Hsp90組合療法
【專利摘要】本發(fā)明涉及一種用于選擇癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分的抑制劑以與HSP90抑制劑一起向罹患癌癥的個體共投予的方法，所述方法包含以下步驟：(a)在使得來自個體的含有癌細胞的樣品中存在的一種或一種以上癌癥路徑組分結(jié)合于HSP90抑制劑或HSP90抑制劑的類似物、同源物或衍生物的條件下使所述樣品與所述HSP90抑制劑或所述HSP90抑制劑的所述類似物、同源物或衍生物接觸；(b)檢測結(jié)合于所述HSP90抑制劑或所述HSP90抑制劑的類似物、同源物或衍生物的路徑組分；(c)分析步驟(b)中所檢測的路徑組分以便鑒別如下路徑，所述路徑包括步驟(b)中所檢測的組分和所述路徑的其它組分；和(d)選擇步驟(c)中所鑒別的路徑或路徑組分的抑制劑。本發(fā)明進一步涉及一種通過共投予HSP90抑制劑和癌癥涉及路徑或其組分的抑制劑來治療癌癥患者的方法。
【專利說明】HSP90組合療法
[0001]本文所描述的本發(fā)明至少部分是通過得到國家癌癥研究所的健康與人類服務部(National Cancer Institute, Department of Health and Human Services)的授權(quán)書第 ROICA155226號的支持而進行的；并且美國政府(U.S.Government)對任何所述本發(fā)明具有權(quán)利。
[0002]在整個本申請案中，鑒別了許多公開文獻，包括已頒布和正在申請中的專利申請案、公開案等。這些文獻是以全文引用的方式并入本申請案中以幫助定義如所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的當前工藝水平。
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0003]無
【背景技術(shù)】
[0004]極大的需要了解維持癌細胞的惡性表型的分子畸變。所述了解將能夠更有選擇性地靶向促腫瘤分子并且?guī)椭_發(fā)更有效和毒性更小的抗癌治療。大部分癌癥由多種分子損傷引起，并且很可能所產(chǎn)生的冗余限制了信號傳導分子的特異性抑制劑的活性。雖然對活性路徑的組合抑制就會有較好的臨床結(jié)果，但對致癌路徑的全面鑒別目前力所不及。
[0005]基因組技術(shù)(包括大規(guī)?；蚪M測序)的應用已使得在各種癌癥中鑒別出許多基因突變，從而突出了這種疾病的復雜性(萊伊(Ley)等人，2008;帕森斯(Parsons)等人，2008)。然而，盡管這些基因分析適用于提供關(guān)于腫瘤基因構(gòu)成的信息，但其本質(zhì)上缺乏闡明因基因缺陷而異?；罨男盘杺鲗ЬW(wǎng)絡的功能復雜性的能力。因此以患者和疾病階段特異性方式鑒定腫瘤固有的分子損傷的互補蛋白質(zhì)組學方法的開發(fā)必須跟進。
[0006]大部分蛋白質(zhì)組策略限于測量特定腫瘤中的蛋白質(zhì)表達，允許鑒別與病理學病況相關(guān)的新蛋白質(zhì)，但無法提供關(guān)于這些發(fā)現(xiàn)的功能意義的信息(哈納斯(Hanash)和塔古奇(Taguchi)，2010)。一些功能信息可使用針對特定蛋白質(zhì)的抗體或翻譯后修飾并且通過使用針對某些酶的活性位點的小分子進行基于活性的蛋白質(zhì)譜分析來獲得(庫馳(Kolch)和皮特(Pitt)，2010 ;野村(Nomura)等人，2010;布雷默(Brehme)等人，2009;阿什曼(Ashman)和維拉爾(Villar)，2009)。盡管這些方法已證明適用于查詢特定路徑或翻譯后修飾，但其同樣不適于捕獲關(guān)于惡性病況的更全面信息(哈納斯和塔古奇，2010)。此外，當前蛋白質(zhì)組學方法成本高又費時。舉例來說，蛋白質(zhì)組分析經(jīng)常需要對樣品進行昂貴的SILAC標記或二維凝膠分離。
[0007]因此，需要開發(fā)捕獲關(guān)于惡性病況的重要信息的更簡單、更成本有效的蛋白質(zhì)組學方法。因為認識到分子伴侶蛋白(chaperone protein)熱休克蛋白(heat shock protein)(Hsp90)維持許多致癌蛋白(oncoprotein)呈假穩(wěn)定狀態(tài)(祖侯克(Zuehlke)和約翰遜(Johnson), 2010 ;沃克曼(Workman)等人，2007),所以Hsp90可能是開發(fā)新蛋白質(zhì)組學方法中的重要蛋白質(zhì)。
[0008]在這一假設的支持下，認識到熱休克蛋白(Hsp90)(—種起使許多蛋白質(zhì)適當?shù)卣郫B成其活性構(gòu)象作用的伴侶蛋白)在維持轉(zhuǎn)化表型中起重要作用(祖侯克和約翰遜，2010 ;沃克曼等人，2007) OHSP90和其相關(guān)共伴侶(co-chaperone)幫助細胞蛋白質(zhì)(統(tǒng)稱為“客戶蛋白(client protein)”)的正確構(gòu)象折疊，其中許多是控制細胞生長、分化、DNA損傷反應和細胞存活的信號轉(zhuǎn)導路徑的效應物。腫瘤細胞對失調(diào)蛋白質(zhì)的成癮(即通過突變、異常表達、不當細胞移位等)可因此變得決定性地取決于Hsp90 (沃克曼等人，2007)。雖然Hsp90是在大部分細胞類型和組織中表達，但卡莫爾(Kamal)等人的研究工作證明正常Hsp90和癌細胞Hsp90之間的重要區(qū)別(卡莫爾等人，2003)。具體來說，其顯示腫瘤的特征為對于某些Hsp90抑制劑具有高親和力的多伴侶復合的Hsp90，而正常組織具有對于這些抑制劑具有低親和力的潛在、未復合的Hsp90。
[0009]Hsp90的許多客戶蛋白還在數(shù)種病理(包括癌癥)的疾病發(fā)作和進展中起主要作用。(懷特賽(Whitesell)和林德奎斯特(Lindquist),自然評論:癌癥(Nat RevCancer) 2005.5，761 ;沃克曼等人，紐約科學研究會年報(Ann NY Acad Sci) 2007.1113，202 ；羅(Luo)等人，分子神經(jīng)退化(Mol Neurodegener) 2010, 5，24。)因此，還顯著關(guān)注Hsp90抑制劑在癌癥治療中的應用。(塔爾多內(nèi)(Taldone)等人，藥理學見解(OpinPharmacol) 2008, 8, 370 ;加寧(Janin),最新藥物發(fā)現(xiàn)(Drug Discov Today) 2010, 15, 342?)
[0010]基于上文所闡述的一堆證據(jù)，我們假設可鑒別與Hsp90相關(guān)的關(guān)鍵致癌蛋白的蛋白質(zhì)組學方法可提供對個別腫瘤的生物學的全面了解并且可廣泛應用于開發(fā)新的癌癥療法。因此，本發(fā)明提供用于鑒別與Hsp90相關(guān)的致癌蛋白的工具和方法。此外，本發(fā)明提供用于鑒別用于癌癥患者的治療方案的方法。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0011]本發(fā)明涉及 如下發(fā)現(xiàn):能夠靶向腫瘤富集的Hsp90復合物的小分子(例如Hsp90抑制劑)可用于親和力捕獲Hsp90依賴性致癌客戶蛋白。后續(xù)鑒別結(jié)合生物信息分析能夠產(chǎn)生轉(zhuǎn)化特異性損傷的詳細分子圖譜。這一圖譜可指導對于特定患者最佳有效的組合療法的開發(fā)。所述分子圖譜具有某些優(yōu)于更常見基因標志方法的優(yōu)點，因為大部分抗癌劑是靶向蛋白質(zhì)而非基因的小分子，并且許多靶向特定分子變化的小分子目前正在藥物開發(fā)階段。
[0012]因此，本發(fā)明涉及基于Hsp90抑制劑的化學生物學/蛋白質(zhì)組學方法，其結(jié)合生物信息分析來發(fā)現(xiàn)致癌蛋白和路徑。我們表明所述方法可提供惡性細胞中的Hsp90依賴性蛋白質(zhì)組的腫瘤逐一全面概述，所述蛋白質(zhì)組包含許多關(guān)鍵信號傳導網(wǎng)絡并且認為是代表相當大部分功能惡性蛋白質(zhì)組。
[0013]本發(fā)明提供可親和力捕獲Hsp90依賴性致癌客戶蛋白的小分子探針。另外，本發(fā)明提供利用分子探針親和力捕獲Hsp90依賴性致癌客戶蛋白的能力來設計蛋白質(zhì)組學方法的方法，所述蛋白質(zhì)組學方法在結(jié)合生物信息路徑分析時鑒別不同類型癌癥中的失調(diào)信號傳導網(wǎng)絡和關(guān)鍵致癌蛋白。
[0014]一方面，本發(fā)明提供衍生自基于嘌呤和嘌呤樣(例如ro-H71、MPC-3100、德拜(Debio) 0932)、異噁唑(例如NVP-AUY922)和吲唑~4~酮(例如SNX-2112)化學種類的Hsp90抑制劑的小分子探針(參見圖3)。在一個實施例中，Hsp90抑制劑是PU-H71，8-(6-碘-苯并[1，3] 二氧雜環(huán)戊烯-5-基硫基)-9-(3-異丙基氨基-丙基)-9H-嘌呤-6-基胺(參見圖3)。TO-H71分子可通過拴系物(tether)或連接子連接于固體載體(例如珠粒)。選擇連接位點和拴系長度以確保分子維持對于Hsp90的高親和力。在一個特定實施例中，基于TO-H71的分子探針具有圖30中所示的結(jié)構(gòu)。連接于固體載體的Hsp90抑制劑的其它實施例展示于圖32-35和38中。所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員應了解，與看家Hsp90復合物相比，分子維持對于致癌Hsp90復合物物質(zhì)的更高親和力。兩種Hsp90物質(zhì)如莫里克(Moulick)等人，自然:化學生物學(Nature chemical biology) (2011)中所定義。當結(jié)合于Hsp90時，Hsp90抑制劑捕獲呈客戶蛋白結(jié)合構(gòu)象的Hsp90。
[0015]另一方面，本發(fā)明提供鑒別與Hsp90相關(guān)的特定致癌蛋白的方法，所述致癌蛋白與癌癥的發(fā)展和進展有關(guān)。所述方法涉及使來自罹患癌癥的個體的含有癌細胞的樣品與Hsp90抑制劑接觸，并且檢測結(jié)合于所述Hsp90抑制劑的致癌蛋白。在特定實施例中，Hsp90抑制劑連接于固體載體，例如珠粒。在這些實施例中，可將結(jié)合于固體載體的Hsp90蛋白所具有的致癌蛋白洗脫于緩沖液中并提交標準SDS-PAGE，并且可通過傳統(tǒng)手段分離和分析所洗脫的蛋白質(zhì)。在所述方法的一些實施例中，致癌蛋白的檢測包含使用質(zhì)譜法。有利的是，本發(fā)明的方法不需要對樣品進行昂貴的SILAC標記或二維分離。
[0016]在本發(fā)明的某些實施例中，路徑組分的分析包含使用生物信息計算機程序，例如用來定義所述組分網(wǎng)絡的組分。
[0017]本發(fā)明的方法可用于確定與各種類型的癌癥相關(guān)的致癌蛋白，包括(但不限于)乳癌、肺癌(包括小細胞肺癌和非小細胞肺癌)、子宮頸癌、結(jié)腸癌、絨膜癌、膀胱癌、子宮頸癌、基底細胞癌、絨膜癌、結(jié)腸癌、結(jié)腸直腸癌、子宮內(nèi)膜癌、食道癌、胃癌、頭頸部癌、急性淋巴細胞癌(acute lymphocytic cancer, ACL)、骨髓性白血病(包括急性骨髓性白血病(acute myeloid leukemia, AML)和慢性骨髓性白血病(chronic myeloid leukemia, CML))、多發(fā)性骨髓瘤、T細胞白血病淋巴瘤、肝癌、淋巴瘤(包括霍奇金氏病(Hodgkin’s disease)、淋巴細胞性淋巴瘤、神經(jīng)母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤和彌漫性大B細胞淋巴瘤)、口腔癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、直腸癌、肉瘤、皮膚癌(例如黑色素瘤)、睪丸癌、甲狀腺癌、腎癌、脊髓增生性病癥、胃腸癌(包括胃腸基質(zhì)腫瘤)、食道癌、胃癌、膽囊癌、肛門癌、腦腫瘤(包括神經(jīng)膠質(zhì)瘤)、淋巴瘤(包括濾泡性淋巴瘤和彌漫性大B細胞淋巴瘤)。另外，本發(fā)明提供用于鑒別與特定癌癥相關(guān)的失調(diào)信號傳導網(wǎng)絡的蛋白質(zhì)組學方法。另外，所述方法可用于鑒別新的致癌蛋白和機制。
[0018]另一方面，本發(fā)明的方法可用于提供用于設計癌癥患者的個人化療法的合理基礎(chǔ)。個人化癌癥治療方法是基于如下前提:個別癌癥患者將具有造成疾病發(fā)展和進展的不同因素。舉例來說，如通過目前可用的方法所確定，不同的致癌蛋白和/或癌癥涉及路徑可造成疾病的發(fā)作和后續(xù)進展，即使當考慮具有相同癌癥類型和處于相同進展階段的患者時。此外，致癌蛋白和癌癥涉及路徑經(jīng)常在個別癌癥患者中隨疾病進展而改變。因此，癌癥治療方案在理論上應達到以個體為基礎(chǔ)治療患者的目標。通過使用所述個體化方法所確定的治療方案將允許抗腫瘤活性增強并且毒性更小和化療或放射更少。
[0019]因此，一方面，本發(fā)明提供以個體為基礎(chǔ)鑒別癌癥患者的治療方案的方法。所述方法涉及使來自罹患癌癥的個體的含有癌細胞的樣品與Hsp90抑制劑接觸，檢測結(jié)合于所述Hsp90抑制劑的致癌蛋白，并選擇靶向至少一種結(jié)合于Hsp90抑制劑的致癌蛋白的癌癥療法。在某些方面，可根據(jù)結(jié)合于Hsp90的致癌蛋白的鑒別來選擇藥物組合。本發(fā)明的方法可用于鑒別各種不同癌癥的治療方案，包括(但不限于)乳癌、肺癌、腦癌、子宮頸癌、結(jié)腸癌、絨膜癌、膀胱癌、子宮頸癌、絨膜癌、結(jié)腸癌、子宮內(nèi)膜癌、食道癌、胃癌、頭頸部癌、急性淋巴細胞癌(ACL)、骨髓性白血病、多發(fā)性骨髓瘤、T細胞白血病淋巴瘤、肝癌、淋巴瘤(包括霍奇金氏病和淋巴細胞性淋巴瘤、神經(jīng)母細胞瘤)、口腔癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、直腸癌、肉瘤、皮膚癌、睪丸癌、甲狀腺癌和腎癌。
[0020]另一方面，方法涉及使來自罹患癌癥的個體的含有癌細胞的樣品與Hsp90抑制劑接觸，檢測結(jié)合于所述Hsp90抑制劑的致癌蛋白，確定與這些致癌蛋白相關(guān)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡并選擇靶向來自結(jié)合于Hsp90抑制劑的致癌蛋白網(wǎng)絡的至少一種分子的癌癥療法。
[0021]在某些方面，可根據(jù)結(jié)合于Hsp90的致癌蛋白的鑒別來選擇藥物組合。在其它方面，可根據(jù)與結(jié)合于Hsp90的致癌蛋白相關(guān)的網(wǎng)絡的鑒別來選擇藥物組合。本發(fā)明的方法可用于鑒別各種不同癌癥的治療方案，包括(但不限于)乳癌、肺癌、腦癌、子宮頸癌、結(jié)腸癌、絨膜癌、膀胱癌、子宮頸癌、絨膜癌、結(jié)腸癌、子宮內(nèi)膜癌食道癌、胃癌、頭頸部癌、急性淋巴細胞癌(ACL)、骨髓性白血病、多發(fā)性骨髓瘤、T細胞白血病淋巴瘤、肝癌、淋巴瘤(包括霍奇金氏病和淋巴細胞性淋巴瘤神經(jīng)母細胞瘤)、口腔癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、直腸癌、肉瘤、皮膚癌、睪丸癌、甲狀腺癌和腎癌。
[0022]在本發(fā)明的一個實施例中，在使用上述方法鑒別癌癥患者的個人化治療方案后，向所述患者投予所選的藥物或藥物組合。在服用所選藥物或藥物組合的足夠量的時間后，可從患者取得另一樣品并且可再次進行本發(fā)明的分析以確定患者的致癌概況(oncogenicprofile)是否改變。必要時，可改變藥物劑量或可鑒別新的治療方案。因此，本發(fā)明提供監(jiān)測癌癥患者隨時間進展和根據(jù)需要改變治療方案的方法。
[0023]另一方面，本發(fā)明的方法可用于提供用于設計圍繞Hsp90抑制劑所構(gòu)建的癌癥患者的個人化組合性療法的合理基礎(chǔ)。所述治療方案可允許抗腫瘤活性增強并且毒性更小和化療更少。靶向Hsp90和互補腫瘤驅(qū)動路徑可提供較好的抗腫瘤策略，因為數(shù)條數(shù)據(jù)線表明完全抑制致癌靶可能是治療活性的關(guān)鍵，同時限制腫瘤適應和逐漸形成抗藥性的能力。
[0024]因此，本發(fā)明提供一種用于選擇癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分的抑制劑以與HSP90抑制劑一起向罹患癌癥的個體共投予的方法，所述方法包含以下步驟:
[0025](a)使來自所述個體的含有癌細胞的樣品與以下接觸:⑴當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中存在的癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的Hsp90抑制劑；或(ii)當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中的所述癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物；
[0026](b)檢測結(jié)合于Hsp90的路徑組分；
[0027](C)分析步驟(b)中所檢測的路徑組分以便鑒別包括步驟(b)中所檢測的組分和所述路徑的其它組分的路徑；和
[0028](d)選擇步驟(C)中所鑒別的路徑或路徑組分的抑制劑。
[0029]關(guān)于本發(fā)明，癌癥涉及路徑是與代謝、基因信息加工、環(huán)境信息加工、細胞過程或有機體系統(tǒng)有關(guān)的路徑，包括表I中所列的任何路徑。
[0030]在本發(fā)明的實踐中，癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分與選自由以下組成的群組的癌癥有關(guān):結(jié)腸直腸癌、胰臟癌、甲狀腺癌、白血病(包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病)、基底細胞癌、黑色素瘤、腎細胞癌、膀胱癌、前列腺癌、肺癌(包括小細胞肺癌和非小細胞肺癌)、乳癌、神經(jīng)母細胞瘤、脊髓增生性病癥、胃腸癌(包括胃腸基質(zhì)腫瘤、食道癌、胃癌)、肝癌、膽囊癌、肛門癌、腦腫瘤(包括神經(jīng)膠質(zhì)瘤)、淋巴瘤(包括濾泡性淋巴瘤和彌漫性大B細胞淋巴瘤)和婦科癌癥(包括卵巢癌、子宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌)。舉例來說，癌癥涉及路徑的組分和/或路徑可以是圖1中所鑒別的任何組分。
[0031]在涉及個人化醫(yī)學的一個優(yōu)選實施例中，在步驟(a)中個體是與癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分的抑制劑待投予對象相同的個體，但本發(fā)明在步驟(a)中還預期個體是癌癥參照個體。
[0032]在本發(fā)明的實踐中，在步驟(a)中樣品包含任何腫瘤組織或任何生物流體，例如血液。
[0033]適合用于本發(fā)明中的樣品包括(但不限于)受到破壞的癌細胞、經(jīng)過溶解的癌細胞和經(jīng)過聲波處理的癌細胞。
[0034]關(guān)于本發(fā)明的實踐，待向個體投予的Hsp90抑制劑可與以下相同或不同:(a)所用的Hsp90抑制劑，或(b)步驟(a)中所用的Hsp90抑制劑、Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物。
[0035]在一個實施例中，其中待向個體投予的Hsp90抑制劑是ro_H71或具有PU-H71的生物活性的PU-H71的類似物、同源物或衍生物。
[0036]在另一個實施例中，PU-H71是所用的Hsp90抑制劑，或是步驟(a)中所用的Hsp90抑制劑、其類似物、同源物或衍生物?；蛘?，Hsp90抑制劑可以是選自由圖3中所示的化合物組成的群組。
[0037]在一個實施例中，在步驟(a)中Hsp90抑制劑或Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物優(yōu)選地固定于固體載體(例如珠粒)上。
[0038]在某些實施例中，在步驟(b)中路徑組分的檢測包含使用質(zhì)譜法，并且在步驟(C)中路徑組分的分析包含使用生物信息計算機程序。
[0039]在本發(fā)明的一個實例中，癌癥是淋巴瘤，并且在步驟(C)中所鑒別的路徑組分是Syk。在另一個實例中，癌癥是慢性骨髓性白血病(CML)并且在步驟(c)中所鑒別的路徑或路徑組分是圖15中所示的網(wǎng)絡中的任一種所示的路徑或組分，例如圖15中所鑒別的以下路徑組分中的一種，即 mTOR、IKK、MEK、NF κ B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-U bcr-abl,Btk、CARMl或c-MYC。在一個這種實例中，在步驟(c)中所鑒別的路徑組分是mTOR并且在步驟(d)中所選擇的抑制劑是PP242。在另一個這種實例中，在步驟(c)中所鑒別的路徑是選自以下路徑的路徑:PDK/mT0R-、NF κ B-、MAPK-, STAT-, FAK-, MYC和TGF- β介導的信號傳導路徑。在本發(fā)明的另一個實例中，癌癥是淋巴瘤，并且在步驟(c)中所鑒別的路徑組分是Btk。在又一個實例中，癌癥是胰臟癌，并且在步驟(c)中所鑒別的路徑或路徑組分是圖16和圖24的網(wǎng)絡1-10中的任一種所示的路徑或路徑組分。在另一個實例中，在步驟(c)中所鑒別的路徑和路徑組分是mTOR，并且在其一個實例中，在步驟(d)中所選擇的mTOR抑制劑是PP242。本發(fā)明還提供一種治療罹患癌癥的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)癌癥涉及路徑的組分的抑制劑，所述抑制劑在(B)中不需要但可以通過本文所描述的方法來選擇。因此，本發(fā)明提供一種治療方法，其中共投予包含同時、伴隨、依序或附加投予(A)中的抑制劑和(B)中的抑制劑。治療罹患癌癥的個體的方法的一個實例包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)Btk抑制劑。治療罹患癌癥的個體的方法的另一個實例包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)Syk抑制劑。在所述方法中，癌癥可以是淋巴瘤。治療罹患慢性骨髓性白血病(CML)的個體的方法的另一個實例包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)mTOR、IKK、MEK、NF κ B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-1、bcr-abl、CARMl、CAMKII或c_MYC中的任一種的抑制劑。在本發(fā)明的一個實施例中，(B)中的抑制劑是mTOR抑制劑。在上述方法的另一個實施例中，在(a)中Hsp90抑制劑或所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物的結(jié)合捕獲呈癌癥路徑組分結(jié)合狀態(tài)的Hsp90。此外，本發(fā)明提供一種治療罹患胰臟癌的個體的方法，所述方法包含所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)圖16和24中所示的網(wǎng)絡中的任一種所示的路徑或路徑組分的抑制劑。本發(fā)明還提供一種治療罹患乳癌的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)圖22中所示的網(wǎng)絡中的任一種所示的路徑或路徑組分的抑制劑。此外，本發(fā)明提供一種治療罹患淋巴瘤的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)圖23中所示的網(wǎng)絡中的任一種所示的路徑或路徑組分的抑制劑。在立即進行的方法中，⑶中的抑制劑可以是mTOR抑制劑，例如PP242。此外，本發(fā)明提供一種治療罹患慢性骨髓性白血病(CML)的個體的方法，所述方法包含所述個體投予CARMl抑制劑。在另一個實施例中，本發(fā)明提供一種用于鑒別罹患癌癥的個體的癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的一種或一種以上組分的方法，所述方法包含:
[0040](a)使來自所述個體的含有癌細胞的樣品與以下接觸:⑴當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中存在的癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的Hsp90抑制劑；或(ii)當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中的所述癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物；
[0041](b)檢測結(jié)合于Hsp90的路徑組分，以便由此鑒別癌癥涉及路徑或所述一種或一種以上路徑組分。在這個實施例中，癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分可與選自由以下組成的群組的任何癌癥有關(guān):結(jié)腸直腸癌、胰臟癌、甲狀腺癌、白血病(包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病)、基底細胞癌、黑色素瘤、腎細胞癌、膀胱癌、前列腺癌、肺癌(包括小細胞肺癌和非小細胞肺癌)、乳癌、神經(jīng)母細胞瘤、脊髓增生性病癥、胃腸癌(包括胃腸基質(zhì)腫瘤、食道癌、胃癌)、肝癌、膽囊癌、肛門癌、腦腫瘤(包括神經(jīng)膠質(zhì)瘤)、淋巴瘤(包括濾泡性淋巴瘤和彌漫性大B細胞淋巴瘤)和婦科癌癥(包括卵巢癌、子宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌)。此外，在步驟(a)中樣品可包含腫瘤組織或生物流體，例如血液。在某些實施例中，在步驟(a)中樣品可包含受到破壞的癌細胞、經(jīng)過溶解的癌細胞或經(jīng)過聲波處理的癌細胞。然而，可使用其它形式的細胞。
[0042]在這種方法的實踐中，Hsp90抑制劑可以是ro_H71或PU-H71的類似物、同源物或衍生物，盡管PU-H71是目前優(yōu)選的抑制劑。然而，在本發(fā)明的實踐中，Hsp90抑制劑可以是選自由圖3中所示的化合物組成的群組。在一個實施例中，在步驟(a)中Hsp90抑制劑或Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物固定于固體載體(例如珠粒)上；和/或在步驟(b)中路徑組分的檢測包含使用質(zhì)譜法；和/或在步驟(c)中路徑組分的分析包含使用生物信息計算機程序。
[0043]在本發(fā)明的一個合乎需要的實施例中，在(a)中Hsp90抑制劑或所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物的結(jié)合捕獲呈癌癥路徑組分結(jié)合狀態(tài)的Hsp90。
[0044]本發(fā)明還提供一種用于進行所述方法的試劑盒，所述試劑盒包含固定于固體載體(例如珠粒)上的Hsp90抑制劑。通常，所述試劑盒將另外包含對照物珠粒、緩沖溶液和使用說明書。本發(fā)明還提供一種固定于固體載體上的Hsp90抑制劑，其中所述抑制劑適用于本文所描述的方法。一個實例是所述抑制劑是PU-H71。另一方面，本發(fā)明提供一種具有以下結(jié)構(gòu)的化合物:
[0045]
【權(quán)利要求】
1.一種用于選擇癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分的抑制劑以與HSP90抑制劑一起向罹患癌癥的個體共投予的方法，所述方法包含以下步驟: (a)使來自所述個體的含有癌細胞的樣品與以下接觸:(i)當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中存在的癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的Hsp90抑制劑；或(ii)當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中的所述癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物； (b)檢測結(jié)合于Hsp90的路徑組分； (c)分析步驟(b)中所檢測的路徑組分以便鑒別如下路徑，其包括步驟(b)中所檢測的組分和所述路徑的其它組分；和 (d)選擇步驟(c)中所鑒別的路徑或路徑組分的抑制劑。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述癌癥涉及路徑是與代謝、遺傳信息加工、環(huán)境信息加工、細胞過程或有機體系統(tǒng)有關(guān)的路徑。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述癌癥涉及路徑是表1中所列之路徑。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述癌癥涉及路徑或所述癌癥涉及路徑的組分與選自由以下組成的群組的癌癥有關(guān):結(jié)腸直腸癌、胰臟癌、甲狀腺癌、包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病的白血病、基底細胞癌、黑色素瘤、腎細胞癌、膀胱癌、前列腺癌、包括小細胞肺癌和非小細胞肺癌的肺癌、乳癌、神經(jīng)母細胞瘤、脊髓增生性病癥、包括胃腸基質(zhì)腫瘤、食道癌、胃 癌的胃腸癌、肝癌、膽囊癌、肛門癌、包括神經(jīng)膠質(zhì)瘤的腦腫瘤、包括濾泡性淋巴瘤和彌漫性大B細胞淋巴瘤的淋巴瘤、以及包括卵巢癌、子宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌的婦科癌癥。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中所述癌癥涉及路徑的組分和/或所述路徑是在圖1中鑒別。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中所述個體是與所述癌癥涉及路徑或所述癌癥涉及路徑的組分的抑制劑待投予對象相同的個體。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中所述個體是癌癥參照個體。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中所述樣品包含腫瘤組織。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中所述樣品包含生物流體。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述生物流體是血液。
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中所述樣品包含受到破壞的癌細胞。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其中所述受到破壞的癌細胞是經(jīng)過溶解的癌細胞。
13.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其中所述受到破壞的癌細胞是經(jīng)過聲波處理的癌細胞。
14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中待向所述個體投予的所述Hsp90抑制劑與以下相同:(a)所用的Hsp90抑制劑，或(b)步驟(a)中所用的Hsp90抑制劑、Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物。
15.如權(quán)利要求1所述的方法，其中待向所述個體投予的所述Hsp90抑制劑與以下不同:(a)所用的Hsp90抑制劑，和(b)步驟(a)中所用的Hsp90抑制劑、其類似物、同源物或衍生物。
16.根據(jù)權(quán)利要求1、14或15所述的方法，其中待向所述個體投予的所述Hsp90抑制劑是TO-H71或具有PU-H71的生物活性的ro-H71的類似物、同源物或衍生物。
17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的方法，其中待向所述個體投予的所述Hsp90抑制劑是PU-H71。
18.如權(quán)利要求1、14或15所述的方法，其中ro-H71是所用的Hsp90抑制劑，或是步驟(a)中所用的Hsp90抑制劑、其類似物、同源物或衍生物。
19.根據(jù)權(quán)利要求1、14或15所述的方法，其中所述Hsp90抑制劑是選自由圖3中所示的化合物組成的群組。
20.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中所述Hsp90抑制劑或所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物是固定于固體載體上。
21.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(b)中所述路徑組分的檢測包含使用質(zhì)譜法。
22.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(c)中所述路徑組分的分析包含使用生物信息學計算機程序。
23.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述癌癥是淋巴瘤，并且在步驟(c)中所鑒別的路徑組分是Syk。
24.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述癌癥是慢性骨髓性白血病(CML)并且在步驟(c)中所鑒別的路徑或路徑組分是圖15中所示的任一種網(wǎng)絡中所示的路徑或組分。
25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中在步驟(c)中所鑒別的路徑組分是mTOR、IKK、MEK, NF κ B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-1、bcr-abl、Btk、CARMl 或 c_MYC。
26.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中在步驟(c)中所鑒別的路徑組分是mTOR并且在步驟(d)中所選擇的抑制劑是PP242。
27.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中在步驟(c)中所鑒別的路徑是選自以下路徑的路徑:PI3K/mT0R-、NF κ B-、MAPK-, STAT-, FAK-, MYC 和 TGF- β 介導的信號傳導路徑。
28.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述癌癥是淋巴瘤，并且在步驟(c)中所鑒別的路徑組分是Btk。
29.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述癌癥是胰臟癌，并且在步驟(c)中所鑒別的路徑或路徑組分是圖16和圖24的網(wǎng)絡1-10中的任一種所示的路徑或路徑組分。
30.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(c)中所鑒別的路徑和路徑組分是mTOR。
31.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中在步驟(d)中所選擇的mTOR抑制劑是PP242。
32.—種治療罹患癌癥的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)癌癥涉及路徑的組分的抑制劑。
33.根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法，其中⑶中的所述抑制劑是通過根據(jù)權(quán)利要求1到31中任一權(quán)利要求所述的方法來選擇。
34.根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法，其中共投予包含同時、伴隨、依序或附加投予(A)中的所述抑制劑和(B)中的所述抑制劑。
35.一種治療罹患癌癥的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)Btk抑制劑。
36.一種治療罹患癌癥的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B) Syk抑制劑。
37.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述癌癥是淋巴瘤。
38.一種治療罹患慢性骨髓性白血病(CML)的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A) Hsp90 抑制劑和(B)mTOR, IKK、MEK、NFk B、STAT3、STAT5A、STAT5B、Raf-Ubcr-abl、CARMl、CAMKII或c_MYC中的任一種的抑制劑。
39.根據(jù)權(quán)利要求38所述的方法，其中⑶中的所述抑制劑是mTOR抑制劑。
40.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在(a)中所述Hsp90抑制劑或所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物的結(jié)合捕獲呈癌癥路徑組分結(jié)合狀態(tài)的Hsp90。
41.一種治療罹患胰臟癌的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)圖16和24中所示的任一種網(wǎng)絡中所示的路徑或路徑組分的抑制劑。
42.一種治療罹患乳癌的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)圖22中所示的任一種網(wǎng)絡中所示的路徑或路徑組分的抑制劑。
43.一種治療罹患淋巴瘤的個體的方法，所述方法包含向所述個體共投予(A)Hsp90抑制劑和(B)圖23中所示的任一種網(wǎng)絡中所示的路徑或路徑組分的抑制劑。
44.根據(jù)權(quán)利要求41、42或43所述的方法，其中(B)中的所述抑制劑是mTOR抑制劑。
45.根據(jù)權(quán)利要求44所述的方法，其中所述mTOR抑制劑是PP242。
46.一種治療罹患慢性骨髓性白血病(CML)的個體的方法，所述方法包含向所述個體投予CARMl抑制劑。
47.一種用于鑒別摧患癌癥的個體中的癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的一種或一種以上組分的方法，所述方法包含: (a)使來自所述個體的含有癌細胞的樣品與以下接觸:(i)當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中存在的癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的Hsp90抑制劑；或(ii)當所述Hsp90結(jié)合于所述樣品中的所述癌癥路徑組分時結(jié)合于Hsp90的所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物； (b)檢測結(jié)合于Hsp90的路徑組分； 以便由此鑒別所述癌癥涉及路徑或所述一種或一種以上路徑組分。
48.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中所述癌癥涉及路徑或所述癌癥涉及路徑的組分與選自由以下組成的群組的癌癥有關(guān):結(jié)腸直腸癌、胰臟癌、甲狀腺癌、包括急性骨髓性白血病和慢性骨髓性白血病的白血病、基底細胞癌、黑色素瘤、腎細胞癌、膀胱癌、前列腺癌、包括小細胞肺癌和非小細胞肺癌的肺癌、乳癌、神經(jīng)母細胞瘤、脊髓增生性病癥、包括胃腸基質(zhì)腫瘤、食道癌、胃癌的胃腸癌、肝癌、膽囊癌、肛門癌、包括神經(jīng)膠質(zhì)瘤的腦腫瘤、包括濾泡性淋巴瘤和彌漫性大B細胞淋巴瘤的淋巴瘤、以及包括卵巢癌、子宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌的婦科癌癥。
49.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中在步驟(a)中所述樣品包含腫瘤組織。
50.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中在步驟(a)中所述樣品包含生物流體。
51.根據(jù)權(quán)利要求50所述的方法，其中所述生物流體是血液。
52.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中在步驟(a)中所述樣品包含受到破壞的癌細胞。
53.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述受到破壞的癌細胞是經(jīng)過溶解的癌細胞。
54.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述受到破壞的癌細胞是經(jīng)過聲波處理的癌細胞。
55.根據(jù)權(quán)利要求47到54中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述Hsp90抑制劑是TO-H71或PU-H71的類似物、同源物或衍生物。
56.根據(jù)權(quán)利要求55所述的方法，其中所述Hsp90抑制劑是TO-H71。
57.根據(jù)權(quán)利要求47到55中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述Hsp90抑制劑是選自由圖3中所示的化合物組成的群組。
58.根據(jù)權(quán)利要求47到57中任一權(quán)利要求所述的方法，其中在步驟(a)中所述Hsp90抑制劑或所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物是固定于固體載體上。
59.根據(jù)權(quán)利要求47到58中任一權(quán)利要求所述的方法，其中在步驟(b)中所述路徑組分的檢測包含使用質(zhì)譜法。
60.根據(jù)權(quán)利要求47到59中任一權(quán)利要求所述的方法，其中在步驟(c)中所述路徑組分的分析包含使用生物信息學計算機程序。
61.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中在(a)中所述Hsp90抑制劑或所述Hsp90抑制劑的類似物、同源物或衍生物的結(jié)合捕獲呈癌癥路徑組分結(jié)合狀態(tài)的Hsp90。
62.一種用于進行根據(jù)權(quán)利要求1到22或47到60中任一權(quán)利要求所述的方法的試劑盒，所述試劑盒包含固定于固體載體上的Hsp90抑制劑。
63.根據(jù)權(quán)利要求62所述的試劑盒，其進一步包含對照物珠粒、緩沖溶液和使用說明書。
64.一種固定于固體載體上的Hsp90抑制劑，其中所述抑制劑適用于根據(jù)權(quán)利要求1或47所述的方法。
65.根據(jù)權(quán)利要求64所述的抑制劑，其中所述抑制劑是TO-H71。
66.一種固定于固體載體上的TO-H71。
67.一種具有以下結(jié)構(gòu)的化合物，
68.一種用于選擇癌癥涉及路徑或癌癥涉及路徑的組分的抑制劑的方法，所述方法包含依據(jù)權(quán)利要求44的方法鑒別所述癌癥涉及路徑或所述路徑的一種或一種以上組分，然后選擇所述路徑或所述組分的抑制劑。
69.一種治療個體的方法，所述方法包含依據(jù)權(quán)利要求68的方法選擇抑制劑并向所述個體投予所述抑制劑。
70.根據(jù)權(quán)利要求69所述的方法，其進一步包含向所述個體投予所述抑制劑和Hsp90抑制劑。
71.根據(jù)權(quán)利要求68或69所述的方法，其中所述投予是重復實現(xiàn)的。
72.根據(jù)權(quán)利要求47或68所述的方法，其中所述方法對同一個體進行至少兩次。
73.一種用于監(jiān)測用Hsp90抑制劑治療癌癥的功效的方法，所述方法包含測量作為與所述癌癥有關(guān)的路徑的組分的生物標記的變化。
74.根據(jù)權(quán)利要求73所 述的方法，其中所述生物標記是通過根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法鑒別的組分。
75.一種用于監(jiān)測用Hsp90抑制劑和與所述癌癥有關(guān)且Hsp90抑制的路徑的組分的第二抑制劑兩者治療癌癥的功效的方法，所述方法包含監(jiān)測作為所述路徑的組分的生物標記的變化。
76.根據(jù)權(quán)利要求75所述的方法，其中所述生物標記是由所述第二抑制劑抑制的路徑的組分。
77.一種用于鑒別癌癥療法的新靶的方法，所述方法包含通過根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法鑒別與所述癌癥有關(guān)的路徑的組分，其中如此鑒別的組分先前尚未與所述癌癥有關(guān)。
【文檔編號】C12Q1/68GK103998935SQ201280030064
【公開日】2014年8月20日 申請日期:2012年4月27日 優(yōu)先權(quán)日:2011年4月28日
【發(fā)明者】加布里拉·奇奧斯 申請人:斯隆-凱特林癌癥研究所