生物標(biāo)志表達(dá)的選擇和顯示的制作方法
【專(zhuān)利說(shuō)明】生物標(biāo)志表達(dá)的選擇和顯示
[0001]本申請(qǐng)?jiān)?5 U.S.119(e)之下要求于2013年10月11日提交的美國(guó)臨時(shí)專(zhuān)利申請(qǐng)序號(hào)61/889，820、于2013年5月30日提交的61/828，890以及于2012年12月6日提交的61/734，032的優(yōu)先權(quán)，這些申請(qǐng)的全部?jī)?nèi)容在此通過(guò)引用明確并入本文。
【背景技術(shù)】
[0002]被處理以揭示生物標(biāo)志的表達(dá)的組織樣本的檢查是用于生物學(xué)調(diào)研和診療研宄的已知工具。一種這樣的處理牽涉到使用感興趣的抗體或抗體替代品，諸如抗體碎片，其對(duì)于生物標(biāo)志、常見(jiàn)蛋白是特定的。這樣的抗體或抗體替代品可以利用能夠在適當(dāng)條件下生成信號(hào)的一部分來(lái)直接或間接標(biāo)記。例如，熒光部分可以附接到抗體以針對(duì)熒光詢問(wèn)所處理的組織。所獲得的信號(hào)通常指示所存在的生物標(biāo)志的存在和量二者。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0003]依照一個(gè)示例性實(shí)施例，提供一種計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法以用于顯示生物樣本的視場(chǎng)(field of view)中的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)水平。該方法包括將圖形用戶界面再現(xiàn)在視覺(jué)顯示設(shè)備上。圖形用戶界面包括主圖像面板和生物標(biāo)志面板。該方法包括接收選擇對(duì)應(yīng)于所選生物樣本的視場(chǎng)的用戶輸入，以及在主圖像面板上再現(xiàn)對(duì)應(yīng)于生物樣本的所選視場(chǎng)的第一圖像。該方法包括覆蓋在主圖像面板中的第一圖像上而再現(xiàn)使得用戶能夠選擇第一圖像內(nèi)的第一區(qū)的感興趣區(qū)選擇組件。該方法還包括在生物標(biāo)志面板上再現(xiàn)對(duì)應(yīng)于第一圖像中的第一區(qū)的縮略圖像的第一集合，縮略圖像的第一集合表示生物標(biāo)志的集合的表達(dá)水平。該方法還包括在主圖像面板上接收選擇第一圖像中的第二區(qū)的用戶輸入，并且基于選擇第一圖像中的第二區(qū)的用戶輸入來(lái)更新生物標(biāo)志面板，以利用對(duì)應(yīng)于第一圖像中的第二區(qū)并表示生物標(biāo)志的集合的表達(dá)水平的縮略圖像的第二集合來(lái)替換縮略圖像的第一
口 O
[0004]依照另一示例性實(shí)施例，提供一種計(jì)算機(jī)系統(tǒng)以用于顯示生物樣本的視場(chǎng)中的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)水平。該計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括用于顯示圖形用戶界面的視覺(jué)顯示設(shè)備，以及耦合到視覺(jué)顯示設(shè)備的計(jì)算機(jī)處理器。計(jì)算機(jī)處理器被編程或配置為在視覺(jué)顯示設(shè)備上再現(xiàn)圖形用戶界面，圖形用戶界面包括主圖像面板和生物標(biāo)志面板。計(jì)算機(jī)處理器被編程或配置為接收選擇對(duì)應(yīng)于所選生物樣本的視場(chǎng)的用戶輸入，并且在主圖像面板上再現(xiàn)對(duì)應(yīng)于生物樣本的所選視場(chǎng)的第一圖像。計(jì)算機(jī)處理器被編程或配置為覆蓋在主圖像面板中的第一圖像上而再現(xiàn)使得用戶能夠選擇第一圖像內(nèi)的第一區(qū)的感興趣區(qū)選擇組件。計(jì)算機(jī)處理器還被編程或配置為在生物標(biāo)志面板上再現(xiàn)對(duì)應(yīng)于第一圖像中的第一區(qū)的縮略圖像的第一集合，縮略圖像的第一集合表示生物標(biāo)志的集合的表達(dá)水平。計(jì)算機(jī)處理器還被編程或配置為在主圖像面板上接收選擇第一圖像中的第二區(qū)的用戶輸入，并且基于選擇第一圖像中的第二區(qū)的用戶輸入來(lái)更新生物標(biāo)志面板，以利用對(duì)應(yīng)于第一圖像中的第二區(qū)并表示生物標(biāo)志的集合的表達(dá)水平的縮略圖像的第二集合來(lái)替換縮略圖像的第一集合。
[0005]依照另一示例性實(shí)施例，提供一個(gè)或多個(gè)非暫時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)。非暫時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)具有編碼在其上的一個(gè)或多個(gè)計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，所述指令當(dāng)在計(jì)算設(shè)備上被執(zhí)行時(shí)執(zhí)行一種用于顯示生物樣本的視場(chǎng)中的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)水平的方法。該方法包括在視覺(jué)顯示設(shè)備上再現(xiàn)圖形用戶界面。圖形用戶界面包括主圖像面板和生物標(biāo)志面板。該方法包括接收選擇對(duì)應(yīng)于所選生物樣本的視場(chǎng)的用戶輸入，并且在主圖像面板上再現(xiàn)對(duì)應(yīng)于生物樣本的所選視場(chǎng)的第一圖像。該方法包括覆蓋在主圖像面板中的第一圖像上而再現(xiàn)使得用戶能夠選擇第一圖像內(nèi)的第一區(qū)的感興趣區(qū)選擇組件。該方法還包括在生物標(biāo)志面板上再現(xiàn)對(duì)應(yīng)于第一圖像中的第一區(qū)的縮略圖像的第一集合，縮略圖像的第一集合表示生物標(biāo)志的集合的表達(dá)水平。該方法還包括在主圖像面板上接收選擇第一圖像中的第二區(qū)的用戶輸入，并且基于選擇第一圖像中的第二區(qū)的用戶輸入來(lái)更新生物標(biāo)志面板，以利用對(duì)應(yīng)于第一圖像中的第二區(qū)并表示生物標(biāo)志的集合的表達(dá)水平的縮略圖像的第二集合來(lái)替換縮略圖像的第一集合。
[0006]依照另一示例性實(shí)施例，所顯示的圖像可以被捕獲和更新到可檢索的記錄中。
【附圖說(shuō)明】
[0007]通過(guò)參考結(jié)合附圖考慮的以下描述，示例性實(shí)施例的前述和其它目標(biāo)、方面、特征和優(yōu)點(diǎn)將變得更明顯并且可以更好地理解，其中:
圖1A-1C圖示了用于存儲(chǔ)生物標(biāo)志表達(dá)數(shù)據(jù)的示例性數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。
[0008]圖2圖示了用于顯示生物樣本的一個(gè)或多個(gè)視場(chǎng)的示例性用戶界面。
[0009]圖3圖示了圖2的用戶界面，其在主圖像面板中顯示視場(chǎng)中的生物標(biāo)志的表達(dá)水平。
[0010]圖4圖示了圖3的用戶界面，其顯示被分為相對(duì)于彼此水平布置的兩個(gè)圖像子面板的主圖像面板。
[0011]圖5圖不了圖3的用戶界面，其顯不被分為相對(duì)于彼此豎直布置的兩個(gè)圖像子面板的主圖像面板。
[0012]圖6圖示了圖4的用戶界面，其顯示其中左子面板示出視場(chǎng)的左部中的生物標(biāo)志的表達(dá)水平并且右子面板示出視場(chǎng)的右部中的形態(tài)學(xué)特征的圖像。
[0013]圖7圖示了圖6的用戶界面，其顯示可以被用于調(diào)整兩個(gè)或更多圖像子面板的大小的滑塊(slider)組件。
[0014]圖8是用于提供生物樣本的視場(chǎng)的分屏顯示的示例性計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法的流程圖。
[0015]圖9A和9B圖示了用于存儲(chǔ)顯示圖4的圖像子面板所需的圖像數(shù)據(jù)的示例性數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。
[0016]圖10圖示了用于顯示主圖像面板和包括生物標(biāo)志表達(dá)數(shù)據(jù)的一個(gè)或多個(gè)縮略圖像的生物標(biāo)志面板的用戶界面。
[0017]圖11圖示了圖10的用戶界面，其以不同變焦(zoom)水平在主圖像面板中顯示不同視場(chǎng)。
[0018]圖12圖示了圖10的用戶界面，其中感興趣的形態(tài)學(xué)特征在主圖像面板中落在感興趣區(qū)選擇組件的邊界之外。
[0019]圖13圖示了圖12的用戶界面，其中感興趣的形態(tài)學(xué)特征在主圖像面板中落在感興趣區(qū)選擇組件的邊界之內(nèi)。
[0020]圖14圖示了用于顯示主圖像面板和包括生物標(biāo)志表達(dá)數(shù)據(jù)的一個(gè)或多個(gè)縮略圖像的生物標(biāo)志面板的用戶界面。
[0021]圖15是用于顯示生物樣本的視場(chǎng)中的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)水平的示例性計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法的流程圖。
[0022]圖16圖示了用于顯示生物樣本的視場(chǎng)的分屏視圖以及包括對(duì)應(yīng)于視場(chǎng)的區(qū)的生物標(biāo)志表達(dá)數(shù)據(jù)的一個(gè)或多個(gè)縮略圖像的生物標(biāo)志面板的用戶界面。
[0023]圖17是在示例性實(shí)施例中可使用的示例性網(wǎng)絡(luò)環(huán)境的框圖。
[0024]圖18示出圖示了被編程為執(zhí)行本文所描述的用戶界面的任何一個(gè)的客戶端計(jì)算設(shè)備與拼塊(tile)圖像數(shù)據(jù)服務(wù)器之間的交互的示例性流程圖。
[0025]圖19示出了可以由客戶端計(jì)算設(shè)備生成的圖像度量請(qǐng)求的示例。
[0026]圖20示出了針對(duì)圖19的圖像度量請(qǐng)求的基于XML的響應(yīng)的示例。
[0027]圖21示出了可以由客戶端計(jì)算設(shè)備生成的拼塊圖像請(qǐng)求的示例。
[0028]圖22是圖示了被編程為執(zhí)行本文所描述的用戶界面的任何一個(gè)的客戶端計(jì)算設(shè)備與拼塊圖像數(shù)據(jù)服務(wù)器之間的交互的流程圖。
[0029]圖23是在示例性實(shí)施例中可使用的示例性計(jì)算設(shè)備的框圖。
[0030]圖24描繪了本發(fā)明的交替查看器。
[0031]圖25描繪了圖24的查看器的部分圖像上的以10倍放大率取得的玻片(slide)上的樣品的分子H&E圖像。
[0032]圖26描繪了圖24的查看器上的⑶30的mDAB圖像的10倍顯示。
[0033]圖27示出了在查看面板中呈現(xiàn)縮略圖像的該功能。
[0034]圖28描繪了以40倍分辨率獲得的多個(gè)單色圖像的混色。
[0035]圖29還描繪了由本發(fā)明提供在圖28的查看面板的部分視圖上的混合界面。
[0036]圖30描繪了本發(fā)明的數(shù)字棱鏡的交替實(shí)施例。
[0037]圖31描繪了選擇一個(gè)面板上的mDAB⑶30圖像，以及圖28的查看面板的部分視圖上的相鄰面板中的mDAB Pax5圖像。
[0038]圖32描繪了圖31的兩個(gè)圖像的可選擇取向。
[0039]圖33描繪了針對(duì)區(qū)分被選擇用于在圖28的查看面板的部分視圖上查看的兩個(gè)圖像的條(bar)的一個(gè)可選擇位置。
[0040]圖34示出了使用本發(fā)明的快照(snapshot)捕獲特征所捕獲的感興趣的兩個(gè)不同區(qū)，如在主顯示上的兩個(gè)框中所概述的。
[0041]圖35描繪了本發(fā)明允許使用本發(fā)明的快照特征捕獲所有縮略圖像。
[0042]圖36描繪了本發(fā)明允許使用本發(fā)明的快照特征捕獲整個(gè)場(chǎng)。
[0043]圖37描繪了使用本發(fā)明的標(biāo)注標(biāo)簽的所捕獲的縮略圖像的顯示。
[0044]圖38描繪了以列表格式的所捕獲的圖像的顯示。
[0045]圖39描繪了病理學(xué)者能夠?qū)⑺胁东@的圖像上載到病例報(bào)告中。
【具體實(shí)施方式】
[0046]本文所公開(kāi)的實(shí)施例包括用于選擇性地可視化生物樣本以及對(duì)應(yīng)于生物樣本的組織和數(shù)據(jù)(例如一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)水平、一個(gè)或多個(gè)形態(tài)學(xué)特征、一個(gè)或多個(gè)圖像分析方法的結(jié)果等)的方法、系統(tǒng)和設(shè)備。示例性實(shí)施例使得能夠?qū)崿F(xiàn)生物樣本的結(jié)構(gòu)化、又快速、靈活且用戶友好的顯示，其促進(jìn)生物研宄應(yīng)用并且允許病理學(xué)者實(shí)現(xiàn)客觀且可重復(fù)的診斷以及疾病或狀況模型。
[0047]某些示例性實(shí)施例提供用于同時(shí)查看生物樣本的所選視場(chǎng)的不同部分的分屏顯示。取決于所顯示的視場(chǎng)的分辨率，本發(fā)明預(yù)期到視場(chǎng)可以示出生物樣本的圖像的一部分或全部。預(yù)期到，在本發(fā)明的大多數(shù)應(yīng)用中，將合期望的是，選擇僅是生物樣本圖像的感興趣的部分或較小區(qū)的視場(chǎng)，以便允許在圖像面板中的生物樣本圖像的該部分的較高放大率顯示。因而，當(dāng)視場(chǎng)被表述為“對(duì)應(yīng)于生物樣本”時(shí)，本發(fā)明意指視場(chǎng)表示生物樣本的圖像、或圖像的部分。分屏顯示中的圖像面板可以包括或被分成用于顯示視場(chǎng)的兩個(gè)或更多連續(xù)部分的兩個(gè)或更多非重疊圖像子面板，使得子面板針對(duì)視場(chǎng)的單個(gè)部分顯示并且使得兩個(gè)或更多子面板的聯(lián)合協(xié)同地顯示整個(gè)視場(chǎng)。視場(chǎng)的部分在子面板的邊界處精確地且無(wú)縫地對(duì)準(zhǔn)。不同顯示類(lèi)型可以被用于顯示子面板中的視場(chǎng)的部分。不同顯示類(lèi)型可以包括但不限于一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)、一個(gè)或多個(gè)形態(tài)學(xué)特征的顯示、一個(gè)或多個(gè)分析結(jié)果的顯示、以及作為一個(gè)或多個(gè)可視化類(lèi)型的顯示。
[0048]某些示例性實(shí)施例提供用戶界面，其包括用于顯示生物樣本的視場(chǎng)的圖像面板、以及用于顯示用于同時(shí)查看視場(chǎng)內(nèi)的區(qū)的不同方面(例如該區(qū)中的不同生物標(biāo)志的表達(dá)水平)的縮略圖像的生物標(biāo)志面板。當(dāng)選擇或更新視場(chǎng)的所選區(qū)后，縮略圖像可以相應(yīng)地自動(dòng)更新以顯示新選擇的區(qū)。圖像面板可以包括感興趣區(qū)選擇組件以用于對(duì)視場(chǎng)內(nèi)的區(qū)進(jìn)行描畫(huà)(delineate)。感興趣區(qū)選擇組件可以覆蓋在主圖像面板中所顯示的視場(chǎng)的部分之上，并且可以被用戶用來(lái)選擇或更新顯示在生物標(biāo)志面板中的視場(chǎng)內(nèi)的區(qū)。
[0049]示例件組織成像枝術(shù)
本文所教導(dǎo)的實(shí)施例使用對(duì)應(yīng)于可以通過(guò)已知技術(shù)(諸如著色-漂白-重新著色)生成的復(fù)用生物標(biāo)志圖像的生物圖像數(shù)據(jù)。一般地，該技術(shù)牽涉到利用熒光標(biāo)記探針對(duì)生物樣本著色以生成用于一個(gè)或多個(gè)探針限度(bound)生物標(biāo)志的信號(hào)，在化學(xué)上對(duì)這些信號(hào)進(jìn)行漂白，以及對(duì)樣本重新著色以生成用于一些附加生物標(biāo)志的信號(hào)?；瘜W(xué)漂白步驟是方便的，這是因?yàn)閮H存在有限數(shù)目的信號(hào)，其可以容易彼此區(qū)分，因此可以在特定步驟中檢查僅有限數(shù)目的生物標(biāo)志。利用漂白，組織樣品可以針對(duì)多個(gè)步驟被重新探測(cè)和重新評(píng)價(jià)。該循環(huán)方法可以在福爾馬林固定的石蠟嵌入式組織(FFPE)樣品和細(xì)胞上使用。樣本的數(shù)字圖像在每一個(gè)著色步驟之后被收集。樣本的連續(xù)圖像可以使用諸如DAPI著色的細(xì)胞核之類(lèi)的形態(tài)學(xué)特征方便地保持在寄存器中，其信號(hào)不被化學(xué)漂白方法所修改。前述的是復(fù)用技術(shù)的一個(gè)示例，并且用來(lái)著色、漂白以及對(duì)樣品成像的系統(tǒng)是復(fù)用平臺(tái)的示例。
[0050]另一方案包括通過(guò)對(duì)凍結(jié)的生物樣本迭代地著色并且在應(yīng)用下一著色集合之前對(duì)來(lái)自之前的著色步驟的標(biāo)記進(jìn)行光子漂白來(lái)對(duì)所述凍結(jié)的生物樣本進(jìn)行檢查。然后從適當(dāng)?shù)膱D像提取與所評(píng)價(jià)的每一個(gè)生物標(biāo)志相關(guān)聯(lián)的熒光信號(hào)的強(qiáng)度。
[0051]所生成的圖像可以圖示細(xì)胞的較大組織樣品內(nèi)的各個(gè)細(xì)胞對(duì)一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志的表達(dá)。組織樣品可以是來(lái)自細(xì)胞培養(yǎng)的細(xì)胞分組或者器官、腫瘤或傷口的樣品。組織樣品還可以是已知為群組(cohort)的來(lái)自不同對(duì)象的類(lèi)似組織的樣本的分組的一部分。這些組織的分組可以表示一個(gè)或多個(gè)疾病或狀況模型、疾病或狀況模型內(nèi)的不同階段、或者針對(duì)疾病或狀況的處理的一個(gè)或多個(gè)響應(yīng)。
[0052]已經(jīng)對(duì)組織處理和檢查的技術(shù)進(jìn)行細(xì)化，使得可以量化地確定特定細(xì)胞或甚至給定細(xì)胞的區(qū)室(諸如核、細(xì)胞質(zhì)或膜)中的給定生物標(biāo)識(shí)的表達(dá)水平。作為整體的細(xì)胞或這些區(qū)室的邊界使用已知的組織學(xué)著色來(lái)定位。通常地，所處理的組織利用數(shù)字成像來(lái)檢查，并且可以因此容易地量化源自不同生物標(biāo)志的不同信號(hào)的水平。
[0053]生物樣本的每一個(gè)著色的視場(chǎng)的圖像使用已知的技術(shù)來(lái)生成，諸如利用耦合到適當(dāng)?shù)娘@微鏡和適當(dāng)?shù)馁|(zhì)量控制例程的數(shù)字?jǐn)z像機(jī)。自動(dòng)的圖像配準(zhǔn)和分析也可以被用來(lái)量化針對(duì)被描畫(huà)的各個(gè)細(xì)胞、細(xì)胞的聯(lián)合或者甚至子細(xì)胞區(qū)室(諸如核、細(xì)胞質(zhì)和膜)的生物標(biāo)志表達(dá)水平。由細(xì)胞或子細(xì)胞組成部分的復(fù)用化和圖像分析產(chǎn)生的數(shù)據(jù)值可以單獨(dú)地或與另外的分析(例如碎片分析)的結(jié)果結(jié)合地存儲(chǔ)。數(shù)據(jù)庫(kù)可以保存生物標(biāo)志的表達(dá)水平(例如作為數(shù)據(jù)的不同通道)，包括源樣本的標(biāo)識(shí)以及樣本從其脫出的組織內(nèi)的位置的標(biāo)識(shí)。所標(biāo)識(shí)的位置可以指示從其導(dǎo)出特定測(cè)量的特定細(xì)胞和/或組織，并且還可以包括與測(cè)量相關(guān)聯(lián)的區(qū)室、核、細(xì)胞質(zhì)或膜的標(biāo)識(shí)。與其相關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)值可以存儲(chǔ)在數(shù)據(jù)庫(kù)中，該數(shù)據(jù)庫(kù)可以維持在存儲(chǔ)設(shè)備中或在聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器中。
[0054]在下文參照附圖來(lái)描述示例性實(shí)施例。本領(lǐng)域一般技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，示例性實(shí)施例不限于說(shuō)明性實(shí)施例，并且示例性系統(tǒng)、設(shè)備和方法的組件不限于以下所描述的說(shuō)明性實(shí)施例。
[0055]用于存儲(chǔ)生物圖像數(shù)據(jù)的示例性數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
示例性實(shí)施例可以以允許以不同分辨率生成圖像以用于顯示在圖形用戶界面上的方式來(lái)存儲(chǔ)關(guān)于生物樣本的圖像數(shù)據(jù)。生物樣本的復(fù)用圖像可以由計(jì)算設(shè)備處理以隔離用來(lái)形成復(fù)用圖像的不同標(biāo)記所對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)的不同通道。這些標(biāo)記可以是生物標(biāo)志和/或著色，其表達(dá)生物樣本中的形態(tài)學(xué)特征(例如核、膜、細(xì)胞質(zhì))。
[0056]在示例性實(shí)施例中，對(duì)應(yīng)于復(fù)用圖像中的每一個(gè)通道的像素級(jí)圖像數(shù)據(jù)可以存儲(chǔ)在適于流送數(shù)據(jù)的拼塊多分辨率或拼塊金字塔數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中。在該數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中，對(duì)應(yīng)于圖像數(shù)據(jù)的相同通道的不同分辨率的多個(gè)圖像以金字塔格式按照分辨率增加或減小的次序進(jìn)行存儲(chǔ)。在每一個(gè)分辨率水平處，圖像的像素級(jí)數(shù)據(jù)被分成多個(gè)塊或拼塊。拼塊多分辨率格式最大化數(shù)據(jù)訪問(wèn)和傳輸?shù)乃俣群托省８鱾€(gè)圖像拼塊可以以最小服務(wù)器開(kāi)銷(xiāo)以任何分辨率快速地訪問(wèn)和流送，其在訪問(wèn)高分辨率圖像數(shù)據(jù)方面尤其重要。也就是說(shuō)，對(duì)應(yīng)于一個(gè)或多個(gè)拼塊序列的數(shù)據(jù)可以從數(shù)據(jù)存儲(chǔ)發(fā)送并且由數(shù)據(jù)請(qǐng)求實(shí)體接收。由于數(shù)據(jù)以不同分辨率可用，所以圖像處理不必使圖像數(shù)據(jù)與所請(qǐng)求的分辨率水平一致。
[0057]在創(chuàng)建拼塊多分辨率數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)時(shí)，對(duì)應(yīng)于單個(gè)數(shù)據(jù)通道的圖像(例如單個(gè)生物標(biāo)志)可以由計(jì)算設(shè)備處理，以便以不同分辨率生成相同圖像的兩個(gè)或更多版本?？梢允褂糜糜谏蓤D像的較低分辨率版本的任何常規(guī)技術(shù)。對(duì)應(yīng)于單個(gè)數(shù)據(jù)通道的圖像然后可以以金字塔格式按照分辨率增加或減小的次序進(jìn)行存儲(chǔ)。圖1A圖示了用于存儲(chǔ)生物樣本中的第一生物標(biāo)志的表達(dá)數(shù)據(jù)的拼塊金字塔數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)102 ;圖1B圖示了用于存儲(chǔ)生物樣本中的第二生物標(biāo)志的表達(dá)數(shù)據(jù)的拼塊金字塔數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)104 ;并且圖1C圖示了用于存儲(chǔ)生物樣本中的第三生物標(biāo)志的表達(dá)數(shù)據(jù)的拼塊金字塔數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)106。圖1A的示例性數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)102包括以分辨率增加的次序的對(duì)應(yīng)于以四個(gè)不同分辨率水平的相同生物樣本中的相同標(biāo)記表達(dá)或形態(tài)上的數(shù)據(jù)的四個(gè)圖像108、110、112、114。
[0058]一旦針對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)通道生成金字塔數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，則不同分辨率層處的每一個(gè)圖像上的像素級(jí)數(shù)據(jù)被分為塊或拼塊。圖像可以被分為任何適當(dāng)數(shù)目的拼塊。例如，圖像可以被分為512像素寬乘以512像素高的拼塊。存儲(chǔ)拼塊多分辨率數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的存儲(chǔ)設(shè)備可以唯一地標(biāo)識(shí)每一個(gè)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)以及數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中的每一個(gè)拼塊以用于基于請(qǐng)求而快速訪問(wèn)。例如，數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中的每一個(gè)拼塊可以在金字塔中的每一個(gè)水平處被索引和/或二維坐標(biāo)可以與金字塔中的每一個(gè)水平處的每一個(gè)拼塊相關(guān)聯(lián)。
[0059]盡管結(jié)合拼塊多分辨率數(shù)據(jù)存儲(chǔ)結(jié)構(gòu)描述了示例性實(shí)施例，但是本領(lǐng)域一般技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，也可以或者作為替換地使用其它適當(dāng)?shù)拇鎯?chǔ)結(jié)構(gòu)。
[0060]在一個(gè)實(shí)施例中，提供如本文所描述的用戶界面的任何一個(gè)的計(jì)算設(shè)備可以包括用于將關(guān)于生物樣本的圖像數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在拼塊多分辨率數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中的存儲(chǔ)設(shè)備。
[0061]在另一實(shí)施例中，提供如本文所描述的用戶界面的任何一個(gè)的計(jì)算設(shè)備可以從存儲(chǔ)拼塊多分辨率數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的遠(yuǎn)程服務(wù)器訪問(wèn)圖像數(shù)據(jù)。在該情形中，運(yùn)行用戶界面的計(jì)算設(shè)備可以確定針對(duì)其目的而選擇性需要的數(shù)據(jù)的拼塊，并且可以從服務(wù)器僅請(qǐng)求選擇性拼塊。也就是說(shuō)，在一些實(shí)施例中，關(guān)于整個(gè)生物樣本的圖像數(shù)據(jù)可以不被請(qǐng)求或預(yù)加載到用戶界面中；但是相反，可以從服務(wù)器請(qǐng)求在給定時(shí)間所需的僅那些集合的圖像數(shù)據(jù)。這最小化提供請(qǐng)求服務(wù)時(shí)的服務(wù)器開(kāi)銷(xiāo)并且減小需要傳遞到計(jì)算設(shè)備以用于其用戶界面的圖像數(shù)據(jù)的量，由此使用戶界面快速且高效并且高度響應(yīng)于用戶輸入和請(qǐng)