用于鑒定和治療狼瘡的方法和組合物的制作方法
【專利說明】用于鑒定和治療狼瘡的方法和組合物
[0001] 本申請(qǐng)是申請(qǐng)日為2008年5月21日、中國(guó)申請(qǐng)?zhí)枮?00880025560. 5、發(fā)明名稱為 "用于鑒定和治療狼瘡的方法和組合物"的發(fā)明申請(qǐng)的分案申請(qǐng)。
[0002] 對(duì)相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0003] 本專利申請(qǐng)要求2007年5月21日提交的美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?0/939, 156和2007年 12月12日提交的美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/013, 283的優(yōu)先權(quán)。由此通過提及而完整收錄這些專 利申請(qǐng)及其中含有的所有參考文獻(xiàn)的內(nèi)容。 發(fā)明領(lǐng)域
[0004] -般而言，本發(fā)明涉及與狼瘡有關(guān)的獨(dú)特的一組遺傳多態(tài)性，和用于評(píng)估形成狼 瘡的風(fēng)險(xiǎn)以及用于診斷和治療狼瘡的方法。
[0005] 發(fā)明背景
[0006] 狼瘡是一種自身免疫性疾病，牽涉攻擊結(jié)締組織的抗體。據(jù)估計(jì)，該疾病影響近1 百萬美國(guó)人，主要是年齡20-40之間的女性。狼瘡的主要形式是一種系統(tǒng)性的形式（系統(tǒng)性 紅斑狼瘡；SLE)。系統(tǒng)性紅斑狼瘡（SLE)是一種慢性自身免疫性疾病，具有強(qiáng)烈的遺傳要素 以及環(huán)境要素（參見例如HochbergMC,Dubois'LupusErythematosus?第 5 版，Wallace DJ，HahnBH編Baltimore:WilliamsandWilkins(1997);WakelandEK等，Immunity 2001 ; 15(3):397-408;NathSK等，Curr.Opin.Immunol. 2004 ; 16(6):794-800)。自身 抗體在SLE的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用，并且該疾病的多種多樣的臨床表現(xiàn)是由于含 有抗體的免疫復(fù)合物在血管中的沉積（這導(dǎo)致腎、腦和皮膚中的發(fā)炎），以及自身抗體 促成溶血性貧血和血小板減少的直接致病效應(yīng)。一般而言，SLE被表征為具有廣泛臨 床特征的自身免疫性結(jié)締組織病癥，其主要影響女性，尤其是來自某些民族的（D'Cruz 等，Lancet(2007)，369:587-596)。SLE與抗核抗體的生成、循環(huán)中的免疫復(fù)合物、和補(bǔ)體系 統(tǒng)的活化有關(guān)。SLE具有的發(fā)病率為700名年齡在20和60之間的女性中有約1例。SLE 能影響任何器官系統(tǒng)，并能引起嚴(yán)重的組織損傷。SLE中存在不同特異性的眾多自身抗體。 SLE患者常常產(chǎn)生具有抗DNA、抗Ro、和抗血小板特異性且能夠啟動(dòng)疾?。ㄖT如腎小球腎 炎、關(guān)節(jié)炎、漿膜炎、新生兒中的完全性心臟傳導(dǎo)阻滯、和血液學(xué)異常）的臨床特征的自身 抗體。這些自身抗體還可能涉及中樞神經(jīng)系統(tǒng)紊亂。Arbuckle等記載了SLE臨床發(fā)作前 自身抗體的形成（Arbuckle等N.Engl.J.Med. 349(16): 1526-1533(2003))。狼瘡（包括 SLE)的確診是不容易的，這導(dǎo)致臨床醫(yī)生訴諸于基于多因素征候和癥狀的分類辦法（Gill 等，AmericanFamilyPhysician(2003) ,68(11): 2179-2186)。
[0007] 狼瘡不治療能致命，因?yàn)樗鼜墓羝つw和關(guān)節(jié)發(fā)展至內(nèi)部器官，包括肺、心、和腎 (主要關(guān)注腎?。?，如此使對(duì)形成狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的早期且準(zhǔn)確的診斷和/或評(píng)估尤為至關(guān)重 要。狼瘡主要表現(xiàn)為一系列突然發(fā)作，及少許或無疾病表現(xiàn)的居間期。腎損傷（通過尿中 蛋白尿的量來測(cè)量）是SLE中與致病性有關(guān)的最劇烈損傷區(qū)域之一，并且占到該疾病至少 50%的死亡率和發(fā)病率。
[0008] 復(fù)雜自身免疫性疾?。ㄖT如狼瘡）的臨床管理中最困難的挑戰(zhàn)之一是對(duì)患者中該 疾病的準(zhǔn)確且早期的鑒定。在這幾年里，已經(jīng)實(shí)施了許多連鎖和候選基因研宄以鑒定促成SLE易感性的遺傳因子。攜帶HLAII類等位基因DRB1*0301和DRB1*1501的單元型明顯與 疾病以及針對(duì)核自身抗原的抗體的存在有關(guān)（參見例如GoldbergMA等，ArthritisRheum 1976 ;19(2) :129-32;GrahamRR等，AmJHumGenet2002 ;71 (3):543-53;及GrahamRR 等，EurJHumGenet2007; 15 (8): 823-30)。新近，發(fā)現(xiàn)干擾素調(diào)節(jié)因子5 (IRF5)和信號(hào) 轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活蛋白4(STAT4)的變體是SLE重要的風(fēng)險(xiǎn)因子（參見例如SigurdssonS 等，AmJHumGenet2005 ;76 (3) : 528-37;GrahamRR等，NatGenet2006 ;38 (5) : 550-55 ; GrahamRR等，ProcNatlAcadSciUSA2007; 104 (16): 6758-63;及RemmersEF等，N EnglJMed2007 ;357 (10): 977-86)。IRF5和STAT4作為SLE風(fēng)險(xiǎn)基因的鑒定為如下觀念 提供支持，即I型干擾素途徑對(duì)于疾病發(fā)病機(jī)制是重要的（參見例如RonnblomL等，JExp Med2001 ;194(12):F59-63;BaechlerEC等，CurrOpinImmunol2004 ;16(6):801-07; BanchereauJ等，Immunity2006 ;25 (3) : 383-92;MiyagiT等，JExpMed2007 ;電子出 版；9月10日）。
[0009] 為此目的，具有基于分子的診斷方法會(huì)是高度有利的，其能用于客觀地鑒定患 者中疾病的存在和/或?qū)⒒颊咧械募膊》诸悺＿z傳變異或多態(tài)性是存在于生物體基因 組中的遺傳變異。多態(tài)性包括單核苷酸多態(tài)性（SNP)(參見例如，Carlson等，Nature 2004 ;429:446_452;Bell,Nature2004 ;429:453_463;Evans和Relling,Nature2004; 429:464-468)。已經(jīng)將SNP與嚴(yán)重疾病的風(fēng)險(xiǎn)和/或存在堅(jiān)固地聯(lián)系起來，諸如糖尿病 (Sladek等，Nature2007 ;445:881-828;Zeggini等，Science2007 ;4 月 26 日；Scott 等，Science2007 ;4 月 26 日；及Saxena等，Science2007 ;4 月 26 日）；克羅恩病（例 如他!1^6等，似七661^^.2007;2月；39(2) :207-11);類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎（例如美國(guó)專利公 開文本號(hào)2007/0031848);和其它炎性免疫性疾?。ɡ缑绹?guó)專利6, 900, 016 ;美國(guó)專利 7, 205, 106)。
[0010] 直到最近，還不可能對(duì)基因組全面檢查改變針對(duì)復(fù)雜疾?。ㄖT如狼瘡）的風(fēng)險(xiǎn) 的變體。然而，與容許對(duì)幾十萬變體進(jìn)行劃算且準(zhǔn)確的基因型分型的技術(shù)進(jìn)步偶聯(lián)的 共同人變異的廣泛目錄的產(chǎn)生（參見例如Nature2005; 437 (7063): 1299-320)已經(jīng)推 動(dòng)了人類基因組學(xué)的革命。第一次，有可能進(jìn)行充滿動(dòng)力的（well-powered)全基因組 關(guān)聯(lián)掃描以更全面地測(cè)試如下假設(shè)，即共同變體影響風(fēng)險(xiǎn)。在過去兩年中，已經(jīng)高度證 實(shí)了 此技術(shù)（參見例如DewanA等，Science2006 ;314(5801):989-92;Nature2007; 447(7145):661-78，MatarinM等，Lancetneurology2007;6(5):414_20;MoffattMF 等，Nature2〇〇7;448(7l52):47〇_73;PlengeRM等，NEnglJMed2〇〇7;SaxenaR 等，Science2007 ;316 (5829) : 1331-36;ScottLJ等，Science2007 ;316 (5829) : 1341-45 ; ScuteriA等，PLoSGenet2007;3(7):ell5)。所鑒定的風(fēng)險(xiǎn)基因座提供對(duì)人疾病中失調(diào) 的分子途徑的新了解。
[0011] 然而，仍然顯著缺乏關(guān)于SNP與復(fù)雜疾?。ㄖT如狼瘡）的關(guān)聯(lián)的可靠信息，如此顯 然繼續(xù)需要鑒定與此類疾病有關(guān)的多態(tài)性。此類關(guān)聯(lián)會(huì)極大地有益于鑒定患者中狼瘡的存 在或測(cè)定形成該疾病的易感性。另外，可以以整體要素形式利用關(guān)于SNP與復(fù)雜疾?。ㄖT 如狼瘡）的關(guān)聯(lián)的統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物學(xué)顯著的且可重現(xiàn)的信息，以致力于鑒定特定患者子集， 預(yù)期他們會(huì)顯著受益于用特定治療劑進(jìn)行的治療，例如其中所述治療劑在臨床研宄中顯示 或者已經(jīng)顯示了在此類特定狼瘡患者亞群中是有治療益處的。
[0012] 本文中所描述的發(fā)明滿足上文所述需要，并提供其它益處。
[0013] 通過提及而完整收錄本文中引用的所有參考文獻(xiàn)，包括專利申請(qǐng)和出版物。
[0014] 發(fā)明概述
[0015] 本發(fā)明提供了用于鑒定狼瘡、和用于評(píng)估形成狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的準(zhǔn)確的、簡(jiǎn)單的、和快 速的方法和組合物，其至少部分基于一種或多種遺傳變異（例如SNP)的鑒定，所述遺傳變 異以高的統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物學(xué)顯著性與狼瘡的存在、亞型、和/或患者亞群相關(guān)聯(lián)。更具體地， 本發(fā)明涉及與狼瘡及其亞型有關(guān)的獨(dú)特SNP集合、此類SNP的獨(dú)特組合、和連鎖不平衡區(qū)域 的鑒定及罹患狼瘡及其亞型的患者亞群的鑒定。
[0016] 具體地，所述獨(dú)特的SNP集合和/或組合可用作指明有風(fēng)險(xiǎn)形成狼瘡的受試者或 指明疾病或其癥狀或狀況的遺傳序型（geneticprofile)或標(biāo)簽（signature)。本文中 所公開的多態(tài)性作為用于評(píng)估形成狼瘡的風(fēng)險(xiǎn)的生物標(biāo)志是有用的，以及對(duì)于用于設(shè)計(jì)診 斷試劑的靶物是有用的。在一些方面，所述SNP與基因無關(guān)。在其它方面，所述SNP與基 因有關(guān)，并且可以位于基因間或基因內(nèi)的區(qū)域中，且更具體地，可以位于編碼區(qū)或非編碼區(qū) 中。與本發(fā)明的SNP有關(guān)的基因可以與未知基因有關(guān)，或者可以與已知基因（例如ITGAM 或BLK)有關(guān)。
[0017] 本文中所鑒定的SNP提供了用于開發(fā)如下治療劑的靶物，所述治療劑用于經(jīng)遺傳 鑒定的狼瘡患者的診斷和治療，包括展現(xiàn)出包含一種或多種本發(fā)明SNP的獨(dú)特遺傳標(biāo)簽的 狼瘡患者亞群的診斷和靶向治療。例如，一方面，含有本文中所鑒定的遺傳變異的基因、與 這些基因有關(guān)的核酸（例如DNA或RNA)、和由這些基因編碼的蛋白質(zhì)可以作為用于開發(fā)治 療劑（例如小分子化合物、抗體、反義/RNAi劑等）的靶物使用或者直接作為用于治療狼瘡 的治療劑（例如治療性蛋白質(zhì)等）使用。
[0018] 因而，一方面，本發(fā)明提供了一種或多種SNP的集合，其形成用于評(píng)估形成狼瘡的 風(fēng)險(xiǎn)的獨(dú)特遺傳標(biāo)簽。一方面，所述獨(dú)特的遺傳標(biāo)簽包含選自圖1-17和表1-10中所列任 何SNP的約 1-10 種、10-20 種、20-30 種、30-40 種、或 40-50 種SNP。
[0019] 一方面，所述獨(dú)特的遺傳標(biāo)簽包含選自圖1-17和表1-10中所列任何SNP的1種或 多種SN