背景技術(shù)：

1、多種疾病和病癥由基因的突變、缺失或改變的表達引起。這些基因中的許多在健康個體中受到嚴格調(diào)控，使得基因的過表達或表達不足可導(dǎo)致有害的副作用。另外，一些疾病和病癥的特征在于受試者體內(nèi)健康細胞和患病細胞的不同細胞基因型。因此，基因(諸如轉(zhuǎn)基因)的表達在一種細胞類型中可能是治療性的，但在另一種細胞類型中是有害的。雖然在將轉(zhuǎn)基因遞送到個體中以治療遺傳病癥方面取得了實質(zhì)性進展，但仍需要能夠以細胞類型或細胞狀態(tài)依賴性方式調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)基因表達的基因療法。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、在各個方面，本公開提供了一種工程化核心啟動子，其中所述工程化核心啟動子包含與seq?id?no:4具有至少80％序列同一性并且包括相對于seq?id?no:5的核苷酸取代t15g和a40t的序列。

2、在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:4具有至少90％序列同一性并且包括相對于seq?id?no:5的核苷酸取代t15g和a40t的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:4的序列。

3、在一些方面，工程化核心啟動子進一步包含轉(zhuǎn)錄暫停位點。在一些方面，轉(zhuǎn)錄暫停位點包含與seq?id?no:196–seq?id?no:198、seq?id?no:211或seq?id?no:212中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，轉(zhuǎn)錄暫停位點包含seq?id?no:196–seq?idno:198、seq?id?no:211或seq?id?no:212中的任一個的序列。在一些方面，工程化核心啟動子進一步包含yy1基序。在一些方面，yy1基序包含與seq?id?no:205–seq?id?no:207中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，yy1基序包含具有seq?id?no:205–seqid?no:207中的任一個的序列的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含30至34個核苷酸的間隔區(qū)。

4、在一些方面，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性高于seq?id?no:6的核心啟動子與活化的應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性低于seq?id?no:6的核心啟動子與非活性應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性，或兩者兼而有之。在一些方面，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性高于seq?id?no:9的核心啟動子與活化的應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性低于seq?id?no:9的核心啟動子與非活性應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性，或兩者兼而有之。

5、在各個方面，本公開提供了一種工程化啟動子，其包含如本文所述的應(yīng)答元件和工程化核心啟動子。

6、在一些方面，應(yīng)答元件在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的骨髓特異性轉(zhuǎn)錄、肝特異性轉(zhuǎn)錄、神經(jīng)元特異性轉(zhuǎn)錄、肌肉特異性轉(zhuǎn)錄或腎特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145、seq?id?no:146、seq?id?no:193或seq?id?no:194具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，應(yīng)答元件包含seq?id?no:145、seq?id?no:146、seqid?no:193或seq?id?no:194的序列。

7、在各個方面，本公開提供了一種重組多核苷酸，其包含如本文所述的工程化核心啟動子或如本文所述的工程化啟動子和有效載荷，所述有效載荷包含處于工程化核心啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下的編碼序列。

8、在一些方面，有效載荷編碼蛋白質(zhì)。在一些方面，蛋白質(zhì)是神經(jīng)元蛋白質(zhì)、腎蛋白質(zhì)、視網(wǎng)膜蛋白質(zhì)、肌肉蛋白質(zhì)或凋亡誘導(dǎo)蛋白質(zhì)。在一些方面，蛋白質(zhì)與遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥相關(guān)。在一些方面，蛋白質(zhì)是前顆粒蛋白、mecp2、多囊蛋白-1或多囊蛋白-2。

9、在一些方面，有效載荷編碼治療性多核苷酸。在一些方面，治療性多核苷酸是引導(dǎo)rna或抑制trna。在一些方面，治療性多核苷酸靶向一個基因。在一些方面，基因與遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥相關(guān)。在一些方面，基因是grn、mecp2、pkd2或pkd2。

10、在各個方面，本公開提供了一種工程化病毒載體，其在病毒載體中包含如本文所述的工程化核心啟動子、如本文所述的工程化啟動子或如本文所述的重組多核苷酸。

11、在一些方面，病毒載體是腺病毒載體、腺相關(guān)病毒載體或慢病毒載體。在一些方面，腺相關(guān)病毒載體選自由以下組成的組：aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav?10、aav11、aav12、aav13、aav14、aav15、aav16、aav-dj、aav-dj/8、aav-dj/9、aav1/2、aav.rh8、aav.rh10、aav.rh20、aav.rh39、aav.rh43、aav.rh74、aav.v66、aav.oligo001、aav.sch9、aav.r3.45、aav.rhm4-1、aav.hu37、aav.anc80、aav.anc80l65、aav.7m8、aav.php.eb、aav.php.v1、aav.php.b、aav.phb.c1、aav.phb.c2、aav.phb.c3、aav.phb.c6、aav.cy5、aav2.5、aav2tyf、aav3b、aav.lk03、aav.hsc1、aav.hsc2、aav.hsc3、aav.hsc4、aav.hsc5、aav.hsc6、aav.hsc7、aav.hsc8、aav.hsc9、aav.hsc10、aav.hsc11、aav.hsc12、aav.hsc13、aav.hsc14、aav.hsc15、aav.hsc16、aav.hsc17、aavhu68及其組合。

12、在各個方面，本公開提供了一種藥物組合物，其包含如本文所述的工程化核心啟動子、如本文所述的工程化啟動子、如本文所述的重組多核苷酸或如本文所述的病毒載體，以及藥學(xué)上可接受的載劑。

13、在各個方面，本公開提供了一種治療有需要的受試者的病癥的方法，所述方法包括：向受試者施用包含如本文所述的重組多核苷酸、如本文所述的病毒載體或如本文所述的藥物組合物的組合物；以及在受試者的靶細胞中表達由重組多核苷酸的有效載荷編碼的治療性序列，從而治療所述病癥。

14、在一些方面，靶細胞是與病癥相關(guān)的細胞類型或細胞狀態(tài)。在一些方面，病癥是遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥。在一些方面，病癥是雷特綜合征(rett?syndrome)、mecp2重復(fù)綜合征、額顳葉癡呆、神經(jīng)元蠟樣脂褐質(zhì)沉積癥、癌癥、動脈粥樣硬化、阿爾茨海默病(alzheimer's?disease)、肌萎縮側(cè)索硬化癥、邊緣為主的年齡相關(guān)性tdp-43腦病或多囊腎病。在一些方面，治療性序列編碼治療性蛋白質(zhì)。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)是神經(jīng)元蛋白質(zhì)、腎蛋白質(zhì)、視網(wǎng)膜蛋白質(zhì)、肌肉蛋白質(zhì)或凋亡誘導(dǎo)蛋白質(zhì)。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)與遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥相關(guān)。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)是mecp2、前顆粒蛋白、多囊蛋白-1或多囊蛋白-2。在一些方面，有效載荷編碼治療性多核苷酸。在一些方面，治療性多核苷酸是引導(dǎo)rna或抑制trna。

15、在各個方面，本公開提供了一種鑒定可切換核心啟動子的方法，所述方法包括：將包含第一子文庫和第二子文庫的核心啟動子文庫引入細胞群；其中所述第一子文庫包含多個核心啟動子，其中所述多個核心啟動子中的核心啟動子與第一應(yīng)答元件連接，以及獨特條形碼序列；其中所述第二子文庫包含多個核心啟動子，其中所述多個啟動子中的核心啟動子與第二應(yīng)答元件連接，以及獨特條形碼序列；以及將可切換核心啟動子鑒定為當(dāng)與所述第一應(yīng)答元件配對時比當(dāng)與所述第二應(yīng)答元件配對時促進所述獨特條形碼的更高轉(zhuǎn)錄的核心啟動子。

16、在一些方面，所述方法進一步包括活化第一應(yīng)答元件。在一些方面，第二應(yīng)答元件未被活化。在一些方面，第一應(yīng)答元件是活化的應(yīng)答元件并且第二增強子序列是非活性應(yīng)答元件或未活化的應(yīng)答元件。

17、在各個方面，本公開提供了一種工程化核心啟動子，其包含tata盒、起始子元件、分隔tata盒和起始子元件的間隔區(qū)，以及選自以下的一個或多個特征：a)所述tata盒包含與seq?id?no:199–seq?id?no:201或seq?id?no:213–seq?id?no:215中的任一個具有至少85％序列同一性的序列；b)所述起始子元件包含與seq?id?no:202–seq?id?no:204、seq?idno:216或seq?id?no:217中的任一個具有至少75％序列同一性的序列；c)所述間隔區(qū)是從tata盒到起始子元件包含不少于25個且不多于29個核苷酸殘基的短間隔區(qū)；d)所述間隔區(qū)是從tata盒到起始子元件包含不少于31個且不多于48個核苷酸殘基的長間隔區(qū)；e)yy1基序，其包含與seq?id?no:205–seq?id?no:207中的任一個具有至少80％序列同一性的序列；f)轉(zhuǎn)錄暫停位點，其包含與seq?id?no:196–seq?id?no:198、seq?id?no:211或seq?id?no:212中的任一個具有至少90％序列同一性的序列；g)相對于seq?id?no:5、seq?id?no:9或seq?id?no:210的至少70％序列同一性和至少一個核苷酸取代；以及h)它們的組合。

18、在一些方面，工程化核心啟動子包含相對于seq?id?no:5的至少70％序列同一性和核苷酸取代t15g和a40c。在一些方面，工程化核心啟動子包含相對于seq?id?no:5的至少70％序列同一性和核苷酸取代t15a和a40t。

19、在一些方面，間隔區(qū)從tata盒到起始子元件包含29至31個核苷酸。在一些方面，間隔區(qū)從tata盒到起始子元件包含30個核苷酸。在一些方面，短間隔區(qū)從tata盒到起始子元件包含28個核苷酸殘基。在一些方面，長間隔區(qū)從tata盒到起始子元件包含32個核苷酸殘基。

20、在一些方面，tata盒包含與seq?id?no:199–seq?id?no:201或seq?id?no:213–seqid?no:215中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，tata盒包含與seq?idno:199–seq?id?no:201或seq?id?no:213–seq?id?no:215中的任一個的序列。

21、在一些方面，起始子元件包含與seq?id?no:202–seq?id?no:204、seq?id?no:216或seq?id?no:217中的任一個具有至少85％序列同一性的序列。在一些方面，起始子元件包含seq?id?no:202–seq?id?no:204、seq?id?no:216或seq?id?no:217中的任一個的序列。

22、在一些方面，yy1基序包含與seq?id?no:205–seq?id?no:207中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，yy1基序包含seq?id?no:205–seq?id?no:207中的任一個的序列。

23、在一些方面，轉(zhuǎn)錄暫停位點包含與seq?id?no:196–seq?id?no:198、seq?id?no:211或seq?id?no:212中的任一個具有至少95％序列同一性的序列。在一些方面，轉(zhuǎn)錄暫停位點包含seq?id?no:196–seq?id?no:198、seq?id?no:211或seq?id?no:212中的任一個的序列。

24、在一些方面，工程化核心啟動子包含兩個或更多個特征。在一些方面，工程化核心啟動子包含特征a)和b)。在一些方面，工程化核心啟動子包含三個或更多個特征。在一些方面，工程化核心啟動子包含特征a)和b)以及至少一個或多個特征。在一些方面，工程化核心啟動子包含特征a)、b)和c)。在一些方面，工程化核心啟動子包含特征a)、b)和d)。在一些方面，工程化核心啟動子包含特征a)、b)和e)。在一些方面，工程化核心啟動子包含特征a)、b)和f)。

25、在各個方面，本公開提供了一種工程化核心啟動子，其包含與seq?id?no:1–seqid?no:4、seq?id?no:7或seq?id?no:10–seq?id?no:144中的任一個具有至少80％、至少85％、至少90％、至少93％、至少95％、至少97％、至少99％或100％序列同一性的序列。

26、在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:1–seq?id?no:4、seq?id?no:7或seq?id?no:10–seq?id?no:144中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:1–seq?id?no:4、seq?id?no:7、seq?id?no:10–seqid?no:15或seq?id?no:110中的任一個具有至少80％、至少85％、至少90％、至少93％、至少95％、至少97％、至少99％或100％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:1–seq?id?no:4、seq?id?no:7、seq?id?no:10–seq?id?no:15或seq?id?no:110中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。

27、在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:7具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:7的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:1具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:1的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:2具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:2的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:3具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:3的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seqid?no:4具有至少90％序列同一性并且包括相對于seq?id?no:5的核苷酸取代t15g和a40t的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:4的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:10具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:10的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:11具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:11的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:12具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:12的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:13具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seqid?no:13的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:14具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:14的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:15具有至少90％序列同一性并且包括相對于seq?idno:5的核苷酸取代t15g和a40c的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:15的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含與seq?id?no:110具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化核心啟動子包含seq?id?no:110的序列。

28、在一些方面，工程化核心啟動子包含tata盒、rna聚合酶結(jié)合序列、b識別元件、ccaat盒或pribnow盒。在一些方面，工程化核心啟動子能夠募集聚合酶。在一些方面，聚合酶是rna聚合酶ii。

29、在一些方面，工程化核心啟動子的動態(tài)范圍高于seq?id?no:6的動態(tài)范圍。在一些方面，工程化核心啟動子的動態(tài)范圍高于seq?id?no:9的動態(tài)范圍。在一些方面，工程化核心啟動子的活性高于seq?id?no:6的活性。在一些方面，工程化核心啟動子的活性高于seqid?no:9的活性。在一些方面，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性高于seq?id?no:6的核心啟動子與活化的應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性低于seq?id?no:6的核心啟動子與非活性應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性，或兩者兼而有之。在一些方面，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性高于seq?id?no:9的核心啟動子與活化的應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄活性，與活化的應(yīng)答元件配對的工程化核心啟動子產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性低于seq?id?no:9的核心啟動子與非活性應(yīng)答元件配對時產(chǎn)生的基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄活性，或兩者兼而有之。

30、在各個方面，本公開提供了一種工程化應(yīng)答元件，其包含與seq?id?no:145或seqid?no:146中的任一個具有至少80％、至少85％、至少90％、至少93％、至少95％、至少97％、至少99％或100％序列同一性的序列。

31、在一些方面，工程化應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145或seq?id?no:146具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，工程化應(yīng)答元件包含seq?id?no:145或seq?id?no:146的序列。在一些方面，工程化應(yīng)答元件能夠結(jié)合至同源配體、共活化劑(coactivator)或輔阻遏物(corepressor)。在一些方面，工程化應(yīng)答元件是增強子。在一些方面，同源配體或共活化劑與工程化應(yīng)答元件的結(jié)合增加有效載荷在與核心啟動子配對的工程化應(yīng)答元件的轉(zhuǎn)錄控制下在靶細胞類型、靶細胞狀態(tài)或靶組織中的轉(zhuǎn)錄。在一些方面，輔阻遏物與工程化應(yīng)答元件的結(jié)合降低有效載荷在與核心啟動子配對的工程化應(yīng)答元件的轉(zhuǎn)錄控制下在非靶細胞類型、非靶細胞狀態(tài)或非靶組織中的轉(zhuǎn)錄。在一些方面，工程化應(yīng)答元件在與核心啟動子配對的工程化應(yīng)答元件的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的骨髓特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，工程化應(yīng)答元件包含seq?id?no:145的序列。在一些方面，工程化應(yīng)答元件在與核心啟動子配對的工程化應(yīng)答元件的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的肝特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，工程化應(yīng)答元件包含seq?id?no:146的序列。

32、在各個方面，本公開提供了一種包含應(yīng)答元件和核心啟動子的工程化啟動子；其中所述應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145、seq?id?no:146、seq?id?no:193或seq?id?no:194具有至少80％、至少85％、至少90％、至少93％、至少95％、至少97％、至少99％或100％序列同一性的序列，并且其中所述核心啟動子包含與seq?id?no:1–seq?id?no:144或seq?idno:210中的任一個具有至少80％、至少85％、至少90％、至少93％、至少95％、至少97％、至少99％或100％序列同一性的序列。

33、在一些方面，核心啟動子包含與seq?id?no:1–seq?id?no:144或seq?id?no:210中的任一個具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，核心啟動子包含seq?id?no:1–seqid?no:144或seq?id?no:210的序列。在一些方面，工程化啟動子包含seq?id?no:148–seqid?no:177或seq?id?no:218–seq?id?no:255中的任一個的序列。

34、在各個方面，本公開提供了一種工程化啟動子，其包含如本文所述的應(yīng)答元件和工程化核心啟動子。

35、在一些方面，應(yīng)答元件能夠結(jié)合至同源配體、共活化劑或輔阻遏物。在一些方面，應(yīng)答元件是增強子。在一些方面，同源配體或共活化劑與應(yīng)答元件的結(jié)合增加有效載荷在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下在靶細胞類型、靶細胞狀態(tài)或靶組織中的轉(zhuǎn)錄。在一些方面，輔阻遏物與應(yīng)答元件的結(jié)合降低有效載荷在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下在非靶細胞類型、非靶細胞狀態(tài)或非靶組織中的轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的骨髓特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145或seq?id?no:193具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，應(yīng)答元件包含seq?id?no:145或seq?idno:193的序列。在一些方面，應(yīng)答元件在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的肝特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件包含與seq?id?no:146或seq?id?no:194具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，應(yīng)答元件包含seq?id?no:146或seq?id?no:194的序列。在一些方面，應(yīng)答元件在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的神經(jīng)元特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的肌肉特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件在工程化啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下賦予有效載荷的腎特異性轉(zhuǎn)錄。

36、在各個方面，本公開提供了一種重組多核苷酸，其包含如本文所述的工程化核心啟動子和有效載荷，所述有效載荷包含處于工程化核心啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下的編碼序列。

37、在各個方面，本公開提供了一種重組多核苷酸，其包含：應(yīng)答元件，所述應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145、seq?id?no:146、seq?id?no:193或seq?id?no:194具有至少80％、至少85％、至少90％、至少93％、至少95％、至少97％、至少99％或100％序列同一性的序列；和有效載荷，所述有效載荷包含處于應(yīng)答元件的轉(zhuǎn)錄控制下的編碼序列。

38、在一些方面，應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145、seq?id?no:146、seq?id?no:193或seq?id?no:194具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，應(yīng)答元件包含seq?id?no:145、seq?id?no:146、seq?id?no:193或seq?id?no:194的序列。

39、在各個方面，本公開提供了一種包含啟動子和有效載荷的重組多核苷酸，其中所述啟動子包含：能夠結(jié)合至同源配體、共活化劑或輔阻遏物的應(yīng)答元件；以及能夠募集聚合酶的如權(quán)利要求1至60中任一項所述的工程化核心啟動子；其中所述有效載荷包含處于所述啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下的編碼序列。

40、在一些方面，應(yīng)答元件是增強子。在一些方面，同源配體或共活化劑與應(yīng)答元件的結(jié)合增加有效載荷在靶細胞類型、靶細胞狀態(tài)或靶組織中的轉(zhuǎn)錄。在一些方面，輔阻遏物與應(yīng)答元件的結(jié)合降低有效載荷在非靶細胞類型、非靶細胞狀態(tài)或非靶組織中的轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件賦予有效載荷的神經(jīng)元特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件賦予有效載荷的骨髓特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145或seq?id?no:193具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，應(yīng)答元件包含seq?id?no:145或seq?id?no:193的序列。在一些方面，應(yīng)答元件賦予有效載荷的肝特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件包含與seq?id?no:146或seq?id?no:194具有至少90％序列同一性的序列。在一些方面，應(yīng)答元件包含seq?id?no:146或seq?id?no:194的序列。在一些方面，應(yīng)答元件賦予有效載荷的肌肉特異性轉(zhuǎn)錄。在一些方面，應(yīng)答元件賦予有效載荷的腎特異性轉(zhuǎn)錄。

41、在各個方面，本公開提供了一種包含啟動子和有效載荷的重組多核苷酸，其中所述啟動子包含：能夠結(jié)合至同源配體、共活化劑或輔阻遏物的應(yīng)答元件，其中所述應(yīng)答元件包含與seq?id?no:145、seq?id?no:146、seq?id?no:193或seq?id?no:194具有至少90％序列同一性的序列；以及能夠募集聚合酶的工程化核心啟動子；其中所述有效載荷包含處于啟動子的轉(zhuǎn)錄控制下的編碼序列。

42、在一些方面，有效載荷編碼蛋白質(zhì)。在一些方面，蛋白質(zhì)是神經(jīng)元蛋白質(zhì)、腎蛋白質(zhì)、視網(wǎng)膜蛋白質(zhì)、肌肉蛋白質(zhì)或凋亡誘導(dǎo)蛋白質(zhì)。在一些方面，蛋白質(zhì)與遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥相關(guān)。在一些方面，蛋白質(zhì)是前顆粒蛋白、mecp2、多囊蛋白-1或多囊蛋白-2。

43、在一些方面，有效載荷編碼治療性多核苷酸。在一些方面，治療性多核苷酸是引導(dǎo)rna或抑制trna。在一些方面，治療性多核苷酸靶向一個基因。在一些方面，基因與遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥相關(guān)。在一些方面，基因是grn、mecp2、pkd2或pkd2。

44、在各個方面，本公開提供了一種工程化病毒載體，其在病毒載體中包含如權(quán)利要求1至60中任一項所述的工程化核心啟動子。

45、在各個方面，本公開提供了一種工程化病毒載體，其在病毒載體中包含如本文所述的工程化應(yīng)答元件。

46、在各個方面，本公開提供了一種工程化病毒載體，其在病毒載體中包含如本文所述的工程化啟動子。

47、在各個方面，本公開提供了一種工程化病毒載體，其在病毒載體中包含如本文所述的重組多核苷酸。

48、在一些方面，病毒載體是腺病毒載體、腺相關(guān)病毒載體或慢病毒載體。在一些方面，腺相關(guān)病毒載體選自由以下組成的組：aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav?10、aav11、aav12、aav13、aav14、aav15、aav16、aav-dj、aav-dj/8、aav-dj/9、aav1/2、aav.rh8、aav.rh10、aav.rh20、aav.rh39、aav.rh43、aav.rh74、aav.v66、aav.oligo001、aav.sch9、aav.r3.45、aav.rhm4-1、aav.hu37、aav.anc80、aav.anc80l65、aav.7m8、aav.php.eb、aav.php.v1、aav.php.b、aav.phb.c1、aav.phb.c2、aav.phb.c3、aav.phb.c6、aav.cy5、aav2.5、aav2tyf、aav3b、aav.lk03、aav.hsc1、aav.hsc2、aav.hsc3、aav.hsc4、aav.hsc5、aav.hsc6、aav.hsc7、aav.hsc8、aav.hsc9、aav.hsc10、aav.hsc11、aav.hsc12、aav.hsc13、aav.hsc14、aav.hsc15、aav.hsc16、aav.hsc17、aavhu68及其組合。

49、在各個方面，本公開提供了一種包含如本文所述的工程化核心啟動子的細胞。

50、在各個方面，本公開提供了一種包含如本文所述的工程化應(yīng)答元件的細胞。

51、在各個方面，本公開提供了一種包含如本文所述的工程化啟動子的細胞。

52、在各個方面，本公開提供了一種包含如本文所述的重組多核苷酸的細胞。

53、在各個方面，本公開提供了一種包含如本文所述的工程化病毒載體的細胞。

54、在一些方面，細胞是靶細胞。在一些方面，細胞是患病細胞。在一些方面，細胞是中樞神經(jīng)系統(tǒng)細胞、神經(jīng)元、腎細胞、視網(wǎng)膜細胞、肝細胞、上皮細胞、肌肉細胞、紅細胞、血小板、骨髓細胞、內(nèi)皮細胞、表皮細胞、淋巴細胞、神經(jīng)膠質(zhì)細胞、間質(zhì)細胞、脂肪細胞或成纖維細胞。

55、在各個方面，本公開提供了一種藥物組合物，其包含如本文所述的工程化核心啟動子和藥學(xué)上可接受的載劑。

56、在各個方面，本公開提供了一種藥物組合物，其包含如本文所述的工程化應(yīng)答元件和藥學(xué)上可接受的載劑。

57、在各個方面，本公開提供了一種藥物組合物，其包含如本文所述的工程化啟動子和藥學(xué)上可接受的載劑。

58、在各個方面，本公開提供了一種藥物組合物，其包含如本文所述的重組多核苷酸和藥學(xué)上可接受的載劑。

59、在各個方面，本公開提供了一種藥物組合物，其包含如本文所述的工程化病毒載體和藥學(xué)上可接受的載劑。

60、在各個方面，本公開提供了一種在受試者的靶細胞中表達有效載荷的方法，所述方法包括：向所述受試者施用如本文所述的重組多核苷酸、如本文所述的病毒載體，或如本文所述的藥物組合物；將同源配體、共活化劑或輔阻遏物與重組多核苷酸的應(yīng)答元件結(jié)合，其中所述同源配體或所述共活化劑對靶細胞是特異性的，或者其中所述輔阻遏物對非靶細胞是特異性的；通過將聚合酶募集到核心啟動子來啟動有效載荷的轉(zhuǎn)錄；以及轉(zhuǎn)錄所述有效載荷，從而在所述靶細胞中表達所述有效載荷。

61、在一些方面，所述方法包括在靶細胞中以比在非靶細胞中更高的水平表達有效載荷。在一些方面，所述方法包括在靶細胞中以比在非靶細胞中更高的速率啟動轉(zhuǎn)錄。在一些方面，同源配體或共活化劑在靶細胞中的存在水平高于在非靶細胞中的存在水平。在一些方面，同源配體是轉(zhuǎn)錄因子。在一些方面，輔阻遏物在非靶細胞中的存在水平高于在靶細胞中的存在水平。在一些方面，靶細胞是靶細胞狀態(tài)，并且其中非靶細胞是非靶細胞狀態(tài)。在一些方面，靶細胞狀態(tài)是患病細胞。在一些方面，非靶細胞狀態(tài)是健康細胞。在一些方面，靶細胞是靶細胞類型，并且其中非靶細胞是非靶細胞類型。在一些方面，靶細胞類型是中樞神經(jīng)系統(tǒng)細胞、神經(jīng)元、腎細胞、視網(wǎng)膜細胞、肝細胞、上皮細胞、肌肉細胞、紅細胞、血小板、骨髓細胞、內(nèi)皮細胞、表皮細胞、淋巴細胞、神經(jīng)膠質(zhì)細胞、間質(zhì)細胞、脂肪細胞或成纖維細胞。在一些方面，非靶細胞類型是中樞神經(jīng)系統(tǒng)細胞、神經(jīng)元、腎細胞、視網(wǎng)膜細胞、肝細胞、上皮細胞、肌肉細胞、紅細胞、血小板、骨髓細胞、內(nèi)皮細胞、表皮細胞、淋巴細胞、神經(jīng)膠質(zhì)細胞、間質(zhì)細胞、脂肪細胞、成纖維細胞或其組合。

62、在各個方面，本公開提供了一種治療有需要的受試者的病癥的方法，所述方法包括：向受試者施用包含如本文所述的重組多核苷酸、如本文所述的病毒載體或如本文所述的藥物組合物的組合物；以及在受試者的靶細胞中表達由重組多核苷酸的有效載荷編碼的治療性序列，從而治療所述病癥。

63、在一些方面，靶細胞是與病癥相關(guān)的細胞類型。在一些方面，靶細胞是與病癥相關(guān)的細胞狀態(tài)。在一些方面，病癥是遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥。在一些方面，病癥是雷特綜合征(rett?syndrome)、mecp2重復(fù)綜合征、額顳葉癡呆、神經(jīng)元蠟樣脂褐質(zhì)沉積癥、癌癥、動脈粥樣硬化、阿爾茨海默病(alzheimer's?disease)、肌萎縮側(cè)索硬化癥、邊緣為主的年齡相關(guān)性tdp-43腦病或多囊腎病。在一些方面，病癥是表5中提供的病癥中的任一種。在一些方面，治療性序列編碼治療性蛋白質(zhì)。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)是神經(jīng)元蛋白質(zhì)、腎蛋白質(zhì)、視網(wǎng)膜蛋白質(zhì)、肌肉蛋白質(zhì)或凋亡誘導(dǎo)蛋白質(zhì)。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)與遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥相關(guān)。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)是mecp2、前顆粒蛋白、多囊蛋白-1或多囊蛋白-2。在一些方面，治療性蛋白質(zhì)由表5中提供的基因編碼。在一些方面，有效載荷編碼治療性多核苷酸。在一些方面，治療性多核苷酸是引導(dǎo)rna或抑制trna。在一些方面，治療性多核苷酸靶向表5中提供的基因。

64、在各個方面，本公開提供了一種鑒定可切換核心啟動子的方法，所述方法包括：將包含第一子文庫和第二子文庫的核心啟動子文庫引入細胞群；其中所述第一子文庫包含多個核心啟動子，其中所述多個核心啟動子中的核心啟動子與第一應(yīng)答元件連接，以及獨特條形碼序列；其中所述第二子文庫包含多個核心啟動子，其中所述多個啟動子中的核心啟動子與第二應(yīng)答元件連接，以及獨特條形碼序列；以及將可切換核心啟動子鑒定為當(dāng)與所述第一應(yīng)答元件配對時比當(dāng)與所述第二應(yīng)答元件配對時促進所述獨特條形碼的更高轉(zhuǎn)錄的核心啟動子。

65、在一些方面，所述方法進一步包括活化第一應(yīng)答元件。在一些方面，第二應(yīng)答元件未被活化。在一些方面，第一應(yīng)答元件是活化的應(yīng)答元件并且第二增強子序列是非活性應(yīng)答元件或未活化的應(yīng)答元件。在一些方面，第一應(yīng)答元件對細胞群是特異性的。在一些方面，細胞群是神經(jīng)元、腎細胞、肝細胞、肌肉細胞或癌細胞。在一些方面，第一應(yīng)答元件對神經(jīng)元、腎細胞、肝細胞、肌肉細胞或癌細胞是特異性的。在一些方面，第二應(yīng)答元件對神經(jīng)元、腎細胞、肝細胞、肌肉細胞或癌細胞是特異性的。在一些方面，多個核心啟動子包含工程化核心啟動子、合成核心啟動子、野生型核心啟動子、變體核心啟動子或其組合。

66、在各個方面，本公開提供了如本文所述的重組多核苷酸、如本文所述的病毒載體或如本文所述的藥物組合物；用于治療病癥的方法中，所述方法包括向受試者施用包含所述重組多核苷酸、病毒載體或藥物組合物的組合物，以及在受試者的靶細胞中表達由重組多核苷酸的有效載荷編碼的治療性序列。

67、在一些方面，所治療的病癥是遺傳病癥、神經(jīng)元病癥、腎病癥、眼部病癥、肌肉病癥或癌癥。在一些方面，病癥是雷特綜合征(rett?syndrome)、mecp2重復(fù)綜合征、額顳葉癡呆、神經(jīng)元蠟樣脂褐質(zhì)沉積癥、癌癥、動脈粥樣硬化、阿爾茨海默病(alzheimer's?disease)、肌萎縮側(cè)索硬化癥、邊緣為主的年齡相關(guān)性tdp-43腦病或多囊腎病。在一些方面，病癥是表5中提供的病癥中的任一種。

68、通過引用并入

69、本說明書中提及的所有出版物、專利和專利申請在此通過引用并入，如同每個單獨的出版物、專利或?qū)＠暾埍痪唧w地和單獨地指出通過引用并入本文的程度一樣。