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一種全血DNA提取試劑盒及提取方法與流程

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一種全血DNA提取試劑盒及提取方法與流程

本發(fā)明涉及DNA提取技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及全血DNA提取試劑盒及其提取方法。



背景技術(shù):

隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,基因組水平上的研究已成為熱點(diǎn)。在分子遺傳學(xué)和分子流行病學(xué)中,無(wú)論是全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)、候選SNP位點(diǎn)基因分型,還是基因組文庫(kù)的建立,都需要從各類(lèi)樣本中提取基因組DNA。由于血液樣本取材方便,所含基因組DNA豐富可靠,因此上述許多研究均以血液作為樣本提取完整的基因組DNA。提取純化得到的基因組DNA濃度、純度和一級(jí)結(jié)構(gòu)的完整性都會(huì)影響到后續(xù)的研究,因此高效、可靠的基因組DNA提取方法是分子遺傳學(xué)基礎(chǔ)研究迫切需要的。

目前基因組DNA提取純化的方法有很多種,如苯酚氯仿抽提法、SDS法、離心柱法和磁珠法。這些方法各有優(yōu)缺點(diǎn),但都應(yīng)考慮以下原則:防止和抑制DNase對(duì)DNA的降解;盡量減少對(duì)溶液中DNA的機(jī)械剪切破壞,保持DNA分子的完整;排除其他核酸分子的污染;排除有機(jī)溶劑和金屬離子的污染;將蛋白質(zhì)、脂類(lèi)、糖類(lèi)等物質(zhì)分離干凈。

基于納米磁珠的DNA提取技術(shù)是利用親水性納米磁珠特異性地吸附樣品溶液的DNA分子,在外加磁場(chǎng)的作用將吸附的DNA-磁珠復(fù)合物從樣品溶液中分離,通過(guò)洗滌液洗滌去除溶液中的蛋白和鹽離子,最后在僅留有特異吸附DNA的磁珠中加入洗脫液,將DNA釋放于洗脫液中。磁珠法提取基因組DNA與上述其它方法相比,不使用有毒試劑,操作簡(jiǎn)單,不易污染,已經(jīng)成為目前分子生物學(xué)和臨床檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)研究的理想方法。



技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:

為了解決上述不足的缺陷,本發(fā)明提供了一種全血DNA提取試劑盒及提取方法,提取純化步驟少,操作簡(jiǎn)便,整個(gè)過(guò)程不涉及有毒試劑,安全便捷,所得基因組DNA含量高,完整度好,純度高,可直接用于后續(xù)檢測(cè)。

本發(fā)明提供了一種全血DNA提取試劑盒,包括裂解液、納米磁珠、洗滌液A、洗滌液B和洗脫液。

上述的試劑盒,其中,所述裂解液包括異硫氰酸胍、碘化鋰、檸檬酸三鈉、Tween 20,所述納米磁珠包括包裹有二氧化硅的Fe3O4,洗滌液A包括異硫氰酸胍、Tris-HCL和無(wú)水乙醇,所述洗滌液B包括Tris-HCL、NaCL和無(wú)水乙醇,所述洗脫液包括Tris-HCL、EDTA二鈉。

上述的試劑盒,其中,所述裂解液pH值為4.0-7.0,包含濃度3-5mM的異硫氰酸胍、濃度1-5M的碘化鋰、濃度50-200mM的檸檬酸三鈉和1%-5%Tween20。

上述的試劑盒,其中,所述納米磁珠包括包裹有二氧化硅的Fe3O4,直徑為200-2000nm,濃度為50-200mg/ml。

上述的試劑盒,其中,所述洗滌液A包含濃度1-4mM的異硫氰酸胍、pH 7.0-9.0濃度10-50mM的Tris-HCL和20%-50%的無(wú)水乙醇。

上述的試劑盒,其中,所述洗滌液B包含pH 7.0-9.0濃度1-5mM的Tris-HCL、濃度10-50mMNaCL和50%-80%的無(wú)水乙醇。

上述的試劑盒,其中,所述洗脫液包含pH為7.0-9.0濃度5-20mM的Tris-HCL和pH 8.0-9.0濃度0.5-3mM的EDTA二鈉。

本發(fā)明的另一面,本發(fā)明還提供了一種全血DNA提取試劑盒的提取方法,包括以下步驟:

步驟S1:取50-200ul新鮮全血樣本于1.5ml離心管中,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入100-500ul裂解液和50-200mg/ml的納米磁珠10-30ul,震蕩混勻1min,室溫靜置10min;

步驟S2:將步驟S1中的離心管置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液;

步驟S3:使用無(wú)菌移液槍頭向步驟S2離心管中加入500-800ul洗滌液A,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液;

步驟S4:使用無(wú)菌移液槍頭向步驟S3離心管中加入500-800ul洗滌液B,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液,室溫開(kāi)蓋干燥10-20min直至管內(nèi)無(wú)液體殘留;

步驟S5:使用無(wú)菌移液槍頭向步驟S4離心管中加入100-200ul洗脫液,65℃水浴5-10min;

步驟S6:將步驟S5離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸取上清至新的離心管,即獲得基因組DNA。

本發(fā)明具有以下優(yōu)點(diǎn):提取純化步驟簡(jiǎn)單、操作過(guò)程安全便捷、基因組DNA產(chǎn)物含量高,完整度好,純度高。通過(guò)簡(jiǎn)單的操作步驟得到高純度、完整的基因組DNA,方便研究人員進(jìn)行后續(xù)的實(shí)驗(yàn)。

附圖說(shuō)明

通過(guò)閱讀參照以下附圖對(duì)非限制性實(shí)施例所作的詳細(xì)描述,本發(fā)明及其特征、外形和優(yōu)點(diǎn)將會(huì)變得更明顯。在全部附圖中相同的標(biāo)記指示相同的部分。并未刻意按照比例繪制附圖,重點(diǎn)在于示出本發(fā)明的主旨。

圖1為本發(fā)明的全血DNA提取方法與QIAamp DNA Mini Kit和上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)提取方法的基因組DNA完整度比較示意圖。

圖2是本發(fā)明的全血DNA提取方法與QIAamp DNA Mini Kit和上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)提取方法的基因組DNA中β-actin熒光PCR Ct值比較示意圖。

具體實(shí)施方式

在下文的描述中,給出了大量具體的細(xì)節(jié)以便提供對(duì)本發(fā)明更為徹底的理解。然而,對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言顯而易見(jiàn)的是,本發(fā)明可以無(wú)需一個(gè)或多個(gè)這些細(xì)節(jié)而得以實(shí)施。在其他的例子中,為了避免與本發(fā)明發(fā)生混淆,對(duì)于本領(lǐng)域公知的一些技術(shù)特征未進(jìn)行描述。

為了徹底理解本發(fā)明,將在下列的描述中提出詳細(xì)的步驟以及詳細(xì)的結(jié)構(gòu),以便闡釋本發(fā)明的技術(shù)方案。本發(fā)明的較佳實(shí)施例詳細(xì)描述如下,然而除了這些詳細(xì)描述外,本發(fā)明還可以具有其他實(shí)施方式。

本發(fā)明提供了一種全血DNA提取試劑盒,包括裂解液、納米磁珠、洗滌液A、洗滌液B和洗脫液。

在本發(fā)明一優(yōu)選但非限制的實(shí)施例中,裂解液包括異硫氰酸胍、檸檬酸三鈉、Tween 20,所述納米磁珠包括包裹有二氧化硅的Fe3O4,洗滌液A包括異硫氰酸胍、Tris-HCL和無(wú)水乙醇,所述洗滌液B包括Tris-HCL、NaCL和無(wú)水乙醇,洗脫液包括Tris-HCL、EDTA二鈉。

在本發(fā)明一優(yōu)選但非限制的實(shí)施例中,裂解液pH值為4.0-7.0,包含濃度3-5mM的異硫氰酸胍、濃度50-200mM的檸檬酸三鈉和1%-5%Tween 20。

在本發(fā)明一優(yōu)選但非限制的實(shí)施例中,納米磁珠包括包裹有二氧化硅的Fe3O4,直徑為200-2000nm,濃度為50-200mg/ml。

在本發(fā)明一優(yōu)選但非限制的實(shí)施例中,洗滌液A包含濃度1-4mM的異硫氰酸胍、pH 7.0-9.0濃度10-50mM的Tris-HCL和20%-50%的無(wú)水乙醇。

在本發(fā)明一優(yōu)選但非限制的實(shí)施例中,洗滌液B包含pH 7.0-9.0濃度1-5mM的Tris-HCL、濃度10-50mMNaCL和50%-80%的無(wú)水乙醇。

在本發(fā)明一優(yōu)選但非限制的實(shí)施例中,洗脫液包含pH為7.0-9.0濃度5-20mM的Tris-HCL和pH 8.0-9.0濃度0.5-3mM的EDTA二鈉。

本發(fā)明的另一面一種基因組DNA提取試劑盒的提取方法,包括以下步驟:

步驟S1:取50-200ul新鮮全血樣本于1.5ml離心管中,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入100-500ul裂解液和50-200mg/ml的納米磁珠10-30ul,震蕩混勻1min,室溫靜置10min;

步驟S2:將步驟S1中的離心管置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液;

步驟S3:使用無(wú)菌移液槍頭向步驟S2離心管中加入500-800u l洗滌液A,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液;

步驟S4:使用無(wú)菌移液槍頭向步驟S3離心管中加入500-800u l洗滌液B,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液,室溫開(kāi)蓋干燥10-20min直至管內(nèi)無(wú)液體殘留;

步驟S5:使用無(wú)菌移液槍頭向步驟S4離心管中加入100-200u l洗脫液,65℃水浴5-10min;

步驟S6:將步驟S5離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸取上清至新的離心管,即獲得基因組DNA。

以下舉出本發(fā)明的具體實(shí)施例。

實(shí)施例1

1)取50ul新鮮全血樣本于1.5ml離心管中,使用無(wú)菌移液槍頭向離心管中加入200ul裂解液和50mg/ml的納米磁珠10ul。加納米磁珠之前可將納米磁珠充分混勻。震蕩混勻1min,室溫靜置10min。其中,裂解液內(nèi)加入的成分分別是:濃度3mM的異硫氰酸胍、濃度150mM的檸檬酸三鈉和2%Tween 20,其余成分為水。裂解液的pH值為6.0。

2)將該離心管置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。

3)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入500ul洗滌液A,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液A內(nèi)加入的成分分別是:濃度1mM的異硫氰酸胍、pH 7.5且濃度15mM的Tris-HCL和50%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

4)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入500ul洗滌液B,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液B內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度1mM的Tris-HCL、濃度10mM NaCL和80%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

5)從磁力架上取出離心管,室溫開(kāi)蓋干燥10min直至管內(nèi)無(wú)液體殘留。

6)使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入100ul洗脫液,65℃水浴10min。其中,洗脫液內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度5mM的Tris-HCL和pH 8.0且濃度2mM的EDTA二鈉,其余成分為水。洗脫液的pH值為8.0。

7)將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸取上清至新的離心管,即獲得基因組DNA。

實(shí)施例2

1)取200ul新鮮全血樣本于1.5ml離心管中,使用無(wú)菌移液槍頭向離心管中加入500ul裂解液和200mg/ml的納米磁珠30ul。加納米磁珠之前可將納米磁珠充分混勻。震蕩混勻1min,室溫靜置10min。其中,裂解液內(nèi)加入的成分分別是:濃度5mM的異硫氰酸胍、濃度150mM的檸檬酸三鈉和2%Tween 20,其余成分為水。裂解液的pH值為6.0。

2)將該離心管置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。

3)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入800ul洗滌液A,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液A內(nèi)加入的成分分別是:濃度1mM的異硫氰酸胍、pH 7.5且濃度15mM的Tris-HCL和50%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

4)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入800ul洗滌液B,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液B內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度1mM的Tris-HCL、濃度10mM NaCL和80%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

5)從磁力架上取出離心管,室溫開(kāi)蓋干燥20min直至管內(nèi)無(wú)液體殘留。

6)使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入300ul洗脫液,65℃水浴10min。其中,洗脫液內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度5mM的Tris-HCL和pH 8.0且濃度2mM的EDTA二鈉,其余成分為水。洗脫液的pH值為8.0。

7)將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸取上清至新的離心管,即獲得基因組DNA。

實(shí)施例3

1)取100ul新鮮全血樣本于1.5ml離心管中,使用無(wú)菌移液槍頭向離心管中加入300ul裂解液和100mg/ml的納米磁珠10ul。加納米磁珠之前可將納米磁珠充分混勻。震蕩混勻1min,室溫靜置10min。其中,裂解液內(nèi)加入的成分分別是:濃度5mM的異硫氰酸胍、濃度150mM的檸檬酸三鈉和2%Tween 20,其余成分為水。裂解液的pH值為6.0。

2)將該離心管置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。

3)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入500ul洗滌液A,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液A內(nèi)加入的成分分別是:濃度1mM的異硫氰酸胍、pH 7.5且濃度15mM的Tris-HCL和50%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

4)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入500ul洗滌液B,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液B內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度1mM的Tris-HCL、濃度10mM NaCL和80%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

5)從磁力架上取出離心管,室溫開(kāi)蓋干燥20min直至管內(nèi)無(wú)液體殘留。

6)使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入100ul洗脫液,65℃水浴10min。其中,洗脫液內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度5mM的Tris-HCL和pH 8.0且濃度2mM的EDTA二鈉,其余成分為水。洗脫液的pH值為8.0。

7)將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸取上清至新的離心管,即獲得基因組DNA。

在本發(fā)明中,對(duì)照試劑1選用QIAampDNAMiniKit提取100ul新鮮全血樣本,洗脫體積為100ul。對(duì)照試劑2選用上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)提取100ul新鮮全血樣本,洗脫體積為100ul。

實(shí)施例4

1)取100ul新鮮全血樣本于1.5ml離心管中,使用無(wú)菌移液槍頭向離心管中加入100ul裂解液和100mg/ml的納米磁珠20ul。加納米磁珠之前可將納米磁珠充分混勻。震蕩混勻1min,室溫靜置10min。其中,裂解液內(nèi)加入的成分分別是:濃度5mM的異硫氰酸胍、濃度150mM的檸檬酸三鈉和2%Tween 20,其余成分為水。裂解液的pH值為6.0。

2)將該離心管置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。

3)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入500ul洗滌液A,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液A內(nèi)加入的成分分別是:濃度1mM的異硫氰酸胍、pH 7.5且濃度15mM的Tris-HCL和50%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

4)從磁力架上取出離心管,使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入500ul洗滌液B,將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸棄上清溶液。其中,洗滌液B內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度1mM的Tris-HCL、濃度10mM NaCL和80%的無(wú)水乙醇,其余成分為水。

5)從磁力架上取出離心管,室溫開(kāi)蓋干燥20min直至管內(nèi)無(wú)液體殘留。

6)使用無(wú)菌移液槍頭向該離心管中加入200ul洗脫液,65℃水浴10min。其中,洗脫液內(nèi)加入的成分分別是:pH 7.5且濃度5mM的Tris-HCL和pH 8.0且濃度2mM的EDTA二鈉,其余成分為水。洗脫液的pH值為8.0。

7)將該離心管震蕩混勻1min,置于磁力架上30s,待納米磁珠完全吸至管壁之后,使用無(wú)菌移液槍頭吸取上清至新的離心管,即獲得基因組DNA。

在本發(fā)明中,對(duì)照試劑1選用QIAamp DNA Mini Kit提取100ul新鮮全血樣本,洗脫體積為100ul。對(duì)照試劑2選用上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)提取100ul新鮮全血樣本,洗脫體積為100ul。

將實(shí)施例3、對(duì)照試劑1和對(duì)照試劑2,提取完成后,分別取基因組DNA溶液5ul做1.5%瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果如附圖1所示。

參照?qǐng)D1所示,使用本發(fā)明建立的基于納米磁珠的全血DNA提取試劑盒及提取方法,將其實(shí)驗(yàn)結(jié)果與QIAamp DNA Mini Kit和上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果比較,結(jié)果表明,本發(fā)明提取的全血基因組DNA完整度與QIAamp DNA Mini Kit和上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)的基因組DNA完整度處于同一水平。而且具有提取純化步驟簡(jiǎn)單、操作過(guò)程安全便捷。

將實(shí)施例3、對(duì)照試劑1和對(duì)照試劑2,提取完成后,分別取基因組DNA溶液2ul,使用ThermoFisher的NanoDrop 2000超微量生物檢測(cè)儀檢測(cè)基因組DNA濃度和純度,結(jié)果如表1所示。

表1

參照表1所示,本發(fā)明提取的全血DNA的純度與QIAamp DNA Mini Kit和上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)的基因組DNA純度處于同一水平。對(duì)于基因組DNA的濃度明顯優(yōu)于對(duì)照試劑盒。

將實(shí)施例3、對(duì)照試劑1和對(duì)照試劑2,提取完成后,分別取基因組DNA溶液5ul做靶標(biāo)為β-action的熒光定量PCR,結(jié)果如附圖2和表2所示。

表2

參照?qǐng)D2和如表2所示,本發(fā)明提取的全血DNA的濃度明顯高于QIAamp DNA Mini Kit和上海生工磁珠法基因組DNA抽提試劑盒(血液)的基因組DNA濃度。

以上對(duì)本發(fā)明的較佳實(shí)施例進(jìn)行了描述。需要理解的是,本發(fā)明并不局限于上述特定實(shí)施方式,其中未盡詳細(xì)描述的設(shè)備和結(jié)構(gòu)應(yīng)該理解為用本領(lǐng)域中的普通方式予以實(shí)施;任何熟悉本領(lǐng)域的技術(shù)人員,在不脫離本發(fā)明技術(shù)方案范圍情況下,都可利用上述揭示的方法和技術(shù)內(nèi)容對(duì)本發(fā)明技術(shù)方案做出許多可能的變動(dòng)和修飾,或修改為等同變化的等效實(shí)施例,這并不影響本發(fā)明的實(shí)質(zhì)內(nèi)容。因此,凡是未脫離本發(fā)明技術(shù)方案的內(nèi)容,依據(jù)本發(fā)明的技術(shù)實(shí)質(zhì)對(duì)以上實(shí)施例所做的任何簡(jiǎn)單修改、等同變化及修飾,均仍屬于本發(fā)明技術(shù)方案保護(hù)的范圍內(nèi)。

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