用于推斷牛的性狀的組合物、方法和系統(tǒng)的制作方法【專利摘要】一種用于推斷牛的性狀的組合物、方法和系統(tǒng)。本發(fā)明提供了管理牛類對(duì)象的方法、組合物和系統(tǒng)，以便最大化它們的個(gè)體潛在行為表現(xiàn)和可食用肉價(jià)值，以及最大化在買賣牛類對(duì)象中所獲得的利潤(rùn)。通過(guò)測(cè)定在本文中被鑒定與一個(gè)性狀相關(guān)的至少一個(gè)與牛SNP的核苷酸發(fā)生率，該方法和系統(tǒng)對(duì)牛類對(duì)象的性狀提供一個(gè)推斷。該推斷被用于本發(fā)明的方法，以建立牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，改善與銷售得自牛類對(duì)象的牛肉有關(guān)的利潤(rùn)；管理牛類對(duì)象、對(duì)牛類對(duì)象分選；通過(guò)選擇和培育牛類對(duì)象來(lái)改善牛種群的遺傳、對(duì)具有特定性狀的牛類對(duì)象進(jìn)行克隆、對(duì)牛類對(duì)象的肉和其他商業(yè)產(chǎn)品進(jìn)行追蹤；對(duì)牛類對(duì)象的健康狀況進(jìn)行診斷。通過(guò)使用本文中被鑒定的相關(guān)SNP，用于鑒定與一個(gè)性狀相關(guān)的其他SNP的方法也被公開(kāi)?！緦＠f(shuō)明】用于推斷牛的性狀的組合物、方法和系統(tǒng)本申請(qǐng)是分案申請(qǐng)，原申請(qǐng)的申請(qǐng)日為2003年12月31日、申請(qǐng)?zhí)枮?00380110084.4(PCT/US2003/041766)、發(fā)明名稱為“用于推斷牛的性狀的組合物、方法和系統(tǒng)”。相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用[0001]本申請(qǐng)根據(jù)35U.S.C.§119(e)，要求基于2002年12月31日提交的美國(guó)序列號(hào)為60/437，482的優(yōu)先權(quán)權(quán)益，其全部?jī)?nèi)容通過(guò)參考并入本文。發(fā)明背景發(fā)明領(lǐng)域[0002]本發(fā)明，從整體上來(lái)說(shuō),涉及基因關(guān)聯(lián)性分析(geneassociat1nanalyses),更具體地，涉及牛物種的多態(tài)性(polymorphisms)和關(guān)聯(lián)性狀(associatedtraits)。背景信息[0003]在美國(guó)農(nóng)業(yè)部(theUnitedStatesDepartmentofAgriculture,USDA)建立的現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)下，來(lái)自公牛、小閹牛和小母牛的牛肉被分類成八個(gè)不同的品質(zhì)等級(jí)(qualitygrades)。由最高等級(jí)開(kāi)始、連續(xù)編號(hào)到最低等級(jí)，這八個(gè)品質(zhì)等級(jí)是特優(yōu)級(jí)(prime)、特選級(jí)(choice)、優(yōu)選級(jí)(select)、標(biāo)準(zhǔn)級(jí)(standard)、商用級(jí)(commercial)、可用級(jí)(utility)、切碎級(jí)(cutter)和制罐級(jí)(canner)。用于對(duì)牛肉進(jìn)行分類的性狀包括年齡、肉色、質(zhì)地、結(jié)實(shí)性(firmness)和大理石花紋(marbling),大理石花紋是一個(gè)被用于描述牛肉的肌肉內(nèi)脂肪的相對(duì)數(shù)量的術(shù)語(yǔ)。來(lái)自公牛、小閹牛和小母牛的具有均勻大理石花紋型的牛肉(五花牛肉(well-marbledbeef)),即,相對(duì)于肌肉含有相當(dāng)數(shù)量的肌肉內(nèi)脂肪的牛肉，傾向于被歸為特優(yōu)級(jí)(prime)或特選級(jí)(choice);反之,不具有大理石花紋的牛肉傾向于被歸為優(yōu)選級(jí)(select)。具有較高品質(zhì)等級(jí)的牛肉，典型地，相較于具有較低等級(jí)的牛肉，是以較高價(jià)格被出售的。例如，被歸為“特優(yōu)級(jí)(prime)”或“特選級(jí)(choice)”的牛肉，典型地，以高于比歸到較低品質(zhì)等級(jí)中的牛肉的價(jià)格予以出售。[0004]將牛肉分類成不同的品質(zhì)等級(jí)發(fā)生在包裝工廠(packingfacility)中，并涉及視覺(jué)檢查牛畜體上的肋眼(ribeye);在分級(jí)之前，在第12肋骨和第13肋骨之間，牛畜體(beefcarcass)被切開(kāi)。然而,對(duì)牛屠體的視覺(jué)評(píng)估不能在動(dòng)物收獲之前進(jìn)行。超聲波能被用于在屠宰之前給出大理石紋的指示，但是如果遠(yuǎn)在收獲之前的某個(gè)時(shí)間進(jìn)行超聲波的話，準(zhǔn)確性低。[0005]目前，沒(méi)有鑒定活牛的成本效率方法(costeffectivemethods),該方法可以給出針對(duì)生產(chǎn)出具有良好大理石花紋的牛肉的遺傳學(xué)潛力的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)。此種信息可以被如下應(yīng)用，可以被飼育場(chǎng)操作人員用來(lái)在肥育之前鑒定將購(gòu)買的動(dòng)物，以及鑒定由包裝食品生產(chǎn)廠(packer)執(zhí)行的一個(gè)或多個(gè)企業(yè)專屬項(xiàng)目之合同下的動(dòng)物，可以被飼養(yǎng)場(chǎng)管理人員用來(lái)作出關(guān)于一批動(dòng)物中的個(gè)體動(dòng)物的管理決策(包括營(yíng)養(yǎng)計(jì)劃和銷售日期)，可以被母牛-小牛生產(chǎn)者用于銷售他們的動(dòng)物給各種不同的飼養(yǎng)場(chǎng)或者用于作出關(guān)于哪些動(dòng)物將在各種不同的畜體評(píng)價(jià)網(wǎng)格(carcassevaluat1ngrids)上被出售的決定。此種信息也可以被用來(lái)鑒定牛，能用作育種的優(yōu)良候選者。因此，期望有一個(gè)方法，其能被用來(lái)評(píng)測(cè)活牛的牛肉大理石花紋化的潛力，特別是評(píng)測(cè)遠(yuǎn)在動(dòng)物進(jìn)入包裝工廠(packinghouse)之前的幼年牛。[0006]消費(fèi)者期望的牛肉的另一個(gè)特征是烹飪后產(chǎn)品的嫩度(tenderness)。目前，沒(méi)有用于鑒定活的動(dòng)物，如果烹飪得當(dāng)，其牛肉是否柔嫩的方法。目前，有兩種類型的方法被研究人員用來(lái)評(píng)價(jià)肉樣品經(jīng)過(guò)肉體沉淀(aged)和隨后的烹飪之后，肉樣品的嫩度。第一種涉及由一組訓(xùn)練過(guò)的測(cè)試人員進(jìn)行的主觀性分析(subjectiveanalysis)。第二種類型是以用于切割或剪切來(lái)自動(dòng)物肉樣品的方法以及肉體沉淀的方法為特征的。一種這樣的方法是Wamer-Bratzler剪切力方法,其涉及力的儀器測(cè)量,該力是剪切烹飪之后的全肌肉(wholemuscle)的核心樣品所需要的力。這些方法都不能在制造設(shè)施中被使用而產(chǎn)生應(yīng)用效果，因?yàn)樵跍y(cè)試之前需要沉淀產(chǎn)品，這將導(dǎo)致制造出的產(chǎn)品的存貨維持，而這將在成本上高得驚人的。結(jié)果，這些方法被用于研究機(jī)構(gòu)(researchfacilities)中，而不是用在各種包裝工廠(packingplants)中。因此,期望有新的方法,其可以被用來(lái)鑒定畜體和活牛,如果烹飪得，它們具有能夠提供肉嫩的牛肉的潛能。[0007]對(duì)于牲畜工業(yè)來(lái)說(shuō)，將紅肉產(chǎn)量和大理石花紋和/或嫩度的遺傳學(xué)組合起來(lái)是困難的。事實(shí)上，傳統(tǒng)的測(cè)量技術(shù)顯示，大理石花紋和紅肉產(chǎn)量具有對(duì)抗的趨向。因此，需要鑒定紅肉產(chǎn)量、嫩度和大理石花紋(marbling)之組合的優(yōu)異遺傳學(xué)潛力的工具。另一感興趣的性狀是活牛生長(zhǎng)速度(平均日增加量)。目前，牛生產(chǎn)者沒(méi)有用于可以在購(gòu)買之前鑒定具有快速生長(zhǎng)的優(yōu)異遺傳潛能的動(dòng)物的工具。此外，目前沒(méi)有方法可以用來(lái)鑒定動(dòng)物，其綜合了優(yōu)異的生長(zhǎng)速度的能力和期望的屠體特征。[0008]盡管，在飼養(yǎng)場(chǎng)中，許多測(cè)定和選擇牛的方法已經(jīng)被嘗試過(guò)，視覺(jué)的和自動(dòng)化的，諸如超聲波，但是沒(méi)有方法成功地獲得理想的最終結(jié)果。最終結(jié)果是如下效能，能夠鑒定和選擇出針對(duì)想要的特征而具有優(yōu)異遺傳學(xué)潛力的牛，并且，然后能夠管理具有已知遺傳學(xué)潛力的給定動(dòng)物在最佳時(shí)間出貨，這要考慮動(dòng)物的狀況、特性和市場(chǎng)因素，以及能夠?qū)⒃搫?dòng)物飼養(yǎng)達(dá)到它的肉體和經(jīng)濟(jì)學(xué)性能上的最佳個(gè)體潛力的能力，和能夠記錄和保存飼養(yǎng)場(chǎng)中每一動(dòng)物的行為表現(xiàn)史和來(lái)自包裝工廠的畜體數(shù)據(jù)，以便用在培養(yǎng)和管理當(dāng)前和未來(lái)動(dòng)物中，用于肉類生產(chǎn)。牛肉工業(yè)極其關(guān)心，相對(duì)于豬肉和家禽業(yè)，它的減少中的市場(chǎng)份額。然而到目前為止，還不能設(shè)計(jì)出系統(tǒng)和方法，足以快速在大規(guī)模水平上得知需要什么，來(lái)管理目前的牛類多樣性(即至少約100個(gè)不同的品種和共混交品種(co-mingledbreeds)),以提高牛肉產(chǎn)品質(zhì)量和一致性(uniformity)，從而保持競(jìng)爭(zhēng)力，以競(jìng)爭(zhēng)花費(fèi)在肉類上的消費(fèi)者美兀(consumerdollar)。[0009]畜牧業(yè)(animalagriculture)中的當(dāng)代育種項(xiàng)目，起源自基于最初的動(dòng)物馴養(yǎng)所作的基礎(chǔ)觀察。早期的人類觀察到在通過(guò)交配不同親代而產(chǎn)生的子代之間的、在寬廣范圍上的特征的差異性，并且他們利用了該觀察結(jié)果，是僅僅通過(guò)交配顯示最理想特征的個(gè)體而予以利用。通過(guò)進(jìn)行該策略若干代之后，我們的祖先能夠創(chuàng)造出只顯示出最符合他們的需要的理想特征的動(dòng)物群體。該策略，被稱為選擇性交配(selectivemating)或選擇性育種(selectivebreeding),是基于從一代中鑒定出最好的子代，并使它們成為下一代的親代。選擇性育種導(dǎo)致培養(yǎng)出個(gè)體，該個(gè)體在一個(gè)或多個(gè)性狀上是優(yōu)異的，且是畜牧業(yè)中的當(dāng)代遺傳學(xué)改良項(xiàng)目的支柱。[0010]通過(guò)選擇性育種策略的應(yīng)用，遺傳學(xué)家已經(jīng)能夠確定影響性狀表達(dá)的基本遺傳學(xué)參數(shù)。育種實(shí)驗(yàn)揭示，某些性狀，如毛色(coatcolor)，以質(zhì)量方式被表達(dá)，并能容易地傳遞到下一代中；而其他性狀，如生長(zhǎng)速度或成體大小，則以數(shù)量式樣被表達(dá)，并且在每一代只產(chǎn)生小的進(jìn)步。在分子遺傳學(xué)領(lǐng)域的后續(xù)研究現(xiàn)已揭示，質(zhì)量性狀效應(yīng)是由單個(gè)基因的作用所致，而數(shù)量性狀是由許多不同基因的作用和相互作用所引起的。[0011]除了遺傳學(xué)的貢獻(xiàn)之外，已經(jīng)確定:僅遺傳資源不能解釋在由緊密相關(guān)個(gè)體所組成的組群之間觀察到的所有差異；和在確定特殊性狀的表達(dá)中，環(huán)境和管理也對(duì)發(fā)揮了作用。針對(duì)一個(gè)具體形狀，為了解釋在個(gè)體之間所觀察到的所有差異，遺傳學(xué)家建立了如下方程式；P(表型或總性狀表達(dá))=G(來(lái)自親代的遺傳貢獻(xiàn))+E(來(lái)自環(huán)境的貢獻(xiàn))。遺傳學(xué)家觀察到，一些性狀比起其他性狀對(duì)選擇的反應(yīng)更好，這是由于在G和E中的內(nèi)在差異的緣故；并且，遺傳學(xué)家開(kāi)發(fā)了用于確定針對(duì)許多的獨(dú)特性狀的遺傳貢獻(xiàn)或遺傳力(hereditability)的科學(xué)方法。對(duì)于任何一個(gè)給定性狀來(lái)說(shuō)，較高的遺傳力意味著:更多的總變異是由遺傳資源引起的，和可以獲得針對(duì)選擇的更快反應(yīng)(responsetoselect1n)。支配個(gè)體之間的具體形狀的表達(dá)中的差異的參數(shù)，正如上面所定義的，已經(jīng)被使用數(shù)十年了，以在畜牧業(yè)生產(chǎn)中取得遺傳改良。這些參數(shù)在“經(jīng)典育種項(xiàng)目(ClassicalBreedingProgram)”中的應(yīng)用，以一組工具的方式，提供給育種者，以便評(píng)價(jià)一個(gè)種群中的不同個(gè)體的遺傳構(gòu)成(geneticmakeup),和，以便在改善性狀表達(dá)中取得穩(wěn)定的進(jìn)步,這些性狀對(duì)于牲畜物種的商業(yè)生產(chǎn)具有經(jīng)濟(jì)學(xué)意義。[0012]任何一個(gè)遺傳改良項(xiàng)目的首要目標(biāo)在于，在非常早的年齡階段，就廣泛范圍的經(jīng)濟(jì)上重要性狀上，查清個(gè)體的遺傳潛力。盡管經(jīng)典育種法已經(jīng)在牲畜物種上取得了穩(wěn)定的遺傳改良，但是它受到這樣的事實(shí)的限制，即個(gè)體遺傳潛力的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)只能在動(dòng)物到達(dá)成年期(生育力和生產(chǎn)量性狀)或被收獲時(shí)(肉質(zhì)量性狀)才能被獲得。這對(duì)于肉類動(dòng)物而言是特別成問(wèn)題的，因?yàn)槭斋@的動(dòng)物顯然不能進(jìn)入育種庫(kù)(breedingpool)。還有，對(duì)于那些難以測(cè)量(抗病性)或測(cè)量成本高(肉嫩度)的性狀，很難利用經(jīng)典育種方法。[0013]為了克服經(jīng)典育種方法所具有的前述問(wèn)題，動(dòng)物育種者和遺傳學(xué)家轉(zhuǎn)向了分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)新領(lǐng)域。這些學(xué)科賦予了希望，即負(fù)責(zé)重要性狀的遺傳變異的潛在基因可以被鑒定出。定向研究項(xiàng)目(targetedresearchprograms)被啟動(dòng)，以探查具體基因的位置和功能上的差異，這些有貢獻(xiàn)于確定性狀的遺傳變異。在牲畜物種中進(jìn)行的分子育種項(xiàng)目的首要目的是，開(kāi)發(fā)針對(duì)經(jīng)濟(jì)上重要的性狀的遺傳測(cè)定法，這些性狀可以在幼齡階段的個(gè)體動(dòng)物上被進(jìn)行測(cè)試；其可以被用于難以測(cè)量的性狀；其提供了有關(guān)性狀表達(dá)的動(dòng)物遺傳潛力的準(zhǔn)確評(píng)估；并解釋了在商業(yè)種群的性狀上所觀察到的總遺傳變異中的一大部分。[0014]至今為止，三個(gè)不同的實(shí)驗(yàn)方法已經(jīng)被使用，以鑒定在牲畜物種中實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)學(xué)上重要性狀的基因:候選基因方法(CandidateGeneApproach)、差別基因表達(dá)方法(DifferentialGeneExpress1nApproach)和家族內(nèi)數(shù)量性狀位點(diǎn)連鎖方法(WithinFamilyQuantitativeTraitLoci(QTL)LinkageApproach)。對(duì)于這些方法中的每一個(gè)，在鑒定有助于針對(duì)限定性狀的遺傳變異的基因中，已經(jīng)獲得有限的成功。然而，每一種方法都有局限性，這是因?yàn)樯鲜龇肿佑N方法的首要目標(biāo)還沒(méi)有被達(dá)到。因此，依然需要下述方法，其有助于，在幼齡階段，就許多經(jīng)濟(jì)上重要性狀，測(cè)定個(gè)體的遺傳潛能。針對(duì)每一實(shí)驗(yàn)方法迄今所作的努力和各自的局限性，概括描述如下:[0015]在候選基因方法(candidategeneapproach)中，一個(gè)具體基因或一組基因被作為目標(biāo)，這基于它們會(huì)對(duì)特定的性狀產(chǎn)生效應(yīng)的假設(shè)。該假設(shè)被建立起來(lái)，是基于有關(guān)生化途徑的已有信息，是基于在另一物種中的該基因的功能，另一物種最常見(jiàn)的是人或小鼠，在它們中，基本基因表征業(yè)已完成。人或小鼠基因的已知序列被用于釣出(fish-out)目標(biāo)物種中的該基因。在目標(biāo)物種中的該基因的DNA序列，是通過(guò)對(duì)許多個(gè)的個(gè)體進(jìn)行測(cè)序而被確定的，并且任何序列變異被編目。序列變異被發(fā)展為診斷測(cè)定，并針對(duì)動(dòng)物群體進(jìn)行基因分型，其中，目標(biāo)性狀的表型變異已經(jīng)被表征出來(lái)。該數(shù)據(jù)組被分析，以確定是否有統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的相關(guān)性存在于特定序列變異體和性狀表達(dá)之間。[0016]候選基因方法已經(jīng)成功地鑒定到對(duì)某一個(gè)特定性狀有效應(yīng)的基因和序列變異體。然而，該方法確實(shí)具有局限性，并且類似于大海撈針(needle-1n-the-haystack)。對(duì)于作為全基因組序列測(cè)序的結(jié)果，在人和小鼠中鑒定到的30，000多個(gè)基因，首要的困難是鑒定到將要真正對(duì)特殊性狀的遺傳變異有貢獻(xiàn)的基因。第二，一個(gè)包括足夠數(shù)量個(gè)體的組群必須被測(cè)序，以發(fā)現(xiàn)引起該效應(yīng)或至少與該效應(yīng)高度相關(guān)的序列變異體。最后，如果該效應(yīng)普遍存在，所篩選的動(dòng)物群體必須足夠大，以確保該效應(yīng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著相關(guān)性。盡管滿足所有這些條件，以發(fā)現(xiàn)顯著的相關(guān)性是可行的，但是該方法的成本高，因?yàn)樗请S機(jī)的方法，其不能定向到具有最大效應(yīng)的基因上。[0017]在差別基因表達(dá)方法(differentialgeneexpress1napproach)中，對(duì)于特殊的基因和在目標(biāo)組織中，基因表達(dá)上的差異被鑒定，以期望鑒定到基因，該基因可能貢獻(xiàn)于針對(duì)特定性狀的已被觀察到的遺傳變異。正如在候選基因方法中，目標(biāo)基因和組織被選擇，這基于在生化途徑上和在其他物種中該基因的功能上的已有信息。差別基因表達(dá)(differentialgeneexpress1n)在鑒定由環(huán)境極端差異或由疾病所開(kāi)放或關(guān)閉的基因中是有效的，但在鑒定有助于牲畜生產(chǎn)性狀中的表型變異的基因中，鮮有成功。用于檢測(cè)基因表達(dá)差異的現(xiàn)有技術(shù)平臺(tái)，需要基因表達(dá)的巨大差異，常常高達(dá)2至3倍的增加或減少。引起牲畜性狀中遺傳變異的基因表達(dá)差異，對(duì)于已有基因表達(dá)技術(shù)，可能在該檢測(cè)閾值之下。[0018]差別基因表達(dá)技術(shù)已經(jīng)被成功地用于闡明生物化學(xué)途徑，和用于理解基本的細(xì)胞功能，但在開(kāi)發(fā)診斷測(cè)定方法、以預(yù)測(cè)動(dòng)物對(duì)于特殊性狀的遺傳潛力中，未顯示任何效用。即使一個(gè)基因的差別表達(dá)已經(jīng)被觀察到，并可能直接歸結(jié)于針對(duì)一個(gè)性狀的表型變異，但是不能保證，序列變異能在該基因中被發(fā)現(xiàn)，或者序列變異是該效應(yīng)的原因所在。在許多情況下，針對(duì)被差別表達(dá)的基因的序列變異與觀察到的表型上的差異不相關(guān)。這可以通過(guò)其他基因或基因產(chǎn)物的作用來(lái)解釋，其調(diào)控差別表達(dá)基因的表達(dá)，但位于基因組的其他地方。[0019]在家族內(nèi)數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)連鎖方法(within-familyQTLlinkageapproach)中，相關(guān)個(gè)體的小家族被養(yǎng)育或聚集在一起，DNA樣品取自群體中的所有個(gè)體，對(duì)于目標(biāo)性狀的表型測(cè)定在子代上進(jìn)行，遍及基因組中的一組多態(tài)性DNA標(biāo)記對(duì)整個(gè)研究群體進(jìn)行基因型分類。然后分析該數(shù)據(jù)組，以確定特定標(biāo)記或連鎖組標(biāo)記是否具有特定的等位基因，其主要與在來(lái)自特定親代或一組親代的子代中所觀察到的表型差異相關(guān)。針對(duì)廣泛的許多不同性狀和在不同的牲畜物種中，大量的研究報(bào)告已經(jīng)被公開(kāi)，其宣稱在特殊性狀和標(biāo)記之間具有連鎖關(guān)系。[0020]盡管家族內(nèi)QTL連鎖方法已經(jīng)產(chǎn)生許多在目標(biāo)性狀和特殊標(biāo)記位置之間的已經(jīng)報(bào)道的連鎖關(guān)系，但該方法不能使得直接開(kāi)發(fā)出診斷測(cè)定方法，該測(cè)定方法能預(yù)測(cè)動(dòng)物對(duì)目標(biāo)性狀的遺傳潛力。事實(shí)上，用于這些實(shí)驗(yàn)的研究種群非常小，常常只代表兩個(gè)或三個(gè)不同的公畜家族(sirefamilies);因而,它們不代表遺傳變異的廣域模式(broadpattern),廣域模式在整個(gè)商業(yè)動(dòng)物種群中被觀察到。這些小的研究種群也是有問(wèn)題的，因?yàn)镼TL(數(shù)量性狀位點(diǎn))，只能在當(dāng)就特定家族組而言其是雜合的時(shí)，才能被鑒定。標(biāo)記和性狀之間的連鎖，是由標(biāo)記中的等位基因頻率差異所確定的，等位基因頻率差異發(fā)生在子代分離成該形狀的高表達(dá)組和低表達(dá)組之間。這意味著，為了被檢測(cè)到，QTL本身必須是雜合的；種群越小，越不可能發(fā)現(xiàn)處于雜合狀態(tài)的QTL。還有，被設(shè)計(jì)用于鑒定牲畜物種中的連鎖的研究種群通常是半同胞設(shè)計(jì)，其中，它只可能測(cè)定由譜系中的雄性一方產(chǎn)生的遺傳變異。半同胞設(shè)計(jì)在發(fā)現(xiàn)顯著性連鎖中具有有限的效力，這是因?yàn)橹挥幸话氲倪z傳變異符合本分析。最后，研究種群常常包括動(dòng)物和/或飼養(yǎng)類型，其對(duì)于目標(biāo)性狀具有極端的表型差異，以確保發(fā)現(xiàn)顯示與該性狀具有連鎖關(guān)系的標(biāo)記。這些極端表型雜交不代表主流行業(yè)育種實(shí)踐，并因此，任何報(bào)道的連鎖關(guān)系是令人懷疑的，這是因?yàn)樗赡軆H僅以研究種群內(nèi)的一個(gè)假象而存在，并且事實(shí)上不可能在商業(yè)動(dòng)物育種種群中發(fā)生分離。[0021]家族內(nèi)QTL方法(withinfamilyQTLapproach)的另一局限性是對(duì)于用于本研究的連鎖圖譜缺少標(biāo)記密度。由于成本和基因分型通量(genotypingthroughput)問(wèn)題，所有報(bào)道的、至今為止在牲畜物種進(jìn)行的QTL連鎖研究，僅使用100至200個(gè)總標(biāo)記來(lái)覆蓋整個(gè)基因組。由于此有限數(shù)目的標(biāo)記的緣故，不可能精確定位QTL在染色體中的確切位置。在QTL和連鎖標(biāo)記之間，所報(bào)導(dǎo)連鎖距離范圍通常在3至超過(guò)60厘摩內(nèi)(cent1-Morgans)。這些寬廣連鎖組(broadlinkagegroups)實(shí)際上可以橫跨整個(gè)染色體,并含有數(shù)千個(gè)基因，它們是所觀察到的效應(yīng)的可能的候選基因。因?yàn)檫@些巨大的距離，同源染色體之間的重組不允許使用在研究群體中鑒定到的連鎖標(biāo)記，其將被用作商業(yè)動(dòng)物群體中的遺傳潛力的預(yù)言物。與QTLs連鎖的標(biāo)記能提供關(guān)于針對(duì)某些性狀有效應(yīng)的基因的潛在位置的線索，但是需要充分的其他研究和確認(rèn)，以便準(zhǔn)確地定位產(chǎn)生該效應(yīng)的基因的位置，和開(kāi)發(fā)診斷測(cè)定方法，來(lái)預(yù)測(cè)該性狀的表達(dá)。[0022]總之，三個(gè)不同的實(shí)驗(yàn)方法已經(jīng)被用于鑒定基因、染色體區(qū)域或DNA標(biāo)記，它們是在牲畜物種中觀察經(jīng)濟(jì)上重要的性狀中所發(fā)現(xiàn)的大部分遺傳變異的原因，但是只獲得有限的成功。利用這些方法的研究項(xiàng)目所獲得的成果，至今還未廣泛地被利用，這是因?yàn)樗鼈儾荒軐?duì)總遺傳變異進(jìn)行足夠解釋，以便使得能準(zhǔn)確預(yù)測(cè)動(dòng)物就一個(gè)具體性狀的行為表現(xiàn)。還有，即使成功，這些方法只能鑒定加性遺傳成分(additivegeneticcomponents),而忽視非加性遺傳成分(non-additivegeneticcomponents),諸如顯性(即，一個(gè)基因的等位基因?qū)τ诹硪换虻牡任换蚨允秋@性性狀)和上位性(即，位于不同位點(diǎn)的基因之間的相互作用)，這對(duì)于診斷學(xué)的發(fā)展是至關(guān)重要的，而這可以被動(dòng)物育種者利用，以便準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)牲畜物種中的有關(guān)經(jīng)濟(jì)上重要性狀的遺傳潛力。發(fā)明概述[0023]本發(fā)明提供了方法、系統(tǒng)和組合物，其使鑒定和選擇對(duì)于期望特征具有優(yōu)異遺傳潛力(desirablecharacteristics)的牛成為可能。因此,本發(fā)明提供了方法、系統(tǒng)和組合物，用于管理、選擇和交配、培育和克隆牛類動(dòng)物。這些用于個(gè)體動(dòng)物關(guān)鍵特征的鑒定和監(jiān)控的方法和用于個(gè)體動(dòng)物管理的方法，最大化了動(dòng)物的個(gè)體潛在行為表現(xiàn)(individualpotentialperformance)和可食用肉價(jià)值(ediblemeatvalue)。本發(fā)明方法提供了系統(tǒng)，來(lái)收集、記錄和存儲(chǔ)由個(gè)體動(dòng)物鑒定所獲得的此種數(shù)據(jù)，這樣，可以將其用于改善生產(chǎn)者培育的未來(lái)動(dòng)物以及飼育場(chǎng)管理的未來(lái)動(dòng)物。本文提供的方法、組合物和系統(tǒng)利用關(guān)于牛類動(dòng)物中存在的遺傳多樣性的信息，特別是單核苷酸多態(tài)性(單核苷酸多態(tài)現(xiàn)象，(SNPs))，以及SNP的核苷酸發(fā)生(nucleotideoccurrences)對(duì)重要性狀的影響。[0024]本發(fā)明還提供了方法，用來(lái)選擇給定動(dòng)物在最佳時(shí)間出貨，這要考慮動(dòng)物的遺傳學(xué)潛力、行為表現(xiàn)和市場(chǎng)因素，將動(dòng)物飼養(yǎng)達(dá)到它的身體和經(jīng)濟(jì)性能的最佳個(gè)體潛能的能力，和記錄和保存每個(gè)動(dòng)物在飼養(yǎng)場(chǎng)的行為表現(xiàn)史和來(lái)自包裝加工廠的畜體數(shù)據(jù)的能力，以用在肉類生產(chǎn)中的養(yǎng)殖和管理當(dāng)前和未來(lái)動(dòng)物中。這些方法使得能應(yīng)對(duì)牛類動(dòng)物目前的多樣性，以改善牛肉產(chǎn)品質(zhì)量和一致性，從而提高由牛肉銷售所獲得的收入。[0025]本發(fā)明使具有優(yōu)良性狀的動(dòng)物的鑒定成為可能，通過(guò)選擇，該性狀能被用于鑒定下一代的親代。這些方法能在核心群(nucleus)或原種育種水平(elitebreedinglevel)上實(shí)行，在其中，改良的性狀將隨時(shí)間流入整個(gè)動(dòng)物種群中；或能在繁殖群(multiplier)或基礎(chǔ)親代水平(foundat1nparentlevel)上被實(shí)施，以將父母本進(jìn)行挑選,得到遺傳上最期望者。最佳雄性和雌性親代然后能被鑒定到，以最大化顯性(dominance)和上位性(epistasis)的遺傳成分,并因此在買賣動(dòng)物中,最大化雜種優(yōu)勢(shì)(heterosis)和雜交優(yōu)勢(shì)(hybridvigor)。[0026]在一種實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的多核苷酸，其包括SEQIDNOS:24493至64886中的任何一個(gè)的至少20個(gè)連續(xù)的核苷酸，至少與該20個(gè)連續(xù)核苷酸的片段達(dá)到90%同一性的多核苷酸，或其互補(bǔ)序列，其中，該分離的多核苷酸含有與一個(gè)性狀相關(guān)的單鏈核苷酸多態(tài)性(SNP)中的一個(gè)核苷酸發(fā)生事件(anucleotideoccurrence),其中，該SNP對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的位置300。[0027]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了方法，通過(guò)確定至少一個(gè)牛SNP的核苷酸發(fā)生、對(duì)一個(gè)牛類對(duì)象(bovinesubject)的一個(gè)性狀作出推斷,該SNP使用本文公開(kāi)的方法被確定與該性狀相關(guān)。例如，該推斷能通過(guò)確定表1A和1B(即對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982的位置300的SNP)中鑒定到的至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生而作出。例如，關(guān)于脂肪厚度、零售收益、大理石花紋、嫩度或平均日增加量的推論能被作出。[0028]該推論被用于本發(fā)明方法的下述發(fā)明方面中:來(lái)建立一個(gè)牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值；來(lái)提高與銷售來(lái)自牛類對(duì)象的牛肉有關(guān)的利潤(rùn)；來(lái)管理牛類對(duì)象；來(lái)分類牛類對(duì)象；來(lái)通過(guò)選擇和培育牛類對(duì)象以改善牛類對(duì)象的遺傳學(xué)；來(lái)克隆具有特殊性狀、性狀組合或預(yù)測(cè)性狀的SNP標(biāo)記組合的牛類對(duì)象；來(lái)追蹤牛類對(duì)象的肉或其他商業(yè)產(chǎn)品；來(lái)基于已知的特性確認(rèn)特定的產(chǎn)品和給特定的產(chǎn)品加上烙??；和來(lái)診斷牛類對(duì)象的健康狀況。[0029]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了方法，用于鑒定牛目標(biāo)序列，諸如與性狀相關(guān)的基因，是通過(guò)鑒定存在于?；蚪M的目標(biāo)區(qū)域中的開(kāi)放閱讀框而進(jìn)行，其中，目標(biāo)區(qū)域位于?；蚪M中，少于或等于單鏈核苷酸多態(tài)性(SNP)的約500，000個(gè)核苷酸，單鏈核苷酸多態(tài)性對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任意一個(gè)的位置300;以及用于分析開(kāi)放閱讀框，以確定它是否影響該性狀，從而鑒定與該性狀相關(guān)的?；颉Ｔ谝粋€(gè)方面，目標(biāo)區(qū)域位于單鏈核苷酸多態(tài)性(SNP)的約5000個(gè)核苷酸之內(nèi)，該單鏈核苷酸多態(tài)性對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的位置300。[0030]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了方法，用于鑒定與性狀相關(guān)的牛單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其包括鑒定在?；蚪M的目標(biāo)區(qū)域中的測(cè)試SNP，其中，該目標(biāo)區(qū)域小于或等于SNP位置的約500，000個(gè)核苷酸，對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982其中之一的位置300，以及鑒定測(cè)試SNP與性狀的相關(guān)性，從而鑒定與性狀相關(guān)的測(cè)試SNP(testSNP)。在某些方面，目標(biāo)區(qū)域包括SEQIDNOS:24493至64886的至少20個(gè)連續(xù)的核苷酸。在另一方面，例如，目標(biāo)區(qū)域包括SEQIDNOS:19473至21982的至少20個(gè)連續(xù)的核苷酸。本發(fā)明也提供了分離的多核苷酸，其包括鑒定的SNPs。發(fā)明詳述[0031]因此，本說(shuō)明書通過(guò)整體參考，合并保存在隨同提交的兩張激光磁盤中的文件。兩激光磁盤一式兩份隨同被提交。第一張激光磁盤包括創(chuàng)建于2003年12月31日的名為^mmillOOwo表1A.doc”的文件，其大小為11299千字節(jié)，以及包括創(chuàng)建于2003年12月31日的名為“mmillOOwo表1B.doc”的文件，其大小為11266千字節(jié)。第二張盤包括序列表，其包括創(chuàng)建于2003年12月31日的名為“MMI1100W0序列表.txt”的文件，其大小為88096千字節(jié)。[0032]本發(fā)明的組合物、方法和系統(tǒng)特別適用于管理、選擇或交配牛類對(duì)象(bovinesubjects)。它們使得能夠鑒定和監(jiān)控個(gè)體動(dòng)物的關(guān)鍵特性，和管理那些個(gè)體動(dòng)物，以最大化它們的個(gè)體潛在行為表現(xiàn)和可食用肉價(jià)值。因此，本文所提供的方法、系統(tǒng)和組合物使得能鑒定和選擇對(duì)于期望的特性具有優(yōu)異遺傳潛力的牛。[0033]本發(fā)明的組合物、方法和系統(tǒng)特別適用于在飼養(yǎng)場(chǎng)環(huán)境中實(shí)施。它們使得能夠鑒定和監(jiān)控個(gè)體動(dòng)物的關(guān)鍵特性和管理那些個(gè)體動(dòng)物，以便最大化它們個(gè)體潛在行為表現(xiàn)和可食用肉價(jià)值。還有，本發(fā)明提供了系統(tǒng)，以通過(guò)個(gè)體動(dòng)物鑒定來(lái)收集、記錄和保存此數(shù)據(jù)，以便改善生產(chǎn)者培育的和飼養(yǎng)場(chǎng)管理的未來(lái)的動(dòng)物。該系統(tǒng)能利用計(jì)算機(jī)模型(computermodels)分析關(guān)于SNPs的核苷酸發(fā)生的信息，和它們與性狀的相關(guān)性，來(lái)預(yù)測(cè)牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。[0034]目前而言，飼養(yǎng)場(chǎng)由畜欄組成，畜欄典型地具有約200頭動(dòng)物的容量，并且，飼養(yǎng)場(chǎng)將成欄的、被喂養(yǎng)到平均終點(diǎn)的牛銷售給包裝食品生產(chǎn)廠(packers)。該終點(diǎn)被計(jì)算為喂養(yǎng)的天數(shù)，喂養(yǎng)天數(shù)由生物型(b1logicaltype)、性別、體重和身軀分值(framescore)估算而得。依據(jù)估算的喂養(yǎng)天數(shù)和輸入組別(incominggroup),動(dòng)物首先被分選入畜欄中。然而，分選(sorting)是由一系列主觀和非最佳參數(shù)完成的，如本文所描述的。牛被喂養(yǎng)到終點(diǎn)，以便最大化在屠宰時(shí)能夠從中獲得美國(guó)農(nóng)業(yè)部等級(jí)中的特選級(jí)牛肉的動(dòng)物百分比，而不將牛喂養(yǎng)得太肥，從而對(duì)不充足的紅肉產(chǎn)量大打折扣。本發(fā)明提供了一種方法，用于最大化牛類對(duì)象的體格特性，包括優(yōu)化能以最有效方式生產(chǎn)美國(guó)農(nóng)業(yè)部等級(jí)(GradeUSDA)中的特選級(jí)和特優(yōu)級(jí)牛肉的牛類對(duì)象百分比。[0035]在一種實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的多核苷酸(isolatedpolynuceotide),其包括?；蚪M的至少20個(gè)連續(xù)核苷酸的片段，或其互補(bǔ)片段，其中，所述分離的多核苷酸包括與一個(gè)性狀相關(guān)的一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生(nucleotideoccurrence)，其中該SNP與對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中任何一個(gè)的位置300的SNP是平衡不穩(wěn)(disequilibrium)關(guān)系。在某些方面中，多核苷酸位于?；蚪M的約500，000或少于500，000個(gè)核苷酸上，核苷酸來(lái)自?；蚪M上SEQIDNOS:19473至21982的位置300。如在本文實(shí)施例中所公開(kāi)的，對(duì)牛來(lái)說(shuō)，連鎖不平衡(linkagedisequilibrium)是約500，000個(gè)核苷酸。因此，可以預(yù)料，與同樣的性狀相關(guān)的其他SNP能被鑒定出來(lái)，這是基于如下這樣的事實(shí):這些其他SNP位于?；蚪M上鑒定出的相關(guān)SNP的少于或等于約500，000個(gè)核苷酸中。在某些方面，多核苷酸來(lái)自安格斯牛(Angus)、夏洛來(lái)牛(Charolais)、利木贊牛(Limousin)、海福特牛(Hereford)、婆羅門牛(Brahman)、西門塔爾牛(Simmental)或格爾布威(Gelbvieh)牛類對(duì)象。[0036]隨附的序列表提供了重疊群(SEQIDNOS:24493至64886)的序列，是從牛基因組產(chǎn)生的。應(yīng)該理解到的是，重疊群能被比對(duì)，這樣SNP能被鑒定出來(lái)，其中SNP位于分離的重疊群上，但是位于?；蚪M上的500，000個(gè)核苷酸之內(nèi)。例如，通過(guò)使用人基因組的序列信息作為支架結(jié)構(gòu)(scaffold)，重疊群的比對(duì)和本文提供的重疊群之間的距離的測(cè)定能被完成。表1A和IB(隨同提交于光盤上)，列出存在于相關(guān)SNP“附近(nearby)”(即在?；蚪M的500，000個(gè)核苷酸內(nèi))的重疊群。[0037]在某些方面中，分離的多核苷酸包括對(duì)應(yīng)于一個(gè)相關(guān)SNP的核苷酸。因此,在這些方面，分離的多核苷酸包括核苷酸，其對(duì)應(yīng)于任一SEQIDNOS:19473至21982的位置300。[0038]在另一方面，本發(fā)明提供了分離的多核苷酸，包括這樣的多核苷酸，其在長(zhǎng)度上是至少20個(gè)核苷酸，并且是至少90%地等同于牛基因組的由至少20個(gè)連續(xù)核苷酸組成的片段；或其互補(bǔ)片段，其中，?；蚪M的至少20個(gè)連續(xù)核苷酸的所述片段包括與一個(gè)性狀相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生，其中，SNP在自任一SEQIDNOS:19473至21982的位置300起約500，000或小于500，000個(gè)核苷酸的位置內(nèi)。在某些方面，例如，多核苷酸至少90%與SEQIDNOS:19473至21982的至少10、15、20、25、50或100個(gè)連續(xù)核苷酸相同。在某些方面，多核苷酸包含SEQIDNOS:19473至21982的位置300。[0039]如本文中所使用的，“大約(約，about)”意味著在某值的10%以內(nèi)。例如，“大約100”是指在90和110之間的值。[0040]在某些方面，分離的多核苷酸包括長(zhǎng)度至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200、250、500、1000、5000、10，000,25,000,50,000,100,000,125,000,250,000或500，000個(gè)核苷酸的片段。還有，在某些例子中，分離的核苷酸包括SEQIDNOS:24493至64886中任意一個(gè)的至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200、250、500、1000、5000或9549個(gè)連續(xù)核苷酸的片段。在某另一方面，分離的核苷酸與舉例所述的序列的同一'I"生至少為65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99或99.5%。在某另一方面，分離的核苷酸包括與SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的一個(gè)區(qū)域鄰接的區(qū)域，包括位置300。在某些方面，分離的多核苷酸由SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)組成。在其他方面，分離的多核苷酸由SEQIDNOS:21983至24492中的任意一個(gè)組成。[0041]本發(fā)明的多核苷酸或寡核苷酸還進(jìn)一步包括可檢測(cè)標(biāo)記(detectablelabel)。例如，可檢測(cè)標(biāo)記能與，處在對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中任何一個(gè)的位置300的位置處的多核苷酸結(jié)合。如本文中更詳細(xì)論述的，標(biāo)記的多核苷酸能如下生成，例如能在微量測(cè)序反應(yīng)期間產(chǎn)生，諸如SNP-1T?反應(yīng)期間產(chǎn)生。[0042]多核苷酸或寡核苷酸的可檢測(cè)標(biāo)記過(guò)程是本領(lǐng)域熟知的?？蓹z測(cè)標(biāo)記(detectablelabel)的特別的非限制性例子，包括化學(xué)發(fā)光標(biāo)記、熒光標(biāo)記、放射性標(biāo)記、酶、半抗原或甚至單一寡核苷酸序列(uniqueoligonucleotidesequences)。[0043]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離載體(isolatedvectors),其包括上文中公開(kāi)的多核苷酸。術(shù)語(yǔ)“載體(vector)”指質(zhì)粒(plasmid)、病毒(virus)或本領(lǐng)域已知的其他載體(vehicle),其已經(jīng)通過(guò)插入或整合一個(gè)核酸序列而被操作過(guò)。[0044]本領(lǐng)域已知的方法能被用來(lái)構(gòu)建載體，包括體外重組DNA技術(shù)(invitrorecombinantDNAtechniques)、合成技術(shù)和體內(nèi)重組/遺傳技術(shù)(invivorecombinat1n/genetictechniques)(見(jiàn)例如描述于Maniatisetal.1989MolecularCloningALaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratory,N.Y.中的技術(shù)，其通過(guò)參考整體并入本文)。[0045]在另一方面，本發(fā)明提供分離的細(xì)胞(isolatedcell),其包括所述載體。該細(xì)胞可以是原核的或真核的。將載體引入原核和真核細(xì)胞的技術(shù)是本領(lǐng)域熟知的。在某些方面，該細(xì)胞是牛細(xì)胞。在其他方面，細(xì)胞是細(xì)菌細(xì)胞。仍在其他方面，細(xì)胞是人細(xì)胞。[0046]在另一方面，本發(fā)明提供了引物對(duì)(primerpair)，其結(jié)合到SEQIDNOS:24493至64886中的第一目標(biāo)區(qū)域(firsttargetreg1n)和第二目標(biāo)區(qū)域(secondtargetreg1n),其中，該引物對(duì)的第一引物(thefirstprimer)和引物對(duì)的第二引物(thesecondprimer)長(zhǎng)度上至少10個(gè)核苷酸，并結(jié)合目標(biāo)區(qū)域的相對(duì)鏈，該目標(biāo)區(qū)域位于一個(gè)位置的3000個(gè)核苷酸內(nèi)，該位置對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中任意一個(gè)的位置300;在相反方向上、跨位置300，從目標(biāo)區(qū)域起引發(fā)多核苷酸合成。在另一實(shí)施方案中，本文中提供的是引物對(duì)，其結(jié)合到SEQIDNOS:19473至21982的第一目標(biāo)區(qū)域和第二目標(biāo)區(qū)域，其中，弓丨物對(duì)的第一引物和引物對(duì)的第二引物長(zhǎng)度上至少10個(gè)核苷酸，結(jié)合目標(biāo)區(qū)域的相反鏈，并且，在相反方向，由目標(biāo)區(qū)域引發(fā)多跨SEQIDNOS:19473至21982的位置300的核苷酸合成。在某些實(shí)施方案中，目標(biāo)區(qū)域在SEQIDNOS:19473至21982內(nèi)。[0047]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離的寡核苷酸(isolatedoligonucleotide),其選擇性地結(jié)合到目標(biāo)多核苷酸(targetpolynucleotide),該多核苷酸含有至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、300、500、1000、1500、2000、2500或3000個(gè)核苷酸，例如，含有SEQIDNOS:24493至64886中的核苷酸，其中末端核苷酸對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的位置300。在某些方面，分離的寡核苷酸含有SEQIDNO:SNPl至SNP4000中的至少5個(gè)核苷酸。在某些方面，分離的寡核苷酸與處于SEQIDNOS:19473至21982中任意一個(gè)的位置299或300上處的核苷酸或其互補(bǔ)體(complement)相互補(bǔ)。[0048]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供寡核苷酸(oligonucleotide),其能結(jié)合到SEQIDNOS:19473至21982中的任意一個(gè)上，其中所述寡核苷酸的長(zhǎng)度在10到50個(gè)核苷酸之間，并且其中，寡核苷酸包括SEQIDNOS:21983至24492中的至少10個(gè)連續(xù)核苷酸。在某些方面，例如，寡核苷酸在長(zhǎng)度上是至少15個(gè)核苷酸。在某些例子中，寡核苷酸能結(jié)合到包括SEQIDNOS:19473至21982中任何一個(gè)的位置300的區(qū)域。在其他例子中，寡核苷酸包括SEQIDNOS:21983到24492中的任意一個(gè)的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個(gè)核苷酸。該分離的寡核苷酸可以是SEQIDNOS:21983至24492中的任意一個(gè)。[0049]在另一種實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的寡核苷酸，其包括10個(gè)核苷酸,其能夠選擇性地結(jié)合SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的目標(biāo)多核苷酸(targetpolynucleotide),其中，所述分離寡核苷酸的一個(gè)末端核苷酸能夠結(jié)合到SEQIDNOS:19473至21982中任意一個(gè)的位點(diǎn)298、299、300、301或302上。該寡核苷酸長(zhǎng)度可以是，例如10、15、20、25、50或100個(gè)核苷酸。在某些方面，末端核苷酸能夠結(jié)合到SEQIDNOS:19473至21982中任意一個(gè)的位置300上。[0050]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的寡核苷酸對(duì)(isolatedoligonucleotidepair),其對(duì)于測(cè)定單核苷酸多態(tài)性(SNP)上的一個(gè)核苷酸的發(fā)生是有效的，該單核苷酸多態(tài)性對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的位置300，其中，每一分離的寡核苷酸包括來(lái)自SEQIDNOS:19473至21982中的至少5個(gè)核苷酸，和其中，每一寡核苷酸對(duì)的末端核苷酸與位于SEQIDNOS:19473至21982中任何一個(gè)的位置300處的不同核苷酸或其互補(bǔ)核苷酸相互補(bǔ)。在某些方面中，專一'I"生結(jié)合配對(duì)成員(specificbindingpairmember)是引物延伸反應(yīng)的底物。[0051]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于通過(guò)測(cè)定與一個(gè)性狀相關(guān)的至少一個(gè)牛SNP的核苷酸發(fā)生，來(lái)獲得關(guān)于牛類對(duì)象該性狀的推論。當(dāng)SNP的至少一個(gè)核苷酸發(fā)生，以統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性方式，例如具有大于80%、85%、90%、95%或99%的置信度，在具有該形狀的某些特征的對(duì)象中較頻繁出現(xiàn)時(shí)，則該SNP與該性狀是相關(guān)的。因此，在某些方面，該方法包括鑒定核苷酸發(fā)生(nucleotideoccurrence)是否是在此被鑒定為與一個(gè)性狀相關(guān)的一個(gè)牛SNP等位基因。?！癝NP等位基因(SNPallele)”是指牛類動(dòng)物的一個(gè)群體之中的一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生。在某些方面，推斷是通過(guò)測(cè)定對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的位點(diǎn)300的一個(gè)或多個(gè)SNPs的核苷酸發(fā)生而得出的。這些SNP在此被稱為“相關(guān)SNP(associatedSNP)”。關(guān)于在此討論的許多性狀，可以犾得推論，諸如，例如脂肪厚度、零售收益、大理石花紋、嫩度或平均日增加量。在某些方面，牛類對(duì)象是安格斯牛、夏洛來(lái)牛、利木贊牛、海福特牛、婆羅門牛、西門塔爾?；蚋駹柌纪ｎ悓?duì)象。[0052]如本文提供的實(shí)施例中所例示性說(shuō)明的，牛基因組的高密度SNP圖譜被構(gòu)建，并被用于分析與一個(gè)性狀相關(guān)的SNP的存在，置信水平在0.01或更大。鑒定的SNP在本文中被稱為“與性狀相關(guān)聯(lián)的SNPs(SNPsthatareassociatedwithatrait)”或“相關(guān)聯(lián)SNPs(associatedSNPs)”。相關(guān)聯(lián)SNPs的預(yù)測(cè)值(predictivevalue),使得確定牛類動(dòng)物表達(dá)多個(gè)經(jīng)濟(jì)上重要形狀的遺傳潛力稱為可能，稱作分子育種選擇值((molecularbreedingandselect1nvalue)。該信息被用于增強(qiáng)動(dòng)物育種、分類和克隆的效率和準(zhǔn)確性。[0053]公開(kāi)在本文實(shí)施例中的分析方法，利用了本發(fā)明方法，以便基于單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記產(chǎn)生牛基因組的高密度遺傳學(xué)圖(high-densitygeneticmap)。該高密度遺傳學(xué)圖是利用由Venter，J.C，etal.，(Science291:1304-1351(2001))所描述的鳥槍測(cè)序方法、通過(guò)?；蚪M的全基因組序列而產(chǎn)生的。鳥槍測(cè)序用代表不同品種的四個(gè)不同的牛個(gè)體進(jìn)行。一旦被測(cè)序片段的全基因組裝配完成之后，所有序列變異體被鑒定和分類。相差單個(gè)核苷酸的序列變異體成為高密度圖譜的候選SNP標(biāo)記。通過(guò)使用裝配的人基因組作為骨架結(jié)構(gòu)(scaffolding),存在于?；蚪M中的每一候選SNP的相對(duì)位置被確定?；谒鼈兊奈恢?，選擇候選SNPs，這樣以便該圖譜在基因組范圍內(nèi)均勻分布。遺傳學(xué)SNP圖譜是均勻分布的，如果，其中，任何兩相鄰標(biāo)記之間的平均遺傳距離是0.5cM(厘摩)。[0054]還有，來(lái)自3791頭牛類動(dòng)物的表型數(shù)據(jù)被收集，是從一個(gè)三三制因子喂食和畜體數(shù)據(jù)收集實(shí)驗(yàn)(athreebythreefactorialfeedingandcarcassdatacollect1nexperiment)獲得的；在三個(gè)不同的喂食日子(早、最適和晚)中，比較三種不同的生物學(xué)型(英國(guó)雜交型、大陸雜交型和婆羅門牛雜交型)。依據(jù)生物學(xué)型，將動(dòng)物隨機(jī)分配成處理組。所有牛，在90kg體重以內(nèi)，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)。這些組從開(kāi)始日到收獲日是被用區(qū)截制管理的。在喂養(yǎng)階段開(kāi)始之時(shí)，收集每一個(gè)個(gè)體動(dòng)物的血樣，并被給予一個(gè)電子ID(電子身份)，其與收集樣品相匹配。在喂養(yǎng)完成和收獲階段，相關(guān)統(tǒng)計(jì)參數(shù)的數(shù)據(jù)被編輯并被分析。在特定SNP和目標(biāo)性狀之間的統(tǒng)計(jì)上顯著相關(guān)性，被本文中公開(kāi)的方法所鑒定，用于利用高密度遺傳學(xué)SNP圖譜，用在牛類動(dòng)物全基因組相關(guān)性研究的行為表現(xiàn)中。使用本文中提供的方法和結(jié)果，通過(guò)SNP中的等位基因頻率差異，確定了相關(guān)聯(lián)SNP對(duì)目標(biāo)性狀的效應(yīng)。還有，如本文中所公開(kāi)的，靠近或緊鄰一些相關(guān)聯(lián)SNPs的SNPs被鑒定，其，作為一個(gè)相關(guān)聯(lián)的SNP，而與同樣性狀相關(guān)聯(lián)。[0055]如在隨附的實(shí)施例中詳細(xì)討論的，DNA樣品從牛類對(duì)象中合并而得，該牛類對(duì)象代表了，在牛類動(dòng)物群體中，表達(dá)一個(gè)目標(biāo)性狀(例如高脂肪)的高表型和低表型極限。選擇用于分析的性狀，是大理石花紋、嫩度、脂肪厚度、產(chǎn)量和日增加量?？偣?510個(gè)SNP被鑒定到，其與這些性狀相關(guān)聯(lián)(表1A和1B)。[0056]表1A和IB—兩者都隨同提交在光盤上一公開(kāi)了通過(guò)分析鑒定的SNP，并提供了對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982的位置300的SNPs的SNP名稱。公開(kāi)在SEQIDNOS=SNPl至SNP4000中的序列是擴(kuò)增子由之產(chǎn)生的區(qū)域。表1B也指出了較大?；蚪M序列重疊群(SEQIDNOS:24493至64886)(見(jiàn)表1B的第二欄，標(biāo)記為“在序列中”,其列出重疊群名稱(例如“19866880525139”))中的擴(kuò)增子-產(chǎn)生區(qū)域的位置，以及擴(kuò)增子的重疊群內(nèi)的位置(例如“923-1522”)，其包括在位置300處的SNP。擴(kuò)增子(SEQIDNOS:19473-21982)的序列標(biāo)識(shí)符(sequenceidentifier),列在表1A中。還有,表1A和IB鑒定核苷酸發(fā)生，其對(duì)于這些SNP中的每一個(gè)已經(jīng)被檢測(cè)出，并鑒定性狀，該性狀已經(jīng)使用本文公開(kāi)的方法鑒定證明與這些SNP相關(guān)聯(lián)。列在表1A和IB中的所有SNP與各個(gè)性狀(或復(fù)數(shù)個(gè)性狀)相關(guān)聯(lián)，置信水平為0.01或更高置信度。最后，表1A提供了延伸引物序列，被用于確定SNPs(SEQIDNOS:21983至24492)的核苷酸發(fā)生。[0057]表1A和IB中的每一SNP由性狀所表征，發(fā)現(xiàn)與下述性狀相關(guān)聯(lián):大理石花紋、嫩度、脂肪厚度、日增加量和零售收益。對(duì)于五個(gè)性狀中的每一個(gè)，“高(high)”是指表型測(cè)量值達(dá)到第九十個(gè)百分點(diǎn)的動(dòng)物，基于對(duì)應(yīng)于該性狀的數(shù)值等級(jí)。“低(low)”是指表型測(cè)量值到達(dá)第十個(gè)百分點(diǎn)或更低的動(dòng)物，基于對(duì)應(yīng)于該性狀的數(shù)值等級(jí)。[0058]在本發(fā)明的某些方面，涉及一種方法，用于推斷性狀，諸如列出在表1A和IB中的性狀，對(duì)于一個(gè)或多個(gè)相關(guān)聯(lián)SNP,確定了核苷酸發(fā)生。因此,在一個(gè)方面，例如，該方法被用于推斷脂肪厚度，是通過(guò)確定至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生而進(jìn)行，該SNP對(duì)應(yīng)于表1A和IB中指出的與脂肪厚度相關(guān)聯(lián)的SNPs。就該方面，作為非限制性例子，在SEQIDNO:19473的位置300處的SNP的核苷酸發(fā)生，能被鑒定，并與表1A和IB中就SEQIDNO:19473所列出的核苷酸發(fā)生相比較。在SEQIDNO:19473的位置300的一個(gè)胸腺嘧啶殘基，意味著如下較高的可能性，即牛類對(duì)象會(huì)生產(chǎn)出具有高嫩度的肉。此外，作為非限制性例子，在SEQIDNO:19474的位置300的核苷酸發(fā)生能被檢測(cè)，并且，或單獨(dú)地或與SEQIDNO:19473的位置300的核苷酸發(fā)生組合使用，來(lái)推斷嫩度。例如，如果SEQIDNO:19473和SEQIDNO:19474的位置300都是胸腺嘧啶殘基，則有如下更加較高的可能性，即牛類對(duì)象會(huì)產(chǎn)生高嫩度的肉，高于任何一種核苷酸發(fā)生單獨(dú)出現(xiàn)。[0059]在另一方面，該方法被用于推斷零售收益(retailyield)，其通過(guò)確定至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生來(lái)進(jìn)行，該SNP對(duì)應(yīng)于表1A所示的與零售收益相關(guān)聯(lián)的SNPs。在另一方面，本方法被用于推斷大理石花紋，通過(guò)測(cè)定至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生來(lái)進(jìn)行，該SNP對(duì)應(yīng)于表1A所示的與大理石紋相關(guān)聯(lián)的SNP。在另一方面，本方法被用于推斷日增加量(dailygain)，其通過(guò)測(cè)定至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生來(lái)進(jìn)行，該SNP對(duì)應(yīng)于表1A所示的與日增加量相關(guān)聯(lián)的SNP。[0060]對(duì)于任何一個(gè)性狀，“相對(duì)高的(relativelyhigh)”特征，指高于平均值，“相對(duì)低的(relativelylow)”特征指低于平均值。例如相對(duì)高的大理石花紋”,表明比牛群的平均大理石花紋更豐富的大理石花紋。相反地，“相對(duì)低的大理石紋”，表明沒(méi)有牛群的平均大理石花紋豐富的大理石花紋。還有，在某些方面，本發(fā)明的方法推斷出牛類對(duì)象對(duì)于一個(gè)性狀而言具有一定值的顯著可能性，即對(duì)于一個(gè)給定性狀而言，牛類對(duì)象具有的顯著可能性數(shù)值在下述范圍之內(nèi)，例如在第5%、第10%、第20%、第25%、第30%、第40%、第50%、第60%、第70%、第75%、第80%、第90%或第95%百分點(diǎn)的范圍內(nèi)。例如，本文呈遞的方法可以提供推斷出牛類對(duì)象具有一定大理石花紋數(shù)值的顯著可能性，對(duì)牛群體而言，具有的大理石花紋在第十區(qū)間內(nèi)。列在表1A和IB中的、與“高”性狀特征(如高嫩度)相關(guān)聯(lián)的SNP核苷酸發(fā)生，有可能以針對(duì)相關(guān)聯(lián)性狀的、以牛群體大于第五十區(qū)間的值相關(guān)聯(lián)，在某些方面，至少為第九十區(qū)間。列在表1A和IB中的，與“低”性狀特征(如低嫩度)相關(guān)聯(lián)的SNP核苷酸發(fā)生，有可能以牛群體的、低于針對(duì)相關(guān)聯(lián)性狀的第五十個(gè)百分點(diǎn)的值相關(guān)聯(lián)，在某些方面，至少低于或等于第10個(gè)百分點(diǎn)。[0061]在一個(gè)方面，本發(fā)明的方法可以與各種超可突變性序列，諸如微衛(wèi)星核酸序列組合起來(lái)被使用，以推斷牛類對(duì)象的性狀。如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)“超可突變的(hypermutable)”是指不穩(wěn)定的、從而導(dǎo)致核酸變化的核酸序列。此等變化包括核苷酸的刪除和添加。本發(fā)明的超可突變性序列，最常見(jiàn)的是微衛(wèi)星DNA序列，其，從定義上說(shuō)，是小的隨機(jī)重復(fù)DNA序列。因此，SNP分析和微衛(wèi)星分析的組合可以被用來(lái)推斷牛類對(duì)象的性狀(或復(fù)數(shù)個(gè)性狀)。[0062]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于確定牛樣品中的多態(tài)性的核苷酸發(fā)生，其中，多態(tài)性對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中任何一個(gè)的位置300。在一個(gè)方面，核苷酸發(fā)生通過(guò)下述方法而測(cè)定:將樣品中的牛多核苷酸與能夠結(jié)合SEQIDNOS:24493至64886中的任何一個(gè)之目標(biāo)區(qū)域的寡核苷酸相接觸，其中，該目標(biāo)區(qū)域包括一個(gè)位置，對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中任意一個(gè)的位置300;或，其中，該目標(biāo)區(qū)域是在3000個(gè)核苷酸內(nèi)，有一個(gè)核苷酸對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中任意一個(gè)的位置300，并且，確定單核苷酸多態(tài)性(SNP)中的核苷酸發(fā)生，對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的位置300。測(cè)定典型地包括分析寡核苷酸的結(jié)合作用，或者檢測(cè)利用該寡核苷酸所產(chǎn)生的擴(kuò)增產(chǎn)物。[0063]在某些方面，目標(biāo)區(qū)域(targetreg1n)是在3000、2000、1500、1000、750、500、250、200、150、100、75、50、40、30、20、10、9、8、8、7、6、5、4、3、2或I個(gè)核苷酸內(nèi)，有一個(gè)核苷酸對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的位置300，或者，目標(biāo)區(qū)域包括SEQIDNOS:19473至21982的位置300。在某些方面，目標(biāo)區(qū)域是SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)。[0064]在某些方面，例如，寡核苷酸結(jié)合到目標(biāo)序列上，其中包括SNPs中的一個(gè)；并且基于寡核苷酸與目標(biāo)序列的結(jié)合作用，確定核苷酸發(fā)生。用于確定SNPs處的核苷酸發(fā)生的方法在本文中被公開(kāi)。這些方法中的一些方法利用側(cè)翼引物對(duì)(flankingprimerpairs)。因此，在一個(gè)方面，使牛多核苷酸與引物對(duì)接觸，通過(guò)使用采用引物對(duì)所產(chǎn)生的擴(kuò)增產(chǎn)物，核苷酸發(fā)生被測(cè)定。引物對(duì)中的一條或兩條引物可以包括可檢測(cè)標(biāo)記。[0065]在某些例子中，寡核苷酸的末端核苷酸結(jié)合到SNP位置。例如，每一寡核苷酸對(duì)的末端核苷酸可以與處于SEQIDNOS:19473至21982中任何一個(gè)中的位置300的不同核苷酸或其互補(bǔ)物相互補(bǔ)。在某些方面，一條寡核苷酸是SEQIDNOS:21983至24492中的任何一個(gè)的寡核苷酸。[0066]在某些方面，該方法進(jìn)一步包括，基于推斷出的性狀，管理下述事項(xiàng)中的至少其中之一:食物攝入；飲食成分；給予食物添加劑或藥理學(xué)處理，諸如疫苗、抗生素、激素和其他代謝調(diào)節(jié)物；施加飲食變化或藥理學(xué)處理的年齡和體重；喂給特殊食物的天數(shù)；閹割；喂食方法和管理；進(jìn)行內(nèi)部或外部測(cè)量；和牛類對(duì)象的環(huán)境。該管理導(dǎo)致如下改善，且，在一些例子中，牛類對(duì)象的身體特征被最大化，例如，從牛類對(duì)象獲得最大數(shù)量的高級(jí)牛肉，和/或增加獲得USDA特選級(jí)或最優(yōu)級(jí)牛肉的機(jī)會(huì)，優(yōu)化嫩度，和/或在考慮了達(dá)到這些終點(diǎn)所需的輸入物的情況下，最大化來(lái)自牛類對(duì)象的零售收益。[0067]該方法能被用來(lái)在這些動(dòng)物中判別生長(zhǎng)植入物(growthimplants)、維生素E和其他干涉劑(intervent1ns)能在哪兒提供最大價(jià)值。例如，不具有能夠達(dá)到高級(jí)的特選級(jí)或最優(yōu)級(jí)品質(zhì)等級(jí)的性狀的動(dòng)物可以被給予生長(zhǎng)植入物，直到喂食區(qū)間的結(jié)束，從而最大化飼喂效率；而對(duì)具有形成大理石花紋傾向的動(dòng)物，在喂食區(qū)間的最后時(shí)期不能被植入，以確保最大的肌肉內(nèi)脂肪沉積。[0068]該方法也使得飼養(yǎng)場(chǎng)和加工者能預(yù)測(cè)系統(tǒng)中的牛的品質(zhì)和產(chǎn)量等級(jí)，以優(yōu)化飼喂動(dòng)物或產(chǎn)品的銷售，從而滿足目標(biāo)市場(chǎng)規(guī)格標(biāo)準(zhǔn)。該方法也提供信息給飼養(yǎng)場(chǎng)，以便其根據(jù)來(lái)自具體供應(yīng)商的預(yù)計(jì)的經(jīng)濟(jì)報(bào)酬而作出購(gòu)買決策。還有，該方法使得整合項(xiàng)目(integratedprograms)能夠被創(chuàng)立,整合項(xiàng)目橫跨育種者、生產(chǎn)者、飼養(yǎng)場(chǎng)、加工廠和零售商。[0069]飼料添加劑的例子包括抗生素、調(diào)味劑和代謝調(diào)節(jié)物(metabolicmodifiers)。從SNPs獲得的信息能影響添加劑的使用和其他藥理學(xué)處理，這取決于牛的遺傳潛力和相對(duì)于期望的畜體組成的生長(zhǎng)階段。喂養(yǎng)方法的例子，包括即興-限制性喂養(yǎng)(ad-libitumversusrestrictedfeeding),在限制和非限制條件下的喂養(yǎng)，以及每天的喂食次數(shù)。來(lái)自關(guān)于牛的健康、免疫狀況或應(yīng)激反應(yīng)的SNPs的信息，能被用于影響針對(duì)個(gè)體牛的最佳喂食方法的選擇。[0070]在另一實(shí)施方案中，提供如下方法，用于選擇一個(gè)給定的動(dòng)物在最佳時(shí)間出貨，這需要考慮動(dòng)物狀況、行為表現(xiàn)和市場(chǎng)因素，考慮將動(dòng)物生長(zhǎng)至它的以身體和經(jīng)濟(jì)性能而言的最佳個(gè)體潛力的能力，和，考慮記錄和保存在飼養(yǎng)場(chǎng)中的每一動(dòng)物行為表現(xiàn)史以及來(lái)自包裝廠的畜體數(shù)據(jù)的能力，以便用于為肉類生產(chǎn)培養(yǎng)和管理目前和未來(lái)動(dòng)物。這些方法能應(yīng)對(duì)當(dāng)前的牛類多樣性，以改善牛肉產(chǎn)品質(zhì)量和一致性，從而提高由牛肉銷售所產(chǎn)生的收入。[0071]本方法可以使用一種生物經(jīng)濟(jì)學(xué)評(píng)價(jià)方法，該方法確立一個(gè)牛類對(duì)象或一組牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，諸如那些畜欄中的牛類對(duì)象，以便優(yōu)化來(lái)自牛肉生產(chǎn)的利潤(rùn)。因此，在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于建立一個(gè)牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。根據(jù)本方法，從一個(gè)牛類對(duì)象的核酸樣品，獲得關(guān)于該牛類對(duì)象的一個(gè)性狀的一個(gè)推論。該推論是通過(guò)一種方法而得到的，該方法包括鑒定至少一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生,其中，該核苷酸發(fā)生與該性狀相關(guān)聯(lián)，并且，其中，該性狀影響該牛類對(duì)象的價(jià)值。還有，在某些方面，該推斷是通過(guò)確定對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的位置300的至少一個(gè)SNP上的核苷酸發(fā)生而被獲得。[0072]在某些例子中，本方法包括直接影響性狀的因果突變(causativemutat1n)的鑒定，或者I個(gè)和多個(gè)SNP的確定，該SNP與相關(guān)聯(lián)性狀是處于連鎖不平衡(linkagedisequilibrium)中。[0073]本方法可以包括至少2個(gè)SNPs的核苷酸發(fā)生的確定。至少2個(gè)SNPs能形成所有或部分的單倍型(haplotype)，其中，本方法鑒定了一個(gè)單倍型等位基因，該單倍型等位基因是連鎖不平衡的，因而與性狀相關(guān)聯(lián)。還有，本方法能包括鑒定單倍型等位基因的二倍體對(duì)(diploidpair)。[0074]根據(jù)本發(fā)明該方面的一種方法，還能包括，與基于核苷酸發(fā)生數(shù)據(jù)所得到的推斷組合使用影響牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值的傳統(tǒng)因素，以確定牛類對(duì)象的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。[0075]如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)“至少一個(gè)(atleastone)”,當(dāng)被用于討論基因、SNP、單倍型或類似物時(shí)，是指1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等，一直到和包括?；蚪M的所有單倍型等位基因、基因和/SNPs。關(guān)于“至少第二個(gè)(atleastasecond)”基因、SNP或類似物，是指兩個(gè)或多個(gè)，即2、3、4、5、6、7、8、9、10個(gè)，等等個(gè)的牛基因、SNPs或類似物。[0076]多態(tài)現(xiàn)象(polymorphisms)是發(fā)生在一個(gè)群體中的等位基因變異體,其可以是出現(xiàn)在一個(gè)位點(diǎn)的單核苷酸差異，或者可以是一個(gè)或少數(shù)或許多連續(xù)核苷酸的插入或缺失。因此，單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphism(SNP))被表征為:在一個(gè)群體中，在基因組諸如人基因組的特定位點(diǎn)，存在一種或兩種、三種或四種核苷酸(即腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤和胸腺嘧啶)，典型地少于所有四種核苷酸。將被認(rèn)識(shí)到，盡管本發(fā)明的方法主要通過(guò)SNP的檢測(cè)而被舉例說(shuō)明，這里公開(kāi)的方法或本領(lǐng)域其他已知的相似方法，能被用來(lái)鑒定其他類型的牛多態(tài)性，其典型地涉及一個(gè)以上的核苷酸。[0077]術(shù)語(yǔ)“單倍型(haplotypes))”,用于本文中，是指兩個(gè)和多個(gè)SNPs的分組,它們物理地存在于同樣的染色體上，其容易一起被遺傳下來(lái)，除非發(fā)生重組。單倍型提供了關(guān)于該基因的等位基因、調(diào)控區(qū)域或影響性狀的其他遺傳序列的信息。連鎖不平衡(linkagedisequilibrium)和，因此產(chǎn)生的SNP或單倍型等位基因和牛性狀的相關(guān)性，可能強(qiáng)烈至使用簡(jiǎn)單遺傳方法足以被檢測(cè)到的地步，或者可能需要更精密的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法以被鑒定。[0078]用于鑒定核酸樣品中的單倍型等位基因的眾多方法，是本領(lǐng)域已知的?？傮w上說(shuō)，針對(duì)個(gè)體SNPs的核酸發(fā)生被確定，并然后被組合起來(lái)，以鑒定單倍型等位基因。現(xiàn)在有若干算法，用于基于譜系分析所進(jìn)行的單倍型重建。這些算法是最大可能性法(MaximumLikelihoodmethod)((Excofier,L.,andSlatkin,M.,Mol.B1l.Evol.12:921-927(1995))，儉約法(theparsimonymethod)，由Clark,A.G.，Mol.B1l.Evol.7:111-122(1990)創(chuàng)立，和St印hens，M.,etal.,Am.J.Hum.Genet.68:978-989,2001的相重建法(phasereconstruct1nmethod),其通過(guò)參考被并入本文)，它們能應(yīng)用于生成的、關(guān)于牛類對(duì)象的SNP標(biāo)記中的個(gè)體核苷酸發(fā)生的數(shù)據(jù)，以便確定對(duì)象的基因型中的每一單倍型的等位基因。可替代地，對(duì)于每一對(duì)位點(diǎn)，單倍型也能被直接測(cè)定，這通過(guò)等位基因特異性PCR進(jìn)行(Clark,A.G.etal.，Am.J.Hum.Genet.63:595-612(1998)。[0079]如本文中所使用的,術(shù)語(yǔ)“推斷(infer)”或“推斷(inferring)”,當(dāng)用于指一個(gè)性狀時(shí)，是指獲得關(guān)于一個(gè)性狀的結(jié)論，其使用單個(gè)地或聯(lián)合起來(lái)分析在牛類對(duì)象的核酸樣品中的一個(gè)或多個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生的過(guò)程，一個(gè)或多個(gè)SNP可以是一個(gè)或更多個(gè)的單倍型的部分；和將單個(gè)或組合的SNP(復(fù)數(shù)個(gè))的核苷酸發(fā)生(復(fù)數(shù)個(gè))與已知SNP(復(fù)數(shù)個(gè))核苷酸發(fā)生(復(fù)數(shù)個(gè))和性狀之間的關(guān)系相比較。如上所公開(kāi)的，通過(guò)檢查核酸分子，核苷酸發(fā)生(復(fù)數(shù)個(gè))能被直接鑒定到，或通過(guò)檢查由特定基因編碼的多肽，被間接鑒定到，其中多態(tài)性與編碼多肽中的氨基酸變化相關(guān)聯(lián)。[0080]使用已知的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，能鑒定一個(gè)或多個(gè)SNPs或單倍型的核苷酸出現(xiàn)與性狀之間的關(guān)系。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析結(jié)果顯示，一個(gè)或多個(gè)SNPs或單倍型與性狀之間的相關(guān)性，在置信度至少為80%、85%、90%、95%或99%或95%時(shí)，或可選擇地，無(wú)效概率(probabilityofinsignificance)低于0.05時(shí),能用來(lái)鑒定SNPs和單倍型。這些統(tǒng)計(jì)學(xué)工具可以測(cè)試與零假設(shè)相關(guān)的顯著性，在測(cè)(on-test)SNP等位基因或單倍型等位基因在具有不同性狀的組之間不會(huì)明顯不同。如果差異的顯著性低，它表示等位基因與性狀不相關(guān)。[0081]如另一例子，一個(gè)或多個(gè)SNP或單倍型的核苷酸發(fā)生與性狀之間的相關(guān)性(即顯著標(biāo)記的選擇)，能使用兩部分分析法而被鑒定，在第一部分中，來(lái)自一個(gè)性狀的極限的動(dòng)物DNA被合并起來(lái)，并且，就該分布每一尾部的一個(gè)或多個(gè)SNP或單倍型的等位基因頻率進(jìn)行估計(jì)。與性狀極限明顯相關(guān)的SNPs和/或單倍型的等位基因被鑒定，并被用于構(gòu)建候選SNP和/或單倍型集合(set)。統(tǒng)計(jì)截止點(diǎn)(Statisticalcut-offs)被設(shè)定地相對(duì)低，以確保在該方法的第一部分中，明顯的SNPs和/或單倍型不被忽視掉。[0082]在第二階段，依據(jù)候選SNP和/或單倍型集合，個(gè)體動(dòng)物被基因分型。第二階段被設(shè)定，以在特定性狀上引起盡可能多的遺傳變異，而不引入實(shí)質(zhì)性的錯(cuò)誤。這便是該預(yù)測(cè)方法的平衡作用。一些動(dòng)物以高準(zhǔn)確度被預(yù)測(cè)，而其他則以低準(zhǔn)確度被預(yù)測(cè)。[0083]在二倍體生物中，諸如牛類生物中，體細(xì)胞——其是二倍體——對(duì)于每一單位點(diǎn)的單倍型，都包括兩個(gè)等位基因。同樣地，在某些情況下，單倍型的兩個(gè)等位基因在本文中被認(rèn)作一個(gè)基因型或一個(gè)二倍體對(duì)(diploidpair),并且,體細(xì)胞的分析,典型地鑒定針對(duì)單倍型每一拷貝的等位基因。本發(fā)明的方法可以包括鑒定二倍體等位基因的二倍體對(duì)。這些等位基因可以是相同的(同源的)或可以是不同的(異源的)。延伸通過(guò)同一染色體的多個(gè)位點(diǎn)的單倍型，包括最高達(dá)2至第N次冪等位基因，其中，N是位點(diǎn)數(shù)目。根據(jù)多-位點(diǎn)(即多SNP)單倍型來(lái)表達(dá)多態(tài)性是有利的，這是因?yàn)閱伪缎蜑檫z傳相關(guān)性研究提供了增強(qiáng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)能力。當(dāng)二倍體對(duì)包括O或I雜合對(duì)，且包括N和N-1個(gè)純合對(duì)時(shí)，能從二倍體對(duì)多-位點(diǎn)單倍型進(jìn)行精確地測(cè)定。當(dāng)多-位點(diǎn)單倍型不能被精確測(cè)定時(shí)，它們有時(shí)候可以通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法被推斷出來(lái)。本發(fā)明的方法可以包括鑒定多-位點(diǎn)單倍型，或精確地被測(cè)定，或被推斷出來(lái)。[0084]用于實(shí)施本發(fā)明方法的樣品，可以是一個(gè)對(duì)象的任何生物學(xué)樣品，通常是牛類對(duì)象的生物學(xué)樣品，其含有核酸分子，包括有待被檢測(cè)的基因序列的部分，或相應(yīng)的編碼多肽，這取決于特定的方法。同樣地，樣品可以是細(xì)胞、組織或器官樣品；或可以是生物材料的樣品，諸如體液，例如血、奶、精液、唾液；或可以是頭發(fā)、組織和類似物。用于實(shí)施本發(fā)明方法的核酸樣品，可以是脫氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。核酸樣品一般是脫氧核糖核酸樣品，特別地，是基因組DNA或其擴(kuò)增產(chǎn)物。然而，當(dāng)異核核糖核酸可以被利用時(shí)，cDNA或其擴(kuò)增產(chǎn)品可以被使用，異核核糖核酸包括未拼接的mRNA前體RNA分子和非編碼調(diào)控分子，諸如RNA。[0085]當(dāng)單倍型的每一SNP存在于基因(復(fù)數(shù)個(gè))的編碼區(qū)域時(shí)，核酸樣品可以是DNA或RNA或從其得到的產(chǎn)物，例如，擴(kuò)增產(chǎn)物。還有，盡管本發(fā)明方法一般以核酸樣品舉例說(shuō)明，將被認(rèn)識(shí)到，特定的單倍型等位基因可以在一個(gè)基因的編碼區(qū)域，并可以產(chǎn)生多肽，其在對(duì)應(yīng)于SNP的位置含有不同的氨基酸，這是由于非簡(jiǎn)并密碼子變化的緣故。同樣地，在另一方面，本發(fā)明的方法可以通過(guò)使用含有對(duì)象的多肽的樣品而被實(shí)施。[0086]在一種實(shí)施方案中，DNA樣品可以被收集和保存于檢索條形碼系統(tǒng)(retrievablebarcodesystem)中，或者是自動(dòng)的或者是人工的,該系統(tǒng)連接到一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)上。收集實(shí)踐包括用于從個(gè)體動(dòng)物收集組織、毛發(fā)、口腔細(xì)胞或血樣品的系統(tǒng)，同時(shí)，耳標(biāo)(eartags)、電子識(shí)別或其他裝置被附著或植入該動(dòng)物中。組織收集裝置可以被集成到用于放置耳標(biāo)的工具上。體液樣品被收集，并可以被保存在膜結(jié)合系統(tǒng)(membraneboundsystem)中。所有方法可以被自動(dòng)上傳入原始數(shù)據(jù)庫(kù)中。[0087]然后，樣品可以在收集現(xiàn)場(chǎng)被分析，或被送到實(shí)驗(yàn)室中，在實(shí)驗(yàn)室里，采用高通量基因分型系統(tǒng)(high-throughputgenotypingsystem)分析樣品。性狀在現(xiàn)場(chǎng)，以實(shí)時(shí)方式被預(yù)測(cè)；或在實(shí)驗(yàn)室中被預(yù)測(cè)并通過(guò)電子方式被送到飼養(yǎng)場(chǎng)。飼養(yǎng)場(chǎng)然后使用該信息，來(lái)分類和管理動(dòng)物，以最大化贏利能力和銷售潛力。[0088]本發(fā)明也可以被用來(lái)將信息提供給育種者，以作出育種、交配和克隆的決定。本發(fā)明也可以與傳統(tǒng)的遺傳學(xué)評(píng)價(jià)方法結(jié)合起來(lái)，來(lái)改善選擇、交配或克隆策略。[0089]本發(fā)明的對(duì)象可以是任何牛類對(duì)象，例如公牛、母牛、小牛、小閹?；蛐∧概；蛉魏闻Ｅ咛セ蚪M織，并包括所有品種的牛類動(dòng)物。對(duì)于涉及分類牛類對(duì)象、管理牛類對(duì)象、提高關(guān)于銷售來(lái)自牛類對(duì)象的牛肉利潤(rùn)的本發(fā)明方法，動(dòng)物可以是從受精到動(dòng)物被收獲年齡范圍內(nèi)的年幼牛類對(duì)象，和牛肉及其他商業(yè)產(chǎn)品可以被獲得。本發(fā)明的方法可以在動(dòng)物被購(gòu)買和最初進(jìn)入飼養(yǎng)場(chǎng)后被進(jìn)行。[0090]一個(gè)“性狀(trait)”是一個(gè)生物體的一個(gè)特征，其在表型上顯示它自己。許多性狀是單個(gè)基因表達(dá)的結(jié)果，但是有些是多基因的(即，一個(gè)以上基因同時(shí)表達(dá)的結(jié)果)。“表現(xiàn)型(phenotype)”是一個(gè)生物體的一個(gè)外在表現(xiàn)或其他可以觀測(cè)的特征。許多不同的非牛類家畜性狀可以通過(guò)本發(fā)明方法而被推斷。在本發(fā)明方法中被分析的性狀包括，但不限于，大理石紋、嫩度、品質(zhì)等級(jí)、品質(zhì)收益、肌肉含量、脂肪厚度、喂食效率、紅肉產(chǎn)量、平均日體重增加量、抗病性、疾病敏感性、食物攝入、蛋白質(zhì)含量、骨含量、能量維持需求(maintenanceenergyrequirement)、成體大小(maturesize)、氨基酸分布、脂肪酸分布、奶產(chǎn)量、皮品質(zhì)、對(duì)布勒綜合癥的敏感性、應(yīng)激敏感性和應(yīng)答反應(yīng)(stresssusceptibilityandresponse)、性情、消化能力、鈣蛋白酶產(chǎn)量、鈣蛋白酶抑制蛋白(calpastatin)與肌肉生長(zhǎng)抑制素(myostatin)、脂肪沉淀分布、肋眼面積(ribeyearea)、生殖力、排卵率、受孕率、生育力、耐熱性、環(huán)境適應(yīng)力、健壯性、對(duì)于病原體和病原體脫落物的敏感性(susceptibilitytoinfect1nwithandsheddingofpathogens),諸如大腸桿菌(E.Col1.)、沙門氏菌(Salmonella,sp)和其他人類病原體。[0091]本發(fā)明方法可以被用來(lái)推斷一個(gè)以上的性狀。例如，本發(fā)明的方法可以被用來(lái)推斷一群性狀。因此，本發(fā)明的方法可以推斷，例如，品質(zhì)等級(jí)、肌肉含量和飼喂效率。該推斷可以通過(guò)使用一個(gè)SNP或一群SNPs或一系列SNPs來(lái)進(jìn)行。因此，單個(gè)SNP能被用來(lái)推斷多個(gè)性狀；多個(gè)SNPs可以被用來(lái)推斷多個(gè)性狀；或單個(gè)SNP可以被用來(lái)推斷單個(gè)性狀。當(dāng)某些性狀或者有正相關(guān)關(guān)系或者具有負(fù)相關(guān)關(guān)系時(shí)，該方法能鑒定所有SNPs，它們?cè)鰪?qiáng)或解開(kāi)該相關(guān)關(guān)系。[0092]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于提高與銷售來(lái)自牛類對(duì)象的牛肉有關(guān)的利潤(rùn)。該方法包括從牛類對(duì)象的核酸樣品獲得關(guān)于該牛類對(duì)象的一個(gè)性狀的推斷。該方法通常通過(guò)包括鑒定針對(duì)至少一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生的方法來(lái)進(jìn)行，其中，該核苷酸發(fā)生與該性狀相關(guān)，和，其中，該性狀影響動(dòng)物或其產(chǎn)品的價(jià)值。還有，本方法包括，基于所推斷的性狀，來(lái)管理下述事宜中的至少其中一種:食物攝入，飲食成分，給予食物添加劑或藥理學(xué)處理諸如疫苗、抗生素、激素和其他代謝調(diào)節(jié)物，進(jìn)行飲食變化或藥理學(xué)處理的年齡和體重，喂給特殊食物的天數(shù)，閹割，喂食方法和管理，進(jìn)行內(nèi)部或外部測(cè)量，和，牛類對(duì)象的環(huán)境。然后，從牛類對(duì)象獲得至少一種牛類商業(yè)產(chǎn)品，一般是肉或牛奶。[0093]根據(jù)本發(fā)明該方面的方法，可以利用生物經(jīng)濟(jì)學(xué)模型，諸如基于一個(gè)或多個(gè)性狀來(lái)評(píng)價(jià)一個(gè)或多個(gè)牛類對(duì)象的凈值的模型。通過(guò)這種方法，一個(gè)牛的多個(gè)性狀，或一系列性狀被推斷，例如，關(guān)于從該牛類對(duì)象所獲得的牛肉的若干特性的推斷將可以被得到。該推斷通常在牛類對(duì)象進(jìn)入飼養(yǎng)場(chǎng)之前被作出。然后，推斷的性狀信息可以被輸入模型，該模型，基于這些性狀，使用該信息來(lái)評(píng)價(jià)牛類對(duì)象，或來(lái)自牛類對(duì)象的牛肉的價(jià)值。該模型典型地是一個(gè)計(jì)算機(jī)模型。牛類對(duì)象的價(jià)值可以被用來(lái)分離動(dòng)物。還有，在牛類對(duì)象養(yǎng)護(hù)和生長(zhǎng)期間能被控制的各種參數(shù)，可以被輸入該模型，以便影響動(dòng)物被飼養(yǎng)的方式，從而在收獲時(shí)，獲得牛類對(duì)象的最大價(jià)值。[0094]在某些實(shí)施方案中，肉或奶可以在某一時(shí)刻被獲取，該時(shí)刻受到所推斷的性狀和牛類對(duì)象的食物攝入、飲食成分和管理中的一種或多種的影響。例如，當(dāng)一個(gè)牛類對(duì)象的該推斷性狀是高喂食效率時(shí)，其可以被鑒定為定量或定性方式，肉或奶可以在早于牛類對(duì)象具有低喂食效率的時(shí)間點(diǎn)之前的一個(gè)時(shí)間點(diǎn)獲得。在另一例子中，具有不同的喂食效率的牛類對(duì)象可以被分離，并且，具有較低喂食效率的那些牛類對(duì)象可以被植入生長(zhǎng)促進(jìn)劑(growthpromotants)或食物代謝分配劑(fedmetabolicpartit1ningagents),以最大化單個(gè)牛類對(duì)象的利潤(rùn)率。[0095]在另一方面，本發(fā)明提供了方法，使得能單個(gè)而有效地測(cè)量和分類動(dòng)物，準(zhǔn)確而完整的記錄和保存每一動(dòng)物的基因型和性狀或特征，和利用生長(zhǎng)行為表現(xiàn)數(shù)據(jù)來(lái)產(chǎn)生針對(duì)每一個(gè)動(dòng)物的經(jīng)濟(jì)學(xué)終點(diǎn)確定(economicendpointdeterminat1n)。因此,本發(fā)明提供了一種方法，用于分類牛類對(duì)象。該方法包括從第一牛類對(duì)象的核酸樣品和第二牛類對(duì)象，來(lái)推斷第一牛類對(duì)象和第二牛類對(duì)象的性狀。該推斷可以由包括鑒定至少一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生的方法來(lái)實(shí)施，其中，該核苷酸發(fā)生與該性狀相關(guān)。該方法還包括依據(jù)推斷的性狀，將第一牛類對(duì)象和第二牛類對(duì)象分類。[0096]該方法還可以包括測(cè)量第一牛類對(duì)象和第二牛類對(duì)象的身體特性，并基于推斷的性狀和測(cè)量得到的身體特性，將第一牛類對(duì)象和第二牛類對(duì)象分類。該體格特性可以是，例如，體重、品種、類型或軀體大小，并能使用本領(lǐng)域已知的許多方法測(cè)量，諸如使用超聲波。[0097]在另一方面，本發(fā)明提供了方法，其利用了?；蜻z傳變異分析，來(lái)改善牛群體的遺傳學(xué)，以便產(chǎn)生具有一致的期望特征的動(dòng)物，諸如能有效地產(chǎn)生高比例瘦肉和低比例肥肉的動(dòng)物。因此，在一個(gè)方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于針對(duì)一個(gè)性狀選擇和培育牛類對(duì)象。本方法包括，從牛候選者的核酸樣品中，推斷出用于育種項(xiàng)目的一組牛候選者的一個(gè)性狀或一系列性狀的遺傳潛力。該推斷通過(guò)一種方法進(jìn)行，該方法包括鑒定至少一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生，其中，該核苷酸發(fā)生與該性狀或許多性狀相關(guān)。然后從候選者組中，選擇出個(gè)體，這些候選者，對(duì)用于育種項(xiàng)目的該性狀或許多性狀而言，具有期望的行為表現(xiàn)。將選擇得到的親代進(jìn)行交配，由此得到的子代將包含性狀的最佳組合，從而，產(chǎn)生具有特殊性狀的、持久的遺傳模式和動(dòng)物譜系。使用SNP原始標(biāo)記，可以監(jiān)控該譜系的純度，可以從整個(gè)牛群中被鑒定該譜系，并免遭遺傳偷竊者的偷竊。[0098]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于克隆具有一個(gè)特定性狀或一系列性狀的牛類對(duì)象。該方法包括:鑒定針對(duì)牛類對(duì)象的至少一個(gè)或兩個(gè)SNPs的核苷酸發(fā)生，從該牛類對(duì)象分離出祖先細(xì)胞，和從該祖先細(xì)胞產(chǎn)生克隆牛。本方法可以進(jìn)一步包括在鑒定核苷酸發(fā)生之前，鑒定牛類對(duì)象的性狀，其中，該牛類對(duì)象具有一個(gè)期望的性狀，和，其中，所達(dá)至少其中一個(gè)或兩個(gè)SNPs影響該性狀。[0099]克隆牛的方法是本領(lǐng)域已知的，并能被用于本發(fā)明。(見(jiàn)例如，Bond1li,"Commercialcloningofcattlebynucleartransfer"，In!SymposiumonCloningMammalsbyNuclearTransplantat1n，Seidel(ed)，pp.35-38，(1994)；Willadsen,"Cloningofsheepandcowembryos,"Genome，31:956,(1989)；Wilsonetal.，"Comparisonofbirthweightandgrowthcharacteristicsofbovinecalvesproducedbynucleartransfer(cloning)，embryotransferandnaturalmating",AnimalReprod.Sc1.,38:73-83,(1995);和Barnesetal.，"Embryocloningincattle:Theuseofinvitromaturedoocytes",J.Reprod.Fert.,97:317-323,(1993))o這些方法包括體細(xì)胞克隆(見(jiàn)例如，EnrightB.P.etal.，"Reproductivecharacteristicsofclonedheifersderivedfromadultsomaticcells，"B1l.Reprod.，66:291-6(2002)；BruggerhoffK.，etal.，"Bovinesomaticcellnucleartransferusingrecipientoocytesrecoveredbyovumpick-up:effectofmaternallineageofoocytedonors,"B1l.Reprod.，66:367-73(2002)；Wilmut,I.，etal.，"Somaticcellnucleartransfer，"Nature，419:583(2002);Galli，C.，etal.，"Bovineembryotechnologies,"Ther1genology,59:599(2003)；Heyman,Y.,etal.，"Novelapproachesandhurdlestosomaticcloningincattle，"CloningStemCells，4:47(2002))。[0100]還有，用于培養(yǎng)牛胚胎干細(xì)胞的方法已被報(bào)道(參見(jiàn)例如，Saito,etal.，"bovineembryonicstemcell-likecelllinesculturedoverseveralpassages，"Roux'sArch.Dev.B1l.，201:134_i40，1992)?；赟NP信息，使用本發(fā)明方法，這些細(xì)胞被用來(lái)產(chǎn)生具有預(yù)先確定特征的組織。[0101]本發(fā)明鑒定具有優(yōu)異性狀的動(dòng)物，可以被非常準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)，通過(guò)選擇，其能被用于鑒定下一代的親代。這些方法能在核心群水平或原種育種水平上實(shí)施，在其中，改善的性狀，將隨時(shí)間流逝，流入到整個(gè)動(dòng)物群體中，或可以在繁殖群或基礎(chǔ)親代水平上被實(shí)施，以挑選親代，達(dá)到遺傳上最期望者。本發(fā)明提供了一種方法，用于測(cè)定最佳雌性和雄性親本，以最大化顯性和上位性的遺傳成分(geneticcomponents),從而最大化在商品動(dòng)物中的雜交優(yōu)勢(shì)(heterosis)和雜種優(yōu)勢(shì)(hybridvigor)。[0102]在另一方面，本發(fā)明提供了牛類對(duì)象，其來(lái)自本發(fā)明的選擇和育種方面或本發(fā)明的克隆方面，如上所談?wù)摰?。[0103]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于追蹤牛類對(duì)象的肉。該方法包括鑒定一個(gè)牛類對(duì)象的一系列遺傳標(biāo)記的核苷酸發(fā)生，鑒定一個(gè)肉樣品的該系列的遺傳標(biāo)記的核苷酸發(fā)生，和確定該牛類對(duì)象的核苷酸發(fā)生是否與該肉樣品的核苷酸發(fā)生相同。在該方法中，相同的核苷酸發(fā)生表明該肉樣品來(lái)自該牛類對(duì)象。該追蹤方法提供了，例如，一種用于歷史性和流行病學(xué)地追蹤一個(gè)動(dòng)物的位置的方法，從胚胎到出生，經(jīng)歷它的生長(zhǎng)階段，至飼養(yǎng)場(chǎng)和收獲并最終至它到達(dá)消費(fèi)者之后的零售產(chǎn)品。[0104]該系列的遺傳標(biāo)記可以是一系列的單核苷酸多態(tài)性(SNPs)。該方法可以進(jìn)一步包括，將上述測(cè)定結(jié)果與使用另一追蹤方法所得到的關(guān)于該肉是否來(lái)自該牛類對(duì)象的測(cè)定結(jié)果相比較。在該實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了質(zhì)量控制信息，其僅用一個(gè)單一方法提高了追蹤肉的來(lái)源的準(zhǔn)確度。[0105]牛類對(duì)象的核苷酸發(fā)生數(shù)據(jù)，能以計(jì)算機(jī)可讀的形式被保存下來(lái)，諸如數(shù)據(jù)庫(kù)。因此，在一個(gè)實(shí)例中，可以對(duì)年幼牛類對(duì)象的該系列遺傳標(biāo)記進(jìn)行最初的核苷酸發(fā)生測(cè)定，并與鑒定該牛類對(duì)象的信息一起保存在數(shù)據(jù)庫(kù)中。然后，在獲得來(lái)自該牛類對(duì)象的肉之后，可能在最初核苷酸發(fā)生測(cè)定之后的數(shù)月和數(shù)年之時(shí)，并在該肉被運(yùn)輸給買主諸如總批發(fā)分銷商之前和/或之后，可以從該肉中獲得一個(gè)樣品，并使用本文中所述方法來(lái)測(cè)定核苷酸發(fā)生的信息。然后使用用戶界面，正如本文所談?wù)摰挠脩艚缑?，以?lái)自該肉樣品的核苷酸發(fā)生數(shù)據(jù)查詢數(shù)據(jù)庫(kù)，以鑒定該牛類對(duì)象。[0106]一系列的標(biāo)記或一系列的SNPs，如本文中所使用的，可以包括，例如，一系列的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、500、1000、2000、2500、5000或6000個(gè)標(biāo)記。[0107]在另一方面，本發(fā)明提供方法，用于診斷牛類對(duì)象的健康狀況。該方法包括從牛類對(duì)象的核酸樣品獲得關(guān)于牛類對(duì)象健康狀況的性狀的推論。該推論通過(guò)，在核酸樣品中，鑒定一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的至少一個(gè)核苷酸發(fā)生而獲得,其中，該核苷酸發(fā)生與該性狀有關(guān)。[0108]至少2個(gè)SNPs的核苷酸發(fā)生能被確定。該至少2個(gè)SNPs能形成單倍型，其中，該方法鑒定與性狀相關(guān)的一個(gè)單倍型等位基因。該方法可以包括鑒定一個(gè)或多個(gè)單倍型的單倍型等位基因的一個(gè)二倍體對(duì)。[0109]針對(duì)本發(fā)明的這一方面的健康狀況，是對(duì)疾病或感染的抵抗力，是對(duì)病原體諸如大腸桿菌(E.Coli)、沙門氏菌(salmonella)、李斯特菌(listeria)、朊病毒疾病(pr1ndiseases)、和其他對(duì)人而言是可能致病性的生物體的感染或脫落物的敏感性，免疫狀態(tài)的調(diào)節(jié)和對(duì)抗原的應(yīng)答，對(duì)腫脹、肝膿腫或布勒綜合癥的敏感性，先前暴露于感染或寄生蟲，或呼吸和消化組織的健康。[0110]本發(fā)明，在另一方面，提供了一種方法，用于從受試者的核酸樣品推斷牛類對(duì)象的一個(gè)性狀，其包括，在核酸樣品中，鑒定至少一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生。該核苷酸發(fā)生與該性狀相關(guān)，從而，獲得一個(gè)該性狀的推論。[0111]本發(fā)明的這些實(shí)施方案基于，部分地，這樣一個(gè)測(cè)定:單核苷酸多態(tài)性(SNPs)，包括單倍體或二倍體SNPs，以及單倍型等位基因，包括單倍體或二倍體單倍型等位基因，使得能作出關(guān)于受試者，特別是關(guān)于一個(gè)牛類對(duì)象的該性狀的推斷。[0112]因此，本發(fā)明的方法可以涉及測(cè)定至少2、3、4、5、10、20、30、40、50個(gè)、等等個(gè)的SNPs的核苷酸發(fā)生。該SNPs能形成全部或部分的單倍型，其中，該方法能鑒定與性狀相關(guān)的單倍型等位基因。還有，該方法可以包括鑒定單倍型等位基因的二倍體對(duì)。[0113]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于通過(guò)分析基因組廣度上的遺傳標(biāo)記圖譜的?；蚪M標(biāo)記，來(lái)鑒定影響至少一個(gè)性狀的牛遺傳標(biāo)記，以獲得與該性狀的相關(guān)性。遺傳標(biāo)記可以是一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)，或可以是至少兩個(gè)SNP，其影響該性狀。因?yàn)樵摲椒梢澡b定至少兩個(gè)SNPs，且在一些實(shí)施方案中，可以鑒定許多SNP，本方法不僅可以鑒定加性遺傳成分，而且可以鑒定非加性遺傳成分，諸如顯性(即，一個(gè)基因的等位基因相對(duì)于另一基因的等位基因的顯性性狀)和上位性(即，不同位點(diǎn)的基因之間的相互作用)。還有，該方法能揭示SNP等位基因的多效效應(yīng)(即，SNP等位基因或單倍型對(duì)許多不同性狀的效應(yīng))，這是因?yàn)橥ㄟ^(guò)用本文公開(kāi)的方法，許多性狀能被分析，獲得它們與許多SNP的相關(guān)性。[0114]在一個(gè)方面，存在于至少兩個(gè)鑒定出的遺傳標(biāo)記附近的基因表達(dá)產(chǎn)物被分析，以確定表達(dá)產(chǎn)物之間是否相互作用。在某些方面，至少2個(gè)SNP被鑒定，以推斷牛動(dòng)物對(duì)一個(gè)、兩個(gè)或多個(gè)性狀的遺傳潛力。單核苷酸多態(tài)性中的至少2個(gè)被定位于不同的染色體上。進(jìn)一步，單核苷酸多態(tài)性中的至少2個(gè)能被牛基因組上的至少10，000個(gè)堿基對(duì)分隔開(kāi)。在某些實(shí)施方案中，至少2個(gè)單核苷酸多態(tài)性出現(xiàn)在不同的基因中。[0115]因此，本發(fā)明提供了方法，用于鑒定牛動(dòng)物中的基因、染色體區(qū)域和SNP標(biāo)記，其構(gòu)成針對(duì)具有一個(gè)遺傳成分的任何性狀所觀察到的加性和非加性遺傳變異的一大部分。本發(fā)明的方法和系統(tǒng)，利用關(guān)于牛中遺傳多樣性的信息，特別是單核苷酸多態(tài)性(SNPs)，以及SNPs的核苷酸發(fā)生對(duì)于經(jīng)濟(jì)學(xué)上有重要意義的性狀的效應(yīng)。[0116]本發(fā)明提供了方法，以使得能在整個(gè)基因組上的一個(gè)或多個(gè)區(qū)域中，同時(shí)發(fā)現(xiàn)與一個(gè)或多個(gè)性狀相關(guān)的任何一個(gè)和所有的SNP標(biāo)記。還有，本發(fā)明提供了方法，用于利用預(yù)測(cè)性診斷來(lái)測(cè)定動(dòng)物表達(dá)任何目標(biāo)性狀(復(fù)數(shù)個(gè))的遺傳潛力。牛動(dòng)物表達(dá)多個(gè)經(jīng)濟(jì)上重要性狀的遺傳潛力，稱為分子育種選擇值，被用于增強(qiáng)動(dòng)物育種、分類和克隆的效率和準(zhǔn)確性。[0117]本發(fā)明提供方法，用于根據(jù)單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記來(lái)形成?；蚪M的高密度遺傳學(xué)圖譜。該高密度遺傳學(xué)圖譜通過(guò)?；蚪M的全基因序列產(chǎn)生，全基因序列用鳥槍測(cè)序方法獲得。鳥槍測(cè)序方法(shotgunsequencing)用幾種不同的牛個(gè)體進(jìn)行,這些不同的牛個(gè)體代表不同的品種。一旦被測(cè)序片段的全基因組裝配完成，所有序列的變異體被鑒定，并被歸類。單個(gè)核苷酸差異的序列變異體成為高密度圖譜的候選SNP標(biāo)記。牛基因組內(nèi)的每個(gè)候選SNP的相對(duì)位置，是通過(guò)使用裝配的人基因組作為支架而被確定的。候選SNP基于它們的位置而被選擇，這樣，圖譜在整個(gè)?；蚪M內(nèi)被均勻地分布。本發(fā)明包括產(chǎn)生均勻分布的遺傳學(xué)SNP圖譜的方法，其中，在任何兩個(gè)相鄰標(biāo)記之間的平均遺傳距離是0.5cM(即，500，000個(gè)核苷酸)。[0118]還有，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了方法，用于將高密度SNP圖譜應(yīng)用于在牛動(dòng)物中所研究的全基因組相關(guān)性的性能中，和鑒定特殊SNP和目標(biāo)性狀之間的統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的相關(guān)性。本發(fā)明提供了方法，用于通過(guò)利用SNP中的等位基因頻率差異，來(lái)推斷相關(guān)的SNP對(duì)于目標(biāo)性狀的影響。還有，本發(fā)明提供了方法，用于鑒定所有SNPs，其相鄰于或緊靠相關(guān)SNP，以及用于弄清這些SNPs對(duì)于目標(biāo)性狀的影響，下文將更加詳細(xì)地予以公開(kāi)。[0119]本發(fā)明提供了方法，用于從牛個(gè)體匯集DNA樣品，這些牛個(gè)體代表了牛動(dòng)物群體中的一個(gè)目標(biāo)性狀表達(dá)的高和低表型極限。目標(biāo)性狀可以是任何性狀，其具有一個(gè)遺傳成分(geneticcomponent)，并且其中，針對(duì)該性狀的表型差異，可以在牛動(dòng)物中被測(cè)量得到，例如大理石花紋、嫩度、脂肪厚度、產(chǎn)量、日增加值或肉品質(zhì)等級(jí)。[0120]本發(fā)明提供了方法，用于鑒定所有的基因組區(qū)域，和包含在這些區(qū)域中的任何SNP或SNPs的集合，它們影響目標(biāo)性狀的表達(dá)。例如，關(guān)于牛肉特征，諸如大理石花紋或紅肉產(chǎn)量和在一個(gè)或多個(gè)SNPs中的等位基因頻率差異，的推斷可以被獲得。[0121]本方法意味著一個(gè)或多個(gè)，在一些情況下，所有SNPs的發(fā)現(xiàn)，SNPs顯示出與目標(biāo)性狀的相關(guān)性，并從而解釋了遺傳變異的一大部分，遺傳變異是在牛動(dòng)物種群中的性狀表達(dá)中被觀察到的。該方法使得能夠鑒定SNP，該SNPs引起了，在該性狀表達(dá)中，所發(fā)現(xiàn)的加性以及非加性遺傳變異，諸如顯性現(xiàn)象和上位性現(xiàn)象。[0122]本方法意味著任何和所有SNP的發(fā)現(xiàn)，該SNPs顯示與一個(gè)或多個(gè)目標(biāo)性狀的相關(guān)性。還有，憑借某些性狀相互之間具有或者正的或者負(fù)的相互關(guān)系，該方法使得能鑒定所有SNPs，其增強(qiáng)或解開(kāi)該相互關(guān)系。例如，在牛畜體上的外部脂肪的存在，與大理石紋或肌內(nèi)脂肪高度相關(guān)。外部脂肪是不利的性狀，其使得牛畜體大打折扣；反之，大理石紋是有利的性狀，其導(dǎo)致高品質(zhì)。本發(fā)明提供了方法，用于鑒定可以解開(kāi)例如外部脂肪和大理石紋之間相互關(guān)系的所有SNPs。[0123]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于發(fā)展預(yù)測(cè)性診斷學(xué)，其通過(guò)鑒定一個(gè)和多個(gè)，在某些方面，所有SNPs來(lái)實(shí)施，這些SNPs與在牛中具有經(jīng)濟(jì)學(xué)重要性的多個(gè)性狀相關(guān):和通過(guò)鑒定任何和所有SNP來(lái)實(shí)施，這些SNP影響位于整個(gè)?；蚪M中的任何單個(gè)性狀。本發(fā)明的方法導(dǎo)致開(kāi)發(fā)出預(yù)測(cè)性診斷系統(tǒng)，用于確定個(gè)體動(dòng)物對(duì)具有一個(gè)遺傳成分的任何一個(gè)性狀的遺傳潛力。[0124]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于利用預(yù)測(cè)性診斷學(xué)，來(lái)測(cè)定牛動(dòng)物對(duì)多個(gè)性狀的遺傳潛力，這些性狀位于多個(gè)基因組區(qū)域中。對(duì)牛動(dòng)物中的多個(gè)性狀表達(dá)的遺傳潛力測(cè)定，被稱為分子育種選擇值。本發(fā)明提供了方法，用于使用分子育種選擇值來(lái)增強(qiáng)個(gè)體動(dòng)物的育種、分選、購(gòu)買和克隆的效率和準(zhǔn)確性。[0125]因此，對(duì)高密度、全基因組SNP圖譜上的基本上所有、或所有的SNP核苷酸發(fā)生可以予以測(cè)定。該方法比起傳統(tǒng)方法具有優(yōu)點(diǎn)，因?yàn)?，既然它包括整個(gè)基因組，它鑒定由位于基因組的任何地方的基因表達(dá)而得的基因產(chǎn)物之間的潛在相互關(guān)系，而無(wú)需關(guān)于基因產(chǎn)物之間的可能相互關(guān)系的已有知識(shí)。高密度、全基因組SNP圖譜的一個(gè)例子是，每10，OOOkb至少約I個(gè)SNP的圖譜，每500kb至少I個(gè)SNP的圖譜或每500kb至少約10個(gè)SNP的圖譜，或每500kb至少約25個(gè)SNP或更多SNP的圖譜。標(biāo)記密度的定義可以在基因組內(nèi)變化，并由標(biāo)記至標(biāo)記之間的連鎖不平衡(連鎖平衡不穩(wěn)，linkagedisequilibrium)的程度測(cè)定。[0126]在本發(fā)明的另一實(shí)施方案中，提供了一種方法，用于通過(guò)使用本文中公開(kāi)的相關(guān)SNPs，來(lái)鑒定與一個(gè)性狀相關(guān)的SNPs。該方法基于這樣的事實(shí):緊密靠近相關(guān)SNP標(biāo)記的其他標(biāo)記，也將與該性狀相關(guān)，這是因?yàn)榕c相關(guān)SNP標(biāo)記處于連鎖不平衡關(guān)系中的標(biāo)記也將與影響該性狀的基因(復(fù)數(shù)個(gè)基因)處于連鎖不平衡關(guān)系中。連鎖不平衡的SNPs，可以被用在確定SNP或突變的場(chǎng)合，以預(yù)測(cè)一個(gè)表型性狀或一個(gè)表型性狀的貢獻(xiàn)者的存在或不存在。因此，在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于鑒定與一個(gè)性狀相關(guān)的一個(gè)SNP，其包括鑒定一個(gè)測(cè)試SNPJHiSNP與對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982的位置300的SNP處于平衡不穩(wěn)(disequilibrium)關(guān)系中。[0127]如實(shí)施例部分所例示說(shuō)明，已經(jīng)被確定的是，平衡不穩(wěn)存在于每一方向的相關(guān)SNP的500，OOObp的區(qū)域內(nèi)。在這500，OOObp區(qū)域內(nèi)的其他標(biāo)記，也將與相關(guān)SNP和感興趣的性狀相不平衡，并能被用于推斷與感興趣的性狀的相關(guān)性。含有這些標(biāo)記的基因組片段，可能與相關(guān)SNP標(biāo)記相鄰,或包含在一個(gè)遠(yuǎn)離相關(guān)SNP的單獨(dú)的序列島(islandofsequence)內(nèi)。[0128]遺傳標(biāo)記，處在本文中公開(kāi)于表1A和IB(SEQIDNOS:19473至21982的位置300)中的相關(guān)SNP的500，OOObp之內(nèi)，可由本領(lǐng)域已知的許多不同的方法發(fā)現(xiàn)。在本發(fā)明的一個(gè)方面，在相關(guān)SNP的500，OOObp之內(nèi)的牛序列，可以被用來(lái)鑒定新的DNA標(biāo)記。該序列可以由全基因組鳥槍法測(cè)序、BAC-測(cè)序生成，或可以是從由比較圖譜產(chǎn)生的序列生成。該牛序列可以被用于開(kāi)發(fā)牛特異性測(cè)序引物。這些引物可以被用于測(cè)序至少兩個(gè)個(gè)體牛動(dòng)物，并且，從這些序列獲得的比對(duì)(alignments)可以被用于鑒定SNP標(biāo)記和微衛(wèi)星標(biāo)記。[0129]通過(guò)使用來(lái)自不同哺乳動(dòng)物種類的異源序列，新的標(biāo)記也能被發(fā)現(xiàn)。從物種中已知同源的區(qū)域開(kāi)發(fā)出簡(jiǎn)并引物，并被用于PCR。擴(kuò)增產(chǎn)物被測(cè)序，并被用來(lái)開(kāi)發(fā)牛特異性引物。[0130]在一群動(dòng)物或個(gè)體動(dòng)物中，這些新的標(biāo)記被進(jìn)行基因型分型，其代表性狀的表型分布的高端和低端，以測(cè)定新標(biāo)記(復(fù)數(shù)個(gè))和性狀之間的相關(guān)性。在高端和低端組中，具有顯著性不同的等位基因頻率的標(biāo)記也與該性狀處于不平衡(disequilibrium)之中。[0131]因此，在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于鑒定與性狀相關(guān)的牛單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其包括在?；蚪M的目標(biāo)區(qū)域中鑒定一個(gè)測(cè)試SNP，其中，該目標(biāo)區(qū)域少于或等于從一個(gè)SNP位置起的約500，000個(gè)核苷酸，該SNP位置對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中之一的位置300;以及，鑒定測(cè)試SNP與性狀的相關(guān)性。在某些實(shí)施方案中，目標(biāo)區(qū)域由SEQIDNOS:24493至64886中的至少20個(gè)連續(xù)的核苷酸組成。在另一方面，目標(biāo)區(qū)域由SEQIDNOS:19473至21982中的至少20個(gè)連續(xù)的核苷酸組成。[0132]在某些方面，測(cè)試SNP是位于，從對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的至少一個(gè)的位置300的一個(gè)位置算起，少于或等于約500，000,400,000,300,000,250,000,200,000、100，000,50,000,25,000、10，000,5,000、1，000或100個(gè)核苷酸。測(cè)試SNP被期望與同一性狀相關(guān)，如同一個(gè)SNP那樣，其對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的位置300，其位于自測(cè)試SNP起的少于或等于約500，000個(gè)核苷酸中，如本文中進(jìn)一步所談?wù)摰?。[0133]性狀可以是任何一個(gè)牛性狀，如本文中論述的。例如，性狀可以是大理石花紋、嫩度、品質(zhì)等級(jí)、肌肉含量、脂肪厚度、喂食效率、紅肉產(chǎn)量、平均日體重增加、抗病性、疾病敏感性、食物攝入、蛋白質(zhì)含量、骨含量、能量維持需求、成體大小(maturesize)、氨基酸分布、脂肪酸分布、奶產(chǎn)量、對(duì)布勒綜合癥的敏感性、應(yīng)激敏感性和應(yīng)答反應(yīng)、性情、消化能力、鈣蛋白酶產(chǎn)量、鈣激活中性蛋白酶抑制素(caplastatin)和肌肉抑制素、脂肪沉淀模式、肋眼面積、生殖力、排卵率、受孕率、生育力、對(duì)于病原體和病原體脫落物的敏感性。在某些特殊實(shí)例中，性狀是脂肪厚度、零售收益、嫩度、大理石紋或平均日增加量。[0134]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于鑒定與性狀相關(guān)的?；?，這通過(guò)下述方法來(lái)實(shí)施:鑒定存在于?；蚪M的目標(biāo)區(qū)域中的開(kāi)放閱讀框(openreadingframe)，其中，目標(biāo)區(qū)域位于牛基因組中，少于或等于對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的位置300的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的約500，000個(gè)核苷酸，并分析該開(kāi)放閱讀框，來(lái)測(cè)定它是否影響該性狀。[0135]在另一方面，目標(biāo)區(qū)域位于自單核苷酸多態(tài)性(SNP)起的少于或等于約500，000、400，000,300,000,250,000,200,000,100,000,50,000,25,000,10,000,5,000,1,000,100或50個(gè)核苷酸，該單核苷酸多態(tài)性(SNP)對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中的任意一個(gè)的位置300。[0136]將會(huì)被認(rèn)識(shí)到，許多方法能被用于測(cè)定開(kāi)放閱讀框是否影響一個(gè)性狀。例如，生化方法能被實(shí)施，以確定開(kāi)放基因產(chǎn)物(opengeneproduct)的產(chǎn)品之生化功能。生化功能能被用于同關(guān)于該性狀的已知生化功能相比較。還有，開(kāi)放閱讀框能被突變，突變對(duì)于目標(biāo)性狀的影響可以被分析。[0137]在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種方法，用于鑒定影響性狀的目標(biāo)牛多核苷酸，其包括提供來(lái)自一個(gè)牛類對(duì)象的多核苷酸，或其序列信息；和，確定該多核苷酸是否至少90%相同于一個(gè)含有SNP的多核苷酸。該測(cè)定可以通過(guò)，將多核苷酸或序列信息與基本上由如下所列組成的多核苷酸相比較而進(jìn)行:a)根據(jù)SEQIDNOS:19473至21982中的任何一個(gè)的一種多核苷酸；b)根據(jù)SEQIDNOS:24493至64886中的任何一個(gè)的多核苷酸的一個(gè)連續(xù)片段，其在長(zhǎng)度上至少是300個(gè)核苷酸，并且起包括一個(gè)單核苷酸多態(tài)性，對(duì)應(yīng)于SEQIDNOS:19473至21982中之一的位置300，其中該多態(tài)性與該性狀相關(guān)；或c)a)或b)的互補(bǔ)物。[0138]如果多核苷酸被鑒定為至少90%地與含有SNP的多核苷酸相同，那么該牛多核苷酸是該性狀的目標(biāo)多核苷酸。[0139]在某些方面，多核苷酸來(lái)源于牛類對(duì)象，其包括?；蚪M序列。在另一方面，本發(fā)明提供分離的多核苷酸，依據(jù)本方法而被鑒定。[0140]另一方面，本發(fā)明包括用于產(chǎn)生高密度牛SNP圖譜的方法。將SNP標(biāo)記和它們周圍的序列與模式生物相比較，模式生物例如是人和小鼠基因組，其中，全基因組序列是已知的，且合成區(qū)域被鑒定過(guò)。模式生物圖譜可以作為模板，用于確保動(dòng)物基因組的完全覆蓋(completecoverage)。該完成的圖譜具有標(biāo)記,標(biāo)記被以如此方式隔開(kāi)，以便最大化在一個(gè)特定遺傳區(qū)域中存在的連鎖不平衡的數(shù)量。[0141]該圖譜被用于標(biāo)記染色體的所有區(qū)域，在單個(gè)實(shí)驗(yàn)中，在相關(guān)性研究中，利用數(shù)以千計(jì)的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物，以將基因組區(qū)域與復(fù)雜和簡(jiǎn)單的性狀相關(guān)聯(lián)起來(lái)。這些相關(guān)性能進(jìn)一步被分析，以便搞清基因組區(qū)域之間的復(fù)雜的相互關(guān)系，這些基因組區(qū)域有貢獻(xiàn)于目標(biāo)性狀或其他性狀、上位的遺傳相互作用和多效性。區(qū)域型高密度圖譜的發(fā)明，也能被用于鑒定影響性狀的染色體之目標(biāo)區(qū)域。[0142]因此，在實(shí)施方案中，影響同一性狀的SNP被鑒定位于不同的基因上，該方法能進(jìn)一步包括分析位于鑒定出的SNPs附近的基因的表達(dá)產(chǎn)物，以確定該表達(dá)產(chǎn)物是否發(fā)生相互作用。同樣地，本發(fā)明提供了方法，用于檢測(cè)上位基因相互作用。測(cè)定基因產(chǎn)物是否相互作用的實(shí)驗(yàn)室方法是本領(lǐng)域熟知的。[0143]該方法能用于從受試動(dòng)物的核酸樣品中，推斷出牛肉特性(即該性狀是牛肉的一個(gè)特性)。能被本發(fā)明方法推斷的的牛肉特性包括，例如，總品質(zhì)、大理石花紋、紅肉產(chǎn)量、嫩度和類似特性。因此，本發(fā)明提供了方法，用于鑒定具有或缺乏產(chǎn)生良好大理石紋化的牛肉的遺傳潛力的活牛。此信息能被牛生產(chǎn)者用來(lái)將小牛引導(dǎo)入特定的喂食食物規(guī)程中，并滿足特殊的市場(chǎng)計(jì)劃的要求。此信息也能被用來(lái)鑒定遺產(chǎn)上優(yōu)良的候選牛，用于育種和/或克隆。此信息也能被用來(lái)鑒定遺產(chǎn)上低劣的候選牛，以被從育種或克隆項(xiàng)目中篩選出去。[0144]當(dāng)性狀是總品質(zhì)(overallquality)時(shí),對(duì)于獲自非牛類牲畜對(duì)象的肌肉，該方法能推斷總平均USDA品質(zhì)等級(jí)。例如，品質(zhì)等級(jí)能包括現(xiàn)行八級(jí)USDA品質(zhì)等級(jí)中的一個(gè)(即，從最高到最低:特優(yōu)級(jí)、特選級(jí)、優(yōu)選級(jí)、標(biāo)準(zhǔn)級(jí)、商用級(jí)、可用級(jí)、切碎級(jí)和制罐級(jí))?？商娲?，對(duì)于獲自非牛類牲畜對(duì)象的肉，該方法能推斷出最好或最差品質(zhì)等級(jí)，如同期望地那樣。此外，如上所示，該性狀可以是用于對(duì)肉類進(jìn)行分級(jí)的一個(gè)特性，諸如肉色、質(zhì)地、結(jié)實(shí)性(firmness)和大理石花紋，是一個(gè)用來(lái)描述肉中的肌肉內(nèi)脂肪相對(duì)數(shù)量和分布的術(shù)語(yǔ)。來(lái)自小閹牛和小母牛的良好大理石紋化的和良好分布的牛肉，即，相對(duì)于瘦肉(muscle)含有相當(dāng)數(shù)量的肌肉內(nèi)脂肪的肉，被分為特優(yōu)級(jí)或特選級(jí)，而非大理石花紋化的肉被分為優(yōu)選級(jí)(select)。被歸為特優(yōu)級(jí)或特選級(jí)的肉，通常以高于被歸為較低品質(zhì)等級(jí)的肉的價(jià)格被售出。[0145]當(dāng)性狀是紅肉產(chǎn)量(redmeatyield)時(shí),該方法能預(yù)測(cè)從收獲的動(dòng)物所獲得的可食用產(chǎn)品的總量和百分率。例如，通過(guò)估量動(dòng)物的背脂肪厚度、腎-骨盆-心臟脂肪、眼肋面積(肋眼面積，ribeyearea)和屠體體重,對(duì)動(dòng)物賦予產(chǎn)量等級(jí)。等級(jí)范圍從I至5,以I表示是最大零售產(chǎn)品收益分配值。該方法能為紅肉產(chǎn)量和品質(zhì)等級(jí)預(yù)測(cè)性狀，并定制喂食、管理和收獲計(jì)劃，以優(yōu)化動(dòng)物的價(jià)值。[0146]本發(fā)明推斷性狀的方法，可以被用來(lái)替代現(xiàn)行用來(lái)測(cè)定性狀的方法，或可以被用來(lái)進(jìn)一步證實(shí)使用現(xiàn)行方法的牛肉分類(例如，用認(rèn)證USDA分類機(jī)(certifiedUSDAgrader)進(jìn)行的、在牛肉畜體的第12和第13肋骨之間區(qū)域的視覺(jué)觀測(cè))。當(dāng)性狀是嫩度(tenderness)時(shí),例如,本發(fā)明的方法能從牛類對(duì)象的樣品，諸如活牛對(duì)象，來(lái)推斷牛肉，如果烹飪適當(dāng)，是否柔嫩。該方法能被用來(lái)替代現(xiàn)行死后的品嘗測(cè)試法(post-mortemtastetests)或剪切力方法(shearforcemethods),或能被用來(lái)提高利用這些傳統(tǒng)方法所進(jìn)行的測(cè)定的準(zhǔn)確性。[0147]在本發(fā)明涉及鑒定影響性狀的牛遺傳標(biāo)記方面，用于測(cè)定性狀的本方法，諸如測(cè)定牛肉特性，可以被用在鑒定遺傳標(biāo)記，通常是至少一個(gè)SNP或單倍型，與性狀之間相關(guān)性的方法中。例如，來(lái)自牛類對(duì)象的DNA樣品能被獲得，并且，DNA樣品中的至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生能被檢測(cè)到。傳統(tǒng)方法能被用來(lái)測(cè)定性狀。例如，牛肉畜體第12和第13肋骨之間的區(qū)域的視覺(jué)觀測(cè)能被進(jìn)行，以測(cè)定來(lái)自牛類對(duì)象的肉的品質(zhì)等級(jí)，該牛類對(duì)象的核苷酸發(fā)生能被鑒定出來(lái)。然后，正如將被理解的那樣，統(tǒng)計(jì)學(xué)方法能被用來(lái)鑒定核苷酸發(fā)生和性狀之間的相關(guān)性。因此，本發(fā)明的方法能使屠體價(jià)值和遺傳變異相互關(guān)聯(lián)起來(lái)，以便幫助鑒定優(yōu)良的遺傳型，用于將來(lái)的育種或克隆和管理目的；和以便區(qū)分管理實(shí)踐，其將最大化在市場(chǎng)上取得的價(jià)值。[0148]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于鑒定與性狀相關(guān)的?；颍ㄨb定影響一個(gè)性狀的一個(gè)牛單核苷酸多態(tài)性(SNP)，是通過(guò)分析基因組范圍牛SNP圖譜，以獲得與性狀的相關(guān)性，其中，SNP被發(fā)現(xiàn)位于牛染色體的目標(biāo)區(qū)域上。然后，存在于目標(biāo)區(qū)域上的基因被鑒定出來(lái)?；蛟谂Ｈ旧w目標(biāo)區(qū)域上的存在，表明該基因是與該性狀相關(guān)的一個(gè)候選基因。使用本領(lǐng)域已知的方法，該候選基因然后能被予以分析，來(lái)確定它是否與該性狀相關(guān)。[0149]在另一方面，本發(fā)明提供了一種方法，用于鑒定牛類對(duì)象的一個(gè)品種。該方法包括鑒定來(lái)自該牛類對(duì)象的核酸樣品中的牛單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生，其中，該核苷酸發(fā)生與該對(duì)象的品種相關(guān)。該方法通常包括鑒定來(lái)自核酸樣品的至少兩個(gè)SNPs的核苷酸發(fā)生，其中，該核苷酸發(fā)生與該對(duì)象的品種相關(guān)。[0150]在另一方面，本發(fā)明提供了一種系統(tǒng)，用于測(cè)定牛單核苷酸多態(tài)性(SNPs)群體中的核苷酸發(fā)生。該系統(tǒng)通常包括雜交介質(zhì)和/或底物，其包括本發(fā)明的至少兩個(gè)寡核苷酸，或用在本發(fā)明的方法中的寡核苷酸。例如，固體支持物可以被提供，一系列的寡核苷酸能直接或間接地被附著到其上。在另一方面，均相測(cè)定方法(homogeneousassay)被包括在系統(tǒng)中。在另一方面，微流態(tài)裝置(microfluidicdevice)被包括在系統(tǒng)中。雜交介質(zhì)或底物被用于測(cè)定與性狀相關(guān)的牛SNP的核苷酸發(fā)生。[0151]因此，寡核苷酸能被用來(lái)確定與性狀相關(guān)的牛SNP的核苷酸發(fā)生。測(cè)定可以通過(guò)選擇結(jié)合在該系列牛SNPs的每一SNP的基因組位置上或附近的寡核苷酸來(lái)進(jìn)行。典型地，本發(fā)明的系統(tǒng)包括試劑處理裝置(reaganthandlingmechanism),其能被用來(lái)將一種試劑，通常是一種液體，涂覆到固體支持物上。該系列寡核苷酸中的一種寡核苷酸與分離自基因組的一種多核苷酸的結(jié)合作用，可以受到該SNP的核苷酸發(fā)生的影響。該系統(tǒng)能包括對(duì)移動(dòng)固體支持物有效用的裝置，和檢測(cè)裝置。該檢測(cè)方法檢測(cè)寡核苷酸的結(jié)合作用或標(biāo)記作用。[0152]用于分析SNPs的高通量系統(tǒng)的介質(zhì)是本領(lǐng)域已知的，能被用于本發(fā)明，諸如theSNPstream?UHTGenotypingSystem(Beckman/Coulter,Fullerton,CA)(Boyce-JacinoandGoeletPatents)、theMassArray?system(Sequenom,SanDiego,CA)(Storm,N.etal.(2002)MethodsinMolecularB1logy.212:241-262.)、theBeadArray?SNPgenotypingsystemavailablefromIllumina(SanDiego,CA)(Oliphant,A.，etal.(June2002)(supplementtoB1techniques)和TaqMan?(AppliedB1systems,FosterCity,CA)。然而,本發(fā)明提供了高通量系統(tǒng)的介質(zhì),其被設(shè)計(jì)用來(lái)檢測(cè)牛SNPs或一系列牛SNPs的核苷酸發(fā)生，牛SNP構(gòu)成了一系列的單倍型。因此，如上所示，該系統(tǒng)包括一個(gè)固體支持物，或一系列的寡核苷酸能與之連接的其他方法，其被用來(lái)測(cè)定一系列牛SNPs之一個(gè)SNP中的一個(gè)核苷酸發(fā)生,該一系列牛SNPs與一個(gè)性狀相關(guān)。該系統(tǒng)還能包括一個(gè)檢測(cè)裝置，用于檢測(cè)該一系列寡核苷酸與該系列SNPs的結(jié)合。此類檢測(cè)裝置是本領(lǐng)域已知的。[0153]系統(tǒng)可以是微流態(tài)器件。無(wú)數(shù)的微流態(tài)器件是已知的，包括具有微通道的固體支持物(見(jiàn)美國(guó)專利5，304，487,5,110，745,5,681，484和5，593，838)。[0154]本發(fā)明的SNP檢測(cè)系統(tǒng)，被設(shè)計(jì)用來(lái)確定一種SNP或一系列SNPs的核苷酸發(fā)生。該系統(tǒng)能確定整個(gè)基因組范圍內(nèi)的、高密度SNP圖譜中的核苷酸發(fā)生。[0155]用于測(cè)定樣品中一個(gè)特定SNP的核苷酸發(fā)生的無(wú)數(shù)方法，是本領(lǐng)域已知的。此類方法能利用一個(gè)或多個(gè)寡核苷酸探針或引物，包括，例如，選擇性雜交到目標(biāo)多核苷酸上的擴(kuò)增引物對(duì)，其對(duì)應(yīng)于一個(gè)或多個(gè)SNP位置。用于實(shí)施本發(fā)明方法的寡核苷酸探針可以包括，例如，與目標(biāo)核苷酸的一部分互補(bǔ)和橫跨目標(biāo)核苷酸的一部分，包括該SNP的該位置的寡核苷酸，其中，在該位置(即該SNP)上的特殊核苷酸的存在，是通過(guò)探針的選擇性雜交的存在或不存在而被檢測(cè)的。此方法能進(jìn)一步包括將目標(biāo)多核苷酸和雜交的寡核苷酸與內(nèi)切核酸酶相接觸，并檢測(cè)探針的切割產(chǎn)物的存在或不存在，這取決于在該SNP位點(diǎn)處的核苷酸發(fā)生是否與探針的相應(yīng)核苷酸相互補(bǔ)。[0156]寡核苷酸連接反應(yīng)測(cè)定(Grossman,P.D.etal.(1994)NucleicAcidsResearch22:4527-4534)也能被用來(lái)鑒定在多態(tài)性位置上的核苷酸發(fā)生，其中，選擇性地雜交在SNP位點(diǎn)的上游和臨近處及下游和臨近該SNP的該位點(diǎn)的一對(duì)引物，和其中，探針中的一個(gè)包括與該SNP的核苷酸發(fā)生相互補(bǔ)的一個(gè)末端核苷酸。當(dāng)探針的末端核苷酸與核苷酸發(fā)生相互補(bǔ)時(shí)，選擇性的雜交包括末端核苷酸，這樣，在連接酶存在時(shí)，上游和下游寡核苷酸被連接起來(lái)。因而，連接產(chǎn)物的存在或不存在是SNP位點(diǎn)處的核苷酸發(fā)生的標(biāo)識(shí)。這種測(cè)定的例子是theSNPlexSystem(AppliedB1systems,FosterCity,CA)。[0157]寡核苷酸也能用作引物，例如用于引物延伸反應(yīng)，其中，延伸反應(yīng)的產(chǎn)物(或不存在產(chǎn)物)指示核苷酸發(fā)生。此外，用于擴(kuò)增目標(biāo)多核苷酸之一部分一包括SNP位點(diǎn)一的引物對(duì)也是有用的，其中，擴(kuò)增產(chǎn)物被檢測(cè)，以測(cè)定在SNP位點(diǎn)的核苷酸發(fā)生。特別有用的方法包括那些容易適應(yīng)性地應(yīng)用于高通量形式、應(yīng)用于多元形式(multiplexformat)或應(yīng)用于兩者的方法。引物延伸或擴(kuò)增產(chǎn)物能被直接或間接地檢測(cè)，和/或使用各種本領(lǐng)域已知的多種方法而被測(cè)序。使用傳統(tǒng)測(cè)序方法學(xué)，跨越SNP位點(diǎn)的擴(kuò)增產(chǎn)物能被測(cè)序(如，“雙脫氧鏈終止法(dideoxy-mediatedchainterminat1nmethod)”,也稱為“桑格法(SangerMethod)”(Sanger,F.,etal.,J.Molec.B1l.94:441(1975)；Proberetal.Science238:336-340(1987))和“化學(xué)降解法(chemicaldegradat1nmethod)”也已知為“Maxam-Gilbert法(化學(xué)測(cè)序法)”(Maxam,A.M.，etal.，Proc.Natl.Acad.Sc1.(U.S.A.)74:560(1977))，兩參考文獻(xiàn)通過(guò)參考，并入本文)，以測(cè)定在SNP位點(diǎn)上的核苷酸發(fā)生。[0158]使用全基因測(cè)序或“微測(cè)序(microsequencing)”方法,本發(fā)明方法能鑒定在SNP上的核苷酸發(fā)生。在單個(gè)分析中，個(gè)體的全基因組測(cè)序鑒定所有的SNP基因型。微測(cè)序方法測(cè)定在“預(yù)定”位點(diǎn)處僅僅一個(gè)的單個(gè)核苷酸的識(shí)別。此等方法在測(cè)定目標(biāo)多核苷酸中多態(tài)性的存在或識(shí)別中具有特別的效用。此微測(cè)序方法，以及如描述于Boyce-Jacino等美國(guó)專利6，294，336中的、用于測(cè)定SNP位點(diǎn)的核苷酸發(fā)生的其他方法，通過(guò)參考并入本文，并在本文中被概述。[0159]微測(cè)序方法包括被Goelet，P.等(W092/15712，通過(guò)參考并入本文)所公開(kāi)的theGeneticBit?Analysis方法。此外,用于測(cè)定DNA中多態(tài)性位點(diǎn)的、引物指導(dǎo)的核苷酸慘入程序，也已被描述(Kornher,J.S.etal,NucleicAcidsRes.17:7779-7784(1989)；Sokolov,B.P.,NucleicAcidsRes.18:3671(1990)；Syvanen,A.-C.,etal.,Genomics8:684-692(1990)；Kuppuswamy,M.N.etal.，Proc.Natl.Acad.Sc1.(U.S.A.)88:1143-1147(1991)；Prezant,T.R.etal,Hum.Mutat.1:159-164(1992)；Ugozzoli,L.etal.，GATA9:107-112(1992)；Nyren,P.etal.，Anal.B1chem.208:171-175(1993)；和Wallace,W089/10414)?這些方法不同于GeneticBit?Analysis，因?yàn)樗鼈兌家揽繕?biāo)記的脫氧核糖核酸的摻入，來(lái)區(qū)別多態(tài)性位點(diǎn)上的堿基之間的差異。在此模式中，因?yàn)樾盘?hào)與摻入的脫氧核糖核酸的數(shù)目成比例，發(fā)生在同樣核苷酸的輪轉(zhuǎn)(runs)中的多態(tài)性，能夠產(chǎn)生與該輪的長(zhǎng)度成比例的信號(hào)(Syvanen,A.-C.，etal.Amer.J.Hum.Genet.(1993)52:46-59)。用于微測(cè)序的其他形式,包括焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)(PyrosequencingAB,Uppsala,Sweden,Alderbometal.(2000)GenomeRes.10:1249-1258)。[0160]可選擇的微測(cè)序方法已經(jīng)被Mundy,C.R.(美國(guó)專利4,656,127)和Cohen,D.etal(法國(guó)專利2，650，840;PCT申請(qǐng)?zhí)朩091/02087)所提供，其討論了基于溶液的方法(solut1n-basedmethod),用于測(cè)定多態(tài)性位點(diǎn)的核苷酸的身份。如在美國(guó)專利4，656，127中的Mundy方法中所述，使用了與緊靠多態(tài)性位點(diǎn)3’端的等位基因序列相互補(bǔ)的引物。[0161]對(duì)于利用凝膠電泳來(lái)分析序列中所碰到的困難，作為響應(yīng)，已經(jīng)開(kāi)發(fā)出使用微測(cè)序的替代方法。例如，Macevicz(美國(guó)專利5，002，867)描述了用于測(cè)定核酸序列的方法，其通過(guò)與寡核苷酸探針的多重混合物雜交來(lái)進(jìn)行。根據(jù)此方法，通過(guò)允許目標(biāo)多核苷酸順序地與幾組探針雜交，目標(biāo)多核苷酸的序列被測(cè)定，其中，這幾組探針在一個(gè)位置具有未變異的核苷酸，并在其他位置上具有變異的核苷酸。Macevicz方法測(cè)定目標(biāo)多核苷酸的核苷酸序列，其通過(guò)將目標(biāo)物與一組探針雜交，然后測(cè)定位點(diǎn)的數(shù)目而完成，其中，該組的至少一個(gè)成員能夠雜交到目標(biāo)物上(即，“匹配”的數(shù)目)。重復(fù)該程序，直到一組探針的每一成員都被測(cè)試過(guò)。[0162]Boyce-Jacino等的美國(guó)專利6，294，336提供了一種固相測(cè)序方法,用于測(cè)定核酸分子的序列(或者是DNA或者是RNA)，其通過(guò)利用選擇性地結(jié)合一個(gè)位點(diǎn)上的多核苷酸目標(biāo)而實(shí)施，其中，SNP最可能是3'核苷酸，選擇性結(jié)合到目標(biāo)上。[0163]使用變性HPLC，諸如描述于NairzKetal(2002)Proc.Natl.Acad.Sc1.(U.S.A.)99:10575-80,和TransgenomicWAVE?System(Transgenomic,Inc.0maha,NE),可以測(cè)定SNP的發(fā)生率。[0164]Oliphant等報(bào)道了利用BeadArray?Technology的一種方法，其可以被用于本發(fā)明的方法中，來(lái)測(cè)定SNP的核苷酸發(fā)生(supplementtoB1techniques(生物技術(shù)增補(bǔ)本)，June2002)。此外，使用DNAMassARRAY系統(tǒng)(SEQUEN0M，SanDiego,CA)，可以測(cè)定SNP的核苷酸發(fā)生。該系統(tǒng)組合專有的SpectroChips?、微流體(microfIuidics)、納米分配(nanodispensing)、生物化學(xué)和MALD1-T0FMS(基質(zhì)輔助激光解吸離子化-飛行時(shí)間質(zhì)譜(matrix-assistedlaserdesorpt1n1nizat1ntimeofflightmassspectrometry))。[0165]如另一實(shí)例，通過(guò)使用SNP-1T?方法(BeckmanCoulter,Fullerton,CA),測(cè)定樣品中牛SNP的核苷酸發(fā)生?？傮w上說(shuō)，SNP-1T?是一個(gè)三步驟的引物延伸反應(yīng)。在第一步中，通過(guò)雜交到捕獲引物(captureprimer)上，從樣品中分離得到目標(biāo)多核苷酸，這提供了第一水平的特異性。在第二步中，捕獲引物從位于目標(biāo)SNP位點(diǎn)上的終止性核苷酸三磷酸開(kāi)始被延伸，這提供了第二水平的特異性。在第三步中，使用各種已知的格式(formats)，檢測(cè)延伸的核苷酸三磷酸(nucleotidetrisphosphate)，各種已知的格式包括:直接熒光、間接熒光、間接比色測(cè)定、質(zhì)譜、熒光偏振等。反應(yīng)以自動(dòng)化的格式，以384孔格式，使用SNPtream?儀器(BeckmanCoulter，F(xiàn)ullerton,CA)進(jìn)行。反應(yīng)也能通過(guò)結(jié)合到Luminex生物球體(Luminexb1spheres)(LuminexCorporat1n,Austin，TX,Ca1.H..(2000)Genomics66(2):135-43)的作用而被分析。用于SNP檢測(cè)的其他格式包括TaqMan?(AppliedB1systems,FosterCity,CA)；滾環(huán)(Rollingcircle)(Hatchetal(1999)Genet.Anal.15:35-40;和Qietal(2001)NucleicAcidsResearchVol.29ell6):焚光偏振(Chen，X.，etal.(1999)GenomeResearch9:492-498)；SNaPShot(AppliedB1systems,FosterCity,CA:和Makridakis，N.M.etal.(2001)B1techniques31:1374-80):寡連接測(cè)定(oligo-ligat1nassay)(Grossman,P.D.，etal.(1994)NucleicAcidsResearch22:4527-4534);鎖定核酸(lockednucleicacids)(LNATM,Link，TechnologiesLTD,Lanarkshire,Scotland，歐洲專利1013661，美國(guó)專利6，268，490);侵入分析(InvaderAssay)(AcIaraB1sciences,Wilkinson,D.(1999)TheScientist13:16);掛鎖探針(padlockprobes)(Nilssonetal.Science(1994)，265:2085);序列標(biāo)記的分子轉(zhuǎn)化探針(Sequence-taggedmolecularinvers1nprobes)(類似掛鎖探針)，來(lái)自ParAlleleB1science(SouthSanFrancisco,CA；HardenboI,P.etal.(2003)NatureB1technology21:673-678);分子燈塔(MolecularBeacons)(Marras,S.A.etal.(1999GenetAnal.14:151-156)；theREADIT?SNPGenotypingSystem，來(lái)自Promega(Madison,WI)(RhodesR.B.etal.(2001)MolDiagn.6:55-61);動(dòng)態(tài)等位基因特異性雜交(DynamicAllele-SpecificHybridizat1n)(DASH)(Prince,J.A.etal.(2001)GenomeResearch11:152-162);Qbead?系統(tǒng)(結(jié)合到等位基因特異性寡核苷酸的量子點(diǎn)編碼的微球體(quantumdotencodedmicrospheres))(XuH.etal.(2003)NucleicAcidsResearch31:e43);Scorp1n引物(Scorp1nprimers)(類似于分子燈塔，除了是單分子以外:similartomolecularbeaconsexceptunimolecular)(Thelwell,N.etal.(2000)NucleicAcidsResearch28:3752-3761);和Magiprobe(—種攜帶焚光團(tuán)和嵌入劑的新型焚光粹滅的寡核苷酸探針)(YamaneA.(2002)NucleicAcidsResearch30:e97)。此外，Rao,K.V.N.etal.((2003)NucleicAcidsResearch.31:e66)，最近報(bào)道了基于微球體的基因分型測(cè)定(microsphere-basedgenotypingassay)，其從人類基因組DNA直接檢測(cè)SNPs0該測(cè)定涉及結(jié)構(gòu)特異性切割反應(yīng)，其在微球體的表面上產(chǎn)生熒光信號(hào)，然后對(duì)微球體進(jìn)行流式細(xì)胞計(jì)量?與Sequenom技術(shù)(MALDI)略微不同變化的是，Sauer等((2003)NucleicAcidsResearch31:e63)產(chǎn)生了帶電-標(biāo)記DNA(charge-taggedDNA)(在PCR和引物延伸后)，使用光可切割接頭(photocleavablelinker)。[0166]因此，使用上述方法，通過(guò)使用擴(kuò)增反應(yīng)、引物延伸反應(yīng)或免疫測(cè)定，鑒定牛單倍型等位基因或牛SNP的核苷酸發(fā)生。通過(guò)將樣品中的多核苷酸或來(lái)自該樣品的多核苷酸與特異性的結(jié)合對(duì)成員相接觸，也能鑒定牛單倍型等位基因或牛SNP，該特異性的結(jié)合對(duì)成分，在結(jié)合對(duì)成分特異性結(jié)合在牛SNP上或SNP附近的條件下，可以選擇性地雜交到包含該牛SNP的多核苷酸區(qū)域。該特殊的結(jié)合對(duì)成分可以是抗體或多核苷酸。[0167]SNP的核苷酸發(fā)生，能被其他方法學(xué)以及上面描述的方法所鑒定。例如，鑒定可以采用微矩陣技術(shù)，其可以在使用PCR或者不使用PCR下進(jìn)行，或者采用測(cè)序方法，諸如質(zhì)譜、掃描電子顯微術(shù)或其他方法，在其中，多核苷酸流經(jīng)一個(gè)分類器件，該分類器件能檢測(cè)多核苷酸的序列。一個(gè)SNP的發(fā)生率，能用電化學(xué)檢測(cè)儀器來(lái)鑒定，諸如eSensor?DNA檢測(cè)系統(tǒng)(Motorola,Inc.，Yu,C.J.(2001)J.AmChem.Soc.123:11155-11161)。其他格式包括解鏈曲線分析，其使用突光標(biāo)記的雜交探針，或嵌入染料(intercalatingdyes)(Lohmann,S.(2000)B1chemica4,23-28,Herrmann,M.(2000)ClinicalChemistry46:425)。[0168]本發(fā)明的SNP檢測(cè)系統(tǒng)通常利用選擇性雜交。如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)“選擇性雜交(selectivehybridizat1n)”或“選擇性地雜交(selectivelyhybridize)”,指在適度嚴(yán)謹(jǐn)型或高度嚴(yán)謹(jǐn)型條件下的雜交，這樣，相比起不相關(guān)的核苷酸序列，核苷酸序列優(yōu)先與選定的核苷酸結(jié)合至足夠大的程度，以用于鑒定SNP的核苷酸發(fā)生率。將被認(rèn)識(shí)到，一定數(shù)量的非特異性雜交是不不可以避免的，但是是可以接受的，條件是雜交到目標(biāo)核苷酸序列具有的足夠選擇性，這樣，它能與非特異性交叉雜交(cross-hybridizat1n)區(qū)別開(kāi)來(lái)，例如，相比起目標(biāo)分子之外的核酸分子，特別地，目標(biāo)核酸分子之外的基本上類似(即同源的)的核酸分子，具有選擇性至少約2倍，一般地具有選擇性至少約3倍，常常地具有選擇性至少約5倍，特別地，具有選擇性至少約10倍，例如以可以結(jié)合到目標(biāo)核酸分子上的標(biāo)記寡核苷酸數(shù)量所測(cè)定的那樣。允許選擇性雜交的條件可以經(jīng)驗(yàn)性地被確定，或例如可以基于雜交寡核苷酸和它要雜交到其上的序列間的相對(duì)GC:AT含量,雜交寡核苷酸的長(zhǎng)度,和，寡核苷酸和它欲雜交到其上的序列之間的錯(cuò)配的數(shù)目(如果有的話)而被估計(jì)(見(jiàn)例如，Sambrooketal.,"MolecularCloning:Alaboratorymanual(ColdSpringHarborLaboratoryPress1989))。[0169]逐漸增加的嚴(yán)謹(jǐn)型條件的例子如下:2XSSC/0.1%SDS，約室溫下(雜交條件)；0.2XSSC/0.1%SDS,約室溫下(低嚴(yán)謹(jǐn)型條件);0.2XSSC/0.1%SDS,約42EC(溫和嚴(yán)謹(jǐn)型條件)；和0.1XSSC，大約68EC(高嚴(yán)謹(jǐn)型條件)。洗滌能使用這些條件中的單獨(dú)一個(gè)來(lái)進(jìn)行，例如，高嚴(yán)謹(jǐn)型條件，或能使用該等條件中的每一個(gè)，例如每一個(gè)10-15分鐘，按照上面列出的順序，重復(fù)任何一個(gè)或所有列出的步驟。然而，如上所述，最佳條件將取決于所涉及的特定雜交反應(yīng)而進(jìn)行變化，并能經(jīng)驗(yàn)性地被確定。[0170]術(shù)語(yǔ)“多核苷酸(polynucleotide)”,在本文中被廣泛使用，是指脫氧核糖核酸或核糖核酸的序列，其中脫氧核糖核酸或核糖核酸是通過(guò)磷酸二酯鍵被連接在一起。為方便起見(jiàn)，本文中使用的術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸(oligonucleotide)”是指被用作引物或探針的多核苷酸?？傮w上說(shuō)，用作引物或探針的寡核苷酸，其選擇性地雜交到選定的核苷酸序列上，長(zhǎng)度上至少約15個(gè)核苷酸，常常至少約18個(gè)核苷酸，特別地約21個(gè)核苷酸或長(zhǎng)度更長(zhǎng)。[0171]多核苷酸可以是RNA或可以是DNA，其可以是基因或其部分，cDNA，合成的多脫氧核糖核酸序列，或者類似物；可以是單鏈的或雙鏈的，以及是DNA/RNA雜交體。在各種實(shí)施方案中，多核苷酸，包括寡核苷酸(如，探針或引物)，可以包括核苷類似物或核苷酸類似物，或除磷酸二酯鍵之外的骨架鍵。總體上說(shuō)，核苷酸，包括多核苷酸，是連接到2'-脫氧核糖上的天然發(fā)生的脫氧核糖核苷酸，諸如腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤或胸腺嘧啶，或連接到核糖上的核糖核苷酸，諸如腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤或尿嘧啶。然而，多核苷酸或寡核苷酸也能包含核苷酸類似物，包括非天然存在的合成核苷酸或修飾的天然存在的核苷酸。此核苷酸類似物在本領(lǐng)域是熟知的，也可從商業(yè)渠道獲得，如含有此核苷酸類似物的多核苷酸(Linetal.,NucleicAcidsResearch(1994)22:5220-5234；Jellineketal.,B1chemistry(1995)34:11363-11372；Pagratisetal.，NatureB1technol.(1997)15:68-73，每篇都通過(guò)參考并入本文)。引物和探針也可以包括肽核酸(P印tidenucleicacids)(PNA)(NielsenPEandEgholmM.(1999)Curr.1ssuesMol.B1l.1:89-104)。[0172]連接多核苷酸之核苷酸的共價(jià)鍵，總體上說(shuō)是磷酸二酯鍵。然而，共價(jià)鍵也可以是無(wú)數(shù)的其他鍵中的任意一種，包括硫二酯鍵(th1diesterbond)、硫代磷酸酯鍵、類肽鍵(peptide-likebond)或任何本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的可用于連接核苷酸以產(chǎn)生合成的多核苷酸的鍵(見(jiàn)如，Tametal.，Nucl.AcidsRes.(1994)22:977-986；EckerandCrooke,B1Technology(1995)13:351360,90，每一通過(guò)參考并入本文)。非天然存在的核苷酸類似物或連接核苷酸或類似物的鍵的摻入，對(duì)核苷酸暴露于可能含有溶核活性(nucleolyticactivity)的環(huán)境中時(shí)，包括，例如組織培養(yǎng)基或當(dāng)給予活的受試體時(shí)，上述摻入可能是特別有用，這是因?yàn)樾揎椀亩嗪塑账釋?duì)降解是不太敏感的。[0173]含有天然發(fā)生的核苷酸和磷酸二酯鍵的多核苷酸或寡核苷酸，能被化學(xué)合成，或能使用重組DNA方法、利用合適的多核苷酸作為模板而被產(chǎn)生。作為比較，含有核酸類似物或除磷酸二酯鍵之外的共價(jià)鍵的多核苷酸或寡核苷酸一般被化學(xué)合成，盡管酶諸如T7聚合酶能將某類核苷酸類似物摻入到多核苷酸中，并從而能被用于由合適的模板重組產(chǎn)生此多核苷酸(Jellineketal.,見(jiàn)上文(supra),1995)。因此,用于本文的術(shù)語(yǔ)多核苷酸包括天然存在的核酸分子，其可以從細(xì)胞中分離，以及是合成的分子，其可以，如通過(guò)化學(xué)合成方法或酶方法，諸如通過(guò)聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)制備而得。[0174]鑒定SNP的方法也能通過(guò)使用專一性結(jié)合對(duì)成員(specificbindingpairmember)而被進(jìn)行。如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)“特異性結(jié)合對(duì)成員(specificbindingpairmember)”指特異性結(jié)合或選擇性雜交到特異性結(jié)合對(duì)的其他成分的分子。特異性結(jié)合對(duì)成員例如包括:探針、引物、多核苷酸、抗體等。例如，特異性結(jié)合對(duì)成員包括引物或探針，其選擇性雜交到包括SNP位點(diǎn)的目標(biāo)多核苷酸上，或雜交到使用目標(biāo)多核苷酸作為模板而產(chǎn)生的擴(kuò)增產(chǎn)物上。[0175]如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)“特異性的相互作用(specificinteract1n)”或“特異性地結(jié)合(specificallybinds)”或類似術(shù)語(yǔ),是指兩個(gè)分子形成復(fù)合物,該復(fù)合物在生理?xiàng)l件下，是相對(duì)穩(wěn)定的。該術(shù)語(yǔ)在本文中被使用，涉及各種相互作用，例如包括，結(jié)合多核苷酸的抗體的相互作用，該多核苷酸包括SNP位點(diǎn)，或結(jié)合多肽的抗體的相互作用，該多肽包括氨基酸，該氨基酸被包括SNP位點(diǎn)的密碼子所編碼。依據(jù)本發(fā)明的方法，抗體能選擇性地結(jié)合到包括特定的氨基酸的多肽上，該特異氨基酸被包括SNP位點(diǎn)的密碼子所編碼?？商娲?，抗體可以優(yōu)先結(jié)合特定修飾的核苷酸，該修飾的核苷酸被摻入SNP位點(diǎn)，作為在SNP位點(diǎn)的唯一的某核苷酸發(fā)生，例如使用引物延伸測(cè)定。[0176]特異性相互作用(specificinteract1n)表征為解離常數(shù)至少約IX10_6M,—般至少約IX10-7Μ，常常至少約IX10-8Μ，和特別地，至少約IXKT9M或IX10-10Μ或更大。特異性的相互作用在生理?xiàng)l件下一般是穩(wěn)定的，例如包括，發(fā)生在活個(gè)體諸如人或其他脊椎或無(wú)脊椎動(dòng)物中的條件下，以及發(fā)生在細(xì)胞培養(yǎng)基的條件下，諸如用于培養(yǎng)哺乳動(dòng)物細(xì)胞或來(lái)自其他脊椎生物或無(wú)脊椎生物的細(xì)胞的細(xì)胞培養(yǎng)基。測(cè)定是否兩分子特異性地相互作用的方法是本領(lǐng)域已知的，例如包括，平衡透析法、表面等離子共振法和類似方法。[0177]本發(fā)明也涉及試劑盒，例如，其能被用于實(shí)施本發(fā)明的方法。因此，在一種實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了試劑盒，用于鑒定牛SNPs的核苷酸發(fā)生或單倍型等位基因。該試劑盒能含有，例如，寡核苷酸探針、引物、或引物對(duì)或其組合。此寡核苷酸，例如對(duì)于鑒定本文公開(kāi)的SNP或單倍型，是有用的；或能含有一個(gè)或多個(gè)對(duì)應(yīng)于?；虻牟糠值亩嗪塑账?，?；蚝幸粋€(gè)或多個(gè)與牛性狀相關(guān)的核苷酸發(fā)生，此多核苷酸例如作為標(biāo)準(zhǔn)(對(duì)照)是有用的，該標(biāo)準(zhǔn)(對(duì)照)能與測(cè)試樣品一起被平行檢測(cè)。此外，本發(fā)明的試劑盒能含有，例如，實(shí)施本發(fā)明方法的試劑，包括，例如一種或多種可檢測(cè)標(biāo)記物，其能被用來(lái)標(biāo)記探針或引物，或能被插入到使用該探針或引物產(chǎn)生的產(chǎn)物中(如擴(kuò)增產(chǎn)物)；一種或多種聚合酶，其能被用于包括引物延伸或擴(kuò)增程序的方法中，或其他酶或多種酶(如連接酶或核酸內(nèi)切酶)，其能被用于進(jìn)行寡核苷酸連接測(cè)定或錯(cuò)配切割測(cè)定(mismatchcleavageassay);和/或一種或多種緩沖液或其他試劑，其對(duì)于實(shí)施本發(fā)明方法是必要的或能有助于實(shí)施本發(fā)明的方法。引物或探針能以已經(jīng)標(biāo)記的形式被包括在試劑盒中，例如帶有標(biāo)記，諸如生物素或抗體。[0178]在已知實(shí)施方案中，本發(fā)明試劑盒提供了多數(shù)個(gè)本發(fā)明的寡核苷酸，包括一種或多種寡核苷酸探針或一種或多種引物，包括正向和/或反向引物，或此類探針和引物或引物對(duì)的組合。此試劑盒也能含有探針和/或引物，其方便地使得本發(fā)明方法能在多元格式中進(jìn)行。[0179]試劑盒也能包括說(shuō)明書，用于說(shuō)明使用探針或引物來(lái)確定至少一個(gè)牛SNP的核苷酸發(fā)生。[0180]在一個(gè)方面，本方面提供了一個(gè)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其包括一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)具有記錄，該記錄包含關(guān)于一系列的牛單核苷酸多態(tài)性(SNP)的信息，和一個(gè)用戶界面，用戶界面使客戶能輸入一個(gè)牛類對(duì)象的一系列牛SNP的核苷酸發(fā)生。用戶界面能被用來(lái)查詢數(shù)據(jù)庫(kù)和顯示查詢結(jié)果。該數(shù)據(jù)庫(kù)能包括記錄，該記錄代表一些或所有牛SNP圖譜的SNP，諸如高密度牛SNP圖譜。該數(shù)據(jù)庫(kù)也能包括信息，該信息有關(guān)來(lái)自SNP的單倍型和單倍型等位基因。還有，該數(shù)據(jù)庫(kù)能包括信息，該信息有關(guān)性狀和/或與一些或所有SNP和/或單倍型相關(guān)的性狀。在這些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)系統(tǒng)能被用于，例如，用于本發(fā)明推斷牛類對(duì)象的性狀的任何方面。[0181]本發(fā)明的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)可以是一個(gè)獨(dú)立的計(jì)算機(jī)，一個(gè)包括客戶/服務(wù)器環(huán)境和一個(gè)或多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器的傳統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，和/或掌上裝置。許多傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)包括局域網(wǎng)(LAN)或廣域網(wǎng)(WAN)，是本領(lǐng)域已知的。此外，客戶/服務(wù)器環(huán)境，數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器，和網(wǎng)絡(luò)在技術(shù)、貿(mào)易和專利文獻(xiàn)中被充分記載。例如，數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器在操作系統(tǒng)如UNIX中運(yùn)行，運(yùn)行關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)、萬(wàn)維網(wǎng)應(yīng)用和萬(wàn)維網(wǎng)服務(wù)器。當(dāng)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)是掌上裝置時(shí)，它可以是個(gè)人數(shù)字助理(PDA)或其他類型的掌上裝置，其中許多是已知的。[0182]通常，本發(fā)明的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫(kù)包括信息，該信息關(guān)于牛SNPs的位置和核苷酸發(fā)生。關(guān)于SNP的基因組位置的信息，例如可以通過(guò)以包含處于該SNP周圍的連續(xù)序列的序列信息而被提供，其只有基因組的I部分提供100%的匹配；或通過(guò)提供一個(gè)SNP的位置編號(hào)而被提供，位置編號(hào)是參考了一個(gè)可以利用的序列條目(sequenceentry)，諸如一個(gè)Genbank序列條目，或?qū)?yīng)于一個(gè)私人數(shù)據(jù)庫(kù)的一個(gè)序列條目，或DNA序列的一個(gè)商業(yè)上許可的數(shù)據(jù)庫(kù)的序列條目。該數(shù)據(jù)庫(kù)也可以包括有關(guān)SNP的核苷酸發(fā)生的信息，因?yàn)槿绫疚乃龅?，?duì)于一個(gè)SNP，通常出現(xiàn)少于所有4種核苷酸的核苷酸發(fā)生。[0183]數(shù)據(jù)庫(kù)可以包括關(guān)于SNPs或單倍型的其他信息，諸如關(guān)于牛種群中的發(fā)生頻率的信息。還有，數(shù)據(jù)庫(kù)也可以被分成多個(gè)部分，一部分用于保存序列，和其他部分用于保存關(guān)于這些序列的信息。數(shù)據(jù)庫(kù)可以含有代表關(guān)于一個(gè)SNP的進(jìn)一步信息的記錄，例如鑒定其中發(fā)現(xiàn)SNP的基因的信息，或核苷酸發(fā)生頻率的信息，或產(chǎn)生DNA序列的文庫(kù)或克隆的特性，或位于該SNP周圍的序列和在其他物種中類似DNA序列的關(guān)系。[0184]本發(fā)明的部分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)可以是平面文件數(shù)據(jù)庫(kù)或關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)或面向?qū)ο髷?shù)據(jù)庫(kù)。部分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)可以是內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)，或用戶可以訪問(wèn)的外部數(shù)據(jù)庫(kù)。內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)是作為私人數(shù)據(jù)庫(kù)而被維護(hù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，通常被企業(yè)維護(hù)在防火墻后。外部數(shù)據(jù)庫(kù)位于內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)外邊，通常由不同的實(shí)體而不是內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)維護(hù)。許多外部公共生物學(xué)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，特別是SNP數(shù)據(jù)庫(kù)，是可以被利用的，并可以與目前的發(fā)明一起使用。例如，dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)(單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù))可以從Nat1nalCenterforB1logicalInformat1n(NCBI)處獲得，是Nat1nalLibraryofMedicine的組成部分,可以與目前的發(fā)明一起被使用，以提供比較基因組信息(comparativegenomicinformat1n),從而幫助鑒定牛SNP。[0185]在另一方面，目前的發(fā)明提供了關(guān)于牛SNPs和單倍型的一群信息。這群信息可以包括與SNP和單倍型有關(guān)的性狀的識(shí)別。這群信息通常被包含在一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)，并能使用本發(fā)明的方法而被識(shí)別。這群序列可以是一個(gè)較大數(shù)據(jù)庫(kù)的亞群，其只含有與一個(gè)特定性狀相關(guān)的SNPs和單倍型。例如，該亞群可以被在一個(gè)關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)的表中被識(shí)別。一群信息可以包括一個(gè)基因組范圍內(nèi)SNP圖譜中的所有SNP和/或單倍型。[0186]除了上面討論的數(shù)據(jù)庫(kù)外，本發(fā)明的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括一個(gè)用戶界面，其能夠接收關(guān)于至少一個(gè)SNP的核苷酸發(fā)生信息的條目。該界面可以是圖形用戶界面，其中，輸入和選擇通過(guò)使用一系列的，例如，菜單、對(duì)話框、和/或選擇按鈕而完成。該界面通常引導(dǎo)用戶通過(guò)一系列的屏幕，其開(kāi)始于一個(gè)主屏幕。該用戶界面可以包括連接，用戶可以選擇訪問(wèn)關(guān)于牛SNP圖譜的附加信息。[0187]本發(fā)明的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)實(shí)施性狀推斷方法的功能，通常包括執(zhí)行計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品的一個(gè)處理元件，它本身代表本發(fā)明的另一方面，其包括一個(gè)計(jì)算機(jī)可讀程序代碼，包含在一個(gè)計(jì)算機(jī)可利用介質(zhì)上，并呈現(xiàn)于連接到該處理元件上的存儲(chǔ)功能中。該存儲(chǔ)功能可以是ROM或RAM。[0188]計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品——其本身是本發(fā)明的另外一個(gè)方面——被本發(fā)明計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的處理器讀取和執(zhí)行，并包括包含在用戶可利用介質(zhì)中的計(jì)算機(jī)-可讀程序代碼。該計(jì)算機(jī)-可讀程序代碼涉及許多保存在數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列記錄。該序列記錄可以含有關(guān)于一系列的牛單核苷酸多態(tài)性(SNP)的核苷酸發(fā)生與一個(gè)或多個(gè)性狀的性狀之間的關(guān)系的信息。該計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品可以包括計(jì)算機(jī)-可讀程序代碼，用于提供用戶界面，該界面能夠使得用戶輸入一個(gè)牛類對(duì)象的一系列牛SNP的核苷酸發(fā)生，能夠定位對(duì)應(yīng)于輸入查詢信息(enteredqueryinformat1n)的數(shù)據(jù),和能夠顯示對(duì)應(yīng)于該輸入查詢的數(shù)據(jù)。對(duì)應(yīng)于輸入查詢信息的數(shù)據(jù)通常通過(guò)查詢上述數(shù)據(jù)庫(kù)而被定位。[0189]在本發(fā)明的另一實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品被用于進(jìn)行生物經(jīng)濟(jì)學(xué)評(píng)價(jià)，被用于實(shí)施本文中所述的方法，諸如評(píng)價(jià)牛類對(duì)象的價(jià)值或評(píng)價(jià)從牛類對(duì)象獲得的肉類的價(jià)值的方法。[0190]下述實(shí)施例旨在解釋而不是限制本發(fā)明。實(shí)施例1高密度牛遺傳學(xué)SNP圖譜的產(chǎn)生[0191]本實(shí)施例舉例說(shuō)明高密度牛遺傳學(xué)SNP圖譜的產(chǎn)生，其使用鳥槍測(cè)序方法，通過(guò)?；蚪M的全基因組測(cè)序而產(chǎn)生。該方法被現(xiàn)在用來(lái)提供數(shù)十萬(wàn)計(jì)的SNP標(biāo)記，如由Venter，J.C，etal.，(Science291:1304-1351(2001)所述，以便用足夠密度的標(biāo)記進(jìn)行全基因組相關(guān)性研究，以確保發(fā)現(xiàn)與影響目標(biāo)性狀的突變不平衡的標(biāo)記。[0192]鳥槍法測(cè)序用四種不同的牛個(gè)體進(jìn)行，所述個(gè)體代表不同的品種。鳥槍法測(cè)序依據(jù)Venter，J.C，etal.，(Science291:1304-1351(2001))的方法進(jìn)行。通過(guò)這種方法，牛序列的隨機(jī)片段被產(chǎn)生，大小選擇至2.5到10kb。這些牛DNA片段被插入進(jìn)測(cè)序載體，以產(chǎn)生高質(zhì)量的質(zhì)粒文庫(kù)，應(yīng)用于高通量測(cè)序。[0193]鳥槍法測(cè)序用四種不同的牛類對(duì)象進(jìn)行，牛類對(duì)象代表幾種不同的品種類型:安格斯牛(Angus)、利木贊牛(Limousin)、婆羅門牛(Brahman)和西門塔爾牛(Si_ental)。一旦測(cè)序片段的全基因組裝配完成后，重疊群由共有序列形成，序列變異被鑒定到并被分類。相差單個(gè)核苷酸的786，777個(gè)序列變異成為高密度SNP圖譜的候選SNP標(biāo)記。?；蚪M內(nèi)的每一個(gè)候選SNP的相對(duì)位置被鑒定，其使用裝配的人基因組作為支架結(jié)構(gòu)，產(chǎn)生一幅含有242，181個(gè)人類繪圖標(biāo)記(human-mappedmarker)的候選圖譜。一旦SNP在基因組內(nèi)定位(posit1ning)后，單個(gè)標(biāo)記被測(cè)試，以測(cè)定牛群體內(nèi)的情報(bào)信息，這利用了代表各種不同的牛品種(安格斯牛、夏洛來(lái)牛、利木贊牛、海福特牛、婆羅門牛、西門塔爾牛和格爾布威牛)的210頭動(dòng)物和孟德?tīng)柗蛛x現(xiàn)象(Mendialiansegregat1n)(三個(gè)一組(tr1s)的親代和子代，共21個(gè)組)進(jìn)行。在絕大多數(shù)測(cè)試的品種中，選擇的標(biāo)記是多態(tài)性的。在一個(gè)區(qū)域內(nèi)使測(cè)試失敗的任何一個(gè)標(biāo)記，被放棄并用該區(qū)域內(nèi)的另一標(biāo)記替代。這些標(biāo)記對(duì)于測(cè)試群體被證明也是有效的。該處理工程被重復(fù)進(jìn)行，直到分布相對(duì)均勻的遺傳學(xué)SNP圖譜被獲得，其中，任何兩個(gè)相鄰的標(biāo)記之間的平均遺傳距離是0.5cM。實(shí)施例2與嫩度、脂肪、大理石花紋、產(chǎn)量和/或日增加量相關(guān)的牛SNP的鑒定[0194]本實(shí)施例舉例說(shuō)明了由實(shí)施例1所確立的高密度牛SNP圖譜進(jìn)行SNPs的鑒定，其與性狀肉嫩度、脂肪厚度、大理石花紋、產(chǎn)量和/或日增加量相關(guān)。[0195]通過(guò)收集來(lái)自4,791頭牛類對(duì)象的50ml全血，從而獲得來(lái)自牛類對(duì)象的DNA樣品。通過(guò)使用標(biāo)準(zhǔn)方法，利用25ml全血進(jìn)行DNA提?。皇褂脴?biāo)準(zhǔn)熒光方法，測(cè)量DNA的濃度。對(duì)于每一性狀，代表小于或等于第10個(gè)百分點(diǎn)的低數(shù)值表型動(dòng)物(44個(gè)個(gè)體)和代表大于或等于第90個(gè)百分點(diǎn)的高數(shù)值表型動(dòng)物(44個(gè)個(gè)體)的動(dòng)物被鑒定出來(lái)。低數(shù)值被標(biāo)識(shí)為“低(Low)”，和高數(shù)值被標(biāo)識(shí)為“高(High)”。DNA樣品收集自牛個(gè)體，這些牛個(gè)體代表了牛動(dòng)物群體中對(duì)表達(dá)目標(biāo)性狀而言的高表型和低表型極限，由于44個(gè)個(gè)體中的每一個(gè)對(duì)該DNA庫(kù)的貢獻(xiàn)是相同的。對(duì)于5個(gè)性狀中的每一個(gè)，通過(guò)處理(早、最佳、晚)，產(chǎn)生每一生物學(xué)型(英國(guó)的、大陸的和婆羅門牛雜交類型)的分開(kāi)的“高”和“低”庫(kù)，這樣形成90個(gè)總庫(kù)。除了上述列出的90個(gè)庫(kù)以外，基于平均的數(shù)字嫩度數(shù)值之上5個(gè)標(biāo)準(zhǔn)偏差的動(dòng)物，形成另一個(gè)組。11個(gè)動(dòng)物被包括于該個(gè)體組中，并且將該庫(kù)與其他嫩度組相比較，這樣產(chǎn)生總共91個(gè)庫(kù)。將每一個(gè)庫(kù)，針對(duì)該6189個(gè)作圖和確認(rèn)SNP標(biāo)記中的每一個(gè)，予以測(cè)試。實(shí)驗(yàn)中所使用的SNP檢測(cè)平臺(tái)，是BeckmanCoulterSNP-1T系統(tǒng)，其利用了該SNP堿基的單堿基延伸。對(duì)于每一個(gè)庫(kù)，基于兩個(gè)被摻入的突光標(biāo)記中的每一個(gè)的突光強(qiáng)度估計(jì)等位基因頻率，熒光強(qiáng)度估計(jì)對(duì)應(yīng)于SNP等位基因。這些評(píng)價(jià)因標(biāo)記特異性特征和摻入差異而被調(diào)整。根據(jù)高庫(kù)減去低庫(kù)(highminuslowpools)的等位基因頻率之間的差異的卡方分布(X2分布，Ch1-squaredistribut1n),形成測(cè)試統(tǒng)計(jì)。在產(chǎn)生卡方分布的每一'I"生狀內(nèi)，在被處理組的所有9個(gè)品種中，總結(jié)這些測(cè)試統(tǒng)計(jì)。對(duì)于嫩度性狀，達(dá)到46.96294的閥值測(cè)試統(tǒng)計(jì)量的SNP標(biāo)記；對(duì)于零售收益、日增加量、脂肪厚度和大理石花紋的剩余四個(gè)性狀，達(dá)到21.66599(P<.01)的閥值測(cè)試統(tǒng)計(jì)量的SNP標(biāo)記，被鑒定為相關(guān)SNPs(associatedSNPs)，并被列入表1A和IB中。[0196]高密度SNP圖譜被使用，以鑒定與一系列牛性狀相關(guān)的SNPs。性狀包括大理石紋、嫩度、脂肪厚度、產(chǎn)量和日增加量。表1A和IB(隨同提交于光盤中)提供了與一個(gè)或多個(gè)被分析性狀相關(guān)的SNPs的鑒定。對(duì)于所有5個(gè)性狀，鑒定到兩千五百一十個(gè)相關(guān)SNP。[0197]表1A提供了下述信息，從左欄到右欄:SNP名稱；針對(duì)擴(kuò)增子的，隨同提交的序列表的序列標(biāo)識(shí)符，其中SNP位置是在擴(kuò)增子的位置300處；在擴(kuò)增子內(nèi)的SNP的位置(即位置300);用于延伸引物的核苷酸序列和SEQIDNO:，能夠引發(fā)通過(guò)SNP位置的多核苷酸合成；與SNP相關(guān)的性狀(復(fù)數(shù)個(gè)性狀)；與SNP處的特殊核苷酸發(fā)生相關(guān)的性狀之特征；在SNP位置已被檢測(cè)到的核苷酸發(fā)生；和位于自?；蚪M的SNP起的500，000個(gè)核苷酸之內(nèi)的重置群序列的序列標(biāo)識(shí)符。表1B提供了下述/[目息,從左欄到右欄:SNP名稱；重置群的序列名，其包括SNP位置，以及包括SNP的擴(kuò)增子的重疊群內(nèi)的位置數(shù)；擴(kuò)增子內(nèi)的SNP位置(即位置300);用于延伸引物的核苷酸序列和SEQIDNO:，能夠引發(fā)穿過(guò)SNP位置的多核苷酸合成；與SNP相關(guān)的性狀(復(fù)數(shù)個(gè)性狀)；與SNP的特殊核苷酸發(fā)生相關(guān)的性狀的特征；在SNP位置已被檢測(cè)到的核苷酸發(fā)生；和重疊群序列的序列標(biāo)識(shí)符，重疊群序列位于自?；蚪M的SNP起的500，000個(gè)核苷酸內(nèi)。實(shí)施例3牛中不平衡距離的確定[0198]該實(shí)施例利用公開(kāi)于實(shí)施例2中的少數(shù)相關(guān)SNP，通過(guò)使用基因組上SNPs的物理臨近性，來(lái)鑒定與同樣的性狀相關(guān)的其他SNPs。而且，結(jié)果被用來(lái)計(jì)算牛中的不平衡距離。在該實(shí)施例中，“剪切力(shearforce)”被用于指嫩度(tenderness),“視覺(jué)零售收益(vis1nretailyield)”被用來(lái)指零售收益(retailyield)平均日增加量(averagedailygain)”被用來(lái)指日增加量(dailygain)。[0199]在過(guò)去的10年中，無(wú)數(shù)的方法已被開(kāi)發(fā)出來(lái)，用于鑒定與表型效應(yīng)、性狀或疾病有關(guān)的等位基因。連鎖不平衡(linkagedisequilibrium)和連鎖不平衡的測(cè)量,對(duì)于復(fù)雜性狀或疾病的研究具有特別的意義(見(jiàn)綜述L.R.CardonandJ.1.Bell,"Associat1nstudyDesignsforComplexDiseases",NatureReviews/Genetics2:91-99(2001)；N.A.RosenbergandM.Nordborg"GenealogicalTrees,CoalescentTheoryandtheanalysisofGeneticPolymorphisms",NatureReviews/Genetics3:380-390,2002)。當(dāng)臨近標(biāo)記的區(qū)組(blocks)或區(qū)域從共同的祖先被共遺傳時(shí)，就發(fā)生了LD(連鎖不平衡)。LD的程度在整個(gè)基因組內(nèi)變化相當(dāng)大，并且是時(shí)間、重組事件、突變率和群體結(jié)構(gòu)的函數(shù)。LD的范圍在從幾千個(gè)堿基對(duì)到若干厘摩(centimorgans)之間變化。這已經(jīng)被廣泛記載于人類研究中(K.W.BromanandJ.L.Weber."LonghomozygouschromosomalsegmentsintheCEPHfamilies".Am.J.Hum.Genet.65:1493-1500(1999)；A.GClark,Κ.M.Weiss,D.A.Nickerson,et.al."Haplotypestructureandpopulat1ngeneticinferencesfromnucleotide-sequencevariat1ninhumanlipoproteinlipase.Am.J.Hum.Genet.63:595-612(1999):D.Reich,M.Cargill,S.Bolk,etal.,"Linkagedisequilibriuminthehumangenome".Nature411:199-204(2001)；J.Stephens,J.A.Schneider,D.A.Tanguay,etal.,"Haplotypevariat1nandLinkagedisequilibriumin313humangenes".Science293:489-493(2001)；E.Dawson,GRAbecasis,S.Bumpstead,etal"Afirstgenerat1nLinkagedisequilibriummapofhumanchromosome22".Nature418(6897):544-548(2002)；SBGabriel,SFSchaffner,HNguyen,etal."ThestructureofHaplotypeblocksinthehumangenome"Science296:225-2229(2002))。類似的結(jié)果已經(jīng)在其他物種，包括牛中被觀察到(F.Famir,ff.Coppieters,J-J.Arranz,et.al.,"ExtensiveGenome-wideLinkageDisequibibriuminCattle"GenomeResearch10:220-227(2000))。這些研究和其他研究已經(jīng)顯示，與一個(gè)表型相關(guān)的一個(gè)SNP或多個(gè)SNPs能被用作基因(復(fù)數(shù)個(gè)基因)的預(yù)言標(biāo)志，這些基因在高LD的一個(gè)區(qū)域內(nèi)引起性狀表型上的差異，盡管它們可能是或可能不是準(zhǔn)確的因果基因(causativegene)。(作為進(jìn)一步的例子，也見(jiàn)A.M.Glazier,JHNadeauandTJAitman,"FindingGenesthatUnderlieComplexTraits"Science298:2345-2348(2002):M.Blumenfield等，美國(guó)專利6，531，279;A，Hovnanian等，美國(guó)專利公開(kāi)20030190637A1；M.Blumenfield等，美國(guó)專利6，528260；M.R.Hayden等，美國(guó)專利6，617，122；C.M.Drysdale等，美國(guó)專利6，586，183；M.Galvin等，美國(guó)專利6，586，175；L.Bougueleret等，美國(guó)專利6，582，909；S.VanDijk等，美國(guó)專利6，558，905.A.E.Anastas1等，美國(guó)專利6，521，741)。盡管已經(jīng)確立，標(biāo)記能被確定與特殊的性狀有關(guān)，并因此被用于診斷性狀，然而不平衡所能達(dá)到的距離在牛中還沒(méi)有用致密標(biāo)記圖譜(densemarkermap)被確定過(guò)。因此，使用公開(kāi)于實(shí)施例1中的高密度SNP圖譜,實(shí)施了測(cè)定牛中不平衡距離的實(shí)驗(yàn)。[0200]公開(kāi)于實(shí)施例1中的高密度SNP圖譜，被用于鑒定在物理上靠近實(shí)施例2中所公開(kāi)的少數(shù)相關(guān)SNPs的SNPs。SNPs的核苷酸發(fā)生，通過(guò)使用實(shí)施例2中所公開(kāi)的方法而被測(cè)定。確定SNP是否與一個(gè)性狀相關(guān)的測(cè)定，是按照實(shí)施例2中所公開(kāi)的那樣進(jìn)行。[0201]如上所述，該研究被進(jìn)行，以證實(shí)這樣的假設(shè)，即在牛基因組上物理緊密靠近的標(biāo)記將與同樣的性狀(復(fù)數(shù)個(gè)性狀)相關(guān)，這是因?yàn)榕c相關(guān)SNP標(biāo)記連鎖不平衡的標(biāo)記，也將與影響性狀的突變(復(fù)數(shù)個(gè)突變)連鎖不平衡。[0202]如表2所示出，SNP3(MMBT22302)明顯與平均日增加量(averagedailygain)(在表2中為“ADG”)性狀相關(guān)。使用實(shí)施例1的高密度SNP圖譜，若干SNP被鑒定，其位于牛基因組上離SNP3在不同的距離上(表2)。例如，SNP2距離SNP3有466，047個(gè)核苷酸。還有，SNP5被鑒定，其距離SNP3有408，732個(gè)核苷酸。SNP6被鑒定，其距離SNP3有1.0百萬(wàn)個(gè)核苷酸。最后，SNP4被鑒定，其距離SNP3有308，742個(gè)核苷酸。[0203]如表2所示，位于SNP3的500，000個(gè)核苷酸之內(nèi)的SNP也與平均日增加量相關(guān)，然而，位于距SNP3起500，000個(gè)核苷酸之外的那些SNP與平均日增加量不相關(guān)。例如，連鎖不平衡至SNP2達(dá)到466，047個(gè)堿基，但至SNPl不到1.5Mb;連鎖不平衡至SNP5達(dá)到408，732個(gè)堿基，但至SNP6不到1.0Mb。SNP4，其距SNP3有308，742個(gè)核苷酸，其通過(guò)DNA重疊群的測(cè)序而被發(fā)現(xiàn)，其在4個(gè)不同的牛品種中作圖于這個(gè)區(qū)域。它也與平均日增加量是不平衡關(guān)系。[0204]表2.關(guān)于從MMBT22302起有關(guān)SNP距離的不平衡分析【權(quán)利要求】1.一種用于由受試牛的核酸樣品來(lái)鑒定所述受試牛的性狀的方法，包括在所述核酸樣品中，鑒定至少三個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的發(fā)生，其中所述至少三個(gè)SNP與所述性狀相關(guān)，以及其中所述至少三個(gè)SNP在一個(gè)以上基因中出現(xiàn)。2.—種推斷性狀的方法，包括將來(lái)自受試牛的核酸樣品與體系雜交，其中所述雜交包括:底物；和與一系列至少三個(gè)SNP對(duì)應(yīng)的特異性結(jié)合對(duì)成員，其中所述至少三個(gè)SNP與所述受試牛中的性狀相關(guān)，以及其中所述至少三個(gè)SNP在一個(gè)以上基因中出現(xiàn)，其中所述核酸樣品與所述體系的選擇性雜交表示與性狀相關(guān)的SNP存在。3.在至少兩個(gè)受試牛中推斷至少一個(gè)性狀的方法，包括在來(lái)自每一受試牛的核酸樣品中鑒定至少三個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的發(fā)生，其中所述至少3個(gè)SNP與所述性狀相關(guān)，其中所述至少三個(gè)SNP在一個(gè)以上基因中出現(xiàn)，以及基于所述推斷的性狀分選所述至少兩個(gè)受試牛。4.鑒定受試牛的品種的方法，包括擴(kuò)增所述受試牛的核酸樣品，以及在所述擴(kuò)增的核酸樣品中鑒定一個(gè)以上基因中的至少兩個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其中所述SNP與品種相關(guān)，從而鑒定所述受試牛的所述品種。5.一種將牛性狀相關(guān)基因型與受試牛匹配的方法，包括在來(lái)自受試牛的核酸樣品中擴(kuò)增至少3個(gè)SNP區(qū)域，以形成至少3個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物，并在每一個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物中鑒定單核苷酸多態(tài)性(SNP)的出現(xiàn)，其中所述SNP在一個(gè)以上基因或非編碼染色體區(qū)域中，以及其中所述性狀相關(guān)基因型與性狀特征相關(guān)。6.一種將牛性狀與?；蛐拖嚓P(guān)聯(lián)的方法，包括將來(lái)自受試牛的核酸樣品與體系雜交，包括所述核酸樣品中含有至少三個(gè)SNP的區(qū)域的特異性結(jié)合對(duì)成員，其中所述至少三個(gè)SNP與所述受試牛中的性狀相關(guān)，和其中所述至少三個(gè)SNP出現(xiàn)在一個(gè)以上的基因或非編碼染色體區(qū)域中，以及其中所述核酸樣品與所述體系的選擇性雜交表示與性狀相關(guān)的SNP的存在。7.一種將牛性狀相關(guān)基因型與受試牛匹配的方法，包括在來(lái)自每一個(gè)受試牛的核酸樣品中鑒定至少3個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的發(fā)生，其中所述至少三個(gè)SNP與性狀相關(guān)，其中所述至少三個(gè)SNP在一個(gè)以上的基因中出現(xiàn)，并基于所述相關(guān)的性狀分選至少兩個(gè)受試牛?！疚臋n編號(hào)】C12Q1/68GK104131063SQ201310115448【公開(kāi)日】2014年11月5日申請(qǐng)日期:2003年12月31日優(yōu)先權(quán)日:2002年12月31日【發(fā)明者】S·K·丹尼絲,R·克爾,D·羅森菲爾德,T·霍爾姆,S·貝茨,D·方坦申請(qǐng)人:比浪海威公司,嘉吉公司