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一種甲烷氧化菌豐度的自動(dòng)化檢測(cè)方法_2

文檔序號(hào):9300658閱讀:來(lái)源:國(guó)知局
tion 1)中完成。操作流程如下:
[0035] SI L按照表2配制好反應(yīng)體系混合液(除了 2 μ L DNA模板),分裝于2ml滅菌離 心管中,每管大于0. 5ml,置于制冷保存的載物架中。
[0036] S12.將原態(tài)微生物油氣與水合物勘探工作站(isMOST Station 2)提取和純化的 帶核酸樣品的深孔板一起置于載物架中,作為DNA模板。
[0037] S13.執(zhí)行原態(tài)微生物油氣與水合物勘探工作站(isMOST Station 1)設(shè)定的程 序,將建立PCR反應(yīng)體系所需的混合試劑和2 μ L DNA模板依次加入對(duì)應(yīng)的、新的深孔板中, 即完成PCR反應(yīng)體系的配置。
[0038] 后續(xù)步驟參照文獻(xiàn)(邵明瑞等,2013,三種油氣指示菌定量PCR方法的建立及其 在油氣田土壤中的初步應(yīng)用,生物技術(shù)通報(bào),第4期,172-178)進(jìn)行操作;實(shí)驗(yàn)結(jié)束后,用 LightCycler 480 Software 1.5. 0軟件對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行分析,即可獲得樣品中甲燒氧化菌 的豐度。
[0039] 本發(fā)明的有益效果:
[0040] 基于本發(fā)明,可以獲得以下有益效果:
[0041] (1)使氣態(tài)烴氧化菌及其關(guān)聯(lián)菌類的核酸提取與純化步驟實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化;
[0042] 基于科學(xué)分析結(jié)合大量?jī)?yōu)化實(shí)驗(yàn)研究結(jié)果,建立氣態(tài)烴氧化菌及其關(guān)聯(lián)菌類核酸 的最佳提取和純化流程,根據(jù)其最佳核酸提取和純化流程,通過(guò)多通道準(zhǔn)確移液、抗懸滴、 機(jī)械臂和軟件控制等技術(shù),實(shí)現(xiàn)土壤和/或沉積物中核酸提取和純化步驟的自動(dòng)化。
[0043] (2)使氣態(tài)烴氧化菌及其關(guān)聯(lián)菌類特異基因 PCR體系的配制實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化;
[0044] 通過(guò)多通道準(zhǔn)確移液、抗懸滴、機(jī)械臂和軟件控制等技術(shù),精確控制完成氣態(tài)烴氧 化菌及其關(guān)聯(lián)菌類特異基因的熒光定量PCR體系所需的各試劑的準(zhǔn)確用量,實(shí)現(xiàn)PCR體系 配制的自動(dòng)化,減少手工操作時(shí)的人為因素造成的誤差。
[0045] (3)進(jìn)一步地,層流罩的設(shè)計(jì)保證核酸提取等操作步驟在潔凈環(huán)境中運(yùn)行,一方面 確保無(wú)外界污染的影響和檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性,另一方面將可揮發(fā)的試劑進(jìn)行回收,保證操 作人員的安全和實(shí)驗(yàn)室環(huán)境的整潔。
[0046] 總結(jié)來(lái)說(shuō),突出的有益效果在于:(1)解決了豐度很低、對(duì)油氣與水合物具有指示 意義的、專性或兼性微生物復(fù)雜樣品的豐度檢測(cè),數(shù)據(jù)可靠性高;(2)本發(fā)明基于對(duì)油氣與 水合物具有指示意義的氣態(tài)烴氧化菌的多種指標(biāo)的檢測(cè),可很好地適用于在復(fù)雜多樣的勘 探區(qū)進(jìn)行油氣與水合物勘探;(3)樣品的處理效率非常高,周期短,成本降;(4)自動(dòng)化處 理,消除了多種影響因素,減少數(shù)據(jù)波動(dòng),有效避免在分析測(cè)定流程中引入的人為誤差;(5) 整個(gè)檢測(cè)流程通過(guò)計(jì)算機(jī)軟件控制,檢測(cè)流程可以追溯,可實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)誤差的統(tǒng)一校正。
【附圖說(shuō)明】
[0047] 圖1本發(fā)明機(jī)械臂的結(jié)構(gòu)示意圖。
[0048] 圖2本發(fā)明的移液原理圖。
[0049] 圖3本發(fā)明所述移液通道上設(shè)置的移液模塊實(shí)物圖。
[0050] 圖4用本發(fā)明分析方法檢測(cè)海洋沉積物平行樣中細(xì)菌的PCR擴(kuò)增電泳圖。
[0051] 圖5手工處理陸地土壤樣品中細(xì)菌的PCR擴(kuò)增的電泳圖,其中a:CTAB_酚氯仿法; b:試劑盒法。
[0052] 1-機(jī)械臂,2-移液通道,3-移板機(jī)械手,4-納升點(diǎn)樣及96或384通道,5-活塞, 6-套筒,7-壓力傳感器,8-空氣柱,9-液體。
【具體實(shí)施方式】
[0053] 下面結(jié)合附圖和具體實(shí)施例進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明。本發(fā)明裝置和系統(tǒng)中最大的發(fā)明 點(diǎn)在于優(yōu)化和整合了現(xiàn)有常規(guī)的其他領(lǐng)域的相關(guān)技術(shù),解決了在進(jìn)行微生物油氣與水合物 勘探的樣品分析檢測(cè)時(shí)手工操作所存在的弊端。一些部件以及部件之間的連接關(guān)系可以參 照相關(guān)領(lǐng)域成熟的技術(shù)予以實(shí)現(xiàn),因此并不在此一一贅述,或者因此限定本發(fā)明范圍。
[0054] 實(shí)施例1
[0055] 本實(shí)施例提供一種原態(tài)微生物油氣與水合物勘探技術(shù)的自動(dòng)化樣品處理裝置,包 括自動(dòng)液體處理裝置和核酸純化設(shè)備;
[0056] 所述自動(dòng)液體處理裝置對(duì)樣品、反應(yīng)試劑的自動(dòng)化加樣、配制和處理,并通過(guò)整合 各種終端分析檢測(cè)設(shè)備將整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程置于無(wú)人操作的環(huán)境下全自動(dòng)運(yùn)行并給出結(jié)果。優(yōu) 選地,所述自動(dòng)液體處理裝置由四個(gè)部分的結(jié)構(gòu)組成:操作平臺(tái)、機(jī)械臂、移液通道及實(shí)驗(yàn) 用品的載架和輔助設(shè)備;所述操作平臺(tái)上設(shè)置有若干定位軌道(T),用于固定放置各種實(shí) 驗(yàn)用品的載架。操作平臺(tái)是整個(gè)工作站的框架,為半封閉式結(jié)構(gòu),平臺(tái)正面有可手工開(kāi)、關(guān) 的氣動(dòng)控制門。平臺(tái)上設(shè)計(jì)有很多定位軌道,不同的實(shí)驗(yàn)用品,不同的排放順序,其所需要 的載架大小也不同,會(huì)占據(jù)不同數(shù)量T的位置。按處理樣品的能力大小可將操作平臺(tái)分為 多種類型。主要類型有三種:緊湊型操作平臺(tái):30個(gè)T,最多可放置25個(gè)SBS國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)板 (如96孔微孔板);通用型操作平臺(tái):54個(gè)T,最多可放置45個(gè)SBS國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)板(如96孔 微孔板);延展型操作平臺(tái):71個(gè)T,最多可放置55個(gè)SBS國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)板(如96孔微孔板)。
[0057] 所述機(jī)械臂的結(jié)構(gòu)示意圖見(jiàn)附圖1所示,機(jī)械臂1上裝載移液工具和移板機(jī)械手 3,所述移液工具包括單個(gè)或多個(gè)獨(dú)立控制的移液通道,所述機(jī)械臂1帶動(dòng)移液通道2在X 軸方向精確移動(dòng);移液通道2上設(shè)置若干移液模塊以及納升級(jí)的微量點(diǎn)樣模塊4。附圖3提 供了一種移液模塊的實(shí)物圖。
[0058] 優(yōu)選地,所述機(jī)械臂1上的每個(gè)移液通道2都具有獨(dú)立的動(dòng)態(tài)定位系統(tǒng),多通道同 時(shí)操作時(shí),每個(gè)通道可以同時(shí)在Y、Z軸進(jìn)行非統(tǒng)一、非對(duì)稱的移動(dòng)和移液,通道間距離可以 調(diào)整,滿足各種規(guī)格的樣品管或多孔板的多道同時(shí)操作。通道可直接自動(dòng)裝卸一次性吸頭 或可重復(fù)使用的針式吸頭。
[0059] 可選地,所述機(jī)械臂可以為2~6個(gè),不同機(jī)械臂同時(shí)執(zhí)行不同的移液任務(wù)。
[0060] 進(jìn)一步地,機(jī)械臂帶動(dòng)移液通道在X軸方向精確移動(dòng),將吸頭精確定位。機(jī)械臂的 位移精度為±0. 1mm。機(jī)械臂上可裝載各種移液工具,如單個(gè)或多個(gè)獨(dú)立控制的移液通道, 并可提供1、2、4、8、12或16個(gè)移液通道的不同配置;對(duì)于更高通量,還可設(shè)置96通道或384 通道的移液模塊,以及納升級(jí)的微量點(diǎn)樣模塊。在裝載有移液通道的機(jī)械臂上還可同時(shí)安 裝移板機(jī)械手,而不需要額外的機(jī)械臂來(lái)控制。
[0061] 所述液體處理裝置的移液技術(shù)是基于空氣置換原理,類似于通常使用的手動(dòng)移液 器,通過(guò)通道內(nèi)活塞5的移動(dòng)來(lái)推動(dòng)空氣進(jìn)行吸液和放液的。采用這種原理移液不需要步 進(jìn)電機(jī)控制的注射栗、各種導(dǎo)管和系統(tǒng)溶液,不易產(chǎn)生工作站內(nèi)部的系統(tǒng)污染,避免了樣品 間由于系統(tǒng)污染而產(chǎn)生的交叉污染。見(jiàn)附圖2所示,附圖2中,5為活塞,6為套筒,7為壓力 傳感器,8為空氣柱,9為液體。
[0062] 所述輔助設(shè)備包括樣品振蕩裝置、孵育裝置、樣品裝載裝置、樣品編號(hào)掃描和記錄 裝置、實(shí)驗(yàn)耗材的轉(zhuǎn)移裝置、上下游設(shè)備的銜接裝置?;谒鲚o助設(shè)備的除了能夠執(zhí)行移 液操作以外,還能夠執(zhí)行很多其他的實(shí)驗(yàn)任務(wù),如樣品的振蕩、孵育、自動(dòng)裝載和記錄帶編 號(hào)的樣品、實(shí)驗(yàn)耗材的轉(zhuǎn)移、與上下游實(shí)驗(yàn)設(shè)備的銜接等功能。
[0063] 所述核酸提取與純化設(shè)備為全自動(dòng)核酸磁珠提取與純化系統(tǒng),工作原理是先通過(guò) 震蕩樣品,使核酸游離出來(lái),再用大體積提取磁頭將樣品中的核酸吸住,轉(zhuǎn)移至新的離心管 中;這樣重復(fù)操作3次,就可獲得很純的核酸,為后續(xù)開(kāi)展PCR反應(yīng)體系的自動(dòng)化配置和實(shí) 時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)及其他分子生物學(xué)研究提供高純度的核酸樣品。在樣品處理過(guò)程中, 不僅獲得的核酸純度高,而且其提取效率也非常高(對(duì)于微生物豐度很低的海洋沉積物樣 品,仍然可以獲得足量的核酸供后續(xù)工作之用)。采用現(xiàn)有常規(guī)計(jì)算機(jī)技術(shù),在所述核酸提 取設(shè)備中內(nèi)置多個(gè)核酸純化程序,通過(guò)電腦軟件控制而實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化操作。
[0064] 實(shí)施例2
[0065] 基于本發(fā)明所述原態(tài)微生物油氣與水合物勘探技術(shù)的自動(dòng)化樣品處
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