寡糖轉(zhuǎn)移酶催化的天冬酰胺連接的糖基化的組分的合理設(shè)計(jì)的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及用于鑒定或設(shè)計(jì)用于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的(a)潛在寡糖供體、(b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)、(c)潛在共有序列基序多肽和/或(d)潛在糖基化抑制劑的方法，其包括生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域和/或多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型和設(shè)計(jì)或選擇選自(a)至(d)的潛在組分(其優(yōu)化所述一種或多種三維模型和潛在組分的立體化學(xué)互補(bǔ)性)的步驟。
【專利說(shuō)明】寡糖轉(zhuǎn)移酶催化的天冬酰胺連接的糖基化的組分的合理設(shè)計(jì)
發(fā)明領(lǐng)域
[0001]本發(fā)明涉及用于鑒定或設(shè)計(jì)用于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的(a)潛在寡糖供體、(b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)、(C)潛在共有序列基序多肽和/或(d)潛在糖基化抑制劑的方法，其包括生成紅嘴鷗彎曲桿菌{Campylobacter lari)的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域和/或多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型和設(shè)計(jì)或選擇選自(a)至(d)的潛在組分(其優(yōu)化所述三維模型和潛在組分的立體化學(xué)互補(bǔ)性)的步驟。
[0002]發(fā)明相關(guān)背景
據(jù)估計(jì)，所有真核細(xì)胞蛋白的超過(guò)一半是糖蛋白，這意味著特定氨基酸側(cè)鏈被碳水化合物化學(xué)修飾。這些修飾豐度最高的形式是天冬酰胺連接(“N-連接”)的糖基化，這影響范圍從蛋白折疊、質(zhì)量控制、分選和分泌到生物體發(fā)育和宿主-病原體相互作用的多種細(xì)胞功能。面向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(ER)內(nèi)腔的天冬酰胺當(dāng)位于共有“序列肽段”Asn-X-Ser/Thr(其中X可以是除脯氨酸以外的任何氨基酸)中時(shí)特別被糖基化。該反應(yīng)發(fā)生在ER周圍的膜處，并且被嵌入在高等真核細(xì)胞的ER膜中的酶寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)異源寡聚蛋白復(fù)合體所催化(參見(jiàn)圖1b)。N-連接的糖基化的一個(gè)標(biāo)志是其對(duì)于多肽底物的廣泛特異性，這是短識(shí)別序列肽段的直接結(jié)果。該特征使OST區(qū)別于糖基轉(zhuǎn)移酶，所述糖基轉(zhuǎn)移酶修飾絲氨酸或蘇氨酸殘基(O-連接的糖基化)，并且表現(xiàn)出對(duì)其蛋白底物的較高特異性。
[0003]OST-催化的糖基化中的關(guān)鍵步驟是在受體天冬酰胺的酰胺氮和脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)供體的第一糖部分的Cl碳之間形成N-糖苷鍵(參見(jiàn)圖1a)。這導(dǎo)致寡糖整體轉(zhuǎn)移到受體天冬酰胺上。潛在反應(yīng)機(jī)制的詳細(xì)信息知之甚少。這不僅是由于缺乏在高分辨率下對(duì)OST的結(jié)構(gòu)深度理解所導(dǎo)致的，而且是由于LLO底物的復(fù)雜化學(xué)性質(zhì)、其在生物樣品中的低豐度和其在水中的不溶性導(dǎo)致的。相比之下，已經(jīng)公開(kāi)了各種可溶性O(shè)-糖基轉(zhuǎn)移酶的晶體結(jié)構(gòu)，并且詳細(xì)研究了它們的反應(yīng)機(jī)制。對(duì)于0ST，目前接受的模型表明，糖基化序列肽段當(dāng)位于未折疊的蛋白區(qū)段中時(shí)被識(shí)別，這可以發(fā)生在蛋白易位到ER的過(guò)程中或易位完成后發(fā)生。OST內(nèi)的核心催化活性組分是STT3亞基，而其他亞基被認(rèn)為通過(guò)促進(jìn)OST復(fù)合體裝配或通過(guò)與受體蛋白的子集或LLO底物相互作用，導(dǎo)致可進(jìn)入和修飾的糖基化位點(diǎn)的數(shù)目增加，從而協(xié)助和改善該過(guò)程 。
[0004]N-連接的糖基化不限于真核生物。同源過(guò)程在古菌和變形菌的確定分類群中被發(fā)現(xiàn)。然而，原核生物和真核生物動(dòng)粒含有單一亞基OST酶，其與高等真核生物的STT3亞基同源。研究最好的原核生物的N-糖基化過(guò)程由來(lái)自細(xì)菌空腸彎曲菌iPampylobacterjejuni)的蛋白糖基化基因座pgl所介導(dǎo)(Szymanski等人.(1999) MolecularMicrobiology 32，1022 - 1030)。該基因座包含與真核生物STT3共有明顯序列相似性的被稱為PgIB的內(nèi)在膜蛋白，表明共同的膜拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和反應(yīng)機(jī)理(參見(jiàn)圖lb)。該基因簇對(duì)于當(dāng)轉(zhuǎn)移到大腸桿菌細(xì)胞中時(shí)催化蛋白糖基化是足夠的。含有序列肽段的蛋白底物的OST-催化的原核生物蛋白糖基化是糖基化重組產(chǎn)生的蛋白的經(jīng)濟(jì)、有效和便捷的方式(Wacker等人(2002)，Science 298，1790-1793)?？梢栽诖竽c桿菌中用非空腸彎曲菌來(lái)源的不同O抗原脂多糖結(jié)構(gòu)工程改造N-連接的蛋白糖基化(Feldman等人(2005) PNAS102(8)，3016-3021)，因此允許將真核細(xì)胞N-聚糖原核轉(zhuǎn)移至重組蛋白底物。Glover等人(2005, Chemistry & Biology 12, 1311-1315)首次證明使用包含過(guò)表達(dá)的PgIB和焦磷酸i 異戍二烯酯結(jié)合的寡糖的大腸桿菌細(xì)胞膜的體外蛋白糖基化。在2006年,Kowarik等人.(2006，EMBO J.25(9)，1957-1966)進(jìn)一步定義了細(xì)菌N-糖基化位點(diǎn)共有序列肽段序列，其顯示細(xì)菌OST的底物特異性延伸到在受體天冬酰胺的-2位帶負(fù)電荷的氨基酸，導(dǎo)致共有序列肽段Asp/Glu-X1-Asn-X^Ser/Thr (其中X1和X2都不是脯氨酸；SEQ ID NO: 3)。通過(guò)使用肽底物文庫(kù)，Chen等人(2007，Biochemistry 46, 5579 -5585)驗(yàn)證了受體天冬酰胺的-2位負(fù)電荷的必要性，并且將序列DQNAT (SEQ ID N0:4)鑒定為空腸彎曲桿菌PgIB的最佳底物。[0005]根據(jù)上述，結(jié)論就是原核生物寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)對(duì)于蛋白底物具有廣泛特異性(因?yàn)榛谛⌒蛄须亩?，并且可以用來(lái)轉(zhuǎn)移真核、原核以及合成的N-聚糖?；旧?，基于原核OST的N-糖基化系統(tǒng)需要三個(gè)組分，(a)寡糖供體，優(yōu)選脂質(zhì)或焦磷酸十一異戊二烯酯連接的寡糖供體、(b)原核寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)、(c)潛在共有序列基序多肽底物，和最后但并非不重要的合適的生理微環(huán)境，例如體外或體內(nèi)的細(xì)胞膜。
[0006]作為本信息基礎(chǔ)的問(wèn)題是，人們無(wú)法超越對(duì)于已知OST組分提供的信息預(yù)測(cè)或設(shè)計(jì)對(duì)于非常有效的基于原核OST的N-糖基化系統(tǒng)必需的組分。此外，沒(méi)有任何關(guān)于潛在OST糖基化抑制劑必須具有何種結(jié)構(gòu)要求的線索。預(yù)計(jì)這種抑制劑將具有顯著的生物學(xué)效應(yīng)，并且可能具有巨大的醫(yī)療、診斷和科學(xué)價(jià)值。另一個(gè)問(wèn)題是，到目前為止，還不可能提供可以為科學(xué)界提供關(guān)于參與OST-介導(dǎo)的糖基化的組分的可能變化的深刻理解的OST的催化結(jié)構(gòu)域和多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型。
[0007]上述問(wèn)題已經(jīng)通過(guò)提供與受體六肽DQNATF (SEQ ID NO:5)復(fù)合的細(xì)菌OST(來(lái)自紅嘴鷗彎曲桿菌的PgIB蛋白(與空腸彎曲菌的PgIB共有56%序列同一性))的三維X射線結(jié)構(gòu)而得到解決。紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB當(dāng)與空腸彎曲桿菌/^7簇在大腸桿菌細(xì)胞中共表達(dá)時(shí)是活性的，正如含有共有序列肽段的受體蛋白的糖基化所證明的(參見(jiàn)圖2)。對(duì)于其結(jié)構(gòu)分析，紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB與含有在體內(nèi)分析中被糖基化的序列肽段的六肽DQNATF(SEQ ID NO:5)進(jìn)行共結(jié)晶，所述六肽DQNATF (SEQ ID NO:5)已經(jīng)被鑒定為紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB的最佳受體序列(參見(jiàn)上文Chen等人)。紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB (712個(gè)氨基酸殘基，SEQ ID NO:1)的結(jié)構(gòu)使用實(shí)驗(yàn)階段和分子替換的組合，利用先前確定的紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB的周質(zhì)結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)進(jìn)行確定。PgIB的共晶體是小的易碎的，并且各向異性地X射線衍射，最佳天然數(shù)據(jù)延伸到3.4 A分辨率。該結(jié)構(gòu)被定義為分別23.8和27.1 %的R/Rftee值(表2)。紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB的結(jié)構(gòu)的進(jìn)一步詳情提供在下面的實(shí)驗(yàn)部分。
[0008]這種新的三維結(jié)構(gòu)為序列肽段識(shí)別提供分子基礎(chǔ)的深刻理解，并且揭示了蛋白的跨膜結(jié)構(gòu)域和保守的特征、酸性側(cè)鏈殘基和結(jié)合的二價(jià)陽(yáng)離子形成的催化位點(diǎn)。這些結(jié)果首次表明酰胺氮活化和糖基化的機(jī)制，并且提供了用于鑒定和設(shè)計(jì)新的寡糖供體、新的寡糖轉(zhuǎn)移酶變體(OST)、新的共有序列基序多肽以及OST糖基化抑制劑(所有這些可用于重組糖蛋白生產(chǎn)、診斷、醫(yī)學(xué)和作為科學(xué)工具)的合理方法。
[0009]鑒于上述情況，本發(fā)明的第一個(gè)方面涉及用于鑒定寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的潛在組分的方法，所述潛在組分選自
(a)潛在寡糖供體，優(yōu)選脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯(undecaprenyl pyrophosphate)結(jié)合的寡糖供體，
(b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)，
(c)潛在共有序列基序多肽，和
(d)潛在糖基化抑制劑，
所述方法包括步驟 (i)使用表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5A、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd))用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域的三維模型，所述催化結(jié)構(gòu)域包含氨基酸D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和H485中的至少一個(gè)、兩個(gè)、三個(gè)、四個(gè)、五個(gè)、六個(gè)、七個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸,和/或,優(yōu)選并且
(?)使用表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5A、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd))用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸1318、1?331、1463、1464、0465、和1572中的至少一個(gè)、兩個(gè)、三個(gè)、四個(gè)、五個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，
(iii)優(yōu)選在(i)和/或(ii)的三維模型的氨基酸的坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋
轉(zhuǎn)，
(iv)使用所述(i)、(ii)和/或(iii)的三維模型用于設(shè)計(jì)或選擇潛在組分(a)至(d)中的至少一種，
(v)提供所述潛在組分(a)至(d)中的至少一種，和
(vi)將所述潛在組分(a)至⑷中的至少一種與對(duì)于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化必需的進(jìn)一步功能組分接觸，
(vii)鑒定選自以下的功能組分
(A)功能性寡糖供體，優(yōu)選功能性脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)供體或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體，
(B)功能性寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)，
(C)功能性共有序列基序多肽，和
(D)功能性糖基化抑制劑。
[0010]在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，在步驟(ii)中，紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型包含氨基酸13183331、1463、胃464、0465和1572中的至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
[0011]用于本發(fā)明方法中的表1的原子坐標(biāo)顯示在圖7中。紅嘴鷗彎曲桿菌的OST的X-射線坐標(biāo)，特別是與優(yōu)化多肽底物DQNAT (SEQ ID NO:4)復(fù)合的催化位點(diǎn)和/或多肽結(jié)合位點(diǎn)的X-射線坐標(biāo)，為技術(shù)人員提供了對(duì)于鑒定對(duì)于OST催化和催化抑制的潛在組分必需的三維信息。參與催化作用和多肽結(jié)合的氨基酸的個(gè)別原子的空間限制組合化學(xué)功能性質(zhì)，例如，電子密度、范德華力位置、離子相互作用、疏水性相互作用等為技術(shù)人員在以下的結(jié)構(gòu)和空間先決條件的計(jì)算機(jī)輔助分子建模中提供了信息:(a)潛在寡糖供體，優(yōu)選脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體；(b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)，(c)潛在共有序列基序多肽，和/或(d)潛在糖基化抑制劑。[0012]如前所述，細(xì)菌OST對(duì)于寡糖供體分子具有廣泛特異性。使用本發(fā)明的坐標(biāo)信息和方法，可以合理設(shè)計(jì)有用的寡糖供體的所有組成成分并且延伸，而不必回復(fù)到試驗(yàn)和錯(cuò)誤的合成策略。此外，在不使催化位點(diǎn)和多肽結(jié)合口袋變得沒(méi)有功能的情況下，OST本身可以合理變化。該OST變化是有用的，例如用于修飾OSTs的催化潛力、多肽的底物特異性和/或寡糖供體特異性。此外，多肽寡糖受體的共有基序可以合理變化并且進(jìn)行設(shè)計(jì)，從而導(dǎo)致擴(kuò)大OST實(shí)用性，諸如例如真核生物位點(diǎn)的糖基化。最后但并非最不重要的，本發(fā)明的三維X射線模型為設(shè)計(jì)潛在糖基化抑制劑提供了優(yōu)異基礎(chǔ)，可以預(yù)期所述潛在糖基化抑制劑通過(guò)中斷、修飾或減慢OST活性而具有生理活性。這些抑制劑具有提供科學(xué)、診斷和治療工具的很大潛力。 [0013]術(shù)語(yǔ)“均方根偏差”或“ rms偏差”或“ rmsd”是指距離平均值的偏離的平方的算術(shù)平均值的平方根。在原子對(duì)象的背景下，數(shù)值可以以埃(A)給出。它是表達(dá)距離趨勢(shì)或?qū)ο蟮钠罨蜃兓囊环N方式。
[0014]本發(fā)明方法包括以下步驟:使用表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選土2、更優(yōu)選土1.5、最優(yōu)選土1.0 A均方根偏差(rmsd))用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域的三維模型，所述催化結(jié)構(gòu)域包含氨基酸D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和H485中的至少一個(gè)、兩個(gè)或三個(gè)、優(yōu)選至少四個(gè)、更優(yōu)選至少五個(gè)或六個(gè)、最優(yōu)選七個(gè)或所有氨基酸，和/或，優(yōu)選并且
使用表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5A、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd))用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸M318、R331 (或A331)、W463、W464、D465、和1572中的至少一個(gè)或兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
[0015]在多肽結(jié)合位點(diǎn)，W463、W464和D465與結(jié)合的受體序列肽段中T的β -羥基形成強(qiáng)氫鍵。這些殘基強(qiáng)烈貢獻(xiàn)受體序列肽段結(jié)合，并且是為何S或T位于受體天冬酰胺(N-X-S/T)的+2位的原因。R331形成與受體多肽的帶負(fù)電荷D的鹽橋，并且因此貢獻(xiàn)受體序列肽段結(jié)合。R331負(fù)責(zé)受體天冬酰胺的-2位的帶負(fù)電荷的氨基酸的要求，并且負(fù)責(zé)延伸共有序列肽段用于細(xì)菌N-連接的蛋白糖基化(D/E-XfN-XfS/T; SEQ ID N0:3)(圖4a)。R331只有在細(xì)菌OST中保守，并且可以充當(dāng)用于將PgIB的底物特異性改變朝向識(shí)別真核細(xì)胞糖基化位點(diǎn)的目標(biāo)。事實(shí)上，當(dāng)R331被突變?yōu)锳時(shí)，獲得的受體蛋白中的糖基化位點(diǎn)AQNAT (SEQ ID NO:8)，例如初始含有序列肽段DQNAT (SEQ ID NO:4)的修飾的scFv片段3D5可以被糖基化，而該位點(diǎn)不充當(dāng)野生型酶的底物(圖4b)。
[0016]在催化位點(diǎn)，D56、D154和E319似乎負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)對(duì)于催化關(guān)鍵的結(jié)合的二價(jià)金屬離子。更重要地，D56和E319與結(jié)合的受體序列肽段的天冬酰胺側(cè)鏈的酰胺基形成氫鍵。該相互作用引起酰胺基中C-N鍵的旋轉(zhuǎn)，這對(duì)于氮的親核活化是重要的。D156和R147穩(wěn)定氫鍵鍵合網(wǎng)絡(luò)，并且R375復(fù)合結(jié)合的脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)的磷酸酯之一的負(fù)電荷。
[0017]例如，在多肽結(jié)合位點(diǎn)中，W463、W464和D456可以被兩個(gè)H和一個(gè)E替代(WffD —HHE) 0為了保持受體天冬酰胺的-2位中負(fù)電荷的要求，R331可以被K替代。為了在該位置產(chǎn)生正電荷的要求，R331可以被D或E替代。為了克服受體天冬酰胺的-2位中負(fù)電荷的要求，R331可以被A替代(圖4)。在催化位點(diǎn)，D154和D156可以各自被E替代。分別地，E319可以被D替代，并且D56可以被E替代(見(jiàn)下文)。為了修飾PgIB活性，例如，D56、D154和E319可以被丙氨酸或相應(yīng)的氨基官能團(tuán)(N或Q)替代。H485可以被W替代，因?yàn)閃在真核生物OST的該位置處出現(xiàn)。
[0018]如圖7表1中列出的來(lái)自紅嘴鷗彎曲桿菌的PgIB的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)對(duì)于技術(shù)人員而言可以從Pdb數(shù)據(jù)庫(kù)下載獲得。(結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作實(shí)驗(yàn)室(RCSB)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB))。在計(jì)算機(jī)和可自由獲得的結(jié)構(gòu)程序諸如PyMOL或商業(yè)上可獲得的結(jié)構(gòu)程序的幫助下，技術(shù)人員可以很容易地生成可用于要求保護(hù)的方法的三維模型。
[0019]本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，蛋白、蛋白/底物或蛋白/抑制劑復(fù)合物或其部分的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)集合是定義三維形狀的點(diǎn)的相對(duì)集合。因此，可能完全不同的坐標(biāo)集可以定義相似或相同的形狀。出于這個(gè)原因，優(yōu)選在從表1的原子坐標(biāo)獲得的三維模型(i)和/或(ii)的氨基酸的坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋轉(zhuǎn)。這些坐標(biāo)變化可以通過(guò)數(shù)學(xué)運(yùn)算結(jié)構(gòu)坐標(biāo)，例如，通過(guò)晶體排列結(jié)構(gòu)坐標(biāo)而運(yùn)算，部分或矩陣運(yùn)算為結(jié)構(gòu)坐標(biāo)集或任何以上的組合而生成。
[0020]接下來(lái)，上述生成的三維模型用于設(shè)計(jì)或選擇OST糖基化的潛在組分中的至少一種或潛在抑制劑。各種計(jì)算機(jī)分析對(duì)于確定分子諸如特定寡糖供體、修飾的0ST、寡糖受體共有序列基序多肽或糖基化抑制劑是否充分設(shè)計(jì)以合理地預(yù)測(cè)它在OST-催化的反應(yīng)中的功能性是必要的。將不得不進(jìn)行空間、功能和化學(xué)考慮諸如性質(zhì)、原子位置、合理的旋轉(zhuǎn)自由度、電子密度、空間位阻、范德華力、離子和疏水相互作用等。這種分析可以通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)軟件應(yīng)用諸如 CCP4 方便地實(shí)施(COLLABORATIVE COMPUTATIONAL PROJECT, NUMBER 4.1994.The CCP4 Suite: Programs for Protein Crystallography'J.Acta Cryst.D50，760-763.) o
[0021]現(xiàn)有計(jì)算機(jī) 分子相似性應(yīng)用允許不同結(jié)構(gòu)、相同結(jié)構(gòu)的不同構(gòu)象和相同結(jié)構(gòu)的不同部分之間的比較。比較程序通常分為四個(gè)步驟:(I)加載結(jié)構(gòu)信息，⑵定義這些結(jié)構(gòu)上的原子等效物，(3)執(zhí)行擬合(疊加)操作和(4)分析結(jié)果。各結(jié)構(gòu)通過(guò)名稱標(biāo)識(shí)。然后一個(gè)結(jié)構(gòu)標(biāo)識(shí)為潛在OST組分或OST抑制劑(即目標(biāo)或固定結(jié)構(gòu))，所有剩余的結(jié)構(gòu)是工作結(jié)構(gòu)(即移動(dòng)結(jié)構(gòu))。當(dāng)使用剛性擬合方法時(shí)，將工作結(jié)構(gòu)平移和旋轉(zhuǎn)以獲得與目標(biāo)結(jié)構(gòu)的最佳擬合(空間和功能互補(bǔ)性)，例如，OST抑制劑是固定結(jié)構(gòu)并且將OST氨基酸平移和旋轉(zhuǎn)以獲得最佳擬合。擬合操作使用一種計(jì)算出最佳平移和旋轉(zhuǎn)以應(yīng)用到移動(dòng)結(jié)構(gòu)的算法，從而使得對(duì)等效原子的指定對(duì)的擬合的rmsd是絕對(duì)最小值。將兩種結(jié)構(gòu)疊加后，可以計(jì)算出對(duì)于等效原子的特定集合的rmsd值。
[0022]如上所述根據(jù)本發(fā)明方法選擇或設(shè)計(jì)的OST反應(yīng)的潛在功能組分或抑制劑將為技術(shù)人員當(dāng)驗(yàn)證其在常規(guī)OST活性測(cè)定中的功能性時(shí)提供合理的成功預(yù)期。出于所述目的，潛在組分必須通過(guò)購(gòu)買、修改購(gòu)買的材料、化學(xué)和/或重組合成等來(lái)提供。然后該潛在組分將必須與對(duì)于OST-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化必需的進(jìn)一步功能組分接觸，當(dāng)然在允許OST活性的條件下。優(yōu)選OST活性測(cè)定描述于(I) 2005 Chemistry &Biology 12， 1311-1315， (2) 2006 Science 314， 1148-1150， (3) 2007 Biochemistry46， 5579-5585， (4) 2007 Glycobiology 11， 1175-1182 和(5) 2011 Glycobiology 5，575-583。潛在組分或抑制劑是否具有OST活性優(yōu)選通過(guò)與陽(yáng)性或陰性標(biāo)準(zhǔn)品比較來(lái)驗(yàn)證。例如，OST測(cè)定的功能性使用已知寡糖受體多肽例如六肽DQNATF (SEQ ID N0:5)來(lái)建立，然后用潛在功能性共有序列基序多肽取代六肽，并且確定取代多肽的糖基化。該簡(jiǎn)單OST測(cè)定系統(tǒng)可調(diào)整用于鑒定任何功能性O(shè)ST組分，優(yōu)選選自以下的OST組分:(A)功能性寡糖供體，優(yōu)選功能性脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)或焦磷酸^^一異戍二烯酯連接的寡糖供體，(B)功能性寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)，(C)功能性共有序列多肽，和(D)功能性糖基化抑制劑。
[0023]在第二個(gè)方面，本發(fā)明涉及用于設(shè)計(jì)寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的潛在組分的方法，所述潛在組分選自(a)潛在寡糖供體，優(yōu)選脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸^^一異戍二烯酯(undecaprenyl pyrophosphate)結(jié)合的寡糖供體，(b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)，(c)潛在共有序列基序多肽，和(d)潛在糖基化抑制劑，其包括步驟
(i)使用表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選土2、更優(yōu)選±1.5、最優(yōu)選±1.0A均方根偏差(rmsd))用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域的三維模型，所述催化結(jié)構(gòu)域包含氨基酸D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和H485中的至少一個(gè)、兩個(gè)或三個(gè)、優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、更優(yōu)選至少六個(gè)或七個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，和/或，優(yōu)選并且
(ii)使用表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選土2、更優(yōu)選±1.5、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd))用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸M318、R331、W463、W464、D465、和1572中的至少一個(gè)或兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，
(iii)優(yōu)選在(i)和/或(ii)的三維模型的氨基酸的坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋
轉(zhuǎn)， (ii1.D使用所述和/或(iii)的三維模型用于評(píng)價(jià)所述三維模型和/或(iii)和選自寡糖供體、優(yōu)選脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)供體或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體、共有序列基序多肽和潛在糖基化抑制劑的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的已知或潛在組分之間的立體化學(xué)互補(bǔ)性，或者
(ii1.2)改變所述(i)、(ii)和/或(iii)的三維模型中的至少一個(gè)氨基酸并且使用所述改變的(i)、(?)和/或(iii)的三維模型用于評(píng)價(jià)所述三維模型(i)、(?)和/或
(iii)和選自寡糖(LLO)供體、優(yōu)選脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)供體或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體、共有序列基序多肽和潛在糖基化抑制劑的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的已知或潛在組分之間的立體化學(xué)互補(bǔ)性，
(iv)以迭代方法通過(guò)觀察(ii1.1)、(ii1.2)的三維模型或寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的組分的變化優(yōu)化所述立體化學(xué)互補(bǔ)性，
(v)設(shè)計(jì)選自(a)至(d)的潛在組分，其優(yōu)化所述三維模型和潛在組分的所述立體化學(xué)互補(bǔ)性，
(v1.1)任選地提供優(yōu)化的潛在組分，和
(v1.2)將所述潛在組分(a)至(d)中的至少一種與對(duì)于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化必需的進(jìn)一步功能組分接觸，
(v1.3)鑒定選自以下的功能組分
(A)功能性寡糖供體，優(yōu)選功能性脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體，(B)功能性寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)，(C)功能性共有序列基序多肽，和(D)功能性糖基化抑制劑。[0024]在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，在步驟(ii)中，紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型包含氨基酸13183331、1463、胃464、0465和1572中的至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
[0025]該方法與第一個(gè)方面的方法基本上非常類似，除了在剛剛上面的方法中，潛在OST組分通過(guò)以下來(lái)設(shè)計(jì):當(dāng)改變至少一種所述三維模型中的至少一個(gè)氨基酸時(shí)，在有或沒(méi)有全身平移和旋轉(zhuǎn)的情況下以迭代方法通過(guò)觀察三維模型或寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的組分的變化來(lái)優(yōu)化其與所述三維模型的立體化學(xué)互補(bǔ)性。
[0026]一旦基于其與所述三維模型的優(yōu)化的立體化學(xué)互補(bǔ)性選擇設(shè)計(jì)的潛在OST組分，其可以任選在OST測(cè)定中進(jìn)行驗(yàn)證，優(yōu)選通過(guò)提供優(yōu)化的潛在成分(通過(guò)化學(xué)和/或重組合成、購(gòu)買、修飾已知化合物等)，將所述優(yōu)化的潛在組分與對(duì)于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化必需的進(jìn)一步功能組分接觸。在最后的任選步驟中，OST反應(yīng)的功能性組分或其抑制劑通過(guò)其對(duì)OST反應(yīng)的影響來(lái)鑒定。通常，陽(yáng)性和陰性參考組分用來(lái)驗(yàn)證OST測(cè)定活性。
[0027]在本發(fā)明用于鑒定或設(shè)計(jì)潛在OST組分的方法的優(yōu)選的實(shí)施方案中，步驟(i)的特定三維催化位點(diǎn)模型進(jìn)一步包含以下氨基酸的一個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選至少5個(gè)，更優(yōu)選至少10個(gè)，最優(yōu)選所有，所述氨基酸選自與SEQ ID NO:2的結(jié)合肽的范德華距離之內(nèi)的殘基，優(yōu)選選自與所述肽的距離在5 A之內(nèi)的氨基酸，更優(yōu)選選自T53、T54、N55、D56、N146、R147、Y152、E315、T316、I317、M318、E319、V320、N321、R331、L374、R375、Y433、S435、V438、W463、W464、D465、G482、H485、1572、V575。
[0028]在進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及機(jī)器可讀介質(zhì)，其包含，例如，存儲(chǔ)
α)表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5A、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd))，優(yōu)選包含氨基酸 D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和 H485 中的至少一個(gè)、兩個(gè)或三個(gè)、優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、更優(yōu)選至少六個(gè)或七個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，和/或，優(yōu)選和
(?)表1的原子坐標(biāo)(距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選土1.5A、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd))，其用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸M318、R331 (或A331)、W463、W464、D465、和1572中的至少一個(gè)或兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
[0029](iii)優(yōu)選地通過(guò)在⑴或(ii)的原子坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋轉(zhuǎn)而修改的(i)或(ii)的原子坐標(biāo)。
[0030]上述介質(zhì)尤其可用于各種目的，諸如來(lái)自其他細(xì)菌的OSTs的計(jì)算機(jī)輔助的藥物設(shè)計(jì)、藥物發(fā)現(xiàn)和X射線晶體分析。
[0031]接下來(lái)，參照特定實(shí)施方案和實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明，它們不應(yīng)被理解為限制由所附權(quán)利要求提出的本發(fā)明的范圍。
[0032]SEQ ID NO:1列出紅嘴鷗彎曲桿菌PgIB的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的712個(gè)氨基酸。
【權(quán)利要求】
1.用于鑒定寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的潛在組分的方法，所述潛在組分選自 (a)潛在寡糖供體，優(yōu)選脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體， (b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)， (c)潛在共有序列基序多肽，和 (d)潛在糖基化抑制劑， 所述方法包括步驟 (i)使用表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選土2A、更優(yōu)選±1.5 A、最優(yōu)選土1.0 A均方根偏差(rmsd)，用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域的三維模型，所述催化結(jié)構(gòu)域包含氨基酸D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和H485中的至少三個(gè)、優(yōu)選至少四個(gè)、更優(yōu)選至少六個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，和/或，優(yōu)選并且 (ii)使用表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選土2A、更優(yōu)選±1.5 A、最優(yōu)選土1.0 A均方根偏差(rmsd)，用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸1318、1?331、1463、1464、0465、和1572中的至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸， (iii)優(yōu)選在(i)和/或(ii)的三維模型的氨基酸的坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋轉(zhuǎn)， (iv)使用所述和/或(iii)的三維模型用于設(shè)計(jì)或選擇潛在組分(a)至(d)中的至少一種， (v)提供所述潛在組分(a)至(d)中的至少一種，并且 (vi)將所述潛在組分(a)至⑷中的至少一種與對(duì)于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化必需的進(jìn)一步功能組分接觸， (vii)鑒定選自以下的功能組分 (A)功能性寡糖供體，優(yōu)選功能性脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體， (B)功能性寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)， (C)功能性共有序列基序多肽，和 (D)功能性糖基化抑制劑。
2.權(quán)利要求1的方法，其中在步驟(ii)中，紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型包含氨基酸13184331、1463、胃464、0465和1572中的至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
3.用于設(shè)計(jì)寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的潛在組分的方法，所述潛在組分選自 (a)潛在寡糖供體，優(yōu)選脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體， (b)潛在寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)， (c)潛在共有序列基序多肽，和 (d)潛在糖基化抑制劑，所述方法包括步驟 (i)使用表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選土2 A、更優(yōu)選±1.5 A、最優(yōu)選土1.0 A均方根偏差(rmsd)，用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的催化結(jié)構(gòu)域的三維模型，所述催化結(jié)構(gòu)域包含氨基酸D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和H485中的至少三個(gè)、優(yōu)選至少四個(gè)、更優(yōu)選至少六個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，和/或，優(yōu)選并且 (?)使用表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選±2Α、更優(yōu)選±1.5Α、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd)，用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸1318、1?331、1463、1464、0465、和1572中的至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸， (iii)優(yōu)選在(i)和/或(ii)的三維模型的氨基酸的坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋轉(zhuǎn)， (ii1.D使用所述和/或(iii)的三維模型用于評(píng)價(jià)所述三維模型和/或(iii)和選自寡糖供體、優(yōu)選脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體、共有序列基 序多肽和潛在糖基化抑制劑的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的已知或潛在組分之間的立體化學(xué)互補(bǔ)性，或者 (ii1.2)改變所述(i)、(ii)和/或(iii)的三維模型中的至少一個(gè)氨基酸并且使用所述改變的(i)、(?)和/或(iii)的三維模型用于評(píng)價(jià)所述三維模型(i)、(?)和/或(iii)和選自寡糖(LLO)供體、優(yōu)選脂質(zhì)連接的寡糖(LLO)供體或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體、共有序列基序多肽和潛在糖基化抑制劑的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的已知或潛在組分之間的立體化學(xué)互補(bǔ)性， (iv)以迭代方法通過(guò)觀察(ii1.1)、(ii1.2)的三維模型或寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化的組分的變化優(yōu)化所述立體化學(xué)互補(bǔ)性， (v)設(shè)計(jì)選自(a)至⑷的潛在組分，其優(yōu)化所述一種或多種三維模型和潛在組分的所述立體化學(xué)互補(bǔ)性， (v1.1)任選地提供優(yōu)化的潛在組分，和 (v1.2)將所述潛在組分(a)至(d)中的至少一種與對(duì)于寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)-催化的天冬酰胺-連接(“N-連接”)的糖基化必需的進(jìn)一步功能組分接觸， (v1.3)鑒定選自以下的功能組分 (A)功能性寡糖供體，優(yōu)選功能性脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體， (B)功能性寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)， (C)功能性共有序列基序多肽，和 (D)功能性糖基化抑制劑。
4.權(quán)利要求3的方法，其中在步驟(ii)中，紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型包含氨基酸13184331、1463、胃464、0465和1572中的至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
5.根據(jù)權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)的方法，其中步驟(i)的特定三維催化位點(diǎn)模型進(jìn)一步包含以下氨基酸的一個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選所有，所述氨基酸選自位于與SEQ ID N0:2的結(jié)合肽的范德華距離之內(nèi)的殘基，優(yōu)選選自 Thr53、Thr54、Asn55、Asp56、Asnl46、Argl47、Tyrl52、Glu315、Thr316、Ile317、Met318、Glu319、Val320、Asn321、Arg331、Leu374、Arg375、Tyr433、Ser435、Val438、Trp463、Trp464、Asp465、Gly482、His485、Ile572、Val575。
6.根據(jù)權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)的方法，其中步驟(i)的特定三維催化位點(diǎn)模型進(jìn)一步包含以下氨基酸的一個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選所有，所述氨基酸選自位于與SEQ ID N0:2的結(jié)合肽的范德華距離之內(nèi)的殘基，優(yōu)選選自 Thr53、Thr54、Asn55、Asp56、Asnl46、Argl47、Tyrl52、Glu315、Thr316、Ile317、Met318、Glu319、Val320、Asn321、Ala331、Leu374、Arg375、Tyr433、Ser435、Val438、Trp463、Trp464、Asp465、Gly482、His485、Ile572、Val575。
7.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述潛在組分是寡糖供體(a)，優(yōu)選脂質(zhì)-連接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一異戊二烯酯結(jié)合的寡糖供體。
8.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述潛在組分是寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)(b)。
9.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述潛在組分是功能性共有序列基序多肽(C)。
10.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述潛在組分是糖基化抑制劑(d)。
11.機(jī)器可讀介質(zhì)，其包含 (i)表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5 A、最優(yōu)選土1.0 A 均方根偏差(rmsd)，優(yōu)選包含氨基酸 D56、R147、D154、D156、E319、R357、Y468、和H485中的至少一個(gè)、兩個(gè)或三個(gè)、優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、更優(yōu)選至少六個(gè)或七個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸，和/或，優(yōu)選和 (ii)表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5 A、最優(yōu)選±1.0 A均方根偏差(rmsd)，其用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)`包含氨基酸1318、1?331、1463、1464、0465、和1572中的至少一個(gè)或兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸， (iii)優(yōu)選地，通過(guò)在(i)或(ii)的原子坐標(biāo)上進(jìn)行全身平移和/或旋轉(zhuǎn)而修改的(i)或(ii)的原子坐標(biāo)。
12.根據(jù)權(quán)利要求11的機(jī)器可讀介質(zhì)，其包含 (ii)表1的原子坐標(biāo)，所述原子坐標(biāo)距離骨架原子優(yōu)選±2A、更優(yōu)選±1.5A、最優(yōu)選土1.0A均方根偏差(rmsd)，其用于生成紅嘴鷗彎曲桿菌的寡糖轉(zhuǎn)移酶(OST)的多肽結(jié)合位點(diǎn)的三維模型，所述多肽結(jié)合位點(diǎn)包含氨基酸M318、A331、W463、W464、D465、和1572中的至少一個(gè)或兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)或五個(gè)、最優(yōu)選所有氨基酸。
【文檔編號(hào)】C12Q1/48GK103620053SQ201280021372
【公開(kāi)日】2014年3月5日 申請(qǐng)日期:2012年5月3日 優(yōu)先權(quán)日:2011年5月4日
【發(fā)明者】M.阿伊比, K.洛徹爾, C.里扎克 申請(qǐng)人:瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院