本發(fā)明涉及分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1在鑒別高產(chǎn)蛋雞中的應用，屬于家禽育種技術(shù)及基因檢測領(lǐng)域。

背景技術(shù)：

1、產(chǎn)蛋量是衡量蛋雞產(chǎn)蛋性能的關(guān)鍵指標，也是高產(chǎn)蛋雞育種工作中的重要待選性狀。產(chǎn)蛋量受多種因素影響，包括遺傳、營養(yǎng)、健康狀態(tài)及飼養(yǎng)管理等因素。當其余因素的水平一致且充分時，遺傳差異則是主導產(chǎn)蛋量的關(guān)鍵因素。在傳統(tǒng)育種中，需要長期跟蹤記錄每個個體的產(chǎn)蛋量信息，以指導后續(xù)的選淘與育種工作，存在周期長、成本高、人力大、誤差廣的問題。因此，從分子遺傳學的角度早期鑒別高/低產(chǎn)蛋量相關(guān)遺傳標記，有助于加速育種進程、降低育種成本。

2、單核苷酸多態(tài)性(snp)是一類重要的分子遺傳標記，僅涉及單堿基變異?；谌蚪M關(guān)聯(lián)分析理論，可通過計算篩選出與產(chǎn)蛋量相關(guān)的候選snp位點，經(jīng)準確性驗證后，建立檢測方法，可用于指導相關(guān)性狀的選育工作。可靠的snp遺傳標記的形成在于：1.準確的大規(guī)模的群體表型信息；2.合理的分析與篩選策略；3.準確性驗證。但是，現(xiàn)有的產(chǎn)蛋量相關(guān)snp位點仍存在不同程度的準確性誤差，并且其檢出方法多以高成本的二代測序技術(shù)為主，難以廣泛應用。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、發(fā)明目的：本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是提供了分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1在鑒別高產(chǎn)蛋雞中的應用，用于高產(chǎn)個體早期選擇，有助于加速育種進程、降低育種成本。

2、技術(shù)方案：為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明提供分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1或含有所述分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1的檢測試劑盒在產(chǎn)蛋量性狀判定中的應用，所述分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1位于16號染色體2602463bp處。

3、其中，所述分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1的基因型為a/a、g/a或g/g。

4、其中，當基因型為a/a時，產(chǎn)蛋量性狀為高產(chǎn)蛋量性狀；當基因型為g/a時，產(chǎn)蛋量性狀為中產(chǎn)蛋量性狀；當基因型為g/g時，產(chǎn)蛋量性狀為低產(chǎn)蛋量性狀。

5、本發(fā)明還提供分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1或含有所述分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1的檢測試劑盒在鑒別高產(chǎn)蛋雞中的應用；所述分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1位于16號染色體2602463bp處。

6、其中，當基因型為a/a時，待測雞為高產(chǎn)蛋雞。

7、本發(fā)明還提供分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1的特異性引物對或含有所述特異性引物對的試劑盒在產(chǎn)蛋量性狀判定中的應用；所述特異性引物對的核苷酸序列如seq?idno.1和seq?id?no.2所示。

8、其中，包括以下步驟：以待測雞的dna為模板，利用所述特異性引物對進行pcr擴增；當擴增產(chǎn)物序列第240bp處顯示a/a純合型時，待測雞具有高產(chǎn)蛋量性狀；當擴增產(chǎn)物序列第240bp處顯示g/a雜合型時，待測雞具有中產(chǎn)蛋量性狀；當擴增產(chǎn)物序列第240bp處顯示g/g純合型時，待測雞具有低產(chǎn)蛋量性狀。

9、本發(fā)明還提供分子遺傳標記yzu-layer-mgm-1的特異性引物對或含有所述特異性引物對的試劑盒在鑒別高產(chǎn)蛋雞中的應用。

10、其中，包括以下步驟：以待測雞的dna為模板，利用所述特異性引物對進行pcr擴增；當擴增產(chǎn)物序列第240bp處顯示a/a純合型時，待測雞為高產(chǎn)蛋雞。

11、本發(fā)明的技術(shù)方案主要包括三個部分：遺傳標記的篩選、該遺傳標記的檢測方法、該檢測方法的準確性驗證。

12、1.分子遺傳標記的篩選

13、1)表型測定：分別記錄了1353只洛島紅雞的不同階段的產(chǎn)蛋量數(shù)據(jù)，包括開產(chǎn)-300日齡產(chǎn)蛋量、301日齡-560日齡產(chǎn)蛋量、561日齡-651日齡產(chǎn)蛋量以及總產(chǎn)蛋量。

14、2)全基因組關(guān)聯(lián)分析：采用55k基因芯片將每個個體進行基因分型，分型數(shù)據(jù)通過質(zhì)控并計算全基因組顯著性閾值后，將55k的變異信息與對應的表型數(shù)據(jù)進行全基因組關(guān)聯(lián)分析，獲得多個與各階段產(chǎn)蛋量顯著相關(guān)的位點(圖1和圖2)。

15、3)候選位點的篩選：對不同階段顯著相關(guān)的位點進行overlap分析，發(fā)現(xiàn)有54個顯著性位點均與301日齡-560日齡產(chǎn)蛋量、561日齡-651日齡產(chǎn)蛋量以及總產(chǎn)蛋量相關(guān)。對該54個位點進行生物信息學注釋發(fā)現(xiàn)，其中top31的位點中有30個均位于16號染色體，區(qū)間為2.47mb-2.64mb，且這30個位點彼此均高度連鎖。其中，top1位點chr16:2602463(位于16號染色體2602463bp處，rs740363964，參考基因組為grcg6a)可作為這30個位點的tag?snp，屬錯義突變，且該30個位點所涉及的多個蛋白質(zhì)富集到多種氨基酸合成與代謝、atp轉(zhuǎn)運、胞吞、細胞衰老相關(guān)的kegg通路中(圖3-6)。因此，確定chr16:2602463為候選位點。

16、4)該遺傳標記的基因型與產(chǎn)蛋量關(guān)系的判定

17、該群體中，該位點存在3個基因型：a/a、g/a、g/g，a的頻率為0.61，g的頻率為0.39。a/a個體平均總產(chǎn)蛋量為422枚，g/a個體平均總產(chǎn)蛋量為412枚，g/g個體平均總產(chǎn)蛋量為381枚，且組間具有統(tǒng)計學差異(圖6)。因此，判定該位點a/a基因型具有高產(chǎn)蛋量性狀，應選留；判定該位點g/a與g/g基因型具有中、低產(chǎn)蛋量性狀，可淘汰。

18、2.該遺傳標記的檢測方法

19、1)采血：待測雞靜脈采血0.1ml。

20、2)血液dna組提?。翰捎醚篸na提取試劑盒，提取血液樣本dna。

21、3)pcr與產(chǎn)物質(zhì)檢：利用所設計的特異性引物與提取的dna進行pcr擴增，擴增產(chǎn)物應條帶單一且340bp大小，經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳質(zhì)檢通過后用于后續(xù)測序。

22、4)產(chǎn)物測序：經(jīng)sanger測序，讀取擴增產(chǎn)物第240bp處的堿基信息。

23、5)結(jié)果判定：如顯示a/a純合型，則為高產(chǎn)蛋性狀個體；如顯示g/a雜合型、g/g純合型，則為中、低產(chǎn)蛋性狀個體(圖7)。

24、3.該遺傳標記檢測方法的準確性驗證

25、對另外96個體進行該檢測方法驗證，顯示該位點a/a基因型的個體具有更高的產(chǎn)蛋量，表明本發(fā)明中的遺傳標記及其檢測方法可有效的早期鑒別高產(chǎn)蛋雞。

26、本發(fā)明記錄了一千余只洛島紅雞在不同階段的產(chǎn)蛋量信息，并利用55k基因芯片進行基因分型。分別對不同階段蛋產(chǎn)量的全基因組關(guān)聯(lián)分析(gwas)，結(jié)合不同階段的重疊(overlap)篩選策略，篩得一處與該群體產(chǎn)蛋量高度相關(guān)snp遺傳標記(chr16:2602463，rs740363964，grcg6a)。該群體中，該snp位點存在3個基因型：a/a、g/a、a/a。a/a個體平均總產(chǎn)蛋量為422枚，g/a個體平均總產(chǎn)蛋量為412枚，g/g個體平均總產(chǎn)蛋量為381枚，且組間具有統(tǒng)計學差異，判定該位點a/a基因型具有高產(chǎn)蛋量性狀。據(jù)此，本發(fā)明研發(fā)了一種針對該位點的血液dna組檢測方法并通過驗證，以現(xiàn)實對該位點a/a基因型的優(yōu)選。因此，該遺傳標記及其檢測方法可用于高產(chǎn)蛋量性狀個體的早期選擇，可避免常規(guī)育種工作周期長、成本高、人力大、誤差廣的問題。

27、有益效果：與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有如下顯著優(yōu)點：1.通過該分子遺傳標記及其檢測方法可早期鑒別高產(chǎn)蛋雞，可加速育種進程；2.該分子遺傳標記及其檢測方法僅需少量采血，即可早期鑒別高產(chǎn)蛋雞，具有便捷、通量高、節(jié)省人工的優(yōu)點，可節(jié)省育種成本；以一只蛋雞自育雛至淘汰的養(yǎng)殖成本190元/只計算，依據(jù)群體基因頻率，a/a型高產(chǎn)蛋量個體則約占總?cè)后w的40％，那么可早期淘汰60％的中低產(chǎn)蛋產(chǎn)量個體；如若養(yǎng)殖1萬只雞，刨除本方法的檢測成本，則大約可節(jié)省110萬元成本(1萬×190元/只×60％-4萬)。