與相關(guān)申請(qǐng)的交叉參考本申請(qǐng)要求于2009年10月26日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)?zhí)?1/254,968的優(yōu)先權(quán)，所述美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)的公開內(nèi)容整體引入本文作為參考。
技術(shù)領(lǐng)域：
本公開內(nèi)容涉及用于測(cè)定患者預(yù)后的來(lái)自肺癌患者的組織樣品的體外診斷測(cè)定，且特別涉及用于測(cè)定早期患者例如診斷有I期或II期非小細(xì)胞肺癌的患者的預(yù)后的體外測(cè)定。
背景技術(shù)：
：肺癌是2005年美國(guó)幾乎三分之一的癌癥死亡的原因，并且廣義地分成2個(gè)類型：非小細(xì)胞肺癌和小細(xì)胞肺癌。非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)占美國(guó)80-85％的肺癌病例。NSCLC包含3個(gè)主要類型：(i)鱗狀細(xì)胞癌，其在鱗狀細(xì)胞中開始，所述鱗狀細(xì)胞是看起來(lái)象魚鱗的薄的、扁平細(xì)胞。鱗狀細(xì)胞癌也稱為表皮樣癌；(ii)大細(xì)胞癌，其在幾個(gè)類型的大肺細(xì)胞中開始；(iii)腺癌，其在內(nèi)襯肺的肺泡并且制備物質(zhì)例如粘液的細(xì)胞中開始。其他較不常見(jiàn)類型的NSCLC包括多形性癌、類癌瘤和未分類的癌。NSCLC的診斷通過(guò)病理學(xué)家對(duì)可疑組織例如活組織檢查樣品的檢查來(lái)完成。在NSCLC診斷后，使用患者的總體健康和年齡、癥狀例如咳嗽和呼吸困難的嚴(yán)重性、NSCLC的具體類型和癌癥的分期，對(duì)患者的疾病指定預(yù)后(恢復(fù)機(jī)率)。分期考慮腫瘤的大小以及腫瘤是僅存在于肺中還是已擴(kuò)展至機(jī)體中的其他地方。用于NSCLC患者的具體治療選項(xiàng)隨后基于這些考慮加以選擇，并且癌癥分期是用于治療選擇的重要組分。具有早期NSCLC的患者可以潛在地通過(guò)手術(shù)切除摘除腫瘤得到治愈，但目前診斷模式無(wú)法預(yù)測(cè)哪些患者將在手術(shù)后復(fù)發(fā)。癌癥是具有低治愈率的通常致命的疾病，對(duì)于其大多數(shù)治療旨在改善生活質(zhì)量和壽命。因?yàn)榘┘?xì)胞是人細(xì)胞，通常僅通過(guò)相對(duì)小數(shù)目的遺傳異常或蛋白質(zhì)突變的累積辨別，所以在殺死癌細(xì)胞中有用的藥物療法通常對(duì)于許多正常人細(xì)胞也是有害的，并且在被治療患者中一般引起顯著毒性。此外，因?yàn)榘┌Y通常局部復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移至遠(yuǎn)離其起源組織的組織和器官，所以關(guān)鍵的是了解具有早期癌癥的哪些患者在其原發(fā)性腫瘤的手術(shù)摘除后需要藥物治療。這在具有早期NSCLC的患者中是尤其關(guān)鍵的問(wèn)題，其腫瘤早期檢測(cè)且手術(shù)摘除，特別是具有I和IIa期疾病的患者。在用抗癌藥治療這些患者下導(dǎo)致無(wú)法接受高比率的患者發(fā)展復(fù)發(fā)性或轉(zhuǎn)移性疾病，最終導(dǎo)致增加的死亡率和死亡。過(guò)度治療這個(gè)群體導(dǎo)致無(wú)法接受高數(shù)目的患者，其不需要藥物療法，經(jīng)歷來(lái)自給予其的藥物的毒性副作用。美國(guó)國(guó)立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(NationalComprehensiveCancerNetwork)因特網(wǎng)網(wǎng)站如下描述了NSCLC分期?！霸诿绹?guó)臨床實(shí)踐中最常用于描述非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)生長(zhǎng)和擴(kuò)展的系統(tǒng)是TNM分期系統(tǒng)，也稱為美國(guó)癌癥聯(lián)合委員會(huì)(AmericanJointCommitteeonCancer)(AJCC)系統(tǒng)。在TNM分期中，合并關(guān)于腫瘤(T)、進(jìn)入附近淋巴結(jié)內(nèi)的任何擴(kuò)展(N)、和任何遠(yuǎn)側(cè)器官轉(zhuǎn)移(M)的信息，并且將分期指定至特定TNM分組。分組的分期使用數(shù)目0和從I到IV的羅馬數(shù)字進(jìn)行描述。“T分類基于肺癌的大小、其在肺內(nèi)的擴(kuò)展和定位、及其擴(kuò)展至附近組織。在Tis分類中，癌癥僅在內(nèi)襯氣道的細(xì)胞層中發(fā)現(xiàn)。它不擴(kuò)展到其他肺組織內(nèi)。這個(gè)分類也稱為原位癌。“在T1分類中，癌癥不大于3厘米(略微小于1-1?英寸)，未擴(kuò)展至臟胸膜(圍繞肺的膜)，并且不影響支氣管的主要分支?！霸赥2分類中，癌癥具有下述特征中的一個(gè)或多個(gè)：(i)它大于3cm；(ii)它涉及肺的主支氣管，但與其中氣管(氣管)分支進(jìn)入左和右主支氣管內(nèi)的點(diǎn)不近于2cm(約3?-4英寸)；或(iii)已擴(kuò)展至臟胸膜。癌癥可以部分阻斷氣道，但這未引起整個(gè)肺萎陷或發(fā)展肺炎?！霸赥3分類中，癌癥具有下述特征中的一個(gè)或多個(gè)：(i)它已擴(kuò)展至胸壁、橫膈膜(將胸與腹分開的呼吸肌)、縱隔胸膜(圍繞2個(gè)肺之間的間隔的膜)、或心包壁層(圍繞心臟的囊的膜)；(ii)它涉及肺的主支氣管，并且它與其中氣管(氣管)分支進(jìn)入左和右主支氣管內(nèi)的點(diǎn)近于2cm，但不涉及這個(gè)區(qū)域；或(iii)它已生長(zhǎng)到氣道內(nèi)，足以引起一個(gè)肺完全萎陷或引起整個(gè)肺的肺炎?！霸赥4分類中，癌癥具有下述特征中的一個(gè)或多個(gè)：(i)它已擴(kuò)展至縱隔(在胸骨后和在心臟前的間隔)、心臟、氣管(氣管)、食道(連接咽喉與胃的管)、脊柱或其中氣管分支進(jìn)入左和右主支氣管內(nèi)的點(diǎn)；(ii)2個(gè)或更多個(gè)分開的腫瘤結(jié)節(jié)存在于相同葉中；或(iii)存在惡性胸腔積液，這是在圍繞肺的間隔中含有癌細(xì)胞的液體的出現(xiàn)?！癗分類取決于肺附近的哪個(gè)淋巴結(jié)受癌癥影響，如果存在的話。在N0分類中，癌癥未擴(kuò)展至任何淋巴結(jié)。在N1分類中，癌癥已擴(kuò)展至在肺內(nèi)的淋巴結(jié)或進(jìn)入肺門淋巴結(jié)(位于其中支氣管進(jìn)入肺的區(qū)域周圍的那些)內(nèi)。在N1分類中，受累淋巴結(jié)僅在與癌性肺相同的側(cè)上。在N2分類中，癌癥已擴(kuò)展至隆突下淋巴結(jié)(在其中氣管分支進(jìn)入左和右支氣管內(nèi)的點(diǎn)周圍的那些)或縱隔(在胸骨后和在心臟前的間隔)中的淋巴結(jié)。在N2分類中，受累淋巴結(jié)在癌性肺的相同側(cè)上。在N3分類中，癌癥已擴(kuò)展至在任一側(cè)上的鎖骨附近的淋巴結(jié)、和/或在與癌性肺相對(duì)側(cè)上的肺門或縱隔淋巴結(jié)?！癕分類取決于癌癥是否已轉(zhuǎn)移且擴(kuò)展至任何遠(yuǎn)側(cè)組織和器官。在M0分類中，不存在遠(yuǎn)側(cè)癌癥擴(kuò)展。在M1分類中，癌癥已擴(kuò)展至1個(gè)或更多個(gè)遠(yuǎn)側(cè)部位。視為遠(yuǎn)側(cè)的部位包括肺的其他葉、遠(yuǎn)于用于測(cè)定癌癥的N分類的那些的淋巴結(jié)、和其他器官或組織例如肝、骨或腦。一旦對(duì)于特定NSCLC已指定T、N和M分類，就合并這個(gè)信息(分期分組)，以指定0、I、II、III或IV的總體分期(參見(jiàn)表1)。T和N分類的多個(gè)組合合并成分期。分期鑒定具有類似預(yù)后且以相似方式治療的腫瘤類型。如表1中所示，具有遠(yuǎn)側(cè)擴(kuò)展的腫瘤(即M1分類癌癥)視為IV期，與淋巴結(jié)牽涉的腫瘤大小無(wú)關(guān)。”來(lái)自NCCN因特網(wǎng)網(wǎng)站的下表顯示用于NSCLC的合并分類和分期分類法。表1具有較低分期編號(hào)的NSCLC患者一般具有對(duì)于存活更有利的預(yù)后和前景，并且這些患者一般通過(guò)腫瘤的手術(shù)切除加以治療。然而，即使對(duì)于早期患者，例如具有1B期、IIA或IIB期NSCLC的那些，顯著百分比的這些患者也將在手術(shù)切除后復(fù)發(fā)，具有更侵略性的疾病且死亡。目前臨床診斷方法無(wú)法以足夠的精確度鑒定早期NSCLC預(yù)后，以指導(dǎo)針對(duì)更可能復(fù)發(fā)的這些患者的更攻擊性治療。需要更好的體外診斷方法以鑒定更高危險(xiǎn)的早期NSCLC患者，其應(yīng)接受新輔助或輔助化學(xué)療法或一般具有再評(píng)估的治療意見(jiàn)。使用熒光標(biāo)記的DNA雜交探針以鑒定染色體異常的基于熒光原位雜交(FISH)的分子體外診斷測(cè)定已得到公開，用于在用于NSCLC患者的化學(xué)療法的選擇中使用(PCT/US2005/018879，“Methodsforpredictionofclinicaloutcometoepidermalgrowthfactorinhibitorsbycancerpatients”，M.Garcia等人)。FISH測(cè)定已在2006年3月23日公開的美國(guó)專利申請(qǐng)20060063194，“Methodsandprobesforthedetectionofcancer”，L.Morrison等人(下文稱為“Morrison‘194”)中描述為用于NSCLC的起始診斷測(cè)定，所述美國(guó)專利申請(qǐng)的公開內(nèi)容整體引入本文作為參考。Morrison‘194申請(qǐng)描述了對(duì)于NSCLC篩選和診斷有用的多個(gè)FISH探針組，并且Morrison‘194中所述的一個(gè)探針組作為在ASR(分析物特異性試劑)標(biāo)記下的LAVysion?探針組從AbbottMolecular，Inc.(DesPlaines，Illinois，U.S.A.)商購(gòu)可得，用于通過(guò)臨床實(shí)驗(yàn)室使用以產(chǎn)生臨床診斷測(cè)定。在美國(guó)食品與藥物管理局ASR標(biāo)記要求下，ASR標(biāo)記必須不包括關(guān)于ASR的醫(yī)學(xué)效用的任何要求。LAVysionASR探針組包含4個(gè)FISH探針：用SpectrumGreen綠色熒光團(tuán)標(biāo)記的染色體5p15基因座特異性探針，用SpectrumGold黃色熒光團(tuán)標(biāo)記的染色體8q24基因座特異性探針，用SpectrumAqua藍(lán)色熒光團(tuán)標(biāo)記的染色體6計(jì)數(shù)探針，和用SpectrumRed紅色熒光團(tuán)標(biāo)記的染色體7p12基因座特異性探針。使用LAVysion探針組執(zhí)行的研究已得到描述且例如在K.Halling等人，“Fluorescenceinsituhybridizationindiagnosticcytology”，Hum.Path.(2007)38：1137-1144中綜述。細(xì)胞周期蛋白E的超表達(dá)先前已與肺癌中的不良后果相關(guān)(在Singhal等人，Clin.CancerRes.，2005，11，第3974-3986頁(yè)中綜述)。然而，在細(xì)胞周期蛋白E基因座上無(wú)拷貝數(shù)改變已確立為預(yù)測(cè)標(biāo)記。此外，沒(méi)有關(guān)于用于NSCLC的FISH測(cè)定的先前報(bào)道已公開使用FISH探針，以更精確地鑒定關(guān)于早期NSCLC特別是分類為IB期或II期的那些的預(yù)后。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：在一個(gè)方面，本公開內(nèi)容提供了預(yù)測(cè)就肺癌治療的患者中的疾病后果的方法，該方法包括步驟：a)提供來(lái)自患者的測(cè)試樣品；b)測(cè)定測(cè)試樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)；c)針對(duì)基線拷貝數(shù)2比較測(cè)試樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)，從而測(cè)定測(cè)試樣品中關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在；和d)基于測(cè)試樣品中關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，當(dāng)與在癌癥后果標(biāo)記中不具有拷貝數(shù)變化的患者中疾病后果的基線測(cè)量比較時(shí)，將患者鑒定為具有不良疾病后果的增加危險(xiǎn)，其中癌癥后果標(biāo)記中的拷貝數(shù)變化的存在預(yù)測(cè)不良疾病后果。在一個(gè)實(shí)施方案中，不良疾病后果是例如當(dāng)與不具有關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)減少的總體存活時(shí)間，和當(dāng)與不具有關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的患者的復(fù)發(fā)時(shí)間比較時(shí)更短的復(fù)發(fā)時(shí)間中的至少一個(gè)。在另一個(gè)方面，本公開內(nèi)容提供了預(yù)測(cè)就肺癌治療的患者中的治療后果的方法，該方法包括：a)提供來(lái)自患者的測(cè)試樣品；b)測(cè)定測(cè)試樣品中關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，其中癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其拷貝數(shù)中的變化與不良疾病后果相關(guān)；和c)基于關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，當(dāng)與不具有關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益(gain)的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)，測(cè)定患者是具有減少的總體存活時(shí)間還是更短的復(fù)發(fā)時(shí)間的更高危險(xiǎn)。在任何方法中，癌癥后果標(biāo)記是例如染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記包括選自下述的任何：Chr19，34.7Mb-35.6Mb；Chr19，38.9-40.7Mb；Chr17，69.2-71.3Mb；Chr6，70.8-71.1Mb；Chr12，93.7kb-1.9Mb；Chr11，64.3-64.8Mb；Chr19，57.0-62.2Mb；Chr6，39.1-39.9Mb；Chr11，64.8-65.7Mb；Chr11，61.4-64.3Mb；Chr17，51.5-53.2Mb；Chr17，43.5-44.9Mb；Chr2，147.6-151.1Mb；Chr6，123.7-135.6Mb；Chr8，6.9-8.8Mb；Chr2，159.9-161.4Mb；Chr2，200.9-204.2Mb；Chr6，36.3-36.7Mb；Chr2，205.9-208.1Mb；和Chr1，109.5-111.1Mb。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr19，34.7Mb-35.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼C19orf12；C19orf12；細(xì)胞周期蛋白E1；PLEKHF1；POP4；和ZNF536的核苷酸序列。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr19，38.9-40.7Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼ATP4AATP酶；CHST8，DMKNFAR1,2,3；FXYD1,3,5,7；GAPDHS；GPI；GPR42；GRAMD1A；HAMP；HPN；KCTD15KIAA0355；KRTDAP；LGI4；LSM14A；LSR；MAG；PDCD2L；SAE2SUMO1；SBSN；SCN1B；TMEM147,162；USF2；WTIP；和ZNF181,30,302,599,792的核苷酸序列。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr17，69.2-71.3Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ARMC7(含犰狳(armadillo)重復(fù)7)；ATP5HATP合酶(H+轉(zhuǎn)運(yùn)，線粒體F0復(fù)合體，亞基d)；CASKIN2(CASK相互作用蛋白質(zhì)2)；CD300A(CD300a分子)；CD300C(CD300c分子)；CD300E(CD300e分子)；CD300LB(CD300分子樣家族成員b)；CD300LF(CD300分子樣家族成員f)；CDR2L(小腦變性相關(guān)蛋白質(zhì)2樣)；DNAI2(動(dòng)力蛋白，軸絲的，中間鏈2)；(FADS6脂肪酸去飽和酶結(jié)構(gòu)域家族，成員6)；FDXR(鐵氧化還原蛋白還原酶)；GALK1(半乳糖激酶1)；GGA3(高爾基相關(guān)的，含γ銜接蛋白耳，ARF結(jié)合蛋白)：GPR142(G蛋白偶聯(lián)受體142)；GPRC5C(G蛋白偶聯(lián)受體，家族C，組5，成員C)；GRB2(生長(zhǎng)因子受體結(jié)合蛋白2)；GRIN2C(谷氨酸鹽受體，離子型，N-甲基D-天冬氨酸鹽2C)；H3F3B(H3組蛋白，家族3B(H3.3B))；HN1(血液學(xué)和神經(jīng)學(xué)表達(dá)的1ICT1未成熟的結(jié)腸癌轉(zhuǎn)錄物1)；ITGB4(整聯(lián)蛋白，β4)；KCTD2(含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域2)；KIAA0195；KIF19(驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員19)；LLGL2(幼蟲巨大致死基因同系物2(果蠅(Drosophila))；LOC388419(半乳糖凝集素-3-結(jié)合蛋白樣)；MIF4GD(含MIF4G結(jié)構(gòu)域)；MRPS7(線粒體核糖體蛋白質(zhì)S7)；NAT9(N-乙酰基轉(zhuǎn)移酶9)；NT5C(5'，3'-核苷酸酶，胞質(zhì)的)；NUP85(核孔蛋白85kDa)；OTOP2(耳蝶呤2)；OTOP3(耳蝶呤3)；RAB37(RAB37，成員RAS癌基因家族)；RECQL5(RecQ蛋白質(zhì)樣5)；RPL38核糖體蛋白質(zhì)L38；SAP30BP(SAP30結(jié)合蛋白)；SLC16A5(溶質(zhì)載體家族16，成員5(一元羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白6))；SLC25A19(溶質(zhì)載體家族25(線粒體焦磷酸硫胺素載體)，成員19)；SLC9A3R1(溶質(zhì)載體家族9(鈉/氫交換劑)，成員3調(diào)節(jié)物1)；SUMO2(mif二3同系物2(釀酒酵母(S.cerevisiae)的SMT3抑制因子)；TMEM104(跨膜蛋白質(zhì)104)；TTYH2(tweety同系物2(果蠅))；UNK(unkempt同系物(果蠅))；和USH1G(Usher綜合征1G(常染色體隱性)[標(biāo)記3]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr6，70.8-71.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼COL19A1(膠原，XIX型，α1)和COL9A1(膠原，IX型，α1)的核苷酸序列。[標(biāo)記4]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr12，93.7kb-1.9Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ADIPOR2(脂聯(lián)素受體2)；B4GALNT3(β-1,4-N-乙酰基-氨基半乳糖基轉(zhuǎn)移酶3)；CACNA2D4(鈣通道，電壓依賴性，α2/δ亞基4)；CCDC77(含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域77)；ERC1(ELKS/RAB6-相互作用/CAST家族成員1)；FBXL14(F-盒和富含亮氨酸重復(fù)的蛋白質(zhì)14)；HSN2(遺傳性感覺(jué)性神經(jīng)病，II型)；IQSEC3(IQ基序和Sec7結(jié)構(gòu)域3)；JARID1A(jumonji，富含AT相互作用結(jié)構(gòu)域1A)；LRTM2(富含亮氨酸重復(fù)和跨膜結(jié)構(gòu)域2)；NINJ2(ninjurin2)；RAD52(RAD52同系物(釀酒酵母))；SLC6A12(溶質(zhì)載體家族6(神經(jīng)遞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，甜菜堿/GABA)，成員12)；SLC6A13(溶質(zhì)載體家族6(神經(jīng)遞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，GABA)，成員13)；WNK1(WNK賴氨酸缺陷型蛋白質(zhì)激酶1)；和WNT5B(無(wú)翅型MMTV整合位點(diǎn)家族，成員5B)。[標(biāo)記5]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr11，64.3-64.8Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ARL2(ADP-核糖基化因子樣2)；ATG2AATG2(自體吞噬相關(guān)的2同系物A(釀酒酵母))；BATF2(堿性亮氨酸拉鏈轉(zhuǎn)錄因子，ATF樣2；CAPN1卡配因1,(μ/I)大亞基)；CDC42BPG(CDC42結(jié)合蛋白質(zhì)激酶γ(DMPK樣))；CDCA5(細(xì)胞分裂周期相關(guān)的5)；EHD1(含EH-結(jié)構(gòu)域1)；FAU(Finkel-Biskis-Reilly鼠肉瘤病毒(FBR-MuSV)遍在表達(dá)的)；GPHA2(糖蛋白激素α2)；MAP4K2絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶激酶2；MEN1多發(fā)性內(nèi)分泌瘤形成I；MRPL49線粒體核糖體蛋白質(zhì)L49；NAALADL1N-乙?；吝B接的酸性二肽酶樣1；POLA2聚合酶(DNA指導(dǎo)的)，α2(70kD亞基)；PPP2R5B蛋白質(zhì)磷酸酶2，調(diào)節(jié)亞基B'，β同種型；SAC3D1含SAC3結(jié)構(gòu)域1SLC22A20溶質(zhì)載體家族22，成員20；SNX15分類連接素15；SPDYCspeedy同系物C(果蠅)；SYVN1滑液細(xì)胞凋亡抑制劑1，synoviolin；TM7SF2跨膜7超家族成員2；ZFPL1鋅指蛋白樣1；ZNHIT2鋅指，HIT2型；hsa-mir-192；和hsa-mir-194-2。[標(biāo)記6]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr19，57.0-62.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：BIRC8(含桿狀病毒IAP重復(fù)8)；BRSK1(BR絲氨酸/蘇氨酸激酶1)；CACNG6,7,8鈣通道，電壓依賴性，γ亞基6,7,8；CCDC106含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域106；CDC42EP5CDC42效應(yīng)蛋白(RhoGTP酶結(jié)合)5；CNOT3CCR4-NOT轉(zhuǎn)錄復(fù)合體，亞基3；COX6B2細(xì)胞色素c氧化酶亞基VIb多肽2(睪丸)；DPRX分歧成對(duì)相關(guān)同源框；EPN1epsin1；EPS8L1EPS8樣1；FCAR關(guān)于IgA的Fc片段的受體；FIZ1FLT3-相互作用鋅指1；GALP加蘭肽樣肽；GP6糖蛋白VI(血小板)；HSPBP1hsp70-相互作用蛋白質(zhì)；IL11白細(xì)胞介素11；ISOC2含異分支酸酶結(jié)構(gòu)域2；KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1殺傷細(xì)胞免疫球蛋白樣受體；LAIR1,2白細(xì)胞相關(guān)免疫球蛋白樣受體1,2；LENG1,4,8,9白細(xì)胞受體簇(LRC)成員1,4,8,9；LILRA2,3,4白細(xì)胞免疫球蛋白樣受體，亞家族A(具有TM結(jié)構(gòu)域)，成員2,3,4；LILRB1,2,3,4,5白細(xì)胞免疫球蛋白樣受體，亞家族B(具有TM和ITIM結(jié)構(gòu)域)，成員1,2,3,4,5；MYADM髓樣相關(guān)的分化標(biāo)記；NAT14N-乙?；D(zhuǎn)移酶14；NCR1天然細(xì)胞毒性觸發(fā)受體1；NDUFA3NADH脫氫酶(泛醌)1α亞復(fù)合體，3，9kDa；NLRP2,4,5,7,8,9,11,12,13NLR家族，含pyrin結(jié)構(gòu)域2,4,5,7,8,9,11,12,13；OSCAR破骨細(xì)胞相關(guān)的，免疫球蛋白樣受體；PEG3父源表達(dá)的3；PPP1R12C蛋白質(zhì)磷酸酶1，調(diào)節(jié)(抑制劑)亞基12C；PPP2R1A蛋白質(zhì)磷酸酶2(以前的2A)，調(diào)節(jié)亞基A，α同種型；PRKCG蛋白質(zhì)激酶C，γ；PRPF31PRP31mRNA前體加工因子31同系物(釀酒酵母)；PTPRH蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶，受體型，H；RDH13視黃醇脫氫酶13(全反式/9-順式)；RPL28核糖體蛋白質(zhì)L28；RPS9核糖體蛋白質(zhì)S9；SAPS1SAPS結(jié)構(gòu)域家族，成員1；SUV420H2花斑抑制因子4-20同系物2(果蠅)；SYT5突觸結(jié)合蛋白V；TFPTTCF3(E2A)融合配偶體(在兒童白血病中)；TMC4跨膜通道樣4；TMEM190跨膜蛋白質(zhì)190；TMEM86B跨膜蛋白質(zhì)86B；TNNI3肌鈣蛋白I3型(心臟的)；TNNT1肌鈣蛋白T1型(骨骼的，緩慢的)；TSEN34tRNA剪接內(nèi)切核酸酶34同系物(釀酒酵母)；TTYH1tweety同系物1(果蠅)；U2AF2U2小核RNA輔助因子2；UBE2S遍在蛋白綴合酶E2S；VN1R2犁鼻骨1受體2；VN1R4犁鼻骨1受體4；VSTM1含V-組(set)和跨膜結(jié)構(gòu)域1；ZNF28,160,320,321,331,347,350,415,432,444,468,470鋅指蛋白28,160,320,321,331,347,350,415,432,444,468,470；以及miRNA包括hsa-mir-643、hsa-mir-512-1、hsa-mir-512-2、hsa-mir-498、hsa-mir-520e、hsa-mir-515-1、hsa-mir-519e、hsa-mir-520f、hsa-mir-515-2、hsa-mir-519c、hsa-mir-520a、hsa-mir-526b、hsa-mir-519b、hsa-mir-525、hsa-mir-523、hsa-mir-518f、hsa-mir-520b、hsa-mir-518b、hsa-mir-526a-1、hsa-mir-520c、hsa-mir-518c、hsa-mir-524、hsa-mir-517a、hsa-mir-519d、hsa-mir-521-2、hsa-mir-520d、hsa-mir-517b、hsa-mir-520g、hsa-mir-516-3、hsa-mir-526a-2、hsa-mir-518e、hsa-mir-518a-1、hsa-mir-518d、hsa-mir-516-4、hsa-mir-518a-2、hsa-mir-517c、hsa-mir-520h、hsa-mir-521-1、hsa-mir-522、hsa-mir-519a-1、hsa-mir-527、hsa-mir-516-1、hsa-mir-516-2、hsa-mir-519a-2、hsa-mir-371、hsa-mir-372、hsa-mir-373、hsa-mir-516a-1、hsa-mir-516a-2、hsa-mir-516b-1、hsa-mir-516b-2、hsa-mir-517a-1、hsa-mir-517a-2、hsa-mir-520c-1和hsa-mir-520c-2[標(biāo)記7]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr6，39.1-39.9Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：C6orf64(染色體6可讀框64)；DNAH8動(dòng)力蛋白，軸絲的，重鏈8；GLP1R胰高血糖素樣肽1受體；KCNK16鉀通道，亞家族K，成員16；KCNK17鉀通道，亞家族K，成員17；KCNK5鉀通道，亞家族K，成員5；和KIF6驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員6。[標(biāo)記8]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr11，64.8-65.7Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：BANF1(對(duì)于自整合因子的障礙1)；CATSPER1陽(yáng)離子通道，精子相關(guān)的1CCDC85B含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域85B；CDC42EP2CDC42效應(yīng)蛋白(RhoGTP酶結(jié)合)2；CFL1cofilin1(非肌肉)；CST6半胱氨酸蛋白酶抑制劑E/M；CTSW組織蛋白酶W；DPF2D4，鋅和雙重PHD指家族2；DRAP1DR1相關(guān)蛋白質(zhì)1(負(fù)輔因子2α)；EFEMP2含EGFfibulin樣細(xì)胞外基質(zhì)蛋白質(zhì)2；EHBP1L1EH結(jié)構(gòu)域結(jié)合蛋白1樣1；FAM89B具有序列相似性的家族89，成員B；FIBP成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子(酸性的)細(xì)胞內(nèi)結(jié)合蛋白；FOSL1FOS樣抗原1；FRMD8含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域8；GAL3ST3半乳糖-3-O-磺基轉(zhuǎn)移酶3；HTATIPHIV-1Tat相互作用蛋白質(zhì)，60kDa.KCNK7鉀通道亞家族K，成員7；LTBP3潛在轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子β結(jié)合蛋白3；MAP3K11絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶11；MGC11102假定蛋白質(zhì)MGC11102；MUS81MUS81內(nèi)切核酸酶同系物(釀酒酵母)；OVOL1卵樣1(果蠅)；PACS1phosphofurin酸性簇分類蛋白質(zhì)1；PCNXL3pecanex樣3(果蠅)；POLA2聚合酶(DNA指導(dǎo)的)α2(70kD亞基)；RELAv-rel網(wǎng)狀內(nèi)皮組織增殖病毒癌基因同系物A，B細(xì)胞中的κ輕多肽基因增強(qiáng)子的核因子3，p65(禽的)；RNASEH2C核糖核酸酶H2，亞基C；SART1由T細(xì)胞識(shí)別的鱗狀細(xì)胞癌抗原；SCYL1SCY1樣1(釀酒酵母)；SF3B2剪接因子3b，亞基2，145kDa；SIPA1信號(hào)誘導(dǎo)的增殖相關(guān)基因1；SLC25A45溶質(zhì)載體家族25，成員45；SSSCA1Sjogren綜合征/硬皮病自身抗原1；TIGD3觸發(fā)轉(zhuǎn)座元件衍生的3；和TSGA10IP睪丸特異性，10相互作用蛋白質(zhì)[標(biāo)記9]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr11，61.4-64.3Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：AHNAK(AHNAK核蛋白)；ASRGL1天冬酰胺酶樣1；B3GAT3β-1,3-葡糖醛酸基轉(zhuǎn)移酶3(葡糖醛酸基轉(zhuǎn)移酶I)；BADBCL2-細(xì)胞死亡的拮抗劑；BEST1bestrophin1；BSCL2Bernardinelli-Seip先天性脂質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良2(seipin)；CCDC88B含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域88B；CHRM1膽堿能受體，毒蕈堿的1；COX8A細(xì)胞色素c氧化酶亞基8A(遍在的)；DKFZP564J0863DKFZP564J0863蛋白質(zhì)；DKFZP566E164DKFZP566E164蛋白質(zhì)；DNAJC4DnaJ(Hsp40)同系物，亞家族C，成員4；EEF1G真核轉(zhuǎn)錄延長(zhǎng)因子1γ；EML3棘皮動(dòng)物微管相關(guān)蛋白質(zhì)樣3；ESRRA雌激素相關(guān)受體α；FADS2,3脂肪酸去飽和酶2,3；FKBP2FK506結(jié)合蛋白2，13kDa；FLRT1纖連蛋白富含亮氨酸跨膜蛋白質(zhì)1；FTH1鐵蛋白，重多肽1；GANAB葡糖苷酶，α；中性AB；GNG3鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，γ3；GPR137G蛋白偶聯(lián)受體137；HRASLS2,3,5HRAS樣抑制因子2,3,5；INCENP內(nèi)部著絲粒蛋白質(zhì)抗原135/155kDa；INTS5整合因子復(fù)合體亞基5；KCNK4鉀通道，亞家族K，成員4；LGALS12凝集素，半乳糖苷結(jié)合的，可溶的，12(半乳糖凝集素12)；MACROD1含MACRO結(jié)構(gòu)域1；MARK2MAP/微管親和力調(diào)節(jié)激酶2；MGC3196假定蛋白質(zhì)MGC3196；MTA2轉(zhuǎn)移相關(guān)的1家族，成員2；NAT11N-乙?；D(zhuǎn)移酶11；NRXN2neurexin2；NUDT22nudix(二磷酸核苷連接的部分X)-型基序22；NXF1核RNA輸出因子1；OTUB1OUT結(jié)構(gòu)域，遍在蛋白醛結(jié)合的1；PLCB3磷脂酶C，β3(磷脂酰肌醇特異性的)；POLR2G聚合酶(RNA)II(DNA指導(dǎo)的)多肽G；PPP1R14B蛋白質(zhì)磷酸酶1，調(diào)節(jié)(抑制劑)亞基14B；PRDX5過(guò)氧化物還原酶5；PYGM磷酸化酶，糖原；肌肉(McArdle綜合征，糖原貯積病V型)；RAB3IL1RAB3A相互作用蛋白質(zhì)(rabin3)樣1；RARRES3視黃酸受體應(yīng)答物(他扎羅汀誘導(dǎo)的)3；RASGRP2RAS脒基釋放蛋白質(zhì)2(鈣和DAG調(diào)節(jié)的)；RCOR2REST輔阻遏物2；ROM1視黃醛外節(jié)膜蛋白質(zhì)1；RPS6KA4核糖體蛋白質(zhì)S6激酶，90kDa，多肽4；RTN3網(wǎng)狀蛋白3；SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1分泌球蛋白，家族；SF1剪接因子1；SLC22A10、11、12、6、8、9溶質(zhì)載體家族22(有機(jī)陰離子/陽(yáng)離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)SLC3A2溶質(zhì)載體家族3(二堿基和中性氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)的激活物)，成員2；STIP1應(yīng)激誘導(dǎo)的磷蛋白1(Hsp70/Hsp90-有機(jī)化蛋白質(zhì))；STX5突觸融合蛋白5；TAF6LTAF6樣RNA聚合酶II，p300/CBP相關(guān)因子(PCAF)相關(guān)因子，65kDa；TRPT1tRNA磷酸轉(zhuǎn)移酶1；TTC9C三十四肽重復(fù)結(jié)構(gòu)域9C；TUT1末端尿苷酰轉(zhuǎn)移酶1；U6snRNA特異性RP2UNC-112相關(guān)蛋白質(zhì)2；UST6假定UST1樣有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白；VEGFB血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子B；WDR74WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域74；和ZBTB3含鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域3。[標(biāo)記10]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr17，51.5-53.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：AKAP1(A激酶(PRKA)錨蛋白質(zhì)1)；ANKFN1(含錨蛋白重復(fù)和纖連蛋白III型結(jié)構(gòu)域1)；C17orf67染色體17可讀框67；COILcoilin；DGKE二酰甘油激酶，ε64kDa；MSI2musashi同系物2(果蠅)；NOG頭蛋白；SCPEP1絲氨酸羧肽酶1；和TRIM25含三重基序25。[標(biāo)記11]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr17，43.5-44.9Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：hsa-mir-10a；hsa-mir-196a-1；ABI3(ABI基因家族，成員3)；ATP5G1(ATP合酶，H+轉(zhuǎn)運(yùn)，線粒體F0復(fù)合體，亞基C1(亞基9))；B4GALNT2β-1,4-N-乙酰基-氨基半乳糖基轉(zhuǎn)移酶2；CALCOCO2鈣結(jié)合和卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域2；CBX1染色盒同系物1(HP1β同系物果蠅)；GIP胃抑制性多肽；GNGT2鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，γ轉(zhuǎn)導(dǎo)活性多肽2；HOXB1,2,3,4,5,6,7,8,9,13同源異形盒B1,2,3,4,5,6,7,8,9,13；IGF2BP1胰島素樣生長(zhǎng)因子2mRNA結(jié)合蛋白1；NFE2L1核因子(紅細(xì)胞衍生的2)樣1；NGFR神經(jīng)生長(zhǎng)因子受體(TNFR超家族，成員16)；PHB抑制素PHOSPHO1磷酸酶，孤兒1；PRAC小核蛋白PRAC；SKAP1src激酶相關(guān)磷蛋白1；SNF8SNF8，ESCRT-II復(fù)合體亞基,同系物(釀酒酵母)；SNX11分類連接素11；TTLL6微管蛋白酪氨酸連接酶樣家族，成員6；UBE2Z(遍在蛋白綴合酶E2Z)；和ZNF652(鋅指蛋白652)。[標(biāo)記12]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr2，147.6-151.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ACVR2A激活素A受體，IIA型；C2orf25染色體2可讀框25；EPC2多梳增強(qiáng)子同系物2(果蠅)；KIF5C驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員5C；LOC130576假定蛋白質(zhì)LOC130576；LYPD6含LY6/PLAUR結(jié)構(gòu)域6；MBD5甲基-CpG結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)5；ORC4L起源識(shí)別復(fù)合體，亞基4樣(酵母)；和RND3Rho家族GTP酶3。[標(biāo)記13]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr6，123.7-135.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：hsa-mir-588；AKAP7(A激酶(PRKA)錨蛋白質(zhì)7)；ALDH8A1醛脫氫酶8家族，成員A1；ARG1精氨酸酶，肝；ARHGAP18RhoGTP酶激活蛋白質(zhì)18；CTGF結(jié)締組織生長(zhǎng)因子；ECHDC1含烯酰輔酶A水合酶結(jié)構(gòu)域1；ENPP1,3核苷酸內(nèi)焦磷酸酶/磷酸二酯酶1,3；EPB41L2紅細(xì)胞膜蛋白質(zhì)帶4.1樣2；EYA4眼不存在的同系物4(果蠅)；HDDC2含HD結(jié)構(gòu)域2；HEY2具有YRPW基序的多毛/分裂增強(qiáng)子相關(guān)的2；HINT3三聯(lián)組氨酸核苷酸結(jié)合蛋白3；KIAA1913KIAA1913；LAMA2層粘連蛋白，α2(分區(qū)蛋白，先天性肌營(yíng)養(yǎng)不良)；MED23介質(zhì)復(fù)合體亞基23；MOXD1單氧合酶，DBH樣1；MYBv-myb成髓細(xì)胞瘤病毒癌基因同系物(禽的)；NCOA7核受體輔激活物7；NKAIN2Na+/K+轉(zhuǎn)運(yùn)ATP酶相互作用的2；OR2A4嗅覺(jué)感受器，家族2，亞家族A，成員4；PTPRK蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶,受體型，K；RNF146環(huán)指蛋白146；RNF217環(huán)指蛋白217；RPS12核糖體蛋白質(zhì)S12；SAMD3含不育α基序結(jié)構(gòu)域3；SGK血清/糖皮質(zhì)激素調(diào)節(jié)的激酶；SLC2A12溶質(zhì)載體家族2(促進(jìn)的葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)，成員12；STX7突觸融合蛋白7；TAAR1,2,5,6,8,9痕量胺相關(guān)的受體1,2,5,6,8,9；TBPL1TBP樣1；TCF21轉(zhuǎn)錄因子21；TPD52L1腫瘤蛋白質(zhì)D52樣1；TRDN三聯(lián)蛋白；TRMT11tRNA甲基轉(zhuǎn)移酶11同系物(釀酒酵母))；和VNN1,2,3(vanin1,2,3)。[標(biāo)記14]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr8，6.9-8.8Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：CLDN23claudin23；DEFA5防御素，α5，Paneth細(xì)胞特異性的；DEFB103B防御素，β103B；DEFB104A防御素，β104A；DEFB104B防御素，β104B；DEFB105B防御素，β105B；DEFB106A防御素，β106A；DEFB106B防御素，β106B；DEFB107A防御素，β107A；DEFB107B防御素，β107B；DEFB4防御素，β4；MFHAS1惡性纖維組織細(xì)胞瘤擴(kuò)增的序列1；PRAGMINRnd2的大鼠pragma的同系物；SPAG11A精子相關(guān)抗原11A；和SPAG11B精子相關(guān)抗原11B。[標(biāo)記15]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr2，159.9-161.4Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：BAZ2B與鋅指結(jié)構(gòu)域相鄰的溴結(jié)構(gòu)域，2B；CD302CD302分子；ITGB6整聯(lián)蛋白，β6；LY75淋巴細(xì)胞抗原75；MARCH7(膜相關(guān)的環(huán)指(C3HC4)7)；PLA2R1(磷脂酶A2受體1，180kDa)；和RBMS1(RNA結(jié)合基序，單鏈相互作用蛋白質(zhì)1)。[標(biāo)記16]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr2，200.9-204.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ABI2abl相互作用物2；ALS2肌萎縮側(cè)索硬化2(青少年的)；ALS2CR2、4、7、8、11、12、13肌萎縮側(cè)索硬化2(青少年的)染色體區(qū)域，候選物2、4、7、8、11、12、13；AOX1醛氧化酶1；BMPR2骨形態(tài)生成蛋白受體，II型(絲氨酸/蘇氨酸激酶)；BZW1堿性亮氨酸拉鏈和W2結(jié)構(gòu)域1；CASP10半胱天冬酶(caspase)10，細(xì)胞凋亡相關(guān)半胱氨酸肽酶；CASP8半胱天冬酶8，細(xì)胞凋亡相關(guān)半胱氨酸肽酶；CFLARCASP8和FADD樣細(xì)胞凋亡調(diào)節(jié)物；CLK1CDC樣激酶1；CYP20A1細(xì)胞色素P450，家族20，亞家族A,多肽1；FAM126B具有相鄰相似性的家族126，成員B；FZD7frizzled同系物7(果蠅)ICA1L島細(xì)胞自身抗原1,69kDa樣；KCTD18含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域18；LOC26010病毒DNA聚合酶反式激活蛋白質(zhì)6；MPP4膜蛋白質(zhì)，棕櫚?；?(MAGUKp55亞家族成員4).NBEAL1neurobeachin樣1；NDUFB3NADH脫氫酶(泛醌)1β亞復(fù)合體，3，12kDa；NIF3L1NIF3NGG1相互作用因子3樣1(栗酒裂殖酵母(S.pombe))；NOP5/NOP58核仁蛋白質(zhì)NOP5/NOP58；ORC2L起源識(shí)別復(fù)合體，亞基2樣(酵母)；PPIL3肽基脯氨酰異構(gòu)酶(親環(huán)素)樣3；RAPH1Ras相關(guān)(RalGDS/AF-6)和普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域1；SGOL2shugoshin樣2(栗酒裂殖酵母)；SUMO1mif二3同系物的SMT3抑制因子1(釀酒酵母)；TRAK2運(yùn)輸?shù)鞍踪|(zhì)，驅(qū)動(dòng)蛋白結(jié)合的2；和WDR12(WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域12)。[標(biāo)記17]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr6，36.3-36.7Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：BRPF3(含溴結(jié)構(gòu)域和PHD指，3)；DKFZp779B1540假定蛋白質(zhì)DKFZp779B1540；ETV7ets變體基因7(TEL2癌基因)；KCTD20含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域20；PNPLA1含patatin樣磷脂酶結(jié)構(gòu)域1；PXT1過(guò)氧化物酶體的，睪丸特異性的1；SFRS3剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸3；和STK38(絲氨酸/蘇氨酸激酶38)。[標(biāo)記18]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr2，205.9-208.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ADAM23(ADAM金屬肽酶結(jié)構(gòu)域23)；CPO羧肽酶O；DYTNdystrotelin；EEF1B2真核翻譯延長(zhǎng)因子1β2；FASTKD2FAST激酶結(jié)構(gòu)域2；FLJ20309假定蛋白質(zhì)FLJ20309；GPR1G蛋白偶聯(lián)受體1；KLF7Kruppel樣因子7(遍在的)；MDH1B蘋果酸脫氫酶1B，NAD(可溶的)；NDUFS1NADH脫氫酶(泛醌)Fe-S蛋白質(zhì)1，75kDa(NADH-輔酶Q還原酶)；NRP2神經(jīng)纖毛蛋白2；PARD3Bpar-3分配缺陷的3同系物B(秀麗隱桿線蟲(C.elegans))；ZDBF2(鋅指，含DBF型2)；和hCG_1657980hCG1657980。[標(biāo)記19]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr1，109.5-111.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：hsa-mir-197；AHCYL1S-腺苷高半胱氨酸水解酶樣1)；ALX3無(wú)芒樣同源異形盒3；AMIGO1具有Ig樣結(jié)構(gòu)域的粘附分子1；AMPD2腺苷一磷酸脫氨酶2(同種型L)；ATXN7L2ataxin7樣2；CELSR2鈣粘蛋白，EGFLAG七次跨膜G型受體2(flamingo同系物，果蠅)；CSF1集落刺激因子1(巨噬細(xì)胞)；CYB561D1含細(xì)胞色素b-561結(jié)構(gòu)域1；EPS8L3EPS8樣3；FAM40A具有序列相似性的家族40，成員A；GNAI3鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，α抑制活性多肽3；GNAT2鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，α轉(zhuǎn)導(dǎo)活性多肽2；GPR61G蛋白偶聯(lián)受體61；GSTM1,M2,M3,M4,M5谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶M1，M2(肌肉)，M3(腦)，M4，M5；HBXIP乙型肝炎病毒x相互作用蛋白質(zhì)；KCNA2,3,4,10鉀電壓門控通道，shaker-相關(guān)亞家族，成員2,3,4,10；KIAA1324KIAA1324；MYBPHL肌球蛋白結(jié)合蛋白H樣；PROK1前動(dòng)力蛋白1；PSMA5蛋白酶體(蛋白酶體，巨蛋白因子)亞基，α型，5；PSRC1富含脯氨酸/絲氨酸的卷曲螺旋1；RBM15RNA結(jié)合基序蛋白質(zhì)15；SARS絲氨酰-tRNA合成酶；SLC16A4溶質(zhì)載體家族16，成員4(一元羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白5)；SLC6A17溶質(zhì)載體家族6，成員17；SORT1sortilin1；SYPL2突觸囊泡蛋白樣2；和UBL4B(遍在蛋白樣4B)。[標(biāo)記20]?？商娲?，在任何方法中，癌癥后果標(biāo)記是例如染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記可以選自Chr5，62.9-67.8Mb；Chr5，53.3-53.8Mb；Chr4，105.8-107.2Mb；Chr16，45.8-46.3Mb；Chr5，50.7-52.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr9，36.1-37.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr14，51.1-52.8Mb；Chr14，61.5-68.6Mb；Chr9，28.1Mb；Chr4，43.7-44.2Mb；Chr5，60.8-62.9Mb；Chr3，120.0-121.1Mb；Chr4，46.2-48.0Mb；Chr14，38.9-40.0Mb；Chr4，44.2-44.6Mb；Chr2，213.7-214.3Mb；Chr14，43.9-46.6Mb；Chr14，27.6-28.6Mb；Chr3，98.0-98.3Mb；Chr14，55.2-60.0Mb；Chr14，48.7-51.1Mb；Chr4，81.4-83.2Mb；Chr10，51.9-54.2Mb；Chr5，55.2-58.6Mb；和Chr5，67.8-68.5Mb。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，62.9-67.8Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ADAMTS6具有凝血酶敏感蛋白1型基序的ADAM金屬肽酶，6；CD180CD180分子；CENPK著絲粒蛋白質(zhì)K；ERBB2IPerbb2相互作用蛋白質(zhì)；FLJ13611假定蛋白質(zhì)FLJ13611；HTR1A5-羥色胺(血清素)受體1A；MAST4微管相關(guān)的絲氨酸/蘇氨酸激酶家族成員4；NLN溶神經(jīng)素(金屬肽酶M3家族)；P18SRPP18SRP蛋白質(zhì)；PIK3R1磷酸肌醇-3-激酶，調(diào)節(jié)亞基1(p85α)；PPWD1含肽基脯氨酰異構(gòu)酶結(jié)構(gòu)域和WD重復(fù)1；RGS7BPG蛋白信號(hào)7結(jié)合蛋白的調(diào)節(jié)物；RNF180環(huán)指蛋白180；SDCCAG10血清限定性結(jié)腸癌抗原10；SFRS12剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸12；SGTB含小的富含谷氨酰胺的三十四肽重復(fù)(TPR)，β0；和TRIM23含三重基序23。[缺失標(biāo)記1]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，53.3-53.8Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ARL15(ADP-核糖基化因子樣15)；HSPB3(熱休克27kDa蛋白質(zhì)3)和hsa-miR-581。[缺失標(biāo)記2]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr4，105.8-107.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：FLJ20184(假定蛋白質(zhì)FLJ20184)；GSTCD(谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶，含C末端結(jié)構(gòu)域)；INTS12整合因子復(fù)合體亞基12；KIAA1546KIAA1546；MGC16169假定蛋白質(zhì)MGC16169；NPNT(腎連接素)；和PPA2焦磷酸酶(無(wú)機(jī)的)2。[缺失標(biāo)記3]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr16，45.8-46.3Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼ITFG1(含整聯(lián)蛋白αFG-GAP重復(fù)1)和PHKB(磷酸化酶激酶，β)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記4]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，50.7-52.0Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼ISL1(ISLLIM同源異形盒)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記5]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，94.2-96.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ARSK(芳基硫酸酯酶家族，成員K)；CAST(鈣蛋白酶抑制蛋白)；ELL2(延長(zhǎng)因子，RNA聚合酶II，2)；FAM81B具有序列相似性的家族81，成員B；GLRX谷氧化蛋白(硫醇轉(zhuǎn)移酶)；GPR150G蛋白偶聯(lián)受體150；KIAA0372KIAA0372；MCTP1多重C2結(jié)構(gòu)域，跨膜1；PCSK1前蛋白轉(zhuǎn)換酶枯草桿菌蛋白酶/干酪素(kexin)1型；RFESD(含Rieske(Fe-S)結(jié)構(gòu)域)；RHOBTB3含Rho-相關(guān)的BTB結(jié)構(gòu)域3；SPATA9(精子生成相關(guān)的9)；和hsa-miR-583。[缺失標(biāo)記6]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr9，36.1-37.0Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：C9orf19染色體9可讀框19；CCINcalicin；CLTA網(wǎng)格蛋白，輕鏈(Lca)；GNE葡糖胺(UDP-N-乙酰基)-2-表異構(gòu)酶/N-乙酰甘露糖胺激酶；MELK母源胚胎亮氨酸拉鏈激酶；PAX5配對(duì)盒5；RECK具有kazal基序的誘導(dǎo)逆轉(zhuǎn)的富含半胱氨酸蛋白質(zhì)；和RNF38環(huán)指蛋白38。[缺失標(biāo)記7]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，94.2-96.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ARSK芳基硫酸酯酶家族，成員K；CAST鈣蛋白酶抑制蛋白；ELL2延長(zhǎng)因子，RNA聚合酶II，2；FAM81B具有序列相似性的家族81，成員B；GLRX谷氧化蛋白(硫醇轉(zhuǎn)移酶)；GPR150G蛋白偶聯(lián)受體150；KIAA0372KIAA0372；MCTP1多重C2結(jié)構(gòu)域，跨膜1；PCSK1前蛋白轉(zhuǎn)換酶枯草桿菌蛋白酶/干酪素1型；RFESD含Rieske(Fe-S)結(jié)構(gòu)域；RHOBTB3含Rho-相關(guān)的BTB結(jié)構(gòu)域3；SPATA9精子生成相關(guān)的9。[缺失標(biāo)記8]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，51.1-52.8Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：C14orf166染色體14可讀框166；DDHD1含DDHD結(jié)構(gòu)域1；ERO1LERO1樣(釀酒酵母)；FRMD6含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域6；GNG2鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，γ2；GNPNAT1葡糖胺磷酸N-乙?；D(zhuǎn)移酶1；GPR137CG蛋白偶聯(lián)受體137C；NID2巢蛋白2(骨巢蛋白)；PLEKHC1含普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域，家族C(具有FERM結(jié)構(gòu)域)成員1；PSMC6蛋白酶體(前體，巨細(xì)胞因子)26S亞基，ATP酶，6；PTGDR前列腺素D2受體(DP)；PTGER2前列腺素E受體2(亞型EP2)，53kDa；STYX絲氨酸/蘇氨酸/酪氨酸相互作用蛋白質(zhì)；TXNDC16含硫氧還蛋白結(jié)構(gòu)域16。[缺失標(biāo)記9]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，61.5-68.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ACTN1輔肌動(dòng)蛋白，α1；AKAP5A激酶(PRKA)錨蛋白質(zhì)5；ARG2精氨酸酶，II型；ATP6V1DATP酶，H+轉(zhuǎn)運(yùn)，溶酶體的34kDa，V1亞基D；C14orf50染色體14可讀框50；C14orf54染色體14可讀框54；C14orf83染色體14可讀框83；CHURC1含churchill結(jié)構(gòu)域1；EIF2S1真核翻譯起始因子2，亞基1α，35kDa；ESR2雌激素受體2(ERβ)；FLJ39779FLJ39779蛋白質(zhì)；FNTB法尼基轉(zhuǎn)移酶，CAAX盒，β；FUT8巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶8(α(1,6)巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶)；GPHB5糖蛋白激素β5；GPHNgephyrin；GPX2谷胱甘肽過(guò)氧化物酶2(胃腸的)；HSPA2熱休克70kDa蛋白質(zhì)2；KCNH5鉀電壓門控通道，亞家族H(eag相關(guān)的)，成員5；MAXMYC相關(guān)因子X(jué)；MPP5膜蛋白質(zhì)，棕櫚?；?(MAGUKp55亞家族成員5)；MTHFD1亞甲基四氫葉酸脫氫酶(NADP+依賴性)1，亞甲基四氫葉酸環(huán)水解酶，甲酰四氫葉酸合成酶；PIGH磷脂酰肌醇聚糖錨式生物合成，H類；PLEK2普列克底物蛋白2；PLEKHG3含普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域，家族G(具有RhoGef結(jié)構(gòu)域)成員3；PLEKHH1含普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域，家族H(具有MyTH4結(jié)構(gòu)域)成員1；PPP2R5E蛋白質(zhì)磷酸酶2，調(diào)節(jié)亞基B'，ε同種型；RAB15RAB15，成員RAS癌基因家族；RAD51L1RAD51樣1(釀酒酵母)；RDH11視黃醇脫氫酶11(全反式/9-順式/11-順式)；RDH12視黃醇脫氫酶12(全反式/9-順式/11-順式)；RHOJras同系物基因家族，成員J；SGPP11-磷酸-鞘氨醇磷酸酶1；SPTB血影蛋白，β，紅細(xì)胞的(包括球形細(xì)胞增多癥，臨床I型)；SYNE2含血影蛋白重復(fù)，核被膜2；SYT16突觸結(jié)合蛋白XVI；VTI1B通過(guò)與t-SNAREs同系物1B(酵母)的相互作用的囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)；WDR22WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域22；WDR89WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域89；ZBTB1含鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域1；ZBTB25含鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域25；ZFP36L1鋅指蛋白36，C3H型樣1；ZFYVE26鋅指，含F(xiàn)YVE結(jié)構(gòu)域26和hsa-miR-625。[缺失標(biāo)記10]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr9，28.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼LINGO2(含富含亮氨酸重復(fù)和Ig結(jié)構(gòu)域2)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記11]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr4，43.7-44.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼KCTD8(含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域8)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記12]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，60.8-62.9Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：DIMT1LDIM1二甲基腺苷轉(zhuǎn)移酶1樣(釀酒酵母)；FLJ37543假定蛋白質(zhì)FLJ37543；IPO11輸入蛋白11；ISCA1L鐵硫簇裝配1同系物(釀酒酵母)樣；和KIF2A驅(qū)動(dòng)蛋白重鏈成員2A。[缺失標(biāo)記13]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr3，120.0-121.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ADPRHADP-核糖基精氨酸水解酶；B4GALT4UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-半乳糖基轉(zhuǎn)移酶，多肽4；C3orf1染色體3可讀框1；C3orf15染色體3可讀框15；C3orf30染色體3可讀框30；CD80CD80分子；CDGAPCdc42GTP酶激活蛋白質(zhì)；COX17COX17細(xì)胞色素c氧化酶裝配同系物(釀酒酵母)；GSK3B糖原合酶激酶3β；IGSF11免疫球蛋白超家族，成員11；KTELC1含KTEL(Lys-Tyr-Glu-Leu)1；NR1I2核受體亞家族1，組I，成員2；PLA1A磷脂酶A1成員A；POPDC2含popeye結(jié)構(gòu)域2；TMEM39A跨膜蛋白質(zhì)39A；和UPK1Buroplakin1B。[缺失標(biāo)記14]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr4，46.2-48.0Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ATP10DATP酶，V類，10D型；CNGA1環(huán)核苷酸門控通道α1；COMMD8含COMM結(jié)構(gòu)域8；CORINcorin，絲氨酸肽酶；COX7B2細(xì)胞色素c氧化酶亞基VIIb2；GABRA4γ-氨基丁酸(GABA)A受體，α4；GABRB1γ-氨基丁酸(GABA)A受體，β1；NFXL1核轉(zhuǎn)錄因子，X-盒結(jié)合樣1；NPAL1含NIPA樣結(jié)構(gòu)域1；TECtec蛋白質(zhì)酪氨酸激酶；和TXKTXK酪氨酸激酶。[缺失標(biāo)記15]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，38.9-40.0Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼FBXO33(F-盒蛋白質(zhì)33)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記16]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr4，44.2-44.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：GNPDA2(葡糖胺-6-磷酸脫氨酶2)；GUF1(GUF1GTP酶同系物(釀酒酵母))；和YIPF7(Yip1結(jié)構(gòu)域家族，成員7)。[缺失標(biāo)記17]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr2，213.7-214.3Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼IKZF2IKAROS家族鋅指2(Helios)；和SPAG16精子相關(guān)抗原16的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記18]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，43.9-46.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：C14orf106染色體14可讀框106；C14orf155染色體14可讀框155；C14orf28染色體14可讀框28；FANCM范可尼貧血，互補(bǔ)群M；FKBP3FK506結(jié)合蛋白3，25kDa；KIAA0423KIAA0423；KLHL28kelch樣28(果蠅)；MDGA2含MAM結(jié)構(gòu)域糖基磷脂酰肌醇錨2；PRPF39PRP39mRNA前體加工因子39同系物(釀酒酵母)；和RPL10L核糖體蛋白質(zhì)L10樣。[缺失標(biāo)記19]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，27.6-28.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼FOXG1(叉頭盒G1)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記20]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr3，98.0-98.3Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼EPHA6(EPH受體A6)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記21]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，55.2-60.0Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ACTR10肌動(dòng)蛋白相關(guān)蛋白質(zhì)10同系物(釀酒酵母)；ARID4A富含AT相互作用結(jié)構(gòu)域4A(RBP1樣)；C14orf100染色體14可讀框100；C14orf101染色體14可讀框101；C14orf105染色體14可讀框105；C14orf108染色體14可讀框108；C14orf135染色體14可讀框135；C14orf149染色體14可讀框149；C14orf37染色體14可讀框37；C14orf39染色體14可讀框39；DAAM1形態(tài)發(fā)生的紊亂相關(guān)激活物1；DACT1dapper，β-連鎖蛋白的拮抗劑,同系物1(光滑爪蟾(Xenopuslaevis))；DHRS7脫氫酶/還原酶(SDR家族)成員7；EXOC5泡外復(fù)合體組分5；GPR135G蛋白偶聯(lián)受體135；KIAA0586KIAA0586；NAT12N-乙?；D(zhuǎn)移酶12；OTX2正小齒(orthodenticle)同源異形盒2；PELI2pellino同系物2(果蠅)；PPM1A蛋白質(zhì)磷酸酶1A(以前的2C)，鎂依賴性的，α同種型；PSMA3蛋白酶體(前體，巨細(xì)胞因子)亞基，α型，3；RTN1網(wǎng)狀蛋白(reticulon)1；SLC35F4溶質(zhì)載體家族35，成員F4；TIMM9線粒體內(nèi)膜的轉(zhuǎn)位酶9同系物(酵母)；和UNQ9438TIMM。[缺失標(biāo)記22]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr14，48.7-51.1Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ABHD12B含自水解酶結(jié)構(gòu)域12B；ARF6ADP-核糖基化因子6；ATP5SATP合酶，H+轉(zhuǎn)運(yùn)，線粒體F0復(fù)合體，亞基(因子B)；C14orf104染色體14可讀框104；C14orf138染色體14可讀框138；CDKL1細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶樣1(CDC2相關(guān)的激酶)；FRMD6含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域6；KLHDC1含kelch結(jié)構(gòu)域1；KLHDC2含kelch結(jié)構(gòu)域2；L2HGDHL-2-羥基戊二酸脫氫酶；LOC196913假定蛋白質(zhì)LOC196913；LOC283551假定蛋白質(zhì)LOC283551；MAP4K5絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶激酶5；MGAT2甘露糖基(α-1,6-)-糖蛋白β-1,2-N-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶；NINninein(GSK3B相互作用蛋白質(zhì))；POLE2聚合酶(DNA指導(dǎo)的)，ε2(p59亞基)；PPIL5肽基脯氨酰異構(gòu)酶(親環(huán)素)樣5PYGL磷酸化酶，糖原；肝(Hers病，糖原貯積病VI型)；RPL36AL核糖體蛋白質(zhì)L36a樣；和RPS29核糖體蛋白質(zhì)S29。[缺失標(biāo)記23]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr4，81.4-83.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：BMP3骨形態(tài)生成蛋白3(成骨的)；C4orf22染色體4可讀框22；FGF5成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子5；PRKG2蛋白質(zhì)激酶，cGMP依賴性，II型；和RASGEF1BRasGEF結(jié)構(gòu)域家族，成員1B。[缺失標(biāo)記24]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr10，51.9-54.2Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ACFapobec-1互補(bǔ)因子；ASAH2BN-?；拾贝减０匪饷?非溶酶體的神經(jīng)酰胺酶)2B；CSTF2T切割刺激因子，3'RNA前體，亞基2，64kDa，τ變體；DKK1dickkopf同系物1(光滑爪蟾)；MBL2甘露糖結(jié)合凝集素(蛋白質(zhì)C)2，可溶性(調(diào)理素缺陷)；PRKG1蛋白質(zhì)激酶，cGMP依賴性，I型；SGMS1鞘磷脂合酶1；和hsa-miR-605。[缺失標(biāo)記25]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，55.2-58.6Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼下述的核苷酸序列：ANKRD55錨蛋白重復(fù)結(jié)構(gòu)域55；C5orf29染色體5可讀框29；C5orf35染色體5可讀框35；DKFZp686D0972類似于RIKENcDNA4732495G21基因；GPBP1富含GC啟動(dòng)子結(jié)合蛋白1；IL31RA白細(xì)胞介素31受體A；IL6ST白細(xì)胞介素6信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白(gp130，制癌素M受體)；MAP3K1絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶1；MIER3中胚層誘導(dǎo)早期應(yīng)答1，家族成員3；PDE4D磷酸二酯酶4D，cAMP特異性的(磷酸二酯酶E3dunce同系物，果蠅)；PLK2polo樣激酶2(果蠅)；和RAB3CRAB3C，成員RAS癌基因家族。[缺失標(biāo)記26]。在其中癌癥后果標(biāo)記是Chr5，67.8-68.5Mb的方法中，標(biāo)記包括編碼CCNB1(細(xì)胞周期蛋白B1)和SLC30A5(溶質(zhì)載體家族30(鋅轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)，成員5)的核苷酸序列。[缺失標(biāo)記27]。在任何方法中，測(cè)試樣品可以是可能含有腫瘤細(xì)胞的組織樣品，例如血液樣品、腫瘤組織或可疑腫瘤組織、薄層細(xì)胞學(xué)樣品、細(xì)針抽吸物樣品、肺洗滌樣品、胸腔積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、石蠟包埋的組織樣品或由先前任何一種產(chǎn)生的提取物或加工的樣品。在示例性實(shí)施方案中，組織樣品是肺組織樣品或包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外周血樣品。在任何方法中，測(cè)定步驟(b)可以通過(guò)原位雜交執(zhí)行。原位雜交可以用熒光標(biāo)記的核酸探針、至少2種核酸探針或肽核酸探針執(zhí)行。測(cè)定步驟(b)可以通過(guò)聚合酶鏈反應(yīng)、核酸測(cè)序測(cè)定或核酸微陣列測(cè)定執(zhí)行。在示例性實(shí)施方案中，肺癌是非小細(xì)胞肺癌，其可以是例如鱗狀細(xì)胞癌、大細(xì)胞癌或腺癌。在任何方法中，患者可以接受用化學(xué)療法、放射、手術(shù)或其任何組合的治療。在另一個(gè)方面，本公開內(nèi)容提供了選擇用于患有肺癌的患者的治療的方法，該方法包括步驟：a)提供來(lái)自患者的測(cè)試樣品，其中用化學(xué)治療劑的治療是用于患者的至少一個(gè)治療選項(xiàng)；b)測(cè)定測(cè)試樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)；c)針對(duì)基線拷貝數(shù)2比較測(cè)試樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)，從而測(cè)定測(cè)試樣品中關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在；和d)基于步驟c)中的比較，確定化學(xué)療法治療方案。基于步驟c)中的比較，確定治療方案的步驟包括例如當(dāng)對(duì)于癌癥后果標(biāo)記存在拷貝數(shù)變化時(shí)，選擇化學(xué)治療劑且測(cè)定化學(xué)療法治療的頻率。在另一個(gè)方面，本公開內(nèi)容提供了將患者分類為具有對(duì)于治療是抗性的肺癌的方法，其包括步驟：a)提供來(lái)自患者的測(cè)試樣品；b)測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)；c)針對(duì)關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的基線拷貝數(shù)2比較測(cè)試樣品中關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)，以測(cè)定患者中的癌癥后果標(biāo)記中拷貝數(shù)變化的存在或不存在；和d)基于癌癥后果標(biāo)記中拷貝數(shù)變化的存在，將患者分類為具有對(duì)于治療是抗性的肺癌。在另一個(gè)方面，本公開內(nèi)容提供了試劑盒，其包含：a)用于測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在的試劑；和b)用于執(zhí)行測(cè)試的說(shuō)明書。測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在的試劑可以包括例如與至少部分癌癥后果標(biāo)記雜交的可檢測(cè)標(biāo)記的多核苷酸。癌癥后果標(biāo)記可以是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記可以選自Chr19，34.7Mb-35.6Mb；Chr19，38.9-40.7Mb；Chr17，69.2-71.3Mb；Chr6，70.8-71.1Mb；Chr12，93.7kb-1.9Mb；Chr11，64.3-64.8Mb；Chr19，57.0-62.2Mb；Chr6，39.1-39.9Mb；Chr11，64.8-65.7Mb；Chr11，61.4-64.3Mb；Chr17，51.5-53.2Mb；Chr17，43.5-44.9Mb；Chr2，147.6-151.1Mb；Chr6，123.7-135.6Mb；Chr8，6.9-8.8Mb；Chr2，159.9-161.4Mb；Chr2，200.9-204.2Mb；Chr6，36.3-36.7Mb；Chr2，205.9-208.1Mb；和Chr1，109.5-111.1Mb。癌癥后果標(biāo)記可以是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記可以選自Chr5，62.9-67.8Mb；Chr5，53.3-53.8Mb；Chr4，105.8-107.2Mb；Chr16，45.8-46.3Mb；Chr5，50.7-52.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr9，36.1-37.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr14，51.1-52.8Mb；Chr14，61.5-68.6Mb；Chr9，28.1Mb；Chr4，43.7-44.2Mb；Chr5，60.8-62.9Mb；Chr3，120.0-121.1Mb；Chr4，46.2-48.0Mb；Chr14，38.9-40.0Mb；Chr4，44.2-44.6Mb；Chr2，213.7-214.3Mb；Chr14，43.9-46.6Mb；Chr14，27.6-28.6Mb；Chr3，98.0-98.3Mb；Chr14，55.2-60.0Mb；Chr14，48.7-51.1Mb；Chr4，81.4-83.2Mb；Chr10，51.9-54.2Mb；Chr5，55.2-58.6Mb；和Chr5，67.8-68.5Mb。附圖簡(jiǎn)述專利或申請(qǐng)文件含有以彩色執(zhí)行的至少一個(gè)附圖。具有一個(gè)或多個(gè)彩色附圖的這個(gè)專利或?qū)＠暾?qǐng)公開的拷貝將在請(qǐng)求和支付必要費(fèi)用后由專利局提供。圖1是顯示對(duì)于通過(guò)Chr19，34.7Mb-35.6Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組(cohort)，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記1]。圖2是顯示對(duì)于通過(guò)Chr19；38.9-40.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記2]。圖3是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17；69.2-71.3Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記3]。圖4是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，70.8-71.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIb-IIb期的71患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記4]。圖5是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，70.8-71.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記4]。圖6是顯示對(duì)于通過(guò)Chr12，93.7kb-1.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記5]。圖7是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.3-64.8Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記6]。圖8是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.3-64.8Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記6]。圖9是顯示對(duì)于通過(guò)Chr19，57.0-62.2Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記7]。圖10是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，39.1-39.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記8]。圖11是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.8-65.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記9]。圖12是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.8-65.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記9]。圖13是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，61.4-64.3Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記10]。圖14是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17，51.5-53.2Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記11]。圖15是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17，43.5-44.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記12]。圖16是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17，43.5-44.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記12]。圖17是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，147.6-151.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記13]。圖18是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，147.6-151.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記13]。圖19是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，123.7-135.6Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記14]。圖20是顯示對(duì)于通過(guò)Chr8，6.9-8.8Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記15]。圖21是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，159.9-161.4Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記16]。圖22是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，159.9-161.4Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記16]。圖23是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，200.9-204.2Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記17]。圖24是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，36.3-36.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記18]。圖25是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，205.9-208.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記19]。圖26是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，205.9-208.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIb-IIb期的66患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記19]。圖27是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，205.9-208.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記19]。圖28是顯示對(duì)于通過(guò)Chr1，109.5-111.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIb-IIb期的71患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記20]。圖29是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，62.9-67.8Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記1]。圖30是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，53.3-53.8Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記2]。圖31是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，105.8-107.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記3]。圖32是顯示對(duì)于通過(guò)Chr16，45.8-46.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記4]。圖33是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，50.7-52.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記5]。圖34是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，94.2-96.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記6]。圖35是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，94.2-96.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記6]。圖36是顯示對(duì)于通過(guò)Chr9，36.1-37.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記7]。圖37是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，94.2-96.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記8]。圖38是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，51.1-52.8Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記9]。圖39是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，61.5-68.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記10]。圖40是顯示對(duì)于通過(guò)Chr9，28.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記11]。圖41是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，43.7-44.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記12]。圖42是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，60.8-62.9Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記13]。圖43是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，60.8-62.9Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記13]。圖44是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，60.8-62.9Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記13]。圖45是顯示對(duì)于通過(guò)Chr3，120.0-121.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記14]。圖46是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，46.2-48.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記15]。圖47是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，38.9-40.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記16]。圖48是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，44.2-44.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記17]。圖49是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，213.7-214.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記18]。圖50是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，43.9-46.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記19]。圖51是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，27.6-28.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記20]。圖52是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，27.6-28.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記20]。圖53是顯示對(duì)于通過(guò)Chr3，98.0-98.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記21]。圖54是顯示對(duì)于通過(guò)Chr3，98.0-98.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記21]。圖55是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，55.2-60.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記22]。圖56是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，48.7-51.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記23]。圖57是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，81.4-83.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記24]。圖58是顯示對(duì)于通過(guò)Chr10，51.9-54.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記25]。圖59是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，55.2-58.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記26]。圖60是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，67.8-68.5Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記27]。圖61是指示平均拷貝數(shù)的曲線圖，比較使用訓(xùn)練(100K陣列)數(shù)據(jù)集和驗(yàn)證(SNP6.0陣列)數(shù)據(jù)集獲得的平均拷貝數(shù)模式。圖62是顯示對(duì)于通過(guò)ARSK中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖63是顯示對(duì)于通過(guò)ARSK中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖64是顯示對(duì)于通過(guò)C5orf27中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖65是顯示對(duì)于通過(guò)C5orf27中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖66是顯示對(duì)于通過(guò)CAST中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖67是顯示對(duì)于通過(guò)CAST中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖68是顯示對(duì)于通過(guò)ELL2中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖69是顯示對(duì)于通過(guò)FAM81B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖70是顯示對(duì)于通過(guò)FAM81B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖71是顯示對(duì)于通過(guò)GLRX中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖72是顯示對(duì)于通過(guò)GLRX中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖73是顯示對(duì)于通過(guò)GPR150中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖74是顯示對(duì)于通過(guò)GPR150中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖75是顯示對(duì)于通過(guò)MCTP1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖76是顯示對(duì)于通過(guò)MCTP1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖77是顯示對(duì)于通過(guò)PCSK1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖78是顯示對(duì)于通過(guò)PCSK1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖79是顯示對(duì)于通過(guò)RFESD中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖80是顯示對(duì)于通過(guò)RFESD中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖81是顯示對(duì)于通過(guò)RHOBTB3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖82是顯示對(duì)于通過(guò)RHOBTB3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖83是顯示對(duì)于通過(guò)SPATA9中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖84是顯示對(duì)于通過(guò)SPATA9中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖85是顯示對(duì)于通過(guò)TTC37中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖86是顯示對(duì)于通過(guò)TTC37中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖87是顯示對(duì)于通過(guò)CCNB1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖88是顯示對(duì)于通過(guò)SLC30A5中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖89是顯示對(duì)于通過(guò)MYO15B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖90是顯示對(duì)于通過(guò)SLC16A5中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖91是顯示對(duì)于通過(guò)DKFZp761E198中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖92是顯示對(duì)于通過(guò)DKFZp761E198中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖93是顯示對(duì)于通過(guò)EHBP1L1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖94是顯示對(duì)于通過(guò)EHBP1L1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖95是顯示對(duì)于通過(guò)FAM89B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖96是顯示對(duì)于通過(guò)FAM89B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖97是顯示對(duì)于通過(guò)KAT5中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖98是顯示對(duì)于通過(guò)KAT5中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖99是顯示對(duì)于通過(guò)KCNK7中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖100是顯示對(duì)于通過(guò)KCNK7中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖101是顯示對(duì)于通過(guò)LTBP3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖102是顯示對(duì)于通過(guò)LTBP3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖103是顯示對(duì)于通過(guò)MALAT1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖104是顯示對(duì)于通過(guò)MALAT1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖105是顯示對(duì)于通過(guò)MAP3K11中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖106是顯示對(duì)于通過(guò)MAP3K11中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖107是顯示對(duì)于通過(guò)PACS1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖108是顯示對(duì)于通過(guò)PACS1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖109是顯示對(duì)于通過(guò)PCNXL3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖110是顯示對(duì)于通過(guò)PCNXL3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖111是顯示對(duì)于通過(guò)RELA中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖112是顯示對(duì)于通過(guò)RELA中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖113是顯示對(duì)于通過(guò)RNASEH2C中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖114是顯示對(duì)于通過(guò)RNASEH2C中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖115是顯示對(duì)于通過(guò)SCYL1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖116是顯示對(duì)于通過(guò)SCYL1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖117是顯示對(duì)于通過(guò)SIPA1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖118是顯示對(duì)于通過(guò)SIPA1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖119是顯示對(duì)于通過(guò)SSSCA1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖120是顯示對(duì)于通過(guò)SSSCA1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖121是顯示對(duì)于通過(guò)BAD中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖122是顯示對(duì)于通過(guò)C11orf20中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖123是顯示對(duì)于通過(guò)BAD中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖124是顯示對(duì)于通過(guò)C11orf20中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖125是顯示對(duì)于通過(guò)DNAJC4中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖126是顯示對(duì)于通過(guò)DNAJC4中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖127是顯示對(duì)于通過(guò)ESRRA中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖128是顯示對(duì)于通過(guò)ESRRA中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖129是顯示對(duì)于通過(guò)FADS2中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖130是顯示對(duì)于通過(guò)FADS3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖131是顯示對(duì)于通過(guò)FKBP2中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖132是顯示對(duì)于通過(guò)FKBP2中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖133是顯示對(duì)于通過(guò)FLRT1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖134是顯示對(duì)于通過(guò)GPR137中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖135是顯示對(duì)于通過(guò)HSPC152中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖136是顯示對(duì)于通過(guò)HSPC152中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖137是顯示對(duì)于通過(guò)KCNK4中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖138是顯示對(duì)于通過(guò)KCNK4中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖139是顯示對(duì)于通過(guò)NUDT22中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖140是顯示對(duì)于通過(guò)NUDT22中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖141是顯示對(duì)于通過(guò)PLCB3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖142是顯示對(duì)于通過(guò)PLCB3中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖143是顯示對(duì)于通過(guò)PPP1R14B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖144是顯示對(duì)于通過(guò)PPP1R14B中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖145是顯示對(duì)于通過(guò)PRDX5中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖146是顯示對(duì)于通過(guò)PRDX5中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖147是顯示對(duì)于通過(guò)RAB3IL1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖148是顯示對(duì)于通過(guò)TRPT1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖149是顯示對(duì)于通過(guò)TRPT1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖150是顯示對(duì)于通過(guò)VEGFB中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。圖151是顯示對(duì)于通過(guò)VEGFB中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖152是顯示對(duì)于通過(guò)AKAP1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖153是顯示對(duì)于通過(guò)ANKFN1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖154是顯示對(duì)于通過(guò)C17orf67中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖155是顯示對(duì)于通過(guò)COIL中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖156是顯示對(duì)于通過(guò)DGKE中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖157是顯示對(duì)于通過(guò)MSI2中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖158是顯示對(duì)于通過(guò)MTVR2中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖159是顯示對(duì)于通過(guò)NOG中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖160是顯示對(duì)于通過(guò)RNF126P1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖161是顯示對(duì)于通過(guò)SCPEP1中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。圖162是顯示對(duì)于通過(guò)TRIM25中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。具體實(shí)施方式先前描述的基于表達(dá)的癌癥中不良后果的標(biāo)記不能用充分確定的臨床診斷工具FISH進(jìn)行測(cè)量。迄今為止，未鑒定可以預(yù)測(cè)疾病后果的基因擴(kuò)增/缺失。本發(fā)明人已發(fā)現(xiàn)特定癌癥患者中的特定染色體序列中的拷貝數(shù)變化。此外，本發(fā)明人已測(cè)定拷貝數(shù)變化與I-II期NSCLC中更短的總體存活或減少的復(fù)發(fā)時(shí)間統(tǒng)計(jì)上顯著相關(guān)。相應(yīng)地，本公開內(nèi)容提供了通過(guò)在47種標(biāo)記中的任何一種上的染色體DNA拷貝數(shù)評(píng)估，測(cè)定在人中的早期非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的預(yù)后的方法。對(duì)于這些標(biāo)記各自，拷貝數(shù)中的變化與癌癥的更差預(yù)后相關(guān)?？截悢?shù)變化是一種或多種的拷貝數(shù)增益或拷貝數(shù)喪失。當(dāng)與2個(gè)拷貝的正?；€互補(bǔ)體比較時(shí)，更差預(yù)后在具有拷貝數(shù)增益或拷貝數(shù)喪失的患者中得以評(píng)估。使用總體存活和復(fù)發(fā)時(shí)間的測(cè)量來(lái)測(cè)定更差預(yù)后。本公開內(nèi)容對(duì)于提供關(guān)于早期NSCLC患者的改善預(yù)后信息是特別有利的，并且使得關(guān)于處于癌癥復(fù)發(fā)的更高危險(xiǎn)中的那些早期NSCLC患者的改善治療選擇成為可能。本公開內(nèi)容包括使用廣泛使用的TNM分期系統(tǒng)，用于測(cè)定分類為早期癌癥的NSCLC患者的預(yù)后的方法，所述患者特別是分類為IA期、IB期、IIA期或IIB期(IIA和IIB期統(tǒng)稱為II期)的那些?；谄渌\斷分類法的可替代的NSCLC分期系統(tǒng)可以用于鑒定其組織樣品可以通過(guò)本文公開的方法進(jìn)行測(cè)定的患者。如本文使用的，早期NSCLC指未擴(kuò)展至超過(guò)一個(gè)淋巴結(jié)、也未轉(zhuǎn)移至任何其他器官的NSCLC腫瘤。早期NSCLC患者幾乎一直通過(guò)尋求完全腫瘤摘除的手術(shù)切除進(jìn)行治療，然而，即使當(dāng)腫瘤被認(rèn)為完全切除時(shí)，也存在關(guān)于這些早期患者的顯著復(fù)發(fā)危險(xiǎn)。目前診斷模式不允許精確預(yù)測(cè)這些早期癌癥中的哪些是復(fù)發(fā)的高危險(xiǎn)，并且因此應(yīng)在切除后用輔助化學(xué)療法或在切除前使用新輔助化學(xué)療法進(jìn)行治療。本公開內(nèi)容提供了通過(guò)測(cè)定患者樣品中的基因拷貝數(shù)對(duì)處于更高危險(xiǎn)的那些早期患者的預(yù)后鑒定。因此，在一個(gè)方面，該方法包含預(yù)測(cè)就肺癌治療的患者中的疾病后果的方法。提供了其為來(lái)自患者的生物學(xué)樣品的測(cè)試樣品，并且測(cè)定測(cè)試樣品中關(guān)于所選癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)。來(lái)自測(cè)試樣品的拷貝數(shù)針對(duì)基線拷貝數(shù)2進(jìn)行比較，從而測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在?；跍y(cè)試樣品中關(guān)于所選癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，當(dāng)與在不具有關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的患者中疾病后果的基線測(cè)量比較時(shí)，將患者鑒定為具有不良疾病后果的危險(xiǎn)增加。關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在，即由于擴(kuò)增大于2，或由于缺少小于2的拷貝數(shù)，預(yù)測(cè)不良疾病后果。不良疾病后果是當(dāng)與在癌癥后果標(biāo)記中不具有拷貝數(shù)變化的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)減少的總體存活時(shí)間，和當(dāng)與在癌癥后果標(biāo)記中不具有拷貝數(shù)變化的患者的復(fù)發(fā)時(shí)間比較時(shí)更短的復(fù)發(fā)時(shí)間中的至少一個(gè)。該方法還包含預(yù)測(cè)就肺癌治療的患者中的治療后果的方法，其中基于癌癥后果標(biāo)記中的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，當(dāng)與在癌癥后果標(biāo)記中不具有拷貝數(shù)變化的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)，做出關(guān)于患者是具有減少的總體存活時(shí)間還是更短的復(fù)發(fā)時(shí)間的更高危險(xiǎn)的測(cè)定。在任何方法中，癌癥后果標(biāo)記可以是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記包括Chr19，34.7Mb-35.6Mb；Chr19，38.9-40.7Mb；Chr17，69.2-71.3Mb；Chr6，70.8-71.1Mb；Chr12，93.7kb-1.9Mb；Chr11，64.3-64.8Mb；Chr19，57.0-62.2Mb；Chr6，39.1-39.9Mb；Chr11，64.8-65.7Mb；Chr11，61.4-64.3Mb；Chr17，51.5-53.2Mb；Chr17，43.5-44.9Mb；Chr2，147.6-151.1Mb；Chr6，123.7-135.6Mb；Chr8，6.9-8.8Mb；Chr2，159.9-161.4Mb；Chr2，200.9-204.2Mb；Chr6，36.3-36.7Mb；Chr2，205.9-208.1Mb；和Chr1，109.5-111.1Mb?？商娲?，癌癥后果標(biāo)記可以是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記包括Chr5，62.9-67.8Mb；Chr5，53.3-53.8Mb；Chr4，105.8-107.2Mb；Chr16，45.8-46.3Mb；Chr5，50.7-52.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr9，36.1-37.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr14，51.1-52.8Mb；Chr14，61.5-68.6Mb；Chr9，28.1Mb；Chr4，43.7-44.2Mb；Chr5，60.8-62.9Mb；Chr3，120.0-121.1Mb；Chr4，46.2-48.0Mb；Chr14，38.9-40.0Mb；Chr4，44.2-44.6Mb；Chr2，213.7-214.3Mb；Chr14，43.9-46.6Mb；Chr14，27.6-28.6Mb；Chr3，98.0-98.3Mb；Chr14，55.2-60.0Mb；Chr14，48.7-51.1Mb；Chr4，81.4-83.2Mb；Chr10，51.9-54.2Mb；Chr5，55.2-58.6Mb；和Chr5，67.8-68.5Mb。該方法還可以應(yīng)用于選擇用于患有肺癌的患者的治療的問(wèn)題。例如，該方法可以包括基于來(lái)自患者的樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，確定化學(xué)療法治療方案?；诓襟Ec)中的比較，確定治療方案的步驟包括例如當(dāng)對(duì)于癌癥后果標(biāo)記存在拷貝數(shù)變化時(shí)，選擇化學(xué)治療劑且測(cè)定化學(xué)療法治療的頻率。例如，個(gè)別患者中癌癥后果標(biāo)記的不利拷貝數(shù)變化指示對(duì)于治療是抗性的肺癌，取決于如本文描述的標(biāo)記，所述不利拷貝數(shù)變化可以是拷貝數(shù)增益或喪失。在此類情況下，治療提供者可能希望考慮比通常的化學(xué)療法治療方案更攻擊性的，包括使用更強(qiáng)的化學(xué)治療劑或更頻繁的化學(xué)療法治療或兩者。相應(yīng)地，該方法還可以用于將患者分類為具有對(duì)于治療是抗性的肺癌。例如，考慮到拷貝變化存在于來(lái)自患者的樣品中的測(cè)定，將患者分類為具有對(duì)于進(jìn)一步治療是抗性的肺癌?；颊呖梢允悄壳敖?jīng)歷用化學(xué)療法、放射、手術(shù)或其任何組合的治療，或可以是目前在關(guān)于化學(xué)療法、放射、手術(shù)治療或其任何組合中的任何一種的考慮下。測(cè)定步驟(b)可以例如使用原位雜交執(zhí)行，且更優(yōu)選地，用熒光標(biāo)記的核酸探針或包含核酸類似物的熒光標(biāo)記的探針的熒光原位雜交(FISH)。優(yōu)選地，使用至少2種核酸探針?？梢允褂秒暮怂崽结槨y(cè)定步驟(b)還可以通過(guò)如本領(lǐng)域已知的聚合酶鏈反應(yīng)、核酸測(cè)序測(cè)定或核酸微陣列測(cè)定執(zhí)行。早期NSCLC的測(cè)試優(yōu)選對(duì)得自患者的合適生物學(xué)樣品完成，優(yōu)選通過(guò)原位雜交。一般而言，原位雜交包括步驟：固定生物學(xué)樣品，使一種或多種染色體探針與固定樣品內(nèi)含有的靶DNA雜交，洗滌以去除非特異性結(jié)合的探針，且檢測(cè)雜交的探針。原位雜交還可以在液體懸液中用來(lái)自生物學(xué)樣品的樣品細(xì)胞執(zhí)行，隨后為通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)。該方法優(yōu)選使用具有2個(gè)探針組的FISH測(cè)定，所述探針組包含對(duì)于標(biāo)記區(qū)域特異性的探針，以評(píng)價(jià)來(lái)自患者的生物學(xué)樣品中的染色體拷貝數(shù)異常。用于根據(jù)本公開內(nèi)容使用的優(yōu)選FISH探針包含對(duì)于癌癥后果標(biāo)記核苷酸序列特異性的一對(duì)探針，其可以包括核苷酸序列的任何部分。NSCLC預(yù)后的鑒定還可以與其他預(yù)后體外診斷測(cè)定一起使用，例如評(píng)價(jià)在患者樣品中已知在標(biāo)記區(qū)域中編碼的合適蛋白質(zhì)的表達(dá)。其樣品發(fā)現(xiàn)具有與異常染色體拷貝數(shù)模式(其與不利后果(預(yù)后不良)相關(guān))結(jié)合的此類蛋白質(zhì)表達(dá)的患者對(duì)于更攻擊性的手術(shù)后治療例如化學(xué)治療可以是合格的。一般地，對(duì)于肺癌患者，生物學(xué)樣品是組織樣品，例如含有循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外周血樣品、或肺腫瘤組織活組織檢查或切除。其他合適的組織樣品包括例如薄層細(xì)胞學(xué)樣品、細(xì)針抽吸物樣品、肺洗滌樣品、胸腔積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、石蠟包埋的組織樣品或由外周血樣品中的任何產(chǎn)生的提取物或加工的樣品。優(yōu)選地，根據(jù)一般公認(rèn)的分期實(shí)踐，例如使用病理期，已將樣品分類為早期癌癥，例如IA期、IB期、IIA期或IIB期中的任何。根據(jù)本文描述的癌癥后果標(biāo)記的多核苷酸序列構(gòu)建的探針可以用于多種測(cè)定方法中，以提供多個(gè)類型的分析。例如，此類探針可以用于熒光原位雜交(FISH)技術(shù)中，以執(zhí)行染色體分析，包括拷貝數(shù)概況分析，并且用于鑒定癌癥后果標(biāo)記中的癌癥特異性拷貝數(shù)變化。探針還可以用放射性同位素、可直接或間接檢測(cè)的半抗原或熒光分子進(jìn)行標(biāo)記，并且用于原位雜交研究，以評(píng)價(jià)組織樣品或細(xì)胞中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)。探針與靶多核苷酸序列選擇性結(jié)合，其是如本文描述的癌癥后果標(biāo)記的序列的至少一部分，即在特定個(gè)體中擴(kuò)增的染色體區(qū)域。本文提供的癌癥后果標(biāo)記的核苷酸序列或其任何部分可以用于產(chǎn)生探針，其可以用于多個(gè)測(cè)定中用于測(cè)試樣品中的拷貝數(shù)概況分析。可以由目的癌癥后果標(biāo)記的保守核苷酸區(qū)域、或由目的癌癥后果標(biāo)記的非保守核苷酸區(qū)域或其任何部分包括其中含有的基因及其部分設(shè)計(jì)探針。用于在測(cè)定中最佳化的此類探針的設(shè)計(jì)在按程序操作者的技術(shù)內(nèi)。一般地，當(dāng)需要最大限度特異性時(shí)，核酸探針由非保守或獨(dú)特區(qū)域發(fā)展，并且當(dāng)測(cè)定與例如多基因家族或相關(guān)物種如小鼠和人中的不同成員緊密相關(guān)的核苷酸區(qū)域時(shí)，核酸探針由保守區(qū)域發(fā)展。聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)是用于擴(kuò)增核酸或其混合物中含有的所需核酸序列(靶)的技術(shù)。在PCR中，一對(duì)引物以過(guò)量采用，以與靶核酸的互補(bǔ)鏈雜交。引物各自使用靶核酸作為模板通過(guò)聚合酶延伸。在從原始靶鏈解離后，延伸產(chǎn)物變成靶序列自身。新引物隨后雜交且通過(guò)聚合酶延伸，并且重復(fù)該循環(huán)以幾何增加靶序列分子的數(shù)目。PCR公開于引入本文作為參考的美國(guó)專利號(hào)4,683,195和4,683,202中。連接酶鏈反應(yīng)(LCR)是用于核酸擴(kuò)增的可替代方法。在LCR中，使用包括2種初級(jí)(第一種和第二種)和2種次級(jí)(第三種和第四種)探針的探針對(duì)，其全部以對(duì)于靶的摩爾過(guò)量采用。第一種探針與靶鏈的第一個(gè)區(qū)段雜交，并且第二種探針與靶鏈的第二個(gè)區(qū)段雜交，第一個(gè)和第二個(gè)區(qū)段這樣鄰接，從而使得初級(jí)探針以5'磷酸-3'羥基關(guān)系彼此毗鄰，并且從而使得連接酶可以將2種探針共價(jià)融合或連接成融合產(chǎn)物。此外，第三種(次級(jí))探針可以與第一種探針的部分雜交，并且第四種(次級(jí))探針可以以相似毗鄰方式與第二種探針的部分雜交。當(dāng)然，如果靶最初是雙鏈的，那么次級(jí)探針還將與第一種情況下的靶互補(bǔ)體雜交。一旦初級(jí)探針的連接鏈與靶鏈分開，它就與第三種和第四種探針雜交，其可以連接以形成互補(bǔ)的次級(jí)連接產(chǎn)物。重要的是認(rèn)識(shí)到連接的產(chǎn)物在功能上等價(jià)于靶或其互補(bǔ)體。通過(guò)雜交和連接的反復(fù)循環(huán)，達(dá)到靶序列的擴(kuò)增。這種技術(shù)在1989年6月16日公開的給予K.Backman的EP-A-320308和1991年7月31日公開的給予K.Backman等人的EP-A-439182中更全面地描述，所述2個(gè)專利引入本文作為參考。對(duì)于mRNAs的擴(kuò)增，在本公開內(nèi)容的范圍內(nèi)的是：將mRNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，隨后為聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)；或使用單一酶用于2個(gè)步驟，如引入本文作為參考的美國(guó)專利號(hào)5,322,770中描述的；或?qū)RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，隨后為不對(duì)稱缺口連接酶鏈反應(yīng)(RT-AGLCR)，如由同樣引入本文作為參考的R.L.Marshall等人，PCRMethodsandApplications4:80-84(1994)中描述的。染色體探針。用于原位雜交技術(shù)的合適探針落入下列3個(gè)寬泛組：染色體計(jì)數(shù)探針，其與染色體區(qū)域雜交且指示染色體的存在或不存在；染色體臂探針，其與染色體區(qū)域雜交且指示染色體的臂的存在或不存在；和基因座特異性探針，其與染色體上的特異性基因座雜交且檢測(cè)特異性基因座的存在或不存在。當(dāng)在該方法中使用時(shí)，就靈敏度和/或特異性選擇染色體探針及其組合。探針組可以包括任何數(shù)目的探針，例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15或20種探針。個(gè)別探針和探針組的選擇可以根據(jù)本領(lǐng)域常規(guī)執(zhí)行，例如如其完整公開內(nèi)容引入本文作為參考的US20060063194中所述。此類選擇方法利用區(qū)分和/或組合分析，以選擇對(duì)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)概況分析有用的探針和探針組。根據(jù)本公開內(nèi)容用于檢測(cè)異常拷貝數(shù)模式(非整倍體性(aneusomy)或多體性)的用于在原位雜交方法中使用的合適探針是可與標(biāo)記序列的部分雜交的染色體計(jì)數(shù)探針和染色體基因座特異性探針的組合，其中每種探針進(jìn)行標(biāo)記以彼此區(qū)分。如本領(lǐng)域眾所周知的，染色體計(jì)數(shù)探針可以與重復(fù)序列雜交，其定位接近著絲?；驈闹z粒中遷移，或可以與定位于染色體上的任何位置上的獨(dú)特序列雜交。例如，染色體計(jì)數(shù)探針可以與重復(fù)DNA雜交，所述重復(fù)DNA與染色體的著絲粒結(jié)合。靈長(zhǎng)類動(dòng)物染色體的著絲粒含有DNA的長(zhǎng)串聯(lián)重復(fù)的復(fù)雜家族，所述DNA包含約171個(gè)堿基對(duì)的單體重復(fù)長(zhǎng)度，其稱為α-衛(wèi)星DNA。特異性染色體計(jì)數(shù)探針的非限制性例子是SpectrumGreenTMCEP?10探針(AbbottMolecular，Inc.，DesPlaines，Illinois)。例如，染色體19計(jì)數(shù)探針與基因座特異性探針一起用于檢測(cè)在Chr19，34.7Mb-35.6Mb上的拷貝數(shù)異常，例如以測(cè)定其中含有的基因座的缺失和/或多體性狀態(tài)。基因座特異性探針與染色體上的特異性、非重復(fù)基因座雜交。合適的探針包括例如任何基因的至少部分，對(duì)于其標(biāo)記序列包括編碼基因的核苷酸序列?；蜃禺愋蕴结樤诶缗cVysisCEP?10SpectrumGreen探針混合的探針組中從AbbottMolecularInc.商購(gòu)可得。與著絲粒DNA雜交的探針從AbbottMolecularInc.(DesPlaines，IL)和MolecularProbes，Inc.(Eugene，OR)商購(gòu)可得?？商娲?，探針可以使用眾所周知的技術(shù)非商業(yè)制備。用于在構(gòu)建DNA探針中使用的DNA的來(lái)源包括基因組DNA、克隆的DNA序列例如細(xì)菌人工染色體(BAC)、含有人染色體的一個(gè)或部分連同宿主的正常染色體互補(bǔ)體的體細(xì)胞雜交物、和通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)或顯微解剖純化的染色體。目的區(qū)域可以通過(guò)克隆或通過(guò)位點(diǎn)特異性擴(kuò)增經(jīng)由聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)進(jìn)行分離。參見(jiàn)例如，Nath等人，BiotechnicHistochem，1998，73(1)：6-22；Wheeless等人，Cytometry，1994，17:319-327；和美國(guó)專利號(hào)5,491,224。用于制造有用的基因座特異性探針的起始人DNA可以這樣獲得，從人基因組數(shù)據(jù)庫(kù)例如由UniversityofCaliforniaSantaCruz維持的那種中獲得關(guān)于基因座的核酸序列，并且隨后使用那個(gè)序列在計(jì)算機(jī)芯片上篩選BAC人DNA文庫(kù)，例如由RoswellParkCancerCenter或Invitrogen維持的那種，以鑒定有用的BAC克隆。還可以使用合成的寡聚DNA探針或由核酸類似物制備的探針，例如肽核酸(PNA)探針。根據(jù)本公開內(nèi)容通過(guò)探針檢測(cè)的染色體區(qū)域的大小可以在大小方面不同，例如從短的數(shù)百個(gè)堿基對(duì)探針序列到900,000個(gè)堿基的大區(qū)段。直接標(biāo)記的基因座特異性探針在復(fù)雜性中優(yōu)選是至少100,000個(gè)堿基，并且如引入本文作為參考的美國(guó)專利號(hào)5,756,696中公開的，使用未標(biāo)記的封閉核酸，以避免探針的非特異性結(jié)合。還可以使用未標(biāo)記的、合成的寡聚核酸或未標(biāo)記的核酸類似物，例如肽核酸作為封閉核酸。染色體探針可以含有任何檢測(cè)部分，當(dāng)與染色體雜交時(shí)，其促進(jìn)探針的檢測(cè)。有效的檢測(cè)部分包括如本文描述的直接和間接標(biāo)記?？蓹z測(cè)標(biāo)記的例子包括熒光團(tuán)(即在吸收光后發(fā)熒光的有機(jī)分子)、放射性同位素(例如32P和3H)和生色團(tuán)(例如產(chǎn)生可視覺(jué)檢測(cè)的標(biāo)記的酶促標(biāo)記)。熒光團(tuán)是優(yōu)選的，并且可以通過(guò)用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)例如切口平移、隨機(jī)引發(fā)和PCR標(biāo)記將標(biāo)記的核苷酸摻入探針內(nèi)，在與核苷酸共價(jià)附著后直接標(biāo)記。可替代地，在探針內(nèi)的脫氧胞苷核苷酸可以用接頭進(jìn)行轉(zhuǎn)氨基。熒光團(tuán)隨后可以與轉(zhuǎn)氨基的脫氧胞苷核苷酸共價(jià)附著。參見(jiàn)例如，引入本文作為參考的給予Bittner等人的美國(guó)專利號(hào)5,491,224。有用的探針標(biāo)記技術(shù)在引入本文作為參考的MolecularCytogenetics：ProtocolsandApplications，Y.-S.Fan，編輯，第2章，"LabelingFluorescenceInSituHybridizationProbesforGenomicTargets"，L.Morrison等人，第21-40頁(yè)，HumanaPress，?2002中描述?？梢栽诒疚拿枋龅姆椒ㄖ惺褂玫臒晒鈭F(tuán)的例子是：7-氨基-4-甲基香豆素-3-乙酸(AMCA)，TexasRed?(MolecularProbes，Inc.，Eugene，OR)；5-(和-6)-羧基-X-羅丹明、麗絲胺羅丹明B，5-(和-6)-羧基熒光素；5-異硫氰酸熒光素(FITC)；7-二乙氨基香豆素-3-羧酸，四甲基羅丹明-5-(和-6-)異硫氰酸；5-(和-6-)羧基四甲基羅丹明；7-羥基香豆素-3-羧酸；6-[熒光素5-(和-6-)甲酰胺]己酸；N-(4,4-二氟-5,7-二甲基-4-bora-3a，4a二氮雜-3-茚烯丙酸；5-異硫氰酸曙紅；5-異硫氰酸赤蘚紅；5-(和-6-)羧基羅丹明6G；和Cascade?藍(lán)色乙酰疊氮化物(acetylazide)(MolecularProbes，Inc.，Eugene，OR)。在優(yōu)選探針組中，使用不同顏色的熒光團(tuán)，從而使得組中的每種染色體探針可以清楚顯現(xiàn)。在雜交后，探針可以用熒光顯微鏡和用于每種熒光團(tuán)的合適濾波器，或通過(guò)使用雙重或三重帶通濾波器組進(jìn)行顯現(xiàn)，以觀察多重?zé)晒鈭F(tuán)。參見(jiàn)例如，引入本文作為參考的給予Bittner等人的美國(guó)專利號(hào)5,776,688。任何合適的顯微鏡成像方法可以用于顯現(xiàn)雜交的探針，包括自動(dòng)化數(shù)字成像系統(tǒng)，例如從MetaSystems或AppliedImaging可獲得的那些?？商娲?，技術(shù)例如流式細(xì)胞術(shù)可以用于檢查染色體探針的雜交模式。探針還可以例如通過(guò)本領(lǐng)域眾所周知的方法用生物素或地高辛進(jìn)行間接標(biāo)記。然而，隨后需要次級(jí)檢測(cè)分子或進(jìn)一步加工以顯現(xiàn)標(biāo)記的探針。例如，用生物素標(biāo)記的探針可以通過(guò)與可檢測(cè)標(biāo)記例如熒光團(tuán)綴合的抗生物素蛋白(例如鏈霉抗生物素蛋白)進(jìn)行檢測(cè)。另外，抗生物素蛋白可以與酶促標(biāo)記例如堿性磷酸酶或辣根過(guò)氧化物酶綴合。此類酶促標(biāo)記可以在標(biāo)準(zhǔn)比色反應(yīng)中使用用于酶的底物進(jìn)行檢測(cè)。用于堿性磷酸酶的底物包括5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸和硝基藍(lán)四唑。二氨基聯(lián)苯胺可以用作用于辣根過(guò)氧化物酶的底物。對(duì)于該方法有用的探針和探針組可以與其他試劑一起包裝到在執(zhí)行如本文描述的方法中使用的試劑盒內(nèi)。優(yōu)選的探針組。示例性探針組合物包含直接標(biāo)記的DNAFISH探針的混合物。例如，此類探針組將包括VysisSpectrumOrange探針和VysisSpectrumGreen探針。合適的探針組在合適的雜交緩沖液中預(yù)混合商購(gòu)可得。樣品的制備。生物學(xué)樣品是含有細(xì)胞或細(xì)胞材料的樣品，包括來(lái)自患者樣品的含細(xì)胞提取物。例如，肺樣品一般是衍生自肺結(jié)構(gòu)的細(xì)胞或細(xì)胞材料，所述肺結(jié)構(gòu)包括但不限于肺實(shí)質(zhì)、細(xì)支氣管、小支氣管、支氣管和氣管。對(duì)于檢測(cè)肺癌有用的生物學(xué)樣品的非限制性例子包括支氣管樣品、切除的肺組織、肺活組織檢查和唾液樣品。支氣管樣品的例子包括支氣管分泌物、洗滌液、灌洗液、抽吸物和刷洗物。肺活組織檢查可以通過(guò)包括手術(shù)、支氣管鏡檢查、細(xì)針抽吸(FNA)和經(jīng)胸針吸活組織檢查的方法獲得。在一個(gè)例子中，觸摸制備物可以由肺活組織檢查進(jìn)行制備。本發(fā)明測(cè)定還可以對(duì)衍生自來(lái)自早期NSCLC患者的血液樣品的循環(huán)腫瘤細(xì)胞樣品執(zhí)行。循環(huán)腫瘤細(xì)胞樣品可以使用可從Immunicon獲得的免疫磁性分離技術(shù)進(jìn)行制備。組織可以用固定劑例如甲醛進(jìn)行固定且隨后包埋在石蠟中。隨后使用切片機(jī)切割切片并且應(yīng)用于顯微鏡載玻片。細(xì)胞學(xué)樣品可以由衍生自FNA的細(xì)胞懸液、支氣管洗滌液、支氣管灌洗液或唾液或散布的組織細(xì)胞進(jìn)行制備。細(xì)胞學(xué)樣品可以通過(guò)下述進(jìn)行制備：與細(xì)胞離心組合的在乙醇或甲醇:乙酸中固定細(xì)胞、薄層沉積方法(例如ThinPrep，CytycCorp.)、涂片或吸取到顯微鏡載玻片上。此外，生物學(xué)樣品可以包括滲出液例如胸腔積液、心包積液或腹膜積液。雜交方法?？梢允褂萌魏魏线m的原位雜交方法。在原位雜交前，使染色體探針和細(xì)胞內(nèi)含有的染色體DNA各自變性。如果染色體探針制備為單鏈核酸，那么不需要探針的變性。變性一般在高pH、熱(例如約70℃-約95℃的溫度)、有機(jī)溶劑例如甲酰胺和鹵化四烷基銨或其組合的存在下通過(guò)溫育執(zhí)行。例如，染色體DNA可以通過(guò)超過(guò)70℃的溫度(例如約73℃)和含有70％甲酰胺和2XSSC(0.3M氯化鈉和0.03M檸檬酸鈉)的變性緩沖液的組合進(jìn)行變性。變性條件一般這樣建立，從而使得細(xì)胞形態(tài)得到保存。例如，染色體探針可以通過(guò)熱例如通過(guò)使探針加熱至約73℃約5分鐘進(jìn)行變性。在變性化學(xué)制品或條件去除后，在雜交條件下使探針對(duì)染色體DNA退火。“雜交條件”是促進(jìn)探針和靶染色體DNA之間的退火的條件。取決于探針的濃度、堿基組成、復(fù)雜性和長(zhǎng)度，以及鹽濃度、溫度和溫育時(shí)長(zhǎng)，雜交條件不同。例如，原位雜交一般在含有1-2.X.SSC、50-55％甲酰胺、雜交加速劑(例如10％硫酸葡聚糖)和未標(biāo)記的封閉DNA的雜交緩沖液中執(zhí)行，以抑制非特異性雜交。一般而言，如上所述，雜交條件包括約25℃-約55℃的溫度，和約0.5小時(shí)-約96小時(shí)的溫育時(shí)長(zhǎng)。更具體而言，雜交可以在約32℃-約45℃執(zhí)行約2-約16小時(shí)。染色體探針與靶區(qū)域外的DNA的非特異性結(jié)合可以通過(guò)用鹽溶液的一系列洗滌得到去除。在每次洗滌中的溫度和鹽濃度取決于所需嚴(yán)格性。例如，對(duì)于高嚴(yán)格性條件，洗滌可以在約65℃-約80℃執(zhí)行，使用0.2.X-約2.X.SSC，和約0.1％-約1％非離子型去垢劑例如NonidetP-40(NP40)。嚴(yán)格性可以通過(guò)降低洗滌溫度或通過(guò)增加洗滌中的鹽濃度得到降低。探針與組織樣品的雜交可以手動(dòng)或借助于儀器執(zhí)行，例如ThermoBrite雜交爐、VP2000Processor或XMatrixTM加工儀器(都從AbbottMolecular，Inc.商購(gòu)可得)。細(xì)胞的預(yù)選擇。細(xì)胞樣品可以通過(guò)多種方法和使用多種標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行初步評(píng)價(jià)。本文描述的探針和方法并不限于關(guān)于特定篩選方法的使用。一個(gè)例子是“篩選方法”，其中觀察者就細(xì)胞學(xué)異常掃描數(shù)百到數(shù)千個(gè)細(xì)胞，例如如用DAPI濾波器顯現(xiàn)的。評(píng)估的細(xì)胞數(shù)目將取決于樣品的細(xì)胞性，其從患者到患者不等。與發(fā)育不良和瘤性細(xì)胞通常但不總是相關(guān)的細(xì)胞學(xué)異常包括核擴(kuò)大、核不規(guī)則和異常DAPI染色(通常在顏色中是雜色且更亮的)。在掃描步驟中，觀察者優(yōu)選將就染色體異常(如通過(guò)FISH證實(shí)的)的細(xì)胞評(píng)價(jià)集中于同樣顯示出細(xì)胞學(xué)異常的那些細(xì)胞。此外，可以評(píng)價(jià)不具有明顯細(xì)胞學(xué)異常的細(xì)胞比例，因?yàn)槿旧w異常也在不存在細(xì)胞學(xué)異常的情況下出現(xiàn)。這種掃描方法在引入本文作為參考的給予Halling等人的美國(guó)專利號(hào)6,174,681進(jìn)一步詳細(xì)描述。使用引入本文作為參考的Morrison等人的美國(guó)專利公開2003/0087248A1中所述的方法，可以選擇肺癌細(xì)胞用于評(píng)價(jià)。還可以使用常規(guī)染料例如含有蘇木精和曙紅的染料選擇樣品的區(qū)域用于評(píng)價(jià)。例如，病理學(xué)家可以用蘇木精/曙紅染料染色石蠟包埋樣品的切片，通過(guò)組織形態(tài)和染色模式將區(qū)域鑒定為可能癌性的，且用氈尖墨水筆或玻璃劃線描繪那個(gè)區(qū)域的輪廓。標(biāo)記的區(qū)域隨后用玻璃劃線轉(zhuǎn)移至在石蠟包埋樣品的連續(xù)切片上的相應(yīng)位置，并且在那個(gè)載玻片上執(zhí)行FISH。在劃線區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞隨后就FISH信號(hào)進(jìn)行評(píng)價(jià)。染色體異常的分類模式的檢測(cè)。異常細(xì)胞特征在于染色體拷貝數(shù)異常的一個(gè)或多個(gè)模式的存在。通過(guò)檢查細(xì)胞中染色體探針的雜交模式(例如關(guān)于每種探針的信號(hào)數(shù)目)，且記錄信號(hào)數(shù)目，評(píng)估在患者樣品中的細(xì)胞中的拷貝數(shù)異常模式的存在。非整倍體性一般意指完整染色體或染色體上的基因座的異常拷貝數(shù)。異常拷貝數(shù)包括常染色體的單體性(一個(gè)拷貝)和缺對(duì)性(零拷貝)，也稱為缺失，和大于2個(gè)拷貝，其對(duì)于特定染色體基因座有時(shí)稱為基因擴(kuò)增(可替代地，擴(kuò)增保留用于其中基因拷貝數(shù)超過(guò)它在其中含有的染色體的拷貝數(shù)的情況)。然而，石蠟包埋的樣品的切片(一般4-6μm)可以導(dǎo)致細(xì)胞核的平截，從而使得對(duì)于某些細(xì)胞的FISH信號(hào)數(shù)目/細(xì)胞將略微低于完整核中的實(shí)際拷貝數(shù)。在如本文描述的方法中，測(cè)定關(guān)于每種探針的特定FISH探針雜交信號(hào)的絕對(duì)數(shù)，并且隨后用于多種比率比較中。測(cè)試樣品可以包含對(duì)于臨床診斷足夠的任何數(shù)目的細(xì)胞，并且在優(yōu)選的石蠟包埋的組織樣品中，雜交模式一般在約20-約200個(gè)細(xì)胞中進(jìn)行評(píng)估。優(yōu)選在約40-約120個(gè)細(xì)胞/樣品中評(píng)估雜交模式。本公開內(nèi)容因此描述了可以解決公認(rèn)的治療困境的新發(fā)現(xiàn)(癌癥后果標(biāo)記的DNA拷貝數(shù)變化)，其通過(guò)提供測(cè)定具有早期疾病的哪些患者處于疾病復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移的最高危險(xiǎn)中并且應(yīng)由藥物(或可替代方案如放射)治療進(jìn)行決定性治療的方法，以使其長(zhǎng)期存活的機(jī)率達(dá)到最大。進(jìn)而，本公開內(nèi)容描述了致使特異性DNA測(cè)試成為可能的發(fā)現(xiàn)，所述特異性DNA測(cè)試檢測(cè)許多癌癥后果標(biāo)記中的任何一種中的染色體拷貝數(shù)變化。因此，當(dāng)關(guān)于拷貝數(shù)變化的測(cè)試是陰性的或存在正?？截悢?shù)時(shí)，這鑒定具有疾病復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移的低危險(xiǎn)或無(wú)危險(xiǎn)的患者，其在其最初腫瘤切除后不需要隨訪治療。這些測(cè)試策略可以顯著影響具有早期NSCLC的患者中的發(fā)病率和死亡率。本文使用的方法還暗示對(duì)于其他癌癥的應(yīng)用，以類似地檢測(cè)癌癥后果標(biāo)記的DNA拷貝數(shù)增益，所述癌癥后果標(biāo)記與疾病進(jìn)展的時(shí)間和/或總體存活顯著相關(guān)。像這樣，本文描述的方法具有解決哪些早期NSCLC患者應(yīng)在手術(shù)后接受藥物治療的問(wèn)題的潛力，并且可以廣泛影響癌癥治療決定和患者后果。試劑盒。在一個(gè)方面，本公開內(nèi)容提供了包含用于測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在的試劑的試劑盒。試劑盒包括關(guān)于使用試劑以執(zhí)行測(cè)試的說(shuō)明書。測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在的試劑可以包括例如可檢測(cè)標(biāo)記的多核苷酸，其與癌癥后果標(biāo)記的至少部分雜交。多核苷酸(探針)可以就例如與癌癥后果標(biāo)記的任何部分雜交的序列進(jìn)行選擇。癌癥后果標(biāo)記可以是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記可以選自Chr19，34.7Mb-35.6Mb；Chr19，38.9-40.7Mb；Chr17，69.2-71.3Mb；Chr6，70.8-71.1Mb；Chr12，93.7kb-1.9Mb；Chr11，64.3-64.8Mb；Chr19，57.0-62.2Mb；Chr6，39.1-39.9Mb；Chr11，64.8-65.7Mb；Chr11，61.4-64.3Mb；Chr17，51.5-53.2Mb；Chr17，43.5-44.9Mb；Chr2，147.6-151.1Mb；Chr6，123.7-135.6Mb；Chr8，6.9-8.8Mb；Chr2，159.9-161.4Mb；Chr2，200.9-204.2Mb；Chr6，36.3-36.7Mb；Chr2，205.9-208.1Mb；和Chr1，109.5-111.1Mb。相反，癌癥后果標(biāo)記可以是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。此類癌癥后果標(biāo)記可以選自Chr5，62.9-67.8Mb；Chr5，53.3-53.8Mb；Chr4，105.8-107.2Mb；Chr16，45.8-46.3Mb；Chr5，50.7-52.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr9，36.1-37.0Mb；Chr5，94.2-96.1Mb；Chr14，51.1-52.8Mb；Chr14，61.5-68.6Mb；Chr9，28.1Mb；Chr4，43.7-44.2Mb；Chr5，60.8-62.9Mb；Chr3，120.0-121.1Mb；Chr4，46.2-48.0Mb；Chr14，38.9-40.0Mb；Chr4，44.2-44.6Mb；Chr2，213.7-214.3Mb；Chr14，43.9-46.6Mb；Chr14，27.6-28.6Mb；Chr3，98.0-98.3Mb；Chr14，55.2-60.0Mb；Chr14，48.7-51.1Mb；Chr4，81.4-83.2Mb；Chr10，51.9-54.2Mb；Chr5，55.2-58.6Mb；和Chr5，67.8-68.5Mb。相應(yīng)地，探針可以就例如與任何列出標(biāo)記的任何部分雜交的序列進(jìn)行選擇，包括如本文其他地方所示的其中編碼的任何基因的任何部分。本公開內(nèi)容的細(xì)節(jié)在下述實(shí)施例中進(jìn)一步描述，所述實(shí)施例不預(yù)期限制如請(qǐng)求保護(hù)的本發(fā)明的范圍。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)認(rèn)識(shí)到在審閱本說(shuō)明書后，本發(fā)明的變化和修飾可以是顯而易見(jiàn)的。因此目的是提供本文描述的實(shí)施方案的此類修飾和變化，而不背離本發(fā)明的范圍或精神。實(shí)施例實(shí)施例1：NSCLC患者樣品的分析實(shí)驗(yàn)方法：樣品。使用高密度SNP基因分型微陣列(Affymetrix的100K陣列組)，總共178個(gè)NSCLC臨床注解的樣品就拷貝數(shù)改變進(jìn)行概況分析。將所有樣品小心分開，以使腫瘤/正常組織比達(dá)到最大，且驗(yàn)證組織病理學(xué)類型和分期。僅分析來(lái)自具有I和II期樣品的患者的樣品。所有這些來(lái)自用手術(shù)切除治療而無(wú)任何隨訪或新輔助化學(xué)療法的患者。對(duì)于每個(gè)患者收集的臨床信息包括種族、年齡、出生日期、性別、臨床分期、病理期、位置、手術(shù)操作(SP)日期、組織學(xué)、分化、診斷日期、結(jié)節(jié)陽(yáng)性、吸煙狀態(tài)、化學(xué)療法狀態(tài)、放射狀態(tài)、復(fù)發(fā)狀態(tài)、復(fù)發(fā)日期、復(fù)發(fā)位置、復(fù)發(fā)時(shí)間、末次隨訪日期、在末次隨訪時(shí)的狀態(tài)、活的/死的、總體存活和死因。選擇復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)和總體存活(OS)作為后果參數(shù)。其他臨床參數(shù)(結(jié)節(jié)狀態(tài)、分期等)視為混雜變量。肺癌的復(fù)發(fā)時(shí)間和總體存活時(shí)間得自病例表(patientchart)。表2和3分別提供了關(guān)于研究的患者群組的總體存活和總復(fù)發(fā)時(shí)間的數(shù)字。表2：OS表3：TTR拷貝數(shù)概況分析：來(lái)自每個(gè)腫瘤的約30mg組織用于提取高分子量、基因組DNA，其使用QiagenDNAeasy試劑盒(Qiagen，Valencia，CA)，遵循通過(guò)制造商的說(shuō)明書。通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA的質(zhì)量。將250納克DNA加工用于與2個(gè)微陣列各自雜交，包含GenechipHumanMapping100K組(MatsuzakiH，DongS，LoiH,等人Genotypingover100,000SNPsonapairofoligonucleotidearrays.NatMethods2004；1:109-11)-陣列(Affymetrix，Inc.，SantaClara，CA)，其涵蓋人基因組中的116,204個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)基因座，具有23.6kb的平均標(biāo)記間距離。微陣列根據(jù)制造商(www.affymetrix.com)的建議進(jìn)行加工?？截悢?shù)通過(guò)比較芯片信號(hào)與48個(gè)正常女性樣品的平均值進(jìn)行計(jì)算。通過(guò)QC去除具有正常組織污染的樣品。統(tǒng)計(jì)方法。單變量分析用于測(cè)試作為潛在混雜因素的下述參數(shù)：病理期、臨床分期、吸煙狀態(tài)、年齡、性別、結(jié)節(jié)狀態(tài)、組織學(xué)(腺癌與鱗狀細(xì)胞癌比較)。未檢測(cè)到顯著效應(yīng)。在存活分析中，測(cè)試臨床分期和標(biāo)記區(qū)域的相互作用。無(wú)拷貝數(shù)異常與分期具有顯著相互作用(FDRp值<0.05)。結(jié)果：僅分析具有I-II期疾病的患者。圖1-28各自是顯示在含和不含如所示的所選標(biāo)記擴(kuò)增(即至少一個(gè)的拷貝數(shù)增益)的患者之間在OS或TTR中的差異的Kaplan-Meier曲線圖。圖29-60各自是顯示在含和不含如所示的所選標(biāo)記缺失(即至少一個(gè)的拷貝數(shù)喪失)的患者之間在OS或TTR中的差異的Kaplan-Meier曲線圖。在所有圖1-60中，x軸代表以天表示的時(shí)間，并且y軸代表患者存活(對(duì)于OS)或無(wú)疾病復(fù)發(fā)(對(duì)于TTR)的患者的概率。無(wú)論何時(shí)出現(xiàn)有關(guān)事件(對(duì)于OS的死亡，或?qū)τ赥TR的疾病復(fù)發(fā))，曲線下降。在所有圖1-60中，上線總是顯示來(lái)自具有正常基線互補(bǔ)體2的患者的數(shù)據(jù)。在圖1-28中，關(guān)于對(duì)于標(biāo)記具有拷貝數(shù)增益的患者的數(shù)據(jù)以紅色顯示，并且對(duì)于具有正?；€互補(bǔ)體2的患者的數(shù)據(jù)以綠色顯示。在圖29-60中，關(guān)于具有正常基線互補(bǔ)體2的患者的數(shù)據(jù)總是顯示在上線中，在某些圖中以綠色顯示(圖29、30、35、37-40、43、44、47、50、55-57和60)，并且在其他圖中以紅色顯示(圖31-34、36、41、42、45、46、48、49、51-54、58和59)，而關(guān)于對(duì)于標(biāo)記具有拷貝數(shù)喪失的患者的數(shù)據(jù)在特定圖中以藍(lán)色顯示(圖29、30、35、37-40、43、44、47、50、55-57和60)，并且在其他圖中以綠色顯示(圖31-34、36、41、42、45、46、48、49、51-54、58和59)。更具體而言，圖如下顯示結(jié)果：圖1是顯示對(duì)于通過(guò)Chr19，34.7Mb-35.6Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記1]。FDR調(diào)整的p值=0.0299。17個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，3個(gè)樣品：4個(gè)拷貝，7個(gè)樣品：5個(gè)或更多個(gè)拷貝。圖2是顯示對(duì)于通過(guò)Chr19；38.9-40.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記2]。FDRp值=0.0085。17個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，3個(gè)樣品：4個(gè)拷貝，4個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖3是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17；69.2-71.3Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記3]。FDRp值=0.0304。16個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，5個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖4是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，70.8-71.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIb-IIb期的71患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記4]。FDRp值=0.0116。15個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖5是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，70.8-71.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記4]。FDRp值=0.0110。15個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖6是顯示對(duì)于通過(guò)Chr12，93.7kb-1.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記5]。FDRp值=0.0493。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，5個(gè)樣品：4個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖7是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.3-64.8Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記6]。FDRp值=0.0413。9個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，2個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖8是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.3-64.8Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記6]。FDRp值=0.0040。9個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，2個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖9是顯示對(duì)于通過(guò)Chr19，57.0-62.2Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記7]。FDRp值=0.0091。10個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，3個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖10是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，39.1-39.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記8]。FDRp值=0.0356。13個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖11是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.8-65.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記9]。FDRp值=0.0484。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，2個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖12是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，64.8-65.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記9]。FDRp值=0.0004。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，2個(gè)樣品：>=5個(gè)拷貝。圖13是顯示對(duì)于通過(guò)Chr11，61.4-64.3Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記10]。FDRp值=0.0004；8個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖14是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17，51.5-53.2Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記11]。FDRp值=0.0054。8個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖15是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17，43.5-44.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記12]。FDRp值=0.0269。4個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，2個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖16是顯示對(duì)于通過(guò)Chr17，43.5-44.9Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記12]。FDRp值=0.0040。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，2個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖17是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，147.6-151.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記13]。FDRp值=0.0210。7個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖18是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，147.6-151.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記13]。FDRp值=0.0233。7個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖19是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，123.7-135.6Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記14]。FDRp值=0.0377。7個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖20是顯示對(duì)于通過(guò)Chr8，6.9-8.8Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記15]。FDRp值=0.0166。7個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖21是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，159.9-161.4Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記16]。FDRp值=0.0013。4個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖22是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，159.9-161.4Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記16]。FDRp值=0.0001。4個(gè)樣品：3個(gè)拷貝，1個(gè)樣品：4個(gè)拷貝。圖23是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，200.9-204.2Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記17]。FDRp值=0.0398。6個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖24是顯示對(duì)于通過(guò)Chr6，36.3-36.7Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記18]。FDRp值=0.0347。6個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖25是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，205.9-208.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記19]。FDRp值=0.04。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖26是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，205.9-208.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIb-IIb期的66患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記19]。FDRp值=0.0351。6個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖27是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，205.9-208.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記19]。FDRp值=0.0075。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖28是顯示對(duì)于通過(guò)Chr1，109.5-111.1Mb中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的，具有NSCLCIb-IIb期的71患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[標(biāo)記20]。FDRp值=0.0224。5個(gè)樣品：3個(gè)拷貝。圖29是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，62.9-67.8Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記1]。FDRp值=0.0282。在10個(gè)樣品中缺失。圖30是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，53.3-53.8Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記2]。FDRp值=0.0409。在12個(gè)樣品中缺失。圖31是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，105.8-107.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記3]。FDRp值=0.0469。在21個(gè)樣品中缺失。圖32是顯示對(duì)于通過(guò)Chr16，45.8-46.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記4]。FDRp值=0.0039。在11個(gè)樣品中缺失。圖33是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，50.7-52.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記5]。FDRp值=0.0000。在10個(gè)樣品中缺失。圖34是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，94.2-96.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記6]。FDRp值=0.0202。在7個(gè)樣品中缺失。圖35是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，94.2-96.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記6]。FDRp值=0.0282。在10個(gè)樣品中缺失。圖36是顯示對(duì)于通過(guò)Chr9，36.1-37.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記7]。FDRp值=0.0468。在24個(gè)樣品中缺失。圖37是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，94.2-96.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記8]。FDRp值=0.0282。在10個(gè)樣品中缺失。圖38是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，51.1-52.8Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記9]。FDRp值=0.0008。在9個(gè)樣品中缺失。圖39是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，61.5-68.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記10]。FDRp值=0.0034。在9個(gè)樣品中缺失。圖40是顯示對(duì)于通過(guò)Chr9，28.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記11]。FDRp值=0.0270。在9個(gè)樣品中缺失。圖41是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，43.7-44.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記12]。FDRp值=0.0053。在8個(gè)樣品中缺失。圖42是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，60.8-62.9Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記13]。FDRp值=0.0121。在7個(gè)樣品中缺失。圖43是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，60.8-62.9Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記13]。FDRp值=0.0425。在8個(gè)樣品中缺失。圖44是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，60.8-62.9Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記13]。FDRp值=0.0320。在8個(gè)樣品中缺失。圖45是顯示對(duì)于通過(guò)Chr3，120.0-121.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記14]。FDRp值=0.0228。在8個(gè)樣品中缺失。圖46是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，46.2-48.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記15]。FDRp值=0.0341。在8個(gè)樣品中缺失。圖47是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，38.9-40.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記16]。FDRp值=0.0451。在8個(gè)樣品中缺失。圖48是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，44.2-44.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記17]。FDRp值=0.0053。在7個(gè)樣品中缺失。圖49是顯示對(duì)于通過(guò)Chr2，213.7-214.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記18]。FDRp值=0.0286。在7個(gè)樣品中缺失。圖50是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，43.9-46.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記19]。FDRp值=0.0009。在6個(gè)樣品中缺失。圖51是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，27.6-28.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記20]。FDRp值=0.0021。在6個(gè)樣品中缺失。圖52是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，27.6-28.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記20]。FDRp值=0.0101。在5個(gè)樣品中缺失。圖53是顯示對(duì)于通過(guò)Chr3，98.0-98.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記21]。FDRp值=0.0316。在6個(gè)樣品中缺失。圖54是顯示對(duì)于通過(guò)Chr3，98.0-98.3Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的74患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記21]。FDRp值=0.0416。在5個(gè)樣品中缺失。圖55是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，55.2-60.0Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記22]。FDRp值=0.0345。在6個(gè)樣品中缺失。圖56是顯示對(duì)于通過(guò)Chr14，48.7-51.1Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記23]。FDRp值=0.0006。在5個(gè)樣品中缺失。圖57是顯示對(duì)于通過(guò)Chr4，81.4-83.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的97患者群組，以天表示的復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記24]。FDRp值=0.0047。在5個(gè)樣品中缺失。圖58是顯示對(duì)于通過(guò)Chr10，51.9-54.2Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記25]。FDRp值=0.0067。在5個(gè)樣品中缺失。圖59是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，55.2-58.6Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIa期的78患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記26]。FDRp值=0.0130。在5個(gè)樣品中缺失。圖60是顯示對(duì)于通過(guò)Chr5，67.8-68.5Mb中拷貝數(shù)喪失(缺失)的存在或不存在分類的，具有NSCLCIa-IIb期的102患者群組，以天表示的總體存活(OS)的Kaplan-Meier曲線圖。[缺失標(biāo)記27]。FDRp值=0.0475。在5個(gè)樣品中缺失。如由圖1-60中的Kaplan-Meier曲線圖可見(jiàn)的，特定標(biāo)記中的拷貝數(shù)改變與NSCLCI-II期患者中的短OS和/或更短的TTR相關(guān)。表4列出了關(guān)于幾種標(biāo)記的總體存活數(shù)據(jù)。(關(guān)于其數(shù)據(jù)以紅色顯示的標(biāo)記在不同臨床分期之間共享)。表4：關(guān)于在Chr1、Chr2、Chr6、Chr8、Chr11、Chr12、Chr17和Chr19上的標(biāo)記的總體存活表5列出了由每個(gè)癌癥后果標(biāo)記序列內(nèi)的核苷酸序列編碼的基因和miRNA。在任何方法中，癌癥后果標(biāo)記可以選自表5中列出的那些。指定“M1”直到“M20”的那些標(biāo)記各自是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記中的拷貝數(shù)增益，其中拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。指定“DM1”直到“DM27”的那些標(biāo)記各自是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記中的拷貝數(shù)喪失，其中拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。表5：癌癥后果標(biāo)記及相應(yīng)基因和miRNA表6列出了關(guān)于每個(gè)癌癥后果標(biāo)記的配對(duì)物，其使用表5中列出的相同參考數(shù)目。所有配對(duì)物基于人基因組裝配hg18(NCBIBuild36)。表6：標(biāo)記ID染色體起始位置終止位置M1chr193472241835643933M2chr193885383840749461M3chr176917322471304619M4chr67076183371144537M5chr12936831867988M6chr116431015464803976M7chr195703328362189738M8chr63908805939850364M9chr116480397765684917M10chr116137425264310153M11chr175153282053211048M12chr174347712444932837M13chr2147604021151117679M14chr6123724457135574976M15chr868954658784654M16chr2159911944161423883M17chr2200924525204245414M18chr63625522236678343M19chr2205893481208053624M20chr1109538586111118652DM1chr93605689936988415DM2chr4105818261107238628DM3chr55326443253790965DM4chr164579188046313827DM5chr55070687852008065DM6chr59420420896112445DM7chr56294284767798156DM9chr145110815652752331DM10chr146145627368632720DM11chr92805749128114180DM12chr44368902044161565DM13chr56079782962942846DM14chr3119993321121112610DM15chr44624630347955581DM16chr143893963040021400DM17chr44416156644606114DM18chr2213677020214308243DM19chr144389902646591909DM20chr142764644928630571DM21chr39798875198257089DM22chr145524985260045332DM23chr144873485551108156DM24chr48137121983187388DM25chr105192941954199330DM26chr55522112158648144DM27chr56779815668516077與先前鑒定的預(yù)測(cè)物(表達(dá)標(biāo)記)不同，本文描述的生物標(biāo)記代表DNA增益和喪失(可通過(guò)FISH測(cè)量的穩(wěn)定事件)。FISH探針可以用于致使標(biāo)記的驗(yàn)證/使用成為可能，并且標(biāo)記是關(guān)于在臨床試驗(yàn)中用作分層生物標(biāo)記的強(qiáng)候選物。它們可以用于例如限定具有不同后果的疾病的分子亞組。像這樣，它們可能與藥物應(yīng)答相關(guān)。這些數(shù)據(jù)指示，使用通過(guò)FISH測(cè)量的遺傳標(biāo)記的基因組拷貝數(shù)評(píng)價(jià)和利用合適的分類器在早期NSCLC中具有預(yù)測(cè)重要性。分類器能夠產(chǎn)生患者進(jìn)入有利和不利的復(fù)發(fā)范疇內(nèi)的統(tǒng)計(jì)上顯著分類，所述患者已用手術(shù)治療而無(wú)新輔助療法或隨訪化學(xué)療法。目前的臨床體外診斷測(cè)定未提供這個(gè)能力。因此，對(duì)早期NSCLC活組織檢查樣品或切除的腫瘤執(zhí)行的關(guān)于列出標(biāo)記的FISH測(cè)定在與輔助治療相關(guān)的決定中看起來(lái)是有價(jià)值的。實(shí)施例2：使用韓國(guó)樣品集驗(yàn)證預(yù)后標(biāo)記為了驗(yàn)證與低分期NSCLC患者的臨床后果相關(guān)的四十六(46)種生物標(biāo)記，從在韓國(guó)的SamsungCancerCenter收集低分期NSCLC腫瘤組織的另外集合，連同相關(guān)臨床后果信息。將所有樣品小心分開，以使腫瘤/正常組織比達(dá)到最大，且驗(yàn)證組織病理學(xué)類型和分期。僅分析來(lái)自具有I和II期樣品的患者的樣品。所有這些來(lái)自用手術(shù)切除治療而無(wú)任何隨訪或新輔助化學(xué)療法的患者。對(duì)于每個(gè)患者收集的臨床信息包括年齡、性別、臨床分期、病理期、位置、組織學(xué)、分化、吸煙狀態(tài)、化學(xué)療法狀態(tài)、放射狀態(tài)、復(fù)發(fā)狀態(tài)、復(fù)發(fā)日期、復(fù)發(fā)位置、腦轉(zhuǎn)移狀態(tài)、復(fù)發(fā)時(shí)間、末次隨訪日期、在末次隨訪時(shí)的狀態(tài)、活的/死的、總體存活和死因。選擇復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)和總體存活(OS)作為后果參數(shù)。其他臨床參數(shù)(結(jié)節(jié)狀態(tài)、分期等)視為混雜變量。肺癌的復(fù)發(fā)時(shí)間和總體存活時(shí)間得自病例表。表7和8分別提供了關(guān)于研究的患者群組的總體存活和總復(fù)發(fā)時(shí)間的數(shù)字。表7：OS分期死亡活的(被檢查過(guò)的)總計(jì)1a010101b2233552a0002b628總計(jì)284573表8:TTR分期復(fù)發(fā)的無(wú)復(fù)發(fā)(被檢查過(guò)的)總計(jì)1a010101b2431552a0002b628總計(jì)304373將樣品加工，提取DNA，擴(kuò)增且與AffymetrixSNP6.0陣列(Affymetrix，Inc.，SantaClara，CA)雜交，所述陣列含有超過(guò)906,600個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNPs)和超過(guò)946,000種探針用于檢測(cè)拷貝數(shù)變動(dòng)，具有經(jīng)過(guò)所有180萬(wàn)SNP的中值標(biāo)記間距離和小于700個(gè)堿基組合的拷貝數(shù)標(biāo)記。微陣列根據(jù)制造商(Affymetrix)的建議進(jìn)行加工。通過(guò)與270個(gè)正常對(duì)照的HapMap集合比較計(jì)算這些腫瘤的拷貝數(shù)。使用Partek軟件6.09.0310將拷貝數(shù)分段。如圖61中所示，驗(yàn)證集合的平均拷貝數(shù)顯示類似于先前訓(xùn)練數(shù)據(jù)集的模式，但具有高得多的密度。圖61比較在訓(xùn)練和驗(yàn)證數(shù)據(jù)集之間的平均拷貝數(shù)模式。每種標(biāo)記的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)化的拷貝數(shù)跨越訓(xùn)練(上)和測(cè)試(下)集合中的所有樣品求平均值，其中0代表正常2個(gè)拷貝，并且紅色和藍(lán)色分別代表平均的拷貝數(shù)增益或喪失。每個(gè)點(diǎn)代表陣列上的一個(gè)標(biāo)記，并且x軸代表由染色體1-22排序的基因組位置。這個(gè)實(shí)施例中呈現(xiàn)的驗(yàn)證數(shù)據(jù)基于與生成的100K微陣列數(shù)據(jù)比較是十八(18)倍的SNPs和CNV標(biāo)記覆蓋，并且用于鑒定診斷標(biāo)記，并且因此可以鑒定規(guī)模更小的拷貝數(shù)改變事件。因此，代替計(jì)算每種生物標(biāo)記的拷貝數(shù)，計(jì)算在這些生物標(biāo)記內(nèi)的每種基因的拷貝數(shù)，并且隨后與患者的總體存活或復(fù)發(fā)時(shí)間關(guān)聯(lián)。在六(6)種不同標(biāo)記中的總共六十一(61)種基因通過(guò)時(shí)序檢驗(yàn)用低于0.05的p值標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行驗(yàn)證。基因在表9中列出，其中顯著p值通過(guò)灰色陰影突出顯示。圖62-162是顯示對(duì)于如在每個(gè)曲線圖上指示的特定基因中拷貝數(shù)增益的存在或不存在分類的73患者群組，以天表示的總體存活(OS)或復(fù)發(fā)時(shí)間(TTR)的Kaplan-Meier曲線圖。與圖1-60的Kaplan-Meier曲線圖一樣，x軸代表以天表示的時(shí)間，并且y軸代表患者存活(對(duì)于OS)或無(wú)疾病復(fù)發(fā)(對(duì)于TTR)的患者的概率。無(wú)論何時(shí)出現(xiàn)有關(guān)事件(對(duì)于OS的死亡，或?qū)τ赥TR的疾病復(fù)發(fā))，曲線都下降。當(dāng)患者失去隨訪而無(wú)相關(guān)事件出現(xiàn)時(shí)，在水平線中做出標(biāo)記，指示末次無(wú)事件時(shí)間。通過(guò)比較含和不含生物標(biāo)記的患者群體中的減少獲得p值。如所述的最終驗(yàn)證的標(biāo)記數(shù)目是相對(duì)小的，其可部分歸于2個(gè)患者群體來(lái)自不同人種群的事實(shí)。先前大取樣在Chicago，Illinois，USA收集，并且包括亞洲人、高加索人、非洲人和西班牙人患者的混合，而驗(yàn)證樣品在韓國(guó)由同質(zhì)的亞洲人群收集。此外，2個(gè)樣品集在不同場(chǎng)所進(jìn)行加工，對(duì)于第一個(gè)樣品集的AbbottPark，并且對(duì)于第二個(gè)樣品集的SamsungCancerCenter。盡管在2個(gè)場(chǎng)所中的樣品加工遵循相同提議方案，但潛在系統(tǒng)偏差無(wú)法完全排除。另外，2個(gè)樣品集使用AffymetrixSNPs陣列的不同版本進(jìn)行測(cè)定，在其之間密度相差十八(18)倍。在新陣列中包括的另外探針可以揭示使用更舊版本的SNPs陣列無(wú)法觀察到的更詳細(xì)的拷貝數(shù)變動(dòng)事件。表9：在與NSCLC患者的臨床后果相關(guān)的鑒定的生物標(biāo)記內(nèi)的驗(yàn)證基因應(yīng)當(dāng)理解前述說(shuō)明書預(yù)期舉例說(shuō)明且不限制本發(fā)明的范圍。本發(fā)明的其他方面、優(yōu)點(diǎn)和修飾在下文闡述的權(quán)利要求的預(yù)期范圍內(nèi)。當(dāng)前第1頁(yè)1 2 3