裸鼴鼠mhc基因snp位點(diǎn)及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于生物技術(shù)檢測(cè)領(lǐng)域，具體設(shè)及裸廳鼠 MHC基因 SNP位點(diǎn)，W及將該些SNP 位點(diǎn)可用于裸廳鼠種群遺傳多樣性檢測(cè)。
【背景技術(shù)】
[0002] 裸廳鼠不僅壽命是曬齒類中最長(zhǎng)的，還具備抗自發(fā)及實(shí)驗(yàn)性腫瘤的特性。另外，大 量的報(bào)道表明裸廳鼠具有哺乳動(dòng)物罕見(jiàn)的諸多特點(diǎn)：其皮膚缺乏P物質(zhì)，無(wú)痛覺(jué);可在低氧 條件下長(zhǎng)期生存，具備較強(qiáng)的耐低氧能力；W蜜蜂式群居，群落中有一個(gè)雌性王鼠專口從事 繁殖工作；繁殖力旺盛，雌王鼠即使進(jìn)入老年期仍能保持旺盛的生殖能力。因此，作為一種 新型實(shí)驗(yàn)動(dòng)物，近年來(lái)裸廳鼠得到國(guó)際上的廣泛重視，但是對(duì)于其遺傳學(xué)的研究目前報(bào)道 較少。遺傳背景清晰是裸廳鼠實(shí)驗(yàn)動(dòng)物化的重要前提，因此，裸廳鼠的遺傳學(xué)研究迫在眉 睫，尤其是分子遺傳學(xué)研究。
[0003] 單核巧酸多態(tài)性（SNP)，即基因組水平上的單個(gè)核巧酸變異引起的DNA序列多態(tài) 性。目前，SNP占所有已知多態(tài)性的90% W上，且在不同群體中的分布頻率也有一定差異，該 差異可W代表某一群體或亞群的遺傳差異。SNP是于限制性內(nèi)切酶技術(shù)、微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)之 后的第Ξ代分子遺傳學(xué)檢測(cè)技術(shù)。目前SNP檢測(cè)方法有PCR-RFLP，PCR-SSCP，AS-PCR，測(cè)序W 及基因忍片等。但至今為止，對(duì)于裸廳鼠的分子遺傳學(xué)研究，僅見(jiàn)限制性內(nèi)切酶技術(shù)W及微 衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)的報(bào)道，尚未見(jiàn)SNP標(biāo)記的相關(guān)研究報(bào)道。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 為了解決上述檢測(cè)技術(shù)的不足，本發(fā)明篩選并建立了裸廳鼠血1C基因序列的SNP位 點(diǎn)，W及該些SNP位點(diǎn)在檢測(cè)裸廳鼠 Μ肥基因型中的應(yīng)用。
[0005] 本發(fā)明的目的通過(guò)W下技術(shù)方案來(lái)實(shí)現(xiàn)：
[0006] 本發(fā)明的第一目的在于提供裸廳鼠 MHC基因 SNP位點(diǎn)，位于裸廳鼠基因組序列NW_ 004624754.1上：
[0007] 多態(tài)性位點(diǎn)G23900093A基因型為G/A，位點(diǎn)位置為第23900093個(gè)堿基，序列位置： NW_004624754.1:23899921-23900100;核巧酸序列如沈Q ID No. 1-2所示；
[000引多態(tài)性位點(diǎn)A23727234G基因型為A/G，位點(diǎn)位置為第23727234個(gè)堿基，序列位置： NW_004624754.1:23727192-23727560;核巧酸序列如沈Q ID No.3-4所示；
[0009] 多態(tài)性位點(diǎn)G23764780A基因型為G/A，位點(diǎn)位置為第23764780個(gè)堿基，序列位置： NW_004624754.1:23764601-23764870;核巧酸序列如沈Q ID No.5-6所示；
[0010]多態(tài)性位點(diǎn)A24081146G基因型為A/G，位點(diǎn)位置為第24081146個(gè)堿基，序列位置： NW_004624754.1:24081291-24080842;核巧酸序列如沈Q ID No.7-8所示；
[0011] 多態(tài)性位點(diǎn)C24080600T基因型為C/T，位點(diǎn)位置為第24080600個(gè)堿基，序列位置： NW_004624754.1:24080751-24080392;核巧酸序列如沈Q ID No.9-10所示。
[0012] 本發(fā)明的第二目的在于提供針對(duì)上述各SNP位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的引物對(duì)，具體如表1所示：
[001；3]多態(tài)性位點(diǎn)6239000934的引物，核巧酸序列如沈9 10齡.11-12所示。
[0014] 多態(tài)性位點(diǎn)4237272346的引物，核巧酸序列如569 10齡.13-14所示。 [001引多態(tài)性位點(diǎn)62376478(^的引物，核巧酸序列如沈9 10齡.15-16所示。
[0016] 多態(tài)性位點(diǎn)4240811466的引物，核巧酸序列如沈9 10齡.17-18所示。
[0017] 多態(tài)性位點(diǎn)〔240806001'的引物，核巧酸序列如沈9 10齡.19-20所示。
[001引表1.
[0019]
[0020] 本發(fā)明的再一目的在于提供上述SNP位點(diǎn)和引物對(duì)在檢測(cè)裸廳鼠 MHC基因型中的 應(yīng)用。
[0021] 本發(fā)明的另一目的在于提供一種檢測(cè)裸廳鼠 MHC基因型的方法，包括：使用上述 SNP位點(diǎn)和引物對(duì)待測(cè)裸廳鼠進(jìn)行檢測(cè)時(shí)，確定所述待測(cè)裸廳鼠 MHC基因型。
[0022] 所述檢測(cè)裸廳鼠 MHC基因型的方法，包括W下步驟：
[0023] 提取待測(cè)裸廳鼠的基因組DNA;
[0024] 使用權(quán)利要求2所述的引物對(duì)，將所述待測(cè)裸廳鼠的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，獲得 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；
[0025] 對(duì)所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，獲得測(cè)序結(jié)果；
[0026] 基于所述測(cè)序結(jié)果，確定所述待測(cè)裸廳鼠的所述SNP位點(diǎn)的基因型。
[0027] 主要組織相容性復(fù)合體（（111日扣；1"11131:〇(3〇1119日1:化;[1;[17(30111916《，]\1肥)是具有序列 保守W及高多態(tài)性的基因家族。其多態(tài)性與免疫排斥、免疫發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)，有助于擴(kuò)大 種群對(duì)抗原膚的提呈范圍，有利于維持種群的生存和延續(xù)。裸廳鼠 MHC基因序列上的SNP標(biāo) 記位點(diǎn)的信息篩選及建立，可作為鑒定裸廳鼠基因型的方法，應(yīng)用于裸廳鼠種群遺傳多樣 性的檢測(cè)和免疫學(xué)的研究。
[0028] 使用SNP位點(diǎn)引物針對(duì)基因組DNA水平進(jìn)行檢測(cè)，剪取群落中裸廳鼠的尾尖部提取 基因組DNA，W基因組DNA為模板，使用相對(duì)應(yīng)SNP位點(diǎn)的引物W及保真taq酶進(jìn)行PCR，目的 片段測(cè)序，測(cè)序結(jié)果與基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的目的片段序列進(jìn)行比對(duì)，得出目的基因的基因型。
[0029] 本發(fā)明首次建立裸廳鼠的SNP標(biāo)記位點(diǎn)，可用于裸廳鼠群落的遺傳多態(tài)性檢測(cè)，為 裸廳鼠的SNP多態(tài)性檢測(cè)奠定堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
【附圖說(shuō)明】
[0030] 圖1為SNP位點(diǎn)G23900093A測(cè)序比對(duì)結(jié)果；
[0031] 圖2為SNP位點(diǎn)A23727234G測(cè)序比對(duì)結(jié)果；
[0032] 圖3為SNP位點(diǎn)G23764780A測(cè)序比對(duì)結(jié)果；
[0033] 圖4為SNP位點(diǎn)A24081146G測(cè)序比對(duì)結(jié)果；
[0034] 圖5為SNP位點(diǎn)C24080600T測(cè)序比對(duì)結(jié)果；
[0035] 上述圖1-圖5,方框?yàn)楸葘?duì)結(jié)果的突變位點(diǎn)；劃下標(biāo)線處為正反引物所在位置;A、 B、C、D分別為裸廳鼠個(gè)體。
【具體實(shí)施方式】
[0036] 下面結(jié)合具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解，運(yùn)些實(shí)施例僅用于說(shuō)明本發(fā)明 而不用于限制本發(fā)明的范圍。
[0037] 下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，通常按照常規(guī)條件中所述的條件，或 按照制造廠商所建議的條件。除非另外說(shuō)明，否則百分比和份數(shù)按重量計(jì)算。除非另行定 義，文中所使用的所有專業(yè)與科學(xué)用語(yǔ)與本領(lǐng)域熟練人員所熟悉的意義相同。此外，任何與 所記載內(nèi)容相似或均等的方法及材料皆可應(yīng)用于本發(fā)明中。文中