前列腺癌分類(lèi)的制作方法
【專(zhuān)利摘要】提供了用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法，其包括測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中的CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、OAT、PI15、PTGS2、RHOBTB3、RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、SOCS2、SOCS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36中的至少一種的表達(dá)水平。所述方法可用于預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)移的可能性。還公開(kāi)了用于診斷和選擇用于前列腺癌的治療的方法，連同相應(yīng)的治療方法。還提供了用于執(zhí)行所述方法的系統(tǒng)、試劑盒和計(jì)算機(jī)程序。
【專(zhuān)利說(shuō)明】前列腺癌分類(lèi) 發(fā)明領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明涉及前列腺癌。提供了依賴(lài)于生物標(biāo)志物的用于表征和預(yù)后前列腺癌的方 法。還描述了可用于所述方法中的抗體、試劑盒和系統(tǒng)。
[0002] 發(fā)明背景
[0003] 前列腺癌是具有15.3%的終生發(fā)病率的男性中最常見(jiàn)的惡性腫瘤(Howlader 2012)。 基于1999-2006的數(shù)據(jù)，約80%的前列腺癌患者呈現(xiàn)臨床上限于前列腺的早期疾病(Altekruse 等人2010)，其中約65%通過(guò)手術(shù)切除或放射療法治愈(Kattan等人1999，?〇1111(1等人1999)。35% 將發(fā)展PSA復(fù)發(fā)，其中約35 %將發(fā)展局部或轉(zhuǎn)移性復(fù)發(fā)，這是不可治愈的。目前，不清楚哪些具 有早期前列腺癌的患者可能發(fā)展復(fù)發(fā)，并且可能得益于更強(qiáng)烈的療法。目前的預(yù)后因素諸如通 過(guò)Gleason評(píng)分測(cè)量的腫瘤分期具有預(yù)后價(jià)值，但顯著數(shù)目的被認(rèn)為是較低分期(7或更小)的那 些仍然復(fù)發(fā)，并且一定比例的更高分期腫瘤則沒(méi)有。此外，在Gleason 7腫瘤的預(yù)后中存在顯著 異質(zhì)性(Makarov等人2002, Rasiah等人，2003)。此外，已經(jīng)變得明顯的是，Gleason評(píng)分的分期已 經(jīng)改變，導(dǎo)致Gleason評(píng)分的分布隨著時(shí)間變化(Albertsen等人2005, Smith等人，2002) 〇
[0004] 現(xiàn)在清楚的是，源自同一解剖部位的大多數(shù)實(shí)體瘤代表許多在分子水平不同的實(shí) 體(Perou等人2000) ANA微陣列平臺(tái)允許從存檔的石蠟包埋組織同時(shí)分析數(shù)以萬(wàn)計(jì)的轉(zhuǎn)錄 物，并且理想地適合于鑒定分子亞組。這種方法已經(jīng)鑒定了實(shí)體瘤諸如乳腺癌(van ' t Veer 等人2002)和結(jié)腸癌(Bertucci等人2004)中的具有轉(zhuǎn)移潛能的原發(fā)性癌癥。
[0005] 發(fā)明描述
[0006] 本發(fā)明基于前列腺癌生物標(biāo)志物的鑒定和驗(yàn)證。
[0007] 本發(fā)明人已經(jīng)鑒定了在分子水平類(lèi)似于轉(zhuǎn)移性疾病的一組原發(fā)性前列腺癌。這些腫瘤 通過(guò)幾個(gè)基因和限定途徑的表達(dá)損失來(lái)定義;此外，該組通過(guò)導(dǎo)致參與有絲分裂的基因表達(dá)增加的 原癌基因 F0XM1的活化來(lái)定義。已經(jīng)定義了該亞組內(nèi)可以鑒定腫瘤的一系列生物標(biāo)志物，其具有 多變量預(yù)后能力，并且可以用于前瞻性if價(jià)腫瘤是否處于增加的復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移發(fā)展的可能性中。
[0008] 因此，在第一個(gè)方面，本發(fā)明提供用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方 法，其包括：
[0009] 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0010] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0011] 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。
[0012] 根據(jù)本發(fā)明的所有方面，所述前列腺癌可以是原發(fā)性前列腺癌。
[0013] 根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)進(jìn)一步方面，提供了用于診斷受試者中的具有增加的轉(zhuǎn)移潛能 的前列腺癌的方法，其包括：
[0014] 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0015] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、SOCS2、SOCS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0016] 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于鑒定受試者是否患有具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前列腺癌。
[0017] 在又一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于診斷受試者中的具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前 列腺癌的方法，其包括：
[0018] 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0019] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12和PDK4
[0020] 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于鑒定受試者是否患有具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前列腺癌。
[0021] 本發(fā)明還涉及用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法，其包括：
[0022] 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0023 ] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0024] 以鑒定特征在于復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移的增加可能性的細(xì)胞的存在或不存在，其中測(cè)定 的所述細(xì)胞的存在或不存在用于提供所述前列腺癌的表征/或預(yù)后。
[0025] 在一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法， 其包括：
[0026] a)從所述受試者獲得樣品
[0027] b)將對(duì)于以下中的至少一種的蛋白產(chǎn)物特異性的抗體應(yīng)用于來(lái)自所述受試者的樣品：
[0028] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0029] c)應(yīng)用檢測(cè)抗體-蛋白復(fù)合物的檢測(cè)試劑 [0030] d)使用所述檢測(cè)試劑以測(cè)定所述蛋白的水平
[0031] d)其中測(cè)定的蛋白的水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。
[0032] 前列腺癌的表征、預(yù)后或診斷也可用于指導(dǎo)治療。
[0033] 因此，在一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于選擇受試者中的前列腺癌的治療的方 法，其包括：
[0034] (a)測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0035] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0036] 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后，和
[0037] (b)選擇對(duì)于所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后適當(dāng)?shù)闹委煛?br>[0038] 在又一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于選擇受試者中的前列腺癌的治療的方法， 其包括：
[0039] (a)測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0040] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0041 ]其中測(cè)定的表達(dá)水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后
[0042] (b)選擇對(duì)于所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后適當(dāng)?shù)闹委煟?[0043] (c)用選擇的治療治療所述受試者。
[0044] 本發(fā)明還涉及治療前列腺癌的方法，其包括向受試者施用化療劑或放射療法，任 選擴(kuò)大的放射療法，優(yōu)選擴(kuò)野放射療法(extended-field radiotherapy)，或者對(duì)受試者實(shí) 施手術(shù)，其中基于本文所述的方法選擇所述受試者用于治療。
[0045] 在一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于治療受試者中的前列腺癌的化療劑，其中基 于本文所述的方法選擇所述受試者用于治療。
[0046] 在又一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及治療前列腺癌的方法，其包括向受試者施用化療 劑或放射療法，任選擴(kuò)大的放射療法，優(yōu)選擴(kuò)野放射療法(extended-field radiotherapy)， 或者對(duì)受試者實(shí)施手術(shù)，其中所述受試者具有HJURP、H)RG 1、TRPM3、FI 2、CENPF、RNFT2和 SSTR1中的至少一種的增加的表達(dá)水平和/或CREM、ERRFIl、SRSF5、PDK4、roE4D、ADAMTSl、 ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、DKK1、EMP1、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、 51^：1542、5(^52、5(^53、5了6641^1、了502201、乂8?1和2??36中的至少一種的降低的表達(dá)水平。
[0047] 本發(fā)明還涉及用于治療受試者中的前列腺癌的化療劑，其中所述受試者具有 HJURP、PDRGl、TRPM3、F12、CENPF、RNFT2和SSTRl中的至少一種的增加的表達(dá)水平和/或 CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、PDE4D、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、DKK1、EMP1、F3、 IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS 3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、 OAT、P115、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和 ZFP36中的至少一種的降低的表達(dá)水平。
[0048] 在某些實(shí)施方案中，所述化療劑包含以下，基本上由以下組成或由以下組成：
[0049] a)抗激素治療劑，優(yōu)選比卡魯胺和/或阿比特龍
[0050] b)細(xì)胞毒性劑
[0051 ] c)生物制品，優(yōu)選抗體和/或疫苗，更優(yōu)選Sipuleucel-T和/或 [0052] d)靶向的治療劑。
[0053] 本文進(jìn)一步詳細(xì)地討論合適的療法和治療劑。
[0054] 下表A進(jìn)一步詳細(xì)地描述和定義基因 F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、 PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRFI1、F3、HJURP、 IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS 3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、 0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、 TSC22D1、XBP1和ZFP36以及它們的蛋白產(chǎn)物。所述基因也可以被互換地稱(chēng)為生物標(biāo)志物。
[0055]
[0064] 在某些實(shí)施方案中，測(cè)定以下中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、 16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、 41、42、43、44、45或46種的表達(dá)水平：
[0065] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、 CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和 ZFP36。在一些實(shí)施方案中，可以將 F0XM1添加至實(shí)驗(yàn)對(duì)象組。
[0066] 或者，測(cè)定以下中的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45或46種 的組群中的至少一種的表達(dá)水平：
[0067] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、 CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP 1 和 ZFP36。在一些實(shí)施方案中，該組群 中可以包括F0XM1。
[0068] 在某些實(shí)施方案中，測(cè)定以下中的至少一種的表達(dá)水平：
[0069] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、PDK4、F12、F3、HJURP、CENPF、MYBPC1、SELE、CEBro和 XBPlo
[0070] 在某些實(shí)施方案中，測(cè)定以下中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種的表達(dá) 水平：
[0071 ] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、PDK4、F12、F3、HJURP、CENPF、MYBPC1、SELE、CEBro和 XBPlo
[0072] 表征意指前列腺癌的分類(lèi)和/或評(píng)估。預(yù)后是指預(yù)測(cè)受試者的前列腺癌的可能后 果。診斷意指鑒定前列腺癌的存在。
[0073] 根據(jù)本發(fā)明的所有方面，前列腺癌的表征和/或預(yù)后可以包括預(yù)測(cè)復(fù)發(fā)的增加可 能性，基本上由其組成，或由其組成。前列腺癌的表征和/或預(yù)后可以包括預(yù)測(cè)減少的復(fù)發(fā) 時(shí)間，基本上由其組成，或由其組成。復(fù)發(fā)可以是臨床復(fù)發(fā)或生物化學(xué)復(fù)發(fā)。生物化學(xué)復(fù)發(fā) 意指在治療前列腺癌之后受試者中PSA的水平的上升。生物化學(xué)復(fù)發(fā)可以表明前列腺癌沒(méi) 有得到有效治療或已經(jīng)復(fù)發(fā)。
[0074] 前列腺癌的表征和/或預(yù)后可以包括預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)移的增加可能性，基本上由其組成，或 由其組成。
[0075] 轉(zhuǎn)移或轉(zhuǎn)移性疾病，是癌癥從一個(gè)器官或部分?jǐn)U散到另一個(gè)不相鄰的器官或部 分。因此生成的疾病的新的發(fā)生被稱(chēng)為轉(zhuǎn)移。
[0076] 前列腺癌的表征和/或預(yù)后也可以包括確定前列腺癌是否具有不良預(yù)后，基本上 由其組成，或由其組成。不良預(yù)后可以是原因特異性（即癌癥特異性)或長(zhǎng)期存活的降低可 能性。原因或癌癥特異性存活是代表在沒(méi)有其它死亡原因的情況下的癌癥存活的凈存活量 度。癌癥存活可以持續(xù)6、7、8、9、10、11、12個(gè)月或1、2、3、4、5等年。長(zhǎng)期存活可以是診斷后存 活1年、5年、10年或20年。具有不良預(yù)后的前列腺癌可以是侵襲性的，快速生長(zhǎng)的，和/或顯 示對(duì)治療的耐受性。
[0077] 在某些實(shí)施方案中，TRPM3、PDRG1、F12、CENPF、HJURP、RNFT2和SSTR1中的至少一種 或F0XM1的增加的表達(dá)水平表明復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能性。在進(jìn)一步實(shí) 施方案中，SRSF5、PDE4D、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CREM、DKK1、EMP1、 ERRFI1、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、 NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、ST6GAL1、 TSC22D1、XBP1和ZFP36中的至少一種的降低的表達(dá)水平表明復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后 的增加可能性。
[0078] 在某些實(shí)施方案中，本文描述的方法可以包括測(cè)定TRPM3、PDRG1、F12、CENPF、 HJURP、RNFT2 和 SSTR1 中的至少一種或 F0XM1 和 SRSF5、PDE4D、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、IL1Rl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、ST6GAL1、TSC22D1、XBP 1 和 ZFP36 中的至少一種的表達(dá)水平。因 此，所述方法可以依賴(lài)于上調(diào)的標(biāo)志物和下調(diào)的標(biāo)志物的組合。
[0079] 在某些實(shí)施方案中，本文描述的方法包括將所述表達(dá)水平與參考值或與一種或多 種對(duì)照樣品中的表達(dá)水平或相同樣品中的一種或多種對(duì)照細(xì)胞中的表達(dá)水平進(jìn)行比較。對(duì) 照細(xì)胞可以是正常細(xì)胞（即，通過(guò)獨(dú)立方法表征為非癌性的細(xì)胞）。一種或多種對(duì)照樣品可 以由非癌細(xì)胞組成，或者可以包括前列腺癌細(xì)胞和非癌細(xì)胞的混合物?？梢詫⑺霰磉_(dá)水 平與一種或多種對(duì)照樣品或?qū)φ占?xì)胞中的相同基因的表達(dá)水平進(jìn)行比較。
[0080] 參考值可以是通過(guò)測(cè)定來(lái)自有和沒(méi)有前列腺癌的受試者的一定范圍的樣品中的 水平而設(shè)置的至少一種基因的表達(dá)的閾值水平。前列腺癌可以是有或沒(méi)有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移 和/或不良預(yù)后的增加可能性的前列腺癌。用于設(shè)置閾值的合適方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員眾 所周知的。所述閾值可以從患者數(shù)據(jù)的訓(xùn)練集數(shù)學(xué)推導(dǎo)。評(píng)分閾值因此根據(jù)特定條件的存 在或不存在分離測(cè)試樣品?？梢栽陂_(kāi)發(fā)或訓(xùn)練階段從具有已知后果的患者集合推導(dǎo)出該量 (即，截止閾值）的解釋。因此可以在通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法從訓(xùn)練數(shù)據(jù)進(jìn)行請(qǐng)求 保護(hù)的方法之前固定所述閾值。
[0081] 參考值也可以是通過(guò)測(cè)定在第一時(shí)間點(diǎn)來(lái)自受試者的樣品中的至少一種基因的 表達(dá)水平而設(shè)置的至少一種基因的表達(dá)的閾值水平。然后將測(cè)定的相同受試者在隨后時(shí)間 點(diǎn)的表達(dá)水平與閾值水平進(jìn)行比較。因此，可以使用本發(fā)明的方法以監(jiān)測(cè)受試者中的疾病 的進(jìn)展，即提供受試者中的疾病的持續(xù)表征和/或預(yù)后。例如，可以使用所述方法以鑒定已 經(jīng)發(fā)展為侵襲性更強(qiáng)或潛在的轉(zhuǎn)移性形式的前列腺癌。這可以用于指導(dǎo)治療決定，如本文 進(jìn)一步詳細(xì)討論。
[0082]對(duì)于表達(dá)水平在正常細(xì)胞和來(lái)自不具有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可 能性的前列腺癌的細(xì)胞之間沒(méi)有差異的基因，相同樣品中的正常細(xì)胞中的相同基因的表達(dá) 水平可以用作對(duì)照。
[0083]因此，在具體實(shí)施方案中，將樣品中的前列腺癌細(xì)胞中的TRPM3、PDRG1、SRSF5、 PDE4D、F12和TOK4中的至少一種的表達(dá)水平與相同樣品中的正常細(xì)胞中的相同基因的表達(dá) 水平進(jìn)行比較。
[0084] 在具體實(shí)施方案中，如果測(cè)定的樣品中的前列腺癌細(xì)胞中的TRPM3、TORG1、SRSF5、 PDE4D、F12和PDK4中的至少一種的表達(dá)水平與相同樣品中的正常細(xì)胞相比沒(méi)有不同，則所 述前列腺癌不具有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能性。
[0085]不同可以是統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性不同的。統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著意指不可能僅僅偶然發(fā)生。合適的 統(tǒng)計(jì)學(xué)評(píng)價(jià)可以根據(jù)任何合適的方法進(jìn)行。
[0086] 在具體實(shí)施方案中，如果所述基因是TRPM3JDRG1或F12且表達(dá)水平在樣品中的前 列腺癌細(xì)胞中相對(duì)于相同樣品中的正常細(xì)胞增加，則所述前列腺癌具有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/ 或不良預(yù)后的增加可能性。
[0087] 在具體實(shí)施方案中，如果所述基因是SRSF5、PDE4D或PDK4且表達(dá)水平在樣品中的 前列腺癌細(xì)胞中相對(duì)于樣品中的正常細(xì)胞降低，則所述前列腺癌具有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或 不良預(yù)后的增加可能性。
[0088] 本文描述的方法可以進(jìn)一步包括測(cè)定參考基因的表達(dá)水平。如果目標(biāo)基因表達(dá)水 平在正常細(xì)胞和來(lái)自不具有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能性的前列腺癌的細(xì) 胞之間不同，則可以需要參考基因。
[0089] 在某些實(shí)施方案中，將ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBro、CENPF、CREM、DKK1、 EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、 MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、 50〇52、5(^53、55了1?1、5了66六1^1、了502201、乂8?1和2??36中的至少一種的表達(dá)水平與參考基因 的表達(dá)水平進(jìn)行比較。
[0090] 所述參考基因可以是在所有前列腺癌樣品中具有最小表達(dá)方差的任何基因。因 此，所述參考基因可以表達(dá)水平不會(huì)隨著復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的可能性變化的任 何基因。技術(shù)人員能夠很好地基于這些標(biāo)準(zhǔn)鑒定合適的參考基因。具體而言，所述參考基因 可以是TPT1、RPS14或RPL37A?？梢栽谂c以下中的至少一種的表達(dá)水平相同的樣品中測(cè)定所 述參考基因的表達(dá)水平：
[0091] ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRFI1、F3、 HJURP、IL1Rl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、 NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、 ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36。
[0092] 可以在不同的樣品中測(cè)定所述參考基因的表達(dá)水平。不同的樣品可以是如上所述 的對(duì)照樣品?？梢栽跇悠分械恼：?或前列腺癌細(xì)胞中測(cè)定所述參考基因的表達(dá)水平。
[0093] 可以使用統(tǒng)計(jì)學(xué)模型分析來(lái)自受試者的樣品中的至少一種基因的表達(dá)水平。在其 中測(cè)量至少2種基因的表達(dá)水平的具體實(shí)施方案中，所述基因可以被加權(quán)。如本文所使用， 術(shù)語(yǔ)"權(quán)重"是指統(tǒng)計(jì)學(xué)計(jì)算中項(xiàng)目的相對(duì)重要性。每種基因的權(quán)重可以使用本領(lǐng)域中已知 的分析方法在患者樣品的數(shù)據(jù)集上來(lái)確定。可以計(jì)算總評(píng)分并將其用于提供前列腺癌的表 征和/或預(yù)后。
[0094] 本文更詳細(xì)描述用于測(cè)定標(biāo)志物的表達(dá)水平的方法。典型地，所述方法可以涉及 使獲得自受試者的樣品與檢測(cè)試劑諸如對(duì)于標(biāo)志物特異性的引物/探針/抗體(如本文詳細(xì) 討論)接觸并檢測(cè)表達(dá)產(chǎn)物。針對(duì)對(duì)照樣品中測(cè)定的表達(dá)水平進(jìn)行比較以提供前列腺癌的 表征和/或預(yù)后。
[0095] 根據(jù)本發(fā)明的所有方面，可以通過(guò)任何合適的方法測(cè)量一種或多種基因的表達(dá)水 平。在某些實(shí)施方案中，在蛋白、RNA或表觀遺傳修飾的水平測(cè)定表達(dá)水平。表觀遺傳修飾可 以是DNA甲基化。
[0096] 可以通過(guò)免疫組織化學(xué)測(cè)定表達(dá)水平。免疫組織化學(xué)意指通過(guò)使用特異性結(jié)合至 蛋白的結(jié)合劑諸如抗體或適配子而檢測(cè)組織樣品的細(xì)胞中的蛋白。因此，如通過(guò)免疫組織 化學(xué)測(cè)定的表達(dá)水平是蛋白水平。所述樣品可以是前列腺組織樣品，并且可以包含前列腺 癌（腫瘤)細(xì)胞，前列腺上皮內(nèi)腫瘤(PIN)細(xì)胞，正常前列腺上皮，基質(zhì)和任選的浸潤(rùn)性免疫 細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，將樣品中的前列腺癌（腫瘤)細(xì)胞中的至少一種基因的表達(dá)水平 與相同樣品中的正常細(xì)胞中的相同基因（和/或參考基因）的表達(dá)水平進(jìn)行比較。在一些實(shí) 施方案中，將樣品中的前列腺癌(腫瘤)細(xì)胞中的至少一種基因的表達(dá)水平與對(duì)照樣品中的 正常細(xì)胞中的相同基因（和/或參考基因）的表達(dá)水平進(jìn)行比較。正常細(xì)胞可以包含正常(非 癌）前列腺上皮細(xì)胞，基本上由其組成，或由其組成。在某些實(shí)施方案中，正常細(xì)胞不包含 PIN細(xì)胞和/或基質(zhì)細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，前列腺癌(腫瘤)細(xì)胞不包含PIN細(xì)胞和/或基 質(zhì)細(xì)胞。在進(jìn)一步實(shí)施方案中，將樣品中的前列腺癌（腫瘤)細(xì)胞中的至少一種基因的表達(dá) 水平(額外地)與對(duì)照樣品中的相同細(xì)胞或前列腺癌細(xì)胞中的參考基因的表達(dá)水平進(jìn)行比 較。所述參考基因可以是TPTURPS14或RPL37A。在又進(jìn)一步實(shí)施方案中，使用基于前列腺癌 (腫瘤)細(xì)胞(不與正常細(xì)胞相比）中的表達(dá)的強(qiáng)度、比例和/或定位的方法對(duì)樣品中的前列 腺癌(腫瘤)細(xì)胞中的至少一種基因的表達(dá)水平進(jìn)行評(píng)分?？梢栽陂_(kāi)發(fā)或訓(xùn)練階段從具有已 知后果的患者集合推導(dǎo)出評(píng)分方法。
[0097]因此，在一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及特異性結(jié)合至以下中的至少一種的蛋白產(chǎn) 物的抗體或適配子：
[0098] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36。
[0099] 所述抗體可以是單克隆或多克隆來(lái)源的。也可以利用片段和衍生物抗體，包括但 不限于Fab片段、ScFv、單結(jié)構(gòu)域抗體、納米抗體、重鏈抗體，適配子等，其保留肽特異性結(jié)合 功能，并且這些都包括在"抗體"的定義中。這樣的抗體可用于本發(fā)明的方法中。它們可以用 于測(cè)量特定蛋白、或在一些情況下蛋白的一種或多種特定同種型的水平。技術(shù)人員完全能 夠鑒定允許將特定同種型與彼此區(qū)分的表位。
[0100] 用于生成特異性抗體的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的?？贵w可以是人或非人來(lái)源 的（例如嚙齒動(dòng)物，諸如大鼠或小鼠），并且可以根據(jù)已知技術(shù)進(jìn)行人源化等(Jones等人， Nature(1986)May 29-Jun · 4; 321 (6069): 522-5 ; Roguska等人，Protein Engineering， 1996,9(10) :895_904;和Studnicka等人，Humanizing Mouse Antibody Frameworks While Preserving 3-D Structure.Protein Engineering,1994,Vo1.7,pg 805)。
[0101] 在某些實(shí)施方案中，使用與標(biāo)記綴合的抗體或適配子測(cè)定表達(dá)水平。標(biāo)記意指允 許直接或間接檢測(cè)的組分。例如，所述標(biāo)記可以是酶，任選過(guò)氧化物酶，或熒光團(tuán)。
[0102] 標(biāo)記是檢測(cè)試劑的實(shí)例。檢測(cè)試劑意指可以用于協(xié)助檢測(cè)抗體-蛋白復(fù)合物的試 劑。當(dāng)抗體與酶綴合時(shí)，檢測(cè)試劑可以包含化學(xué)組成，使得所述酶催化化學(xué)反應(yīng)以產(chǎn)生可檢 測(cè)的產(chǎn)物。由適當(dāng)?shù)拿复呋姆磻?yīng)的產(chǎn)物可以是，但不限于，熒光產(chǎn)物、發(fā)光產(chǎn)物或放射活 性產(chǎn)物，或者它們可吸收可見(jiàn)光或紫外線。適用于檢測(cè)這樣的可檢測(cè)的標(biāo)記的檢測(cè)儀的實(shí) 例包括，但不限于，X-射線膜、放射性計(jì)數(shù)器、閃爍計(jì)數(shù)器、分光光度計(jì)、比色計(jì)、熒光光度 計(jì)、光度計(jì)和光密度計(jì)。在某些實(shí)施方案中，所述檢測(cè)試劑可以包含二抗。然后使用未標(biāo)記 的結(jié)合至目標(biāo)蛋白的一抗和與標(biāo)記綴合的二抗測(cè)定表達(dá)水平，其中所述第二抗體結(jié)合至所 述一抗。
[0103] 本發(fā)明還涉及如上所述的抗體用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的用途。
[0104] 用于在蛋白水平測(cè)定表達(dá)水平的額外技術(shù)包括，例如，Western印跡、免疫沉淀、免 疫細(xì)胞化學(xué)法、質(zhì)譜、ELISA和其它(參見(jiàn)ImmunoAssay:A Practical Guide,由Brian Law編 輯，由1371<^&?瓜11(^8，1^(1.出版，2005版）。為了改進(jìn)基于免疫反應(yīng)性的測(cè)定方法的特異性 和靈敏度，單克隆抗體因?yàn)槠涮禺愋员砦蛔R(shí)別而經(jīng)常得到使用。多克隆抗體因?yàn)樗鼈兣c單 克隆抗體相比對(duì)于目標(biāo)的增加親和力而也已成功地用于許多免疫測(cè)定中。
[0105] 本發(fā)明的方法中可以使用或本發(fā)明的試劑盒中可以包括的合適的抗體列于下表B 中：
[0106]表B-結(jié)合至本發(fā)明的標(biāo)志物的抗體的實(shí)例
[0111] 測(cè)量生物樣品中的mRNA可用作檢測(cè)生物樣品中的相應(yīng)蛋白水平的替代方案。因 此，本文描述的任何基因的表達(dá)水平還可通過(guò)檢測(cè)適當(dāng)?shù)腞NA來(lái)檢測(cè)。
[0112] 因此，在具體實(shí)施方案中，通過(guò)微陣列、northern印跡、RNA_seq(RNA測(cè)序）、原位 RNA檢測(cè)或核酸擴(kuò)增測(cè)定表達(dá)水平。核酸擴(kuò)增包括PCR及其所有變體諸如實(shí)時(shí)和終點(diǎn)方法和 qPCR。其它核酸擴(kuò)增技術(shù)是本領(lǐng)域中眾所周知的，并且包括方法諸如NASBA、3SR和轉(zhuǎn)錄介導(dǎo) 的擴(kuò)增(TMA)。其它合適的擴(kuò)增方法包括連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(LCR)、目標(biāo)多核苷酸序列的選擇 性擴(kuò)增（美國(guó)專(zhuān)利號(hào)6,410,276)、共有序列引發(fā)的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（美國(guó)專(zhuān)利號(hào)4,437， 975)、任意引發(fā)的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(W0 90/06995)、侵入者技術(shù)、鏈置換技術(shù)和缺口置換擴(kuò) 增(W0 2004/067726)。該列表并不意欲是窮盡的；可以使用任何核酸擴(kuò)增技術(shù)，條件是特異 性擴(kuò)增適當(dāng)?shù)暮怂岙a(chǎn)物。合適的引物和/或探針的設(shè)計(jì)在本領(lǐng)域技術(shù)人員的能力之內(nèi)?？梢?免費(fèi)得到各種引物設(shè)計(jì)工具以協(xié)助該過(guò)程，諸如NCBI Primer-BLAST工具。引物和/或探針 可以是至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個(gè)(或更多個(gè))核苷酸的長(zhǎng)度?？梢酝ㄟ^(guò) 逆轉(zhuǎn)錄定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR，隨后qPCR)測(cè)量mRNA的表達(dá)水平。RT-PCR用于從mRNA 生成cDNA^DNA可用于qPCR測(cè)定中以便隨著DNA擴(kuò)增過(guò)程進(jìn)行而產(chǎn)生熒光。通過(guò)與標(biāo)準(zhǔn)曲線 比較，qPCR可以產(chǎn)生絕對(duì)測(cè)量值，諸如每個(gè)細(xì)胞的mRNA的拷貝數(shù)。Northern印跡、微陣列、侵 入測(cè)定和與毛細(xì)管電泳組合的RT-PCR均已用于測(cè)量樣品中的mRNA的表達(dá)水平。參見(jiàn)Gene Expression Prof iling:Methods and Protocols ,Richard A. Shimkets，編輯，Humana Press,2004〇
[0113] RNA-seq使用下一代測(cè)序以測(cè)量基因表達(dá)的改變。RNA可以轉(zhuǎn)化為cDNA或直接測(cè) 序。下一代測(cè)序技術(shù)包括焦磷酸測(cè)序、SOLiD測(cè)序、IonTorrent半導(dǎo)體測(cè)序、Illumina測(cè)序染 料、單分子實(shí)時(shí)測(cè)序或DNA納米球測(cè)序。
[0114] 原位RNA檢測(cè)涉及在不從組織和細(xì)胞提取的情況下檢測(cè)RNA。原位RNA檢測(cè)包括原 位雜交（ISH)，其使用標(biāo)記的（例如，放射標(biāo)記的，抗原標(biāo)記的或焚光標(biāo)記的）探針(互補(bǔ)DNA 或RNA鏈），以便將特定RNA序列定位于組織的部分或區(qū)域中，或者整個(gè)組織（整個(gè)包封的 ISH)中，或細(xì)胞中?？梢苑謩e使用放射自顯影、熒光顯微鏡或免疫組織化學(xué)在組織中定位和 定量用放射、熒光或抗原標(biāo)記的基質(zhì)（例如，地高辛）標(biāo)記的探針。ISH也可以使用兩種或更 多種探針同時(shí)檢測(cè)兩種或更多種轉(zhuǎn)錄物。分支DNA測(cè)定也可用于具有單分子靈敏度的RNA原 位雜交測(cè)定。該方法包括ViewRNA測(cè)定。將樣品（細(xì)胞，組織)是固定，然后處理，以允許RNA目 標(biāo)可及(RNA未掩蔽）。目標(biāo)特異性探針雜交至各目標(biāo)RNA。隨后的信號(hào)擴(kuò)增基于相鄰探針（即 在RNA目標(biāo)上并排結(jié)合的個(gè)體寡核苷酸)的特異性雜交。典型的目標(biāo)特異性探針將含有40個(gè) 寡核苷酸。經(jīng)由一系列相繼雜交步驟實(shí)現(xiàn)信號(hào)擴(kuò)增。預(yù)擴(kuò)增分子雜交至目標(biāo)特異性RNA上的 各寡核苷酸對(duì)，然后多個(gè)擴(kuò)增分子雜交至各預(yù)擴(kuò)增分子。接下來(lái)，多個(gè)標(biāo)記探針寡核苷酸 (綴合至酶諸如堿性磷酸酶或直接綴合至熒光團(tuán)）雜交至各擴(kuò)增分子。分開(kāi)但相容的信號(hào)擴(kuò) 增系統(tǒng)能夠進(jìn)行多重測(cè)定?？梢酝ㄟ^(guò)測(cè)量根據(jù)所用的檢測(cè)系統(tǒng)發(fā)射的熒光或光顯現(xiàn)信號(hào)。 在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)可以涉及使用高含量成像系統(tǒng)，或熒光或明場(chǎng)顯微鏡。
[0115] 因此，在一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于(原位)表征和/或預(yù)后受試者中的前列 腺癌的試劑盒，其包含對(duì)于以下中的至少一種的RNA產(chǎn)物特異性的一種或多種寡核苷酸探 針：F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、 CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36。
[0116] 所述試劑盒可以進(jìn)一步包含以下組分中的一種或多種：
[0117] a)阻斷探針 [0118] b)預(yù)擴(kuò)增分子
[0119] c)擴(kuò)增分子和/或
[0120] d)標(biāo)記分子
[0121 ] 所述試劑盒的組分可以適合于進(jìn)行viewRNA測(cè)定（https ://www.panomics · com/ products/rna-in-situ-analysis/view_rna-〇verview)〇
[0122] 所述試劑盒的組分可以是基于核酸的分子，任選DNA(或RNA)。阻斷探針是起作用 以通過(guò)結(jié)合至目標(biāo)上不被目標(biāo)特異性探針(對(duì)于本發(fā)明的至少一種基因的RNA產(chǎn)物特異性 的探針）結(jié)合的位點(diǎn)而減少背景信號(hào)的分子。預(yù)擴(kuò)增分子是當(dāng)目標(biāo)結(jié)合時(shí)能夠結(jié)合至（一 對(duì)）目標(biāo)特異性探針的分子。擴(kuò)增分子是能夠結(jié)合至預(yù)擴(kuò)增分子的分子。或者，預(yù)擴(kuò)增分子 當(dāng)目標(biāo)結(jié)合時(shí)能夠直接結(jié)合至(一對(duì)）目標(biāo)特異性探針。擴(kuò)增分子具有用于多個(gè)標(biāo)記分子的 結(jié)合位點(diǎn)（其可以是標(biāo)記探針）。
[0123] 本發(fā)明還涉及所述試劑盒用于表征和/或預(yù)后前列腺癌的用途。
[0124] 可以通過(guò)RNA與一組探針的雜交測(cè)定RNA表達(dá)。該探針可以排列于陣列中。微陣列 平臺(tái)包括由公司諸如4€€}〇1161：1^1、11111111；[仙和48；[16111:制造的平臺(tái)。由4€€501161：1^1制造的微 陣列平臺(tái)的實(shí)例包括U133Plus2陣列、Almac專(zhuān)有Xcel?陣列和Almac專(zhuān)有癌癥DSAs? ,包 括前列腺癌DSA?。
[0125] 在具體實(shí)施方案中，可以使用選自下表C中的探針的一種或多種探針來(lái)測(cè)定至少 一種基因的表達(dá)：
[0126] 表C-用于測(cè)量陣列上的基因的表達(dá)水平的探針列表。
[0132] 這些探針還可以并入本發(fā)明的試劑盒。還可以使用探針序列，以便設(shè)計(jì)用于例如 通過(guò)RT-PCR檢測(cè)表達(dá)的引物。這樣的引物也可包括于本發(fā)明的試劑盒中。
[0133] 已經(jīng)顯示啟動(dòng)子處或附近的DNA甲基化的增加率與降低的基因表達(dá)水平相關(guān)。DNA 甲基化是人中的主要表觀遺傳修飾。它是由被稱(chēng)為甲基轉(zhuǎn)移酶的酶進(jìn)行的DNA的化學(xué)修飾， 其中將甲基(m)添加至DNA中的特定胞嘧啶(C)殘基。在哺乳動(dòng)物中，甲基化僅在鄰近于鳥(niǎo)苷 殘基的胞嘧啶殘基處，即，在序列CG處或在CpG二核苷酸處，發(fā)生。
[0134] 因此，在又一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌 的方法，其包括：
[0135] 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的甲基化狀態(tài)：
[0136] ADAMTS9、EMP1、F3、LDLR、LGALS3、MALAT1、MTUS1、NR4A3、PTGS2、RIN2、SLC15A2、 S0CS3和TSC22D1
[0137] 其中測(cè)定的甲基化狀態(tài)用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。
[0138] 在某些實(shí)施方案中，如果ADAMTS9、EMP1、F3、LDLR、LGALS3、MALAT1、MTUS1、NR4A3、 PTGS2、RIN2、SLC15A2、S0CS3和TSC22D1中的至少一種被(過(guò)度）甲基化，則復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移的 可能性增加。
[0139] 可以通過(guò)任何合適的方式來(lái)實(shí)現(xiàn)甲基化狀態(tài)的測(cè)定。合適的實(shí)例包括亞硫酸氫鹽 基因組測(cè)序和/或通過(guò)甲基化特異性PCR。用于評(píng)價(jià)甲基化狀態(tài)的各種技術(shù)是本領(lǐng)域中已知 的，并且可以與本發(fā)明結(jié)合使用:測(cè)序，甲基化特異性PCR(MS-PCR)，熔解曲線甲基化特異性 PCR(McMS-PCR)，有或沒(méi)有亞硫酸氫鹽處理的MLPA，QAMA(Zeschnigk等人，2004)，MSRE-PCR (]\^1]1丨1?)￥等人，2005)，]\^1:1171^8111:化&(18等人，2000)，&3111^8111：-]\^?(1^11(1等人，2002)，亞 硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化特異性的甲基化特異性PCR(BS-MSP)( Sasaki等人，2003)，COBRA(依賴(lài)于使用 限制性酶以揭示亞硫酸氫鈉-處理的DNA的PCR產(chǎn)物的甲基化依賴(lài)性序列差異），甲基化敏感 的單核苷酸引物延伸驗(yàn)證(MS-SNuPE)，甲基化敏感的單鏈驗(yàn)證分析(MS-SSCA)，熔解曲線組 合的亞硫酸氫鹽限制性分析（McCOBRA) (Akey等人，2002)，PyroMethA，HeavyMethyl (Cottrell等人2004)，MALDI-TOF，MassARRAY，甲基化的等位基因的定量分析(QAMA)，酶促 區(qū)域甲基化檢測(cè)(ERMA)，QBSUPT，MethylQuant，定量PCR測(cè)序和基于寡核苷酸的微陣列系 統(tǒng)，焦磷酸測(cè)序，Me th-DOP-PCR。一些可用于DNA甲基化分析的技術(shù)的綜述提供于Nuc 1 e i c acids research,1998,Vol.26,No.10,2255-2264,Nature Reviews,2003,Vol.3,253-266； Oral Oncology,2006,Vol.42,5-13〇
[0140] 用于評(píng)價(jià)甲基化狀態(tài)的技術(shù)基于不同的方法。一些包括使用核酸內(nèi)切酶。這樣的 內(nèi)切核酸酶可以相對(duì)于未甲基化的識(shí)別位點(diǎn)優(yōu)先切割甲基化的識(shí)別位點(diǎn)，或者相對(duì)于甲基 化的識(shí)別位點(diǎn)優(yōu)先切割未甲基化的識(shí)別位點(diǎn)。前者的一些實(shí)例是Acc III、Ban I、BstN I、 Msp I和Xma I。后者的實(shí)例是Acc II、Ava I、BssH II、BstU I、Hpa II和Not I。切割模式的 差異表明甲基化的CpG二核苷酸的存在或不存在。切割模式可以直接檢測(cè)，或者在生成可容 易區(qū)分的產(chǎn)物的進(jìn)一步反應(yīng)之后進(jìn)行檢測(cè)。檢測(cè)改變的大小和/或電荷的方式可以用于檢 測(cè)修飾的產(chǎn)物，包括但不限于電泳、色譜和質(zhì)譜。
[0141] 或者，甲基化的CpG二核苷酸的鑒定可以利用MeCP2蛋白的甲基結(jié)合結(jié)構(gòu)域(MBD) 選擇性結(jié)合至甲基化DNA序列的能力（Cross等人，1994;Shiraishi等人，1999) JBD還可以 從1??、冊(cè)?2、1??4、聚-1?0(加找61^11等人，2006)或試劑諸如結(jié)合至甲基化核酸的抗體獲 得?？梢詫BD固定至固相基質(zhì)，且用于制備型柱層析來(lái)分離高度甲基化的DNA序列。變體形 式諸如表達(dá)的His標(biāo)記的甲基化-CpG結(jié)合結(jié)構(gòu)域可以用來(lái)選擇性結(jié)合至甲基化的DNA序列。 最終，使限制性內(nèi)切核酸酶消化的基因組DNA與表達(dá)的His標(biāo)記的甲基-CpG結(jié)合結(jié)構(gòu)域接 觸。其它方法是本領(lǐng)域中眾所周知的，且尤其包括甲基化的CpG島回收測(cè)定(MIRA)。另一種 方法，MB-PCR，使用固定化于PCR容器的壁上以捕獲甲基化的DNA的重組的二價(jià)甲基-CpG-結(jié) 合多肽和隨后通過(guò)PCR檢測(cè)結(jié)合的甲基化DNA。
[0142] 用于檢測(cè)甲基化的CpG二核苷酸基序的進(jìn)一步方法使用選擇性修飾CpG二核苷酸 基序的甲基化或未甲基化的形式的化學(xué)試劑。合適的化學(xué)試劑包括肼和亞硫酸氫根離子。 在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法可以使用亞硫酸氫根離子。亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化依賴(lài)于用亞 硫酸氫鈉處理DNA樣品，其將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶得到保持 (Furuichi等人，1970)。該轉(zhuǎn)化最終導(dǎo)致初始DNA的序列的變化。眾所周知，所得尿嘧啶具有 胸腺嘧啶的堿基配對(duì)行為，這不同于胞嘧啶堿基配對(duì)行為。這使得甲基化和未甲基化的胞 嘧啶之間的區(qū)分變得可能。用于評(píng)價(jià)序列差異的分子生物學(xué)和核酸化學(xué)的有用常規(guī)技術(shù)是 本領(lǐng)域中眾所周知的并在文獻(xiàn)中解釋。參見(jiàn)，例如，Sambrook，J .，等人，Molecular cloning:A laboratory Manual ,(2001)第3版，Cold Spring Harbor,NY;Gait，M.J.(編 輯），01igonucleotide Synthesis , A Practical Approach,IRL Press(1984)；Hames B.D.，和Higgins,S.J.(編輯），Nucleic Acid Hybridization,A Practical Approach,IRL Press(1985);和系列，Methods in Enzymology,Academic Press,Inc〇
[0143] -些技術(shù)使用用于評(píng)價(jià)在CpG二核苷酸的甲基化狀態(tài)的引物。兩種引物設(shè)計(jì)的方 法是可能的。首先，可以設(shè)計(jì)本身不覆蓋DNA甲基化的任何潛在位點(diǎn)的引物。在差異甲基化 位點(diǎn)處的序列變異位于兩個(gè)引物之間，并且序列變異的顯現(xiàn)需要進(jìn)一步的測(cè)定步驟。這樣 的引物用于亞硫酸氫鹽基因組測(cè)序、C0BRA、Ms-SnuPE和幾種其他技術(shù)中。其次，可以設(shè)計(jì)與 初始處理的序列的甲基化或未甲基化版本特異性雜交的引物。雜交之后，可進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)， 使用本領(lǐng)域已知的任何檢測(cè)系統(tǒng)測(cè)定擴(kuò)增產(chǎn)物。擴(kuò)增產(chǎn)物的存在表明所述樣品與引物雜 交。所述引物的特異性表明DNA是否已經(jīng)修飾或未經(jīng)修飾，其進(jìn)而表明DNA是否已被甲基化。 如果與目標(biāo)具有足夠的互補(bǔ)區(qū)域，例如12、15、18或20個(gè)核苷酸，則所述引物還可含有不干 擾雜交但可用于其它操作的額外核苷酸殘基。這樣的其它殘基的實(shí)例可以是限制性內(nèi)切核 酸酶切割位點(diǎn)，配體結(jié)合位點(diǎn)或者因子結(jié)合或接頭或重復(fù)。寡核苷酸引物可以使得或者可 以不使得它們對(duì)于修飾的甲基化殘基是特異性的。
[0144] 區(qū)分修飾和未修飾的核酸的進(jìn)一步方式是使用寡核苷酸探針。這樣的探針可以直 接雜交至修飾的核酸或修飾的核酸的進(jìn)一步產(chǎn)物，諸如通過(guò)擴(kuò)增獲得的產(chǎn)物?；谔结樀?測(cè)定利用寡核苷酸與特異性序列的雜交以及隨后對(duì)該雜交物的檢測(cè)。也可以在檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn) 物之前存在進(jìn)一步的純化步驟，例如沉淀步驟。可以使用任何本領(lǐng)域中已知的檢測(cè)系統(tǒng)標(biāo) 記寡核苷酸探針。這些包括但不限于:熒光部分、放射性同位素標(biāo)記部分、生物發(fā)光部分、發(fā) 光部分、化學(xué)發(fā)光部分、酶、底物、受體或配體。
[0145] 在MSP方法中，可以使用引物對(duì)擴(kuò)增DNA，所述引物對(duì)經(jīng)設(shè)計(jì)通過(guò)利用由于鈉亞硫 酸氫處理導(dǎo)致的序列差異來(lái)區(qū)分甲基化DNA與未甲基化DNA(W0 97/46705)。例如，亞硫酸氫 根離子修飾未甲基化的胞嘧啶堿基，將它們變?yōu)槟蜞奏A基。在雜交條件下，尿嘧啶堿基與 腺嘌呤堿基雜交。因此，包含替代鳥(niǎo)嘌呤堿基的腺嘌呤堿基的寡核苷酸引物會(huì)與亞硫酸氫 根修飾的DNA雜交，而含有鳥(niǎo)嘌呤堿基的寡核苷酸引物會(huì)與DNA中未修飾的（甲基化的)胞嘧 啶殘基雜交。使用DNA聚合酶和第二引物的擴(kuò)增得到擴(kuò)增產(chǎn)物，所述擴(kuò)增產(chǎn)物可以容易觀察 到，這進(jìn)而表明DNA是否已經(jīng)被甲基化。盡管PCR是優(yōu)選的擴(kuò)增方法，本發(fā)明的范圍內(nèi)也包括 該基本技術(shù)的變體，諸如巢式PCR和多重PCR。
[0146] 如前所提及，用于評(píng)價(jià)相關(guān)基因的甲基化狀態(tài)的一個(gè)實(shí)施方案需要擴(kuò)增以產(chǎn)生擴(kuò) 增產(chǎn)物。擴(kuò)增產(chǎn)物的存在可以使用本領(lǐng)域中眾所周知的方法直接評(píng)價(jià)。它們可以簡(jiǎn)單地在 合適的凝膠諸如瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠上顯現(xiàn)。檢測(cè)可以涉及，例如，特定染料(諸如插 入雙鏈DNA的溴化乙錠）的結(jié)合和在UV照射器下DNA條帶的顯現(xiàn)。用于檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物的另一 種方式包含與寡核苷酸探針雜交?；蛘?，可以測(cè)量熒光或能量轉(zhuǎn)移以測(cè)定甲基化DNA的存 在。
[0147] MSP技術(shù)的一個(gè)特定實(shí)例被稱(chēng)為實(shí)時(shí)定量MSP(QMSP)，并且允許實(shí)時(shí)或在端點(diǎn)可靠 定量甲基化的DNA。實(shí)時(shí)方法一般是基于連續(xù)光學(xué)監(jiān)測(cè)擴(kuò)增程序，并且利用熒光標(biāo)記的試 劑，所述試劑在產(chǎn)物中的摻入可以進(jìn)行定量，并且其定量表明模板中該序列的拷貝數(shù)。一種 這樣的試劑是熒光染料，被稱(chēng)為SYBR Green I，其優(yōu)先結(jié)合雙鏈DNA，且雙鏈DNA的結(jié)合大大 增強(qiáng)了其熒光。或者，標(biāo)記的引物和/或標(biāo)記的探針可用于定量。它們代表了眾所周知的市 售實(shí)時(shí)擴(kuò)增技術(shù)的具體應(yīng)用，諸如TACJMAN?、molecularBEACONS?、 AMPLIFLUOR?和 SCORPION?、DzyNA?、pi exorTM 等。在實(shí)時(shí)pcr系統(tǒng)中，可 以在指數(shù)期過(guò)程中監(jiān)測(cè)PCR反應(yīng)，在所述指數(shù)期過(guò)程中，PCR產(chǎn)物的量的首先顯著增加與目 標(biāo)模板的初始量相關(guān)。
[0148] 實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)反應(yīng)過(guò)程中擴(kuò)增子的積累。然而，不需要利用實(shí)時(shí)方法。許多應(yīng)用不 需要定量，且實(shí)時(shí)PCR技術(shù)僅用作獲得便利的結(jié)果呈現(xiàn)和儲(chǔ)存且同時(shí)避免PCR后處理的工 具。因此，可以僅進(jìn)行分析以證實(shí)目標(biāo)DNA是否存在于樣品中。在擴(kuò)增反應(yīng)已經(jīng)完成之后進(jìn) 行這樣的終點(diǎn)驗(yàn)證。
[0149] 根據(jù)本發(fā)明的所有方面，測(cè)定以下中的至少一種的表達(dá)水平
[0150] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0151] 可以涉及測(cè)定從所述基因產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄物和/或蛋白同種型的所有或選擇物的水 平。對(duì)于各基因可以檢測(cè)的轉(zhuǎn)錄物和相應(yīng)的蛋白同種型的實(shí)例顯示于下表D:
[0152] 表D-本發(fā)明中可以檢測(cè)的代表性轉(zhuǎn)錄物和相應(yīng)的蛋白同種型
[0161] 本文所述的方法可以進(jìn)一步包括從樣品提取總核酸或RNA。合適的方法是本領(lǐng)域 中已知的，并且包括使用商業(yè)可得的試劑盒諸如Rneasy和GeneJET RNA純化試劑盒。
[0162] 在某些實(shí)施方案中，所述方法可以進(jìn)一步包括從受試者獲得樣品。典型地，所述方 法是在分離的樣品上進(jìn)行的體外方法。
[0163] 根據(jù)本發(fā)明的所有方面，樣品可以是任何合適的形式。所述樣品可以包含前列腺 細(xì)胞，基本上由其組成，或由其組成，且經(jīng)常是前列腺組織樣品。前列腺細(xì)胞或組織可以包 含前列腺癌細(xì)胞。在具體實(shí)施方案中，所述樣品包含福爾馬林固定的石蠟包埋的活檢樣品， 基本上由其組成，或由其組成。組織樣品可以通過(guò)任何合適的技術(shù)獲得。實(shí)例包括活檢程 序，任選細(xì)針抽吸活檢程序。也可以利用體液樣品。合適的樣品類(lèi)型包括血液，以涵蓋全血、 血清和血漿樣品、尿液和精液。
[0164] 本發(fā)明的方法可以包括選擇受試者中的前列腺癌的治療和任選進(jìn)行所述治療。在 某些實(shí)施方案中，如果前列腺癌的表征和/或預(yù)后結(jié)果是復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的 增加可能性，則選擇的治療是以下中的一種或多種：
[0165] a)抗激素治療
[0166] b)細(xì)胞毒性劑
[0167] c)生物制品
[0168] d)放射療法
[0169] e)靶向療法
[0170] f)手術(shù)
[0171] 抗激素治療(或激素療法)意指降低選擇的激素(特別是睪酮)的水平和/或活性的 治療形式。所述激素可以促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)和/或轉(zhuǎn)移。抗激素治療可以包含促黃體激素阻斷 劑，諸如戈舍瑞林（也稱(chēng)為Zoladex)、布舍瑞林、亮丙瑞林（也稱(chēng)為Pros tap)、組氨瑞林 (Vantas)和曲普瑞林(也稱(chēng)為Decapeptyl)。所述抗激素治療可以包含促性腺激素釋放激素 (GnRH)阻滯劑，諸如地加瑞克(Firmagon)，或抗雄激素諸如氟他胺(也稱(chēng)為Drogenil)和比 卡魯胺(也稱(chēng)為Casodex)。在具體實(shí)施方案中，所述抗激素治療可以是比卡魯胺和/或阿比 特龍。
[0172]所述細(xì)胞毒性劑可以是基于鉑的藥劑和/或紫杉烷。在具體實(shí)施方案中，所述基于 鉑的藥劑選自順鉑、卡鉑和奧沙利鉑。所述紫杉烷可以是紫杉醇、卡巴他賽或多西他賽。所 述細(xì)胞毒性劑也可以是長(zhǎng)春花生物堿，諸如長(zhǎng)春瑞濱或長(zhǎng)春花堿。所述細(xì)胞毒性劑可以是 拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑，諸如依托泊苷或蒽環(huán)霉素(抗生素），諸如阿霉素。所述細(xì)胞毒性劑可以 是烷基化劑，諸如雌莫司汀。
[0173] 生物制品意指由生物過(guò)程生成的醫(yī)藥產(chǎn)品。生物制品可以是，例如，疫苗、血液或 血液組分、細(xì)胞、基因療法、組織或重組治療性蛋白。任選地，所述生物制品是抗體和/或疫 苗。所述生物制品可以是Sipuleucel-T。
[0174] 在某些實(shí)施方案中，所述放射療法是擴(kuò)大的放射療法，優(yōu)選擴(kuò)野放射療法 (extended-field radiotherapy)。
[0175] 手術(shù)可以包括根治性前列腺切除術(shù)。根治性前列腺切除術(shù)意指去除整個(gè)前列腺、 精囊和輸精管。在進(jìn)一步實(shí)施方案中，手術(shù)包括腫瘤切除，即去除所有或部分腫瘤。
[0176] 靶向療法意指使用針對(duì)特定藥物目標(biāo)的靶向治療劑用于治療前列腺癌的治療。在 具體實(shí)施方案中，這可意指針對(duì)目標(biāo)諸如PARP、AKT、MET、VEGFR等的抑制劑。PARP抑制劑是 酶聚ADP核糖聚合酶(PARP)的一組藥理學(xué)抑制劑。幾種形式的癌癥比普通細(xì)胞更依賴(lài)于 PARP，使得PARP成為癌癥療法的有吸引力的目標(biāo)。（臨床試驗(yàn)中的)實(shí)例包括iniparib、奧拉 帕尼、rucaparib、veliparib、CEP 9722、MK 4827、BMN-673和3-氨基苯甲酰胺。AKT，也稱(chēng)為 蛋白激酶B(PKB)，是絲氨酸/蘇氨酸特異性蛋白激酶，其在多種細(xì)胞過(guò)程諸如葡萄糖代謝、 凋亡、細(xì)胞增殖、轉(zhuǎn)錄和細(xì)胞迀移中發(fā)揮關(guān)鍵作用。AKT與腫瘤細(xì)胞存活、增殖和侵襲相關(guān)。 AKT抑制劑的實(shí)例包括VQD-002、哌立福辛、米替福新和AZD5363JET是原癌基因，其編碼肝 細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體(HGFR)。所述肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體蛋白具有酪氨酸-激酶活性。用于抑制 MET的激酶抑制劑的實(shí)例包括1(2523、51]11274、？似-66752、41^197、？〇代衍11丨13、56乂523和 MP470。也可以通過(guò)抑制與HGF的相互作用來(lái)阻斷MET活性。許多合適的拮抗劑，包括截短的 HGF，抗HGF抗體和不可切割的HGF，是已知的。VEGF受體是血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF)的受體。 各種抑制劑是已知的，諸如1 envat i n i b、莫替沙尼、帕唑帕尼和瑞格非尼。
[0177] 本發(fā)明的方法可以指導(dǎo)療法選擇，以及新穎治療劑的臨床試驗(yàn)評(píng)估過(guò)程中選擇患 者群體用于富集策略。例如，當(dāng)評(píng)估推定的抗癌劑或治療方案時(shí)，本文公開(kāi)的方法可用于選 擇個(gè)體用于臨床試驗(yàn)，其具有被表征為具有復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能性的 前列腺癌。
[0178] 本發(fā)明還涉及用于執(zhí)行如本文所述的方法的系統(tǒng)或裝置。
[0179] 在一個(gè)進(jìn)一步方面，本發(fā)明涉及用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的系統(tǒng) 或測(cè)試試劑盒，其包含：
[0180] a)-種或多種測(cè)試裝置，其用于測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種 的表達(dá)水平：
[0181] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0182] b)處理器;和
[0183] c)包含計(jì)算機(jī)應(yīng)用的存儲(chǔ)介質(zhì)，當(dāng)由所述處理器執(zhí)行時(shí)，所述計(jì)算機(jī)應(yīng)用被配置 為：
[0184] (i)在一種或多種測(cè)試裝置上訪問(wèn)和/或計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的測(cè) 定的表達(dá)水平：
[0185] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36
[0186] (ii)計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的水平是增加還是降低：
[0187] F0XM1、TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、 LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、 RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36;和
[0188] (iii)從所述處理器輸出前列腺癌的表征和/或預(yù)后。
[0189] 測(cè)試裝置意指允許測(cè)定基因的表達(dá)水平的組分(件）的組合。所述組分(件)可以包 括上面關(guān)于在蛋白、RNA或表觀遺傳修飾的水平測(cè)定表達(dá)水平的方法描述的任何組件。例 如，所述組分可以是抗體、引物、檢測(cè)劑等等。組分(件)還可以包括以下中的一種或多種：顯 微鏡、顯微鏡載片、X-光片、放射性計(jì)數(shù)器、閃爍計(jì)數(shù)器、分光光度計(jì)、色度計(jì)、熒光計(jì)、光度 計(jì)和密度計(jì)。
[0190] 在某些實(shí)施方案中，所述系統(tǒng)或測(cè)試試劑盒進(jìn)一步包含用于從所述處理器輸出的 顯示器。
[0191] 本發(fā)明還涉及計(jì)算機(jī)應(yīng)用或包含如上定義的計(jì)算機(jī)應(yīng)用的存儲(chǔ)介質(zhì)。
[0192] 在某些示例性實(shí)施方案中，提供了用于根據(jù)本文描述的方法表征和/或預(yù)后受試 者中的前列腺癌的計(jì)算機(jī)執(zhí)行的方法、系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。例如，所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品 可以包含具有在其上實(shí)施的計(jì)算機(jī)可讀程序指令的非臨時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)裝置，當(dāng)由計(jì) 算機(jī)執(zhí)行時(shí)，其引起所述計(jì)算機(jī)如本文所述表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌。例如，計(jì) 算機(jī)可執(zhí)行指令可以引起所述計(jì)算機(jī)：
[0193] (i)在一種或多種測(cè)試裝置上訪問(wèn)和/或計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的測(cè) 定的表達(dá)水平：F0XM1、TRPM3、PDRG 1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS 1、ADAMTS9、B3GNT5、 CD3 8、CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、 LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、 RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36;
[0194] (ii)計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的水平是增加還是降低:F0XM1、TRPM3、 PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、CREM、DKK1、 EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、 MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、 S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36;和，
[0195] (iii)提供關(guān)于所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后的輸出。
[0196] 在某些示例性實(shí)施方案中，所述計(jì)算機(jī)執(zhí)行的方法、系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品可以 在計(jì)算機(jī)應(yīng)用中實(shí)施，所述計(jì)算機(jī)應(yīng)用，例如，在計(jì)算機(jī)器和模塊上操作和執(zhí)行。當(dāng)執(zhí)行時(shí)， 所述應(yīng)用可以根據(jù)本文所述的示例性實(shí)施方案表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌。
[0197] 如本文所使用，計(jì)算機(jī)器可以對(duì)應(yīng)于任何計(jì)算機(jī)、服務(wù)器、嵌入式系統(tǒng)或計(jì)算系 統(tǒng)。模塊可以包含一個(gè)或多個(gè)硬件或軟件元件，其被配置為便于計(jì)算機(jī)器執(zhí)行本文呈現(xiàn)的 各種方法和處理功能。計(jì)算機(jī)器可以包括各種內(nèi)部或所附組件，諸如處理器、系統(tǒng)總線、系 統(tǒng)存儲(chǔ)器、存儲(chǔ)介質(zhì)、輸入/輸出接口和用于與例如網(wǎng)絡(luò)通信的網(wǎng)絡(luò)接口。
[0198] 計(jì)算機(jī)器可以被實(shí)現(xiàn)為常規(guī)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)、嵌入式控制器、膝上型計(jì)算機(jī)、服務(wù)器、 定制機(jī)器、任何其它硬件平臺(tái)、諸如例如實(shí)驗(yàn)室計(jì)算機(jī)或裝置或其任何組合。計(jì)算機(jī)器可以 是被配置成使用例如經(jīng)由數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)或總線系統(tǒng)互連的多個(gè)計(jì)算機(jī)器工作的分布式系統(tǒng)。
[0199] 處理器可以被配置成執(zhí)行代碼或指令以執(zhí)行本文所述的操作和功能，管理請(qǐng)求流 和地址映射，和執(zhí)行計(jì)算和生成命令。處理器可以被配置成監(jiān)視和控制計(jì)算機(jī)器中的組件 的操作。處理器可以是通用處理器、處理器核心、多處理器、可再配置處理器、微控制器、數(shù) 字信號(hào)處理器（"DSP"）、專(zhuān)用集成電路（"ASIO、圖形處理單元（"GPU"）、現(xiàn)場(chǎng)可編程門(mén)陣列 ("FPGA"）、可編程邏輯器件（"PLD"）、控制器、狀態(tài)機(jī)、門(mén)控邏輯、離散硬件組件、任何其它處 理單元、或者其任何組合或多樣性。處理器可以是單個(gè)處理單元、多個(gè)處理單元、單個(gè)處理 核心、多個(gè)處理核心、專(zhuān)用處理核心、協(xié)同處理器、或者其任何組合。根據(jù)特定實(shí)例實(shí)施方 案，處理器連同計(jì)算機(jī)器的其它組件可以是在一個(gè)或多個(gè)計(jì)算機(jī)器內(nèi)執(zhí)行的虛擬化的計(jì)算 機(jī)器。
[0200] 系統(tǒng)存儲(chǔ)器可以包括非易失性存儲(chǔ)器，諸如只讀存儲(chǔ)器（"ROM"）、可編程只讀存儲(chǔ) 器（"PR0M"）、可擦除可編程只讀存儲(chǔ)器（"EPROM"）、閃存、或能夠在有或沒(méi)有施加的電力的 情況下存儲(chǔ)程序指令或數(shù)據(jù)的任何其它設(shè)備。系統(tǒng)存儲(chǔ)器還可以包括易失性存儲(chǔ)器，諸如 隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（"RAM"）、靜態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（"SRAM"）、動(dòng)態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（"DRAM"）和 同步動(dòng)態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（"SDRAM"）。其它類(lèi)型的RAM還可以用于實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)存儲(chǔ)器。系統(tǒng)存 儲(chǔ)器可以使用單個(gè)存儲(chǔ)器模塊或多個(gè)存儲(chǔ)器模塊來(lái)實(shí)現(xiàn)。盡管系統(tǒng)存儲(chǔ)器可以是計(jì)算機(jī)器 的一部分，但本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，系統(tǒng)存儲(chǔ)器可以與計(jì)算機(jī)器分離而不偏離主題技 術(shù)的范圍。還應(yīng)該認(rèn)識(shí)到，系統(tǒng)存儲(chǔ)器可以包括非易失性存儲(chǔ)設(shè)備諸如存儲(chǔ)介質(zhì)，或者與其 結(jié)合操作。
[0201] 存儲(chǔ)介質(zhì)可以包括硬盤(pán)、軟盤(pán)、壓縮盤(pán)只讀存儲(chǔ)器（"CD-ROM"）、數(shù)字通用盤(pán) ("DVD"）、藍(lán)光盤(pán)、磁帶、閃存、其它非易失性存儲(chǔ)設(shè)備、固態(tài)驅(qū)動(dòng)器（"SSD"）、任何磁存儲(chǔ)設(shè) 備、任何光存儲(chǔ)設(shè)備、任何電存儲(chǔ)設(shè)備、任何半導(dǎo)體存儲(chǔ)設(shè)備、任何基于實(shí)體的存儲(chǔ)設(shè)備、任 何其它數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備、或者其任何組合或多樣性。存儲(chǔ)介質(zhì)可以存儲(chǔ)一個(gè)或多個(gè)操作系統(tǒng)、 應(yīng)用程序和程序模塊諸如模塊、數(shù)據(jù)或任何其它信息。存儲(chǔ)介質(zhì)可以是計(jì)算機(jī)器的一部分 或連接到計(jì)算機(jī)器。存儲(chǔ)介質(zhì)還可以是與計(jì)算機(jī)器諸如服務(wù)器、數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器、云存儲(chǔ)、連 接網(wǎng)絡(luò)的存儲(chǔ)器等等通信的一個(gè)或多個(gè)其它計(jì)算機(jī)器的一部分。
[0202]模塊可以包含一個(gè)或多個(gè)硬件或軟件元件，其被配置成便于計(jì)算機(jī)器來(lái)執(zhí)行本文 呈現(xiàn)的各種方法和處理功能。模塊可以包括與系統(tǒng)存儲(chǔ)器、存儲(chǔ)介質(zhì)或兩者相關(guān)的存儲(chǔ)為 軟件或固件的一個(gè)或多個(gè)指令序列。存儲(chǔ)介質(zhì)可以因此代表機(jī)器或計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)的實(shí) 例，在其上可以存儲(chǔ)指令或代碼用于由處理器執(zhí)行。機(jī)器或計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可以通常是指 用于提供指令給處理器的任何一種或多種介質(zhì)。這樣的與模塊相關(guān)的機(jī)器或計(jì)算機(jī)可讀介 質(zhì)可以包含計(jì)算機(jī)軟件產(chǎn)品。應(yīng)該認(rèn)識(shí)到，包含模塊的計(jì)算機(jī)軟件產(chǎn)品還可以與經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)、 任何信號(hào)承載介質(zhì)、或任何其它通信或遞送技術(shù)來(lái)遞送模塊給計(jì)算機(jī)器的一個(gè)或多個(gè)處理 或方法相關(guān)。模塊還可以包含硬件電路或用于配置硬件電路的信息，諸如微代碼或用于 FPGA或其它PLD的配置信息。
[0203]輸入/輸出（"I/O"）接口可以被配置為耦合至一個(gè)或多個(gè)外部設(shè)備，以從一個(gè)或多 個(gè)外部設(shè)備接收數(shù)據(jù)，以及發(fā)送數(shù)據(jù)到一個(gè)或多個(gè)外部設(shè)備。這樣的外部設(shè)備連同各種內(nèi) 部設(shè)備一起還被稱(chēng)為外圍設(shè)備。I/O接口可以包括電和物理連接，用于可操作地將各種外圍 設(shè)備耦合至計(jì)算機(jī)器或處理器。I/O接口可以被配置成在外圍設(shè)備、計(jì)算機(jī)器或處理器之間 傳送數(shù)據(jù)、地址和控制信號(hào)。I/O接口可以被配置成實(shí)現(xiàn)任何標(biāo)準(zhǔn)接口，諸如小型計(jì)算機(jī)系 統(tǒng)接口（ "SCSI"）、串行附連的SCSI ( "SAS"）、光纖通道、外圍組件互連（"PCI"）、PCI express (PCIe)、串行總線、并行總線、先進(jìn)技術(shù)連接（"ATA"）、串行ATA( "SATA"）、通用串行總線 ("USB"）、Thunderbolt、FireWire、各種視頻總線等。I/O接口可以被配置成僅實(shí)現(xiàn)一個(gè)接口 或總線技術(shù)。
[0204]或者，I/O接口可以被配置成實(shí)現(xiàn)多個(gè)接口或總線技術(shù)。I/O接口可以被配置成系 統(tǒng)總線的一部分、全部，或與其結(jié)合操作。I/O接口可以包括一個(gè)或多個(gè)緩沖器，用于緩沖一 個(gè)或多個(gè)外部設(shè)備、內(nèi)部設(shè)備、計(jì)算機(jī)器或處理器之間的傳輸。
[0205] I/O接口可以將計(jì)算機(jī)器2000耦合到各種輸入設(shè)備，包括鼠標(biāo)、觸摸屏、掃描儀、電 子數(shù)字轉(zhuǎn)換器、傳感器、接收機(jī)、觸摸板、軌跡球、相機(jī)、麥克風(fēng)、鍵盤(pán)、任何其它指示設(shè)備、或 者其任何組合。I/O接口可以將計(jì)算機(jī)器耦合至各種輸出設(shè)備，包括視頻顯示器、揚(yáng)聲器、打 印機(jī)、投影儀、觸覺(jué)反饋設(shè)備、自動(dòng)控制、機(jī)器人組件、致動(dòng)器、電機(jī)、風(fēng)扇、螺線管、閥門(mén)、栗、 發(fā)射器、信號(hào)發(fā)射器、光源等等。
[0206] 計(jì)算機(jī)器可以使用通過(guò)網(wǎng)絡(luò)接口到跨越網(wǎng)絡(luò)的一個(gè)或多個(gè)其它系統(tǒng)或計(jì)算機(jī)器 的邏輯連接而在聯(lián)網(wǎng)環(huán)境中操作。網(wǎng)絡(luò)可以包括廣域網(wǎng)（WAN)、局域網(wǎng)（LAN)、內(nèi)聯(lián)網(wǎng)、互聯(lián) 網(wǎng)、無(wú)線接入網(wǎng)絡(luò)、有線網(wǎng)絡(luò)、移動(dòng)網(wǎng)絡(luò)、電話網(wǎng)絡(luò)、光學(xué)網(wǎng)絡(luò)、或其組合。網(wǎng)絡(luò)可以是任何拓 撲的分組交換、電路交換、并且可以使用任何通信協(xié)議。網(wǎng)絡(luò)內(nèi)的通信鏈路可以包括各種數(shù) 字或模擬通信介質(zhì)，諸如光纖電纜、自由空間光學(xué)、波導(dǎo)、電導(dǎo)器、無(wú)線鏈接、天線、射頻通信 等等。
[0207] 處理器可以通過(guò)系統(tǒng)總線連接到計(jì)算機(jī)器的其它元件或本文討論的各種外圍設(shè) 備。應(yīng)該認(rèn)識(shí)到，系統(tǒng)總線可以在處理器內(nèi)部，在處理器外部，或兩者都有。根據(jù)一些實(shí)施方 案，處理器、計(jì)算機(jī)器的其它元件或本文討論的各種外圍中的任一個(gè)可以被集成到單個(gè)設(shè) 備諸如芯片上系統(tǒng)（"S0C")、封裝上系統(tǒng)（"S0P"）或者ASIC設(shè)備中。
[0208] 實(shí)施方案可以包括計(jì)算機(jī)程序，其實(shí)現(xiàn)本文描述和說(shuō)明的功能，其中計(jì)算機(jī)程序 在包含存儲(chǔ)在機(jī)器可讀媒介的指令和執(zhí)行指令的處理器的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)中實(shí)現(xiàn)。然而，應(yīng)該 顯然的是，可以存在許多不同的在計(jì)算機(jī)編程中實(shí)現(xiàn)實(shí)施方案的方式，且所述實(shí)施方案不 應(yīng)該理解為限定為任何一組計(jì)算機(jī)程序指令。進(jìn)一步，本領(lǐng)域編程人員將能夠?qū)懗鲞@樣的 計(jì)算機(jī)程序來(lái)實(shí)現(xiàn)所公開(kāi)的本文所述的實(shí)施方案。因此，不考慮充分理解如何做出和使用 實(shí)施方案所必需的特定程序代碼指令集合的公開(kāi)。進(jìn)一步，本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，本文描 述的實(shí)施方案的一個(gè)或多個(gè)方面可以由硬件、軟件或其組合來(lái)執(zhí)行，如可以在一個(gè)或多個(gè) 計(jì)算系統(tǒng)中實(shí)現(xiàn)的那樣。而且，對(duì)由計(jì)算機(jī)執(zhí)行的動(dòng)作的任何引用不應(yīng)該被理解為由單個(gè) 計(jì)算機(jī)執(zhí)行，因?yàn)槎嘤谝粋€(gè)計(jì)算機(jī)可以執(zhí)行該動(dòng)作。
[0209] 本文描述的實(shí)例實(shí)施方案可以通過(guò)執(zhí)行先前所述的方法和處理功能的計(jì)算機(jī)硬 件和軟件來(lái)使用。本文所述的系統(tǒng)、方法和程序可以在可編程計(jì)算機(jī)、計(jì)算機(jī)可執(zhí)行軟件、 或數(shù)字電路中實(shí)現(xiàn)。軟件可以存儲(chǔ)在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上。例如，計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可以包括軟 盤(pán)、RAM、R0M、硬盤(pán)、可移動(dòng)介質(zhì)、閃存、記憶棒、光介質(zhì)、磁光介質(zhì)、CD-ROM等等。數(shù)字電路可 以包括集成電路、門(mén)陣列、構(gòu)造模塊邏輯、現(xiàn)場(chǎng)可編程門(mén)陣列(FPGA)等等。
[0210] 試劑盒中可以提供用于執(zhí)行本文所述的方法的試劑、工具和/或指令。這樣的試劑 盒可以包括用于從患者(諸如通過(guò)活檢）收集組織樣品的試劑，和用于處理該組織的試劑。 該試劑盒還可包括用于進(jìn)行表達(dá)水平分析的一種或多種試劑，例如用于進(jìn)行核酸擴(kuò)增，包 括RT-PCR和qPCR、NGS、northern印跡、蛋白質(zhì)組分析或免疫組織化學(xué)以測(cè)定患者的樣品中 的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的試劑。例如，這樣的試劑盒中可包括用于進(jìn)行RT-PCR的引物，用 于進(jìn)行northern印跡分析的探針，和/或如本文討論用于進(jìn)行蛋白質(zhì)組分析諸如Western印 跡、免疫組織化學(xué)和ELISA分析的抗體或適配子。還可包括用于測(cè)定的適當(dāng)?shù)木彌_液。還可 包括這些測(cè)定中的任一種所需的檢測(cè)試劑。所述試劑盒可以是例如基于陣列或PCR的試劑 盒，并且可以包括例如額外的試劑，諸如聚合酶和/或dNTP。本文特征的試劑盒還可以包括 描述如何執(zhí)行用于測(cè)量表達(dá)水平的測(cè)定的說(shuō)明單。
[0211 ]所述試劑盒可以包括與以下中的至少一種互補(bǔ)的一種或多種引物對(duì)：
[0212] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、 CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36。
[0213]所述試劑盒還可以包括與參考基因互補(bǔ)的一種或多種引物對(duì)，例如與TPT1、RPS14 或RPL37A中的至少一種互補(bǔ)的引物。
[0214] 這樣的試劑盒還可以包括與以下中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、 40、41、42、43、44、45或46互補(bǔ)的引物對(duì)：
[0215] TRPM3、PDRG1、SRSF5、PDE4D、F12、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、 CENPF、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、HJURP、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36。
[0216] 所述試劑盒可以包括與TRPM3、roRGl、F12、CENPF、HJURP、RNFT2和SSTRl中的至少 一種互補(bǔ)的一種或多種引物對(duì)和與 SRSF5、roE4D、roK4、ADAMTSl、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、 MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、 50〇52、50053、5了66六1^1、了502201、乂8?1和2??36中的至少一種互補(bǔ)的一種或多種引物對(duì)。
[0217] 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的試劑盒可以允許測(cè)定ADAMTS9、EMP1、 F3、LDLR、LGALS3、MALAT 1、MTUS 1、NR4A3、PTGS2、RIN2、SLC15A2、S0CS3 和 TSC22D1 中的至少一 種的甲基化狀態(tài)。測(cè)定的甲基化狀態(tài)，其可以是過(guò)度甲基化，用于提供所述前列腺癌的表征 和/或預(yù)后。這樣的試劑盒可以包括用于直接測(cè)定一種或多種基因的甲基化狀態(tài)的引物和/ 或探針。因此，它們可以包含通過(guò)雜交區(qū)分DNA的甲基化和未甲基化形式的甲基化特異性引 物和/或探針。這樣的試劑盒通常還含有選擇性修飾CpG二核苷酸基序的甲基化或未甲基化 形式的試劑。合適的化學(xué)試劑包含肼和亞硫酸氫根離子。實(shí)例是亞硫酸氫鈉。然而，所述試 劑盒可以含有如上文所討論測(cè)定甲基化狀態(tài)的其它試劑，諸如限制性內(nèi)切酶。
[0218] 因此，本發(fā)明還涉及用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的試劑盒，其包含如 上所述的一種或多種抗體或適配子。
[0219] 如上所討論，在某些實(shí)施方案中，TRPM3、PDRG1、F12、CENPF、HJURP、RNFT2和SSTR1 中的至少一種或F0XM1的增加的表達(dá)水平表明復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能 性。在進(jìn)一步實(shí)施方案中，SRSF5、PDE4D、PDK4、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、 CREM、DKK1、EMP1、ERRF11、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、 MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、S0CS2、 30〇33、3了66六1^1、了302201、乂8?1和2??36中的至少一種的降低的表達(dá)水平表明復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn) 移和/或不良預(yù)后的增加可能性。
[0220] 因此，本文所述的試劑盒可以包含用于測(cè)定TRPM3、PDRG1、F12、CENPF、HJURP、 1?^12、和55了1?1中的至少一種或卩(^]\11和51?卩5、^^40、？01(4、厶0厶1?'51、厶0厶1?'59、836階5、 CD3 8、CEBPD、CREM、DKK1、EMP1、ERRFI1、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、 51^：15厶2、5(^52、5(^53、5了66厶1^1、了502201、父8?1和2卩?36中的至少一種的表達(dá)水平的引物、 探針或抗體/適配子。因此，所述試劑盒可以并入測(cè)定上調(diào)的標(biāo)志物和下調(diào)的標(biāo)志物的組合 的表達(dá)水平的試劑。合適的抗體和/或引物/探針可以源自本文的表B、C和D。
[0221] 試劑盒中包括的信息材料可以是涉及本文描述的方法和/或用于本文描述的方法 的試劑的用途的描述性的、指導(dǎo)性的、銷(xiāo)售的或其它的材料。例如，試劑盒的信息材料可含 有聯(lián)系信息，例如，物理地址、電子郵件地址、網(wǎng)站或電話號(hào)碼，其中試劑盒的用戶可獲得關(guān) 于進(jìn)行基因表達(dá)分析和解析結(jié)果的大量信息。
[0222] 所述試劑盒可以進(jìn)一步包含如上所述的計(jì)算機(jī)應(yīng)用或存儲(chǔ)介質(zhì)。
[0223] 先前呈現(xiàn)的實(shí)施方案中所述的實(shí)例系統(tǒng)、方法和動(dòng)作是說(shuō)明性的，并且，在替代實(shí) 施方案中，某些動(dòng)作可以以不同次序、相互并行、整體忽略和/或在不同實(shí)例實(shí)施方案之間 組合來(lái)執(zhí)行，和/或可以執(zhí)行某些額外動(dòng)作，而不偏離各個(gè)實(shí)施方案的范圍和精神。因此，這 樣的替代實(shí)施方案包括于本文所述的實(shí)例中。
[0224] 盡管上面已經(jīng)詳細(xì)描述了特定實(shí)施方案，但該描述僅僅用于說(shuō)明目的。因此，應(yīng)該 理解，上述許多方面不意欲作為必需或重要元素，除非另有明確陳述。
[0225] 實(shí)例實(shí)施方案的公開(kāi)方面的修改或與之對(duì)應(yīng)的等效組分或動(dòng)作，除了上述那些之 外，可以由受益于本公開(kāi)內(nèi)容的本領(lǐng)域普通技術(shù)人員做出，而不偏離以下權(quán)利要求中限定 的實(shí)施方案的精神和范圍，其范圍應(yīng)符合最寬泛的解釋?zhuān)瑥亩w這樣的修改和等效結(jié)構(gòu)。
[0226] 附圖描述
[0227] 圖 1
[0228] 包含70個(gè)原發(fā)性前列腺癌、20個(gè)具有伴隨轉(zhuǎn)移性疾病的原發(fā)性癌癥、11個(gè)轉(zhuǎn)移性 疾病和25個(gè)正常前列腺樣品FFPE的FFPE前列腺癌樣品集合的無(wú)監(jiān)督的分層聚類(lèi)分析。
[0229] A.使用數(shù)據(jù)集間變化最大的基因鑒定了與轉(zhuǎn)移性疾病應(yīng)用聚類(lèi)的原發(fā)性腫瘤的 子集(卡方 2.77xl〇-1〇)。
[0230] Β.使用從Taylor和同事公開(kāi)的數(shù)據(jù)集的內(nèi)部數(shù)據(jù)集的鑒定的1083個(gè)差異表達(dá)的 基因的半監(jiān)督的分層聚類(lèi)分析鑒定了與轉(zhuǎn)移性疾病應(yīng)用聚類(lèi)的原發(fā)性腫瘤的類(lèi)似亞簇(卡 方2.78x10- 6)。
[0231] C.如果患者是或不是轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組的一部分，他們?cè)谑中g(shù)之后保持無(wú)病的概率 的Kaplan-Meier分析，風(fēng)險(xiǎn)比通過(guò)對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)進(jìn)行測(cè)定。
[0232] 圖2
[0233] A.83個(gè)過(guò)表達(dá)的基因與來(lái)自出版物的F0XM1CHIP-Seq命中重疊，重疊 p-值 9.269x10-5的超幾何檢驗(yàn)。
[0234] B ·與FOXMlCHIP-seq命中重疊且仍然是過(guò)表達(dá)目標(biāo)的39個(gè)過(guò)表達(dá)目標(biāo)的Pearson 相關(guān)性評(píng)分的盒形圖。T-檢驗(yàn)(p-值〈0.0001)。
[0235] 圖3
[0236] A. GREAT (http://be jerano.stanford.edu/great/public/html/)功能分析，其中 甲基化探針位于的基因組區(qū)域的分子功能。
[0237] B.表明低表達(dá)基因與EZH2和H3K27me3的CHIP-SEQ鑒定的目標(biāo)重疊的維恩圖，重疊 的超幾何檢驗(yàn)。
[0238] C.表明低表達(dá)基因與過(guò)度甲基化的且H3K27me 3修飾重疊的維恩圖。
[0239] 圖 4
[0240] 顯示在排序靠前的10,000個(gè)探針組之間的重疊，包括至少在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和 非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組之間相關(guān)的重疊（"列表1和2"）和在非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和良性組之 間高度相關(guān)的重疊（"表3"），的維恩圖。
[0241] 圖5
[0242] 內(nèi)部數(shù)據(jù)集中鑒定的樣品簇的GAP分析。
[0243] 圖 6
[0244] 使用Toppfun(http: //toppgene · cchmc · org/)差異表達(dá)的1182個(gè)獨(dú)特基因的功能 分析。
[0245] A.低表達(dá)的基因的重要分子過(guò)程
[0246] B.過(guò)表達(dá)的基因的重要分子過(guò)程。
[0247] 圖7
[0248] 篩選潛在IHC抗體的研究概述 實(shí)施例
[0249] 通過(guò)引用以下實(shí)驗(yàn)實(shí)施例將進(jìn)一步理解本發(fā)明。
[0250] 結(jié)果
[0251] 無(wú)監(jiān)督分層聚類(lèi)分析鑒定通過(guò)轉(zhuǎn)移性生物學(xué)定義的前列腺癌中的不同分子亞型
[0252] 我們假設(shè)，具有轉(zhuǎn)移潛能的原發(fā)性前列腺癌與轉(zhuǎn)移性疾病和具有已知伴隨轉(zhuǎn)移的 原發(fā)性疾病在轉(zhuǎn)錄上是類(lèi)似的。為了鑒定該轉(zhuǎn)移性亞組，我們采取無(wú)監(jiān)督分層聚類(lèi)分析方 法，其使用70個(gè)切割的臨床上限于前列腺的原發(fā)性前列腺癌、20個(gè)具有已知伴隨轉(zhuǎn)移性疾 病的原發(fā)性前列腺癌、11個(gè)具有轉(zhuǎn)移性疾病的淋巴結(jié)和25個(gè)正常前列腺樣品。使用整個(gè)數(shù) 據(jù)集中的最可變的探針組進(jìn)行聚類(lèi)分析。GAP統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)(Tibshirani等人，2001)鑒定了 2 個(gè)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的主要樣品簇(圖1A，圖5)。
[0253]這些分子亞組之一對(duì)于轉(zhuǎn)移性疾病和具有已知伴隨轉(zhuǎn)移的原發(fā)性腫瘤具有顯著 富集(卡方P = 2.77xl(T1())。重要的是，在該組中還發(fā)現(xiàn)29個(gè)原發(fā)性前列腺樣品，其沒(méi)有呈現(xiàn) 轉(zhuǎn)移性疾病，但共享類(lèi)似的轉(zhuǎn)錄生物學(xué)。該組腫瘤在此被稱(chēng)為"轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組"，且第二 亞組被稱(chēng)為"非轉(zhuǎn)移性亞組"。
[0254] 接下來(lái)，我們?cè)谵D(zhuǎn)移性和非轉(zhuǎn)移性亞組中的原發(fā)性腫瘤之間進(jìn)行基因表達(dá)分析， 并且鑒定了 1182個(gè)差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄物。這些轉(zhuǎn)錄物中的大多數(shù)在轉(zhuǎn)移性亞組中低表達(dá) (1099個(gè)低表達(dá)相比于83個(gè)過(guò)表達(dá)）。
[0255] 為了鑒定1182個(gè)差異表達(dá)的基因在第二數(shù)據(jù)集中是否是預(yù)后的，我們使用所述基 因以聚類(lèi)分析由Taylor和同事(Taylor等人，2010)公開(kāi)的前列腺癌數(shù)據(jù)集，該數(shù)據(jù)集表示 PSA隨訪可用的由手術(shù)管理的前列腺癌。與我們的內(nèi)部培訓(xùn)集合一致，我們發(fā)現(xiàn)2個(gè)穩(wěn)健的 樣品簇，其中一個(gè)表明對(duì)于轉(zhuǎn)移性樣品的富集(卡方P = 2.78xl(T6(圖1B)。重要的是，該組還 含有63個(gè)在呈現(xiàn)時(shí)無(wú)已知轉(zhuǎn)移性疾病的原發(fā)性腫瘤樣品。Kaplan Meier分析表明，轉(zhuǎn)移性 生物學(xué)組內(nèi)的原發(fā)腫瘤在手術(shù)后具有較短的疾病復(fù)發(fā)時(shí)間（圖1C)(風(fēng)險(xiǎn)比(HR)2.377和p值 0.0351)。樣品簇的臨床和病理特征詳述于表1中。重要的是，在其它預(yù)后臨床因素諸如治療 前的分期、分級(jí)或PSA水平中沒(méi)有差異。
[0256] 作為轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組基礎(chǔ)的分子途徑
[0257] 為了確定哪些分子途徑導(dǎo)致轉(zhuǎn)移性表型和不良預(yù)后，我們使用1182個(gè)在轉(zhuǎn)移性和 非轉(zhuǎn)移性亞組之間差異表達(dá)的基因進(jìn)行途徑分析。這在轉(zhuǎn)移性亞組中鑒定了 10個(gè)顯著過(guò)表 達(dá)的途徑和20個(gè)低表達(dá)的途徑(表2i和2ii)。有趣的是，轉(zhuǎn)移性亞組中過(guò)表達(dá)的大多數(shù)途徑 與有絲分裂進(jìn)程相關(guān)(表2i)，而低表達(dá)的分子途徑參與細(xì)胞粘附、形態(tài)學(xué)、ATF2和p53轉(zhuǎn)錄。
[0258] 為了確定這些分子途徑中的哪些負(fù)責(zé)不良預(yù)后，我們使用代表每個(gè)途徑的基因來(lái) 聚類(lèi)分析Taylor數(shù)據(jù)集以及Sun和同事(Sun等人，2009)公開(kāi)的第二數(shù)據(jù)集。該后面的數(shù)據(jù) 集代表具有PSA隨訪的用手術(shù)管理的原發(fā)性前列腺癌。復(fù)發(fā)時(shí)間的Kaplan Meier分析用于 每個(gè)觀察簇(表2i和2ii)。
[0259] 在過(guò)表達(dá)的分子途徑中，只有F0XM1轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)在Taylor數(shù)據(jù)集中是顯著預(yù)后 的(HR 2.755p = 0.0134)。此外，F(xiàn)0XM1本身在我們的內(nèi)部訓(xùn)練數(shù)據(jù)集中的轉(zhuǎn)移性生物亞組 中是過(guò)表達(dá)的(FC 2.13)。為了確定增加的F0XM1是否負(fù)責(zé)有絲分裂基因在轉(zhuǎn)移生物學(xué)組中 的過(guò)表達(dá)，我們研究了 Sander和同事以及Chen和同事(Chen等人2013，Sander等人2013)公 開(kāi)的2個(gè)公共FoxMl CHIP-Seq數(shù)據(jù)。我們重疊了鑒定的F0XM1 CHIP-Seq目標(biāo)與轉(zhuǎn)移生物學(xué) 組中過(guò)表達(dá)的基因。明顯地，轉(zhuǎn)移性亞組中的83個(gè)過(guò)表達(dá)的基因中的39個(gè)被任一數(shù)據(jù)集中 的F0XM1結(jié)合，其中20個(gè)是兩者共同的。該重疊是高度顯著的（9.269xl〇- 5)。此外，我們進(jìn)行 了內(nèi)部數(shù)據(jù)集中所有過(guò)表達(dá)轉(zhuǎn)錄物針對(duì)F0XM1水平的相關(guān)性分析(補(bǔ)充表3)。通過(guò)CHIP-Seq 數(shù)據(jù)的分析鑒定的39個(gè)F0XM1與非CHIP目標(biāo)的相關(guān)性的比較表明，與CHIP-Seq目標(biāo)的F0XM1 不結(jié)合的那些相比，對(duì)于F0XM1目標(biāo)的相關(guān)性評(píng)分高度顯著增加（t檢驗(yàn)p-值〈0.0001)(圖 2B)?？傊?，該數(shù)據(jù)強(qiáng)烈地表明，F(xiàn)oxMl過(guò)表達(dá)負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)移性亞組中被檢測(cè)為過(guò)表達(dá)的83個(gè)基因 的大子集的轉(zhuǎn)錄活化。
[0260]在Taylor和Sun兩者的數(shù)據(jù)集中顯著預(yù)后的低表達(dá)分子途徑是肌肉收縮、脂肪形 成和ATF2轉(zhuǎn)錄目標(biāo)。地爾硫卓途徑在Taylor數(shù)據(jù)集中是顯著預(yù)后的，而整聯(lián)蛋白信號(hào)傳導(dǎo) 和P53的轉(zhuǎn)錄目標(biāo)(盡管在Taylor數(shù)據(jù)集中損失)僅在Sun數(shù)據(jù)集中達(dá)到預(yù)后意義。
[0261 ]基因表達(dá)的表觀遺傳沉默發(fā)生于轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組中
[0262] 轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組中的大多數(shù)差異表達(dá)的基因下調(diào)。接下來(lái)，我們?cè)儐?wèn)哪些潛在 機(jī)制可以負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組中的基因表達(dá)的該顯著損失。分子過(guò)程的分析鑒定了參與染 色質(zhì)結(jié)合的基因過(guò)表達(dá)（圖6)，重要的是，我們注意到，已知參與表觀遺傳基因調(diào)控的幾個(gè) 基因上調(diào)，包括AR、EZH2、HELLS和UHRF1)(表3)。
[0263] UHRF1在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組中過(guò)表達(dá)(2.375倍）。該蛋白近來(lái)已顯示促進(jìn)并維持前 列腺癌中的表觀遺傳沉默(Babbio等人2012)。1]!11^1可以結(jié)合至半甲基化的CpG，并且可以 招募DNMT1以維持DNA甲基化模式(Bostick等人2007，Sharif等人2007)。啟動(dòng)子處或附近的 DNA甲基化的增加率已經(jīng)顯示與降低的基因表達(dá)相關(guān)，這最可能與轉(zhuǎn)錄因子對(duì)基因啟動(dòng)子 的可及性相關(guān)。
[0264] 因此，我們使用高含量DNA甲基化陣列(樣品詳見(jiàn)補(bǔ)充表3中）測(cè)量來(lái)自我們的臨時(shí) 訓(xùn)練集(每個(gè)亞組11個(gè)）的22個(gè)腫瘤的子集中的DNA甲基化水平。轉(zhuǎn)移性亞組中的1098個(gè)低 表達(dá)基因的整體分析表明，418個(gè)具有增加率的DNA甲基化(重疊的p值1.546xl(T 34)(表4)。 此外，過(guò)表達(dá)的基因集的分析顯示沒(méi)有顯著的超或低甲基化狀態(tài)，由此表明改變的甲基化 狀態(tài)在過(guò)表達(dá)基因集中是不重要的。
[0265] 超甲基化的基因組區(qū)域的GREAT (http : //be jerano .stanford.edu/great/ public/html/)分析表明許多富集的分子過(guò)程（圖3A)，特別是DNA結(jié)合和轉(zhuǎn)錄因子功能。這 表明甲基化不僅直接沉默轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組中的基因，而且可負(fù)責(zé)參與轉(zhuǎn)錄的基因的損失， 引起基因表達(dá)的進(jìn)一步損失。
[0266] 參與表觀遺傳沉默的另一種基因 EZH2在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組中超過(guò)2倍過(guò)表達(dá)(表3)。 EZH2是PRC2 (多梳抑制復(fù)合物2)(兩類(lèi)多梳家族蛋白或(PcG)之一）的組分。該復(fù)合物具有組 蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶活性，且EZH2是催化亞基。事實(shí)上，EZH2表達(dá)是組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶活性的關(guān) 鍵決定因素。PRC2復(fù)合物在賴(lài)氨酸27上使組蛋白H3三甲基化（即H3K27me3)，該位點(diǎn)是轉(zhuǎn)錄 沉默染色質(zhì)的標(biāo)志。為了確定EZH2功能是否可以負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)移性亞組中的基因表達(dá)的至少部分 損失，我們使用了公共CHIP-Seq(W U等人2012)前列腺癌細(xì)胞系數(shù)據(jù)集。具體地，我們將已知 結(jié)合EZH2和H3K27me3的基因與轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組中被抑制的基因進(jìn)行比較（圖3B)。顯著數(shù) 目的低表達(dá)基因被EZH2、H3K27me3或兩者結(jié)合(p-值2.597xl0- 12)，由此強(qiáng)烈暗示經(jīng)由EZH2 介導(dǎo)的組蛋白修飾的染色質(zhì)沉默為轉(zhuǎn)移性亞組內(nèi)的基因子集沉默的關(guān)鍵機(jī)制。
[0267] 有趣的是，只有一定比例的表觀遺傳沉默的目標(biāo)（123/602)具有增加率的超甲基 化（圖3C)，并且被預(yù)測(cè)具有H3K27me3相關(guān)的組蛋白修飾，由此表明兩種機(jī)制可能在很大程 度上獨(dú)立地工作以沉默基因表達(dá)。
[0268] 用于檢測(cè)轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組的方法
[0269] 分層聚類(lèi)分析是來(lái)自許多樣品的基因表達(dá)數(shù)據(jù)的有用分析方法，然而它不能用于 前瞻性分類(lèi)個(gè)別腫瘤。此外，在先前研究中，我們已經(jīng)表明，前列腺癌中的腫瘤異質(zhì)性引起 腫瘤活檢樣品和從同一患者切割的腫瘤的概況之間顯著不一致。因此，我們決定開(kāi)發(fā)適合 于免疫組織化學(xué)(IHC)的標(biāo)志物，其將前瞻性分類(lèi)腫瘤與轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組是否是類(lèi)似的。
[0270] 為了實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)，我們采用2種方法，首先我們鑒定在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和非轉(zhuǎn)移 性生物學(xué)亞組之間差異表達(dá)、但在非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和正常之間幾乎沒(méi)有表達(dá)差異的轉(zhuǎn) 錄物。該方法使用2-樣品t檢驗(yàn)法鑒定了 393個(gè)探針組，這些探針組中的~75%在非轉(zhuǎn)移性 生物學(xué)亞組中與轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組中相比過(guò)表達(dá)。我們將該方法稱(chēng)為靶向性的，因?yàn)闇y(cè)試 例內(nèi)的正常前列腺可以用作參考。
[0271] 對(duì)于第二種方法，我們?cè)u(píng)價(jià)了 1182個(gè)在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和非轉(zhuǎn)移性亞組之間差 異表達(dá)的基因，在該情況下，因?yàn)榉寝D(zhuǎn)移性生物學(xué)組和良性/正常之間可能存在表達(dá)差異， 要求參考目標(biāo)，為了鑒定合適的參考，我們鑒定了無(wú)論亞組而在所有前列腺癌樣品中具有 最小表達(dá)方差的基因（最好的3個(gè)基因概述于表7中）。
[0272] IHC目標(biāo)的預(yù)后效用
[0273] 對(duì)于第一種方法，將393個(gè)探針組映射至基因水平，以協(xié)助外部數(shù)據(jù)集(Taylor等 人2010)的獨(dú)立評(píng)估。在該數(shù)據(jù)集中，檢測(cè)總共349個(gè)基因。我們使用生物化學(xué)復(fù)發(fā)時(shí)間以針 對(duì)年齡、分級(jí)和分期校正的Cox比例風(fēng)險(xiǎn)在Taylor中進(jìn)行這些349個(gè)基因的多變量分析，這 導(dǎo)致產(chǎn)生7個(gè)具有顯著多變量預(yù)測(cè)功能(p-值〈0.05.)的基因，這些是TRPM3、PDRG1、SRSF5、 PDE4D、CNPY4、F12和PDK4。（表5)還進(jìn)行單變量存活分析，其中52個(gè)基因是顯著的，？-值〈 0.05。在這些排序靠前的探針組中存在3個(gè)基因的重疊;這些是SRSF5、TOE4D和TOK4。還使用 anova檢驗(yàn)評(píng)價(jià)393個(gè)探針組，以確定它們與臨床因素、即病理學(xué)Gleason評(píng)分(和Gleason評(píng) 分1和2)是否是顯著相關(guān)的。
[0274] 對(duì)于第二種方法，在相同的多變量分析中測(cè)試1182個(gè)差異表達(dá)的基因，這鑒定了 56個(gè)具有顯著多變量預(yù)后功能(p-值〈0.05 .)的基因，（表6)。還進(jìn)行單變量存活分析，其中 304個(gè)獨(dú)特基因是顯著的，p-值〈0.05。在這些排序靠前的探針組中存在41個(gè)基因的重疊。具 有顯著多變量預(yù)后功能的目標(biāo)的數(shù)目在驗(yàn)證的范圍之外，因此，我們通過(guò)交叉參考預(yù)后途 徑(表2i和2ii)、F0XMlCHIP-Seq命中和選擇的文獻(xiàn)綜述而進(jìn)一步改善列表。來(lái)自聚焦、途徑 和文獻(xiàn)比較的最佳14個(gè)基因概述于表7中。F0XM1本身和表明顯著多變量預(yù)后能力的差異表 達(dá)的F0XM1CHIP-Seq目標(biāo)概述于表9中。
[0275] 討論
[0276] 由于大多數(shù)發(fā)展早期前列腺癌的男性不會(huì)死于該疾病，所以明確要求更好地理解 作為轉(zhuǎn)移擴(kuò)散的基礎(chǔ)的生物學(xué)。這可允許適當(dāng)選擇高風(fēng)險(xiǎn)患者用于侵襲性更強(qiáng)的主要療 法，且使低風(fēng)險(xiǎn)患者免去不必要的副作用。
[0277] 在本研究中，我們已經(jīng)鑒定了在分子水平類(lèi)似于轉(zhuǎn)移性疾病的一組原發(fā)性前列腺 癌。這些腫瘤通過(guò)幾個(gè)基因和限定途徑的表達(dá)損失來(lái)定義;此外，該組通過(guò)導(dǎo)致參與有絲分 裂的基因表達(dá)增加的原癌基因 F0XM1的活化來(lái)定義。
[0278]我們已經(jīng)定義了一系列具有多變量預(yù)后能力且高度適合于IHC開(kāi)發(fā)的標(biāo)志物，以 前瞻性評(píng)價(jià)腫瘤是否具有復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移發(fā)展的增加可能性。
[0279]表 1
[0281] Taylor數(shù)據(jù)集中的轉(zhuǎn)移性生物學(xué)腫瘤和非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組的臨床和病理標(biāo)準(zhǔn)。
[0282] 表2i
[0285] 如使用Toppfun檢測(cè)的顯著過(guò)表達(dá)的途徑，指明途徑p-值，Kaplan meier存活分析 結(jié)果使用途徑來(lái)聚類(lèi)分析和定義類(lèi)別標(biāo)記iTaylor和Sun數(shù)據(jù)集。
[0286]表2ii
[0289] 如使用Toppfun檢測(cè)的顯著低表達(dá)的途徑，指明途徑p-值，Kaplan meier存活分析 結(jié)果使用途徑來(lái)聚類(lèi)分析和定義類(lèi)別標(biāo)記i Taylor和Sun數(shù)據(jù)集。
[0290] 表 3
[0292] 注釋為染色質(zhì)結(jié)合的基因，轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組相比于未校正和FDR校正的p-值的倍 數(shù)變化表達(dá)。注明公開(kāi)的轉(zhuǎn)錄抑制中的作用。
[0293] 表 4
[0295] 轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組中具有增加的過(guò)度甲基化的過(guò)表達(dá)或低表達(dá)的基因，檢驗(yàn)重疊的 顯著性的超幾何檢驗(yàn)。
[0296] 表 5
[0298] 基于Taylor數(shù)據(jù)集中的多變量存活分析的排序靠前的預(yù)后標(biāo)志物。[0299] 表 6
[0303] 基于在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組之間差異表達(dá)的基因的Taylor 數(shù)據(jù)集中的多變量存活分析的排序靠前的預(yù)后標(biāo)志物。
[0306] 概述的IHC目標(biāo)與參考基因。
[0307]表 8
[0309] 具有增加的過(guò)度甲基化水平的最佳低表達(dá)標(biāo)志物。
[0310] 表9
[0314] 在轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組中差異表達(dá)的F0XM1和FOXMICHIP-Seq目標(biāo)。
[0315] 方法 [0316]患者樣品
[0317] Addenbrookes醫(yī)院和Karolinska研究所遵循當(dāng)?shù)貍惱砼鷾?zhǔn)提供126個(gè)樣品（70個(gè) 切割的臨床上限于前列腺的原發(fā)性前列腺癌、20個(gè)具有已知伴隨轉(zhuǎn)移性疾病的原發(fā)性前列 腺癌、11個(gè)具有轉(zhuǎn)移性疾病的淋巴結(jié)和25個(gè)正常前列腺）。
[0318] 在Taylor等人公開(kāi)的含有179個(gè)樣品（131個(gè)原發(fā)性腫瘤、29個(gè)正常和19個(gè)轉(zhuǎn)移性 疾病）的數(shù)據(jù)集中驗(yàn)證和測(cè)試亞組和預(yù)后意義。手術(shù)后的生物化學(xué)復(fù)發(fā)時(shí)間和復(fù)發(fā)狀態(tài)用 于測(cè)試預(yù)后意義，5個(gè)樣品因?yàn)椋ㄊ中g(shù)類(lèi)型PCA0056,和新輔助治療，PCA0050、PCA0103、 PCA119和PCA0176)而從分析中排除。
[0319] Sun等人(79個(gè)腫瘤樣品），樣品為手術(shù)后，79例，其中39例被分類(lèi)為具有疾病復(fù)發(fā)。
[0320] 基因表達(dá)譜分析
[0321] 使用如前所述（Kennedy RD，Bylesjo M, Kerr P 等人.Development and independent validation of a prognostic assay for stage II colon cancer using formalin-fixed paraffin-embedded tissue .J Clin Oncol 2011;29:4620-4626)的 Roche高純RNA石錯(cuò)試劑盒(Roche Diagnostics Ltd.)從肉眼切割的FFPE腫瘤樣品提取總 RNA。如前所述，使用NuGEN WT-〇vation?FFPE系統(tǒng)（NuGEN)擴(kuò)增總RNA，并且使其與Almac前 列腺癌
[0322]統(tǒng)計(jì)學(xué)分析方法
[0323]單因素 AN0VA分析使用abs(FC)>2的倍數(shù)變化(FC)閾值和針對(duì)錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR)調(diào) 整的顯著性P-值閾值(P-值roR〈0.05)鑒定29個(gè)原發(fā)性轉(zhuǎn)移性生物學(xué)組腫瘤和41個(gè)原發(fā)性 非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)腫瘤組對(duì)照之間差異表達(dá)的探針組。獨(dú)特基因被確定為與比對(duì)的至少6探 針處于有義方向的基因。
[0324] 將組合的背景和方差過(guò)濾器應(yīng)用于數(shù)據(jù)矩陣，以便使用內(nèi)部開(kāi)發(fā)的特征選擇程序 鑒定最可變的基因。首先，應(yīng)用背景過(guò)濾器以去除表達(dá)值太低而無(wú)法與背景噪聲區(qū)分的基 因。高閾值用于去除大量探針，并確保這些探針高表達(dá)（閾值:〈=1〇_ 16)。其次，將強(qiáng)度依賴(lài) 性方差過(guò)濾器應(yīng)用于數(shù)據(jù)矩陣，以去除在所有樣品間具有低方差的探針組（閾值:〈=5.10 1)。特征選擇導(dǎo)致產(chǎn)生1651個(gè)變化最大的探針。
[0325] 將分層聚類(lèi)分析(Pearson相關(guān)距離和Ward氏聯(lián)系）分別應(yīng)用于來(lái)自每個(gè)數(shù)據(jù)集的 探針和樣品。使用缺口統(tǒng)計(jì)學(xué)確定子簇的數(shù)目。
[0326] IHC目標(biāo)鑒定
[0327] 感興趣的IHC目標(biāo)是至少在轉(zhuǎn)移性和非轉(zhuǎn)移性組之間相關(guān)的那些(列表1和2)和在 非轉(zhuǎn)移性和良性組之間高度相關(guān)的那些(表3)。
[0328] 根據(jù)這些標(biāo)準(zhǔn)將三個(gè)列表各自中的探針組的相關(guān)性p-值進(jìn)行排序。每個(gè)列表中排 序靠前的10,000個(gè)探針組中觀察到的口-值的范圍，對(duì)于列表1為[0-6.62 6-05]，對(duì)于列表2 為[1 · 03e-19-6 · 17e-04]，且對(duì)于列表3為[0 · 99-0 · 82]。
[0329] 三個(gè)列表中的排序靠前的10,000個(gè)探針組的交叉點(diǎn)揭示512個(gè)共同探針（圖4)。去 除反義探針組和少于6個(gè)探針與探針組比對(duì)的那些，留下393個(gè)。Partek?基因組 Suite?6.6版用于生成倍數(shù)變化值。
[0330] 甲基化
[0331] 對(duì)于22個(gè)患者，11個(gè)轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組和11個(gè)非轉(zhuǎn)移性生物學(xué)亞組，使用 Recoverall(Life technologies)提取DNA。使用Zymo EZ DNA甲基化試劑盒TM(Zymo Research,Orange，CA,USA)，根據(jù)制造商的程序，用當(dāng)使用IIlumina Infinium甲基化測(cè)定 時(shí)推薦的替代孵育條件，用亞硫酸氫鈉處理基因組DNA(800ng)。根據(jù)Infinium HD甲基化測(cè) 定方案以50ngAU對(duì)4μ1亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化的基因組DNA進(jìn)行甲基化測(cè)定。根據(jù)制造商的程序 將樣品處理至Illumina 450k陣列上。用相同軟件提取未校正的b-值。使用微陣列的顯著性 分析（SAM) (Tusher等人2001)評(píng)價(jià)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的雙值(bi values)變化的探針組。使用 〇. 05的錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR)，在陣列上的235，526個(gè)探針組中，32，286個(gè)被低甲基化(相當(dāng)于7， 222個(gè)獨(dú)特的基因）且9，184個(gè)探針組(4003個(gè)獨(dú)特的基因）。
[0332] 參考文獻(xiàn)
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[0355] 補(bǔ)充表1
[0357] 內(nèi)部樣品集的患者特征。
[0358] 補(bǔ)充表2F0XM1相關(guān)性
[0370] 整個(gè)內(nèi)部數(shù)據(jù)集中的過(guò)表達(dá)的目標(biāo)與F0XM1水平的Pearson相關(guān)性。
[0371] 補(bǔ)充表3
[0372]用于甲基化分析的樣品
[0375] 前列腺I(mǎi)HC開(kāi)發(fā)
[0376] 越
[0377] 為了鑒定合適的抗體，我們針對(duì)來(lái)自生物標(biāo)志物陽(yáng)性(通過(guò)微陣列概況分析證實(shí)） 前列腺癌樣品的4uM全斷面切片對(duì)于選擇的目標(biāo)進(jìn)行每個(gè)目標(biāo)3種抗體的分析。使用3種抗 原修復(fù)方法使用3種稀釋度測(cè)試每種抗體(圖7)。
[0378] 每個(gè)全斷面切片含有腫瘤、前列腺上皮內(nèi)瘤(PIN)、正常前列腺上皮、基質(zhì)和在一 些切片中浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞的區(qū)域。
[0379] 該方法允許鑒定檢測(cè)感興趣的目標(biāo)的抗體、抗原修復(fù)方案和稀釋度。
[0380]
[0381] 使用前列腺腫瘤的全斷面FFPE切片(4μπι)。
[0382] 測(cè)試樣品：
[0383] 前列腺腫瘤(DI 20052):年齡58:男性。病理-前列腺的腺癌。腫瘤分期:3+4 = 7。
[0384] 前列腺腫瘤(DI 20054):年齡70:男性:病理-前列腺的腺癌。腫瘤分期:3+4 = 7。
[0385] JIM
[0386] 除非另有說(shuō)明，所有孵育都在室溫實(shí)施。
[0387] 1.目標(biāo)修復(fù)(FFPE):
[0388] 抗原修復(fù) 1-Dako PT Link和3-in_lpH6· 1 目標(biāo)修復(fù)(TR)溶液。
[0389] · _在自動(dòng)加熱和冷卻下，97°C20min。
[0390] 抗原修復(fù)2-Dako PT Link和3-in_lpH9目標(biāo)修復(fù)（TR)溶液。
[0391] · _在自動(dòng)加熱和冷卻下，97°C20min。
[0392] 抗原修復(fù)3-Microwave Vector朽1檬酸鹽ρΗ6 · 1熱誘導(dǎo)的抗原修復(fù)(HIER) 〇
[0393] ?將載片脫石蠟和水化，然后用設(shè)置為全功率的微波煮沸(3X5min)。
[0394] 所有載片用PBS清洗-lOmin
[0395] 2.測(cè)定步驟(DAKO Envision Flex plus)
[0396] · _EnVision過(guò)氧化物酶封閉_5min
[0397] · j青洗
[0398] · _Dako CSAII無(wú)血清蛋白封閉-lOmin
[0399] ?-空氣去除
[0400] · _-抗-30min
[0401 ] · _清洗X2
[0402] · _EnVision Flex/HRP_20min
[0403] · j青洗X2
[0404] · _DAB-10min
[0405] 3.復(fù)染和蓋片
[0406] Mayer的蘇木精復(fù)染
[0407] 在遞呈系列的乙醇中脫水
[0408] ?在二甲苯中澄清(x3)
[0409] ?在DePeX下的蓋片
[0410] 試劑-一抗
[0411] CREM-抗cAMP響應(yīng)性元件調(diào)節(jié)劑
[0412] 1 )Abcam 目錄號(hào):AB64832，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0413] 2)Novus biomedical 目錄號(hào):NBP1_81760，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0414] 3)Sigma Aldrich 目錄號(hào)：HPA001818-100UL，以0·8、0·4和0.2μg/ml測(cè)試（推薦濃 度0·16μg/ml)
[0415] · R-IgG-兔多克隆IgG(兔同種型對(duì)照)Alere目錄號(hào):X0936
[0416] ERRFI1 -抗-ERBB受體反饋抑制劑1
[0417] 1 )Abcam 目錄號(hào)：ab50272，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0418] 2) Insight biotechnology 目錄號(hào)：SC-137154，以4、2和lμg/ml測(cè)試（Santa Cruz Biotechnology, Inc.)
[0419] 3)Sigma Aldrich 目錄號(hào)：HPA027206-100UL，以4、2和lμg/ml測(cè)試
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[0422] HJURP抗-Hoi 1 iday連結(jié)體識(shí)別蛋白
[0423] 1 )Abcam目錄號(hào):AB100800，以4、2和lμg/ml測(cè)試，兔多克隆
[0424] 2)Abcam目錄號(hào):AB175577,以4、2和lμg/ml測(cè)試，小鼠單克隆
[0425] 3)Biorbyt 目錄號(hào):0RB140157,以4、2和lμg/ml測(cè)試兔多克隆
[0426] ?兔同種型對(duì)照Alere目錄號(hào):X0936
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[0430] 2)LifeSpan BioSciences 目錄號(hào)：LS_B3459，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0431] 3)Thermo scientific 目錄號(hào)：PA5_13778，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0432] · R-IgG-兔多克隆IgG(兔同種型對(duì)照)Alere目錄號(hào):X0936
[0433] · SRSF5-抗-富含絲氨酸/精氨酸的剪接因子5
[0434] l)Novus Biomedical 目錄號(hào)：H00006430-B01P，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0435] 2)Sigma Aldrich 目錄號(hào)：HPA043484-100UL，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0436] 3)LifeSpan BioSciences 目錄號(hào)：LS_B3091，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0437] · R-IgGl-兔多克隆IgG(兔同種型對(duì)照)Alere目錄號(hào):X0936
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[0439] ?多小鼠 IgG(M_IgGl、2a、2b)
[0440] · M-IgGl-Alere 目錄號(hào)：X0931
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[0442] · M-IgG2b_Alere 目錄號(hào)：X0944
[0443] PDRG1-抗-p53和DNA損傷-調(diào)節(jié)的蛋白1
[0444] 1 )Abcam 目錄號(hào):AB175965，以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0445] 2)Biorbyt 目錄號(hào)：0RB162334,以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0446] 3)Novus Biomedical 目錄號(hào):NBP2_01854,以4、2和lμg/ml測(cè)試
[0447] · Μ-IgGl-小鼠單克隆IgGl(小鼠同種型對(duì)照)Alere目錄號(hào):X0931
[0448] · R-IgGl-兔多克隆IgG(兔同種型對(duì)照)Alere目錄號(hào):X0936
[0449] 結(jié)果
[0450]在概覽所有數(shù)據(jù)之后，以下目標(biāo)已經(jīng)表明特定性且靈敏的IHC測(cè)定法，并且可用于 前列腺癌分類(lèi)或預(yù)后。
[0453] 本發(fā)明的范圍不限于本文描述的具體實(shí)施方案。事實(shí)上，除了本文描述的那些以 外，本發(fā)明的各種改變對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言，從前面的描述和附圖將是顯而易見(jiàn)的。這 樣的改變意欲落入所附權(quán)利要求的范圍之內(nèi)。此外，本文描述的所有實(shí)施方案都被認(rèn)為是 廣泛適用的且適當(dāng)時(shí)可以與任何和所有其它一致實(shí)施方案組合。
[0454] 本文引用各種出版物，其公開(kāi)內(nèi)容以其整體通過(guò)引用并入。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法，其包括:測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣 品中以下中的至少一種的表達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。2. 權(quán)利要求1的方法，其包括測(cè)定以下中的至少一種的表達(dá)水平： SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、F3、CENPF、MYBPC1、SELE、CEBPD和XBP1。3. 權(quán)利要求1或2的方法，其中所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后包括預(yù)測(cè)復(fù)發(fā)的增加可 能性和/或預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)移的增加可能性，基本上由其組成，或由其組成。4. 權(quán)利要求1或2的方法，其中所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后包括確定所述前列腺癌 是否具有不良預(yù)后，基本上由其組成，或由其組成。5. 任一前述權(quán)利要求的方法，其包括將所述表達(dá)水平與參考值或一個(gè)或多個(gè)對(duì)照樣品 中的表達(dá)水平進(jìn)行比較。6. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中將所述表達(dá)水平與一個(gè)或多個(gè)對(duì)照樣品中的相同基 因的表達(dá)水平進(jìn)行比較。7. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中將樣品中的前列腺癌細(xì)胞中的SRSF5、PDK4、PDRG1、 TRPM3、PDE4D和F12中的至少一種的表達(dá)水平與相同樣品中的正常細(xì)胞中的相同基因的表 達(dá)水平進(jìn)行比較。8. 任一前述權(quán)利要求的方法，其進(jìn)一步包括測(cè)定參考基因的表達(dá)水平。9. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中將以下中的至少一種的表達(dá)水平與參考基因的表達(dá) 水平進(jìn)行比較： CREM、ERRFI1、HJURP、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、 IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS 3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、 0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、 TSC22D1、XBP1和ZFP36。10. 權(quán)利要求8或權(quán)利要求9的方法，其中所述參考基因是TPT1、RPS14或RPL37A。11. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中HJURP、PDRG1、TRPM3、F12、CENPF、RNFT2 和 SSTR1 中 的至少一種的增加的表達(dá)水平表明復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能性，和/或 CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、PDE4D、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、DKK1、EMP1、F3、 IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS 3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、 OAT、P115、PTGS2、RHOBTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、SOCS2、SOCS3、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和 ZFP36中的至少一種的降低的表達(dá)水平表明復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的降低可能性。12. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中在蛋白質(zhì)、RNA或表觀遺傳修飾的水平測(cè)定所述表 達(dá)水平。13. 權(quán)利要求12的方法，其中所述表觀遺傳修飾是DNA甲基化。14. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中通過(guò)免疫組織化學(xué)測(cè)定所述表達(dá)水平。15. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中使用與標(biāo)記綴合的抗體測(cè)定所述表達(dá)水平。16. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中通過(guò)微陣列、northern印跡、RNA-seq(RNA測(cè)序）、原 位RNA檢測(cè)或核酸擴(kuò)增測(cè)定所述表達(dá)水平。17. 任一前述權(quán)利要求的方法，其進(jìn)一步包括從所述樣品提取總RNA。18. 任一前述權(quán)利要求的方法，其進(jìn)一步包括從所述受試者獲得樣品。19. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中所述樣品包含前列腺組織，基本上由其組成，或由 其組成。20. 任一前述權(quán)利要求的方法，其中所述樣品包含福爾馬林固定的石蠟包埋的活檢樣 品，基本上由其組成，或由其組成。21. 任一前述權(quán)利要求的方法，其包括測(cè)定HJURP、roRGl、TRPM3、F12、CENPF、RNFT2、和 SSTR1和CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、PDE4D、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、DKK1、 EMP1、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、 NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、ST6GAL1、 TSC22D1、XBP1和ZFP36中的至少一種的表達(dá)水平。22. 用于選擇受試者中的前列腺癌的治療的方法，其包括： (a) 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后，和 (b) 選擇對(duì)于所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后適當(dāng)?shù)闹委煛?3. 用于選擇受試者中的前列腺癌的治療的方法，其包括： (a) 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后 (b) 選擇對(duì)于所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后適當(dāng)?shù)闹委煟? (c) 用選擇的治療來(lái)治療所述受試者。24. 權(quán)利要求22或23的方法，其中如果所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后結(jié)果是復(fù)發(fā)和/ 或轉(zhuǎn)移和/或不良預(yù)后的增加可能性，則選擇的治療是以下中的一種或多種： a) 抗激素治療劑，優(yōu)選比卡魯胺和/或阿比特龍 b) 細(xì)胞毒性劑 c) 生物制品，優(yōu)選抗體和/或疫苗，更優(yōu)選Sipuleucel-T d) 放射療法，任選擴(kuò)大的放射療法，優(yōu)選擴(kuò)野放射療法 e) 靶向療法 f) 手術(shù)。25. 治療前列腺癌的方法，其包括向受試者施用化療劑或放射療法，任選擴(kuò)大的放射療 法，優(yōu)選擴(kuò)野放射療法，或者對(duì)受試者實(shí)施手術(shù)，其中基于如權(quán)利要求22至24中任一項(xiàng)中請(qǐng) 求保護(hù)的方法選擇所述受試者用于治療。26. 用于治療受試者中的前列腺癌的化療劑， 其中基于如權(quán)利要求22至24中任一項(xiàng)中請(qǐng)求保護(hù)的方法選擇所述受試者用于治療。27. 治療前列腺癌的方法，其包括： 向受試者施用化療劑或放射療法，任選擴(kuò)大的放射療法，優(yōu)選擴(kuò)野放射療法，或者對(duì)受 試者實(shí)施手術(shù)，其中所述受試者具有HJURP、roRGl、TRPM3、F12、CENPF、RNFT2和SSTRl中的至 少一種的增加的表達(dá)水平和 / 或 CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、PDE4D、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、DKK1、EMP1、F3、IL1Rl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、 MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、 S0CS2、S0CS3、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36中的至少一種的降低的表達(dá)水平。28. 用于治療受試者中的前列腺癌的化療劑， 其中所述受試者具有HJURP、PDRG1、TRPM3、F12、CENPF、RNFT2和SSTR1中的至少一種的 增加的表達(dá)水平和 / 或 CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、PDE4D、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、 CEBPD、DKK1、EMP1、F3、IL1R1、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、 MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、 ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36中的至少一種的降低的表達(dá)水平。29. 權(quán)利要求25或27的方法，或權(quán)利要求26或28的用于治療受試者中的前列腺癌的化 療劑， 其中所述化療劑包含以下，基本上由以下組成，或由以下組成： a) 抗激素治療劑，優(yōu)選比卡魯胺和/或阿比特龍 b) 細(xì)胞毒性劑 c) 生物制品，優(yōu)選抗體和/或疫苗，更優(yōu)選Sipuleucel-T和/或 d) 靶向的治療劑。30. 權(quán)利要求24或29的方法，其中所述細(xì)胞毒性劑是基于鉑的藥劑和/或紫杉烷。31. 權(quán)利要求30的方法，其中所述基于鉑的藥劑選自順鉑、卡鉑和奧沙利鉑。32. 權(quán)利要求30的方法，其中所述紫杉烷是紫杉醇或多西他賽。33. 抗體，其特異性結(jié)合至以下中的至少一種的蛋白質(zhì)產(chǎn)物： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、SOCS2、SOCS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36。34. 權(quán)利要求33的抗體，其與標(biāo)記綴合。35. 權(quán)利要求33或34的抗體用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的用途。36. 用于診斷受試者中的具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前列腺癌的方法，其包括： 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于鑒定受試者是否患有具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前列腺癌。37. 用于診斷受試者中的具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前列腺癌的方法，其包括： 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平： SRSF5、PDK4、TRPM3、PDRG1、PDE4D和F12 其中測(cè)定的表達(dá)水平用于鑒定受試者是否患有具有增加的轉(zhuǎn)移潛能的前列腺癌。38. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法，其包括:測(cè)定來(lái)自所述受試者的 樣品中以下中的至少一種的表達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36或 以鑒定特征在于復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn)移的增加可能性的細(xì)胞的存在或不存在，其中測(cè)定的所 述細(xì)胞的存在或不存在用于提供所述前列腺癌的表征/或預(yù)后。39. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法，其包括： a) 從所述受試者獲得樣品 b) 將對(duì)于以下中的至少一種的蛋白質(zhì)產(chǎn)物特異性的抗體應(yīng)用于來(lái)自所述受試者的樣 品： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 c) 應(yīng)用檢測(cè)抗體-蛋白質(zhì)復(fù)合物的檢測(cè)試劑 d) 使用所述檢測(cè)試劑以測(cè)定所述蛋白質(zhì)的水平 d)其中測(cè)定的蛋白質(zhì)的水平用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。40. 用于執(zhí)行任一前述權(quán)利要求的方法的系統(tǒng)或裝置。41. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的系統(tǒng)或測(cè)試試劑盒，其包含： a) -種或多種測(cè)試裝置，其用于測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的表 達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、SOCS2、SOCS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 b) 處理器;和 c) 包含計(jì)算機(jī)應(yīng)用的存儲(chǔ)介質(zhì)，當(dāng)由所述處理器執(zhí)行時(shí)，所述計(jì)算機(jī)應(yīng)用被配置為： (i)在一種或多種測(cè)試裝置上訪問(wèn)和/或計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的測(cè)定的 表達(dá)水平： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 (ii) 計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的水平是增加還是降低： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36;和 (iii) 從所述處理器輸出所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。42. 權(quán)利要求41的系統(tǒng)或測(cè)試試劑盒，其進(jìn)一步包含用于從所述處理器輸出的顯示器。43. 計(jì)算機(jī)應(yīng)用或包含如權(quán)利要求41或42中定義的計(jì)算機(jī)應(yīng)用的存儲(chǔ)介質(zhì)。44. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的方法，其包括： 測(cè)定來(lái)自所述受試者的樣品中以下中的至少一種的甲基化狀態(tài)： ADAMTS9、EMP1、F3、LDLR、LGALS3、MALAT1、MTUS1、NR4A3、PTGS2、RIN2、SLC15A2、S0CS3和 TSC22D1 其中測(cè)定的甲基化狀態(tài)用于提供所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后。45. 權(quán)利要求44的方法，其中如果八0厶10^94]\031、卩3、1^1^、0^1^3、]\^1^1!、]\0'1]51、 NR4A3、PTGS2、RIN2、SLC15A2、S0CS3和TSC22D1中的至少一種被過(guò)度甲基化，則復(fù)發(fā)和/或轉(zhuǎn) 移的可能性增加。46. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的試劑盒，其包含一種或多種權(quán)利要求33 或34的抗體。47. 權(quán)利要求46的試劑盒，其進(jìn)一步包含權(quán)利要求43的計(jì)算機(jī)應(yīng)用或存儲(chǔ)介質(zhì)。48. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其包含具有在其上實(shí) 施的計(jì)算機(jī)可讀程序指令的非臨時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)裝置，所述計(jì)算機(jī)可讀程序指令引起 所述計(jì)算機(jī)： (i) 在一種或多種測(cè)試裝置上訪問(wèn)和/或計(jì)算樣品中以下中的至少一種的測(cè)定的表達(dá) 水平：CREM、ERRF11、SRSF5、PDK4、H JURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36; (ii) 計(jì)算所述樣品中以下中的至少一種的水平是增加還是降低:CREM、ERRFI 1、SRSF5、 PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、FI2、ADAMTS1、ADAMTS9、B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、 DKK1、EMP1、F3、IL1Rl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、 NFIL3、NR4A3、OAT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RlN2、RNFT2、SELE、SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、 ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36;和 (iii) 提供關(guān)于所述前列腺癌的表征和/或預(yù)后的輸出。49. 用于表征和/或預(yù)后受試者中的前列腺癌的試劑盒，其包含一種或多種對(duì)于以下中 的至少一種的RNA產(chǎn)物特異性的寡核苷酸探針： CREM、ERRFI1、SRSF5、PDK4、HJURP、PDRG1、TRPM3、PDE4D、F12、ADAMTS1、ADAMTS9、 B3GNT5、CD38、CEBPD、CENPF、DKK1、EMP1、F3、ILIRl、IL8、JUNB、KLF10、KLF4、LDLR、LGALS3、 LPAR1、MALAT1、MTUS1、MYBPC1、NFIL3、NR4A3、0AT、PI15、PTGS2、RH0BTB3、RIN2、RNFT2、SELE、 SLC15A2、S0CS2、S0CS3、SSTR1、ST6GAL1、TSC22D1、XBP1和ZFP36 且進(jìn)一步包含以下組分中的一種或多種： a) 阻斷探針 b) 預(yù)擴(kuò)增分子 c) 擴(kuò)增分子和/或 d) 標(biāo)記分子。
【文檔編號(hào)】G01N33/574GK105940117SQ201480074318
【公開(kāi)日】2016年9月14日
【申請(qǐng)日】2014年12月12日
【發(fā)明人】S·沃克爾, A·麥卡維干, T·達(dá)維森, R·肯尼迪, P·哈金, L·希爾
【申請(qǐng)人】阿爾瑪克診斷有限公司