專利名稱：與三陰性乳腺癌有關(guān)的dna修復(fù)蛋白及其使用方法
與三陰性乳腺癌有關(guān)的DNA修復(fù)蛋白及其使用方法相關(guān)申請本申請要求享有申請日為2008年3月14日的U.S.S.N61/069487以及申請日為 2008年5月23日的U.S.S.N 61/128776所擁有的權(quán)益，上述文獻中的全部內(nèi)容被引入作
為參考。發(fā)明的領(lǐng)域本發(fā)明總體而言涉及對生物標記物的識別以及使用這樣的生物標記物的方法， 其中所述的生物標記物被用來進行所述的三陰性乳腺癌的篩選、預(yù)防、診斷、治療、監(jiān) 測、以及預(yù)后。發(fā)明的
背景技術(shù)：
三陰性乳腺癌，指的是雌激素受體(ER)陰性，孕激素受體(PR)陰性，以及人 表皮生長因子受體-2(Her-2)陰性，其包括了所有的乳腺癌中的大約15%，并且是一種 有侵略性的臨床過程，具有高的局部復(fù)發(fā)率以及全身性復(fù)發(fā)率。所述的臨床過程反映出 了所述的腫瘤所具有的生物學性質(zhì)以及治療方法在常規(guī)目標方面的缺失，其中所述的治 療方法是例如針對雌激素受體(ER)陽性患者或者孕激素受體(PR)陽性患者所進行的荷 爾蒙治療方法以及針對人表皮生長因子受體-2 (Her-2)過表達腫瘤所進行的曲妥珠單抗 (trastuzumab)治療方法。除此之外，這些癌癥對于化學治療試劑2而言可能具有不同的敏 感度。這樣一來，在確定新的治療方案方面存在高度的興趣，其中所述的治療方案是針 對這種有侵略性的疾病而言的。盡管三陰性乳腺癌是一種具有確定的亞類型的乳腺癌， 但對于患者的分層(stratification)以及治療決定的指導(dǎo)而言，可以利用的生物標記物的信 息是相對較少的。DNA修復(fù)缺陷可能是三陰性乳腺癌所具有的一個特征。與其他的乳腺癌相比， 這些腫瘤表現(xiàn)出更多的DNA復(fù)制上的改變以及雜合性4的缺失，這些特征暗示著基因組 所具有的不穩(wěn)定性。此外，零星的三陰性腫瘤與家族性的與癌癥相關(guān)的乳腺癌易感基因 1 (BRCAl)具有同樣的表型特征以及細胞生成特征，并且使用微陣列RNA表達數(shù)據(jù)能夠 將其與乳腺癌易感基因1 (BRCAl)癌癥有力的分離開來。乳腺癌易感基因1 (BRCAl)突 變腫瘤被認為在DNA的修復(fù)方面存在缺陷，特別是同源性的重組，并且這些相似性可以 表明一種類似的DNA修復(fù)缺陷能夠成為所述的三陰性腫瘤的發(fā)展的基礎(chǔ)。在DNA的修 復(fù)方面所具有的可能的缺陷不僅僅關(guān)聯(lián)到對現(xiàn)有的治療方法所產(chǎn)生的應(yīng)答，同時也涉及 到新的目標治療方法。發(fā)明的概述本發(fā)明在一定程度上涉及到下述的發(fā)現(xiàn)某些生物學標記物(在本發(fā)明中被稱 為“三陰性乳腺癌標記物TNBCMARKERS”)存在于宿主體內(nèi)，或者在宿主體內(nèi)發(fā)生了 改變，其中所述的生物學標記物例如是蛋白質(zhì)，核酸，多形體，代謝物，以及其他的分 析物，以及某些生理學條件及狀態(tài)，所述的宿主具有發(fā)展成為一種復(fù)發(fā)性的三陰性乳腺 癌的增加的危險。因此在本發(fā)明中的一個方面，提供了一種方法，所述的方法具有一種預(yù)先確定的水平的可預(yù)測性，用來對宿主所具有的發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌的危險或者三 陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)的危險進行評價。發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌的危險或者三陰性乳 腺癌的復(fù)發(fā)的危險是通過下述方式來確定的對來自于所述宿主的一種樣本中所存在 的有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的水平進行測量。在所述的宿 主中具有增加的發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌的危險或者具有增加的三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的 危險是通過下述方式來確定的對存在于所述的樣本之中的所述三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)的水平所發(fā)生的臨床學顯著性的改變進行測量。可供選擇的，在 所述的宿主中具有增加的發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌的危險或者具有增加的三陰性乳腺 癌復(fù)發(fā)的危險是通過下述方式來確定的將所述的有效劑量的所述三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)所具有的水平與一種參考值進行比較。在某些方面，所述的參考值是 一個指數(shù)。在本發(fā)明中的另外一個方面，提供了一種方法，所述的方法具有一種預(yù)先確定 的水平的可預(yù)測性，用來對宿主體內(nèi)的一種三陰性乳腺癌的惡化進行評價，其中所述的 評價是通過下述方式來實現(xiàn)的在第一個時間段內(nèi)，對來自于所述的宿主的第一個樣本 中所存在的一種有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所具有的水平進行 探測，在第二個時間段內(nèi)，對來自于所述的宿主的第二個樣本中所存在的一種有效劑量 的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所具有的水平進行探測，并且將所探測到的 所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的水平與一種參考值進行比較。在某些方 面，所述的第一個樣本是在所述的宿主還未接受針對三陰性乳腺癌所進行的治療時選取 的，并且所述的第二個樣本是在所述的宿主經(jīng)過了針對所述癌癥所進行的治療之后選取 的。在本發(fā)明中的一個進一步的方面，提供了一種方法，所述的方法具有一種預(yù)先 確定的水平可預(yù)測性，用來對針對三陰性乳腺癌所進行的治療所具有的有效性進行監(jiān) 測，或者用來對針對三陰性乳腺癌的治療方案進行選擇，其中所述的方法是通過下述 方式來實現(xiàn)的在第一個時間段內(nèi)，對來自于所述的宿主的第一個樣本中所存在的一 種有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所具有的水平進行探測，并且 任選的，在第二個時間段內(nèi)，對來自于所述的宿主的第二個樣本中所存在的一種有效劑 量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所具有的水平進行探測。將在所述的第 一個時間段內(nèi)所探測到的所述有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的 水平與在所述的第二個時間段內(nèi)所探測到的所述水平進行比較，或者可供選擇的將其與 一種參考值進行比較。通過存在于所述宿主中的所述有效劑量的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)所具有的水平所發(fā)生的變化來對治療的有效性進行監(jiān)測。一種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)包括例如范科尼貧血互補組 D2(FANCD2),著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化 的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基 因l(BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組l(ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)， p53, Ki67?？梢詫σ环N、兩種、三種、四種、五種、十種或者更多種的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行測量，優(yōu)選的，對至少兩種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行測量，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)選自 范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化 的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合 酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺 癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)。 在某些方面，范 科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，或者RAD51以及至少一種 選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)被進行了測量著色性干皮病D 組蛋白(XPF)或者核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；膦-有絲分裂原活化的蛋白 激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)或者細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)；或者蛋白酶活化受體 (PAR)或聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)。在一個進一步的方面中，所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)是 DNA修復(fù)蛋白，所述的DNA修復(fù)蛋白屬于不同的DNA修復(fù)途徑。可供選擇的，對三種 或者更多種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量，其中三陰性乳腺癌標 記物(TNBCMARKERS)屬于兩種或者更多種不同的DNA修復(fù)途徑。在本發(fā)明中的其他方面，對范科尼貧血互補組D2(FANCD2)以及至少一種選 自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量著色性干皮病D組蛋 白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受 體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān) 卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互 補組I(ERCCl)；對著色性干皮病D組蛋白(XPF)以及至少一種選自下述中的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，膦-有 絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二 磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；對 膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)以及至少一種選自下述中的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)， 著色性干皮病D組蛋白(XPF)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶 1 (PARPl),錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌 易感基因l(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對蛋白酶活化受體 (PAR)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量 范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化 的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù) 蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)， 以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)以 及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼 貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋 白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)， 細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，以及核苷酸切除 修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)， 著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶 2(pMK2)，蛋白活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，細胞周期關(guān)卡 基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補 組I(ERCCl)；對細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺 癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干 皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋 白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；對 RAD51以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測 量范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂 原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核 糖聚合酶l(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，乳腺 癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對乳腺癌易感基 因I(BRCAl)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行 了測量范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲 分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷 酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；或者對核苷酸切除修復(fù)交叉互補 組I(ERCCl)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行 了測量范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分 裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,以及乳腺癌易感 基因l(BRCAl)。任選的，除此之外，一種或者多種選自下述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)被進行了測量醌氧化還原酶1 (NQOl)，p53以及Ki67。任選的，在本發(fā)明中所述的方法中進一步的包括對至少一個與腫瘤有關(guān)的標準 參數(shù)進行測量。通過電泳方法或者免疫化學方法對所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)所具有的水平進行測量。例如所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)所具有的水平是通過放射性免疫檢測、免疫熒光檢測或者通過一種酶 聯(lián)免疫吸附檢測來進行探測的。所述的宿主患有一種三陰性乳腺癌，或者患有一種復(fù)發(fā)性的三陰性乳腺癌。在 某些方面，所述的樣本是從一個宿主中獲取的，其中所述的宿主先前接受過針對三陰性 乳腺癌所進行的治療?？晒┻x擇的，所述的樣本是在所述的宿主接受針對三陰性乳腺癌 所進行的治療之前或者治療之中時被獲取的。所述的樣本是一種腫瘤的活組織切片，例 如是一種細針抽吸物，一種核活組織切片，一種切離組織的活組織切片，或者是一種切 口組織的活組織切片。所述的樣本是一個腫瘤細胞，其中所述的腫瘤細胞來自于血液， 淋巴結(jié)或者體液。除非另外定義，在本發(fā)明中使用到的所有的技術(shù)術(shù)語以及科學術(shù)語均具有發(fā)明所屬技術(shù)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所普遍理解的含義。盡管在本發(fā)明的實踐中可以使用到與 那些在本發(fā)明中所描述的相類似的或者等價的方法以及材料，但在下文中描述的是適宜 的方法以及材料。在本發(fā)明中所提及的所有公開出版物、專利申請、專利、以及其他的 參考文獻中的全部內(nèi)容均被清楚的引入作為參考。如果存在矛盾的情形，本說明書，包 括定義，將占主導(dǎo)地位。除此之外，在本發(fā)明中所描述的材料、方法、以及實施例僅僅 是說明性的，并且并不意在構(gòu)成限制。本發(fā)明所具有的其他特征以及優(yōu)點將通過下面的詳細說明以及權(quán)利要求而變得 顯而易見，并且將被涵蓋在下面的詳細說明以及權(quán)利要求書的范圍之內(nèi)。


附圖1。三陰性乳腺癌樣本的免疫組織學圖案。A，范科尼貧血互補組 D2 (FANCD2)。所述的范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)的染色圖案可以通過細胞核的聚 焦來辨認，這表示著所述的范科尼貧血互補組D2(FANCD2)途徑的激活，其中所述的范 科尼貧血互補組D2(FANCD2)途徑能夠刺激同源性的重組。B，膦-有絲分裂原活化的 蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)。所展示出的是四種代表性的癌癥核，這證明了所述 的膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)在三陰性乳腺癌腫瘤區(qū)域內(nèi) 具有四種可以辨別出來的圖案。附圖2。在患者間所存在的標記物的輸出變化遠遠超過了存在于三陰性乳 腺癌中的樣本間的可變性。A，計算值的理論定義，其中所述的計算值指的是核-核 可變性以及對等級變化所進行的評價；B，表格表示出的是對三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)進行評價時所得到的平均誤差以及患者的數(shù)量N; C，來自于患者的 結(jié)果，其中所述的患者被分為四種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)等級。由最 低值到最高值，對患者的標記物得分進行分類，并且用一條垂直的虛線來展示出每個患 者所產(chǎn)生的核-核變化。附圖3。通過單一的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的剖分分析，將 患者分割成復(fù)發(fā)組。在對患者的復(fù)發(fā)時間進行評價時，通過剖分分析對患者進行分割。 實施例表示出的是來自于表格1中的列表中的DNA修復(fù)標記物，著色性干皮病D組蛋白 (XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，蛋白酶活化受體(PAR)，以及膦-有絲分裂原 活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (PMK2)。點線在所述的復(fù)發(fā)組之間劃分出了一個分割 界線。附圖4。兩種標記物模型證明了兩種標記物對于識別所述的兩個復(fù)發(fā)組而言均是 重要的。所表示出的是來自于四種標記物的六個例子，其中通過二元分析對所述的四種 標記物兩兩進行組合。三角形，早期復(fù)發(fā)組；圓形，晚期復(fù)發(fā)組。通過剖分分析對患者 進行分割。點線表示的是在所述的復(fù)發(fā)組之間劃分出了一個分割界線。附圖5。針對兩種標記物模型進行的第二組證明。第2組是由存在于所述的研究 中的另外的標記物構(gòu)成的，其中所述的標記物是，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，Ki67。通過剖分分析對患者進行分割。點線表示的是在所述 的復(fù)發(fā)組之間劃分出了一個分割界線。附圖6。四種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的標記物閾值。所表示出的是四種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的標記物水平以及患者的指數(shù)。從 最低的標記物得分到最高的標記物得分(由左至右)對病人進行分級。線條表示的是在 所述的兩個復(fù)發(fā)組(沒有復(fù)發(fā)，等價于晚期復(fù)發(fā)與復(fù)發(fā)，等價于早期復(fù)發(fā))之間的最大化 的對比。所述的閾值作為標記物的絕對值被列在所插入的表格之中。附圖7。一種四個DNA修復(fù)標記物的運算法則顯著性的將三陰性乳腺癌患者分 割為早期復(fù)發(fā)組以及晚期復(fù)發(fā)組。A，訓練數(shù)據(jù)集；線條代表的是所述的復(fù)發(fā)時間的曲 線，以及在所述的測試中所標記的以及所定義的早期復(fù)發(fā)患者子集與晚期復(fù)發(fā)患者子集 中沒有復(fù)發(fā)所占的比例。所述的虛線表示出的是全部的患者以及隨著時間的過去沒有出 現(xiàn)復(fù)發(fā)所占的比例。B，測試數(shù)據(jù)集。所述的測試數(shù)據(jù)集指的是那些沒有經(jīng)過先前的標 記物訓練以及運算法則訓練進行分析的患者。所述的虛線表示出的是全部的患者以及隨 著時間的過去沒有出現(xiàn)復(fù)發(fā)所占的比例。附圖8。訓練數(shù)據(jù)集與測試數(shù)據(jù)集在關(guān)于對所述的復(fù)發(fā)組的識別方面所進行的 比較。對所述的早期復(fù)發(fā)組以及所述的晚期復(fù)發(fā)組所具有的訓練數(shù)據(jù)集以及測試數(shù)據(jù)集 (實線)進行了比較，對所述的分割中的95%的置信區(qū)間進行了關(guān)注(點線)。為了進行 這樣的比較，所述的未復(fù)發(fā)(晚期)組在訓練集與測試集之間不存在顯著性的差異(ρ = 0.606)。同樣的，所述的復(fù)發(fā)(早期)組在訓練集與測試集之間不存在顯著性的差異(ρ =0.625)。附圖9。對于一個四種DNA修復(fù)標記物的模型而言，相對危險以及外視錯誤率 (Apparent Error Rate)是較高的。A，訓練數(shù)據(jù)集，B，測試數(shù)據(jù)集。相對危險指的是存 在于所述的高得分復(fù)發(fā)組(存活率良好)與低得分復(fù)發(fā)組(存活率較差)之間的發(fā)生復(fù)發(fā) 所具有的概率的比值。外視錯誤率(AER)指的是通過所述的組合得分而被進行錯誤分類 的那部分所述患者。附圖10。在多標記物模型中，固定的標記物的性能的提高。三種固定的標記 物，范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，以及RAD51，被 表示出來。在每一種情形中，對每一種固定的標記物單獨、以及所述的標記物與其他的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所進行的組合所具有的計算得到的IoglOP值(方 塊)、陽性預(yù)測值(PPV)(三角)、以及外視錯誤率(AER)(黑色圓圈)進行了表示，其 中所述的與三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所進行的組合是在2-標記物模型、 3-標記物模型以及4-標記物模型中進行的。對于每一種模型而言，對所有模型的中間值 進行了繪制。附圖11。概率分析示意。概率分析是一種運算法則，其能夠允許對所述的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)的輸出進行一種連續(xù)的打分。在所述的運算法則 中，通過對所述的概率密度分布所進行的估算，提出了一個復(fù)發(fā)的低影響范圍區(qū)域以及 一個復(fù)發(fā)的高影響范圍區(qū)域。對于所述的早期復(fù)發(fā)組(即，可能出現(xiàn)復(fù)發(fā))以及所述的 晚期復(fù)發(fā)組(即，不大可能出現(xiàn)復(fù)發(fā))而言，一個能夠反映組內(nèi)成員的單一的得分是通過 所述的各個組的概率來進行構(gòu)建的。附圖12 在全部的1-三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)模型、2_三陰 性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)模型、3-三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS) 模型、以及4-三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)模型上對所述的DNA修復(fù)三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所進行的剖分分析。存在于所述的分析中的所述標 記物包括所述的DNA修復(fù)標記物組(著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活 化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚 合酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，細胞周期關(guān) 卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組 1 (ERCCl)，以及醌氧化還原酶1 (NQOl))。對所有的1_標記物、2-標記物、3-標記 物、以及4-標記物組合模型進行比較并且將其作為1，2，3，4在χ軸上進行繪制。在 所述的組中，全部的模型所具有的中間值由一個窄小的白色盒子來代表，存在于每一個 被繪制的值的中心區(qū)域內(nèi)。黑色盒子代表的是所述的中間值的95%的置信區(qū)間。白色盒 子的外部代表的是所述數(shù)據(jù)的中點(middle half)(存在于中間值之上的白色部分是四分之 一的數(shù)據(jù)，存在于中間值之下的白色部分是四分之一的數(shù)據(jù))。為了進行剖分分析，對P 值、相對危險、陽性預(yù)測值、特異性、外視錯誤率(AER)的輸出量進行了比較。附圖13。對單一的標記物著色性干皮病D組蛋白(XPF)所進行的概率分析。 通過結(jié)果的得分，將患者進行分割，分為那些發(fā)生了事件(復(fù)發(fā))或者沒有發(fā)生事件(沒 有復(fù)發(fā))的患者，并且在-1.0至+1.0的數(shù)值范圍內(nèi)對使用所述的標記物能夠正確的感知 (calling)所述的測試所取得的結(jié)果的概率進行繪制。卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā) 曲線，晚期(LATE)以及早期(EARLY)指的是那些被進行亞分組的所述患者，所述的亞 分組是分別被分為復(fù)發(fā)時間晚(良好的結(jié)果)以及復(fù)發(fā)時間早(較差的結(jié)果)的組。通 過針對所述的概率得分繪制的所述的事件(復(fù)發(fā))發(fā)生的可能性(利用虛線表示的是95% 的置信區(qū)間)來表示出通過得分所預(yù)測出的結(jié)果；所列出的通過得分繪制出的接受者操 作特性曲線(ROC)，曲線下面積(AUC)敏感度/特異性的確定，其數(shù)值在0-1的范圍之 內(nèi)。附圖14。對單一的標記物范科尼貧血互補組D2(FANCD2)所進行的概率分析。 通過結(jié)果的得分，將患者進行分割，分為那些發(fā)生了事件(復(fù)發(fā))或者沒有發(fā)生事件(沒 有復(fù)發(fā))的患者，并且在-1.0至+1.0的數(shù)值范圍內(nèi)對使用所述的標記物能夠正確的感知 (calling)所述的測試所取得的結(jié)果的概率進行繪制。卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā) 曲線，晚期(LATE)以及早期(EARLY)指的是那些被進行亞分組的所述患者，所述的亞 分組是分別被分為復(fù)發(fā)時間晚(良好的結(jié)果)以及復(fù)發(fā)時間早(較差的結(jié)果)的組。通 過針對所述的概率得分繪制的所述的事件(復(fù)發(fā))發(fā)生的可能性(利用虛線表示的是95% 的置信區(qū)間)來表示出通過得分所預(yù)測出的結(jié)果；所列出的通過得分繪制出的接受者操 作特性曲線(ROC)，曲線下面積(AUC)敏感度/特異性的確定，其數(shù)值在0-1的范圍之 內(nèi)。附圖15。對單一的標記物蛋白酶活化受體(PAR)所進行的概率分析。通過結(jié)果 的得分，將患者進行分割，分為那些發(fā)生了事件(復(fù)發(fā))或者沒有發(fā)生事件(沒有復(fù)發(fā)) 的患者，并且在-1.0至+1.0的數(shù)值范圍內(nèi)對使用所述的標記物能夠正確的感知(calling) 所述的測試所取得的結(jié)果的概率進行繪制?？ㄆ仗m-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線，晚 期(LATE)以及早期(EARLY)指的是那些被進行亞分組的所述患者，所述的亞分組是分 別被分為復(fù)發(fā)時間晚(良好的結(jié)果)以及復(fù)發(fā)時間早(較差的結(jié)果)的組。通過針對所 述的概率得分繪制的所述的事件(復(fù)發(fā))發(fā)生的可能性(利用虛線表示的是95%的置信區(qū)間)來表示出通過得分所預(yù)測出的結(jié)果；所列出的通過得分繪制出的接受者操作特性曲 線(ROC)，曲線下面積(AUC)敏感度/特異性的確定，其數(shù)值在0-1的范圍之內(nèi)。附圖16。對一個三種標記物的模型所進行的概率分析，其中所述的三種標記物 是著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，蛋白酶活化受體 (PAR)。通過結(jié)果的得分，將患者進行分割，分為那些發(fā)生了事件(復(fù)發(fā))或者沒有發(fā)生 事件(沒有復(fù)發(fā))的患者，并且在-1.0至+1.0的數(shù)值范圍內(nèi)對使用所述的標記物能夠正確 的感知(calling)所述的測試所取得的結(jié)果的概率進行繪制?？ㄆ仗m-邁耶(Kaplan-Meier) 復(fù)發(fā)曲線，晚期(LATE)以及早期(EARLY)指的是那些被進行亞分組的所述患者，所述 的亞分組是分別被分為復(fù)發(fā)時間晚(良好的結(jié)果)以及復(fù)發(fā)時間早(較差的結(jié)果)的組。 通過針對所述的概率得分繪制的所述的事件(復(fù)發(fā))發(fā)生的可能性(利用虛線表示的是 95%的置信區(qū)間)來表示出通過得分所預(yù)測出的結(jié)果；所列出的通過得分繪制出的接受 者操作特性曲線(ROC)，曲線下面積(AUC)敏感度/特異性的確定，其數(shù)值在0-1的范 圍之內(nèi)。附圖17。對一個四種標記物的模型所進行的概率分析，其中所述的四種標記物 是著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，蛋白酶活化受體 (PAR),膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (PMK2)。通過結(jié)果的得分， 將患者進行分割，分為那些發(fā)生了事件(復(fù)發(fā))或者沒有發(fā)生事件(沒有復(fù)發(fā))的患者， 并且在-1.0至+1.0的數(shù)值范圍內(nèi)對使用所述的標記物能夠正確的感知(calling)所述的測 試所取得的結(jié)果的概率進行繪制?？ㄆ仗m-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線，晚期(LATE) 以及早期(EARLY)指的是那些被進行亞分組的所述患者，所述的亞分組是分別被分為復(fù) 發(fā)時間晚(良好的結(jié)果)以及復(fù)發(fā)時間早(較差的結(jié)果)的組。通過針對所述的概率得 分繪制的所述的事件(復(fù)發(fā))發(fā)生的可能性(利用虛線表示的是95%的置信區(qū)間)來表示 出通過得分所預(yù)測出的結(jié)果；所列出的通過得分繪制出的接受者操作特性曲線(ROC)， 曲線下面積(AUC)敏感度/特異性的確定，其數(shù)值在0-1的范圍之內(nèi)。附圖18。在全部的1-三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)模型、2_三陰 性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)模型、3-三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS) 模型、4-三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)模型、以及5-三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)模型中，對所述的DNA修復(fù)三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS) 所進行的概率分析。存在于所述的分析中的所述標記物包括所述的DNA修復(fù)標記物 組(著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激 酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修 復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)，以及醌氧 化還原酶1 (NQOl))。對所有的1-標記物、2-標記物、3-標記物、4-標記物以及5-標 記物組合模型進行比較并且將其作為1，2，3，4，5在χ軸上進行繪制。在所述的組中， 全部的模型所具有的中間值由一個窄小的白色盒子來代表，存在于每一個被繪制的值的 中心區(qū)域內(nèi)。黑色盒子代表的是所述的中間值的95%的置信區(qū)間。白色盒子的外部代表 的是所述數(shù)據(jù)的中點(middle half)(存在于中間值之上的白色部分是四分之一的數(shù)據(jù)，存 在于中間值之下的白色部分是四分之一的數(shù)據(jù))。參與評價的所述的統(tǒng)計學數(shù)值是所選定的樣本的分數(shù)(Fraction SampleAssigned)，曲線下面積(AUC)，敏感度，以及特異性。附圖19。在2-標記物以及3-標記物的運算法則中，對利用醌氧化還原酶 (NQOl)的DNA修復(fù)三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)所進行的剖分分析的組 合。在2-標記物模型以及3-標記物模型中的一個或者每個中，對所述的醌氧化還原酶 (NQOl)所產(chǎn)生的值進行計算，計算的數(shù)值為ρ值，相對危險，外視錯誤率(AER)，以
及敏感度。發(fā)明的詳細說明本發(fā)明涉及對一種生物標記物的識別，其中所述的生物標記物與三陰性乳腺癌 有關(guān)。具體的，這些生物標記物是蛋白質(zhì)，所述的蛋白質(zhì)與DNA的修復(fù)途徑有關(guān)。DNA 的修復(fù)途徑對于所述的細胞應(yīng)答網(wǎng)絡(luò)而言是重要的，其中所述的應(yīng)答網(wǎng)絡(luò)是針對化學治 療以及放射物而產(chǎn)生的。存在六種主要的DNA修復(fù)途徑，所述的修復(fù)途徑能夠通過幾個標準來對其進 行識別，其中所述的DNA修復(fù)途徑可以被劃分為三個組，是能夠?qū)捂湹膿p傷進行修 復(fù)的組以及能夠?qū)﹄p鏈的損傷進行修復(fù)的組。單鏈損傷的修復(fù)途徑包括堿基切除修復(fù) (BER)；核苷酸切除修復(fù)(NER)；錯配修復(fù)(MMR)；同源性重組/范科尼貧血途徑 (HR/FA)；非同源性末端連接(NHEJ)，以及跨損傷DNA合成修復(fù)(TLS)。單鏈損傷的修復(fù)途徑包括堿基切除修復(fù)(BER)，核苷酸切除修復(fù)(NER)，以及 錯配修復(fù)(MMR)能夠?qū)捂淒NA的損傷進行修復(fù)。當存在于一個雙倍螺旋體中的兩 條鏈上僅有一條鏈存在缺陷時，所述的另外一條鏈可以被用來作為一種模板，用來對所 述的受損傷的鏈的修正作用進行指導(dǎo)。為了對存在于DNA上的兩個成對分子中的一個 所具有的損傷進行修復(fù)，存在許多的切除修復(fù)機制，所述的切除修復(fù)機制能夠除去所述 的受到損傷的核苷酸并且利用一個未被損傷的核苷酸對其進行替代，其中所述的未被損 傷的核苷酸與在所述的未被損傷的DNA鏈上所找到的核苷酸是互補的。堿基切除修復(fù) (BER)修復(fù)的損傷是由單個的核苷酸所產(chǎn)生的，其中所述的損傷是通過氧化反應(yīng)，烷基 化反應(yīng)，水解反應(yīng)，或者去氨基反應(yīng)而引發(fā)的。核苷酸切除修復(fù)(NER)修復(fù)的是能夠影 響2-30個堿基的較長的鏈的損傷。這種過程能夠識別出大量的、使螺旋體產(chǎn)生扭曲的 變化，例如胸腺嘧啶二聚物以及單鏈上的斷裂(利用酶對其進行修復(fù)，其中所述的酶使 例如UvrABC核酸內(nèi)切酶)。一種特定形式的核苷酸切除修復(fù)(NER)被稱之為轉(zhuǎn)錄偶聯(lián) 修復(fù)(TCR)，所述的修復(fù)能夠在基因上配置具有高優(yōu)先性的核苷酸切除修復(fù)(NER)修復(fù) 酶，其中所述的基因是被轉(zhuǎn)錄活化的。錯配修復(fù)(MMR)能夠修正在DNA的復(fù)制以及重 組中所產(chǎn)生的錯誤，其中所述的在DNA重組中所產(chǎn)生的錯誤能夠在經(jīng)過DNA的復(fù)制之 后產(chǎn)生錯配多核苷酸。非同源性末端連接(NEHJ)以及同源性重組(HR)能夠?qū)﹄p鏈DNA的損傷進行 修復(fù)。雙鏈的損傷對于細胞的分裂而言是格外危險的。當所述的細胞還沒有對一種DNA 的區(qū)域進行復(fù)制而在所述的DNA區(qū)域上已經(jīng)發(fā)生了損傷時，所述的非同源性末端連接 (NHEJ)途徑開始運轉(zhuǎn)。所述的方法能夠在不需要模板的情況下直接對所述的受損傷的 DNA鏈的兩個末端進行連接，在所述的過程中會丟失序列信息。因此，這種修復(fù)機制必 然是誘變性的。然而，如果所述的細胞并沒有進行分裂并且沒有對其DNA進行復(fù)制，所 述的非同源性末端連接(NHEJ)途徑是所述細胞的唯一選擇。非同源性末端連接(NHEJ)依靠的是偶然的配對，或者微同源性，其中所述的偶然配對或者微同源性是發(fā)生在或者 存在于被進行連接的兩條DNA片段的單鏈尾端的。在較為高級的真核細胞中，非同源性 末端連接(NEHJ)中存在著多種獨立的“故障自動保險(failsafe)”途徑。重組性的修復(fù) 需要存在一種相同的序列或者幾乎相同的序列，其中所述的序列被用來作為一種模板， 用于對所述的斷裂之處進行修復(fù)。產(chǎn)生這種修復(fù)方法的酶學機制與產(chǎn)生染色體交叉的機 制幾乎相同，其中所述的染色體交叉是在減數(shù)分裂的過程中出現(xiàn)的。這種途徑允許使用 所述的新生成的姐妹染色單體作為一種模板，對一種受到損傷的染色體進行修復(fù)，其中 所述的新生成的姐妹染色單體即，一種相同的拷貝，所述的拷貝同樣經(jīng)由所述的著絲點 與所述的受損傷的區(qū)域進行了連接。通過這種機制進行修復(fù)的雙鏈斷裂一般而言是由所 述的復(fù)制機制而引發(fā)的，其中所述的復(fù)制機制試圖越過一個單鏈的斷裂處或者未被修復(fù) 的損傷處進行合成，上述兩種情況均能夠?qū)е滤龅膹?fù)制叉的瓦解。跨損傷合成是一種傾向于出錯的(幾乎一定會出錯)、用于進行一種DNA損傷 的修復(fù)的最后的手段和方法，其中所述的DNA損傷已經(jīng)不能通過其他任何的機制來進行 修復(fù)。所述的DNA復(fù)制機制在經(jīng)過一個DNA損傷位點時不能進行連續(xù)的復(fù)制，因而所 述的行進中的復(fù)制叉將在遭遇到一種受到損傷的堿基時產(chǎn)生停滯。所述的跨損傷合成途 徑受到特異性的DNA聚合酶的介導(dǎo)，其中所述的DNA聚合酶能夠在所述的損傷位點之 上插入額外的堿基并且因此允許復(fù)制作用繞過所述的受到損傷的堿基而繼續(xù)進行染色體 的重復(fù)。通過所述的跨損傷合成機制而被插入的所述堿基是不依賴于模板的，但并不是 隨意的；例如，當所述的合成經(jīng)過一種胸腺嘧啶二聚物時，一種人類聚合酶會插入腺嘌 呤堿基。正常的細胞加工以及外源性的試劑均能夠促成所述的DNA損傷的累積，針對這 一點，真核細胞已經(jīng)進化出復(fù)雜的以及過剩的修復(fù)機制，用以確保所述的遺傳物質(zhì)的穩(wěn) 定性以及遺傳物質(zhì)的高忠實度的復(fù)制。盡管自然發(fā)生的變異不能夠完全成為所述的終生 癌癥的危險的原因，但在DNA修復(fù)方面存在的缺陷能夠產(chǎn)生一種“增變基因”表型， 在所述的表型中，細胞以一種加速的速度對損傷進行累積，從而導(dǎo)致腫瘤的形成。盡管 這些缺陷能夠促成遺傳的不穩(wěn)定性以及侵略性，它們同樣能夠使腫瘤細胞對損傷變得敏 感，其中所述的損傷是通過外源性的DNA損傷試劑來產(chǎn)生的，例如是化學治療以及致電 離輻射。因此，由于DNA的損傷修復(fù)缺陷更為有可能是普遍存在于癌癥細胞之中的并且 與侵略性有關(guān)，所述的細胞DNA修復(fù)機制能夠為預(yù)測以及預(yù)后提供一種時機，也能夠為 治療劑的研發(fā)提供一組目標。三陰性乳腺癌甚至更為可能對存在于DNA的修復(fù)中的缺陷進行隱匿。在一項研 究中使用了雜合性的缺失(LOH)作為一種遺傳不穩(wěn)定性的標記物，并且發(fā)現(xiàn)基底樣乳腺 癌在所有的乳腺癌亞類型中具有最高的雜合性缺失(LOH)率。此外，5qll，存在于許多 DNA修復(fù)以及關(guān)卡基因附近，在100%的基底樣癌癥中發(fā)生了缺失并且在其他的亞類型 中從未發(fā)生缺失。當通過以全基因組陣列為基礎(chǔ)的比較基因組雜交方法進行分析時，同 樣存在高程度的DNA復(fù)制上的增加以及缺失，這些增加以及缺失是與所述的基底樣亞類 型有關(guān)的。家族性的乳腺癌易感基因I(BRCAl)相關(guān)性癌癥同樣與三陰性癌癥具有許多 共同的臨床特征以及表型特征，除了雌激素受體(ER)陰性、孕激素受體(PR)陰性、以 及人表皮生長因子受體-2(Her-2)陰性之外，還包括高級別的表皮生長因子(EGFR)的表達，p53變異，以及細胞生成的異常。所述的乳腺癌易感基因I(BRCAl)蛋白通過其與 同源性重組之間的相關(guān)性而參與了 DNA的修復(fù)，其中所述的同源性重組是對DNA雙鏈 的斷裂所進行的應(yīng)答。在本發(fā)明中所描述的這項研究中，對來自于這些途徑中的幾種的代表進行了研 究，研究這些途徑與各自的臨床結(jié)果之間存在的關(guān)聯(lián)，其中所述的臨床結(jié)果是與三陰性 乳腺癌相關(guān)的。在來自于一種三陰性乳腺癌的組織微陣列(TMA)中的連續(xù)切片中對 選定的DNA修復(fù)蛋白表位進行評價，其中所述的DNA修復(fù)蛋白表位是NQ01，p53, 以及Ki67蛋白。被進行評價的所述的DNA修復(fù)蛋白表位包括著色性干皮病D組蛋白 (XPF)以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)(核苷酸切除修復(fù))，范科尼貧血互補 組D2 (FANCD2)(范科尼貧血途徑)，RAD51以及乳腺癌易感基因1 (BRCAl)(同源性重 組)，錯配修復(fù)蛋白1 (MLHl)(錯配修復(fù))，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)(堿基切 除修復(fù))，蛋白酶活化受體(PAR)(堿基切除修復(fù))，以及膦_有絲分裂原活化的蛋白激酶 活化的蛋白激酶2 (pMK2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM) (DNA損傷應(yīng)答)。所述的標 記物醌氧化還原酶(NQOl)是一種脫毒酶，在乳腺癌中，所述的脫毒酶已經(jīng)表現(xiàn)出與對 基于蒽環(huán)類的治療所具有的敏感度有關(guān)。所述的標記物Ki67停留在所述的細胞核之中， 它并不是一種DNA修復(fù)標記物，但取而代之的，是一種在所述的腫瘤區(qū)域之內(nèi)的細胞增 殖能力的指示劑。所述的標記物p53是一種腫瘤抑制劑，所述的腫瘤抑制劑能夠在癌癥 中發(fā)生頻繁的變異，并且p53的變異可以通過DNA測試來進行證明，或者通過在免疫組 織化學中的穩(wěn)定態(tài)的p53變異蛋白質(zhì)來進行證明。正如將在下文的實施例部分中進行描述的，被進行研究的所述的DNA修復(fù)生物 標記物與縮短癌癥復(fù)發(fā)的時間相關(guān)。具體的，兩個、三個以及四個標記物的模型能夠?qū)?高危險組以及低危險組進行分割，其中所述的分割是以在所述的訓練組以及所述的測試 組中的復(fù)發(fā)時間為基礎(chǔ)的。因此，本發(fā)明提供了用于對宿主進行識別的方法，其中所述的宿主患有三陰性 乳腺癌，或者存在有經(jīng)歷三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)的危險，所述的識別是通過對蛋白質(zhì)生物 標記物的探測來實現(xiàn)的，其中所述的蛋白質(zhì)生物標記物與所述的三陰性乳腺癌有關(guān)。這 些三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)同樣能夠被有效的用來對宿主進行監(jiān)測，其 中所述的宿主正在接受針對三陰性乳腺癌所進行的處理以及治療，所述的三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKERS)并且能夠被有效的用來對治療以及處理方法進行篩選或者修 飾，其中所述的治療以及處理方法對患有三陰性乳腺癌的患者而言應(yīng)當是有效的，其中 對于這樣的處理以及治療的篩選以及使用能夠減慢所述腫瘤的惡化，或者在本質(zhì)上延遲 或阻止其發(fā)作，或者減小或阻止所述的腫瘤轉(zhuǎn)移和/或復(fù)發(fā)的影響范圍。 一種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)包括例如范科尼貧血互補組 D2(FANCD2),著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化 的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基 因I(BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)， p53, Ki67。可以對一種、兩種、三種、四種、五種、十種或者更多種的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行測量，優(yōu)選的，對至少兩種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行測量，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)選自 范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化 的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合 酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺 癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)。在某些方面，范 科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，或者RAD51以及至少一種 選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)被進行了測量著色性干皮病D 組蛋白(XPF)或者核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；膦-有絲分裂原活化的蛋白 激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)或者細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)；或者蛋白酶活化受體 (PAR)或聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)。在一個進一步的方面中，所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)是 DNA修復(fù)蛋白，所述的DNA修復(fù)蛋白屬于不同的DNA修復(fù)途徑?？晒┻x擇的，對三 種或者更多種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量，其中三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKERS)屬于兩種、三種、四種、五種或者更多種不同的DNA修復(fù)途徑。在本發(fā)明中的其他方面，對范科尼貧血互補組D2(FANCD2)以及至少一種選 自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量著色性干皮病D組蛋 白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體 (PAR),聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡 基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補 組1(ERCC 1)；對著色性干皮病D組蛋白(XPF)以及至少一種選自下述中的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，膦-有 絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二 磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；對 膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)以及至少一種選自下述中的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)， 著色性干皮病D組蛋白(XPF)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶 1 (PARPl),錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌 易感基因l(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對蛋白酶活化受體 (PAR)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量 范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化 的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù) 蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)， 以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)以 及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼 貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋 白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)， 細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)以及至少一種選自下述中的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)， 著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶 2(pMK2)，蛋白活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，細胞周期關(guān)卡 基因蛋白(ATM)，RAD51,乳 腺癌易感基因1 (BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補 組I(ERCCl)；對細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺 癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測量范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干 皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋 白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；對 RAD51以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行了測 量范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂 原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核 糖聚合酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，乳腺 癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；對乳腺癌易感基 因I(BRCAl)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行 了測量范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲 分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷 酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；或者對核苷酸切除修復(fù)交叉互補 組I(ERCCl)以及至少一種選自下述中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行 了測量范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分 裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,以及乳腺癌易感 基因l(BRCAl)。任選的，除此之外，一種或者多種選自下述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)被進行了測量醌氧化還原酶1 (NQOl)，p53以及Ki67。定義“準確率”指的是一種被測量得到的質(zhì)量或者被計算得到的質(zhì)量(一種測試報告 值)與其實際(或者真實)值之間的一致性程度。臨床準確率涉及到所述的真實結(jié)果(真 實陽性(TP)或者真實陰性(TN))占錯誤分類結(jié)果(假陽性(FP)或者假陰性(FN))的比 例，并且其可以被稱為敏感度，特異性，陽性預(yù)測值(PPV)或者陰性預(yù)測值(NPV)，或 者除了其他的測量物之外，作為一種可能性，還可以被稱為讓步比。“生物標記物”在本發(fā)明的上下文中涵蓋，但不局限于，蛋白質(zhì)，核酸，以及 代謝產(chǎn)物，以及它們的多形體，變異形式，變體，修飾形式，亞單元，片段，蛋白-配 體復(fù)合物，以及降解產(chǎn)物，蛋白-配體復(fù)合物，元素，相關(guān)代謝產(chǎn)物，以及其他的分析 物或者來源于樣本的測量物。生物標記物同樣可以包括變異的蛋白質(zhì)或者變異的核酸。 生物標記物同樣能夠涵蓋非血液中產(chǎn)生的因子或者健康狀態(tài)的非分析物生理學標記物， 例如在本發(fā)明中所定義的“臨床參數(shù)”，以及同樣在本發(fā)明所定義的“傳統(tǒng)實驗室危 險因素”。生物標記物同樣包括任何通過計算得到的指數(shù)，其中所述的指數(shù)是通過數(shù)學的方法或者通過前述測量方法中的任意一種或者多種的組合而建立的，包括暫時性的趨 勢以及差異。在可以利用的情況中，并且除非在本發(fā)明中另有描述，當生物標記物是 基因產(chǎn)物時，可以根據(jù)所述的官方的字母縮略語或者被指定的基因符號對所述的生物標 記物進行識別，其中所述的基因符號是由國際人類基因命名委員會(international Human GenomeOrganization Naming Committee (HGNC))指定的，以及在本申請日前在所述的 美國生物技術(shù)信息中心(US National Center forBiotechnology Information (NCBI))網(wǎng)頁 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez ？ db = gene)上所列出的，其也被稱為 Entrez Gene數(shù)據(jù)庫?！叭幮匀橄侔擞浳?TNBCMARKER)，，或者“ TNBCM AERKER，，涵蓋
了全部的核酸或者多肽中的一種或者多種，其中所述的多肽的水平在宿主體內(nèi)發(fā)生了變 化，所述的宿主患有一種三陰性乳腺癌，或者易于發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌，或者具 有患三陰性乳腺癌的危險。在本發(fā)明中所使用的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER) 包括ρ53，Κ 67,醌氧化還原酶I(NQOl)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有 絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚 腺苷二磷酸核糖聚合酶l(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，核苷酸切除修復(fù)交叉 互補組l(ERCCl)，乳腺癌易感基因I(BRCAl)，RAD51,細胞周期關(guān)卡基因蛋白 (ATM)或者范科尼貧血互補組D2(FANCD2)。在本發(fā)明中，各個三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)共同被稱之為，尤其是，“三陰性乳腺癌相關(guān)性蛋白質(zhì)”，“三陰性 乳腺癌標記物(TNBCMARKER)多肽”，或者“三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER) 蛋白質(zhì)”。編碼所述多肽的相應(yīng)的核酸被稱之為“三陰性乳腺癌相關(guān)性核酸”，“三 陰性乳腺癌相關(guān)性基因”，“三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)核酸”，或者“三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)基因”。除非另外指明，“三陰性乳腺癌標記 物(TNBCMARKER)”，“三陰性乳腺癌相關(guān)性蛋白質(zhì)”，“三陰性乳腺癌相關(guān)性核 酸”意在指的是在本發(fā)明中所公開的所述生物標記物中的任意一種，其中所述的生物標 記物是，例如，ρ53，Κ 67,醌氧化還原酶1 (NQOl)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)， 膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚 腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補 組I(ERCCl)，乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，RAD51,細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)或 者范科尼貧血互補組D2(FANCD2)。所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白 質(zhì)或者核酸所具有的相應(yīng)的代謝產(chǎn)物同樣是可以被測量的，以及上述提及的傳統(tǒng)危險標 記物代謝產(chǎn)物中的任意一種。健康狀態(tài)的生理學標記物(例如，年齡，家族歷史，以及普遍被用來作為傳 統(tǒng)的危險因素的其他測量值)被稱之為“三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)生 理學”。經(jīng)過計算得到的指數(shù)被稱之為“三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER) 指數(shù)”，其中所述的指數(shù)是通過數(shù)學的方法將一種或者多種測量值進行組合來建立 的，其中所述的測量值優(yōu)選為兩種或者多種，是針對前述提及的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)類型所進行的測量?！芭R床指示劑”指的是任何的生理學數(shù)據(jù)，所述的生理學數(shù)據(jù)可以單獨使用或 者與其他的數(shù)據(jù)聯(lián)合使用，用以對收集到的細胞或者收集到的有機體的生理學狀況進行評價。這個術(shù)語包括潛伏期指示劑?！芭R床參數(shù)”涵蓋了所有的宿主健康狀態(tài)的非樣本或者非分析物生物標記物或 者其他的特征，例如，但不局限于，年齡(Age)，種族(RACE)，性別(Sex)，或者家族 歷史(FamHX)?！癋N”指的是假陰性，當其被用在一種疾病狀態(tài)的測試中時，指的是將一個患 有疾病宿主錯誤的分類為未患有疾病或者正常?！癋P”指的是假陽性，當其被用在一種疾病狀態(tài)的測試中時，指的是將一個正 常的宿主錯誤的分類為患有疾病。“公式”、“運算法則”、或者“模型”指的是任何的數(shù)學等式，算法，解 析或者程序化過程，或者統(tǒng)計學技術(shù)，其能夠進行一個或者多個連續(xù)的或者分類的輸入 (在本發(fā)明中被稱為“參數(shù)”)并且計算出一個輸出值，有時其被稱之為“指數(shù)”或者 “指數(shù)值”?！肮健钡姆窍拗菩缘睦影ㄇ蠛筒僮?，比例操作，以及回歸操作，例
如系數(shù)或者指數(shù)，生物標記物值的轉(zhuǎn)化以及正態(tài)化(包括，但不局限于，那些基于臨床 參數(shù)的正態(tài)化方案，其中所述的臨床參數(shù)是例如性別，年齡，或者種族)，標準以及指導(dǎo) 方針，統(tǒng)計學分類模型，已經(jīng)在歷史群體中訓練得到的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。當在組合的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKER)以及其他的生物標記物中進行特定的使用時，其是線性等 式以及非線性等式，以及統(tǒng)計學分類分析，用以確定存在于一個宿主體內(nèi)的所述三陰性 乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的水平與所述的宿主患有疾病的危險之間存在的關(guān)系。 在展板式結(jié)構(gòu)以及混合結(jié)構(gòu)中，特別感興趣的是結(jié)構(gòu)以及合成統(tǒng)計分類運算法則，以及 用來進行危險指數(shù)構(gòu)建的方法，其中所述的方法利用到了圖案識別的特征，包括已經(jīng)建 立的技術(shù)例如交叉相關(guān)，主成分分析(PCA)，因素軸轉(zhuǎn)，吉斯回歸(LogReg)，線性判斷 分析(LDA)，Eigengene線性判斷分析(ELDA)，支持向量機(SVM)，隨機森林(RF)， 遞歸分割樹(RPART)，以及除此之外的其他相關(guān)的決策樹分類技術(shù)，縮小重心(SC)， StepAIC, K最近鄰取樣，Boosting，決策樹，神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，貝葉斯網(wǎng)絡(luò)，支持向量機，以 及隱式馬可夫模型。可以被用在存活率以及事件時機危險分析中的其他技術(shù)包括Cox比 例風險模型，可靠性和壽命數(shù)據(jù)分析(Weibull)，卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)模型以 及Greenwood模型，均是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的。這些技術(shù)中的許多在用來與一種三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)篩選技術(shù)進行組合使用時同樣是有效的，其中所述 的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)篩選技術(shù)例如是前向選擇，后向選擇，或者逐 步選擇，在一種給定大小的范圍內(nèi)對所有可能的小組進行的全數(shù)調(diào)查，遺傳運算法則， 或者它們本身可以包括以它們自己的技術(shù)來完成的生物標記物篩選方法?？梢詫⑦@些 與信息準則進行偶聯(lián)，其中所述的信息準則是例如赤池信息準則(Akaike’ s Information Criterion) (AIC)或者貝葉斯信息準則(Bayes Information Criterion) (BIC)，其目的在于對 存在于另外的生物標記物與模型改進之間的折衷進行量化，并且?guī)椭鷮@種過度擬合進 行最小化。上述得到的預(yù)測模型可以在其他的研究中對其進行驗證，或者在它們最初進 行訓練的研究中對其進行交叉驗證，其中所述的驗證或者交叉驗證使用的是這樣的技術(shù) 例如Bootstrap仿真程序，留一法(LOO)以及10倍交叉驗證(10-Fold CV)。在各種不同 的步驟中，可以通過數(shù)值的 置換檢驗對錯誤發(fā)現(xiàn)率進行估算，這可以依照本領(lǐng)域已知的 技術(shù)來實現(xiàn)?！敖】到?jīng)濟利用率函數(shù)(health economic utilityfunction) ”是一種來自于一定范圍內(nèi)的臨床結(jié)果的預(yù)期概率的組合的一個公式，其中所述的臨床結(jié)果來自于一個理 想化的可以適用的患者群體，其得自于在向所述的標準治療過程中插入診斷性干預(yù)或者 治療性干預(yù)之前以及之后。其涵蓋了對這種干預(yù)所具有的下述參數(shù)的估算準確率，有 效性以及性能特征，以及與每一種結(jié)果相關(guān)的成本和/或價值測量(利用率)，所述的結(jié) 果可以來自于真實的醫(yī)療衛(wèi)生系統(tǒng)成本(服務(wù)，補給，設(shè)備以及藥物，等等)和/或一種 估算得到的可以被接受的在每一個質(zhì)量調(diào)整生命年(QALY)中的價值，其中所述的價值 是能夠產(chǎn)生每一種結(jié)果的價值。將產(chǎn)生一種結(jié)果的參與預(yù)測的所述群體的大小乘以各自 結(jié)果的預(yù)期可利用率，將所有的預(yù)測結(jié)果的上述乘積求和，就得到了對于一種給定的標 準治療而言的整體的健康經(jīng)濟利用率。在G)存在所述干預(yù)的情況下，計算得到的所述標 準治療所具有的總體的健康經(jīng)濟利用率與Gi)不存在所述干預(yù)的情況下，計算得到的所 述標準治療所具有的總體的健康經(jīng)濟利用率之間所存在的差異產(chǎn)生了對所述的干預(yù)而言 的健康經(jīng)濟成本或者價值的整體測量值?？梢詫⒃摂?shù)值除以參與進行分析的整體的患者 組(或者單獨的除以所述的干預(yù)組)，從而獲得了每一個單位干擾所具有的成本，并且能 夠?qū)ο率鰶Q策起到指導(dǎo)作用，其中所述的決策是市場定位，定價，以及對健康系統(tǒng)的 接受程度的設(shè)想。這樣的健康經(jīng)濟利用率函數(shù)是普遍被使用的，用以對所述的干預(yù)所具 有的成本-有效性進行比較，但是同樣可以對上述函數(shù)進行轉(zhuǎn)化，用以估算在每一個質(zhì) 量調(diào)整生命年(QALY)中有意愿對所述的健康治療系統(tǒng)進行購買的可接受值，或者用以 估算一種新的干預(yù)所需要具有的可接受的成本_有效性臨床性能特征。對于本發(fā)明中所述的診斷性的(或者預(yù)兆性的)干預(yù)而言，由于每一種結(jié)果(這 在一項疾病分類診斷性測試中可以是一種真陽性，假陽性，真陰性，或者假陰性)承受 著不同的成本，一個健康經(jīng)濟利用率函數(shù)可能對敏感度而不是特異性進行優(yōu)先的證明， 或者可能對陽性預(yù)測值(PPV)而不是陰性預(yù)測值(NPV)進行優(yōu)先的證明，這是根據(jù)所述 的臨床狀況以及各個結(jié)果所具有的成本以及價值來決定的，并且因此提供了另外一種健 康經(jīng)濟性能以及價值的測量值，所述的測量值可能與更直接的臨床性能測量值或者分析 性能測量值存在差異。這些不同的測量值及其相關(guān)的折衷值一般而言僅僅在一種完美的 測試中才能會聚在一點，具有零錯誤率(或者換句話說，有零個被預(yù)測的宿主的結(jié)果是 被錯誤分類的或者是假陽性的以及假陰性的)，其中所有的性能測量值都將偏向于不完整 性，只是程度不同?！皽y量”或者“測量方法”，或者可供選擇的“探測”或者“探測方法”， 指的是在一個臨床樣本或者來自于宿主的樣本中，對一種任意給定的物質(zhì)的存在、不存 在、質(zhì)量或者劑量(其可能是一種有效劑量)所進行的評價，包括這樣的物質(zhì)所具有的定 性的濃度水平或者定量的濃度水平的衍生，或者另外的對一種宿主的非分析物臨床參數(shù) 所具有的價值或者分類所進行的評價?！瓣幮灶A(yù)測值”或者“NPV”是由真陰性(TN) / (真陰性+假陰性)計算得到 的，或者是由所述的真陰性部分占全部的陰性測試結(jié)果的比例計算得到的。其同樣會固 有的受到所述疾病的流行程度的影響，以及所述群體所具有的測試前概率的影響，其中 所述的群體是意在接受測試的群體。參見，例如，O，MarcaighAS，Jacobson RM 于 1993 年在 Clin.Ped.《兒科臨 床學》32(8): 485-491 中發(fā)表的文章 “Estimating ThePredictive Value Of A DiagnosticTest, How To Prevent MisleadingOr Confusing Results《對一種診斷性測試所具有的預(yù)測 值的估算，怎樣防止誤導(dǎo)或者混亂的結(jié)果》”，其中對一種測試所具有的特異性、敏感 度、以及陽性預(yù)測值以及陰性預(yù)測值進行了討論，所述的測試例如是一種臨床診斷性測 試。通常情況下，對于使用了一種連續(xù)性的診斷性測試的測量方法的二元疾病狀態(tài)分類 方法而言，通過接受者操作特性(ROC)曲線對所述的敏感度以及特異性進行了總結(jié)， 并且通過所述的曲線下面積(AUC)或者C-統(tǒng)計量進行了總結(jié)，其中所述的接受者操作 特性(ROC)曲線是依照Pepe等人于2004年在Am.J.Epidemiol《美國流行病學雜志》 159(9) 882-890 中發(fā)表的文章 “Limitations of the Odds Ratio in Gauging the Performance of a Diagnostic, Prognostic, or ScreeningMarker《讓步比在測定一種診斷性、預(yù)兆性、或 者篩選性標記物的性能中所存在的局限性》，，所描述的，所述的曲線下面積(AUC)或者 C-統(tǒng)計量是一種允許用來僅使用一個單一的數(shù)值對一種測試、檢測、或者方法在全體范 圍的測試(或者檢測)分割點上所具有的敏感度以及特異性進行代表的指示劑。同樣可以 參見，例如，Shultz 于 1996 年在由 Burtis 以及 Ashwood (編輯)的 Teitz，F(xiàn)undamentals of Clinical Chemistry《臨床化學基礎(chǔ)》第4版第14章中發(fā)表的文章“Clinical Interpretation OfLaboratory Procedures《實驗室操作的臨床干預(yù)》”，W.B.Saunders公司，第192-199 頁；以及Zweig等人于1992年在Clin.Chem.《臨床化學》38(8): 1425-1428中發(fā)表 的文章"ROC Curve Analysis An ExampleShowing The Relationships Among Serum Lipid AndApolipoprotein Concentrations In Identifying Subjects WithCoronory Artery Disease 《接 受者操作特性曲線分析在對患有冠心病的患者進行識別時，一種能夠表現(xiàn)出所述的血 清血脂與阿樸脂蛋白之間的關(guān)系的例子》”。依照Cook于2007年在Circulation《循 環(huán)》115 928-935 中發(fā)表的文章"Use and Misuse of theReceiv er Operating Characteristic Curve in Risk Prediction《在危險預(yù)測中，對所述的接受者操作性特征曲線的使用以及濫 用》”中的內(nèi)容，對一種可供選擇的方法進行了概述，其中在所述的方法中使用到了似 然函數(shù)，讓步比，信息論，預(yù)測值，校驗(包括吻合度)，以及重新分類的測量方法。最終，由一項測試來進行定義的危險比例以及在宿主組內(nèi)的絕對危險比例以及 相對危險比例成為一項對臨床準確率以及可利用率的進一步的測量方法。多種方法被頻 繁的用來對異常的或者疾病的值進行定義，其中所述的值包括引用極限，判定極限，以 及危險閾值?！胺治鰷蚀_率”指的是所述的測量方法過程本身所具有的可再現(xiàn)性以及可預(yù)測 性，并且可以在如下這樣的測量方法中對其進行總結(jié)變異系數(shù)，以及所述的相同樣本 或者對照所具有的一致性以及校驗測試，其中在所述的測量方法中使用到的是不同的時 間、使用者、儀器和/或試劑。同樣在Vasan于2006年發(fā)表的文章中總結(jié)了在評價新的 生物標記物的過程中的這些考慮以及其他的考慮?！靶阅堋笔且粋€術(shù)語，所述的術(shù)語指的是一種診斷性的測試或者預(yù)兆性的測試 所具有的整體的有效性以及質(zhì)量，其中包括臨床準確率以及分析準確率，其他的分析特 征以及加工特征，例如使用特征(例如，穩(wěn)定性，使用的便利性)，健康經(jīng)濟值，以及所 述的測試中的組分所具有的相對成本。這些因素中的任何一個都可能是所述的優(yōu)異性能 產(chǎn)生的源泉以及因此使所述的測試具有有效性的源泉，并且可以通過適宜的“性能度量 體系”來對其進行測量，其中所述的“性能度量體系”例如是曲線下面積(AUC)，獲得結(jié)果的時機，貨架期，等等，只要相關(guān)即可?！瓣栃灶A(yù)測值”或者“PPV”是由真陽性(TN)/(真陽性+假陽性)計算得到 的，或者是由所述的真陽性部分占全部的陽性測試結(jié)果的比例計算得到的。其同樣會固 有的受到所述疾病的流行程度的影響，以及所述群體所具有的測試前概率的影響，其中 所述的群體是意在接受測試的群體。在本發(fā)明的上下文中，“危險”指的是在一個指定的時間段內(nèi)一種事件將發(fā)生 的概率，與轉(zhuǎn)化成為一種復(fù)發(fā)性的癌癥相同，并且能夠意味著所述宿主的“絕對”危險 或者“相對”危險。絕對危險可以根據(jù)下述來進行測量在進行測量之后的所述相關(guān) 的時間組之后實際的觀察情況，或者根據(jù)從統(tǒng)計學有效的歷史組中得來的指數(shù)值來進行 測量，其中所述的歷史組是在所述的相關(guān)的時間段內(nèi)被跟進的組。相對危險指的是一個 宿主所具有的絕對危險與所述的低危險組所具有的絕對危險之間的比值，或者是一個宿 主所具有的絕對危險與一種平均的群體危險之間的比值，這種比值可能因為臨床危險因 素的評價方式而存在變化。對于非轉(zhuǎn)化的情況而言，讓步比同樣是被普遍使用的，讓步 比指的是對于一個給定的測試結(jié)果而言，所述的陽性時間與所述的陰性時間之間的比例 (讓步比是根據(jù)所述的公式p/(1-p)計算得到的，其中ρ指的是所述事件所具有的概率并 且(1-p)指的是所述的未發(fā)生事件所具有的概率)。在本發(fā)明的上下文中，“危險評估”或者“對危險進行的評估”涵蓋了對所述 的概率、讓步、或者可能性所進行的一種預(yù)測，其中所述的概率、讓步、或者可能性指 的是一種事件或者疾病狀態(tài)可能發(fā)生，所述的事件所具有的出現(xiàn)幾率或者從一種疾病 狀態(tài)向另外一種疾病狀態(tài)進行的轉(zhuǎn)化，即，從一種原發(fā)性的腫瘤向一種轉(zhuǎn)移性的腫瘤所 進行的轉(zhuǎn)化，或者向具有發(fā)展成為一種轉(zhuǎn)化性的腫瘤的危險 所進行的轉(zhuǎn)化，或者從具有 患有一種原發(fā)性轉(zhuǎn)移性事件的危險向一種更為次級的轉(zhuǎn)移性事件所進行的轉(zhuǎn)化，或者是 一種具有免于發(fā)生所述癌癥的復(fù)發(fā)的狀態(tài)所進行的轉(zhuǎn)化。危險評估同樣能夠包括對下述 內(nèi)容所進行的預(yù)測未來的臨床參數(shù)，傳統(tǒng)實驗室危險因素值，或者癌癥的其他指數(shù)， 無論它們是以絕對的形式或者是相對的形式在先前已經(jīng)被測量的群體中出現(xiàn)的。本發(fā) 明中所述的方法可以被用來針對所述的癌癥復(fù)發(fā)的危險進行連續(xù)性的測量或者分類的測 量，并且因此對一種類型的宿主所具有的危險譜進行診斷以及定義，其中所述的這種類 型的宿主被定義為具有發(fā)生癌癥復(fù)發(fā)的危險。在進行所述的分類測量的情況中，本發(fā)明 可以被用來在正常的宿主與具有較高的癌癥復(fù)發(fā)危險的其他宿主組之間進行判定。這種 不同的用途可能需要不同的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的組合以及有各自特 點的小組，數(shù)學運算法則，和/或截止點，但是可以被進行相同的上述提及的測量，其 中所述的測量針對的是對于各自的指定用途而言所具有的準確率以及性能。在本發(fā)明的上下文中，“樣本”指的是一種從宿主中分離得到的生物學樣本， 并且可以包括，通過舉例的方式而不構(gòu)成限制，組織活切片，全血，血清，血漿，血細 胞，內(nèi)皮細胞，淋巴液，腹腔積液，間質(zhì)流體(同樣被稱為“細胞外流體”并且涵蓋了 在細胞之間的間隙內(nèi)被發(fā)現(xiàn)的所述流體，包括，尤其是，牙齦溝液)，骨髓，腦脊髓液 (CSF)，唾液，粘液，痰液，汗液，尿液，或者任意其他的分泌物，排泄物，或者其他 的體液。“敏感度”是由真陽性(TP)/(真陽性+假陰性)計算得到的，或者是通過所述的疾病宿主所具有的真陽性比例計算得到的?！疤禺愋浴笔怯烧?陰性(TN)/(真陰性+假陽性)計算得到的，或者是通過所述 的非疾病宿主或者正常宿主所具有的真陰性比例計算得到的?！敖y(tǒng)計學顯著的”指的是所述的變化要比可能預(yù)期到的僅僅在偶然情況下發(fā)生 的情況(其可能是一種“假陽性”)具有更高的程度。統(tǒng)計學顯著性是可以通過本領(lǐng)域 中已知的任何方法來確定的。所述的ρ值是對概率所進行的一種測量，其中所述的概率 指的是在一項實驗的過程中，在兩組之間所存在的差異是由偶然的原因?qū)е碌?br> §))。例如，一個為0.01的ρ值表示的是所述的結(jié)果是由于偶然的原因而導(dǎo)致的機會是 一百分之一。所述的ρ值越低，存在于所述的組之間的差異是由治療而產(chǎn)生的可能性越 大。如果所述的ρ值至少為0.05，則所述的變化時具有統(tǒng)計學顯著性的。優(yōu)選的，所述 的 ρ 值為 0.04，0.03，0.02，0.01，0.005，0.001 或者更小。在本發(fā)明的上下文中，“宿主”優(yōu)選是一種哺乳動物。所述的哺乳動物可以是 人類，非人類的靈長動物，小鼠，大鼠，狗，貓，馬，或者牛，但是并不局限于這些例 子。除了人類之外的哺乳動物可以被有利的用來作為代表癌癥復(fù)發(fā)的動物模型的宿主。 宿主可以是雄性的或者是雌性的。宿主可以是一個這樣的宿主，其已經(jīng)被診斷出或者識 別出患有原發(fā)性腫瘤，復(fù)發(fā)性腫瘤或者轉(zhuǎn)移性腫瘤，并且任選的已經(jīng)接受了或者正在接 受針對所述腫瘤而進行的治療干預(yù)?？晒┻x擇的，宿主同樣可以是一個這樣的宿主，其 先前并沒有被診斷出患有一種復(fù)發(fā)性的腫瘤。例如，宿主可以是一個這樣的宿主，其表 現(xiàn)出針對一種復(fù)發(fā)性腫瘤的一種或者多種危險因素?！唉肠敝傅氖钦骊幮?，當其被用在一種疾病狀態(tài)的測試中時，意味著對未患有 疾病的宿主或者正常的宿主進行了正確的分類?！癟P”指的是真陽性，當其被用在一種疾病狀態(tài)的測試中時，意味著對患有疾 病的宿主進行了正確的分類?！皞鹘y(tǒng)實驗室危險因素”對應(yīng)著從宿主樣本中分離出來的生物標記物或者從宿 主樣本中得到的生物標記物，并且已經(jīng)在所述的臨床實驗室中對這些生物標記物進行了 普遍的評價，并且在傳統(tǒng)性的全球危險評價運算法則中對它們進行了使用。針對腫瘤復(fù) 發(fā)的傳統(tǒng)實驗室危險因素包括例如[ADD]增殖指數(shù)，腫瘤浸潤淋巴細胞。針對腫瘤復(fù)發(fā) 的其他傳統(tǒng)實驗室危險因素對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的。本發(fā)明的方法及其用途在本發(fā)明中所公開的方法是針對這樣的宿主進行使用的，所述的宿主具有形成 三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)的危險，所述的宿主可能已經(jīng)被診斷出患有三陰性乳腺癌或者尚未 被診斷出患有三陰性乳腺癌，以及所述的宿主正在接受針對一種三陰性乳腺癌所進行的 處理和/或治療。本發(fā)明中所述的方法同樣可以被用來為宿主進行治療方案的監(jiān)測或者 篩選，其中所述的宿主患有一種三陰性乳腺癌，以及用于對宿主進行篩選，其中所述的 宿主先前并未被診斷出患有一種三陰性乳腺癌。治療方案包括例如但不局限于蒽環(huán)類， 抗代謝物例如甲氨蝶呤，放射物，紫杉醇，鉬，以及它們的組合。優(yōu)選的，本發(fā)明中所述的方法被用來對宿主進行識別和/或診斷，其中所述的 宿主對于一種癌癥的復(fù)發(fā)而言是無癥狀的?！盁o癥狀”意味著并不能夠表現(xiàn)出所述的傳 統(tǒng)癥狀。
本發(fā)明中所述的方法同樣可以被用來對宿主進行識別和/或診斷，其中所述的 宿主具有較高的形成一種癌癥復(fù)發(fā)的危險，或者僅僅是基于所述的傳統(tǒng)危險因素而言 的?？梢酝ㄟ^下述的方式對一個患有一種三陰性乳腺癌的宿主進行識別在一種來 自于宿主的樣本中對有效數(shù)量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量 (包括其是否存在或者不存在)進行測量，并且在此之后將所述的劑量與一種參考值進行 比較。在此之后，與所述的參考值相比較而言，下述的變化可以被識別出來所述的生 物標記物在劑量方面以及表達類型方面所發(fā)生的變化，或者所述的代謝產(chǎn)物在分子數(shù)量 方面所發(fā)生的變化或者存在于所述的宿主樣本之中的其他分析物在分子數(shù)量方面所發(fā)生 的變化，其中所述的生物標記物是例如，蛋白質(zhì)，多肽，核酸以及多核苷酸，蛋白質(zhì)、 多肽、核酸、以及多核苷酸的多形體，變異的蛋白質(zhì)、多肽、核酸、以及多核苷酸。有 效的數(shù)量指的是需要進行測量的所述的組成要素的數(shù)量，其目的在于對宿主的癌癥復(fù)發(fā) 進行直接的預(yù)測，其中所述的宿主患有三陰性乳腺癌。優(yōu)選的，對所述的組成要素進 行篩選，使其能夠以至少75%的準確率對癌癥的復(fù)發(fā)進行預(yù)測，更加優(yōu)選的為80%、 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%或者更高的準確率。一個參考值可以與來自于群體研究中的數(shù)量或者數(shù)值有關(guān)，包括但不局限于， 這樣的宿主，所述的宿主具有相同的癌癥，所述的宿主具有相同或者相似的年齡范圍， 所述的宿主具有相同或者相似的種族集團，所述的宿主具有癌癥的家族歷史，或者所述 的參考值可以與來自于宿主的起始樣本有關(guān)，其中所述的宿主正在接受針對癌癥所進 行的治療。這樣的參考值可以從對群體進行的統(tǒng)計分析和/或群體 的危險預(yù)測數(shù)據(jù)中 得到，其中所述的統(tǒng)計分析和/或群體的危險預(yù)測數(shù)據(jù)是通過數(shù)學的運算法則以及對 癌癥復(fù)發(fā)的計算機計算得到的指數(shù)中獲得的。同樣可以對參考的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)指數(shù)進行構(gòu)建以及使用，其中所述的構(gòu)建以及使用是利用了運算法則 以及統(tǒng)計學分類和結(jié)構(gòu)分類中的其他方法。在本發(fā)明的一種實施方式中，所述的參考值指的是存在于一種對照樣本之中的 所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量，其中所述的對照樣本來自 于一個或者多個宿主，所述的宿主不具有形成三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險，或者具有較低 的形成三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險。在本發(fā)明的另外一種實施方式中，所述的參考值指 的是存在于一種對照樣本之中的所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的 劑量，其中所述的對照樣本來自于一個或者多個宿主，所述的宿主是無癥狀的和/或缺 乏傳統(tǒng)的三陰性乳腺癌危險因素。在一種進一步的實施方式中，在經(jīng)過這樣的測試之 后，，在一個診斷學上相應(yīng)的時間段內(nèi)對這樣的宿主進行監(jiān)測和/或周期性的重復(fù)測試 (“縱向研究”)，用以驗證一種三陰性乳腺癌的持續(xù)性的不存在(沒有疾病或者沒有事 件發(fā)生的存活)。這樣的時間段可以是一年，兩年，兩年至五年之間，五年，五年至十 年之間，十年，或者十年至更多年之間，其中所述的時間是從為了確定所述的參考值而 進行的初始測試的日期開始計算的。此外，在建立這些參考值時，可以對存在于被適當 堆積的歷史性的宿主樣本中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)進行追溯性的測 量，因此可以縮短所述的研究所需要的時間。一種參考值同樣可以包括來自于宿主的所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量，其中所述的宿主表現(xiàn)出在危險因素方面的改善，這是 針對所述的癌癥所進行的處理和/或治療所產(chǎn)生的結(jié)果。一種參考值同樣可以包括來自 于宿主的所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量，其中所述的宿主 已經(jīng)通過已知的入侵性技術(shù)或者非入侵性技術(shù)被證實患有疾病，或者具有發(fā)展成為三陰 性乳腺癌的高度危險，或者已經(jīng)患有三陰性乳腺癌。在另外一種實施方式中，所述的參考值是一個指數(shù)值或者是一個基線值。一 種指數(shù)值或者基線值指的是一種有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的 綜合樣本，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)來自于一個或者多個 宿主，所述的宿主并不存在三陰性乳腺癌或者所述的宿主對于三陰性乳腺癌而言是無 癥狀的。一種基線值同樣可以包括來自于宿主的樣本中所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)所具有的劑量，其中所述的宿主表現(xiàn)出在危險因素方面的改善，這 是針對所述的癌癥所進行的處理和/或治療所產(chǎn)生的結(jié)果。在這種實施方式中，為了 與所述的來自于宿主的樣本進行比較，采用類似的方法對所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)所具有的劑量進行計算并且將其與所述的指數(shù)值進行比較。任選的， 對這樣的宿主進行選擇，所述的宿主被識別出患有三陰性乳腺癌，或者具有發(fā)展成為三 陰性乳腺癌的增加的危險，使所述的宿主接受一種治療方案，從而對所述的癌癥的惡化 進行減慢，或者對所述的發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌的危險進行降低或者防止?？梢酝ㄟ^下述方式，對所述的三陰性乳腺癌的惡化或者一種癌癥治療方案所具 有的有效性進行監(jiān)測，所述的方式是在一段時間內(nèi)，對來自于一個宿主的樣本中的有 效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)(其可以是兩種或者多種)進行探測 并且 將所探測到的所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的劑量進行比較。例如，可 以在所述的宿主接受治療之前獲得第一個樣本，并且在所述的宿主接受治療之后或者在 治療的過程中獲取一個或者多個隨后的樣本。如果隨著時間的過去所述的三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量相對于所述的參考值而言發(fā)生變化，則認為所述 的癌癥發(fā)生了惡化(或者，可供選擇的，所述的治療并沒有阻止惡化)，而如果所述的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量隨著時間的過去仍然保持恒定，則所 述的癌癥并沒有發(fā)生惡化(相對于所述的參考群體而言，或者相對于在本發(fā)明中所使用 的“恒定”而言)。當被用在本發(fā)明的上下文中時，所述的術(shù)語“恒定”被解釋為包括 隨著時間的過去伴隨著所述的參考值所發(fā)生的變化。除此之外，可以通過下述方式對適合向一個特定的宿主進行施用的治療性制劑 或者預(yù)防性制劑進行識別對存在于一種樣本之中的有效劑量的一種或者多種三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKER)(其可以是兩種或者更多種)進行探測，其中所述的樣本來 自于一個宿主，將所述的來自于宿主的樣本暴露在一種受試化合物之下，并且測定存在 于所述的來自于宿主的樣本之中的所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的 劑量(其可以是兩種或者更多種)。因此，可以根據(jù)存在于樣本之中的所述三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量并且將其與一種參考值進行比較的方式，對適合 在宿主中使用的處理方案或者治療方案進行篩選，其中所述的樣本來自于所述的宿主， 所述的宿主患有一種癌癥，或者所述的宿主具有發(fā)展成為三陰性乳腺癌的危險或者三陰 性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險?？梢詫煞N或者多種處理方案或者治療方案進行平行的評價，從而確定哪一種處理方案或者治療方案在對宿主進行使用時應(yīng)當是最為有效的，用以延緩 所述癌癥的發(fā)作，或者減慢所述癌癥的惡化。本發(fā)明進一步提供了一種用于對標記物的表達變化進行篩選的方法，其中所述 的標記物的表達與三陰性乳腺癌有關(guān)，所述的方法通過下述方式來實現(xiàn)對存在于一種 來自于宿主的樣本中的所述的一種或者多種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)進行 測定，將其與存在于一種參考樣本中的所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具 有的劑量進行比較，并且對與所述的參考樣本相比而言在所述的宿主樣本中發(fā)生的劑量 的變化進行識別。如果所述的參考樣本，例如是一種對照樣本，來自于一個沒有患有三陰性乳腺 癌的宿主，或者如果所述的參考樣本反映出的數(shù)值與這樣的一個人相關(guān)，所述的人具有 快速惡化為三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)的高度可能性，則存在于所述的測試樣本以及所述的參 考樣本之中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量上的相似性表明著所 述的治療是有效的。然而，存在于所述的測試樣本以及所述的參考樣本之中的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量上的差異表明著這是一種不太適合的臨床結(jié) 果或者預(yù)后?！坝行У摹币馕吨龅闹委煂?dǎo)致了在一種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、核酸、多形體、代謝產(chǎn)物、或者其他分析物所具有的劑量或 者活性方面的降低?？梢允褂脴藴实呐R床方案來實現(xiàn)對本發(fā)明所公開的危險因素的評 價。可以與用于對三陰性乳腺癌進行診斷、識別、或者治療的任何已知的方法聯(lián)合起 來，對有效性進行確定。
本發(fā)明同樣包括一種帶有探測性試劑的試劑盒，其中所述的探測性試劑能夠與 兩種或者多種所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、核酸、多形體、代 謝產(chǎn)物、或者其他的分析物進行結(jié)合。本發(fā)明中同樣提供的是一種探測性試劑的陣列， 其中所述的探測性試劑是例如抗體和/或寡核苷酸，其中所述的抗體和/或寡核苷酸分別 能夠與兩種或者多種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)或者核酸進行結(jié)合。本發(fā)明中同樣提供的是一種用于對一個或者多個宿主進行治療的方法，所述的 宿主具有發(fā)展成為三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險，所述的方法是通過下述方式來實現(xiàn)的對 存在于一個樣本中的有效劑量的所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)是否存在劑 量上的改變進行探測，其中所述的樣本來自于所述的一個或者多個宿主；并且利用一種 或者多種癌癥調(diào)節(jié)藥物對所述的一個或者多個宿主進行治療，直至所述的三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)的劑量的改變或者活性的改變恢復(fù)至一種基線值，其中所述的 基線值是在一個或者多個宿主中測量得到的，所述的宿主具有較低的發(fā)展成為一種轉(zhuǎn)移 性疾病的危險，或者可供選擇的，所述的宿主沒有表現(xiàn)出任何的傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)移性疾病的危 險因素。本發(fā)明中同樣提供的是一種用于對一個或者多個宿主進行治療的方法，所述 的宿主患有三陰性乳腺癌，所述的方法是通過下述方式來實現(xiàn)的對存在于一個樣本 中的有效劑量的所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)是否存在水平上的改變 進行探測，其中所述的樣本來自于所述的一個或者多個宿主；并且利用一種或者多種 癌癥調(diào)節(jié)藥物對所述的一個或者多個宿主進行治療，直至所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的劑量的改變或者活性的改變恢復(fù)至一種基線值，其中所述的基線值 是在一個或者多個宿主中測量得到的，所述的宿主具有較低的出現(xiàn)癌癥復(fù)發(fā)的危險。本發(fā)明中同樣提供的是一種對宿主所具有的出現(xiàn)三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險 所發(fā)生的變化進行評價的方法，其中所述的宿主被診斷為患有癌癥，所述的方法是 通過下述的方式來實現(xiàn)的對存在于第一個樣本之中的所述三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)(其可以是兩種或者是更多種)的有效劑量進行探測，其中所述的第一 個樣本是在第一個時間段內(nèi)來自于所述宿主的，對存在于第二個樣本之中的所述三陰性 乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的劑量進行探測，其中所述的第二個樣本是在第二個時 間段內(nèi)來自于所述宿主的，并且將在上述的第一個時間段以及第二個時間段內(nèi)探測到的 所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的劑量進行比較。本發(fā)明的診斷指示以及預(yù)后指示本發(fā)明允許對所述的三陰性乳腺癌進行診斷以及預(yù)后?？梢酝ㄟ^下述方式對 所述的發(fā)展成為三陰性乳腺癌的危險或者出現(xiàn)三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險進行探測對 存在于一種測試樣本(例如，一種來自于宿主的樣本)中的所述三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、核酸、多形體、代謝產(chǎn)物、以及其他的分析物(其可以是兩 種或者更多種)所具有的有效劑量進行測量，并且將所述的有效劑量與參考值或者指數(shù) 值進行比較，通常利用的是數(shù)學運算法則或者公式，其目的在于將來自于多種個體的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的結(jié)果的信息以及來自于 非分析物臨床參數(shù)的信息 進行組合，使其成為一個單個的測量方法或者指數(shù)。任選的，可以對被識別為具有增加 的三陰性乳腺癌的危險的宿主進行篩選，使其接受治療方案，例如進行預(yù)防性化合物或 者治療性化合物的施用，從而防止或者延緩所述的三陰性乳腺癌的發(fā)作，或者三陰性乳 腺癌的復(fù)發(fā)的發(fā)作?？梢詫Υ嬖谟谝环N測試樣本中的所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER) 蛋白質(zhì)、核酸、多形體、代謝產(chǎn)物、或者其他的分析物所具有的劑量進行測量，并且將 其與所述的“正常的對照水平”進行比較，利用諸如引用極限，判定極限，或者危險定 義閾值這樣的技術(shù)，從而對截止點以及異常值進行定義。所述的“正常的對照水平”意 味著一種或者多種所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平，或者合 并的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)指數(shù)，其中所述的水平或者指數(shù)通常是在并 沒有患有三陰性乳腺癌的宿主中發(fā)現(xiàn)的。這樣的正常的對照水平以及截止點可能存在變 化，這取決于三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)是否是單獨進行使用的，還是在一 個公式中與其他的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)進行組合成為一個指數(shù)?？晒?選擇的，所述的正常的對照水平可以是一個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)類型 的數(shù)據(jù)庫，其中所述的類型來自于先前接受過測試的宿主，所述的宿主在經(jīng)過一段臨床 學上相關(guān)的時間范圍之后沒有出現(xiàn)三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)。本發(fā)明可以被用來針對轉(zhuǎn)化成為一種三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險進行連續(xù)性的測 量或者分類的測量，并且因此對一種類型的宿主所具有的危險譜進行診斷以及定義，其 中所述的這種類型的宿主被定義為具有發(fā)生癌癥復(fù)發(fā)的危險。在進行所述的分類測量的 情況中，本發(fā)明可以被用來在正常組與患有疾病的組之間進行判定。在其他的實施方式 中，可以對本發(fā)明進行使用，從而從那些具有較為快速的惡化情況(或者可供選擇的，那些具有在較短的可能的時間范圍內(nèi)出現(xiàn)癌癥的復(fù)發(fā))的組中判定出那些具有出現(xiàn)癌癥 復(fù)發(fā)的危險的宿主，從那些具有較為緩慢的惡化情況(或者具有在較長的時間范圍內(nèi)出 現(xiàn)癌癥的復(fù)發(fā))的組中判定出哪些具有出現(xiàn)癌癥復(fù)發(fā)的危險的宿主，或者從正常的組中 判定出那些已經(jīng)出現(xiàn)了癌癥的復(fù)發(fā)的宿主。這種不同的用途可能需要不同的三陰性乳腺 癌標記物(TNBCMARKER)的組合以及有各自特點的小組，數(shù)學運算法則，和/或截止 點，但是可以被進行相同的上述提及的測量，其中所述的測量針對的是對于各自的指定 用途而言所具有的準確率以及性能度量體系。對具有 出現(xiàn)三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)的危險的宿主所進行的識別使得能夠?qū)Ω鞣N不 同的治療性干預(yù)或者治療方案進行篩選以及激發(fā)，其目的在于對所述的宿主向一種癌癥 復(fù)發(fā)情況的轉(zhuǎn)化進行延緩、減慢或者阻止、一種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER) 蛋白質(zhì)、核酸、多形體、代謝產(chǎn)物、或者其他的分析物所具有的有效劑量的水平同樣能 夠允許對所述的治療過程進行監(jiān)測，其中所述的治療是針對三陰性乳腺癌或者癌癥的復(fù) 發(fā)而進行的。在這個方法中，可以從一個宿主中獲得一種生物學樣本，其中所述的宿主 正在接受針對癌癥的治療方案，例如，藥物的治療。如果期望的話，生物樣本是在各種 不同的時間點處從所述的宿主處獲得的，其中所述的時間點是在治療之前、治療的過程 中、或者治療之后。由于所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)在其功能上而言是被活化 的，通過對其功能進行闡明，可以利用試劑和/或藥物對具有高水平的三陰性乳腺癌標 記物(TNBCMARKER)的宿主進行處理，其中所述的試劑和/或藥物能夠優(yōu)先的作用于 這樣的途徑。本發(fā)明同樣可以被用來在任何不同的環(huán)境中對患者或者宿主的群體進行篩選。 例如，一個健康維護組織，公共衛(wèi)生單位或者學校健康計劃可以對一組宿主進行篩選， 從而按照上文中所描述的方法對它們中需要進行干預(yù)的那部分進行識別，或者用于收集 所述的流行病學數(shù)據(jù)。保險公司(例如，健康保險，人壽保險或者殘疾保險)可以在確定 所述的保險范圍或者定價的過程中對申請者進行篩選，或者對現(xiàn)有的客戶所需要進行的 可能的干預(yù)進行篩選。對從這樣的群體中收集到的數(shù)據(jù)進行篩選，特別是當所述的數(shù)據(jù) 與任何的臨床病癥例如癌癥或者癌癥的重新出現(xiàn)相關(guān)聯(lián)時，這對于例如健康維護組織、 公共健康計劃以及保險公司的運作而言將是有價值的。這樣的數(shù)據(jù)陣列或者數(shù)據(jù)收集可 以被存儲在計算機可讀形式的介質(zhì)之中并且在許多的與健康相關(guān)的數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)中對其 進行使用，從而提供改進的衛(wèi)生保健服務(wù)，成本有效的衛(wèi)生保健，改進的保險運作，等 等。參見，例如，美國專利申請No.2002/0038227 ；美國專利申請No.2004/0122296 ；美 國專利申請No.2004/0122297 ；以及美國專利No.5018067。這樣的系統(tǒng)能夠直接從內(nèi)部 數(shù)據(jù)存儲中對所述的數(shù)據(jù)進行存取，或者從一個或者多個數(shù)據(jù)存儲站點中對所述的數(shù)據(jù) 進行遠程的存取，這將在本發(fā)明中進行進一步的詳細描述。一種計算機可讀形式的存儲介質(zhì)可以包括一種數(shù)據(jù)存儲材料，所述的數(shù)據(jù)存儲 材料被計算機可讀形式的數(shù)據(jù)或者數(shù)據(jù)陣列進行編碼，當使用一種計算機程序指令命令 其對所述的數(shù)據(jù)進行使用時，所述的數(shù)據(jù)或者數(shù)據(jù)陣列能夠因為各種不同的目的而被使 用，例如，但不局限于，涉及到伴隨著時間的癌癥重復(fù)出現(xiàn)的危險因素的宿主信息或者 對藥物治療所產(chǎn)生的應(yīng)答。可以利用計算機程序?qū)Ρ景l(fā)明中所述的生物標記物的有效劑量的測量方法進行執(zhí)行，和/或?qū)νㄟ^這些生物標記物對所述的危險所進行的相應(yīng)的評 價進行執(zhí)行，其中所述的計算機程序可以在可編程的計算機上運行，包括，尤其是，處 理器，數(shù)據(jù)存儲系統(tǒng)(包括易失性以及非易失性的內(nèi)存和/或存儲元件)，至少一種輸入 設(shè)備，以及至少一種輸出設(shè)備。可以應(yīng)用程序編碼來輸入數(shù)據(jù)從而實現(xiàn)上文中所描述的 功能并且生成輸出信息。根據(jù)本領(lǐng)域中已知的方法，可以將所述的輸出信息應(yīng)用到一個 或者多個輸出設(shè)備。所述的計算機可以是，例如，一臺個人電腦，微型計算機，或者具 有傳統(tǒng)設(shè)計的工作站。每一種程序都可以以一種高水平的程序性語言或者面向?qū)ο蟮某绦蛟O(shè)計語言來 進行執(zhí)行，從而使其能夠與一種計算機系統(tǒng)進行交流。然而，如果期望的話，可以以匯 編語言或者計算機語言對所述的程序進行執(zhí)行。所述的語言可以是一種經(jīng)過編譯的語言 或者經(jīng)過翻譯的語言。每一種這樣的計算機程序可以被存儲在一個存儲介質(zhì)或者存儲設(shè) 備之上(例如，只讀內(nèi)存(ROM)或者磁性軟盤或者在本公開物的其他內(nèi)容中所定義的那 些其他介質(zhì)或者設(shè)備)，其中所述的存儲介質(zhì)或者存儲設(shè)備可以利用一種具有一般性目的 或者特殊性目的的可編程的計算機來進行閱讀，當所述的存儲介質(zhì)或者存儲設(shè)備被所述 的計算機進行閱讀用以完成本發(fā)明中所描述的操作程序時，其能夠?qū)λ龅挠嬎銠C進行 配置以及運行。本發(fā)明中所述的健康相關(guān)數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)同樣可以被用來作為一種計算機 可讀形式的存儲介質(zhì)來進行執(zhí)行，利用一種計算機程序?qū)ζ溥M行配置，其中被進行了這 樣的配置的所述的存儲介質(zhì)能夠引發(fā)計算機以一種特定的方式或者預(yù)先定義的方式來進 行運行，從而實現(xiàn)在本發(fā)明中所描述的各種不同的功能。在此之后，可以對一種有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白 質(zhì)、核酸、多形體、代謝產(chǎn)物、或者分析物的水平進行測定并且將其與一種參考值或者 指數(shù)值或者基線值進行比較，其中所述的參考值是例如一個對照的宿主或者群體，所述 的宿主或者群體的轉(zhuǎn)移性情況是已知的。所述的參考樣本或者指數(shù)值或者基線值可以從 一個或者多個宿主處獲取或者獲得，其中所述的宿主已經(jīng)接受過所述的治療，或者可以 從一個或者多個宿主處獲取或者獲得，其中所述的宿主具有較低的發(fā)展成為癌癥或者癌 癥復(fù)發(fā)的危險，或者可以從這樣的宿主處獲取或者獲得，其中所述的宿主已經(jīng)表現(xiàn)出進 展，這種進展是一種接受治療的結(jié)果?？晒┻x擇的，所述的參考樣本或者指數(shù)值或者基 線值可以從一個或者多個宿主處獲取或者獲得，其中所述的宿主并沒有接受過治療。例 如，樣本可以從這樣的宿主處進行收集，所述的宿主已經(jīng)接受過針對癌癥或者一種轉(zhuǎn)移 性事件所進行的初始治療以及隨后的針對癌癥或者癌癥的復(fù)發(fā)所進行的治療，用以對所 述的治療所取得的進展進行監(jiān)測。一種參考值同樣能夠包括這樣的值，所述的值來自于 危險預(yù)測運算法則或者計算機計算得到的指數(shù)，例如在本發(fā)明中所公開的那些，這些運 算法則或者指數(shù)是來自于群體研究的。本發(fā)明中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)因此可以被用來生 成一種宿主的“參考三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)曲線”，其中所述的 宿主并不患有三陰性乳腺癌或者不存在出現(xiàn)三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)的危險，并且不會 被認為能夠發(fā)展成為癌癥或者出現(xiàn)癌癥的復(fù)發(fā)。本發(fā)明中公開的所述三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)同樣可以被用來生成一種“宿主的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)曲線”，其中所述的曲線來自于這樣的宿主，所述的宿主患有癌癥或者存在出現(xiàn)癌癥復(fù)發(fā)的危險?？梢詫⑺龅乃拗魅幮匀橄侔擞浳?TNBCMARKER) 曲線與一種參考三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)曲線進行比較，從而對存在發(fā)展 成為癌癥或者出現(xiàn)癌癥復(fù)發(fā)的危險的宿主進行診斷或者識別，用以對所述疾病的惡化情 況進行監(jiān)測，以及對所述疾病所具有的惡化速率進行監(jiān)測，并且對所述的治療形式所具 有的有效性進行監(jiān)測。本發(fā)明中所述的參考三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)曲線 以及宿主三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)曲線可以被容納在一種計算機可讀形式 的介質(zhì)中，所述的介質(zhì)是例如但不局限于，模擬磁帶，其中，像那些能夠被一種盒式磁 帶錄像機(VCR)、只讀光盤(CD-ROM)、數(shù)字視盤(DVD-ROM)、通用串行總線(USB) 閃存進行閱讀的介質(zhì)。這樣的計算機可讀形式的介質(zhì)中同樣可以容納其他的測試結(jié)果， 例如，但不局限于，對臨床參數(shù)以及傳統(tǒng)實驗室危險因素的測量?？晒┻x擇的或者除此 之外的，所述的計算機可讀形式的介質(zhì)中同樣可以包括宿主信息，例如病歷以及任何相 關(guān)的家族歷史。所述的計算機可讀形式的介質(zhì)中同樣可以容納與其他的疾病危險運算法 則以及計算機計算得到的指數(shù)相關(guān)的信息，例如那些在本發(fā)明中所描述的。宿主在所述的遺傳組成方面所存在的差異能夠?qū)е滤麄冊诖x各種不同的藥物 方面所具有的相對能力上的差異，這種代謝藥物的能力能夠?qū)Π┌Y或者癌癥復(fù)發(fā)的所述 癥狀或者危險因素進行調(diào)節(jié)?；加邪┌Y的宿主、或者具有發(fā)展成為癌癥或者出現(xiàn)癌癥復(fù) 發(fā)的危險的宿主可以在年齡、種族、以及其他的參數(shù)方面存在變化。因此，本發(fā)明中公 開的所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的使用，無論是單獨使用還是與藥物代 謝方面已知的遺傳因素共同進行組合使用，使得存在一種具有預(yù)先確定的水平的可預(yù)測 性，使需要在一個被選定的宿主體內(nèi)進行測試的一種推定的治療劑或者預(yù)防劑將能夠適 合于對所述的宿主進行治療或者預(yù)防，其中所述的治療或者預(yù)防針對的是一種癌癥或者 癌癥的復(fù)發(fā)。為了對那些能夠適合于一個具體宿主的治療劑或者藥物進行識別，同樣可以將 一個來自于 所述宿主的測試樣本暴露于一種治療試劑或者藥物之中，并且對所述的一種 或者多種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、核酸、多形體、代謝產(chǎn)物或者 其他的分析物所具有的水平進行測定。可以將所述的一種或者多種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)所具有的水平與來自于所述宿主的樣本進行比較，其中所述的樣本是 在接受治療之前以及接受治療之后獲得的，或者所述的樣本是在被暴露于一種治療劑或 者藥物之前以及被暴露于一種治療劑或者藥物之后獲得的，或者可以將所述的一種或者 多種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平與來自于一個或者多個宿主的 樣本進行比較，其中所述的宿主在危險因素(例如，臨床參數(shù)或者傳統(tǒng)實驗室危險因素) 方面已經(jīng)表現(xiàn)出了改善，這種改善是這樣的治療或者暴露所產(chǎn)生的結(jié)果。可以在存在有一種候選試劑的條件下對一個宿主細胞(即，一個從宿主中分離 得到的細胞)進行培養(yǎng)，并且對存在于所述的測試樣本中的所述三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)的表達類型進行測量并且將其與一種參考曲線或者一種指數(shù)值或者基 線值進行比較，其中所述的參考曲線是例如，一種轉(zhuǎn)移性疾病參考表達曲線或者非疾病 參考表達曲線。所述的測試試劑可以是任何的化合物或者組合物或者兩者的混合物，包 括，膳食補充劑。例如，所述的測試試劑是那些被頻繁的用于癌癥治療方案中的試劑以 及在本發(fā)明中所公開的試劑。
前述提及的本發(fā)明所述的方法可以被用來對宿主的惡化和/或改善進行評價或 者監(jiān)測，其中所述的宿主已經(jīng)被診斷為患有一種癌癥，并且所述的宿主已經(jīng)接受了外科 手術(shù)的干預(yù)。本發(fā)明的性 能測量以及準確度測量按照上文中所記載的，可以通過多種方式對本發(fā)明所具有的性能以及因此所產(chǎn) 生的絕對臨床有效性以及相對臨床有效性進行評價。在這些對所述的性能進行的各種不 同的評價方法中，本發(fā)明意在提供在臨床診斷以及預(yù)后方面所具有的準確率。一種診斷 性或者預(yù)后性的測試、檢測、或者方法所具有的準確率關(guān)系到所述的測試、檢測、或者 方法在辨別宿主的方面所具有的能力，其中所述的需要辨別的宿主患有癌癥，或者存在 患有三陰性乳腺癌的危險或者存在出現(xiàn)三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險，這種辨別是以下述為 基礎(chǔ)的所述的宿主是否具有“有效劑量”的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)， 或者是否在所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的水平上發(fā)生了 “顯著性的 改變”?！坝行┝俊被蛘摺帮@著性的改變”意味著適合數(shù)量的三陰性乳腺癌標記 物(TNBCMARKER)(其可以是兩種或者是更多種)的測量值與針對該三陰性乳腺癌標 記物(TNBCMARKER)的預(yù)先確定的截止點(或者閾值)之間存在差異并且因此表明 所述的宿主患有癌癥或者存在出現(xiàn)一種轉(zhuǎn)移性事件的危險，其中上述的三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)是作為一種存在于所述的癌癥或者轉(zhuǎn)移性事件中的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKER)的。存在于正常與異常的所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)的水平之間的差異優(yōu)選的是具有統(tǒng)計學顯著性的。正如將在下文中 進行記載的，并且并不構(gòu)成對本發(fā)明的任何限制，達到統(tǒng)計學顯著性，并且因此而被優(yōu) 選的分析準確率以及臨床準確率，一般而言但不總是需要將幾種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)的組合共同用于小組中并且將其與數(shù)學運算法則進行結(jié)合，其目的在 于獲得一個具有統(tǒng)計學顯著性的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)指數(shù)。在對一種疾病狀態(tài)進行類別診斷時，一項測試(或者檢測)的分割點或者閾值 的改變通常會改變所述的敏感度以及特異性，但是是以一種相反的定性關(guān)系來進行改變 的。因此，在對一種被提議的用以對宿主的情況進行評價的醫(yī)學測試、檢測、或者方 法所具有的準確率以及有效性進行評價的時候，應(yīng)當總是同時將敏感度以及特異性納入 考慮范圍，并且注意到在對所述的敏感度以及特異性進行報告時當時所述的分割點為多 少，因為敏感度以及特異性可能在一定的分割點的范圍內(nèi)存在顯著性的變化。對于使用 本發(fā)明的大部分分類的危險測量而言，統(tǒng)計學方法的使用是優(yōu)選的，其中所述的統(tǒng)計學 方法例如是曲線下面積(AUC)，其涵蓋了所有可能的分割點值，而對于連續(xù)性的危險測 量而言，擬合度的統(tǒng)計學方法以及對觀察到的結(jié)果所進行的校驗或者其他的金標準是優(yōu) 選的。使用了這樣的統(tǒng)計學方法，“可接受程度的診斷準確率”在本發(fā)明中被定義為 對一種測試或者檢測(例如是本發(fā)明中所述的測試，用以確定所述的三陰性乳腺癌標記 物(TNBCMARKER)的臨床顯著性是否存在，這從而能夠表明所述的癌癥是否存在和/ 或出現(xiàn)癌癥復(fù)發(fā)的危險是否存在)所具有的AUC(對于所述的測試或者檢測而言，存在于 所述的接受者操作特性曲線之下的面積)為至少0.60，期望的為至少0.65，更加期望的為 至少0.70，優(yōu)選的為至少0.75，更加優(yōu)選的為至少0.80，并且最為優(yōu)選的為至少0.85。
“非常高程度的診斷準確率”意味著在一項測試或者檢測中，所述的AUC(對 于所述的測試或者檢測而言，存在于所述的接受者操作特性曲線之下的面積)為至少 0.75、0.80，期望的為至少0.85，更加期望的為至少0.875，優(yōu)選的為至少0.90，更加優(yōu)選 的為至少0.925，并且最為優(yōu)選的為至少0.95。對于任何一項測試而言，所述測試的預(yù)測值取決于所述的測試所具有的敏感度 以及特異性，并且取決于所述的病癥在接受測試的所述群體中的普遍程度。這種想法是 以貝葉斯定理為依據(jù)，假定被進行篩選的所述病癥在一個個體中或者在所述的群體中存 在的可能性越大(測試前的概率)，一種陽性測試所具有的有效性越高，并且所述的結(jié)果 是一種真陽性的可能性就越大。因此，當一個任意的群體中存在所述的病癥的可能性小 時，在這個群體中使用一項測試所產(chǎn)生的問題是一種陽性的結(jié)果具有有限的價值(即， 更為可能是一種假陽性)。與之相類似的，在具有非常高的危險的群體中，一種陰性的測 試結(jié)果更為可能是一種假陰性。作為結(jié)果，在具有低的疾病普遍性的受試群體中(被定義為每年具有低于的 發(fā)生率(發(fā)病率)的群體，或者在一段特定的時間范圍內(nèi)具有低于10%的累積普遍性的群 體)，關(guān)于測試所具有的臨床可利用率方面，接受者操作特性曲線(ROC)以及曲線下面 積(AUC)可能是容易令人誤解的。可供選擇的，在本公開物的其他內(nèi)容中定義的絕對危 險以及相對危險比例可以被用來確定所述的臨床可利用率的程度。用于進行測試的宿主 群體可以被分類為四分位數(shù)，所述的分類是通過所述的測試測量值來進行的，其中所述 的頂端的四分位數(shù)(占所述群體中的25% )包括這樣的宿主組，所述的宿主具有發(fā)展成 為癌癥或者轉(zhuǎn)移性事件的最高的相對危險性，而所述的底端的四分位數(shù)包括這樣的宿主 組，所述的宿主具有發(fā)展成為 癌癥或者轉(zhuǎn)移性事件的最低的相對危險性。一般而言，在 一個具有低普遍性的群體之中，當來自于測試或者檢測中的從頂端四分位數(shù)的至底端四 分位數(shù)的相對危險數(shù)值超過2.5倍時，我們認為其具有“高程度的診斷準確率”，并且那 些對每一個四分位數(shù)而言所述的相對危險在五倍至七倍之間的，我們認為其具有“非常 高度的診斷準確率”。雖然如此，當來自于測試或者檢測中的每一個四分位數(shù)的相對危 險數(shù)值僅僅為1.2倍至1.5倍時，其仍然具有臨床意義上的有效性，能夠被廣泛的用來作 為一種疾病的危險因素；這對于總膽固醇以及許多炎性生物標記物在它們對未來的轉(zhuǎn)移 性事件所進行的預(yù)測而言是常見的事情。通常情況下，這樣的具有較低的診斷準確率的 測試必需要與其他的參數(shù)進行結(jié)合，其目的在于得到有意義的臨床閾值用以進行治療性 的干預(yù)，正如利用前述提及的全球性危險評價指數(shù)來完成的。一個健康經(jīng)濟利用率函數(shù)是另外一種方式，用于測量一種給定的測試所具有的 性能以及臨床價值，所述的方式是通過對所述的可能的分類測試結(jié)果進行加權(quán)處理來構(gòu) 成的，這種加權(quán)處理依據(jù)的是對每一種結(jié)果的臨床價值以及經(jīng)濟價值所進行的實際測 量。健康經(jīng)濟性能與準確率緊密相關(guān)，因為健康經(jīng)濟利用率函數(shù)能夠為對受試宿主的正 確分類所產(chǎn)生的利益指定一個經(jīng)濟學價值，并且能夠為對受試宿主的錯誤分類所產(chǎn)生的 成本指定一個經(jīng)濟學價值。作為一種性能的測量，需要一種能夠達到一定的性能水平的 測試并非不尋常的，其中所述的性能水平使得能夠在每一次測試中產(chǎn)生一次在健康經(jīng)濟 價值上的增加(在測試成本之前)，使之超過所述的測試的目標價格。一般而言，在下述情況中，用于測定診斷準確率的可供選擇的方法普遍被用來進行連續(xù)性的測量當一種疾病的類型或者危險的類型(例如那些具有出現(xiàn)癌癥復(fù)發(fā)的 危險的)還沒有被明確的定義出來的時候，其中所述的定義是通過相關(guān)的醫(yī)學學會以及 醫(yī)學實踐來完成的，當治療性用途的閾值還沒有被確立出來的時候，或者當目前還沒有 已有的金標準用來對所述的未疾病(pre-disease)進行診斷。為了對危險進行連續(xù)性的測 量，對于一種經(jīng)過計算得到的指數(shù)而言，對診斷準確率的測量一般而言是基于曲線擬合 以及在所述的經(jīng)過預(yù)測的連續(xù)值與實際觀察值(或者是一個歷史指數(shù)計算得到的值)之間 所進行的校驗并且利用諸如下述測量值R平方值，Hosmer-Lemeshow擬合度校驗，P 值統(tǒng)計學方法以及置信區(qū)間。使用這樣的被報道的運算法則以一種歷史觀察組的預(yù)測為 依據(jù)對于所預(yù)測的值而言并非不尋常的，其中所述的運算法則包括置信區(qū)間(一般而言 是90%或者95%的置信區(qū)間(Cl))，正如被Genomic Health，Inc(紅杉市，加利福尼亞) 商業(yè)化的用于對未來的乳腺癌復(fù)發(fā)的危險所進行的測試中。一般而言，通過對所述的診斷準確率所具有的程度進行定義，即，存在 于一條接受者操作特性曲線(ROC)曲線上的分割點，對一種可接受的曲線下面積 (AUC)值進行定義，以及通過對構(gòu)成本發(fā)明中的有效劑量的所述三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)的相對濃度的可接受范圍的確定，可以使得本領(lǐng)域技術(shù)人員利用所述 的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)對宿主進行識別，診斷，或者預(yù)后，其中所述 的識別、診斷、或者預(yù)后是在具有一種預(yù)先確定的水平的可預(yù)測性以及性能的條件下完 成的。臨床運算法則的構(gòu)建
可以使用任何的公式對三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的結(jié)果進行結(jié)合 從而得到能 夠有效的用于進行本發(fā)明的實踐的指數(shù)。正如在上文中所指示出的，并且 并不局限于此，除了所述的各種不同的其他的指標之外，這樣的指數(shù)能夠?qū)囊环N疾病 狀態(tài)向另一種疾病狀態(tài)進行的轉(zhuǎn)化所具有的概率、可能性、絕對危險或者相對危險、轉(zhuǎn) 化時機或者速率進行指示，或者能夠?qū)D(zhuǎn)移性疾病的未來生物標記物的測量方法進行預(yù) 測。這可以針對的是在一段特定的時間段內(nèi)或者時間范圍內(nèi)，或者針對剩余的終生危 險，或者簡單的作為一種指數(shù)被提供，其中所述的指數(shù)與另外一個參考宿主群體有關(guān)。盡管在此描述了各種不同的優(yōu)選的公式，但沒有在本發(fā)明中進行提及的以及在 上文中進行定義的若干其他模型以及公式是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的。所使用的實際的模 型類型或者公式本身可以從所述的潛在模型組中被篩選出來，這種篩選依據(jù)的是其在一 種訓練群體中所取得的結(jié)果所具有的性能以及診斷準確率特征。所述的公式本身所具有 的細節(jié)通常可以來自于三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)結(jié)果，其中所述的結(jié)果是 在所述的相關(guān)性的訓練群體中獲得的結(jié)果。在其他的用途之中，這樣的公式可能被打算 用來將所述的特征空間在一組宿主類別中進行定位(map)，其中所述的特征空間來自于 一個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)輸入(例如，能夠有效的用于預(yù)測 宿主的類別屬籍，將所述的宿主分為正常、存在出現(xiàn)轉(zhuǎn)移性事件的危險、患有癌癥的類 別)，使用一種貝葉斯方法得到對危險的概率函數(shù)所進行的評估(例如，所述的患有癌癥 的危險或者出現(xiàn)一種轉(zhuǎn)移性事件的危險)，或者用以對所述的類別_條件概率進行評估， 此后按照在先前的情況中那樣，使用貝葉斯定理生成所述的類別概率函數(shù)。優(yōu)選的公式包括很多類型的統(tǒng)計分類運算法則，并且特別是所述的判斷分析的使用。所述的判斷分析的目標在于通過一組先前被識別出的特征來預(yù)測類別的屬籍。在 使用線性判斷分析(LDA)的情形中，通過某種標準對所述特征的線性結(jié)合進行識別，其 中所述的線性結(jié)合能夠使得組之間的分割最大化?？梢允褂靡环N基于eigengene的方法利 用不同的閾值(ELDA)對用于線性判定分析(LDA)的特征進行識別，或者使用一種基于 多變量方差分析(MANOVA)的梯度運算法則對所述的特征進行識別?？梢赃M行前向、 后向、以及逐步的運算法則，從而基于所述的Hotelling-Lawley統(tǒng)計學方法使沒有產(chǎn)生分 割的概率最小化?；贓igengene的線性判斷分析(ELDA)是一種特征篩選技術(shù)，是由Shen等人 (于2006年)研發(fā)的。所述的公式能夠在一個多變量的框架內(nèi)進行特征(例如，生物標 記物)的篩選， 其中使用一種經(jīng)過修飾的本征分析(eigen analysis)對與所述的最為重要的 本征向量有關(guān)的特征進行識別。“重要的”被定義為那些能夠?qū)Υ嬖谟跇颖镜牟町愔械?最重要的變化進行解釋的本征向量，其中所述的樣本是那些被試圖進行分類的樣本，所 述的分類是相對于某個閾值而言所進行的分類。支持向量機(SVM)是一種分類公式，試圖在尋找一個能夠?qū)煞N類別進行分割 的超平面。這種超平面上含有支持向量，數(shù)據(jù)點，其中所述的數(shù)據(jù)點正是距離所述超平 面的空白距離。在適合的事件中，在所述數(shù)據(jù)的當前維度內(nèi)不存在分割的超平面，通過 將所述的數(shù)據(jù)投射至更大的維度內(nèi)的方式使所述的維度發(fā)生很大的擴張，其中所述的數(shù) 據(jù)的投射是通過采取初始變量的非線性函數(shù)的方式來實現(xiàn)的(參見Venables以及Ripley于 2002年發(fā)表的文章)。盡管不是必需的，對支持向量機(SVM)的特征進行過濾通常能夠 對預(yù)測進行提高?？梢酝ㄟ^使用一種非參數(shù)性的KraskaI-Wallis(KW)測試對所述的最佳 單變量特征進行篩選的方式對支持向量機的特征(例如，生物標記物)進行識別。隨機森 林(RF，參見Breiman于2001年發(fā)表的文章)或者遞歸分割樹(RPART，參見Breiman等 人于1984年發(fā)表的文章)同樣可以被單獨進行使用或者進行組合使用，用以對生物標記 物的組合進行識別，其中所述的生物標記物的組合是最為重要的。Kraskal-Wallis(KW) 以及隨機森林(RF)同樣需要從所述的總體中篩選出許多的特征。遞歸分割樹(RPART) 能夠通過使用一個可利用的生物標記物亞組建立一個單一的分類樹。為了對各個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的測量方法所得到的結(jié)果進 行預(yù)處理，使其在被呈遞到所述的預(yù)測公式之前被處理成為更具價值的信息形式，可以 使用其他的公式。最為顯著的，關(guān)于一種群體所具有的平均值而言，對生物標記物的 結(jié)果所進行的正態(tài)化處理，使用常用的數(shù)學轉(zhuǎn)化方法例如對數(shù)函數(shù)或者邏輯斯蒂函數(shù)， 作為正常的或者其他的分配位置，等等，這些都是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的。格外令 人感興趣的是基于臨床參數(shù)的一組正態(tài)化處理，其中所述的臨床參數(shù)是例如年齡，性別 (gender),種族，或者性別(sex)，其中特定的公式僅僅被用在同一類別的宿主上或者對 一個臨床參數(shù)進行連續(xù)性的合并從而作為一個輸入值。在其他的情況中，可以將基于分 析物的生物標記物結(jié)合到經(jīng)過計算得出的變量之中，在此之后將所述的變量呈遞到一個 公式中去。除了可以對來自于一個宿主的所述的個體參數(shù)值進行潛在的正態(tài)化處理之外， 一個針對所有宿主或者任意已知類別的宿主而言的整體預(yù)測公式本身是可以進行重復(fù)校 驗的，或者依據(jù)對一個群體預(yù)期普遍性以及平均生物標記物參數(shù)值的調(diào)整方法對其進行調(diào)整，其中使用的是在D’ Agostino等人(于2001年)在JAMA《美國醫(yī)學學會雜 志》286 180-187中發(fā)表的文章中概述的技術(shù)，或者其他相類似的正態(tài)化技術(shù)以及重新 校驗技術(shù)。可以經(jīng)由下述的方式對這樣的流行病學調(diào)整的統(tǒng)計學方法進行連續(xù)的獲取、 證實、改進以及更新，其中所述的方式是經(jīng)由呈遞在所述的模型之上的過往數(shù)據(jù)的登 記，其中所述的數(shù)據(jù)可以是計算機可讀形式的或者是另外的形式，或者偶然的經(jīng)由對存 儲的樣本所進行的追溯性的查詢，或者經(jīng)由對這樣的參數(shù)以及統(tǒng)計學方法所進行的歷史 研究的參考。能夠成為所述的公式校驗或者其他調(diào)整方式的主題的另外的例子包括那些 在Pepe，M.S.等人于2004年在對所述的讓步比所具有的局限性進行的研究中所使用到的 統(tǒng)計學方法；Cook，N.R.于2007年在涉及接受者操作特性曲線(ROC)曲線的研究中所 使用到的統(tǒng)計學方法。最終，一個分類公式所得到的數(shù)字結(jié)果本身能夠被轉(zhuǎn)化進行后處 理，其中所述的轉(zhuǎn)化是通過對一個實際臨床群體以及研究結(jié)果以及所觀察到的端點進行 的參考而實現(xiàn)的，其目的在于對絕對危險進行校驗并且為所述的分類公式或者危險公式 所得到的存在變化的數(shù)字結(jié)果提供置信區(qū)間。這方面的一個例子是所述的絕對危險的呈 遞，以及這個危險的置信區(qū)間的呈遞，所述的絕對危險以及置信區(qū)間是通過使用一種實 際的臨床研究而得來的，并且在Genomic Health，Inc.(紅杉市，加利福尼亞)的Oncotype Dx產(chǎn)品中根據(jù)所述的參考得分公式得到的輸出量對其進行了選擇。一種進一步的修飾是 使其調(diào)整為適合進行較小的亞群體的研究，這種調(diào)整是基于所述的分類公式或者危險公 式所得到的輸出值來完成的，并且通過它們的臨床參數(shù)進行了定義以及篩選，其中所述 的臨床參數(shù)是例如年齡或者性別。與臨床參數(shù)以及傳統(tǒng)實驗室危險因素所進行的結(jié)合 前述提及的臨床參數(shù)中的任何一個可以被用在本發(fā)明的實踐當中作為一種三陰 性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)輸入值輸入到一個公式中去或者作為一種進行預(yù)先篩 選的標準，用于對一個需要進行測量的相關(guān)群體進行定義，其中所述的測量使用到的是 一種特定的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)小組以及公式。正如上文中所記載 的，臨床參數(shù)同樣可以被有效的用于所述的生物標記物的正態(tài)化處理以及預(yù)處理中，或 者用于三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的篩選，小組的構(gòu)建，公式類型的篩選以 及推導(dǎo)，以及公式結(jié)果的后處理中?？梢岳盟龅膫鹘y(tǒng)實驗室危險因素實現(xiàn)類似的方 法，作為一個公式的輸入值或者作為一種進行預(yù)先篩選的軌范。三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的測量方法可以使用本領(lǐng)域中任何已知的方法，在所述的蛋白質(zhì)水平或者核酸水平的條件 下對所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平或者劑量進行實際的測 量。例如，在所述的核酸水平的條件下，Northern雜交分析以及Southern雜交分析，以及 使用探針的核糖核酸酶保護檢測可以被用來對基因表達進行確定，其中所述的探針能夠 對這些序列中的一個或者多個進行特異性的識別。可供選擇的，可以使用基于逆轉(zhuǎn)錄的 聚合酶鏈式反應(yīng)檢測(RT-PCR)對三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量 進行測量，例如，使用對所述基因的差異性表達的序列具有特異性的引物，或者通過支 鏈RNA的擴增作用以及Panomics，Inc.的探測方法。同樣可以在所述的蛋白質(zhì)水平的條 件下對所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的劑量進行測定，例如，通 過對所述肽的水平進行測量的方式，其中所述的肽是由本發(fā)明中所描述的基因產(chǎn)物來進行編碼的，或者使用技術(shù)平臺進行亞細胞的定位或者它們的活動，其中所述的技術(shù)平臺 例如是AQUA。這樣的方法是本領(lǐng)域中熟知的并且包括，例如，基于抗體的免疫檢測， 核酸適體或者分子烙印，其中所述的抗體是由所述的基因所編碼的蛋白質(zhì)的抗體。任何 的生物學材料均可以被用來進行所述蛋白質(zhì)或其活性的探測/量化。可供選擇的，可以 選擇出一種適當?shù)姆椒ǎ靡詫Φ鞍踪|(zhì)所具有的活性進行測定，其中所述的蛋白質(zhì)是由 所述的標記物基因來進行編碼的，所述的方法的選擇依據(jù)的是被分析的每一種蛋白質(zhì)所 具有的活性。可以以任何適當?shù)姆绞綄λ龅娜幮匀橄侔擞浳?TNBCMARKER)蛋白 質(zhì)、多肽、變異體、及其多形體進行探測，但是通常情況下是通過下述方式來進行探測 的將一種來自于所述宿主的樣本與一種抗體進行接觸，其中所述的抗體能夠與所述的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、多肽、變異體、或者多形體進行結(jié)合并 且在此之后探測一種反應(yīng)產(chǎn)物的存在或者不存在。所述的抗體可以是單 克隆的，多克隆 的，嵌合抗體，或者前述抗體的片段，正如在上文中進行過詳細討論的，并且可以使用 任何適當?shù)拿庖邫z測來實現(xiàn)對所述的反應(yīng)產(chǎn)物的探測。所述的來自于所述宿主的樣本通 常情況下是一種生物學流體，正如在上文中所描述的，并且可以與那些被用來實現(xiàn)上文 中所描述的方法的生物學流體樣本相同。依照本發(fā)明進行實施的免疫檢測可以是同源性檢測或者是異源性檢測。在一項 同源性檢測中，所述的免疫學反應(yīng)通常涉及到所述的特異性抗體(例如，抗三陰性乳腺 癌標記物(TNBCMARKER)蛋白抗體)，一種被標記的分析物，以及所述的目標樣本。 當所述的抗體與所述的被標記的分析物進行結(jié)合的時候，來自于所述的標記之中的所述 信號被進行了直接的或者間接的修飾?？梢栽谝粋€同源性溶液中同時進行所述的免疫學 反應(yīng)以及對所述反應(yīng)所具有的程度的探測?？梢允褂玫拿庖呋瘜W標記包括自由基，放射 性同位素，熒光染料，酶，抗菌素，或者輔酶。在一項異源性檢測方法中，所述的試劑同樣是所述的樣本，所述的抗體，以及 用以生成一種可探測性信號的工具。在上文中所描述的抗體是可以被使用的。所述的 抗體可以被固定在一個支持物，培養(yǎng)板或者載玻片之上，其中所述的支持物例如是一個 珠子(例如蛋白質(zhì)A以及蛋白質(zhì)G瓊脂糖珠子)，并且將其在一種液相中與所述的樣本 進行接觸，其中所述的樣本是被懷疑為含有所述抗原的樣本。在此之后將所述的支持物 從所述的液相中分離出來并且對所述的支持相或者所述的液相進行一種可探測性信號的 檢查，其中使用工具以生成這樣的信號。所述的信號與所述的樣本中的分析物的存在有 關(guān)。用于生成一種可探測性信號的工具包括下述物質(zhì)的使用放射性標記，熒光標記， 或者酶標記。例如，如果將要被探測的所述抗原含有第二個結(jié)合位點，可以將能夠在這 個位點上進行結(jié)合的一種抗體與一種可探測性的基團進行共軛并且將其在所述的分離步 驟之前添加到所述的液相反應(yīng)溶液中去。在所述的固體支持物上，所述的可探測性基團 的存在標志著在所述的測試樣本中所述抗原的存在。適合的免疫檢測的例子是寡核苷 酸法，免疫印跡法，免疫熒光法，免疫沉淀反應(yīng)，量子點，多重熒光染料，化學發(fā)光方 法，電化學發(fā)光方法(ECL)或者酶聯(lián)免疫吸附檢測。本領(lǐng)域技術(shù)人員將熟知多種特異性的免疫檢測形式及其變化形式，這些 形式及其變化形式能夠有效的用于實現(xiàn)本發(fā)明所公開的方法。大體上可以參見E.Maggio(于 I98O 年)所著的 Enzyme-Immunoassay《酶-免疫檢測》(CRC Press, Inc., BocaRaton, Fla.);同樣可以參見Skold等人的美國專利No.4727022，其名稱為 "Methods for Modulating Ligand-Receptor Interactionsand their Application 《用于調(diào)節(jié)配 體-受體相互作用的方法以及它們的應(yīng)用》，，；Forrest等人的美國專利No.4658678， 其名稱為“ Immunoassay of Antigens《抗原的免疫檢測》” ；David等人的美國專利 申請 No.4376110,其名稱為 “Immunometric Assays UsingMonoclonal Antibodies 《使 用單克隆抗體的免疫量度檢測》” ；Litman等人的美國專利No.4275149，其名稱為 "Macromolecular Environment Control in Specific ReceptorAssays《在特異性受體檢測中的 大分子環(huán)境的控制》，，；Maggio等人的美國專利No.4233402，其名稱為“Reagents and Method Employing Channeling《利用通道的試劑以及方法》”；以及Boguslaski等人的美 國專禾 1JNo.4230767,其名稱為"Heterogenous Specific Binding AssayEmploying a Coenzyme as Label《利用輔酶作為標記的異源特異性結(jié)合檢測》，，。根據(jù)已知的技術(shù)，例如被動結(jié)合，可以將抗體與一種固體支持物進行共軛，其 中所述的固體支持物適合進行一種診斷性的檢測(例如，珠子，例如蛋白質(zhì)A或者蛋白 質(zhì)G瓊脂糖，微球體，培養(yǎng)板，載玻片或者孔，上述支持物是使用例如乳膠或者聚苯乙 烯這樣的材料來形成的。依照已知的技術(shù)，在本發(fā)明中所描述的抗體同樣能夠與可探測 性的標記物或者基團進行共軛，其中所述的可探測性的標記物或者基團是例如放射性標 記(例如，35硫，125碘，131碘)，酶標記(例如，辣根過氧化物酶，堿性磷酸酶)，以及 熒光標記(例如熒光素，Alexa，綠色熒光蛋白，若丹明)?？梢允褂脤哂懈呙舾卸鹊?抗體進行的探測方法，從而允許對以一種非擴增的構(gòu)象形式發(fā)生的所述抗原-抗體的結(jié) 合進行評價。除此之外，可以將抗體與寡核苷酸進行共軛，并且在此之后進行聚合酶鏈 式反應(yīng)以及各種不同的寡核苷酸探測方法?？贵w同樣能夠有效的用來對三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、多 肽、變異體、以及多形體的翻譯后修飾進行探測，其中所述的修飾例如是酪氨酸的磷酸 化作用，蘇氨酸的磷酸化作用，絲氨酸的磷酸化作用，以及糖基化作用(例如，氧-乙 酰葡萄糖胺)。這樣的抗體能夠特異性的探測到存在于一種目標蛋白質(zhì)中的所述發(fā)生 磷酸化的氨基酸，并且可以被用在本發(fā)明中所描述的免疫印跡法，免疫熒光法，以及酶 聯(lián)免疫吸附檢測(ELISA)中。這些抗體是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的，并且是可以通過商 業(yè)購買獲得的。同樣可以使用亞穩(wěn)定離子在反射基質(zhì)輔助的激光解析電離飛行時間質(zhì) 譜(MALDI-T0F)中對翻譯后的修飾進行測定(參見Wirth，U.等人(于2002年)在 Proteomics《蛋白質(zhì)組學》2(10): 1445-51中發(fā)表的文章)。除了翻譯后修飾之外，可 以將這些方法與蛋白質(zhì)的定位進行偶聯(lián)，這樣一來，可以對一種二次定位的方法進行監(jiān) 測，并且可以以一種相對的形式對所述的生物標記物進行評價，這是通過存在于不同的 間隔之中的所述蛋白質(zhì)的比例的恒定性質(zhì)或者變化性質(zhì)來展現(xiàn)的。對存在于腫瘤細胞中 的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)、細胞核、細胞核焦點、以及細胞質(zhì)位點上的 幾種蛋白質(zhì)的重要性是明顯的。對于已知具有酶活性的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)、多肽、 變異體、以及多形體而言，可以使用本領(lǐng)域已知的酶檢測方法對所述的活性進行體外的 檢測。這樣的檢測包括，但不局限于，除了許多其他檢測以外，激酶檢測，磷酸酶檢測，還原酶檢測?？梢酝ㄟ^使用已知的運算法則對所述的速率常數(shù)Km進行測量的方 式，確定出所述的酶活性動力學的修飾作用，其中所述的運算法則是例如希爾標繪法 (Hillplot)，米氏方程(Michaelis-Menten)，線性回歸標繪法例如 Lineweaver-Burk 分析， 以及Scatchard標繪法。通過使用序列信息能夠?qū)λ龅娜幮匀橄侔擞浳?TNBCMARKER)序列的 表達(如果存在的話)進行探測并且使用本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所熟知的技術(shù)對其進行測 量，其中所述的序列信息是由所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)序列的數(shù)據(jù) 庫條目來進行提供的。例如，存在于相對于三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)序列 的序列數(shù)據(jù)庫條目之中的序列，或者存在于本發(fā)明中公開的所述序列之中的序列，可以 被用來構(gòu)建探針，用于在例如下述方法中探測三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的 RNA序列Northern印跡雜交分析或者方法，所述的方法能夠特異性的，并且優(yōu)選的， 定量的擴增特異性的核酸序列。作為另外一個例子，所述的序列可以被用來構(gòu)建引物， 用于在例如下述方法中對所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)序列進行特異性 的擴增基于擴增的探測方法例如基于逆轉(zhuǎn)錄的聚合酶鏈式反應(yīng)(RT-PCR)。當存在于 基因表達之中的改變與基因的擴增、缺失、多形體、以及變異有關(guān)時，可以通過對存在 于所述的測試以及參考細胞群體中的接受檢查的DNA序列的相對數(shù)量進行比較的方式， 在測試以及參考群體之間進行序列的比較?？梢允褂萌魏伪绢I(lǐng)域已知的方法在所述的RNA水平上對本發(fā)明中公開的所述基 因的表達進行測量。例如，使用探針的Northern雜交分析可以被用來確定基因的表達， 其中所述的探針能夠?qū)@些序列中的一個或者多個進行特異性的識別?？晒┻x擇的，可 以使用基于逆轉(zhuǎn)錄的聚合酶鏈式反應(yīng)檢測(RT-PCR)對表達進行測量，例如，使用對所 述的差異化表達的序列具有特異性的引物。同樣可以使用例如其他的目標擴增方法(例 如，轉(zhuǎn)錄介導(dǎo)擴增法(TMA)，鏈置換擴增法(SDA)，核酸序列依賴性擴增(NASBA))， 或者信號擴增方法，以及類似的方法對RNA進行量化?？晒┻x擇的，可以對三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)蛋白質(zhì)以及核酸 的代謝產(chǎn)物進行測量。所述的術(shù)語“代謝產(chǎn)物”包括在一種代謝過程中存在的任意的 化學產(chǎn)物或者生物化學產(chǎn)物，例如有一種生物分子(例如，蛋白質(zhì)，核酸，碳水化合 物，或者脂質(zhì)體)的加工、斷裂或者消耗而產(chǎn)生出的任何化合物。可以使用本領(lǐng)域技 術(shù)人員已知的各種不同的方式對代謝產(chǎn)物進行探測，所述的方式包括所述的折射率光譜 (RI)，紫外光譜(UV)，熒光分析，放射化學分析，近紅外光譜(near-IR)，核磁共振光 譜(NMR)，光散射分析(LS)，質(zhì)譜，高溫分解質(zhì)譜，比濁法，色散型拉曼光譜，質(zhì)譜聯(lián) 用的氣象色譜，質(zhì)譜聯(lián)用的液相色譜，質(zhì)譜聯(lián)用的基質(zhì)輔助的激光解析電離飛行時間質(zhì) 譜(MALDI-TOF)，質(zhì)譜聯(lián)用的離子噴霧色譜，毛細管電泳，核磁共振光譜(NMR)以及 紅外光譜(IR)探測。(參見WO 04/056456以及WO 04/088309，上述文章中的全部內(nèi)容 均在此被引入作為參考)。就這一點而言，可以使用上述提及的探測方法或者本領(lǐng)域技術(shù) 人員已知的其他方法對其他的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)分析物進行測量。 例如，可以使用熒光染料對存在于一個樣本之中的流動的鈣離子(Ca2+)進行探測，其中 所述的熒光染料除了其他之外，例如是所述的氟系列，例如是Fura_2A，Rhod-2?？梢?使用試劑對其他的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)代謝產(chǎn)物進行類似性的探測，其中所述的試劑是經(jīng)過特意的設(shè)計或者剪裁過的，用以對這樣的代謝產(chǎn)物進行探測。試劑盒本發(fā)明同樣包括一種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)探測試劑，例如是 一種核酸，所述的試劑能夠通過具有同源性的核酸序列而對一個或者多個三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)核酸進行特異性的識別，例如是一個寡核苷酸序列，所述的三 陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)核酸的一部分的互補物或者由所述三陰性乳腺癌標 記物(TNBCMARKER)核酸編碼的蛋白質(zhì)的抗體一同被包裹在所述的試劑盒中。所述的 寡核苷酸可以是所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)基因的片段。例如，所述的 寡核苷酸可以具有200、150、100、50、25、10或者更少個寡核苷酸的長度。所述的試 劑盒中可以在各自分離的容器內(nèi)裝有一種核酸或者抗體(可以是已經(jīng)與以一種固體基質(zhì) 進行結(jié)合的，或者與試劑進行單獨的包裝，其中所述的試劑能夠?qū)⑺鼈兣c所述的基質(zhì)進 行結(jié)合)，對照制劑(陽性的和/或陰性的)，和/或一種可探測性的標記例如熒光素，綠 色熒光蛋白，若丹明，花青染料，Alexa染料，熒光素酶，放射性標記，除其他之外。用 以實現(xiàn)所述檢測的說明書(例如，書寫形式的，錄音形式的，盒式磁帶錄像機(VCR)， 只讀光盤(CD-ROM)，等等)可以被包含在所述的試劑盒之中。所述的檢測可以是以例 如一種Northern雜交或者夾心酶聯(lián)免疫吸附檢測(ELISA)的形式來進行的，這在本領(lǐng)域 是已知的。例如，可以將三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)探測試劑固定在一種固體 的基質(zhì)上，其中所述的固體基質(zhì)例如是一種多孔的條帶，從而形成至少一個三陰性乳腺 癌標記物(TNBCMARKER)探測位點。所述的多孔條帶上的測量區(qū)域或者探測區(qū)域內(nèi)可 以包括許多個含有核酸的位點。一個測試條帶上同樣可以含有用于進行陰性對照和/或 陽性對照的位點?？晒┻x擇的，對照位點可以定位于一個與所述的測試條帶相分離的條 帶之上。任選的，所述的不同的探測位點上可以含有不同劑量的固定化的核酸，例如， 在所述的第一個探測位點上具有一種較高的劑量而在隨后的位點上具有較低的劑量。當 加入了所述的測試樣本時，所述的位點的數(shù)量呈現(xiàn)出一種可探測性的信號，從而為存在 于所述樣本之中的所述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的劑量提供了定量的指 示。所述的探測位點可以被配置成任意適當?shù)目商綔y的形狀，并且在通常情況下被配置 成為一種條狀或者圓點狀，其跨越了所述測試條帶的寬度?？晒┻x擇的，所述的試劑盒中含有一種核酸底物陣列，其中包括一個或者多個 核酸序列。存在于所述陣列之上的所述核酸能夠特異性的識別一個或者多個由三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKER)所代表的核酸序列。所述的底物陣列可以存在于例如一 種固體底物之上，例如是在美國專利No.5744305中所描述的一個“芯片”之上。可供 選擇的，所述的底物陣列可以是一種溶液陣列，例如xMAP(Luminex，Austin, TX)， Cyvera (Illumina，San Diego, CA), CellCard (Vitra Bioscience, MountainView，CA)以 及 Quantum Dots，Mosaic (Invitrogen, Carlsbad, CA)。用以對所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)進行探測的所述抗體的 適合來源包括可商業(yè)購買獲得的來源例如，Abazyme，Abnova, Affinity Biologicals， AntibodyShop, Biogenesis, Biosense Laboratories, Calbiochem, Cell Sciences, ChemiconIntemational，Chemokine, Clontech, Cytolab, DAKO, DiagnosticBioSystems,eBioscience， Endocrine Technologies, Enzo Biochem, Eurogentec, Fusion Antibodies, Genesis Biotech, GloboZymes， Haematologic Technologies, Immunodetect, Immunodiagnostik, Immunometrics，Immunostar, Immunovision, Biogenex, Invitrogen, Jackson ImmunoResearch Laboratory, KMI Diagnostics， KomaBiotech, LabFrontier Life Science Institute, Lee Laboratories, Lifescreen, Maine Biotechnology Services, Mediclone, MicroPharmLtd., ModiQuest, Molecular Innovations, Molecular Probes, Neoclone, Neuromics, New England Biolabs，Novocastra, NovusBiologicals，Oncogene Research Products, Orbigen, OxfordBiotechnology，Panvera, PerkinElmer Life Sciences, Pharmingen, Phoenix Pharmaceuticals, Pierce Chemical Company, PolymunScientific， Polysiences, Inc., Promega Corporation, Proteogenix, Protos Immunoresearch, QED Biosciences, Inc., R&D Systems, Repligen, Research Diagnostics, Roboscreen, Santa CruzBiotechnology, Seikagaku America, Serological Corporation, Serotec, SigmaAldrich, StemCell Technologies, Synaptic SystemsGmbH, Technopharm, Terra Nova Biotechnology, TiterMax, Trillium Diagnostics, Upstate Biotechnology, US Biological, VectorLaboratories, Wako Pure Chemical Industries,以及 Zeptometrix。 然而，本領(lǐng)域技 術(shù)人員能夠通過常規(guī)方法制備抗體，核酸探針，例如，作用于本發(fā)明公開的任何一種所 述三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的寡核苷酸，核酸適體，siRNA，反義寡核苷 酸。
實施例實施例1 : 一般方法患者組對一百四十三位患有三陰性乳腺癌的已經(jīng)在先前接受過治療的婦女進行識別并 且使用她們存檔的、利用福爾馬林固定的、經(jīng)過石蠟包埋的最初切離的活組織切片來建 立一個組織微陣列(TMA)。已經(jīng)利用基于蒽環(huán)類的化學治療作為輔佐治療對這些患者中 的大部分進行了治療。抗體的免疫組織化學(IHC)利用作用于蛋白質(zhì)的抗體對所述的組織微陣列(TMA)進行染色，其中所述的蛋 白質(zhì)是存在于DNA修復(fù)途徑中的蛋白質(zhì)，包括著色性干皮病D組蛋白(XPF)(核苷酸切 除修復(fù))，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)(范科尼貧血途徑)，錯配修復(fù)蛋白1 (MLHl) (錯配修復(fù))，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)(堿基切除修復(fù))，蛋白酶活化受體 (PAR)(堿基切除修復(fù))，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2) (DNA 損傷應(yīng)答)，P53,以及Ki67。所述的抗體是從下述的來源中獲得的著色性干皮病D 組蛋白(XPF)(AbCam),范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)以及p53 (Santa Craz)，錯配修 復(fù)蛋白(MLHl)以及Ki67 (BioCare Medical)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1 (PARPl) (AbD Serotec),蛋白酶活化受體(PAR)(聚腺苷二磷酸核糖，Millipore)，膦-有絲分裂原活化 的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (Cell Signaling Technology)。利用陰性的以及陽性的人類乳 腺癌對照切片運行免疫組織化學(IHC)。使用標準的技術(shù)對組織切片進行脫石蠟處理以 及再水合作用。可以進行熱誘導(dǎo)的表位回復(fù)并且在4°C下利用抗體對所述的組織進行過夜的染色。再生的TSA (酪胺信號放大技術(shù))生物素系統(tǒng)(Perkin Elmer)被用來對著色性 干皮病D組蛋白(XPF)以及范科尼貧血互補組D2(FANCD2)進行探測。Supersensitive 免疫組織化學(IHC)探測系統(tǒng)(BioGenex)被用來對下述物質(zhì)進行探測錯配修復(fù)蛋白 1 (MLHl),聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，蛋白酶活化受體(PAR)，膦-有絲分裂 原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)，以及Ki67。Envision+System-辣根過氧化 物酶(HRP) (Dako)被用來進行p53的探測。建立兩倍的抗體稀釋范圍，并且設(shè)定抗原回 復(fù)條件，這樣一來，抗體過量并且能夠在對照癌癥組織中被判定出來，并且從低表達水 平與高表達水平中被判定出來。打分使用基于計算機的成像分析對上述被染色的組織進行評價并且對所導(dǎo)入的所 述陽性腫瘤細胞核所具有的密度以及數(shù)量進行打分。掃描以及成像分析平臺來自于 Aperi0o對每一個標記物的圖案進行質(zhì)量評價并且通過病理學整體狀況對其進行評價。 利用對照的乳腺癌腫瘤切片為每一種生物標記物建立成像分析運算法則。統(tǒng)計學分析將生物標記物的得分與臨床數(shù)據(jù)聯(lián)系起來從而對其與結(jié)果的關(guān)聯(lián)性進行評價。 將患者隨機的分為訓練組(60%的患者)以及測試組(40%的患者)，用以建立多個標記物 模型。針對每一種標記物，通過單變量分析確定出一組最佳的標記物閾值，其中所述的 閾值能夠生成最高程度的判斷力，從而在所述的早期復(fù)發(fā)組以及晚期復(fù)發(fā)組之間進行判 斷。進行判斷分析以及剖分分析，從而在最大程度上將所述的訓練數(shù)據(jù)組樣本分割成為 兩個組早期復(fù)發(fā)組以及晚期復(fù)發(fā)組。復(fù)發(fā)作為所述的癌癥重新出現(xiàn)的證據(jù)，并且是在 對患者進行觀察的過程中通過臨床可接受性的標準被確立出來的，其中所述的患者正處 于接受治療的過程中。通過所述的診斷時間計算出所述的復(fù)發(fā)時間。在驗證試驗中，在 所述的測試數(shù)據(jù)組中應(yīng)用所述的訓練數(shù)據(jù)組閾值以及標記物的組合。卡普蘭_邁耶復(fù)發(fā) 曲線(Kaplan-Meier)以及Cox比例風險模型被用來對復(fù)發(fā)的時間進行評價。在可供選擇 的模型中，對下列數(shù)值的統(tǒng)計學輸出值進行計算ρ值，外視錯誤率(AER)，接受者操 作性特性以及曲線下面積(AUC)，敏感度，特異性，陽性預(yù)測能力，陰性預(yù)測能力，相 對危險(RR)，讓步比。利用多標記物模型進行概率測試，從而生成曲線下面積(AUC) 值。實施例2 在三陰性乳腺癌中能夠頻繁的觀察到的DNA修復(fù)蛋白的變化將已經(jīng)被診斷為患有三陰性乳腺癌亞類型的乳腺癌患者聚集在一個研究組中， 其中所述的診斷是利用標準的組織病理學標準通過人表皮生長因子受體2 (Her2)、雌激素 受體(ER)、以及孕激素受體(PR)的缺失來進行判斷的。依照已經(jīng)在Dana-Farber癌癥 研究所經(jīng)批準的方案，從一個最初切離的活組織切片中以及從所述的患者中獲得所述患 者的活組織切片，其中所述的患者接受了化學治療。構(gòu)建一個組織微陣列(TMA)，在所 述的組織微陣列(TMA)中含有三個600平方米的每個患者的癌癥組織的核心區(qū)域，其目 的在于對所述的生物標記物進行有效的評價，并且使存在于患者樣本之間的染色變化在 免疫組織化學方面所產(chǎn)生的作用最小化。所述的研究的目標在于在所述的活組織切片階 段建立一種生物標記物的圖案，所述的圖案能夠告知在標準的治療之下，患者的腫瘤 是怎樣以入侵性的方式再次出現(xiàn)的。
DNA修復(fù)途徑對于針對化學治療以及放射物所產(chǎn)生的細胞應(yīng)答網(wǎng)絡(luò)而言是重要 的。在這項研究中，對來自于這些途徑中的幾種的代表進行了研究，研究這些途徑與臨 床結(jié)果之間存在的關(guān)聯(lián)。在來自于一種三陰性乳腺癌的組織微陣列(TMA)中的連續(xù)切片 中對十種選定的DNA修復(fù)蛋白表位進行了評價，其中所述的DNA修復(fù)蛋白表位是p53， 醌氧化還原酶1 (NQOl)，以及Ki67蛋白。通過病理學回顧對每一個核心的腫瘤區(qū)域進 行界線的劃分。通過將顯微鏡載玻片掃描至一種數(shù)字病理學平臺(Aperio)中的方式對所 述的生物標記物所具有的表達差異性進行量化。將基于計算機的染色亮度的收集集中在 所述被注釋的腫瘤區(qū)域內(nèi)。在一種加權(quán)運算法則中將0，1+，2+，以及3+bins的標記物 輸出值進行結(jié)合從而生成一個在0-300范圍內(nèi)的相對亮度得分。對于幾種標記物而言， 所述的細胞核染色的亮度被進行了測量，在其他的情況中，對所述的標記物在不同的細 胞間隔之中的定位進行了揭示。對于所述的范科尼貧血互補組D2(FANCD2)蛋白圖案 而言，在某些患者的活組織切片中觀察到了細胞核的聚焦(附圖1A)，這種聚焦標志著 所述的范科尼貧血核復(fù)合物的活化以及同源性的重組。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)在19%的腫瘤中含有范 科尼貧血互補組D2(FANCD2)細胞核聚焦，而23%中含有核以及細胞質(zhì)范科尼貧血互 補組D2 (FANCD2)。有58 %的所述腫瘤對于范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)的細胞核 聚焦而言是呈陰性的。同樣的，通過對膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶 2(pMK2)的磷酸化修飾作用所進行的監(jiān)測，發(fā)現(xiàn)了另外的翻譯后的調(diào)節(jié)作用，這種調(diào)節(jié) 作用是以一種腫瘤特異性的方式來實現(xiàn)的(附圖1B)。所述的膦_有絲分裂原活化的蛋 白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)細胞內(nèi)定位只發(fā)生在細胞核的分布之中，或者發(fā)生在細 胞核+細胞質(zhì)之中，這取決于所述的腫瘤。大約在10%的所述乳腺癌中含有細胞核的染 色，21%含有共有的細胞質(zhì)以及細胞核染色，并且69%對于這種活化標記物而言是呈陰 性的。為了判斷所述的標記物輸出值相對臨床結(jié)果所具有的關(guān)聯(lián)性，首先需要探求的 是解決樣本的核-核可變性是否能夠?qū)σ粋€患者的分級方案產(chǎn)生影響，其中所述的分級 方案是針對DNA修復(fù)標記物而言的。為了達到這個目的，從存在于所述組中的最低值到 所述的最高值，建立一個患者等級的隨意指數(shù)。對存在于三倍的組織微陣列(TMA)核之 間的每一種標記物的變化水平進行測定，并且針對所述的患者等級值/標記物對其進行 打分(附圖2A)。對于進行測試的八種DNA修復(fù)以及增殖標記物而言，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)平均分 級誤差占總數(shù)的很低的百分程度(8.8-11.1%的DNA修復(fù)，11.1%的Ki67)。因此，對于 接受測試的任何所述的標記物而言，存在于三倍的組織微陣列(TMA)核之間的相對小的 可變性不會顯著性的改變所述患者的等級次序。^MM 3 在禾U用仆臺療方法治療過的三牛gL腺癌患、者Φ, DNAfegij^ 癥復(fù)發(fā)之間的相關(guān)件可以利用來自于115位患者的臨床數(shù)據(jù)，其中所述的數(shù)據(jù)中帶有初始治療數(shù) 據(jù)，對上述患者進行了平均值為58個月的追蹤。所述組的中間年齡為49.3歲。六十八 位患者接受了癌癥的保守性治療并且47位患者接受了乳房切除術(shù)的治療，其中有17位患 者接受了乳房切除術(shù)后的放射治療。一百一十位患者接受了化學治療，將其作為它們的 治療的一部分42位患者接受了蒽環(huán)類/環(huán)磷酰胺的治療，50位患者接受了蒽環(huán)類/環(huán) 磷酰胺/紫杉醇的治療，15位患者接受了環(huán)磷酰胺/甲氨蝶呤/基于5-氟尿嘧啶(5-FU)的治療方案并且3位患者接受了其他的治療方案。十八位患者出現(xiàn)了乳腺癌易感基因 1 (BRCAl)的變異并且5位患者出現(xiàn)了未知的變體。出現(xiàn)了 37例的復(fù)發(fā)18例是遠端 首先復(fù)發(fā)，12例是原位首先復(fù)發(fā)，而7例是同時出現(xiàn)復(fù)發(fā)。對十一種生物標記物進行分析，分析它們所具有的對所述疾病的復(fù)發(fā)的可能性 進行預(yù)測的能力。在此之后對每一種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)在復(fù)發(fā)組 與非復(fù)發(fā)組之間所進行的分割進行了評價(附圖3)。為所述的每一種標記物構(gòu)建了單 變量的Cox比例風險模型，用以檢查它們潛在的預(yù)測能力。在單變量分析中，較低的 著色性干皮病D組蛋白(XPF) (ρ = 0.005)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋 白激酶2(ρΜΚ2) (ρ = 0.01)，錯配修復(fù)蛋白(MLH) (ρ = 0.007)以及范科尼貧血互補組 D2(FANCD2) (ρ = 0.001)與較短的復(fù)發(fā)時間相關(guān)(表格2)。對于在DNA修復(fù)中的幾種其 他的標記物而言，例如蛋白酶活化受體(PAR)以及聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 上述相同的分析沒能達到統(tǒng)計學顯著性。Ki67，一種細胞增殖標記物，是具有顯著性的 (ρ = 0.07)，與所述的p53腫瘤抑制劑相同(ρ = 0.02)，其觀察值與之前的信息相一致。實施例4一個能夠?qū)?fù)發(fā)組進行區(qū)別的多種DNA修復(fù)生物標記物組的發(fā)現(xiàn)所述的DNA修復(fù)途徑可以以一種商定的方式在細胞的存活以及化學治療應(yīng)答 中運行。因此，能夠通過將所述的標記物所產(chǎn)生的作用進行組合的方式來更加有效的確 定DNA修復(fù)蛋白所發(fā)生的變化，而不是通過個體的分析。為了針對這樣的聯(lián)合建立一 個統(tǒng)計學驅(qū)動的設(shè)想，可以在同步二元標記物模型中對所述的兩種標記物的組合進行分 析，其中使用分散型剖分來進行所述的分析。第1組生物標記物被用來證實一種層級性 的利益，其中所述的層級性利益指的是當標記物被成對組合時所產(chǎn)生的，而不是單獨進 行使用時所產(chǎn)生的。所述的標記物比較的輸出成果根據(jù)兩種標記物分析指示出了著色性 干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，膦-有絲分裂原活化的蛋白 激酶活化的蛋白激酶2.C(pMK2.C)，以及蛋白酶活化受體(PAR)。對于在所述的測試 中存在的上述四種標記物而言，所形成的六種成對的標記物組合之中的每一種均定義出 了更好的對早期復(fù)發(fā)組以及晚期復(fù)發(fā)組之間的分割(附圖4)。另外一種生物標記物， 第2組，同樣被進行了所述的成對分析(附圖5)。其他的標記物并沒有在類似的成對 測試中給出一致性的表現(xiàn)，并沒有觀察出它們屬于另外一個組，并且并不能提供對所述 的患者復(fù)發(fā)組的更好的判斷。針對下述的三陰性乳腺癌標記物(TNCBMARKER)，利 用計算機計算出了所有的兩種標記物的模型著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲 分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷 酸核糖聚合酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，細 胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交 叉互補組I(ERCCl)，醌氧化還原酶I(NQOl)，p53，Ki67 (表格)。統(tǒng)計學評價包括 ρ值，外視錯誤率，相對危險，讓步比，陽性預(yù)測能力，以及陰性預(yù)測能力。同樣的， 針對下述的三陰性乳腺癌標記物(TNCBMARKER)，利用計算機計算出了所有的三種標 記物的模型著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋 白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配 修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)，醌氧化還原酶 I(NQOl)，p53, Ki67(表格)。為了通過剖分分析在一種多重標記物的運算法則中對所述標記物的組合進行評 價，首先建立一個最佳的閾值，用以將所述的樣本分割成為可能復(fù)發(fā)組(早期復(fù)發(fā))以 及不可能復(fù)發(fā)組(晚期復(fù)發(fā))，并且在此之后對所述組所具有的事件發(fā)生時間曲線進行 比較。通過使用所述的經(jīng)過計算機計算得到的用以剖分所述訓練數(shù)據(jù)組的閾值以及將所 述的測試數(shù)據(jù)組所具有的事件發(fā)生時間曲線與所述的訓練數(shù)據(jù)組所具有的事件發(fā)生時間 曲線之間進行比較，從而對這些結(jié)果所具有的顯著性進行檢查。為了對預(yù)示著所述的標 記物表達水平的劃分的閾值進行確定，將每一種標記物存在的范圍劃分成20個相等的間 隔并且針對存在于所述的模型中的所述四種標記物所具有的閾值的所有組合進行測試。 能夠通過存活曲線的ρ值對樣本進行最佳分割的所述閾值是著色性干皮病D組蛋白 (XPF)為229，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)為69，蛋白酶活化受體(PAR)為56， 膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2.C(pMK2.C)為0.36，分別對應(yīng)的所述 標記物數(shù)據(jù)的分位數(shù)為0.39，0.66，0.71，以及0.62。全部四種標記物的水平的升高意味著復(fù)發(fā)的危險的升高，其中所述的可能復(fù)發(fā) 組含有12個樣本(10例復(fù)發(fā))，并且所述的不可能復(fù)發(fā)組含有44個樣本(10例復(fù)發(fā))。 令人驚奇的是，所述的可能復(fù)發(fā)組與不可能復(fù)發(fā)組在復(fù)發(fā)時間上生成了 9.05E-0.7的ρ 值，這意味著正如在所述的訓練數(shù)據(jù)組中測量得到的，在所述的兩組所存在的危險方面 具有顯著的差異(附圖7)。為了對這些發(fā)現(xiàn)進行獨立的驗證，對所述的測試數(shù)據(jù)組進行 了進一步的置疑，其中在所述的測試數(shù)據(jù)組中，將所述的樣本分割為含有5個樣本(4例 復(fù)發(fā))的可能復(fù)發(fā)組(早期復(fù)發(fā))以及含有32個樣本(9例復(fù)發(fā))的不可能復(fù)發(fā)組(晚期 復(fù)發(fā))。對于所述的測試數(shù)據(jù)組而言，在所述的可能復(fù)發(fā)組與所述的不可能復(fù)發(fā)組所具有 的復(fù)發(fā)時間曲線之間所進行的比較生成了 0.0186的ρ值，其是具有統(tǒng)計學顯著意義的。為了證明來自于所述的兩個數(shù)據(jù)組中的兩個結(jié)果組是相類似的，進行了第二次 交叉驗證計算。對來自于測試數(shù)據(jù)組以及訓練數(shù)據(jù)組中的所述的可能復(fù)發(fā)組所具有的復(fù) 發(fā)時間曲線進行的比較生成了 0.625的ρ值，這表明在訓練數(shù)據(jù)組與測試數(shù)據(jù)組之間所述 的卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)曲線并不存在差異并且在兩個數(shù)據(jù)組中所述的可能復(fù)發(fā) 組存在類似的復(fù)發(fā)危險(附圖8)。對來自于測試數(shù)據(jù)組以及訓練數(shù)據(jù)組中的所述的不可 能復(fù)發(fā)組所具有的復(fù)發(fā)曲線進行的比較生成了 0.606的ρ值，這表明在所述的數(shù)據(jù)組之 間，所述的可能復(fù)發(fā)組不存在可探測性的差異(附圖8)。由一個四種DNA修復(fù)標記物的模型(蛋白酶活化受體(PAR)，膦_有絲分裂原 活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血 互補組D2(FANCD2))所定義的所述的低危險組具有103個月的平均復(fù)發(fā)時間，而高危險 組具有28個月的平均復(fù)發(fā)時間[訓練組]。所述的模型在所述的測試組中生成了類似的 結(jié)果(平均復(fù)發(fā)時間為134個月比31個月，ρ = 0.029)。這優(yōu)于單一的標記物并且優(yōu)于 其他的標記物例如P53 (ρ = 0.02)或者Ki67 (ρ = 0.07)。除了復(fù)發(fā)的平均時間之外，所述的低危險組(晚期復(fù)發(fā))與高危險組(早期復(fù) 發(fā))在相對危險(RR)方面是截然不同的。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，對于所述的訓練數(shù)據(jù)組而言，所 述的四種標記物的模型所具有的相對危險(RR)為3.52(1.9-6.6，具有95%的置信區(qū)間范 圍)，而對于所述的測試數(shù)據(jù)組而言，相對危險(RR)為2.67(1.3-5.4，具有95%的置信區(qū)間范圍)(附圖9)。重要的是，對于所述的單一的標記物而言，并且對于非DNA修 復(fù)標記物例如p53或者Ki67而言，相對危險的計算值均不高(分別為2.1以及1.9)。同 樣的，對個體的標記物以及所述的四種標記物的模型所具有的外視錯誤率(AER)進行了 測定，所述的外視錯誤率(AER)是所述測試所具有的假陽性水平的指標。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)， 與任何一種單一的標記物相比(0.30-0.52),或者與其他的標記物例如p53 (0.35)或者 Ki67(0.39)相比，所述的四種DNA修復(fù)標記物的運算法則生成了一個較低的外視錯誤率 (AER) (0.22)。進一步的確定出四種標記物的測試已經(jīng)證實了在對患者進行識別的方面所產(chǎn) 生的提高，其中所述的患者依據(jù)幾項特異性/敏感度標準被進行了恰當?shù)姆纸M。對于所 述的四個單獨的標記物而言，曲線下面積(AUC)值為范科尼貧血互補組D2(FANCD2) (0.71)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2) (0.65)，著色性干皮 病D組蛋白(XPF) (0.67)，以及蛋白酶活化受體(PAR) (0.54)，與之相比，所述的四種 DNA修復(fù)標記物的模型具有顯著更高的曲線下面積(AUC)值，為0.774，這個值是通 過對所述的四種標記物的組進行的概率分析來確定的。對陽性預(yù)測能力以及陰性預(yù)測能 力的計算加以利用。個體的標記物表現(xiàn)出了陽性預(yù)測能力(0.40-0.57)以及陰性預(yù)測能 力(.68-.91)。取而代之的，所述的四種標記物的運算法則展現(xiàn)出了更為優(yōu)異的陽性預(yù)測 能力(0.83)以及陰性預(yù)測能力(0.76)，其中所述的四種標記物是著色性干皮病D組蛋白 (XPF),范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白 激酶2(pMK2)，以及蛋白酶活化受體(PAR)。至于其他的統(tǒng)計學量度，對所述的陽性預(yù) 測能力以及陰性預(yù)測能力所進行的測定證明了與個體的標記物相比，四種標記物的測 試更具有顯著性并且更加可靠。除了來自于著色性干皮病D組蛋白(XPF)、范科尼貧血互補組D2(FANCD2)、 蛋白酶活化受體(PAR)、以及膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2) 的四種標記物的模型之外，采用相同的家族性的統(tǒng)計學標準對另外可供選擇的三種標記 物的模型以及四種標記物的模型進行了評價(表格)。對所有的三種標記物的模型進行了 計算機計算并且通過統(tǒng)計學數(shù)值對所述的列表進行了排序，其中所述的三種標記物的模 型來自于八種三陰性乳腺癌標記物(TNCBMARKER)(細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， 乳腺癌易感基因I(BRCAl)，蛋白酶活化受體(PAR)，錯配修復(fù)蛋白1 (MLHl)，著色 性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，膦-有絲分裂原活化的 蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，RAD51)。根據(jù)ρ值，外視錯誤率(AER)，相對 危險，陽性能力，以及陰性能力對所述的前三十種模型進行了優(yōu)先的排列。在每一種情 況下，將全部的八種三陰性乳腺癌標記物(TNCBMARKER)填入所述的前三十種模型中 (表格)。根據(jù)ρ值(2.94e-05-1.02e-03)，外視錯誤率(AER) (0.22-0.27)，相對危險 (2.88-4.02)，陽性能力(0.59-0.64)，陰性能力(0.72-0.78)，對所述的前三十種模型所具 有的最小值以及最大值所形成的范圍進行整理，并且表現(xiàn)出相較于單個的三陰性乳腺癌 標記物(TNCBMARKER)而言所具有的優(yōu)越性。這些數(shù)據(jù)表明，存在多種由所述的三陰 性乳腺癌標記物(TNCBMARKER)所組成的三種標記物的模型以及四種標記物的模型， 這些模型相較于單個的三陰性乳腺癌標記物(TNCBMARKER)以及其他的標記物測試而 言，表現(xiàn)出了顯著的改善。
為了證明所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)能夠表現(xiàn)出超過單個標 記物的改進的性能，針對來自于所述的輸出值的六個統(tǒng)計學數(shù)值以及對所述的1-標記物 模型、2-標記物模型、3-標記物模型以及4-標記物模型所進行的比較進行所述的剖分 分析輸出值評價，其中所述的模型是由所述的DNA修復(fù)標記物組形成的(著色性干皮 病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶 活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼 貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因 1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl))。所述的 結(jié)果表明根據(jù)下述的數(shù)值P值，相對危險，陽性預(yù)測值，特異性，以及外視錯誤率 (AER)(附圖10)，在所述的模型中來自于這個組中的所述標記物的數(shù)量的增加能夠?qū)е?性能的增強，其中3-標記物模型、4-標記物模型以及5-標記物模型具有明顯的優(yōu)越性 并且并不是所述的1-標記物模型的重疊。因此，與單個的DNA修復(fù)標記物相比，所述 的四種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)測試以及所述的五種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)測試給出了更佳的判斷以及更少的誤差。通過將一種三陰性乳腺癌標 記物(TNBCMARKER)作為所有模型中的固定標記物的方式，能夠成為對所述的多重標 記物模型所具有的重要性的一種可供選擇的證明方式。利用計算機計算ι-標記物模型所 具有的IoglOP值、陽性預(yù)測值(PPV)、以及外視錯誤率(AER)的統(tǒng)計學數(shù)值，其中所述 的標記物是所述的范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，或 者RAD51三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)。接下來，對含有范科尼貧血互補組 D2 (FANCD2),著色性干皮病D組蛋白(XPF)、或者RAD51的全部模型建立相同的統(tǒng)計 學測試，并且計算出所有的2-標記物模型、3-標記物模型或者4-標記物模型所具有的中 間值。在上述三種情形中的每一種中，所述的2-標記物模型、3-標記物模型以及4-標 記物模型通過標記物的添加表現(xiàn)出了具有增強的性能的趨勢，所述的性能顯著的超過了 所述的范科尼貧血互補組D2(FANCD2)、著色性干皮病D組蛋白(XPF)、或者RAD51的 1-標記物模型(附圖11)。與所有的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所得到的計 算值相同，在2-標記物模型、3-標記物模型以及4-標記物模型中，增強的性能特征與標 記物的協(xié)同評價有關(guān)。獨立的進行一項概率分析統(tǒng)計學方法，從而對下述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)進行比較著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的 蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合 酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，細胞周期關(guān) 卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組 1 (ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)，p53，Ki67。建立一種操作步驟，用以檢查一個患 者在早期復(fù)發(fā)組或者晚期復(fù)發(fā)組中的定位，這是通過在每一個組中對觀察到標記物的評 價的概率進行檢查的方式來實現(xiàn)的(附圖12)。在這項操作步驟中，我們對在上述的分 析中所使用到的對組的屬籍的定義進行了精確處理，這是通過除了對所述的復(fù)發(fā)的高發(fā) 病區(qū)域進行定義之外，還對復(fù)發(fā)的低發(fā)病區(qū)域進行定義的方式來實現(xiàn)的。使用多變量概 率分布為所述的可能復(fù)發(fā)組以及不可能復(fù)發(fā)組進行這些區(qū)域的構(gòu)建，通過所述的各個組 的概率能夠構(gòu)建出一個反映組的屬籍(group membership)的單一得分。用于構(gòu)建這種概頁
率分布的一種方法是使用所述概率的參數(shù)性估算值，即，正態(tài)分布。另外一種方法是使 用所述的概率密度的非參數(shù)性(分布無關(guān)性)估算值，其中所述的概率密度是針對每一組 而言的。參數(shù)件方法(lH杰分布)通過對兩個組進行平均向量μ以及協(xié)方差矩陣Σ的測量，在給定所述的標記物 數(shù)值X的條件下，可以對所述的不可能復(fù)發(fā)組的概率密度函數(shù)fnl(x)以及所述的可能復(fù)發(fā) 組的概率密度函數(shù)fiOO進行評價。S, I ■-■■_講 I CS^l Γ- - μ￡)Τ5^~ι( ￡,-- μ )|
21所述的概率密度被表示為在每一個組中觀察到所述標記物數(shù)值的后驗概率tPinilx) = e /^7IIIUI、和糊力 fM
f^+nur ZalC*)
為了獲得一個用以進行簡化說明的標引值，經(jīng)由下述等式將這些概率組合成為
一個得分S
H01851 S(X)p^選擇這種形式的得分，這樣一來，在所述的不可能復(fù)發(fā)組中具有非常高的被觀 察到的概率的樣本(P(nl) >>Ρ⑴)具有接近于+1的得分；當在所述的可能復(fù)發(fā)組中被 觀察到的概率非常高時，所述的得分接近于-1。如果所述的樣本在兩個組中均具有將近 相同的被觀察到的概率，所述的得分接近于零。當來自于所述模型中的結(jié)果不明晰時， 為了對樣本進行調(diào)節(jié)，在將其指定到一個組之前所述的得分的大小必需超過士 1/3的閾 值。士 1/3的得分等同于在組的屬籍概率方面存在2倍的差異PCnl) =2*Ρ⑴或者 2*P(nl)=P⑴。如果一種樣本不能夠超過所述的閾值，其不能被指定到任何一個組中并 且被分類為不確定的類型。通過所述的數(shù)據(jù)組對每一個組所具有的平均值以及協(xié)方差矩陣進行計算，并且 將其用來生成一個驗證組的得分。使用一種、兩種、三種、以及四種標記物的所有的不重復(fù)的組合來構(gòu)建模型， 并且對它們所具備的判定患者結(jié)果的能力進行檢查。對于所有的模型而言，對不確定的 樣本的數(shù)量進行繪圖。當更多的標記物被添加到所述的模型中去時，落入所述的不確定 范圍之內(nèi)(1/3 <得分< 1/3)的所述樣本的平均數(shù)量減少了。通過四種方式對輸出值進 行評價1)對結(jié)果進行的打分，2)卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線，3)通過得分 獲得的預(yù)測結(jié)果；以及4)通過得分獲得的接受者操作特性曲線(ROC)繪圖。得分指的 是復(fù)發(fā)的概率或者不復(fù)發(fā)的概率，并且因此范圍存在于-1至1之間。同樣的，事件的可 能性也被設(shè)定在0至1的范圍之間。對結(jié)果講行的打分表示的是在給定他們的得分的情況下,一個患者所具有的復(fù) 發(fā)的可能性。將復(fù)發(fā)的可能性繪制在所述的y軸之上。通過從所述的曲線上閱讀相應(yīng)于 所述的χ-值(得分)而得到的y值來確定一個患者所具有的復(fù)發(fā)的可能性。在所述的繪 制策略中能夠反映出所述的不確定的區(qū)域，上述區(qū)域是按照上文中所定義的，由虛線進行表示，并且為(1/3 <得分< 1/3)。通過得分獲得的預(yù)測結(jié)果指的是對所沭的得分所具有的臨床意義所講行的評 價，這是通過在給定一個得分值的情況下對所述的復(fù)發(fā)可能性進行計算而得到的。通過 下述方式對每一種水平的得分下所述的復(fù)發(fā)概率進行計算對所有的患者進行二進制處 理(binning)，使其存在于一個得分窗口(score window)之內(nèi)(即，得分動.8)并且對 存在于所述的窗口范圍之內(nèi)、經(jīng)歷復(fù)發(fā)的患者樣本的百分數(shù)進行確定。當所述的樣本數(shù) 量小于2時，所述的二進制結(jié)果(bin)不進行報告。使用Loess擬合對所述的復(fù)發(fā)概率 vs得分的趨勢進行估算，并且同樣對所述的趨勢線圖的逐點的95%的置信區(qū)間進行報告 (附圖中的點線)。除此之外，所沭的誦i寸得分獲得的梓等者橾作特件曲線(ROC)繪圖用至I丨了 對所述測試所具有的質(zhì)量的確定值。對于所述的不確定得分的閾值而言，士 1/3的選擇 可能并不是最佳的?？梢允褂媒邮苷卟僮魈匦郧€(ROC)繪圖對選擇不同的得分閾值在 指定組的屬籍方面所產(chǎn)生的影響進行檢查。通過將一個閾值從-1移動到1并且將低于所 述閾值的所有樣本歸結(jié)到陽性復(fù)發(fā)或者可能復(fù)發(fā)組中的方式，可以從所述的得分中構(gòu)建 出一個接受者操作特性曲線(ROC)繪圖。具有高于所述閾值的得分的全部樣本被分配到 所述的不可能復(fù)發(fā)組中。針對被不正確的識別為復(fù)發(fā)組的未復(fù)發(fā)樣本所占的百分比，對 被得以正確探測到的所有的復(fù)發(fā)樣本所占的百分比進行繪圖。單一的三陰件乳腺癌標記物(TNBCMARKER)概率分析利用臨床結(jié)果對所有患者的樣本的對結(jié)果講行的打分講行分割并目.針對單個 的三陰性乳腺癌(TNBC)標記物著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組 D2(FANCD2),以及蛋白酶活化受體(PAR)進行繪制(附圖13-15，對結(jié)果進行的打分， 左上)。同樣的，對著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)， 以及蛋白酶活化受體(PAR)進行卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線的繪制(附圖 13-15，卡普蘭_邁耶復(fù)發(fā)曲線)。除此之外，對著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼 貧血互補組D2(FANCD2)，以及蛋白酶活化受體(PAR)講行通過得分獲得的預(yù)測結(jié)果的 繪制(附圖13-15，通過得分獲得的預(yù)測結(jié)果；左下)。表格表示出的是單一的三陰性乳 腺癌(TNBC)標記物測試中的概率分析的平均值。利用單一的三陰性乳腺癌(TNCB)標記物所進行的第二項分析是對卡普蘭_邁 耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線的計算，利用所述的標記物著色性干皮病D組蛋白(XPF)， 范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，以及蛋白酶活化受體(PAR)來對其進行描述(附圖 13-15，卡普蘭-邁耶復(fù)發(fā)曲線，右上)。在所述的附圖中對所述的早期復(fù)發(fā)組以及晚期 復(fù)發(fā)組進行指定，并且表示出了用ρ值進行指示的所述的組的分割。同樣可以利用通過得分獲得的接警者操作特件曲線(ROC)繪圖標準對所述.的單 一的三陰性乳腺癌(TNBC)標記物進行評價(附圖13-15 ；通過得分獲得的接受者操作特 性曲線繪圖，右下)。在所述的附圖中，列出了著色性干皮病D組蛋白(XPF) (0.692)， 范科尼貧血互補組D2(FANCD2) (0.695)，以及蛋白酶活化受體(PAR) (0.526)的曲線下 面積(AUC)數(shù)值。多重的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)概率分析同樣可以在由所述的三陰性乳腺癌(TNBC)標記物所構(gòu)成的兩種標記物模型以及三種標記物模型中構(gòu)建多重的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的概率分析(表 格)。對于著色性干皮病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，蛋白酶活 化受體(PAR)的三種標記物的模型而言，在一項三種三陰性乳腺癌(TNBC)標記物測試 中，與任何的三陰性乳腺癌(TNBC)單一標記物測試相比，在下述方面均表現(xiàn)出增強的 顯著性對結(jié)果進行的打分，卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線(p = 3.4e_4)，通 過得分獲得的預(yù)測結(jié)果，以及接受者操作特性曲線(ROC)繪圖(曲線下面積=0.717)， 這代表了更佳的判斷以及更少的誤差(附圖16)。同樣可以在由所述的三陰性乳腺癌(TNBC)標記物所構(gòu)成的幾個四種標記物模 型中構(gòu)建三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)的概率分析(表格)。對于著色性干皮 病D組蛋白(XPF)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，蛋白酶活化受體(PAR)，膦-有 絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(PMK2)的四種標記物的模型而言，與所述的 三陰性乳腺癌(TNBC)單一標記物測試相比，在下述方面均表現(xiàn)出增強的顯著性對結(jié) 果進行的打分，卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)復(fù)發(fā)曲線(p = 3.86e_5)，通過得分獲得的 預(yù)測結(jié)果，以及接受者操作特性曲線(ROC)繪圖(曲線下面積=0.774)，這代表了在所 述的測試結(jié)果方面得到的提高(附圖17)。利用所述的通過得分獲得的預(yù)測結(jié)果，可以 看出在得分低于-0.9的所述樣本中，大約有20%出現(xiàn)了復(fù)發(fā)并且在得分高于0.9的所 述樣本中，大約有90%出現(xiàn)了復(fù)發(fā)。在得分接近于零的樣本中，有接近50%的復(fù)發(fā)幾 率。通過接受者操作特性曲線(ROC)的分析，當使用-0.54的得分閾值時，在10%的未 復(fù)發(fā)樣本被進行了錯誤的識別之前，有40%的所述的復(fù)發(fā)樣本被探測出來。些微的，在 10%的復(fù)發(fā)樣本被錯誤的識別為未復(fù)發(fā)之前，有50%的所述未復(fù)發(fā)的樣本被探測出來。 因此，與一個單一的三陰性乳腺癌(TNBC)標記物測試相比，所述的四種三陰性乳腺癌 (TNBC)標記物測試給出了更佳的判斷以及更少的誤差。為了證明所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)能夠表現(xiàn)出超過單個 標記物的改進的性能，針對來自于所述的輸出值的四個統(tǒng)計學數(shù)值以及對所述的1-標 記物模型、2-標記物模型、3-標記物模型、4-標記物模型以及5-標記物模型所進行 的比較進行所述的剖分分析輸出值評價，其中所述的模型是由所述的DNA修復(fù)標記物 組形成的(著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋 白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配 修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)，醌氧化 還原酶1 (NQOl))。所述的結(jié)果表明根據(jù)下述的數(shù)值所指定的樣本的分數(shù)(Fraction Sample Assigned),曲線下面積(AUC)，敏感度，以及特異性(附圖18)，在所述的模 型中來自于這個組中的所述標記物的數(shù)量的增加能夠?qū)е滦阅艿脑鰪姡渲?-標記物 模型、4-標記物模型以及5-標記物模型具有明顯的優(yōu)越性并且并不是所述的1-標記物 模型的重疊。因此，與單個的DNA修復(fù)標記物相比，所述的四種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)測試以及所述的五種三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)測試給出 了更佳的判斷以及更少的誤差。當被用在如上所述的類似的多重標記物的運算法則中時，那些通常不能夠在 DNA修復(fù)途徑中被識別出來的其他的標記物例如醌氧化還原酶1 (NQOl)能夠產(chǎn)生顯著性的相關(guān)性。在早期復(fù)發(fā)組與晚期復(fù)發(fā)組的單一標記物測試中，已經(jīng)觀察到所述的標記物 表現(xiàn)出了 IoglOp值(ρ = 1.14E-02),陽性預(yù)測值(PPV) (0.50)，以及外視錯誤率(AER) (0.33)。為了證明所述的醌氧化還原酶1 (NQOl)標記物具有與DNA修復(fù)相關(guān)聯(lián)的能夠 更好的告知乳腺癌結(jié)果的能力，在2-標記物模型以及3-標記物模型中利用三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)對醌氧化還原酶1 (NQO 1)進行了測試。已經(jīng)表現(xiàn)出，所述的 2-標記物模型以及3-標記物模型的ρ值、陽性預(yù)測值(PPV)、以及外視錯誤率(AER) 的平均值普遍在所述的醌氧化還原酶I(NQOl)本身所具有的性能的基礎(chǔ)上提供了一種改 進。 表格1本發(fā)明中的生物標記物
標記物類別途徑范科尼貧血互補組D2DNA修復(fù)范科尼貧血/同源性重組著色性干皮病D組蛋白DNA修復(fù)核苷酸切除修復(fù)蛋白酶活化受體DNA修復(fù)堿基切除修復(fù)膦-有絲分裂原活化的蛋白激 酶活化的蛋白激酶2DNA損傷信號范科尼貧血/同源性重組錯配修復(fù)蛋白1DNA修復(fù)錯配修復(fù)聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1DNA修復(fù)堿基切除修復(fù)細胞周期關(guān)卡基因蛋白DNA修復(fù)范科尼貧血/同源性重組 以及非同源性末端連接RAD51DNA修復(fù)范科尼貧血/同源性重組乳腺癌易感基因1DNA修復(fù)范科尼貧血/同源性重組核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1DNA修復(fù)核苷酸切除修復(fù)P53腫瘤抑制劑Ki67增殖醌氧化還原酶1脫毒細胞角蛋白上皮的波形蛋白表面標 己物TRP蛋白質(zhì)PSTAT膦-蛋白質(zhì)表格2來自于訓練組的單變量以及剖分分析生物標記物輸出數(shù)據(jù)
權(quán)利要求
1.一種具有預(yù)先確定的可預(yù)測性水平的方法，用以評價一個宿主所存在的發(fā)展成為 一種三陰性乳腺癌的危險或者三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)的危險，其中所述的方法包括a.在來自于所述的宿主的樣本中，對一種有效劑量的兩個或者多個三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行測量，其中所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)選擇由下述標記物所組成的組中范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)， 著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶 2(pMK2),蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白 1 (MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，核苷 酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)，ρ53，Κ 67,并且 b.測量存在于所述樣本之中的所述的兩種或者多種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)的水平所發(fā)生的臨床學顯著性的改變，其中所述的改變標志著所述的 宿主存在發(fā)展成為一種三陰性乳腺癌的增加的危險。
2.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER) 是一種DNA修復(fù)蛋白，其選自由下述標記物所組成的組中范科尼貧血互補組 D2(FANCD2),著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化 的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)， 錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因 1 (BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)。
3.根據(jù)權(quán)利要求2中所述的方法，其中進一步的包括對一種或者多種三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)進行探測，其中所述的標記物選自由醌氧化還原酶1 (NQOl)、 p53以及Ki67所組成的組中。
4.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中至少一種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)是范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，乳腺癌易感基因1 (BRCAl)，或 者RAD51以及至少一種為下述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)a.著色性干皮病D組蛋白(XPF)或者核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；b.膦_有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)或者細胞周期關(guān)卡基因 蛋白(ATM)；或者C.蛋白酶活化受體(PAR)或者聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)。
5.根據(jù)權(quán)利要求4中所述的方法，其中進一步的包括對一種或者多種三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)進行探測，其中所述的標記物選自由醌氧化還原酶1 (NQOl)、 p53以及Ki67所組成的組中。
6.根據(jù)權(quán)利要求2中所述的方法，其中所述的兩種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)是屬于不同的DNA修復(fù)途徑的DNA修復(fù)蛋白。
7.根據(jù)權(quán)利要求2中所述的方法，其中包括對三種或者更多種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)進行探測，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)屬于兩 種或者更多種不同的DNA修復(fù)途徑。
8.根據(jù)權(quán)利要求2中所述的方法，其中包括對四種或者更多種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)進行探測，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)屬于兩 種或者更多種不同的DNA修復(fù)途徑。
9.根據(jù)權(quán)利要求2中所述的方法，其中包括對四種或者更多種三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)進行探測，其中所述的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)屬于三 種或者更多種不同的DNA修復(fù)途徑。
10.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中包括對下述標記物進行探測a.范科尼貧血互補組D2(FANCD2)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中 的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)著色性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲 分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷 酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；b.著色性干皮病D組蛋白(XPF)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，膦-有絲 分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二 磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；c.膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)以及至少一種選自由 下述標記物所組成的組中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補 組D2(FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二 磷酸核糖聚合酶1 (PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；d.蛋白酶活化受體(PAR)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干皮病D組 蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，聚腺苷二磷 酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；e.聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組 中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色 性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)， 蛋白酶活化受體(PAR)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；f.錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中的三陰性乳 腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干皮病D組 蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白活化受體 (PAR),聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51, 乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)；&細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干 皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋 白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)， RAD51,乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；h.RAD51以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干皮病D組蛋白(XPF)， 膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)， 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白 (ATM),乳腺癌易感基因I(BRCAl)，以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；i.乳腺癌易感基因1(BRCAl)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組中的三陰性 乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色性干皮病D 組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2 (pMK2)，蛋白酶活化 受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期 關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,以及核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)；j.核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)以及至少一種選自由下述標記物所組成的組 中的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKERS)范科尼貧血互補組D2 (FANCD2)，著色 性干皮病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)， 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白I(MLHl)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白 (ATM), RAD51,以及乳腺癌易感基因1 (BRCAl)。
11.根據(jù)權(quán)利要求10中所述的方法，其中進一步的包括對一種或者多種三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)進行探測，其中所述的標記物選自由醌氧化還原酶1 (NQOl)、 p53以及Ki67所組成的組中。
12.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中進一步的包括測量至少一個與所述的三陰性 乳腺癌相關(guān)的標準參數(shù)。
13.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中對所述的著色性干皮病D組蛋白(XPF)、范 科尼貧血互補組D2(FANCD2)、蛋白酶活化受體(PAR)以及膦-有絲分裂原活化的蛋白 激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)的表達水平進行測量。
14.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中通過免疫化學的方式對所述的三陰性乳腺癌 標記物(TNBCMARKER)的水平進行測量。
15.根據(jù)權(quán)利要求14中所述的方法，其中所述的免疫化學探測是通過下述方式來實現(xiàn) 的放射性免疫檢測，免疫熒光技術(shù)，量子點，電化學技術(shù)，寡核苷酸共軛的聚合酶鏈 式反應(yīng)擴增以及探測檢測，或者通過酶聯(lián)免疫吸附檢測來實現(xiàn)。
16.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中所述的樣本是一個腫瘤的活組織切片。
17.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中所述的活組織切片是一種細針抽吸物，一種 核活組織切片，一種切離組織的活組織切片，或者是一種切口組織的活組織切片。
18.根據(jù)權(quán)利要求1中所述的方法，其中所述的樣本是一個來自于血液、淋巴結(jié)、或 者體液的腫瘤細胞。
19.一種具有預(yù)先確定的可預(yù)測性水平的方法，用以評價一個宿主所存在的發(fā)展成為 一種三陰性乳腺癌的危險，其中所述的方法包括a.在一個來自于所述的宿主的樣本中，對一種有效劑量的兩個或者多個三陰性乳腺 癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行測量，其中所述的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)選擇由下述標記物所組成的組中著色性干皮病D組蛋白(XPF)， 膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶l(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科尼貧血互補組 D2 (FANCD2),細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基因1 (BRCAl)， 核苷酸切除修復(fù)交叉互補組I(ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)，ρ53，Κ 67,并且b.將所述的兩個或者多個有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有 的水平與一個參考值進行比較。
20.根據(jù)權(quán)利要求19中所述的方法，其中所述的參考值是一種指數(shù)值。
21.一種具有預(yù)先確定的可預(yù)測性水平的方法，用以評價一個宿主中的三陰性乳腺癌 的惡化，其中所述的方法包括a.在第一個時間段內(nèi)，在來自于所述的宿主的第一個樣本中，對一種有效劑量的兩 個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行探測，其中所述的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)選擇由下述標記物所組成的組中著色性干皮 病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白 酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科 尼貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基 因1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)，p53, Κ 67 ；b.在第二個時間段內(nèi)，在來自于所述的宿主的第二個樣本中，對一種有效劑量的兩 個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行探測；C.將在步驟(a)中探測到的所述的兩個或者多個有效劑量的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)所具有的水平與在步驟(b)中探測到的所述的劑量進行比較，或者與 一個參考值進行比較。
22.根據(jù)權(quán)利要求19中所述的方法，其中所述的第一個樣本是在所述的宿主接受針對 所述的三陰性乳腺癌的治療之前或者在治療的過程之中來獲取的。
23.根據(jù)權(quán)利要求19中所述的方法，其中所述的第二個樣本是在所述的宿主接受過針 對所述的三陰性乳腺癌的治療之后來獲取的。
24.一種具有預(yù)先確定的可預(yù)測性水平的方法，用以監(jiān)測一種針對三陰性乳腺癌所進 行的治療的有效性a.在第一個時間段內(nèi)，在來自于所述的宿主的第一個樣本中，對一種有效劑量的兩 個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行探測，其中所述的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)選擇由下述標記物所組成的組中著色性干皮 病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白 酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科 尼貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基 因1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)，p53, Κ 67 ；b.在第二個時間段內(nèi)，在來自于所述的宿主的第二個樣本中，對一種有效劑量的兩 個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行探測；C.將在步驟(a)中探測到的所述的兩個或者多個有效劑量的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)所具有的水平與在步驟(b)中探測到的所述的劑量進行比較，或者與一個參考值進行比較，其中所述的治療的有效性是通過來自于所述宿主中的所述的兩個 或者多個有效劑量的三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平所發(fā)生的變化 來監(jiān)測的。
25.根據(jù)權(quán)利要求24中所述的方法，其中所述的宿主先前已經(jīng)接受過針對所述的三陰 性乳腺癌的治療。
26.根據(jù)權(quán)利要求24中所述的方法，其中所述的第一個樣本是在所述的宿主接受針對 所述的三陰性乳腺癌的治療之前來獲取的。
27.根據(jù)權(quán)利要求24中所述的方法，其中所述的第二個樣本是在所述的宿主接受過針 對所述的三陰性乳腺癌的治療之后來獲取的。
28.—種具有預(yù)先確定的可預(yù)測性水平的方法，用以為宿主進行治療方案的篩選，其 中所述的宿主被診斷為患有一種三陰性乳腺癌，所述的方法包括a.在第一個時間段內(nèi)，在來自于所述的宿主的第一個樣本中，對一種有效劑量的兩 個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行探測，其中所述的 三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)選擇由下述標記物所組成的組中著色性干皮 病D組蛋白(XPF)，膦-有絲分裂原活化的蛋白激酶活化的蛋白激酶2(pMK2)，蛋白 酶活化受體(PAR)，聚腺苷二磷酸核糖聚合酶I(PARPl)，錯配修復(fù)蛋白(MLH)，范科 尼貧血互補組D2(FANCD2)，細胞周期關(guān)卡基因蛋白(ATM)，RAD51,乳腺癌易感基 因1 (BRCAl)，核苷酸切除修復(fù)交叉互補組1 (ERCCl)，醌氧化還原酶1 (NQOl)，p53, Κ 67 ；b.任選的，在第二個時間段內(nèi)，在來自于所述的宿主的第二個樣本中，對一種有效 劑量的兩個或者多個三陰性乳腺癌標記物(TNBCMARKER)所具有的水平進行探測；C.將在步驟(a)中探測到的所述的兩個或者多個有效劑量的三陰性乳腺癌標記物 (TNBCMARKER)所具有的水平與一種參考值進行比較，或者任選的，與在步驟(b)中 探測到的所述的劑量進行比較。
29.根據(jù)權(quán)利要求28中所述的方法，其中所述的宿主先前已經(jīng)接受過針對所述的三陰 性乳腺癌的治療。
30.根據(jù)權(quán)利要求28中所述的方法，其中所述的第一個樣本是在所述的宿主接受針對 所述腫瘤的治療之前來獲取的。
31.根據(jù)權(quán)利要求28中所述的方法，其中所述的第二個樣本是在所述的宿主接受過針 對所述的三陰性乳腺癌的治療之后來獲取的。
全文摘要
本發(fā)明提供了一種使用生物標記物對三陰性乳腺癌的復(fù)發(fā)進行探測的方法。
文檔編號G01N33/574GK102016589SQ200980116701
公開日2011年4月13日 申請日期2009年3月16日 優(yōu)先權(quán)日2008年3月14日
發(fā)明者D·T·韋烏爾, K·M·斯波特, 王曉哲 申請人:迪納公司