專利名稱：使用tlr7和/或tlr9抑制劑的治療方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本申請(qǐng)涉及調(diào)節(jié)免疫應(yīng)答的組合物和方法，包括TLR7和/或TLR9的抑制劑，例如免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物。本申請(qǐng)還涉及用于預(yù)測(cè)和/或確定疾病對(duì)包括TLR7和/或TLR9的抑制劑的治療的響應(yīng)性的組合物和方法。背景一般可以將免疫分為先天免疫或獲得性免疫。先天免疫應(yīng)答通常在感染后立即發(fā)生，以提供對(duì)感染性疾病的早期屏障，而獲得性免疫應(yīng)答稍后發(fā)生，產(chǎn)生抗原特異性效應(yīng)細(xì)胞和通常是長(zhǎng)期的保護(hù)性免疫。先天免疫應(yīng)答不產(chǎn)生持久的保護(hù)性免疫，但似乎在稍后出現(xiàn)的獲得性免疫應(yīng)答的產(chǎn)生中發(fā)揮作用。Toll樣受體(TLR)是先天免疫應(yīng)答所必需的，因?yàn)樗鼈冏R(shí)別幾種不同的抗原并引發(fā)免疫/炎性應(yīng)答，例如細(xì)胞因子生成以及樹(shù)突狀細(xì)胞和巨噬細(xì)胞活化。尤其是TLR2、TLR3、TLR4、TLR7、TLR8和TLR9識(shí)別病毒或細(xì)菌配體，例如糖配體、單鏈或雙鏈RNA和含有未甲基化的5’-CG-3’序列的多核苷酸。免疫刺激性核酸分子通過(guò)與哺乳動(dòng)物TLR9受體相互作用以及經(jīng)由哺乳動(dòng)物TLR9受體的信號(hào)傳導(dǎo)而刺激免疫應(yīng)答。參見(jiàn)Hemmi等人(2002)Nat.1mmunol.3:196_200。哺乳動(dòng)物DNA —般不具有免疫刺激活性，似乎是由于CG序列的低頻率以及大部分CG序列具有甲基化的胞嘧啶。因此，哺乳動(dòng)物免疫系統(tǒng)細(xì)胞似乎通過(guò)TLR9受體來(lái)區(qū)分細(xì)菌DNA和自身DNA。相反，TLR7是通過(guò)識(shí)別富含尿苷的單鏈RNA來(lái)感知病毒感染的主要受體之一。TLR7和TLR9在漿細(xì)胞樣樹(shù)突狀細(xì)胞前體(I3DC)和B細(xì)胞中通過(guò)自身核酸的觸發(fā)在系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)的發(fā)病中是關(guān)鍵的。這導(dǎo)致roc產(chǎn)生I型IFN以及B細(xì)胞產(chǎn)生抗DNA和抗RNP抗體，所述I型IFN的產(chǎn)生可通過(guò)患者血液中IFN調(diào)控基因(IFN-簽名)的上調(diào)來(lái)檢測(cè)，所述抗DNA和抗RNP抗體與來(lái)自死亡細(xì)胞的DNA或RNA形成免疫復(fù)合物(IC)(Barrat 和 Coffman，2008 ;Marshak_Rothstein，2006)。PDC 是含有核酸的 IC 誘導(dǎo)的 IFN-a的主要來(lái)源。一旦被自身DNA/染色質(zhì)或含有snRNP的IC激活，PDC從血液遷移入發(fā)炎組織，包括皮膚和腎。已經(jīng)提出IFN-a和PDC還促進(jìn)特征為IFN-a簽名的其他自身免疫疾病的發(fā)病。實(shí)際上，產(chǎn)生I型IFN的PDC分別在罹患糖尿病、皮肌炎和干燥綜合征的人的胰腺、肌肉和唾液腺中累積，充分表明失調(diào)的PDC激活可能是自身免疫疾病的更普遍特征(Barrat和Coffman, 2008 ；Guiducci 等人，2009 ；Ueno 等人，2007)。

通常用強(qiáng)的免疫抑制性方案治療SLE，包括細(xì)胞毒性藥物、抗瘧疾化合物和糖皮質(zhì)激素(GC)。糖皮質(zhì)激素對(duì)獲得性和先天免疫功能具有強(qiáng)的抗炎效應(yīng)。它們抑制B和T細(xì)胞應(yīng)答以及單核細(xì)胞和中性粒細(xì)胞的效應(yīng)功能。在細(xì)胞水平上，GC抑制NF-kB活性，被認(rèn)為是GC發(fā)揮其抗炎效應(yīng)的主要機(jī)制。在狼瘡中，GC通常在每天基礎(chǔ)上口服施用，因?yàn)橥ǔ５母羧辗桨覆荒芫S持疾病控制。當(dāng)需要大于40mg/天的劑量時(shí)，患者接受靜脈內(nèi)甲基強(qiáng)的松龍(Solumedrol)脈沖療法(例如，每天給予達(dá)30mg/kg/天或Ig/天的劑量,持續(xù)3天)。這種治療可以短暫減少疾病活動(dòng)，但通常不誘導(dǎo)減輕或預(yù)防終末器官損傷。SLE治療需要比許多其他自身免疫疾病高得多的GC劑量的原因還不清楚。發(fā)明概述本發(fā)明涉及TLR9和/或TLR7的抑制劑(例如，免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物)及其使用方法。本文提供了治療個(gè)體的自身免疫疾病的方法，該方法包括給所述個(gè)體施用有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中所述治療基于樣品中干擾素簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平。本文還提供了治療疾病的方法，包括:(a)選擇樣品中具有IFN簽名和/或炎性細(xì)胞因子差異水平的個(gè)體；和(b)給選定個(gè)體施用有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑。本文還提供了評(píng)估具有疾病的個(gè)體是更可能響應(yīng)還是更不可能響應(yīng)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的治療的方法，該方法包括評(píng)估樣品中IFN簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平，其中樣品中IFN簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平指示所述個(gè)體更可能響應(yīng)或更不可能響應(yīng)所述治療。本文還提供了鑒定更可能響應(yīng)或更不可能響應(yīng)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的治療的患病個(gè)體的方法，所述方法包括:(A)評(píng)估樣品中的IFN簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平；和(B)鑒定樣品中具有IFN簽名和/或炎性細(xì)胞因子差異水平的個(gè)體。本文還提供了治療個(gè)體疾病的方法，包括給所述個(gè)體施用有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中所述治療響應(yīng)或治療響應(yīng)的缺乏由樣品中干擾素簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平指示。本文還提供了監(jiān)測(cè)個(gè)體對(duì)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的疾病治療的響應(yīng)性或響應(yīng)性缺乏的方法，其中響應(yīng)性由樣品中干擾素簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平指示。本文還提供了基于樣品中干擾素簽名和/或炎性細(xì)胞因子的差異水平而將個(gè)體鑒定更適合繼續(xù)治療或更不可能適合繼續(xù)疾病治療的方法，其中治療包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，IFN簽名是I型IFN簽名。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，樣品中的IFN簽名與參考的IFN簽名相關(guān)。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，IFN簽名包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與參考相比的差異水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:BATF2、CMPK2、CXCLl0, DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITU IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、LY6E、MXl、OASl、0AS2、0AS3、OASL, OTOF, RSAD2、RIP4、SERPING1、TRM6、XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71、ISG20、IFI16、IRF7 和 AM2。在某些實(shí)施方案中，IFN 簽名包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與參考相比的差異水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:BATF2、CMPK2、DDX60、EPSTI1、HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITl、IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、MX1、0AS1、0AS2、0AS3、0ASL、0T0F、RSAD2、RTP4、SERPING1、TRM6、XAFl、c 102h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71、ISG20、IRF7 和 AIM2。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，炎性細(xì)胞因子的差異水平包括樣品中一種或多種炎性細(xì)胞因子標(biāo)志物的差異水平， 所述炎性細(xì)胞因子標(biāo)志物選自由以下組成的組:IL-1 a、IL_1 ^、TNF-a、IL-6、and IL-17, IFN-a、IFN- o , IFN-A 1、IFN- A 2 和 IP-10。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，樣品中的差異水平是一種或多種標(biāo)志物與參考相比的高水平，并且高水平指示a)個(gè)體更可能響應(yīng)治療或b)個(gè)體被選擇來(lái)治療。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，樣品中的差異水平是一種或多種標(biāo)志物與參考相比的低水平，并且低水平指示a)個(gè)體更不可能響應(yīng)治療或b)個(gè)體不被選擇來(lái)治療。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，樣品中的差異水平是一種或多種標(biāo)志物與參考相比的高水平，并且高水平指示a)個(gè)體不響應(yīng)于治療或b)個(gè)體更不可能適合繼續(xù)治療。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，差異水平是一種或多種標(biāo)志物與參考相比的低水平，并且低水平指示a)個(gè)體響應(yīng)于治療或b)個(gè)體更可能適合繼續(xù)治療。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，所述參考是具有疾病的第二個(gè)體或患者群體的IFN簽名。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，所述參考是個(gè)體在開(kāi)始治療時(shí)的IFN簽名。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，所述參考是沒(méi)有疾病的第二個(gè)體或患者群體的IFN簽名。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，所述樣品是含有外周血細(xì)胞或皮膚組織的樣品。在本文提供的任何方法或組合物的某些實(shí)施方案中，TLR7抑制劑和/或TLR9抑制齊U是由下式核苷酸序列組成的多核苷酸:5’-RyJGCNz-3’ (SEQID NO: 147)，其中每個(gè)R是核苷酸，Y是約0至10的整數(shù)，J是U或T，每個(gè)N是核苷酸，并且z是約I至約100的整數(shù)。在某些實(shí)施方案中，Y是0并且z是約I至約50。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑是由下式核苷酸序列組成的多核苷酸:5’-RY JGCNZ_3’ (SEQID NO: 147)，其中每個(gè)R是核苷酸，y是約0至10的整數(shù)，J是U或T，每個(gè)N是核苷酸，并且z是約I至約100的整數(shù)。在某些實(shí)施方案中，Y是0并且z是約I至約50，其包含下式核苷酸序列:5’ -S1S2S3S4I'其中S:、S2, S3和S4獨(dú)立為G、I或7-脫氮-dG。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸由下式核苷酸序列組成:5’ -RyJGCKq S1S2S3S4L0-Sj (SEQID NO: 148),其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，Y是約0至10的整數(shù)，J是U或T，S:、S2, S3和S4獨(dú)立為G或能夠預(yù)防G-四聯(lián)體形成和/或預(yù)防Hoogsteen堿基配對(duì)的分子，a是約I至約20的整數(shù),并且P是約I至約20的整數(shù)。例如，多核苷酸包含下式核苷酸序列:5’ -S1S2S3S4I'其中S:、S2、S3和S4獨(dú)立為G、I或7-脫氮-dG。在某些實(shí)施方案中，S:、S2、S3和S4中的一個(gè)或多個(gè)是I。在某些實(shí)施方案中，Sp S2、S3和S4是6。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸包含下式核苷酸序列:5’ -GIG G-3’。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，TLR7抑制劑和/ 或 TLR9 抑制劑是式5’-E|；JGCFUTCCTGGASiS2S3S4TT3(p-3’ (SEQ ID NO:152)，其中每個(gè)E、F和3是核苷酸，;、9和f是約0至10的整數(shù)，J是U或T，Sp S2, S3和S4獨(dú)立為G、I或7-脫氮-dG。在本文提供的任何方法或組合物的某些實(shí)施方案中，一種或多種核苷酸包括修飾。在某些實(shí)施方案中，所述修飾是2’-糖修飾。在某些實(shí)施方案中，2’ -糖修飾是2' -0-甲基糖修飾或2’-0-甲氧基乙基糖修飾。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸包括所有2’ -脫氧核糖多核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -糖修飾嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’-脫氧核糖多核苷酸和2’-0-甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸具有至少一個(gè)包括修飾的磷酸酯鍵的核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸僅包括硫代磷酸酯鍵。
在包含其中S1、S2、S3和S4獨(dú)立G、I或7-脫氮-G的式Sj-S1S2S3S4I的本文提供的任何方法或組合物的某些實(shí)施方案中，核苷酸都是脫氧核糖核苷酸。在包含其中S1' S2,S3和S4獨(dú)立G、I或7-脫氮-G的式5’ -S1S2S3S4I’的某些實(shí)施方案中，核苷酸都是2’ -脫氧核糖核苷酸。例如，對(duì)于其中TLR7和/或TLR9抑制劑是包含其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)的式R Y JGCK a GIGGL 0-3’ (SEQ ID NO:146)的核苷酸序列的多核苷酸的方法和組合物，序列中GIGG部分的每個(gè)核苷酸是2’ -脫氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脫氧鳥(niǎo)苷并且I是2’ -脫氧肌苷)。類似地，在一些實(shí)施方案中，其中I是肌苷并且Z’是7-脫氮G的GGGG、GIGG或GZ’ GG基序中的每個(gè)核苷酸是2’ -脫氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脫氧鳥(niǎo)苷，I是2’ -脫氧肌苷并且Z’是7-脫氮-2’ -脫氧鳥(niǎo)苷)。本文還提供了調(diào)節(jié)個(gè)體免疫應(yīng)答的方法，包括給所述個(gè)體施用足以調(diào)節(jié)所述個(gè)體免疫應(yīng)答的量的多核苷酸，其中所述多核苷酸選自由以下組成的組:SEQ ID NO:64-78,SEQID NO:123-135和SEQ ID NO: 141-145。在一些實(shí)施方案中，所述多核苷酸包括由以下組成的組之一:SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ IDNO:78, SEQ ID NO: 141、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO: 144。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸包括由以下組成的組之一:SEQ ID NO:73,SEQ IDNO:134、SEQ ID NO:143和SEQ IDNO:144。在某些實(shí)施方案中，調(diào)節(jié)個(gè)體免疫應(yīng)答治療和/或預(yù)防疾病。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，免疫應(yīng)答得到抑制。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，TLR7依賴性免疫應(yīng)答得到抑制。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，TLR9依賴性免疫應(yīng)答得到抑制。在任何方法的其他實(shí)施方案中，TLR7和TLR9依賴性免疫應(yīng)答得到抑制。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，疾病是自身免疫疾病。在某些實(shí)施方案中，自身免疫疾病的一個(gè)或多個(gè)癥狀得到改善。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，自身免疫疾病的發(fā)展得到預(yù)防或延遲。在某些實(shí)施方案中，自身免疫疾病選自由以下組成的組:系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、皮肌炎和干燥綜合征。在本文提供的任何方法的某些實(shí)施方案中，疾病伴隨炎癥。在某些實(shí)施方案中，炎癥是無(wú)菌炎癥。在某些實(shí)施方案中，無(wú)菌炎癥是肝 臟的無(wú)菌炎癥。本發(fā)明還涵蓋包含由SEQ ID NO:64_78、123-135和141-145組成的組(33個(gè)序列)的一個(gè)或多個(gè)的多核苷酸。本發(fā)明還涵蓋由SEQ IDNO:64-78、123-135和141-145組成的組(33個(gè)序列)的一個(gè)組成的多核苷酸。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸的組成全部是2’_脫氧核糖多核苷酸。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸的一個(gè)或多個(gè)核苷酸包括修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括2’-糖修飾。在這些實(shí)施方案的子集中，2’-糖修飾包括2' -0-甲基糖修飾或2’-0-甲氧基乙基糖修飾。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸的組成全部是2’-脫氧核糖多核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -糖修飾嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸具有至少一個(gè)包括修飾的磷酸酯鍵的核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸僅包括硫代磷酸酯鍵。 本發(fā)明還涉及優(yōu)選用于實(shí)施本發(fā)明方法的試劑盒。本發(fā)明試劑盒一般包括本發(fā)明的免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物(一般在適當(dāng)容器中)，并且還可以包括免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物在個(gè)體免疫調(diào)節(jié)中的使用說(shuō)明書(shū)。在一些實(shí)施方案中，試劑盒還包括另一種治療劑。本公開(kāi)內(nèi)容提供了治療個(gè)體自身免疫疾病的方法，包括給所述個(gè)體施用有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由SEQ IDNO:1-78,80-108和110-145組成的組的核苷酸序列或者由選自由SEQ IDNO:1-78,80-108和110-145組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸，或者是包含選自由SEQ ID N0:64-78、123-135和141-145組成的組的核苷酸序列或者由選自由SEQ ID NO:64-78,123-135和141-145組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RyJGCK a GIGGL P-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每個(gè) R、K 和 L 是核苷酸，J 是 U 或 T，y 是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)。在一些實(shí)施方案中，序列的GIGG的每個(gè)核苷酸是2’ -脫氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脫氧鳥(niǎo)苷并且I是2’_脫氧肌苷)。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸:SEQ ID NO:67,SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:14USEQ ID NO:143和SEQ ID NO:1440在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸:SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:143 和 SEQ ID NO:144。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸:SEQ ID NO:73,SEQ ID NO: 134,SEQID NO:143和SEQ ID NO:144。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸的組成全部是2’-脫氧核糖多核苷酸。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸的一個(gè)或多個(gè)核苷酸包括修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括2’-糖修飾。在這些實(shí)施方案的子集中，2’-糖修飾包括2' -0-甲基糖修飾或2’ -0-甲氧基乙基糖修飾。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸的組成全部是2’ -脫氧核糖多核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’-脫氧核糖多核苷酸和2’-糖修飾嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸 是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸具有至少一個(gè)包括修飾的磷酸酯鍵的核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸僅包括硫代磷酸酯鍵。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括在施用步驟之前選擇具有升高的炎癥基因表達(dá)模式的個(gè)體。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑以有效實(shí)現(xiàn)以下結(jié)果的一個(gè)或多個(gè)的量施用:i)降低來(lái)自個(gè)體的治療后樣品中的炎癥基因表達(dá)模式；ii)降低自身免疫疾病的臨床疾病活動(dòng)量度；iii)降低自身免疫疾病的血清學(xué)疾病量度；和iv)增加來(lái)自個(gè)體的治療后外周血單核細(xì)胞樣品中的漿細(xì)胞樣樹(shù)突狀細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，血清學(xué)疾病量度包括補(bǔ)體水平。在一些實(shí)施方案中，血清學(xué)疾病量度包括抗核抗原抗體，包括由以下組成的組的一個(gè)或多個(gè):抗dsDNA、抗Sm (Smith抗原)、抗組蛋白、抗RNP、抗Ro (SSA)和抗La (SSB)。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括施用第二治療劑。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，第二治療劑選自由以下組成的組:皮質(zhì)類固醇、非留體抗炎藥(NSAID)、IFN-a抑制劑和抗瘧疾藥。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體是人患者。在一些實(shí)施方案中，自身免疫疾病是系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)或皮膚性紅斑狼瘡(CLE)。在一些實(shí)施方案中，自身免疫疾病選自由以下組成的組:SLE、系統(tǒng)性硬化、多肌炎、皮肌炎、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和干燥綜合征。本公開(kāi)內(nèi)容還提供了治療個(gè)體的自身免疫疾病的方法，該方法包括給所述個(gè)體施用有效減少所述個(gè)體糖皮質(zhì)激素使用量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式。本公開(kāi)內(nèi)容還提供了評(píng)估具有自身免疫疾病的個(gè)體是否可能響應(yīng)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的治療的方法，所述方法包括測(cè)量來(lái)自所述個(gè)體的樣品中的炎癥基因表達(dá)1旲式，其中與來(lái)自健康受:試者的對(duì)照樣品相比升聞的炎癥基因表達(dá)1旲式指不所述個(gè)體可能響應(yīng)所述治療。此外，本公開(kāi)內(nèi)容提供了監(jiān)測(cè)具有自身免疫疾病的個(gè)體對(duì)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的治療的響應(yīng)性的方法，所述方法包括測(cè)量來(lái)自所述個(gè)體的治療如樣品和治療后樣品中的炎癥基因表達(dá)1吳式，其中當(dāng)所述治療后樣品中的所述炎癥基因表達(dá)模式與所述治療前樣品相比降低時(shí)，確定所述個(gè)體響應(yīng)所述治療。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由SEQ IDNO: 1-78,80-108和110-145組成的組的核苷酸序列或者由選自由SEQ IDNO:1-78,80-108和110-145組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸，或者是包含選自由SEQ ID NO:64-78,123-135和141-145組成的組的核苷酸序列或者由選自由SEQ ID NO:64-78、123-135和141-145組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RY JGCK a GIGGL 0-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)。在一些實(shí)施方案中，序列的GIGG的每個(gè)核苷酸是2’ -脫氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脫氧鳥(niǎo)苷并且I是2’ -脫氧肌苷)。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸:SEQ ID NO:67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO:7USEQ ID NO: 73, SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144。在一些實(shí)施方案中，TLR7 和 / 或TLR9抑制劑是包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸:SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:143 和SEQ ID NO: 144。在一些實(shí)施方案中，TLR7和/或TLR9抑制劑是包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成的多核苷酸:SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:134, SEQ ID NO:143和SEQ ID NO:144。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸的組成全部是2’ -脫氧核糖多核苷酸。在一些實(shí)施方案中，多核苷酸的一個(gè)或多個(gè)核苷酸包括修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括2’ -糖修飾。在這些實(shí)施方案的子集中，2’-糖修飾包括2' -0-甲基糖修飾或2’-0-甲氧基乙基糖修飾。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸的組成全部是2’ -脫氧核糖多核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’ -脫氧核糖多核苷酸和2 ’ -糖修飾嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2 ’ -脫氧核糖多核苷酸和2 ’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸是2’-脫氧核糖多核苷酸和2’-0_甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸具有至少一個(gè)包括修飾的磷酸酯鍵的核苷酸。在某些實(shí)施方案中，多核苷酸僅包括硫代磷酸酯鍵。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體是人患者。在一些實(shí)施方案中，自身免疫疾病是系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)或皮膚性紅斑狼瘡(CLE)。在一些實(shí)施方案中，自身免疫疾病選自由以下組成的組:SLE、系統(tǒng)性硬化、多肌炎、皮肌炎、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和干燥綜合征。而且，本公開(kāi)內(nèi)容提供了前述段落中提供的任何方法的實(shí)施方案，其中升高的炎癥基因表達(dá)模式包括干擾素(IFN)簽名，包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:BATF2、CMPK2、CXCLlO, DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITU IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、LY6E、MXl、OASl、0AS2、0AS3、OASL, OTOF, RSAD2、RTP4、SERPING1、TRIM6, XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71、ISG20、IFI16、IRF7 和 AM2。在一些實(shí)施方案中，升高的炎癥基因表達(dá)模式包括干擾素(IFN)簽名，包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:BATF2、CMPK2、DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITU IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、MXl、OASl、0AS2、0AS3、OASL, OTOF, RSAD2、RTP4、SERPINGU TRIM6、XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_7UISG20.1RF7和AM2。在一些實(shí)施方案中，升高的炎癥基因表達(dá)模式包括樣品中一種或多種細(xì)胞因子與對(duì)照樣品相比升高的水平，所述細(xì)胞因子選自由以下組成的組:IL_la、IL-1P , TNF- a、IL-6、IL-17、IFN-a , IFN- w , IFN- A 1、IFN_ 入 2和IP-10。在一些實(shí)施方案中，升高的炎癥基因表達(dá)模式包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組=IFITl (具有34肽重復(fù)序列-1的胰島素誘導(dǎo)的蛋白)、OASL(2' -5'-寡腺苷酸合成酶樣)、LY6E (淋巴細(xì)胞抗原6復(fù)合物，基因座E)、0AS2(2' -5'-寡腺苷酸合成酶)、0AS3 (2' -5'-寡腺苷酸合成酶)、IFI44(丙型肝炎微管聚合 蛋白)、MX1(粘液病毒抗性1)、G1P3(干擾素、a-誘導(dǎo)蛋白或IF1-6-16)、PRKR (干擾素-a -可誘導(dǎo)的雙鏈RNA依賴性的蛋白激酶)、IFIT4 (具有34肽重復(fù)序列4的胰島素誘導(dǎo)的蛋白)、PLSCRl (磷脂爬行酶I)、C10RF29(造骨細(xì)胞中表達(dá)的假定蛋白，類似于IFI44)、HSXIAPAF1 (XIAP-相關(guān)因子-1)、G1P2 (干擾素、a -誘導(dǎo)蛋白或 IF1-15K)、Hs.17518 (Cig5 或 Viperin)、IRF7(干擾素調(diào)節(jié)因子 7)、CD69 (早期 T 細(xì)胞激活抗原)、LGALS3BP(凝集素，半乳糖苷結(jié)合性的、可溶性的，3結(jié)合蛋白)、ILlRN(白介素_1受體拮抗劑)、AP0BEC3B (佛波醇蛋白I樣)、RGS1 (G-蛋白信號(hào)傳導(dǎo)I的調(diào)節(jié)劑)、AGRN(集聚蛋白)、EREG(上皮調(diào)節(jié)蛋白)、THBSl (血小板反應(yīng)蛋白I)、ETSl (v-ets成紅細(xì)胞增多癥病毒E26致癌基因同系物I)、ADAM9(A解聚素和金屬蛋白酶結(jié)構(gòu)域9)、SERPING1 (絲氨酸或半胱氨酸蛋白酶抑制劑(Cl抑制劑))和FCGRlA(IgG的Fe片段，高親和性Ia受體)。在一些實(shí)施方案中，IFN簽名是SLE簽名的一部分。在一些實(shí)施方案中，SLE簽名包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:GTPBP2、PCTAIRE2BP、DNAPTP96、GPR84、B4GALT5、FRAT2 和 PAFAH1B。在一些實(shí)施方案中，SLE簽名包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:表IB (185個(gè)標(biāo)志物)、表2B (1253個(gè)標(biāo)志物)、表3B (18個(gè)標(biāo)志物)和表4(6個(gè)標(biāo)志物)，U.S.7，608，395的全部(如說(shuō)明書(shū)中重復(fù)的)。在一些實(shí)施方案中，SLE簽名包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與對(duì)照樣品相比降低的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:表IA (160個(gè)標(biāo)志物)、表2A(1751個(gè)標(biāo)志物)和表3A(27個(gè)標(biāo)志物)，U.S.7，608，395的全部(如說(shuō)明書(shū)中重復(fù)的)。在一些實(shí)施方案中，升高的水平指比對(duì)照樣品大至少2.0倍、至少2.25倍、至少2.5倍或至少3倍、至少3.5倍、至少4倍、至少5倍或至少10倍的表達(dá)水平變化。在其他實(shí)施方案中，降低的水平指比對(duì)照樣品小至少50%、小至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，一種或多種生物標(biāo)志物包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25種生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品包括來(lái)自至少10、15、20或25名健康人受試者的PBMC。在一些實(shí)施方案中，樣品包括外周血單核細(xì)胞(PBMC)或皮膚組織。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)量從生物標(biāo)志物的基因表達(dá)的mRNA來(lái)確定升高的炎癥基因表達(dá)模式。在其他實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)量從生物標(biāo)志物的基因的蛋白表達(dá)來(lái)確定升高的炎癥基因表達(dá)模式。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)選自但不限于由以下組成的組的技術(shù)來(lái)確定升高的炎癥基因表達(dá)模式:nanostring分析、酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)和流式細(xì)胞術(shù)。本公開(kāi)內(nèi)容還提供了用于前述段落的方法的組合物，包括用于治療個(gè)體自身免疫疾病的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式，其中所述TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RYJGCK a GIGGL P -3’ (SEQ ID NO:146)，其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，J是U或T，y是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且^是約I至約20的整數(shù)。在一些實(shí)施方案中，序列的GIGG的每個(gè)核苷酸是2’-脫氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脫氧鳥(niǎo)苷并且I是2’ -脫氧肌苷)。本公開(kāi)內(nèi)容還提供了用于前述段落的方法的組合物，包括用于治療個(gè)體自身免疫疾病的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式，其中TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:5’ -Nm-N2N2N1CGN1N2N3-Nm-S, (SEQ ID NO:205)，其中CG是寡核苷酸基序，即CpG、CfpG、C*pG*或CpG%其中C是胞嘧啶，C*是嘧啶核苷酸衍生物，G是鳥(niǎo)苷，G*是嘌呤核苷酸衍生物A1是核苷酸衍生物或抑制寡核苷酸基序活性的非核苷酸鍵修飾，N2-N3在每次出現(xiàn)時(shí)是核苷酸、核苷酸衍生物或抑制寡核苷酸基序活性的非核苷酸鍵修飾，N1-N3在每次出現(xiàn)時(shí)是核苷酸或核苷酸衍生物，并且Nm和Nm在每次出現(xiàn)時(shí)是核苷酸、核苷酸衍生物或非核苷酸鍵。本公開(kāi)內(nèi)容還提供了用于前述段落的方法的組合物，包括用于治療個(gè)體自身免疫疾病的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式，其中TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸=XaCCN1N2N3YbN4GGGZc^SEQ ID NO:206)，其中:每個(gè)C是胞苷或其衍生物，其中至少一個(gè)C是胞苷衍生物；每個(gè)G是鳥(niǎo)苷或其脫氮衍生物；Xa是a核苷酸長(zhǎng)度的任何核苷酸序列，其中a是0-12的整數(shù)，并且每個(gè)核苷酸的選擇獨(dú)立于Xa中的任何其他核苷酸；Yb是b核苷酸長(zhǎng)度的任何核苷酸序列，其中b是0-21的整數(shù)，并且每個(gè)核苷酸的選擇獨(dú)立于Yb中的任何其他核苷酸；Z。是c核苷酸長(zhǎng)度的任何核苷酸序列，其中c是0-12(包含)的整數(shù)，并且每個(gè)核苷酸的選擇獨(dú)立于Z。中的任何其他核苷酸；并且K、N2, N3和N4各自獨(dú)立為任何核苷酸。附圖簡(jiǎn)述

圖1A-C描繪了用單獨(dú) 的R848或在測(cè)試IRP存在下刺激TLR7配體之后小鼠脾細(xì)胞中的IL-6水平(pg/ml)。
圖 2A-D 顯示了在以 IOmpk 和 IOOmpk 施用 SEQ ID NO:42 或 SEQ IDNO: 109 (IRS)之后(A，B)和以 90mpk 施用 SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:143 和 SEQ IDNO:144 之后(C，D)大鼠體重隨時(shí)間的增加
/減輕。圖3A-B顯示了以所示劑量施用SEQ ID NO:42⑷和SEQ ID NO:109⑶之后隨時(shí)間的相對(duì)于給藥前的百分比體重增加。圖3C顯示以100mg/kg施用SEQ ID NO:42、SEQID NO:79, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144 之后隨時(shí)間的相對(duì)于給藥前的百分比體重增加。圖 4A-D 顯示了以 100mg/kg 施用 SEQ ID NO:42、SEQ ID NO: 79、SEQID NO: 73、SEQID NO: 134、SEQ ID NO:143和SEQ ID NO: 144之后肝、心、腎或脾的器官重量。圖5A-B顯示了當(dāng)用單獨(dú)的R848或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)R848相比產(chǎn)生的IL-6的百分比(A)和當(dāng)用單獨(dú)的CpG-1SS或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)CpG-1SS相比產(chǎn)生的IL-6的百分比(B)。圖6A-B分別顯示了在脾細(xì)胞和B細(xì)胞中與單獨(dú)的R848相比產(chǎn)生的IL_6的百分比或當(dāng)用單獨(dú)的R848或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)產(chǎn)生的IL-6的水平(pg/ml)。圖6C和D分別顯示了在脾細(xì)胞和B細(xì)胞中與單獨(dú)的CpG-1SS相比產(chǎn)生的IL-6的百分比或當(dāng)用單獨(dú)的CpG-1SS或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)產(chǎn)生的IL-6的水平(pg/ml)。圖7A顯示了當(dāng)用單獨(dú)的CpG-1SS或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)CpG-1SS相比產(chǎn)生的IL-6的百分比。圖7B顯示了當(dāng)用單獨(dú)的R848或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)R848相比產(chǎn)生的IL-6的百分比。圖7C-D顯示了當(dāng)用單獨(dú)的流感病毒(C)或HSV(D)或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)病毒相比產(chǎn)生的IFN-a的百分比。圖8A顯示了與 用單獨(dú)的CpG-1SS或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)相比產(chǎn)生的IFN-a的水平。圖8B-C顯示了當(dāng)用單獨(dú)DNA-1C(B)或RNP-1C(C)或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)DNA-1C相比產(chǎn)生的IFN- a的水平。圖9A-B顯示了當(dāng)用HSV刺激時(shí)I3DC中測(cè)試IRP的IC50值。圖9C和D顯示了當(dāng)用流感病毒刺激時(shí)roc中測(cè)試IRP的IC90值。圖1OA顯示了用單獨(dú)的TLR9L HSV或TLR71FLU或者在各種濃度的SEQ ID NO:73存在下刺激的人PDC的劑量響應(yīng)曲線。圖1OB顯示了當(dāng)用單獨(dú)的流感病毒或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)病毒相比產(chǎn)生的IFN-a的百分比。圖1OC和D顯示了當(dāng)用單獨(dú)CpG-1SS或在測(cè)試IRP存在下刺激時(shí)與單獨(dú)CpG-1SS相比產(chǎn)生的IL-6的水平(pg/ml)或產(chǎn)生的IL-6的百分比。圖1lA-B顯示了肝和腎中測(cè)試IRP的組織濃度。圖1lC和D顯示了 SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:109在測(cè)試劑量下在肝、腎、脾和心中的組織濃度。圖12A-B顯示了 SEQ ID NO:73在測(cè)試劑量下在肝、腎、脾和心中隨時(shí)間的組織濃度。圖12C和D顯示了在研究結(jié)束時(shí)SEQ ID NO:73和109在肝、腎和脾中的組織濃度。圖13A-D顯示了 PDC誘導(dǎo)的IFN簽名在與循環(huán)血液PDC嚴(yán)格相關(guān)的GC治療的SLE患者中的表達(dá)水平。(A)純化的PDC經(jīng)單獨(dú)培養(yǎng)或者與Flu或純化抗RNP-1C單獨(dú)或與GC(10_5M)或IRS —起培養(yǎng)，并在3h時(shí)測(cè)定IFN-a分泌。(B)上圖:未治療(n = 30)、5-1Omg(n = 29)或20_30mg(n = 6)每日口服強(qiáng)的松和IV甲基強(qiáng)的松龍脈沖(3個(gè)連續(xù)劑量，n = 6)的SLE患者中的干擾素模塊表達(dá)水平(IFN模塊內(nèi)轉(zhuǎn)錄物的平均值)。中圖和下圖:未治療(n = 13)、以 5-10mg 每日口服 GC(n = 27)、每日口服 GC20_30mg(n = 16)和 IV脈沖后一天(n = 6)的SLE患者中血液PDC和單核細(xì)胞數(shù)目。(C) PDC在IV脈沖后I天和6天之前的代表性流式細(xì)胞分析。(D)上:在健康對(duì)照(n = 9)、IV脈沖(n = 26)之前和脈沖之后第I (n = I)和第8天(n = 2)的SLE患者中平均干擾素模塊水平表達(dá)(Nanostring,參見(jiàn)圖17)的定量。下:在IV脈沖之前(D0，n = 10)和在脈沖之后第I天(n = 9)和第6天(n = 2)的⑶IIc群體患者中的PDC頻率。數(shù)據(jù)描繪為平均值土SEM。圖14A-G顯示GC由于其缺乏對(duì)TLR誘導(dǎo)的NF_kB激活的活性而沒(méi)有影響TLR7&9-活化I3DC的活力。(A-D)如所示培養(yǎng)純化的PDC并在24小時(shí)之后評(píng)估活力。(A)用單獨(dú)GC(K)-5M或I(T6M)或如所示培養(yǎng)H)C。顯示了 6-12個(gè)獨(dú)立供體的平均值土SEM。**p ( 0.01單獨(dú)TLRL相對(duì)于與IRS —起培養(yǎng)。(B)用單獨(dú)的GC(10_5M)或如所示培養(yǎng)TOC。5-8個(gè)獨(dú)立供體的平均值土SEM。(C-D)用單獨(dú)的CpG-C或用p38MAP、PI3激酶或NF_kB抑制劑培養(yǎng)H)C。顯示了 6-8個(gè)獨(dú)立供體的平均值土SEM。(E-G)在如所示培養(yǎng)之后制備來(lái)自純化PDC (E-F)或單核細(xì)胞(G)的核提取物，并評(píng)估NF-kB的轉(zhuǎn)錄活性。以0.5 y M使用IKK-2。數(shù)據(jù)顯示為至少·4個(gè)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的OD值(平均值土SEM)。圖15A-D顯示了體內(nèi)TLR激活賦予PDC對(duì)GC治療的更大抗性。(A，B)18小時(shí)后用分級(jí)劑量的地塞·米松和從血液(A)或脾(B)制備的細(xì)胞注射129只小鼠。在血液(A)中，數(shù)據(jù)表示為細(xì)胞數(shù)目/ml血液和脾⑶中總細(xì)胞總數(shù)。n = 6只小鼠每組。(C-D) 129只小鼠未治療，或用Img單獨(dú)的地塞米松或在CpG-C ISS(50ii g/小鼠)存在下治療，或用CpG-CISS加IRSQOOii g/小鼠)治療；血液中細(xì)胞數(shù)目/ml顯示于(C),并且脾中細(xì)胞總數(shù)顯示于(D)。兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)；顯示了 n = 8只小鼠每組。繪制的數(shù)據(jù)代表平均值土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差**p≤0.01，_p ≤ 0.0Ol0圖16A-D顯示由于通過(guò)自身核酸的TLR7&9激活，PDC形式狼瘡易感小鼠與WT小鼠相比對(duì)GC誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡具有固有抗性。(A-B)正常(實(shí)心符號(hào))和狼瘡易感(空心符號(hào))動(dòng)物未治療或用地塞米松治療(GC)。18小時(shí)后評(píng)估血液(A，相對(duì)于取血前的倍變)和脾(B，相對(duì)于未治療的倍變)中的細(xì)胞數(shù)目。顯示了至少三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)。***p≤0.001指示兩個(gè)狼瘡品系與任一正常品系之間的差異。(C) (NZBxNZW)FJP (D)TLR7.Tg0 6只小鼠未治療或用單獨(dú)GC或在IRS或?qū)φ?CTRL) ODN(100 ii g/小鼠s.c.)存在下治療，在GC治療之前每3天給予一次，持續(xù)10天。在DEX后18小時(shí)評(píng)估脾中的活力。顯示了兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)。圖17顯示了 GC治療的SLE患者中PDC誘導(dǎo)的IFN簽名的瞬時(shí)水平。純化的人I3DC被單獨(dú)培養(yǎng)或在Flu(2M0I)或分離自SLE患者的純化抗RNP IC (單獨(dú)或與GC組合(10_5M或10_6M或IRS(0.5iiM))存在下培養(yǎng)。3小時(shí)之后，測(cè)定細(xì)胞的IFN-a分泌，五名供體的累積數(shù)據(jù)顯示為MFI (平均值土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差)。圖18A-E顯示了 TLR誘導(dǎo)的信號(hào)保護(hù)PDC免于GC誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡。IRS抑制了 TLR7/9刺激的人PDC中的IFN- a生成，但沒(méi)有誘導(dǎo)細(xì)胞死亡，并且外源性IFN- a在缺乏 NF-kB 激活下沒(méi)有拯救 H)C。(A)純化的人 PDC 用 CpG-C ISS (0.5 y M)、IL-3 (5ng/ml)、TNF-a (20ng/ml)、IL-7(10ng/ml)、FTL_3L (lOng/ml)單獨(dú)(白色條柱)或在 GC (I(T5M)存在下(黑色條柱)培養(yǎng)。在24小時(shí)后評(píng)估活力。顯示了五次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)中10名(左圖)和13名(右圖)獨(dú)立供體的平均值土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差( 0.01，***p ( 0.001。P值介于CpG+GC和細(xì)胞因子+GC組之間。(B)純化的人PDC用單獨(dú)或與各種濃度的GC組合的CpG-CISS(0.5iiM)、Flu(2MOI)培養(yǎng)。在24小時(shí)后評(píng)估IFN-a的活力和生成。顯示了 10名獨(dú)立供體的平均值。(C，D)純化的 PDC 用 CpG-C ISS (0.5 uM), Flu (2MOI)或 RNP-1C (0.5mg/ml)或在IRS (IiiM)存在下培養(yǎng)。(C)在24小時(shí)后評(píng)估活力。⑶通過(guò)ELISA測(cè)量IFN-a。顯示了三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)。n = 10。(E)純化的PDC用CpG-C ISS(0.5uM)在有或沒(méi)有可溶性IFN-a (20ng/ml)下單獨(dú)或在所示濃度的NF_kB抑制劑IKK-2存在下培養(yǎng)。24小時(shí)后評(píng)估活力。顯示了 10名獨(dú)立供體的平均值土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差。圖19顯示了 GC不影響I3DC中TLR誘導(dǎo)的p65磷酸化。負(fù)純化的PDC未治療或用CpG-C ISS (0.5 uM) (A)、Flu (2M0I) (B)單獨(dú)或在 GC (I(T5M)或 NF-kB 抑制劑 IKK-2 (0.5 u M)存在下培養(yǎng)90分鐘，然后立即將細(xì)胞固定，用PermBuffer III在冰上通透30分鐘，并用Alexa-647抗人NF-kB p65 (pS529) (BD Bioscience)染色，然后通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)分析。至少三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的代表性直方圖。圖20顯示IRS顯著降低了體內(nèi)細(xì)胞因子的CpG-C ISS介導(dǎo)的誘導(dǎo)。129只小鼠未治療或用CpG-C ISS(50iig/小鼠)單獨(dú)或與IRS(50 yg/小鼠)一起治療，6小時(shí)后收集血清。通過(guò)ELISA評(píng)價(jià)IFN-a和IL_6。n = 6只小鼠每組土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差。圖21顯示了狼瘡易感小鼠中roc的增加的抗性是由于TLR7&9刺激。(A)(NZBxNZff)F1和(B) TLR7.Tgo 6只小鼠未治療或用GC (0.5mg)單獨(dú)或與IRS 一起治療。在GC治療之前每3天施用IRS (IOOii g/小鼠s.c.)，持續(xù)10天。在GC注射后18小時(shí)評(píng)估不同細(xì)胞子集的活力。數(shù)據(jù)指細(xì)胞數(shù)目/ml血液。兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的平均值累積數(shù)據(jù)土標(biāo)準(zhǔn)誤差，n = 8~12小鼠/組。圖22A-D顯示了用TLR抑制劑治療狼瘡易感小鼠沒(méi)有影響狼瘡易感小鼠在缺乏GC時(shí)的體內(nèi)活力，并且對(duì)GC治療的WT小鼠沒(méi)有任何影響。狼瘡小鼠中PDC對(duì)GC誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡的抗性需要細(xì)胞激活。(A) (NZBxNZW)F1* (B)TLR7.Tg。6只小鼠未治療或用IRS (100 y g/小鼠s.c.)每3天治療一次， 持續(xù)10天，在最后一次IRS施用后18小時(shí)通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)測(cè)量脾中的細(xì)胞數(shù)目。數(shù)據(jù)指脾中細(xì)胞總數(shù)的平均值土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差，n = 6只小鼠每組。在血流中獲得類似數(shù)據(jù)(未顯示)。(C)如圖16所示，129只小鼠未治療或用GC0.5mg或GC加IRS (100 u g/小鼠s.c.)治療。在GC注射后18小時(shí)評(píng)估I3DC的活力。n = 6只小鼠每組。⑶如圖16，129或(NZBxNZW)F1狼瘡易感動(dòng)物(3周或16周大)未治療或用GC治療。在這里，基于小鼠重量調(diào)節(jié)GC劑量，3周大的小鼠接受0.25mg,而成年小鼠接受0.5mg。在18小時(shí)后評(píng)估血液和脾中的PDC細(xì)胞數(shù)目。對(duì)于每只小鼠,數(shù)據(jù)表示為與未治療小鼠的變化倍數(shù)。圖23A-C顯示了用TLR抑制劑治療狼瘡易感小鼠減少了 IFN可誘導(dǎo)基因的水平。
(A)如圖16所述治療(NZBxNZW)F1小鼠，但是當(dāng)小鼠接受IRS時(shí)，使用了不同劑量的GC(在這里以mg每只小鼠計(jì)算)⑶(NZBxNZW)FjP (C)TLR7.Tg』只小鼠未治療或用IRS(100ii g/小鼠s.c.)每3天治療一次，持續(xù)10天，在最后一次IRS注射后18小時(shí)收集脾。從動(dòng)物的脾制備RNA，并且通過(guò)定量分析(Taqman)測(cè)量I型IFN調(diào)節(jié)基因的水平。n = 6-10只小鼠每組的平均值土平均值的標(biāo)準(zhǔn)誤差。圖24A-F顯示皮膚損傷引起白細(xì)胞侵潤(rùn)和激活，包括PDC生成IFN-a和中性粒細(xì)胞分泌NET。(A)在經(jīng)由帶剝離的侵潤(rùn)后24小時(shí)通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)表征了 29只小鼠皮膚中的細(xì)胞侵潤(rùn)物。將PDC鑒定為CD11C+PDCA1+120G8+，將cDC鑒定為CDllc+PDCAl-120G8-，將中性粒細(xì)胞鑒定為L(zhǎng)Y6G+(1A8)F480-，將皮膚巨噬細(xì)胞鑒定為F480+LY6G low，將T細(xì)胞鑒定為⑶4+⑶3+和⑶8+⑶3+。顯示了至少10只小鼠的代表性FACS曲線。(B) 129只小鼠經(jīng)帶剝離，24小時(shí)后通過(guò)流式細(xì)胞分析評(píng)估PDC侵潤(rùn)細(xì)胞的IFN-a生成。中性粒細(xì)胞(LY6G+)和T細(xì)胞(⑶3+)用作陰性對(duì)照。經(jīng)CpG-1SS刺激3小時(shí)的培養(yǎng)的骨髓衍生的PDC用作陽(yáng)性對(duì)照。顯示了具有類似結(jié)果的三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的代表。通過(guò)使用Ly6G檢測(cè)中性粒細(xì)胞并使用SyTox染色DNA的免疫染色來(lái)確定中性粒細(xì)胞從(C)骨髓(作為滅活的中性粒細(xì)胞來(lái)源)或(D)帶剝離后24小時(shí)的小鼠皮膚分離時(shí)形成NET的能力。通過(guò)使用特定染料的免疫染色來(lái)檢測(cè)含有IL-37的DNA(E)或RNA(F)NET纖維的存在。顯示了 10只小鼠的代表。圖25A-B顯示MyD88信號(hào)傳導(dǎo)途徑是上調(diào)I型IFN調(diào)節(jié)基因和促炎基因所必需的。A) 剝離的直方圖)和年齡匹配的WT C57/BL6小鼠(黑色直方圖)未經(jīng)治療(天然)或經(jīng)帶剝離以引發(fā)炎癥。24小時(shí)后，分離皮膚活檢并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)促炎基因水平。IFNAR+小鼠(剝離直方圖)和年齡匹配的WT129小鼠(黑色直方圖)未經(jīng)治療(天然)或經(jīng)帶剝離以引發(fā)炎癥。24小時(shí)后，分離皮膚活檢并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)促炎基因水平。顯示了至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 15-20每組(平均值土 SEM)。*p < 0.05 ;#p ^ 0.01 ；
( 0.001。僅顯示了 C57/BL6和129只小鼠的天然(未治療)組。顯示了至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 15-20(平均值土SEM)。*p彡0.05 ;#p彡0.01 彡0.001。圖26A-B顯示TLR7和TLR9的刺激對(duì)于皮膚炎癥的誘導(dǎo)是必需的但對(duì)于皮膚損傷后的細(xì)胞侵潤(rùn)不是必需的。129只小鼠未治療(天然，白色直方圖)、帶剝離(帶，黑色直方圖)或用雙重TLR7和TLR9抑制劑SEQID NO:42 (IRS) (IOOu g ；sc)治療后立即帶剝離。A) 24小時(shí)后分離皮膚侵潤(rùn)細(xì)胞，并如圖24A所示鑒定PDC和中性粒細(xì)胞。直方圖顯示了從2x2cm皮膚活檢獲得的總細(xì)胞數(shù)(n = 10只小鼠)(平均值土SEM)。B)通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)基因表達(dá)水平。顯示了至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 10-15只小鼠(平均值土SEM)。*p ^ 0.05 ;**p ^ 0.01 ;***p < 0.001。

圖27A-B顯示PDC和中性粒細(xì)胞的激活對(duì)于帶剝離損傷之后炎癥基因爆發(fā)是關(guān)鍵的。129只小鼠未經(jīng)治療，或者經(jīng)帶剝離的PDC和/或中性粒細(xì)胞在帶剝離之前使用特異性抗體清除。在第-2天和第0天(帶剝離之前8小時(shí))給小鼠注射用于清除roc的抗120G8Ab或用于清除中性粒細(xì)胞的抗GR1-LY6G Ab, 1.p.給予250iig。在血流和皮膚侵潤(rùn)液中都實(shí)現(xiàn)了超過(guò)95%的細(xì)胞清除。在帶剝離后24小時(shí)，在皮膚侵潤(rùn)細(xì)胞(A)和皮膚活檢
(B)中測(cè)量了基因表達(dá)水平。僅顯示了未治療的小鼠的天然組。顯示了三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 14只小鼠(平均值土SEM)。*p彡0.05 ;#p彡0.01 彡0.001。圖28A-H顯示狼瘡易感(NZBxNZW)Fl小鼠在帶剝離之后發(fā)展了嚴(yán)重且慢性的皮膚疾病，類似于人CLE。(A)狼瘡易感小鼠(NZBxNZW) Fl和年齡匹配的129和C57/BL6小鼠經(jīng)帶剝離，并在24小時(shí)、4天和20天后收集皮膚活檢，并評(píng)價(jià)基因表達(dá)(分析IRF7、ISG15和IFIT未I型IFN調(diào)節(jié)基因，并分析TNF-a、IL1-A、ILlB為炎癥基因)。24小時(shí)的基因表達(dá)水平設(shè)為100，并與帶剝離后4天和20天獲得的水平相比較。顯示了三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù) n = 10 (平均值土 SEM)*p ( 0.05 ;**p ( 0.01 ;***p ( 0.001。(B)在(NZBxNZff)Fpl29和C57/BL6小鼠中帶剝離之后15-23天定量具有開(kāi)放損傷的區(qū)域。至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 15(平均值土SEM)。在帶剝離之后15-23天的(C-H)來(lái)自(C)未接觸(NZBxNZff)Fl小鼠的皮膚或來(lái)自(D) 129、(E)C57/BL6或(F-H) (NZBxNZff)Fl小鼠的皮膚的代表性切片。比例尺200 u m。圖29A-G顯示，PDC和TLR7&9信號(hào)傳導(dǎo)是狼瘡易感小鼠中皮膚疾病形成所需要的。(A)在(NZBxNZW)(未治療)、用每周一次注射 SEQ ID NO:42 (IRS)治療的(NZBxNZW)F1小鼠和其中在實(shí)驗(yàn)期間已經(jīng)清除PDC的(NZBxNZW)F1小鼠(PDC清除的)中帶剝離之后15-23天定量具有開(kāi)放的肉眼可見(jiàn)損傷的區(qū)域。顯示了至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n =12(平均值土SEM)。來(lái)自(B)未接觸(NZBxNZW)F1 (天然)的皮膚或來(lái)自在帶剝離之后15-23天從(C)未治療的(NZBxNZff)F1或(D-E)用IRS治療的(NZBxNZff)F1或(F-G)清除了 PDC的(NZBxNZW) F1分離的皮膚的代表性切片。比例尺200 u m。圖30A-E顯示使用SEQ ID NO:42 (IRS)對(duì)具有慢性皮膚炎癥的狼瘡易感小鼠的治療性治療顯著改善了 CLE樣表型。(A)在未治療的(NZBxNZW)F1小鼠或從第4_20天用IRS在治療環(huán)境下治療(圖36中的治療方案)的(NZBxNZW)F1小鼠中帶剝離之后25-23天定量具有開(kāi)放損傷的區(qū)域。兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 12 (平均值土SEM)。來(lái)自(B，C)未治療或(D，E)從第4天用SEQ ID NO:42 (IRS)治療的(NZBxNZW)F1的皮膚的代表性切片。比例尺200 Um0圖31A-B顯示MyD88信號(hào)傳導(dǎo)途徑是上調(diào)白細(xì)胞侵潤(rùn)損傷皮膚中I型調(diào)節(jié)基因和促炎基因所必需的。A)MyD88+(剝離直方圖)和年齡匹配的WT C57/BL6小鼠(黑色直方圖)未經(jīng)治療(天然)或經(jīng)帶剝離以引發(fā)炎癥。24小時(shí)之后，分離侵潤(rùn)白細(xì)胞并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)促炎基因水平。IFNAR+小鼠(剝離直方圖)和年齡匹配的WT129小鼠(黑色直方圖)未經(jīng)治療(天然)或經(jīng)帶剝離以引發(fā)炎癥。24小時(shí)后，分離皮膚活檢并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)促炎基因水平。顯示了至少`兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n = 15-20每組(平均值土SEM)。*p彡0.05 ;#p彡0.01 彡0.001。僅顯示了 C57/BL6和129只WT小鼠的天然(未治療)組。顯示了至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)n= 15-20(平均值土SEM)。*p < 0.05 ;**p ^ 0.01 ;***p < 0.001。圖32顯示TLR7和TLR9刺激對(duì)于皮膚剝離后的細(xì)胞侵潤(rùn)不是必需的。如圖26，129只小鼠未治療(天然，白色直方圖)、帶剝離(帶，黑色直方圖)或用雙重TLR7和TLR9抑制劑SEQ ID NO:42 (IRS) (IOOii g;sc)治療后立即帶剝離。24小時(shí)后分離皮膚侵潤(rùn)細(xì)胞，并如圖24A鑒定細(xì)胞群。直方圖顯示了從2x2cm皮膚活檢獲得的總細(xì)胞數(shù)(n = 10只小鼠)(平均值±SEM) o圖33顯示TLR7和TLR9的刺激對(duì)于皮膚炎癥的誘導(dǎo)是必需的。如圖26描述的治療129WT小鼠。在皮膚活檢中通過(guò)Taqman測(cè)量基因。顯示了至少兩次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的累積數(shù)據(jù)(n = 10-15 小鼠)(平均值 ±SEM).*p ( 0.05 ;***p ( 0.001。圖34A-D顯示(NZBxNZW)F1小鼠皮膚的帶剝離引發(fā)了可以用SEQ IDNO:42 (IRS)抑制的強(qiáng)烈炎癥反應(yīng)。經(jīng)由狼瘡易感小鼠帶剝離的炎癥后皮膚細(xì)胞侵潤(rùn)液的表征。給(NZBxNZW)F1剃毛并未經(jīng)治療(A)或帶剝離(B，C) ;24小時(shí)后，分離皮膚侵潤(rùn)細(xì)胞(B，C)并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)基因表達(dá)水平(D)。如圖24A描述的表征了細(xì)胞。(C)直方圖顯示了從2x2cm皮膚活檢獲得的總細(xì)胞數(shù)(n = 8只小鼠)(平均值土SEM)。⑶(NZBxNZW)F1小鼠未經(jīng)治療(天然，白色直方圖)、帶剝離(帶，黑色直方圖)或用雙重TLR7和TLR9抑制劑SEQID NO:42 (IRS)治療后立即帶剝離。24小時(shí)后，通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)基因表達(dá)水平。顯示了 n=6只小鼠(平均值土SEM)。*p彡0.05。圖35A-F顯示在帶剝離之后20天的(NZBxNZW)F1中損傷的組織病理特征的詳情。來(lái)自帶剝離后15-23天的(NZBxNZW)F1的皮膚的代表性切片。(A-C)真皮具有纖維硬化和明顯炎性侵潤(rùn)的增生和角化過(guò)度癥(原始放大IOOx)。(D)特征為脂肪組織的炎性侵潤(rùn)液和變性改性的真皮表皮交界處的改變(原始放大IOOx)。(E，F(xiàn))由淋巴細(xì)胞豐富的中性粒細(xì)胞(核塵用E中箭頭指示)和 巨噬細(xì)胞(F中的框區(qū))組成的更深真皮中的侵潤(rùn)液詳情(原始放大400x)。圖36顯示有關(guān)在(NZBxNZff)F1中用TLR7&9抑制劑SEQ ID NO:42 (IRS)以及在PDC清除實(shí)驗(yàn)中的治療方案的設(shè)計(jì)。在實(shí)驗(yàn)的整個(gè)過(guò)程中，在帶剝離當(dāng)天開(kāi)始或者在損傷后4天疾病已經(jīng)確立時(shí)(圖30A、D、E)開(kāi)始使用SEQ ID NO:42(IRS)。在兩種情況下，一周施用兩次SEQ ID NO:42 (IRS) (100 y g ;s.c.)。還描述了圖29A、F、G中描述的PDC清除實(shí)驗(yàn)的時(shí)機(jī)。在第-2天和第0天(帶剝離之前8小時(shí))給予針對(duì)F1DC抗120G8的清除抗體(250 ug；1.p.),然后每周給予兩次，持續(xù)實(shí)驗(yàn)整個(gè)期間。根據(jù)未治療組中損傷進(jìn)展，在初始帶剝離之后15-23天之間停止實(shí)驗(yàn)。圖37顯示TLR7和TLR9信號(hào)傳導(dǎo)是皮膚炎癥誘導(dǎo)所必需的。(A) TLR7-/-(黑色直方圖)和年齡匹配的WT C57/BL6小鼠(灰色直方圖)未經(jīng)治療(天然)或經(jīng)帶剝離以引發(fā)炎癥。24小時(shí)后，分離皮膚活檢并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)促炎基因水平。顯示了 n= 10只小鼠(平均值土 SEM) ；*p ^ 0.05.B) TLR9-/-經(jīng)帶剝離(黑色直方圖)或在用雙重TLR7和TLR9抑制劑IRS954 (IOOii g;sc)治療后立即帶剝離(虛線直方圖)。年齡匹配的WT C57/BL6小鼠未經(jīng)治療(天然，白色直方圖)或經(jīng)帶剝離(灰色直方圖)。24小時(shí)后，分離皮膚活檢并通過(guò)Taqman評(píng)價(jià)促炎基因水平。顯示了 n = 10只小鼠(平均值土SEM) ;*p ( 0.05。圖38A-B顯示了(A)來(lái)自用(n = 18)或沒(méi)用(n = 11)所述口服GC治療的29例SLE患者的全血的模塊水平分析。使用的疾病活動(dòng)指數(shù)(SLEDAI)和療法在下方指示。具有斜線的模塊對(duì)應(yīng)于基因低表達(dá)，而沒(méi)有斜線的模塊對(duì)應(yīng)于基因的相對(duì)過(guò)表達(dá)，標(biāo)準(zhǔn)化為對(duì)照。(B)使用NanostringCounter系統(tǒng)評(píng)估健康供體和SLE患者中的縱向血液基因表達(dá)水平。Nanostring codeset中包括對(duì)應(yīng)于12個(gè)IFN可誘導(dǎo)基因的探針(參見(jiàn)表I)。將基因表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化為對(duì)照基因和健康供體。顯示了對(duì)應(yīng)于8個(gè)患者縱向樣品(單列)的Heatmap (log2刻度)。以2-3個(gè)月的間隔獲得了對(duì)應(yīng)于患者SLE184、190、212、252、133和231的樣品。這些患者接受口服GC但不接受任何IV甲基強(qiáng)的松龍脈沖。在IV脈沖前一天、2次獨(dú)立IV脈沖(標(biāo)記為0)分析SLE 242，并在口服GC時(shí)另外2次。在IV脈沖前一天和后一天分析SLE249 (標(biāo)記為*)并在口服GC時(shí)另外2次。僅在IV脈沖后一天沒(méi)有IFN可誘導(dǎo)基因表達(dá)水平的降低。沒(méi)有斜線:過(guò)表達(dá)。斜線:低表達(dá)。發(fā)明詳述本發(fā)明提供了 TLR7和/或TLR9的抑制劑，例如免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物，以及使用這些抑制劑調(diào)節(jié)個(gè)體、特別是人的免疫應(yīng)答的方法。在一些實(shí)施方案中，免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物包括免疫調(diào)節(jié)性序列(IRS)。在一些實(shí)施方案中，免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物包括未修飾的IRS。本發(fā)明的免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物特別抑制先天免疫應(yīng)答，包括涉及經(jīng)由TLR7和/或TLR9的信號(hào)傳導(dǎo)的應(yīng)答。本發(fā)明的免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物可以有效抑制人類細(xì)胞生成細(xì)胞因子，包括IFN-a和/或IL-6。本文描述的免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物還可以有效抑制經(jīng)免疫刺激性核酸刺激的細(xì)胞的增殖和/或成熟。本文還提供了通過(guò)給個(gè)體施用本文描述的免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物來(lái)治療和預(yù)防所述個(gè)體的自身免疫疾患和炎性疾患、例如慢性炎性疾患的方法。本文還提供了預(yù)測(cè)和/或確定疾病對(duì)包括TLR7和/或TLR9的抑制劑的治療的響應(yīng)性的方法。在一些實(shí)施方案中，免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物與另一種治療劑組合施用。在一些實(shí)施方案中，其他治療劑是皮質(zhì)類固醇。在一些實(shí)施方案中，免疫調(diào)節(jié)性化合物和/或免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸包括至少一種修飾的免疫調(diào)節(jié)性化合物。一般技術(shù)除非另外指示，本發(fā)明的實(shí)施將采用本領(lǐng)域技術(shù)內(nèi)的、分子生物(包括重組技術(shù))、微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、化學(xué)和免疫學(xué)的常規(guī)技術(shù)。此類技術(shù)在如下文獻(xiàn)中全面解釋:例如 Molecular Cloning:ALaboratoryManual,第二版(Sambrook 等人，1989) ；01 igonucleotide Synthesis (M.J.Gait 編，1984) ；Animal Cell Culture (R.1.Freshney編，1987) ；Handbook of Experimental Immunology(D.M.ffeir&C.C.Blackwell編)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J.M.Miller&M.P.Calos 編，1987) ；CurrentProtocoIs in Molecular Biology(F.M.Ausubel 等人編，1987) ；PCR:ThePolymerase Chain Reaction, (Mullis 等人 編，1994) ；Current Protocols inImmunology (J.E.Coligan 等人編，1991) ；The Immunoassay Handbook (D.Wild 編，Stockton Press NY,1994) ；Bioconjugate Techniques(Greg T.Hermanson 編，AcademicPress,1996);和 Methods of Immunological Analysis (R.Masseyeff, W.H.Albert 和N.A.Staines編，Weinheim:VCH Verlags gesellschaft mbH，1993)。定義如本文可互換使用的，術(shù)語(yǔ)“核酸”、“多核苷酸”和“寡核苷酸”包括單鏈DNA (ssDNA)、雙鏈DNA (dsDNA)、單鏈RNA (ssRNA)和雙鏈RNA (dsRNA)、修飾的多核苷酸和多核苷酸或其組合。多核苷酸可以是線性或環(huán)狀構(gòu)型，或者多核苷酸可以含有線性和環(huán)狀區(qū)段。多核苷酸是一般通過(guò)磷酸二酯鍵結(jié)合的核苷的聚合物，但是多核苷酸中也可以使用替代鍵，例如硫代磷酸酯。核苷由與糖鍵合的嘌呤(腺嘌呤(A)或鳥(niǎo)嘌呤(G)或其衍生物)或嘧啶(胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)或尿嘧啶(U)或其衍生物)堿基組成。DNA中的四個(gè)核苷單位(或堿基)稱為脫氧腺苷、脫氧鳥(niǎo)苷、胸腺嘧啶脫氧核苷和脫氧胞苷。核苷酸是核苷的磷酸酯。本文使用的術(shù)語(yǔ)“免疫刺激性核酸”或“免疫刺激性多核苷酸”指引起和/或促成可測(cè)量的免疫應(yīng)答的核酸分子(例如，多核苷酸)，所述免疫應(yīng)答如在體外、體內(nèi)和/或離體測(cè)量的?？蓽y(cè)量的免疫應(yīng)答的實(shí)例包括但不限于抗原特異性抗體生成、細(xì)胞因子分泌、淋巴細(xì)胞群的激活或擴(kuò)增，所述淋巴細(xì)胞群例如NK細(xì)胞、CD4+T淋巴細(xì)胞、CD8+T淋巴細(xì)胞、B淋巴細(xì)胞等。已知免疫刺激性核 酸(ISNA)序列刺激先天免疫應(yīng)答，特別是細(xì)胞中通過(guò)TLR-9信號(hào)傳導(dǎo)而發(fā)生的那些應(yīng)答。如本領(lǐng)域已知的，免疫刺激性核酸(ISNA)可以分離自微生物來(lái)源，例如細(xì)菌，可以存在于核酸載體以用于基因療法，或者可以使用本文描述和本領(lǐng)域已知的技術(shù)和設(shè)備合成。一般而言，免疫刺激性核酸序列包括至少一個(gè)CG 二核苷酸，該二核苷酸的C是未甲基化的。因此，在一些情況下，微生物感染和施用的DNA可以導(dǎo)致先天免疫應(yīng)答的刺激。如本文使用的術(shù)語(yǔ)“免疫刺激性”或“刺激免疫應(yīng)答”包括參與免疫反應(yīng)的細(xì)胞類型的刺激和對(duì)特異性抗原物質(zhì)的免疫應(yīng)答的增強(qiáng)。通過(guò)免疫刺激性核酸刺激的免疫應(yīng)答一般是“ThI型”免疫應(yīng)答，相對(duì)于“Th2型”免疫應(yīng)答。Thl型免疫應(yīng)答通常特征是對(duì)抗原的“延遲型過(guò)敏性”反應(yīng)和激活的巨噬細(xì)胞功能，并且可以通過(guò)Thl相關(guān)細(xì)胞因子增加的水平而在生化水平上檢測(cè)，所述Thl相關(guān)細(xì)胞因子例如正^￥、11-2、11-12和1即-0。Th2型免疫應(yīng)答一般與抗體生成(特別是IgE抗體生成)的高水平和增加的嗜伊紅性粒細(xì)胞數(shù)目和激活以及Th2相關(guān)細(xì)胞因子(例如IL-4、IL-5和IL-13)的表達(dá)相關(guān)。本文使用的術(shù)語(yǔ)“先天免疫應(yīng)答”或“先天免疫性”包括細(xì)胞或個(gè)體借此識(shí)別和應(yīng)答病原體存在的多種先天抗性機(jī)制。如本文使用的，“先天免疫應(yīng)答”包括當(dāng)細(xì)胞識(shí)別病原體相關(guān)的分子模式或信號(hào)時(shí)發(fā)生的細(xì)胞內(nèi)和細(xì)胞間事件和反應(yīng)。先天性免疫應(yīng)答中活性的細(xì)胞受體包括Toll樣受體(TLR)家族，并且已經(jīng)鑒定了幾種TLR的微生物配體，如本文描述的。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“免疫調(diào)節(jié)性序列”或“IRS”指抑制和/或壓制可測(cè)量的先天免疫應(yīng)答的核酸序列，先天免疫應(yīng)答如在體外、體內(nèi)和/或離體測(cè)量的。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“免疫調(diào)節(jié)性序列”或“IRS”指包括修飾的核酸序列(即，修飾的IRS)以及不包括修飾的核酸(即，未修飾的IRS)。修飾的IRS可以包括對(duì)糖、堿基或骨架的修飾。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸”或“IRP”指包含至少一個(gè)抑制和/或壓制可測(cè)量的先天免疫應(yīng)答的IRS的多核苷酸，先天免疫應(yīng)答如在體外、體內(nèi)和/或離體測(cè)量的。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸”或“IRP”可以包括修飾的和/或未修飾的IRS。修飾的IRS可以包括對(duì)糖、堿基或骨架的修飾。TLR(例如TLR-7或9)的抑制包括但不限于在受體位點(diǎn)的抑制，例如通過(guò)阻斷配體-受體結(jié)合以及抑制配體-受體結(jié)合之后的下游信號(hào)途徑。可測(cè)量的先天免疫應(yīng)答的實(shí)例包括但不限于細(xì)胞因子的分泌、淋巴細(xì)胞群(例如NK細(xì)胞、⑶4+T淋巴細(xì)胞、⑶8+T淋巴細(xì)胞、B淋巴細(xì)胞)的激活或擴(kuò)增、細(xì)胞群(例如漿細(xì)胞樣樹(shù)突狀細(xì)胞等)的成熟。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“免疫調(diào)節(jié)性化合物”或“IRC”指具有免疫調(diào)節(jié)活性并且包括包含IRS的核酸部分以及非核苷酸間隔物的分子。IRC可以由非核苷酸間隔物和包含不止一個(gè)IRS或由至少一個(gè)IRS組成的核酸部分組成。IRC可以包括修飾和/或未修飾的IRS。修飾的IRS可以包括對(duì)糖、堿基或骨架的修飾。因此，術(shù)語(yǔ)IRC包括包含一個(gè)或多個(gè)核酸部分的化合物，其至少一個(gè)包含與非核苷酸間隔物部分共價(jià)連接的IRS。術(shù)語(yǔ)“3’ ” 一般指多核苷酸或寡核苷酸中處于同一多核苷酸或寡核苷酸的另一區(qū)域或位置3’(下游)的區(qū)域或位置。術(shù)語(yǔ)“3’端”指多核苷酸的3’末端。術(shù)語(yǔ)“5’ ” 一般指多核苷酸或寡核苷酸中處于同一多核苷酸或寡核苷酸的另一區(qū)域或位置5’(上游)的區(qū)域或位置。術(shù)語(yǔ)“5’端”指多核苷酸的5’末端。術(shù)語(yǔ)“軛合物”指其中IRP和/或IRC連接的復(fù)合物。這種軛合物連接包括共價(jià)和/或非共價(jià)連接?！白魟?指當(dāng)加入免疫原性劑例如抗原時(shí)非特異性地增強(qiáng)或加強(qiáng)暴露于該混合物的受體宿主中對(duì)該免疫原性劑的免疫應(yīng)答的物質(zhì)。術(shù)語(yǔ)“肽”指具有足以實(shí)現(xiàn)生物應(yīng)答(例如抗體生成或細(xì)胞因子活性)的長(zhǎng)度和組成的多肽，無(wú)論該肽是不是半抗原。通常，肽的長(zhǎng)度是至少六個(gè)氨基酸殘基。術(shù)語(yǔ)“肽”還包括修飾的氨基酸(無(wú)論是天然的還是非天然的)，這樣的修飾包括但不限于磷酸化、糖基化、聚乙二醇化、脂化和甲基化?！斑f送分子”或“遞送載體”是促進(jìn)、允許和/或增強(qiáng)IRP和/或IRC至特定部位和/或以特定時(shí)間遞送的化學(xué)部分?！皞€(gè)體”是哺乳動(dòng)物，更優(yōu)選是人。哺乳動(dòng)物包括但不限于人、靈長(zhǎng)類動(dòng)物、農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物、運(yùn)動(dòng)動(dòng)物、嚙齒類動(dòng)物和寵物。物質(zhì)的“有效量”或“足量”是足以實(shí)現(xiàn)有益或期望結(jié)果(包括臨床結(jié)果)的量，因此，“有效量”取決于它所應(yīng)用的上下文。在施用抑制TLR9依賴性免疫應(yīng)答的組合物的上下文中，有效量是足以抑制或減少對(duì)經(jīng)由TLR9的刺激的細(xì)胞應(yīng)答的量。在施用抑制TLR7依賴性免疫應(yīng)答的組合物的上下文中，有效量是足以抑制或減少對(duì)經(jīng)由TLR7的刺激的細(xì)胞應(yīng)答的量。有效量可以一次或多次施用來(lái)施用。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“共施用”指在時(shí)間上足夠接近以調(diào)節(jié)免疫應(yīng)答的至少兩種不同的物質(zhì)的施用。優(yōu)選地，共施用指至少兩種不同物質(zhì)的同時(shí)施用。應(yīng)答或參數(shù)的“壓制”或“抑制”包括與除了感興趣的條件或參數(shù)之外其他方面相同的情況相比或者與另一情況相比時(shí)減少應(yīng)答或參數(shù)。例如，與例如單獨(dú)免疫刺激性核酸誘導(dǎo)的細(xì)胞因子生成相比，包含抑制免疫刺激性核酸誘導(dǎo)的細(xì)胞因子生成的IRP的組合物減少細(xì)胞因子生成。作為另一個(gè)實(shí)例，與例如單獨(dú)先天免疫應(yīng)答產(chǎn)生的細(xì)胞因子的程度和/或水平相比，包含抑制與先天免疫應(yīng)答相關(guān)的細(xì)胞因子生成的IRP的組合物降低細(xì)胞因子的程度和/或水平。TLR應(yīng)答、例如TLR7或9應(yīng)答的抑制包括但不限于受體部位的抑制，例如通過(guò)預(yù)防或阻斷有效的配體-受體結(jié)合以及抑制例如有效的配體-受體結(jié)合之后的下游信號(hào)途徑。應(yīng)答或參數(shù)的“刺激”包括引發(fā)和/或增強(qiáng)該應(yīng)答或參數(shù)。例如，免疫應(yīng)答、例如先天免疫應(yīng)答或Thl應(yīng)答的“刺激”表示應(yīng)答的增加，其可以源自應(yīng)答的引發(fā)和/或增強(qiáng)。類似地，細(xì)胞因子或細(xì)胞類型(例如CTL)的“刺激”表示細(xì)胞因子或細(xì)胞類型(例如IL-6和/或TNF- a )的量或水平的增加。如本文使用和本領(lǐng)域公知的，“治療”是獲得有益或期望結(jié)果的方法，所述結(jié)果包括臨床結(jié)果。出于本發(fā)明目的，有益或期望的臨床結(jié)果包括但不限于無(wú)論是可檢測(cè)還是不可檢測(cè)的一種或多種癥狀的緩解或改善、疾病程度的減輕、疾病的穩(wěn)定化(即，不惡化)狀態(tài)、防止疾病擴(kuò)散、疾病進(jìn)程的延遲或減緩、疾病狀態(tài)的改善或緩和、和免除(無(wú)論部分還是完全)。“治療”還可以表示與未接受治療的預(yù)期存活相比延長(zhǎng)的存活?！皽p輕”疾病或疾患表示疾患或疾病狀態(tài)的程度和/或不希望的臨床表現(xiàn)與未治療疾患相比被減少和/或進(jìn)展的時(shí)間過(guò)程被減緩或延長(zhǎng)。特別是在自身免疫疾病上下文中，如本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的，減輕可以就在調(diào)節(jié)或減少不想要的免疫應(yīng)答后立即發(fā)生。而且，減輕不一定通過(guò)施用一個(gè)劑量而發(fā)生，但經(jīng)常就在施用一系列劑量后立即發(fā)生。因此，足以減輕應(yīng)答或疾患的量可以一次或多次施用來(lái)施用。

如本文使用的，術(shù)語(yǔ)"生物標(biāo)志物"指感興趣的基因在轉(zhuǎn)錄(mRNA)或翻譯(蛋白)水平上的差異表達(dá)。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“IFN簽名”指一種或多種干擾素可誘導(dǎo)生物標(biāo)志物的存在。在一些實(shí)施方案中，與基本上不受I型干擾素調(diào)節(jié)的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)相比，干擾素可誘導(dǎo)生物標(biāo)志物包括I型干擾素上調(diào)的基因。如本文使用的，“IFN簽名”是升高的炎癥基因表達(dá)模式的部分。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“升高的炎癥基因表達(dá)模式”指作為炎性應(yīng)答的部分不受調(diào)節(jié)的兩種或多種生物標(biāo)志物的存在:IFN簽名的生物標(biāo)志物；和其他生物標(biāo)志物(例如,不是直接地干擾素可誘導(dǎo)的)。因此，術(shù)語(yǔ)“升高的炎癥基因表達(dá)模式”涵蓋IFN簽名以及促炎介質(zhì)例如趨化因子和趨化因子可誘導(dǎo)的生物標(biāo)志物的升高水平(Crow和Kirou, ArthritisRes Ther, 2008 10:126，和 Fu 等人，Arthritis Res Ther，2008，10:R112)。例如，非干擾素可誘導(dǎo)生物標(biāo)志物包括來(lái)自激活白細(xì)胞的簽名，所述白細(xì)胞選自由嗜中性粒細(xì)胞、粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和漿細(xì)胞組成的組。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“升高的炎癥基因表達(dá)模式”是“自身免疫疾病簽名”的部分，所述“自身免疫疾病簽名”例如迄今充分描述的“SLE簽名”。盡管稱為“SLE簽名”，但是許多生物標(biāo)志物是許多其他系統(tǒng)性自身免疫疾病例如系統(tǒng)性硬化、多肌炎、皮肌炎、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和干燥綜合征常見(jiàn)的。因此，本公開(kāi)的組合物和方法用于多種系統(tǒng)性自身免疫疾病情況中。"相關(guān)"或"相關(guān)"表示以任何方式比較第一分析或方案的性能和/或結(jié)果與第二分析或方案的性能和/或結(jié)果。例如，可以使用第一分析或方案的結(jié)果來(lái)確定是否應(yīng)該進(jìn)行第二分析或方案。就基因表達(dá)分析或方案的實(shí)施方案而言，可以利用基因表達(dá)分析或方案的結(jié)果來(lái)確定是否應(yīng)該進(jìn)行特定的治療方案。"預(yù)測(cè)"或"預(yù)測(cè)"在本文用來(lái)指?jìng)€(gè)體可能有利地或不利地響應(yīng)治療方案的可能性。如本文使用的，"開(kāi)始治療時(shí)"或"基線"指在首次接觸治療時(shí)或之前的時(shí)間段。

如本文使用的，"基于"包括評(píng)估、確定或測(cè)量個(gè)體的本文描述的特征(并且優(yōu)選地選擇適合接受治療的個(gè)體)。如本文使用的，"協(xié)助評(píng)估"的方法指幫助做出臨床決定并且對(duì)于評(píng)估而言可以是或可以不是結(jié)論性的方法。如本文使用的，"可能響應(yīng)"或"響應(yīng)性"指任何種類的改善或臨床或非臨床的積極響應(yīng)，選自但不限于無(wú)論是可檢測(cè)還是不可檢測(cè)的一種或多種癥狀的緩解或改善、疾病程度的減輕、疾病的穩(wěn)定化(即，不惡化)狀態(tài)、防止疾病擴(kuò)散、疾病進(jìn)程的延遲或減緩、疾病狀態(tài)的改善或緩和、和免除(無(wú)論部分還是完全)。當(dāng)標(biāo)志物"用作基礎(chǔ)"來(lái)選擇、評(píng)價(jià)、測(cè)量或確定如本文描述的治療方法時(shí)，在治療之前和/或期間測(cè)量生物標(biāo)志物，由臨床醫(yī)師使用獲得的值來(lái)評(píng)估以下任何一種:(a)個(gè)體初始接受治療的可能或合理的適合性；(b)個(gè)體初始接受治療的可能或合理的不適合性；(C)對(duì)治療的響應(yīng)性；(d)個(gè)體繼續(xù)接受治療的可能或合理的適合性；(e)個(gè)體繼續(xù)接受治療的可能或合理的不適合性；(f)調(diào)節(jié)劑量；或(g)預(yù)測(cè)臨床益處的可能性。如本領(lǐng)域技術(shù)人員公認(rèn)的，臨床環(huán)境中個(gè)體健康相關(guān)的生活質(zhì)量的評(píng)價(jià)是明確的指示，即該參數(shù)用作初始、繼續(xù)、調(diào)節(jié)和/或終止本文描述的治療的施用的基礎(chǔ)。
如本文使用的，"樣品"指含有待表征和/或鑒定的分子的組合物，例如所述表征和/或鑒定基于物理、生物化學(xué)、化學(xué)、生理和/或遺傳特征。要理解，本文描述的本發(fā)明的方面和實(shí)施方案包括“由方面和實(shí)施方案組成”和/或“基本由方面和實(shí)施方案組成”。對(duì)"約"值或參數(shù)的提及在本文包括(和描述)與該值或參數(shù)本身相關(guān)的變化。例如，涉及"約X"的描述包括"X的x+/-l%"的描述。如本文和所附權(quán)利要求中使用的，除非上下文明確指明相反，否則單數(shù)形式"一個(gè)"、"或"和"該"包括復(fù)數(shù)指示對(duì)象。例如“一個(gè)” IRP包括一個(gè)或多個(gè)IRP。如對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員明顯的，被評(píng)估、選擇和/或接受治療的個(gè)體是需要這種活動(dòng)的個(gè)體。生物標(biāo)志物本文評(píng)價(jià)的生物標(biāo)志物包括但不限于表I中的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，“IFN簽名”包括表I中一種或多種生物標(biāo)志物與參考相比升高的水平。在其他實(shí)施方案中，“ IFN簽名”還可以包括一種或多種生物標(biāo)志物與參考相比降低的水平。表I IFN模塊基因列表
權(quán)利要求
1.一種治療個(gè)體的自身免疫疾病的方法，該方法包括給所述個(gè)體施用有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:R Y JGCK a GIGGL 0-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是約O至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)。
2.權(quán)利要求1所述的方法，還包括在所述施用步驟之前選擇具有升高的炎癥基因表達(dá)模式的個(gè)體。
3.權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑以有效實(shí)現(xiàn)以下結(jié)果的一個(gè)或多個(gè)的量施用: a.降低來(lái)自所述個(gè)體的治療后樣品中的炎癥基因表達(dá)模式； b.降低所述自身免疫疾病的臨床疾病活動(dòng)量度； c.降低所述自身免疫疾病的血清學(xué)疾病量度；和 d.增加來(lái)自所述個(gè)體的治療后外周血單核細(xì)胞樣品中的漿細(xì)胞樣樹(shù)突狀細(xì)胞。
4.權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法，還包括施用第二治療劑。
5.權(quán)利要求4所述的方法，其中所述第二治療劑選自由以下組成的組:皮質(zhì)類固醇、非甾體抗炎藥(NSAID)、 IFN-a抑制劑和抗瘧疾藥。
6.一種治療個(gè)體的自身免疫疾病的方法，該方法包括給所述個(gè)體施用有效減少所述個(gè)體糖皮質(zhì)激素使用量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑，其中在治療開(kāi)始時(shí)在來(lái)自所述個(gè)體的樣品中存在與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:R Y JGCK a GIGGL P-3’ (SEQID NO:146)，其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，J是U或T，y是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)。
7.一種評(píng)估具有自身免疫疾病的個(gè)體是否可能響應(yīng)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的治療的方法，所述方法包括測(cè)量來(lái)自所述個(gè)體的樣品中的炎癥基因表達(dá)模式，其中與來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品相比升高的炎癥基因表達(dá)模式指示所述個(gè)體可能響應(yīng)所述治療，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RY JGCK a GIGGLP-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每個(gè) R、K 和 L 是核苷酸，J 是 U 或 T，y 是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)。
8.—種監(jiān)測(cè)具有自身免疫疾病的個(gè)體對(duì)包括有效量的TLR7抑制劑和/或TLR9抑制劑的治療的響應(yīng)性的方法，所述方法包括測(cè)量來(lái)自所述個(gè)體的治療前樣品和治療后樣品中的炎癥基因表達(dá)模式，其中當(dāng)所述治療后樣品中的所述炎癥基因表達(dá)模式與所述治療前樣品相比降低時(shí)，確定所述個(gè)體響應(yīng)所述治療，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制劑是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:R Y JGCK a GIGGL P-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每個(gè)R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是約0至10的整數(shù)，a是約I至約20的整數(shù)，并且P是約I至約20的整數(shù)。
9.權(quán)利要求1-8任一項(xiàng)所述的方法，其中所述個(gè)體是人患者。
10.權(quán)利要求1-9任一項(xiàng)所述的方法，其中所述自身免疫疾病是系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)或皮膚性紅斑狼瘡(CLE)。
11.權(quán)利要求1-10任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多核苷酸包含選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成:SEQ ID NO:7USEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78,SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144。[SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ IDNO:69, SEQ ID NO:7U SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:14U SEQ ID NO:143 和SEQ ID NO:144]
12.權(quán)利要求1-10任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多核苷酸包括選自由以下組成的組的核苷酸序列或者由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成:SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144。
13.權(quán)利要求1-12任一項(xiàng)所述的方法,其中一個(gè)或多個(gè)核苷酸包括修飾。
14.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述修飾包括至少一個(gè)硫代磷酸酯骨架修飾。
15.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述修飾包括2’-糖修飾。
16.權(quán)利要求15所述的方法，其中所述2’-糖修飾包括2'-O-甲基糖修飾或2’-0_甲氧基乙基糖修飾。
17.權(quán)利要求1-16任一項(xiàng)所述的方法，其中所述升高的炎癥基因表達(dá)模式包括干擾素(IFN)簽名，包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與所述對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:BATF2、CMPK2、CXCLlO, DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFIT1、IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、LY6E、MX1、0AS1、0AS2、0AS3、0ASL、OTOF, RSAD2、RTP4、SERPINGU TRIM6, XAFU cl02h055、Agencourt-7914287NIH_MCG_71、ISG20、IFI16、IRF7 和 A頂2。
18.權(quán)利要求1-16任一項(xiàng)所述的方法，其中所述升高的炎癥基因表達(dá)模式包括干擾素(IFN)簽名，包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與所述對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:BATF2、CMPK2、DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITl、IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、MX1、0AS1、0AS2、0AS3、OASL, OTOF、RSAD2、RTP4、SERPINGU TRIM6, XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71, ISG20、IRF7 和AIM20
19.權(quán)利要求1-16任一項(xiàng)所述的方法，其中所述升高的炎癥基因表達(dá)模式包括所述樣品中一種或多種細(xì)胞因子與所述對(duì)照樣品相比升高的水平，所述細(xì)胞因子選自由以下組成的組:IL-1 a、IL-1 3、TNF-a、IL-6、IL-17、IFN-a、IFN-w、IFN-入 1、IFN-入 2 和 IP-1O0
20.權(quán)利要求1-19任一項(xiàng)所述的方法，其中所述樣品包括外周血單核細(xì)胞(PBMC)或皮膚組織。
21.權(quán)利要求9-20任一項(xiàng)所述的方法，其中所述來(lái)自健康受試者的對(duì)照樣品包括來(lái)自至少10名健康人受試者的PBMC。
22.權(quán)利要求1-21任一項(xiàng)所述的方法，其中所述升高的炎癥基因表達(dá)模式還包括SLE簽名，包括樣品中一種或多種生物標(biāo)志物與所述對(duì)照樣品相比升高的水平，所述生物標(biāo)志物選自由以下組成的組:GTPBP2、PCTAIRE2BP、DNAPTP96、GPR84、B4GALT5、FRAT2 和PAMHlB。
23.權(quán)利要求1-22任一項(xiàng)所述的方法，其中所述升高的炎癥基因表達(dá)模式通過(guò)測(cè)量從所述生物標(biāo)志物的基因表達(dá)的mRNA來(lái)確定。
24.權(quán)利要求1-22任一項(xiàng)所述的方法，其中所述升高的炎癥基因表達(dá)模式通過(guò)測(cè)量從所述生物標(biāo)志物的基因的蛋白表達(dá)來(lái)確定。
25.—種多核苷酸，包含選自由以下組成的組的核苷酸序列:SEQ ID NO:73, SEQ IDNO: 134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO: 144。
26.—種多核苷酸，由選自由以下組成的組的核苷酸序列組成:SEQ ID NO:73, SEQ IDNO: 134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO: 144。
27.權(quán)利要求25或26所述的多核苷酸,其中一個(gè)或多個(gè)核苷酸包括修飾。
28.權(quán)利要求27所述的多核苷酸，其中所述修飾包括至少一個(gè)硫代磷酸酯骨架修飾。
29.權(quán)利要求27所述的多核苷酸，其中所述修飾包括2’-糖修飾。
30.權(quán)利要求29所述的多核苷酸，其中所述2’-糖修飾包括2'-O-甲基糖修飾或2’ -Q-甲氧基乙基糖修飾。
全文摘要
本申請(qǐng)涉及調(diào)節(jié)免疫應(yīng)答的組合物和方法，包括TLR7和/或TLR9抑制劑，例如免疫調(diào)節(jié)性多核苷酸和/或免疫調(diào)節(jié)性化合物。本申請(qǐng)還涉及用于預(yù)測(cè)和/或確定疾病對(duì)包括TLR7和/或TLR9抑制劑的治療的響應(yīng)性的方法。
文檔編號(hào)A61K48/00GK103153346SQ201180039126
公開(kāi)日2013年6月12日 申請(qǐng)日期2011年6月16日 優(yōu)先權(quán)日2010年6月16日
發(fā)明者F·巴拉特, R·L·考夫曼, C·圭杜奇 申請(qǐng)人:戴納瓦克斯技術(shù)公司