本發(fā)明涉及基因檢測(cè)領(lǐng)域，特別涉及一種基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法及設(shè)備。

背景技術(shù)：

1、目前，無(wú)創(chuàng)基因檢測(cè)并沒(méi)有在膽囊癌中廣泛開(kāi)展，沒(méi)有合適并且公認(rèn)的候選基因和檢測(cè)手段。因此，基因突變檢測(cè)陽(yáng)性率存在不穩(wěn)定性；大部分的膽囊癌患者依然需要利用穿刺或手術(shù)后得到的組織樣本進(jìn)行基因檢測(cè)。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的在于提供一種基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法及設(shè)備。

2、為解決上述問(wèn)題，本發(fā)明提供一種基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，包括：

3、基因檢測(cè)樣本采集模塊，從樣本患者的血漿游離dna中獲取預(yù)設(shè)多個(gè)靶向基因的基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

4、基因突變特征提取模塊，利用基因突變分析算法從樣本基因測(cè)序數(shù)據(jù)中提取樣本基因突變特征；

5、膽囊占位良惡性鑒別模型建立模塊，基于基因突變特征從靶向基因中篩選膽囊癌的關(guān)鍵基因，以得到訓(xùn)練完成的膽囊占位良惡性鑒別模型；

6、檢測(cè)模塊，從待檢測(cè)者的血漿游離dna中獲取待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征，將待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征輸入所述膽囊占位良惡性鑒別模型，以得到膽囊占位性病變的惡性概率。

7、進(jìn)一步的，在上述方法中，預(yù)設(shè)多個(gè)靶向基因包括如下的111個(gè)靶向基因：

8、abl1、bard1?cdkn2a、erbb3、idh1、men1、nfe2l2、prdm1、smarca4、vhl、alk、bcl2、cebpa、erbb4、idh2、met、notch1、ptch1、smarcb1、amer1、bcor、chek1、ezh2、jak1、mlh1、notch2、ptpn11、smo、

9、apc、blm、chek2、fance、jak2、mpl、npm1、rad50、socs1、

10、ar、braf、cic、fbxw7、jak3、mre11a、palb2、rad51c、spop、

11、arid1a、brca1、crebbp、fgfr2、kdm5c、msh2、pax5、rad51d、stag2、

12、asxl1、brca2、ctnnb1、fgfr3、kdm6a、msh6、pbrm1、rb1、stk11、

13、atm、brip1、daxx、flt3、kit、mutyh、pdgfra、ret、tet2

14、atr、card11、dnmt3a、foxl2、kmt2d、myd88、pik3ca、rnf43、tnfaip3、atrx、cbl、egfr、gata3、kras、nbn、pik3r1、setd2、tp53、

15、axin1、cdc73、ep300、gnas、map3k1、nf1、polg、sf3b1、tsc1、

16、bap1、cdh1、erbb2、hnf1a、med12、nf2、ppp2r1a、smad2、u2af1。

17、進(jìn)一步的，在上述方法中，所述基因突變分析算法，包括：基因序列比對(duì)、去重、突變位點(diǎn)檢測(cè)和突變注釋。

18、進(jìn)一步的，在上述方法中，膽囊占位良惡性鑒別模型建立模塊，基于基因突變特征從靶向基因中篩選膽囊癌的關(guān)鍵基因，以得到訓(xùn)練完成的膽囊占位良惡性鑒別模型，包括：

19、膽囊占位良惡性鑒別模型建立模塊，基于樣本基因突變特征，從靶向基因中篩選膽囊癌的關(guān)鍵基因，將關(guān)鍵基因及其突變特征中的突變豐度、樣本患者的腫瘤標(biāo)志物和血漿游離dna中的dna濃度作為檢測(cè)指標(biāo)，以得到訓(xùn)練完成的膽囊占位良惡性鑒別模型，從而膽囊占位良惡性鑒別模型能夠結(jié)合患者的無(wú)創(chuàng)基因檢測(cè)結(jié)果和病歷信息，預(yù)測(cè)膽囊占位的惡性概率。

20、進(jìn)一步的，在上述方法中，所述關(guān)鍵基因，包括：erbb3、men1、ptch1、notch2、smo、arid1a、ctnnb1、pbrm1、dnmt3a和tp53。

21、進(jìn)一步的，在上述方法中，所述腫瘤標(biāo)志物為ca19-9。

22、進(jìn)一步的，在上述方法中，檢測(cè)模塊，從待檢測(cè)者的血漿游離dna中獲取待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征，將待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征輸入所述膽囊占位良惡性鑒別模型，以得到膽囊占位性病變的惡性概率，包括：

23、檢測(cè)模塊從待檢測(cè)者的血漿游離dna中獲取待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征中的突變豐度，將待檢測(cè)者的腫瘤標(biāo)志物、血漿游離dna中的dna濃度和關(guān)鍵基因的基因突變特征中的突變豐度，輸入所述膽囊占位良惡性鑒別模型，以得到膽囊占位性病變的惡性概率。

24、進(jìn)一步的，在上述方法中，所述膽囊占位良惡性鑒別模型為隨機(jī)森林、邏輯回歸、支持向量機(jī)和xgboost的4種算法的線(xiàn)性擬合模型。

25、根據(jù)本發(fā)明的另一方面，還提供一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其上存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，其中，該計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令被處理器執(zhí)行時(shí)使得該處理器：執(zhí)行如上述任一項(xiàng)所述的方法。

26、根據(jù)本發(fā)明的另一方面，還提供一種計(jì)算器設(shè)備，其中，包括：

27、處理器；以及

28、被安排成存儲(chǔ)計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令的存儲(chǔ)器，所述可執(zhí)行指令在被執(zhí)行時(shí)使所述處理器：執(zhí)行上述任一項(xiàng)所述的方法。

29、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明通過(guò)基因檢測(cè)樣本采集模塊，從樣本患者的血漿游離dna中獲取預(yù)設(shè)多個(gè)靶向基因的基因測(cè)序數(shù)據(jù)；基因突變特征提取模塊，利用基因突變分析算法從樣本基因測(cè)序數(shù)據(jù)中提取樣本基因突變特征；膽囊占位良惡性鑒別模型建立模塊，基于基因突變特征從靶向基因中篩選膽囊癌的關(guān)鍵基因，以得到訓(xùn)練完成的膽囊占位良惡性鑒別模型；檢測(cè)模塊，從待檢測(cè)者的血漿游離dna中獲取待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征，將待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征輸入所述膽囊占位良惡性鑒別模型，以得到膽囊占位性病變的惡性概率?？梢圆捎梅乔秩胄缘姆绞讲杉颊咄庵苎崛∮坞xdna，減少對(duì)患者的傷害和痛苦，例如，可以提取肺結(jié)節(jié)患者的外周血進(jìn)行靶向基因檢測(cè)，得到的遺傳學(xué)檢測(cè)結(jié)果即靶向基因的基因測(cè)序數(shù)據(jù)，再通過(guò)膽囊占位良惡性鑒別模型，可以準(zhǔn)確高效的得到一個(gè)包含有膽囊癌的預(yù)測(cè)概率的判斷結(jié)果。本發(fā)明可以借助深度學(xué)習(xí)和機(jī)器學(xué)習(xí)算法，該系統(tǒng)能夠從大量的臨床信息和測(cè)序數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)隱含的規(guī)律和模式，進(jìn)而提供準(zhǔn)確、全面的膽囊癌的預(yù)測(cè)結(jié)果。

技術(shù)特征：

1.一種基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，包括：

2.如權(quán)利要求1所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，預(yù)設(shè)多個(gè)靶向基因包括如下的111個(gè)靶向基因：

3.如權(quán)利要求1所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，所述基因突變分析算法，包括：基因序列比對(duì)、去重、突變位點(diǎn)檢測(cè)和突變注釋。

4.如權(quán)利要求1所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，膽囊占位良惡性鑒別模型建立模塊，基于基因突變特征從靶向基因中篩選膽囊癌的關(guān)鍵基因，以得到訓(xùn)練完成的膽囊占位良惡性鑒別模型，包括：

5.如權(quán)利要求1或4所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，所述關(guān)鍵基因，包括：erbb3、men1、ptch1、notch2、smo、arid1a、ctnnb1、pbrm1、dnmt3a和tp53。

6.如權(quán)利要求4所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，所述腫瘤標(biāo)志物為ca19-9。

7.如權(quán)利要求4所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，檢測(cè)模塊，從待檢測(cè)者的血漿游離dna中獲取待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征，將待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征輸入所述膽囊占位良惡性鑒別模型，以得到膽囊占位性病變的惡性概率，包括：

8.如權(quán)利要求1所述的基于血漿游離dna突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法，其特征在于，所述膽囊占位良惡性鑒別模型為隨機(jī)森林、邏輯回歸、支持向量機(jī)和xgboost的4種算法的線(xiàn)性擬合模型。

9.一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其上存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，其中，該計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令被處理器執(zhí)行時(shí)使得該處理器：執(zhí)行如權(quán)利要求1至8任一項(xiàng)所述的方法。

10.一種計(jì)算器設(shè)備，其中，包括：

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明提供一種基于血漿游離DNA突變檢測(cè)的膽囊癌預(yù)測(cè)方法及設(shè)備，包括：基因突變特征提取模塊利用基因突變分析算法從樣本基因測(cè)序數(shù)據(jù)中提取樣本基因突變特征；膽囊占位良惡性鑒別模型建立模塊，基于基因突變特征從靶向基因中篩選膽囊癌的關(guān)鍵基因，以得到訓(xùn)練完成的膽囊占位良惡性鑒別模型；檢測(cè)模塊從待檢測(cè)者的血漿游離DNA中獲取待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征，將待檢測(cè)者的關(guān)鍵基因的基因突變特征輸入所述膽囊占位良惡性鑒別模型，以得到膽囊占位性病變的惡性概率?？梢圆捎梅乔秩胄缘姆绞讲杉颊咄庵苎崛∮坞xDNA，減少對(duì)患者的傷害和痛苦，通過(guò)膽囊占位良惡性鑒別模型，可以準(zhǔn)確高效的得到一個(gè)包含有膽囊癌的預(yù)測(cè)概率的判斷結(jié)果。

技術(shù)研發(fā)人員：劉穎斌,劉赟,央茂,趙宇豪,林新華,李琛,郭武,張戰(zhàn)炳
受保護(hù)的技術(shù)使用者：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/9