引物,其中所述23個常染色體STR基因座為D1S1627、D3S4529、D2S441、D17S974、 D6S1017、D4S2408、D9S2157、D17S1301、D1GATA113、D18S853、D20S482、D14S1434、D20S1082、 D6S474、D12ATA63、D22S1045、D10S1248、D1S1677、D11S4463、D9S1122、D2S1776、D5S2500 和 D18S51〇
[0024] 更進一步的,所述23個常染色體STR基因座的擴增引物為序列表中SEQ ID No. 1 至SEQ ID No. 46的核苷酸序列;所述性別決定基因座和Y-STR基因座的擴增引物為序列表 中SEQ ID No. 47至SEQ ID No. 50的核苷酸序列。
[0025] 在本發(fā)明的一個【具體實施方式】中,獲得所述基因座分型結果的過程包括采用與所 述基因座一一對應的擴增引物對其進行擴增以獲得擴增產物,并由該擴增產物獲得所述基 因座的基因型的步驟。
[0026] 在本發(fā)明的另一個【具體實施方式】中,可以通過遺傳分析儀分析所述擴增產物獲 得所述基因座的基因型。進一步的,所述遺傳分析儀可以是本領域技術人員常規(guī)使用的 遺傳分析儀,例如AB3130或AB3500型遺傳分析儀。通過GeneMappe⑶ID-X軟件或其他 GeneMapper軟件等分析該PCR擴增產物中所述基因座的基因型。
[0027] 本發(fā)明方案適用于對:人的精斑、唾液斑、組織、血痕或血液等檢材來源的DNA樣 品進行檢測分析。
[0028] 在本發(fā)明的方案中,所述23個常染色體STR基因座、性別決定基因座和Y-STR基 因座DYS391的信息如下表1所示:
[0029] 表 1
[0030]
[0031] 本發(fā)明方案中使用的這些基因座是申請人通過對中國人群的生活環(huán)境、種族起源 等進行綜合分析,考察各地區(qū)民族人口的表型特征差異,包括外形特征,生理指標等,針對 這些差異進行文獻和網絡數據庫調研,在已有研究的基礎上經過大量實驗和生物信息學分 析篩選出在中國人群中存在的復合擴增效率好、特異性較高的23個常染色體基因座。性別 決定基因座Amelogenin是用于性別鑒定,如果是男性結果為XY,如果是女性,結果為XX。 Y-STR基因座DYS391用于性別判斷和與其它Y試劑盒進行比對。
[0032] 本發(fā)明提供的優(yōu)選的擴增引物序列,通過例如Autoprimer在線軟件設計。擴增引 物及其相對應的基因座信息如下表2所示,PCRU代表上游引物,PCRL代表下游引物。更進 一步的,所述PCR擴增引物可以為具有熒光的PCR擴增引物。申請人通過大量反復實驗,考 慮生產成本、各個基因座引物擴增效率等方面,對上述基因座采用表2中所述的方式進行 熒光標記。
[0033] 在本發(fā)明的實施方式中,通過所述遺傳分析儀,將實際擴增出的產物長度、產物顏 色與表2中記載的引物要擴增的長度、產物顏色進行比對,實際擴增出的產物長度只要與 表2記載的擴增長度相等或相近即可,二者可以存在偏差,只要在本領域技術人員可以接 受的范圍內即可,或者通過測序確認是所要擴增的片段即可。
[0034] 表 2
[0035]
[0036] 本發(fā)明方案具有以下優(yōu)點:
[0037] 1、本發(fā)明的系統(tǒng)和方法對于無關個體DNA檢材、不同種屬動物檢材以及案件檢材 進行了檢測,證明本發(fā)明的系統(tǒng)和方法具有較高的準確性、組織同一性和種屬特異性,并 且,最小DNA檢出量為0. 125ng,尤其對于常規(guī)檢測方法不理想的降解檢材DNA,該系統(tǒng)和方 法仍可以獲得較好的檢測效果。
[0038] 2、本申請的系統(tǒng)和方法可以實現對單親案件的親權鑒定。
[0039] 3、利用該系統(tǒng)對209例無關個體進行檢測,計算出熒光標記STR復合擴增檢驗體 系中國漢族人群中的等位基因頻率、基因型頻率、觀察雜合度、個體識別能力、多態(tài)性信息 含量及非父排除率。結果表明本申請構建的系統(tǒng)的全部23個非C0DIS系統(tǒng)STR基因座累 計匹配概率(PM)為8. 4528X 10 22,累計個體識別力(TDP)為0.999 999 999 999 999 999 999 154 72,累計非父排除概率(CEP)為0.999 999 672。所述各STR基因座在中國漢族人 群中具較高的多態(tài)性,可用于法醫(yī)學個體識別和親權鑒定。
【附圖說明】
[0040] 圖1 :本發(fā)明方法和系統(tǒng)的靈敏度檢測結果。
[0041] 圖2 :本發(fā)明方法和系統(tǒng)的種屬特異性檢測結果。
[0042] 圖3 :本發(fā)明中25個基因座的熒光標記復合擴增檢驗系統(tǒng)的等位基因分型標準 物。
[0043] 圖4 :標準品9948的已知分型結果。
[0044] 圖5A-5B :采用本發(fā)明的方法和系統(tǒng)對無關個體DNA樣品的STR分型結果。
[0045] 圖6A-6C :采用本發(fā)明的方法和系統(tǒng)對已確定親權關系的三聯體實例樣品中的 STR分型結果。
[0046] 圖7A-7B :采用本發(fā)明的方法和系統(tǒng)對已確定親權關系的二聯體實例樣品中的 STR分型結果。
【具體實施方式】
[0047] 一、實驗材料
[0048] 1.DNA 樣本:
[0049] 標準DNA :9948 ;黑猩猩、大猩猩、猴、羊、豬、狗、兔等各類物種DNA樣本;兩個無關 個體的DNA樣本;已確定親權關系的三聯體實例的DNA樣本;已確定親權關系二聯體實例 (單親)的DNA樣本;209份中國北方漢族無關個體DNA樣本;均來自于公安部物證鑒定中 心。
[0050] 2.儀器
[0051]
[0052]
[0053] 3.試劑:
[0054]
[0055] 實施例1、對本發(fā)明的用于對中國人群個體進行個體識別和親子鑒定的系統(tǒng)的準 確性
[0056] 本發(fā)明的所述系統(tǒng)包括DNA提取體系、STR基因座復合檢測體系,和推斷體系;
[0057] 所述DNA提取體系用于獲得待檢測個體的DNA ;
[0058] 所述STR基因座復合檢測體系用于獲得所述DNA的23個常染色體STR基因座、性 別決定基因座Amelogenin以及Y-STR基因座DYS391的分型結果;
[0059] 所述推斷體系用于根據分型結果進行個體識別和親子鑒定,
[0060] 其中所述 23 個常染色體 STR 基因座為 D1S1627、D3S4529、D2S441、D17S974、 D6S1017、D4S2408、D9S2157、D17S1301、D1GATA113、D18S853、D20S482、D14S1434、D20S1082、 D6S474、D12ATA63、D22S1045、D10S1248、D1S1677、D11S4463、D9S1122、D2S1776、D5S2500 和 D18S51〇
[0061] 利用所述STR基因座復合檢測體系進行25個基因座的基因分型,包括:1)提取待 檢測個體的DNA作為模板;2)使用所述擴增引物組對提取的DNA模板進行多重PCR擴增反 應;3)將上述擴增得到的產物使用遺傳分析儀確定所述基因座的基因型。
[0062] 1、提取待檢測個體的DNA作為模板
[0063] 使用MagAUract? DNA Mini M48磁珠 DNA提取試劑盒提取檢測個體的靜脈血DNA。 提取步驟按照試劑盒說明書進行。
[0064] 2、對提取的DNA模板進行多重PCR擴增反應
[0065] 2.1、引物池配置
[0066] 擴增引物池的配置,其中所述擴增引物組中為所述25個基因座一一對應的94對 擴增引物;本實施例中,優(yōu)選的,所述25個基因座的擴增引物組為序列表中SEQ ID No. 1至 SEQ ID No. 50的核苷酸序列;本發(fā)明提供的各種引物序列由上海生工生物工程技術服務有 限公司合成。
[0067] 所述23個常染色體STR基因座的擴增引物為序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 46的核苷酸序列;所述性別決定基因座和Y-STR基因座的擴增引物為序列表中SEQ ID No. 47至SEQ ID No. 50的核苷酸序列,使用表2所示的熒光PCR擴增引物,按照下表的配置 STR反應混合物:
[0068]
[0069]
[0070] ⑵擴增程序
[0071] 將STR反應混合物置于PCR儀(AB 9700型DNA擴增儀或博日DNA擴增儀)上,調 整循環(huán)程序如下表進行擴增:
[0072]
[0073] 6.擴增產物在遺傳分析儀上熒光檢測
[0074] 使用DNA Typer500 (公安部物證鑒定中心)作為內標,按照AB 3130x1或3500型 遺傳分析儀的使用說明書進行操作。應用GeneMapperID?3. 2軟件進行結果分析。
[0075] 在本申請的分型結果圖中,下面標注有方框的峰為有效峰,方框中數字代表擴增 產物的重復數和片段長