本發(fā)明屬于神經(jīng)信號處理研究領(lǐng)域,涉及腦功能網(wǎng)絡(luò)建模方法,特別涉及一種靜息態(tài)同步EEG-fMRI的腦功能網(wǎng)絡(luò)建模方法。
背景技術(shù):
人類所有的高級認(rèn)知功能如思維、情感和意識依賴大腦,大腦是一個極其復(fù)雜的系統(tǒng)。大腦雖然只占人體2%的質(zhì)量,卻消耗了20%的能量。在沒有任務(wù)的時候,大腦也會進(jìn)行活動,人們將大腦這種不由外部刺激引起,不受被試意愿控制,自發(fā)產(chǎn)生神經(jīng)活動的狀態(tài)稱作“靜息態(tài)”。研究發(fā)現(xiàn)大腦在任務(wù)態(tài)比靜息態(tài)增加的能量消耗通常不超過5%,而占大腦總能耗60%以上的能量用于自發(fā)神經(jīng)活動,可見靜息態(tài)在人腦功能中占據(jù)著重要地位。
腦功能網(wǎng)絡(luò)是多個大腦區(qū)域的集合,這些腦區(qū)在靜息態(tài)和任務(wù)態(tài)下都會進(jìn)行同步活動。隨著各種無創(chuàng)腦功能成像技術(shù)的出現(xiàn),人類已經(jīng)可以在微觀和宏觀不同尺度水平上探測大腦的活動。腦電圖(Electroencephalogram,EEG)可以檢測到腦活動在毫秒級的變化情況,具有很高的時間分辨率,而功能磁共振成像(functional Magnetic Resonance Imaging,fMRI)能以毫米級的精度定位同步振蕩發(fā)生的位置,具有很高的空間分辨率。目前已經(jīng)出現(xiàn)了多種基于EEG和fMRI的單模態(tài)腦功能網(wǎng)絡(luò)建模方法。
靜息態(tài)fMRI已被應(yīng)用于多種神經(jīng)疾病的研究中,如癲癇、阿爾茲海默癥、精神分裂癥、注意力不集中癥、抑郁癥等。對于阿爾茲海默癥等疾病,fMRI研究結(jié)果與早期的研究相一致,但對于精神分裂癥等疾病,研究結(jié)果的再現(xiàn)性較差。為了更深入的研究這些疾病,需要理解大腦中自發(fā)振蕩的潛在機(jī)理,這可以通過多模態(tài)研究方法實(shí)現(xiàn)。此外,利用fMRI對靜息態(tài)腦功能網(wǎng)絡(luò)建模,由于沒有外界刺激,要對所建網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行解釋非常困難,將EEG特征與fMRI信號結(jié)合,可以更好地解釋腦功能網(wǎng)絡(luò)代表的生理意義,并且對于還不清楚的EEG特征也能找到fMRI信號的支持證據(jù)。因此,越來越多的研究人員開始關(guān)注同步EEG-fMRI的研究。
同步EEG-fMRI的數(shù)據(jù)分析方法有比較方法、非對稱融合方法和對稱融合方法。比較方法僅僅對EEG和fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行比較分析,沒有進(jìn)行模態(tài)間的數(shù)據(jù)融合;非對稱融合方法假設(shè)EEG和fMRI測得的神經(jīng)活動完全相同,這種假設(shè)缺乏一定的生理基礎(chǔ);目前已有的對稱融合方法大多只關(guān)注事件相關(guān)電位與fMRI數(shù)據(jù)的融合,尚未見到對靜息態(tài)同步EEG-fMRI的對稱融合方法的研究。
基于以上研究背景,本發(fā)明提出了一種靜息態(tài)同步EEG-fMRI的腦功能網(wǎng)絡(luò)建模方法,該方法對同步數(shù)據(jù)進(jìn)行對稱融合,并利用融合結(jié)果進(jìn)行腦功能網(wǎng)絡(luò)建模,為有效整合兩種模態(tài)的信息提供了一種新的思路和方案。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明提出了一種靜息態(tài)同步EEG-fMRI的腦功能網(wǎng)絡(luò)建模,該方法能夠有效融合靜息態(tài)下兩種模態(tài)的信息,包含以下具體步驟:
S1.EEG信號預(yù)處理,提取帶限能量(Band Limited Power,BLP)信號并構(gòu)建回歸項(xiàng)。同步采集EEG、fMRI數(shù)據(jù)時,EEG的采樣率遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于fMRI,大部分的EEG信號找不到時間上對應(yīng)的fMRI信號,通常將EEG信號的BLP變化與一個表示血氧水平依賴(Blood Oxygenation Level Dependent,BOLD)在刺激呈現(xiàn)后變化的核函數(shù)進(jìn)行卷積,用得到的信號作為擬合fMRI數(shù)據(jù)的回歸項(xiàng),通過比較回歸項(xiàng)與BOLD信號的關(guān)系來研究EEG與fMRI之間的關(guān)系。本發(fā)明首先對同步記錄的EEG信號通過預(yù)處理得到比較純凈的EEG信號,隨后用獨(dú)立成分分析(Independent Component Anaylysis,ICA)將信號分解為相互獨(dú)立的源信號,最后計算源的BLP信號并構(gòu)建回歸項(xiàng)。
S2.fMRI信號預(yù)處理,提取各腦區(qū)的BOLD信號。原始fMRI數(shù)據(jù)中含有多種噪聲,這些噪聲可能是由于機(jī)器本身產(chǎn)生,也可能是被試的運(yùn)動或生理活動產(chǎn)生,它們會對分析造成很大的干擾,需要通過預(yù)處理來提高原始數(shù)據(jù)的信噪比。由于fMRI數(shù)據(jù)中體素數(shù)目遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于采集點(diǎn)數(shù),要對fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行時域分析,首先需要對其進(jìn)行空間降維。本發(fā)明利用標(biāo)準(zhǔn)解剖模板將大腦灰質(zhì)分成不同的腦區(qū),將每個腦區(qū)中所有體素時間序列的平均作為該腦區(qū)產(chǎn)生的信號。
S3.對fMRI提取的各腦區(qū)BOLD信號和由EEG得到的回歸項(xiàng)分別進(jìn)行主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)。在fMRI分析中,由于分割后的相鄰腦區(qū)會有同步活動,使得相鄰腦區(qū)計算得到的平均時間序列會有一定的相關(guān)性;由于大腦的網(wǎng)絡(luò)同步活動,相隔較遠(yuǎn)腦區(qū)的時間序列之間也會存在較高的相關(guān)性。在EEG分析中,用每個獨(dú)立成分的BLP信號構(gòu)造的回歸項(xiàng)之間也存在相關(guān)性。信號之間的這種相關(guān)會給之后的統(tǒng)計分析帶來許多障礙?;谝陨显?,首先要對fMRI中提取的各腦區(qū)BOLD信號和由EEG得到的回歸項(xiàng)分別進(jìn)行PCA,消除原信號之間的相關(guān)性和信息重疊。另外,靜息態(tài)下大腦消耗的能量大部分用于自發(fā)神經(jīng)活動,因此可以認(rèn)為自發(fā)神經(jīng)活動產(chǎn)生的信號是整個大腦信號的主成分,通過主成分分析的方法將它們提取出來,同時也去除了一些噪聲成分。
S4.對fMRI提取的各腦區(qū)BOLD信號和由EEG得到的回歸項(xiàng)的主成分進(jìn)行典型相關(guān)分析(Canonical Correlation Analysis,CCA)。進(jìn)行該步驟基于以下三點(diǎn)原因:(1)一種EEG模式可能與多個腦區(qū)的BOLD信號相關(guān),一個腦區(qū)也可能產(chǎn)生不同模式的EEG信號,這表明,EEG和fMRI之間不是簡單的一對一的關(guān)系,需要尋找一種方法,研究多個EEG模式與多個BOLD信號之間在總體上的關(guān)系。(2)同步顱內(nèi)EEG-fMRI的比較方法研究表明,局部場電勢的帶限能量變化與局部BOLD信號是相關(guān)的。這表明,雖然EEG和fMRI兩種成像方式基于不同的成像原理,但它們記錄的自發(fā)神經(jīng)活動信息有一定程度的重疊,因此可以通過比較兩個模態(tài)信號之間的相關(guān)關(guān)系,判斷它們是不是同一源產(chǎn)生的信號。(3)靜息態(tài)大腦同時存在多個功能網(wǎng)絡(luò),它們分別代表不同的生理活動,且這些功能網(wǎng)絡(luò)的激活時間過程互不相關(guān)。
S5.靜息態(tài)同步EEG-fMRI的腦功能網(wǎng)絡(luò)建模。將典型相關(guān)變量與EEG構(gòu)建的回歸項(xiàng)求相關(guān),相關(guān)系數(shù)越大,表示該EEG模式與該大腦活動模式越相關(guān),就越可能是由該腦活動產(chǎn)生的EEG信號,相關(guān)系數(shù)較大的EEG模式一起組成該腦活動所產(chǎn)生的EEG信號。用典型相關(guān)變量與腦區(qū)平均時間序列求相關(guān),相關(guān)系數(shù)越大,表示該腦區(qū)與該大腦活動模式越相關(guān),越有可能是參與該腦活動的腦區(qū),相關(guān)系數(shù)較大的腦區(qū)一起構(gòu)成該腦活動的功能網(wǎng)絡(luò)。
附圖說明
圖1為本發(fā)明所述的建模方法流程圖;
圖2為利用EEG構(gòu)建回歸項(xiàng)的流程圖;
圖3為EEG回歸項(xiàng)和BOLD信號分別進(jìn)行主成分分析的示意圖;
圖4為BOLD信號(a)和EEG回歸項(xiàng)(b)的主成分能量和累計貢獻(xiàn)率;
圖5為對EEG回歸項(xiàng)和BOLD信號的主成分進(jìn)行典型相關(guān)分析的示意圖;
圖6為由EEG回歸項(xiàng)和BOLD信號的主成分求得的典型相關(guān)系數(shù)的直方圖;
圖7為腦功能網(wǎng)絡(luò)建模結(jié)果。
具體實(shí)施方式
下面結(jié)合實(shí)例及附圖對本發(fā)明作進(jìn)一步詳細(xì)的描述,但本發(fā)明的實(shí)施方式不限于此。
如圖1所示為一種靜息態(tài)同步EEG-fMRI的腦功能網(wǎng)絡(luò)建模方法的具體流程圖,包含以下部分:
一、EEG信號預(yù)處理,提取帶限能量信號并構(gòu)建回歸項(xiàng)
1、EEG信號預(yù)處理
預(yù)處理包含以下六個步驟:(1)使用自適應(yīng)偽跡相減法去除梯度偽跡和心電偽跡;(2)將EEG數(shù)據(jù)降采樣到200Hz;(3)為了移除線性漂移與低頻干擾,對降采樣后的數(shù)據(jù)進(jìn)行1Hz的高通濾波;(4)通過陷波濾波去除50Hz的工頻噪聲;(5)將所有電極信號重新參考到全導(dǎo)的平均信號;(6)去除壞數(shù)據(jù)段。通過以上處理得到比較純凈的EEG信號。
2、EEG信號獨(dú)立成分分析
(1)采用信息最大化ICA算法將61導(dǎo)EEG信號分解為61個源信號;(2)經(jīng)過預(yù)處理的EEG中仍然會存在一些殘留噪聲,使用EEGLAB擴(kuò)展包ADJUST對獨(dú)立成分進(jìn)行分析,識別并去除噪聲成分。
3、計算帶限能量信號
通過短時傅里葉變換計算EEG的帶限能量信號。對每個獨(dú)立成分使用一個無重疊窗計算短時傅里葉變換,為了與fMRI每采集一個圖像所用的時間匹配,窗的大小選擇1.94s。之后將EEG分為delta(1~4Hz),theta(4~8Hz),alpha(8~13Hz),beta(13~30Hz),gamma(30~50Hz)五個頻帶,對每個頻段內(nèi)所有頻率點(diǎn)在同一時刻的能量值求平均,得到五個頻段的BLP變化,如圖2所示。
4、構(gòu)建回歸項(xiàng)
通常神經(jīng)脈沖電活動和與之相應(yīng)的BOLD變化有4~8秒的延遲,將上一步得到的BLP信號作為一個自變量,通過與標(biāo)準(zhǔn)血氧響應(yīng)函數(shù)(Hemodynamic Response Function,HRF)卷積,構(gòu)建回歸項(xiàng),如圖2所示。
二、fMRI信號預(yù)處理,提取各腦區(qū)的BOLD信號
1、fMRI信號預(yù)處理
在對fMRI數(shù)據(jù)進(jìn)行分析之前,首先要進(jìn)行一些必要的預(yù)處理,具體步驟如下:
(1)格式轉(zhuǎn)換。將采集到的DICOM格式的文件轉(zhuǎn)換為NIFTI格式,得到666個以img和hdr為后綴的文件,每個img后綴文件是由32張不同層的大腦圖片組成。
(2)去除最開始采集的數(shù)據(jù)。fMRI設(shè)備剛啟動時采集的數(shù)據(jù)不穩(wěn)定,所以去除前十個時間點(diǎn)采集的圖像。
(3)時間層校正。每掃描一個全腦圖像需要1.94秒,該圖像由32層不同時刻記錄的圖像組成,需要進(jìn)行時間層校正,使得各層圖像都是在相同時刻記錄的。本實(shí)驗(yàn)中,每個圖像層數(shù)為32,TR為1.94s,掃描順序?yàn)榻敌颍瑓⒖紝訛榈?6層。
(4)頭動校正。本實(shí)驗(yàn)fMRI掃描需要連續(xù)進(jìn)行大約半小時,被試不可避免的會有頭部運(yùn)動。此外,被試的自發(fā)生理活動如呼吸和心跳也可能導(dǎo)致頭部運(yùn)動,所以需要進(jìn)行頭動校正,減少頭動對數(shù)據(jù)的影響。設(shè)定當(dāng)頭在某個方向的平移大于0.5毫米或旋轉(zhuǎn)角度超過1度時,認(rèn)為被試在這一時刻頭動較大,去除這一時刻數(shù)據(jù)。
(5)空間標(biāo)準(zhǔn)化。由于不同被試腦部結(jié)構(gòu)和大小存在一定的差異,為了方便后續(xù)的分析,需要將每次掃描的大腦數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化??臻g標(biāo)準(zhǔn)化是對大腦整體進(jìn)行形變和調(diào)整,即從原始空間中估計到標(biāo)準(zhǔn)空間上,調(diào)整后統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)化到標(biāo)準(zhǔn)腦上。本實(shí)驗(yàn)中,使用EPI模板進(jìn)行空間標(biāo)準(zhǔn)化。
(6)去線性漂移。由于掃描過程中機(jī)器溫度升高或者被試的適應(yīng),隨著時間變化會存在一個線性趨勢,因此要去除這種線性漂移。
(7)濾波。人體的一些自發(fā)生理活動,如心跳、呼吸等會產(chǎn)生噪聲,這些噪聲的頻率通常比大腦自發(fā)神經(jīng)活動要高,本實(shí)驗(yàn)選擇0.01~0.08Hz的帶通濾波器將它們?nèi)コ?/p>
2、提取腦區(qū)平均時間序列
由于fMRI原始數(shù)據(jù)量特別大,經(jīng)過預(yù)處理后,一個大腦的體素有61*73*61個,達(dá)到了百萬級,需要采用合適的方法對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行空間降維。一種常用的方法就是將大腦灰質(zhì)劃分成不同的腦區(qū),提取各個腦區(qū)的平均時間序列。本發(fā)明使用解剖自動標(biāo)記(Anatomical Automatic Labeling,AAL)圖譜把大腦灰質(zhì)分為90個區(qū)域,之后對每個腦區(qū)中所有體素的時間序列求平均,得到該腦區(qū)的平均時間序列。
三、對fMRI提取的各腦區(qū)BOLD信號和由EEG得到的回歸項(xiàng)分別進(jìn)行主成分分析
經(jīng)過前面的預(yù)處理步驟,分別得到了BOLD信號和EEG回歸項(xiàng)的數(shù)據(jù)矩陣:X1和X2。其中X1為624*90的矩陣,行代表時間,列代表腦區(qū);X2為624*225的矩陣,行代表時間,列由55個獨(dú)立成分的5個頻帶串聯(lián)得到的。
對X1和X2分別進(jìn)行PCA,如圖3所示。計算X1和X2各自的相關(guān)系數(shù)矩陣、特征值和特征向量,并計算每個特征值的累計貢獻(xiàn)率。如圖4(a)所示,fMRI前15個主成分的能量累計貢獻(xiàn)率達(dá)到了87%,這15個主成分構(gòu)成一個624*15的矩陣P1;如圖4(b)所示,EEG前20個主成分的能量累計貢獻(xiàn)率達(dá)到了70%,這20個主成分構(gòu)成一個624*20的矩陣P2。此時,P1和P2分別表示從fMRI和EEG中提取的靜息態(tài)大腦活動的主要特征。
四、對fMRI提取的各腦區(qū)BOLD信號和由EEG得到的回歸項(xiàng)的主成分進(jìn)行典型相關(guān)分析
對得到的fMRI的主成分P1和EEG的主成分P2進(jìn)行CCA,如圖5所示,得到15對典型相關(guān)變量S1和S2,它們都為624*15的矩陣,兩個矩陣的對應(yīng)列為一對典型相關(guān)變量。每對典型相關(guān)變量的典型相關(guān)系數(shù)如圖6所示,設(shè)定閾值為0.5,大于該閾值的認(rèn)為是典型相關(guān)的,得到七對最相關(guān)的典型相關(guān)變量。S1的每個典型相關(guān)變量表示一個腦活動對應(yīng)的fMRI時間序列,S2的每個典型相關(guān)變量表示一個腦活動對應(yīng)的EEG時間序列,且S1和S2的對應(yīng)列具有較高的相關(guān)系數(shù),認(rèn)為它們是由同一個腦活動產(chǎn)生的信號。
五、靜息態(tài)同步EEG-fMRI的腦功能網(wǎng)絡(luò)建模
將S1的每一列與X1的每一列求相關(guān),典型相關(guān)變量與各腦區(qū)BOLD信號的相關(guān)系數(shù)直方圖如圖7(a)所示,系數(shù)越大表示腦區(qū)與大腦活動越相關(guān),越有可能是參與腦活動的腦區(qū),相關(guān)系數(shù)較大的腦區(qū)一起構(gòu)成該腦功能網(wǎng)絡(luò)如圖7(c)所示;將S2中的每一列與X2的每一列求相關(guān),典型相關(guān)變量與各EEG回歸項(xiàng)的相關(guān)系數(shù)直方圖如圖7(b)所示,系數(shù)越大表示該EEG模式與該大腦活動越相關(guān),越可能是由該腦活動產(chǎn)生的EEG信號,相關(guān)系數(shù)較大的EEG模式一起組成該腦活動所產(chǎn)生的EEG信號,對圖7(b)中每個頻帶內(nèi)的相關(guān)系數(shù)求均值并取絕對值,得到典型相關(guān)變量與EEG各頻帶的相關(guān)度,如圖7(d)所示。
利用本發(fā)明提出的建模方法得到了七個主要的腦功能網(wǎng)絡(luò),并且得到各個網(wǎng)絡(luò)對應(yīng)的EEG信號與腦區(qū),這些腦網(wǎng)絡(luò)與現(xiàn)有的研究結(jié)果具有很高的一致性,證明了該腦功能網(wǎng)絡(luò)建模方法的有效性,為靜息態(tài)腦功能研究提供了一種新的途徑。