GFR和K-RAS的突變圖譜決定肺癌病人是否應接受厄洛替尼(特羅凱)，吉非替尼(易瑞沙)或西妥昔單抗(愛必妥)的治療[均為EGFR靶向治療]。
[0028]用上述方法將DNA從病人腫瘤樣本中提取出來。將病人腫瘤DNA (20?10ng)按照1:1容積比例加入到本專利設計的96孔板試劑盒，然后將96孔板放入PCR儀對EGFR和K-RAS進行擴增，用Qiagen或其它PCR純化試劑將PCR產物純化，最后用DNA測序儀對EGFR和K-RAS基因進行突變檢測。若病人腫瘤組織中含有EGFR突變，但沒有K-RAS突變，則EGFR的靶向治療對此病人有效。
[0029]實施例3
[0030]通過檢查BRAFl和K-RAS的突變圖譜決定腸癌、肺癌或其它癌癥病人是否應接受BRAF 革巴向治療(如 Vemurafenib 或 Dabrafenib)。
[0031]用上述方法將DNA從病人腫瘤樣本中提取出來。將病人腫瘤DNA (20?10ng)按照1:1容積比例加入到本專利設計好96孔板試劑盒，然后將96孔板放入PCR儀對BRAFl和K-RAS進行擴增，用Qiagen或其它PCR純化試劑將PCR產物純化，最后用DNA測序儀對BRAFl和K-RAS進行突變檢測。若病人腫瘤中含有BRAFl突變，但沒有K-RAS突變，則BRAFl的靶向治療對此病人有效.
[0032]實施例4
[0033]通過檢查BRCAl和BRCA2的突變圖譜決定乳癌、肺癌或其它癌癥病人是否應接受PARPl革巴向治療(Inipaib等)。
[0034]用上述方法將DNA從病人腫瘤樣本中提取出來。將病人腫瘤DNA (20?10ng)按照1:1容積比例加入到本專利設計好96孔板試劑盒，然后將96孔板放入PCR機對BRCAl和BRCA2進行擴增后，用Qiagen或其它PCR純化試劑將PCR產物純化，最后用DNA測序儀對BRCAl和BRCA2進行突變檢測。若病人腫瘤組織中含有BRCAl突變，或有BRCA2突變，PARPl的靶向治療對此病人有效。
[0035]實施例5
[0036]通過檢測EGFR、K-RAS, PTEN和FBXW7的突變圖譜決定腸癌病人是否應接受EGFR靶向治療，如厄洛替尼(特羅凱)、吉非替尼(易瑞沙)或西妥昔單抗(愛必妥)或mTOR靶向治療，如雷帕霉素或西羅莫司，或EGFR和mTOR的組合靶向治療。
[0037]按上述方法將DNA從病人腫瘤樣本中提取出來。將病人腫瘤DNA(20?10ng)按照1:1容積比例加入到本專利設計好96孔板試劑盒，然后將96孔放入PCR機對EGFR，K-RAS，PTEN和FBXW7進行擴增，用Qiagen或其它PCR純化試劑將PCR產物純化，最后用DNA測序儀對以上進行突變檢測。若病人腫瘤組織中含有EGFR突變，但沒有其它基因的突變，則EGFR的靶向治療對此病人有效。若病人腫瘤組織中含有FBXW7和/或PTEN突變，實施以下方案:如沒有其它基因的突變，采用mTOR靶向治療，對此病人有效。若病人腫瘤中含有所有四個基因的突變，采用EGFR和mTOR協(xié)同靶向治療，可以產生更好的治療效果。
[0038]實施例6
[0039]通過檢測EGFR、K 一 RAS, PI3K、PTEN、TP53和FBXW7的突變圖決定肺癌或其它癌癥病人是否應接受接受厄洛替尼(特羅凱)，吉非替尼(易瑞沙)或西妥昔單抗(愛必妥)的治療[均為EGFR靶向治療]。決定是否應實施雷帕霉素或西羅莫司[mTOR靶向治療]，或EGFR和mTOR組合靶向治療。與實施例5類似，增添TP53和PI3K的突變檢測可以幫助決定應用單一或組合靶向治療，如果此兩基因均有突變，組合靶向應為首選。
[0040]實施例7
[0041]按照上面描述的方法將DNA從病人腫瘤樣本中提取出來。通過檢測所有的12個基因的突變圖譜(圖2)，決定癌癥病人是否應接受組合治療，如EGFR和mTOR聯(lián)合靶向治療。此實施是綜合了實施例1-6。
【主權項】
1.人腫瘤預測性生物標志組合物，其特征在于包括BRAF、BRCAl、BRCA2、EGFR、FBXff7,H-RAS, IDHl、K-RAS、N-RAS、PIK3CA、PTEN 和 TP53 基因中的至少兩個。
2.根據(jù)權利要求1所述人腫瘤預測性生物標志組合物，其特征在于組合物中含有2、4、6或12個所述基因。
3.權利要求1或2所述人腫瘤預測性生物標志組合物在制備腫瘤預測或篩查試劑盒中的應用。
4.根據(jù)權利要求3所述的應用，其特征在于所述試劑盒中包括組合物所含基因的對應引物。
5.一種人腫瘤診斷試劑盒，其特征在于含有檢測BRAF、BRCAl、BRCA2、EGFR、FBXff7,H-RAS, IDH1、K-RAS、N-RAS、PIK3CA、PTEN 和 TP53 中至少兩個基因的引物。
6.根據(jù)權利要求5所述的人腫瘤診斷試劑盒，其特征在于含有2、4、6或12個所述基因的引物。
7.根據(jù)權利要求5或6所述的人腫瘤診斷試劑盒，其特征在于檢測BRAF的引物序列如SEQ ID N0.1-2所示；檢測BRCAl的引物序列如SEQ ID N0.4-11所示；檢測BRCA2的引物序列如SEQ ID N0.13-18所示；檢測EGFR的引物序列如SEQ ID N0.20-27所示；檢測FBXW7的引物序列如SEQ ID N0.29~32所示；檢測H-RAS的引物序列如SEQ ID N0.34-37所示；檢測IDHl的引物序列為如SEQ ID N0.39-40所示；檢測K-RAS的引物序列如SEQ IDN0.42-45所示；檢測N-RAS的引物序列如SEQ ID N0.47-50所示；檢測PIK3CA的引物序列如SEQ ID N0.52~55所示；檢測PTEN的引物序列如SEQ ID N0.57~62所示；檢測TP53的引物序列如SEQ ID N0.64-71所示。
8.根據(jù)權利要求7所述的人腫瘤診斷試劑盒，其特征在于所述試劑盒中還含有其它必要試劑:dNTPs、MgCl2、反應緩沖液和Taq DNA聚合酶。
【專利摘要】人腫瘤預測性生物標志組合物及其應用，包括BRAF、BRCA1、BRCA2、EGFR、FBXW7、H-RAS、IDH1、K-RAS、N-RAS、PIK3CA、PTEN和TP53基因中的至少兩個。為中國8大常見腫瘤設定了模塊式特定基因組合突變檢測方案，為臨床有效選擇靶向抑制劑和化療藥物提供最新和有效篩選方案，以達到針對特定腫瘤的個體化治療。本發(fā)明提供的方法包括2、4、6和12個基因組合圖譜的檢測方案和相應的數(shù)據(jù)分析，可快速全面地評估腫瘤細胞相關信號通路的功能變化以及對治療方案的可能反應。此發(fā)明采用的突變檢測方法比目前應用中的方法檢測效率更高，檢測結果更準確，應用范圍廣泛，可覆蓋80％左右的癌癥病例。
【IPC分類】C12Q1-68
【公開號】CN104561303
【申請?zhí)枴緾N201410853284
【發(fā)明人】杭渤, 毛建華
【申請人】南京卡迪奧密生物技術有限公司
【公開日】2015年4月29日
【申請日】2014年12月31日