本發(fā)明涉及一種與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物及其應(yīng)用，屬于生物。

背景技術(shù)：

1、雞蛋的蛋重是質(zhì)量評(píng)價(jià)指標(biāo)之一，既是雞蛋分級(jí)、新鮮度和蛋結(jié)構(gòu)評(píng)價(jià)的重要指標(biāo)，也是育種和養(yǎng)殖效益的重要因素。雞的飼料成本與蛋的產(chǎn)量和質(zhì)量直接相關(guān)，通過選育蛋重較大的雞，可以提高資源利用效率，減少飼料浪費(fèi)，但雞蛋過大會(huì)造成產(chǎn)蛋量降低，以及蛋殼強(qiáng)度下降，影響雞蛋品質(zhì)。因此，要改善產(chǎn)蛋蛋重以及蛋殼強(qiáng)度，需要對(duì)雞蛋的大小進(jìn)行選育。剛開產(chǎn)時(shí)，蛋重受開產(chǎn)日齡、體重、光照等因素的影響較大，且與產(chǎn)蛋日齡呈正相關(guān)的趨勢(shì)，隨著母雞日齡的增加，蛋重也隨之增加直至產(chǎn)蛋中期慢慢趨于平緩。開產(chǎn)蛋重對(duì)開產(chǎn)初期乃至整個(gè)產(chǎn)蛋周期的雞蛋品質(zhì)影響顯著，而37周齡屬于產(chǎn)蛋中期，正是產(chǎn)蛋的高峰時(shí)期，所以對(duì)開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重進(jìn)行選育，可以有效減少其他因素對(duì)蛋重的影響，提升選育效率。利用分子標(biāo)記來準(zhǔn)確鑒定雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀的基因型，并將其運(yùn)用于育種選擇中，從而更精確地實(shí)現(xiàn)早期選種。

2、atf6基因編碼的激活轉(zhuǎn)錄因子6（atf6）是一種內(nèi)質(zhì)網(wǎng)定位蛋白。在骨骼和軟骨中，atf6參與成骨細(xì)胞分化過程，其過度表達(dá)會(huì)刺激骨鈣素轉(zhuǎn)錄增加，而骨鈣素含量的病理性升高又與卵巢早衰的出現(xiàn)密不可分，這一現(xiàn)象可能會(huì)對(duì)產(chǎn)蛋周期造成影響。此外，atf6基因還調(diào)控著卵泡生理過程中的關(guān)鍵步驟，影響著顆粒細(xì)胞的分化和凋亡，參與卵泡的增長(zhǎng)和維持。以上研究表明，atf6與繁殖性狀之間存在著密切的聯(lián)系。但atf6與雞蛋重性狀的研究目前屬于空白階段。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的缺陷，提出一種與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物及其應(yīng)用，快速檢測(cè)篩選雞蛋重。

2、本發(fā)明測(cè)量了母雞的蛋重，利用全基因組重測(cè)序技術(shù)進(jìn)行snp基因分型，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選得到與雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀顯著相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記，為雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀選育提供了新的基因和分子標(biāo)記資源。

3、本發(fā)明通過以下技術(shù)方案解決技術(shù)問題：首先提供一種與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物，所述分子標(biāo)記引物的核苷酸序列如seq?id?no:1和seq?id?no:2所示，所述分子標(biāo)記位于雞參考基因組grcg7b版本8號(hào)染色體上第3735125位堿基處，堿基突變?yōu)閠或c。序列如seq?id?no:3或seq?id?no:4所示第59位堿基。

4、本發(fā)明進(jìn)一步提供上述分子標(biāo)記引物的應(yīng)用，用于包括隱性白洛克雞在內(nèi)的20個(gè)群體的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀相關(guān)的snp基因型的檢測(cè)。檢測(cè)方法包括以下步驟，

5、第一步、提供待測(cè)雞dna樣品，用分子標(biāo)記引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增，得到擴(kuò)增產(chǎn)物，所述待測(cè)雞dna樣品中含有雞8號(hào)染色體第3735125位堿基的snp分子標(biāo)記；

6、第二步、將pcr產(chǎn)物進(jìn)行sanger測(cè)序；

7、第三步、根據(jù)第二步的測(cè)序結(jié)果判斷雞8號(hào)染色體第3735125位堿基的snp分子標(biāo)記基因型。

8、其中，第一步所述的分子標(biāo)記引物對(duì)的脫氧核糖核苷酸序列為：

9、上游引物：5’-gtcaaatcagagaagccagggaag-3’（seq?id?no:?1）

10、下游引物：5’-gacttcctgcaccactctcttattc-3’（seq?id?no:?2）

11、其反應(yīng)體系終濃度25?μl計(jì)，

12、待測(cè)雞dna?50?ng，

13、2?x?accurate?taq?master?mix?12.5?μl，

14、上游引物?1?μl，

15、下游引物?1?μl，

16、滅菌水?補(bǔ)充至?25?μl。

17、所述的pcr擴(kuò)增的反應(yīng)條件為：94℃預(yù)變性5min；94℃變性30sec，55℃退火30sec，72℃延伸60sec，共30循環(huán)；72℃延伸2min；?4℃保存；擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列如seq?id?no：3或seq?id?no：4所示，擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為336?bp，包含雞8號(hào)染色體第3735125位堿基。

18、所述第三步中，判斷標(biāo)準(zhǔn)是snp位點(diǎn)為c/c基因型雞的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重高于c/t和t/t基因型個(gè)體，c/t基因型雞的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重高于t/t基因型個(gè)體。

19、本發(fā)明通過atf6基因分子標(biāo)記檢測(cè)雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀的基因型，得出c/c基因型雞的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重高于c/t和t/t基因型個(gè)體，c/t基因型雞的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重高于t/t基因型個(gè)體。通過以待測(cè)雞的基因組dna為模板，采用特異性引物對(duì)其進(jìn)行pcr擴(kuò)增，然后將該pcr擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行sanger測(cè)序和snp分子標(biāo)記基因分型，基于該snp分子標(biāo)記的基因型可以實(shí)現(xiàn)對(duì)雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀進(jìn)行選擇。在育種中，可根據(jù)育種目標(biāo)，通過淘汰c/t和t/t基因型個(gè)體，保留c/c基因型個(gè)體，其有益效果是該分子標(biāo)記可以作為雞育種的遺傳標(biāo)記，選育開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重較大且均勻的雞；可以高效快速地鑒定雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀，并提高雞群蛋重的整齊度，為雞的早期選育提供科學(xué)依據(jù)，對(duì)于雞育種具有重要價(jià)值。此外，本發(fā)明公開的檢測(cè)方法簡(jiǎn)單易操作，在實(shí)驗(yàn)室即可開展。

技術(shù)特征：

1.一種與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物，其特征在于：所述分子標(biāo)記引物的核苷酸序列如seq?id?no:1和seq?id?no:2所示，所述分子標(biāo)記位于雞8號(hào)染色體上第3735125位堿基處，堿基突變?yōu)閠或c。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物的應(yīng)用，其特征在于：用于20個(gè)雞品種的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀相關(guān)的snp基因型的檢測(cè)。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物的應(yīng)用，其特征在于：檢測(cè)方法包括以下步驟，

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物的應(yīng)用，其特征在于：反應(yīng)體系終濃度25?μl計(jì)，

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述與雞蛋重性狀相關(guān)的atf6基因分子標(biāo)記引物的應(yīng)用，其特征在于：所述第三步中，判斷標(biāo)準(zhǔn)是snp位點(diǎn)為c/c基因型雞的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重高于c/t和t/t基因型個(gè)體，c/t基因型雞的開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重高于t/t基因型個(gè)體。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及一種與雞蛋重性狀相關(guān)的ATF6基因分子標(biāo)記引物及其應(yīng)用，屬于生物技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明通過以待測(cè)雞的基因組DNA為模板，采用特異性引物對(duì)其進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后將該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行Sanger測(cè)序和SNP分子標(biāo)記基因分型，實(shí)現(xiàn)對(duì)雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀的選擇。通過淘汰C/T和T/T基因型個(gè)體，保留C/C基因型個(gè)體，其有益效果是該分子標(biāo)記可以作為雞育種的遺傳標(biāo)記，選育開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重較大且均勻的雞；可以高效快速地鑒定雞開產(chǎn)蛋重與37周齡蛋重性狀，并提高雞群蛋重的整齊度，為雞的早期選育提供科學(xué)依據(jù)，對(duì)于雞育種具有重要價(jià)值。此外，本發(fā)明公開的檢測(cè)方法簡(jiǎn)單易操作，在實(shí)驗(yàn)室即可開展。

技術(shù)研發(fā)人員：馮春剛,丁紀(jì)強(qiáng),冷冬,李霓,武瑋,單艷菊,趙雪,趙茜
受保護(hù)的技術(shù)使用者：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/9