本申請涉及豬育種，具體涉及豬prkn基因第六內(nèi)含子中的分子標(biāo)記、引物、試劑盒、方法及應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、中國是豬肉生產(chǎn)大國，同時(shí)也是豬肉消費(fèi)大國。據(jù)有關(guān)報(bào)道統(tǒng)計(jì)，在中國，每年豬肉的銷售量占肉類食品銷售的百分之六七十。豬肉作為肉類食品市場最重要的組成部分，影響其品質(zhì)的豬肉品質(zhì)就成為最重要的經(jīng)濟(jì)品質(zhì)。豬肉品質(zhì)主要由柔軟度、多汁性以及風(fēng)味三部分構(gòu)成，所對應(yīng)的肉質(zhì)檢測指標(biāo)包括豬肌肉的肌內(nèi)脂肪、肉色、ph值、滴水損失以及嫩度等。1990年cameron首次提出豬肉品質(zhì)是一個(gè)復(fù)雜的綜合概念，用單一指標(biāo)很難對肉質(zhì)的好壞進(jìn)行評判，需要多種指標(biāo)進(jìn)行綜合分析，并且個(gè)體表型的肉質(zhì)評估必須通過其同胞或后裔屠宰測定實(shí)現(xiàn)，成本較高，可靠性差，因此利用傳統(tǒng)育種方法選育肉質(zhì)優(yōu)良種豬進(jìn)展較慢。所幸，豬肉品質(zhì)的遺傳力較高，利用分子生物學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué)手段相結(jié)合，深入研究豬肉品質(zhì)遺傳機(jī)制，挖掘出與豬肉品質(zhì)顯著相關(guān)的候選基因和分子標(biāo)記，再通過基因檢測手段進(jìn)行選育，可為肉質(zhì)改良提供機(jī)會。目前對于影響肉質(zhì)特征的關(guān)鍵基因的了解仍然不足，可應(yīng)用于豬肉品質(zhì)選育的分子標(biāo)記偏少，因此，尋找控制豬肉質(zhì)量的關(guān)鍵分子遺傳標(biāo)記，并將其應(yīng)用于分子標(biāo)記輔助育種，對于提高豬的肉質(zhì)特征、增加經(jīng)濟(jì)效益具有重要意義。

2、用于輔助選擇的分子標(biāo)記包括蛋白質(zhì)標(biāo)記，微衛(wèi)星標(biāo)記，單核苷酸多態(tài)性(snp)標(biāo)記等。snp標(biāo)記是指基因組上單個(gè)核苷酸變異引起的dna序列的多態(tài)性，它具有數(shù)量多、準(zhǔn)確性高、多態(tài)性高等特點(diǎn)，在育種實(shí)踐中可以利用snp對某些優(yōu)良基因進(jìn)行定位，并結(jié)合表型確定標(biāo)記與特定品質(zhì)之間的關(guān)聯(lián)性，還可以將分子標(biāo)記在群體中進(jìn)行驗(yàn)證并應(yīng)用在分子育種上。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、parkin?rbr?e3?ubiquitinprotein?ligase，簡稱prkn基因，編碼的parkin蛋白是一種e3泛素連接酶，負(fù)責(zé)標(biāo)記機(jī)體內(nèi)無用蛋白，使其泛素化降解，有助于維持細(xì)胞的正常功能和健康狀態(tài)。prkn基因突變可導(dǎo)致異常蛋白累積，加速神經(jīng)元細(xì)胞死亡，導(dǎo)致帕金森病和阿爾茨海默病等疾病的發(fā)生。此外，還有文獻(xiàn)報(bào)道，parkin參與介導(dǎo)線粒體等細(xì)胞器特異性自噬，通過消除受損細(xì)胞器和維持體內(nèi)平衡從而對炎癥性疾病產(chǎn)生影響，同時(shí)促進(jìn)細(xì)胞的存活和增殖。而有關(guān)該基因在豬肉品質(zhì)中的研究還未見報(bào)道。

2、而本申請通過硒都黑豬肉品質(zhì)資源群體gwas分析，發(fā)現(xiàn)prkn基因區(qū)域存在與豬肉品質(zhì)顯著相關(guān)信號位點(diǎn)。因此，本申請根據(jù)prkn基因在第六內(nèi)含子上的單核苷酸突變位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物并進(jìn)行擴(kuò)增，根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物的多態(tài)性檢測結(jié)果來區(qū)分豬個(gè)體間的肉質(zhì)差異。利用該分子標(biāo)記設(shè)計(jì)引物，對包含該snp位點(diǎn)的核苷酸序列進(jìn)行pcr擴(kuò)增，對擴(kuò)增產(chǎn)物測序能夠快速鑒別prkn基因型，從而檢測豬肉品質(zhì)的差異，為豬品種的選育提供指導(dǎo)。另外，本申請?zhí)峁┑囊锬軌蛱禺愋詳U(kuò)增prkn的基因內(nèi)含子包含的snp位點(diǎn)序列，檢測方法成本低。只需要通過pcr擴(kuò)增的方法即可檢測，不需要進(jìn)行大量的群體規(guī)模采樣與測定即可進(jìn)行比較不同豬只之間肉質(zhì)的差異。

3、為此，本申請實(shí)施例至少公開了以下技術(shù)方案：

4、(1)：豬肉品質(zhì)的分子標(biāo)記，包括豬prkn基因第六內(nèi)含子6447587bp處發(fā)生單核苷酸突變a>c形成的核苷酸序列。

5、(2)：豬肉品質(zhì)的分子標(biāo)記引物，包括如seq?id?no:3所示的dna分子和如seq?idno:4所示的dna分子。

6、(3)：一種核酸分子，由(2)所述的分子標(biāo)記引物經(jīng)pcr擴(kuò)增而成，所述核酸分子的基因型與所述豬肉品質(zhì)關(guān)聯(lián)。

7、(4)：一種試劑盒，包括(2)所述的分子標(biāo)記引物以及其他pcr擴(kuò)增所需試劑。

8、(5)：豬肉品質(zhì)的檢測方法，包括：

9、獲取待測豬基因組dna；

10、通過(2)所述的分子標(biāo)記引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增；

11、根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列檢測豬第1號染色體6447587bp處的基因型；

12、根據(jù)所述基因型確定所述豬肉品質(zhì)。

13、(6)：包括(5)所述檢測方法的豬篩選方法。

14、(7)：(1)所述的分子標(biāo)記、(2)所述的分子標(biāo)記引物、(3)所述的核酸分子或(4)所述的試劑盒的應(yīng)用，所述應(yīng)用選自如下任一：

15、1)所述豬肉品質(zhì)的檢測與分析，所述豬肉品質(zhì)選自肌肉色值l1、肌肉色值l24、滴水損失48h和肌內(nèi)脂肪的至少一種；

16、2)豬的篩選與育種。

技術(shù)特征：

1.豬肉品質(zhì)的分子標(biāo)記，包括豬基因組第1號染色體第6447587bp處發(fā)生單核苷酸a>c突變形成的核苷酸序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記還包括prkn基因第六內(nèi)含子核苷酸序列的301bp處發(fā)生a>c形成的核苷酸序列。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記，aa基因型個(gè)體肌肉色值l1顯著高于cc基因型個(gè)體；

4.豬肉品質(zhì)的分子標(biāo)記引物，包括如seq?id?no:3所示的dna分子和如seq?id?no:4所示的dna分子。

5.一種核酸分子，由如權(quán)利要求4所述的分子標(biāo)記引物經(jīng)pcr擴(kuò)增而成，所述核酸分子的基因型與所述豬肉品質(zhì)關(guān)聯(lián)。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的核酸分子，如seq?id?no:1和/或2所示。

7.一種試劑盒，包括如權(quán)利要求4所述的分子標(biāo)記引物以及其他pcr擴(kuò)增所需試劑。

8.豬肉品質(zhì)的檢測方法，包括：

9.豬的篩選方法，包括如權(quán)利要求8所述的檢測方法。

10.權(quán)利要求1～3任一所述的分子標(biāo)記、權(quán)利要求4所述的分子標(biāo)記引物、權(quán)利要求5～6任一所述的核酸分子或權(quán)利要求7所述的試劑盒的應(yīng)用，所述應(yīng)用選自如下任一：

技術(shù)總結(jié)
本申請涉及豬PRKN基因第六內(nèi)含子中的分子標(biāo)記、引物、試劑盒、方法及應(yīng)用。該分子標(biāo)記包括豬基因組第1號染色體第6447587bp處發(fā)生單核苷酸A>C突變形成的核苷酸序列。利用引物對包含該單核苷酸突變位點(diǎn)的目的序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對擴(kuò)增產(chǎn)物測序能夠快速鑒別PRKN基因型，從而檢測豬肉品質(zhì)的差異，為豬品種的選育提供指導(dǎo)。

技術(shù)研發(fā)人員：吳俊靜,彭先文,梅書棋,李梓芃,徐忠,張宇,馮越,喬木,周佳偉,孫華,李良華,趙海忠,宋忠旭,彭明月
受保護(hù)的技術(shù)使用者：湖北省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/9