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用于鑒定和治療狼瘡的方法和組合物的制作方法_2

文檔序號:8277707閱讀:來源:國知局
P、2種或更多種SNP、3種或更多種SNP、4種或更多種SNP、5種或更多種SNP、6種或 更多種SNP、7種或更多種SNP、8種或更多種SNP、9種或更多種SNP、10種或更多種SNP、11 種或更多種SNP、12種或更多種SNP、13種或更多種SNP、14種或更多種SNP、15種或更多種 SNP、16種或更多種SNP、17種或更多種SNP、18種或更多種SNP、19種或更多種SNP、或20種 或更多種SNP。一方面,所述遺傳標簽的SNP選自表6。另一方面,所述SNP選自rs9888739、 rsl3277113、rs7574865、rs2269368、rs6889239、rs2391592 和rs21177770。另一方面, 所述SNP選自rs2187668、rsl0488631、rs7574865、rs9888739、rsl3277113、rs2431697、 rs6568431、rsl0489265、rs2476601、rs2269368、rsl801274、rs4963128、rs5754217、 rs6445975、rs3129860、rsl0516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
[0020] 另一方面,本發(fā)明提供了評估受試者是否有風險形成狼瘡的方法,其通過在自所 述受試者獲得的生物學樣品中檢測指明形成狼瘡的風險的遺傳標簽的存在來實現(xiàn),其中所 述遺傳標簽包含選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的一種或多種SNP的集合。一方 面,所述SNP集合包含選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的約1-10種、10-20種、20-30 種、30-40種、或40-50種SNP。另一方面,所述SNP集合包含選自圖1-17和表1-10中所列 任何SNP的2種或更多種SNP、3種或更多種SNP、4種或更多種SNP、5種或更多種SNP、6種 或更多種SNP、7種或更多種SNP、8種或更多種SNP、9種或更多種SNP、10種或更多種SNP、 11種或更多種SNP、12種或更多種SNP、13種或更多種SNP、14種或更多種SNP、15種或更多 種SNP、16種或更多種SNP、17種或更多種SNP、18種或更多種SNP、19種或更多種SNP、或 20種或更多種SNP。另一方面,所述SNP集合包含選自表6的1-19種SNP。另一方面,所述 SNP集合包含選自表7-10中所列任何BLKSNP的BLKSNP。另一方面,所述SNP集合包含 選自表7-10中所列任何ITGAMSNP的ITGAMSNP。另一方面,所述SNP集合進一步包含選 自表7-10中所列任何BLKSNP的BLKSNP。另一方面,所述SNP集合包含選自下組SNP的 一種或多種SNP:rs2187668、rsl0488631、rs7574865、rs9888739、rsl3277113、rs2431697、 rs6568431、rsl0489265、rs2476601、rs2269368、rsl801274、rs4963128、rs5754217、 rs6445975、rs3129860、rsl0516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
[0021] 另一方面,本發(fā)明提供了在受試者中診斷狼瘡的方法,其通過在自所述受試者獲 得的生物學樣品中檢測指明狼瘡的遺傳標簽的存在來實現(xiàn),其中所述遺傳標簽包含選自圖 1-17和表1-10中所列任何SNP的一種或多種SNP的集合。
[0022] 另一方面,本發(fā)明提供了一種分離的多核苷酸或其片段,其長度為至少約10個核 苷酸,其中所述多核苷酸或其片段包含:a)與選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的單核 苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置處的遺傳變異,或(b) (a)的互補物。一方面, 所述分離的多核苷酸是基因組DNA,其包含選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的單核苷 酸多態(tài)性(SNP)。另一方面,所述分離的多核苷酸是RNA,其包含選自圖1-17和表1-10中 所列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)。
[0023] 一方面,本發(fā)明提供了一種分離的PRO相關(guān)多核苷酸或其片段,其長度為至少約 10個核苷酸,其中所述PRO相關(guān)多核苷酸或其片段包含:a)與選自圖1-17和表1-10中所 列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置處的遺傳變異,或(b)(a)的 互補物。一方面,所述分離的多核苷酸是基因組DNA,其編碼包含選自圖1-17和表1-10中 所列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的基因(和/或該基因的調(diào)控區(qū))。另一方面,所述 SNP在染色體中不編碼基因的區(qū)域中。另一方面,所述SNP在染色體的基因間區(qū)域中。另一 方面,所述分離的多核苷酸是引物。另一方面,所述分離的多核苷酸是寡核苷酸。
[0024]另一方面,本發(fā)明提供了一種寡核苷酸,其是(a)等位基因特異性寡核苷酸,其與 多核苷酸中在與圖1-17和表1-10中所列單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置 處包含遺傳變異的區(qū)域雜交,或(b) (a)的互補物。一方面,所述SNP在PRO相關(guān)多核苷酸 中,所述PRO相關(guān)多核苷酸編碼包含選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的單核苷酸多 態(tài)性(SNP)的基因(或其調(diào)控區(qū))。另一方面,所述SNP在基因組DNA中,所述基因組DNA 編碼包含選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的基因(或其調(diào) 控區(qū))。另一方面,所述SNP在該基因的非編碼區(qū)中。另一方面,所述SNP在該基因的編碼 區(qū)中。另一方面,所述等位基因特異性寡核苷酸是等位基因特異性引物。
[0025] 另一方面,本發(fā)明提供了一種試劑盒,其包含上文任一種寡核苷酸和,任選地,至 少一種酶。一方面,所述至少一種酶是聚合酶。另一方面,所述至少一種酶是連接酶。
[0026]另一方面,本發(fā)明提供了一種微陣列,其包含上文任何寡核苷酸。
[0027] 另一方面,本發(fā)明提供了一種檢測多核苷酸中在與如圖1-17和表1-10中所列單 核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置處是否存在變異的方法,該方法包括(a)使 懷疑包含所述變異的核酸與對所述變異特異性的等位基因特異性寡核苷酸在適合于所述 等位基因特異性寡核苷酸與所述核酸雜交的條件下接觸;并(b)檢測是否存在等位基因特 異性雜交。一方面,所述變異包含如圖1-17和表1-10中所列SNP。一方面,所述多核苷酸 是PRO相關(guān)多核苷酸。
[0028] 另一方面,本發(fā)明提供了一種擴增在多核苷酸中在與選自如圖1-17和表1-10中 所列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置處包含變異的核酸的方 法,該方法包括(a)使所述核酸與如下引物接觸,所述引物與所述核酸在所述變異3'序列 處雜交,并(b)延伸所述引物以生成包含所述變異的擴增產(chǎn)物。一方面,所述多核苷酸是 PRO相關(guān)多核苷酸。
[0029] 另一方面,本發(fā)明提供了一種測定來自哺乳動物的生物學樣品的基因型的方法, 該方法包括在自所述生物學樣品衍生的核酸材料中檢測在多核苷酸中在與選自如圖1-17 和表1-10中所列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置處是否存在 變異。一方面,所述多核苷酸是PRO相關(guān)多核苷酸。
[0030] 另一方面,所述生物學樣品已知或者懷疑包含本發(fā)明的多核苷酸,其中所述多核 苷酸在與選自如圖1-17和表1-10中所列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的 核苷酸位置處包含變異。另一方面,所述生物學樣品是疾病組織。另一方面,所述檢測包括 實施選自下組的方法:引物延伸測定法;等位基因特異性引物延伸測定法;等位基因特異 性核苷酸摻入測定法;等位基因特異性寡核苷酸雜交測定法;5'核酸酶測定法;采用分子 信標(molecularbeacon)的測定法;和寡核苷酸連接測定法。
[0031] 另一方面,本發(fā)明提供了一種對哺乳動物中的狼瘡細分類的方法,該方法包括在 自所述哺乳動物衍生的生物學樣品中檢測圖1-17和表1-10中所列一種或多種SNP的存 在,其中已知或懷疑所述生物學樣品包含至少一種包含選自圖1-17和表1-10中所列任何 SNP的SNP的多核苷酸。一方面,所述多核苷酸是PRO相關(guān)多核苷酸。
[0032] 另一方面,所述檢測包括實施選自下組的方法:引物延伸測定法;等位基因特異 性引物延伸測定法;等位基因特異性核苷酸摻入測定法;等位基因特異性寡核苷酸雜交測 定法;5'核酸酶測定法;采用分子信標的測定法;和寡核苷酸連接測定法。
[0033] 另一方面,本發(fā)明提供了一種用于預(yù)測患有狼瘡的受試者是否會響應(yīng)狼瘡治療劑 的方法,該方法包括測定所述受試者是否在多核苷酸中在與選自如圖1-17和表1-10中所 列任何SNP的單核苷酸多態(tài)性(SNP)的位置對應(yīng)的核苷酸位置處包含變異,其中存在變異 指明所述受試者會響應(yīng)所述治療劑。一方面,所述多核苷酸是PRO相關(guān)多核苷酸。
[0034] 另一方面,本發(fā)明提供了一種對受試者中的狼瘡做出診斷或預(yù)后的方法,該方法 包括檢測自獲自所述受試者的生物學樣品衍生的多核苷酸中的變異的存在,其中:(a)已 知或者懷疑所述生物學樣品含有包含所述變異的多核苷酸;(b)所述變異包含選自圖1-17 和表1-10中所列任何SNP的SNP,或者位于與選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP 對應(yīng)的核苷酸位置處;且(c)所述變異的存在對所述受試者中的狼瘡做出診斷或預(yù)后。
[0035] 另一方面,本發(fā)明提供了一種對受試者中的狼瘡做出診斷或預(yù)后的方法,該方法 包括檢測自獲自所述受試者的生物學樣品衍生的PRO或PRO相關(guān)多核苷酸中的變異的存 在,其中:(a)已知或者懷疑所述生物學樣品含有包含所述變異的PRO或PRO相關(guān)多核苷 酸;(b)所述變異包含圖1-17和表1-10中所列SNP,或者位于與圖1-17和表1-10中所列 SNP對應(yīng)的核苷酸位置處;且(c)所述變異的存在對所述受試者中的狼瘡做出診斷或預(yù)后。
[0036] 另一方面,本發(fā)明提供了一種幫助對受試者中的狼瘡做出診斷或預(yù)后的方法,該 方法包括檢測自獲自所述受試者的生物學樣品衍生的多核苷酸中的變異的存在,其中:(a) 已知或者懷疑所述生物學樣品含有包含所述變異的多核苷酸;(b)所述變異包含選自圖 1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP,或者位于與選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP 的SNP對應(yīng)的核苷酸位置處;且(c)所述變異的存在對所述受試者中狼瘡的狀況或癥狀做 出診斷或預(yù)后。
[0037] 另一方面,本發(fā)明提供了一種幫助對受試者中的狼瘡做出診斷或預(yù)后的方法,該 方法包括檢測自獲自所述受試者的生物學樣品衍生的PRO或
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