與細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑相關(guān)的標(biāo)志物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了在用細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑（CDKI）治療的患者中監(jiān)測(cè)藥效（PD）標(biāo)志物的差別基因表達(dá)的方法、通過(guò)測(cè)量PD標(biāo)志物測(cè)定細(xì)胞對(duì)CDKI的敏感性的方法，以及篩選候選CKDI的方法。
【專利說(shuō)明】與細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑相關(guān)的標(biāo)志物
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及藥物基因組學(xué)領(lǐng)域，以及藥效標(biāo)志物的用途，所述藥效標(biāo)志物用于以下患者對(duì)治療的應(yīng)答、癌癥敏感性和化合物篩選。
【背景技術(shù)】
[0002]蛋白激酶構(gòu)成了在結(jié)構(gòu)上相關(guān)的負(fù)責(zé)控制細(xì)胞內(nèi)多種信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過(guò)程的酶的大家族。(Hardie,G.和 Hanks, S.The Protein Kinase Facts Book, I 和 II, Academic Press,San Diego, CA:1995)。可以通過(guò)激酶磷酸化的底物，將它們分類至家族(例如，蛋白-酪氨酸、蛋白絲氨酸/蘇氨酸、脂類等)。
[0003]許多疾病都與蛋白激酶介導(dǎo)的上述事件所引發(fā)的異常細(xì)胞應(yīng)答相關(guān)。這些疾病包括但不限于，自身免疫疾病、炎性疾病、骨病、代謝疾病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病和神經(jīng)變性疾病、癌癥、心血管疾病、過(guò)敏反應(yīng)和哮喘、阿爾茨海默病、病毒性疾病和激素相關(guān)的疾病。例如，已經(jīng)成功地將Gleevec (酪氨酸激酶抑制劑)用于慢性髓性白血病和胃腸間質(zhì)瘤的治療。
[0004]細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶(CDK)復(fù)合體是一類目標(biāo)靶激酶。CDK參與細(xì)胞周期進(jìn)程和細(xì)胞轉(zhuǎn)錄，并且生長(zhǎng)控制的喪失與疾病中異常的細(xì)胞增殖相聯(lián)系(Malumbres和Barbacid, Nat.Rev.Cancer2001,1:222)。已經(jīng)顯示，細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶的活性的增加或者暫時(shí)地異常激活會(huì)導(dǎo)致人類腫瘤的發(fā)展(Sherr C.J.，Sciencel996，274:1672-1677)。事實(shí)上，人類腫瘤的發(fā)展通常與⑶K蛋白自身或其調(diào)節(jié)子的改變相關(guān)(Cordon-Cardo C.，Am.J.Pathol.1995 ； 147 (3):545-560 ；Karp J.E.和 Broder S.，Nat.Med.1995；1:309-320 ；Hall M.，Adv.Cancer Res.1996 ；68:67_108)。
[0005]⑶K7和⑶K9分別在轉(zhuǎn)錄起始和延伸中發(fā)揮關(guān)鍵作用(參見例如，Peterlin和Price2006, Cell23:297-305, Shapir0.J.，Clin.0ncol.2006 ；24:1770-83)。通過(guò)下調(diào)抗凋亡蛋白如MCLl的轉(zhuǎn)錄，CDK9的抑制與直接誘導(dǎo)造血譜系的腫瘤細(xì)胞的凋亡相聯(lián)系(Chao S.-H.，J.Biol.Chem.2000 ；275:28345-28348 ；Chao, S.-H.，J.Biol.Chem.2001 ；276:31793-31799 ；Lam, Genome Biology20012:1-11 ；Chen, Blood2005 ； 106:2513 ；MacCallum,Cancer Res.2005 ；65:5399 jPAlvi，Blood2005 ；105:4484)。在實(shí)體瘤細(xì)胞中，通過(guò)CDK9活性的下調(diào)導(dǎo)致的轉(zhuǎn)錄抑制與細(xì)胞周期CDK如CDKl和2的抑制的協(xié)同作用來(lái)誘導(dǎo)凋亡(Cai, D.-P.，Cancer Res.2006，66:9270)。通過(guò)CDK9或CDK7抑制的轉(zhuǎn)錄對(duì)腫瘤細(xì)胞類型具有選擇性非增殖作用，其取決于具有短半壽期的mRNA，例如套細(xì)胞淋巴瘤中細(xì)胞周期蛋白Dl的轉(zhuǎn)錄。一些轉(zhuǎn)錄因子如Myc和NF- κ B選擇性招募⑶Κ9到其啟動(dòng)子，并且依賴于這些信號(hào)途徑活化的腫瘤可能對(duì)CDK9抑制是敏感的。
[0006]某些CDK抑制劑通過(guò)抑制正常未轉(zhuǎn)化細(xì)胞的細(xì)胞周期進(jìn)程的能力，而用作化療保護(hù)劑(chemoprotective agent) (Chen, J., Natl.Cancer Instit.，2000 ;92:1999_2008)。在使用細(xì)胞毒性劑之前用CDK抑制劑預(yù)處理癌癥患者可以降低通常與化療相關(guān)的副作用。通過(guò)選擇性CDK抑制劑的作用，可保護(hù)正常增殖的組織免于細(xì)胞毒效應(yīng)。
[0007]發(fā)現(xiàn)指示治療是有效的藥效(PD)標(biāo)志物可以是有價(jià)值的?？梢詫⒋祟悩?biāo)志物用于監(jiān)測(cè)正在接受治療的那些患者的應(yīng)答。如果ro標(biāo)志物指示患者沒有對(duì)治療適當(dāng)?shù)貞?yīng)答，那么可以增加、減少或者完全中斷施用的劑量。因此，存在研發(fā)與CDK抑制劑相關(guān)的ro標(biāo)志物的需求。該方法確保患者接受最適當(dāng)?shù)闹委?。[0008]在研發(fā)CDK抑制劑中，ro標(biāo)志物可以幫助了解施用后作用的機(jī)制。作用機(jī)制可能涉及細(xì)胞周期中調(diào)節(jié)機(jī)制的復(fù)雜級(jí)聯(lián)，并且可以在藥物研發(fā)的臨床前的階段進(jìn)行這種分析，以測(cè)定候選CDK抑制劑的特定活性。在藥效研究中特別感興趣的是鑒定有活性的特定標(biāo)志物，例如本文中所公開的標(biāo)志物。
[0009]發(fā)明概述
[0010]本發(fā)明涉及分析表2中所鑒定的若干基因，所述基因作為CDK抑制劑(下文中稱為“⑶KI”)活性的特定藥效(PD)標(biāo)志物。特別地，本發(fā)明涉及在⑶KI治療后上調(diào)或下調(diào)所鑒定的基因的表達(dá)?？蓪o標(biāo)志物用于確定患者接受了正確的療程。本發(fā)明是“個(gè)體化醫(yī)療”的實(shí)例，其中基于對(duì)患者特異的功能基因組標(biāo)記來(lái)治療患者。
[0011]本發(fā)明包含監(jiān)測(cè)患者對(duì)治療應(yīng)答的方法。該方法包括以下步驟:將任意(any與any one不同)⑶KI施用給患者，并測(cè)量從患者獲得的生物樣品的基因表達(dá)?；跈z測(cè)來(lái)自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，來(lái)評(píng)價(jià)患者的應(yīng)答。與基線比較，至少一種H)標(biāo)志物的表達(dá)水平的檢測(cè)和/或改變，可以指示患者對(duì)治療的應(yīng)答。表達(dá)水平的模式的改變可以指示有利的應(yīng)答或者不利的應(yīng)答。
[0012]附圖簡(jiǎn)述
[0013]圖1顯示用⑶KI (7)或⑶KI⑶處理的細(xì)胞的IC50值。
[0014]圖2顯示了用⑶KI (7)處理后，兩種不同細(xì)胞系中的差別基因表達(dá)。
[0015]圖3顯示了當(dāng)用⑶KI (8) XDKI(Il)或放線菌素D處理細(xì)胞時(shí)，MEPCE表達(dá)的降低。
[0016]圖4顯示了用⑶KI (7)處理后，MEPCE和LARP7蛋白水平的差異表達(dá)。
[0017]圖5顯示了用⑶KI (7)處理的肺癌細(xì)胞系中，參與凋亡調(diào)節(jié)的基因的差別基因表達(dá)。
[0018]圖6顯示了當(dāng)用⑶KI (7)處理時(shí)，狗白細(xì)胞中MEPCE表達(dá)的降低。
[0019]圖7顯示了當(dāng)用⑶KI (7)處理時(shí)，狗白細(xì)胞中MYC表達(dá)的降低。
[0020]圖8顯示了當(dāng)用⑶KI (7)處理時(shí)，狗白細(xì)胞中MCLl表達(dá)的降低。
[0021]圖9顯示了當(dāng)用⑶KI (12)處理時(shí)，狗白細(xì)胞中MEPCE表達(dá)的降低。
[0022]圖10顯示了當(dāng)用⑶KI (12)處理時(shí)，狗白細(xì)胞中MYC的表達(dá)未降低。
[0023]圖11顯示了當(dāng)用⑶KI (12)處理時(shí)，狗白細(xì)胞中MCLl的表達(dá)未降低。
[0024]發(fā)明詳述
[0025]在一個(gè)方面，本公開涉及分析表2中所鑒定的若干基因，所述基因可作為藥效(PD)標(biāo)志物。CDKI治療后ro標(biāo)志物表達(dá)的增加或減少指示抑制劑是有效的?；跈z測(cè)來(lái)自表2的至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)，來(lái)評(píng)價(jià)患者的應(yīng)答。與基線相比，至少一種PD標(biāo)志物的表達(dá)水平的檢測(cè)和/或改變，指示了⑶KI活性，并且這與患者對(duì)治療的應(yīng)答相關(guān)。表達(dá)水平的模式的改變可以指示有利的患者應(yīng)答或者不利的患者應(yīng)答。
[0026]因此，本公開提供了監(jiān)測(cè)患者對(duì)用細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑(⑶KI)進(jìn)行的治療的應(yīng)答的方法，該方法包括:
[0027]a)施用至少一種CDKI ；[0028]b)在生物樣品中測(cè)量選自表2的至少一種藥效(PD)標(biāo)志物的差別基因表達(dá)，所述生物樣品從已經(jīng)施用⑶KI的患者獲得；和
[0029]C)將至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)與對(duì)照樣品中至少一種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)比較。
[0030]在本方法中，PD標(biāo)志物選自:MEPCE (SEQ ID NO:1)、MCLl (SEQ ID NO:3), MYC(SEQ ID NO:5),HEXIMl (SEQ ID N0:7)、LARP7 (SEQ ID N0:9)或 WHSC2 (SEQ ID NO: 11)。
[0031]在本方法中，TO標(biāo)志物是MEPCE (SEQ ID NO:1)。
[0032]在本方法中，測(cè)量至少 一種H)標(biāo)志物的核酸或蛋白質(zhì)。
[0033]在本方法中，至少一種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)是降低的。
[0034]在本方法中，測(cè)量至少兩種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)。
[0035]本方法還包括在施用⑶KI之前，從患者獲得生物樣品。
[0036]在本方法中，生物樣品獲自肺癌、黑素瘤、骨髓瘤、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌或PMBC。
[0037]在本方法中，CDKI抑制CDK9。
[0038]在本方法中，⑶KI選自表1。
[0039]在本方法中，⑶KI以治療有效量施用。
[0040]在本方法中，調(diào)整后續(xù)施用給患者的⑶KI的治療有效量。
[0041]在本方法中，在至少兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)量H)標(biāo)志物的差異表達(dá)。
[0042]在本方法中，在第I小時(shí)、第2小時(shí)、第3小時(shí)、第4小時(shí)、第8小時(shí)、第16小時(shí)、第24小時(shí)和第48小時(shí)重復(fù)步驟b)和c)。
[0043]在本方法中，在步驟a)施用兩種不同的⑶ΚΙ。
[0044]在本方法中，同時(shí)施用兩種不同的⑶ΚΙ。
[0045]在本方法中，在不同的時(shí)間點(diǎn)施用兩種不同的CDKI。
[0046]測(cè)定細(xì)胞對(duì)細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑(CDKI)的敏感性的方法，該方法包括:
[0047]a)將細(xì)胞與至少一種⑶KI接觸；
[0048]b)測(cè)量與⑶KI接觸的細(xì)胞中的選自表2的至少一種藥效(PD)標(biāo)志物的差別基因表達(dá)；和
[0049]c)將差別基因表達(dá)與來(lái)自未處理的或經(jīng)安慰劑處理的對(duì)照細(xì)胞的基因表達(dá)比較。
[0050]在本方法中，PD標(biāo)志物選自:MEPCE (SEQ ID NO:1)、MCLl (SEQ ID NO:3), MYC(SEQ ID NO:5),HEXIMl (SEQ ID N0:7)、LARP7 (SEQ ID N0:9)或 WHSC2 (SEQ ID NO: 11)。
[0051]在本方法中，TO標(biāo)志物是MEPCE (SEQ ID NO:1)。
[0052]在本方法中，測(cè)量至少一種H)標(biāo)志物的核酸或蛋白質(zhì)。
[0053]在本方法中，至少一種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)是降低的。
[0054]在本方法中，測(cè)量至少兩種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)。
[0055]在本方法中，所述細(xì)胞獲自肺癌、黑素瘤、骨髓瘤、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌或PMBC。
[0056]在本方法中，CDKI抑制CDK9。
[0057]在本方法中，⑶KI選自表1。[0058]在本方法中，在至少兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)量ro標(biāo)志物的差異表達(dá)。
[0059]在本方法中，在第I小時(shí)、第2小時(shí)、第3小時(shí)、第4小時(shí)、第8小時(shí)、第16小時(shí)、第24小時(shí)和第48小時(shí)重復(fù)步驟b)和c)。
[0060]在本方法中，在步驟a)所述細(xì)胞接觸兩種不同的CDKI。
[0061]在本方法中，所述細(xì)胞同時(shí)接觸兩種不同的CDKI。
[0062]在本方法中，所述細(xì)胞在不同的時(shí)間點(diǎn)接觸兩種不同的CDKI。
[0063]篩選⑶KI候選物的方法，該方法包括:
[0064]a)將細(xì)胞與⑶KI候選物接觸；
[0065]b)在與⑶KI候選物接觸的細(xì)胞中測(cè)量選自表2的至少一種藥效(PD)標(biāo)志物的差別基因表達(dá)；和
[0066]c)將用⑶KI候選物接觸的細(xì)胞的至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)與用取自表I的⑶KI接觸的細(xì)胞的至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)以及未處理的或經(jīng)安慰劑處理的細(xì)胞的至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)比較。
[0067]在本方法中，PD標(biāo)志物選自:MEPCE (SEQ ID NO:1)、MCLl (SEQ ID NO:3), MYC(SEQ ID NO:5),HEXIMl (SEQ ID N0:7)、LARP7 (SEQ ID N0:9)或 WHSC2 (SEQ ID NO: 11)。
[0068]在本方法中，ro標(biāo)志物是MEPCE (SEQ ID NO:1)。
[0069]在本方法中，測(cè)量至少 一種H)標(biāo)志物的核酸或蛋白質(zhì)。
[0070]在本方法中，至少一種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)是降低的，指示⑶κι候選物是⑶K抑制劑。
[0071]在本方法中，篩選是針對(duì)⑶K9抑制劑的。
[0072]在本方法中，將⑶KI候選物的差別基因表達(dá)與選自表1的⑶KI的差別基因表達(dá)比較。
[0073]在本方法中，細(xì)胞獲自肺癌、黑素瘤、骨髓瘤、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌或PMBC。
[0074]在本方法中，在至少兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)量ro標(biāo)志物的差異表達(dá)。
[0075]在本方法中，在第I小時(shí)、第2小時(shí)、第3小時(shí)、第4小時(shí)、第8小時(shí)、第16小時(shí)、第24小時(shí)和第48小時(shí)重復(fù)步驟b)和c)。
[0076]可以將本文中提及的ro標(biāo)志物用于監(jiān)測(cè)患者對(duì)治療的應(yīng)答。例如，取決于如通過(guò)表2中公開的ro標(biāo)志物的差異表達(dá)所測(cè)量的患者對(duì)CDKI的應(yīng)答，可以調(diào)整劑量、引入其他治療、預(yù)示和防止毒性反應(yīng)或其他不利事件、或者中斷治療。
[0077]紅
[0078]如在說(shuō)明書和權(quán)利要求中所用，除非上下文明確指出，單數(shù)形式“一個(gè)”包括復(fù)數(shù)指代。例如，術(shù)語(yǔ)“細(xì)胞”包括多個(gè)細(xì)胞，包括其混合物。
[0079]全部數(shù)字指定，例如，pH、溫度、時(shí)間、濃度和分子量，包括范圍，都是近似值，其通過(guò)0.1的增量(+)或(一)而改變。應(yīng)當(dāng)理解，盡管并不總是明確指明，但術(shù)語(yǔ)“約”處于全部數(shù)值指定的前面。也應(yīng)當(dāng)理解，盡管并不總是明確指明，但本文中所述的試劑僅僅是示例性的，并且其等同物是本領(lǐng)域已知的。
[0080]術(shù)語(yǔ)“藥效標(biāo)志物”或“ro標(biāo)志物”在本文中可互換使用。藥效標(biāo)志物是基因，并且核酸或多肽水平的存在、不存在或差異表達(dá)用于測(cè)定施用的CDKI是否有效。例如，細(xì)胞與任一種⑶KI接觸后，當(dāng)與接觸⑶KI抑制劑前或者經(jīng)安慰劑處理/未處理對(duì)照的MEPCE表達(dá)相比時(shí)，MEPCE基因的mRNA表達(dá)是降低的。
[0081]術(shù)語(yǔ)“核酸”和“多核苷酸”可互換使用，并指任意長(zhǎng)度的核苷酸(脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其類似物)的多聚形式。多核苷酸可以具有任何三維結(jié)構(gòu)，并可以執(zhí)行任何功能。以下是多核苷酸的非限制性實(shí)例:基因或基因片段(例如，探針、引物、EST或SAGE標(biāo)簽)、外顯子、內(nèi)含子、信使RNA (mRNA)、轉(zhuǎn)移RNA、核糖體RNA、核酶、cDNA、重組的多核苷酸、分枝的多核苷酸、質(zhì)粒、載體、任意序列的分離的DNA、任意序列的分離的RNA、核酸探針和引物。多核苷酸可以包含經(jīng)修飾的核苷酸，如甲基化的核苷酸和核苷酸類似物。如果存在，可以在多聚體組裝之前或之后進(jìn)行核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾。核苷酸的序列可以被非核苷酸組分中斷。多核苷酸可以在聚合后，如通過(guò)與標(biāo)記的組分綴合來(lái)進(jìn)一步修飾。所述術(shù)語(yǔ)還指雙鏈和單鏈分子。除非另外指明或要求，本發(fā)明的任何多核苷酸的實(shí)施方案包括雙鏈形式和已知的或預(yù)測(cè)構(gòu)成雙鏈形式的兩條互補(bǔ)的單鏈形式的每一條鏈。
[0082]“基因”指含至少一個(gè)可讀框(ORF)的多核苷酸，其在轉(zhuǎn)錄和翻譯后能編碼特定的多肽或蛋白質(zhì)。可以將多核苷酸序列用于鑒定與其相關(guān)的基因的較大片段或全長(zhǎng)編碼序列。分離較大片段序列的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
[0083]“基因產(chǎn)物”或備選地“基因表達(dá)產(chǎn)物”指基因轉(zhuǎn)錄和翻譯時(shí)產(chǎn)生的氨基酸(例如，肽或多肽)。
[0084]術(shù)語(yǔ)“多肽”可與術(shù)語(yǔ)“蛋白質(zhì)”互換使用，并在廣義上指兩個(gè)或多個(gè)亞基氨基酸(subunit amino acid)的化合物、氨基酸類似物或擬肽。亞基可以通過(guò)肽鍵連接。在另一個(gè)實(shí)施方案中，亞基可以通過(guò)其他鍵，例如酯、醚等連接。
[0085]如本文中所用，術(shù)語(yǔ)“氨基酸”指天然的和/或非天然的或者合成的氨基酸，以及D和L旋光異構(gòu)體、氨基酸類似物和擬肽。如果肽鏈很短，那么通常將三個(gè)或三個(gè)以上氨基酸的肽稱為寡肽。如果肽鏈很長(zhǎng)， 那么通常將肽稱為多肽或蛋白質(zhì)。
[0086]術(shù)語(yǔ)“分離”意為與多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或其片段在天然狀態(tài)下通常與其相關(guān)的組分、細(xì)胞組分及其他分離。在本發(fā)明的一個(gè)方面，分離的多核苷酸與在自然或天然環(huán)境，例如在染色體上通常與其相關(guān)的3’和5’連續(xù)核苷酸分離。本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的是，非天然存在的多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或其片段并不需要“分離”，以將其與其天然存在的對(duì)應(yīng)物區(qū)分開來(lái)。此外，“濃縮的”、“分離的”或“經(jīng)稀釋的”多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或其片段可與其天然存在的對(duì)應(yīng)物區(qū)分開來(lái)，因?yàn)榕c天然存在的對(duì)應(yīng)物相比，每一體積的濃縮物或者分子數(shù)在“濃縮的”形式中更多或者在“分離的”形式中更少。在一級(jí)序列或者例如糖基化模式上不同于天然存在的對(duì)應(yīng)物的多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或其片段并不需要以分離形式存在，因?yàn)榭梢酝ㄟ^(guò)一級(jí)序列或者備選地，通過(guò)另一特征如糖基化模式與其天然存在的對(duì)應(yīng)物區(qū)分開來(lái)。因此，將非天然存在的多核苷酸提供為不同于分離的天然存在的多核苷酸的單獨(dú)實(shí)施方案。將在細(xì)菌細(xì)胞中產(chǎn)生的蛋白質(zhì)提供為區(qū)別于從真核細(xì)胞分離的天然存在的蛋白質(zhì)的單獨(dú)實(shí)施方案，在天然狀態(tài)下所述真核細(xì)胞產(chǎn)生所述蛋白質(zhì)。
[0087]當(dāng)在多核苷酸操作的上下文中使用時(shí)，“探針”指寡核苷酸，其提供為通過(guò)與靶標(biāo)雜交，檢測(cè)可能存在于目的樣品中的靶標(biāo)的試劑。通常，探針包含標(biāo)記或者雜交反應(yīng)之前或之后標(biāo)記可以結(jié)合的方法。合適的標(biāo)記包括但不限于，放射性同位素、突光色素、化學(xué)發(fā)光化合物、染料和蛋白質(zhì)包括酶。
[0088]“引物”是通常具有游離的3’ -OH基的短的多核苷酸，其通過(guò)與靶標(biāo)雜交，與目的樣品中可能存在的靶標(biāo)或“模板”結(jié)合，從而促進(jìn)與靶標(biāo)互補(bǔ)的多核苷酸的聚合?！熬酆厦告湻磻?yīng)”(“PCR”)是這樣的反應(yīng):使用由“上游”和“下游”引物組成的“一對(duì)引物”或“一套引物”，聚合的催化劑如DNA聚合酶以及一般熱穩(wěn)定聚合酶，復(fù)制組成靶多核苷酸的拷貝。PCR方法是本領(lǐng)域熟知的，并且例如在PCR:A Practical Approach, M.MacPherson等人，IRLPress at Oxford University Press (1991)中教導(dǎo)。產(chǎn)生多核苷酸的復(fù)制拷貝的全部過(guò)程，例如PCR或基因克隆在本文中總稱為“復(fù)制”。還可以將引物用作雜交反應(yīng)，例如DNA或RNA 印跡分析中的探針(Sambrook 等人，Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第二版(1989))。 [0089]如本文中所用，“表達(dá)”指DNA轉(zhuǎn)錄成mRNA的過(guò)程和/或轉(zhuǎn)錄的mRNA隨后翻譯成肽、多肽或蛋白質(zhì)的過(guò)程。如果多核苷酸來(lái)源于基因組DNA，表達(dá)可以包括真核細(xì)胞中mRNA的剪接。
[0090]當(dāng)將“差異表達(dá)”應(yīng)用于基因時(shí)，指從該基因轉(zhuǎn)錄和/或翻譯的mRNA或者由該基因編碼的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的差異產(chǎn)生。與正常或?qū)φ占?xì)胞的表達(dá)水平相比，差異表達(dá)基因可以是過(guò)量表達(dá)或者低表達(dá)(underexpress)。然而,如本文中所述,過(guò)量表達(dá)是增加的基因表達(dá)，并且通常比在正?；?qū)φ諏?duì)應(yīng)細(xì)胞或組織中檢測(cè)到的基因表達(dá)高至少1.25倍，或備選地至少1.5倍，或備選地至少2倍，或備選地至少4倍。如本文中所用，低表達(dá)是降低的基因表達(dá)，并且通常比在正?；?qū)φ諏?duì)應(yīng)細(xì)胞或組織中檢測(cè)到的基因表達(dá)低至少1.25倍，或備選地至少1.5倍，或備選地至少2倍，或備選地至少4倍。術(shù)語(yǔ)“差異表達(dá)”還指在細(xì)胞或組織中可以檢測(cè)到表達(dá)，而在對(duì)照細(xì)胞或組織中不能檢測(cè)到表達(dá)。
[0091]由于基因的過(guò)量表達(dá)或者基因拷貝數(shù)的增加，可以存在基因的高表達(dá)水平。由于負(fù)調(diào)節(jié)子的下調(diào)或缺失，基因還可以翻譯成更多的蛋白質(zhì)。
[0092]“基因表達(dá)譜”指多個(gè)樣品中出現(xiàn)的至少一種ro標(biāo)志物的表達(dá)的模式，并且反映了這些樣品例如組織型樣品對(duì)特定處理、或者細(xì)胞中特定生物學(xué)過(guò)程或途徑的激活應(yīng)答所共有的性質(zhì)。此外，基因表達(dá)譜區(qū)分共有共同性質(zhì)的樣品和沒有共同性質(zhì)的那些樣品，這比通過(guò)將樣品隨機(jī)分配成兩組實(shí)現(xiàn)的準(zhǔn)確性更高?？梢詫⒒虮磉_(dá)譜用于預(yù)測(cè)未知狀態(tài)的樣品是否共有這樣的共同性質(zhì)。期望的是在至少一種ro標(biāo)志物的水平與典型譜之間有一些變化，但在統(tǒng)計(jì)學(xué)上，表達(dá)水平與典型譜在整體上相似是不可能的，因?yàn)樵诓还灿斜磉_(dá)譜所反映的共同性質(zhì)的樣品中，只能偶然觀察到相似性。
[0093]術(shù)語(yǔ)“cDNA”指互補(bǔ)DNA，即用酶如逆轉(zhuǎn)錄酶將細(xì)胞或生物中存在的mRNA分子制備成cDNA。“cDNA”文庫(kù)是細(xì)胞或生物中存在的全部mRNA分子的集合，用逆轉(zhuǎn)錄酶將所述mRNA全部轉(zhuǎn)變成cDNA分子，然后插入到“載體”(在添加外源DNA后可以繼續(xù)復(fù)制的其他DNA分子)中。用于文庫(kù)的示例性載體包括噬菌體、感染細(xì)菌的病毒，如λ噬菌體。然后可以針對(duì)特定的目的cDNA (和由此得到的mRNA)探測(cè)文庫(kù)。
[0094]如本文中所用，可互換使用的“固相支持物”或“固相支持體”并不限于特定類型的支持體。相反，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可以獲得并且已知大量的支持體。固相支持體包括硅膠、樹脂、衍生的塑料薄膜、玻璃珠、棉紗、塑料珠、氧化鋁凝膠、微陣列和芯片。如本文中所用，“固相支持體”還包括合成的抗原呈遞基質(zhì)、細(xì)胞和脂質(zhì)體。基于期望的最終用途和不同方案的適用性，可以選擇合適的固相支持體。例如，對(duì)于肽合成，固相支持體可以涉及樹脂，例如聚苯乙烯(例如，獲自Bachem Inc., Peninsula Laboratories的PAM-r樹脂)、polyHIPE(R)?樹脂(獲自Aminotech,加拿大)、聚酰胺樹脂(獲自PeninsulaLaboratories)、用聚乙二醇嫁接(graft)的聚苯乙烯樹脂(TentaGelR?, Rapp Polymere,Tubingen,德國(guó))或者聚二甲基丙烯酰胺樹脂(獲自Milligen/Biosearch, California)。
[0095]還可以將多核苷酸與固相支持體連接，用于高通量篩選測(cè)定。例如，PCTW097/10365公開了高密度寡核苷酸芯片的構(gòu)建。也參見，美國(guó)專利N0.5，405，783 ；5，412，087和5，445，934。使用該方法，在衍生的玻璃表面上合成探針，以形成芯片陣列。將光保護(hù)的核苷亞磷酰胺偶聯(lián)至玻璃表面，經(jīng)光刻用掩模通過(guò)光解選擇性去保護(hù)，并與第二個(gè)所保護(hù)的核苷亞磷酰胺反應(yīng)。重復(fù)偶聯(lián)/去保護(hù)過(guò)程，直到完成期望的探針。
[0096]作為實(shí)例，通過(guò)使用基于芯片如Affymetrix HG-U133-Plus-2GeneChips?來(lái)測(cè)量信使RNA的水平，可以評(píng)估轉(zhuǎn)錄活性。因此，在可重復(fù)的系統(tǒng)中，有可能高通量、實(shí)時(shí)定量大量目的基因的RNA。
[0097]術(shù)語(yǔ)“嚴(yán)格雜交條件”指這樣的條件，在所述條件下核酸探針可以與其靶序列特異性雜交，而不與其他序列雜交。確定雜交的嚴(yán)格性的條件包括:溫度、離子強(qiáng)度和變性劑如甲酰胺的濃度。改變這些因素之一會(huì)影響另一因素，并且本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，可以改變條件以維持期望的嚴(yán)格水平。高度嚴(yán)格雜交的實(shí)例是:65°C -68°C,0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉或者42°C，0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉和50%甲酰胺(參見Sambrook，上文)。“中等嚴(yán)格”雜交的實(shí)例是條件:50°C -65 °C，0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉或者370C -50°C，0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉和20%甲酰胺。當(dāng)期望適量的核酸錯(cuò)配時(shí)，使用中等嚴(yán)格條件。本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，洗滌是雜交條件的一部分。例如，洗滌條件可以包括02.X-0.1X SSC/0.1%SDS和42°C-68°C的溫度，其中增加溫度增加了洗滌條件的嚴(yán)格性。
[0098]當(dāng)在兩條單鏈多核苷酸之間以反向平行構(gòu)型發(fā)生雜交時(shí)，稱該反應(yīng)為“退火”，并且將這些多核苷酸描述為“互補(bǔ)”。如果在第一多核苷酸的鏈之一和第二多核苷酸之間發(fā)生雜交，那么雙鏈多核苷酸與另一多核苷酸可以是“互補(bǔ)的”或者“同源的”。根據(jù)通常公認(rèn)的堿基配對(duì)規(guī)則，按照相對(duì)鏈 中期望彼此形成氫鍵的堿基的比例，可以量化“互補(bǔ)性”或“同源性”(一種多核苷酸與另一多核苷酸互補(bǔ)的程度)。
[0099]多核苷酸或多核苷酸區(qū)(多肽或多肽區(qū))與另一序列具有“序列同一性”的確定百分比(例如，80%、85%、90%、95%、98%或99%)指的是，當(dāng)比對(duì)時(shí)，在比較的兩個(gè)序列中，堿基(或氨基酸)的百分比是相同的。可以使用本領(lǐng)域已知的軟件程序，例如Current Protocolsin Molecular Biology, Ausubel 等人，eds.，(1987) Supplement30, section7.7.18, Table7.7.1中描述的那些程序進(jìn)行這種比對(duì)并確定同源性和序列同一性百分比。優(yōu)選地，將默認(rèn)參數(shù)用于比對(duì)。優(yōu)選的比對(duì)程序是BLAST，并使用默認(rèn)參數(shù)。特別地，優(yōu)選的程序是BLASTN和BLASTP，且使用以下的默認(rèn)參數(shù):遺傳密碼=標(biāo)準(zhǔn)；過(guò)濾=無(wú)；鏈=兩條；截?cái)?60 ;期望值=10 ；Matrix=BL0SUM62 ;描述=50個(gè)序列；排序=高得分；數(shù)據(jù)庫(kù)=非冗余的。
[0100]術(shù)語(yǔ)“細(xì)胞增殖性病癥”應(yīng)當(dāng)包括表征為異常細(xì)胞生長(zhǎng)和/或分裂或者功能喪失的正常生理功能的調(diào)節(jié)異常?！凹?xì)胞增殖性病癥”的實(shí)例包括但不限于，增生、瘤形成、組織轉(zhuǎn)化或多種自身免疫病癥，例如以T細(xì)胞凋亡的調(diào)節(jié)異常為特征的那些疾病。
[0101]如本文中所用，術(shù)語(yǔ)“贅生性細(xì)胞”、“腫瘤性疾病”、“瘤形成”、“腫瘤”、“腫瘤細(xì)胞”、“癌癥”、“癌細(xì)胞”(可互換使用)指表現(xiàn)出相對(duì)自主生長(zhǎng)的細(xì)胞，以致它們表現(xiàn)出以細(xì)胞增殖控制(即，下調(diào)細(xì)胞分裂)的顯著喪失為特征的異常生長(zhǎng)表型。贅生性細(xì)胞可以是惡性的或者良性的。轉(zhuǎn)移的細(xì)胞或組織指的是細(xì)胞可以侵入并破壞鄰近的機(jī)體結(jié)構(gòu)。
[0102]術(shù)語(yǔ)“癌癥”指癌癥疾病，其包括例如癌(例如，肺癌、黑素瘤、骨髓病癥(例如，髓細(xì)胞白血病、多發(fā)性骨髓瘤和紅白血病)、淋巴細(xì)胞白血病、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌和肉瘤(例如，骨肉瘤)。術(shù)語(yǔ)“PBMC”指外周血單核細(xì)胞，并包括“PBL” -外周血淋巴細(xì)胞。
[0103]“抑制”腫瘤生長(zhǎng)表示當(dāng)與未與⑶KI化合物接觸的腫瘤生長(zhǎng)相比，腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的減慢。可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法評(píng)估腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)，其包括但不限于測(cè)量腫瘤大小、使用3H-胸苷摻入測(cè)定法確定腫瘤細(xì)胞是否正在增殖、通過(guò)FDG-PET(氟代脫氧葡萄糖正電子成像術(shù))成像測(cè)量葡萄糖吸收、或者計(jì)數(shù)腫瘤細(xì)胞?！耙种啤蹦[瘤細(xì)胞生長(zhǎng)指的是以下狀態(tài)的任一種或者全部:減緩、延遲和終止腫瘤生長(zhǎng)，以及腫瘤縮小。
[0104]“組合物”是活性劑和另一載體的組合，所述載體例如惰性的(例如，可檢測(cè)的試劑或標(biāo)記)或者有活性的化合物或組合物，如佐劑、稀釋劑、結(jié)合劑、穩(wěn)定劑、緩沖液、鹽、親脂溶劑、防腐劑、輔助劑等。載體還可以包含單獨(dú)的或者組合的按重量或體積為1-99.99%的藥物賦形劑和添加劑，例如:可以單獨(dú)或者組合存在的蛋白質(zhì)、肽、氨基酸、脂和糖(例如，糖，包括單糖和寡糖；衍生的糖如糖醇、糖醛酸、酯化的糖等；以及多糖或糖聚合物)。糖賦形劑包括例如，單糖如果糖、麥芽糖、半乳糖、葡萄糖、D-甘露糖、山梨糖等；二糖如乳糖、蔗糖、海藻糖、纖維二糖等；多糖如蜜三糖、松三糖、麥芽糖糊精、葡聚糖、淀粉等；以及糖醇如甘露醇、木糖醇、麥芽糖醇、拉克替醇、木糖醇山梨糖醇(葡萄糖醇)和肌醇。
[0105]示例性蛋白質(zhì)賦形劑包括血清白蛋白例如人血清白蛋白(HSA)、重組人白蛋白(rHA)、明膠、酪蛋白等。也可以在緩沖容量中發(fā)揮功能的代表性氨基酸/抗體組分包括丙氨酸、甘氨酸、精氨酸、甜菜堿、組氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、半胱氨酸、賴氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、纈氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、阿斯巴甜等。
[0106]術(shù)語(yǔ)“載體”還包括緩沖劑或pH調(diào)整劑；一般地，緩沖劑是由有機(jī)酸或堿制備的鹽。代表性緩沖劑包括有機(jī)酸鹽如檸檬酸、抗壞血酸、葡萄糖酸、碳酸、酒石酸、琥珀酸、乙酸或苯二甲酸的鹽；Tris、氨丁三醇鹽酸鹽(tromethamine hydrochloride)或磷酸鹽緩沖液。其他載體包括聚合的賦形劑/高分子添加劑如聚乙烯吡咯烷酮、聚蔗糖(聚合的糖)、葡聚糖結(jié)合劑(例如，環(huán)糊精，如2-輕丙基-正交(quadrature)-環(huán)糊精)、聚乙二醇、調(diào)味劑、抗微生物劑、甜味劑、抗氧化劑、抗靜電劑、表面活性劑(例如，聚山梨醇酯如TWEEN20?和TWEEN80?)、脂(例如，磷脂、脂肪酸)、類固醇(例如，膽固醇)和螯合劑(例如，EDTA )。
[0107]如本文中所用，術(shù)語(yǔ)“可藥用載體”包括任一種標(biāo)準(zhǔn)的可藥用載體，例如磷酸緩沖鹽水溶液、水和乳劑，如油/水或水/油乳劑，以及多種類型的潤(rùn)濕劑。組合物還可以包括穩(wěn)定劑和防腐劑，以及可應(yīng)用于體內(nèi)的任何上述載體。載體、穩(wěn)定劑和佐劑的實(shí)例參見RemingtonJ s Pharmaceutical Science., 15th Ed.(Mack Pub1.C0., Easton (1975)和 thePhysician’ s Desk Reference, 52nd ed.，Medical Economics, Montvale, N.J.(1998)中。
[0108]“有效量”是足以實(shí)現(xiàn)有益或期望結(jié)果的量?？梢栽谝淮位蚨啻问┯没驊?yīng)用或給藥時(shí)施用有效量。
[0109]“受試者”、“個(gè)體”或“患者”在本文中可互換使用，其指脊椎動(dòng)物，優(yōu)選地哺乳動(dòng)物，更優(yōu)選地人類。哺乳動(dòng)物包括但不限于，小鼠、猿猴、人、家畜、運(yùn)動(dòng)動(dòng)物和寵物。
[0110]如本文中所用，細(xì)胞周期蛋白D激酶的“抑制劑”降低了細(xì)胞周期蛋白D激酶的效應(yīng)。這種抑制可以包括例如，激酶活性的降低或者轉(zhuǎn)錄延伸的減少。
[0111]目前，已經(jīng)將許多基因鑒定為⑶KI的ro標(biāo)志物?？梢詫⒈疚闹兴b定的一種或多種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)的減少或增加用于確定⑶κι是否具有期望的作用，例如，施用⑶KI后基因表達(dá)的降低或低表達(dá)。作為實(shí)例，用⑶KI處理2小時(shí)后，MEPCE的基因表達(dá)的降低可以提供⑶KI是否有效的信息。⑶KI PD標(biāo)志物的列表見于表2中。
[0112]⑶K抑制劑(⑶KI)是化合物，其是⑶K9的抑制劑，并且可將其與本發(fā)明方法結(jié)合。由于CDK9是轉(zhuǎn)錄延伸的下游效應(yīng)子，所以可以將CDKI用于在人類或動(dòng)物(其中顯示了 CDK9的抑制)中使用的藥物組合物中，例如用于治療腫瘤和/或癌細(xì)胞生長(zhǎng)。特別地，可將此類化合物用于治療人類癌癥，因?yàn)檫@些癌癥的進(jìn)程至少部分依賴于轉(zhuǎn)錄延伸，因此對(duì)于通過(guò)干擾CDK9活性來(lái)進(jìn)行治療是敏感的。可將CDKI化合物用于治療例如癌(例如，肺癌、黑素瘤、骨髓病癥(例如，髓細(xì)胞白血病、多發(fā)性骨髓瘤和紅白血病)、淋巴細(xì)胞白血病、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌和肉瘤(例如，骨肉瘤)。⑶KI化合 物的列表見于表1中。
[0113]表1-CDKI化合物
[0114]
【權(quán)利要求】
1.監(jiān)測(cè)患者對(duì)用細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑(CDKI)進(jìn)行治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括: a)施用至少一種⑶KI； b)在生物樣品中測(cè)量選自表2的至少一種藥效(PD)標(biāo)志物的差別基因表達(dá)，所述生物樣品從已經(jīng)施用⑶KI的患者獲得；和 C)將至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)與對(duì)照樣品中至少一種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)比較。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述ro標(biāo)志物選自:MEPCE(SEQ ID NO:1),MCLl (SEQ IDN0:3)、MYC (SEQ ID NO:5),HEXIMl (SEQ ID N0:7)、LARP7 (SEQ ID N0:9)或 WHSC2 (SEQID N0:11)。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述I3D標(biāo)志物是MEPCE(SEQ ID N0:1)。
4.權(quán)利要求1的方法，其中測(cè)量所述至少一種ro標(biāo)志物的核酸或蛋白質(zhì)。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)是降低的。
6.權(quán)利要求?的方法,其中測(cè)量至少兩種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)。
7.權(quán)利要求1的方法，其進(jìn)一步包括在施用所述⑶KI之前從所述患者獲得生物樣品。
8.權(quán)利要求1的方法，其中所述生物樣品從肺癌、黑素瘤、骨髓瘤、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢 癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌或PMBC獲得。
9.權(quán)利要求1的方法，其中所述⑶KI抑制⑶K9。
10.權(quán)利要求1的方法，其中所述⑶KI選自表1。
11.權(quán)利要求1的方法，其中以治療有效量施用所述CDKI。
12.權(quán)利要求10的方法，其中調(diào)整后續(xù)施用于患者的CDKI的所述治療有效量。
13.權(quán)利要求1的方法，其中至少在兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)量所述ro標(biāo)志物的差異表達(dá)。
14.權(quán)利要求1的方法，其中在第I小時(shí)、第2小時(shí)、第3小時(shí)、第4小時(shí)、第8小時(shí)、第16小時(shí)、第24小時(shí)和第48小時(shí)重復(fù)所述步驟b)和c)。
15.權(quán)利要求1的方法，其中在步驟a)施用兩種不同的CDKI。
16.權(quán)利要求14的方法，其中同時(shí)施用兩種不同的CDKI。
17.權(quán)利要求14的方法，其中在不同的時(shí)間點(diǎn)施用兩種不同的CDKI。
18.測(cè)定細(xì)胞對(duì)細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑(CDKI)的敏感性的方法，所述方法包括: a)將細(xì)胞與至少一種⑶KI接觸； b)在與所述CDKI接觸的所述細(xì)胞中測(cè)量選自表2的至少一種藥效(PD)標(biāo)志物的差別基因表達(dá)；和 c)將所述差別基因表達(dá)與來(lái)自未處理的或經(jīng)安慰劑處理的對(duì)照細(xì)胞的基因表達(dá)比較。
19.權(quán)利要求18的方法，其中所述H)標(biāo)志物選自MEPCE(SEQID NO:1),MCLl (SEQ IDNO:3)、MYC (SEQ ID NO:5),HEXIMl (SEQ ID NO:7)、LARP7 (SEQ ID NO:9)或 WHSC2 (SEQID NO:ll)。
20.權(quán)利要求18的方法，其中所述H)標(biāo)志物是MEPCE(SEQ ID NO:1)。
21.權(quán)利要求18的方法，其中測(cè)量所述至少一種H)標(biāo)志物的核酸或蛋白質(zhì)。
22.權(quán)利要求18的方法，其中所述至少一種H)標(biāo)志物的基因表達(dá)是降低的。
23.權(quán)利要求18的方法，其中測(cè)量至少兩種ro標(biāo)志物的基因表達(dá)。
24.權(quán)利要求18的方法，其中所述細(xì)胞從肺癌、黑素瘤、骨髓瘤、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌或PMBC獲得。
25.權(quán)利要求18的方法，其中所述⑶KI選自表1。
26.權(quán)利要求18的方法，其中至少在兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)量所述H)標(biāo)志物的差異表達(dá)。
27.權(quán)利要求18的方法，其中在第I小時(shí)、第2小時(shí)、第3小時(shí)、第4小時(shí)、第8小時(shí)、第16小時(shí)、第24小時(shí)和第48小時(shí)重復(fù)所述步驟b)和c)。
28.權(quán)利要求18的方法，其中在步驟a)所述細(xì)胞與兩種不同的CDKI接觸。
29.權(quán)利要求18的方法，其中所述細(xì)胞同時(shí)與兩種不同的CDKI接觸。
30.權(quán)利要求18的方法，其中所述細(xì)胞在不同的時(shí)間點(diǎn)與兩種不同的CDKI接觸。
31.篩選⑶KI候選物的方法，所述方法包括: a)將細(xì)胞與CDKI候選物接觸； b)在與CDKI候選物接觸的細(xì)胞中測(cè)量選自表2的至少一種藥效(PD)標(biāo)志物的差別基因表達(dá)；和 C)將用CDKI候選物接 觸的細(xì)胞的至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)與用取自表1的CDKI接觸的細(xì)胞的至少一種PD標(biāo)志物的差別基因表達(dá)以及未處理的或經(jīng)安慰劑處理的細(xì)胞的至少一種ro標(biāo)志物的差別基因表達(dá)比較。
32.權(quán)利要求31的方法，其中所述H)標(biāo)志物選自:MEPCE(SEQ ID NO:1), MCLl (SEQID NO: 3), MYC (SEQ ID NO: 5), HEXIMl (SEQ ID NO: 7), LARP7 (SEQ ID NO:9)或 WHSC2(SEQ ID NO:11)。
33.權(quán)利要求31的方法，其中所述I3D標(biāo)志物是MEPCE(SEQ ID ΝΟ:1)。
34.權(quán)利要求31的方法，其中測(cè)量所述至少一種H)標(biāo)志物的核酸或蛋白質(zhì)。
35.權(quán)利要求31的方法，其中所述至少一種H)標(biāo)志物的基因表達(dá)降低，指示所述CDKI候選物是CDK抑制劑。
36.權(quán)利要求31的方法，其中所述篩選針對(duì)CDK9抑制劑。
37.權(quán)利要求31的方法，其中將所述CDKI候選物的差別基因表達(dá)與選自表1的CDKI的差別基因表達(dá)比較。
38.權(quán)利要求31的方法，其中所述生物樣品從肺癌、黑素瘤、骨髓瘤、乳腺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、胰腺癌、甲狀腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、結(jié)腸癌或PMBC獲得。
39.權(quán)利要求31的方法，其中至少在兩個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)量所述H)標(biāo)志物的差異表達(dá)。
40.權(quán)利要求31的方法，其中在第I小時(shí)、第2小時(shí)、第3小時(shí)、第4小時(shí)、第8小時(shí)、第16小時(shí)、第24小時(shí)和第48小時(shí)重復(fù)所述步驟b)和c)。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103476949SQ201280015901
【公開日】2013年12月25日 申請(qǐng)日期:2012年3月28日 優(yōu)先權(quán)日:2011年3月28日
【發(fā)明者】M·福雷, Z·高, J·薩頓, G·K·于 申請(qǐng)人:諾瓦提斯公司