本發(fā)明涉及家禽育種，特別是涉及一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的分子標記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、家禽發(fā)展是畜牧業(yè)發(fā)展中不可或缺的一環(huán)，其發(fā)展水平對于我國畜牧業(yè)和農(nóng)業(yè)發(fā)展具有重要意義。雞的毛囊密度性狀是反映皮膚毛囊數(shù)量的重要指標，也是衡量雞屠體美觀度的重要指標，主要包括背部毛囊密度和腿部毛囊密度等性狀。我國家禽毛囊性狀研究中，雖然發(fā)現(xiàn)了一些與毛囊生長發(fā)育相關(guān)的關(guān)鍵基因和信號通路，但其遺傳機制仍不夠清晰。尤其是多基因遺傳與表型之間的關(guān)系復(fù)雜，缺乏詳實的遺傳圖譜和全基因組關(guān)聯(lián)分析(gwas)研究結(jié)果。為了擺脫當前困境，就必須對現(xiàn)有品種進行遺傳改良和選擇。而家禽品種遺傳改良離不開相關(guān)關(guān)鍵基因的發(fā)掘。隨著科學技術(shù)的發(fā)展，基因組相關(guān)技術(shù)在研究動植物數(shù)量性狀方面的應(yīng)用愈加廣泛和有效，再進一步通過基因組選擇等手段，顯著提高其生產(chǎn)性能。全基因組關(guān)聯(lián)分析(gwas)作為一種有效的手段在動植物育種工作甚至人類疾病研究中的應(yīng)用越來越多，它可以將重測序方法和統(tǒng)計學原理相結(jié)合，在全基因組范圍內(nèi)尋找到與目標性狀關(guān)聯(lián)的候選區(qū)域和基因。目前，國內(nèi)外關(guān)于雞毛囊密度性狀的相關(guān)基因報道較少，且利用大規(guī)模測序手段對雞毛囊密度相關(guān)性狀的研究方面尚具有較大的研究空白。

2、全基因組關(guān)聯(lián)分析方法可以為育種者提供深入了解雞毛囊密度性狀的遺傳機制和關(guān)鍵基因，為雞品種改良提供科學依據(jù)，加速育種進程。因此，全基因組關(guān)聯(lián)分析在雞遺傳育種方面的應(yīng)用有著迫切的需要和廣闊的前景，相關(guān)的全基因組關(guān)聯(lián)分析方法也急需開發(fā)。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是提供一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的分子標記及其應(yīng)用，以解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析雞基因組dna，篩選出與雞背部毛囊密度和腿部毛囊密度顯著相關(guān)的候選基因和snp位點，為今后優(yōu)質(zhì)雞品種選育提供理論支撐。

2、為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了如下方案：

3、本發(fā)明提供一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的分子標記，所述分子標記包括分子標記i和分子標記ii，所述分子標記i的snp位點位于雞基因組6號染色體的第18248647位堿基，該位點存在g/t突變；所述分子標記ii的snp位點位于雞基因組z染色體的7479108位堿基，該位點存在g/a突變；所述雞基因組在ensemble數(shù)據(jù)庫的登錄號為grcg6a_release95。

4、優(yōu)選的是，所述分子標記i的基因型為gg、gt和tt，所述分子標記ii的基因型為gg、ga和aa。

5、優(yōu)選的是，所述雞毛囊密度性狀包括雞的背部毛囊密度和腿部毛囊密度。

6、優(yōu)選的是，所述分子標記i與雞背部毛囊密度相關(guān)，所述分子標記ii與雞腿部毛囊密度相關(guān)。

7、優(yōu)選的是，所述雞包括江豐麻黃雞。

8、本發(fā)明還提供所述的分子標記在如下任一項中的應(yīng)用：

9、(1)鑒定雞毛囊密度性狀中的應(yīng)用；

10、(2)在雞毛囊密度性狀改良中的應(yīng)用；

11、(3)在篩選與雞毛囊密度性狀相關(guān)的新品種中的應(yīng)用。

12、本發(fā)明還提供一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的育種方法，包括以下步驟：

13、提取待測雞基因組dna，進行全基因組測序或者獲取所述分子標記的snp位點上下游100kb序列，根據(jù)snp位點的基因型判斷待測雞的毛囊密度性狀，根據(jù)判斷結(jié)果選育雞毛囊密度優(yōu)良的雞品種。

14、優(yōu)選的是，所述判斷的方法為：利用所述分子標記i的snp位點的基因型判斷雞背部毛囊密度，所述背部毛囊密度最優(yōu)的基因型為tt；利用所述分子標記ii的snp位點的基因型判斷雞腿部毛囊密度，所述腿部毛囊密度最優(yōu)的基因型為aa。

15、優(yōu)選的是，在雞毛囊密度性狀育種中，保留背部毛囊密度為tt基因型和/或腿部毛囊密度為aa基因型的雞品種。

16、本發(fā)明公開了以下技術(shù)效果：

17、本發(fā)明選擇對江豐麻黃雞毛囊表型進行全基因組關(guān)聯(lián)分析，通過對這些性狀的選擇，識別與毛囊性狀顯著相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性，結(jié)果檢測到105個與背部毛囊密度顯著關(guān)聯(lián)的snps，175個與腿部囊密度顯著關(guān)聯(lián)的snps。

18、本發(fā)明還以chr6:18248647位點、chrz:7479108位點為例，分析其與雞毛囊密度性狀的關(guān)聯(lián)性，結(jié)果顯示chr6:18248647位點與雞背部毛囊密度顯著相關(guān)，且tt基因型群體背部毛囊密度較gg、gt群體高，tt與其他基因型的表型差異顯著(p<0.05)，gg與gt基因型表型差異不顯著(p>0.05)；chrz:7479108位點與雞腿部毛囊密度顯著相關(guān)，且aa基因型腿部毛囊密度顯著大于其他基因型(p<0.05)，gg與ga基因型表型差異不顯著(p>0.05)。

19、本發(fā)明挖掘了影響家禽毛囊表型性狀的關(guān)鍵基因與信號通路，揭示其背后遺傳機制，填補了麻黃雞毛囊性狀在全基因組關(guān)聯(lián)分析上研究的空缺，為優(yōu)質(zhì)雞新品種的選育提供了理論支撐。

技術(shù)特征：

1.一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的分子標記，其特征在于，所述分子標記包括分子標記i和分子標記ii，所述分子標記i的snp位點位于雞基因組6號染色體的第18248647位堿基，該位點存在g/t突變；所述分子標記ii的snp位點位于雞基因組z染色體的7479108位堿基，該位點存在g/a突變；所述雞基因組在ensemble數(shù)據(jù)庫的登錄號為grcg6a_release95。

2.如權(quán)利要求1所述的分子標記，其特征在于，所述分子標記i的基因型為gg、gt和tt，所述分子標記ii的基因型為gg、ga和aa。

3.如權(quán)利要求1所述的分子標記，其特征在于，所述雞毛囊密度性狀包括雞的背部毛囊密度和腿部毛囊密度。

4.如權(quán)利要求3所述的分子標記，其特征在于，所述分子標記i與雞背部毛囊密度相關(guān)，所述分子標記ii與雞腿部毛囊密度相關(guān)。

5.如權(quán)利要求1所述的分子標記，其特征在于，所述雞包括江豐麻黃雞。

6.如權(quán)利要求1-5任一項所述的分子標記在如下任一項中的應(yīng)用：

7.一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的育種方法，其特征在于，包括以下步驟：

8.如權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，所述判斷的方法為：利用所述分子標記i的snp位點的基因型判斷雞背部毛囊密度，所述背部毛囊密度最優(yōu)的基因型為tt；利用所述分子標記ii的snp位點的基因型判斷雞腿部毛囊密度，所述腿部毛囊密度最優(yōu)的基因型為aa。

9.如權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，在雞毛囊密度性狀育種中，保留背部毛囊密度為tt基因型和/或腿部毛囊密度為aa基因型的雞品種。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種與雞毛囊密度性狀相關(guān)的分子標記及其應(yīng)用，屬于家禽育種技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明選擇505只麻黃雞作為全基因組關(guān)聯(lián)分析的實驗對象，收集背部毛囊密度和腿部毛囊密度性狀，77日齡時翅下采血，提取基因組DNA，經(jīng)過檢測所提取到的基因組DNA完整性、純度及濃度，將合格樣品進行重測序，然后對雞毛囊密度性狀進行全基因組關(guān)聯(lián)分析，檢測到105個與背部毛囊密度顯著關(guān)聯(lián)的SNPs，175個與腿部囊密度顯著關(guān)聯(lián)的SNPs。并針對其中的部分SNP位點與背部毛囊密度以及腿部毛囊密度進行驗證分析，為選育與雞毛囊性狀相關(guān)的雞品種提供了理論支撐。

技術(shù)研發(fā)人員：羅慶斌,葉楚鈿,梁偉銘,方成,劉愛君,馬雪蓉
受保護的技術(shù)使用者：華南農(nóng)業(yè)大學
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/2