乳腺炎抗性的遺傳標(biāo)記的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及一種確定牛受試者的乳腺炎抗性的方法，包括檢測與乳腺炎抗性相關(guān) 聯(lián)的至少一種遺傳標(biāo)記。此外，本發(fā)明涉及一種試劑盒，用于檢測與乳腺炎抗性相關(guān)聯(lián)的至 少一種遺傳標(biāo)記的存在與否。
【背景技術(shù)】
[0002] 乳腺炎是由感染或創(chuàng)傷所導(dǎo)致的母牛的乳房或乳腺的炎癥，且乳腺炎被認為是對 于牛的經(jīng)濟上最重要的疾病。這種疾病可能是由多種因素引起的。乳腺炎的主要原因是微 生物經(jīng)由乳頭端部的入侵。乳腺炎可以是臨床或亞臨床的，所述亞臨床的是具有前期臨床 表現(xiàn)的亞臨床感染。臨床乳腺炎（CM)可以通過觀察紅腫的乳腺（即紅腫的乳房）和通過 凝乳塊的產(chǎn)生在視覺上被檢測出。一旦檢測到，則將來自乳腺炎母牛的牛奶與大桶分離開 來，從而使其不會影響整體的牛奶質(zhì)量。亞臨床乳腺炎是一種表征為高體細胞數(shù)（SCC)、正 ?；蛏叩捏w溫，且牛奶樣本應(yīng)培養(yǎng)測試陽性的乳腺炎類型。因此，亞臨床乳腺炎無法通過 乳房的腫脹或通過觀察腺體或產(chǎn)出的牛奶而在視覺上被檢測出。正因為如此，農(nóng)民無法選 擇將亞臨床乳腺炎的母牛的牛奶轉(zhuǎn)移。然而，與來自未感染的母牛的牛奶相比，這種牛奶的 質(zhì)量較差，因此會污染大桶中其余的牛奶。
[0003] 乳腺炎可以通過利用體細胞數(shù)（SCC)來檢測，其中對來自母牛的牛奶樣本的體細 胞的存在（白細胞）進行分析。體細胞是牛的自然防御機制的一部分，且當(dāng)乳房受到感染 時，細胞數(shù)升高?？梢酝ㄟ^滾球式粘度計和庫爾特計數(shù)器來間接地估計牛奶樣本中體細胞 的數(shù)量。
[0004] 由于乳腺炎導(dǎo)致牛奶和牛奶制品在質(zhì)量和數(shù)量上下降，因此乳腺炎對農(nóng)民和乳品 工業(yè)造成經(jīng)濟損失。因此，確定牛的乳腺炎抗性的遺傳基礎(chǔ)的能力對于乳品工業(yè)無論是在 曰常的牛奶生產(chǎn)方面還是在飼養(yǎng)管理、選擇乳腺炎抗性的牛受試者方面都具有巨大的經(jīng)濟 意義。在遺傳上選擇將生產(chǎn)不易發(fā)生乳腺炎的母牛的具有改進抗性的牛受試者的方法是可 取的。
[0005] 許多研宄已試圖檢測影響乳腺炎的數(shù)量性狀基因座（QTL)(例如Schrooten等， 2000 ;Boichard等，2003)，以使得QTL信息能夠通過標(biāo)記輔助選擇（MAS)被利用。到目前為 止，大多數(shù)研宄已針對作為臨床乳腺炎（CM)的指標(biāo)性狀的體細胞評分（SCS)確定了 QTL，而 不是直接針對CM。雖然這兩個性狀具有較高的遺傳相關(guān)性（Lund等，1999)，但是還不清楚 是否針對SCS已確定的QTL也影響CM。已經(jīng)證明，持續(xù)高的體細胞數(shù)（SCC)水平主要是亞 臨床乳腺炎的信號，這通常是由諸如金黃色葡萄球菌（Streptococcus aureus)和無乳鏈球 菌（Streptococcus agalactiae)這樣的傳染性細菌引起的（de Haas等，2002)。急性臨床 乳腺炎的發(fā)生經(jīng)常是由諸如大腸桿菌的環(huán)境細菌引起的，在這些感染中，SCC水平迅速增加 但當(dāng)感染被治愈時很快下降到正常水平。因此急性感染可能不能通過高SCC水平檢測到。 早期研宄的另一個限制是，QTL是通過具有低精度的連鎖分析（LA)針對QTL位置進行的， 此外，標(biāo)記與性狀之間的LA關(guān)聯(lián)只可用于家族內(nèi)的選擇。與此相反，連鎖不平衡與連鎖分 析（LDLA)相結(jié)合可利用緊密連鎖的標(biāo)記有可能將QTL精細映射到小于IcM的染色體區(qū)域 (Meuwissen&Goddard，2000)。LDLA置信區(qū)間內(nèi)的標(biāo)記可被用于識別在一般人群中具有預(yù)測 能力的單體型。這些單倍型比LA標(biāo)記更易于在MAS中使用。
[0006] -旦繪制圖譜，遺傳標(biāo)記可以有效地應(yīng)用在標(biāo)記輔助選擇中。在本發(fā)明中，在?；?因組中確定了與臨床乳腺炎相關(guān)的遺傳標(biāo)記和/或SCS，這允許了一種確定牛受試者及其 后代是否會對乳腺炎有抗性的方法。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0007] 在養(yǎng)牛業(yè)中，能夠選擇對乳腺炎具有增加的抗性的牛受試者具有顯著的經(jīng)濟利 益，從而避免與動物患乳腺炎有關(guān)的經(jīng)濟損失?？赏ㄟ^本發(fā)明對乳腺炎抗性的遺傳傾向進 行檢測。本發(fā)明提供了一種基于與乳腺炎抗性相關(guān)聯(lián)和/或有聯(lián)系的遺傳標(biāo)記來確定牛受 試者中的乳腺炎抗性的方法。
[0008] 本發(fā)明一方面涉及一種確定牛受試者中的乳腺炎抗性的方法，包括：從所述牛受 試者的樣本中檢測至少一個遺傳標(biāo)記的存在與否，所述遺傳標(biāo)記與指示所述牛受試者和/ 或其后代的乳腺炎抗性的至少一個性狀相關(guān)聯(lián)，其中所述至少一個遺傳標(biāo)記位于選自表2 中所鑒定的區(qū)域1-61的?；蚪M的區(qū)域中，其中所述區(qū)域由第3列和第5列中所鑒定的 SNP標(biāo)記劃定，和/或由第4列和第6列中所鑒定的基因組位置劃定。
[0009] 另一方面，本發(fā)明涉及一種為育種目的而選擇牛受試者的方法，所述方法包括：通 過本發(fā)明的方法確定所述牛受試者和/或其后代的乳腺炎抗性，然后基于所確定的育種 值，選擇或不選擇所述牛受試者用于育種。
[0010] 本發(fā)明的第三方面涉及一種檢測牛受試者中與乳腺炎抗性相關(guān)聯(lián)的至少一個遺 傳標(biāo)記的存在與否的試劑盒，包括至少一個檢測部件，用于確定位于選自表2中所鑒定的 區(qū)域1-61的?；蚪M的區(qū)域中的遺傳標(biāo)記，其中所述區(qū)域由第3列和第5列中所鑒定的 SNP標(biāo)記劃定，和/或由第4列和第6列中所鑒定的基因組位置劃定。
[0011] 在第四方面，本發(fā)明涉及上述用于檢測牛受試者中與乳腺炎抗性相關(guān)聯(lián)的至少一 個遺傳標(biāo)記的存在與否的試劑盒的用途。
[0012] 在第五方面，本發(fā)明涉及一種針對牛受試者中乳腺炎的易感性而言來估計牛的育 種值的方法，包括：從牛受試者的樣本中檢測至少一個遺傳標(biāo)記的存在與否，所述遺傳標(biāo)記 與指示所述牛受試者和/或其后代的乳腺炎抗性的至少一個性狀相關(guān)聯(lián)，其中所述至少一 個遺傳標(biāo)記位于選自表2中所鑒定的區(qū)域1-61的牛基因組的區(qū)域中，其中所述區(qū)域由第3 列和第5列中所鑒定的SNP標(biāo)記劃定，和/或由第4列和第6列中所鑒定的基因組位置劃 定。
【附圖說明】
[0013] 圖1、乳腺炎性狀CM(整個哺乳期臨床乳腺炎）的全基因組掃描：與SNP關(guān)聯(lián)性的 P值的-Iogltl分析。為了清楚起見，染色體以交替的顏色示出。虛線表示在本實例中所考 慮的暗示關(guān)聯(lián)[-IoglO (P值）=4]。
[0014] 圖2、乳腺炎性狀SCS (體細胞評分）的全基因組掃描：與SNP關(guān)聯(lián)性的P值的-Iogltl分析。為了清楚起見，染色體以交替的顏色示出。虛線表示在本實例中所考慮的暗示 關(guān)聯(lián)[-IoglO (p 值）=4]。
[0015] 圖3、乳腺炎性狀CMll (第一哺乳期臨床乳腺炎，-15至50天）的全基因組掃描： 與SNP關(guān)聯(lián)性的p值的-Iogltl分析。為了清楚起見，染色體以交替的顏色示出。虛線表示 在本實例中所考慮的暗示關(guān)聯(lián)[-IoglO (P值）=4]。
[0016] 圖4、乳腺炎性狀CM12(第一哺乳期臨床乳腺炎，51至305天）的全基因組掃描： 與SNP關(guān)聯(lián)性的p值的-Iog ltl分析。為了清楚起見，染色體以交替的顏色示出。虛線表示 在本實例中所考慮的暗示關(guān)聯(lián)[-IoglO (P值）=4]。
[0017] 圖5、乳腺炎性狀CM2 (第二哺乳期臨床乳腺炎，-15至305天）的全基因組掃描： 與SNP關(guān)聯(lián)性的p值的-Iogltl分析。為了清楚起見，染色體以交替的顏色示出。虛線表示 在本實例中所考慮的暗示關(guān)聯(lián)[-IoglO (P值）=4]。
[0018] 圖6、乳腺炎性狀CM3 (第三哺乳期臨床乳腺炎，-15至305天）的全基因組掃描： 與SNP關(guān)聯(lián)性的p值的-Iogltl分析。為了清楚起見，染色體以交替的顏色示出。虛線表示 在本實例中所考慮的暗示關(guān)聯(lián)[-IoglO (P值）=4]。
[0019] 圖7、第一次產(chǎn)犢（CMll)之后的-15天至50天的臨床乳腺炎的曼哈頓圖。X軸示 出了染色體和SNP。Y軸示出了針對每個SNP的-IoglO (p值），反映了 SNP與所分析的性狀 的關(guān)聯(lián)強度。
[0020] 圖8、第一次產(chǎn)犢（CM12)之后的-51天至305天