腦癌檢測(cè)的制作方法
【專利說明】腦癌檢測(cè)
[0001] 本發(fā)明設(shè)及用于檢測(cè)受試者中的腦癌的方法。本發(fā)明還設(shè)及預(yù)測(cè)腦癌患者的臨床 結(jié)果的方法;監(jiān)測(cè)患者的腦癌進(jìn)展的方法；W及將患者的腦癌分級(jí)的方法。
[0002] 引言
[000引在2010年，僅在英國就有9,156例腦癌的新病例（英國癌癥研究院（Cancer Research UK))。在世界上，據(jù)估計(jì)每年有445，000例腦癌的新病例(英國癌癥研究院）。由于 人口每年在增長，所W腦癌的發(fā)病率將跟著增長，運(yùn)突出了對(duì)改進(jìn)的診斷、預(yù)后和對(duì)治療的 響應(yīng)的預(yù)測(cè)的需求。本發(fā)明具有在英國和世界上滿足該需求的潛力。
[0004]目前神經(jīng)膠質(zhì)瘤的診斷設(shè)及用MRI成像W及通過神經(jīng)病理學(xué)的組織學(xué)分析。在一 些病例中，MRI掃描不足夠準(zhǔn)確W確定地診斷個(gè)體，其后需要組織學(xué)分析?？蒞僅在手術(shù)期 間移除腫瘤組織之后執(zhí)行組織學(xué)分析并且其取決于個(gè)人病理學(xué)家的解釋是非常主觀的。對(duì) 患者風(fēng)險(xiǎn)性及侵入性的程序，特別是在進(jìn)行手術(shù)時(shí)呈現(xiàn)較高風(fēng)險(xiǎn)的老年個(gè)體中具有神經(jīng)膠 質(zhì)瘤的高發(fā)生率。
[000引微小RNA(miRNA)是在基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)和蛋白質(zhì)表達(dá)中起作用的小的非編碼 RNA"miRNA顯示疾病特異性的表達(dá)，其可被用于提供關(guān)于特定的生物學(xué)狀態(tài)諸如神經(jīng)膠質(zhì) 瘤的信息。可在被釋放入循環(huán)系統(tǒng)的神經(jīng)膠質(zhì)瘤特異性外泌體(exosomes)的分離后測(cè)量神 經(jīng)膠質(zhì)瘤中miRNA表達(dá)的變化。本研究的目的是鑒別具有在神經(jīng)膠質(zhì)瘤中改變的表達(dá)且可 用于診斷、預(yù)后W及對(duì)治療的響應(yīng)的預(yù)測(cè)的一組miRNA。
[0006] 在第一方面，本發(fā)明提供了檢測(cè)受試者中腦癌的方法，該方法包括：
[0007] 測(cè)定來自受試者的樣品W確定存在于樣品中的選自由由W下組成的組的至少一 種miRNA的量：Hsa-miR-20a-5p;Hsa-miR-34a-5p;Hsa-miR-92a-：3p hsa-miR-lf5b;hsa-miR-181b；hsa-miR-19a；hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21； hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p;Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-1化a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p;Hsa-miR-16-5p;Hsa-miR-17-5p;Hsa-miR-17-3p;Hsa-miR-182-5p;Hsa-miR-183-5p；Hsa-miR-187-3p；Hsa-miR-18a-5p；Hsa-miR-190a；Hsa-miR-19b-3p；Hsa-miR-200日-化；Hsa-miR-203a;Hsa-miR-3l-5p;Hsa-miR-326;Hsa-miR-425-5p;Hsa-miR-7-5p; Hsa-miR-93-5p；Hsa-miR-96-5p；Hsa-let-7b-5p；Hsa-miR-106b-5p；Hsa-miR-191-5p；Hsa-miR-24-化；Hsa-miR-25-化；Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0008] 將存在于樣品中的所述至少一種miRNA的量與參考值比較；
[0009] 其中樣品中的所述至少一種miRNA的量與參考值比較的不同指示受試者患有腦 癌。
[0010] 本發(fā)明的該第一方面基于發(fā)明人的如下發(fā)現(xiàn)，在代表腦癌的樣品中（或取自患有 腦癌的受試者，或取自腦癌的細(xì)胞培養(yǎng)模型）上面提到的miRNA與未患腦癌的受試者(或使 用非癌性腦細(xì)胞的模型）比較具有豐度的變化。實(shí)際上，如在本公開內(nèi)容中的其他地方更詳 細(xì)的討論，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)了所提及的miRNAW高于或低于在非癌性參照樣品中發(fā)現(xiàn)的數(shù)量多 倍（"倍"增)的數(shù)量存在。
[0011]在本發(fā)明的第二方面，提供了預(yù)測(cè)腦癌患者中的臨床結(jié)果的方法，該方法包括： [001引巧|]定來自患者的樣品中選自由W下組成的組的至少一種miRNA的存在池曰-1111尺-20a-5p;Hsa-miR-34a-5p;Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-lSb;hsa-miR-181b;hsa-miR-19a; hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21；hsa-miR-222；hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p; Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-125a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-：3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p; Hsa-miR-16-5p；Hsa-miR-17-5p；Hsa-miR-17-3p；Hsa-miR-182-5p；Hsa-miR-183-5p；Hsa-miR-187-化；Hsa-miR-18a-5p; Hsa-miR-190a; Hsa-miR-19b-3p ;Hsa-miR-200a-：3p ;Hsa-miR-203a;Hsa-miR-3l-5p;Hsa-miR-326;Hsa-miR-425-5p;Hsa-miR-7-5p;Hsa-miR-93-5p;Hsa-miR-96-5p；Hsa-let-7b-5p；Hsa-miR-106b-5p；Hsa-miR-191-5p；Hsa-miR-24-3p；Hsa-miR-25-化；Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0013] 將存在于樣品中的所述至少一種miRNA的量與參考值比較；
[0014] 其中樣品中至少一種miRNA的量與參考值比較的不同指示關(guān)于患者的腦癌的消極 結(jié)果。
[0015] 本發(fā)明的該第二方面基于發(fā)明人對(duì)所提到的miRNA與腦癌的存在之間關(guān)聯(lián)的發(fā) 現(xiàn)。該發(fā)現(xiàn)允許對(duì)上述miRNA的研究提供對(duì)患者的腦癌的可能進(jìn)展W及相應(yīng)的可W預(yù)期的 臨床結(jié)果的指示。特別地，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)了運(yùn)些miRNA標(biāo)志物的豐度W如下所述的方式的變化 通常與關(guān)于者的腦癌的消極結(jié)果相關(guān)。
[0016] 用于腦癌的診斷、預(yù)后和監(jiān)測(cè)的技術(shù)目前典型地使用成像方法，諸如MRI技術(shù)，隨 后證實(shí)性的組織學(xué)分析。
[0017] 發(fā)明人相信在本文被鑒別的一組miRNA生物標(biāo)志物可能在腦癌諸如神經(jīng)膠質(zhì)瘤的 分級(jí)中是有益的。
[0018] 本發(fā)明的第Ξ方面提供了監(jiān)測(cè)患者中腦癌的進(jìn)展的方法，該方法包括：
[0019] 巧憶來自患者的指示在第一時(shí)間點(diǎn)的患者中的miRNA的第一樣品中，選自由W下 組成的組的至少一種miNRA的存在，W確定存在于樣品中的至少一種miRNA的豐度的第一 {E：hsa-Hsa-miR-20a-5p；Hsa-miR-34a-5p；Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-15b；hsa-miR-181b； hsa-mi民一19a;hsa-mi民一210;hsa-mi民一23a;hsa-mi民一15a;hsa-mi民一181a;hsa-mi民一21;hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-mi民一9-5p;Hsa-mi民一106b-5p;Hsa-mi民一107;Hsa-mi民一125a-5p;Hsa-mi民一128;Hsa-mi民一 130b-3p;Hsa-mi民一132-3p;Hsa-mi民一138-5p;Hsa-mi民一141-3p;Hsa-mi民一146a-5p;Hsa-mi民一 148a-3p;Hsa-mi民一16-5p;Hsa-mi民一17-5p;Hsa-mi民一17-3p;Hsa-mi民一182-5p;Hsa-mi民一183-5p;Hsa-miR-187-3p;Hsa-miR-18a-5p;Hsa-miR-190a;Hsa-miR-19b-3p;Hsa-miR-200a-3p; Hsa-mi民一203a;Hsa-mi民一3l-5p;Hsa-mi民一326;Hsa-mi民一425-5p;Hsa-mi民一7-5p;Hsa-mi民一 93-5p;Hsa_mi民一96-5p;Hsa-let-7b-5p;Hsa_mi民一106b-5p;Hsa_mi民一191-5p;Hsa-mi民一24-3p;Hsa-miR-25-3p;Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0020] W及測(cè)定來自患者的指示在第二時(shí)間點(diǎn)的患者中的miRNA的第二樣品中，相同的 至少一種miRNA的存在，^確定存在于第二樣品的所述至少一種miRNA的豐度的第二值；W 及
[0021 ]比較用于所述至少一種miRNA的豐度的第一值和第二值；
[0022] 其中第一值和第二值之間的不同指示關(guān)于患者的腦癌有進(jìn)展。
[0023] 當(dāng)研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是上調(diào)的值時(shí)，那么第二值與第一值比較 的增加指示腦癌的進(jìn)展在第一時(shí)間點(diǎn)和第二時(shí)間點(diǎn)之間惡化。
[0024] 當(dāng)研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是下調(diào)的值時(shí)，那么第二值與第一值比較 的減少也指示腦癌的進(jìn)展在第一時(shí)間點(diǎn)和第二時(shí)間點(diǎn)之間惡化。
[002引相比之下，當(dāng)研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是上調(diào)的值時(shí)，那么第二值與第 一值比較的減少指示腦癌的進(jìn)展在第一時(shí)間點(diǎn)和第二時(shí)間點(diǎn)之間改善。
[0026] 相似地，當(dāng)研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是下調(diào)的值時(shí)，那么第二值與第一 值比較的增加指示腦癌的進(jìn)展在第一時(shí)間點(diǎn)和第二時(shí)間點(diǎn)之間改善。
[0027] 本發(fā)明的監(jiān)測(cè)方法可利用指示在進(jìn)一步的時(shí)間點(diǎn)的患者中的miRNA的另外的樣品 (例如，除第一樣品和第二樣品外，指示在第Ξ時(shí)間點(diǎn)的患者中的miRNA的第Ξ樣品）。
[0028] 第一時(shí)間點(diǎn)、第二時(shí)間點(diǎn)及任何后續(xù)的時(shí)間點(diǎn))可被間隔打算在其間監(jiān)測(cè)患者 的腦癌的進(jìn)展的任何感興趣的時(shí)期。
[0029] 患者可能會(huì)經(jīng)受治療，該治療意圖改變第一時(shí)間點(diǎn)和第二時(shí)間點(diǎn)之間的癌癥的狀 態(tài)。例如，患者可能經(jīng)受臨床治療或用推定的治療劑的治療。在運(yùn)種情況中，監(jiān)測(cè)患者的癌 癥的進(jìn)展可提供臨床治療或推定的治療劑是否證明是成功的指示。
[0030] W該方式監(jiān)測(cè)癌癥進(jìn)展還可在確定癌癥治療應(yīng)該何時(shí)啟動(dòng)中是有益的。僅僅舉例 來說，當(dāng)癌癥惡化時(shí)(例如，低等級(jí)腫瘤進(jìn)展為高等級(jí)腫瘤），可指示啟動(dòng)治療。相似地，考慮 被監(jiān)測(cè)的腫瘤的發(fā)展和/或退化可作出關(guān)于是否要開始或結(jié)束治療方案諸如化療方案的決 定。
[0031] 應(yīng)該理解的是，可就兩個(gè)樣品測(cè)定來自列舉的清單中的多種miRNA,且只要測(cè)定的 miRNA的至少一種在兩個(gè)樣品之間是共同的，就可測(cè)定不同的miRNA(因此允許就樣品中 miRNA的豐度進(jìn)行比較）。
[0032] 在第四方面，提供了將患者的腦癌分級(jí)的方法，該方法包括：
[0033] 測(cè)定來自患者的樣品W確定存在于樣品中的選自由W下組成的組的至少一種 miRNA的量:Hsa-miR-20a-5p ;Hsa-miR-34a-5p ;Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-15b; hsa-miR-181b；hsa-miR-19a；hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21； hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p;Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-1化a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p;Hsa-miR-16-5p;Hsa-miR-17-5p;Hsa-miR-17-3p;Hsa-miR-182-5p;Hsa-miR-183-5p;Hsa-miR-187-3p;Hsa-miR-18a-5p;Hsa-miR-190a;Hsa-miR-19b-3p;Hsa-miR-200日-化；Hsa-miR-203a;