本發(fā)明涉及蛋白質(zhì)負(fù)染檢測(cè)技術(shù),具體地說,涉及蛋白質(zhì)檢測(cè)的一種新的負(fù)染染料。
背景技術(shù):
在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中,凝膠蛋白質(zhì)染色技術(shù)是銜接二維電泳和下游質(zhì)譜分析的關(guān)鍵技術(shù)。當(dāng)前先進(jìn)的質(zhì)譜儀已能夠分析pg級(jí)別的痕量蛋白。常規(guī)的凝膠蛋白質(zhì)染色技術(shù)有考馬斯亮藍(lán)染色、銀染、熒光染色等??捡R斯亮藍(lán)染色法靈敏度低,銀染法操作復(fù)雜、質(zhì)譜兼容性差,熒光染色法價(jià)格昂貴。這些因素嚴(yán)重地制約了高通量蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展。雖然,近年來開發(fā)了不少新的染色技術(shù),但仍存在著如下一個(gè)或幾個(gè)缺點(diǎn):靈敏度低、重現(xiàn)性差、毒性大、質(zhì)譜兼容性差、價(jià)格昂貴、操作繁瑣等。尋找新的染色方法以適應(yīng)當(dāng)前先進(jìn)的質(zhì)譜分析技術(shù)已成為后基因組時(shí)代推動(dòng)蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展的當(dāng)務(wù)之急。4′,5′-二溴熒光素為凝膠蛋白染色提供了一種快速、靈敏的方法,其靈敏度達(dá)0.025ng/band,可以和銀染相媲美。而且4′,5′-二溴熒光素負(fù)染方法是對(duì)凝膠背景進(jìn)行著色,對(duì)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)沒有修飾或破壞作用,有良好的質(zhì)譜兼容性,彌補(bǔ)了銀染法質(zhì)譜兼容性差的缺陷。4′,5′-二溴熒光素負(fù)染將很好地銜接二維電泳和下游質(zhì)譜分析,推動(dòng)蛋白質(zhì)組學(xué)的快速發(fā)展。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的在于提供4′,5′-二溴熒光素及其衍生物在蛋白質(zhì)檢測(cè)中的應(yīng)用。
本發(fā)明所述的相關(guān)化合物是指以4′,5′-二溴熒光素陰離子為母核的鈉鹽、鉀鹽和銨鹽等。
4′,5′-二溴熒光素母核為:
為實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的目的,本發(fā)明提供了一種電泳凝膠上蛋白質(zhì)負(fù)染的方法,包括如下步驟:
1)將經(jīng)SDS-PAGE電泳后的蛋白質(zhì)樣品置于染色液中染色5~15min,其中染色液為含重量體積比0.05~0.5%的4′,5′-二溴熒光素或其衍生物、按摩爾濃度比20~100μM的氯化鋅、按溶液體積比5~20%的甘油及按溶液體積比30%~70%的甲醇水溶液;優(yōu)選的染色時(shí)間為8min,優(yōu)選的4′,5′-二溴熒光素及其衍生物的濃度為0.3%,優(yōu)選的氯化鋅濃度為50μM,優(yōu)選的甘油濃度為10%,優(yōu)選的碳酸優(yōu)選的甲醇濃度為40%。
2)棄去染色液,加入顯影液顯影1~5min,其中顯影液為按摩爾濃度比100mM的醋酸鈉-醋酸緩沖液,pH=4.6。優(yōu)選的顯影時(shí)間為2min。
3)檢測(cè),凝膠染色后,可放在黑色背景下直接肉眼觀察;或在愛普生V700掃描儀下,反向掃描模式掃描,其靈敏度更高。
前期研究表明該技術(shù)有如下優(yōu)點(diǎn):
1)靈敏度高:4′,5′-二溴熒光素負(fù)染靈敏度高于考馬斯亮藍(lán)染色法數(shù)百倍,和銀染法靈敏度相當(dāng);
2)操作簡(jiǎn)單迅速:操作步驟少,可在10min內(nèi)完成;
3)重現(xiàn)性好:受溫度、搖床擺動(dòng)頻率等外部條件影響??;
4)可逆性好:容易脫色;
5)質(zhì)譜兼容性好:由于4′,5′-二溴熒光素負(fù)染是對(duì)凝膠背景進(jìn)行染色,不和凝膠上的蛋白質(zhì)結(jié)合,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)完全不受影響,所以可與LC-MS等質(zhì)譜儀高度兼容;
6)使用安全:采用毒性低的染料,提高實(shí)驗(yàn)操作的安全性,對(duì)環(huán)境污染??;
7)成本低。
附圖說明:
圖1. 4′,5′-二溴熒光素的化學(xué)結(jié)構(gòu)。
圖2. 4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法染色和顯影條件的優(yōu)化。(A)染色液中4′,5′-二溴熒光素濃度的篩選;(B)染色液中甲醇濃度的篩選;(C)染色液中甘油濃度的篩選;(D)染色液中氯化鋅濃度的篩選;(E)染色時(shí)間的篩選;(F)顯影液中pH值的篩選。
圖3.在一向SDS-PAGE上,(A,E,I)4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法;(B,F(xiàn),J)曙紅負(fù)染法;(C,G,K)SYPRO Ruby熒光染色法;(D,H,L)鋅咪唑負(fù)染法。(A-D)為Sigma公司的蛋白標(biāo)準(zhǔn)品,(E-H)為小鼠腦總蛋白,(I-L)為大腸桿菌Escherichia coli BL21總蛋白。蛋白標(biāo)準(zhǔn)品上樣量如下(A-D):帶1,12.8ng;帶2,6.4ng;帶3,3.2ng;帶4,1.6ng;帶5,0.8ng;帶6,0.4ng;帶7,0.2ng;帶8,0.1ng;帶9,0.05ng;帶10,0.025ng。小鼠腦總蛋白和大腸桿菌Escherichia coli BL21總蛋白上樣量(E-L)從左至右倍倍稀釋。
圖4.在二向SDS-PAGE膠上,(A)4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法和(B)鋅咪唑負(fù)染法靈敏度的比較。分離樣品小鼠腦總蛋白;IPG膠條長(zhǎng)13厘米,pH4-7;分離膠濃度為11.4%;樣品上樣量為100微克/膠條。(C)4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法和鋅咪唑負(fù)染法檢測(cè)到的蛋白斑點(diǎn)數(shù)統(tǒng)計(jì)。
具體實(shí)施方式
下面結(jié)合具體地實(shí)施例來進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)當(dāng)理解,這些實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明,而不能限制本發(fā)明的保護(hù)范圍。
實(shí)施例1 4′,5′-二溴熒光素負(fù)染染色
圖1是4′,5′-二溴熒光素的化學(xué)結(jié)構(gòu)式。
圖2~4的4′,5′-二溴熒光素蛋白質(zhì)負(fù)染實(shí)驗(yàn)采用下述步驟進(jìn)行:
1)將電泳后的凝膠置于0.3%4′,5′-二溴熒光素/40%甲醇/10%甘油/50μM氯化鋅染色液中染色8min。
2)棄去染色液,在100mM的醋酸鈉-醋酸緩沖液(pH=4.6)中顯影2min。
3)凝膠染色后,在愛普生V700掃描儀下,反向掃描模式掃描。
按照上述方法分別用4′,5′-二溴熒光素的鈉鹽、鉀鹽、銨鹽進(jìn)行蛋白質(zhì)染色,結(jié)果表明用這些衍生物均能夠得到類似于4′,5′-二溴熒光素的檢測(cè)結(jié)果。
圖2是4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法染色法條件優(yōu)化的過程。分別對(duì)染色液中4′,5′-二溴熒光素濃度、甲醇濃度、甘油濃度、氯化鋅濃度、染色時(shí)間及顯影液中pH進(jìn)行了篩選。結(jié)果顯示最佳的染色液條件為0.3%4′,5′-二溴熒光素/40%甲醇/10%甘油/50μM氯化鋅,最佳染色時(shí)間為8min,顯影液最佳pH值為4.6。
圖3是說明在一向SDS-PAGE上,4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法與其它染色法效果的對(duì)比,采用的是蛋白標(biāo)準(zhǔn)品,小鼠腦總蛋白和大腸桿菌Escherichia coli BL21總蛋白。
按照實(shí)施例1的方法,采用不同的方法進(jìn)行染色,(A,E,I)4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法;(B,F(xiàn),J)曙紅負(fù)染法;(C,G,K)SYPRO Ruby熒光染色法;(D,H,L)鋅咪唑負(fù)染法靈敏度的比較。曙紅負(fù)染法、SYPRO Ruby熒光染色法和鋅咪唑負(fù)染法均按照文獻(xiàn)記載。蛋白標(biāo)準(zhǔn)品上樣量如下(A-D):帶1,12.8ng;帶2,6.4ng;帶3,3.2ng;帶4,1.6ng;帶5,0.8ng;帶6,0.4ng;帶7,0.2ng;帶8,0.1ng;帶9,0.05ng;帶10,0.025ng。小鼠腦總蛋白和大腸桿菌Escherichia coli BL21總蛋白上樣量(E-L)從左至右倍倍稀釋。結(jié)果如圖3所示,4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法靈敏度最高。
小鼠腦總蛋白提取方法如下:用4℃的PBS溶液清洗小鼠腦組織,一共清洗3次。之后用液氮進(jìn)行組織研磨,將研磨所得的粉末裝入事先稱重的EP管中。向EP管中加入裂解液(9.5M urea,0.1DTT,2%CHAPS,0.8%pharmalyte pH3-10)至終濃度為1mg/mL。將樣品超聲破碎3次,每次1分鐘,完畢之后15000rpm 4℃高速離心30min,取上清液。大腸桿菌總蛋白的提取方法如下:取Escherichia coli BL21菌液,12000rpm離心收集菌群,加入0.02mol/L的磷酸鹽緩沖液(pH=7.0)重懸菌體。利用超聲破碎儀破碎細(xì)胞。18000rpm離心30min,收集上清,即得Escherichia coli BL21總蛋白質(zhì)提取液(粗蛋白制品)。
圖4是說明在二向SDS-PAGE上,4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法與鋅咪唑負(fù)染法效果的對(duì)比,采用是小鼠腦總蛋白。
用4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法和鋅咪唑負(fù)染法對(duì)經(jīng)二向凝膠電泳分離的小鼠腦總蛋白進(jìn)行染色,結(jié)果如圖4所示。結(jié)果表明,相比較鋅咪唑負(fù)染法而言,4′,5′-二溴熒光素負(fù)染法可檢測(cè)到更多的蛋白質(zhì)斑點(diǎn),具有更高的靈敏度。
圖2~4中的其它染色方法及相關(guān)文獻(xiàn)
曙紅負(fù)染法操作方法參考文獻(xiàn):Cong WT,Hwang SY,Jin LT,He HZ,Choi JK.High-throughput negative detection of SDS-PAGE separated proteins and its application for proteomics.Electrophoresis 2010,3,411-420.
SYPRO Ruby熒光染色法參考文獻(xiàn):Berggren K,Chernokalskaya E,Steinberg TH,Kemper C,Lopez MF,Diwu Z,Haugland RP,PattonWF.Background-free,high sensitivity staining of proteins in one-and two-dimensional sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gels using a luminescent ruthenium complex.Electrophoresis 2000,21,2509-2521.
鋅咪唑負(fù)染法操作方法參考文獻(xiàn):Castellanos-Serra L,Proenza W,Huerta V,Moritz RL,Simpson RJ.Proteome analysis of polyacrylamide gel-separated proteins visualized by reversible negative staining using imidazole-zinc salts.Electrophoresis 1999,20,732-737。