專利名稱：：限定的糖蛋白產(chǎn)品以及相關(guān)方法限定的糖蛋白產(chǎn)品以及相關(guān)方法本申請要求于2007年4月16日提交的60/912，102的優(yōu)先權(quán)，該申請通過引用結(jié)合在此。本發(fā)明涉及糖蛋白產(chǎn)品以及相關(guān)方法，例如制造參考糖蛋白產(chǎn)品的方法以及設(shè)計過程來制造具有所限定的物理和功能特性的糖蛋白產(chǎn)品的方法。背景目前所使用的許多藥物是"小分子藥物"。這些藥物作為簡單的化學(xué)結(jié)構(gòu)物(它們由合成而衍生)而存在?；钚猿煞滞ǔＷ鳛橐环N同質(zhì)的產(chǎn)物而存在。這些小分子藥物以及其制品在化學(xué)方面可進(jìn)行表征，并且通常通過相對簡單的化學(xué)合成容易得以制造。就復(fù)雜性而言，典型的糖蛋白產(chǎn)品基本上不同于典型的小分子藥物。這些附連至糖蛋白的氨基酸主鏈上的糖結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)上能夠以多種方式(包括序列、分支、含糖量、以及異質(zhì)性)進(jìn)行變化。因此，這些糖蛋白產(chǎn)品可以是許多結(jié)構(gòu)上多樣的分子的復(fù)合而又非均勻性混合物，這些分子其本身具有復(fù)合聚糖的結(jié)構(gòu)。糖基化作用不僅添加了這種分子的結(jié)構(gòu)復(fù)雜性，還影響或限定了糖蛋白的多種生物學(xué)屬性和臨床屬性中的一些屬性。迄今為止，由于難以理解并合成這些復(fù)合的化學(xué)結(jié)構(gòu)以及包含它們的混合物，所以創(chuàng)造具有所限定的特性的糖蛋白藥物，不論是試圖生產(chǎn)一種現(xiàn)有藥物的一個屬類形式、或生產(chǎn)一個第二代產(chǎn)品或具有已改進(jìn)的或所希望的特性的其他糖蛋白，在科學(xué)方面都具有挑戰(zhàn)性。有關(guān)生產(chǎn)屬類產(chǎn)品的情況指示著在制造具有所限定的特性的糖蛋白藥物方面所面對的問題。盡管針對多種藥物產(chǎn)品的屬類形式已實施了縮短的調(diào)節(jié)性程序，但生物技術(shù)和制藥工業(yè)中的很多人都認(rèn)為生物性產(chǎn)品的復(fù)雜性使其不適宜于這些類似的方法。概述制造糖蛋白的方法在此披露的這些方法允許生產(chǎn)具有所限定的聚糖結(jié)構(gòu)和/或所限定的聚糖介導(dǎo)的功能特性的糖蛋白。一些方法依靠數(shù)據(jù)庫的使用，這些數(shù)據(jù)庫包括生產(chǎn)參數(shù)與所希望的聚糖特定之間的相關(guān)性。這種數(shù)據(jù)庫可以提供用于結(jié)合至生產(chǎn)方案中的多個生產(chǎn)參數(shù)。這些方法考慮到生產(chǎn)所設(shè)計的糖蛋白或通常具有所限定的聚糖特性的糖蛋白。因此，在一方面，本發(fā)明的特征為用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法，該方法包括以下步驟i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、限定、認(rèn)定、涉及、或提供多種聚糖特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)；ii)認(rèn)定一種目標(biāo)的聚糖特性，例如一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性；iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合；并且iv)將所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合應(yīng)用在一個制造該糖蛋白產(chǎn)品的過程中，由此制造糖蛋白產(chǎn)品。如此處的其他地方所詳細(xì)討論，在此披露的這些方法、數(shù)據(jù)庫、以及系統(tǒng)可包括或使用多個生產(chǎn)參數(shù)與它們所限定的這些聚糖特性之間的不同類型的相關(guān)性。這些是指相關(guān)函數(shù)。這些糖蛋白類的生產(chǎn)是一個復(fù)雜的過程，并且在這些數(shù)據(jù)庫中所提供的關(guān)聯(lián)可以反映這一點。示例性的相關(guān)函數(shù)包括非線性的相關(guān)函數(shù)。非線性的相關(guān)性可以反映出生產(chǎn)參數(shù)與聚糖特性之間的關(guān)系，其中對一個聚糖特性共同起作用的兩個(或多個)生產(chǎn)參數(shù)的效果并不同于以下組合的情況，即對該聚糖特性發(fā)揮作用的一個第一生產(chǎn)參數(shù)(單獨(dú)發(fā)揮起作用)與對該聚糖特性發(fā)揮作用的一個第二生產(chǎn)參數(shù)(單獨(dú)發(fā)揮作用)在一起的組合。在此出所使用的注釋中，這可以被表示為XI—Yl;X2—Y2;Xl+X2#—Y1+Y2,例如X1+X2—Y3。在此處所說明的這些方法、數(shù)據(jù)庫、以及系統(tǒng)中有用的其他類型的相關(guān)函數(shù)包括受約束的、多效的、以及可調(diào)的相關(guān)函數(shù)。簡言之，受約束的相關(guān)函數(shù)反映了糖蛋白合成的復(fù)雜性，并且能夠表示多種關(guān)系，這些關(guān)系的特征為不協(xié)調(diào)的、或不希望的組合或生產(chǎn)參數(shù)或聚糖特性。例如，生產(chǎn)參數(shù)的組合可以受到約束，這是因為它導(dǎo)致了一種不希望的聚糖特性。多效的相關(guān)函數(shù)可以反映一個或多個生產(chǎn)參數(shù)對多種不同的聚糖特征的改變的作用。可調(diào)的函數(shù)是指可允許多個輸入(例如，不同幅值的輸入)以及多個輸出(例如，不同幅值的輸出)的函數(shù)。它能允許通過調(diào)節(jié)一個生產(chǎn)參數(shù)來對一種聚糖特性進(jìn)行調(diào)整。以下對這些和其他的相關(guān)函數(shù)進(jìn)行更為詳細(xì)地討論。因此，在一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫包括十種或更多種(例如20、25、50、100、150、200、300、350、400、500、600、700、800、900或更多)、可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性。在一個實施方案中，所選擇的生產(chǎn)參數(shù)與一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性相聯(lián)系。在一個實施方案中，一個第一生產(chǎn)參數(shù)Xl是由在生產(chǎn)參數(shù)Xl與一種聚糖特性Y1以及一種聚糖特性Y2之間的一種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行選擇的，并且對一個第二生產(chǎn)參數(shù)X2進(jìn)行選擇以修飾Xl對Y2的作用。在另一方面，本發(fā)明的特征為用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法。該方法包括a)可任選地提供一個選擇的生產(chǎn)參數(shù)b)提供一種生產(chǎn)系統(tǒng)(例如，一種細(xì)胞培養(yǎng)株系統(tǒng))，它結(jié)合了一個選擇的生產(chǎn)參數(shù)；并且c)維持所述系統(tǒng)在允許產(chǎn)生這種糖蛋白產(chǎn)品的條件之下，由此制造糖蛋白產(chǎn)品，其中所選擇的生產(chǎn)參數(shù)是通過在此說明的一種方法來進(jìn)行認(rèn)定的，例如通過i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、限定、認(rèn)定、涉及或提供聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù))；ii)識別一種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性；并且iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合。在一個實施方案中，所選擇的生產(chǎn)參數(shù)已經(jīng)或正在通過以下各項進(jìn)行認(rèn)定選擇一種主要糖蛋白，提供一種聚糖模式，該模式表示一種參比糖蛋白(例如，一種主要糖蛋白)上的聚糖結(jié)構(gòu)，例如通過將這些聚糖從這種參比糖蛋白中釋放，例如通過酶的消化，并且可任選地通過分離這些已釋放的聚糖，(例如)以便產(chǎn)生表示一種或多種聚糖特性的部分或峰，選擇一種聚糖特性，從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合。在一個實施方案中，提供一種選擇的生產(chǎn)參數(shù)包括接受來自另一個實體的參數(shù)的身份。在一個實施方案中，一個第一實體進(jìn)行a)、b)、以及C)的一個或多個，并且一個第二實體進(jìn)行步驟i)、ii)、以及iii)的一個或多個，并且將所選擇的參數(shù)的身份傳送至該第一實體。因此，如在此處說明的其他的方法中，一個單一的實體可進(jìn)行所有步驟，或可接受或?qū)ζ渑鋫溆梢粋€或多個第二實體進(jìn)行實踐所需要的信息或選擇。在一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫包括十種或更多種(例如，20、25、50、100、150、200、300、350、400、500、600、700、800、900、或更多)可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性。在一個實施方案中，選擇的生產(chǎn)參數(shù)與一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性相聯(lián)系。在另一方面，本發(fā)明的特性在于生產(chǎn)具有一種或多種目標(biāo)的聚糖特性的一個糖蛋白產(chǎn)品的一種方法，包括a)識別一種或多種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性)；并且b)通過一種生產(chǎn)方法生產(chǎn)具有一種或多種目標(biāo)的聚糖特性的所述糖蛋白產(chǎn)品，其中所述生產(chǎn)方法已經(jīng)/正如以下進(jìn)行選擇9i)可任選地對一種主要糖蛋白產(chǎn)品進(jìn)行表征，以便認(rèn)定該主要糖蛋白產(chǎn)品的一種或多種聚糖特性(例如，聚糖特征)；ii)可任選地提供了一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、限定、認(rèn)定、涉及、或提供聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)；并且iii)選擇在該生產(chǎn)方法中使用l個、2個、3個、或更多個生產(chǎn)參數(shù)、或者生產(chǎn)參數(shù)的組合，與所述的一種或多種目標(biāo)的聚糖特性的發(fā)生率呈正性關(guān)聯(lián)，例如，基于由所述數(shù)據(jù)庫提供的這些相關(guān)性對一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合進(jìn)行選擇。在一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫包括十種或更多種(例如，20、25、50、100、150、200、300、350、400、500、600、700、800、900、或更多)的可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性。在一個實施方案中，選擇的生產(chǎn)參數(shù)與一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性相聯(lián)系。在一個實施方案中，該方法進(jìn)一步包括下列步驟中的一個或多個iv)在使用所述選擇的一種或多個參數(shù)的過程中表達(dá)一個氨基酸序列(優(yōu)選所述主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列)，并且確定是否將這種目標(biāo)的聚糖特性(例如，與所述選擇的一種或多個參數(shù)相關(guān)的一種聚糖特征)給予了所述氨基酸序列；v)從所述數(shù)據(jù)庫選擇一種額外的生產(chǎn)參數(shù)；vi)在使用所述額外的所選擇的參數(shù)的一個過程中表達(dá)一個氨基酸序列(優(yōu)選所述主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列)，并且測定這種聚糖特性(例如，與所述額外的所選擇的參數(shù)相關(guān)的聚糖特征)是否包括在所述氨基酸序列上；并且vii)可任選地重復(fù)步驟v和vil次、2次、3次或更多次。在另一方面，本發(fā)明的特征為用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法，包括通過由以下各項所選擇的一個過程來制造這種糖蛋白i)認(rèn)定一種或多種所要求的聚糖特性(例如，所述糖蛋白產(chǎn)品的聚糖特征)；ii)認(rèn)定一種或多種生產(chǎn)參數(shù)，它們會提供所述一種或多種所要求的聚糖特性；并且iii)對至少2、3、4、或5個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行順序選擇以提供所要求的聚糖特性或特征，其中所述生產(chǎn)參數(shù)可以是選自下組，其構(gòu)成為細(xì)胞的身份、細(xì)胞培養(yǎng)條件、發(fā)酵條件、分離條件、以及配置條件、以及它們的組合。在此處所說明的這些方法中，實施方案可由計算機(jī)執(zhí)行。在其他的實施方案中，這種方法并非由計算機(jī)執(zhí)行，例如，所依賴的數(shù)據(jù)庫并不是由計算機(jī)實施的。這些實施方案可包括顯示、輸出、或記憶一種選擇的生產(chǎn)參數(shù)或聚糖特征。設(shè)計生產(chǎn)方案的方法在此所披露的方法允許針對制造糖蛋白而設(shè)計方案或?qū)l件進(jìn)行選擇。這些方法允許對生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇，這些生產(chǎn)參數(shù)在結(jié)合至用于制造糖蛋白的方案時，提供了結(jié)合至預(yù)先選擇的聚糖結(jié)構(gòu)和/或介導(dǎo)功能特性的聚糖的的糖蛋白。在另一方面，本發(fā)明的特征為一種方法(例如，一種由計算機(jī)執(zhí)行的方法)，包括選擇一個生產(chǎn)參數(shù)；認(rèn)定一種糖蛋白特性(例如，一種糖蛋白特征)，它與所述生產(chǎn)參數(shù)相聯(lián)系；并且可任選地顯示、輸出、或記憶所述認(rèn)定的糖蛋白特性。在另一方面，本發(fā)明的特征為一種方法(例如，一種由計算機(jī)執(zhí)行的方法)，包括選擇一種糖蛋白特性(例如，一種糖蛋白特征)；認(rèn)定一個生產(chǎn)參數(shù)，它與所述糖蛋白特性相聯(lián)系；并且可任選地顯示、輸出、或記憶所述認(rèn)定的生產(chǎn)參數(shù)。在另一方面，本發(fā)明的特征為一種方法，該方法用于設(shè)計一個過程來生產(chǎn)一種糖蛋白產(chǎn)品，或選擇用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一個過程的一個要素，該方法包括以下步驟a)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、限定、認(rèn)定、涉及、或提供聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)；b)識別一種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性)；C)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合；并且由此設(shè)計生產(chǎn)糖蛋白產(chǎn)品的過程。在另一方面，本發(fā)明的特征為一種方法，該方法用于設(shè)計一個過程來制造或選擇用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一個過程的一個要素，該方法包括a)識別一種或多種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性)；并且b)可任選地對該主要糖蛋白產(chǎn)品進(jìn)行表征以便認(rèn)定所述主要糖蛋白產(chǎn)品的一種或多種聚糖特性(例如，聚糖特征)；c)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、限定、認(rèn)定、涉及、或提供聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的力日入AAi^丄丄門7氺L^D纟且合的一rt^H大凼安乂；升±1d)選擇在該生產(chǎn)方法中使用l、2、3、或更多個生產(chǎn)參數(shù)、或生產(chǎn)參數(shù)的組合，與所述的一種或多種目標(biāo)的聚糖特性呈正性關(guān)聯(lián)，例如，基于由所述數(shù)據(jù)庫所提供的相關(guān)性對一種或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合進(jìn)行選擇。由此設(shè)計用于制造糖蛋白產(chǎn)品的過程，或選擇用于制造糖蛋白產(chǎn)品的過程的一個要素。在另一方面，本發(fā)明的特征為一種方法，該方法用于設(shè)計制造一種糖蛋白產(chǎn)品的過程，或選擇用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的過程的一個要素，該方法包括i)認(rèn)定所述糖蛋白產(chǎn)品的一種或多種所要求的聚糖特性；ii)認(rèn)定一種或多種生產(chǎn)參數(shù)，它們將提供所述一種或多種所要求的聚糖特性；并且iii)對至少2、3、4、或5個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行順序選擇以提供這些所要求的聚糖特性或特征，其中所述生產(chǎn)參數(shù)可以是選自下組，其構(gòu)成為細(xì)胞的身份、細(xì)胞培養(yǎng)條件、發(fā)酵條件、分離條件、以及配置條件、以及它們的組合。在此處說明的這些方法的一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫可包括一個或多種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性。在一個實施方案中，選擇的生產(chǎn)參數(shù)與一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性相聯(lián)系。在此處說明的這些方法中，實施方案能夠由計算機(jī)執(zhí)行。在其他的實施方案中，這種方法并非由計算機(jī)進(jìn)行(例如，數(shù)據(jù)庫并非依賴計算機(jī)執(zhí)行)。實施方案可以包括顯示、輸出、或記憶一種選擇的生產(chǎn)參數(shù)或聚糖特征?？刂撇⒈O(jiān)測糖蛋白產(chǎn)品在此說明的這些方法、數(shù)據(jù)庫、以及系統(tǒng)可被用于多種應(yīng)用中，包括質(zhì)量控制或生產(chǎn)監(jiān)控的方法。例如，在此披露的這些方法可用于監(jiān)測由一種限定的過程所制造的一種糖蛋白。例如，如果對這種糖蛋白進(jìn)行分析并發(fā)現(xiàn)不具有一種所要求的聚糖特性，在此說明的這些方法可用于對該生產(chǎn)過程中的改變進(jìn)行選擇以調(diào)節(jié)或改變該過程，這樣它產(chǎn)生了一種具有所要求的聚糖特性的糖蛋白。因此，本發(fā)明的特征為監(jiān)測和/或控制一種糖蛋白的生產(chǎn)的一種方法。該方法包括a)提供來自由一種預(yù)先確定的生產(chǎn)過程所制造的一種糖蛋白的一種所觀察到的聚糖特征；b)提供所觀察的聚糖特征與一個參考值的比較；c)如果觀察到的值與該參考值相差超過一種l竭水平，則通過在此說明的一種方法(例如，通過使用在此說明的一個數(shù)據(jù)庫)選擇用于一個生產(chǎn)參數(shù)的值；并且d)可任選地在所述預(yù)先確定的生產(chǎn)過程中改變生產(chǎn)參數(shù)X的值來提供一個改變的生產(chǎn)過程，由此監(jiān)測和/或控制糖蛋白的生產(chǎn)。在一個實施方案中，這種方法進(jìn)一步包括以下步驟提供了來自由該改變的生產(chǎn)過程所制造的一種糖蛋白的一種觀察到的聚糖特征，并且如在此所說明對它進(jìn)行評價。在實施方案中，針對由這種改變的生產(chǎn)過程所制造的一種糖蛋白，將步驟b)、c)、以及d)重復(fù)。在一個實施方案中，將這種該方法(例如，以預(yù)先確定的間隔)重復(fù)。在一個實施方案中，選擇生產(chǎn)參數(shù)的值包括i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、定義、認(rèn)定、涉及、或提供聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)；ii)可任選地認(rèn)定目標(biāo)的聚糖特性；并且iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合，它們在該參比的聚糖特性方向上將這種觀察到的聚糖特性進(jìn)行微調(diào)。在一個實施方案中，這種所觀察到的聚糖特性已經(jīng)或正通過以下各項進(jìn)行確定提供一種聚糖模式，該模式表示在由這種預(yù)先選擇的生產(chǎn)過程所制造的糖蛋白上的聚糖結(jié)構(gòu)，例如通過將這些聚糖從該糖蛋白中釋放，例如通過酶的消化，以及可任選地通過分離這些已釋放的聚糖，(例如)以產(chǎn)生表示一種或多種聚糖特性的部分或峰。在一個實施方案中，這種參比的聚糖特性已經(jīng)或正通過以下各項進(jìn)行確定提供一種聚糖模式，該模式表示在由這種預(yù)先選擇的生產(chǎn)過程所制造的糖蛋白上的聚糖結(jié)構(gòu)，例如通過該預(yù)先選擇的過程的一種不同的、較早的運(yùn)行、或通過一種不同的生產(chǎn)過程，例如一個改變的生產(chǎn)過程、例如通過將聚糖從該糖蛋白中釋放，例如通過酶的消化，以及可任選地通過分離這些已釋放的聚糖，(例如)以產(chǎn)生表示一種或多種聚糖特征的部分或峰。在一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫包括至少一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性中的一個或多個。在一個實施方案中，選擇的生產(chǎn)參數(shù)與一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性相聯(lián)系。數(shù)據(jù)庫本節(jié)說明了本發(fā)明的數(shù)據(jù)庫的多個方面和要素。這些能夠可任選地與在此說明的這些方法和系統(tǒng)相結(jié)合。因此，在另一方面，本發(fā)明的特征為在此說明的一個數(shù)據(jù)庫(例如，用于在此處說明的系統(tǒng)的一個方法中的數(shù)據(jù)庫)。在一個實施方案中，這個數(shù)據(jù)庫是放置在實質(zhì)性介質(zhì)上；放置在一個單一單位的實質(zhì)性介質(zhì)上(例如，在單一的計算機(jī)上、或在單一的紙質(zhì)文獻(xiàn)中)；提供在多于一個單元的實質(zhì)性介質(zhì)上(例如，在超過一臺計算機(jī)上、在超過單一的紙質(zhì)文獻(xiàn)中、部分在紙質(zhì)文獻(xiàn)并部分在計算機(jī)可讀的介質(zhì)上)；放置在計算機(jī)可讀的介質(zhì)上；放置在傳統(tǒng)的介質(zhì)上(例如，報紙)，它可由人進(jìn)行閱讀，無需使用計算機(jī)例如一種打印的文件、圖表、表格或卡片式目錄。在一個實施方案中這種數(shù)據(jù)庫的每個要素并非貯存于相同的地點、計算機(jī)、記憶或位置中；將這種數(shù)據(jù)庫配置為允許計算機(jī)化的存取。在一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫包括多項記錄，其中一項記錄包括，用于一個生產(chǎn)參數(shù)或多個生產(chǎn)參數(shù)的一種組合的一個識別器，用于一種聚糖特性(例如，由一種聚糖所限定的一個功能特性、或一種聚糖特征(即，一個結(jié)構(gòu)特征))的一個識別器，以及在該生產(chǎn)參數(shù)(或組合)以及該聚糖特性之間的一種相關(guān)函數(shù)，例如它將一個聯(lián)系至、限定、認(rèn)定、關(guān)聯(lián)至、或提供至另一個。在一個實施方案中，這種相關(guān)性是一種正性或負(fù)性關(guān)聯(lián)；已經(jīng)或能夠通過經(jīng)驗性測試或通過預(yù)測而建立；是定性的(例如，正性、負(fù)性、或無關(guān)聯(lián)性)；是定量的(例如，正性關(guān)聯(lián)性可被表達(dá)為一系列得分越來越高的相關(guān)性；在絕對意義上或者相對于一個標(biāo)準(zhǔn)值進(jìn)行表達(dá)(例如，與另一種方法相比，是更多或更少、相差多少、在一種蛋白上給予一種特定的聚糖特征的可能性是更多或更少)。系統(tǒng)本節(jié)說明了在此說明的可用于執(zhí)行的這些方法和數(shù)據(jù)庫的多個方面和要素。因此，在另一方面，本發(fā)明的特征為一種系統(tǒng)，該系統(tǒng)包括基于一個輸入的糖蛋白特性來選擇一個生產(chǎn)參數(shù)或基于一個輸入的生產(chǎn)參數(shù)來選擇一種糖蛋白特性的一個選擇器。在一個實施方案中，該系統(tǒng)包括在此說明的一個數(shù)據(jù)庫，例如一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)于、限定、認(rèn)定、涉及、或提供聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)；用于輸入查詢的一個用戶界面；用于產(chǎn)生查詢結(jié)果的一個處理器。在個實施方案中，將這種系統(tǒng)配置為允許對一個過程進(jìn)行設(shè)計來產(chǎn)生具有一個預(yù)先選擇的聚糖特性的一個目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品，(例如)來選擇在生產(chǎn)具有一種預(yù)先選擇的聚糖特性的一個糖蛋白的方法中所使用的一個生產(chǎn)參數(shù)。在一個實施方案中，所述查詢是基于一種選擇的聚糖特性的(例如，一個目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的聚糖特性)，并且所述査詢結(jié)果包括來自該數(shù)據(jù)庫的與所選擇的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一種或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合。在一個實施方案中，所述查詢是基于來自該數(shù)據(jù)庫的與一種選擇的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一種或多個生產(chǎn)參數(shù)，并且所述查詢結(jié)果是基于與所述的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)相關(guān)聯(lián)的一種聚糖特性。在一個實施方案中，將所述用戶界面配置為允許輸入一種所希望的聚糖特性，并且對所述處理器進(jìn)行構(gòu)建以允許輸出基于一個相關(guān)聯(lián)的生產(chǎn)參數(shù)的一項査詢結(jié)果。在一個實施方案中，將所述用戶界面配置為允許輸入一種所希望的聚糖特性，并且對所述處理器進(jìn)行裝配以允許輸入基于一種相關(guān)聯(lián)的聚糖特性的一項查詢結(jié)果。在一個實施方案中，將所述系統(tǒng)配置為允許輸入X的一個或多個值并輸出Y的一個或多個值(例如，一項査詢結(jié)果)，其中所述數(shù)據(jù)庫中的一種相關(guān)函數(shù)將X與Y相關(guān)聯(lián)，其中X是針對涉及一個生產(chǎn)參數(shù)的一個元素的一個值，并且Y是針對涉及該聚糖特性的一個元素的一個值，并且對所述系統(tǒng)進(jìn)行配置用于調(diào)整X的值以選擇或認(rèn)定Y的值。在一個實施方案中，將所述系統(tǒng)配置為允許輸入Y的一個或多個值并輸出X的一個或多個值，其中所述數(shù)據(jù)庫中的一種相關(guān)函數(shù)將X與Y相關(guān)聯(lián)，其中X是針對涉及一個生產(chǎn)參數(shù)的一個元素的一個值，并且Y16是針對涉及該聚糖特性的一個元素的一個值，并且對該系統(tǒng)進(jìn)行配置用于調(diào)整Y的值以選擇或認(rèn)定X的值。在一個實施方案中，生產(chǎn)參數(shù)l對于一項輸入設(shè)置(或值)Xl是可調(diào)的，并且針對—Y—l的輸出或設(shè)置(或值)會隨著X1的設(shè)置(或值)而發(fā)生變化，生產(chǎn)參數(shù)2對于一項輸入設(shè)置(或值)X2是可調(diào)的，并且針對Y2的輸出或設(shè)置(或值)會隨著X2的設(shè)置(或值)而發(fā)生變化。在一個實施方案中，針對X1和X2、或Y1和Y2的值或設(shè)定的一些組合是不相容的，并且這種解答空間、或者針對可以使用的Y1和Y2的組合的可能性的總數(shù)，小于針對Y1的可能性的數(shù)目與針對Y2的可能性的數(shù)目的乘積(或針對X1X2的類似情況)。在一個實施方案中，在解答空間上的約束是由在X1和X2的組合上的不相容性所強(qiáng)加的，例如它們可以是添加劑或多種添加劑的組合的濃度，以及由于一個原因或另一個原因而不能結(jié)合的細(xì)胞。在一個實施方案中，在解答空間上的限制被強(qiáng)加是因為Y1和Y2的組合在合成或結(jié)構(gòu)上是不可能的、或者導(dǎo)致了針對該細(xì)胞培養(yǎng)株或在一種糖蛋白中的一種不需要的特性的毒性。在一個實施方案中，相關(guān)函數(shù)產(chǎn)生了一種無效的輸出或?qū)?yīng)于一種無法得到的組合的信號。在一個實施方案中，對所述系統(tǒng)配置一個過濾器，該過濾器認(rèn)定X1X2或Y1Y2的受限制或無法得到的組合，并且對它們進(jìn)行標(biāo)記或?qū)⑺鼈儚妮敵鲰椫腥コ?。在一個實施方案中，針對參數(shù)X2的值的選擇將至少部分地基于針對X1所選擇的值而完成。在一個實施方案中，這種系統(tǒng)是由計算機(jī)執(zhí)行的。在一個實施方案中，這種系統(tǒng)不是由計算機(jī)執(zhí)行的。在一個實施方案中，這種系統(tǒng)包括一種相關(guān)函數(shù)，該相關(guān)函數(shù)是一種可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性。相關(guān)函數(shù)在此說明的這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫中有一些其特征為相關(guān)函數(shù)。以下部分針對相關(guān)函數(shù)提供了額外的細(xì)節(jié)、具體的實施方案、以及替代物。這些不非是限制性的，而是示例性的。它們能夠可任選地被結(jié)合至在此說明的方法、數(shù)據(jù)庫、或系統(tǒng)中。可調(diào)的相關(guān)函數(shù)可調(diào)的功能能夠允許多種輸入(例如，不同幅值的輸入)以及多種輸出(例如，不同幅值的輸出)。它能夠考慮到通過調(diào)整一個生產(chǎn)參數(shù)而對一種聚糖特性進(jìn)行調(diào)整。因此，在一個實施方案中，相關(guān)函數(shù)是一種可調(diào)的函數(shù)。作為舉例，相關(guān)函數(shù)將X與Y相關(guān)聯(lián)，其中X是針對涉及一個生產(chǎn)參數(shù)的一個要素的值，并且Y是針對涉及該聚糖特性的一個要素的值，并且允許對X的值進(jìn)行調(diào)整來選擇或認(rèn)定Y的值，或者對Y的值進(jìn)行調(diào)整來選擇或認(rèn)定X的值。作為舉例，X可以是針對一個添加劑的濃度的值、一種副產(chǎn)品的值、一種物理參數(shù)的值、時間的值、細(xì)胞類型的值、基因表達(dá)水平的復(fù)制數(shù)目的值中的任何一個，并且在那些情況中的一個或多個中，Y是在糖蛋白上的聚糖結(jié)構(gòu)的量值。在一個實施方案中，生產(chǎn)參數(shù)l對于一項輸入設(shè)置(或值)Xl是可調(diào)的，并且Y1的輸出或設(shè)置(或值)將隨著X1的設(shè)置(或值)而發(fā)生變化，生產(chǎn)參數(shù)2對于一項輸入設(shè)置(或值)X2是可調(diào)的，并且Y2的輸出或設(shè)置(或值)將隨著X2的設(shè)置(或值)而發(fā)生變化。在一些實施方案中，針對X1和X2、或Y1和Y2的值或設(shè)置的一些組合不是相容的，并且這種解答空間或針對可以使用的Y1和Y2的組合的可能性的總數(shù)目小于針對Y1的可能性的數(shù)目與針對Y2的可能性的數(shù)目的乘積(或針于X1X2的類似情況)。在一些實施方案中，在解答空間上的限制是由在X1和X2的組合上的不相容性所強(qiáng)加的，例如它們可以是添加劑或添加劑組合的濃度，以及由于一個原因或另一個原因不能被結(jié)合的細(xì)胞。在一些實施方案中，在解答空間上的限制被強(qiáng)加是因為Y1和Y2的組合在合成或結(jié)構(gòu)上是不可能的、或者導(dǎo)致了針對這種細(xì)胞培養(yǎng)株或在一種糖蛋白中的一種不需要的特性的毒性。在一些實施方案中，相關(guān)函數(shù)生產(chǎn)了一種無效的輸出或?qū)?yīng)于一種無法得到的組合的信號。非線性的相關(guān)函數(shù)非線性的相關(guān)性能夠反映生產(chǎn)參數(shù)與聚糖特性之間的關(guān)系，其中對一個聚糖特性共同起作用的兩個(或多個)生產(chǎn)參數(shù)的效果并不同于以下組合的情況，即對該聚糖特性發(fā)揮作用的第一生產(chǎn)參數(shù)(單獨(dú)發(fā)揮起作用)與對該聚糖特性發(fā)揮作用的第二生產(chǎn)參數(shù)(單獨(dú)發(fā)揮作用)在一起的組合。在此處所使用的注釋中，這可以被表示為"X1,X2-Y1#X1-Y1+X2陽Y1。在某些實施方案中，相關(guān)函數(shù)將針對生產(chǎn)參數(shù)的超過一種的值(例如X1、X2、等等)涉及至一種或多種聚糖特性(例如，Y)，并且其中該組合(例如，X1和X2的組合)對Y的作用是非線性的。當(dāng)多個生產(chǎn)參數(shù)共同(例如，生產(chǎn)參數(shù)X1和X2共同發(fā)揮作用)對一種或多種聚糖特性(例如，Y)的作用不同于以下的組合(即X1(單獨(dú)發(fā)揮作用)對Y的作用連同X2(單獨(dú)發(fā)揮作用)對Y的作用的組合)時，這種相關(guān)性是非線性的。作為舉例，葡糖胺(XI)的加入導(dǎo)致了半乳糖基化作用(Yl)方面的減少，巖藻糖基化作用(Y2)方面的減少，高甘露糖結(jié)構(gòu)(Y3)方面的增加、以及雜合結(jié)構(gòu)(Y4)方面的增加。尿嘧啶核苷(X2)的加入給予了高甘露糖結(jié)構(gòu)(Y3)的減少，但是其他聚糖特性(Yl、Y2、以及Y4)沒有發(fā)生變化。如果葡糖胺(XI)與尿嘧啶核苷(X2)相結(jié)合，則所有四個參數(shù)(Yl、Y2、Y3、以及Y4)就會發(fā)生變化。因此，在X1、X2與Y1之間的相關(guān)函數(shù)是非線性的。類似地，在X1、X2、與Y2之間的相關(guān)函數(shù)是非線性的，并且在X1、X2、與Y4之間的相關(guān)函數(shù)是非線性的。在一些實施方案中，單一的X相關(guān)性(在一起采用時它是非線性的)還逐一被認(rèn)為是非線性的。例如，在該實例中僅給予葡糖胺(XI)與半乳糖基化作用(Yl)的相關(guān)性，葡糖胺(XI)與巖藻糖基化作用(Y2)的相關(guān)性、以及葡糖胺(XI)與雜合結(jié)構(gòu)(Y4)的相關(guān)性都是非線性的。類似地，在一些實施方案中，在尿嘧啶核苷(X2)與半乳糖基化作用(Yl)之間的相關(guān)性、尿嘧啶核苷(X2)與巖藻糖基化作用(Y2)的相關(guān)性、以及尿嘧啶核苷(X2)與雜合結(jié)構(gòu)(Y4)的相關(guān)性都被認(rèn)為是非線性的相關(guān)。受約束的相關(guān)函數(shù)受約束的相關(guān)函數(shù)反映了糖蛋白類合成的復(fù)雜性，并且能夠表示多種關(guān)系，這些關(guān)系的特征為不協(xié)調(diào)的或不希望的組合或生產(chǎn)參數(shù)或聚糖特性。例如，生產(chǎn)參數(shù)的組合可受到抑制，這是因為它導(dǎo)致了一種不希望的聚糖特性。在一些實施方案中，相關(guān)函數(shù)將針對一個第一生產(chǎn)參數(shù)X1與針對一個第一聚糖特性Y1的值相關(guān)聯(lián)，而且還認(rèn)定以下二者之一或全部一種添加的(例如，第二)聚糖特性Y2(它通過X1發(fā)生改變)；以及一個添加的(例如，第二)生產(chǎn)參數(shù)X2(它能與該第一生產(chǎn)參數(shù)一起使用)，(例如)以調(diào)整(例如，最小化)對一個第二聚糖的特性Y2的全面的作用。這種相關(guān)性是指一個受約束的生產(chǎn)參數(shù)，因為使用X1可要求使用X2以避免一種針對聚糖的特性Y2的不需要的作用。在實施方案中，選擇一個第一生產(chǎn)參數(shù)可對一個第二生產(chǎn)參數(shù)的選擇進(jìn)行約束，并且使一個特定的第二生產(chǎn)參數(shù)的選擇或多或少是有利的，例如，是因為若該第二參數(shù)與(或不與)該第一參數(shù)相結(jié)合，則對在該蛋白上所給與的聚糖特性的一種正面或負(fù)面作用。作為舉例，葡糖胺(XI)的加入與半乳糖基化作用的減少相關(guān)聯(lián)。Xl還與高甘露糖的增加相關(guān)聯(lián)。尿嘧啶核苷(X2)的加入使高甘露糖的增加最小化而沒有消除由X1所介導(dǎo)的半乳糖基化作用的減少。如果半乳糖的減少是所希望的但是高甘露糖的增加不是所希望的，那么X1就受到約束。這種X1-Y1的相關(guān)性或X1-Y1、Y2的相關(guān)性可以將X2認(rèn)定為有待思考或與X1結(jié)合時有待變化的一種額外的生產(chǎn)參數(shù)。多效的相關(guān)函數(shù)多效的相關(guān)函數(shù)能夠反映一個或多個生產(chǎn)參數(shù)對不同的聚糖特征的改變的作用。在一些實施方案中，相關(guān)函數(shù)將X與多種聚糖特性相關(guān)聯(lián)，并且這種關(guān)系是多效的。例如，其中X是針對涉及一個生產(chǎn)參數(shù)的一個要素的值，而Y1和Y2(并且可任選地Y3、Y4、Y5、等等)是涉及這些聚糖特性的要素的每一個值，生產(chǎn)參數(shù)X給予了對至少兩種聚糖特性的不同作用(在一個實施方案中，這些作用處于不同的方向上，例如，一個是增加的，而另一個減少；與之相反，一個進(jìn)行變化(例如，增加或減少)，而另一個不變化)。作為舉例，生產(chǎn)參數(shù)X，將葡糖胺加至培養(yǎng)基中，與半乳糖基化作用(例如，Yl)的減少、巖藻糖基化作用(例如，Y2)的減少、高甘露糖(例如，Y3)的增加、以及雜合結(jié)構(gòu)類(例如，Y4)的增加相關(guān)聯(lián)。糖蛋白分析額外的實施方案在此說明的這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫中的一些包括或涉及額外的步驟，例如，在其中對一種糖蛋白類產(chǎn)品進(jìn)行進(jìn)一步分析的步驟。這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫的一些特定的優(yōu)選實施方案提供如下。在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括分析在所述選擇的生產(chǎn)參數(shù)的組合的條件下所生產(chǎn)的一個氨基酸序列(例如，主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列)，并且將它與一種預(yù)先選擇的指標(biāo)(例如，一種預(yù)先選擇的聚糖特性(例如，聚糖特征)的存在、缺失、或水平)進(jìn)行比較。例如，若這種氨基酸序列與這種指標(biāo)具有一種預(yù)先選擇的關(guān)系(例如，它滿足或未滿足所述指標(biāo))，選擇該組合。在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括基于該糖蛋白是否顯示出這種預(yù)先選擇的關(guān)系，改變所選擇的組合的條件(例如，通過改變生長培養(yǎng)基)。在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括分析在一種選擇的組合的條件下所生產(chǎn)的糖蛋白，并且把它與一種預(yù)先選擇的指標(biāo)(例如，具有一種預(yù)先選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖結(jié)構(gòu)))進(jìn)行比較。如果(例如)這種糖蛋白與所述預(yù)先選擇的指標(biāo)具有一種預(yù)定關(guān)系(例如，它滿足或未滿足所述指標(biāo))，則這種方法包括選擇該組合或由該組合所生產(chǎn)的糖蛋白用于進(jìn)一步分析(例如，另一個參數(shù)的改變(例如，改變生長培養(yǎng)基))。在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括對由這種生產(chǎn)方法所制造的糖蛋白產(chǎn)品進(jìn)行測試以了解它是否具有一種預(yù)先選擇的化學(xué)的、生物學(xué)的、或藥物代謝動力學(xué)的特性。例如，這種方法可以包括比較由具有一種預(yù)先選擇的標(biāo)準(zhǔn)的生產(chǎn)過程所制造的糖蛋白的一種預(yù)先選擇的化學(xué)的、生物學(xué)的、或藥物代謝動力學(xué)的或藥效學(xué)的特性，并且如果所述糖蛋白產(chǎn)品的值與這種預(yù)先選擇的標(biāo)準(zhǔn)具有一種預(yù)先選擇的關(guān)系，則選擇所述糖蛋白產(chǎn)品。在一個實施方案中，將一種糖蛋白產(chǎn)品的一種特性與一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種特性進(jìn)行比較。在此說明的這些方法的實施方案包括針對聚糖特性(例如，聚糖特征)對一種糖蛋白產(chǎn)品(例如，一種主要糖蛋白產(chǎn)品)進(jìn)行分析。這種分析能被作為一種指導(dǎo)用于對生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇或者用于生產(chǎn)一種糖蛋白中。這種分析可以基于通過將從聚糖結(jié)構(gòu)從這種糖蛋白中釋放所產(chǎn)生的信息。在這種背景下，釋放是指從這種糖蛋白的氨基酸部分的全部或至少一些中釋放出來。作為舉例，這種方法可以使用完全的或部分的酶的消化來將聚糖結(jié)構(gòu)(例如，作為單一的糖類或較大的片段)從一種糖蛋白上釋放?？蓪@種已釋放的聚糖結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，例如通過提供一種聚糖模式并將它與一種預(yù)先確定的標(biāo)準(zhǔn)(例如、一種參比的聚糖模式)進(jìn)行比較。如在此所使用，一種聚糖模式是一種或多種聚糖特性的存在(或缺失)的表示。在實施方案中，這種聚糖模式提供了一種或多種聚糖特性的定量確定。這種定量確定能夠以絕對形式、或作為一個標(biāo)準(zhǔn)值的函數(shù)(例如，一個外源性的標(biāo)準(zhǔn)值)、或在這種模式中作為另一種聚糖特性的一個函數(shù)進(jìn)行表達(dá)。作為舉例，聚糖模式的要素可以是來自由一種糖蛋白所衍生的一種聚糖結(jié)構(gòu)(例如，來自一種酶的消化)的峰或其他部分(表示一個或多個種類)?？梢詫@些要素進(jìn)行說明，例如，在限定結(jié)構(gòu)的方面，例如，通過化學(xué)名稱、或通過一種功能特性或物理特性(例如，通過分子量)或通過一種涉及純化或分離的參數(shù)(例如，在柱子或其他分離裝置上的保留時間)。在此說明的方法可被用于制造具有所希望的聚糖特性的一種糖蛋白。這包括對制造這種糖蛋白或其生產(chǎn)的過程進(jìn)行設(shè)計。這種分析可被用于確定一種糖蛋白是否具有選擇的糖蛋白特性或?qū)Υ诉M(jìn)行確認(rèn)。作為舉例，在此說明的方法可被用于監(jiān)測生產(chǎn)過程并且用于選擇生產(chǎn)參數(shù)以細(xì)化一個過程，該過程生產(chǎn)未滿足一個標(biāo)準(zhǔn)值(例如，不具有一種選擇的聚糖特性)的產(chǎn)品。在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括選擇所述糖蛋白產(chǎn)品，用于分類、接受或放棄、發(fā)貨或扣留、加工成藥物產(chǎn)品、運(yùn)送、被移至新的位置、配置、標(biāo)記、包裝、進(jìn)入商業(yè)、供銷售、或用于出售、或?qū)⒂嘘P(guān)糖蛋白產(chǎn)品的信息提交至第三方用于評論或批準(zhǔn)，取決于是否滿足這種預(yù)先選擇的指標(biāo)。在一個實施方案中，在設(shè)計或使用這種生產(chǎn)方法的時候，設(shè)計師或用戶已檢索了(例如，通過查閱政府或商業(yè)性的專利目錄)美國專利的存在，這項專利覆蓋了這種參比糖蛋白產(chǎn)品、或制造或使用這種參比糖蛋白產(chǎn)品的方法。22在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括分析一個目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品以認(rèn)定一種目標(biāo)的聚糖特性的一個步驟(例如，在此處的一種方法的步驟ii之前)。在一個實施方案中，一種方法進(jìn)一步包括在所述選擇的一種或多種條件下對所述主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列進(jìn)行表達(dá)，并且確定這種選擇的一種或多種條件是否與這種糖蛋白中的目標(biāo)的由聚糖限定的特性呈正性相關(guān)。在此說明的這些方法中的任何一種可以包括下列步驟中的一個或多個評估這種糖蛋白產(chǎn)品，例如，評估這種糖蛋白產(chǎn)品的生理化學(xué)參數(shù)(例如，測量這種糖蛋白產(chǎn)品的質(zhì)量(例如，使用SDS-PAGE或尺寸排阻色譜法)、pl、碳水化合物含量、肽的圖譜、蛋白質(zhì)濃度、生物活性)；記錄這種糖蛋白產(chǎn)品的一個或多個參數(shù)的評估，例如，提供針對這種糖蛋白產(chǎn)品的分析的證書；評價這種糖蛋白或其細(xì)胞培養(yǎng)株的過程污染物，例如包括但不局限于內(nèi)毒素含量、無菌試驗、支原體含量、瀝濾液、宿主(例如CHO)細(xì)胞DNA或蛋白質(zhì)污染物；記錄這種糖蛋白或其細(xì)胞培養(yǎng)株的過程污染物；測量這種糖蛋白細(xì)胞培養(yǎng)株的參數(shù)，包括但不局限于這種生產(chǎn)的pH、細(xì)胞活力、生產(chǎn)、滴度、產(chǎn)量、倍增時間、DO、以及溫度；記錄這種細(xì)胞培養(yǎng)株的過程參數(shù)；評價并記錄這種過程介質(zhì)要素，包括原料來源以及材料的批號；測量這種糖蛋白純化的過程參數(shù)，包括但不局限于流速、pH、溫度、產(chǎn)量、過程污染物、柱容積、或洗脫體積；記錄這種純化的過程參數(shù)；并且記錄從在此說明的一個過程所分批制造的一種糖蛋白的批號。選擇生產(chǎn)參數(shù)和聚糖特性額外的實施方案在此說明的這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫中的一些包括或涉及一種聚糖的特性或一個生產(chǎn)參數(shù)的選擇或使用。這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫的一些特定的實施方案被提供如下。在一個實施方案中(例如，在此除的一種方法的步驟iii中)，對生產(chǎn)參數(shù)或其組合進(jìn)行順序選擇。在一個實施方案中(例如，在此處的一種方法的步驟ii中)，這種方法包括認(rèn)定至少2、3、4、5種目標(biāo)的聚糖特性。在一個實施方案中(例如，在此處的一種方法的步驟iii中)，這種方法包括對生產(chǎn)參數(shù)的組合進(jìn)行選擇，這種組合與一種目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)。在一個實施方案中，例如在至少1個或2個主要生產(chǎn)參數(shù)的組合、或至少1個或2個次要生產(chǎn)參數(shù)的組合、或至少一個主要和一個第二參數(shù)的組合中進(jìn)行選擇。在一個實施方案中，對一個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇以給予一種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種功能特性)，它不同于一種主要糖蛋白產(chǎn)品所對應(yīng)的聚糖特性。在一個實施方案中，一種聚糖特性是一種糖蛋白的一種功能特性，例如，血清半衰期、受體結(jié)合親和力、或免疫原性(在不是免疫原性的一個實施方案中)。在一個實施方案中，一種聚糖特性是一種聚糖特征，即一種結(jié)構(gòu)特性。示例性的聚糖特征包括一個化學(xué)單元的存在、缺失、或量值;一個化學(xué)單元的一個組分(例如，一個硫酸根、磷酸根、乙酸根)的存在、缺失、或量值；在一個潛在的糖基化位點上或貫穿整個蛋白的異質(zhì)性或微異質(zhì)性(例如，一種蛋白質(zhì)的潛在的糖基化作用位點的占據(jù)程度(例如，在一種糖蛋白產(chǎn)品中在兩個或更多的特定的蛋白主鏈之間的相同的潛在糖基化作用位點的占據(jù)程度、以及相對于在一種蛋白主鏈上的一種不同的潛在糖基化作用位點，在相同的蛋白主鏈上的一個潛在的糖基化作用位點的占據(jù)程度)；一個分支(例如，二等分的GlcNAc磷酸甘露糖結(jié)構(gòu)的存在、缺失、或量值)或無分支的聚糖的核心結(jié)構(gòu)；一種聚糖結(jié)構(gòu)(例如，一種復(fù)合物(例如，雙觸角的、三觸角的、四觸角的(tetrantennary)、等等)、一種高甘露糖、或一種雜合聚糖結(jié)構(gòu))的存在、缺失、或量值；在一種聚糖內(nèi)的一個化學(xué)單元的相對位置(例如，一個末端或次末端的化學(xué)單元的存在、缺失或量值)；以及多個化學(xué)單位之間的關(guān)系(例如，多個化學(xué)單位、異構(gòu)體、以及分支點之間的連接)。在一個實施方案中，一種目標(biāo)的聚糖特性是選自下組，其構(gòu)成為半乳糖基化作用、巖藻糖基化作用、高甘露糖、唾液酸化作用、以及它們的組合。在一個實施方案中，對至少l、2、3、4、或更多個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行順序選擇，例如，基于在一個單一的生產(chǎn)參數(shù)與一種聚糖特征之間的一種相關(guān)性對各個參數(shù)進(jìn)行選擇。在一個實施方案中，在一個第一生產(chǎn)參數(shù)的選擇與一個第二生產(chǎn)參數(shù)的選擇之間，針對在一個氨基酸序列上(例如，這種主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列)給予一種選擇的聚糖特性(例如，通過該數(shù)據(jù)庫與該第一生產(chǎn)參數(shù)相關(guān)聯(lián)的一種聚糖特征)的能力，對該第一生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行了測試。在優(yōu)選的實施方案中，在一個第二生產(chǎn)參數(shù)的選擇與一個第三生產(chǎn)參數(shù)的選擇之間，針對在一個氨基酸序列上(例如，這種主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列)給予一種選擇的聚糖特性(例如，通過該數(shù)據(jù)庫與該第二生產(chǎn)參數(shù)相關(guān)聯(lián)的一種聚糖特征)的能力，對該第二生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行了測試。在一個實施方案中，對2、3、4或更多個生產(chǎn)參數(shù)同時進(jìn)行選擇，例如，基于在生產(chǎn)參數(shù)的組合與一種聚糖特性之間的一種相關(guān)性對生產(chǎn)參數(shù)的組合進(jìn)行選擇。在一個實施方案中，一種方法包括(例如，在步驟iii中)以一種順序的方式進(jìn)行選擇，i)來自所述數(shù)據(jù)庫的一個第一生產(chǎn)參數(shù)(例如，一種主要生產(chǎn)參數(shù)(例如，涉及一個細(xì)胞系、一個過程或生物反應(yīng)器變量(例如，分批、補(bǔ)料分批、或灌注)，一個純化過程、或一種配制品的一個參數(shù))，所述數(shù)據(jù)庫包括在所述第一生產(chǎn)參數(shù)與在由包括所述第一生產(chǎn)參數(shù)的一個過程中所制造的一種蛋白上所給予的一種選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)之間的一種相關(guān)性；并且ii)來自所述數(shù)據(jù)庫的一個第二生產(chǎn)參數(shù)，例如一個次要生產(chǎn)參數(shù)，所述數(shù)據(jù)庫包括在所述次要生產(chǎn)參數(shù)與在由包括所述第二生產(chǎn)參數(shù)的一個過程中所制造的一種蛋白上所給予的一種選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)之間的一種相關(guān)性。在一個實施方案中，一種方法包括將l、2、3、或更多個主要生產(chǎn)參數(shù)的選擇散布于i、2、3、或更多個次要生產(chǎn)參數(shù)中或跟隨著對這些參數(shù)進(jìn)行選擇。在一個實施方案中，在這種生產(chǎn)方法中的一個步驟是通過選擇來自一個數(shù)據(jù)庫的與具有所述預(yù)先選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)的糖蛋白的生產(chǎn)相關(guān)聯(lián)的一個生產(chǎn)參數(shù)而進(jìn)行確定。在一個實施方案中，在這種生產(chǎn)方法中的一個步驟是通過選擇來自一個數(shù)據(jù)庫的一個生產(chǎn)參數(shù)而進(jìn)行測定，在該數(shù)據(jù)庫中多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合(例如，至少2、5、10、20、30、40或更多個參數(shù)或參數(shù)的組合中的每一種與具有所述預(yù)先選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)的糖蛋白的生產(chǎn)相關(guān)聯(lián)，當(dāng)所述參數(shù)或參數(shù)的組合被結(jié)合至用于制造這種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法中時。在一個實施方案中，對一個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇以給予一種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種功能特性)，該特性與所述主要糖蛋白產(chǎn)品的相對應(yīng)的聚糖特性相同或與其相似。在一個實施方案中，這種生產(chǎn)方法不同于用于制造所述主要糖蛋白產(chǎn)品的一種公開的方法。在一個實施方案中，對一個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇，該生產(chǎn)參數(shù)是與將一種聚糖特征(是在這種糖蛋白產(chǎn)品上發(fā)現(xiàn)的)給予到一個氨基酸序列上相關(guān)聯(lián)的、或與一種聚糖特征相關(guān)聯(lián)，它是一個中間體，并且它與在所表達(dá)的糖蛋白產(chǎn)品上(最終)存在的一種選擇的聚糖特征是正相關(guān)的。在一個實施方案中，對一個生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇以給予一種目標(biāo)的聚糖特性(例如，一種功能特性)，它不同于所述主要糖蛋白產(chǎn)品的相對應(yīng)的聚糖特性。在一個實施方案中，一種方法包括選擇由這種糖蛋白產(chǎn)品所要求的聚糖特性，并接著選擇這些生產(chǎn)參數(shù)(例如，在此處說明的一種方法的d)中所選擇的那些)來提供所要求的聚糖特性。在一個實施方案中，一種方法包括選擇生產(chǎn)參數(shù)的組合，這種組合與一種目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)。示例性的糖蛋白和特性在此說明的這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫中的一些包括或涉及一種改進(jìn)的糖蛋白產(chǎn)品，選擇制造一種改進(jìn)的糖蛋白產(chǎn)品的方法，或制造一種改進(jìn)的糖蛋白產(chǎn)品的方法。這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫的一些特定的優(yōu)選實施方案被提供如下。在一個實施方案中，這種糖蛋白產(chǎn)品是具有一種預(yù)先選擇的聚糖的特性的一種已改變的(或下一代)糖蛋白產(chǎn)品，并且其中步驟b)包括選擇一種或多種聚糖特性作為所述目標(biāo)聚糖的一種或多種特性，并且其中所述目標(biāo)聚糖的一種或多種特性不同于所述主要糖蛋白產(chǎn)品的相對應(yīng)的一種或多種特性，例如它們在針對一種受體的親和力或附連在預(yù)先選擇的位點上的聚糖結(jié)構(gòu)的非均質(zhì)程度而有所不同。在一個實施方案中，這種生產(chǎn)方法導(dǎo)致了具有與所述主要糖蛋白靶相比一種不同的聚糖特征或多種不同的聚糖特征。在一個實施方案中，這種目標(biāo)的聚糖特性是血清半衰期，它比這種主要糖蛋白產(chǎn)品的血清半衰期更長或更短。在一個實施方案中，一種目標(biāo)的聚糖特性是血清半衰期，它與這種主要糖蛋白產(chǎn)品的血清半衰期更長或更短。在此說明的這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫中的一些包括或涉及一種主要糖蛋白產(chǎn)品的分析。這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫的一些特定的優(yōu)選實施方案被提供如下。在一個實施方案中，一種方法包括提供了以下信息，這種信息由將這種主要糖蛋白產(chǎn)品經(jīng)受在此說明的一種或多種分析方法以提供一種聚糖特性(例如，一種聚糖特征)所引起的。這種分析方法可以被施用至這種主要糖蛋白產(chǎn)品(例如，可商購的主要糖蛋白產(chǎn)品)的一個或多個樣品上。這種分析方法可以被施用至這種主要糖蛋白產(chǎn)品(例如，可商購的主要糖蛋白產(chǎn)品)的一個或多個生產(chǎn)批號上。在一個實施方案中，這種主要糖蛋白產(chǎn)品和這種糖蛋白產(chǎn)品具有完全相同的氨基酸序列。在一個實施方案中，這種主要糖蛋白產(chǎn)品和這種糖蛋白產(chǎn)品相差高達(dá)l、2、3、4、5、10、或20個氨基酸殘基。在一個實施方案中，這種主要糖蛋白產(chǎn)品選自表I。數(shù)據(jù)庫額外的實施方案在此對數(shù)據(jù)庫、以及包括使用數(shù)據(jù)庫的方法和系統(tǒng)進(jìn)行說明。這些數(shù)據(jù)庫中的一些特定的優(yōu)選實施方案被提供如下。在優(yōu)選的實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫具有最少5、10、20、30、40、50、100、150、200、250項相關(guān)性記錄。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫提供在一個第一生產(chǎn)參數(shù)(或生產(chǎn)參數(shù)的組合)與在由包括所述第一參數(shù)的一個過程中所制造的一種蛋白上所給予的一種選擇的聚糖特性(例如，聚糖特征)之間的一種相關(guān)性；在一個第二生產(chǎn)參數(shù)(或生產(chǎn)參數(shù)的組合)與在由包括所述第二參數(shù)的一個過程中所制造的一種蛋白上所給予的所述選擇的聚糖特性(例如，聚糖特征)之間的一種相關(guān)性；以及對這種數(shù)據(jù)庫進(jìn)行配置以便允許在該第一與第二參數(shù)之間進(jìn)行選擇。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫提供在用于制造所述糖蛋白產(chǎn)品的過程中一個第一和第二生產(chǎn)參數(shù)(或各自的組合)的組合的使用與在由所述組合過程所制造的一種蛋白上所給予的所述選擇的聚糖特征之間的一種相關(guān)性；并且就將一種選擇的聚糖特性(例如，聚糖特征)加至一種蛋白質(zhì)中而言，允許提供有關(guān)對加入該第一或第二生產(chǎn)參數(shù)(或各自的組合)對其他生產(chǎn)參數(shù)(或各自的組合)的作用的信息。在一個實施方案中，對一個數(shù)據(jù)庫進(jìn)行配置以便允許作出以下決定在一種糖蛋白產(chǎn)品的生產(chǎn)中是否包括該第一、第二、或這兩個生產(chǎn)參數(shù)。在一個實施方案中，將一個數(shù)據(jù)庫配置為允許理解對一個第一生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇約束了一個第二生產(chǎn)參數(shù)的選擇，并且使一種特定的第二生產(chǎn)參數(shù)的選擇或多或少是有利的，例如，是因為若該第二參數(shù)與該第一參數(shù)相組合，則在該蛋白上所給予的聚糖特性的一種正面或負(fù)面作用。在一個實施方案中，這種數(shù)據(jù)庫包括一種、兩種、三種、或所有可調(diào)的、非線性的、多效的、或受約束的相關(guān)性。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括i)在一個第一和第二生產(chǎn)參數(shù)與在一種蛋白上所給予的一個第一選擇的聚糖特征之間的一種相關(guān)性，該蛋白是由包括所述第一和第二(而不是一個第三)生產(chǎn)參數(shù)的一種方法所制造的ii)在所述第一和第三生產(chǎn)參數(shù)與在一種蛋白上所給予的所述第一選擇的聚糖特征之間的一種相關(guān)性，該蛋白是由包括所述第一和第三(而不是所述第二)生產(chǎn)參數(shù)的一種方法所制造的；并且允許將(1)在由包括該第一和第二(而不是所述第三)生產(chǎn)參數(shù)的一種方法所制造的一種蛋白上的一個第一選擇的聚糖特征的存在與(2)在由包括該第一和第三而不是第二生產(chǎn)參數(shù)的一種方法所制造的一種蛋白上的一個第一選擇的聚糖特征的存在進(jìn)行比較，并且并且根據(jù)所述第一選擇的聚糖特征的存在的最佳化進(jìn)一步允許在i的組合與ii的組合之間的一種選擇。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括將一個第一屬類的生產(chǎn)參數(shù)的多個種類中的每一個(例如，一種細(xì)胞類型的變體(例如，多個CHO細(xì)胞，這些細(xì)胞具有不同的插入部位、插入物的拷貝數(shù)、或涉及到糖基化作用(glycoslyation)的基因)與在由包括使用該種類的一種方法所制造的一種蛋白上所給予的一種聚糖特性(例如，聚糖特性)相關(guān)聯(lián)；以及將一個第二屬類的生產(chǎn)參數(shù)的多個種類中的每一個(例如，發(fā)酵變體(例如，多種發(fā)酵條件如細(xì)胞密度、分批處理、灌注處理、連續(xù)處理)與在由包括使用該種類的一種方法所制造的一種蛋白上所給予的一種聚糖特性(例如，一種聚糖特征)相關(guān)聯(lián)。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括在一個第一生產(chǎn)參數(shù)的一個第一種類與一個第二生產(chǎn)參數(shù)的一個第一種類的組合與在由包括組合的一種方法所制造的一種蛋白上所給予的一種聚糖特性(例如，一種聚糖特征)之間的一種相關(guān)性；在一個第一生產(chǎn)參數(shù)的一個第二種類與一個第二生產(chǎn)參數(shù)的第一或一個第二種類的組合與在由包括組合的一種方法所制造的一種蛋白上所給予的一種聚糖特性(例如，一種聚糖特征)之間的一種相關(guān)性;并且允許在(1)一個第一屬類的生產(chǎn)參數(shù)的第一種類(例如，一種CHO細(xì)胞，在一個第一位點上具有插入物)與一個第二屬類的生產(chǎn)參數(shù)的一個第一種類(例如，分批處理進(jìn)行發(fā)酵)的組合與(2)該第一屬類的生產(chǎn)參數(shù)的一種不同物種(例如，一種CHO細(xì)胞，在一個第二位點上具有插入物)與該所述第二屬類的生產(chǎn)參數(shù)的一種物種(例如，連續(xù)處理的發(fā)酵)的組合之間進(jìn)行比較(并選擇)。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括在生產(chǎn)參數(shù)的組合與在由包括所述生產(chǎn)參數(shù)的組合的過程中所制造的一個蛋白上所給予的一種選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)之間的一種相關(guān)性，例如其中生產(chǎn)參數(shù)的組合包括一種細(xì)胞和培養(yǎng)基。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括在處于多種培養(yǎng)條件中的每一種之下所培養(yǎng)的一種細(xì)胞(例如，在一個第一、第二、以及第三培養(yǎng)基的每一種中所培養(yǎng)的所述細(xì)胞)與在由包括處于所述培養(yǎng)條件之一之下所培養(yǎng)的所述細(xì)胞的過程中所制造一種蛋白上所給予的一種選擇的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)之間的相關(guān)性，例如其中一種選擇的細(xì)胞類型(例如，CHO細(xì)胞)可以培養(yǎng)在多種培養(yǎng)基中，并且每種細(xì)胞/條件組合與相同或不同的聚糖特性(例如，一種聚糖特征)的發(fā)生率相關(guān)聯(lián)。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括在處于多種條件下所培養(yǎng)的多種細(xì)胞的每一種(例如，在一個第一、第二、以及第三培養(yǎng)基中所培養(yǎng)的一個第一細(xì)胞類型、在該第一、第二、以及第三培養(yǎng)基中所培養(yǎng)的一個第二細(xì)胞類型、以及在該第一、第二、以及第三培養(yǎng)基中所培養(yǎng)的一個第三細(xì)胞類型)與在由包括一種細(xì)胞/條件組合的過程中所制造的一種蛋白上所給予的一種選擇的聚糖特性(例如，聚糖特征)之間的相關(guān)性，。在一個實施方案中，一個數(shù)據(jù)庫包括在多種培養(yǎng)基(細(xì)胞/條件的組合)中所培養(yǎng)的幾種選擇的細(xì)胞類型(例如，不同株或基因型的CHO細(xì)胞)的每一種與一種聚糖特性(例如，一種聚糖特征)的發(fā)生率之30間的相關(guān)性。示例性的糖蛋白產(chǎn)品在另一方面，本發(fā)明的特征為由在此說明的一個過程(例如，制造一種糖蛋白的過程或選擇用于制造一種糖蛋白的一種方法的步驟的過程)所制造的一種糖蛋白產(chǎn)品或一種糖蛋白產(chǎn)品的制備品(例如，一種藥物制劑)。在一個實施方案中，這種糖蛋白產(chǎn)品具有來自表I的一種蛋白的氨基酸序列，或者與來自表I的蛋白僅僅相差l、2、3、4、或5個氨基酸殘基。在一個實施方案中，這種糖蛋白產(chǎn)品與來自表I的蛋白相差至少一種聚糖特征。在另一方面、本發(fā)明的特征為一種糖蛋白產(chǎn)品或一種糖蛋白產(chǎn)品的制備品(例如，一種藥物制劑)，具有來自表I的蛋白的氨基酸序列，或與來自表I的蛋白僅僅相差l、2、3、4、或5個氨基酸殘基，其中所述糖蛋白產(chǎn)品與在表II中所列的來自所述蛋白的商業(yè)制備品相差一種或多種聚糖特征。在一個實施方案中，這種糖蛋白產(chǎn)品或一種糖蛋白產(chǎn)品的制備品(例如，一種藥物制品劑)與來自表I的相對應(yīng)的蛋白相比，具有一種或多種或多或少的巖藻糖基化作用、或多或少的半乳糖基化作用、或多或少的高甘露糖結(jié)構(gòu)、或多或少的雜合結(jié)構(gòu)、或多或少的唾液酸化作用。在另一方面，本發(fā)明的特征為生產(chǎn)一種蛋白的一種方法，該蛋白具有通過調(diào)整來自表n的一個生產(chǎn)參數(shù)而選自表n的一種調(diào)整量的一種聚糖特征，包括選擇所述聚糖特征的一種參比水平，例如在一種預(yù)先選擇的糖蛋白(例如，一種目標(biāo)的糖蛋白)上發(fā)現(xiàn)的水平；針對來自表II的一個參數(shù)選擇一個值以提供所述聚糖特征(例如，如與該參比水平迸行比較)的一種調(diào)整的水平；并且將選擇的參數(shù)施用至用于制造具有一種調(diào)整量的所述聚糖特征的蛋白的過程中。在另一方面，本發(fā)明的特征為生產(chǎn)一種蛋白的一種方法，該蛋白具有一種預(yù)先選擇的水平的通過調(diào)整來自表II的一個生產(chǎn)參數(shù)的來自表III的一種功能或生物學(xué)特性，包括選擇一種參比水平的所述生物學(xué)特性，例如在一種預(yù)先選擇的糖蛋白上發(fā)現(xiàn)的水平；針對來自表II的一個參數(shù)選擇一個值以提供一種經(jīng)調(diào)整的水平的所述聚糖特征，它調(diào)整了生物特性。將選擇的參數(shù)施用至用于制造帶有一個調(diào)節(jié)量的所述功能或生物特性的蛋白的過程中額外的實施方案在另一方面，本發(fā)明的特征為在一種信息載體上實體體現(xiàn)的一種計算機(jī)程序產(chǎn)品，并且包括在通過一個處理器進(jìn)行在此說明的一種方法時所運(yùn)行的指令。在此說明的這些方法、數(shù)據(jù)庫、以及系統(tǒng)能夠與多種的糖蛋白(包括糖肽)一起使用。這些包括自然發(fā)生的以及非自然發(fā)生的糖蛋白。代表性的糖蛋白包括抗體(例如，IgG、IgM)、人的、人源化的、移植的、以及嵌合體的抗體、以及它們的片段；融合蛋白(例如，包括人(或其他)抗體結(jié)構(gòu)域(例如，F(xiàn)C或恒定區(qū)結(jié)構(gòu)域)的融合；生長因子；激素；以及由在表I所列的一種蛋白所代表的蛋白的任何類別。如在此所使用，術(shù)語"數(shù)據(jù)庫"涉及大量的數(shù)據(jù)。典型地，對它進(jìn)行組織這樣它的含量能夠很容易進(jìn)行存取、管理、并更新。在優(yōu)選的實施方案中，對這種該數(shù)據(jù)庫進(jìn)行配置或管理以確保其完整性和質(zhì)量，以便將超過在此說明的記錄的含量最小化，并且以便允許受控的存取。將這種數(shù)據(jù)庫展現(xiàn)或存儲在一種媒介上。這種媒介可以是，例如一種傳統(tǒng)的紙質(zhì)媒介或其他媒介，它展示了打印的或手寫的符號，這些符號可由人類直接進(jìn)行使用(例如，無需計算機(jī)的幫助)。這種數(shù)據(jù)庫可以存在一套打印的表格、或一種卡片式目錄，它們(例如)顯示了生產(chǎn)參數(shù)與聚糖特征的關(guān)系。這種數(shù)據(jù)庫還可以展現(xiàn)或存儲在電子性或其他的計算機(jī)可讀的形式中。這些實施方案可在從簡單的空白表格程序至更為復(fù)雜的實施方案的范圍內(nèi)。這種數(shù)據(jù)庫不需要儲存在200880016853.7個單一的表格或書中，或在一個單一的計算機(jī)或網(wǎng)絡(luò)上)。一個數(shù)據(jù)庫(例如)可以將如以上所述的一種傳統(tǒng)媒介與一種計算機(jī)可讀的媒介相結(jié)合。典型地，這種數(shù)據(jù)庫將包含大量的記錄，其中每項記錄通過一種相關(guān)函數(shù)將一個生產(chǎn)參數(shù)與一種聚糖特性相關(guān)聯(lián)?？梢园凑斩喾N方式對這種數(shù)據(jù)庫進(jìn)行組織，例如作為一種關(guān)系性數(shù)據(jù)庫。典型地，這種數(shù)據(jù)庫處于一種格式中，可以通過對每個數(shù)據(jù)庫而言特異的技術(shù)針對特異的信息或記錄對其進(jìn)行搜索。一種計算機(jī)數(shù)據(jù)庫典型地是儲存在一臺或多臺計算機(jī)上的大量結(jié)構(gòu)化的記錄，這樣一個程序可以査閱它來回答査詢。關(guān)系性數(shù)據(jù)庫連同用于查詢的界面以及查詢結(jié)果是特別優(yōu)選的。對關(guān)系性數(shù)據(jù)庫的本體論進(jìn)行映射制圖允許構(gòu)建在此說明的方法中有用的相關(guān)性。雖然一些實施方案可檢索來自可公開訪問的信息，在此類實施方案中所使用的數(shù)據(jù)庫通常還將包括至少l、2、5、10、20、或50種相關(guān)性，這些相關(guān)性不存在于可公開訪問的信息中或者這些相關(guān)性并非從可公開訪問的信息中進(jìn)行檢索，例如在此類實施方案中這種數(shù)據(jù)庫可包括至少l、2、5、10、20、50或更多種非線性的、多效的(plietr叩ic)、或受約束的相關(guān)性?？晒_訪問的信息可包括來自一種可公開訪問的數(shù)據(jù)庫(如PubMed)的信息。在一個實施方案中，在此說明的一個數(shù)據(jù)庫包括至少l、2、5、10、20、或50種相關(guān)性，這些相關(guān)性不是在可公開訪問的信息中，例如不是在已公開的文件中。確定一種相關(guān)性是否是可公開訪問的(例如，在一種已公開的文件或數(shù)據(jù)庫中)是由一種非臨時申請(從該申請中本專利所要求的優(yōu)先權(quán))的最早的美國申請曰來完成的。在這個文件所使用的標(biāo)題是為了容易進(jìn)行閱讀并且應(yīng)當(dāng)不用來限制所說明的這些實施方案。附圖的簡要說明現(xiàn)在對這些附圖進(jìn)行說明。圖l是計算裝置和系統(tǒng)的框圖。圖2是來自在CH0細(xì)胞中所產(chǎn)生的人類IgG的聚糖模式的一種代表性的色譜圖的描述。人類IgG是從CHO細(xì)胞中產(chǎn)生的，在用NP-HPLC進(jìn)行解析之前對其進(jìn)行分離、釋放聚糖、分離、并且進(jìn)行熒光標(biāo)記。圖3是來自在獨(dú)特的處理條件下在CHO細(xì)胞中產(chǎn)生的人類IgG的聚糖模式的描述。人類IgG是由在升高的尿嘧啶核苷、葡糖胺、或二者皆存在的條件下所培養(yǎng)的CHO細(xì)胞產(chǎn)生的。在用NP-HPLC進(jìn)行解析之前，對這種IgG進(jìn)行分離，釋放聚糖、分離、并且迸行熒光標(biāo)記。對于在升高的尿嘧啶核苷、葡糖胺、或二者皆存在的條件下所產(chǎn)生的IgG的正常化數(shù)據(jù)的總結(jié)如所示進(jìn)行顯示。這些數(shù)據(jù)是復(fù)本決定簇的代表并且被表達(dá)為總峰面積的百分?jǐn)?shù)(％)。本發(fā)明的其他特征與優(yōu)點從以下詳細(xì)說明、以及權(quán)利要求中應(yīng)當(dāng)很清楚。詳細(xì)說明聚糖的特征在此說明的這些方法包括選擇一種或多種生產(chǎn)參數(shù)來生產(chǎn)具有一種或多種預(yù)先選擇的聚糖特性的糖蛋白。如在此所使用，一種聚糖特性涉及(1)由在一種蛋白上的一種聚糖結(jié)構(gòu)所給予或限定的一種功能特性或者(2)—種結(jié)構(gòu)特性(在此指一種"聚糖特征")。一種預(yù)先選擇的功能活性可以與一種或多種聚糖特征相關(guān)聯(lián)，并且基于這種相關(guān)性，考慮到生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合導(dǎo)致了具有這種預(yù)先選擇的聚糖特征以及由此的功能活性的一種糖蛋白，可以做出一個決定?？梢赃M(jìn)行選擇的活性包括但是不局限于血清半衰期、清除率、活體外或體內(nèi)的穩(wěn)定性(保質(zhì)期)、結(jié)合親和性、組織分布以及靶向性、毒性、免疫原性、吸收率、清除率、三維結(jié)構(gòu)、代謝、以及生物利用率。作為在此使用的一種"聚糖特征"包括一個化學(xué)單元的存在、缺失、或量值；一個化學(xué)單元的一個組分(例如，硫酸根、磷酸根、醋酸根、羥乙?；⒈?、以及任何其他的垸基基團(tuán)修飾)的存在、缺失、或量值；在一個潛在的糖基化作用位點上或貫穿整個蛋白質(zhì)中的異質(zhì)性或微異質(zhì)性，例如蛋白質(zhì)的潛在糖基化作用位點的占據(jù)程度(例如，在一種糖蛋白產(chǎn)品中的兩個或更多特定的蛋白主鏈之間的相同的潛在糖基化作用位點的占據(jù)程度、以及相對于在一個蛋白主鏈上的一種不同的潛在糖基化作用位點在相同的蛋白主鏈上的一種潛在糖基化作用位點的占據(jù)程度)；一種分支的(例如，二等分的GlcNAc或磷酸甘露糖結(jié)構(gòu)的存在、缺失、或量值)或無分支的聚糖結(jié)構(gòu)；一種聚糖結(jié)構(gòu)(例如，一種復(fù)合物(例如雙觸角、三觸角、四觸角(tetrantennary)、等等)、一種高甘露糖、或一種雜合聚糖結(jié)構(gòu))的存在、缺失、或量值;在一種聚糖之內(nèi)的一個化學(xué)單元的相對位置(例如，一個末端或次末端的化學(xué)單元的存在、缺失、或量值)；這種聚糖的化學(xué)組成(例如，在一種特定的聚糖中這些巖藻糖組分的量值以及比率)；以及多個化學(xué)單位之間的關(guān)系(例如，在多個化學(xué)單位、異構(gòu)體、以及分支點之間的連接)。在實施方案中，作為舉例，一種聚糖特征可以是來自衍生于一種糖蛋白的聚糖結(jié)構(gòu)(例如，來自一種酶的消化)的峰或其他部分(表示一個或多個種類)。對一種聚糖特征可以進(jìn)行說明，例如在限定結(jié)構(gòu)的方面，例如通過化學(xué)名稱、或通過一種功能特性或物理特性(例如，通過分子量)或通過一種涉及純化或分離的參數(shù)(例如，在柱子或其他分離裝置上的峰的保留時間)。如在此所使用的一種"化學(xué)單位"是碳、氫、氧的一種化合物，其中后兩種元素的原子是處于2:1的比率例。一個化學(xué)單元可以是(例如)一種多元醇的醛或酮的衍生物，特別是五元(pantahydric)醇以及六元醇?；瘜W(xué)單位的實例包括單糖(如半乳糖、巖藻糖、唾液酸、甘露糖、葡萄糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)以及核糖、連同它們的衍生物以及類似物。不同的單糖的衍生物是己知的。例如，唾液酸涵蓋了超過三十種帶有形成的核心結(jié)構(gòu)的N-乙酰神經(jīng)氨酸以及N-羥乙酰神經(jīng)氨酸的衍生物。合成的神經(jīng)節(jié)苷脂衍生物說明于美國專利號5,567,684中；二價的唾液酸基衍生的糖類說明于美國專利號5,559，103中。2-脫氧-2，3-二脫氫-N-乙?；窠?jīng)氨糖酸的衍生物和類似物說明于美國專利號5,360,817中。唾液酸類似物的實例包括在功能上模擬唾液酸，但是不被內(nèi)源的宿主細(xì)胞唾液酸酶所識別的那些唾液酸類似物。參與唾液酸代謝的唾液酸轉(zhuǎn)移酶和其他酶類經(jīng)常識另U"非自然的"或"經(jīng)修飾的"單糖的底物(Kosaetal.，Biochem.Biophys.Res.Commun.,190,914，1993;FitzandWong,J.,Org.Chem"59,8279,1994;Shamesetal.,Glycobiology，1,187,1991;Sparksetal.，Tetrahedron,49,1，1993;Linetal.，J.Am.Chem,Soc.,114，10138,1992)。單糖類似物的其他實例包括但是不局限于N-levulinoyl甘露糖胺(ManLev)、Neu5Aca-甲基糖苷、Neu5AcP-甲基糖苷、Neu5Aca-節(jié)基糖苷、Neu5AcP-節(jié)基糖苷、Neu5Aca-甲基糖苷甲酯、Neu5Acot-甲酯、9-0-乙酰-N-乙酰神經(jīng)氨酸、9-0-乳酰-N-乙酰神經(jīng)氨酸、N-疊氮乙酰甘露糖胺以及它的O-乙?；淖凅w、以及Neu5Aca-乙基硫糖苷。此外，唾液酸類似物的實例和可用于產(chǎn)生此種類似物的方法傳授于美國專利號5，759,823和美國專利號5,712,254中。其他單糖的衍生物或類似物的實例包括單糖的脒、氨基腙以及偕胺肟的衍生物(美國專利號5,663，355)、1,3,4，6-四-0-乙酰-N-?；事短前坊蚱溲苌?、在糖基環(huán)中具有5個或6個碳原子的糖類或氨基糖的類似物或衍生物(包括醛糖、脫氧阿洛糖、以及酮類，不考慮這些不對稱碳的鍵的方向或構(gòu)型。這包括多種化學(xué)單位，如核糖、阿拉伯糖、木糖、來蘇糖、阿洛糖、阿卓糖、葡萄糖、艾杜糖、半乳糖、塔羅糖、核酮糖、木酮糖、阿洛酮糖、N-乙酰葡糖胺、N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰甘露糖胺、N-乙酰神經(jīng)氨酸、果糖、山梨糖、塔格糖、鼠李糖、以及巖藻糖。示例性的單糖的類似物和衍生物衍生于葡萄糖、N-乙酰葡糖胺、半乳糖、N-乙酰半乳糖胺、甘露糖、巖藻糖、以及唾液酸，如(例如)在美國專利號5,759，823中所傳授。一種聚糖特征可以包括一個化學(xué)單元的不同的衍生物或類似物的存在、缺失、或量值。例如，這種聚糖特征可以是N-乙?；窠?jīng)氨糖酸的缺失、存在、或量。如在此所使用的一種"聚糖結(jié)構(gòu)"涉及至少兩個彼此相連的化學(xué)單位。包括了任何一種連接(包括共價的和非共價的連接)。一種聚糖特征可以進(jìn)一步是進(jìn)行以下比較分別相對于另一個化學(xué)單元，一個化學(xué)單元的另一個組分或另一種聚糖結(jié)構(gòu)的存在、缺失、或量值的一個化學(xué)單元、或一個化學(xué)單元的組分或一種聚糖結(jié)構(gòu)的存在、缺失、或量值。例如，可對相對于巖藻糖的存在、缺失、或量值的唾液酸的存在、缺失、或量進(jìn)行確定值。在其他實例中，可將一種唾液酸(如N-乙酰神經(jīng)氨酸)的存在、缺失、或量值與(例如)一種唾液酸衍生物(如N-羥乙酰神經(jīng)氨酸)的缺失、存在、或量值進(jìn)行比較。如在此所使用的一種相關(guān)函數(shù)提供了一種函數(shù)，該函數(shù)定義了(例如，在一個數(shù)據(jù)庫中)一個或多個生產(chǎn)參數(shù)與一種或多種聚糖特性之間的關(guān)系。在一個實施方案中，一個生產(chǎn)參數(shù)與一種聚糖特性相關(guān)聯(lián)。這種相關(guān)函數(shù)能夠體現(xiàn)一個常數(shù)值，例如在一個生產(chǎn)參數(shù)的存在或使用與在一種糖蛋白上所給予的一種聚糖特性之間呈正性相關(guān)的情況下的一個正性常數(shù)值。實施方案還包括那些，其中多種種類的生產(chǎn)參數(shù)(例如，一種指明的添加劑的不同濃度)各自被指定一個不同的相關(guān)常數(shù)，這些相關(guān)常數(shù)每個均具有一個不同的常數(shù)值。例如，在一個生產(chǎn)參數(shù)(如葡糖胺，可將它加至處于不同濃度下的培養(yǎng)條件中)以及具有巖藻糖殘基的聚糖特性的情況下，這種數(shù)據(jù)庫可包括濃度l與聚糖水平1之間、濃度2與聚糖水平2之間、等等的相關(guān)性。這種相關(guān)函數(shù)還可以是"可調(diào)的"，例如它(或其輸出)可以(例如)根據(jù)一種函數(shù)以一種線性的或非線性的方式在輸入值的范圍內(nèi)發(fā)生變化。例如，這種相關(guān)函數(shù)能夠體現(xiàn)一種函數(shù)，該函數(shù)將X與Y相關(guān)聯(lián)，其中X是涉及一個生產(chǎn)參數(shù)的一些要素的值，而Y是涉及該聚糖特性的一些要素的值(在一些實施方案中，X是輸入項，而Y是輸出項，在其他實施方案中，Y是輸入項，而X是輸出項)。例如，在這種生產(chǎn)參數(shù)是在培養(yǎng)基中存在一種添加劑(例如，葡糖胺)的情況下，X是被加至該培養(yǎng)基中的葡糖胺的濃度的值。Y可以是被加至一種蛋白的巖藻糖的量的值，該蛋白在使用濃度為X的葡糖胺的一種方法中得以制造。在這個實施方案中，這種相關(guān)函數(shù)將葡糖胺的濃度的值(例如，一個輸入值)涉及至在該糖蛋白上的巖藻糖基部分的量的值(例如，一個輸出值)。當(dāng)X的值增加時，Y的值會根據(jù)將X與Y進(jìn)行關(guān)聯(lián)的相關(guān)函數(shù)而發(fā)生變化，并且在增加葡糖胺的情況下，該輸出值會降低。因此，當(dāng)葡糖胺的量增加時，這種相關(guān)函數(shù)指示較低的量的巖藻糖基化作用。在可改變X的值并觀察對Y的影響的意義上，此類相關(guān)函數(shù)是可調(diào)的。這允許對該生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行調(diào)整以獲得一種所希望的聚糖特性。這種方法還允許對Y進(jìn)行改變以觀察對X的影響?？梢詫ι婕癤和Y的函數(shù)進(jìn)行確定，例如通過經(jīng)驗性試驗。例如，在葡糖胺濃度與巖藻糖基化作用的量的情況下，可以通過在不同的葡糖胺濃度下進(jìn)行一系列試驗、用葡糖胺濃度針對所觀察到的巖藻糖基化作用的水平進(jìn)行繪圖、并且得出說明這些標(biāo)繪值的曲線的等式，而得出一種函數(shù)。在一個實施方案在中，對于一項輸入設(shè)置(或值)Xl而言生產(chǎn)參數(shù)l是可調(diào)的，并且針對Y1的輸出或設(shè)置(或值)將隨著X1的設(shè)置(或值)而發(fā)生變化。對于一個輸入設(shè)置(或值)X2而言生產(chǎn)參數(shù)2是可調(diào)的，并且針對Y2的輸出或設(shè)置(或值)將隨著X2的設(shè)置(或值)而發(fā)生變化。在某些實施方案中，Y1與Y2的組合的數(shù)目等同于Y1的可能性的數(shù)目與Y2的可能性的數(shù)目的乘積。例如，在存在10個X1的輸入值或設(shè)定、10個Y1的輸出值或設(shè)定、10個X2的輸入值或設(shè)定、以及10個Y2的輸入值或設(shè)定的情況下，總共有100種可以使用的(X1X2或Y1Y2的)組合。在其他實施方案中，X1和X2的值或設(shè)定的一些組合、或Y1和Y2的值或設(shè)定的一些組合并不是相容的；任一情況導(dǎo)致了一種解答空間、或者針對Y1和Y2的這些可以使用的組合的可能性的總數(shù)小于Y1的可能性的數(shù)目與Y2的可能性的數(shù)目的乘積(或者X1X2的類似情況)。這種約束可由在X1和X2的組合(例如，它們可以是添加劑或添加劑的組合的濃度，以及由于一個原因或另一個原因不能被結(jié)合的細(xì)胞)上的不相容性進(jìn)行強(qiáng)加。這種約束還可被強(qiáng)加是因為Y1和Y2的組合在合成或結(jié)構(gòu)上是不可能的、或?qū)е铝酸槍υ摷?xì)胞培養(yǎng)株、或在一種糖蛋白中的一種不需要的特性的毒性。可以對在解答空間上一種限制(例如，一種物理約束或生物約束)進(jìn)行確定或闡明，例如通過經(jīng)驗性的實驗。這種解答空間的限制(針對X1X2或Y1Y2)可以通過多種方法在一個數(shù)據(jù)庫或系統(tǒng)中達(dá)到。例如，可以對這種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行設(shè)計以產(chǎn)生一種無效的輸出或?qū)?yīng)于一種無法得到的組合的信號。這不需要是絕對的，但是可以用不希望的程度來進(jìn)行表達(dá)?？蓪σ环N系統(tǒng)配置一個過濾器，該過濾器認(rèn)定被禁止或無法得到的組合，并對它們進(jìn)行標(biāo)記或從將它們從輸出項中去除。這種過濾器可以具備特定的不可接受的組合或一種給予規(guī)則的算法用于除外不能接受的組合?？稍诖颂幷f明的這些方法、系統(tǒng)、以及數(shù)據(jù)庫中使用非線性的、受約束的、以及多效的相關(guān)性。通常，一種相關(guān)函數(shù)是一種現(xiàn)象或隨機(jī)變量(例如，生產(chǎn)參數(shù)、糖蛋白功能、等等)與另一個相聯(lián)系或可以從另一個中預(yù)測出的程度。在統(tǒng)計學(xué)中，相關(guān)性通常是指在多個隨機(jī)變量之間存在一種線性的預(yù)見性的關(guān)系的程度，如通過一種相關(guān)系數(shù)進(jìn)行測量。相關(guān)性可以是正性的(但是從不大于l)，即兩個變量共同增加或降低；負(fù)性的或可逆的(但是從不小于-l)，即在一個變量下降時另一個變量增加；或者零，即一種變量中的變化并不影響另一個變量。連同多種相關(guān)函數(shù)一起(例如自關(guān)聯(lián)、交叉關(guān)聯(lián)、等等)，一種或多種隨機(jī)過程、隨機(jī)變量理論或技術(shù)、或概率理論可用于認(rèn)定并選擇糖蛋白特征、生產(chǎn)參數(shù)、或其他現(xiàn)象或隨機(jī)變量、以及它們的關(guān)系。例如，可以執(zhí)行協(xié)方差函數(shù)、廣義化函數(shù)、分布函數(shù)、概率密度函數(shù)、以及其他類型的數(shù)學(xué)表達(dá)式。主要糖蛋白產(chǎn)品在此說明的這些方法包括認(rèn)定一種主要糖蛋白產(chǎn)品(如，一種自然發(fā)生的或合成制造的產(chǎn)品)、并且生產(chǎn)具有一種或多種預(yù)先選擇的聚糖特性的一種糖蛋白產(chǎn)品。如在此所使用的一種主要糖蛋白產(chǎn)品涉及一種糖蛋白。這種糖蛋白可充當(dāng)一種模式，用于設(shè)計一種糖蛋白產(chǎn)品的開始或中間點。它能夠提供或顯示出一種所希望的糖蛋白特性。因此，在某些實施方案中，這種預(yù)先選擇的聚糖特性可以與這種主要糖蛋白產(chǎn)品的預(yù)先選擇的聚糖特性相同或與其類似(例如，以制造一種屬類的形式的一種主要糖蛋白產(chǎn)品)，或可以是與這種主要糖蛋白產(chǎn)品的相對應(yīng)的聚糖特性不相同的一種或多種聚糖特性(例如，以制造一個第二代的糖蛋白產(chǎn)品)。示例性的主要糖蛋白產(chǎn)品被提供在以下表I中。表I<table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table>在此說明的這些方法可以包括生產(chǎn)一種靶糖蛋白產(chǎn)品，該糖蛋白產(chǎn)品具有與這種主要糖蛋白產(chǎn)品相同的氨基酸序列。在其他的實施方案中，這種目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列可以與這種主要氨基酸殘基相差(例如)高達(dá)l、2、3、4、5、10、或20個氨基酸。以上所列的這些主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列是已知的。測定聚糖特性和特征的方法在某些實施方案中，這些方法包括選擇一個或多個生產(chǎn)參數(shù)以產(chǎn)生一種或多種預(yù)先選擇的聚糖特性。這種聚糖的特性可以是一種功能特性或一種聚糖特征。用于確定聚糖特征的方法是己知的。例如，一個化學(xué)單元的存在、缺失、或量值，或一個化學(xué)單元的一種組分的存在、缺失、或量值可以如通過GeyerandGeyer(2006)BiochimBiophys.Acta1764(12):1853-1869所說明，或通過LC、MS、LC/MS、NMR、外切糖苷酶處理、GC、或這些方法的組合進(jìn)行確定?？梢詫υ谝粋€潛在的糖基化位點上或貫穿整個蛋白的異質(zhì)性或微異質(zhì)性進(jìn)行確定，例如使用由Larsenetal.(2005)Mol.Cell.Proteomics(2005)4(2):107-119，或Forno等人.(2004Eur.J.Biochem.(2004)271(5):907-919所說明的方法，或LC、MS、LC/MS、GC、PAGE、酶處理、或這些方法的組合。在一些實施方案中，對一種分支或未分支的聚糖的核心結(jié)構(gòu)是在完整的糖蛋白、糖肽、或釋放的聚糖上確定的，其方法是，例如，如由GeyerandGeyer(2006)以上所說明的、LC、MS、LC/MS、凝集素染色、GC、PAGE、酶的裂解或加入、ELISA、NMR、單糖分析、或這些方法的組合?？梢杂糜诖_定一種聚糖結(jié)構(gòu)以及在一種聚糖之內(nèi)的一個化學(xué)單元的相對位置的存在、缺失、或量值的示例性的方法是在該糖蛋白、糖肽、或釋出的聚糖上由GeyerandGeyer(2006)以上進(jìn)行說明的，或可以包括LC、MS、LC/MS、凝集素染色、色譜方法、酶的裂解、ELISA定量、單糖分析、NMR、或其中的方法的組合。多個化學(xué)單位之間的關(guān)系(例如，多個化學(xué)單位、多種異構(gòu)體、以及多個分支點之間的連接)是在該糖蛋白、糖肽、或釋出的聚糖上確定的，其方法，例如，如由Geyer和Geyer在BiochimBiophys.Acta(2006)以上所說明，或由LC、MS、LC/MS、凝集素染色、單糖分析、色譜方法、外切糖苷酶處理、NMR、或其中的方法的組合所說明。在一些實施方案中，可以對有關(guān)一種或多種聚糖結(jié)構(gòu)的信息(例如通過在此說明的一種方法而獲得)進(jìn)行整合以說明一種復(fù)合的糖蛋白產(chǎn)品的聚糖特征。例如，所獲得的信息(例如，通過在此說明的不同方法)可以按照逐步的方式進(jìn)行使用以降低在一種主要聚糖產(chǎn)品和/或一種目標(biāo)的聚糖產(chǎn)品的聚糖特征的初始可能性。在一個實施方案中，所獲得的有關(guān)不同聚糖特征的數(shù)據(jù)可以使用在美國專利公開號20050065738中所說明的方法進(jìn)行整合。生產(chǎn)參數(shù)在此說明的這些方法包括測定和/或選擇針對一種糖蛋白制備品的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)，這樣可以在生產(chǎn)一種糖蛋白制備品時獲得一種或多種預(yù)先選擇的聚糖特性。通過使用有關(guān)不同的生產(chǎn)參數(shù)對糖基化作用的作用的信息，可以在生產(chǎn)與所希望的聚糖特性呈正性相關(guān)的一種糖蛋白制備品之前對生產(chǎn)參數(shù)進(jìn)行選擇。如在此所使用的一個生產(chǎn)參數(shù)是在一種生產(chǎn)過程中的一個參數(shù)或要素?？梢赃M(jìn)行選擇的生產(chǎn)參數(shù)包括(例如)用于產(chǎn)生這種糖蛋白制備品的細(xì)胞或細(xì)胞系、培養(yǎng)基、培養(yǎng)過程或生物反應(yīng)器變量(例如，分批、補(bǔ)料-分批、或灌注)、純化過程以及配置一種糖蛋白制品。主要生產(chǎn)參數(shù)包括1)宿主的類型；2)宿主的遺傳學(xué)；3)培養(yǎng)基類型；4)發(fā)酵平臺；5)純化步驟；以及6)配置。如在此所使用的次要生產(chǎn)參數(shù)是一個生產(chǎn)參數(shù)，它在這些主要生產(chǎn)參數(shù)的每一個之內(nèi)是可調(diào)節(jié)的或可變化的。實例包括基于所希望的聚糖特性對宿主的亞克隆進(jìn)行選擇；調(diào)節(jié)組成型或可誘導(dǎo)的宿主基因的水平；導(dǎo)入新穎的基因或啟動子元件；培養(yǎng)基的添加劑(例如，部分列于表IV上)；生理化學(xué)的生長特性(例如，部分列于表V上)；生長容器的類型(例如，生物反應(yīng)器類型、T燒瓶)；細(xì)胞密度；細(xì)胞周期；具有一種所希望的聚糖類型的產(chǎn)品的富集(例如，通過凝集素或抗體介導(dǎo)的富集、離子交換色譜、CE、或類似的方法)；或類似的次要生產(chǎn)參數(shù)，這對本領(lǐng)域的技術(shù)人員而言是清楚的。細(xì)胞和細(xì)胞系在此說明的這些方法可以包括確定一種細(xì)胞或細(xì)胞系來提供擇一種聚糖特性，這種聚糖特性與一種主要糖蛋白制備品的一種聚糖特性相同或基本上相同，或者與一種主要糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性不同。所選擇的細(xì)胞可以是真核的或原核的，只要這種細(xì)胞提供了這些酶或已經(jīng)將這些酶加入其中，從而激活并附連至存在于這種細(xì)胞中的糖類上、或存在于這種細(xì)胞培養(yǎng)基中、或飼喂給這些細(xì)胞的糖類上。真核細(xì)胞的實例包括酵母、昆蟲、真菌、植物以及動物細(xì)胞，尤其是哺乳動物細(xì)胞。適宜的哺乳動物細(xì)胞包括任何一種正常的有壽命的、或者正?；虿徽５挠郎膭游锘蛉祟惣?xì)胞，包括由SV40(COS-7，ATCCCRL1651)所轉(zhuǎn)化的猴腎CV1系；人胚腎系(293)(Grahametal.，J.Gen.Virol.36:59(1977));幼倉鼠腎細(xì)胞(babyhamsterkidneycell)(BHK，ATCCCCL10);中國倉鼠卵巢(CHO)，例如DG44、DUKX-Vll、GS-CHO(ATCCCCL61，CRL9096,CRL1793和CRL9618);小鼠塞托利細(xì)胞(TM4，Mather,Biol.Reprod.23:243251(1980));猴腎細(xì)胞(CV1ATCCCCL70);非洲綠猴腎細(xì)胞(VERO-76，ATCCCRL1587);人宮頸癌細(xì)胞(HeLa，ATCCCCL2);大鼠肝實質(zhì)細(xì)胞(buffaloratlivercell)(BRL3A,ATCCCRL1442);人肺細(xì)胞(W138,ATCCCCL75);人肝細(xì)胞(HepG2，HB8065);小鼠黑色素瘤細(xì)胞(NSO);小鼠乳腺腫瘤(MMT060562，ATCCCCL51)、TRI細(xì)胞(Mather,etal.,AnnalsN.Y.Acad.Sci.383:4446(1982));犬腎細(xì)胞(MDCK)(ATCCCCL34和CRL6253)、HEK293(ATCCCRL1573)、WI陽38細(xì)胞(ATCCCCL75)(ATCC:AmericanTypeCultureCollection,Rockville,Md.)、MCF-7細(xì)胞、MDA-MB438細(xì)胞、U87細(xì)胞、A127細(xì)胞、HL60細(xì)胞、A549細(xì)胞、SP10細(xì)胞、DOX細(xì)胞、SHSY5Y細(xì)胞、Jurkat細(xì)胞、BCP-1細(xì)胞、GH3細(xì)胞、9L細(xì)胞、MC3T3細(xì)胞、C3H-10Tl/2細(xì)胞、NIH-3T3細(xì)胞和C6/36細(xì)胞。使用哺乳動物組織細(xì)胞培養(yǎng)來表達(dá)多肽概括地在Winnacker,FROMGENESTOCLONES(VCHPublishers,N.Y.,N.Y.,1987)中進(jìn)行了討論。示例性的植物細(xì)胞包括，例如擬南芥、油菜籽、玉米、小麥、稻、煙草等等)(Staub，etal.2000NatureBiotechnology1(3):333-338和McGarvey，P.B.,etal,1995Bio-Technology13(13):1484-1487;Bardor,M.，etal.1999TrendsinPlantScience4(9):376-380)。示例性的昆蟲細(xì)胞，例如草地貪夜蛾(Spodopterafrugiperda)Sf9、Sf21、粉紋夜蛾(trichoplusiani)等等。示例性的細(xì)菌細(xì)胞包括大腸桿菌。也可以選擇不同的酵母和真菌，如巴斯德畢赤酵母(pichiapastoris)、甲醇畢赤酵母(Pichiamethanolica)、多形漢遜酵母、以及釀酒酵母。選擇一種細(xì)胞用于生產(chǎn)一種糖蛋白，例如基于該細(xì)胞其本身的屬性，該細(xì)胞產(chǎn)生或顯示出對生產(chǎn)所希望的一種或多種聚糖特征的偏愛。該細(xì)胞的這些可以影響糖基化作用的屬性包括細(xì)胞的類型、細(xì)胞狀態(tài)、細(xì)胞周期、傳代數(shù)目、以及細(xì)胞的代謝應(yīng)激水平。在其他的實施方案中，可以在一種在遺傳方面經(jīng)過工程化處理的細(xì)胞(例如，一種在遺傳方面經(jīng)過工程化處理的動物、酵母、真菌、植物、或其他真核細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng))中產(chǎn)生一種糖蛋白。例如，一種細(xì)胞可以是一種在遺傳方面經(jīng)過工程化處理的細(xì)胞，該細(xì)胞表達(dá)或過量表達(dá)了一個組分(例如，一種蛋白和/或糖或糖的前體)，它產(chǎn)生一種或多種所希望的聚糖特征。一種細(xì)胞還可以是在遺傳方面經(jīng)過工程化處理，這樣一種組分(例如，一種蛋白和/或糖或糖前體，它產(chǎn)生一種或多種所希望的聚糖特征)的活性得到增加。可以對這種細(xì)胞在遺傳方面進(jìn)行工程化處理以減小或降低不同的化學(xué)單位、化學(xué)單位的組分、或聚糖結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生。例如，可以對這種細(xì)胞在遺傳方面進(jìn)行工程化處理以產(chǎn)生一種核酸的拮抗物(如，反義或RNAi)，它導(dǎo)致了參與一種特定的聚糖特征(例如，參與一種或多種聚糖特征的產(chǎn)生的一種酶和/或糖或糖前體)的合成的組分的表達(dá)降低。還可以對這種細(xì)胞在遺傳方面進(jìn)行工程化處理以敲除參與了一種特定的聚糖特征的合成的一種或多種組分(例如，一種酶和/或糖或糖前體)，或以產(chǎn)生參與了一種特定的聚糖的一種或多種特征的合成的一種組分(例如，一種酶和/或糖或糖前體，它)的一個活性較小或無活性的突變體?？截悢?shù)、整合的位點、以及轉(zhuǎn)錄變量可以影響由這種細(xì)胞所產(chǎn)生的一種糖蛋白的聚糖特征。導(dǎo)致了一種所希望的聚糖特征或特征的一種細(xì)胞的組分可以包括參與了加入或去除一個化學(xué)單元、一個化學(xué)單元的一個組分、或一個所希望的聚糖結(jié)構(gòu)的酶類。在一些實施方案中，可以對這些細(xì)胞在遺傳方面進(jìn)行工程化處理以表達(dá)、過量表達(dá)、或以其他方式增加參與糖基化作用的一種或多種酶的活性其他實施方案包括在遺傳方面對一種細(xì)胞進(jìn)行工程化處理以降低、消除、或以其他方式改變參與糖基化作用的一種或多種酶的活性。示例性的酶包括剪切多糖的酶(如降解酶)、將單糖加至一種聚糖結(jié)構(gòu)上的酶、將一種單糖的一個組分去除的酶、將一個組分加至一種單糖上的酶、以及將一個化學(xué)單元轉(zhuǎn)化至一個不同的化學(xué)單元(例如，將半乳糖轉(zhuǎn)化成葡萄糖、等等)的酶。降解酶的實例包括一種半乳糖苷酶(例如，a-半乳糖苷酶和(3-半乳糖苷酶)、一種唾液酸酶(例如，一種a2—3唾液酸酶和一種ct2—6唾液酸酶)、一種巖藻糖苷酶(例如，一種al—2巖藻糖苷酶、一種(xl—3巖藻糖苷酶、一種al—4巖藻糖苷酶、以及一種otl—6巖藻糖苷酶。來自刀豆的j3-N-乙酰氨基己糖苷酶從寡糖中剪切了非還原性末端的卩1—2，3，4，6連接的N-乙酰葡糖胺和N-乙酰半乳糖胺，其中(x-N-乙?；肴樘前访?雞肝)從糖蛋白中剪切了末端的a1—3連接的N-乙酰半乳糖胺。其他的酶(如天冬氨酰-N-乙酰基葡糖胺糖苷酶)在一種N-連接的寡糖的核心序列中的GlcNAc之后在(3連接上進(jìn)行剪切。將一種單糖加至一種聚糖結(jié)構(gòu)的酶的實例包括糖基轉(zhuǎn)移酶(如，一種唾液酸轉(zhuǎn)移酶(例如，a2—3唾液酸轉(zhuǎn)移酶或a2—6唾液酸轉(zhuǎn)移酶)、一種巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶(例如，a1—2巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶、cc1—3巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶、a1—4巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶、或a1—6巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶)、一種半乳糖基轉(zhuǎn)移酶(例如，a1—3半乳糖基轉(zhuǎn)移酶、卩1~>4半乳糖基轉(zhuǎn)移酶或者卩1—3半乳糖基轉(zhuǎn)移酶)、一種N-乙酰葡糖胺基轉(zhuǎn)移酶(例如，N-乙酰葡糖胺基轉(zhuǎn)移酶I、II、或III)、以及一種甘露糖基轉(zhuǎn)移酶。將一種單糖的一種組分進(jìn)行添加、轉(zhuǎn)運(yùn)、或去除的酶的實例包括葡糖胺N-乙酰轉(zhuǎn)移酶、N-乙?；窠?jīng)胺酸7-0(或9-0)乙酰轉(zhuǎn)移酶、半乳糖-l-磷酸尿苷酰轉(zhuǎn)移酶、N-乙?；窠?jīng)胺酸9-磷酸磷酸酶、N-乙酰葡糖胺(acetylglucoasamine)脫乙?；?、L-巖藻糖激酶、半乳糖激酶1、半乳糖-l-磷酸尿苷基轉(zhuǎn)移酶、葡糖激酶l、GDP-甘露糖4,6脫水酶、GDP甘露糖焦磷酸化酶、N-乙酰葡糖胺磺基轉(zhuǎn)移酶、半乳糖磺基轉(zhuǎn)移酶、葡糖胺-磷酸N-乙酰轉(zhuǎn)移酶、己糖激酶、N-乙酰葡糖胺激酶、葡糖磷酸變位酶、N-乙酰神經(jīng)氨酸磷酸合成酶、UDP-N-GlcNAc-焦磷酸化酶、UDP-葡糖醛酸脫氫酶、以及UDP-葡萄糖焦磷酸化酶。在遺傳方面經(jīng)受工程化處理的一種細(xì)胞中可受到影響的其他示例性的酶包括N-乙酰葡糖胺-6-磷酸2-差向異構(gòu)酶、CMP-Neu5Ac羥化酶、CMP-Neu5Ac合成酶、環(huán)唾液酸水解酶、巖藻糖-l-磷酸鳥苷基轉(zhuǎn)移酶、UDP-半乳糖-4-差向異構(gòu)酶、半乳糖變旋酶(mutaratose)、甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(mannosyltransferase)、UDP-N-乙酰葡糖胺2-差向異構(gòu)酶、葡糖磷酸異構(gòu)酶、GDP-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶、甘露糖磷酸異構(gòu)酶、N-乙?；窠?jīng)胺酸丙酮酸裂合酶、唾液酸環(huán)化酶、UDP-葡糖醛酸脫羧酶、CMP-唾液酸轉(zhuǎn)運(yùn)體、GDP-巖藻糖基轉(zhuǎn)運(yùn)體以及UDP半乳糖基轉(zhuǎn)運(yùn)體。編碼此類酶的序列是已知的。用于生產(chǎn)一種糖蛋白的一種選擇的細(xì)胞可以是一種在遺傳方面經(jīng)受工程化處理的細(xì)胞，它已經(jīng)減少了參與糖基化作用的一種或多種蛋白的表達(dá)和/或活性。例如，可以對這種細(xì)胞在遺傳方面進(jìn)行工程化處理以敲除參與了一種特定的聚糖特征的合成的一種或多種蛋白、或者產(chǎn)生一種蛋白的一種活性較少或無活性的突變體。還可以對一種細(xì)胞在遺傳方面進(jìn)行工程化處理以產(chǎn)生一種核酸拮抗物以降低參與了一種特定的聚糖特征的合成的一種或多種蛋白的表達(dá)。在遺傳方面進(jìn)行工程化處理敲除細(xì)胞在某些實施方案中，可以選擇一種細(xì)胞，該細(xì)胞在遺傳方面已進(jìn)行工程化處理用于使一種基因永久性或調(diào)節(jié)性失活，該基因編碼了參與一種特定的聚糖的合成的一種蛋白。例如，可以使編碼了一種酶(如，在此描述的酶)的基因失活?；虮磉_(dá)的永久性或調(diào)節(jié)性失活可通過將已轉(zhuǎn)染的質(zhì)粒DNA構(gòu)建體或合成的寡核苷酸靶向至一個基因座而達(dá)到?？蓪⑦@種質(zhì)粒構(gòu)建體或寡核苷酸設(shè)計成幾種形式。這些形式包括下列1)在已失活的基因的一種外顯子之內(nèi)插入的選擇性標(biāo)記物基因或其他序列；2)在非編碼序列的調(diào)整性區(qū)域中插入的外源性序列；3)調(diào)節(jié)性和/或編碼序列的刪除或置換；以及4)通過位點特異的誘變作用而改變的一個蛋白的編碼序列。在將一個選擇性標(biāo)記物基因插入編碼序列的情況下，有可能創(chuàng)造出一種內(nèi)源性外顯子的一個框內(nèi)融合，這種框內(nèi)融合具有經(jīng)工程化處理以包含(例如)一個選擇性標(biāo)記物基因的外顯子的基因。按照這種方法，在成功地進(jìn)行靶向之后，這種內(nèi)源性基因表達(dá)了一個融合mRNA(核酸序列加上可選擇的標(biāo)記物序列)。此外，這種融合mRNA不可能產(chǎn)生一個功能性的翻譯產(chǎn)物。在將DNA序列插入調(diào)節(jié)性區(qū)域的情況下，通過在需要進(jìn)行翻譯的5'非翻譯區(qū)域(5'UTR)中干擾這種內(nèi)源性啟動子區(qū)域或任何其他區(qū)域可使基因的轉(zhuǎn)錄發(fā)生沉默。此類區(qū)域包括，例如轉(zhuǎn)錄控制區(qū)域和內(nèi)含子的剪接供體。第二，可將新的調(diào)節(jié)序列插入該基因的上游，這會使該基因經(jīng)受細(xì)胞外因子的控制。因此，有可能的是如所希望將基因表達(dá)下調(diào)或消除用于糖蛋白生產(chǎn)。此外，可將包括一個可選擇的標(biāo)記物和一個啟動子的序列用于破壞這種內(nèi)源性序列的表達(dá)。最后，這種內(nèi)源性基因的全部或一部分可被通過對靶向底物進(jìn)行適當(dāng)?shù)脑O(shè)計而被刪八核酸拮抗物在某些實現(xiàn)方式中，將核酸拮抗物用于降低一個靶蛋白(例如，參與了一種聚糖特征的合成的一個蛋白，例如，一種酶，如一項所討論的那些酶)的表達(dá)。在一個實施方案中，這種核酸拮抗物是一種靶向至編碼了這種靶蛋白的mRNA的siRNA。也可使用其他類型的拮抗性核酸，例如，核酸適體、dsRNA、核酶、三股螺旋成形物(triple-helixformer)、或反義核酸。siRNA是小的雙股RNA(dsRNA)，它們可任選地包括突出端。例如，siRNA的雙鏈體區(qū)域長度大約為18至25個核苷酸，例如，長度大約為19、20、21、22、23、或24個核苷酸。典型地，這種siRNA序列與這種耙mRNA精確互補(bǔ)。特別是可將dsRNA和siRNAs用于在哺乳動物細(xì)胞(例如，人類細(xì)胞)中使基因表達(dá)發(fā)生沉默。參見例如，Clemens,J.C.etal.(2000)Proc.Natl,Sci.USA97，6499-6503;Billy,E.etal.(2001)Proc.Natl.Sci.USA98,14428-14433;Elbashiretal.(2001)Nature.411(6836):494-8;Yang,D.etal.(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.USA99，9942-9947,US2003-0166282，2003-0143204，2004-0038278,and2003-0224432。反義試劑可以包括，例如從大約8至大約80個核堿基(即，從大約8至大約80個核苷酸)、例如大約8至大約50個核堿基、或大約12至大約30個核堿基。反義化合物包括核酶、外部指導(dǎo)序列(EGS)寡核苷酸(oligozymes)、以及其他短的催化性RNA或催化性寡核苷酸，它們與這種耙核酸進(jìn)行雜交并調(diào)整其表達(dá)。反義化合物可以包括至少八個連續(xù)的核堿基(它們與這種靶基因中的一個序列互補(bǔ))的一段。寡核苷酸不需要與它的靶核酸序列100%互補(bǔ)以便可以進(jìn)行特異性雜交。當(dāng)一種寡核苷酸與該靶相結(jié)合干擾了這種靶分子的正常功能而造成效用的損失時，這種寡核苷酸是可進(jìn)行特異性雜交的，并且存在足夠程度的互補(bǔ)性以便在特異性結(jié)合是所希望的情況下避免將這種寡核苷酸與非靶序列進(jìn)行非特異的結(jié)合。反義寡核苷酸與mRNA進(jìn)行雜交可干擾mRNA的一種或多種正常的功能。將要受到干擾的mRNA的功能包括全部至關(guān)重要的功能，例如將這種RNA易位至蛋白質(zhì)翻譯的位點上、從這種RNA對蛋白質(zhì)進(jìn)行翻譯、將這種RNA進(jìn)行剪接得到一種或多種mRNA的種類、以及可由這種RNA進(jìn)行的催化活性。一種或多種特異性蛋白與這種RNA相結(jié)合還可能受到反義寡核苷酸與這種RNA的雜交作用的千擾。示例性的反義化合物包括特異性地與這種靶核酸進(jìn)行雜交的DNA或RNA序列。這種互補(bǔ)區(qū)域可延伸至大約8至大約80個核堿基之間。這些化合物可包括一種或多種經(jīng)修飾的核堿基。經(jīng)修飾的核堿基可包括，例如5-取代的嘧啶(如，5-碘尿嘧啶、5-碘胞嘧啶)、以及C5-丙炔基嘧啶(如，C5-丙炔基胞嘧啶和C5-丙炔基尿嘧啶。其他適宜的經(jīng)修飾的核堿基包括N4—(C1-C12)垸氨基胞嘧啶以及N4,N4—(C1-C12)二烷基氨基胞嘧啶。經(jīng)修飾的核堿基還可能包括7-取代的-8-氮雜-7-脫氮嘌呤以及7-取代的-7-脫氮嘌呤，例如7-碘代-7-脫氮嘌呤、7-氰基-7-脫氮嘌呤、7-氨羰基-7-脫氮嘌呤。這些的實例包括6-氨基-7-碘代-7脫氮嘌呤、6-氨基-7-氰基-7-脫氮嘌呤、6-氨基-7-氨羰基-7-脫氮嘌呤、2-氨基-6-羥基-7-碘代_7_脫氮嘌呤、2-氨基-6-羥基-7-氰基-7-脫氮嘌呤、以及2-氨基-6-羥基-7-氨羰基-7-脫氮嘌呤。此外，N6—(Cl-C12)烷基氨基嘌呤以及N6,N6-(C1-C12)二垸基氨基嘌呤(包括N6-甲基氨基腺嘌呤以及N6,N6-二烷基氮基腺嘌呤)也是適宜的經(jīng)修飾的核堿基。類似地，其他6-取代的嘌呤(包括例如，6-硫鳥嘌呤)可組成適當(dāng)?shù)慕?jīng)修飾的核堿基。其他適宜的核堿基包括2-硫尿嘧啶、8-溴腺嘌吟、8-溴鳥嘌呤、2-氟腺嘌呤、以及2-氟鳥嘌呤。以上所述的經(jīng)修飾的核堿基中的任何一種的衍生物也是適當(dāng)?shù)摹Ｇ懊娴倪@些混合物中的任何一種的取代基可包括C1-C30烷基、C2-C30鏈烯基、C2-C30炔基、芳基、芳烷基、雜芳基、鹵基、氨基、酰氨基、硝基、硫代、磺?；?、羧基、烷氧基、烷基羰基、烷氧基羰基、以及類似的取代基。其他類型的核酸試劑的說明也是可以使用的。參見例如，US4，987,071;US5,116,742;US5，093,246;Woolfetal.(1992)ProcNatlAcadSciUSA;AntisenseRNAandDNA，D,A.Melton,Ed.，ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor,N.Y.(1988);89:7305-9;HaselhoffandGerlach(1988)Nature334:585-59;Helene,C.(1991)AnticancerDrugDes.6:569-84;Helene(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.660:27-36;andMaher，L丄(1992)Bioassays14:807-15。在遺傳方面對細(xì)胞進(jìn)行工程化處理以表達(dá)參與了聚糖合成的一個組分當(dāng)出于表達(dá)或過表達(dá)一個組分的目的而將在遺傳方面對細(xì)胞進(jìn)行修飾時，可以通過常規(guī)的基因工程處理的方法或通過基因激活對這些細(xì)胞進(jìn)行修飾。根據(jù)常規(guī)的方法，包含編碼了所希望的蛋白質(zhì)的cDNA或基因組DNA序列的一個DNA分子可以被包含在一種表達(dá)構(gòu)建體之內(nèi)，并通過標(biāo)準(zhǔn)的方法轉(zhuǎn)染至原代、第二代、或無限增殖化的細(xì)胞中，這些標(biāo)準(zhǔn)的方法包括但不限于脂質(zhì)體介導(dǎo)、聚凝胺(polybrene)介導(dǎo)、或DEAE葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染、電穿孔、磷酸鈣沉淀、微注射、或速度驅(qū)動的微彈(參見例如，美國專利號6,048,729)。可替代地，可以使用由病毒載體遞送遺傳信息的系統(tǒng)。己知可用于基因轉(zhuǎn)移的病毒包括腺病毒、腺相關(guān)病毒、皰疹病毒、腮腺炎病毒、脊髓灰質(zhì)炎病毒(pollovims)、逆轉(zhuǎn)錄病毒、辛德畢斯病毒、以及牛痘病毒(如金絲雀痘病毒)?？商娲?，可以使用一種基因激活的方法對這些細(xì)胞進(jìn)行修飾，這種方法(例如)如在美國專利號5,641，670;美國專利號5，733,761;美國專利號5，968，502;美國專利號6,200,778;美國專利號6，214,622;美國專利號6，063，630;美國專利號6,187，305;美國專利號6，270，989;以及美國專利號6，242,218中所說明。因此，如在此所使用的有關(guān)細(xì)胞的術(shù)語"在遺傳方面進(jìn)行工程化處理的"是指涵蓋了一些細(xì)胞，這些細(xì)胞在引入編碼了這種基因產(chǎn)品的DNA分子和/或包括了控制針對這種基因產(chǎn)品的編碼序列的表達(dá)的調(diào)控性元件之后表達(dá)了一種特定的基因產(chǎn)品。這種DNA分子可以通過基因靶向或同源重組而被引入，即在一個特定的基因組位點上引入這種DNA分子。能夠用于重組表達(dá)的轉(zhuǎn)染細(xì)胞的方法和試劑(如，啟動子、標(biāo)記物、信號序列)是己知的。在一些實施方案中，可將這種啟動子和/或表達(dá)系統(tǒng)選為，例如一種次要生產(chǎn)參數(shù)。例如，可對這種啟動子進(jìn)行選擇，例如基于被使用的宿主細(xì)胞。培養(yǎng)基和處理在此所說明的這些方法可以包括確定和/或選擇導(dǎo)致一種或多種所希望的聚糖特性的產(chǎn)生的培養(yǎng)基組分或培養(yǎng)條件。可進(jìn)行確定的培養(yǎng)參數(shù)包括培養(yǎng)基組分、pH、補(bǔ)料條件、摩爾滲透壓濃度、二氧化碳水平、攪拌速率、溫度、細(xì)胞密度、接種密度、計時、以及鼓泡速率。生產(chǎn)參數(shù)中的變化，像攪拌細(xì)胞培養(yǎng)株的速度、細(xì)胞培養(yǎng)所處的溫度、培養(yǎng)基中的組分、培養(yǎng)開始和停止時的計時、營養(yǎng)物供給的計時方面的變化，能夠?qū)е滤a(chǎn)生的糖蛋白產(chǎn)品的一種聚糖特性的變化。因此，在此說明的方法可以包括以下各項中的一種或多種增加或降低攪拌細(xì)胞的速度、增加或降低細(xì)胞培養(yǎng)所處的溫度、加入或去除培養(yǎng)基組分、以及改變培養(yǎng)開始和/或停止時的時間。如在此所使用，對一種生產(chǎn)參數(shù)或其一種組合進(jìn)行順序選擇是指選擇了一個第一參數(shù)(或組合)，并接著選擇了一個第二參數(shù)次參數(shù)(或組合)，例如基于通過選擇這個第一生產(chǎn)參數(shù)所施加的一種約束。培養(yǎng)基在此所說明的這些方法可以包括確定和/或選擇一種培養(yǎng)基組分和/或一種培養(yǎng)基組分的濃度，它與一種或多種所希望的聚糖特性呈正性相關(guān)。在整個糖蛋白產(chǎn)生的過程中或當(dāng)在培養(yǎng)基中存有變化時，根據(jù)培養(yǎng)條件可以加入或給予一種培養(yǎng)基組分。培養(yǎng)基組分包括直接加至培養(yǎng)株的組分連同作為細(xì)胞培養(yǎng)株的一種副產(chǎn)品的組分。培養(yǎng)基組分包括，例如緩沖劑、氨基酸含量、維生素含量、鹽含量、礦物質(zhì)含量、血清含量、碳源含量、脂類含量、核酸含量、激素含量、痕量元素含量、氨含量、輔因子含量、指示劑含量、小分子含量、水解產(chǎn)品含量、以及酶調(diào)節(jié)劑的含量。表IV提供了可以進(jìn)行選擇的不同培養(yǎng)基組分的實例。表IV氮基酸糖體類維生素指示劑碳源(自然和非自然的)核苷或核苷酸鹽類丁酸酯或有機(jī)物糖類DMSO血清由動物衍生的產(chǎn)品由植物衍生的水解產(chǎn)品基因誘導(dǎo)物丙酮酸鈉非自然的糖類表面活性劑細(xì)胞內(nèi)pH的調(diào)節(jié)子氨甜菜堿或滲透保護(hù)劑(osmoprotectant)脂類微量元素激素或生長因子礦物質(zhì)緩沖液非自然的氨基酸非自然的氨基酸非自然的維生素示例性的緩沖劑包括Tris、Tricine、HEPES、MOPS、PIPES、TAPS、N-二羥乙基甘氨酸、BES、TES、二甲次胂酸鹽、MES、醋酸鹽、MKP、ADA、ACES、甘氨酰胺、以及乙酰氨基甘氨酸。這些培養(yǎng)基可以是無血清的或可以包括由動物衍生的產(chǎn)品，例如胎牛血清(FBS)、胎牛犢血清(FCS)、馬血清(HS)、人血清、動物來源的血清的替代物(例如，UltroserG、SF、以及HY;脫脂奶粉；牛EX-CYTE)、胎球蛋白、牛血清白蛋白(BSA)、血清白蛋白、以及轉(zhuǎn)鐵蛋白。當(dāng)選擇無血清的培養(yǎng)基時，可以將脂類(例如棕櫚酸和/或硬脂酸(stericacid))包含在內(nèi)。脂類組分包括油類、飽和的脂肪酸、不飽和的脂肪酸、甘油酯、類固醇、磷脂、鞘脂、以及脂蛋白?？砂ㄔ趦?nèi)的或從這些培養(yǎng)基中消除的示例性的氨基酸包括丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、甘氨酸、組氨酸、脯氨酸、異亮氨酸、亮氨酸、賴氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、色氨酸、酪氨酸、以及纈氨酸?？梢源嬖谟谶@些培養(yǎng)基中或從這些培養(yǎng)基中消除的示例性的維生素包括維生素A(類視黃醇)、維生素B1(硫胺素)、維生素B2(核黃素)、維生素B3(煙酸)、維生素B5(泛酸)、維生素B6(pyroxidone)、維生素B7(生物素)、維生素B9(葉酸)、維生素B12(氰鈷胺素)、維生素C(抗壞血酸)、維生素D、維生素E、以及維生素K?？梢源嬖谟谶@些培養(yǎng)基中或從這些培養(yǎng)基中消除的示例性的礦物質(zhì)包括鉍、硼、鈣、氯、鉻、鈷、銅、氟、碘、鐵、鎂、錳、鉬、鎳、磷、鉀、銣、硒、硅、鈉、鍶、硫、碲、鈦、鎢、釩、以及鋅。示例性的鹽類和礦物質(zhì)包括CaCb(無水)、CuS045H20、Fe(N03)，9H20、KC1、KN03、KH2P04、MgS04(無水)、NaCl、NaH2P04H20、NaHC03、Na2SE3(無水)、ZnS04*7H20;亞油酸、硫辛酸、D-葡萄糖、次黃嘌呤2Na、酚紅、腐胺2HC1、丙酮酸鈉、胸腺嘧啶核苷、丙酮酸、琥珀酸鈉、琥珀酸、琥珀酸，Na，六水合物、谷胱甘肽(還原性)、對氨基苯甲酸(PABA)、亞油酸甲酯、bacto蛋白胨G、腺苷、胞苷、鳥嘌呤核苷、2'-脫氧腺苷HC1、2'脫氧胞苷HC1、2'脫氧鳥嘌呤核苷、以及尿嘧啶核苷。當(dāng)所希望的聚糖特征是降低的巖藻糖基化作用時，這些生產(chǎn)參數(shù)可以包括培養(yǎng)一種細(xì)胞(例如，CHO細(xì)胞(例如，在錳存在的條件下(例如，錳以大約O.lpM至50iiM的濃度存在下)dhfr不足的CHO細(xì)胞)。還可以通過在大約350至500mOsm的重量克分子滲透壓濃度下培養(yǎng)一種細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞)來獲得降低的巖藻糖基化作用。在生產(chǎn)過程中，可以通過將鹽加入培養(yǎng)基中或使所產(chǎn)生的鹽像副產(chǎn)品一樣被蒸發(fā)來調(diào)整重量克分子滲透壓濃度。激素包括，例如生長抑素、生長激素釋放因子(GRF)、胰島素、催乳素、人生長激素(hGH)、生長激素、雌二醇、以及黃體酮。生長因子包括，例如骨形成素蛋白(BMP)、表皮生長因子(EGF)、堿性成纖維細(xì)胞生長因子(bFGF)、神經(jīng)生長因子(NGF)、由骨骼衍生的生長因子(BDGF)、轉(zhuǎn)化生長因子-卩l(xiāng)(TGF-卩1)、[來自US6，838,284B2的生長因子]、氯高鐵血紅素、以及NAD?？梢源嬖诘幕驈倪@些培養(yǎng)基中消除的表面活性劑的實例包括Tween-80和泊洛沙姆。小分子可以包括，例如丁酸酯、氨、非自然的糖類、非自然的氨基酸、氯奎、以及甜菜堿。在一些實施方案中，可以將氨含量選為一個生產(chǎn)參數(shù)來產(chǎn)生一種或多種所希望的聚糖特征。例如，在這些培養(yǎng)基中氨可以在從0.001至50mM的范圍內(nèi)存在。可以將氨直接加至該培養(yǎng)株中和/或作為谷氨酰胺或葡糖胺的副產(chǎn)品來生產(chǎn)。當(dāng)所希望的聚糖特征是高甘露糖結(jié)構(gòu)的數(shù)目增加、巖藻糖基化作用降低以及半乳糖苷化作用降低中的一個或多個時，所選擇的這些生產(chǎn)參數(shù)可以包括在氨的存在下(例如，氨以大約0.01至50mM的濃度存在)培養(yǎng)一種細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))。例如，如果所希望的聚糖特征包括半乳糖苷化作用降低，則所選擇的生產(chǎn)參數(shù)可以包括在包含血清的培養(yǎng)基中并且在氨的存在下(例如，氨以大約0.01至50mM的濃度存在)培養(yǎng)一種細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))。另一個生產(chǎn)參數(shù)是丁酸酯的含量。在培養(yǎng)基中丁酸酯的存在可以導(dǎo)致在得到的糖蛋白制備品中半乳糖水平的增加。在糖蛋白制備品中，丁酸酯提供了增加的唾液酸含量。因此，當(dāng)增加的半乳糖苷化作用和/或唾液酸化作用是所希望的時，可以在丁酸酯的存在對用于產(chǎn)生這種的細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))進(jìn)行培養(yǎng)。在一些實施方案中，丁酸酯能夠以大約0，001至10mM(例如，大約2mM至10mM)的濃度而存在。例如，如果所希望的聚糖特征包括增加的唾液酸化作用，則所選擇的生產(chǎn)參數(shù)可以包括在包含血清的55培養(yǎng)基中并且在丁酸酯的存在下(例如，丁酸酯以大約2.0至10mM的濃度存在)培養(yǎng)一種細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))。此類方法可以進(jìn)一步包括選擇粘附培養(yǎng)條件中的一種或多種以及在T燒瓶中進(jìn)行培養(yǎng)。在一些實施方案中，可以將一種組分(如，一種酶、糖和/或糖前體)加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中以影響糖合成(glycosynthesis)。例如，可以將酶類和底物(如糖前體)加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中以產(chǎn)生一種或多種所希望的聚糖特征。這些方法可以使用一些單糖底物，這些單糖底物由細(xì)胞吸收，在體內(nèi)被轉(zhuǎn)換成"已激活"的單糖底物、并由該細(xì)胞結(jié)合至所表達(dá)的蛋白中。這些方法適用于可以被操作以產(chǎn)生一種所希望的糖蛋白的任何一種細(xì)胞。這種細(xì)胞可以使用(例如)內(nèi)源性的生物化學(xué)處理途徑或可以在遺傳方面經(jīng)受工程化處理來進(jìn)行轉(zhuǎn)換或處理，將單糖外源性地加至一種己激活的形式中，這種形式充當(dāng)用于在體內(nèi)或活體外結(jié)合至一種靶糖蛋白上的底物。添加至一種多糖鏈中的單糖能夠以被激活的形式進(jìn)行結(jié)合。能夠被添加的已激活的單糖包括UDP-半乳糖、UDP-葡萄糖、UDP-N-乙酰葡糖胺、UDP-N-乙酰半乳糖胺、UDP-木糖、GDP-甘露糖、GDP-巖藻糖、CMP-N-乙酰神經(jīng)氨酸以及CMP-N-乙酰羥乙酰神經(jīng)氨酸?？梢员惶砑又僚囵B(yǎng)基或分批補(bǔ)料至細(xì)胞的其他的單糖前體包括N-乙酰葡糖胺、葡糖胺、葡萄糖、半乳糖、N-乙酰半乳糖胺、果糖、巖藻糖、葡萄糖-6-磷酸、甘露糖-6-磷酸、甘露糖-l-磷酸、果糖-6-磷酸、葡糖胺-6-磷酸、N-乙酰葡糖胺-6-磷酸、N-乙酰甘露糖胺、N-乙酰神經(jīng)氨酸-6-磷酸、巖藻糖-l-磷酸、ATP、GTP、GDP、GMP、CTP、CDP、CMP、UTP、UDP、UMP、尿嘧啶核苷、腺苷、鳥嘌呤核苷，鳥苷、胞嘧啶(cytodine)、乳糖、麥芽糖、蔗糖、果糖1,6二磷酸、2磷酸烯醇丙酮酸、2-丁酮二酸酯、以及丙酮酸鹽。單糖的激活形式可以由在本領(lǐng)域中已知的方法來生成。例如，通過以下幾種方式可將半乳糖激活成UDP-半乳糖在l-位直接進(jìn)行磷酸化作用以給出Gal-l-P，它可與UTP進(jìn)行反應(yīng)以給出UDP-半乳糖；經(jīng)由尿苷酰基轉(zhuǎn)移酶與UDP-葡萄糖進(jìn)行交換反應(yīng)(該反應(yīng)替換了Glc-l-P)，Gal-l-P被轉(zhuǎn)換成UDP-半乳糖。通過用己糖激酶將葡萄糖轉(zhuǎn)換成Glc-6-P，使UDP-葡萄糖從葡萄糖中衍生出來，并接著或者通過磷酸葡糖異構(gòu)酶轉(zhuǎn)換為Fru-6-P、或者通過葡糖磷酸變位酶轉(zhuǎn)換為Glc-l-P。Gal-l-P與UTP進(jìn)行反應(yīng)形成UDP-葡萄糖。通過在甘露糖的C-6位將CH20H還原成CH3使GDP-巖藻糖從GDP-Man中衍生。這可以通過兩種酶的順序作用來完成。首先，GDP-Man的C-4甘露糖被GDP-Man4，6-脫水酶氧化成一種酮，GDP-4-脫氫-6-脫氧-甘露糖，同時將NADP還原成NADPH。GDP-4-酮基-6-脫氧甘露糖是在C-3和C-5上被差向異構(gòu)化，形成GDP-4-酮基-6-脫氧葡萄糖，并接著在C-4上用NADPH進(jìn)行還原反應(yīng)，形成GDP-巖藻糖。獲得其他激活的單糖形式的方法可發(fā)現(xiàn)于如Varki,Aetal.,eds.,EssentialsofGlycobiology,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,NY(1999)中?？梢允褂煤线m的糖基轉(zhuǎn)移酶將一種激活的單糖結(jié)合至一個多糖鏈中。例如，為了將一種唾液酸、CMP-唾液酸結(jié)合至一個多糖鏈上，可以使用一種唾液酸轉(zhuǎn)移酶，例如oc2—3唾液酸轉(zhuǎn)移酶或oc2—6唾液酸轉(zhuǎn)移酶。為了結(jié)合一種巖藻糖，可以使用一種巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶(例如，oc1—2巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶、a1—3巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶、a1—4巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶或者a1—6巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶。用于結(jié)合半乳糖以及GlcNAc的半乳糖基轉(zhuǎn)移酶分別包括一種半乳糖基轉(zhuǎn)移酶(例如，a1—3半乳糖基轉(zhuǎn)移酶、(31—4半乳糖基轉(zhuǎn)移酶或者(31—3半乳糖基轉(zhuǎn)移酶)以及一種N-乙酰葡糖胺轉(zhuǎn)移酶(例如，N-乙酰葡糖胺轉(zhuǎn)移酶I、II、或ni)。用于結(jié)合其他甘露糖的糖基轉(zhuǎn)移酶類是己知的?？蓪⑦@種糖基轉(zhuǎn)移酶加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中，或者這種細(xì)胞可以使用內(nèi)源性的處理途徑或在遺傳方面經(jīng)受工程化處理以便轉(zhuǎn)這種外源性加入的單糖或?qū)ζ溥M(jìn)行處理?？杀患又僚囵B(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中的酶類的其他實例在此進(jìn)行了說明。一些方面包括具有存在于培養(yǎng)基中的葡糖胺?？梢詫⑵咸前芳又僚囵B(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中，或者可將這些合適的酶和/或底物類加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中，這樣就產(chǎn)生了葡糖胺。例如，可以將N-乙酰葡糖胺、N-乙酰葡糖胺6-磷酸、N-乙酰甘露糖胺、或果糖中的一種或多種加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中用于葡糖胺的產(chǎn)生。在葡糖胺的存在下所培養(yǎng)的細(xì)胞可以提供降低水平的巖藻糖基化作用和/或半乳糖基化作用。因此，在一些實施方案中，當(dāng)降低的巖藻糖基化作用和/或半乳糖基化作用是所希望的時，可以將一種細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞)在葡糖胺的存在下培養(yǎng)于例如含有血清的培養(yǎng)基中。在細(xì)胞培養(yǎng)株中存在葡糖胺還可增加糖蛋白制備品中的高甘露糖結(jié)構(gòu)以及雜合結(jié)構(gòu)的量。因此，在一些實施方案中，當(dāng)增加水平的高甘露糖或雜聚糖的結(jié)構(gòu)是所希望的時，可以在葡糖胺的存在下對一種細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))進(jìn)行培養(yǎng)。葡糖胺能夠以(例如)大約O.OOl至40mM的濃度而存在。這些方法可以進(jìn)一步包括將尿嘧啶核苷加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中，(例如)以便降低與由這種細(xì)胞所產(chǎn)生的一種蛋白質(zhì)有關(guān)的高甘露糖結(jié)構(gòu)的水平。將胞苷、UTP、OMP、和/或天冬氨酸加至培養(yǎng)基中或分批補(bǔ)料至細(xì)胞中還可以在培養(yǎng)的過程中導(dǎo)致尿嘧啶核苷的產(chǎn)生。優(yōu)選地，尿嘧啶核苷以大約0.001至10mM的濃度而存在。其他方面包括選擇不顯著性影響一種或多種糖基化作用特征的一種或多種培養(yǎng)基組分。例如，在培養(yǎng)株中存在葡糖胺和尿嘧啶核苷由在這種組合的存在下所培養(yǎng)的細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))所產(chǎn)生的糖蛋白的半乳糖基化作用、巖藻糖基化作用、高甘露糖的產(chǎn)生、雜合物的產(chǎn)生或唾液酸化作用。另外，在培養(yǎng)株中存在甘露糖不顯著性地改變由在甘露糖的存在下所培養(yǎng)的細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))所產(chǎn)生的糖蛋白的半乳糖基化作用、巖藻糖基化作用、高甘露糖的產(chǎn)生、雜合物的產(chǎn)生、或唾液酸化作用。因此，在此說明的這些方法可以包括選擇一種培養(yǎng)基組分(如甘露糖和/或葡糖胺與尿嘧啶核苷的組合)，這樣一種或多種聚糖特征不會被這種培養(yǎng)基的這種或這些組分顯著性地改變。當(dāng)甘露糖的存在是一種選擇的生產(chǎn)參數(shù)時，可以將甘露糖加至培養(yǎng)基中、分批補(bǔ)料至細(xì)胞中或能夠由暴露于適當(dāng)?shù)牡孜?如，果糖或甘露聚糖)的細(xì)胞產(chǎn)生。優(yōu)選地，甘露糖以大約0.001mM至50mM的濃度而存在。不同的生產(chǎn)參數(shù)(包括培養(yǎng)基組分以及培養(yǎng)條件(A歹lj)以及對聚糖特征的作用(A行))說明于以下的表II中。表II:<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>生理化學(xué)參數(shù)在此說明的這些方法可以包括選擇培養(yǎng)條件，這些培養(yǎng)條件與一種或多種所希望的聚糖特性相關(guān)。此類條件可以包括溫度、pH、重量克分子滲透壓濃度、剪切力或攪動速率、氧化作用、起泡率、生長容器、切向流動、DO、C02、氮、補(bǔ)料分批、氧化還原作用、細(xì)胞密度、以及補(bǔ)料策略。可進(jìn)行選擇的生理化學(xué)參數(shù)的實例提供于表V中。<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>例如，這種生產(chǎn)參數(shù)可以是在酸性、中性或堿性的pH條件下培養(yǎng)細(xì)胞。溫度可以選自從10。C至42。C。例如，大約28。C至36。C的溫度不顯著性地改變由在這些溫度下所培養(yǎng)的細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞，(例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞))所產(chǎn)生的糖蛋白的半乳糖基化作用、巖藻糖基化作用、高甘露糖的產(chǎn)生、雜合物的產(chǎn)生、或唾液酸化作用。另外，使細(xì)胞的生長速率減慢的任何方法也可能具有這種作用。因此，當(dāng)所希望的是不具有這種改變糖合成的生產(chǎn)參數(shù)時，可以對在這個范圍內(nèi)的溫度使生長速率減慢的方法進(jìn)行選擇。在其他的實施方案中，可以對二氧化碳水平進(jìn)行選擇，這導(dǎo)致了一種或多種所希望的聚糖特征。C02水平可以是，例如大約5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、13%、15%、17%、20%、23%、以及25%(以及在此之間的范圍內(nèi))。在一個實施方案中，當(dāng)減少的巖藻糖基化是所希望的時，可以將這種細(xì)胞培養(yǎng)在大約11%至25%的(302水平上，例如大約15%?？梢詫02水平進(jìn)行手動調(diào)整或者C02水平可以是一種細(xì)胞的副產(chǎn)物。一系列的燒瓶、瓶子、反應(yīng)器、以及控制器允許細(xì)胞培養(yǎng)體系進(jìn)行生產(chǎn)并將其成比例擴(kuò)大。可以至少部分地基于這種系統(tǒng)與一種或多種所希望的聚糖特性的相關(guān)性而對該體系進(jìn)行選擇。例如，細(xì)胞可以作為分批的、補(bǔ)料分批的、灌注的、或連續(xù)的培養(yǎng)物來生長。可以進(jìn)行選擇的生產(chǎn)參數(shù)包括，例如添加或去除培養(yǎng)基(包括何時(在培養(yǎng)過程中的早期、中期、或晚期)對培養(yǎng)基進(jìn)行收集，以及收集培養(yǎng)基的頻率如何)；增大或減小攪拌細(xì)胞培養(yǎng)株的速度；增大或減小培養(yǎng)細(xì)胞的溫度；添加或去除培養(yǎng)基，這樣就對培養(yǎng)密度進(jìn)行了調(diào)整；選擇細(xì)胞培養(yǎng)株開始或停止的時間；并選擇改變細(xì)胞培養(yǎng)參數(shù)的時間?？梢詫Υ祟悈?shù)進(jìn)行選擇用于分批、補(bǔ)料分批、灌注、以及連續(xù)培養(yǎng)條件中的任何一種，例如以下進(jìn)行說明。分批培養(yǎng)通過將有待培養(yǎng)的細(xì)胞置于固定體積的培養(yǎng)基中并允許細(xì)胞生長來進(jìn)行分批培養(yǎng)。細(xì)胞的數(shù)目增加(通常以指數(shù)性增加)直到達(dá)到最大值，在此之后生長變得延滯并且細(xì)胞死亡。這可能是由于一種養(yǎng)分的耗盡或由于一種生長抑制劑的積累。為了收回產(chǎn)物，當(dāng)細(xì)胞已經(jīng)死亡或處于較早的預(yù)先確定的點時，將細(xì)胞從培養(yǎng)基中移出。分批培養(yǎng)的特征為它在固定的體積中(因為在這些細(xì)胞置于培養(yǎng)基之60后沒有加入任何東西)進(jìn)行一段固定的時間(取決于這種細(xì)胞存活的時間的長度)，其中進(jìn)行單次收集并且在處理的末期對細(xì)胞進(jìn)行染色或者將細(xì)胞丟棄。補(bǔ)料分批培養(yǎng)這是分批培養(yǎng)的一個變體，并且涉及將一種補(bǔ)料加至該分批培養(yǎng)物。將細(xì)胞培養(yǎng)于固定體積的培養(yǎng)基中。在達(dá)到最大細(xì)胞濃度之前，將特定的補(bǔ)充營養(yǎng)物加至這種培養(yǎng)株中。與這種培養(yǎng)的體積相比，補(bǔ)料的體積是最小的。補(bǔ)料-分批培養(yǎng)包括在生長期的過程中周期性或持續(xù)地將處于固體或濃縮的液態(tài)形式的底物加至分批的細(xì)胞培養(yǎng)株中。補(bǔ)料分批培養(yǎng)的特征還在于它通常在基本上固定的體積中進(jìn)行一段固定的時間，并且在這些細(xì)胞已經(jīng)死亡或者在較早的預(yù)先確定的時間點進(jìn)行單一的收集。補(bǔ)料分批培養(yǎng)說明于(例如)美國專利號5，672,502中。灌注培養(yǎng)在灌注培養(yǎng)中，培養(yǎng)基通過這種反應(yīng)器以高速率進(jìn)行灌注，同時保留細(xì)胞或通過沉積、離心或過濾將這些細(xì)胞回收至該反應(yīng)器內(nèi)。在一天之中，高達(dá)十個反應(yīng)器體積的培養(yǎng)基通過這種生物反應(yīng)器進(jìn)行灌流。灌注這種大量的培養(yǎng)基的主要功能主要是從培養(yǎng)液中去除這些代謝產(chǎn)品、大部分的乳酸鹽。灌注培養(yǎng)說明于(例如)美國專利號6，544,788中。連續(xù)培養(yǎng)在連續(xù)培養(yǎng)中，這些細(xì)胞最初生長在固定體積的培養(yǎng)基中。為了避免衰退期的起始，在達(dá)到最大細(xì)胞濃度之前，啟動新鮮培養(yǎng)基的一種泵式補(bǔ)給。將包含一部分細(xì)胞的培養(yǎng)株連續(xù)地從容器中移出以維持恒定的體積。這種方法移出一種產(chǎn)物(可以對這種產(chǎn)品連續(xù)地進(jìn)行收集)，并且提供一種連續(xù)的營養(yǎng)物的供給，這允許將這些細(xì)胞維持在指數(shù)性生長的狀況中。連續(xù)培養(yǎng)的特征為在培養(yǎng)物的體積方面產(chǎn)物的連續(xù)增加、以及培養(yǎng)物指數(shù)性生長的維持。存在少量死亡或衰退期或者沒有死亡或衰退期。在連續(xù)培養(yǎng)中，連續(xù)地向細(xì)胞補(bǔ)給新鮮的營養(yǎng)物培養(yǎng)基，同時消耗的培養(yǎng)基、細(xì)胞、以及分泌的細(xì)胞產(chǎn)物被連續(xù)地排除。連續(xù)培養(yǎng)以及生物反應(yīng)器說明于(例如)美國專利號4,764,471;5,135,853;6,156,570中。生物反應(yīng)器生物反應(yīng)器是一個裝置或系統(tǒng)，它支持一種生物學(xué)上具有活性的環(huán)境，例如一個裝置或系統(tǒng)是指在細(xì)胞培養(yǎng)株(例如，哺乳動物、植物、酵母、細(xì)菌細(xì)胞)的背景中使細(xì)胞或組織生長。這種方法可以是好氧的或厭氧的。生物反應(yīng)器常見地是圓柱形的，大小在從幾升至幾立方米的范圍內(nèi)，并且經(jīng)常由不銹鋼制成?；谶\(yùn)行方式，可以將生物反應(yīng)器分為分批、分批補(bǔ)料或連續(xù)(例如，連續(xù)攪拌罐反應(yīng)器模式)?？梢詫⑸锓磻?yīng)器用于大的培養(yǎng)體積中(在100至10,000升的范圍內(nèi))。懸浮細(xì)胞系可以被保存在懸浮液中，例如經(jīng)由該室容器的基托中的推進(jìn)物(例如，攪拌罐或攪拌燒瓶生物反應(yīng)器)或通過將空氣鼓泡穿過培養(yǎng)容器。這兩種攪拌的方法都可以引起機(jī)械性的應(yīng)激。膜、多孔基質(zhì)(例如，陶瓷基質(zhì))、以及多糖凝膠可用于使細(xì)胞免受剪切和/或用于在生物反應(yīng)器中獲得高細(xì)胞密度，這些生物反應(yīng)器可生產(chǎn)持續(xù)數(shù)周或數(shù)月的時間。與滾瓶相似，旋轉(zhuǎn)式生物反應(yīng)器使用了滾動作用以維持細(xì)胞的良好灌注。為了創(chuàng)造出高密度的環(huán)境，可以用半透膜將培養(yǎng)室與補(bǔ)料室分離。這允許將培養(yǎng)基改變，而不干擾細(xì)胞。使用這種原理，Synthecon'sRotaryCellCultureSystem(RCCS)中的旋轉(zhuǎn)作用創(chuàng)造出一種微重力環(huán)境，幾乎消除了剪切力。這允許使細(xì)胞將來自損害控制的資源轉(zhuǎn)移至與其他細(xì)胞建立關(guān)系，對在體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的復(fù)合的三維(3-D)基質(zhì)進(jìn)行模擬。反應(yīng)器容器的尺寸在從10ml至500ml的范圍內(nèi)。生物反應(yīng)器的非限制性實例顯示如下。這種HeraeusminiPERM生物反應(yīng)器結(jié)合了一個可高壓滅菌的外部營養(yǎng)物容器以及一個一次性的內(nèi)部生物反應(yīng)器室?？梢赃x擇針對所希望的產(chǎn)品(例如，在此說明的產(chǎn)品)的截斷適當(dāng)分子量的膜。其小的尺寸允許將它固定在標(biāo)準(zhǔn)物培養(yǎng)箱的內(nèi)部。在四周內(nèi)密度大于每毫升10"個細(xì)胞并且產(chǎn)品產(chǎn)量為160mg，這些是可能的。NewBrunswickScientific'sCdliGenPLUS⑧是一個高度靈活的系統(tǒng)，用于培養(yǎng)基本上所有的真核細(xì)胞系。特征包括一個雙層篩葉輪用于提高02飽和度、相互作用的四個氣體控制、內(nèi)部的環(huán)狀鼓泡器、五個可編程的泵、用于系統(tǒng)控制以及數(shù)據(jù)記錄的計算機(jī)界面、以及四通道的記錄器輸出。這個單元可以作為一個攪拌罐或作為一種纖維性床系統(tǒng)而進(jìn)行使用。62WaveBioreactorTM(來自WaveBiotech,LLC)采用了一種可調(diào)整速度的搖動平臺以及電空氣泵以便在維持低剪切力的同時輕輕地對培養(yǎng)株充氣。較小的培養(yǎng)株和搖動平臺將固定在標(biāo)準(zhǔn)的培養(yǎng)箱中。培養(yǎng)基和細(xì)胞僅接觸一個預(yù)先消毒的、一次性的、被稱為細(xì)胞袋(cellbag)的室，該室被置于一個專門的搖動平臺上。這種平臺的搖擺運(yùn)動在培養(yǎng)液中激起了波紋。這些波提供了混合以及氧轉(zhuǎn)運(yùn)，得到針對細(xì)胞生長的完美環(huán)境，該環(huán)境可以容易地支持超過20x106個細(xì)胞/ml。這種生物反應(yīng)器不需要清潔或滅菌，在運(yùn)轉(zhuǎn)和防止交叉污染方面提供了根本性的便捷。QuarkEnterprises提供了全套的生物反應(yīng)器，包括其用于高密度培養(yǎng)的Spingro⑧燒瓶。這些硼硅攪拌燒瓶在從100ml至36升的范圍內(nèi)，并且特征是Tefkm⑧自旋槳葉、針對探頭以及方便取樣的側(cè)面透氣孔、以及與循環(huán)水浴一起使用的夾套模式。所有模式都是可徹底進(jìn)行高壓滅菌的。ProCultureDynaLiftsystem(Coming)促進(jìn)了灌注并且減少了由于使用一種延長的槳葉、側(cè)擋板、以及底層曲面的剪切作用。可使用尺寸在從125ml至36升的范圍內(nèi)。另一個實例是BraunBiotech'sBiostatBioreactor。最大的細(xì)胞培養(yǎng)株經(jīng)常是在發(fā)酵罐型的系統(tǒng)中獲得的。在這種系統(tǒng)中，對懸浮細(xì)胞進(jìn)行成比例擴(kuò)大是最直接進(jìn)行的。一旦對用于達(dá)到最大產(chǎn)品的參數(shù)已經(jīng)了描繪，則細(xì)胞生長和收獲經(jīng)常是直截了當(dāng)?shù)?。對大多?shù)的供應(yīng)者而言，對pH、氣體飽和度、以及代謝物進(jìn)行在線監(jiān)測是可行的。貼壁細(xì)胞提出了更多的挑戰(zhàn)。一些可以是"適應(yīng)懸浮的"?？梢葬娪梦⑤d體珠作為一種支持物以便對培養(yǎng)進(jìn)行改進(jìn)(參見下文)。攪拌罐生物反應(yīng)器攪拌罐(以及燒瓶)可以提供具有增加密度的細(xì)胞培養(yǎng)株。實例包括如下。一次性StirredTankBioreactor(Xcellerex):—種可度量的、一次性的攪拌罐生物反應(yīng)器(XDRTM)，它可以作為一種單獨(dú)樹立的滑板系統(tǒng)(stand-aloneskidmountedsystem)來運(yùn)〗亍或者被整合至FlexFactoryTM中。XDR結(jié)合了過程感受器，這些過程感受器監(jiān)視這些培養(yǎng)條件并將63其控制達(dá)l，000升或2,000升工作體積刻度。FlexFactoryTM是一個完全的、鑰匙式、模塊生產(chǎn)鏈，用于生物治療藥物和疫苗。這種單次使用、一次性的組分(對于FlexFactoryTM它是核心)為它提供了極大的靈活性以便適應(yīng)新的處理變化(包括多種產(chǎn)品在單一位點上進(jìn)行生產(chǎn))，并且在與傳統(tǒng)的固定罐、硬管設(shè)備進(jìn)行比較時，以顯著更低的成本快速地建立制造能力。Applikon提供一整套系列的攪拌罐，從2.3升工作臺系統(tǒng)至10,000升生產(chǎn)單位。對于所有單位而言，泵、探頭、控制器和軟件也是可以使用的。可供使用的硼硅玻璃容器達(dá)到20升，并且可以采用唇封或磁性耦合的攪拌器進(jìn)行固定。不銹鋼的BioClaveTM容器被設(shè)計成適于進(jìn)行大規(guī)模的生產(chǎn)，并且特征為一個平齊安裝的縱向觀察孔連同選擇唇封或磁力攪拌器。氣升式生物反應(yīng)器可以替代這種攪拌罐的是氣升式生物反應(yīng)器。這種反應(yīng)器沒有移動的葉片來產(chǎn)生剪切力，一些哺乳動物和雜交瘤細(xì)胞對此是尤為敏感。在氧氣穿過底部進(jìn)入時培養(yǎng)基從頂部灌注，創(chuàng)造出一種近乎理想的混合環(huán)境。Kimble-Kontes制造了CYTOLIFT⑧玻璃的氣升式生物反應(yīng)器，其中有效體積為580ml。它易于進(jìn)行清洗并且是完全能進(jìn)行高壓滅菌的，以便性能一致并經(jīng)久耐用。玻璃夾套是全部模式上的標(biāo)準(zhǔn)物。其他的特點包括一個單向閥以便在壓力下降的情況下防止回流、通氣、輸注以及排放的端口、外加針對pH、泡沫水平、以及d02探頭的三個端口。CYTOSTIR(也來自Kimble-Kontes)是一系列九種尺寸(從IOOml至36升)的雙側(cè)臂生物反應(yīng)器。大型高度可調(diào)整的攪拌葉片由TEFLON⑧進(jìn)行構(gòu)建以便使細(xì)胞粘附最小化并且便于清洗。這些組分是可進(jìn)行蒸汽高壓滅菌的。分批式生物反應(yīng)器在分批式生物反應(yīng)器中，一開始就裝填了這種培養(yǎng)基和接種物，并且允許細(xì)胞進(jìn)行生長。不存在培養(yǎng)基的添加/置換，并且在孵育期的末期將整個細(xì)胞團(tuán)進(jìn)行收集。此類生物反應(yīng)器系統(tǒng)的特征如下(i)連續(xù)消耗培養(yǎng)基、(ii)積累細(xì)胞的廢物、(iii)生長速率發(fā)生改變以及(iv)在細(xì)胞的組成中連續(xù)發(fā)生變化。通過將針對培養(yǎng)基的入口以及針對培養(yǎng)基/培養(yǎng)基外加細(xì)胞的出口關(guān)閉，自旋過濾生物反應(yīng)器可作為一種分批式生物反應(yīng)器來使用。分批式生物反應(yīng)器可獲自，例如RockkndImmunochemicals,Inc。補(bǔ)料分批式生物反應(yīng)器-在補(bǔ)料-分批式(半分批)生物反應(yīng)器中，添加補(bǔ)料，但是并不將排放液(以及細(xì)胞)去除。因此，可使用補(bǔ)料-分批式生物反應(yīng)器以便將細(xì)胞維持在低底物或營養(yǎng)物的條件下而沒有發(fā)生清除。因為在培養(yǎng)的過程中沒有將細(xì)胞去除，補(bǔ)料分批式生物反應(yīng)器很適于在非常緩慢或零增長的過程中所生產(chǎn)的產(chǎn)品的產(chǎn)生。不同于連續(xù)式生物反應(yīng)器，這種補(bǔ)料不需要包含維持生長所需的全部營養(yǎng)物。這種補(bǔ)料可能僅僅包含一個氮源或一個代謝物的前體。連續(xù)式生物反應(yīng)器在連續(xù)式生物反應(yīng)器中，在整個孵育期的過程中存在著新鮮培養(yǎng)基的連續(xù)流入以及使用過的培養(yǎng)基的流出(有或者沒有細(xì)胞)。因此，這些細(xì)胞在進(jìn)入該反應(yīng)器的新鮮培養(yǎng)基上進(jìn)行連續(xù)增殖，并且同時產(chǎn)品、代謝的廢物產(chǎn)品、以及細(xì)胞在這種排放液中被去除。自旋過濾式生物反應(yīng)器是連續(xù)流動式生物反應(yīng)器的一種實例。它可以具備以下特色(1)生物反應(yīng)器的中心軸容納了一個自旋過濾器，它能夠去除使用過的不含細(xì)胞的培養(yǎng)基；(2)磁性耦連至中心軸上的攪拌盤提供了連續(xù)性攪拌；這種自旋過濾器也攪拌了這種培養(yǎng)株；(3)通過鼓泡器對培養(yǎng)株充氣，這允許寬范圍的充氣速率；(4)提供用于加入新鮮培養(yǎng)基的一個端口，同時(5)如每個所需，另一個端口能夠去除這種培養(yǎng)物(使用過的培養(yǎng)基+細(xì)胞)。這種生物反應(yīng)器提供了一個高度多樣性的系統(tǒng)，用于對培養(yǎng)基的變化速率以及細(xì)胞密度進(jìn)行控制；由于這兩種針對培養(yǎng)基去除的途徑，這變成有可能的，同時它們中僅有一種允許去除細(xì)胞。連續(xù)流動式生物反應(yīng)器可用于在一個具有活力的生長期中以明確的細(xì)胞密度來生長細(xì)胞；此類培養(yǎng)可以提供接種物用于進(jìn)一步培養(yǎng)、或者可以充當(dāng)一個連續(xù)的生物質(zhì)產(chǎn)量的來源。固定化細(xì)胞的生物反應(yīng)器這些生物反應(yīng)器是基于嵌于凝膠(如瓊脂糖、瓊脂、殼聚糖、明膠、胞外多糖、聚丙烯酰胺、以及藻酸鈣)中的細(xì)胞以產(chǎn)生珠子，或者嵌于一個膜或金屬(不銹鋼)篩選室或圓筒內(nèi)。作為這種生物反應(yīng)器的運(yùn)轉(zhuǎn)的一個實例這種含有細(xì)胞的膜篩選筒保存在一個室中，通過該室，培養(yǎng)基從一個再循環(huán)室中進(jìn)行循環(huán)。這種培養(yǎng)基與這種篩選筒平行流動并且穿過此篩擴(kuò)散至細(xì)胞團(tuán)中。類似地，產(chǎn)品從細(xì)胞擴(kuò)散至培養(yǎng)基中并從篩筒中流出。容納這些細(xì)胞的膜/篩室可以是圓柱形的或扁平的，并且將培養(yǎng)基的移動進(jìn)行調(diào)整以便在整個篩室流動而不與它平行。有規(guī)律地添加新鮮的培養(yǎng)基，并且等量體積的使用過的培養(yǎng)基從再循環(huán)室中排出以便維持其養(yǎng)分狀態(tài)。與處于懸浮中的細(xì)胞相比，細(xì)胞的固定改變了細(xì)胞的生理學(xué)。這項技術(shù)是有用的，在所感興趣的生物化學(xué)物質(zhì)由這些細(xì)胞分泌至培養(yǎng)基中之內(nèi)。產(chǎn)物分泌還可以通過將其自身固定而引起，或者通過某些處理，像改變pH、將DMSO(二甲亞砜)作為一種滲透劑進(jìn)行使用、改變培養(yǎng)基的離子強(qiáng)度、一種誘導(dǎo)子、等等。固定化細(xì)胞的反應(yīng)器可以具備以下優(yōu)勢(i)沒有細(xì)胞被沖洗掉的風(fēng)險，(ii)低污染風(fēng)險，(iii)使細(xì)胞免受液體的切割，(iv)對細(xì)胞團(tuán)塊的大小進(jìn)行良好的控制，(v)將生長期(在一批/連續(xù)式生物反應(yīng)器中)與生產(chǎn)階段(在一種固定化細(xì)胞的生物反應(yīng)器中)分離，(vi)將細(xì)胞的廢物有規(guī)律地從該系統(tǒng)中去除，以及(vii)以高細(xì)胞密度進(jìn)行培養(yǎng)。多階段的生物反應(yīng)器此類培養(yǎng)系統(tǒng)按照明確的順序使用了兩個或更多生物反應(yīng)器，其中各個生物反應(yīng)器進(jìn)行總體生產(chǎn)過程中的一個特定步驟。最簡單的情況將涉及兩個生物反應(yīng)器。例如，為了生產(chǎn)一種生物化學(xué)物質(zhì)，這兩個生物反應(yīng)器都可以是分批型的第一個生物反應(yīng)器提供了用于快速細(xì)胞增殖的條件并且有利于生物質(zhì)的生產(chǎn)，而第二個生物反應(yīng)器具備可進(jìn)行生物化學(xué)的生物合成以及累積的條件。從第一階段的生物反應(yīng)器對這種細(xì)胞的生物質(zhì)進(jìn)行收集，并且將這種細(xì)胞生物質(zhì)用作第二階段反應(yīng)器的接種體。作為另一個實例，該第一個反應(yīng)器可以處于連續(xù)模式中，而該第二個反應(yīng)器可以是分批類型的。來自這種生物反應(yīng)器的細(xì)胞團(tuán)充當(dāng)接種體的一種連續(xù)來源，用于第二階段分批類型的生物反應(yīng)器，該生物反應(yīng)器具有胚胎發(fā)育以及成熟所必需的條件(而不針對細(xì)胞增殖)。使用連續(xù)性第一階段生物反應(yīng)器可以提供一種或多種優(yōu)勢，例如(i)在兩次運(yùn)行之間避免對一批反應(yīng)器進(jìn)行清洗等等所需要的時間、人力、以及成本，(ii)消除分批培養(yǎng)的停滯期，以及(iii)提供一種更均勻的并且活力增加的細(xì)胞群體。灌注生物反應(yīng)器用于灌注培養(yǎng)的生物反應(yīng)器是可以使用的。實例如下來自CorningLifeSciences的TheCellCubeSystem提供了一種快速簡單并且簡潔的方法，用于在連續(xù)灌注式生物反應(yīng)器中附著依賴性細(xì)胞的團(tuán)塊培養(yǎng)。這種系統(tǒng)是一個容易膨脹的系統(tǒng)，用于在生物質(zhì)、病毒、以及可溶解的生物分子的生產(chǎn)中的所有水平之中生長貼壁細(xì)胞。這個基本系統(tǒng)使用了一次性的CellCube⑧Modules，它具有從8，500cm2至85，000cn^的細(xì)胞生長面(使用相同的控制組件)。CellCube⑧Modules具有聚苯乙烯生長面，該生長面可使用立式組織培養(yǎng)表面或先進(jìn)的ComingCelffiINDSurface,用于改進(jìn)細(xì)胞的附著。這些一次性的聚苯乙烯模塊容納了3.5升的培養(yǎng)基，并且包含25塊平行板用于每立方米總共21,000cn^的生長面積，可膨脹高達(dá)340,000cm2(4/100的堆疊)。這種可內(nèi)部進(jìn)行連接的立方體位于一個拐角處，其中培養(yǎng)基從底部進(jìn)入并從頂部溢出。CellCubeSystem由四個主要的設(shè)備組成系統(tǒng)控制器、充氧器(oxygenator)、循環(huán)泵、以及培養(yǎng)基泵。這種數(shù)字型控制器的特點為對灌注、pH、d02、以及溫度進(jìn)行在線監(jiān)測。離心式生物反應(yīng)器另一個類型的生物反應(yīng)器是一種離心式生物反應(yīng)器，例如KineticBiosystems'CBR2000離心式生物反應(yīng)器。針對工業(yè)生產(chǎn)進(jìn)行設(shè)計，與攪拌罐生物反應(yīng)器相比它可以獲得高達(dá)10,000倍的密度。培養(yǎng)基通過這個軸輸入，然后通過旋轉(zhuǎn)作用被排出，其中它們進(jìn)入了反應(yīng)室。通過采用灌注來對抗離心力使細(xì)胞保存在懸浮物中。通過這個軸去除廢物產(chǎn)品，并且每小時取樣10次。生長和生產(chǎn)參數(shù)的實時分析是指可以對任何干擾進(jìn)行快速調(diào)整。最后的結(jié)果可以是提高產(chǎn)品產(chǎn)率和品質(zhì)。每說明書第63/83頁個室能夠產(chǎn)生lxlO"個細(xì)胞，其中每個轉(zhuǎn)子支持三個室。微載體對于貼壁的細(xì)胞系(例如，針對生物反應(yīng)器細(xì)胞培養(yǎng))而言，可以通過加入微載體珠子來增加所獲得的細(xì)胞密度。這些小珠子的直徑為301im至1005pm，并且可以由葡聚糖、纖維素、明膠、玻璃或硅石制成，并且能夠增加可供細(xì)胞附著的表面積?？晒┦褂玫奈⑤d體的范圍是指在這個系統(tǒng)中生長大多數(shù)的細(xì)胞類型，這是可能的。顆粒以兩種形式進(jìn)入固體形式和多孔形式。固體珠子是最能夠進(jìn)行控制用于生物質(zhì)的收集，而多孔珠子更適于分泌的或溶解產(chǎn)物。其他的基質(zhì)維持著珠粒的穩(wěn)定，產(chǎn)生固體床，通過該固體床灌注培養(yǎng)基。使用懸浮大孔珠子的微載體培養(yǎng)易于進(jìn)行成比例擴(kuò)大。這些系統(tǒng)與常規(guī)的表面微載體培養(yǎng)的不同之處在于這些細(xì)胞是在這些基質(zhì)孔的內(nèi)部以高密度進(jìn)行固定并且免受流體剪切力。大孔珠子的另一個優(yōu)點是它們可以按照與常規(guī)的微載體相同的方式從大量培養(yǎng)基中直接進(jìn)行接種。懸浮珠粒的固定系統(tǒng)可被用在多個不同的反應(yīng)器構(gòu)型(包括懸浮床或攪拌罐生物反應(yīng)器)中。這些系統(tǒng)可以通過增加這種生物反應(yīng)器的體積以及珠粒的數(shù)目而進(jìn)行成比例擴(kuò)增。懸浮大孔珠子的技術(shù)也是可以使用的。在哺乳動物中試圖模擬細(xì)胞培養(yǎng)的環(huán)境中，這些大孔珠子是以膠原為基礎(chǔ)的(例如，膠原、明膠、或膠原-葡糖胺多糖)。例如，為了易于適應(yīng)具體的培養(yǎng)容器，由AshbyScientific生產(chǎn)的PorousImmobaSil微珠子可以使用不同的形狀和大小。它們是氣體可滲透的，允許使培養(yǎng)密度達(dá)到3x10Vml對于得到最大化的產(chǎn)品產(chǎn)量。AmershamPharmacia(AP)Biotech提供了微載體和流化床反應(yīng)器。針對CHO-型細(xì)胞，對CytoporeI珠子進(jìn)行了優(yōu)化，而CytoporeII珠子用于要求較高的表面電荷密度的貼壁細(xì)胞。CytolineI珠子適于要求高循環(huán)速率的具有彈性的細(xì)胞。針對剪切力敏感的細(xì)胞(如，需要較為緩慢地進(jìn)行循環(huán)的雜交瘤)對這種低密度的CytolineII載體進(jìn)行優(yōu)化。APBiotech已經(jīng)設(shè)計了Cytopilot流化床系統(tǒng)灌注反應(yīng)器用于與它的Cytoline珠子一起使用。用于細(xì)胞培養(yǎng)株生長的玻璃表面微載體說明于美國專利號4,448，884中。而且，已經(jīng)對用于微載體細(xì)胞培養(yǎng)株的雙側(cè)臂攪拌的生物反應(yīng)器的CYTOSTIR⑧管線(來自Kontes)徹底地進(jìn)行了重新設(shè)計以便改進(jìn)性能并提高互換性。CYTOSTIR⑧生物反應(yīng)器在從100mL至36升的九種尺寸的范圍內(nèi)是可以使用的。這些硼硅玻璃燒瓶具有兩個帶有螺帽閉合的大的側(cè)臂，它們允許容易地進(jìn)行取樣。在該燒瓶底的中心的圓頂防止微載體直接積累在這些攪拌葉片之下。對這種大的、高度可調(diào)整的TEFLON⑧攪拌葉片進(jìn)行設(shè)計以提供最大程度的攪拌效率以便按照組織培養(yǎng)所要求的緩慢的攪拌速度將微載體保持在懸浮液中。在攪拌過程中，培養(yǎng)株僅僅接觸了硼硅玻璃和TEFLON⑧。所有一升以及尺寸更大的燒瓶具有防滴落的傾倒口以及帶有密封環(huán)的聚丙烯帽。所有CYTOSTIR⑧生物反應(yīng)器和組件是可徹底進(jìn)行蒸汽高壓滅菌的。旋轉(zhuǎn)器培養(yǎng)這是一種常見的培養(yǎng)方法，用于懸浮細(xì)胞系(包括雜交瘤以及貼壁的細(xì)胞系，這些細(xì)胞系已經(jīng)適應(yīng)于在懸浮液中生長)。旋轉(zhuǎn)燒瓶是塑料瓶或玻璃瓶，它們帶有一個中央磁力攪拌軸以及用于將細(xì)胞和培養(yǎng)基加入并去除的側(cè)臂，并且用富含C02的氣體進(jìn)行通氣。接種旋轉(zhuǎn)器燒瓶被置于攪拌器上，并且在適合于該細(xì)胞系的培養(yǎng)條件下進(jìn)行孵育?？梢詫ε囵B(yǎng)株進(jìn)行攪拌，例如以100至250轉(zhuǎn)/分鐘。進(jìn)行設(shè)計以處理l至12升的培養(yǎng)株體積的旋轉(zhuǎn)器燒瓶系統(tǒng)可獲自Techne、Sigma、以及Bellco，例如(生產(chǎn)號Z380482-3升容量以及Z380474-1升容量)。旋轉(zhuǎn)器培養(yǎng)系統(tǒng)的另一個實例是MantaRay單次使用的旋轉(zhuǎn)器燒瓶。WheatonScienceProducts提供了成比例擴(kuò)大的系統(tǒng)用于所有水平的生產(chǎn)。它的Magna-Flex⑧SpinnerFlask具有球莖形的彎曲型的玻璃推進(jìn)器用于和微珠子一起使用?？梢苿拥牟讳P鋼別針將這種推進(jìn)器固定以便在處理過程中防止細(xì)胞受損。尺寸在從125毫升至8升的范圍內(nèi)是可以使用的，它們完全是可高壓滅菌的。還可以使用的是CellOptimizerTMSystem,用于在按比例擴(kuò)大之前確定最適宜的培養(yǎng)條件，以及OverdriveTM，用于高達(dá)45升的經(jīng)濟(jì)的工業(yè)水平的生產(chǎn)。來自B.BraunBiotech的SuperSpinner是一種入門水平的攪拌燒瓶，它適于500毫升以及1000毫升的培養(yǎng)，并且特征為一個鼓泡-釋放充氣/攪拌系統(tǒng)。Biostat⑧系列的攪拌容器處理了尺寸從50毫升至10升的培養(yǎng)物，并且包括徹底的立等可用的系統(tǒng)以及對先前存在的組分進(jìn)行整合的系統(tǒng)。TechneUK提供了體積高達(dá)5升的一個完整系列的攪拌燒瓶。設(shè)計為帶用一個攪拌棒而非葉片，通過消除旋轉(zhuǎn)軸承它們簡化了清洗和高壓滅菌。這種獨(dú)特的攪拌作用在整個培養(yǎng)株中在溫和的旋轉(zhuǎn)中產(chǎn)生了垂直和水平的流動。它的可編程的攪拌平臺的系列的特征為SOFTSTARTTM加速/減速控制以便減少來自過度攪拌的細(xì)胞損壞。WheatonScienceProducts提供了按比例擴(kuò)大的系統(tǒng)，用于所有水平的生產(chǎn)水平。它的Magna-Flex⑧SpinnerFlasks具有球莖形的、彎曲型的玻璃推進(jìn)器用于和微珠子一起使用?？梢苿拥牟讳P鋼別針將推進(jìn)器固定以便在操作過程中防止細(xì)胞受損。尺寸在從125毫升至8升的范圍內(nèi)是可以使用的，它們完全是可高壓滅菌的。還可以使用的是CellOptimizerTM，用于在按比例放大之前確定最適宜的培養(yǎng)條件，以及OverdriveTM，用于高達(dá)45升的經(jīng)濟(jì)的工業(yè)水平的生產(chǎn)。T燒瓶培養(yǎng)貼壁或懸浮培養(yǎng)可以生長在T燒瓶，如T-25、T-76、T-225燒瓶。這些帽可以用塞子進(jìn)行密封或通氣。這些燒瓶可以是塑料的或玻璃的。這些燒瓶的表面可以涂覆有(例如)包含多種帶負(fù)電荷的官能團(tuán)的親水部分(moiety)和/或支持細(xì)胞附著、擴(kuò)散、以及分化的包含氮的官能團(tuán)。T燒瓶可獲自，例如Nunc、Nalgene、Corning、Greiner、Schott、Pyrex、或Costar。細(xì)胞培養(yǎng)皿細(xì)胞可以生長在培養(yǎng)皿中。這些皿的表面可以涂覆有(例如)包含多種帶負(fù)電荷的官能團(tuán)的親水的部分和/或支持細(xì)胞附著、擴(kuò)散、以及分化的包含氮的官能團(tuán)。培養(yǎng)皿可獲自，例如BD、Biosciences、Corning、Greiner、Nunc、Nunclon、Pyrex。懸浮細(xì)胞培養(yǎng)懸浮細(xì)胞可以生長在(例如)生物反應(yīng)器中、培養(yǎng)皿、燒瓶、或轉(zhuǎn)瓶中，(例如)如在此進(jìn)行說明。靜止的懸浮培養(yǎng)系統(tǒng)靜止的懸浮系統(tǒng)的一個實例是CELLine1000。這種CELLineTM1000(IntegraBioscience,Chur，Switzerland)裝置是一種基于膜的一次性的細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)。它是由兩個室組成的，一個培養(yǎng)室(20毫升)以及由一個半透性的透析膜(截斷10kD的分子量)所分離的一個營養(yǎng)物供給室(1000毫升)，該透析膜允許小的營養(yǎng)物以及生長因子擴(kuò)散至生產(chǎn)室中。這些細(xì)胞的氧氣供給以及C02擴(kuò)散觀察一層氣體可通透的有機(jī)硅膜而發(fā)生?？贵w濃縮在這種生產(chǎn)培養(yǎng)基中。這種培養(yǎng)系統(tǒng)要求一個C02孵育箱。例如，為了達(dá)到最佳的生產(chǎn)水平，這種裝置可以用50x106個細(xì)胞進(jìn)行接種，并且將80%的生產(chǎn)培養(yǎng)基以及整個營養(yǎng)物培養(yǎng)基每周更換兩次。旋轉(zhuǎn)懸浮培養(yǎng)系統(tǒng)此類系統(tǒng)包括轉(zhuǎn)瓶(已在此進(jìn)行討論)。旋轉(zhuǎn)懸浮體系統(tǒng)的一個實例是miniPERM(Vivascience,Hannover,Germany),它是一種經(jīng)修飾的轉(zhuǎn)瓶兩室生物反應(yīng)器，其中一種半透性的透析膜將生產(chǎn)模塊(35毫升)與營養(yǎng)物模塊(450毫升)分離。營養(yǎng)物和代謝產(chǎn)品通過該膜進(jìn)行擴(kuò)散，并且分泌出的抗體濃縮在該生產(chǎn)模塊中。充氧作用和C02供給貫穿在該生產(chǎn)模塊的外側(cè)的一個氣體可通透的有機(jī)硅膜發(fā)生并且通過一個第二有機(jī)硅膜延伸至該營養(yǎng)模塊中。這種miniPERM必須被置于C02孵育箱內(nèi)部的一個滾動基托上。有可能的是將兩個滾動基托共同置在一個180升的C02孵育箱中，各個最多支持四個生物反應(yīng)器(即，相同量的空間被1至4個孵育箱占據(jù))。轉(zhuǎn)瓶這是用來將貼壁細(xì)胞(也被稱為錨定依賴性細(xì)胞系)開始按比例擴(kuò)大的最為常見的方法。轉(zhuǎn)瓶是圓筒狀的容器，它們緩慢地進(jìn)行旋轉(zhuǎn)(在5與60轉(zhuǎn)/小時之間)，使附著在該培養(yǎng)基內(nèi)表面的細(xì)胞浸泡在培養(yǎng)基中。典型地具有1050cr^表面積的轉(zhuǎn)瓶是可以使用的(生產(chǎn)號Z352969)。轉(zhuǎn)瓶中有一些尺寸存在問題，這是因為它們難以在微生物學(xué)的安全柜的有限空間中進(jìn)行操作。最近，具有擴(kuò)張內(nèi)表面的轉(zhuǎn)瓶已經(jīng)變成可以使用的，它使得對表面積大的培養(yǎng)瓶進(jìn)行操作更可以進(jìn)行控制，但是如果有可能，應(yīng)該避免重復(fù)性的操作以及用轉(zhuǎn)瓶進(jìn)行傳代培養(yǎng)。使用轉(zhuǎn)瓶的另一個問題是與細(xì)胞的附著有關(guān)，因為一些細(xì)胞系貼壁并不均勻。對于上皮細(xì)胞而言這是個具體的問題。在細(xì)胞以低附著效率進(jìn)行附著的過程中，通過將旋轉(zhuǎn)速度優(yōu)化，通常是通過減小速度速，可以部分克服一些問題。轉(zhuǎn)瓶被用于每種可以得到的應(yīng)用中。作為需要周期性的按比例擴(kuò)大的小型實驗室的一個良好的起始點，它們也正在被用于大型工業(yè)生產(chǎn)。因為這些培養(yǎng)物按照類似于燒瓶的方式進(jìn)行接種并維持在其中，典型地其他額外的處理不是必需的。將小齒條固定在標(biāo)準(zhǔn)的孵育箱內(nèi)部，省去了對額外的資金開支的需要。轉(zhuǎn)瓶具有多種構(gòu)型塑料、玻璃、褶狀物、平面、有孔的、或固態(tài)?？梢詫⒉Ａ静⑶以俅芜M(jìn)行使用，其中不同的塑料和涂層對一種分類的細(xì)胞類型的生長進(jìn)行優(yōu)化。褶狀物增加了有效生長面，由此增加了產(chǎn)品產(chǎn)率而無需額外的空間要求。有孔的帽被用于在C02環(huán)境下進(jìn)行培養(yǎng)，而固體的帽對于在溫室或不受調(diào)節(jié)的孵育箱中是最佳的。轉(zhuǎn)瓶可獲自，例如Corning。貼壁細(xì)胞培養(yǎng)貼壁細(xì)胞可以生長在(例如)生物反應(yīng)器、培養(yǎng)皿、燒瓶、或轉(zhuǎn)瓶中，(例如)如在此進(jìn)行說明?？梢詫@些細(xì)胞所貼附的表面進(jìn)行處理或包被以便促進(jìn)或支持細(xì)胞附著、擴(kuò)散、和/或分化。包被物包括賴氨酸(例如，聚-D-賴氨酸)、聚乙烯亞胺、膠原、糖蛋白(例如，纖連蛋白)、明膠、等等。搖床燒瓶搖床燒瓶可用于為細(xì)胞培養(yǎng)物提供更大的攪拌以便改進(jìn)氧氣或氣體的轉(zhuǎn)移，(例如)如與靜止的培養(yǎng)物進(jìn)行比較。搖床燒瓶可獲自，例如Pyrex禾口Nalgene。灌注灌注系統(tǒng)允許從外部的培養(yǎng)基瓶對細(xì)胞室進(jìn)行連續(xù)補(bǔ)料，如在此所說明。細(xì)胞被保留在細(xì)胞室中(例如，生物反應(yīng)器、床灌注生物反應(yīng)器、填充床灌注生物反應(yīng)器)。灌注系統(tǒng)的供應(yīng)商包括DayMoonIndustries,Inc.以及NewBrunswickScientific?？招睦w維細(xì)胞培養(yǎng)空心纖維是具有一種預(yù)先確定所截斷的分子量的小管-樣過濾器?？梢詫⑦@些大的纖維束裝入圓柱狀的模塊中，這些模塊在確保液體的灌注時對細(xì)胞和抗體提供一種絕對的屏障?？招睦w維模塊可以在小體積中提供一種大的表面積。這些空心纖維的壁充當(dāng)半透性的超濾膜。細(xì)胞生長在圍繞著這些纖維的毛細(xì)管外的空間中，并且在這些纖維的內(nèi)部連續(xù)地灌注培養(yǎng)基。代謝物和小的營養(yǎng)物根據(jù)濃度梯度在毛細(xì)管內(nèi)外空間之間自由地進(jìn)行散布。培養(yǎng)監(jiān)測可以通過測量乳酸鹽來進(jìn)行。此類系統(tǒng)的實例包括CellexBiosciences'AcuSyst空心纖維反應(yīng)器°另一個實例是Cell-Pharmsystem100(CP100，BioVest，Minneapolis,,),它是一個完全整合的空心纖維細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)。這種細(xì)胞培養(yǎng)物單位由兩個柱子構(gòu)成一個充當(dāng)細(xì)胞室，而另一個充當(dāng)充氧作用單位。這個系統(tǒng)是一個獨(dú)立式的臺頂式(benchtop)系統(tǒng)，具有一個一次性的流路(flowpath)，產(chǎn)量高達(dá)400mg/月。TheCell-Pharmsystem2500(CP2500,BioVest)是一種空心纖維細(xì)胞培養(yǎng)生產(chǎn)系統(tǒng)，該系統(tǒng)可以生產(chǎn)大規(guī)模數(shù)量的由細(xì)胞產(chǎn)生的產(chǎn)品，例如單克隆抗體。與CP100不同，它由針對這些細(xì)胞的兩個纖維柱子構(gòu)成，并且由此提供了一個大的細(xì)胞生長面(3.25m2)。一個第三柱子用于培養(yǎng)基的充氧作用(oxygenationsFiberCell(FibercellSystemsInc.,Frederick,MD)空心纖維細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)由一個培養(yǎng)基庫(250毫升)以及一個60毫升的纖維柱子(1.2m2)所組成，二者均連接至一個單一的微處理器控制的泵上。有可能的是通過用一個5升的燒瓶替換這種初始培養(yǎng)基庫來延長培養(yǎng)基的供給周期。與這種Cell-Pharm⑧系統(tǒng)相比，F(xiàn)iberCellTM生物反應(yīng)器在C02孵育箱的內(nèi)部進(jìn)行使用。充氧作用通過一種氣體可通透的管子而發(fā)生。CellexBiosciences制造了空心纖維反應(yīng)器，用于所有水平的生產(chǎn)。將這種AcuSyst-XCELL⑧設(shè)計成用于大規(guī)模生產(chǎn)分泌出的蛋白質(zhì)，每月生產(chǎn)60克至200克的蛋白質(zhì)。它的AcuSystminiMaxTM是一個靈活的研究規(guī)模的臺頂式(bencht叩)生物反應(yīng)器，每月能夠生產(chǎn)高達(dá)10g的蛋白質(zhì)。對于單次使用或在數(shù)周期間進(jìn)行試驗性研究而言，經(jīng)濟(jì)的ResCu-PrimerTM帶有一種選擇的空心纖維以及陶瓷基質(zhì)，每月生產(chǎn)高達(dá)200mg。UnisynCell-PharmMicroMouseTM是一個一次性的系統(tǒng)，具有1.5ft2的足跡，裝配在一個標(biāo)準(zhǔn)的實驗室孵育箱的內(nèi)部。它每月能夠生產(chǎn)高達(dá)250mg的單克隆抗體，持續(xù)三個月。IntegraBiosciences的TECNOMOUSE⑧是一種模塊式托架系統(tǒng)，具有五個分離的盒室。對高達(dá)五種不同的細(xì)胞系進(jìn)行培養(yǎng)高達(dá)30周，每月各自均產(chǎn)生200mg抗體。這種經(jīng)整合的氣體供應(yīng)以及在線監(jiān)測能力幫助對培養(yǎng)條件進(jìn)行控制。細(xì)胞工廠細(xì)胞工廠被用于大規(guī)模(例如，工業(yè)規(guī)模)的細(xì)胞培養(yǎng)以及生物材料的產(chǎn)品，如疫苗、單克隆抗體或藥物。這些工廠可用于貼壁細(xì)胞或懸浮培養(yǎng)。這種生長動力學(xué)與實驗室規(guī)模的培養(yǎng)相類似。細(xì)胞工廠在具有容易操作以及低污染風(fēng)險的一個小面積中提供了大量的生長面。細(xì)胞工廠是一堆密封的室，具有常見的氣孔以及填充端口。40個室的工廠可以替換30個轉(zhuǎn)瓶。為了生長條件一致，打開這些室的連接造成培養(yǎng)基裝填非常均勻。氣孔可以被加帽或裝配有細(xì)菌的空氣通氣口。細(xì)胞工廠可以從(例如)聚苯乙烯進(jìn)行塑形。細(xì)胞工廠的供應(yīng)商包括Nunc?？梢詫@些工廠的表面進(jìn)行處理以改進(jìn)生長或細(xì)胞的附著條件，例如用Nunclon⑧A進(jìn)行處理。NunclonCellFactoriesTM是低矮的、一次性的、聚苯乙烯、可通氣的室，它們一個、兩個、10個、以及40個堆疊在一起。由于相連接的盤子的創(chuàng)新性設(shè)計，接種、補(bǔ)料、以及收集是直截了當(dāng)?shù)摹＜?xì)胞培養(yǎng)袋細(xì)胞培養(yǎng)袋(例如，單次使用的細(xì)胞培養(yǎng)袋)，可用于生長哺乳動物、昆蟲、以及植物的細(xì)胞。對于懸浮、灌注、以及微載體培養(yǎng)而言，這些袋便利并且柔性。細(xì)胞培養(yǎng)袋的供應(yīng)商包括DayMoonIndustries,Inc.以及DunnLabortechnikGmbH。通過對這些袋子進(jìn)行攪拌激起的輕微波動，產(chǎn)生了針對細(xì)胞生長的一種優(yōu)越的混合和充氧作用環(huán)境。裝備有內(nèi)部的浸管以及篩濾器，培養(yǎng)基交換和用微載體進(jìn)行灌注培養(yǎng)得到簡化。內(nèi)裝的螺旋帽端口可以為微載體珠子、細(xì)胞附著的基質(zhì)、以及組織培養(yǎng)的非限制性進(jìn)入提供方便。74這種袋狀系統(tǒng)還在袋子的頂部空間與環(huán)境之間的氣體輸送中提供了一個更大的靈活性，并且它能夠進(jìn)行氣體擴(kuò)散以及持續(xù)地將氣體排出。通過這種內(nèi)裝在螺旋帽上的微孔膜氣體擴(kuò)散提供針對大多數(shù)細(xì)胞培養(yǎng)所需要的足夠的氣體交換。如果要求，可以通過這些鎖緊端口(luerport)中的一個添加壓縮化的空氣或在1.5PSI以下的氣體，并且通過這個膜帽將它們排出。作為一個實例，OptimaTM是一個單次使用的細(xì)胞培養(yǎng)袋，它針對生長昆蟲、植物、以及哺乳動物的細(xì)胞提供了方便、容量、以及靈活性。對OptimaTM進(jìn)行設(shè)計用于在常規(guī)的實驗室搖床或搖動平臺上進(jìn)行使用?？梢栽诰哂泄ぷ魅萘扛哌_(dá)4升的兩個標(biāo)準(zhǔn)袋中進(jìn)行使用，這種OptimaTM可用于高體積的懸浮培養(yǎng)，為攪拌生物反應(yīng)器提供了一個具有成本效益的替代物。將Optima-miniTM袋設(shè)計成固定在大多數(shù)的實驗室搖床以及搖動平臺，不要求明確的設(shè)備。選擇生產(chǎn)參數(shù)的步驟涉及對選擇以下各項的一種補(bǔ)給條件進(jìn)行選擇聚糖和糖蛋白的純化可將包括純化和配置的生產(chǎn)參數(shù)用于產(chǎn)生具有一種或多種所希望的聚糖特性的一種糖蛋白制備品?？蓪⒉煌募兓椒ㄓ糜趽p害這種經(jīng)純化的糖蛋白制備品的聚糖特征。例如，可以對基于親和力的方法、基于電荷的方法、基于極性的方法、以及基于尺寸和/或聚集來進(jìn)行區(qū)別的方法進(jìn)行選擇以便提供具有一種或多種所希望的聚糖特性的一個糖蛋白制備品。例如，可將通常的液相色譜法用于基于極性來分離聚糖和/或糖蛋白。反向色譜法可使用，例如衍生化的糖類?？蓪㈥庪x子交換柱用于純化唾液酸化的、磷酸化的、以及硫酸化的糖類。其他方法包括高pH陰離子交換色譜法，并且可使用尺寸排阻色譜法并且是基于尺寸進(jìn)行分離的。對基于親和力的方法進(jìn)行選擇，它們優(yōu)選地結(jié)合某些化學(xué)單位以及聚糖結(jié)構(gòu)。一些基質(zhì)(如間-氨基苯基硼酸、固定化的凝集素以及抗體)可以結(jié)合特定的聚糖結(jié)構(gòu)。間-氨基苯基硼酸基質(zhì)可以與包含1,2-順式-二醇基團(tuán)的任何一種分子(如，一種碳水化合物)形成一種暫時的共價鍵。隨后，可以將這種共價鍵破壞以便對所感興趣的蛋白進(jìn)行洗脫。凝集素是識別碳水化合物的蛋白質(zhì)的一個家族，它們對不同的單糖顯示出親和力。凝集素特異性地并且可逆地與碳水化合物結(jié)合。由凝集素識別的主要的單糖包括甘露糖/葡萄糖、半乳糖/N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰葡糖胺、巖藻糖、以及唾液酸(QProteomeGlycoarrayHandbook，Qiagen，September2005，獲自http:〃wolfson.huji.ac.il/purification/PDF/Lectins/QIAGEN_GlycoArrayHandbook.pdf)或類似的參考文獻(xiàn)。凝集素基質(zhì)(例如，柱子或陣列)可以由多種凝集素組成，這些凝集素類具有變化的和/或重疊的特異性以便與具有特異的聚糖組分的糖蛋白相結(jié)合。一些凝集素通常用于對糖蛋白進(jìn)行純化，這些糖蛋白包括刀豆蛋白A(concavalinA)(經(jīng)常偶聯(lián)至Sepharose或瓊脂糖上)以及WheatGerm?？咕厶强贵w也可以通過在本領(lǐng)域中巳知的方法進(jìn)行產(chǎn)生并且用于親和柱中以便結(jié)合并且純化糖蛋白。凝集素或抗體與配體(如，一種糖蛋白)的相互作用允許形成交聯(lián)的復(fù)合物，這種交聯(lián)的復(fù)合物經(jīng)常是不可溶的，并且可以作為沉淀進(jìn)行鑒定(Varkietal.，ed.,"Protein-GlycanInteractions"inEssentialsofGlycobiology，獲自萬維網(wǎng)http:〃www.ncbLnlm.nih.g;ov/books/bv.fcgirid=g:lyco.section.269)或相似的參考文獻(xiàn)。在這項技術(shù)中，用一種糖蛋白或一種聚糖對固定量的凝集素或抗體(受體)進(jìn)行滴定，并且配體與受體處于精確的比率，形成了一種沉淀(Varki等)。這種沉淀對該配體與受體的親合常數(shù)是高度特異的(Varki等)。另一個沉淀方法利用這一事實，即在一種凝集素與一種聚糖之間的一種復(fù)合物可以被"鹽化"出來或通過硫酸鉸進(jìn)行沉淀(Varki等)。目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品在此說明的這些方法可用于提供具有一種或多種所希望的聚糖特性的一種靶糖蛋白產(chǎn)品。如在此所說明，這種目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的一種或多種聚糖特性可以與一種主要糖蛋白產(chǎn)品相同或與其基本上類似，或者這種目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的一種或多種聚糖特性可以不同于這種主要糖蛋白產(chǎn)品的那些聚糖特性。例如，這種目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的聚糖特性可以是一種聚糖特征，該聚糖特征不同于一種主要糖蛋白產(chǎn)品的聚糖特征，如附著于一個預(yù)先選擇的部位的聚糖結(jié)構(gòu)的非均質(zhì)程度。在某些實施方案中，這種聚糖的特性可以是，例如不同于這種主要的目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的一個功能特性。這些功能特性包括但是不限于，血清半衰期、清除率、體外穩(wěn)定性(保質(zhì)期)或體內(nèi)穩(wěn)定性、結(jié)合親和性、組織分布和耙向性、毒性、免疫原性、吸收速率、消除速率、以及生物利用率?？梢源_定和/或選擇一種或多個生產(chǎn)參數(shù)來生產(chǎn)一種糖蛋白產(chǎn)品，該糖蛋白產(chǎn)品具有一種或多種不同的聚糖特征，例如，與這種主要糖蛋白產(chǎn)品相比己經(jīng)與一種不同的功能特性相關(guān)聯(lián)。該特征可以影響的不同的聚糖特征與功能特性之間的相關(guān)性在此說明了說明。表m提供了此類關(guān)性的實例。表m表III<table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>受體親和性在一些實施方案中，硫酸化的聚糖的存在可以用于通過基于電荷斥力來調(diào)節(jié)該蛋白對其靶受體的親和性N-羥乙?；窠?jīng)氨酸免疫原性在一些實施方案中，高水平的N-羥乙?；窠?jīng)氨酸可以具有免疫原性GlcNAc末端生物利用率在一些實施方案中，增加的末端GlcNAc殘基降低了生物利用率(例如，結(jié)合至甘露糖受體)GlcNAc二等分受體親和性在一些實施方案中，增加GlcNAc二等分的水平增加了ADCC活性位點占據(jù)受體親和性/功能在一些實施方案中，位點占據(jù)可以控制受體親和性。在一些實施方案中，位點占據(jù)的程度可以控制補(bǔ)體介導(dǎo)的抗體細(xì)胞毒性這些目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列可以與這種主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列相同，或者與來自該主要糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列相比，這種氨基酸序列可以有(例如)高達(dá)l、2、3、4、5、10、或20個氨基酸殘基不同。它們的蛋白和片段在精氨酸的殘基上可以被糖基化(被稱為N連接的糖基化作用)，并且在絲氨酸或蘇氨酸的殘基上可以被糖基化(被稱為O-連接的糖基化作用)。在某些實施方案中，可以對目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列進(jìn)行修飾以便添加一個部位用于附著一個糖部分。例如，對這種目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列可以進(jìn)行修飾，從而將不充當(dāng)糖基化作用部位的一種氨基酸置換為充當(dāng)糖基化作用部位的一種氨基酸。對這種目標(biāo)的糖蛋白產(chǎn)品的氨基酸序列還可以進(jìn)行修飾，這是通過將對于一種糖基化作用(例如，O-連接的糖基化作用)充當(dāng)糖基化作用部位的一種氨基酸置換為對于一種不同的糖基化作用(例如，N-連接的糖基化作用)充當(dāng)糖基化作用部位的一種氨基酸。此外，一種氨基酸殘基可以被添加至針對一個靶糖蛋白產(chǎn)品的一種氨基酸序列上以提供用于附著一個糖基的一個部位。這種氨基酸序列的修飾還可以位于與一個潛在的糖基化位點不相關(guān)的一種或多種氨基酸殘基上。一種糖蛋白產(chǎn)品的一種氨基酸序列或?qū)ζ溥M(jìn)行編碼的核苷酸序列可以通過本領(lǐng)域中巳知的方法進(jìn)行修飾。79示例性的計算機(jī)實現(xiàn)方式在此說明的這些方法和文章(例如，系統(tǒng)或數(shù)據(jù)庫)不必在計算機(jī)或電子形式中實施。例如，在此說明的一個數(shù)據(jù)庫可以作為印刷品來實施[其它的？]。在一個示例性的計算機(jī)實現(xiàn)方式中，圖1是計算裝置以及系統(tǒng)400、450的框圖。計算裝置400旨在表示不同形式的數(shù)字計算機(jī)，如筆記本、桌臺式、工作站、個人數(shù)字助理器、服務(wù)器、葉片服務(wù)器、主機(jī)、及其他適當(dāng)?shù)挠嬎銠C(jī)。計算設(shè)備450旨在表示不同形式的移動裝置，如個人數(shù)字助理器、蜂窩式電話、智能電話、及其他類似的計算裝置。這里所顯示的組件，它們的連接以及關(guān)系、以及它們的功能僅指是示例性的，并且不旨在限制本發(fā)明所說明的和/或在本文件中所要求中的實現(xiàn)方式。計算裝置400包括一個處理器402、存貯器404、一個存儲裝置406、連接至存貯器404的一個高速的界面408以及高速的擴(kuò)充端口410、以及接于低速總線414的一個低速界面412以及存儲裝置406。部件402、404、406、408、410、以及412中的每一個均為使用不同的總線進(jìn)行相互連接的，并且可以被安裝在一個普通的主板上或以其他適當(dāng)?shù)姆绞竭M(jìn)行安裝。處理器402可以操作多項指令用于在計算裝置400內(nèi)運(yùn)行，包括保存在存貯器404上的或在存儲裝置406上的多項指令以便展示在一項外部輸入/輸出裝置上針對GUI的圖解信息，如展示偶聯(lián)在高速界面408的416。在其他實現(xiàn)方式中，可以使用多個處理器和/或多條總線、適當(dāng)?shù)嘏c多個存貯器以及存貯類型一起。而且，還可以將多個計算裝置400與每個提供必要的操作的部分的裝置(例如，作為一種服務(wù)器區(qū)塊、一組葉片服務(wù)器、或一個多重處理機(jī)系統(tǒng))進(jìn)行連接。存貯器404在計算裝置400內(nèi)存儲信息。在一個實現(xiàn)方式中，存貯器404是一個電腦可讀的介質(zhì)。在一個實現(xiàn)方式中，存貯器404是一個或多個非永久性存儲器單位。在另一個實現(xiàn)方式中，存貯器404是一個或多個永久性存器單位。存儲裝置406能夠為計算裝置400提供大容量的存儲器。在一個實現(xiàn)方式中，存儲裝置406是一個電腦可讀的介質(zhì)。在不同的實現(xiàn)方式中，存儲裝置406可以是一個軟盤裝置、一個硬盤裝置、一個光盤裝置、或一個磁帶裝置、一個閃速存儲器或其他類似的固體存儲器裝置、或一排裝置，包括在一個存儲區(qū)網(wǎng)絡(luò)或其他構(gòu)型中的裝置。在一個實現(xiàn)方式中，一個計算機(jī)程序產(chǎn)品在一種信息載體中得到實質(zhì)性體現(xiàn)。這種計算機(jī)程序產(chǎn)品包含多項指令，這些指令在執(zhí)行時執(zhí)行一種或方法，如以上所說明的方法。這種信息載體是一個電腦或機(jī)器可讀的介質(zhì)，如存貯器404、存儲裝置406、在處理器402上的存貯器、或一個傳送的信號。高速控制器408控制著針對計算裝置400的頻帶寬度-加強(qiáng)器操作，而低速控制器412控制著較低的頻帶寬度-加強(qiáng)器操作。這樣的責(zé)任分配僅僅是示例性的。在一個實現(xiàn)方式中，高速控制器408被耦連在存貯器404、顯示器416上(例如，通過一個圖形處理器或加速器)，以及高速的擴(kuò)充端口410上，它可以接受不同的擴(kuò)展卡(未顯示)。在該實現(xiàn)方式中，低速控制器412被耦連在存儲裝置406以及低速擴(kuò)充端口414上。低速擴(kuò)充端口(它可以包括不同的通信端口(例如，USB、藍(lán)牙、以太網(wǎng)、無線的以太網(wǎng)))可以被耦連在一種或多種輸入/輸出裝置，如一個鍵盤、一個指示設(shè)備、一個掃描器、或一個網(wǎng)絡(luò)裝置(如一個開關(guān)或路由器)，例如通過一個網(wǎng)絡(luò)接口卡(adapter)。計算裝置400可以按照多種不同的形式進(jìn)行實施，如圖中所示。例如，它可以作為一個標(biāo)準(zhǔn)的服務(wù)器420、或在一組此類服務(wù)器中多次進(jìn)行實施。它還可以作為一個齒條服務(wù)器系統(tǒng)424的部分進(jìn)行實施。另外，它可以在個人電腦(如筆記本計算機(jī)422)中進(jìn)行實施?？商娲?，來自計算裝置400的多個組件可以與一個移動裝置(未顯示)中的其他的組件(如裝置450)相結(jié)合。此類裝置中的每一個可以包括一種或多種計算裝置400、450，并且一個全部系統(tǒng)可以由多個計算裝置400、450互相通信來得到。除其他組件之外，計算裝置450包括一個信息處理機(jī)452、存貯器464、一種輸入/輸出裝置(如一個顯示器454)、一個通信界面466、以及一個收發(fā)器468。裝置450還可以提供一個存儲裝置(如一個微型驅(qū)動或其他裝置)，以便提供額外的存儲器。組件450、452、464、454、466、以及468中每一個是使用不同的總線互聯(lián)的，并且這些組件中有幾個可以被安裝在一個普通的主板上或以適當(dāng)?shù)钠渌姆绞竭M(jìn)行安裝。處理器452可以處理對于在計算裝置450內(nèi)的運(yùn)行的多項指令，包括保存在存貯器464的多項指令。該處理器還可以包括分隔類似物以及多個數(shù)字處理器。例如，該處理器可以提供用于對裝置450的其他組件進(jìn)行協(xié)調(diào)，如用戶界面進(jìn)行控制、通過裝置450運(yùn)行進(jìn)行應(yīng)用、以及通過裝置450進(jìn)行無線通信。處理器452可以通過控制接口458以及耦連在一個顯示器454的顯示器接口456與一個用戶進(jìn)行通訊。例如，顯示器454可以是一個TFTLCD顯示器或一個OLED顯示器、或其他的適當(dāng)?shù)娘@示技術(shù)。顯示器接口456可以包括適當(dāng)?shù)碾娐酚糜隍?qū)動顯示器454以便向一個用戶呈現(xiàn)圖形及其他信息。控制接口458可以接受來自一個用戶的命令并且將它們進(jìn)行轉(zhuǎn)換用于提交給處理器452。此外，可以提供與處理器452通信的一個外部接口462，使得可啟動裝置450與其他的裝置的附近區(qū)域通信。例如，外部接口462可以提供有線通信(例如，經(jīng)由一個對接程序)或無線通信(例如，經(jīng)由藍(lán)牙或其他此類的技術(shù))。存貯器464在計算裝置450內(nèi)存儲信息。在一個實現(xiàn)方式中，存貯器464是一個電腦可讀的介質(zhì)。在一個實現(xiàn)方式中，存貯器464是一個或多個非永久性存儲器單位。在另一個實現(xiàn)方式中，存貯器464是一個或多個永久性存器單位。還可以提供擴(kuò)充存貯器474并且通過擴(kuò)充接口472將其連接到裝置450，擴(kuò)充接口472可以包括例如一個SIMM卡片接口。這種擴(kuò)充存貯器474可以提供針對裝置450的附加的存儲空間、或還可以存儲針對裝置450的應(yīng)用或其他信息。具體而言，擴(kuò)充存貯器474可包括多項指令以執(zhí)行或補(bǔ)充以上說明的操作，并且還可以包括安全信息。因此，例如可以將擴(kuò)充存貯器474提供為針對裝置450的一種安全模塊，并且可以用允許裝置450的安全使用的多項指令進(jìn)行編程。此外，可以經(jīng)由這些SIMM卡連同附加信息提供多種安全的應(yīng)用，如在SIMM卡上以一種不可篡改的方式放置識別信息。存忙器可以包括，例如閃速存儲器和/或MRAM存貯器，如以下所說明。在一個實現(xiàn)方式中，一個計算機(jī)程序產(chǎn)品在一種信息載體中得到實質(zhì)性體現(xiàn)。這種計算機(jī)程序產(chǎn)品包括多項指令，這些指令在執(zhí)行時執(zhí)行的一種或方法，如以上所說明的那些方法。這種信息載體是一個電腦或機(jī)器可讀的介質(zhì)，如存貯器464、擴(kuò)充存貯器474、在處理器452上的存貯器、或一個傳送的信號。裝置450可以通過通信接口466進(jìn)行無線通信，通信接口466可以在必要處包括數(shù)字信號處理電路。除此之外，通信接口466可以在不同的模式或方案下提供通信，如GSM語音電話、SMS、EMS、或MMS信息發(fā)送、CDMA、TDMA、PDC、WCDMA、CDMA2000、或GPRS。例如，這種通信可以通過無線電頻率收發(fā)器468而發(fā)生。此外，近距離通信可以如使用一個藍(lán)牙、WiFi、或其他這樣的收發(fā)器(未顯示)而發(fā)牛。此外，GPS接收機(jī)組件470可以提供針對裝置450的額外的無線數(shù)據(jù)，它可以通過在裝置450上運(yùn)行的應(yīng)用軟件進(jìn)行適當(dāng)使用。裝置450還可以使用音頻解碼器460進(jìn)行可聽的通信，音頻解碼器460可以接收來自一個用戶的語音信息并且將其轉(zhuǎn)換成可使用的數(shù)字化信息。音頻解碼器460同樣地可以產(chǎn)生針對一個用戶的可聽的聲音，如通過一個喇叭，例如在裝置450的一個電話聽筒中。這樣的聲音可以包括來自語音電話呼叫的聲音、可以包括錄音(例如，聲音信息、音樂文件、等等)并且還可以包括通過在裝置450上運(yùn)行的應(yīng)用軟件產(chǎn)生的聲音。計算裝置450可以是按照多種不同的形式而實施，如圖中所示。例如，它可以作為一種蜂窩式電話480來實施。它還可以是作為一個智能電話482的、個人數(shù)字助理器的、或其他類似的移動裝置的部分來實施。其中適當(dāng)?shù)?，在本說明書中說明的這些系統(tǒng)和功能操作可以在數(shù)字化電子線路中、或在計算機(jī)軟件、固件、或硬件中實施，包括在本說明書中披露的這些結(jié)構(gòu)方法以及它們的結(jié)構(gòu)等效物、或它們的組合。這些技術(shù)可以作為一種或多種計算機(jī)程序產(chǎn)品來被實施，即在一種信息載體中實質(zhì)性體現(xiàn)的一種或多種計算機(jī)程序，例如在一個機(jī)器可讀的存儲裝置中或在一個傳送的信號中，通過或控制數(shù)據(jù)處理儀器(例如，一個可編程處理器、一臺計算機(jī)、或多臺計算機(jī))的操作來用于實施。一個計算機(jī)程序(也稱為一個程序、軟件、軟件應(yīng)用、或密碼)可以用任何形式的程序設(shè)計語言(包括編譯或解釋的語言)來記錄，并且它可以按照任何形式來配置，包括作為一種單獨(dú)的程序或作為一種模塊、組件、子程序、或適宜于在一個計算環(huán)境中的其他單位。一個計算機(jī)程序不必相應(yīng)于一個文件夾。一個程序可以被保存在文件夾的一部份中，該文件夾存放有其他的程序或資料，在致力于所査詢的程序的一個單一文件夾中，或在多個協(xié)調(diào)的文件夾中(例如，存儲一種或多種模塊、子程序、或密碼的多個部分的那些文件夾)。一個計算機(jī)程序可以被配置成在一臺或多臺計算機(jī)上(在一個部位或交叉分配在多個部位上并且通過一個通信網(wǎng)絡(luò)互聯(lián))來執(zhí)行。在本說明書中說明的這些操作以及邏輯流可以通過一種或多種可編程處理器而執(zhí)行，這些可編程處理器執(zhí)行一種或多種計算機(jī)程序以便通過對輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行操作并且產(chǎn)生輸出來運(yùn)行這些說明的功能。這些操作以及邏輯流還可以得到執(zhí)行，并且多種儀器作為專用的邏輯電路圖來得以實施，例如一種FPGA(字段可編程門陣列，fieldprogrammablegatearray)或一禾中ASIC(專用集成電路，applicationspecificintegratedcircuit)。適合于實施一個計算機(jī)程序的處理器包括(作為舉例)一般的和專用的微處理器、以及任何類型的數(shù)字計算機(jī)的任何一個或多個處理器?？傮w上，該處理器將會接受多項指令以及來自一個只讀存儲器、或一個隨機(jī)存取存儲器、或二者的數(shù)據(jù)。一個電腦的關(guān)鍵元件是用于執(zhí)行指令的一個處理器、以及用于存儲多項指令以及資料的一個或多個儲存裝置?？傮w上，一個電腦還將會包括或是可操作地耦連在來自、或傳輸資料、或二者的接收數(shù)據(jù)的一個或多個大量儲存裝置用于儲存數(shù)據(jù)，如磁性的、磁光盤類、或光盤類。多種信息載體適合于實施計算機(jī)程序多項指令和資料，包括所有形式的永久存儲器，包括(作為舉例)半導(dǎo)體存儲器裝置類、如EPROM、EEPROM、以及閃速存儲器裝置類；磁盤，如內(nèi)部的硬盤或可移動盤；磁光盤；以及CDROM以及DVD-ROM盤類。該處理器以及該存貯器可以通過專用的邏輯電路圖進(jìn)行增補(bǔ)、或與其結(jié)合。為了提供與一個用戶的相互作用，這些說明的技術(shù)的多個方面可以在一臺計算機(jī)上實施，該計算機(jī)具有一個顯示器裝置(例如，一個CRT(陰極射線管)或LCD(液晶顯示器)的監(jiān)察器，用于顯示該用戶顯示信息)、以及一個鍵盤、以及一個指示器，例如一個鼠標(biāo)或一個軌跡球，通過它該用戶可以對該計算機(jī)提供輸入。其他類型的裝置也84可用于提供與一個用戶的相互作用；例如，對該用戶提供的反饋可以是任何形式的傳感反饋，例如視覺反饋、聽覺反饋、或觸覺反饋；并且來自該用戶的輸入可以用包括聲學(xué)的、語言的、或觸覺的輸入的任何形式來接受。這些技術(shù)可以在一個計算系統(tǒng)中得以實施，該計算系統(tǒng)包括一個后端組件(例如，作為一種數(shù)據(jù)服務(wù)器)、或包括一個中間件組件(例如，一種應(yīng)用服務(wù)器)、或包括一個前端組件(例如，具有一個圖形用戶界面或一個Web瀏覽器的一個客戶電腦，通過該瀏覽器一個用戶可以與一種實現(xiàn)方式相互作用)、或此類后端、中間件、或前端組件的任何組合。該系統(tǒng)的這些組件可以通過數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)通信的任何形式或介質(zhì)互相聯(lián)系，例如一個通信網(wǎng)絡(luò)。通信網(wǎng)絡(luò)的實例包括一個局域網(wǎng)("LAN")以及廣域網(wǎng)("WAN"),如國際互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)。該計算系統(tǒng)可以包括客戶機(jī)和服務(wù)器。一個客戶機(jī)和服務(wù)器總體上是彼此遠(yuǎn)離的并且通過一個通信網(wǎng)絡(luò)典型地進(jìn)行互相作用?？蛻魴C(jī)和服務(wù)器的關(guān)系借助于在所對應(yīng)的計算機(jī)上運(yùn)行的多種計算機(jī)程序來提升，并且對于彼此具有一種客戶-服務(wù)器關(guān)系。已經(jīng)對多個實施方式進(jìn)行了說明。盡管如此，應(yīng)理解的是在不背離本說明的多個實施方式的精神和范圍可以做出不同的改變。例如，在這些權(quán)利要求中敘述的這些作用可以用一種不同的次序來完成并且仍然獲得想要的結(jié)果。相應(yīng)地，其他實施方式是在以下權(quán)利要求書的范圍內(nèi)。其他的翻譯后修飾方法、數(shù)據(jù)庫、以及產(chǎn)品在此主要是參考糖基化作用進(jìn)行說明，但是還包括類似的方法，其中其他的翻譯后修飾，例如以與糖基化作用相同的方式得到解決。翻譯后修飾的實例可以包括蛋白水解作用、外消旋作用、N-O?；鎿Q、多聚化、聚集、糖類修飾、生物素化作用、類泛酸化作用(neddylation)、?；饔?、甲?；饔?、豆蔻酰化作用、焦谷氨酸形成、甲基化作用、糖化作用、氨甲酰基化作用、酰胺化作用、糖基磷脂酰肌醇添加作用、O-甲基化作用、糖基磷脂酰肌醇化作用、泛素化作用、SUMO化作用、甲基化作用、乙?；饔?、乙?；?5作用、羥基化作用、泛素化作用、SUMO化作用、鎖鏈素形成作用、對于醛的脫氨基作用以及氧化作用、O-糖基化作用、亞胺形成作用、糖化作用、氨甲?；饔?、二硫鍵形成作用、異戊二烯化作用、棕櫚?；饔谩⒘姿峄饔?、脫磷酸作用、糖基化作用、硫酸化作用、口卜啉環(huán)連接、黃素連接、GFP輔基(蘇氨酸-酪氨酸-甘氨酸序列)形成作用、賴氨酸酪氨酸醌(LTQ)形成作用、topaquinone(TPQ)形成作用、琥珀酰亞胺形成作用、轉(zhuǎn)谷氨酰胺作用(transglutamination)、羧化作用、聚谷氨?；饔?、聚甘氨?；饔?polyglycylation)、瓜氨酸化作用(citrullination)、甲基化作用、以及羥基化作用。其他實施方案本發(fā)明通過以下實例進(jìn)一步進(jìn)行說明，這些實施例不應(yīng)解釋為是限制性的。在本申請全文中引用的所有參考文獻(xiàn)的內(nèi)容、專利、以及已公開的專利申請都通過引用結(jié)合在此。實例實例I:在不同的生產(chǎn)參數(shù)與針對在CHO細(xì)胞中產(chǎn)生的聚糖特性之間的相關(guān)性研究了不同的培養(yǎng)基生產(chǎn)參數(shù)來確定那些培養(yǎng)基產(chǎn)生參數(shù)的調(diào)整對在一些dhfr不足的CHO細(xì)胞中所產(chǎn)生的一種抗IL-8抗體的聚糖的特征的作用(如果存在的話)。這些細(xì)胞被培養(yǎng)在T燒瓶中。在以下表VI中提供這些結(jié)果。表VI指示所評估的各個產(chǎn)生參數(shù)(A列)以及聚糖特征(A行)。整個評價中將其余的多個生產(chǎn)參數(shù)維持成常數(shù)。一種產(chǎn)生參數(shù)對一種聚糖的特征的某些作用得以指示。表VI<table>tableseeoriginaldocumentpage86</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table>有的存在下所產(chǎn)生的抗體上的聚糖的模式展示在圖3中。在尿嘧啶核苷以及葡糖胺二者皆有的存在下所產(chǎn)生的IgG上觀察到的聚糖的特征圖模式不是從在尿嘧啶核苷或葡糖胺單獨(dú)存在下所產(chǎn)生的一種抗體上所觀察到的特征圖推算得到的。例如，在這些生產(chǎn)參數(shù)與聚糖特征(由峰A、B、D、M、T、以及V代表)之間的關(guān)系是非線性的。等效物本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員將會認(rèn)識到、或使用不超出常規(guī)實驗即能夠確定與在此說明的本發(fā)明的特定的實施方案的很多等效物。這樣的等效物也旨在涵蓋于以下的權(quán)利要求書中。權(quán)利要求1.制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法，該方法包括i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)；ii)提供一種目標(biāo)的聚糖特性；iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合；并且iv)將所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合應(yīng)用在一個制造該糖蛋白產(chǎn)品的過程中，由此制造糖蛋白產(chǎn)品。2.制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法，該方法包括i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)；ii)提供一種目標(biāo)的聚糖特性；iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合，其中至少一種所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合在所述數(shù)據(jù)庫中由一種非線性的或受約束的相關(guān)性來代表；并且iv)將所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合應(yīng)用在一個制造該糖蛋白產(chǎn)品的過程中，由此制造糖蛋白產(chǎn)品。3.用于制造一種糖蛋白產(chǎn)品的一種方法，該方法包括a)可任選地提供一個選擇的生產(chǎn)參數(shù)b)提供一種產(chǎn)生系統(tǒng)，它結(jié)合了一個選擇的生產(chǎn)參數(shù)；并且c)將所述系統(tǒng)維持在允許產(chǎn)生該糖蛋白產(chǎn)品的條件之下，由此制造出該糖蛋白產(chǎn)品，其中該選擇的生產(chǎn)參數(shù)是通過以下步驟認(rèn)定的i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)；ii)提供一個目標(biāo)的聚糖特性；并且iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合，其中至少一種所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合在所述數(shù)據(jù)庫中由一種非線性的或受約束的相關(guān)性來代表。4.一種方法，該方法用于設(shè)計生產(chǎn)一種糖蛋白產(chǎn)品的過程、或用于選擇制造一種糖蛋白產(chǎn)品的過程中的一個要素，該方法包括a)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)；b)提供一種目標(biāo)的聚糖特性；c)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合，其中至少一種所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合在所述數(shù)據(jù)庫中由一種非線性的或受約束的相關(guān)性來代表；并且d)做出所述選擇的過程的一種實體性記憶；由此設(shè)計生產(chǎn)糖蛋白產(chǎn)品的一個過程。5.—種監(jiān)測和/或控制糖蛋白生產(chǎn)的方法，該方法包括a)提供來自用一種預(yù)先確定的產(chǎn)生過程制造的一種糖蛋白的一種觀察到的聚糖特征；b)提供該觀察到的聚糖特征與一個參考值的一種比較；c)如果該觀察到的值與該參考值相差超過一個閾水平，通過在此描述的一種方法來選擇用于一個生產(chǎn)參數(shù)的一個值；并且d)可任選地改變在所述預(yù)先確定的產(chǎn)生過程中的生產(chǎn)參數(shù)X的值以提供一種被改變的產(chǎn)生過程，其中生產(chǎn)參數(shù)X在所述數(shù)據(jù)庫中是由一種非線性的或受約束的相關(guān)性來代表由此監(jiān)測和/或控制糖蛋白的生產(chǎn)。6.—個放置在實體性媒體上的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包括至少10個記錄，其中一個記錄包括對于一個生產(chǎn)參數(shù)或多個生產(chǎn)參數(shù)的一種組合的一個識別符對于一種聚糖特性的一個識別符，以及在該生產(chǎn)參數(shù)(或組合)與該聚糖特性之間的一種相關(guān)函數(shù)，該相關(guān)函數(shù)使二者相關(guān)聯(lián)，其中該數(shù)據(jù)庫包括至少一種可調(diào)的一個一種非線性的相關(guān)函數(shù)。7.—種系統(tǒng)，包括用于輸入一項査詢的一個用戶界面；用于產(chǎn)生一個查詢結(jié)果的一個處理器；一個選擇器，以便基于一個輸入糖蛋白特性選擇一個生產(chǎn)參數(shù)；以及如權(quán)利要求6所述的數(shù)據(jù)庫，其中該系統(tǒng)允許輸入一個查詢、從該數(shù)據(jù)庫中選擇一個生產(chǎn)參數(shù)、以及作為一個查詢結(jié)果輸出所選擇的參數(shù)。8.—種制造糖蛋白產(chǎn)品的方法，該方法包括i)提供一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將聚糖的多種特性的每一個作為一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合的一種相關(guān)函數(shù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)；ii)提供一種目標(biāo)的聚糖特性；iii)從該數(shù)據(jù)庫選擇與該目標(biāo)的聚糖特性相關(guān)聯(lián)的一個或多個生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合；并且iv)將所選擇的生產(chǎn)參數(shù)或生產(chǎn)參數(shù)的組合應(yīng)用在一個制造該糖蛋白產(chǎn)品的過程中，v)對于在步驟i)至iv)中或其細(xì)胞培養(yǎng)株中制出的糖蛋白，針對內(nèi)毒素含量、無菌狀態(tài)、支原體含量、滲濾液、宿主(例如CHO)細(xì)胞的DNA、或蛋白污染物中的任何一項進(jìn)行評估；并且Vi)記錄該糖蛋白或其細(xì)胞培養(yǎng)株的這些處理污染物;由此制造糖蛋白產(chǎn)品。全文摘要本發(fā)明提供用于制造具有確定的多種特性的糖蛋白產(chǎn)品的方法、數(shù)據(jù)庫、以及系統(tǒng)。文檔編號G06F19/00GK101681396SQ200880016853公開日2010年3月24日申請日期2008年4月15日優(yōu)先權(quán)日2007年4月16日發(fā)明者B·E·柯林斯,C·J·鮑斯克斯,D·A·布里克,G·文卡塔拉曼,I·C·帕森斯,L·蒂魯尼拉坎塔皮拉伊,R·奇拉庫魯,Z·施賴弗申請人:動量制藥公司