一種對不同種質的羊草進行基因分型的snp引物及其應用
【技術領域】
[0001] 本發(fā)明屬于生物技術領域，具體涉及一種對不同種質的羊草進行基因分型的SNP 引物及其應用。
【背景技術】
[0002] 羊草（Leymus chinensis (Trin. ) Tzvel.)是多年生禾本科賴草屬植物，它是歐亞 大陸草原區(qū)東部草甸草原及干旱草原上的重要建群種之一。作為我國北方草原重要的鄉(xiāng)土 草，羊草不僅營養(yǎng)豐富、產量高、各類家畜均喜食，而且具有廣泛的逆境適應能力，尤其對于 一些極端氣候和土壤條件。羊草還具有發(fā)達的橫走根莖，穿透侵占能力很強，且能形成強大 的根網，盤結固持土壤作用很大，是很好的水土保持植物。羊草的這些優(yōu)異特性，使得它在 我國北方草原生態(tài)建設、植被恢復、畜牧業(yè)的發(fā)展等方面起著獨特的作用。
[0003] 分子標記是反映生物個體間基因組中某種差異特征的DNA片段，來源于DNA水平 的突變。分子標記技術在植物育種、遺傳多樣性分析、基因定位及繪制指紋圖譜中發(fā)揮著 越來越重要的作用。單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP)，是基因 組上單個核苷酸變異形成的DNA序列多態(tài)性。與其它類型的分子標記相比，具有明顯的優(yōu) 勢，表現(xiàn)在數量多，分布廣泛，多態(tài)性豐富，密度高；一般只有兩種堿基組成，是二等位基因 (Biallelic)，只需+/-的分析，適于快速、規(guī)模化篩查基因組；某些位于基因內部的SNP有 可能直接影響蛋白質結構或表達水平；SNP等位基因頻率容易估計；易于基因分型；遺傳穩(wěn) 定性比SSR高。因此，SNP被認為是應用前景最好的遺傳標記之一。
[0004] 隨著測序技術的發(fā)展，轉錄組測序已經成為鑒定SNP多態(tài)性分子標記的重要數據 源?；谵D錄組挖掘SNP分子標記的顯著優(yōu)點是這些潛在的SNP變異位于功能基因上可能 直接與植物表型相關。目前基于轉錄組測序開發(fā)SNP標記已在玉米、大豆、水稻等作物中廣 泛開展，開發(fā)的SNP被廣泛運用于遺傳圖譜構建和遺傳多樣性分析中。

【發(fā)明內容】

[0005] 本發(fā)明的一個目的是提供一種對不同種質的羊草基因組DNA的SNP位點進行基因 分型的成套引物。
[0006] 本發(fā)明提供的對不同種質的羊草基因組DNA的SNP位點進行基因分型的成套引物 為如下（1)-(17)中至少一種引物對：
[0007] (1)為由SEQ ID No. 1所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 2所示的單鏈DNA組成的引 物對1 ;
[0008] (2)為由SEQ ID No. 3所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 4所示的單鏈DNA組成的引 物對2 ;
[0009] (3)為由SEQ ID No. 5所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 6所示的單鏈DNA組成的引 物對3 ;
[0010] (4)為由SEQ ID No. 7所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 8所示的單鏈DNA組成的引 物對4 ;
[0011] (5)為由SEQ ID No. 9所示所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 10所示的單鏈DNA組成 的引物對5 ;
[0012] (6)為由SEQ ID No. 11所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 12所示的單鏈DNA組成的 引物對6 ;
[0013] (7)為由SEQ ID No. 13所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 14所示的單鏈DNA組成的 引物對7 ;
[0014] (8)為由SEQ ID No. 15所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 16所示的單鏈DNA組成的 引物對8 ;
[0015] (9)為由SEQ ID No. 17所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 18所示的單鏈DNA組成的 引物對9 ;
[0016] (10)為由SEQ ID No. 19所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 20所示的單鏈DNA組成的 引物對10 ;
[0017] (11)為由SEQ ID No. 21所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 22所示的單鏈DNA組成的 引物對11 ;
[0018] (12)為由SEQ ID No. 23所示所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 24所示的單鏈DNA組 成的引物對12 ;
[0019] (13)為由SEQ ID No. 25所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 26所示的單鏈DNA組成的 引物對13 ;
[0020] (14)為由SEQ ID No. 27所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 28所示的單鏈DNA組成的 引物對14 ;
[0021] (15)為由SEQ ID No. 29所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 30所示的單鏈DNA組成的 引物對15 ;
[0022] (16)為由SEQ ID No. 31所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 32所示的單鏈DNA組成的 引物對16 ;
[0023] (17)為由SEQ ID No. 33所示的單鏈DNA和SEQ ID No. 34所示的單鏈DNA組成的 引物對17。
[0024] 上述成套引物中，所述成套引物由上述17個引物對組成。
[0025] 上述成套引物中，所述SNP位點為17個位點中的至少一種；
[0026] 所述 17 個位點為 SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、 SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16 和 SNP17 ;
[0027] 所述SNPl位點的核苷酸為序列表中序列35的第67位核苷酸；所述SNP2位點的 核苷酸為序列表中序列36的第148位核苷酸；所述SNP3位點的核苷酸為序列表中序列37 的第31位核苷酸；所述SNP4位點的核苷酸為序列表中序列38的第60位核苷酸；所述SNP5 位點的核苷酸為序列表中序列39的第54位核苷酸；所述SNP6位點的核苷酸為序列表中序 列40的第37位核苷酸；所述SNP7位點的核苷酸為序列表中序列41的第100位核苷酸；所 述SNP8位點的核苷酸為序列表中序列42的第36位核苷酸；所述SNP9位點的核苷酸為序 列表中序列43的第104位核苷酸；所述SNP10位點的核苷酸為序列表中序列44的第38位 核苷酸；所述SNPll位點的核苷酸為序列表中序列45的第28位核苷酸；所述SNP12位點 的核苷酸為序列表中序列46的第55位核苷酸；所述SNP13位點的核苷酸為序列表中序列 47的第47位核苷酸；所述SNP14位點的核苷酸為序列表中序列48的第38位核苷酸；所述 SNP15位點的核苷酸為序列表中序列49的第37位核苷酸；所述SNP16位點的核苷酸為序 列表中序列50的第106位核苷酸；所述SNP17位點的核苷酸為序列表中序列51的第51位 核苷酸。
[0028] 本發(fā)明另一個目的是提供含有上述成套引物的PCR試劑。
[0029] 本發(fā)明提供的含有上述成套引物的PCR試劑為PCR試劑1或PCR試劑2或PCR試 劑3或PCR試劑4或PCR試劑5或PCR試劑6或PCR試劑7或PCR試劑8或PCR試劑9或 PCR試劑10或PCR試劑11或PCR試劑12或PCR試劑13或PCR試劑14或PCR試劑15或 PCR試劑16或PCR試劑17 ;
[0030] 所述PCR試劑1包括上述成套引物中的引物對1 ;
[0031] 所述PCR試劑2包括上述成套引物中的引物對2 ;
[0032] 所述PCR試劑3包括上述成套引物中的引物對3 ;
[0033] 所述PCR試劑4包括上述成套引物中的引物對4 ;
[0034] 所述PCR試劑5包括上述成套引物中的引物對5 ;
[0035] 所述PCR試劑6包括上述成套引物中的引物對6 ;
[0036] 所述PCR試劑7包括上述成套引物中的引物對7 ;
[0037] 所述PCR試劑8包括上述成套引物中的引物對8 ;
[0038] 所述PCR試劑9包括上述成套引物中的引物對9 ;
[0039] 所述PCR試劑10包括上述成套引物中的引物對10 ;
[0040] 所述PCR試劑11包括上述成套引物中的引物對11 ;
[0041] 所述PCR試劑12包括上述成套引物中的引物對12 ;
[0042] 所述PCR試劑13包括上述成套引物中的引物對13 ;
[0043] 所述PCR試劑14包括上述成套引物中的引物對14 ;
[0044] 所述PCR試劑15包括上述成套引物中的引物對15 ;
[0045] 所述PCR試劑16包括上述成套引物中的引物對16 ;
[0046] 所述PCR試劑17包括上述成套引物中的引物對17。
[0047] 上述PCR試劑中，所述成套引物中的各個引物對獨立包裝，各個引物對中的各條 引物獨立包裝。
[0048] 上述PCR試劑中，所述引物對1、引物對2、引物對3、引物對4、引物對5、引物對6、 引物對7、引物對8、引物對9、引物對10、引物對11、引物對12、引物對13、引物對14、引物 對15引物對16或引物對17的各條引物的物質的量相同。
[0049] 本發(fā)明還有一個目的是提供含有上述成套引物或含有上述PCR試劑的試劑盒。
[0050] 上述成套引物或上述PCR試劑或上述試劑盒在對不同種質的羊草基因組DNA的 SNP位點進行基因分型中的應用也屬于本發(fā)明的保護范圍。
[0051] 上述應用中所述SNP位點為17個位點中的至少一種；
[0052] 所述 17 個位點為 SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、 SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16 和 SNP17 ;
[0053] 所述SNPl位點的核苷酸為序列表中序列35的第67位核苷酸；所述SNP2位點的 核苷酸為序列表中序列36的第148位核苷酸；所述SNP3位點的核苷酸為序列表中序列37 的第31位核苷酸；所述SNP4位點的核苷酸為序列表中序列38的第60位核苷酸；所述SNP5 位點的核苷酸為序列表中序列39的第54位核苷酸；所述SNP6位點的核苷酸為序列表中序 列40的第37位核苷酸；所述SNP7位點的核苷酸為序列表中序列41的第100位核苷酸；所 述SNP8位點的核苷酸為序列表中序列42的第36位核苷酸；所述SNP9位點