br>[0043] 本文所使用的關(guān)于遺傳標記等位基因和/或遺傳標記等位基因的組合及表型性 狀的術(shù)語"相關(guān)聯(lián)"是指包括直接和間接的遺傳連鎖。因此，根據(jù)本發(fā)明與性狀相關(guān)聯(lián)的遺 傳標記等位基因和/或遺傳標記等位基因的組合可通過直接或間接的遺傳連鎖偶聯(lián)到所 述性狀。此外，本文所使用的關(guān)于特定表型的術(shù)語"相關(guān)聯(lián)性狀"涉及任何表型性狀，這在 任何程度上有助于所述表型。例如，所述性狀體細胞數(shù)（SCC)、體細胞評分（SCS)、乳房形態(tài) (包括幾個定量測量，諸如前乳房附著、乳房深度、乳房結(jié)構(gòu)等）和診斷變量（諸如在特定時 間段內(nèi)治療的臨床乳腺炎病例）有助于總體乳腺炎表型。因此，"與乳腺炎抗性相關(guān)聯(lián)的性 狀"或"乳腺炎抗性表型性狀"包括 SCC、SCS、CM 11、CM 12、CM2、CM3、CM、SCC3、SCC2、SCC1、 SCC和診斷變量，所述診斷變量包括任何所述表型性狀的指數(shù)。
[0044] 本文所使用的術(shù)語"以遺傳方式偶聯(lián)"是關(guān)于往往一起分離的兩個基因座。因此， 與根據(jù)本發(fā)明的特定表型性狀相關(guān)聯(lián)的、以遺傳方式偶聯(lián)到另一遺傳標記等位基因的SNP 標記等位基因是所述遺傳標記的標志，并且因此可在樣本中作為與所述表型性狀（例如， 與乳腺炎抗性相關(guān)聯(lián)的性狀）相關(guān)聯(lián)的所述遺傳標記的替代被檢測到。
[0045] 應(yīng)進一步理解的是，在牛受試者中，本發(fā)明的遺傳標記等位基因或標記等位基因 的組合的核苷酸序列與本發(fā)明的表型性狀在遺傳上相關(guān)聯(lián)。因此，還應(yīng)當理解，一些遺傳標 記可被包括在位于根據(jù)本發(fā)明方法的遺傳標記側(cè)翼并包括根據(jù)本發(fā)明方法的遺傳標記的 DNA區(qū)域的核苷酸序列中。
[0046] 本文所使用的術(shù)語"基因"是指包括任何基因的編碼區(qū)以及非編碼區(qū)，以及開放閱 讀框的上游和下游區(qū)域。因此，"位于基因中"的遺傳標記可位于外顯子、內(nèi)含子或開放閱讀 框的上游或下游中，例如位于所討論的基因的開放閱讀框的上游或下游的1000個核苷酸 或更多個的區(qū)域中。
[0047] 具體地，基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)被認為是包括在術(shù)語"基因"中，因此，位于基因中的標記包 括位于該基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)中的任何標記。
[0048] 連鎖不平衡
[0049] 連鎖不平衡（LD)反映可以追溯到歷史上的重組事件，且在家族中使用LD圖譜增 加圖譜的分辨率。當在群體中觀察到的單倍型與通過將每個單倍型中的個體遺傳標記的頻 率相乘所預(yù)測的單倍型頻率不一致時存在LD。在這方面，術(shù)語單倍型是指存在于一個染色 體上傾向于一起遺傳的一組密切相關(guān)的遺傳標記。為了使LD圖譜有效，遺傳標記的密度需 要與LD在給定群體中延伸的整個距離相配。連鎖不平衡反映了不同的遺傳標記在群體中 傾向于被共遺傳的程度。由于特別是近親繁殖和歷史的瓶頸，牛的LD水平例如與人類相比 更高。因此，一個遺傳標記的特征通?？蓮奶幱贚D的替代遺傳標記的特征推斷出。
[0050] 孫女設(shè)計
[0051] 孫女設(shè)計包括來自針對已被廣泛用于養(yǎng)殖的祖公畜和針對祖公畜的已產(chǎn)生后代 的雄性子代的基于DNA標記的分析數(shù)據(jù)。要與DNA標記數(shù)據(jù)一起使用的表型數(shù)據(jù)源自所 述雄性子代的雌性子代。所述表型數(shù)據(jù)例如可以是牛奶生產(chǎn)特征，與產(chǎn)犢、肉質(zhì)或疾病相 關(guān)的特征。一組雌性子代從它們的父體繼承了一個等位基因，而第二組雌性子代從它們的 父體繼承了另一個等位基因。通過比較這兩組的數(shù)據(jù)，可以得到特定染色體的片段是否攜 帶影響所討論的性狀的一個或多個基因的信息。可以得出QTL是否存在于該染色體的片 段中。執(zhí)行孫女設(shè)計的前提是詳細的表型數(shù)據(jù)的可用性。在本發(fā)明中，所述數(shù)據(jù)可以得到 (http://www. Ir. dk/kvaeg/diverse/principles. pdf)。賦予個體數(shù)量性狀的基因可通過 觀察染色體的片段，好像一個或多個基因位于染色體的那個片段內(nèi)一樣，以間接的方式來 尋找。與此相反，當已經(jīng)針對父母和其后代之一或兩者確定了染色體上的一些DNA標記時， DNA標記可被直接用來提供從父母傳遞到其一個或更多個后代的性狀信息。該標記可被用 于計算與所述DNA標記有關(guān)的染色體的遺傳史。
[0052] 牛受試者
[0053] 術(shù)語"牛受試者"是指任何品種的牛且意在包括母牛和公牛兩者，無論成年或新生 動物。該術(shù)語不表示動物的特定年齡。牛受試者的一個例子是Holstein牛種中的成員。在 一個優(yōu)選的實施方式中，牛受試者是Holstein-Friesian牛種群中的成員。在一個實施方 式中，牛受試者是丹麥和/或瑞典Holstein牛種群中的成員。在另一實施方式中，牛受試 者是Holstein Swartbont牛種群中的成員。在另一實施方式中，牛受試者是德國Holstein Schwarzbunt牛種群中的成員。在另一實施方式中，牛受試者是美國Holstein牛種群中的 成員。在一個實施方式中，牛受試者是紅色和白色Holstein牛種中的成員。在另一實施方 式中，牛受試者是德國Holstein Schwarzbunt牛種群中的成員。
[0054] 在一個實施方式中，牛受試者是任何家族的成員，其中包括Holstein牛種的成 員。在一個優(yōu)選的實施方式中，牛受試者是丹麥紅色種群的成員。在另一優(yōu)選的實施方式 中，牛受試者是芬蘭Ayrshire種群的成員。在又一實施方式中，牛受試者是瑞典紅白種群 的成員。在進一步的實施方式中，牛受試者是丹麥Holstein種群的成員。在另一實施方 式中，牛受試者是瑞典紅白種群的成員。在又一實施方式中，牛受試者是北歐紅色種群的成 員。在又一實施方式中，牛受試者是北歐Holstein、丹麥Jersey和北歐紅色牛種的成員。
[0055] 在本發(fā)明的一個實施方式中，牛受試者選自瑞典紅白種群、丹麥紅色種群、芬蘭 Ayrshire種群、Holstein-Friesian種群、丹麥Holstein種群和北歐紅色種群。在本發(fā)明 的另一實施方式中，牛受試者選自芬蘭Ayrshire牛和瑞典紅白牛。在本發(fā)明的另一實施方 式中，牛受試者選自芬蘭Ayrshire和瑞典紅白牛。
[0056] 乳腺炎抗性
[0057] 術(shù)語"乳腺炎"涉及母牛的乳房的乳腺的炎癥。在本申請中，術(shù)語"乳腺炎"用于 描述臨床乳腺炎和亞臨床乳腺炎兩者，其特征在于例如高體細胞評分（SCS)。
[0058] 術(shù)語"乳腺炎抗性"和"抗乳腺炎"可互換使用并且涉及以下事實，即某些牛受試者 相比于其他牛受試者不易發(fā)生乳腺炎，換句話說，某些牛受試者比其他牛受試者不易受到 乳腺炎的影響。因此，在此使用的"抗性"，是指任何水平的乳腺炎降低，從〇. 5%或更小的 微小降低到完全沒有乳腺炎（即，完全抗性）。在本發(fā)明中，在為了確定與抗乳腺炎相關(guān)的 遺傳標記而進行了一些牛受試者的分析的情況下，可通過所分析的牛受試者中與臨床乳腺 炎和/或亞臨床乳腺炎的發(fā)生有關(guān)的遺傳標記的存在與否來觀察表示乳腺炎抗性的性狀。 應(yīng)理解的是，乳腺炎抗性包括抗性性狀，從而影響牛受試者或其后代的乳房健康。因此，公 牛的乳腺炎抗性由其雌性后代在身體上表現(xiàn)出。
[0059] 乳腺炎抗性與乳腺炎易感性呈負相關(guān)，即具有高乳腺炎抗性的牛受試者具有低乳 腺炎易感性。因此，在此使用的術(shù)語"乳腺炎易感性"意在表明牛受試者具有患乳腺炎或具 有指示乳腺炎的性狀的相對較高的可能性。
[0060] 指示乳腺炎抗性的性狀
[0061] 可在若干不同的定量和定性參數(shù)的基礎(chǔ)上，對公牛的雌性后代關(guān)于乳腺炎抗性進 行評分。具體地說，根據(jù)本發(fā)明可基于指示乳腺炎抗性的具體性狀觀察到乳腺炎抗性。一 個這種指示牛種群中乳腺炎抗性的性狀被記錄為臨床乳腺炎病例。性狀的其它例子為體細 胞數(shù)（SCC)或體細胞評分（SCS)，所述體細胞評分（SCS)被定義為從牛奶記錄方案獲得的體 細胞計數(shù)值（10, 000/mL)的Iogltl轉(zhuǎn)化的平均值。所述平均值例如是產(chǎn)犢之后10天至180 天的時間段內(nèi)取得的。針對雄性子代性狀的估計育種值（EBV)可利用忽略家族結(jié)構(gòu)的單一 性狀最佳線性無偏預(yù)測（BLUP)動物模型進行計算。下表中提供指示乳腺炎抗性的具體