用一種粘蛋白狀糖蛋白(muc-1)疫苗治療患者的方法
【專利說明】用一種粘蛋白狀糖蛋白（MUC-1)疫苗治療患者的方法
[0001] 本申請(qǐng)是以下申請(qǐng)的分案申請(qǐng)：申請(qǐng)日：2006年6月27日；【申請(qǐng)?zhí)枴?200680031006. 9 ;發(fā)明名稱：同上。
[0002] 相關(guān)申請(qǐng)的交叉參考
[0003] 本國(guó)際申請(qǐng)要求2005年6月28日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)序列號(hào)60/694, 233的優(yōu) 先權(quán)，該申請(qǐng)的公開內(nèi)容結(jié)合到本發(fā)明中作為參考。 發(fā)明領(lǐng)域
[0004] 本發(fā)明涉及一種鑒定適于用基于粘蛋白狀糖蛋白 (mucinous-glycoprotein,MUC-1)的制劑治療的癌癥患者的方法。這種癌癥的實(shí)例為非小 細(xì)胞肺癌和前列腺癌。在某些情況下，基于MUC-I的制劑是BLP25疫苗。
[0005] 發(fā)明背景
[0006] 在北美，肺癌是兩性患者中癌癥相關(guān)死亡率的主要原因。2004年，在美國(guó)診斷出大 約174, 000例新的肺癌病例（男性占54%，女性占46%)。此外，2004年，單在美國(guó)死于該 病的人數(shù)大約為160, 000人。
[0007] 不幸的是，在診斷期間，僅有25%的肺癌患者可能通過手術(shù)治愈。另外，在患有癌 癥的患者中，化療僅能適當(dāng)?shù)馗纳拼婊畹臋C(jī)會(huì)。
[0008] 非小細(xì)胞肺癌（NSCLC)是最常見的肺癌，其占全部原發(fā)性肺癌的大約75-80%。 NSCLC典型為鱗狀上皮細(xì)胞癌、腺癌和大細(xì)胞癌。已觀察到粘蛋白狀糖蛋白，即MUC-1，高 度表達(dá)在這類癌中，超出了健康個(gè)體上皮細(xì)胞中的正常表達(dá)水平。還已觀察到由于連接于 MUC-I多肽的骨架上，很多裝飾MUC-I蛋白的碳水化合物部分比連接于正常細(xì)胞MUC-I蛋 白的那些部分短。因此，與正常細(xì)胞內(nèi)的多肽骨架相比，癌細(xì)胞內(nèi)的MUC-I多肽骨架暴露更 多。
[0009] 在肺癌之后，前列腺癌是美國(guó)男性中第二種最常見的診斷出的癌。在美國(guó)大約有 190, 000名男性被診斷患有前列腺癌，每年死于該疾病的男性近30, 000人。
[0010] 前列腺切除術(shù)（PR)治療前列腺癌之后的生化衰竭通常是一種臨床失敗的預(yù)兆， 其可縮短患者的期望壽命。并且雖然目前存在對(duì)其它治療前列腺癌的無創(chuàng)性方法的需求， 但對(duì)前列腺切除術(shù)后和生化衰竭的男性的治療存在一種特殊的需求。
[0011] 目前本領(lǐng)域?qū)﹁b定適于新的癌癥療法的患者以及開發(fā)這類新的癌癥療法存在一 種需求。本發(fā)明提供一種鑒定適于用基于粘蛋白狀糖蛋白（MUC-I)的制劑治療的癌癥患者 的方法。
[0012] 發(fā)明概述
[0013] 本發(fā)明涉及鑒定和治療癌癥患者的方法，其中所述癌癥適于用基于MUC-I的制劑 治療。這種癌癥的實(shí)例為NSCLC和前列腺癌。本發(fā)明還包括用基于MUC-I的制劑治療除 NSCLC和前列腺癌之外的其它癌癥。
[0014] 在本發(fā)明的一實(shí)施方案中，基于MUC-I的制劑可以是一種基于MUC-I的脂質(zhì)體疫 苗（liposomalvaccine)。例如，所述脂質(zhì)體疫苗可以在其脂質(zhì)雙層中包含一種MUC-I肽或 者包囊在其囊泡結(jié)構(gòu)中。MUC-I肽還可被脂質(zhì)化（Iipidated)以促進(jìn)其與脂質(zhì)體樣類脂雙 層或膜的締合（association)。MUC-I肽可包含SEQIDNO. 1中所示的氨基酸序列或其免 疫活性片段或變體（通稱為"功能性變體"），或SEQIDNO. 2的氨基酸序列或其免疫活性 片段或變體。以下描述MUC-I核重復(fù)變體（corerepeatvariants)的具體的特性。
[0015] 在本發(fā)明的另一方面，提供一種治療NSCLC或前列腺癌的患者的方法（"方法1")。 該方法包括：(A)選擇治療患有NSCLC或前列腺癌的患者，和（B)在一段時(shí)間內(nèi)給予該患者 一種基于MUC-I的制劑。在方法1的一實(shí)施方案中，所述基于MUC-I的制劑包含脂質(zhì)體，其 含有至少具有下列氨基酸序列的多肽：SEQIDNO. 1中所示的氨基酸序列或其免疫活性片 段或變體，或者SEQIDNO. 2中所示的氨基酸序列或其免疫活性片段或變體。
[0016] 在特殊的實(shí)施方案中，方法1還可包括包含評(píng)價(jià)所治療患者的步驟（C)。在各實(shí)施 方案中，評(píng)價(jià)所治療的患者可通過測(cè)定所治療患者的免疫反應(yīng)來完成。在某些實(shí)施方案中， 測(cè)定所治療患者的免疫反應(yīng)可包括測(cè)定T-細(xì)胞增殖。在其它實(shí)施方案中，評(píng)價(jià)所治療的患 者可包括測(cè)定以下的至少一或多項(xiàng)：（a)腫瘤體積，（b)腫瘤位置，（c)結(jié)節(jié)階段，（d)NSCLC 或前列腺癌的生長(zhǎng)速率，（e)患者的存活率，（f)患者肺癌或前列腺癌癥狀的變化，（g)患者 PSA濃度的變化，（h)患者PSA濃度倍率的變化，或（i)患者生活質(zhì)量的變化，或者（j)其組 合。
[0017] 在這些實(shí)施方案中，評(píng)價(jià)所述患者可在所述給藥時(shí)間段之前、期間或之后進(jìn)行。評(píng) 價(jià)所述患者還可在所述給藥時(shí)間段之前和之后進(jìn)行。
[0018] 在一進(jìn)一步的實(shí)施方案中，所述制劑是BLP25脂質(zhì)體疫苗。"BLP25"是一種以下鑒 定的特定脂質(zhì)化的MUC-I核重復(fù)。所述BLP25疫苗可包含含義MUC-I核重復(fù)（如SEQID N0s:l和2中所示的那些）的預(yù)先形成的脂質(zhì)體。包含MUC-I核重復(fù)的預(yù)先形成的脂質(zhì)體 可被凍干。
[0019] 在該方法的一實(shí)施方案中，所述BLP25脂質(zhì)體疫苗在藥劑盒中，藥劑盒中包括制 備和使用該疫苗的說明書。因此，該藥劑盒可包含另一種液體，如用于使所述凍干的物質(zhì)重 新構(gòu)成的氯化鈉溶液（0.9%，USP)。另外，可以以液體形式提供BLP25脂質(zhì)體疫苗。該藥劑 盒還可包含一種輔藥或多種輔藥的組合。輔藥的實(shí)例包括但不限于脂質(zhì)A、胞壁酰二肽、明 礬，或細(xì)胞因子。因此，該藥劑盒可包括能使人制備供給藥的BLP25疫苗的多種小瓶和管。
[0020] 給予患者所述制劑的步驟可通過任何適合的方法，并可利用任何藥學(xué)上可接受的 劑型。給藥方法的實(shí)例包括但不限于注射，其中注射是肌內(nèi)注射、皮下注射、靜脈內(nèi)、結(jié)節(jié) 內(nèi)、瘤內(nèi)、腹膜內(nèi)或皮內(nèi)注射。另外，該疫苗或脂質(zhì)體結(jié)合的MUC-I核重復(fù)肽可通過氣霧劑、 鼻內(nèi)、口服、陰道、直腸、眼內(nèi)、局部（散劑、軟膏劑或滴劑）、頰內(nèi)、腦池內(nèi)、腹膜內(nèi)或外用等 給予。該疫苗或脂質(zhì)體結(jié)合的MUC-I核重復(fù)肽還可通過適于透皮傳遞的制劑給予，例如通 過透皮貼劑。
[0021] 在本發(fā)明的另一方面，描述一種改善或維持癌癥（如NSCLC或前列腺癌）患者生 活質(zhì)量的方法（"方法2"）。該方法可包括在一時(shí)間段內(nèi)常規(guī)給予被診斷患有易于用基于 MUC-I的制劑治療的癌癥（如NSCLC或前列腺癌）的患者一定劑量的BLP25脂質(zhì)體疫苗。 在方法2的另一方面，可計(jì)算在給藥的時(shí)間段之前、期間以及之后，患者的身體狀況、機(jī)能 狀況和癌癥癥狀的綜合評(píng)分。
[0022] 在一實(shí)施方案中，BLP25脂質(zhì)體疫苗的劑量提供約1，000yg的BLP25MUC-1脂肽， 以單次或多次給予，雖然可給予以下所述的其它劑量。參見，例如以下BLP25劑量亞章節(jié)下 設(shè)計(jì)的劑量。
[0023] 本發(fā)明的另一方面是一種鑒定適于用基于MUC-I的組合物（如BLP25疫苗）治療 的患者的方法。該方法的一實(shí)施方案進(jìn)行測(cè)定患者血流，或血、血漿、尿、血清或其它適合的 生物樣本中循環(huán)的MUC-I肽的水平是否正?；虍惓?。如果循環(huán)的MUC-I的水平正常，則患 者適合于連續(xù)用MUC-I組合物治療。即，可給予具有正常循環(huán)MUC-I水平的患者一定劑量 的MUC-I疫苗，如BLP25。在一實(shí)施方案中，正常MUC-I循環(huán)水平的上限約為37. 7U/ml。因 此，具有37. 7U/ml或以下的MUC-I循環(huán)水平的患者適于用MUC-I組合物，如BLP25疫苗治 療。但是，確定不同組別患者M(jìn)UC-I肽循環(huán)的閾水平在技術(shù)人員的技術(shù)范圍之內(nèi)。即，值 "37. 7U/ml"不必是所有測(cè)試人群的一個(gè)限定閾值。循環(huán)抗原的"正常"量可從所要求的亞 群測(cè)定，并可用作一種將MUC-I量分為正?；虍惓５念悇e的指標(biāo)。
[0024] 在另一實(shí)施方案中，該方法進(jìn)行檢測(cè)患者血流，或血、血漿、尿、血清或其它適合的 生物樣本中HLAA2蛋白或編碼核酸或HLAA2RNA轉(zhuǎn)錄的存在。生物樣本中HLAA2蛋白或 編碼核酸或HLAA2RNA轉(zhuǎn)錄的存在的檢測(cè)表明所述患者適合用基于MUC-I的組合物（如 BLP25疫苗）治療。
[0025] 在一實(shí)施方案中，被篩選適合用MUC-I組合物治療的患者患有IIIB期或IV期非 小細(xì)胞性肺癌。
[0026] 在本發(fā)明的一方面，提供一種治療癌癥患者的方法。該方法包括（a)選擇治療具 有表達(dá)MUC-I的癌細(xì)胞的患者，和（b)在一段時(shí)間內(nèi)給予該患者基于MUC-I的制劑，其中該 制劑包含：（i)脂質(zhì)體；和（ii)至少一種包含選自下列氨基酸序列的多肽：SEQIDNO. 1的 氨基酸序列、SEQIDNO. 1的氨基酸序列的免疫學(xué)活性變體、SEQIDNO. 2的氨基酸序列以 及SEQIDNO. 2的氨基酸序列的免疫學(xué)活性變體，且其中該患者在其血清中不具有高水平 的循環(huán)MUC-I。在一實(shí)施方案中，癌癥選自卵巢癌、肝癌、結(jié)腸癌、乳腺癌、胰腺癌、腎癌、頭頸 癌和多發(fā)性骨髓瘤。
[0027] 上述總的描述和以下圖的簡(jiǎn)述均為示例性和解釋性的，并對(duì)要求保護(hù)的本發(fā)明提 供進(jìn)一步的解釋。本領(lǐng)域技術(shù)人員將從以下發(fā)明詳述中很容易清楚了解其它的目的、優(yōu)點(diǎn) 和新的特征。
[0028] 圖示簡(jiǎn)述
[0029] 圖1是描述本發(fā)明詳述的研究的結(jié)果圖，表明接受用BLP25脂質(zhì)體疫苗治療的患 者或僅用最佳支持護(hù)理處理（bestsupportivecare,BSC)的患者之間研究組別（study arm)的總存活期。參見以下實(shí)施例1。
[0030] 圖2是顯示NSCLC的IIIB期局限性（Iocoregional)患者的存活分析圖。兩組患 者（治療和BSC)的存活分析包括用BLP25脂質(zhì)體疫苗治療的患者對(duì)比僅用最佳支持護(hù)理 處理的患者的存活分布函數(shù)。參見以下實(shí)施例1。
[0031] 圖3是描述不同患者的前列腺特異性抗原（"PSA"）倍增時(shí)間百分率變化的圖，所 述患者已接受一種劑量的BLP25脂質(zhì)體疫苗。參見以下實(shí)施例3。
[0032] 圖4是列出通過探訪、研究組別（BLP25和對(duì)照）和正常/異常水平下患者C27. 29 值的頻數(shù)分布表。
[0033] 圖5顯示與具有異常水平的患者相比較，在基線處具有正?？乖降幕颊叩拇?活曲線。
[0034] 圖6顯示具有正常水平的CA27. 29的那些患者的中位數(shù)存活期是24. 2個(gè)月，而具 有異常水平的患者的中位數(shù)存活期為9. 8個(gè)月（Coxp= 0. 0006)。
[0035] 圖7表明對(duì)照組別的數(shù)據(jù)，其中與具有異常CA27. 29水平的患者的11. 3個(gè)月相 比，具有正常CA27. 29水平患者的中位數(shù)存活期為15. 1個(gè)月（Coxp= 0. 0042)。
[0036] 圖8顯示與具有中位數(shù)存活期為15. 1個(gè)月的對(duì)照組的那些患者相比，在BLP25 組別中具有預(yù)存在正常水平CA27. 29的患者的中位數(shù)存活期數(shù)據(jù)為24. 2個(gè)月（Coxp= 0? 0605) 〇
[0037] 圖9顯示在BLP25組別中具有預(yù)存在異常水平CA27. 29的患者的中位數(shù)存活期為 9. 8個(gè)月，而對(duì)照組的那些患者具有中位數(shù)存活期為11. 3個(gè)月（Coxp= 0. 5234)。
[0038] 圖10顯示存活期對(duì)T-細(xì)胞增殖的Kaplan-Meier曲線。
[0039] 圖11說明對(duì)各治療組之間所選擇的HLA類型所進(jìn)行的存活期分析。
[0040] 圖12表明在各研究組別中具有HLAA02的患者的存活期。
[0041] 圖13表明具有DQB1-05等位基因的患者的兩組之間的存活期差異。
[0042] 圖14顯示在具有DRB1-04單倍型（haplotypes)的兩組患者的存活期。
[0043] 圖15顯示具有DQB1-02等位基因的兩組患者的另一種存活期曲線。
[0044] 圖16表明圖11中所列的相同單倍型的各治療組別內(nèi)的另外的存活期分析。
[0045] 圖17顯示只在BLP25治療組中的具有CW07等位基因（n= 45)的患者對(duì)比不具 有所述等位基因的那些患者（n= 43)的Kaplan-Meier存活曲線。
[0046] 圖18表明在研究中患有IIIB期惡性腫瘤性胸膜滲漏或IV期疾病患者的治療組 的存活期。
[0047] 圖19表明根據(jù)基線CA27. 29正常vs?異常（對(duì)照組）的存活期。
[0048] 圖20表明基線CA27. 29正常vs.異常的總存活期。
[0049] 圖21表明治療組的總存活期。
[0050] 圖22表明在研究中患有IIIB期局限性疾病患者的治療組的存活期。
[0051] 圖23表明根據(jù)基線CA27. 29正常vs?異常（BLP組）的存活期。
[0052] 發(fā)明詳述
[0053] 本發(fā)明提供基于MUC-I的制劑以及治療罹患癌癥的患者的方法，其中癌癥易于用 MUC-I制劑治療。此類癌癥的實(shí)例為NSCLC和前列腺癌。本發(fā)明還包括用基于MUC-I的制 劑治療除NSCLC和前列腺癌之外的其它癌癥。
[0054] 本發(fā)明的制劑可包含MUC-I核的重復(fù)。MUC-I核重復(fù)可以是多次出現(xiàn)在MUC-I蛋 白中的一種氨基酸序列。優(yōu)選本發(fā)明的MUC-I核重復(fù)肽擬似表達(dá)在癌細(xì)胞內(nèi)的MUC-I蛋白 所表現(xiàn)的特性，其具有連接于MUC-I蛋白骨架的較短的碳水化合物部分。
[0055] 在一實(shí)施方案中，本發(fā)明的MUC-I核重復(fù)具有氨基酸序列， STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP(SEQIDNO. 1)〇
[0056] MUC-I核重復(fù)還可具有任何以下所示的氨基酸序列：
[0057] STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPK(棕櫚?；〨(SEQIDNO: 2)
[0058] STAPPAHGVTSAPDTRPAPG(SEQIDN0:3)〇
[0059] 在某些實(shí)施方案中，該核重復(fù)可被脂質(zhì)化。在此將一種這樣的MUC-I核重復(fù)脂肽 稱為BLP25。還可將所述制劑與脂質(zhì)體結(jié)合。該結(jié)合可包括但不限于將肽加入到脂質(zhì)體中 或通過脂質(zhì)體包囊所述肽。
[0060] 在此將含有BLP25脂肽的脂質(zhì)體疫苗稱為"L-BLP25"。
[0061] 本發(fā)明的制劑還可包含一種輔藥或多種輔藥的組合，如脂質(zhì)A或白介 素-2 (IL-2)?？捎糜诒景l(fā)明的其它示例性輔藥在下文描述。可將基于MUC-I的制劑配制成 疫苗，并且該疫苗可以是一種脂質(zhì)體相關(guān)的MUC-I核重復(fù)疫苗。在數(shù)個(gè)實(shí)施方案中，所述疫 苗制劑包含與脂質(zhì)體結(jié)合的MUC-I核重復(fù)和輔藥。所述MUC-I核重復(fù)可被脂質(zhì)化。
[0062] 本發(fā)明的疫苗可包含：（a)含SEQIDNO. : 1的序列和外源性脂質(zhì)的MUC-I核重復(fù)； 或者（b)含SEQIDNO. : 1的序列和脂質(zhì)體的MUC-I核重復(fù)；或者（c)含SEQIDNO. : 1的 序列和脂質(zhì)體以及輔藥的MUC-I核重復(fù)；或者（d)含SEQIDNO. :1的序列和脂質(zhì)體以及輔 藥的MUC-I核重復(fù)，其中輔藥為脂質(zhì)A。
[0063] 在某些其它實(shí)施方案中，本發(fā)明的疫苗可包含：(a)含SEQIDNO. : 2的序列和外 源性脂質(zhì)的MUC-I核重復(fù)；或者（b)含SEQIDNO. :2的序列和脂質(zhì)體的MUC-I核重復(fù)；或者 (c)含SEQIDNO. : 2的序列和脂質(zhì)體以及輔藥的MUC-I核重復(fù)；或者（d)含SEQIDNO. : 2 的序列和脂質(zhì)體以及輔藥的MUC-I核重復(fù)，其中輔藥為脂質(zhì)A。
[0064] 以下更詳細(xì)地描述治療易于用基于MUC-I的制劑以及基于MUC-I的疫苗制劑的組 分治療的癌癥（如NSCLC或前列腺癌）患者的概念。
[0065] I.BLP25脂質(zhì)體疫苗
[0066] 在一實(shí)施方案中，基于MUC-I的制劑包含一定量的MUC-I脂肽BLP25和一定量的 輔藥。在此將這種制劑稱為BLP25脂質(zhì)體疫苗（"L-BLP25"），其可為液體或?yàn)閮龈芍苿?例如，所述制劑或疫苗在單劑量量中可含有約1000yg的MUC-I脂肽BL