用于生物網(wǎng)絡(luò)的人群驗(yàn)證的系統(tǒng)和方法【專利摘要】提供了用于策劃和傳播網(wǎng)絡(luò)模型的系統(tǒng)和方法。提供網(wǎng)絡(luò)模型的表示，并且接收表示用戶動(dòng)作的數(shù)據(jù)。用戶動(dòng)作被導(dǎo)向至所述網(wǎng)絡(luò)模型的至少一個(gè)元素?；跒橄鄳?yīng)的元素接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目而將得分分配給每個(gè)相應(yīng)的元素。具有超出驗(yàn)證閾值的分配的得分的邊的驗(yàn)證的子集被識(shí)別，并且具有低于拒絕閾值的分配的得分的邊的拒絕的子集被識(shí)別。邊和相關(guān)聯(lián)的節(jié)點(diǎn)的驗(yàn)證的子集作為策劃的網(wǎng)絡(luò)模型被提供，該模型省略了邊的拒絕的子集。【專利說明】用于生物網(wǎng)絡(luò)的人群驗(yàn)證的系統(tǒng)和方法【
背景技術(shù)：
】[0001]近20年來，眾包計(jì)劃已用來利用和集中廣泛的各種各樣的技術(shù)社區(qū)的專長來解決稱之為“挑戰(zhàn)”的具體問題。這些挑戰(zhàn)已解決了就像預(yù)測(cè)電影的觀眾評(píng)價(jià)(Netflix挑戰(zhàn))、知識(shí)發(fā)現(xiàn)與數(shù)據(jù)挖掘(KDDcup,www.kdd.0rg/kddcup/,[KohaviR、BrodleyCE、FrascaB、MasonL、ZhengZ.,aKDD-Cup2000organizers’report:peelingtheon1n”，ACMSIGKDDExplorat1nsNewsletter，2000年第2(2)期第86-93頁])，微陣列和下一代測(cè)序(MAQC，www.fda.gov/MicroArrayQC/,[ShiL、CampbellG、JonesWD等人?！癟heMicroarrayQualityControl(MAQC)-1Istudyofcommonpracticesforthedevelopmentandvalidat1nofmicroarray-basedpredictivemodels”(EI)，2010])和蛋白質(zhì)折疊(FoIdIt,www.fold.1t,[GoodBM、SuAl,“Gameswithascientificpurpose”，GenomeB1logy，2011年第12(12)期第135頁])那樣多樣化且勞動(dòng)密集的話題。基于人群的方案還嘗試在諸如B1Carta(www.b1carta.com/)或WikiPathways(www.wikipathways.0rg的常用數(shù)據(jù)倉庫中收集科學(xué)知識(shí)[PicoAR、KelderT、vanIerselMP、HanspersK、ConklinBR、EveloC,uWikiPathways:pathwayeditingforthepeople”，PLoSb1logy，2008年7月22日第6(7)期:el84])。然而，這些方案對(duì)于在驗(yàn)證可通過結(jié)合大量的出版物中報(bào)道的數(shù)據(jù)而得出的知識(shí)的過程中使用來說不夠穩(wěn)健。復(fù)雜的關(guān)系數(shù)據(jù)不能通過經(jīng)典的同行評(píng)審過程來容易地評(píng)估[MeyerP、AlexopoulosLG、BonkT等人，“Verificat1nofsystemsb1logyresearchintheageofcollaborativecompetit1n，，，NatB1technol.，2011年9月第29(9)期第811-815頁]。本發(fā)明提供了一種系統(tǒng)，該系統(tǒng)可以解決正面臨
技術(shù)領(lǐng)域：
中數(shù)據(jù)和出版物的爆炸性增長的科學(xué)家和工程師的需求。【
發(fā)明內(nèi)容】[0002]如上所述，當(dāng)由許多研究者在短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生關(guān)于單一復(fù)雜話題的各個(gè)相關(guān)方面的大量定量數(shù)據(jù)時(shí)，用于由指定的個(gè)人驗(yàn)證知識(shí)的早期解決方案可能無法達(dá)到所要求的速度?！旧暾?qǐng)人】已認(rèn)識(shí)到，通過使用計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)可以有利于由一群策劃網(wǎng)絡(luò)模型并傳播所得到的策劃的網(wǎng)絡(luò)模型。本文所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品通過包括來自多個(gè)個(gè)體的輸入而實(shí)現(xiàn)包括網(wǎng)絡(luò)模型的策劃(curat1n)的方法。通過聚合多個(gè)用戶的意見，本公開允許開發(fā)關(guān)于從多個(gè)個(gè)體的觀點(diǎn)來看網(wǎng)絡(luò)模型的哪些部分是有效的以及網(wǎng)絡(luò)模型的哪些部分需要進(jìn)一步調(diào)查的詳細(xì)的理解。[0003]在某些方面，本公開的系統(tǒng)和方法提供了一種用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型的計(jì)算機(jī)化方法。該計(jì)算機(jī)化方法包括由計(jì)算機(jī)系統(tǒng)提供，該計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括通信端口和與至少一個(gè)非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)通信的至少一個(gè)計(jì)算機(jī)處理器，所述至少一個(gè)非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)存儲(chǔ)包括表示初始網(wǎng)絡(luò)模型和該初始網(wǎng)絡(luò)模型的元素的數(shù)據(jù)的至少一個(gè)電子數(shù)據(jù)庫。初始網(wǎng)絡(luò)模型包括與多個(gè)邊互連的多個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)邊表示在兩個(gè)相連的節(jié)點(diǎn)之間的因果關(guān)系。向多個(gè)用戶請(qǐng)求用戶動(dòng)作，用戶動(dòng)作被導(dǎo)向至網(wǎng)絡(luò)模型的元素。網(wǎng)絡(luò)模型的元素可以是邊、節(jié)點(diǎn)或與邊、節(jié)點(diǎn)或模型的一部分相關(guān)聯(lián)的信息項(xiàng)。然后，基于為相應(yīng)的元素接收的用戶動(dòng)作為網(wǎng)絡(luò)模型的每個(gè)元素分配得分，并且各具有超出驗(yàn)證閾值的得分的經(jīng)驗(yàn)證的元素被識(shí)另IJ。表示一個(gè)經(jīng)策劃的網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)經(jīng)由通信端口被提供，該模型包括初始網(wǎng)絡(luò)模型的經(jīng)驗(yàn)證的元素。[0004]在某些具體實(shí)施中，該計(jì)算機(jī)化方法還包括識(shí)別各具有小于拒絕閾值的得分的被拒絕的元素，其中，策劃的網(wǎng)絡(luò)模型省略被拒絕的元素。各具有大于拒絕閾值且小于驗(yàn)證閾值的得分的未驗(yàn)證的元素被識(shí)別，并且指示在策劃的網(wǎng)絡(luò)模型中的未驗(yàn)證的元素。[0005]在某些具體實(shí)施中，用戶動(dòng)作中的至少一些是由用戶提供的二進(jìn)制投票，該投票指示用戶是否贊同或不贊同網(wǎng)絡(luò)模型的元素。分配給相應(yīng)的元素的得分是導(dǎo)向至所述相應(yīng)的元素的接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目、接收的用戶動(dòng)作中的每一個(gè)的特性或兩者的函數(shù)。接收的用戶動(dòng)作中的每一個(gè)的特性可包括所述相應(yīng)的用戶動(dòng)作是否具有正屬性或負(fù)屬性的指不O[0006]在某些具體實(shí)施中，用戶動(dòng)作中的至少一些包括與節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的信息的提供。該計(jì)算機(jī)化方法還可包括將表示策劃的網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)傳播給至少所述多個(gè)用戶或公眾。至少一個(gè)用戶動(dòng)作可包括網(wǎng)絡(luò)模型的表示中此前不存在的新節(jié)點(diǎn)或新邊的建議，并且該方法還可包括通過包括該新節(jié)點(diǎn)或新邊來修改網(wǎng)絡(luò)模型。[0007]在某些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型表示生物系統(tǒng)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)表示與其它節(jié)點(diǎn)中的至少一個(gè)相互作用的生物實(shí)體，并且每個(gè)邊表示在生物系統(tǒng)中的生物實(shí)體之間的因果關(guān)系。在某些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型是表示生物系統(tǒng)的生物網(wǎng)絡(luò)模型，生物網(wǎng)絡(luò)模型是宏觀網(wǎng)絡(luò)模型的子集，并且通過選擇該宏觀網(wǎng)絡(luò)模型的邊界來限定。使用生物表達(dá)語言(B1logicalExpress1nLanguage)提供表示網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)。[0008]在某些具體實(shí)施中，該計(jì)算機(jī)化方法還包括使用一個(gè)集成聲譽(yù)系統(tǒng)來管理根據(jù)每個(gè)相應(yīng)的用戶的用戶動(dòng)作獎(jiǎng)給各個(gè)用戶的獎(jiǎng)勵(lì)。集成聲譽(yù)系統(tǒng)根據(jù)用戶動(dòng)作將一數(shù)目的分?jǐn)?shù)分配給用戶，其中，該數(shù)目可以根據(jù)網(wǎng)絡(luò)模型的狀況來修改?？捎脕泶_定網(wǎng)絡(luò)模型的狀況的一個(gè)或多個(gè)因素包括為該元素接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目、為該元素接收的用戶動(dòng)作的屬性、或該節(jié)點(diǎn)或邊相對(duì)于網(wǎng)絡(luò)模型中的其它節(jié)點(diǎn)和邊的位置。在所述元素被后續(xù)的用戶動(dòng)作驗(yàn)證之前，聲譽(yù)系統(tǒng)基于導(dǎo)向至該元素的驗(yàn)證的用戶動(dòng)作將額外的分?jǐn)?shù)獎(jiǎng)給用戶。反映在增強(qiáng)或驗(yàn)證網(wǎng)絡(luò)模型時(shí)取得的進(jìn)展的其它因素可用來確定集成聲譽(yù)系統(tǒng)的功能和編程。[0009]在某些具體實(shí)施中，用戶動(dòng)作中的至少一個(gè)在網(wǎng)絡(luò)模型中創(chuàng)建新邊，該新邊是網(wǎng)絡(luò)模型的表示中此前不存在的。分配給提供該新邊的用戶的分?jǐn)?shù)的數(shù)目大于分配給提供網(wǎng)絡(luò)模型中的現(xiàn)有邊的修改的用戶的分?jǐn)?shù)的數(shù)目。在某些具體實(shí)施中，從不同用戶接收的用戶動(dòng)作可以彼此獨(dú)立。通過對(duì)其他用戶不顯示或隱藏由一用戶采取的導(dǎo)向至元素的動(dòng)作，或通過不向一用戶顯示由其他用戶對(duì)初始網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行的修改，可以實(shí)現(xiàn)這一目的。在某些具體實(shí)施中，根據(jù)由用戶積累的聲譽(yù)分的數(shù)目對(duì)用戶排序?！靖綀D說明】[0010]在結(jié)合附圖考慮以下詳細(xì)描述之后，本公開的另外的特征、其性質(zhì)和各種優(yōu)點(diǎn)將顯而易見，貫穿附圖，類似的附圖標(biāo)記表示類似的部件，并且在附圖中:[0011]圖1是用于提供網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證過程的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)的框圖。[0012]圖2是用于提供網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證過程的服務(wù)器的框圖。[0013]圖3是示例性計(jì)算設(shè)備的框圖，該計(jì)算設(shè)備可用來實(shí)現(xiàn)本文所述計(jì)算機(jī)化系統(tǒng)中的任一個(gè)中的任一個(gè)部件。[0014]圖4是用于表示網(wǎng)絡(luò)模型中的兩個(gè)節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系的例示性BEL語句。[0015]圖5是網(wǎng)絡(luò)模型及其元素的例示性符號(hào)圖。[0016]圖6是為采取與網(wǎng)絡(luò)模型有關(guān)的各種用戶動(dòng)作而分配給用戶的分?jǐn)?shù)的數(shù)目的表。[0017]圖7是用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型的例示性過程的流程圖?！揪唧w實(shí)施方式】[0018]本文所述為用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型和傳播該模型的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和方法。本文所述方案允許由多個(gè)個(gè)體策劃和驗(yàn)證網(wǎng)絡(luò)模型。本公開允許發(fā)展關(guān)于從多個(gè)個(gè)體的觀點(diǎn)來看網(wǎng)絡(luò)模型的哪些部分是有效的以及網(wǎng)絡(luò)模型的哪些部分需要進(jìn)一步調(diào)查的詳細(xì)的理解。該理解的發(fā)展被記錄并由用戶的社區(qū)有效地共享，并且該記錄代表在各個(gè)時(shí)間點(diǎn)的最新知識(shí)。[0019]盡管網(wǎng)絡(luò)模型是表示復(fù)雜信息的強(qiáng)有力的方式，但網(wǎng)絡(luò)模型可能容易變得難以導(dǎo)航和管理，因?yàn)槠浯笮　?fù)雜性和密度隨額外的數(shù)據(jù)而增加。然而，目前缺乏用來在協(xié)同環(huán)境中構(gòu)建、共享和維護(hù)這些網(wǎng)絡(luò)模型的有效工具。如本文所述，通過使許多個(gè)體能夠并行工作以策劃和共享大的復(fù)雜且不斷變大的網(wǎng)絡(luò)模型，本發(fā)明的方法和系統(tǒng)減少了這些困難。本公開提供了用于支持協(xié)同的眾包網(wǎng)絡(luò)模型構(gòu)建和驗(yàn)證項(xiàng)目的系統(tǒng)和方法，該項(xiàng)目通過使用社會(huì)聲譽(yù)引擎來有效地管理。因此，本公開的系統(tǒng)和方法包括一組網(wǎng)絡(luò)策劃功能，這些功能鏈接到一組用戶聲譽(yù)管理功能。本文所公開的系統(tǒng)和方法可以被視為一個(gè)平臺(tái)，以用于為任何網(wǎng)絡(luò)研究社區(qū)提供用于資格鑒定、驗(yàn)證和可選地傳播網(wǎng)絡(luò)模型的高性能環(huán)境。[0020]在一個(gè)具體實(shí)施中，本文所述的網(wǎng)絡(luò)策劃項(xiàng)目具有預(yù)定的截止日期，在該日期之后，導(dǎo)向至網(wǎng)絡(luò)模型的用戶動(dòng)作都不會(huì)被系統(tǒng)接受。網(wǎng)絡(luò)模型或其一部分可以被視為已由一組用戶基于在該時(shí)間段內(nèi)的知識(shí)交換和記錄而驗(yàn)證?？蛇x地，驗(yàn)證的網(wǎng)絡(luò)模型和相關(guān)聯(lián)的信息及知識(shí)被傳播或公布。由本文所述系統(tǒng)和方法實(shí)現(xiàn)的多個(gè)個(gè)體的驗(yàn)證可代替在學(xué)術(shù)期刊上公布之前通常進(jìn)行的同行評(píng)審過程。在另一個(gè)具體實(shí)施中，本文所述網(wǎng)絡(luò)策劃項(xiàng)目是沒有預(yù)定的項(xiàng)目截止日期的連續(xù)的工作。在這樣的項(xiàng)目中，隨著新的證據(jù)在一段時(shí)間內(nèi)被添加和積累，網(wǎng)絡(luò)模型被逐漸地?cái)U(kuò)充并持續(xù)地改進(jìn)。以這種方式，該項(xiàng)目不僅是網(wǎng)絡(luò)模型的驗(yàn)證，而且是長期的策劃和改進(jìn)過程，該過程可用來擴(kuò)充和維護(hù)主題領(lǐng)域中現(xiàn)有的知識(shí)。[0021]本發(fā)明所公開的系統(tǒng)和方法為技術(shù)社區(qū)提供了某些益處，這包括:用于網(wǎng)絡(luò)模型及相關(guān)信息的資格鑒定、驗(yàn)證和傳播的加速的機(jī)制;在主題領(lǐng)域中的知識(shí)的更好的表示；用于共享可再現(xiàn)和可重復(fù)使用的結(jié)果的論壇;連接創(chuàng)造網(wǎng)絡(luò)模型的那些人與可以驗(yàn)證作為該網(wǎng)絡(luò)模型基礎(chǔ)的假設(shè)并將建模結(jié)果轉(zhuǎn)化為實(shí)際應(yīng)用的其他人的平臺(tái)。[0022]在本公開的一些具體實(shí)施中，該方案包括若干階段。在構(gòu)建階段，基于技術(shù)或科學(xué)文獻(xiàn)來構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)模型，并且通過可得到的數(shù)據(jù)來驗(yàn)證作為所構(gòu)建模型基礎(chǔ)的假設(shè)。然后，由組織者將網(wǎng)絡(luò)模型導(dǎo)入在上面進(jìn)行驗(yàn)證階段的在線系統(tǒng)并在該系統(tǒng)上進(jìn)行維護(hù)。在驗(yàn)證階段，組織者與一組個(gè)體或“人群”(例如，科學(xué)社區(qū)的成員、主題專家、學(xué)生和研究者、或他們的組合)就在線網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行溝通。此外，組織者邀請(qǐng)人群(此時(shí)為用戶)就模型的各個(gè)方面和元素來審查和提供評(píng)論、證據(jù)、投票或它們的組合。通過聚合用戶輸入，網(wǎng)絡(luò)模型可以被修改、驗(yàn)證和增強(qiáng)。驗(yàn)證階段可以作為在提供導(dǎo)致網(wǎng)絡(luò)模型的合格修改的評(píng)論、證據(jù)或投票的個(gè)人用戶或用戶團(tuán)隊(duì)之間的競爭而建立。如本文所用，術(shù)語網(wǎng)絡(luò)模型的“元素”包括邊、節(jié)點(diǎn)、關(guān)于邊或節(jié)點(diǎn)的一條信息或證據(jù)。邊或節(jié)點(diǎn)可各自與多項(xiàng)信息和證據(jù)相關(guān)聯(lián)。信息可以是任何數(shù)據(jù)、圖像、實(shí)驗(yàn)觀察、評(píng)論、意見、喜歡或不喜歡。信息或證據(jù)可以是初始網(wǎng)絡(luò)模型的一部分，或者它可以由用戶生成或提交。由用戶進(jìn)行的每個(gè)動(dòng)作可以被記錄并根據(jù)動(dòng)作的屬性來分配某個(gè)預(yù)定數(shù)目的聲譽(yù)分。由個(gè)人用戶或團(tuán)隊(duì)積累的分?jǐn)?shù)的數(shù)目可以被定期地或?qū)崟r(shí)地(可能地以排行榜的形式)共同顯示給該用戶或團(tuán)隊(duì)。在驗(yàn)證階段開始后的某個(gè)時(shí)間，所得到的網(wǎng)絡(luò)模型和用戶動(dòng)作的分析允許組織者識(shí)別所得到的網(wǎng)絡(luò)模型中的多個(gè)節(jié)點(diǎn)或邊，這些節(jié)點(diǎn)或邊產(chǎn)生:(i)顯著量的趨同的用戶動(dòng)作和評(píng)論;或(ii)顯著量的有分歧的用戶動(dòng)作和評(píng)論。用戶動(dòng)作和評(píng)論的分析可以揭示由該人群驗(yàn)證、未驗(yàn)證或不可驗(yàn)證的網(wǎng)絡(luò)模型的部分或邊。分析的結(jié)果可以使組織者能夠?qū)τ诰W(wǎng)絡(luò)模型或其部分的傳播作出決策。[0023]在本公開的各種具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型表示生物系統(tǒng)的功能和機(jī)制。在過去10到20年內(nèi)，用于生物研究的革命性工具的開發(fā)已經(jīng)允許實(shí)現(xiàn)在全系統(tǒng)方法中大量數(shù)據(jù)的采集。用于可再現(xiàn)地生成此類數(shù)據(jù)的技術(shù)的出現(xiàn)已經(jīng)開啟了系統(tǒng)生物學(xué)的時(shí)代。這種轉(zhuǎn)變使得可以將旨在評(píng)價(jià)基因表達(dá)中的變化的實(shí)驗(yàn)工作從諸如通常為驗(yàn)證工作假設(shè)而進(jìn)行的單基因聚合酶鏈反應(yīng)的低通量技術(shù)拓展至在用于假設(shè)生成的各種場景下的轉(zhuǎn)錄物組的全系統(tǒng)評(píng)價(jià)。因此，隨著存儲(chǔ)到數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)集的大小和數(shù)量的增長，科學(xué)輸出以及所公布的科學(xué)文獻(xiàn)的數(shù)量呈幾何級(jí)地增加。[0024]生物通路信息的總量急劇增加，其中通路和分子間相互作用的在線資源的數(shù)量從2006年的190個(gè)到2010年的325個(gè)增加了70%[Bader，G.D、Cary，M.P.和Sander,C，(2006)aPathguide:apathwayresourcelist”，NucleicAcidsResearch，第34期第D504-D506頁]。這表明，科學(xué)社區(qū)認(rèn)識(shí)到這樣的信息大大有利于理解生物活性物質(zhì)對(duì)生物系統(tǒng)的影響。網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)為調(diào)查在分子、通路和過程水平下暴露的影響提供了一致的框架[Hasan，S.等人，(2012)“Networkanalysishasdiverserolesindrugdiscovery”，Drugdiscoverytoday]。針對(duì)許多疾病狀態(tài)的藥物可能需要多種活性有效;因此，網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)實(shí)際上可用來調(diào)查干擾生物網(wǎng)絡(luò)而不是單獨(dú)的目標(biāo)的藥物[Yildirim，M.A.等人，(2007)“Drug-targetnetwork”,NatureB1technology，第25期第1119頁]。此外，網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)提供了一個(gè)平臺(tái)，以潛在地理解候選藥物的副作用并且預(yù)測(cè)多向藥理學(xué)[Hopkins，A.L.，(2008)“Networkpharmacology:thenextparadigmindrugdiscovery”，Naturechemicalb1logy，第4期第682-690頁]?？梢詷?gòu)想，在本公開的范圍內(nèi)的方法和系統(tǒng)可以應(yīng)用于實(shí)踐系統(tǒng)毒理學(xué)或系統(tǒng)藥理學(xué)，這將改善對(duì)疾病機(jī)制的理解并因此為患者提供更有效且安全的治療。[0025]圖1描繪了可用來實(shí)現(xiàn)本文所公開的系統(tǒng)和方法的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)和數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)的示例。圖1是根據(jù)示例性具體實(shí)施的用于進(jìn)行生物網(wǎng)絡(luò)模型的策劃的計(jì)算機(jī)化系統(tǒng)100的框圖。系統(tǒng)100包括服務(wù)器104和通過計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)102連接到服務(wù)器104的兩個(gè)用戶設(shè)備108a和108b(—般地，用戶設(shè)備108)。服務(wù)器104包括處理器105，并且每個(gè)用戶設(shè)備108包括處理器IlOa或IlOb和用戶接口112a或112b。如本文所用，術(shù)語“處理器”或“計(jì)算設(shè)備”是指一個(gè)或多個(gè)計(jì)算機(jī)、微處理器、邏輯設(shè)備、服務(wù)器或其它設(shè)備，所述其它設(shè)備配置有硬件、固件和軟件以執(zhí)行本文所述的計(jì)算化技術(shù)中的一種或多種。處理器和處理設(shè)備也可包括用于存儲(chǔ)輸入、輸出和當(dāng)前正被處理的數(shù)據(jù)的一個(gè)或多個(gè)存儲(chǔ)設(shè)備。下文參照?qǐng)D3詳細(xì)地描述了示例性的計(jì)算設(shè)備300，其可用來實(shí)現(xiàn)本文所述的處理器和服務(wù)器中的任一者。如本文所用，“用戶接口”包括但不限于一個(gè)或多個(gè)輸入設(shè)備(例如，小鍵盤、觸摸屏、軌跡球、語音識(shí)別系統(tǒng)等)和/或一個(gè)或多個(gè)輸出設(shè)備(例如，視覺顯示器、揚(yáng)聲器、觸覺顯示器、打印設(shè)備等)的任何合適的組合。如本文所用，“用戶設(shè)備”包括但不限于一個(gè)或多個(gè)設(shè)備的任何合適的組合，所述一個(gè)或多個(gè)設(shè)備配置有硬件、固件和軟件以執(zhí)行本文所述一種或多種計(jì)算機(jī)化動(dòng)作或技術(shù)。用戶設(shè)備的示例包括但不限于個(gè)人計(jì)算機(jī)、膝上型計(jì)算機(jī)和移動(dòng)設(shè)備(例如，智能手機(jī)、平板型計(jì)算機(jī)等)。圖1中僅示出一個(gè)服務(wù)器、一個(gè)數(shù)據(jù)庫和兩個(gè)用戶設(shè)備，以免使圖變得復(fù)雜，但本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，系統(tǒng)100可支持多個(gè)服務(wù)器和任意數(shù)量的數(shù)據(jù)庫或用戶設(shè)備。[0026]網(wǎng)絡(luò)模型數(shù)據(jù)庫106是包括表示網(wǎng)絡(luò)模型和網(wǎng)絡(luò)模型的元素的數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)絡(luò)模型的表示通過用戶接口112顯示給用戶，并且在用戶設(shè)備108處的用戶與用戶接口112交互，以通過網(wǎng)絡(luò)102提供用戶輸入。系統(tǒng)由此從用戶請(qǐng)求和接收表示用戶動(dòng)作的數(shù)據(jù)，并且一般性地管理用戶會(huì)話。例如，當(dāng)網(wǎng)絡(luò)模型是生物系統(tǒng)的模型時(shí)，網(wǎng)絡(luò)模型的表示可以呈B1logicalExpress1nLanguage(BEL)中的一個(gè)或多個(gè)語句的形式，如結(jié)合圖4所述。用戶可選擇顯示的網(wǎng)絡(luò)模型的一部分，并且一個(gè)或多個(gè)BEL語句可以通過用戶接口112來顯示。BEL語句可以提供在網(wǎng)絡(luò)的兩個(gè)節(jié)點(diǎn)(例如，主語和賓語)之間的關(guān)系的指示，并且當(dāng)由系統(tǒng)提供時(shí)，用戶可以選擇對(duì)BEL語句或涉及、支持或駁斥該BEL語句的一條或多條證據(jù)投票。在一個(gè)示例中，用戶可以投票以表示一條證據(jù)支持一個(gè)BEL語句，從而使由該BEL語句表示的關(guān)系的驗(yàn)證合格。在另一示例中，用戶可以投票以表示贊同BEL語句，而不進(jìn)行資格鑒定(qualificat1n)。在又一示例中，用戶可以投票以表示一條證據(jù)不支持BEL語句，從而駁斥由該BEL語句表示的關(guān)系。在又一示例中，用戶可以投票以表示不贊同BEL語句，而不進(jìn)行資格鑒定。系統(tǒng)可以為用戶提供選項(xiàng)，以提供對(duì)BEL語句的建議的修改，例如，對(duì)一個(gè)或兩個(gè)節(jié)點(diǎn)的改變、或?qū)εc在這兩個(gè)節(jié)點(diǎn)之間的邊相關(guān)聯(lián)的質(zhì)量或值的改變(例如，BEL語句的謂語)。系統(tǒng)也可以為用戶提供選項(xiàng)，以提供對(duì)建議的修改的合格證據(jù)。建議的修改和證據(jù)可以記錄在網(wǎng)絡(luò)模型數(shù)據(jù)庫106中。修改的網(wǎng)絡(luò)模型可以可選地實(shí)時(shí)顯示。然后，通過其它用戶接口112與網(wǎng)絡(luò)模型交互的其他用戶可以實(shí)時(shí)查看更新的網(wǎng)絡(luò)模型并提供關(guān)于建議的修改的反饋。[0027]如本文所述，當(dāng)表示贊同的投票數(shù)超出驗(yàn)證閾值時(shí)，或者同等地，當(dāng)接受模型的一部分的用戶數(shù)超出驗(yàn)證閾值時(shí)，網(wǎng)絡(luò)模型的元素或部分(例如，一組BEL語句或關(guān)于一個(gè)或多個(gè)BEL語句的幾條證據(jù))被驗(yàn)證。網(wǎng)絡(luò)模型的其它元素或部分(例如，接收的表示贊同的投票低于拒絕閾值)可以被識(shí)別為被拒絕，并且這些元素或部分中的一個(gè)或多個(gè)可以向組織者指示和/或從修改的網(wǎng)絡(luò)模型中刪除。網(wǎng)絡(luò)模型的另外的部分(例如，接收的表示贊同的投票在驗(yàn)證閾值和拒絕閾值之間)可以被識(shí)別為有問題的，并且這些元素或部分中的一個(gè)或多個(gè)可以向組織者指示和/或被標(biāo)記以用于進(jìn)一步科學(xué)調(diào)查或從修改的網(wǎng)絡(luò)模型中刪除。驗(yàn)證閾值和拒絕閾值可以由組織者根據(jù)項(xiàng)目的目標(biāo)來限定。例如，驗(yàn)證閾值、拒絕閾值或這兩個(gè)閾值可以根據(jù)表示贊同或不贊同的投票或用戶的絕對(duì)數(shù)(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個(gè)投票或任何其它合適數(shù)目的投票)來限定;或者它們可以基于表示贊同或不贊同的投票的相對(duì)比例(例如，大于50%、大于60%、大于70%、大于80%、大于90%或100%)、以及可選地表示無意見的投票、或它們的組合。[0028]圖1的系統(tǒng)100可以以多種方式中的任一種布置、分布和組合。例如，可以使用這樣的計(jì)算機(jī)化系統(tǒng):該系統(tǒng)將系統(tǒng)100的部件分布在經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)102相連的多個(gè)處理設(shè)備和存儲(chǔ)設(shè)備上。這樣的具體實(shí)施可能適用于通過多個(gè)通信系統(tǒng)進(jìn)行的分布式計(jì)算，這些通信系統(tǒng)包括共享到公共網(wǎng)絡(luò)資源的接入的無線和有線通信系統(tǒng)。在一些具體實(shí)施中，系統(tǒng)100在云計(jì)算環(huán)境中實(shí)現(xiàn)，在該環(huán)境中，部件中的一個(gè)或多個(gè)由經(jīng)由因特網(wǎng)或其它通信系統(tǒng)相連的不同的處理和存儲(chǔ)服務(wù)提供。服務(wù)器104可以是例如在云計(jì)算環(huán)境中實(shí)例化的一個(gè)或多個(gè)虛擬服務(wù)器。在一些具體實(shí)施中，服務(wù)器104與網(wǎng)絡(luò)模型數(shù)據(jù)庫106組合成一個(gè)部件，該部件的示例結(jié)合圖2來詳細(xì)描述。[0029]圖2是執(zhí)行本文所述功能中的任一個(gè)的服務(wù)器204的框圖。服務(wù)器204包括處理器205、網(wǎng)站管理器222、網(wǎng)絡(luò)模型電子數(shù)據(jù)庫206、網(wǎng)絡(luò)可視化引擎224、基于WEB的語句編輯器226、聲譽(yù)電子數(shù)據(jù)庫228和聲譽(yù)引擎230，它們?nèi)客ㄟ^總線相連。[0030]網(wǎng)絡(luò)模型電子數(shù)據(jù)庫206可包括網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包括網(wǎng)絡(luò)模型的多個(gè)版本，例如但不限于初始網(wǎng)絡(luò)模型、由用戶動(dòng)作創(chuàng)建的修改的網(wǎng)絡(luò)模型、策劃的網(wǎng)絡(luò)模型和一致同意的網(wǎng)絡(luò)模型。在一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型以BEL表達(dá)并且以無標(biāo)度表示來表示定性生物學(xué)。節(jié)點(diǎn)為BEL術(shù)語并且使用諸如但不限于SwissProt(參見www.uniprot.0rg)、EntrezGene(參見www.ncbi.nIm.nih.gov/gene)、RatGenomeDatabase(參見rgd.mcw.edu)和ChEBI(參見www.eb1.ac.uk/chebi/)的生物數(shù)據(jù)庫來識(shí)別。網(wǎng)絡(luò)邊是BEL語句，其連接兩個(gè)節(jié)點(diǎn)，維持網(wǎng)絡(luò)的可計(jì)算性，并且由來自科學(xué)文獻(xiàn)的證據(jù)支持。網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和支持的證據(jù)都可存儲(chǔ)在MongoDB數(shù)據(jù)庫(www.mongodb.0rg)中。結(jié)合圖4更詳細(xì)地描述BEL語句。[0031]服務(wù)器204還包括網(wǎng)站管理器222，其管理網(wǎng)站以有利于可視化和審查過程以及用戶登錄過程。網(wǎng)站可以通過用戶接口112提供給多個(gè)用戶。作為示例，網(wǎng)站顯示表示若干較小的子網(wǎng)絡(luò)模型之間的連接和關(guān)系的提議或修改的網(wǎng)絡(luò)模型的概述。網(wǎng)站管理器222也提供用于選擇這些子網(wǎng)絡(luò)中的一個(gè)來審查的功能。網(wǎng)站管理器222也可提供用于選擇的網(wǎng)絡(luò)模型的列表，或者網(wǎng)站管理器222可被配置成允許用戶使用搜索功能，該功能將允許在網(wǎng)絡(luò)中搜索標(biāo)識(shí)符、綜述、元素、各個(gè)節(jié)點(diǎn)、邊、以及生物實(shí)體的任何同義詞(基因或蛋白質(zhì))、或與網(wǎng)絡(luò)模型有關(guān)的任何其它合適的數(shù)據(jù)。網(wǎng)站管理器222也支持可以在策劃網(wǎng)絡(luò)模型的過程中使用的一整套用戶動(dòng)作。例如，可以為用戶提供一個(gè)或多個(gè)選項(xiàng)，以添加、移除、替換或修改網(wǎng)絡(luò)模型的元素(邊或節(jié)點(diǎn))。此外，可以為用戶提供一個(gè)或多個(gè)選項(xiàng)，以添加、移除、替換、修改或評(píng)論支持網(wǎng)絡(luò)模型的元素的證據(jù)。[0032]在一個(gè)具體實(shí)施中，用戶對(duì)于網(wǎng)絡(luò)模型及其元素采取的動(dòng)作可以可選地需要由至少一個(gè)其他用戶通過投票過程認(rèn)可。一旦被認(rèn)可，該動(dòng)作就可被輸入，以修改初始網(wǎng)絡(luò)模型的存儲(chǔ)版本或進(jìn)一步修改修改的網(wǎng)絡(luò)模型的存儲(chǔ)版本。修改的網(wǎng)絡(luò)模型和其它版本可以實(shí)時(shí)顯示給用戶。在初始網(wǎng)絡(luò)模型通過用戶的動(dòng)作修改之后，網(wǎng)絡(luò)模型變成修改的網(wǎng)絡(luò)模型，其可以通過相同用戶或不同的用戶的其它動(dòng)作來進(jìn)行進(jìn)一步的修改。隨著修改的積累，多個(gè)版本的模型可以被存儲(chǔ)，這些版本中的每一個(gè)表示已對(duì)初始模型進(jìn)行的一定次數(shù)的修改。修改可以被存儲(chǔ)在修改數(shù)據(jù)庫中，其中字段條目包括與更新的元素(節(jié)點(diǎn)、邊、新證據(jù))和提出該修改的用戶的標(biāo)識(shí)符有關(guān)的數(shù)據(jù)。當(dāng)其他用戶提供關(guān)于修改的輸入時(shí)，數(shù)據(jù)庫可以被更新，以包括提供諸如投票、評(píng)論、額外的修改或證據(jù)的輸入的用戶的標(biāo)識(shí)符。在某些具體實(shí)施中，多個(gè)用戶的動(dòng)作將導(dǎo)致在項(xiàng)目開始時(shí)的初始網(wǎng)絡(luò)模型的多個(gè)修改。在一段時(shí)間之后，新修改的次數(shù)可能減少，并且可能最終接近零。此時(shí)，修改的網(wǎng)絡(luò)模型可以被稱為驗(yàn)證的或一致同意的網(wǎng)絡(luò)模型，其可以可選地被傳播到社區(qū)。[0033]網(wǎng)絡(luò)可視化引擎224在視頻顯示單元上或以打印形式提供網(wǎng)絡(luò)模型的可視化。例如，網(wǎng)絡(luò)可視化引擎224可以由D3.js(www.d3js.0rg)提供技術(shù)支持。網(wǎng)絡(luò)可視化引擎224允許用戶以圖形方式查看網(wǎng)絡(luò)模型，并且可選地允許用戶以圖形方式添加、刪除、替換或修改模型的元素(例如，邊)。可選地，可以為用戶提供用于將評(píng)論添加到網(wǎng)絡(luò)模型并提供對(duì)網(wǎng)絡(luò)的不同的可視化過濾器的功能。這樣的過濾器包括初始網(wǎng)絡(luò)、修改之后的當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)、或帶有提議修改的初始網(wǎng)絡(luò)模型的可視化，該提議修改作為層呈現(xiàn)在初始網(wǎng)絡(luò)的頂部上。圖5示出了可以由網(wǎng)絡(luò)可視化引擎224生成的網(wǎng)絡(luò)模型的一部分的示例。[0034]可選地提供的基于WEB的語句編輯器226可以允許用戶提議網(wǎng)絡(luò)模型中的改變。在一個(gè)示例中，用戶可以提議改變由BEL語句表示的網(wǎng)絡(luò)邊。在一些具體實(shí)施中，所有網(wǎng)絡(luò)邊都由BEL語句表示，這些語句中的一些由至少一個(gè)技術(shù)參考文獻(xiàn)支持?；赪EB的語句編輯器226可以是基于WEB的BEL語句編輯器，該編輯器為用戶提供特色功能，這些功能提供對(duì)BEL語句的功能句法的指導(dǎo)。例如，自動(dòng)完成的術(shù)語服務(wù)可以在輸入蛋白質(zhì)名稱、化學(xué)化合物名稱、基因本體術(shù)語、以及在BEL語句中使用的其它生物實(shí)體方面提供支持?；赪EB的語句編輯器226也可以在BEL語句被創(chuàng)建時(shí)提出在光標(biāo)位置處哪一個(gè)函數(shù)和實(shí)體類型是被允許的。結(jié)合圖4描述了一個(gè)示例性的BEL語句。[0035]聲譽(yù)電子數(shù)據(jù)庫228存儲(chǔ)與用戶有關(guān)的數(shù)據(jù)。例如，可以為每個(gè)用戶分配唯一的用戶標(biāo)識(shí)符?？梢韵蛴脩籼崾居脩裘兔艽a，以通過用戶接口112登錄網(wǎng)站。每個(gè)用戶可以與存儲(chǔ)在聲譽(yù)電子數(shù)據(jù)庫228中的一數(shù)目的聲譽(yù)分和可選地多個(gè)用戶屬性相關(guān)聯(lián)。聲譽(yù)引擎230管理與用戶動(dòng)作相對(duì)應(yīng)的一般激勵(lì)措施和特別地聲譽(yù)分和獎(jiǎng)?wù)?如實(shí)現(xiàn))的處理。作為示例，聲譽(yù)引擎230可以使用技巧游戲原理來獎(jiǎng)勵(lì)某些類型的用戶動(dòng)作，例如，提交新證據(jù)、或投票贊同或反對(duì)與網(wǎng)絡(luò)模型中的邊相關(guān)聯(lián)的一條證據(jù)。[0036]根據(jù)用戶動(dòng)作的類型和完成動(dòng)作所需的專長和/或努力的估計(jì)量，可以將對(duì)應(yīng)數(shù)目的聲譽(yù)分獎(jiǎng)勵(lì)給用戶。用戶可以提交原創(chuàng)性修改((即(，提交人)，而其他用戶可以對(duì)建議的修改投票((即(，投票人)。用戶可以投票以表示贊同或不贊同網(wǎng)絡(luò)模型的元素，即，邊、節(jié)點(diǎn)、或一條支持信息或證據(jù)。一旦網(wǎng)絡(luò)模型的邊或一部分達(dá)到最少投票數(shù)，網(wǎng)絡(luò)的該部分就可以被“鎖定”，從而不能進(jìn)一步投票。例如，如果表示贊同由BEL語句限定的特定邊的投票數(shù)超出驗(yàn)證閾值，那么對(duì)應(yīng)的邊就可以被鎖定，使得關(guān)于該邊的額外的投票不被接受。組織者可決定(可選地通過進(jìn)一步的詳細(xì)審查)已被鎖定在系統(tǒng)中的邊實(shí)際上已被驗(yàn)證，并且對(duì)網(wǎng)絡(luò)模型的該元素達(dá)成共識(shí)。在一些具體實(shí)施中，除非提出駁斥此前達(dá)成的共識(shí)的新證據(jù)，邊將被鎖定。當(dāng)對(duì)于由提交人提出的修改或一條證據(jù)達(dá)成共識(shí)時(shí)，如果該修改或證據(jù)隨后被贊同(表示贊同的投票數(shù)超出驗(yàn)證閾值)，則可以賦予提交人額外的分?jǐn)?shù)。備選地，如果該修改或證據(jù)被拒絕(表示贊同的投票數(shù)低于拒絕閾值，或表示不贊同的投票數(shù)超出某個(gè)其它閾值)，則可以部分地或全部地扣除分配給提交人的最初獎(jiǎng)勵(lì)的分?jǐn)?shù)。除了為提交人分配額外的分?jǐn)?shù)或扣除分?jǐn)?shù)之外，基于該投票人是否贊同或不贊同共識(shí)，投票人也可以接收額外的分?jǐn)?shù)，或者可以扣除分?jǐn)?shù)。在一些具體實(shí)施中，僅當(dāng)網(wǎng)絡(luò)模型的元素或一部分達(dá)成共識(shí)并且投票人的投票與共識(shí)一致時(shí)，該投票人才被獎(jiǎng)勵(lì)附加分。[0037]聲譽(yù)引擎230可以基于其它標(biāo)準(zhǔn)獎(jiǎng)勵(lì)其它類型的獎(jiǎng)品。例如，當(dāng)用戶完成預(yù)定的一組動(dòng)作時(shí)，可以獎(jiǎng)勵(lì)聲譽(yù)獎(jiǎng)?wù)隆＠?，如果用戶?chuàng)建了(例如3、4、5、6、7、8、9、10個(gè)或任何其它合適數(shù)目的)贊同的網(wǎng)絡(luò)邊，他/她可以被獎(jiǎng)勵(lì)一個(gè)獎(jiǎng)?wù)?。在一些具體實(shí)施中，獎(jiǎng)?wù)虏挥绊懹脩舻目偡只蚺判邪裎恢茫匀皇菍?duì)用戶對(duì)網(wǎng)絡(luò)模型的貢獻(xiàn)的重要認(rèn)可。[0038]為了減少某些用戶以欺騙方式獲得聲譽(yù)分或通過不基于證據(jù)或?qū)ｉL的動(dòng)作而進(jìn)行的嘗試，本公開的系統(tǒng)和方法可以使用由組織者定期地或?qū)崟r(shí)地進(jìn)行的一個(gè)或多個(gè)質(zhì)量審查核對(duì)。系統(tǒng)可以可選地提供工具和數(shù)據(jù)以在該努力中支持組織者。在一個(gè)示例中，在一組用戶之間的提交和投票活動(dòng)的同時(shí)發(fā)生率可以被測(cè)量。顯示支持彼此的提交的異常量的活動(dòng)的一組用戶可能被組織者審查其活動(dòng)，以確認(rèn)支持動(dòng)作的科學(xué)或技術(shù)理論基礎(chǔ)。此外，系統(tǒng)可以僅允許單位時(shí)間(例如，每小時(shí))內(nèi)有限數(shù)目的用戶動(dòng)作，以便避免使用自動(dòng)化腳本來進(jìn)行大數(shù)目的動(dòng)作。[0039]排行榜(參見圖6)可以列出一組用戶或團(tuán)隊(duì)及其聲譽(yù)分，所列內(nèi)容是組織者、一些用戶或所有用戶通過用戶接口可見的。因此，排行榜可以用來從用戶的社區(qū)中識(shí)別得分高的用戶，這些用戶可能是在由網(wǎng)絡(luò)建模的主題領(lǐng)域中的積極性高的個(gè)體或?qū)＜?。[0040]根據(jù)本公開，生物系統(tǒng)可以被建模為由節(jié)點(diǎn)(或頂點(diǎn))和連接節(jié)點(diǎn)的邊組成的數(shù)學(xué)圖。節(jié)點(diǎn)可以表示在生物系統(tǒng)內(nèi)的生物實(shí)體，例如但不限于化合物、DNA、RNA、蛋白質(zhì)、肽、抗體、細(xì)胞、組織和器官。邊可以表示節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系。在圖中的邊可以表示節(jié)點(diǎn)之間的各種關(guān)系。例如，邊可以表示“鍵合”關(guān)系、“以...表達(dá)”關(guān)系、“基于表達(dá)譜共調(diào)控”關(guān)系、“抑制”關(guān)系、“在手稿中同時(shí)出現(xiàn)”關(guān)系、或“共享結(jié)構(gòu)元素”關(guān)系。一般來講，這些類型的關(guān)系描述了一對(duì)節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系。在圖中的節(jié)點(diǎn)也可以表示節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系。因此，可以表示關(guān)系之間的關(guān)系、或在關(guān)系和表示在圖中的另一種類型的生物實(shí)體之間的關(guān)系。例如，表示化學(xué)物質(zhì)的兩個(gè)節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系可以表示一個(gè)反應(yīng)。該反應(yīng)可以是在反應(yīng)與抑制該反應(yīng)的化學(xué)物質(zhì)之間的關(guān)系中的節(jié)點(diǎn)。[0041]圖可以是無向的，這意味著在與每個(gè)邊相關(guān)聯(lián)的兩個(gè)頂點(diǎn)之間沒有區(qū)別。備選地，圖的邊可以是從一頂點(diǎn)導(dǎo)向至另一頂點(diǎn)的。例如，在生物語境中，轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和代謝網(wǎng)絡(luò)可以被建模為有向圖。在轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的圖模型中，節(jié)點(diǎn)將表示基因，其中邊表示基因之間的轉(zhuǎn)錄關(guān)系。作為另一示例，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)描述了在生物體的蛋白質(zhì)組中的蛋白質(zhì)之間的直接物理相互作用，并且在這樣的網(wǎng)絡(luò)中常常不存在與相互作用相關(guān)聯(lián)的方向。因此，這些網(wǎng)絡(luò)可以被建模為無向圖。某些網(wǎng)絡(luò)可具有有向和無向邊。構(gòu)成圖的實(shí)體和關(guān)系(即，節(jié)點(diǎn)和邊)可以在數(shù)據(jù)庫中被存儲(chǔ)為相互聯(lián)系的節(jié)點(diǎn)的網(wǎng)。[0042]在數(shù)據(jù)庫內(nèi)表示的知識(shí)可以具有得自各種不同來源的各種不同的類型。例如，某些節(jié)點(diǎn)可以表示關(guān)于基因以及基因之間的關(guān)系的信息。在這樣的示例中，節(jié)點(diǎn)可以表示一個(gè)致癌基因，而連接到該致癌基因節(jié)點(diǎn)的另一個(gè)節(jié)點(diǎn)可以表示抑制該致癌基因的活性或表達(dá)的基因。節(jié)點(diǎn)可以表示蛋白質(zhì)、以及蛋白質(zhì)之間的關(guān)系、疾病及其相互聯(lián)系、以及各種疾病狀態(tài)。存在可以組合在圖形表示中的許多不同類型的數(shù)據(jù)。計(jì)算模型可以表示節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系網(wǎng)，這些節(jié)點(diǎn)表示例如下列數(shù)據(jù)集中的知識(shí):DNA數(shù)據(jù)集、RNA數(shù)據(jù)集、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集、抗體數(shù)據(jù)集、細(xì)胞數(shù)據(jù)集、組織數(shù)據(jù)集、器官數(shù)據(jù)集、醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)集、流行病學(xué)數(shù)據(jù)集、化學(xué)數(shù)據(jù)集、毒理學(xué)數(shù)據(jù)集、患者數(shù)據(jù)集、以及人口數(shù)據(jù)集。[0043]雖然蛋白質(zhì)由基因序列編碼，但基因表達(dá)中的變化并不總是與蛋白質(zhì)活性中的變化有關(guān)。本文所述網(wǎng)絡(luò)模型不一定依賴于這些正向假設(shè)(forwardassumpt1n)，而是可以基于節(jié)點(diǎn)所調(diào)控的基因的表達(dá)來推斷上游節(jié)點(diǎn)的活性。“正向推理(Forwardreasoning)”假設(shè)基因表達(dá)與蛋白質(zhì)活性中的變化有關(guān)，而“反向推理(backwardreasoning)”或逆向因果推理將基因表達(dá)中的變化考慮為上游實(shí)體的活性的結(jié)果。因此，網(wǎng)絡(luò)模型可以捕獲節(jié)點(diǎn)中的生物學(xué)和節(jié)點(diǎn)之間的因果關(guān)系。在一個(gè)示例中，基因的差異表達(dá)是上游節(jié)點(diǎn)活化的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。[0044]本公開中使用的網(wǎng)絡(luò)模型包括指示基于逆向因果推理的原因與結(jié)果的節(jié)點(diǎn)和邊，該模型包含若干優(yōu)點(diǎn)。首先，網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)由具有固定的拓?fù)潢P(guān)系的有因果關(guān)系的邊相連，使得網(wǎng)絡(luò)模型的生物意圖容易被科學(xué)家或用戶理解，從而能夠?qū)ψ鳛檎w的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行推斷和計(jì)算。其次，與用于構(gòu)建其中連接常常在組織或疾病語境之外被表示的通路或聯(lián)系圖的其它方法不同，本文的網(wǎng)絡(luò)模型根據(jù)合適的組織/細(xì)胞語境和生物過程來創(chuàng)建。第三，因果網(wǎng)絡(luò)模型可以捕獲各種各樣的生物分子中的變化，這些分子包括蛋白質(zhì)、DNA變體、編碼和非編碼的RNA、以及其它實(shí)體，例如，表型、化學(xué)物質(zhì)、類脂、甲基化狀態(tài)或其它改性(例如，磷酸化)、以及臨床和生理觀察。例如，網(wǎng)絡(luò)模型可以表示從分子、細(xì)胞和器官級(jí)直至整個(gè)生物體的知識(shí)。第四，網(wǎng)絡(luò)模型是演化的，并且可以通過施加合適的邊界來修改以表示特定的種和/或組織語境，并且在額外的知識(shí)變得可用時(shí)被更新。第五，網(wǎng)絡(luò)模型是透明的；網(wǎng)絡(luò)模型中的邊(原因與結(jié)果關(guān)系)全部由已公布的科研成果來支持，這些科研成果使每個(gè)網(wǎng)絡(luò)依托于針對(duì)被建模的生物過程的科學(xué)文獻(xiàn)。最后，網(wǎng)絡(luò)模型可以以(.XGMML)格式提供，以允許使用可免費(fèi)獲得的工具容易地可視化，這些工具包括Cyt0SCape[Smoot、M.E.等人，(2011)uCytoscape2.8:newfeaturesfordataintegrat1nandnetworkvisualizat1n，，，B1informatics，第27期第431-432頁]。為了充分地獲取這些網(wǎng)絡(luò)模型的益處，需要快速地生成、驗(yàn)證和傳播網(wǎng)絡(luò)模型，這是本文所公開的系統(tǒng)和方法能夠?qū)崿F(xiàn)的。[0045]在本公開的各種具體實(shí)施中，以結(jié)構(gòu)化語言對(duì)生物系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行編碼，該語言表示通過捕獲生物實(shí)體之間的因果關(guān)系和相關(guān)性獲得的技術(shù)發(fā)現(xiàn)。該語言使得能夠形成可計(jì)算的語句，該語句由用限定的本體(例如，HGNC，參見www.genenames.0rg)表達(dá)的函數(shù)和實(shí)體定義構(gòu)成。BEL是在本公開的具體實(shí)施中使用的此類語言的示例([TalikkaM、SchlageWK、GebelS等人，ToxicologySummit&Expo,Toxicology,2012；ClarkT、CiccaresePN、GobleCA,Micropublicat1ns:aSemanticModelforClaims,Evidence,ArgumentsandAnnotat1nsinB1medicalCommunicat1ns,arXivpreprintarXiv:1305.3506,2013；VercruysseS,KuiperM.“Jointlycreatingdigitalabstracts:dealingwithsynonymyandpolysemy”，BMCresearchnotes，2012年第5(I)期第601頁])(WWW.0penbel.0rg)AEL語句是表示離散的科學(xué)因果關(guān)系及其相關(guān)的語境信息的語義三元組(主語、謂語、賓語)。圖4示出了BEL語句的示例。函數(shù)和實(shí)體定義用限定的本體(命名空間)來表達(dá)。例如，P(HGNC:CCNDl)=>kin(p(HGNC:CDK4)是一個(gè)語句，它等同于“由在HGNC命名空間中的‘CCNDI，標(biāo)示的蛋白質(zhì)的增加的豐度直接增加由在HGNC命名空間中的‘⑶K4，標(biāo)示的蛋白質(zhì)的豐度的激酶活性”。BEL語句的其余部分由涉及該語句的語境的字段組成，例如，引出該語句的參考文獻(xiàn)、該語句的組織、細(xì)胞系、生物體和疾病語境。[0046]使用BEL語句的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)在于，該語句既方便人類讀取，又是機(jī)器可計(jì)算的，這使它成為一種用來從人工策劃以及由機(jī)器進(jìn)行的數(shù)據(jù)挖掘中捕獲技術(shù)文獻(xiàn)證據(jù)的有用語言。BEL也可以在可視化提出的網(wǎng)絡(luò)模型的上下文中顯示文獻(xiàn)證據(jù)。另外，由OpenBEL社區(qū)開發(fā)了工具并組裝在稱為BEL框架的新興的開放平臺(tái)技術(shù)中。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，本公開不限于BEL語句。在不脫離本公開的范圍的情況下，可以使用其它語言，例如，系統(tǒng)生物學(xué)標(biāo)記語言(SBML)。[0047]網(wǎng)絡(luò)模型可以用作用于模擬和分析的基底，并且表示能夠在生物系統(tǒng)中實(shí)現(xiàn)感興趣的特征的生物機(jī)制和通路。該特征或其機(jī)制和通路中的一些可以有助于疾病的病理學(xué)和生物系統(tǒng)的不利影響。在數(shù)據(jù)庫中表示的生物系統(tǒng)的現(xiàn)有知識(shí)用來構(gòu)建這樣的網(wǎng)絡(luò)模型:該模型由關(guān)于在各種條件下(包括在正常條件下和在被藥劑干擾條件下)的許多生物實(shí)體的狀況的數(shù)據(jù)填充。網(wǎng)絡(luò)模型是動(dòng)態(tài)的，因?yàn)樗硎卷憫?yīng)于干擾的各種生物實(shí)體的狀況的變化，并且可以產(chǎn)生藥劑對(duì)生物系統(tǒng)的影響的定量和客觀的評(píng)估。[0048]網(wǎng)絡(luò)模型的使用有利于多種研究應(yīng)用，包括藥物發(fā)現(xiàn)、個(gè)性化藥物、或毒理學(xué)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估[HoengJ、DeehanR、PrattD等人，“Anetwork-basedapproachtoquantifyingtheimpactofb1logicallyactivesubstances，，，DrugDiscovToday，2012年5月第17(9-10)期第413-418頁]此前已公開了對(duì)這些應(yīng)用中的一些的原理驗(yàn)證。在一個(gè)示例中，在網(wǎng)絡(luò)模型中的干擾幅度中檢測(cè)到動(dòng)態(tài)變化，該網(wǎng)絡(luò)模型描述了在如由基因表達(dá)數(shù)據(jù)描述的正常人支氣管上皮(NHBE)細(xì)胞的TNF治療之后的TNF-NFkB信令[MartinF,ThomsonTM、SewerA等人，“Assessmentofnetworkperturbat1namplitudebyapplyinghigh-throughputdatatocausalb1logicalnetworks”，BMCSystB1l，2012年5月31日第6(I)期第54頁]重要的是，檢測(cè)到的網(wǎng)絡(luò)幅度中的測(cè)量的變化對(duì)應(yīng)于在TNF治療之后的NFkB核轉(zhuǎn)位的直接實(shí)驗(yàn)測(cè)量結(jié)果。這示出了網(wǎng)絡(luò)模型如何可以識(shí)別和測(cè)定化學(xué)引發(fā)的生物變化。該特征可能尤其對(duì)于毒理學(xué)社區(qū)有用，因?yàn)槠淞D用體外測(cè)定來代替昂貴且漫長的體內(nèi)毒理學(xué)測(cè)試，以測(cè)量化學(xué)毒性[KrewskiD、AcostaD，Jr.、AndersenM等人，“Toxicitytestinginthe21stcentury:avis1nandastrategy，，，JToxicolEnvironHealthBCritRev.2010年2月第13(2-4)期第51-138頁。[0049]捕獲已知的生物學(xué)的網(wǎng)絡(luò)模型的同行評(píng)審可以提高網(wǎng)絡(luò)的質(zhì)量，并有助于被更大范圍的科學(xué)社區(qū)接受。在同行評(píng)審的期刊中描述當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)集合的構(gòu)造的文獻(xiàn)的公布是初始步驟[GebelS^LichtnerRB^FrushourB等人，“Construct1nofacomputablenetworkmodelforDNAdamage，autophagy，celldeath,andsenescence”，B1informaticsandb1logyinsights，2013年第7期第97-117頁；WestraJff^SchlageWK^HengstermannA等人，“AModularCell-TypeFocusedInflammatoryProcessNetworkModelforNon-diseasedPulmonaryTissue，，，B1informaticsandB1logyInsights，7:1-26，2013;ParkJS^SchlageWK^FrushourBP等人，“Construct1nofaComputableNetworkModelofTissueRepairandAng1genesisintheLung”，ClinicalToxicology?2013，S12;SchlageWK^ffestraJW、GebelS等人，“Acomputablecellularstressnetworkmodelfornon-diseasedpulmonaryandcard1vasculartissue”，BMCSystB1l，2011年第5期第168頁;WestraJff^SchlageWK^FrushourBP等人，“Construct1nofacomputablecellproliferat1nnetworkfocusedonnon-diseasedlungcells，，，BMCSystB1l，2011年第5期第105頁]。然而，對(duì)于同行評(píng)審人可以驗(yàn)證的內(nèi)容存在限制，并且經(jīng)典的同行評(píng)審系統(tǒng)不容易實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)集或生成的網(wǎng)絡(luò)的全面分析。[0050]本公開的系統(tǒng)和方法使得一組同行評(píng)審人能夠高效地且有效地提供對(duì)正被幾乎實(shí)時(shí)地更新的網(wǎng)絡(luò)模型的反饋。例如，研究者可能已獲得關(guān)于網(wǎng)絡(luò)模型的邊的結(jié)果。然而，在將結(jié)果傳播給公眾之前，研究者希望讓本領(lǐng)域的專家來評(píng)審他/她的結(jié)果。在這種情況下，通過將結(jié)果提交為對(duì)網(wǎng)絡(luò)模型的建議修改，并且等待來自其他用戶的投票或其它證據(jù)支持形式的反饋，研究者可以利用本公開的系統(tǒng)和方法。這樣，研究者可以從其他專家和同行評(píng)審人(即，系統(tǒng)中的用戶)獲得關(guān)于結(jié)果的反饋，并且僅可以選擇在結(jié)果被驗(yàn)證時(shí)將結(jié)果傳播給公眾。[0051]在另一示例中，研究者可以獲得關(guān)于網(wǎng)絡(luò)模型的多個(gè)邊的多個(gè)相關(guān)結(jié)果。代替立即寫出包括所有結(jié)果的手稿，研究者可以將每一個(gè)結(jié)果提交為對(duì)網(wǎng)絡(luò)模型的單獨(dú)的修改。在這種情況下，研究者接收針對(duì)單獨(dú)的結(jié)果中的每一個(gè)的反饋，并且可以基于在后續(xù)公布中接收到的反饋來選擇包括或省略初始結(jié)果中的任一個(gè)。[0052]在本公開的一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型具有一組獨(dú)特的特征，這些特征將該網(wǎng)絡(luò)模型與對(duì)于科學(xué)社區(qū)來說已經(jīng)可得的信號(hào)通路和網(wǎng)絡(luò)的集合區(qū)分開并使它們成為對(duì)該集合的補(bǔ)充[GebelS、LichtnerRB、FrushourB等人，“Construct1nofacomputablenetworkmodeIforDNAdamage，autophagy，ce11death,andsenescence”，B1informaticsandb1logyinsights，2013年第7期第97-117頁；SchlageWK^ffestraJW、GebelS等人，“Acomputablecellularstressnetworkmodelfornon-diseasedpulmonaryandcard1vasculartissue”，BMCSystB1l，2011年第5期第168頁;WestraJff>SchlageWK^FrushourBP等人，“Construct1nofacomputablecellproliferat1nnetworkfocusedonnon-diseasedlungcells，，，BMCSystB1l，2011年第5期第105頁]D諸如STRING[FranceschiniA^SzklarczykD^FrankildS等人，“STRINGv9.1:protein-proteininteract1nnetworks,withincreasedcoverageandintegrat1n”?NucleicAcidsRes.，2013年I月第41期(數(shù)據(jù)庫期號(hào))第D808-815頁]或HPRD[KeshavaPrasadTS、GoelR^KandasamyK等人，HumanProteinReferenceDatabase—2009update,NucleicAcidsRes.，2009年I月第37期(數(shù)據(jù)庫期號(hào))第D767-772頁]的數(shù)據(jù)倉庫嘗試在幾乎無語境場景下創(chuàng)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的全基因組圖景，而其它信號(hào)通路數(shù)據(jù)倉庫(例如，KEGG和B1Carta)可以采用文獻(xiàn)的人工策劃，但不提供顯著的生物語境。本公開提供了在為相關(guān)聯(lián)的文獻(xiàn)精確限定的語境邊界內(nèi)構(gòu)造的策劃的網(wǎng)絡(luò)模型。在一些具體實(shí)施中，可以并入諸如蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)或脂類組學(xué)的其它組學(xué)數(shù)據(jù)集。作為這些網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)的基因表達(dá)在搜索觀察結(jié)果的解釋過程中大大地有利于復(fù)雜數(shù)據(jù)集的生物學(xué)解釋。在一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型是動(dòng)態(tài)的，因?yàn)樗鼈兛梢酝ㄟ^施加合適的邊界而被修改以表示特定的種和/或組織語境，并且可以在新知識(shí)變得可用時(shí)實(shí)時(shí)更新。[0053]網(wǎng)絡(luò)模型的構(gòu)造是多步驟的迭代過程，并且在此前的出版物中被詳細(xì)地描述[SchlageWK^ffestraJW、GebelS等人，“Acomputablecellularstressnetworkmodelfornon-diseasedpulmonaryandcard1vasculartissue，，，BMCSystB1l.，2011年第5期第168頁；WestraJff^SchlageWK^FrushourBP等人，“Construct1nofacomputablecellproliferat1nnetworkfocusedonnon-diseasedlungcells，，，BMCSystB1l.2011年第5期第105頁]。簡而言之，網(wǎng)絡(luò)模型的構(gòu)造始于模型邊界的認(rèn)真選擇，S卩，選擇將包括在模型中的合適的組織/細(xì)胞語境和生物過程。然后，相關(guān)科學(xué)文獻(xiàn)被審查，以提取包括文獻(xiàn)的模型的節(jié)點(diǎn)和邊的因果關(guān)系。在本公開的一個(gè)具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型基于基因表達(dá)數(shù)據(jù)并且通過施加逆向因果推理來構(gòu)造。多個(gè)數(shù)據(jù)集被用來優(yōu)選地從實(shí)驗(yàn)測(cè)試網(wǎng)絡(luò)模型是否表示被建模的生物系統(tǒng)，在該實(shí)驗(yàn)中，實(shí)驗(yàn)暴露干擾由正構(gòu)造的網(wǎng)絡(luò)模型捕獲的生物機(jī)制。[0054]在本公開的一些具體實(shí)施中，模型構(gòu)建工作可通過文本挖掘來輔助進(jìn)行。文本挖掘通常涉及使用計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法來分析技術(shù)文獻(xiàn)的文本，選擇性地檢索相關(guān)術(shù)語，并且將它們引入結(jié)構(gòu)化的關(guān)系中。使用文本挖掘可以有利于可用來構(gòu)造網(wǎng)絡(luò)模型的BEL編碼的知識(shí)庫的半自動(dòng)組裝。本文所公開的系統(tǒng)和方法可以為用戶提供選項(xiàng)，以便在用戶正在審查或修改所述組中的節(jié)點(diǎn)和邊時(shí)基于關(guān)于該組節(jié)點(diǎn)和邊的信息和知識(shí)來進(jìn)行文本挖掘。[0055]在一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型被用于表示人肺生理學(xué)中牽涉的關(guān)鍵生物過程，并且此前已被公布:細(xì)胞增殖[WestraJW、SchlageWK、FrushourBP等人，“Construct1nofacomputablecellproliferat1nnetworkfocusedonnon-diseasedlungcells，，，BMCSystB1l，2011年第5期第105頁]，細(xì)胞應(yīng)激[SchlageWK,WestraJW、GebelS等人，“Acomputablecellularstressnetworkmodelfornon-diseasedpulmonaryandcard1vasculartissue”，BMCSystB1l.，2011年第5期第168頁]，細(xì)胞命運(yùn)[GebelS、LichtnerRB^FrushourB等人，“Construct1nofacomputablenetworkmodelforDNAdamage，autophagy，celldeath,andsenescence，，，B1informaticsandb1logyinsights，2013年第7期第97-117頁]，肺部炎癥[WestraJff^SchlageWK^HengstermannA等人，“AModularCell-TypeFocusedInflammatoryProcessNetworkModelforNon-diseasedPulmonaryTissue，，，B1informaticsandB1logyInsights，2013年第7期第1-26頁]，組織修復(fù)和血管新生[ParkJS^SchlageWK^FrushourBP等人，“Construct1nofaComputableNetworkModelofTissueRepairandAng1genesisintheLung”，ClinicalToxicology，2013;S12L此外，四個(gè)網(wǎng)絡(luò)被構(gòu)建以模擬慢性阻塞性肺病(COPD)的發(fā)病機(jī)制。COPD是一種常見的肺部炎性疾病，其中氣道變得狹窄，從而造成氣短XOPD是主要的和日益嚴(yán)重的全球健康問題。世界衛(wèi)生組織預(yù)測(cè)，該疾病在2020年前將成為全球第三大死因和第五大常見致殘因素[LopezAD、MurrayCC，“Theglobalburdenofdisease,1990-2020”，NatMed.，1998年11月第4(11)期第1241-1243頁]。發(fā)達(dá)國家中肺氣腫/COPD的主要風(fēng)險(xiǎn)因素是暴露于煙草煙霧[PauwelsRA、BuistAS^CalverleyPM^JenkinsCR、HurdSS，“Globalstrategyforthediagnosis,management,andprevent1nofchronicobstructivepulmonarydisease”，NHLBI/WH0GlobalInitiativeforChronicObstructiveLungDisease(GOLD)Workshopsummary?AmJRespirCritCareMed.，2001年4月第163(5)期第1256-1276頁LB-細(xì)胞活化和T-細(xì)胞浸潤及活化子網(wǎng)絡(luò)被構(gòu)建，以表示這些免疫過程和它們?cè)赾oro中的作用，并且通過基于健康生理學(xué)修改模型來構(gòu)建細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)降解和胞葬作用子網(wǎng)絡(luò)，以模擬與COB)相關(guān)的機(jī)制肩如，可以通過網(wǎng)絡(luò)102提供描述在人類coro中牽涉的生物系統(tǒng)的一組網(wǎng)絡(luò)，以便由多個(gè)用戶進(jìn)行策劃。[0056]雖然本公開的大部分內(nèi)容涉及生物網(wǎng)絡(luò)模型，但本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，本公開的系統(tǒng)和方法可以應(yīng)用于任何類型的網(wǎng)絡(luò)，例如，生態(tài)網(wǎng)絡(luò)或任何其它類型的系統(tǒng)，該系統(tǒng)可包括節(jié)點(diǎn)和表示節(jié)點(diǎn)之間的因果關(guān)系的邊。[0057]本公開的系統(tǒng)和方法包括集成的社會(huì)聲譽(yù)系統(tǒng)，該聲譽(yù)系統(tǒng)鼓勵(lì)高質(zhì)量的基于證據(jù)的貢獻(xiàn)和一致同意的網(wǎng)絡(luò)模型的開發(fā)。本公開的系統(tǒng)和方法并入傳統(tǒng)和非傳統(tǒng)的激勵(lì)措施以促進(jìn)用戶活動(dòng)。非傳統(tǒng)的激勵(lì)措施之一是應(yīng)用游戲化原理。這樣的原理將游戲機(jī)制應(yīng)用到特定問題和任務(wù)，以吸引用戶的興趣和活動(dòng)，并且用非傳統(tǒng)的激勵(lì)措施正向激勵(lì)參與者。如本文所述，本公開的系統(tǒng)和方法利用了以下認(rèn)識(shí):對(duì)提高某人的聲譽(yù)的普遍愿望將導(dǎo)致更好地策劃的網(wǎng)絡(luò)模型。相比僅提供用戶的排名而不導(dǎo)致或涉及朝由組織者設(shè)定的目標(biāo)所做的進(jìn)步的其它聲譽(yù)系統(tǒng)，在集成聲譽(yù)系統(tǒng)和驗(yàn)證過程之間的這種相互作用做出了改進(jìn)。特別地，當(dāng)用戶向系統(tǒng)貢獻(xiàn)知識(shí)和意見時(shí)，所得到的策劃的模型的質(zhì)量被提高，并且聲譽(yù)系統(tǒng)對(duì)這些用戶動(dòng)作的表現(xiàn)進(jìn)行鼓勵(lì)。[0058]例如，通過參加技能游戲獲得的聲譽(yù)成為對(duì)執(zhí)行任務(wù)的獎(jiǎng)勵(lì)的一部分，而不是(或除此之外)諸如經(jīng)濟(jì)獎(jiǎng)勵(lì)的物質(zhì)激勵(lì)措施(即，傳統(tǒng)激勵(lì)措施)。聲譽(yù)可以通過從不同動(dòng)作的表現(xiàn)累積的分?jǐn)?shù)或通過為滿足特定標(biāo)準(zhǔn)而獎(jiǎng)勵(lì)的獎(jiǎng)?wù)聛砗饬?。用戶可以累積聲譽(yù)分、聲譽(yù)獎(jiǎng)?wù)?、或兩者的組合，并且通過支持注釋和評(píng)論的排行榜系統(tǒng)和基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)與更大網(wǎng)絡(luò)的用戶交互。對(duì)用戶的聲譽(yù)分獎(jiǎng)勵(lì)可以僅僅基于或偏向于知識(shí)、證據(jù)或兩者的貢獻(xiàn)，而不是唯一地或大部分基于計(jì)算動(dòng)作(例如，耗費(fèi)大量計(jì)算資源的計(jì)算)。與其中聲譽(yù)系統(tǒng)僅可以識(shí)別獲勝者的游戲情景不同，與集成聲譽(yù)系統(tǒng)結(jié)合的本公開的網(wǎng)絡(luò)模型策劃情景導(dǎo)致對(duì)知識(shí)的更多理解和共享。通過強(qiáng)調(diào)所提供的科學(xué)信息，本公開將游戲化組件限制到排行榜，以促進(jìn)友好競爭和參與。[0059]特別地，相比沒有聲譽(yù)分?jǐn)?shù)系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)策劃系統(tǒng)，將聲譽(yù)分?jǐn)?shù)系統(tǒng)與網(wǎng)絡(luò)策劃系統(tǒng)集成導(dǎo)致提供更好的網(wǎng)絡(luò)模型的更穩(wěn)健的驗(yàn)證過程。特別地，集成聲譽(yù)系統(tǒng)激勵(lì)用戶通過執(zhí)行諸如投票、建議修改或提供支持網(wǎng)絡(luò)模型的一部分或駁斥此前提供的證據(jù)的證據(jù)的用戶動(dòng)作來為網(wǎng)絡(luò)模型做出貢獻(xiàn)。對(duì)為網(wǎng)絡(luò)模型做貢獻(xiàn)的激勵(lì)源自對(duì)在用戶社區(qū)內(nèi)獲得聲譽(yù)的愿望。除了游戲化方面之外，利用聲譽(yù)分?jǐn)?shù)、聲譽(yù)獎(jiǎng)?wù)潞团判邪裣到y(tǒng)，可以提供任意數(shù)目的許多專業(yè)和科學(xué)激勵(lì)措施來刺激參預(yù)和參與。例如，在一些具體實(shí)施中，在模型被傳播給非用戶之前，用戶獲準(zhǔn)訪問策劃的網(wǎng)絡(luò)模型。在一個(gè)備選的具體實(shí)施中，獲得一定分?jǐn)?shù)的用戶可能能夠下載網(wǎng)絡(luò)模型的所選部分，例如，以各種連接度連接到由用戶作用的節(jié)點(diǎn)和邊的那些節(jié)點(diǎn)和邊。下文描述了聲譽(yù)系統(tǒng)的若干具體實(shí)施，但本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，在不脫離本公開的范圍的情況下，聲譽(yù)系統(tǒng)可包括用來鼓勵(lì)用戶為網(wǎng)絡(luò)模型的開發(fā)做貢獻(xiàn)的任何激勵(lì)工具。[0060]項(xiàng)目的組織者可以建立集成聲譽(yù)系統(tǒng)以獎(jiǎng)勵(lì)聲譽(yù)分。通常，聲譽(yù)系統(tǒng)為每一類型的用戶動(dòng)作獎(jiǎng)勵(lì)一數(shù)目的聲譽(yù)分。獎(jiǎng)勵(lì)的分?jǐn)?shù)的數(shù)目可以是預(yù)定的，并且在某些特定條件下對(duì)應(yīng)于一種類型的用戶動(dòng)作?？梢杂捎脩暨M(jìn)行投票以表示贊同或不贊同與網(wǎng)絡(luò)模型中的節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的一條證據(jù)。[0061]例如，投票贊同支持網(wǎng)絡(luò)模型中的現(xiàn)有邊的一條證據(jù)(從而驗(yàn)證由該邊表示的關(guān)系)的用戶可以被獎(jiǎng)勵(lì)一定數(shù)目的聲譽(yù)分。在另一示例中，用戶可以投票不贊同支持該邊的一條證據(jù)，從而不驗(yàn)證或駁斥由該邊表示的關(guān)系。在這種情況下，用戶可以被獎(jiǎng)勵(lì)相同或不同數(shù)目的聲譽(yù)分。如果用戶提供了對(duì)邊的建議修改，例如，改變一個(gè)或兩個(gè)節(jié)點(diǎn)，或改變與這兩個(gè)節(jié)點(diǎn)之間的邊相關(guān)聯(lián)的值，那么用戶可以被獎(jiǎng)勵(lì)類似或不同數(shù)目的聲譽(yù)分。[0062]在某些具體實(shí)施中，為用戶動(dòng)作而獎(jiǎng)勵(lì)給用戶的聲譽(yù)分的數(shù)目可以依賴于網(wǎng)絡(luò)模型的狀況，并且也部分地依賴于隨時(shí)間變化的某些條件。例如，相比執(zhí)行與關(guān)聯(lián)到較少投票的邊有關(guān)的動(dòng)作的用戶，執(zhí)行與已經(jīng)與許多投票相關(guān)聯(lián)的邊有關(guān)的動(dòng)作的用戶可以被獎(jiǎng)勵(lì)較少的聲譽(yù)分。在這種情況下，當(dāng)針對(duì)一邊的引入的投票積累時(shí)，每個(gè)投票的相對(duì)有用性和獎(jiǎng)勵(lì)的分的數(shù)目可能隨每個(gè)引入的投票而減少。與對(duì)該邊的用戶動(dòng)作相關(guān)聯(lián)的獎(jiǎng)勵(lì)的分的數(shù)目中的這種動(dòng)態(tài)變化可以被通信至用戶社區(qū)，以鼓勵(lì)用戶對(duì)受到較少關(guān)注的網(wǎng)絡(luò)的其它部分采取動(dòng)作。這樣，為指向一邊的動(dòng)作而獎(jiǎng)勵(lì)給用戶的聲譽(yù)分的數(shù)目可以依賴于針對(duì)該邊或該邊所處的網(wǎng)絡(luò)模型的部分而接收的用戶活動(dòng)(即，現(xiàn)有用戶動(dòng)作的數(shù)目)的多少。集成聲譽(yù)系統(tǒng)的這方面可由組織者手動(dòng)地、由根據(jù)一組條件(圖6)編程的聲譽(yù)系統(tǒng)、或由手動(dòng)或自動(dòng)動(dòng)作兩者的組合來調(diào)節(jié)。[0063]在一些具體實(shí)施中，獎(jiǎng)勵(lì)給用戶的聲譽(yù)分的數(shù)目可以依賴于關(guān)于一個(gè)元素或該元素所處的網(wǎng)絡(luò)的部分的此前的動(dòng)作、后續(xù)動(dòng)作、或這兩類動(dòng)作的性質(zhì)。在一個(gè)示例中，獎(jiǎng)勵(lì)給提供與節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的用戶動(dòng)作的用戶的聲譽(yù)分的數(shù)目可以基于與該節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的用戶動(dòng)作的歷史。例如，如果一個(gè)邊和與表示不贊同的類似的數(shù)目的表示贊同的投票相關(guān)聯(lián)，則該邊可以被標(biāo)記為尚未驗(yàn)證;并且如果一證據(jù)之后被導(dǎo)致邊的驗(yàn)證的其它用戶贊同，那么提供與該邊相關(guān)聯(lián)的證據(jù)的用戶可以被獎(jiǎng)勵(lì)額外數(shù)目的聲譽(yù)分。在另一示例中，獎(jiǎng)勵(lì)給提供與節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的用戶動(dòng)作的用戶的聲譽(yù)分的總數(shù)目可以基于與該節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的后續(xù)用戶動(dòng)作。可導(dǎo)致聲譽(yù)分的額外獎(jiǎng)勵(lì)的后續(xù)用戶動(dòng)作的示例是當(dāng)表示贊同或不贊同的投票數(shù)達(dá)到或超出閾值(即，驗(yàn)證閾值或拒絕閾值)時(shí)邊或節(jié)點(diǎn)的驗(yàn)證。因此，如果用戶是表示贊同的投票的初始提供者，并且當(dāng)接收到造成該節(jié)點(diǎn)或邊被驗(yàn)證的足夠數(shù)目的投票時(shí)，初始投票人可以被獎(jiǎng)勵(lì)額外的聲譽(yù)分。在該示例中，由聲譽(yù)系統(tǒng)獎(jiǎng)勵(lì)的分?jǐn)?shù)與在網(wǎng)絡(luò)模型的驗(yàn)證和策劃過程中做出的進(jìn)步集成。[0064]在一些具體實(shí)施中，獎(jiǎng)勵(lì)給用戶的聲譽(yù)分的數(shù)目可以由表示邊或網(wǎng)絡(luò)模型的一部分的物質(zhì)來預(yù)定。特別地，網(wǎng)絡(luò)模型的某些節(jié)點(diǎn)或邊可以表示難得出名的主題、有爭議且因此需要解決的主題、或?qū)τ诮M織者來說重要的主題。例如，相比連接到較少節(jié)點(diǎn)的其它節(jié)點(diǎn)，連接到許多其它節(jié)點(diǎn)的節(jié)點(diǎn)可以與更大數(shù)目的聲譽(yù)分相關(guān)聯(lián)。類似地，相比與較少被連接的節(jié)點(diǎn)相關(guān)聯(lián)的其它邊，與這樣被大量連接的節(jié)點(diǎn)相關(guān)聯(lián)的邊可以與更大數(shù)目的聲譽(yù)分相關(guān)聯(lián)。通常，由聲譽(yù)系統(tǒng)獎(jiǎng)勵(lì)的分?jǐn)?shù)反應(yīng)在網(wǎng)絡(luò)模型的驗(yàn)證和策劃過程中做出的進(jìn)步。[0065]在一些具體實(shí)施中，當(dāng)?shù)梅只虮硎举澩耐镀睌?shù)超出驗(yàn)證閾值時(shí)，或等同地，當(dāng)同意模型的一部分的用戶數(shù)超出驗(yàn)證閾值時(shí)，網(wǎng)絡(luò)模型的部分(例如，一組BEL語句或關(guān)于一個(gè)或多個(gè)BEL語句的幾條證據(jù))被驗(yàn)證。如本文所用，術(shù)語“得分”包括表示贊同網(wǎng)絡(luò)模型的對(duì)應(yīng)部分的投票數(shù)、表示不贊同的投票數(shù)、或源于表示贊同的投票數(shù)和表示不贊同的投票數(shù)的表達(dá)。例如，網(wǎng)絡(luò)模型的元素(例如，邊、節(jié)點(diǎn)、或支持邊或節(jié)點(diǎn)的一條證據(jù))的得分可以對(duì)應(yīng)于表示贊同該元素的投票的絕對(duì)數(shù)。當(dāng)表示贊同的投票的絕對(duì)數(shù)超出預(yù)定值時(shí)，驗(yàn)證閾值可以被超出。在另一示例中，網(wǎng)絡(luò)模型的元素的得分可以對(duì)應(yīng)于在表示贊同的投票數(shù)和表示不贊同該元素的投票數(shù)之間的比率。在這種情況下，當(dāng)表示贊同的投票數(shù)超出表示不贊同的投票數(shù)的兩倍(或任何其它合適的倍數(shù))時(shí)，可以達(dá)到驗(yàn)證閾值。[0066]拒絕閾值可以與驗(yàn)證閾值的定義類似地或不同地進(jìn)行限定。在另一示例中，網(wǎng)絡(luò)模型的元素的得分可以對(duì)應(yīng)于表示不贊同該元素的投票的絕對(duì)數(shù)。拒絕閾值可以在表示不贊同的投票數(shù)、表示贊同的投票數(shù)、或它們的組合方面被限定。在一個(gè)示例中，得分可以對(duì)應(yīng)于表示不贊同的投票的絕對(duì)數(shù)。在這種情況下，當(dāng)接收到最小絕對(duì)數(shù)的表示不贊同的投票時(shí)，可以達(dá)到拒絕閾值。在另一示例中，得分可以對(duì)應(yīng)于表示贊同的投票的絕對(duì)數(shù)。在這種情況下，當(dāng)未接收到最小絕對(duì)數(shù)的表示贊同的投票時(shí)，可以達(dá)到拒絕閾值。在又一示例中，得分可以對(duì)應(yīng)于在表示不贊同的投票數(shù)和表示贊同的投票數(shù)之間的比率。在這種情況下，當(dāng)?shù)梅只虮嚷饰茨艹瞿硞€(gè)預(yù)定值時(shí)，可以達(dá)到拒絕閾值。例如，當(dāng)表示不贊同的投票數(shù)超出表示贊同的投票數(shù)的兩倍(或任何其它合適的倍數(shù))時(shí)，可以達(dá)到拒絕閾值。在這些情況中的任一種情況中，當(dāng)達(dá)到拒絕閾值時(shí)，網(wǎng)絡(luò)模型的對(duì)應(yīng)的元素或部分可以被識(shí)別為被拒絕，并且這些部分中的一個(gè)或多個(gè)可以被標(biāo)記為未驗(yàn)證或從網(wǎng)絡(luò)模型中刪除。[0067]在一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型的另外一些部分被識(shí)別為有爭議的，并且這些部分中的一個(gè)或多個(gè)可以被標(biāo)記以進(jìn)一步調(diào)查。特別地，網(wǎng)絡(luò)的有爭議部分可以對(duì)應(yīng)于在項(xiàng)目開始之后的某個(gè)時(shí)間未達(dá)成共識(shí)的部分。換句話講，驗(yàn)證閾值或拒絕閾值都未達(dá)到。這可以發(fā)生在接收到過少的總投票時(shí)，或者接收到類似數(shù)目的一方面表示贊同的投票與表示不贊同的投票時(shí)。因此，本公開的系統(tǒng)和方法可用來識(shí)別未驗(yàn)證或不可驗(yàn)證且因此不適合傳播的邊、節(jié)點(diǎn)或網(wǎng)絡(luò)模型的部分?？梢詫⑦@樣的邊、節(jié)點(diǎn)或網(wǎng)絡(luò)模型的部分通信給用戶、組織者或兩者以進(jìn)一步調(diào)查和策劃。[0068]在一些具體實(shí)施中，如上所述，一旦網(wǎng)絡(luò)模型的邊或部分或與該邊或部分相關(guān)聯(lián)的證據(jù)已達(dá)到預(yù)定的最少投票數(shù)，網(wǎng)絡(luò)模型的該邊或部分或與該邊或部分相關(guān)聯(lián)的證據(jù)就可以被“鎖定”，并阻止進(jìn)一步投票。例如，如果已達(dá)成共識(shí)，關(guān)于網(wǎng)絡(luò)模型的該證據(jù)、邊或部分的附加投票就不可以被輸入系統(tǒng)中。當(dāng)達(dá)成共識(shí)時(shí)，可以將額外數(shù)目的聲譽(yù)分分配給此前對(duì)網(wǎng)絡(luò)模型的該證據(jù)、邊或部分投票的一個(gè)或多個(gè)用戶。例如，投票贊同支持在網(wǎng)絡(luò)模型中最終被驗(yàn)證的邊的一條證據(jù)的用戶可以為正確投票而被獎(jiǎng)勵(lì)獎(jiǎng)賞聲譽(yù)分。此外，最終被驗(yàn)證的修改或支持證據(jù)的初始提交人和較早的投票人可以被獎(jiǎng)勵(lì)相比較晚的投票人額外的獎(jiǎng)賞聲譽(yù)分。[0069]在一些具體實(shí)施中，基于其它標(biāo)準(zhǔn)來分配其它類型的獎(jiǎng)勵(lì)。例如，當(dāng)用戶完成預(yù)定的一組動(dòng)作時(shí)，可以獎(jiǎng)勵(lì)聲譽(yù)獎(jiǎng)?wù)?。例如，?dāng)用戶創(chuàng)建或修改在一段時(shí)間后隨后被驗(yàn)證的網(wǎng)絡(luò)邊時(shí)，該用戶可以被獎(jiǎng)勵(lì)一枚獎(jiǎng)?wù)?。[0070]在生物網(wǎng)絡(luò)的大眾策劃和該策劃的在線驗(yàn)證的范圍內(nèi)，一種提交、贊同和評(píng)論系統(tǒng)被設(shè)計(jì)用于鼓勵(lì)科學(xué)家對(duì)支持各種網(wǎng)絡(luò)關(guān)系的證據(jù)進(jìn)行批判性評(píng)價(jià)。在驗(yàn)證邊和節(jié)點(diǎn)時(shí)，用戶可能被要求使用受控的句法(例如，采用BEL語句的形式)，并且通常可以通過引用一個(gè)或多個(gè)同行評(píng)審出版物來支持其行動(dòng)。BEL語句與參考文獻(xiàn)一起使用確保了結(jié)構(gòu)和邏輯上的正確性，并且解決了關(guān)于知識(shí)策劃平臺(tái)的一個(gè)重要問題:一致性檢驗(yàn)[GrozaT、TudoracheT^DumontierM，“Stateoftheartandopenchallengesincommunity-drivenknowledgecurat1n”，Journalofb1medicalinformatics，2013年2月第46(1)期第1-4頁]。BEL語句嚴(yán)格執(zhí)行一致的輸入結(jié)構(gòu)，這使得能夠利用算法或手動(dòng)地進(jìn)行證據(jù)評(píng)價(jià)。參考文獻(xiàn)的要求允許其他參與者判斷對(duì)正在驗(yàn)證的網(wǎng)絡(luò)、種類、組織或過程的評(píng)論或修改的適用性和邏輯合理性。[0071]通過實(shí)現(xiàn)獎(jiǎng)勵(lì)被更廣泛的一組用戶贊同的網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證和修改的系統(tǒng)，本公開的系統(tǒng)和方法更多地突出和強(qiáng)調(diào)了高質(zhì)量的策劃動(dòng)作。隨意而為的用戶動(dòng)作不可能被獎(jiǎng)勵(lì)獎(jiǎng)賞聲譽(yù)分。在某些具體實(shí)施中，通過要求投票人提供額外的或新的證據(jù)來支持這類用戶動(dòng)作，可以為表示不贊同的投票分配略微更大的任務(wù)。惡意的或武斷的反對(duì)投票是不鼓勵(lì)的。然而，如果該不贊同動(dòng)作是正確的，并且邊或與該邊相關(guān)聯(lián)的證據(jù)隨后遭到反對(duì)，那么投票人可以被獎(jiǎng)勵(lì)獎(jiǎng)賞分，以表彰其對(duì)不正確的動(dòng)作的識(shí)別。[0072]在一些具體實(shí)施中，在鎖定邊、與邊相關(guān)聯(lián)的證據(jù)或網(wǎng)絡(luò)模型的一部分之前，任何用戶都可以查看關(guān)于該邊或該條證據(jù)或網(wǎng)絡(luò)模型的該部分的投票或評(píng)論，但貢獻(xiàn)于投票、評(píng)論、額外證據(jù)或模型的修改的用戶的用戶名可能不是可由其他用戶查看的。用戶動(dòng)作可以保持匿名，以防止對(duì)后續(xù)用戶動(dòng)作的不當(dāng)影響。然而，在某些具體實(shí)施中，當(dāng)邊或一條證據(jù)或網(wǎng)絡(luò)模型的一部分被鎖定時(shí)，提交人和投票人的用戶名可能是可由所有用戶查看的。這樣的透明性可有助于在用戶之間產(chǎn)生持續(xù)的對(duì)話，這種對(duì)話可以被傳遞到該網(wǎng)絡(luò)的其它部分。[0073]在一些具體實(shí)施中，排行榜系統(tǒng)用來為用戶提供對(duì)他們?cè)谡麄€(gè)網(wǎng)絡(luò)策劃項(xiàng)目中和可選地該網(wǎng)絡(luò)的每個(gè)具體子網(wǎng)絡(luò)或部分內(nèi)的相對(duì)表現(xiàn)的理解。排行榜系統(tǒng)可以設(shè)計(jì)成鼓勵(lì)在每個(gè)子網(wǎng)絡(luò)內(nèi)的友好競爭和更多的參與。在一些具體實(shí)施中，排行榜可以指示用戶名、由聲譽(yù)分的總數(shù)目確定的排名、以及諸如所創(chuàng)建、贊同和不贊同的邊的數(shù)量的具體尺度。在一些具體實(shí)施中，排行榜可以在全局水平下操作，包括由在其它過去或現(xiàn)在的網(wǎng)絡(luò)策劃項(xiàng)目中的用戶采取的動(dòng)作獲得的聲譽(yù)分。在某些具體實(shí)施中，為了促進(jìn)競爭和持續(xù)參與，同時(shí)避免由于總分上的大差距導(dǎo)致的挫敗感，用戶可以只能夠看到在每一個(gè)全局或具體網(wǎng)絡(luò)排行榜內(nèi)該用戶的排名上下5個(gè)用戶的排名和分?jǐn)?shù)。所有排行榜的前5個(gè)(或任何其它合適數(shù)目的)用戶名可以被顯示，但不含其總分，以獎(jiǎng)勵(lì)最大貢獻(xiàn)者，而不使其他參與者氣餒。[0074]在一些具體實(shí)施中，本文所述系統(tǒng)和方法以用戶動(dòng)作的形式請(qǐng)求用戶輸入。該請(qǐng)求可以是對(duì)與網(wǎng)絡(luò)模型有關(guān)的用戶動(dòng)作的被動(dòng)性和一般的請(qǐng)求。在這種情況下，網(wǎng)絡(luò)模型(這可以是初始網(wǎng)絡(luò)模型或初始網(wǎng)絡(luò)模型的修改版本)的表示顯示在一個(gè)或多個(gè)用戶接口上，并且用戶可以選擇網(wǎng)絡(luò)模型的各種元素或部分，以提供輸入。在另一示例中，該請(qǐng)求可以是對(duì)與網(wǎng)絡(luò)模型的特定元素或部分有關(guān)的用戶動(dòng)作的主動(dòng)性或具體的請(qǐng)求。在這種情況下，網(wǎng)絡(luò)模型的表示可以顯示在一個(gè)或多個(gè)用戶接口上，并且網(wǎng)絡(luò)模型的指定元素或部分可以被高亮、放大或以某種方式特殊地顯示。在通過計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)發(fā)送對(duì)用戶動(dòng)作的請(qǐng)求之后，本文所述系統(tǒng)和方法接收來自多個(gè)用戶的用戶動(dòng)作，并且可以基于接收的用戶動(dòng)作的類型和與該用戶動(dòng)作或網(wǎng)絡(luò)模型的對(duì)應(yīng)元素有關(guān)的任何其它因素將聲譽(yù)分分配給每個(gè)用戶。由每個(gè)用戶積累的聲譽(yù)分的數(shù)目可以用來為用戶分配排名，并且該排名可以用來形成排行榜(例如，根據(jù)聲譽(yù)分的數(shù)目排序的具有最大數(shù)目的聲譽(yù)分的用戶的列表)。在網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段期間、在網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段之后或在網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段期間和之后，可以將排行榜或其一部分顯示給用戶。排行榜可以在聲譽(yù)分被獎(jiǎng)勵(lì)給用戶時(shí)實(shí)時(shí)更新，或者排行榜可以被定期更新，例如，每隔固定的時(shí)間間隔，例如每小時(shí)、每天、或任何其它合適的時(shí)間間隔。[0075]在一些具體實(shí)施中，當(dāng)閾值數(shù)目的用戶動(dòng)作被接收時(shí)(例如，當(dāng)為網(wǎng)絡(luò)模型接收到50個(gè)、100個(gè)、200個(gè)或任何其它合適數(shù)目的用戶動(dòng)作時(shí)，或者當(dāng)為網(wǎng)絡(luò)模型的一個(gè)或多個(gè)部分接收到5個(gè)、1個(gè)、20個(gè)或任何其它合適數(shù)目的用戶動(dòng)作時(shí))，當(dāng)對(duì)初始網(wǎng)絡(luò)模型的閾值數(shù)目的驗(yàn)證的修改被執(zhí)行時(shí)，當(dāng)已經(jīng)過閾值數(shù)量的時(shí)間(例如，10、20、50、100或任何其它合適數(shù)目的天、周或月)時(shí)，或當(dāng)出現(xiàn)上述情況的任何合適的組合時(shí)，網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段結(jié)束。如本文所述，當(dāng)排行榜在網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段期間被顯示時(shí)，排行榜可包括到網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段結(jié)束時(shí)間的倒計(jì)時(shí)或?qū)W(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段結(jié)束時(shí)間的指示。例如，顯示的排行榜可包括網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證階段剩余的天數(shù)或小時(shí)數(shù)。在另一示例中，顯示的排行榜可包括自驗(yàn)證階段開始以來接收到的用戶動(dòng)作的數(shù)目或在驗(yàn)證階段結(jié)束之前需要接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目。[0076]在一些具體實(shí)施中，用戶可以作為個(gè)人或團(tuán)隊(duì)參與。雖然用戶可能最終作為個(gè)人被評(píng)價(jià)，但與其他人作為團(tuán)隊(duì)的自我認(rèn)同可以鼓勵(lì)在團(tuán)體內(nèi)的參與和團(tuán)體之間的競爭。此夕卜，甚至在項(xiàng)目的官方截止日之后，本公開的基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)也可以保持并對(duì)社區(qū)可用，以用于進(jìn)一步的動(dòng)作。而且，如果用戶上升到網(wǎng)絡(luò)的排行榜的頂部，該用戶的可見范圍可以增加。上升到排行榜的頂部可以幫助用戶作為在主題領(lǐng)域內(nèi)的專家贏得聲望。[0077]作為示例，圖6是描繪系統(tǒng)的表，該系統(tǒng)列出了可以為各種類型的用戶動(dòng)作獎(jiǎng)勵(lì)的聲譽(yù)分的數(shù)目。如圖6所示，驗(yàn)證閾值和拒絕閾值均設(shè)為7個(gè)投票。此外，當(dāng)參與者的聲譽(yù)在游戲期間在排行榜上對(duì)于其他人變得可見，而不是僅在結(jié)束時(shí)提供時(shí)，參與者的積極性可以被進(jìn)一步提高。為了補(bǔ)充個(gè)人排行榜，團(tuán)隊(duì)或機(jī)構(gòu)排行榜可以用來鼓勵(lì)合作競爭。[0078]在一些具體實(shí)施中，科學(xué)家被激勵(lì)以主動(dòng)地貢獻(xiàn)于感興趣的網(wǎng)絡(luò)并通過與其它領(lǐng)域的專家交流來發(fā)展新的理解。這種溝通可以通過在整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中可用的評(píng)論系統(tǒng)而便利化，該系統(tǒng)允許用戶提供針對(duì)各個(gè)節(jié)點(diǎn)和邊的評(píng)論和響應(yīng)。本公開的社會(huì)方面可能是一個(gè)重要特征，因?yàn)樗膭?lì)用戶與學(xué)術(shù)同行接觸，以促進(jìn)網(wǎng)絡(luò)動(dòng)作的贊同和不贊同。它不僅提供了獲得聲譽(yù)的機(jī)會(huì)，而且提供了將改變付諸于網(wǎng)絡(luò)的機(jī)會(huì)，這些改變代表了可由此產(chǎn)生新認(rèn)識(shí)的經(jīng)過驗(yàn)證的信息。朝更多交互的這種推動(dòng)自然地增加了用戶的個(gè)人網(wǎng)絡(luò)，這在傳統(tǒng)上是科學(xué)生涯的重要部分。[0079]在一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型驗(yàn)證過程的結(jié)果被評(píng)價(jià)，以識(shí)別被驗(yàn)證、拒絕或指示為有爭議的網(wǎng)絡(luò)模型的不同部分。通過識(shí)別網(wǎng)絡(luò)模型的這些不同部分，組織者可以確定在網(wǎng)絡(luò)策劃項(xiàng)目期間關(guān)于主題領(lǐng)域的知識(shí)被進(jìn)一步擴(kuò)展、修訂或無效化的程度。為了有助于組織者解釋網(wǎng)絡(luò)策劃項(xiàng)目的結(jié)果，可以分析下列示例性尺度中的一個(gè)或多個(gè):在項(xiàng)目之前和之后，支持每個(gè)邊的證據(jù)的數(shù)量;在過程之前和之后，相對(duì)于網(wǎng)絡(luò)的預(yù)期語境而言，每個(gè)節(jié)點(diǎn)或邊的語境注釋的特異性;在鎖定之前對(duì)每個(gè)節(jié)點(diǎn)或邊的正評(píng)論或投票與負(fù)評(píng)論或投票的比率;對(duì)每個(gè)邊的編輯動(dòng)作的數(shù)目；邊刪除動(dòng)作的數(shù)目；以及鎖定的邊和未鎖定的邊的數(shù)目。[0080]在一些具體實(shí)施中，事務(wù)處理(transact1ns)和所得到的網(wǎng)絡(luò)被檢查，以確定游戲化原理是否產(chǎn)生不需要的人工假象，例如，由僅為了獲得分?jǐn)?shù)的用戶進(jìn)行的無價(jià)值的活動(dòng)。如果存在個(gè)人或團(tuán)體成功的任何不尋常的模式，所得到的語句和邊的技術(shù)結(jié)論可以被審查，以確定最終網(wǎng)絡(luò)的技術(shù)內(nèi)容是否為了競爭目的而以任何方式被減損。在一些具體實(shí)施中，網(wǎng)絡(luò)模型策劃項(xiàng)目的結(jié)果被評(píng)價(jià)，以根據(jù)聲譽(yù)系統(tǒng)將該領(lǐng)域的專家識(shí)別為最高得分者。[0081]圖7是用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型的方法700的流程圖。方法700包括以下步驟:提供用于顯示、編輯和注釋網(wǎng)絡(luò)模型的在線系統(tǒng)(步驟702);將初始網(wǎng)絡(luò)模型導(dǎo)入系統(tǒng)中(步驟704);請(qǐng)求表示來自多個(gè)用戶的動(dòng)作的數(shù)據(jù)(步驟706);由聲譽(yù)系統(tǒng)管理根據(jù)用戶的動(dòng)作獎(jiǎng)勵(lì)給各個(gè)用戶的獎(jiǎng)品和聲譽(yù)分(步驟708);識(shí)別網(wǎng)絡(luò)模型的驗(yàn)證的方面和可選地將修改/一致贊同的網(wǎng)絡(luò)模型傳播給用戶或公眾(步驟710);以及根據(jù)用戶累積的聲譽(yù)分對(duì)用戶排序(步驟712)。[0082]本公開的系統(tǒng)和方法提供了一種策劃的網(wǎng)絡(luò)模型。提供了包括節(jié)點(diǎn)和邊的網(wǎng)絡(luò)模型，并且導(dǎo)向至少一個(gè)節(jié)點(diǎn)或至少一個(gè)邊的用戶動(dòng)作被接收?；跒槊總€(gè)相應(yīng)的邊接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目，為該相應(yīng)的邊賦予權(quán)重。經(jīng)確認(rèn)的子集的邊和被拒絕的子集的邊被識(shí)別。在經(jīng)確認(rèn)的子集中的邊具有被賦予的超出確認(rèn)閾值的權(quán)重，而在被拒絕的子集中的邊具有被賦予的低于拒絕閾值的權(quán)重。然后，經(jīng)確認(rèn)的子集的邊和相關(guān)聯(lián)的節(jié)點(diǎn)被提供為策劃的網(wǎng)絡(luò)模型，其中策劃的網(wǎng)絡(luò)模型省略了被拒絕的子集的邊。[0083]圖3是計(jì)算設(shè)備的框圖，該計(jì)算設(shè)備為例如用于執(zhí)行本文所述過程的圖1的系統(tǒng)100的部件中的任一個(gè)。系統(tǒng)100的部件中的每一個(gè)可以在一個(gè)或多個(gè)計(jì)算設(shè)備300上實(shí)現(xiàn)，這些部件包括網(wǎng)絡(luò)模型數(shù)據(jù)庫106或206、用戶設(shè)備108、服務(wù)器104或204、處理器105或205、網(wǎng)站管理器222、聲譽(yù)電子數(shù)據(jù)庫228、聲譽(yù)引擎230、網(wǎng)絡(luò)可視化引擎224、或基于Web的語句編輯器226ο在某些方面，多個(gè)上述部件和數(shù)據(jù)庫可以被包括在一個(gè)計(jì)算設(shè)備300內(nèi)。在某些具體實(shí)施中，部件和數(shù)據(jù)庫可以在若干計(jì)算設(shè)備300中被實(shí)現(xiàn)。[0084]計(jì)算設(shè)備300包括至少一個(gè)通信接口單元、輸入/輸出控制器310、系統(tǒng)存儲(chǔ)器、以及一個(gè)或多個(gè)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備。系統(tǒng)存儲(chǔ)器包括至少一個(gè)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器(RAM302)和至少一個(gè)只讀存儲(chǔ)器(ROM304)。這些元件全部與中央處理單元(CPU306)連通，以有利于計(jì)算設(shè)備300的操作。計(jì)算設(shè)備300可以以許多不同的方式配置。例如，計(jì)算設(shè)備300可以是常規(guī)的獨(dú)立式計(jì)算機(jī)，或備選地，計(jì)算設(shè)備300的功能可以被分布在多個(gè)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和架構(gòu)中。計(jì)算設(shè)備300可被配置成執(zhí)行建模、打分和聚合操作中的一些或全部。在圖3中，計(jì)算設(shè)備300經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)或局部網(wǎng)絡(luò)鏈接到其它服務(wù)器或系統(tǒng)。[0085]計(jì)算設(shè)備300可以被配置成分布式架構(gòu)，其中，數(shù)據(jù)庫和處理器被容納在單獨(dú)的單元或位置中。一些這樣的單元執(zhí)行主要的處理功能，并且至少包含通用控制器或處理器和系統(tǒng)存儲(chǔ)器。在這樣的方面，這些單元中的每一個(gè)經(jīng)由通信接口單元308附接到通信集線器或端口(未示出)，該集線器或端口用作與其它服務(wù)器、客戶端或用戶計(jì)算機(jī)和其它相關(guān)設(shè)備的主要通信鏈路。通信集線器或端口自身可具有最低的處理能力，主要用作通信路由器。各種通信協(xié)議可以是系統(tǒng)的一部分，包括但不限于:Ethernet、SAP、SAS?、ATP、BLUETOOTH?、GSM和TCP/1P。[0086]CPU306包括處理器，例如，一個(gè)或多個(gè)常規(guī)的微處理器和用于從CPU306卸載工作量的諸如數(shù)學(xué)協(xié)處理器的一個(gè)或多個(gè)輔助的協(xié)處理器。CPU306與通信接口單元308和輸入/輸出控制器310通信，CPU306通過通信接口單元308和輸入/輸出控制器310與諸如其它服務(wù)器、用戶終端或設(shè)備的其它設(shè)備通信。通信接口單元308和輸入/輸出控制器310可包括多個(gè)通信信道，以用于與例如其它處理器、服務(wù)器或客戶終端同時(shí)通信。彼此通信的設(shè)備不需要連續(xù)地發(fā)送到彼此。相反，這樣的設(shè)備僅需要在必要時(shí)發(fā)送到彼此，實(shí)際上可以在大部分時(shí)間抑制交換數(shù)據(jù)，并且可能需要執(zhí)行若干步驟以在設(shè)備之間建立通信鏈路。[0087]CPU306也與數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備通信。數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備可包括磁性、光學(xué)或半導(dǎo)體存儲(chǔ)器的適當(dāng)組合，并且可包括例如RAM302,ROM304、閃存驅(qū)動(dòng)器、諸如壓縮盤的光盤或硬盤或硬盤驅(qū)動(dòng)器。CPU306和數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備均可以例如完全位于單個(gè)計(jì)算機(jī)或其它計(jì)算設(shè)備內(nèi)；或由通信介質(zhì)連接到彼此，通信介質(zhì)為例如USB端口、串行端口電纜、同軸電纜、以太網(wǎng)式電纜、電話線、射頻收發(fā)器或其它類似的無線或有線介質(zhì)、或它們的組合。例如，CPU306可以經(jīng)由通信接口單元308連接到數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備。CPU306可被配置成執(zhí)行一個(gè)或多個(gè)特定的處理功能。[0088]數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備可以存儲(chǔ)例如:(i)用于計(jì)算設(shè)備300的操作系統(tǒng)312;(ii)—個(gè)或多個(gè)應(yīng)用程序314(例如，計(jì)算機(jī)程序代碼或計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品)，其適于根據(jù)本文所述系統(tǒng)和方法并且特別地根據(jù)結(jié)合CPU306詳細(xì)描述的過程來指導(dǎo)CPU306;或者(iii)適于存儲(chǔ)信息的數(shù)據(jù)庫316，其可以用來存儲(chǔ)程序所需的信息。在一些方面，數(shù)據(jù)庫包括存儲(chǔ)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公布的文獻(xiàn)模型的數(shù)據(jù)庫。[0089]操作系統(tǒng)312和應(yīng)用程序314可以例如存儲(chǔ)成壓縮、未編譯和加密的格式，并且可包括計(jì)算機(jī)程序代碼。程序的指令可以從計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)而不是數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備(例如，從ROM304或從RAM302)讀入處理器的主存儲(chǔ)器中。雖然在程序中的指令的序列的執(zhí)行造成CPU306執(zhí)行本文所述過程步驟，但硬連線電路可以用來代替軟件指令或與軟件指令結(jié)合使用，以實(shí)現(xiàn)本公開的過程。因此，所描述的系統(tǒng)和方法不限于硬件和軟件的任何具體組入口ο[0090]合適的計(jì)算機(jī)程序代碼可以提供用于執(zhí)行本文所述與建模、打分和積聚有關(guān)的一個(gè)或多個(gè)功能。程序也可包括程序元素，例如，操作系統(tǒng)312、數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)和“設(shè)備驅(qū)動(dòng)程序”，這些程序元素允許處理器經(jīng)由輸入/輸出控制器310與計(jì)算機(jī)外圍設(shè)備(例如，視頻顯示器、鍵盤、計(jì)算機(jī)鼠標(biāo)等)進(jìn)行交互。[0091]如本文所用，術(shù)語“計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)”是指任何非暫時(shí)性介質(zhì)，其提供或參與提供指令到計(jì)算設(shè)備300的處理器(或本文所述設(shè)備的任何其它處理器)以執(zhí)行。這樣的介質(zhì)可以采取許多形式，包括但不限于非易失性介質(zhì)和易失性介質(zhì)。非易失性介質(zhì)包括例如光學(xué)、磁性、或光磁性盤、或諸如閃存存儲(chǔ)器的集成電路存儲(chǔ)器。易失性介質(zhì)包括動(dòng)態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器(DRAM)，其通常構(gòu)成主存儲(chǔ)器。常見形式的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括例如軟盤、軟磁盤、硬盤、磁帶、任何其它磁性介質(zhì)、CD-R0M、DVD、任何其它光學(xué)介質(zhì)、穿孔卡、紙帶、帶有孔圖案的任何其它物理介質(zhì)、RAM、PR0M、EPR0M或EEPR0M(電可擦除可編程只讀存儲(chǔ)器)、FLASH-EEPR0M、任何其它存儲(chǔ)芯片或盒、或計(jì)算機(jī)可從其讀取的任何其它非暫時(shí)性介質(zhì)。[0092]各種形式的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可以涉及將一個(gè)或多個(gè)指令的一個(gè)或多個(gè)序列傳輸?shù)紺PU306(或本文所述設(shè)備的任何其它處理器)以用于執(zhí)行。例如，指令可以初始地承載在遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)(未示出)的磁盤上。遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)可以將指令加載到其動(dòng)態(tài)存儲(chǔ)器中，并且通過以太網(wǎng)連接、電纜線路或甚至使用調(diào)制解調(diào)器的電話線發(fā)送指令。計(jì)算設(shè)備300(例如，服務(wù)器)本地的通信設(shè)備可以在相應(yīng)的通信線路上接收數(shù)據(jù)，并且將數(shù)據(jù)置于用于處理器的系統(tǒng)總線上。系統(tǒng)總線將數(shù)據(jù)傳輸?shù)街鞔鎯?chǔ)器，處理器從主存儲(chǔ)器檢索并執(zhí)行指令。由主存儲(chǔ)器接收的指令可以可選地在由處理器執(zhí)行之前或之后存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器中。此外，指令可以經(jīng)由通信端口被接收為電信號(hào)、電磁信號(hào)或光信號(hào)，這些信號(hào)是載送各種類型的信息的無線通信或數(shù)據(jù)流的示例性形式。[0093]本文引用的每篇參考文獻(xiàn)均以引用方式全文并入本文中。[0094]雖然已結(jié)合具體示例特別地示出和描述了本公開的具體實(shí)施，但本領(lǐng)域的技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，在不脫離由所附權(quán)利要求限定的本公開的范圍的情況下，可以對(duì)這些具體實(shí)施做出形式和細(xì)節(jié)上的各種更改。因此，本公開的范圍由所附權(quán)利要求指示，并且落入權(quán)利要求書的等同物的涵義和范圍內(nèi)的所有更改因此都旨在被涵蓋。【主權(quán)項(xiàng)】1.一種用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型的計(jì)算機(jī)化方法，所述方法包括:由計(jì)算機(jī)系統(tǒng)提供，所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括通信端口和與至少一個(gè)非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)通信的至少一個(gè)計(jì)算機(jī)處理器，所述至少一個(gè)非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)存儲(chǔ)包括表示初始網(wǎng)絡(luò)模型和所述初始網(wǎng)絡(luò)模型的元素的數(shù)據(jù)的至少一個(gè)電子數(shù)據(jù)庫，所述初始網(wǎng)絡(luò)模型包括與多個(gè)邊互連的多個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)邊表示在兩個(gè)相連的節(jié)點(diǎn)之間的因果關(guān)系；向多個(gè)用戶請(qǐng)求用戶動(dòng)作，所述用戶動(dòng)作被導(dǎo)向至所述網(wǎng)絡(luò)模型的元素，其中，所述元素包括邊、節(jié)點(diǎn)或與邊或節(jié)點(diǎn)相關(guān)聯(lián)的信息項(xiàng)；基于為所述相應(yīng)的元素接收的所述用戶動(dòng)作為所述網(wǎng)絡(luò)模型的每個(gè)元素分配得分；識(shí)別經(jīng)驗(yàn)證的元素，所述經(jīng)驗(yàn)證的元素各具有超出驗(yàn)證閾值的得分；以及經(jīng)由所述通信端口提供表示策劃的網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)，所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型包括所述初始網(wǎng)絡(luò)模型的所述經(jīng)驗(yàn)證的元素。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，還包括識(shí)別被拒絕的元素，所述被拒絕的元素各具有小于拒絕閾值的得分，其中，所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型省略所述被拒絕的元素。3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的計(jì)算機(jī)化方法，還包括識(shí)別未驗(yàn)證的元素并指示在所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型中的所述未驗(yàn)證的元素，所述未驗(yàn)證的元素各具有大于所述拒絕閾值且小于所述驗(yàn)證閾值的得分。4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，至少一個(gè)用戶動(dòng)作包括所述網(wǎng)絡(luò)模型中此前不存在的新元素的建議，所述方法還包括請(qǐng)求導(dǎo)向至所述新元素的用戶動(dòng)作。5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的計(jì)算機(jī)化方法，還包括在所述新元素被驗(yàn)證之后通過包括所述新元素來修改所述初始網(wǎng)絡(luò)模型或所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型。6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，所述用戶動(dòng)作中的至少一些是由所述用戶提供的二進(jìn)制投票，所述二進(jìn)制投票指示所述用戶是否贊同或不贊同所述網(wǎng)絡(luò)模型的元素。7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，分配給相應(yīng)的元素的得分是導(dǎo)向至所述相應(yīng)的元素的接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目、所述接收的用戶動(dòng)作中的每一個(gè)的特性或兩者的函數(shù)。8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，所述接收的用戶動(dòng)作中的每一個(gè)的所述特性包括所述相應(yīng)的用戶動(dòng)作是否為正屬性或負(fù)屬性的指示。9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，所述用戶動(dòng)作中的至少一些包括與節(jié)點(diǎn)或邊相關(guān)聯(lián)的信息的提供。10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，還包括將表示所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)傳播給至少所述多個(gè)用戶或公眾。11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，所述網(wǎng)絡(luò)模型表示生物系統(tǒng)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)表示與其它節(jié)點(diǎn)中的至少一個(gè)相互作用的生物實(shí)體，并且每個(gè)邊表示在所述生物實(shí)體之間的因果關(guān)系。12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，表示所述網(wǎng)絡(luò)模型的所述數(shù)據(jù)使用生物表達(dá)語提供。13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，還包括由集成聲譽(yù)系統(tǒng)來管理根據(jù)每個(gè)相應(yīng)的用戶的所述用戶動(dòng)作獎(jiǎng)給各個(gè)用戶的獎(jiǎng)勵(lì)。14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，所述集成聲譽(yù)系統(tǒng)根據(jù)所述用戶動(dòng)作向用戶獎(jiǎng)勵(lì)一數(shù)目的分?jǐn)?shù)，其中，獎(jiǎng)勵(lì)的分?jǐn)?shù)的所述數(shù)目根據(jù)所述網(wǎng)絡(luò)模型的狀況來修改，所述狀況由一個(gè)或多個(gè)因素確定，所述一個(gè)或多個(gè)因素包括為所述元素接收的用戶動(dòng)作的數(shù)目、為所述元素接收的所述用戶動(dòng)作的屬性、或所述節(jié)點(diǎn)或邊相對(duì)于所述網(wǎng)絡(luò)模型中的其它節(jié)點(diǎn)和邊的位置。15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，在所述元素被后續(xù)的用戶動(dòng)作驗(yàn)證之前，所述集成聲譽(yù)系統(tǒng)基于導(dǎo)向至元素的所述驗(yàn)證的用戶動(dòng)作將額外的分?jǐn)?shù)獎(jiǎng)給用戶。16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，分配給提供所述新元素的用戶的分?jǐn)?shù)的數(shù)目大于分配給提供所述網(wǎng)絡(luò)模型中的現(xiàn)有元素的修改的用戶的分?jǐn)?shù)的數(shù)目。17.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，其中，所述網(wǎng)絡(luò)模型是表示生物系統(tǒng)的生物網(wǎng)絡(luò)模型，所述生物網(wǎng)絡(luò)模型是宏觀網(wǎng)絡(luò)模型的子集，并且通過選擇所述宏觀網(wǎng)絡(luò)模型的邊界來限定。18.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計(jì)算機(jī)化方法，還包括根據(jù)由所述用戶積累的聲譽(yù)分的所述數(shù)目對(duì)所述用戶排序。19.一種包括計(jì)算機(jī)可讀指令的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，當(dāng)在包括至少一個(gè)處理器的計(jì)算機(jī)化系統(tǒng)中被執(zhí)行時(shí)，所述計(jì)算機(jī)可讀指令造成所述處理器執(zhí)行根據(jù)權(quán)利要求1-18中的任一項(xiàng)所述的方法的一個(gè)或多個(gè)步驟。20.—種包括至少一個(gè)處理器的計(jì)算機(jī)化系統(tǒng)，所述至少一個(gè)處理器被配置成具有非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀指令，所述非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀指令在被執(zhí)行時(shí)造成所述至少一個(gè)處理器執(zhí)行根據(jù)權(quán)利要求1-18中的任一項(xiàng)所述的方法。21.—種用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括:第一通信端口，其被配置成發(fā)送對(duì)來自多個(gè)用戶的用戶動(dòng)作的請(qǐng)求，所述用戶動(dòng)作被導(dǎo)向至初始網(wǎng)絡(luò)模型的元素，其中:所述初始網(wǎng)絡(luò)模型包括與多個(gè)邊互連的多個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)邊表示在兩個(gè)相連的節(jié)點(diǎn)之間的因果關(guān)系;并且所述元素包括邊、節(jié)點(diǎn)或與邊或節(jié)點(diǎn)相關(guān)聯(lián)的信息的項(xiàng)；以及第二通信端口，其被配置成提供表示策劃的網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)，所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型包括所述初始網(wǎng)絡(luò)模型的經(jīng)驗(yàn)證的元素，其中，所述經(jīng)驗(yàn)證的元素各具有超出驗(yàn)證閾值的得分，所述得分基于為所述相應(yīng)的元素接收的所述用戶動(dòng)作而分配給每個(gè)元素。22.—種用于策劃網(wǎng)絡(luò)模型的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括:第一通信端口，其被配置成從多個(gè)用戶接收用戶動(dòng)作，所述用戶動(dòng)作被導(dǎo)向至初始網(wǎng)絡(luò)模型的元素，其中:所述初始網(wǎng)絡(luò)模型包括與多個(gè)邊互連的多個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)邊表示在兩個(gè)相連的節(jié)點(diǎn)之間的因果關(guān)系;并且所述元素包括邊、節(jié)點(diǎn)或與邊或節(jié)點(diǎn)相關(guān)聯(lián)的信息的項(xiàng)；以及第二通信端口，其被配置成接收表示策劃的網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)據(jù)，所述策劃的網(wǎng)絡(luò)模型包括所述初始網(wǎng)絡(luò)模型的經(jīng)驗(yàn)證的元素，其中，所述經(jīng)驗(yàn)證的元素各具有超出驗(yàn)證閾值的得分，所述得分基于為所述相應(yīng)的元素接收的所述用戶動(dòng)作而分配給每個(gè)元素。【文檔編號(hào)】G06F19/12GK105940421SQ201480041508【公開日】2016年9月14日【申請(qǐng)日】2014年8月12日【發(fā)明人】W·海斯,J·霍恩格,M·C·派奇【申請(qǐng)人】菲利普莫里斯生產(chǎn)公司,塞爾文塔公司