有用的生物標(biāo)志物。
背景技術(shù)：
在全世界，丙型肝炎病毒(HCV)是主要的健康問題并且是慢性肝病的主要原因(Boyer, N.等人，J. Hepatol. 200032 :98-112)。感染了 HCV的患者有惡化為肝硬化以及隨后的肝細(xì)胞癌的風(fēng)險，因此，HCV是肝移植的主要指征。根據(jù)世界衛(wèi)生組織，世界范圍存在超過2億感染個體，每年至少3百萬至4百萬人感染。一旦被感染，約20%的人清除該病毒，但其余人可以余生攜帶HCV。10%至20%的慢性感染個體最終發(fā)展為破壞肝臟的肝硬化癥或癌癥。這種病毒病以腸胃外方式由污染的血液和血液制品傳播、由污染的針頭傳播、或者以性方式傳播或者從感染母親或攜帶母親垂直地傳播至后代。由于抗性發(fā)展迅速，針對HCV感染的現(xiàn)有療法具有有限的臨床益處，其中所述的現(xiàn)有療法限于用重組干擾素-a單獨或與核苷類似物利巴韋林聯(lián)合的免疫治療。迫切需要有效戰(zhàn)勝慢性HCV感染的改進(jìn)的治療劑。已經(jīng)將HCV分類為黃病毒科(flaviviridae)的成員，其中所述黃病毒科包括黃病毒屬(fIaviviruses)、痕疫病毒屬(pestiviruses)和肝炎病毒屬(hapaceiviruses),其中所述肝炎病毒屬包括丙型肝炎病毒(Rice, C. M.，F(xiàn)laviviridae The viruses and theirreplication.在 Fields Virology 一書中，編輯Fields, B. N.，Knipe, D. M.，和 Howley,P.M.，Lippincott-Raven 出版社，Philadelphia, Pa.,第 30 章，931-959,1996)。HCV 為包含有大約9. 4kb正義單鏈RNA基因組的包膜病毒。病毒基因組由5’非翻譯區(qū)(UTR)、編碼大約3011個氨基酸的多蛋白前體的長可讀框(ORF)和短的3’ UTR組成。5’ UTR是HCV基因組最高度保守的部分，并且對多蛋白翻譯的起始和控制很重要。HCV的遺傳分析鑒定出六個DNA序列趨異超過30%的主要基因型。每一種基因型含有一系列更密切相關(guān)的顯示出20-25%的核苷酸序列差異的亞型(Simmonds，P. 2004J. Gen. Virol. 85 :3173-88)。已經(jīng)區(qū)分了 30個以上的亞型。在美國，大約70%的感染個體具有Ia和Ib型感染。在亞洲，Ib型是最普遍的亞型(X. Forns和J. Bukh, Clinics in LiverDisease 1999 3 :693-716 ;J. Bukh 等人，Semin. Liv. Dis. 199515 :41-63)。不幸地是，I 型感染比2型或3型基因型感染更加耐受治療(N.N.Zein，Clin. Microbiol. Rev. ,200013 223-235)。瘟病毒和肝炎病毒的ORF的非結(jié)構(gòu)蛋白部分的基因組織和多聚蛋白加工是非常相似的。這些正鏈RNA病毒具有單一的大可讀框(ORF)，編碼病毒復(fù)制必需的全部病毒蛋白。這些蛋白質(zhì)作為多聚蛋白表達(dá)，其中所述的多聚蛋白經(jīng)細(xì)胞蛋白酶和病毒編碼的蛋白酶共翻譯和翻譯后地加工以產(chǎn)生成熟的病毒蛋白。負(fù)責(zé)病毒基因組RNA復(fù)制的病毒蛋白大約定位于羧基端。ORF的三分之二稱為非結(jié)構(gòu)(NS)蛋白。對于瘟病毒和肝炎病毒而言，成熟的非結(jié)構(gòu)(NS)蛋白從非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)的氨基端至該ORF羧基端的依次順序由p7、NS2、 NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和 NS5B 組成。
瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白共有以特定蛋白質(zhì)功能為特征的序列結(jié)構(gòu)域。例如，這兩組病毒中的病毒NS3蛋白具有屬于絲氨酸蛋白酶特征的氨基酸序列基序和屬于解旋酶特征的氨基酸序列基序(Gorbalenya 等人,Nature 1988 333 :22 ;Bazan 和 Fletterick,Virology 1989，171 :637-639 ;Gorbalenya等人，Nucleic Acid Res. 1989，17，3889-3897)。類似地，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白具有屬于RNA指導(dǎo)的RNA聚合酶特征的基序(Koonin, E. V.和 Dolja, V. V.，Crit. Rev. Biochem. Molec. Biol. 1993，28 :375-430)。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白在病毒生活周期中的實際作用和功能是直接類似的。在這兩種情況下，NS3絲氨酸蛋白酶負(fù)責(zé)ORF中其位置下游的多聚蛋白前體的所有蛋白酶解加工(Wiskerchen 和 Collett, Virology, 1991,184 :341-350 ；Bartenschlager 等人，J. Virol. 1993,67 :3835-3844 ；Eckart 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1993,192 399-406 ；Grakoui 等人，J. Virol. 1993,67 :2832-2843 ；Grakoui 等人，Proc. Natl. Acad.Sci.USA 1993,90 :10583-10587 ；Ilijikata 等人，J. Virol.1993,67 :4665-4675 ；Tome 等人，J. Virol. 1993，67 :4017-4026)。在這兩種情況下，NS4A蛋白均作為輔因子與NS3絲氨酸蛋白酶作用(Bartenschlager 等人，J. Virol. 1994,68 :5045-5055 ；Failla 等人，
J. Virol. 1994,68 :3753-3760 ;Xu 等人，J Virol. 1997,71 :5312-5322)。這兩組病毒的 NS3蛋白均也發(fā)揮解旋酶的作用(Kim 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1995,215 160-166 ；Jin 和 Peterson, Arch.Biochem. Biophys. 1995, 323 :47-53 ;Warrener 和 Collett,J. Virol. 1995 69 :1720-1726)。最后，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白均具有預(yù)測的RNA指導(dǎo)的 RNA 聚合酶活性(Behrens 等人，EMBO 1996，15 :12-22 ;Lechmann 等人，J. Virol. 1997，71 :8416-8428 ;Yuan 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1997,232 :231-235 ;Hagedorn,PCTWO 97/12033 ；Zhong 等人，J. Virol. 1998，72 :9365-9369)。目前，僅有有限數(shù)量經(jīng)批準(zhǔn)的療法可以用來治療HCV感染。下列文獻(xiàn)綜述了用來治療HCV和抑制HCV NS5B聚合酶的新的以及現(xiàn)有的治療方法R. G. Gish, Sem. Liver.Dis. ,199919 5 ；Di Besceglie, A.M.和 Bacon, B. R. , Scientific American,1999 年 10月，80-85 ;G. Lake-Bakaar, Current and Future Therapy for Chronic Hepatitis CVirus Liver Disease, Curr. Drug Targ. Infect Dis. 20033 (3) :247-253 ；P. Hoffmann等人，Recent patents on experimental therapy for hepatitis C virus infection(1999-2002), Exp. Opin. Ther. Patents 200313(11) :1707-1723 ；F. F. Poordad 等人，Developments in Hepatitis C therapy during 2000—2002, Exp. Opin. Emerging Drugs2003 8(1) :9-25 ；M. P. Walker 等人，Promising Candidates for the treatment ofchronic hepatitis C, Exp. Opin. investing. Drugs 2003 12(8) 1269-1280 ；S.-L. Tan等人，Hepatitis C Therapeutics Current Status and Emerging Strategies, NatureRev. Drug Discov. 2002 I :867-881 ；R. De Francesco 等人，Approaching a new era forhepatitis C virus therapy inhibitors of the NS3—4A serine protease and the NS5BRNA-dependent RNA polymerase, Antiviral Res. 200358 :1-16 ;Q. M. Wang等人，HepatitisC virus encoded proteins targets for antiviral therapy, Drugs of the Future200025(9) :933-8-944 ； J. A. Wu 和 Z. Hong，Targeting NS5B_Dependent RNA Polymerasefor Anti-HCV Chemotherapy Cur. Drug Targ.-Inf. Dis. 20033 :207_219。引用了目前處于研發(fā)不同階段的化合物的文獻(xiàn)綜述在此以其整體引入作為參考。
權(quán)利要求
1.預(yù)測感染丙型肝炎病毒I型基因型(HCV-I)或丙型肝炎病毒4型基因型(HCV-4)的人對象對用干擾素、利巴韋林和HCV NS5B聚合酶抑制劑的治療將實現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答(SVR)的方法，其包括 (i)提供來自在所述治療之前(治療前)所述對象的樣品， (ii)確定所述樣品中選自CD30、MIG、TARC, TGFP I、SDFlb,Eotaxin-2 的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，和 (iii)將所述樣品中的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平與代表源自對所述治療未實現(xiàn)SVR的患者群體的治療前的樣品的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平的參照值對比； 其中，在所述樣品中的至少一種蛋白質(zhì)的統(tǒng)計學(xué)顯著更高的表達(dá)水平指示了所述對象將對所述治療實現(xiàn)SVR。
2.權(quán)利要求I的方法，其中確定至少兩種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。
3.權(quán)利要求I或2的方法，其中確定至少三種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。
4.預(yù)測感染丙型肝炎病毒I型基因型(HCV-I)或丙型肝炎病毒4型基因型(HCV-4)的人對象對用干擾素、利巴韋林和HCV NS5B聚合酶抑制劑的治療將實現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答(SVR)的方法，其包括 (i)提供來自所述治療一周后(治療后一周)的所述對象的樣品， (ii)確定所述樣品中選自⑶30、TRAIL，和TARC的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，和 (iii)將所述樣品中的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平與代表源自對所述治療未實現(xiàn)SVR的患者群體中治療后一周的樣品的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平的參照值對比； 其中，在所述樣品中的至少一種蛋白質(zhì)的統(tǒng)計學(xué)顯著更高的表達(dá)水平指示了所述對象將對所述治療實現(xiàn)SVR。
5.權(quán)利要求4的方法，其中確定至少兩種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。
6.權(quán)利要求4或5的方法，其中確定至少三種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。
7.預(yù)測感染丙型肝炎病毒I型基因型(HCV-I)或丙型肝炎病毒4型基因型(HCV-4)的人對象對用干擾素、利巴韋林和HCV NS5B聚合酶抑制劑的治療將實現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答(SVR)的方法，其包括 (i)提供來自在所述治療之前(治療前)的所述對象的樣品， (ii)確定所述樣品中選自HCC4、MIPlb、SDFlb、TNFRII、ITAC、MIG、IL2R,和 IL16 的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，和 (iii)提供來自所述治療一周后(治療后一周)的所述對象的樣品， (iv)確定所述樣品中選自HCC-4、MIPlb、SDFlb、TNFRII、ITAC、MIG、IL2R，和 IL16 的至少一種蛋白質(zhì)的表達(dá)水平， (v)確定來自所述對象的治療前的樣品和來自所述對象的治療后一周的樣品之間至少一種蛋白質(zhì)的差異表達(dá)水平，和 (vi)將至少一種蛋白質(zhì)的所述差異表達(dá)水平與代表下述至少一種蛋白質(zhì)的差異表達(dá)水平的參照值對比，所述蛋白質(zhì)源自對所述治療未實現(xiàn)SVR的患者群體中的治療前的樣品和治療后一周的樣品； 其中，至少一種蛋白質(zhì)差異表達(dá)水平的統(tǒng)計學(xué)顯著改變指示了所述對象將對所述治療實現(xiàn)SVR。
8.權(quán)利要求7的方法，其中確定至少兩種蛋白質(zhì)的差異表達(dá)水平。
9.權(quán)利要求7或8的方法，其中確定至少三種蛋白質(zhì)的差異表達(dá)水平。
10.預(yù)測感染丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4(HCV-4)的人對象對用干擾素、利巴韋林和HCV NS5B聚合酶抑制劑的治療將實現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答(SVR)的方法，其包括 (i)提供來自所述治療之前(治療前)的所述對象的樣品， (ii)以皮克每毫升，確定所述樣品中的IP10、⑶30、TGFPI和MIG的表達(dá)水平，并使用方程:SVR 分?jǐn)?shù)=-47. 4-1. lxlog2IP10+3. lxlog2CD30+l. 4xlog2TGFP 1+0. 5xlog2MIG ； 其中SVR分?jǐn)?shù)大于或等于0. 5指示了對象將對所述治療實現(xiàn)SVR，而其中SVR分?jǐn)?shù)小于.0. 5指示了對象將對所述治療不實現(xiàn)SVR。
全文摘要
本發(fā)明涉及用于預(yù)測丙型肝炎病毒感染患者對藥物治療的應(yīng)答的生物標(biāo)志物。
文檔編號G01N33/576GK102656459SQ201080054518
公開日2012年9月5日 申請日期2010年11月29日 優(yōu)先權(quán)日2009年12月2日
發(fā)明者S-H·邱, Y·朱 申請人:弗·哈夫曼-拉羅切有限公司