本發(fā)明涉及生物檢測技術(shù)領(lǐng)域,提供了一種病毒檢測方法及同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒。
背景技術(shù):
在科學(xué)實驗或者其他行業(yè)中,對樣品中含有的待測病毒進行檢測時,一般都需要選用一個陽性對照樣本和內(nèi)在陽性質(zhì)控,來指示實驗結(jié)果的正確性。現(xiàn)有技術(shù)中,錯誤或者不當(dāng)選用陽性對照樣本和內(nèi)在陽性質(zhì)控,都不能很好的指示整個病毒檢測過程,容易造成假陽性或者假陰性現(xiàn)象,降低檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。因此,需要選擇合適的內(nèi)在陽性質(zhì)控樣本,來準(zhǔn)確指示檢測結(jié)果。
所以,特提出本發(fā)明。
技術(shù)實現(xiàn)要素:
本發(fā)明的第一個目的在于提供一種病毒檢測方法,以提高檢測結(jié)果準(zhǔn)確性的技術(shù)問題。
本發(fā)明提供的一種病毒檢測方法,其特征在于,該方法以HTLV-1為內(nèi)在陽性質(zhì)控,包括如下步驟:
(1)提取待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸;
(2)以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng);
(3)對擴增結(jié)果進行分析。
進一步的,
步驟(2)中,所述以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng),為直接以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng)。
進一步的,
步驟(2)中,所述以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng),為先以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),再以反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)完成后的反應(yīng)液為模板進行基因擴增反應(yīng)。
進一步的,所述基因擴增反應(yīng)為定量PCR反應(yīng)、環(huán)介導(dǎo)等溫擴增反應(yīng)或者依賴核酸序列的擴增反應(yīng)。
進一步的,所述基因擴增反應(yīng)的引物包括:
HIV-1的上游引物,HIV-1的下游引物,HBV的上游引物,HBV的下游引物,HCV的上游引物,HCV的下游引物,HTLV-1的上游引物,HTLV-1的下游引物,HIV-1的探針,HBV的探針,HCV的探針,HTLV-1的探針;
所述病毒檢測方法能夠同步檢測HIV-1、HBV和HCV三種病毒。
進一步的,
所述HIV-1的上游引物為:
5’-TAAAGCTTGCCTTGAGTGCT-3’(SEQ ID NO:1),
所述HIV-1的下游引物為:
5’-GTCTGAGGGATCTCTAGTTACCAG-3’(SEQ ID NO:2),
所述HIV-1的探針為:
5’-FAM-AGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTG-3’(SEQ ID NO:3),
所述HBV的上游引物為:
5’-CAACCTCCAATCACTCACCAACC-3’(SEQ ID NO:4),
所述HBV的下游引物為:
5’-ATATGATAAAACGCCGCAGACAC-3’(SEQ ID NO:5),
所述HBV的探針為:
5’-Cy5-TCCTCCAATTTGTCCTGGTTATCGCT-3’(SEQ ID NO:6),
所述HCV的上游引物為:
5’-TGCTAGCCGAGTAGYGTTGG-3’(SEQ ID NO:7),
所述HCV的下游引物為:
5’-ACTCGCAAGCACCCTATCAG-3’(SEQ ID NO:8),
所述HCV的探針為:
5’-FAM-CAGCGCTTTCCGGAACACCA-3’(SEQ ID NO:9),
所述HTLV-1的上游引物為:
5’-AATAATTCTACCCGAAGACTGTTTGC-3’(SEQ ID NO:10),
所述HTLV-1的下游引物為:
5’-ATTGTCGGACCGTTGTGCC-3’(SEQ ID NO:11),
所述HTLV-1的探針為:
5’-ROX-TTTCCAGCCTGTTAGGGCACCCGT-3’(SEQ ID NO:12)。
本發(fā)明提供的一種同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒包括HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品。
進一步的,所述HTLV-1標(biāo)準(zhǔn)品中HTLV-1的濃度為0-106IU/mL。
進一步的,所述試劑盒還包括:HIV-1的上游引物,HIV-1的下游引物,HBV的上游引物,HBV的下游引物,HCV的上游引物,HCV的下游引物,HTLV-1的上游引物,HTLV-1的下游引物。
進一步的,所述試劑盒還包括HIV-1的探針,HBV的探針,HCV的探針,HTLV-1的探針;
所述HIV-1的上游引物為:
5’-TAAAGCTTGCCTTGAGTGCT-3’(SEQ ID NO:1),
所述HIV-1的下游引物為:
5’-GTCTGAGGGATCTCTAGTTACCAG-3’(SEQ ID NO:2),
所述HIV-1的探針為:
5’-FAM-AGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTG-3’(SEQ ID NO:3),
所述HBV的上游引物為:
5’-CAACCTCCAATCACTCACCAACC-3’(SEQ ID NO:4),
所述HBV的下游引物為:
5’-ATATGATAAAACGCCGCAGACAC-3’(SEQ ID NO:5),
所述HBV的探針為:
5’-Cy5-TCCTCCAATTTGTCCTGGTTATCGCT-3’(SEQ ID NO:6),
所述HCV的上游引物為:
5’-TGCTAGCCGAGTAGYGTTGG-3’(SEQ ID NO:7),
所述HCV的下游引物為:
5’-ACTCGCAAGCACCCTATCAG-3’(SEQ ID NO:8),
所述HCV的探針為:
5’-FAM-CAGCGCTTTCCGGAACACCA-3’(SEQ ID NO:9),
所述HTLV-1的上游引物為:
5’-AATAATTCTACCCGAAGACTGTTTGC-3’(SEQ ID NO:10),
所述HTLV-1的下游引物為:
5’-ATTGTCGGACCGTTGTGCC-3’(SEQ ID NO:11),
所述HTLV-1的探針為:
5’-ROX-TTTCCAGCCTGTTAGGGCACCCGT-3’(SEQ ID NO:12)。
進一步的,所述試劑盒還包括:HIV-1的上游引物,HIV-1的下游引物,HBV的上游引物,HBV的下游引物,HCV的上游引物,HCV的下游引物,HTLV-1的上游引物,HTLV-1的下游引物。
本發(fā)明提供的病毒檢測方法,以HTLV-1作為內(nèi)在陽性質(zhì)控,從樣品處理的最初步驟監(jiān)測整個病毒檢測過程,增加了檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。另外本發(fā)明提供的同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒,通過以HTLV-1作為內(nèi)在陽性質(zhì)控,能夠監(jiān)測整個病毒檢測過程,增加檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。
附圖說明
為了更清楚地說明本發(fā)明具體實施方式或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案,下面將對具體實施方式或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹,顯而易見地,下面描述中的附圖是本發(fā)明的一些實施方式,對于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來講,在不付出創(chuàng)造性勞動的前提下,還可以根據(jù)這些附圖獲得其他的附圖。
圖1為實施例1所建立的病毒檢測方法穩(wěn)定性驗證結(jié)果圖;
圖2為實施例1所建立的病毒檢測方法的檢測閾值驗證結(jié)果圖。
具體實施方式
下面將結(jié)合附圖對本發(fā)明的技術(shù)方案進行清楚、完整地描述,顯然,所描述的實施例是本發(fā)明一部分實施例,而不是全部的實施例。基于本發(fā)明中的實施例,本領(lǐng)域普通技術(shù)人員在沒有做出創(chuàng)造性勞動前提下所獲得的所有其他實施例,都屬于本發(fā)明保護的范圍。
本發(fā)明的一方面提供了一種病毒檢測方法,該方法以HTLV-1為內(nèi)在陽性質(zhì)控,包括如下步驟:
(1)提取待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸;
(2)以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng);
(3)對擴增結(jié)果進行分析。
其中HTLV-1為人類T淋巴細(xì)胞白血病病毒I型,本方法中用到的HTLV-1來自購自于美國模式培養(yǎng)物集存庫(American type culture collection,ATCC)。
該方法中,選取了HTLV-1作為內(nèi)在陽性質(zhì)控,從檢測的最初階段進行監(jiān)控,能夠監(jiān)測整個病毒檢測過程,完美的體現(xiàn)了內(nèi)在陽性質(zhì)控的作用,增加了檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。
當(dāng)HTLV-1的檢測結(jié)果為陰性時,表明該檢測結(jié)果為假陰性,待測樣品的檢測結(jié)果不可信,需要進一步驗證,因此本方法能夠?qū)嶒灲Y(jié)果起到指示作用。
當(dāng)待檢測病毒包含HTLV-1時,待檢測樣品和HTLV-1需在不同的試管內(nèi)進行反應(yīng);當(dāng)待檢測病毒不包含HTLV-1時,待檢測樣品和HTLV-1可在同一試管內(nèi)進行核酸的提取以及后續(xù)的基因擴增反應(yīng),大大降低了操作的繁瑣程度,并同時監(jiān)控整個病毒檢測過程。
在一個優(yōu)選的實施方式中,HTLV-1的最佳使用濃度為0-106IU/mL(其中不包括0IU/mL,但包括106IU/mL),0-106IU/mL的HTLV-1能夠滿足檢測的需求,實現(xiàn)本發(fā)明要達到的功能。其中,IU表示HTLV-1的國際單位。
在另一優(yōu)選的實施方式中,待檢測病毒為一種病毒或者多種病毒。
在另一優(yōu)選的實施方式中,待檢測病毒為DNA病毒或者RNA病毒。例如可以為艾滋病病毒(HIV-1)、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)、人類微小病毒B19(HPV B19)、人類皰疹病毒(HHV)、人類乳頭瘤病毒(HPV)、單純皰疹病毒(HSV)中的一種或者多種。
在另一個優(yōu)選的實施方式中,當(dāng)待檢測病毒中僅含有RNA病毒時,步驟(2)中的以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng),具體為采用依賴核酸序列的擴增技術(shù),直接以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行依賴核酸序列的擴增反應(yīng),而無需將待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸進行反轉(zhuǎn)錄。
其中,依賴核酸序列的擴增技術(shù),即Nuclear acid sequence-based amplification(NASBA),依賴核酸序列的擴增反應(yīng),即應(yīng)用了依賴核酸序列的擴增技術(shù)的反應(yīng)。
在另一個優(yōu)選的實施方式中,當(dāng)待檢測病毒中含有DNA病毒時時,同樣也采用依賴核酸序列的擴增技術(shù),直接以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增,而無需進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),同樣能夠獲得擴增結(jié)果。
在另一個優(yōu)選的實施方式中,當(dāng)待檢測病毒中僅含有RNA病毒或者DNA病毒時,步驟(2)中以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng),具體為先以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),再以反轉(zhuǎn)錄完成后的反應(yīng)液為模板進行定量PCR反應(yīng)。
在另一個優(yōu)選的實施方式中,當(dāng)待檢測病毒中僅含有RNA病毒或者DNA病毒時,步驟(2)中的以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行基因擴增反應(yīng),具體為先以待測樣本的核酸和HTLV-1的核酸為模板進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),再以反轉(zhuǎn)錄完成后的反應(yīng)液為模板進行環(huán)介導(dǎo)等溫擴增反應(yīng)。
在另一個優(yōu)選的實施方式中,定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)體系中,各引物的最佳使用濃度為0.2-1μM,引物濃度過高或者過低均會對檢測結(jié)果產(chǎn)生影響。
在另一個優(yōu)選的實施方式中,定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)步驟為:
現(xiàn)結(jié)合具體實施例對該方法進行詳細(xì)的介紹。
實施例1
實施例1以同步檢測待測樣品中HIV-1、HBV和HCV為例,對本發(fā)明提供的病毒檢測方法進行詳細(xì)介紹。
(一)儀器試劑
主要儀器:熒光定量PCR儀
主要試劑:核酸提取試劑盒、反轉(zhuǎn)錄試劑盒、定量PCR試劑盒
(二)引物設(shè)計
當(dāng)待檢測病毒為HIV-1、HBV和HCV時,根據(jù)HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的基因組序列,設(shè)計HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的上、下游引物以及HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的探針引物如下,
HIV-1的上游引物為:
5’-TAAAGCTTGCCTTGAGTGCT-3’(SEQ ID NO:1),
HIV-1的下游引物為:
5’-GTCTGAGGGATCTCTAGTTACCAG-3’(SEQ ID NO:2),
HIV-1的探針為:
5’-FAM-AGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTG-3’(SEQ ID NO:3),
HBV的上游引物為:
5’-CAACCTCCAATCACTCACCAACC-3’(SEQ ID NO:4),
HBV的下游引物為:
5’-ATATGATAAAACGCCGCAGACAC-3’(SEQ ID NO:5),
HBV的探針為:
5’-Cy5-TCCTCCAATTTGTCCTGGTTATCGCT-3’(SEQ ID NO:6),
HCV的上游引物為:
5’-TGCTAGCCGAGTAGYGTTGG-3’(SEQ ID NO:7),
HCV的下游引物為:
5’-ACTCGCAAGCACCCTATCAG-3’(SEQ ID NO:8),
HCV的探針為:
5’-FAM-CAGCGCTTTCCGGAACACCA-3’(SEQ ID NO:9),
HTLV-1的上游引物為:
5’-AATAATTCTACCCGAAGACTGTTTGC-3’(SEQ ID NO:10),
HTLV-1的下游引物為:
5’-ATTGTCGGACCGTTGTGCC-3’(SEQ ID NO:11),
HTLV-1的探針為:
5’-ROX-TTTCCAGCCTGTTAGGGCACCCGT-3’(SEQ ID NO:12)。
其中HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的探針引物中的FAM、Cy5、FAM、ROX為熒光集團,淬滅基團可以選擇BHQ1或者TAMRA。
(三)實驗
向離心管中加入10μL待測樣本和HTLV-1,得到混合樣本,混合樣本中HTLV-1的濃度為103copies/mL,使用核酸提取試劑盒,按照其說明書操作步驟,提取混合樣本的核酸。
以混合樣本的核酸為模板,進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)所用試劑來自反轉(zhuǎn)錄試劑盒,反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的反應(yīng)體系如下:
反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的反應(yīng)條件如下:
以反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)完成后的反應(yīng)液為模板,進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)所用試劑來自定量PCR試劑盒,定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)體系如下:
1x PCR buffer,5mM的MgCl2,1.6μM的dNTPs,0.2μM的HIV-1的上游引物,0.2μM的HIV-1的下游引物,0.2μM的HBV的上游引物,0.2μM的HBV的下游引物,0.2μM的HCV的上游引物,0.2μM的HCV的下游引物,0.8μM的HTLV-1的上游引物,0.8μM的HTLV-1的下游引物,0.8μM的HIV-1探針引物,0.8μM的HBV的探針引物,0.8μM的HCV的探針引物,0.8μM的HTLV-1的探針引物,2.5UTaq DNA聚合酶,10μL的cDNA。
將定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)液置于熒光定量PCR儀中進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)條件如下:
對反應(yīng)結(jié)果進行分析,分別得到HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的溶解曲線和擴增曲線。當(dāng)需要知道待測病毒的具體濃度時,由于HTLV-1的濃度已知,由此可計算出待測樣本中HIV-1、HBV和HCV的具體濃度;當(dāng)僅需確定樣品中有無待測病毒存在時,則只需判斷能否得到各病毒的擴增Ct值,即可確定樣本中是否有HIV-1、HBV或者HCV的存在,若HTLV-1的檢測結(jié)果為陰性,則表示操作過程或者所用試劑等有可能影響檢測結(jié)果的因素有誤,該檢測結(jié)果不可信,HTLV-1起到內(nèi)在陽性質(zhì)控的作用。
由于當(dāng)待檢測病毒為HIV-1、HBV和HCV時,HTLV-1的基因與HIV-1、HBV和HCV的基因不同,因此,從最初的核酸提取過程,即可將HTLV-1加入到待測樣本中,HTLV-1也因此能夠監(jiān)控包括核酸提取和基因擴增在內(nèi)的整個病毒檢測過程;而且HTLV-1作為非競爭性內(nèi)在陽性質(zhì)控,不會抑制HIV-1、HBV和HCV的復(fù)制。
實施例1所建立的病毒檢測方法穩(wěn)定性驗證
為了驗證選用HILV-1作為內(nèi)在陽性質(zhì)控的實驗結(jié)果的穩(wěn)定性和重復(fù)性,以同步檢測待測樣本中HBV、HCV和HIV-1為例,進行驗證實驗如下:
(1)收集143份樣本,隨機分成7組;
(2)向每組樣本中添加103拷貝數(shù)HTLV-1,使用核酸提取試劑盒,按照其說明書操作步驟,提取每組樣本的核酸。
(3)以步驟(2)中提取的核酸為模板,進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的反應(yīng)體系如下:
反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的反應(yīng)條件如下:
以反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)完成后的反應(yīng)液為模板,進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)體系如下:
1x PCR buffer,5mM的MgCl2,1.6μM的dNTPs,0.2μM的HIV-1的上游引物,0.2μM的HIV-1的下游引物,0.2μM的HBV的上游引物,0.2μM的HBV的下游引物,0.2μM的HCV的上游引物,0.2μM的HCV的下游引物,0.8μM的HTLV-1的上游引物,0.8μM的HTLV-1的下游引物,0.8μM的HIV-1的探針引物,0.8μM的HBV的探針引物,0.8μM的HCV的探針引物,0.8μM的HTLV-1的探針引物,2.5UTaq DNA聚合酶,10μL的cDNA。
將定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)液置于熒光定量PCR儀中進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)條件如下:
對擴增結(jié)果進行分析,得到各組針對HTLV-1的溶解曲線和擴增曲線,對反應(yīng)結(jié)果進行分析,將各組中針對HTLV-1的Ct值作圖,結(jié)果如圖1所示,圖1中橫坐標(biāo)表示1-7七個組,縱坐標(biāo)表示HTLV-1的Ct值,柱狀圖中的n表示每組中樣本的個數(shù);以第一組為例,由圖1可以看出,第一組中樣本的個數(shù)為52個,該組檢測結(jié)果中HTLV-1的Ct值的平均值為33.6。
由圖1可知,各組中HTLV-1的擴增Ct平均值維持在33.4-34之間,表明實驗結(jié)果穩(wěn)定性和重復(fù)性良好。
實施例1所建立的病毒檢測方法的檢測閾值驗證
為了驗證應(yīng)用該病毒檢測方法同步檢測HBV、HCV和HIV-1時的靈敏性,特制作了含有相同已知核酸濃度的HBV、HCV和HIV-1的待測樣品,待測樣品標(biāo)號以HBCIV表示,例如樣品HBCIV 100,000表示該樣品中HBV、HCV和HIV-1的核酸濃度均為100,000IU/mL;樣品HBCIV 10,000表示該樣品中HBV、HCV和HIV-1的核酸濃度均為10,000IU/mL,以此類推。
針對每個待測樣品均進行如下操作:
向離心管中加入10μL待測樣品和一定濃度的HTLV-1,得到混合樣本,混合樣本中HTLV-1的濃度為103copies/mL,使用核酸提取試劑盒,按照其說明書操作步驟,提取混合樣本的核酸。
以混合樣本的核酸為模板,進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的反應(yīng)體系如下:
反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的反應(yīng)條件如下:
以反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)完成后的反應(yīng)液為模板,進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)體系如下:
1x PCR buffer,5mM的MgCl2,1.6μM的dNTPs,0.2μM的HIV-1的上游引物,0.2μM的HIV-1的下游引物,0.2μM的HBV的上游引物,0.2μM的HBV的下游引物,0.2μM的HCV的上游引物,0.2μM的HCV的下游引物,0.8μM的HTLV-1的上游引物,0.8μM的HTLV-1的下游引物,0.8μM的HIV-1的探針引物,0.8μM的HBV的探針引物,0.8μM的HCV的探針引物,0.8μM的HTLV-1的探針引物,2.5UTaq DNA聚合酶,10μL的cDNA。
將定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)液置于熒光定量PCR儀中進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)的反應(yīng)條件如下:
對擴增結(jié)果進行分析,得到各病毒相應(yīng)的溶解曲線和擴增曲線,對反應(yīng)結(jié)果進行分析,將標(biāo)準(zhǔn)品濃度與擴增Ct值做圖,結(jié)果如圖2所示,圖2中橫坐標(biāo)表示標(biāo)準(zhǔn)品中核酸的濃度,縱坐標(biāo)表示擴增Ct值,以HBCIV 100,000為例,圖2結(jié)果表示:當(dāng)HBV核酸濃度為100,000IU/mL時,HBV有擴增Ct值,約為29。
由圖2可知,當(dāng)HIV-1核酸的濃度低于100IU/mL時,即有可能無法檢測到樣本中的核酸,即表示該方法中對待測樣本中HIV-1的可重復(fù)檢測閾值為100IU/mL。同樣可知,HBV的可重復(fù)檢測閾值為5IU/mL,HCV的可重復(fù)檢測閾值為50IU/mL。該方法可檢測到的HIV-1、HBV和HCV的最低濃度為100IU/mL,5IU/mL和50IU/mL,具有較高的靈敏度;且HTLV-1的Ct值穩(wěn)定在34.5,表明該方法具有較高的穩(wěn)定性,結(jié)果可信度較高。
另外,本發(fā)明的另一方面提供了一種同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒,該試劑盒包括HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品。
該試劑盒以HTLV-1標(biāo)準(zhǔn)品作為內(nèi)在陽性質(zhì)控,既監(jiān)控了樣品核酸的提取過程又監(jiān)控了基因擴增反應(yīng)過程,增大了檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性,減少了假陽性結(jié)果。
在一個優(yōu)選的實施方式中,試劑盒中HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品濃度為0-106IU/mL(其中不包括0IU/mL,但包括106IU/mL),該濃度能夠滿足檢測的需求,實現(xiàn)本發(fā)明要達到的功能。其中,IU表示HTLV-1的國際單位。
在另一優(yōu)選的實施方式中,該試劑盒包括:HTLV-1標(biāo)準(zhǔn)品,HIV-1的上游引物,HIV-1的下游引物,HBV的上游引物,HBV的下游引物,HCV的上游引物,HCV的下游引物,HTLV-1的上游引物,HTLV-1的下游引物。
該試劑盒直接為實驗者提供了HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的上、下游引物,免去了實驗者自行設(shè)計引物的繁瑣步驟。
在另一優(yōu)選的實施方式中,該試劑盒包括:HTLV-1標(biāo)準(zhǔn)品,HIV-1的上游引物,HIV-1的下游引物,HBV的上游引物,HBV的下游引物,HCV的上游引物,HCV的下游引物,HTLV-1的上游引物,HTLV-1的下游引物,HIV-1的探針,HBV的探針,HCV的探針,HTLV-1的探針,其中,
HIV-1的上游引物為:
5’-TAAAGCTTGCCTTGAGTGCT-3’(SEQ ID NO:1),
HIV-1的下游引物為:
5’-GTCTGAGGGATCTCTAGTTACCAG-3’(SEQ ID NO:2),
HIV-1的探針為:
5’-FAM-AGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTG-3’(SEQ ID NO:3),
HBV的上游引物為:
5’-CAACCTCCAATCACTCACCAACC-3’(SEQ ID NO:4),
HBV的下游引物為:
5’-ATATGATAAAACGCCGCAGACAC-3’(SEQ ID NO:5),
HBV的探針為:
5’-Cy5-TCCTCCAATTTGTCCTGGTTATCGCT-3’(SEQ ID NO:6),
HCV的上游引物為:
5’-TGCTAGCCGAGTAGYGTTGG-3’(SEQ ID NO:7),
HCV的下游引物為:
5’-ACTCGCAAGCACCCTATCAG-3’(SEQ ID NO:8),
HCV的探針為:
5’-FAM-CAGCGCTTTCCGGAACACCA-3’(SEQ ID NO:9),
HTLV-1的上游引物為:
5’-AATAATTCTACCCGAAGACTGTTTGC-3’(SEQ ID NO:10),
HTLV-1的下游引物為:
5’-ATTGTCGGACCGTTGTGCC-3’(SEQ ID NO:11),
HTLV-1的探針為:
5’-ROX-TTTCCAGCCTGTTAGGGCACCCGT-3’(SEQ ID NO:12)。
該試劑盒為實驗者提供了HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的上、下游引物以及HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的探針引物,免去了實驗者自行設(shè)計引物和探針的繁瑣步驟,使實驗更快速的進行。
現(xiàn)結(jié)合具體實施例對本發(fā)明提供的檢測樣品中HIV-1、HBV和HCV的試劑盒進行詳細(xì)介紹。
實施例2
本發(fā)明提供的一種同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒包括:HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品。
本發(fā)明提供的同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒通過選取HTLV-1作為內(nèi)在陽性質(zhì)控,從檢測的最初階段進行監(jiān)控,能夠監(jiān)測整個病毒檢測過程,完美的體現(xiàn)了內(nèi)在陽性質(zhì)控的作用,增加了檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。
此外,本發(fā)明提供的試劑盒能夠廣泛用于各種待測樣品中HIV-1、HBV和HCV病毒的檢測。當(dāng)待測樣品為血液樣本時,能夠方便、快速的同時檢測出血液樣本中是否含有HIV-1、HBV或者HCV病毒,為輸血、獻血等提供警示作用;當(dāng)待測樣本為其他樣本,例如科學(xué)研究中自行制備的樣本時,應(yīng)用該試劑盒能夠快速、準(zhǔn)確的檢測出待測樣本中HIV-1、HBV或者HCV的濃度,方便、快捷,準(zhǔn)確性高。該試劑盒的使用方法操作簡便,價格低廉,耗時短,具有較高的靈敏性和特異性,具有廣闊的市場前景和商業(yè)價值。
該試劑盒在使用過程中,需要實驗者自行合成或購買HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的上、下游引物,需要實驗者自行配備核酸提取試劑、反轉(zhuǎn)錄試劑和定量PCR試劑。
該試劑盒的使用方法如下:
(1)向待測樣本中加入HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品,使HTLV-1的終濃度為103copies/mL,使用市售常規(guī)核酸提取試劑盒,提取樣本的核酸。
(2)使用市售常規(guī)反轉(zhuǎn)錄試劑盒,以步驟(1)中的核酸為模板,進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。
(3)使用市售常規(guī)定量PCR試劑盒,以步驟(2)中的反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)液為模板,以實驗者自行合成或購買的的HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的上、下游引物為引物,進行定量PCR反應(yīng)。
其中,定量PCR反應(yīng)中,實驗者可自行合成或購買HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的探針通過探針法進行定量PCR反應(yīng);也可通過染料法進行定量PCR反應(yīng)。
(4)反應(yīng)結(jié)束后確認(rèn)定量PCR的擴增曲線和溶解曲線,對擴增結(jié)果進行分析,精確計算待測樣品中HIV-1、HBV和HCV的核酸濃度,或者直接判斷待測樣品中有無HIV-1、HBV和HCV。
另外,上述使用方法以反轉(zhuǎn)錄定量PCR技術(shù)為例,進行了解釋說明,也可以采用其他技術(shù)對待測病毒進行檢測,如依賴核酸序列的擴增技術(shù)或者環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)等。
實施例3
本發(fā)明提供的一種同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒包括:HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品,HIV-1的上游引物,HIV-1的下游引物,HBV的上游引物,HBV的下游引物,HCV的上游引物,HCV的下游引物,HTLV-1的上游引物,HTLV-1的下游引物,HIV-1的探針,HBV的探針,HCV的探針,HTLV-1的探針,其中,
所述HIV-1的上游引物為:
5’-TAAAGCTTGCCTTGAGTGCT-3’(SEQ ID NO:1),
HIV-1的下游引物為:
5’-GTCTGAGGGATCTCTAGTTACCAG-3’(SEQ ID NO:2),
HIV-1的探針為:
5’-FAM-AGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTG-3’(SEQ ID NO:3),
HBV的上游引物為:
5’-CAACCTCCAATCACTCACCAACC-3’(SEQ ID NO:4),
HBV的下游引物為:
5’-ATATGATAAAACGCCGCAGACAC-3’(SEQ ID NO:5),
HBV的探針為:
5’-Cy5-TCCTCCAATTTGTCCTGGTTATCGCT-3’(SEQ ID NO:6),
HCV的上游引物為:
5’-TGCTAGCCGAGTAGYGTTGG-3’(SEQ ID NO:7),
HCV的下游引物為:
5’-ACTCGCAAGCACCCTATCAG-3’(SEQ ID NO:8),
HCV的探針為:
5’-FAM-CAGCGCTTTCCGGAACACCA-3’(SEQ ID NO:9),
HTLV-1的上游引物為:
5’-AATAATTCTACCCGAAGACTGTTTGC-3’(SEQ ID NO:10),
HTLV-1的下游引物為:
5’-ATTGTCGGACCGTTGTGCC-3’(SEQ ID NO:11),
HTLV-1的探針為:
5’-ROX-TTTCCAGCCTGTTAGGGCACCCGT-3’(SEQ ID NO:12)。
其中HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的探針引物中的FAM、Cy5、FAM、ROX為熒光集團,淬滅基團可以選擇BHQ1或者TAMRA。
該試劑盒的具體使用方法如下:
(1)向待測樣本中加入HTLV-1內(nèi)在陽性質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)品,使HTLV-1的終濃度為103copies/mL,使用市售常規(guī)核酸提取試劑盒,提取樣本的核酸
(2)使用市售常規(guī)反轉(zhuǎn)錄試劑盒,以步驟(1)中的核酸為模板,進行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)條件如下:
(3)使用市售常規(guī)定量PCR試劑盒,以步驟(2)中的反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)液為模板,以本試劑盒提供的HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的上、下游引物以及HIV-1、HBV、HCV和HTLV-1的探針引物為引物和探針,進行定量PCR反應(yīng),定量PCR反應(yīng)條件如下:
(4)反應(yīng)結(jié)束后確認(rèn)定量PCR的擴增曲線和溶解曲線,對擴增結(jié)果進行分析,精確計算待測樣品中HIV-1、HBV和HCV的核酸濃度,或者直接判斷待測樣品中有無HIV-1、HBV和HCV。
另外,上述使用方法以反轉(zhuǎn)錄定量PCR技術(shù)為例,進行了解釋說明,也可以采用其他技術(shù)對待測病毒進行檢測,如依賴核酸序列的擴增技術(shù)或者環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)等。
最后應(yīng)說明的是:以上各實施例僅用以說明本發(fā)明的技術(shù)方案,而非對其限制;盡管參照前述各實施例對本發(fā)明進行了詳細(xì)的說明,本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解:其依然可以對前述各實施例所記載的技術(shù)方案進行修改,或者對其中部分或者全部技術(shù)特征進行等同替換;而這些修改或者替換,并不使相應(yīng)技術(shù)方案的本質(zhì)脫離本發(fā)明各實施例技術(shù)方案的范圍。
SEQUENCE LISTING
<110> 寧波迪亞生物科技有限公司
<120> 病毒檢測方法及同步檢測HIV-1、HBV和HCV的試劑盒
<130> 111
<160> 12
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
taaagcttgc cttgagtgct 20
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gtctgaggga tctctagtta ccag 24
<210> 3
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
agtagtgtgt gcccgtctgt tgtgtg 26
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
caacctccaa tcactcacca acc 23
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
atatgataaa acgccgcaga cac 23
<210> 6
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
tcctccaatt tgtcctggtt atcgct 26
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
tgctagccga gtagygttgg 20
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<211> 20
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<213> 人工序列
<400> 8
actcgcaagc accctatcag 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
cagcgctttc cggaacacca 20
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aataattcta cccgaagact gtttgc 26
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 12
tttccagcct gttagggcac ccgt 24