本發(fā)明屬于生物，具體涉及一種與寧鄉(xiāng)豬imf性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、寧鄉(xiāng)豬是中國著名的豬種，已有1000多年的歷史，是優(yōu)質(zhì)的地方豬種資源。寧鄉(xiāng)豬肉制品因其獨(dú)特的風(fēng)味和營養(yǎng)價值而廣受歡迎。作為肥胖品種，寧鄉(xiāng)在肌內(nèi)脂肪(imf)方面優(yōu)于瘦肉品種。研究表明，肌內(nèi)脂肪(imf)含量是影響寧鄉(xiāng)豬肉感官品質(zhì)和營養(yǎng)價值的關(guān)鍵因素，適當(dāng)?shù)靥岣遡mf含量可提升肉的色澤、嫩度、多汁性和風(fēng)味?，F(xiàn)階段，利用分子標(biāo)記技術(shù)研究畜禽經(jīng)濟(jì)性狀已經(jīng)十分成熟，因此利用分子生物學(xué)方法提高寧鄉(xiāng)豬的imf含量，有利于肉質(zhì)優(yōu)良寧鄉(xiāng)豬種的培育及寧鄉(xiāng)豬肉產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。

2、目前關(guān)于寧鄉(xiāng)豬相關(guān)經(jīng)濟(jì)性狀的分子研究主要采用ssr(簡單序列重復(fù))標(biāo)記、issr標(biāo)記、aflp等分子標(biāo)記技術(shù)，ssr通量低，研發(fā)成本高，不適用于大規(guī)模的商業(yè)鑒定；issr、aflp等標(biāo)記技術(shù)雖然簡單實(shí)用，但結(jié)果不穩(wěn)定，重復(fù)性差。snp標(biāo)記具有檢測方便、成本低、通量高等優(yōu)勢。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明旨在至少解決上述現(xiàn)有技術(shù)中存在的技術(shù)問題之一。為此，本發(fā)明提出一種與imf性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記。

2、本發(fā)明還提出用于檢測上述snp分子標(biāo)記的引物組。

3、本發(fā)明還提出一種試劑盒。

4、本發(fā)明還提出一種基因芯片。

5、本發(fā)明還提出上述snp分子標(biāo)記、引物組、試劑盒和/或基因芯片的應(yīng)用。

6、本發(fā)明還提出一種鑒定或輔助鑒定寧鄉(xiāng)豬肉的肉質(zhì)性狀的方法。

7、本發(fā)明還提出一種寧鄉(xiāng)豬育種方法。

8、根據(jù)本發(fā)明的第一方面，提出了一種與imf性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記，所述snp分子標(biāo)記包括snp1位點(diǎn)、snp2位點(diǎn)、snp3位點(diǎn)、snp4位點(diǎn)、snp5位點(diǎn)和snp6位點(diǎn)中的至少一種；

9、所述snp1位點(diǎn)位于參考基因組sus?scrofa?11.1第2號染色體的40987222位堿基處，多態(tài)性為a/g；

10、所述snp2位點(diǎn)位于參考基因組sus?scrofa?11.1第2號染色體的41137403位堿基處，多態(tài)性為c/t；

11、所述snp3位點(diǎn)位于參考基因組sus?scrofa?11.1第6號染色體的73007048位堿基處，多態(tài)性為t/c；

12、所述snp4位點(diǎn)位于參考基因組sus?scrofa?11.1第16號染色體的2164395位堿基處，多態(tài)性為c/t；

13、所述snp5位點(diǎn)位于參考基因組sus?scrofa?11.1第16號染色體的2620803位堿基處，多態(tài)性為c/g；

14、所述snp6位點(diǎn)位于參考基因組sus?scrofa?11.1第16號染色體的2709556位堿基處，多態(tài)性為a/g。

15、根據(jù)本發(fā)明第二方面，提出了一種用于擴(kuò)增上述snp分子標(biāo)記的引物組。

16、在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，所述引物組包括：

17、(1)用于擴(kuò)增snp1位點(diǎn)的引物組，含有序列如seq?id?no.7、seq?id?no.8所示的特異性引物和序列如seq?id?no.9所示的通用引物；

18、(2)用于擴(kuò)增snp2位點(diǎn)的引物組，含有序列如seq?id?no.10、seq?id?no.11所示的特異性引物和序列如seq?id?no.12所示的通用引物；

19、(3)用于擴(kuò)增snp3位點(diǎn)的引物組，含有序列如seq?id?no.13、seq?id?no.14所示的特異性引物和序列如seq?id?no.15所示的通用引物；

20、(4)用于擴(kuò)增snp4位點(diǎn)的引物組，含有序列如seq?id?no.16、seq?id?no.17所示的特異性引物和序列如seq?id?no.18所示的通用引物；

21、(5)用于檢測擴(kuò)增位點(diǎn)的引物組，含有序列如seq?id?no.19、seq?id?no.20所示的特異性引物和序列如seq?id?no.21所示的通用引物；

22、(6)用于檢測擴(kuò)增位點(diǎn)的引物組，含有序列如seq?id?no.22、seq?id?no.23所示的特異性引物和序列如seq?id?no.24所示的通用引物。

23、在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，所述特異性引物分別連接fam和hex熒光接頭序列。

24、根據(jù)本發(fā)明第三方面，提出了一種試劑盒，所述試劑盒包括上述引物組。

25、根據(jù)本發(fā)明第四方面，提出了一種基因芯片，所述基因芯片包括上述引物組。

26、根據(jù)本發(fā)明的第五方面，提出了上述snp分子標(biāo)記、引物組、試劑盒或基因芯片在以下任一項(xiàng)中的應(yīng)用：

27、1)檢測或輔助檢測寧鄉(xiāng)豬肉肉質(zhì)；

28、2)檢測或輔助檢測寧鄉(xiāng)豬肉imf含量；

29、3)選育豬肉imf含量≥4.0的寧鄉(xiāng)豬；

30、4)選育豬肉imf含量＜4.0的寧鄉(xiāng)豬；

31、5)寧鄉(xiāng)豬分子標(biāo)記輔助育種；

32、6)寧鄉(xiāng)豬育種；

33、7)制備寧鄉(xiāng)豬育種的產(chǎn)品。

34、根據(jù)本發(fā)明的第六方面，提出了一種利用上述分子標(biāo)記鑒定或輔助鑒定寧鄉(xiāng)豬肉imf含量的方法，所述方法包括以下步驟：

35、s1、提取待測寧鄉(xiāng)豬基因組dna；

36、s2、對步驟s1中提取的基因組dna進(jìn)行所述snp分子標(biāo)記的多態(tài)性檢測，根據(jù)基因型判斷所述待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量。

37、在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，當(dāng)所述snp分子標(biāo)記為snp1時，若snp1檢測得到的基因型為aa時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量≥4.0，具有高imf性狀；若所述snp1檢測得到的基因型為ag或gg時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量＜4.0，具有低imf性狀；

38、當(dāng)所述snp分子標(biāo)記為snp2時，若snp2檢測得到的基因型為ct或tt時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量≥4.0，具有高imf性狀；若所述snp2檢測得到的基因型為cc時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量＜4.0，具有低imf性狀；

39、當(dāng)所述snp分子標(biāo)記為snp3時，若snp3檢測得到的基因型為tc時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量≥4.0，具有高imf性狀；若所述snp3檢測得到的基因型為tt時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量＜4.0，具有低imf性狀；

40、當(dāng)所述snp分子標(biāo)記為snp4時，若snp4檢測得到的基因型為cc或ct時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量≥4.0，具有高imf性狀；若所述snp4檢測得到的基因型為tt時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量＜4.0，具有低imf性狀；

41、當(dāng)所述snp分子標(biāo)記為snp5時，若snp5檢測得到的基因型為gg時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量≥4.0，具有高imf性狀；若所述snp5檢測得到的基因型為cg時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量＜4.0，具有低imf性狀；

42、當(dāng)所述snp分子標(biāo)記為snp6時，若snp6檢測得到的基因型為ag或gg時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量≥4.0，具有高imf性狀；若所述snp6檢測得到的基因型為aa時，則待測寧鄉(xiāng)豬的imf含量＜4.0，具有低imf性狀。

43、在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，步驟s2中，用kasp(競爭性等位基因特異性pcr)技術(shù)對snp分子標(biāo)記進(jìn)行檢測。

44、在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，所述用kasp技術(shù)對snp分子標(biāo)記進(jìn)行檢測的kasp反應(yīng)混合液的組成如下：

45、

46、在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，所述用kasp技術(shù)對snp分子標(biāo)記進(jìn)行檢測的擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃15min；94℃20s，65℃-57℃60s，10個循環(huán)；94℃20s，57℃60s，33個循環(huán)。

47、根據(jù)本發(fā)明的第七方面，提出了一種寧鄉(xiāng)豬育種方法，包括如下步驟：利用上述snp分子標(biāo)記鑒定或輔助鑒定寧鄉(xiāng)豬肉imf含量的方法，選擇豬肉imf含量≥4.0或豬肉imf含量＜4.0的寧鄉(xiāng)豬進(jìn)行后續(xù)育種。

48、根據(jù)本發(fā)明的一些的實(shí)施方式，至少具有以下有益效果：本發(fā)明方案提供了一種與imf性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記，可以高效精準(zhǔn)的鑒定及篩選出不同imf含量的寧鄉(xiāng)豬種，具有快速準(zhǔn)確，檢測成本低的特點(diǎn)，可用于不同寧鄉(xiāng)豬種檢測與應(yīng)用，為imf含量高、肉質(zhì)優(yōu)良寧鄉(xiāng)豬種的培育及寧鄉(xiāng)豬肉品質(zhì)改良提供了不可或缺的重要工具。

49、本發(fā)明提供了基于kasp標(biāo)記的snp檢測方法，用于檢測寧鄉(xiāng)豬品種中imf的含量。kasp標(biāo)記檢測方法簡單、檢測結(jié)果準(zhǔn)確、穩(wěn)定性好、檢測快速，可適用于不同的檢測儀器設(shè)備。