檢測(cè)針對(duì)使用TNFα的生物療法的中和性自體抗體的測(cè)定法
【專利摘要】本發(fā)明提供用于檢測(cè)和測(cè)量樣品中針對(duì)生物制劑例如抗TNFα藥物治療劑的中和性和非中和性自體抗體的存在或水平的測(cè)定法。本發(fā)明用于在對(duì)象接受生物制劑療法時(shí)監(jiān)測(cè)中和性和/或非中和性抗藥物抗體隨時(shí)間的形成。本發(fā)明也用于預(yù)測(cè)和/或確定患者樣品中的中和性抗藥物抗體與備選生物制劑治療的交叉反應(yīng)性。因此，本發(fā)明提供用于指導(dǎo)接受使用生物制劑療法的對(duì)象的治療決定的信息，并改善對(duì)生物療法的優(yōu)化治療、降低毒性和/或監(jiān)測(cè)治療效力的準(zhǔn)確度。
【專利說明】檢測(cè)針對(duì)使用TNFa的生物療法的中和性自體抗體的測(cè)定
法
與相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0001]本申請(qǐng)要求2011年7月6日提交的美國臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/505，031、2011年8月26日提交的美國臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/528，072和2011年9月16日提交的美國臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/535，884的優(yōu)先權(quán)，所述申請(qǐng)的公開在此處為了各種目的以其整體引入作為參考。
發(fā)明背景
[0002]自身免疫疾病是重要的且普遍的醫(yī)學(xué)問題。例如，在美國，類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)是影響兩百萬以上人群的自身免疫疾病。RA引起關(guān)節(jié)的慢性炎癥，并通常是漸進(jìn)性疾病，其可能造成關(guān)節(jié)破壞和功能性病廢。盡管遺傳素質(zhì)、感染物和環(huán)境因素都涉及該疾病的病因?qū)W，但類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的原因仍是未知的。在活性RA中，癥狀包括疲乏、缺乏食欲、低熱、肌肉和關(guān)節(jié)疼痛以及僵硬。并且，在疾病突然發(fā)作期間，由于滑膜的炎癥，關(guān)節(jié)通常變成紅色、腫脹、疼痛和敏感。此外，由于RA是全身疾病，炎癥可能會(huì)影響關(guān)節(jié)外的其他器官和身體部位，包括眼和口的腺體、肺內(nèi)壁、心包膜和血管。
[0003]RA和其他自身免疫病癥管理的傳統(tǒng)治療包括快速作用的“一線藥物”和較慢作用的“二線藥物”。一線藥物減輕疼痛和炎癥。此類一線藥物的實(shí)例包括阿司匹林、甲氧萘丙酸、布洛芬依托度酸和其他非留體抗炎性藥物(NSJAID)，以及皮質(zhì)留類，通過口服或直接注射到組織和關(guān)節(jié)內(nèi)施用。二線藥物促進(jìn)疾病減輕并防止進(jìn)行性關(guān)節(jié)破壞，也稱為疾病改變性抗類風(fēng)濕藥物或DMARD。二線藥物的實(shí)例包括金、hydrochloroquine、柳氮磺胺卩比唳以及免疫抑制劑，例如甲氨蝶呤、硫唑嘌呤、環(huán)磷酰胺、苯丁酸氮芥和環(huán)孢霉素。然而，這些藥物中許多可能具有有害的副作用。因此，一直在尋找類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和其他自身免疫病癥的額外療法。
[0004]腫瘤壞死因子a (TNF-a )是由眾多細(xì)胞類型，包括單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子，其最初基于其能誘導(dǎo)某些小鼠腫瘤壞死的能力而鑒定。隨后，一種稱為惡液質(zhì)素的因子(與惡病質(zhì)相關(guān))顯示出與TNF-a相同。TNF-a涉及多種其他人類疾病和病癥的病理生理學(xué)，包括休克、敗血病、感染、自身免疫疾病、RA、克羅恩病、移植排斥和移植物抗宿主病。
[0005]由于人TNF-a (hTNF_ a )在多種人類疾病中的有害作用，已經(jīng)設(shè)計(jì)了治療策略，以抑制或者抵消hTNF-a活性。具體而言，已經(jīng)探尋了與hTNF-a結(jié)合并中和其的抗體，作為抑制hTNF-a活性的方法。一些最早的此類抗體是小鼠單克隆抗體(mAb)，其由制備自用hTNF-a免疫的小鼠的淋巴細(xì)胞的雜交瘤分泌(參見，例如Moeller等人的美國專利號(hào)N0.5，231，024)。盡管這些小鼠抗hTNF-a抗體通常對(duì)hTNF-a表現(xiàn)出高親和力，并且能中和hTNF- a活性，但由于與將小鼠抗體施用給人相關(guān)的問題，其體內(nèi)用途受到了限制，所述問題例如短的血清半壽期、不能引發(fā)某些人效應(yīng)子功能，以及在人中引起針對(duì)小鼠抗體的不想要的免疫應(yīng)答(“人抗小鼠抗體”(HAMA)反應(yīng))。
[0006]最近，已經(jīng)將生物治療用于自身免疫疾病如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的治療。例如，F(xiàn)DA已經(jīng)批準(zhǔn)將4種TNFa抑制劑:REMICADE? (英夫利昔單抗(infliximab))、嵌合的抗Fe融合蛋白、HUMIRA?(阿達(dá)木單抗(adalimumab))、人抗-TNF a mAb,和 CTTVTZTA⑧(賽妥珠單抗(certolizumab pegol))、聚乙二醇化Fab片段用于治療類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。還將GIMZIA?用于治療中度至重度克羅恩病(⑶)。盡管已經(jīng)顯示，此類生物學(xué)治療在治療類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和其他自身免疫疾病如CD中是成功的，但并非全部經(jīng)治療的對(duì)象都應(yīng)答或者良好應(yīng)答此類療法。此外，TNF α抑制劑的施用能誘導(dǎo)對(duì)藥物的免疫應(yīng)答，并導(dǎo)致產(chǎn)生自體抗體如人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(ΗΑΜΑ)。此類HACA、HAHA或HAMA免疫應(yīng)答能夠與超敏反應(yīng)和免疫治療性TNF α抑制劑的藥物動(dòng)力學(xué)和生物分布的急劇改變相關(guān)，后者阻礙了用藥物的進(jìn)一步治療。因此，本領(lǐng)域存在對(duì)用于檢測(cè)患者樣品中針對(duì)生物制劑例如抗TNFa藥物的自體抗體的存在的測(cè)定法的需求，以監(jiān)測(cè)生物療法并指導(dǎo)治療決定。本發(fā)明滿足了該需求，并還提供了相關(guān)的優(yōu)點(diǎn)。
發(fā)明概述
[0007]本發(fā)明提供用于檢測(cè)和測(cè)量樣品中針對(duì)生物制劑例如抗TNFa藥物治療劑的中和性和非中和性自體抗體的存在或水平的測(cè)定法。本發(fā)明用于當(dāng)對(duì)象接受生物療法(例如抗TNFa藥物療法)時(shí)監(jiān)測(cè)中和性和/或非中和性抗藥物抗體隨時(shí)間的形成。本發(fā)明也用于預(yù)測(cè)和/或確定對(duì)象樣品中中和性抗藥物抗體與備選生物療法(例如備選抗TNF α療法)的交叉反應(yīng)性。同樣地，本發(fā)明提供用于指導(dǎo)接受使用生物制劑療法的對(duì)象的治療決定的信息，以及改善對(duì)生物療法的優(yōu)化療法、降低毒性和/或監(jiān)測(cè)治療效力的準(zhǔn)確度。
[0008]在一方面，本發(fā)明提供用于檢測(cè)樣品中針對(duì)生物制劑的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在的方法，所述方法包括:
Ca)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑、經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分，和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分、游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑，和/或經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平(例如，通過測(cè)量只含游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的AUC)，從而確定中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在。
[0009]在某些實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相同或?qū)嵸|(zhì)上相同時(shí)，檢測(cè)到中和性形式的自體抗體。在某些其他實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相比降低(例如實(shí)質(zhì)上降低)或不存在(例如不可檢測(cè))時(shí)，檢測(cè)到非中和性形式的自體抗體。
[0010]另一方面，本發(fā)明提供用于測(cè)量樣品中針對(duì)生物制劑的中和性形式的自體抗體的水平或百分比的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑、經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分，和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分、游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑，和/或經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比(例如，通過測(cè)量并標(biāo)準(zhǔn)化只含游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的AUC以計(jì)算游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平或百分比)，其中對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比對(duì)應(yīng)于中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0011]在一些實(shí)施方式中，對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比與步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平的差異對(duì)應(yīng)于非和中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0012]在另一方面，本發(fā)明提供用于確定針對(duì)第一生物制劑的中和性形式的自體抗體是否與第二(即不同)生物制劑具有交叉反應(yīng)性的方法，所述方法包括:
(a)根據(jù)本文說明的測(cè)定法檢測(cè)或測(cè)量樣品中中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比，以確定樣品是中和性形式的自體抗體陽性或陰性的；和
如果樣品是中和性形式的自體抗體陽性的，則:
(b)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的第二生物制劑接觸，以形成經(jīng)標(biāo)記的第二生物制劑和中和性形式的自體抗體的經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即其中經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(C)對(duì)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以分離經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即與游離的經(jīng)標(biāo)記的第二生物制劑分離)；和
(d)檢測(cè)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物，從而確定針對(duì)第一生物制劑的中和性形式的自體抗體是否與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性。
[0013]在某些實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的存在指示針對(duì)第一生物制劑的中和性自體抗體與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將抑制第一和第二生物藥物的活性。
[0014]在某些其他實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的不存在指示針對(duì)第一生物制劑的中和性自體抗體不與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將不抑制第二生物藥物的活性。[0015]在一些實(shí)施方式中，生物制劑包括抗體(例如抗TNFa單克隆抗體)、抗體片段、蛋白質(zhì)(例如細(xì)胞因子諸如白介素)、多肽、肽、融合蛋白、多價(jià)結(jié)合蛋白、抗體-藥物綴合物、疫苗、核酸、糖、其重組形式、其改造形式及其組合。
[0016]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受生物制劑療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)、炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(CD)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))或癌癥。
[0017]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)生物制劑的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，生物制劑自體抗體包括，但不限于，人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0018]在某些方面，本發(fā)明的測(cè)定方法還包括酸解步驟，所述步驟包括在將樣品與經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分接觸之前、期間和/或之后將樣品與酸接觸。
[0019]在某些其他方面，本發(fā)明的測(cè)定方法包括檢測(cè)樣品中針對(duì)生物制劑的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的一種或多種同種型的存在或水平。
[0020]在一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供檢測(cè)樣品中針對(duì)抗TNF α藥物的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNFa接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物、經(jīng)標(biāo)記的TNF a，和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(SP免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的TNF a、游離的經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物，和/或經(jīng)標(biāo)記的抗TNF a藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的水平(例如，通過測(cè)量只含游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α峰的AUC)，從而檢測(cè)中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在。
[0021]在某些實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平相同或?qū)嵸|(zhì)上相同時(shí)，檢測(cè)到中和性形式的自體抗體。在某些其他實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平相比降低(例如實(shí)質(zhì)上降低)或不存在(例如不可檢測(cè))時(shí)，檢測(cè)到非中和性形式的自體抗體。
[0022]另一方面，本發(fā)明提供用于測(cè)量樣品中針對(duì)抗TNFa藥物的中和性形式的自體抗體的水平或百分比的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或(?)經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物、經(jīng)標(biāo)記的TNF α，和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的TNF α、游離的經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物，和/或經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNFa的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比(例如，通過測(cè)量并標(biāo)準(zhǔn)化只含游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α峰的AUC’以計(jì)算游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF a的水平或百分比)，其中對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比對(duì)應(yīng)于中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0023]在一些實(shí)施方式中，對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比與步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平的差異對(duì)應(yīng)于非和中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0024]在另一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供確定針對(duì)第一抗TNFa藥物的中和性形式的自體抗體是否與第二(即不同)抗TNF α藥物具有交叉反應(yīng)性的方法，所述方法包括:
(a)根據(jù)本文說明的測(cè)定法檢測(cè)或測(cè)量樣品中中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比，以確定樣品是中和性形式的自體抗體陽性或陰性的；和
如果樣品是中和性形式的自體抗體陽性的，則:
(b)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的第二抗TNFa藥物接觸，以形成經(jīng)標(biāo)記的第二抗TNFα藥物和中和性形式的自體抗體的經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即其中經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(C)對(duì)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以分離經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即與游離的經(jīng)標(biāo)記的第二抗TNF α藥物分離)；和
(d)檢測(cè)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物，從而確定針對(duì)第一抗TNF α藥物的中和性形式的自體抗體是否與第二抗TNF α藥物具有交叉反應(yīng)性。
[0025]在某些實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的存在指示針對(duì)第一抗TNF α藥物的中和性自體抗體與第二抗TNF α藥物具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將抑制第一和第二抗TNFa藥物的活性。
[0026]在某些其他實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的不存在指示針對(duì)第一抗TNF α藥物的中和性自體抗體不與第二抗TNF α藥物具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將不抑制第二抗TNF α藥物的活性。
[0027]在一些實(shí)施方式中，抗 TNF α藥物選自REMICADETM(英夫利昔單抗)、ENBREL?(依那西普)、HUMIRA?(阿達(dá)木單抗)、CIMZIA? (賽妥珠單抗)、SIMPONI? (戈利木單抗(golimumab) ；CNT0148)及其組合。
[0028]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受抗TNFa藥物療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有TNFa介導(dǎo)的疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)或炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(⑶)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))。
[0029]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，抗TNF α藥物自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0030]在某些方面，本發(fā)明的測(cè)定方法還包括酸解步驟，所述步驟包括在將樣品與經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α接觸之前、期間和/或之后將樣品與酸接觸。
[0031]在某些其他方面，本發(fā)明的測(cè)定方法包括檢測(cè)樣品中針對(duì)抗TNFa藥物的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的一種或多種同種型的存在或水平。
[0032]在其他方面，本發(fā)明提供用于在接受使用生物制劑的療程的對(duì)象中對(duì)生物制劑進(jìn)行監(jiān)測(cè)和/或優(yōu)化療法的方法，所述方法包括:
(a)根據(jù)本文所說明的測(cè)定法在療程中的多個(gè)時(shí)間點(diǎn)檢測(cè)或測(cè)量針對(duì)生物制劑的中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比；
(b)檢測(cè)中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比隨時(shí)間的改變；和
(C)基于中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比隨時(shí)間的改變，確定對(duì)象的療程隨后的劑量或是否應(yīng)當(dāng)向?qū)ο笫┯貌煌寞煶獭?br> [0033]在一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供用于在接受使用生物制劑的療程的對(duì)象中對(duì)生物制劑進(jìn)行監(jiān)測(cè)和/或優(yōu)化療法的方法，所述方法包括:
(a)在時(shí)間點(diǎn)h如本文所述測(cè)量來自對(duì)象的第一樣品中針對(duì)生物制劑的中和性形式的自體抗體的水平或百分比；
(b)在時(shí)間At1如本文所述測(cè)量來自對(duì)象的第二樣品中的中和性形式的自體抗體的水平或百分比；
(c)在時(shí)間點(diǎn)tn+1任選地對(duì)來自對(duì)象的η個(gè)額外的樣品重復(fù)步驟(b),其中η是從I至約 25 的整數(shù)(例如 η 是 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25，或其中的任何范圍)；
(d)檢測(cè)中和性形式的自體抗體的水平或百分比從時(shí)間點(diǎn)h至h或從時(shí)間點(diǎn)h至tn+1的改變；和
(e)基于中和性形式的自體抗體的水平或百分比隨時(shí)間的改變，確定對(duì)象的療程隨后的劑量或是否應(yīng)當(dāng)向?qū)ο笫┯貌煌寞煶獭?br> [0034]在額外的方面，本發(fā)明提供用于在接受使用第一生物制劑的療程的對(duì)象中優(yōu)化療法和/或降低毒性的方法，所述方法包括:
(a)通過根據(jù)本文說明的測(cè)定法檢測(cè)或測(cè)量來自對(duì)象的樣品中中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比，確定針對(duì)第一生物制劑的中和性形式的自體抗體是否與第二(即不同的)生物制劑具有交叉反應(yīng)性；和
(b)如果中和性形式的自體抗體與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性，確定應(yīng)當(dāng)向?qū)ο笫┯貌煌寞煶獭?br> [0035]在一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供用于在接受使用抗TNFa藥物的療程的對(duì)象中對(duì)抗TNF α藥物進(jìn)行監(jiān)測(cè)和/或優(yōu)化療法的方法，所述方法包括:
(a)根據(jù)本文所說明的測(cè)定法在療程中的多個(gè)時(shí)間點(diǎn)檢測(cè)或測(cè)量針對(duì)抗TNFa藥物的中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比；(b)檢測(cè)中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比隨時(shí)間的改變；和(C)基于中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比隨時(shí)間的改變，確定對(duì)象的療程隨后的劑量或是否應(yīng)當(dāng)向?qū)ο笫┯貌煌寞煶獭?br> [0036]在另一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供用于在接受使用抗TNFa藥物的療程的對(duì)象中對(duì)抗TNF α藥物進(jìn)行監(jiān)測(cè)和/或優(yōu)化療法的方法，所述方法包括:
(a)在時(shí)間點(diǎn)h如本文所述測(cè)量來自對(duì)象的第一樣品中針對(duì)抗TNFα藥物的中和性形式的自體抗體的水平或百分比； (b)在時(shí)間At1如本文所述測(cè)量來自對(duì)象的第二樣品中的中和性形式的自體抗體的水平或百分比；
(c)在時(shí)間點(diǎn)tn+1任選地對(duì)來自對(duì)象的η個(gè)額外的樣品重復(fù)步驟(b),其中η是從I至約 25 的整數(shù)(例如 η 是 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25，或其中的任何范圍)；
(d)檢測(cè)中和性形式的自體抗體的水平或百分比從時(shí)間點(diǎn)h至h或從時(shí)間點(diǎn)h至tn+1的改變；和
(e)基于中和性形式的自體抗體的水平或百分比隨時(shí)間的改變，確定對(duì)象的療程隨后的劑量或是否應(yīng)當(dāng)向?qū)ο笫┯貌煌寞煶獭?br> [0037]在另一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供用于在接受使用第一抗TNFa藥物的療程的對(duì)象中優(yōu)化療法和/或降低毒性的方法，所述方法包括:
(a)通過根據(jù)本文說明的測(cè)定檢測(cè)或測(cè)量來自對(duì)象的樣品中的中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比，確定針對(duì)第一抗TNFa藥物的中和性形式的自體抗體是否與第二(即不同的)抗TNFa藥物具有交叉反應(yīng)性；和
(b)如果中和性形式的自體抗體與第二抗TNFa藥物具有交叉反應(yīng)性，確定應(yīng)當(dāng)向?qū)ο笫┯貌煌寞煶獭?br> [0038]從以下的詳細(xì)說明和附圖中，本發(fā)明的其他目的、特征和優(yōu)勢(shì)對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員是顯而易見的。
附圖簡述
[0039]圖1說明了 Nab百分比(y軸)和ATI水平之間存在明顯的關(guān)系。
[0040]圖2說明了≥60U/ml的ATI濃度預(yù)示著Nab+。
[0041 ]圖 3 說明了 ATI 預(yù)測(cè) Nab 的 ROC AUC 為 0.931。
[0042]圖4說明了用本發(fā)明的液相遷移率變動(dòng)測(cè)定法檢測(cè)ATI。
[0043]圖5說明了本發(fā)明的示例性ATI/IFX液相遷移率變動(dòng)測(cè)定法。
[0044]圖6說明了本發(fā)明的非中和性抗藥物抗體(ADA)測(cè)定法。
[0045]圖7說明了本發(fā)明的中和性ADA測(cè)定法。
[0046]圖8說明了間隔1、2或3個(gè)月取自UC患者的5個(gè)樣品中IFX和ATI水平隨時(shí)間過程的變化。
[0047]圖9顯示了確定UC患者中隨時(shí)間的游離TNF α的百分比的峰分析。
[0048]圖10說明了在間隔2或3個(gè)月取自UC患者的并摻有IFX的3個(gè)樣品中從非中和性自體抗體到中和性自體抗體的存在的轉(zhuǎn)變。
[0049]圖11顯示了確定取自UC患者的摻有IFX的樣品中隨時(shí)間的游離TNF α的百分比的峰分析。
[0050]圖12顯示了使用兔抗人IgGlFc作為非中和性抗體(Ab)對(duì)照。
[0051]圖13顯示了使用ATI陽性血清作為混合的中和性抗體(NAb)/非中和性抗體(Ab)對(duì)照。
[0052]圖14顯示了從ATI陽性血清純化ATI導(dǎo)致較弱親和性Nab的損失。
[0053]圖15說明了對(duì)UC患者案例研究的峰分析，以確定游離TNF α在多種對(duì)照中的百分比。
[0054]圖16說明了對(duì)CD患者案例研究的峰分析，以確定在30周的期間間隔7或8周取得的4個(gè)樣品中隨時(shí)間過程的游離TNFa的百分比。
[0055]圖17說明了對(duì)另一個(gè)CD患者案例研究的峰分析，以確定在50周的期間取得的3個(gè)樣品中隨時(shí)間過程的游離TNFa的百分比。
[0056]圖18說明了來自4個(gè)額外的CD患者案例研究中的峰分析，以確定在誘導(dǎo)或維持療法期間或之后的特別周時(shí)的樣品中的游離TNFa的百分比。
[0057]圖19說明了通過遷移率變動(dòng)測(cè)定法檢測(cè)非中和性抗體活性。
[0058]圖20描述了 ADA對(duì)IFX和ADL的交叉反應(yīng)性，其中ADA的結(jié)合位點(diǎn)模擬TNF α的結(jié)合位點(diǎn)，因而可以結(jié)合多種抗TNFa藥物。
[0059]圖21說明了 2個(gè)患者樣品(患者I和2)，其中確定了應(yīng)答一種抗TNF藥物產(chǎn)生的Nab對(duì)于其他抗TNF藥物的交叉反應(yīng)性。特別地，針對(duì)Humira(ADL)對(duì)患者接受Remicade(IFX)治療時(shí)產(chǎn)生的Nab進(jìn)行測(cè)試。
[0060]圖22說明了檢測(cè)針對(duì)藥物例如IFX或ADL的非中和性抗體(非NAb)(頂部)或中和性抗體(NAb)(底部)的存在的本發(fā)明的測(cè)定法的示例性實(shí)施方式。
[0061]圖23說明了 Nab標(biāo)準(zhǔn)曲線的產(chǎn)生和使用。
[0062]圖24提供了用IFX治療，但失去了對(duì)IFX的應(yīng)答的患者3的案例研究的結(jié)果，以確定針對(duì)IFX產(chǎn)生的Nab對(duì)ADL的交叉反應(yīng)性。
[0063]圖25提供了用IFX治療，但失去了對(duì)IFX的應(yīng)答的患者4的案例研究的結(jié)果，以確定針對(duì)IFX產(chǎn)生的Nab對(duì)ADL的交叉反應(yīng)性。
[0064]圖26說明了證明ATI親和性成熟和交叉反應(yīng)性ATI產(chǎn)生的患者研究的非限制性實(shí)例。
發(fā)明詳述 I.引目
[0065]本發(fā)明部分基于下述發(fā)現(xiàn):使用大小排阻層析和任選地酸解離以使得能夠平衡免疫復(fù)合物的同質(zhì)遷移率變動(dòng)測(cè)定法對(duì)于測(cè)量針對(duì)生物制劑例如抗TNFa藥物產(chǎn)生的中和性和非中和性形式的自身抗體(例如，HACA、HAHA等)的存在或水平是特別有利的。此類自身抗體也被稱為抗藥物抗體或ADA，并且其中和性和非中和性形式也被分別稱為NAb和非NAb。
[0066]在特別的實(shí)施方式中，本發(fā)明的同質(zhì)遷移率變動(dòng)測(cè)定法是通過將對(duì)象的樣品與(例如熒光)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑(例如抗TNF α藥物)和(例如熒光)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分(例如TNFa )接觸進(jìn)行的。至少由于以下原因，本文說明的測(cè)定法是有優(yōu)勢(shì)的:它們避免了對(duì)移除低親和力ADA的洗脫步驟的需求；它們使用不同的標(biāo)記例如熒光團(tuán)，所述熒光團(tuán)允許在可見、IR和/或近IR (NIR)光譜檢測(cè)，降低背景和血清干擾問題；它們由于熒光標(biāo)記檢測(cè)的高靈敏度，增加了檢測(cè)對(duì)象中的低滴度的中和性或非中和性ADA的能力；并且它們以液相反應(yīng)進(jìn)行，從而減少通過附著到固體表面例如ELISA板導(dǎo)致表位的任何改變的機(jī)會(huì)。
[0067]在示例性實(shí)施方式中，本發(fā)明的測(cè)定法是有優(yōu)勢(shì)的，因?yàn)樗鼈兪沟媚軌蜻M(jìn)行接受抗TNFa藥物療法的IBD對(duì)象的時(shí)間過程案例研究，用于監(jiān)測(cè)不同時(shí)間點(diǎn)的多個(gè)樣品中的中和性和/或非中和性抗藥物抗體的形成。本發(fā)明的測(cè)定法也是有優(yōu)勢(shì)的，因?yàn)樗鼈兪沟媚軌虼_定在對(duì)象接受抗TNFa藥物療法期間是否存在隨著時(shí)間的從非中和性抗藥物抗體至中和性抗藥物抗體的轉(zhuǎn)變。不限于任何特別理論，中和性抗藥物抗體可具有顯著的負(fù)面臨床結(jié)果，因?yàn)樗鼈兏蓴_抗TNF α藥物與TNF α之間的結(jié)合，從而導(dǎo)致效力損失。
[0068]在額外的示例性實(shí)施方式中，本發(fā)明的測(cè)定法用于預(yù)測(cè)和/或確定對(duì)象的樣品中的中和性抗藥物抗體與備選生物藥物例如其他抗TNFa藥物的交叉反應(yīng)性。僅用于說明目的，如果樣品含有針對(duì)一種抗TNF α藥物的中和性ADA，這些中和性ADA將可能與其他抗TNFa藥物交叉反應(yīng)并中和，使得對(duì)象的推薦的治療調(diào)整將為轉(zhuǎn)變?yōu)榫哂胁煌饔脵C(jī)制的藥物(例如非抗TNF劑)。然而，如果樣品含有針對(duì)一種抗TNF α藥物的非中和性ADA，對(duì)象的推薦的治療調(diào)整可為轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪豢筎NF α藥物。
[0069]因此，本發(fā)明通過提供用于指導(dǎo)接受抗TNFa藥物療法的對(duì)象的治療決定的信息，部分地解決并克服了現(xiàn)有的與抗TNF α藥物，例如英夫利昔單抗和阿達(dá)木單抗的施用相關(guān)的限制。本發(fā)明的方法特別用于監(jiān)測(cè)接受抗TNF α藥物療法的那些對(duì)象以檢測(cè)或測(cè)量中和性ADA的形成和/或發(fā)展(例如在抗TNF α藥物療法過程中隨時(shí)間)，并且也用于檢測(cè)或測(cè)量當(dāng)對(duì)象接受抗TNF α藥物療法時(shí)中和性ADA的量、百分比或比率與非中和性ADA相比隨時(shí)間的改變(例如增加)。
[0070]因此，本發(fā)明提供了這樣的方法，所述方法用于確定何時(shí)和/或如何(I)根據(jù)中和性ADA的存在、水平或百分比調(diào)整或修改(例如增加或減少)抗TNF α藥物隨后的劑量以優(yōu)化治療效力和/或降低毒性，(2)根據(jù)中和性ADA的存在、水平或百分比組合抗TNF α藥物(例如以起始、增加的、減少的或相同的劑量)與一種或多種免疫抑制劑例如甲氨蝶呤(MTX)或硫唑嘌呤(AZA)，和/或(3)根據(jù)中和性ADA的存在、水平或百分比改變現(xiàn)有療程(例如轉(zhuǎn)變?yōu)椴煌目筎NF α藥物或轉(zhuǎn)變?yōu)榘邢虿煌瑱C(jī)制的藥物)。此類方法用于確保接受抗TNF a藥物的對(duì)象獲得正確的劑量，即他們不發(fā)展出針對(duì)藥物的免疫應(yīng)答，以及他們由于起始藥物的失敗(例如發(fā)展出針對(duì)起始抗TNFa藥物的交叉反應(yīng)性中和性ADA)應(yīng)當(dāng)轉(zhuǎn)變?yōu)椴煌乃幬铩?br> I1.定義
[0071]如本文所用，除非另有說明，以下術(shù)語具有給定的含義。
[0072]如本文所用的術(shù)語“生物制劑”或“生物活性劑”或“生物藥物”包含從生物系統(tǒng)(例如活生物體)生產(chǎn)或提取的產(chǎn)品和物質(zhì)。生物制劑的非限制性實(shí)例包括抗體、抗體片段、蛋白、多肽、肽、融合蛋白(例如Ig融合蛋白或Fe融合蛋白)、多價(jià)結(jié)合蛋白(例如DVD Ig),抗體-藥物綴合物、疫苗、核酸、糖、其重組形式、其改造形式及其組合。
[0073]術(shù)語“生物制劑結(jié)合部分”包括(例如特異性地)與生物制劑結(jié)合或相互作用的任何分子、活性劑或物質(zhì)。在某些情況下，中和性形式的自體抗體干擾生物制劑結(jié)合部分和生物制劑之間的結(jié)合。在某些其他情況下，非中和性形式的自體抗體不干擾生物制劑結(jié)合部分和生物制劑之間的結(jié)合。作為一個(gè)非限制性實(shí)例，當(dāng)生物制劑包含抗TNFa藥物時(shí)，生物制劑結(jié)合部分包含TNF α。作為另一個(gè)非限制性實(shí)例，當(dāng)生物制劑包含白介素例如IL-2時(shí)，生物制劑結(jié)合部分包含白介素受體(例如白介素受體的可溶性細(xì)胞外片段)。
[0074]如本文所用的術(shù)語“抗TNFa藥物”或“TNFa抑制劑”意欲包含通過例如抑制TNFa與TNFa的細(xì)胞表面受體的相互作用、抑制TNF α蛋白生產(chǎn)、抑制TNFa基因表達(dá)、抑制TNFa從細(xì)胞分泌、抑制TNF α受體發(fā)信號(hào)或?qū)е聦?duì)象中TNF α活性降低的任何其他方法直接或間接抑制TNFa活性的活性劑，包括蛋白、抗體、抗體片段、融合蛋白(例如Ig融合蛋白或Fe融合蛋白)、多價(jià)結(jié)合蛋白(例如DVD Ig)、小分子TNFa拮抗劑和類似的天然或非天然存在分子，和/或其重組和/或改造的形式。術(shù)語“抗TNFa藥物”或“TNFa抑制劑”優(yōu)選地包括干擾TNF α活性的活性劑。抗TNF α藥物的實(shí)例包括但不限于英夫利昔單抗(REMICADE?, Johnson and Johnson)、人抗TNF單克隆抗體阿達(dá)木單抗(D2E7/HUMIRA?, Abbott Laboratories)、依那西普(ENBREL?, Amgen)、CDP571 (Celltech)，⑶P870 (Celltech)，以及其他抑制TNFa活性的化合物，使得當(dāng)施用于罹患或有風(fēng)險(xiǎn)罹患TNFa活性有害的病癥(例如RA)的對(duì)象中時(shí)，病癥被治療。
[0075]術(shù)語“TNFa ”意欲包括以17kDa分泌形式和26kDa膜締合形式存在的人細(xì)胞因子，其生物學(xué)活性形式由非共價(jià)結(jié)合的17kDa分子的三聚體組成。TNFa的結(jié)構(gòu)還描述于，例如Jones 等人，Nature，338:225-228 (1989)中。術(shù)語 TNF α 意欲包括人 TNF α、重組人 TNF α(rhTNF- α )或與人TNF α蛋白質(zhì)具有至少約80%同一性的TNF α。人TNF α由35個(gè)氨基酸(aa)的胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域、21個(gè)氨基酸的跨膜區(qū)段，以及177個(gè)氨基酸胞外結(jié)構(gòu)域(ECD)組成(Pennica, D.等人(1984) Nature312:724)。在 ECD 內(nèi)，人 TNFa 與恒河猴 TNF α 共有 97%的氨基酸序列同一性，并且與牛、犬、棉鼠、馬、貓、小鼠、豬和大鼠TNFa共有71%至92%的氨基酸序列同一性。可以通過標(biāo)準(zhǔn)重組表達(dá)方法或商業(yè)購買(R&D Systems，貨號(hào)210-TA，Minneapolis, Minn.)制備 TNF α。
[0076]在某些實(shí)施方式中，“TNFa ”是抗原，其包括能被抗TNF-α藥物結(jié)合的分子或者該分子的一部分。TNFa可以具有一個(gè)或一個(gè)以上的表位。在某些實(shí)例中，TNFa將以高選擇性方式與抗TNFa抗體反應(yīng)。與抗體、抗TNFa抗體的片段和區(qū)域結(jié)合的優(yōu)選的抗原包括人TNF α的至少5個(gè)氨基酸。在某些實(shí)例中，TNF α具有足夠長度以具有TNF α的表位，所述表位能結(jié)合抗TNF α抗體、其片段和區(qū)域。
[0077]術(shù)語“大小排阻色譜”或“SEC”包括其中溶液中的分子基于其大小和/或流體動(dòng)力學(xué)體積分離的色譜方法。它用于大分子或大分子復(fù)合物例如蛋白質(zhì)及其綴合物。通常，當(dāng)用水性溶液運(yùn)送樣品通過柱時(shí)，技術(shù)稱為凝膠過濾色譜。
[0078]術(shù)語“復(fù)合物”、“免疫復(fù)合物”、“綴合物”和“免疫綴合物”包括但不限于，結(jié)合于(例如通過非共價(jià)方式)抗TNF α藥物的TNF α、結(jié)合于(例如通過非共價(jià)方式)針對(duì)抗TNF a藥物的自體抗體(例如中和性或非中和性抗藥物抗體)的抗TNF α藥物，和結(jié)合于(例如通過非共價(jià)方式)TNFa和針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體(例如中和性或非中和性抗藥物抗體)的抗TNF α藥物。
[0079]如本文中所用，受術(shù)語“經(jīng)標(biāo)記的”修飾的實(shí)體包括與在經(jīng)驗(yàn)上可檢測(cè)到的另一分子或化學(xué)實(shí)體綴合的任何實(shí)體、分子、蛋白質(zhì)、酶、抗體、抗體片段、細(xì)胞因子或相關(guān)種類。適合作為用于經(jīng)標(biāo)記的實(shí)體的標(biāo)記的化學(xué)種類包括但不限于，熒光染料，例如Alexa Fluor?
染料如Alexa Fluor? 647、量子點(diǎn)(quantum dot)、光學(xué)染料、發(fā)光染料和放射性核素如
12510
[0080]短語“熒光標(biāo)記檢測(cè)”包括檢測(cè)熒光標(biāo)記的工具。用于檢測(cè)的工具包括但不限于分光光度計(jì)、熒光光度計(jì)、光度計(jì)以及通常與色譜設(shè)備，例如但不限于大小排阻高效液相色譜，例如但不限于Agilent-1200HPLC系統(tǒng)整合的檢測(cè)裝置。
[0081]短語“優(yōu)化療法”包括優(yōu)化特定療法的劑量(例如有效量或水平)和/或類型。例如，優(yōu)化抗TNFa藥物的劑量包括增加或減少隨后施用給對(duì)象的抗TNF α藥物的量。在某些情況下，優(yōu)化抗TNF α藥物的類型包括將施用的抗TNF α藥物從一種藥物改為不同的藥物(例如，不同的抗TNFa藥物或靶向不同機(jī)制的藥物)。在其他情況下，優(yōu)化療法包括將一定劑量的抗TNFa藥物(例如，以增加的、減少的或者與以前的劑量相同的劑量)與一種或多種免疫抑制藥物組合共同施用。
[0082]術(shù)語“共同施用”包括施用一種以上的活性劑，以使一種活性劑的生理作用的持續(xù)時(shí)間與第二種活性劑的生理作用重疊。
[0083]術(shù)語“對(duì)象”、“患者”或“個(gè)體”通常指人，但也指其他動(dòng)物，包括例如其他靈長類、
嚙齒類、犬、貓、馬、綿羊、豬等。
[0084]術(shù)語“療程”包括用于緩解或預(yù)防與疾病或病癥相關(guān)的一種或多種癥狀的治療方法。該術(shù)語包括施用用于改善患疾病或病癥的個(gè)體的健康的任何化合物、藥物、方法和/或方案，并包括本文中所述的任意治療劑。作為非限制性的實(shí)例，基于TNFa、抗TNF α藥物和/或抗藥物抗體的存在或濃度水平(例如，使用本發(fā)明方法確定的中和性和/或非中和性抗藥物抗體的存在、水平，或百分比)，可以改變(例如，增加或減少)療程或者當(dāng)前療程的劑量。
[0085]術(shù)語“免疫抑制藥物”或“免疫抑制劑”包括能產(chǎn)生免疫抑制作用(例如防止或減少免疫應(yīng)答)的任何物質(zhì)，例如通過輻射或者通過施用藥物，如抗代謝物、抗淋巴細(xì)胞血清、抗體等。免疫抑制藥物的實(shí)例包括但不限于，巰基嘌呤藥物如硫唑嘌呤(AZA)及其代謝物；抗代謝物如甲氨蝶呤(MTX);西羅莫司(納巴霉素)；坦羅莫司；依維莫司；他克莫司(FK-506)；FK-778 ;抗淋巴細(xì)胞球蛋白抗體、抗胸腺細(xì)胞球蛋白抗體、抗CD3抗體、抗CD4抗體和抗體-毒素綴合物；環(huán)孢霉素；麥考酹酯(mycophenolate);咪唑立賓單磷酸(mizoribinemonophosphate);蒿屬香豆素；格拉默醋酸鹽(glatiramer acetate);其代謝物；其制藥學(xué)上可接受的鹽；其衍生物；其前體藥物；及其組合。
[0086]術(shù)語“巰基嘌呤藥物”包括硫唑嘌呤(AZA)、6_巰基嘌呤(6-MP)或者具有治療作用的其任意代謝物，并且包括但不限于，6-硫代鳥嘌呤(6-TG)、6-甲基巰基嘌呤核苷、6-硫代肌苷核苷酸(例如，6-硫代肌苷單磷酸(thioinosine monophosphate )>6-硫代肌苷二磷酸(6-thioinosine diphosphate)、6_ 硫代肌苷三憐酸(6_thioinosine triphosphate))、6-硫鳥嘌呤核苷酸(例如，6-硫代鳥嘌呤單磷酸、6-硫鳥嘌呤二磷酸、6-硫鳥嘌呤三磷酸)、6-硫代黃苷(thioxanthosine)核苷酸(例如,6-硫代黃苷單磷酸、6-硫黃苷二磷酸、6-硫黃苷三磷酸)，其衍生物、其類似物及其組合。
[0087]術(shù)語“樣品”包括獲自個(gè)體的任何生物樣本。樣品包括但不限于，全血、血漿、血清、紅血細(xì)胞、白血細(xì)胞(例如，外周血單核細(xì)胞(PBMC)、多形核(PMN)細(xì)胞)、導(dǎo)管灌洗液、乳頭吸出物、淋巴(例如，淋巴結(jié)的彌散性腫瘤細(xì)胞)、骨髓吸出物、唾液、尿液、糞便(即，大便)、痰、支氣管灌洗液、淚液、細(xì)針吸出物(例如，通過隨機(jī)的乳暈細(xì)針吸出獲取)、任意其他體液、組織樣品如炎癥位點(diǎn)的活檢(例如，穿刺活檢)、其細(xì)胞提取物，以及來源于一種或多種這些體液或組織的免疫球蛋白富集級(jí)分。在一些實(shí)施方式中，樣品是全血、其分級(jí)組分，如血漿、血清或細(xì)胞沉淀，或者其免疫球蛋白富集級(jí)分。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，可以在分析前稀釋樣品，如血清樣品。在某些實(shí)施方式中，使用本領(lǐng)域已知的任何技術(shù)，可以通過分離PBMC和/或PMN細(xì)胞獲得樣品。在某些其他實(shí)施方式中，樣品是例如來自炎癥位點(diǎn)(如胃腸道或滑膜組織的一部分)的組織活檢。
[0088]本發(fā)明方法的步驟不需要必須以它們所顯示的特定順序進(jìn)行。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，本發(fā)明方法的步驟的其他順序包括在本發(fā)明范圍內(nèi)。
[0089]括號(hào)，“[]”表示括號(hào)內(nèi)的種類以其濃度提及。
II1.實(shí)施方式說明
[0090]本發(fā)明提供用于檢測(cè)和測(cè)量樣品中針對(duì)生物制劑例如抗TNFa藥物治療劑的中和性和非中和性自體抗體的存在或水平的測(cè)定。本發(fā)明用于當(dāng)對(duì)象接受生物制劑療法(例如抗TNFa藥物療法)時(shí)監(jiān)測(cè)中和性和/或非中和性抗藥物抗體的形成。本發(fā)明也用于預(yù)測(cè)和/或確定對(duì)象樣品中的中和性抗藥物抗體與備選生物制劑療法(例如備選抗TNFa療法)的交叉反應(yīng)性。因此，本發(fā)明提供用于指導(dǎo)接受使用生物活性劑療法的對(duì)象的治療決定的信息，以及改善對(duì)生物療法的優(yōu)化療法、降低毒性和/或監(jiān)測(cè)治療效力的準(zhǔn)確度。
[0091]在一方面，本發(fā)明提供用于檢測(cè)樣品中針對(duì)生物制劑的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑、經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分，和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分、游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑，和/或經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平(例如，通過測(cè)量只含游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的AUC)，從而檢測(cè)中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在。
[0092]在一些實(shí)施方式中，中和性形式的自體抗體干擾生物制劑和生物制劑結(jié)合部分之間的結(jié)合。在其他實(shí)施方式中，非中和性形式的自體抗體不干擾生物制劑和生物制劑結(jié)合部分之間的結(jié)合。
[0093]在一些情況下，游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分由實(shí)質(zhì)上不含結(jié)合的生物制劑(例如經(jīng)標(biāo)記的和/或未標(biāo)記的生物制劑)的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分組成。
[0094]在某些實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相同或?qū)嵸|(zhì)上相同時(shí)，檢測(cè)到中和性形式的自體抗體。在某些其他實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相比降低(例如實(shí)質(zhì)上降低)或不存在(例如不可檢測(cè))時(shí)，檢測(cè)到非中和性形式的自體抗體。
[0095]在特別的實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平是對(duì)照樣品中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平的至少約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或99%時(shí)，它被認(rèn)為與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平實(shí)質(zhì)上相同。在特別的實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(c)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平比對(duì)照樣品中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平的低至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%時(shí)，它被認(rèn)為與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相比實(shí)質(zhì)上降低。
[0096]在一些實(shí)施方式中，游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平是通過對(duì)來自大小排阻色譜(例如SEC-HPLC)的作為洗脫時(shí)間的函數(shù)的信號(hào)強(qiáng)度圖的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的曲線下面積(AUC)進(jìn)行積分測(cè)量的。
[0097]在一些實(shí)施方式中，生物制劑包括抗體(例如抗TNFa單克隆抗體)、抗體片段、蛋白質(zhì)(例如細(xì)胞因子諸如白介素)、多肽、肽、融合蛋白、多價(jià)結(jié)合蛋白、抗體-藥物綴合物、疫苗、核酸、糖、其重組形式、其改造形式及其組合。
[0098]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受生物制劑療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)、炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(CD)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))或癌癥。
[0099]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)生物制劑的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，生物制劑自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)，和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0100]另一方面，本發(fā)明提供用于測(cè)量樣品中針對(duì)生物制劑的中和性形式的自體抗體的水平或百分比的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的生物制劑、經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)； (b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分、游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑，和/或經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的曲線下面積(AUC));和 (d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比(例如，通過測(cè)量并標(biāo)準(zhǔn)化只含游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的AUC，以計(jì)算游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平或百分比)，其中對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比對(duì)應(yīng)于中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0101]在一些實(shí)施方式中，對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比與步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平之間的差異對(duì)應(yīng)于非和中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0102]在一些情況下，游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分由實(shí)質(zhì)上不含結(jié)合的生物制劑(例如經(jīng)標(biāo)記的和/或未標(biāo)記的生物制劑)的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分組成。
[0103]在特別的實(shí)施方式中，對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平或百分比是通過測(cè)量經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分之間形成的復(fù)合物(例如“經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物”)的峰面積(例如通過測(cè)量AUC)，并然后從游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的峰面積(例如通過測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的AUC)減去經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的測(cè)量的峰面積而標(biāo)準(zhǔn)化的。
[0104]在某些實(shí)施方式中，游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平是通過對(duì)來自大小排阻色譜(例如SEC-HPLC)的作為洗脫時(shí)間的函數(shù)的信號(hào)強(qiáng)度圖的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的曲線下面積(AUC)進(jìn)行積分測(cè)量的。在其他實(shí)施方式中，在經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分之間形成的復(fù)合物的水平是通過對(duì)來自大小排阻色譜(例如SEC-HPLC)的作為洗脫時(shí)間的函數(shù)的信號(hào)強(qiáng)度圖的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分峰的AUC進(jìn)行積分測(cè)量的。
[0105]在某些實(shí)施方式中，針對(duì)生物制劑(例如ADA)的自體抗體的亞群是中和性形式的自體抗體(例如NAb)。在一些實(shí)施方式中，樣品中針對(duì)生物制劑的自體抗體的總水平可通過將根據(jù)本發(fā)明的方法測(cè)量的中和性和非中和性形式的自體抗體的水平相加而計(jì)算。
[0106]在一些實(shí)施方式中，步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平還與陰性對(duì)照、陽性對(duì)照或其組合比較。在其他實(shí)施方式中，步驟(d)中確定的中和性形式的自體抗體(例如NAb)的百分比與從健康對(duì)照(例如正常人血清)建立的截?cái)嘀祷騾⒖挤秶啾容^。在一些實(shí)施方式中，截?cái)嘀祷騾⒖挤秶硎緸闃悠窞榱吮徽J(rèn)為是NAb陽性所必須具有的NAb的閾值百分比。在此類實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(d)中確定的NAb的百分比大于或等于從健康對(duì)照建立的截?cái)嘀祷騾⒖挤秶鷷r(shí)，樣品被認(rèn)為是NAb陽性。在其他實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(d)中確定的NAb的百分比小于從健康對(duì)照建立的截?cái)嘀祷騾⒖挤秶鷷r(shí)，樣品被認(rèn)為是NAb陰性。截?cái)嘀祷騾⒖挤秶姆窍拗菩缘膶?shí)例包括例如至少約0.25%,0.50%,0.75%、
1.00%、1.50%、2.00%、2.50%、2.60%、2.70%、2.80%、2.90%、3.00%、3.01%、3.02%、3.03%、
3.04%、3.05%、3.06%、3.07%、3.08%、3.09%、3.10%、3.20%、3.30%、3.40%、3.50%、4.00%、
4.50%,5.00%,5.50%,6.00%,6.50%,7.00%,7.50%,8.00%,8.50%,9.00%,9.50%、10.00%NAb,或其中任何范圍。
[0107]在一些實(shí)施方式中，所有的針對(duì)生物制劑的自體抗體都是中和性抗體，且樣品被定義為含有100%的中和性抗藥物抗體(NAb)和/或0%非中和性抗藥物抗體(非NAb)。在此類實(shí)施方式中，步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平大體上與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相同，并且自體抗體被預(yù)測(cè)完全阻斷或干擾生物制劑和生物制劑結(jié)合部分之間的結(jié)合。
[0108]在其他實(shí)施方式中，沒有自體抗體是中和性自體抗體，且樣品被定義為含有100%的非NAb和/或0%的NAb。在此類實(shí)施方式中，與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平相比，步驟(c)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分的水平通常為不存在，并且自體抗體被預(yù)測(cè)不完全阻斷或干擾生物制劑和生物制劑結(jié)合部分之間的結(jié)合。
[0109]在其他實(shí)施方式中，當(dāng)中和性和非中和性形式的自體抗體均存在于樣品中時(shí)，兩類抗體的百分比可以它們本身表示(例如50%NAb或50%非NAb被定義為樣品中相等比例的NAb和非NAb)或以比例表示。在某些情況下，比例是通過NAb的百分比除以非NAb的百分比計(jì)算的，或者反之亦然。在其他情況下，比例是通過NAb的水平除以非NAb的水平計(jì)算的，或者反之亦然。
[0110]在一些實(shí)施方式中，生物制劑包括抗體(例如抗TNFa單克隆抗體)、抗體片段、蛋白質(zhì)(例如細(xì)胞因子諸如白介素)、多肽、肽、融合蛋白、多價(jià)結(jié)合蛋白、抗體-藥物綴合物、疫苗、核酸、糖、其重組形式、其改造形式及其組合。
[0111]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受生物療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)、炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(CD)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))或癌癥。
[0112]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)生物制劑的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，生物制劑自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0113]在另一方面，本發(fā)明提供用于確定針對(duì)第一生物制劑的中和性形式的自體抗體是否與第二(即不同)生物制劑具有交叉反應(yīng)性的方法，所述方法包括:
(a)根據(jù)本文說明的測(cè)定法檢測(cè)或測(cè)量樣品中的中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比，以確定樣品是中和性形式的自體抗體陽性或陰性的；和
如果樣品是中和性形式的自體抗體陽性的，則:
(b)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的第二生物制劑接觸，以形成經(jīng)標(biāo)記的第二生物制劑和中和性形式的自體抗體的經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即其中經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；
(C)對(duì)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以分離經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即與游離的經(jīng)標(biāo)記的第二生物制劑分離)；和
(d)檢測(cè)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物，從而確定針對(duì)第一生物制劑的中和性形式的自體抗體是否與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性。
[0114]在某些實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的存在指示針對(duì)第一生物制劑的中和性自體抗體與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將抑制第一和第二生物藥物的活性。
[0115]在某些其他實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的不存在指示針對(duì)第一生物制劑的中和性自體抗體不與第二生物制劑具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將不會(huì)抑制第二生物藥物的活性。[0116]在一些實(shí)施方式中，第一和第二生物制劑獨(dú)立地選自抗體(例如抗TNFa單克隆抗體)、抗體片段、蛋白質(zhì)(例如細(xì)胞因子諸如白介素)、多肽、肽、融合蛋白、多價(jià)結(jié)合蛋白、抗體-藥物綴合物、疫苗、核酸、糖、其重組形式、其改造形式及其組合。
[0117]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受生物療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)、炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(CD)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))或癌癥。
[0118]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)生物制劑的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，生物制劑自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0119]在某些方面，本發(fā)明的測(cè)定方法還包括酸解步驟，所述步驟包括在將樣品與經(jīng)標(biāo)記的生物制劑和經(jīng)標(biāo)記的生物制劑結(jié)合部分接觸之前、期間和/或之后將樣品與酸接觸。
[0120]在某些其他方面，本發(fā)明的測(cè)定方法包括檢測(cè)樣品中針對(duì)生物制劑的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的一種或多種同種型的存在或水平。
[0121]在一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供用于檢測(cè)樣品中針對(duì)抗TNFa藥物的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNFα接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物、經(jīng)標(biāo)記的TNFa和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的TNF a、游離的經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物，和/或經(jīng)標(biāo)記的抗TNF a藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的水平(例如，通過測(cè)量只含游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α峰的AUC)，從而檢測(cè)中和性和/或非中和性形式的自體抗體的存在。
[0122]在一些實(shí)施方式中，中和性形式的自體抗體干擾抗TNFa藥物和TNFa之間的結(jié)合。在其他實(shí)施方式中，非中和性形式的自體抗體不干擾抗TNFa藥物和TNFa之間的結(jié)
合ο
[0123]在一些情況下，游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α由實(shí)質(zhì)上不含結(jié)合的抗TNF α藥物(例如經(jīng)標(biāo)記的和/或未標(biāo)記的抗TNF α藥物)的經(jīng)標(biāo)記的TNF α組成。
[0124]在某些實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平相同或?qū)嵸|(zhì)上相同時(shí)，檢測(cè)到中和性形式的自體抗體。在某些其他實(shí)施方式中，當(dāng)在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平相比降低(例如實(shí)質(zhì)上降低)或不存在(例如不可檢測(cè))時(shí)，檢測(cè)到非中和性形式的自體抗體。[0125]在特別的實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平是對(duì)照樣品中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平的至少約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 時(shí)，它被認(rèn)為與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平實(shí)質(zhì)上相同。在特別的實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的水平比對(duì)照樣品中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α水平低至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%時(shí)，它被認(rèn)為與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平相比實(shí)質(zhì)上降低。
[0126]在某些實(shí)施方式中，游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa水平是通過對(duì)來自大小排阻色譜(例如SEC-HPLC)的作為洗脫時(shí)間的函數(shù)的信號(hào)強(qiáng)度圖的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的曲線下面積(AUC)進(jìn)行積分測(cè)量的。
[0127]在一些實(shí)施方式中，抗TNF α藥物選自REMICADETM(英夫利昔單抗)、ENBREL?(依那西普)、HUMIRA? (阿達(dá)木單抗)、CIMZIA? (賽妥珠單抗)、SIMPONI? (戈利木單抗；CNT0148)及其組合。
[0128]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受抗TNFa藥物療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有TNFa介導(dǎo)的疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)或炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(⑶)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))。
[0129]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，抗TNF α藥物自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)，和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0130]在另一方面，本發(fā)明提供用于測(cè)量樣品中針對(duì)抗TNF α藥物的中和性形式的自體抗體的水平或百分比的方法，所述方法包括:
(a)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的抗TNFα藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α接觸，以形成:
(i)經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和自體抗體的第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著)；和/或
(?)經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物、經(jīng)標(biāo)記的TNFa和自體抗體的第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即免疫復(fù)合物或綴合物)(即其中第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(b)對(duì)第一經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物和/或第二經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以將它們與游離(即未結(jié)合)的經(jīng)標(biāo)記的TNF α、游離的經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和/或經(jīng)標(biāo)記的抗TNF a藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α的復(fù)合物分離；
(c)在大小排阻色譜后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平(例如通過在大小排阻色譜(SEC)后測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的曲線下面積(AUC));和
(d)比較在步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平與對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比(例如，通過測(cè)量并標(biāo)準(zhǔn)化只含游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的參考樣品在SEC后游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α峰的AUC’以計(jì)算游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF a的水平或百分比)，其中對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比對(duì)應(yīng)于中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0131]在一些實(shí)施方式中，對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的水平或百分比與步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平的差異對(duì)應(yīng)于非和中和性形式的自體抗體的水平或百分比。
[0132]在一些情況下，游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa由實(shí)質(zhì)上不含結(jié)合的抗TNF α藥物(例如經(jīng)標(biāo)記的和/或未標(biāo)記的抗TNF α藥物)的經(jīng)標(biāo)記的TNF α組成。
[0133]在特別的實(shí)施方式中，對(duì)照樣品中游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa水平或百分比是通過測(cè)量經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α之間形成的復(fù)合物(例如“經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物”)的峰面積(例如通過測(cè)量AUC)，然后從游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的峰面積(例如通過測(cè)量游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α峰的AUC)減去經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的測(cè)量的峰面積而標(biāo)準(zhǔn)化的。
[0134]在某些實(shí)施方式中，游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平是通過對(duì)來自大小排阻色譜(例如SEC-HPLC)的作為洗脫時(shí)間的函數(shù)的信號(hào)強(qiáng)度圖的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的曲線下面積(AUC)進(jìn)行積分測(cè)量的。在其他實(shí)施方式中，在經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNFa之間形成的復(fù)合物的水平是通過對(duì)來自大小排阻色譜(例如SEC-HPLC)的作為洗脫時(shí)間的函數(shù)的信號(hào)強(qiáng)度圖的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa峰的AUC積分測(cè)量的。
[0135]在某些實(shí)施方式中，針對(duì)抗TNFa藥物(例如ADA)的自體抗體的亞群是中和性形式的自體抗體(例如NAb)。在一些實(shí)施方式中，樣品中針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體的總水平可通過將根據(jù)本發(fā)明的方法測(cè)量的中和性和非中和性形式的自體抗體的水平相加而計(jì)笪
[0136]在一些實(shí)施方式中，步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平還與陰性對(duì)照、陽性對(duì)照或其組合比較。陰性對(duì)照的非限制性實(shí)例包括小鼠單克隆抗人IgG1Fc樣品和/或兔單克隆抗人IgG1Fc樣品。陽性對(duì)照的非限制性實(shí)例包括混合的ADA陽性患者血清樣品和/或針對(duì)抗TNFa藥物的F(ab’)2片段的兔多克隆抗體的樣品。
[0137]在其他實(shí)施方式中，步驟(d)中確定的中和性形式的自體抗體(例如NAb)的百分比與從健康對(duì)照(例如正常人血清)建立的截?cái)嘀祷騾⒖挤秶啾容^。在特別的實(shí)施方式中，截?cái)嘀祷騾⒖挤秶硎緸闃悠窞榱吮徽J(rèn)為是NAb陽性所必須具有的NAb的閾值百分比。在此類實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(d)中確定的NAb的百分比大于或等于從健康對(duì)照建立的截?cái)嘀祷騾⒖挤秶鷷r(shí)，樣品是NAb陽性。在其他實(shí)施方式中，當(dāng)步驟(d)中確定的NAb的百分比小于從健康對(duì)照建立的截?cái)嘀祷騾⒖挤秶鷷r(shí)，樣品是NAb陰性。截?cái)嘀祷騾⒖挤秶姆窍拗菩缘膶?shí)例包括例如至少約 0.25%,0.50%,0.75%、1.00%、1.50%,2.00%,2.50%,2.60%,2.70%、
2.80%、2.90%、3.00%、3.01%、3.02%、3.03%、3.04%、3.05%、3.06%、3.07%、3.08%、3.09%、
3.10%、3.20%、3.30%、3.40%、3.50%、4.00%、4.50%、5.00%、5.50%、6.00%、6.50%、7.00%、
7.50%、8.00%、8.50%、9.00%、9.50%、10.00%NAb,或其中任何范圍。在一些情況下,截?cái)嘀祷騾⒖挤秶羌s3.00%NAb 或約3.06%NAb或在3.00%-3.10%NAb之間。
[0138]在一些實(shí)施方式中，所有的針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體都是中和性抗體，并且樣品被定義為含有100%中和性抗藥物抗體(NAb)和/或0%非中和性抗藥物抗體(非NAb)。在此類實(shí)施方式中，步驟(c)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa的水平大體上與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNFa水平的相同，并且自體抗體被預(yù)測(cè)完全阻斷或干擾抗TNFa藥物和TNF α之間的結(jié)合。
[0139]在某些實(shí)施方式中，沒有針對(duì)抗TNF α藥物的自體抗體是中和性抗體，并且樣品被定義為含有100%的非NAb和/或0%的NAb。在此類實(shí)施方式中，步驟(C)中測(cè)量的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α的水平大體上與對(duì)照樣品中的游離的經(jīng)標(biāo)記的TNF α水平相比是不存在(例如不可檢測(cè))，并且自體抗體被預(yù)測(cè)不完全阻斷或干擾抗TNFa藥物和TNFa之間的結(jié)
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[0140]在其他實(shí)施方式中，當(dāng)中和性和非中和性形式的自體抗體均存在于樣品中時(shí)，兩類抗體的百分比可以其本身表示(例如50%NAb或50%非NAb被定義為樣品中相等比例的NAb和非NAb)或以比例表示。在某些情況下，比例是通過NAb的百分比除以非NAb的百分比計(jì)算的，或者反之亦然。在其他情況下，比例是通過NAb的水平除以非NAb的水平計(jì)算的，或者反之亦然。
[0141]在一些實(shí)施方式中，抗TNFa藥物選自REMICADE?(英夫利昔單抗)、ENBREL?(依那西普)、HUMIRA?(阿達(dá)木單抗)、CIMZIA? (賽妥珠單抗)、SIMPONI? (戈利木單抗；CNT0148)及其組合。
[0142]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受抗TNFa藥物療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在特別的實(shí)施方式中，對(duì)象患有TNFa介導(dǎo)的疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)或炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(⑶)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))。
[0143]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，抗TNF α藥物自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0144]在另一個(gè)特別的方面，本發(fā)明提供用于確定針對(duì)第一抗TNFa藥物的中和性形式的自體抗體是否與第二(即不同)抗TNFa藥物具有交叉反應(yīng)性的方法，所述方法包括:
(a)根據(jù)本文說明的測(cè)定法檢測(cè)或測(cè)量樣品中的中和性形式的自體抗體的存在、水平或百分比，以確定樣品是中和性形式的自體抗體陽性或陰性的；和
如果樣品是中和性形式的自體抗體陽性的，則:
(b)將樣品與經(jīng)標(biāo)記的第二抗TNFa藥物接觸，以形成經(jīng)標(biāo)記的第二抗TNFα藥物和中和性形式的自體抗體的經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即其中經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的組分不是彼此共價(jià)地附著);
(C)對(duì)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物進(jìn)行大小排阻色譜以分離經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物(即與游離的經(jīng)標(biāo)記的第二抗TNF α藥物分離)；和
(d)檢測(cè)經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物，從而確定針對(duì)第一抗TNF α藥物的中和性形式的自體抗體是否與第二抗TNF α藥物具有交叉反應(yīng)性。
[0145]在某些實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的存在指示針對(duì)第一抗TNFa藥物的中和性自體抗體與第二抗TNF α藥物具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將抑制第一和第二抗TNFa藥物的活性。
[0146]在某些其他實(shí)施方式中，經(jīng)標(biāo)記的復(fù)合物的不存在指示針對(duì)第一抗TNFa藥物的中和性自體抗體不與第二抗TNFa藥物具有交叉反應(yīng)性，即中和性自體抗體將不抑制第二抗TNF α藥物的活性。
[0147]在特別的實(shí)施方式中，第一和第二抗TNFa藥物獨(dú)立地選自REMICADE?(英夫利昔單抗)、ENBREL?(依那西普)、HUMIRA?(阿達(dá)木單抗)、CIMZIA? (賽妥珠單抗)、
SIMPONI? (戈利木單抗；CNT0148)及其組合。[0148]在其他實(shí)施方式中，樣品是全血、血清或血漿樣品，例如來自接受抗TNFa藥物療法的對(duì)象。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，樣品是血清。在【具體實(shí)施方式】中，對(duì)象患有TNF α介導(dǎo)的疾病或病癥，例如自體免疫疾病(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎)或炎性疾病(例如炎性腸病(IBD)例如克羅恩病(⑶)或潰瘍性結(jié)腸炎(UC))。
[0149]在某些實(shí)施方式中，樣品含有或被懷疑含有針對(duì)抗TNFa藥物的自體抗體。在其他實(shí)施方式中，抗TNF α藥物自體抗體包括但不限于人抗嵌合抗體(HACA)、人抗人源化抗體(HAHA)和人抗小鼠抗體(HAMA)及其組合。
[0150]在某些方面，本發(fā)明的測(cè)定方法還包括酸解步驟，所述步驟包括在將樣品與經(jīng)標(biāo)記的抗TNF α藥物和經(jīng)標(biāo)記的TNF α接觸之前、期間和/或之后將樣品與酸接觸。
[0151]使用酸解檢測(cè)抗藥物抗體的方法在本文和2012年2月16日提交的PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2012/025437中說明，出于全部目的將其公開內(nèi)容在此以整體并入作為參考。
[0152]在某些其他方面，本發(fā)明的測(cè)定方法包括檢測(cè)樣品中針對(duì)抗TNFa藥物的中和性和/或非中和性形式的自體抗體的一種或多種同種型的存在或水平。作為非限制性實(shí)例，本發(fā)明的測(cè)定法能夠用于確定來自接受抗TNF α藥物例如REMICADE? (英夫利昔單抗)或HUMIRA?(阿達(dá)木單抗)的ADA陽性患者的樣品中不同的中和性和/或非中和性ADA同種型。在某些實(shí)施方式中，所述一種或多種同種型包含至少兩種、三種、四種、五種或更多的同種型。在其他實(shí)施方式中，所述一種或多種同種型選自IgA、IgD、IgE、IgG和IgM同種型、其亞類及其組合。在某些實(shí)施方式中，每個(gè)自體抗體同種型通過其保留時(shí)間表征、鑒定，和/或檢測(cè)。在其他實(shí)施方式中，每個(gè)自體抗體同種型是根據(jù)信號(hào)表征、鑒定，和/或檢測(cè)的，所述信號(hào)由檢測(cè)器部分例如經(jīng)標(biāo)記的抗TNFa藥物和不同抗體同種型特異性的經(jīng)標(biāo)記的抗Ig抗體的臨近結(jié)合產(chǎn)生。在一些情況下，信號(hào)包含熒光信號(hào)，所述熒光信號(hào)可用熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)檢測(cè)。
[0153]檢測(cè)抗藥物抗體(ADA)同種型的方法在PCT
【發(fā)明者】S·豪恩施泰因, L·奧爾穆德, S·辛格, S·L·王 申請(qǐng)人:雀巢產(chǎn)品技術(shù)援助有限公司