本公開涉及生物醫(yī)藥，尤其涉及一種克隆性造血突變基因位點(diǎn)檢測試劑盒及應(yīng)用，特別涉及一種用于預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的克隆性造血突變基因位點(diǎn)檢測試劑盒及應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、高血壓、卒中、動脈粥樣硬化等血管疾病具有發(fā)病率高、死亡率高和致殘率高的特點(diǎn)，發(fā)病機(jī)制尚不完全清楚，但均與年齡增長密切相關(guān)。在臨床實(shí)踐中，針對每種疾病的治療方式不同，如針對缺血性卒中主要采用動脈取栓、藥物干預(yù)的方式，針對出血性卒中主要采用手術(shù)清除血腫和保守治療的方式，這些手段雖然可以改善患者預(yù)后，但是易造成運(yùn)動障礙、認(rèn)知障礙、偏癱等不可逆損傷，具有很高的致殘率。

2、研究發(fā)現(xiàn)，意義未明的克隆性造血(clonal?hematopoiesis?of?indeterminatepotential，chip)可能是除高血壓、高血脂、年齡、高血糖、吸煙和體重指數(shù)等傳統(tǒng)風(fēng)險因素外新的獨(dú)立風(fēng)險因素。chip指造血干細(xì)胞(hematopoietic?stemcells，hscs)或其他造血前驅(qū)細(xì)胞(hematopoieticprogenitorcells，hpcs)為了更好地適應(yīng)環(huán)境而發(fā)展成的帶有非腫瘤驅(qū)動性基因突變的亞型。chip的發(fā)生是hscs內(nèi)在衰老和外在環(huán)境因素共同作用的必然結(jié)果和客觀存在。隨著年齡的增長，hscs的dna基因突變率增加，絕大多數(shù)突變對hscs功能沒有影響、不誘發(fā)疾病，但是有些突變賦予了hscs更強(qiáng)的生存能力，加重了它們在生產(chǎn)血細(xì)胞方面的作用。chip是具有分子遺傳學(xué)突變特征的hscs，通過多系造血分化，形成攜帶重現(xiàn)性生物學(xué)標(biāo)志的終末分化成熟血細(xì)胞。

3、目前認(rèn)為，絕大部分chip由hscs突變引起，突變基因包括dnmt3a、tet2、asxl1、jak2、tp53等。chip與患血液腫瘤、冠心病以及全因死亡的風(fēng)險顯著相關(guān)，因此，被認(rèn)為是重要的癌癥前狀態(tài)。cn114026254a公開了偵測癌癥、癌癥來源組織及/或一癌癥細(xì)胞類型，提供了一種血液病癥(hd)化驗(yàn)檢測組合，用于靶向檢測各種血液病癥專一性的甲基化模式或變異，比如潛質(zhì)未定的克隆性造血(chip)及血液癌癥，比如白血病、淋巴瘤(例如，淋巴癌)、多發(fā)性骨髓瘤及骨髓性腫瘤。在此進(jìn)一步提供者包括：設(shè)計(jì)、制造及使用用于偵測各種血液病癥的所述hd化驗(yàn)檢測組合的方法。但是該發(fā)明不能用于預(yù)測年齡增加相關(guān)的血管疾病。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、為了解決上述技術(shù)問題，本公開提供了一種克隆性造血突變基因位點(diǎn)檢測試劑盒及應(yīng)用，尤其用于預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險。

2、第一方面，本公開提供了一種用于預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的克隆性造血突變基因位點(diǎn)檢測試劑盒，包括克隆性造血基因突變位點(diǎn)的檢測探針；

3、所述克隆性造血基因包括dnmt3a、asxl1、tet2、gnas、jak2、sf3b1、tp53和bcl11b中的任意一種或至少兩種的組合。

4、本公開基于第三次中國國家卒中登記(the?third?china?national?strokeregistry，cnsr-iii)隊(duì)列的全基因組測序數(shù)據(jù)和cosmic(catalogue?of?somaticmutations?in?cancer)數(shù)據(jù)庫的全基因組測序數(shù)據(jù)，進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wideassociation?study，gwas)，以及多因素cox回歸構(gòu)建的風(fēng)險評分和fine&gray競爭風(fēng)險模型的生存分析，選出8個高風(fēng)險突變基因的23個位點(diǎn)的25種基因突變型。所述克隆性造血突變基因位點(diǎn)豐富了增齡相關(guān)血管疾病的致病突變圖譜，深入闡明了chip基因突變和增齡相關(guān)血管疾病的顯著關(guān)系，為疾病的早期致病基因篩查和干預(yù)治療提供了科學(xué)依據(jù)。

5、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因dnmt3a的突變位點(diǎn)包括dnmt3ac.2645g>a、dnmt3ac.2645g>c、dnmt3ac.2644c>t、dnmt3ac.1741t>g、dnmt3ac.958c>t、dnmt3ac.2207g>a和dnmt3ac.2206c>t中的任意一種或至少兩種的組合。

6、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因asxl1的突變位點(diǎn)包括asxl1c.1210c>t和/或asxl1c.1249c>t。

7、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因tet2的突變位點(diǎn)包括tet2c.662_663insa、tet2c.780delg和tet2c.3088c>t中的任意一種或至少兩種的組合。

8、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因gnas的突變位點(diǎn)包括gnasc.601c>g、gnasc.602g>a和gnasc.601c>t中的任意一種或至少兩種的組合。

9、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因jak2的突變位點(diǎn)包括jak2c.1849g>t。

10、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因sf3b1的突變位點(diǎn)包括sf3b1c.1997a>c、sf3b1c.1997a>g、sf3b1c.1998g>c、sf3b1c.1998g>t和sf3b1c.1996a>c中的任意一種或至少兩種的組合。

11、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因tp53的突變位點(diǎn)包括tp53c.848g>a、tp53c.743g>a和tp53?c.328c>t中的任意一種或至少兩種的組合。

12、優(yōu)選地，所述克隆性造血基因bcl11b的突變位點(diǎn)包括bcl11bc.1786g>a。

13、優(yōu)選地，所述dnmt3ac.2645g>a突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?idno:1和seq?id?no:2所示；

14、所述dnmt3ac.2645g>c突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:3和seqid?no:4所示；

15、所述dnmt3ac.2644c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:5和seqid?no:6所示；

16、所述dnmt3ac.1741t>g突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:7和seqid?no:8所示；

17、所述dnmt3ac.958c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:9和seqid?no:10所示；

18、所述dnmt3ac.2207g>a突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:11和seq?id?no:12所示；

19、所述dnmt3ac.2206c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:13和seq?id?no:14所示。

20、優(yōu)選地，所述asxl1c.1210c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:15和seq?id?no:16所示；

21、所述asxl1c.1249c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:17和seqid?no:18所示。

22、優(yōu)選地，所述tet2c.662_663insa突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?idno:19和seq?id?no:20所示；

23、所述tet2c.780delg突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:21和seqid?no:22所示；

24、所述tet2c.3088c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:23和seqid?no:24所示。

25、優(yōu)選地，所述gnasc.601c>g突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:25和seq?id?no:26所示；

26、所述gnasc.602g>a突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:27和seqid?no:28所示；

27、所述gnasc.601c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:29和seqid?no:30所示。

28、優(yōu)選地，所述jak2c.1849g>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:31和seq?id?no:32所示。

29、優(yōu)選地，所述sf3b1c.1997a>c突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:33和seq?id?no:34所示；

30、所述sf3b1c.1997a>g突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:35和seqid?no:36所示；

31、所述sf3b1c.1998g>c突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:37和seqid?no:38所示；

32、所述sf3b1c.1998g>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:39和seqid?no:40所示；

33、所述sf3b1c.1996a>c突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:41和seqid?no:42所示。

34、優(yōu)選地，所述tp53c.848g>a突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:43和seq?id?no:44所示；

35、所述tp53c.743g>a突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:45和seqid?no:46所示；

36、所述tp53c.328c>t突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?id?no:47和seqid?no:48所示。

37、優(yōu)選地，所述bcl11bc.1786g>a突變基因位點(diǎn)的檢測探針的核酸序列如seq?idno:49和seq?id?no:50所示。

38、優(yōu)選地，所述檢測探針為taqman探針，所述taqman探針上修飾有熒光基團(tuán)。

39、優(yōu)選地，所述試劑盒還包括dna提取試劑、pcr試劑和探針雜交試劑中的任意一種或至少兩種的組合。

40、第二方面，本公開提供了一種預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的克隆性造血突變基因位點(diǎn)的篩選方法，包括：

41、將血管疾病隊(duì)列的全基因組測序數(shù)據(jù)與突變基因數(shù)據(jù)庫進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，以及任選的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，得到所述克隆性造血突變基因位點(diǎn)。

42、第三方面，本公開提供了一種用于預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的系統(tǒng)，包括克隆性造血突變基因位點(diǎn)檢測模塊，所述克隆性造血突變基因位點(diǎn)檢測模塊使用第一方面所述的試劑盒檢測生物樣本。

43、優(yōu)選地，所述生物樣本包括外周血或外周血來源的基因組dna。

44、本公開實(shí)施例提供的技術(shù)方案與現(xiàn)有技術(shù)相比具有如下優(yōu)點(diǎn)：

45、本公開基于第三次中國國家卒中登記(the?third?china?national?strokeregistry，cnsr-iii)隊(duì)列的全基因組測序數(shù)據(jù)和cosmic(catalogue?of?somaticmutations?in?cancer)數(shù)據(jù)庫的全基因組測序數(shù)據(jù)，進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wideassociation?study，gwas)，以及多因素cox回歸構(gòu)建的風(fēng)險評分和fine&gray競爭風(fēng)險模型的生存分析，確定了可用于預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的克隆性造血基因及相應(yīng)突變基因位點(diǎn)；

46、基于確定的突變基因位點(diǎn)設(shè)計(jì)檢測探針，用于制備預(yù)測增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的試劑盒，所述試劑盒具有準(zhǔn)確性高、檢測效率高、檢測結(jié)果可靠的效果，實(shí)現(xiàn)了對增齡相關(guān)血管疾病風(fēng)險的實(shí)時預(yù)測或復(fù)發(fā)監(jiān)測。