胃腸胰神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤(gep-nen)的預(yù)測(cè)的制作方法
【專利摘要】本申請(qǐng)描述涉及胃腸胰神經(jīng)內(nèi)分泌瘤(GEP-NEN)的生物標(biāo)志物及其檢測(cè)所用試劑、系統(tǒng)和試劑盒，以及相關(guān)GEP-NEN診斷、預(yù)后和預(yù)測(cè)方法及其應(yīng)用，例如檢測(cè)、預(yù)測(cè)、分期、譜分析、分類和監(jiān)測(cè)治療功效和其它轉(zhuǎn)歸的實(shí)施方式。
【專利說(shuō)明】胃腸胰神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤(GEP-NEN)的預(yù)測(cè)
[0001]相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0002]本申請(qǐng)要求2011年3月I日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)61/448，137號(hào)的權(quán)益，其公開(kāi)內(nèi)容通過(guò)引用全文納入本文用于所有目的。
[0003]對(duì)通過(guò)EFS-Web提奪的序列表的引用
[0004]以下通過(guò)如在MPEP § 1730I1.B.2 (a) (C)中批準(zhǔn)說(shuō)明的USPTO (美國(guó)專利商標(biāo)局)EFS-WEB服務(wù)器電子提交的序列表全部?jī)?nèi)容，通過(guò)弓丨用全文納入本文用于所有目的。電子提交文本文件中的序列表鑒定如下:
[0005]
【權(quán)利要求】
1.一種用于胃腸胰神經(jīng)內(nèi)分泌瘤(GEP-NEN)診斷或預(yù)后的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括:與GEP-NEN生物標(biāo)志物組特異性雜交或結(jié)合的分離的多核苷酸或分離的多肽的群，其中，所述組包含多種GEP-NEN生物標(biāo)志物，包括選自下組的基因產(chǎn)物:AKAP8L、ATP6V1H、BNIP3L、C21orf7、C0MMD9、ENPP4、FAM13A、FLJ10357、GLT8D1、HDAC9、HSF2、LEOl、M0RF4L2、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKD1、PLD3、PQBP1、RNF4 URSFU RTN2、SMARCD3、SPATA7、SST1、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TRMT112、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC、ZZZ3、APLP2、CD59、ARAF1、BRAFU KRAS和RAFl基因產(chǎn)物。
2.如權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包括選自下組的基因產(chǎn)物:AKAP8L、ATP6V1H、BNIP3L、C21orf7、C0MMD9、ENPP4、FAM13A、FLJ10357、GLT8D1、HDAC9、HSF2、LEO 1、M0RF4L2、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKD1、PLD3、PQBP1、RNF41、RSFl、RTN2、SMARCD3、SPATA7、SSTl、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TRMTl 12、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC和ZZZ3基因產(chǎn)物。
3.如權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包括以下生物標(biāo)志物中的至少三種:APLP2、ARAFU BRAF, CD59、CTGF, FZD7、Ki67、KRAS、NAPlLU PNMA2, RAFU TPHU VMATl 和 VMAT2 基因產(chǎn)物。
4.如權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包含至少3種、至少11種、至少13種、至少20種、至少21種、至少29種、至少37種、至少51種或至少75種生物標(biāo)志物。
5.如權(quán)利要求4所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包含至少51種生物標(biāo)志物。
6.如權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包括:AKAP8L、ATP6V1H、BNIP3L、C21orf7、C0MMD9、ENPP4、FAM13A、FLJ10357、GLT8D1、HDAC9、HSF2、LE01、M0RF4L2、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKD1、PLD3、PQBP1、RNF41、RSF1、RTN2、SMARCD3、SPATA7、SST`l、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TRMTl 12、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC和ZZZ3基因產(chǎn)物。
7.如權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包括:APLP2、ARAF1、BRAF、CD59、CTGF、FZD7、Ki67、KRAS、NAPIL1、PNMA2、RAF1、TPHl、VMATI 和VMAT2基因產(chǎn)物。
8.如權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包括:AKAP8L、APLP2、ARAFl、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF, C21orf7、CD59、C0MMD9、CTGF, ENPP4、FAM13A、FU10357、FZD7、GLT8D1、HDAC9、HSF2、Ki67、KRAS、LE01、M0RF4L2、NAPlLl、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKDl、PLD3、PNMA2、PQBPl、RAFl、RNF4URSFU RTN2、SMARCD3、SPATA7、SSTl、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TPHl、TRMTl 12、VMATl、VMAT2、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC和ZZZ3基因產(chǎn)物。
9.如權(quán)利要求1-8中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包括:APLP2基因產(chǎn)物、CD59基因產(chǎn)物、ARAFl基因產(chǎn)物、BRAFl基因產(chǎn)物、KRAS基因產(chǎn)物或RAFl基因產(chǎn)物。
10.如權(quán)利要求1-9中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于: 所述 GEP-NEN 生物標(biāo)志物組包括:APLP2、ARAFU BRAF, CD59、CTGF, FZD7、Ki67、KRAS、NAPlLl、PNMA2、RAFl、TPHl 和 VMAT2 基因產(chǎn)物；或所述 GEP-NEN 生物標(biāo)志物組包括:APLP2、ARAFU BRAFU CD59、KRAS、RAFU CXCL14、 GRIA2、H0XC6、NKX2-3、0R51E1、PNMA2、PTPRN2、SCG5、SPOCKl、X2BTB48、CgA、CTGF, FZD7、 K1-67、Kissl、MAGE-D2、MTAl、NAPlLl、NRP2、Tphl、VMATl、VMAT2 和生存素基因產(chǎn)物。
11.如權(quán)利要求ι-?ο中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于:所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組還包括選自下組的基因產(chǎn)物:MAGE-D2、MTA1、生存素、 KissUH0XC6、NRP2、X2BTB48、CXCL14、GRIA2、NKX2-3、0R5IE1、CTGF、PTPRN2、SPOCKI和 SCG5基因產(chǎn)物。
12.—種用于GEP-NEN診斷或預(yù)后的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括:與GEP-NEN生物標(biāo)志物組特異性雜交或結(jié)合的分離的多核苷酸或分離的多肽的群，所述組包含至少21種GEP-NEN生物標(biāo)志物,其中,所述系統(tǒng)能夠分類或檢測(cè)人血樣品中的GEP-NEN。
13.如權(quán)利要求12所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述組包含至少51種GEP-NEN生物標(biāo)志物。
14.如權(quán)利要求1-13中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)能夠以至少80%的特異度和敏感度鑒定人血樣品中的GEP-NEN。
15.如權(quán)利要求1-14中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)能區(qū)分患有GEP-NEN 的對(duì)象和患有另一種胃腸(GI)癌的對(duì)象，或者能夠區(qū)分患有小腸NEN的對(duì)象和患有胰腺 NEN的對(duì)象。
16.如權(quán)利要求1-15中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)能以至少90%的準(zhǔn)確度預(yù)測(cè)對(duì)手術(shù)介入或抑生長(zhǎng)素類似物治療的治療反應(yīng)，或測(cè)定患者在手術(shù)介入或抑生長(zhǎng)素類似物治療后是否變得臨床穩(wěn)定，或?qū)κ中g(shù)介入或抑生長(zhǎng)素類似物治療有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)。
17.如權(quán)利要求1-16中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)能以至少85%的敏感度和特異度區(qū)分經(jīng)治療的GEP-NEN和未經(jīng)治療的GEP-NEN。
18.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)能測(cè)定先前診斷患有GEP-NEN的對(duì)象是否完全緩解。
19.如權(quán)利要求13-18中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng),其特征在于,所述系統(tǒng)相較于循環(huán)CgA水平檢測(cè)能夠以更高敏感度、特異度或準(zhǔn)確度鑒定、區(qū)分或預(yù)測(cè)。
20.如權(quán)利要求1-19中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)還包含與管家基因產(chǎn)物特異性結(jié)合的分離的多核苷酸或多肽。
21.如權(quán)利要求20所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述管家基因產(chǎn)物選自下組:ACTB、T0X4、 TPTl和TXNIP基因產(chǎn)物。
22.如權(quán)利要求20或21所述的系統(tǒng)`，其特征在于，所述管家基因產(chǎn)物選自下組:18S、 GAPDH、ALG9、SLC25A3、VAPA、TXNIP、ADD3、DAZAP2、ACTGl、ACTB, ACTG4B、ARFl、HUffEU M0RF4L1RH0A、SERP1、SKP1、TPT1、T0X4、TFCP2 和 ZNF410 基因產(chǎn)物。
23.如權(quán)利要求22所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述管家基因產(chǎn)物選自下組:18S、GAPDH、 ALG9、SLC25A3、VAPA、TXNIP、ADD3、DAZAP2、ACTG1、ACTB、ACTG4B、ARF1、HUffE1、M0RF4LIRHOA、 SERPU SKPU TPTl 和 T0X4 基因產(chǎn)物。
24.如權(quán)利要求1-23中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包含具有與選自下組的序列有至少90%相同性的核苷酸序列的基因產(chǎn)物:SEQ ID NO: 1-29、.105、201、204-213、215、217-225、227-229、232-240 和 243-246。
25.如權(quán)利要求1-24中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)區(qū)分GEP-NEN亞型，并且所述生物標(biāo)志物組包含生物標(biāo)志物群,其中， (i)所述生物標(biāo)志物群在原發(fā)性TONEC和原發(fā)性WDNET中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含CXCL14和MAGE-D2基因產(chǎn)物； (ii)所述生物標(biāo)志物群在原發(fā)性I3DNEC和原發(fā)性WDNEC中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含三種生物標(biāo)志物，包括PTPRN2基因產(chǎn)物； (iii)所述生物標(biāo)志物群在原發(fā)性I3DNEC和原發(fā)性TONET中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含MTAl和PNMA2基因產(chǎn)物； (iv)所述生物標(biāo)志物群在原發(fā)性I3DNET和原發(fā)性WDNET中或者在原發(fā)性I3DNET和原發(fā)性WDNEC中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含至少4種生物標(biāo)志物； (v)所述生物標(biāo)志物群在原發(fā)性WDNEC和原發(fā)性WDNET中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含21種生物標(biāo)志物； (vi)所述生物標(biāo)志物群在轉(zhuǎn)移性WDNEC和轉(zhuǎn)移性WDNET中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含至少3種生物標(biāo)志物，包括CXCL14基因產(chǎn)物； (vii)所述生物標(biāo)志物群在轉(zhuǎn)移性I3DNEC和轉(zhuǎn)移性WDNEC中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含至少4種生物標(biāo)志物，包括NAPlLl基因產(chǎn)物；或者 (viii)所述生物標(biāo)志物群在轉(zhuǎn)移性I3DNEC和轉(zhuǎn)移性WDNET中的表達(dá)譜有顯著差異，并且所述群包含至少6種生物標(biāo)志物，包括NRP2基因產(chǎn)物。
26.一種用于檢測(cè)、診斷、分類或預(yù)測(cè)胃腸胰神經(jīng)內(nèi)分泌瘤(GEP-NEN)、GEP-NEN細(xì)胞或相關(guān)病癥的轉(zhuǎn)歸的方法，所述方法包括: (a)獲得生物測(cè)試樣品；和 (b)檢測(cè)含至少兩種GEP-NEN生物標(biāo)志物的組的存在、缺失、表達(dá)水平或表達(dá)譜，其中，所述組包括選自下組的基因產(chǎn)物:AKAP8L、ATP6V1H、BNIP3L、C21orf7、C0MMD9、ENPP4、FAM13A、FLJIO 3 5 7、GLT8D1、HDAC9、HSF2、LEO1、M0RF4L2、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKD1、PLD3、PQBP1、RNF41、RSF1、RTN2、SMARCD3、SPATA7、SSTl、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TRMTl 12、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC、ZZZ3、APLP2、CD59、ARAF1、BRAF1、KRAS 和 RAFl 基因產(chǎn)物。
27.如權(quán)利要求26所述的方法，其特征在于，所述組包括選自下組的基因產(chǎn)物:AKAP8L、ATP6VlH、BNIP3L、C21orf7、C0MMD9、ENPP4、FAM13A、FLJ10357、GLT8Dl、HDAC9、HSF2、LE01、M0RF4L2、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKD1、PLD3、PQBP1、RNF41、RSF1、RTN2、SMARCD3、SPATA7、SST1、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TRMT112、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC和ZZZ3基因產(chǎn)物。
28.如權(quán)利要求27或28所述的方法，其特征在于，所述組包括:APLP2、ARAFl、BRAF,CD59、CTGF, FZD7、Ki67、KRAS、NAP1L1、PNMA2、RAFl、TPH1、VMATl 和 VMAT2 基因產(chǎn)物。
29.如權(quán)利要求26-28中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述組包含至少3種、至少.11種、至少13種、至少20種、至少21種、至少29種、至少37種、至少51種或至少75種生物標(biāo)志物。
30.如權(quán)利要求29所述的方法，其特征在于，所述組包含至少51種生物標(biāo)志物。
31.如權(quán)利要求26-30中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述組包括:AKAP8L、 ATP6V1H、BNIP3L、C21orf7、COMMD9、ENPP4、FAM13A、FLJ10357、GLT8D1、HDAC9、HSF2、LEOl、 M0RF4L2、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、PHF21A、PKD1、PLD3、PQBP1、RNF4 URSFU RTN2、SMARCD3、 SPATA7、SSTl、SST3、SST4、SST5、TECPR2、TRMTl 12、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC 和 ZZZ3 基因產(chǎn)物。
32.如權(quán)利要求26-31中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述組包括:APLP2、ARAFl、 BRAF, CD59、CTGF, FZD7、Ki67、KRAS、NAP1L1、PNMA2、RAFl、TPH1、VMATl 和 VMAT2 基因產(chǎn)物。
33.如權(quán)利要求26-32中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述組包括:AKAP8L、APLP2、 ARAFl、ATP6V1H、BNIP3L、BRAF, C21orf7、CD59、C0MMD9、CTGF, ENPP4、FAM13A、FLJ10357、 FZD7、GLT8D1、HDAC9、HSF2、K i 6 7、KRAS、LEO 1、M0RF4L2、NAP IL1、N0L3、NUDT3、0AZ2、PANK2、 PHF21A、PKD1、PLD3、PNMA2、PQBP URAFU RNF4 URSFU RTN2、SMARCD3、SPATA7、SST1、SST3、 SST4、SST5、TECPR2、TPHl、TRMTl 12、VMAT1、VMAT2、VPS13C、WDFY3、ZFHX3、ZXDC 和 ZZZ3 基因產(chǎn)物。
34.如權(quán)利要求26-33中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述組包含APLP2基因產(chǎn)物、 CD59基因產(chǎn)物、ARAFl基因產(chǎn)物、BRAFl基因產(chǎn)物、KRAS基因產(chǎn)物或RAFl基因產(chǎn)物。
35.如權(quán)利要求26-34中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于:所述多種 GEP-NEN 生物標(biāo)志物包括:APLP2、ARAFl、BRAF、CD59、CTGF、FZD7、Ki67、KRAS、 NAPlLl、PNMA2、RAFl、TPHl 和 VMAT2 基因產(chǎn)物；或所述 GEP-NEN 生物標(biāo)志物組包括:APLP2、ARAFU BRAFU CD59、KRAS、RAFU CXCL14、 GRIA2、H0XC6、NKX2-3、0R51E1、PNMA2、PTPRN2、SCG5、SPOCKU X2BTB48、CgA、CTGF, FZD7、 K1-67、Kissl、MAGE-D2、MTAl、NAPlLl、NRP2、Tphl、VMATl、VMAT2 和生存素基因產(chǎn)物。
36.如權(quán)利要求26-35中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述生物測(cè)試樣品是血液、 血漿、血清、組織、唾液、血清、尿液或精液樣品。
37.如權(quán)利要求36所述的方法，其特征在于，所述生物測(cè)試樣品來(lái)自血液。
38.如權(quán)利要求26-37中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，步驟(b)中的檢測(cè)使用權(quán)利要求1-25中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)進(jìn)行。
39.如權(quán)利要求26-38中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述測(cè)試樣品取自GEP-NEN 患者。
40.如權(quán)利要求26-39中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法還包括將所述測(cè)試生物樣品中檢測(cè)的所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平或表達(dá)譜與正?；騾⒄毡磉_(dá)水平或者正?；騾⒄毡磉_(dá)譜比較。
41.如權(quán)利要求40所述的方法，其特`征在于，所述方法還包括在所述比較之前，獲得正?；騾⒄諛悠?；和檢測(cè)所述正常樣品中所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組的存在、缺失、表達(dá)水平或表達(dá)譜，由此確定在所述比較中使用的所述正?；騾⒄毡磉_(dá)水平或表達(dá)譜。
42.如權(quán)利要求26-41中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于:步驟(b)中的所述檢測(cè)包括使所述測(cè)試樣品接觸特異性結(jié)合所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組的多核苷酸群。
43.如權(quán)利要求42所述的方法，其特征在于，所述多核苷酸群包含DNA、RNA、cDNA、PNA、 基因組DNA或合成的寡核苷酸。
44.如權(quán)利要求42或43所述的方法，其特征在于，所述多核苷酸包含正義和反義引物，并且步驟(b)中的所述檢測(cè)通過(guò)以下方式進(jìn)行:(i)通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄從所述測(cè)試樣品生成cDNA ；(ii)使用正義和反義引物對(duì)擴(kuò)增所生成的cDNA，所述引物對(duì)與所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組特異性雜交；和(iii)檢測(cè)所述擴(kuò)增產(chǎn)物。
45.如權(quán)利要求26-44中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于,所述存在、缺失、表達(dá)水平或表達(dá)譜指示所述GEP-NEN的存在、缺失、分類、預(yù)后、風(fēng)險(xiǎn)、治療反應(yīng)性、侵襲性、嚴(yán)重性或轉(zhuǎn)移，或者GEP-NEN對(duì)象是否經(jīng)治療或未經(jīng)治療,是否完全緩解,或臨床穩(wěn)定,或者指示GEP-NEN治療的功效。
46.如權(quán)利要求26-45中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法以至少80%的特異度或敏感度分類或檢測(cè)人血液樣品中的GEP-NEN。
47.如權(quán)利要求26-46中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法區(qū)分患有GEP-NEN的對(duì)象和患有其它類型胃腸(GI)癌的對(duì)象，或區(qū)分患有小腸NEN的對(duì)象和患有胰腺NEN的對(duì)象。
48.如權(quán)利要求26-47中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法以至少90%的準(zhǔn)確度預(yù)測(cè)對(duì)手術(shù)介入或抑生長(zhǎng)素類似物治療的治療反應(yīng)，或確定患者是否在手術(shù)介入或抑生長(zhǎng)素類似物治療后臨床穩(wěn)定，或?qū)κ中g(shù)介入或抑生長(zhǎng)素類似物治療有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)。
49.如權(quán)利要求26-48中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法以至少85%的敏感度和特異度區(qū)分經(jīng)治療的GEP-NEN和未經(jīng)治療的GEP-NEN。
50.如權(quán)利要求26-49中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法測(cè)定診斷患有GEP-NEN的對(duì)象是否完全緩解。
51.如權(quán)利要求26-50中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述測(cè)試樣品是血液樣品，并且所述方法檢測(cè)至少或至少約3個(gè)GEP-NEN細(xì)胞/毫升(mL)全血。
52.如權(quán)利要求26-51中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法還包括計(jì)算所述測(cè)試生物樣品中所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組的平均表達(dá)水平。
53.如權(quán)利要求52所述的方法，其特征在于，所述計(jì)算通過(guò)向量加和所測(cè)多種GEP-NEN生物標(biāo)志物各自的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行。
54.如權(quán)利要求41所述的方法，其特征在于: 所述測(cè)試生物樣品來(lái)自治療后的GEP-NEN患者，并且所述參照樣品來(lái)自治療前的相同GEP-NEN 患者； 所述參照樣品來(lái)自不含GEP-NEN細(xì)胞的組織或液體； 所述參照樣品來(lái)自健康個(gè)體； 所述參照樣品來(lái)自GEP-NEN以外的癌； 所述參照樣品來(lái)自EC細(xì)胞或SI組織； 所述測(cè)試生物樣品來(lái)自轉(zhuǎn)移性GEP-NEN，并且所述參照樣品來(lái)自非轉(zhuǎn)移性GEP-NEN ;或者 所述參照樣品來(lái)自與提供所述測(cè)試生物樣品的GEP-NEN患者相比分類不同的GEP-NEN。
55.如權(quán)利要求26-54中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法以80%-100%的預(yù)測(cè)值、敏感度或特異度鑒定GEP-NEN的存在或缺失、分類或分期。
56.如權(quán)利要求26-55中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法還包括壓縮來(lái)自所述測(cè)試生物樣品的所測(cè)表達(dá)水平，從而確定表達(dá)譜。
57.如權(quán)利要求26-56中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述測(cè)試生物樣品是來(lái)自 GEP-NEN患者的全血或唾液樣品，并且，對(duì)所述測(cè)試生物樣品檢測(cè)或測(cè)定的GEP-NEN生物標(biāo)志物表達(dá)水平或表達(dá)譜與對(duì)同一患者提供的GEP-NEN組織樣品或經(jīng)純化GEP-NEN細(xì)胞樣品檢測(cè)或測(cè)定的相同GEP-NEN生物標(biāo)志物表達(dá)水平或表達(dá)譜相關(guān)聯(lián)，所述關(guān)聯(lián)的R2為至少約 0.4。
58.如權(quán)利要求26-57中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法還包括使用預(yù)測(cè)算法分析數(shù)據(jù)。
59.如權(quán)利要求58所述的方法，其特征在于，所述預(yù)測(cè)算法選自下組:支持向量機(jī) (SVM)、線性判別分析(LDA)、K-最近鄰(KNN)和樸素貝葉斯(NB)。
60.如權(quán)利要求58所述的方法，其特征在于，所述預(yù)測(cè)算法選自下組:決策樹(shù)、SVM、RDA 和感知器。
61.一種用于檢測(cè)血液中神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤細(xì)胞的方法，其特征在于，所述方法包括: 獲得血液樣品；并且使所述血液樣品接觸特異性結(jié)合GEP-NEN生物標(biāo)志物組的一種或多種試劑，所述GEP-NEN生物標(biāo)志物組包含至少兩種GEP-NEN生物標(biāo)志物，其中，所述方法檢測(cè)至少或至少約一個(gè)、兩個(gè)或三個(gè)GEP-NEN細(xì)胞/mL血液。
62.如權(quán)利要求61所述的方法,其特征在于,所述試劑包含權(quán)利要求1-25中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)。
63.一種用于從細(xì)胞混合物中富集或分離神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤細(xì)胞的方法，其特征在于，所述方法包括:使所述細(xì)胞混合物接觸特異性結(jié)合CD164的試劑；并且純化由該試劑結(jié)合的細(xì)胞。
64.如權(quán)利要求63所述的方法，其特征在于，所述接觸還包括使所述細(xì)胞接觸另一試劑，所述另一試劑為GEP-NEN特異性試劑。
65.如權(quán)利要求63或64所述的方法，其特征在于，所述細(xì)胞混合物是細(xì)胞培養(yǎng)物或血液樣品或其它生物液體。
66.如權(quán)利要求63-65中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法富集或分離至少或至少約3個(gè)細(xì)胞/mL血液。
67.一種治療方法，所述方法包括:(a)對(duì)GEP-NEN患者提供治療；(b)從所述GEP-NEN患者獲得樣品，并檢測(cè)該樣品中GEP-NEN生物標(biāo)志物組的表達(dá)水平。
68.如權(quán)利要求67所述的方法，其特征在于，步驟(a)還包括在提供治療之前測(cè)定患者樣品中GEP-NEN生物標(biāo)志物組的治療前表達(dá)水平。
69.如權(quán)利要求68所述的方法，其特征在于，所述方法還包括步驟(c):比較所述治療前表達(dá)水平和步驟(b)中檢測(cè)的表達(dá)水平。
70.如權(quán)利要求69所述的方法，其`特征在于，所述方法還包括測(cè)定治療前表達(dá)水平和步驟(b)中的表達(dá)水平間的表達(dá)水平差異，該差異指示所述治療的功效。
71.如權(quán)利要求67-70中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法還包括在后續(xù)時(shí)間測(cè)定所述GEP-NEN患者內(nèi)所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，并將該表達(dá)水平與步驟(b)中的表達(dá)水平作比較，其中，所述表達(dá)水平之間的差異指示復(fù)發(fā)或缺乏治療反應(yīng)。
72.如權(quán)利要求67-71中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述表達(dá)水平使用權(quán)利要求1-25中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)檢測(cè)。
73.如權(quán)利要求67-72中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述步驟(b)的患者樣品中CgA的表達(dá)水平相較于治療前CgA表達(dá)水平或稍后時(shí)間的CgA表達(dá)水平無(wú)顯著差異。
74.如權(quán)利要求67-73中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述方法還包括中斷或改進(jìn)向所述患者提供的所述治療。
75.如權(quán)利要求67-74中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述檢測(cè)指示所述患者中GEP-NEN微轉(zhuǎn)移的存在。
76.如權(quán)利要求75所述的方法，其特征在于，所述步驟(b)中的樣品、所述治療前的樣品或所述在后續(xù)時(shí)間獲取的 樣品通過(guò)組織學(xué)或單獨(dú)CgA檢測(cè)確定為無(wú)GEP-NEN、GEP-NEN轉(zhuǎn)移或GEP-NEN復(fù)發(fā)。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103502473SQ201280021361
【公開(kāi)日】2014年1月8日 申請(qǐng)日期:2012年3月1日 優(yōu)先權(quán)日:2011年3月1日
【發(fā)明者】I·M·莫德林 申請(qǐng)人:耶魯大學(xué)