一種與雞蛋蛋重相關(guān)的snp分子標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于基因檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與雞蛋蛋重相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及 其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 在家禽生產(chǎn)中，蛋重是一個(gè)重要的經(jīng)濟(jì)性狀，選擇符合市場(chǎng)需要的蛋重是家禽育 種的主要目標(biāo)和研究目的。由于不同國(guó)家和地區(qū)的消費(fèi)者對(duì)蛋重的偏好不同，蛋重的大小 會(huì)直接影響雞蛋在市場(chǎng)上的銷售和價(jià)格，所以蛋重具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。對(duì)于育種，種蛋的 蛋重也會(huì)影響雛雞的質(zhì)量，包括雛雞初生體重、適應(yīng)性和生產(chǎn)性能。
[0003] 對(duì)同一只母雞，周齡因素對(duì)蛋重影響顯著，在整個(gè)產(chǎn)蛋期，蛋重隨母雞周齡增加而 變大。產(chǎn)蛋后期蛋重過大會(huì)影響雞蛋包裝和銷售。因此，探討影響不同周齡母雞所產(chǎn)雞蛋 蛋重的遺傳結(jié)構(gòu)具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和生物學(xué)意義。對(duì)不同母雞，影響蛋重的主要原因是 遺傳因素。目前發(fā)現(xiàn)共計(jì)有分布在17條染色體上的77個(gè)數(shù)量性狀基因座（QTL)與蛋重相 關(guān)。但是大部分報(bào)道的與蛋重相關(guān)的QTL置信區(qū)間比較大，很難通過QTL圖譜鑒定到影響 蛋重的突變?cè)颉?br>[0004] 因此，為了鑒定表型和基因型之間的遺傳聯(lián)系，較準(zhǔn)確地確定待測(cè)雞的基因型以 方便對(duì)不同周齡母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重進(jìn)行早期選擇，節(jié)省生產(chǎn)成本，更好地服務(wù)于家禽育種， 有必要研究開發(fā)新的與雞蛋蛋重相關(guān)的遺傳標(biāo)記。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明的目的是為了準(zhǔn)確地確定待測(cè)雞的基因型以方便對(duì)不同周齡母雞所產(chǎn)雞 蛋的蛋重進(jìn)行早期選擇，節(jié)省生產(chǎn)成本，而提供一種與雞蛋蛋重相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其 應(yīng)用。
[0006] 為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供下述技術(shù)方案。
[0007] 本發(fā)明提供的技術(shù)方案之一是：一種雞的SNP分子標(biāo)記，其對(duì)應(yīng)于NCBI中公布的 雞參考基因組Gallus_gallus-4. 0版本序列信息一號(hào)染色體正義鏈第169, 930, 974位脫氧 核苷酸，所述核苷酸為T或G。
[0008] 所述的雞參考基因組Gallus_gallus-4. 0版本序列信息為NCBI網(wǎng)站上的公開信 息。所述一號(hào)染色體（對(duì)應(yīng)Genbank登錄號(hào)為CM000093. 3)正義鏈第169, 930, 974位單核 苷酸多態(tài)性在NCBI網(wǎng)站上對(duì)應(yīng)的rs號(hào)為rs314058619。
[0009] 所述雞的SNP分子標(biāo)記與母雞所產(chǎn)雞蛋的蛋重相關(guān)，是一個(gè)新的分子標(biāo)記。
[0010] 本發(fā)明提供的技術(shù)方案之二是：前述雞的SNP分子標(biāo)記在家禽遺傳育種中的應(yīng) 用。
[0011] 所述應(yīng)用優(yōu)選為根據(jù)SNP位點(diǎn)的基因型對(duì)不同周齡母雞所產(chǎn)雞蛋的蛋重進(jìn)行早 期選擇。
[0012] 其中，所述早期選擇的判斷依據(jù)為：TT基因型母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重高于TG基因型和 GG基因型個(gè)體，TG基因型母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重高于GG基因型個(gè)體。所述TT基因型母雞是指 一號(hào)染色體正義鏈第169, 930, 974位脫氧核苷酸為Τ的純合子的母雞；GG基因型是指該位 點(diǎn)為堿基G的純合子；TG基因型母雞是指該位點(diǎn)為Τ和G的雜合子。
[0013] 所述不同周齡母雞所產(chǎn)雞蛋是指母雞處于不同周齡時(shí)所產(chǎn)的雞蛋。所述不同周齡 母雞所產(chǎn)雞蛋的蛋重優(yōu)選為初產(chǎn)蛋重、32周齡蛋重、36周齡蛋重、40周齡蛋重、44周齡蛋 重、48周齡蛋重、52周齡蛋重、56周齡蛋重或60周齡蛋重。
[0014] 所述根據(jù)SNP位點(diǎn)的基因型對(duì)不同周齡母雞所產(chǎn)雞蛋的蛋重進(jìn)行早期選擇之應(yīng) 用優(yōu)選包括如下步驟：檢測(cè)雞一號(hào)染色體正義鏈第169, 930, 974位脫氧核苷酸，以"ΤΤ基因 型母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型個(gè)體，TG基因型母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重高于GG 基因型個(gè)體"為判斷依據(jù)進(jìn)行個(gè)體選擇。
[0015] 具體地，其優(yōu)選包括步驟：
[0016] (1)提取待測(cè)雞的基因組DNA ;
[0017] (2)米用基因分型芯片Axiom?Genome-WideChickenGenotypingArray檢測(cè)待 測(cè)雞的基因型；
[0018] (3)按照"TT基因型母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型個(gè)體，TG基因 型母雞所產(chǎn)雞蛋蛋重高于GG基因型個(gè)體"為判斷依據(jù)進(jìn)行個(gè)體選擇。
[0019] 其中，步驟（1)中所述提取待測(cè)雞的基因組DNA的方法可以為本領(lǐng)域常規(guī)，較佳地 為：對(duì)待測(cè)雞進(jìn)行雞翅靜脈采血，用抗凝劑進(jìn)行抗凝處理后經(jīng)裂解、蛋白酶消化處理，然后 采用酚仿法提取基因組DNA，以滅菌雙蒸水溶解后備用。所述雞翅靜脈采血和酚仿法均為本 領(lǐng)域的常規(guī)操作。
[0020] 步驟（2)中所述基因分型芯片Axiom?Genome-WideChickenGenotypingArray 為美國(guó)昂飛公司（Affymetrix，Inc.)產(chǎn)品，其產(chǎn)品貨號(hào)為902148。
[0021] 步驟（2)中所述檢測(cè)待測(cè)雞的基因型是指檢測(cè)雞一號(hào)染色體正義鏈第 169, 930, 974位脫氧核苷酸，其結(jié)果為TT、TG或GG。TT基因型母雞是指一號(hào)染色體正義鏈 第169, 930, 974位脫氧核苷酸為T的純合子的母雞；GG基因型是指該位點(diǎn)為堿基G的純合 子；TG基因型的雞是指該位點(diǎn)為T和G的雜合子。
[0022] 在符合本領(lǐng)域常識(shí)的基礎(chǔ)上，上述各優(yōu)選條件，可任意組合，即得本發(fā)明各較佳實(shí) 例。
[0023] 本發(fā)明所用試劑和原料均市售可得。
[0024] 本發(fā)明的積極進(jìn)步效果在于：
[0025] 本發(fā)明的SNP位點(diǎn)在之前沒有被報(bào)道過，是一新發(fā)現(xiàn)的遺傳分子標(biāo)記。其可以應(yīng) 用于不同周齡母雞所產(chǎn)雞蛋的蛋重的早期選擇及輔助于雞的育種，能夠有助于節(jié)省生產(chǎn)成 本并加快遺傳進(jìn)展，具有很大的經(jīng)濟(jì)應(yīng)用價(jià)值和科研價(jià)值。
【附圖說(shuō)明】
[0026]圖1為實(shí)施例2中不同基因型與蛋重關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果圖，其中，橫坐標(biāo)為周齡，縱 坐標(biāo)表示蛋重。
【具體實(shí)施方式】
[0027] 以下實(shí)施例用于說(shuō)明本發(fā)明，但并不用來(lái)限制本發(fā)明的范圍。除特殊說(shuō)明的之外， 各實(shí)施例中所用的設(shè)備和試劑均常規(guī)市售可得。
[0028] 下述實(shí)施例中的％，如無(wú)特殊說(shuō)明，均為質(zhì)量百分含量。
[0029] 待測(cè)群體來(lái)自于江蘇省家禽科學(xué)研究所，將白來(lái)航純系與東鄉(xiāng)綠殼蛋雞純系進(jìn)行 正反交，產(chǎn)生F2代群體用于后續(xù)表型記錄和全基因組關(guān)聯(lián)分析。
[0030] 實(shí)施例1rs314058619位點(diǎn)SNP與蛋重相關(guān)性的確認(rèn)
[0031] 實(shí)驗(yàn)材料：1534只江蘇省家禽科學(xué)研究所白來(lái)航與東鄉(xiāng)綠殼蛋雞雜交F2代個(gè)體。
[0032] 一、蛋重測(cè)定
[0033] 分別測(cè)定每個(gè)個(gè)體初廣蛋重以及32周齡蛋重、36周齡蛋重、40周齡蛋重、44周齡 蛋重、48周齡蛋重、52周齡蛋重、56周齡蛋重、60周齡蛋重。
[0034] 二、SNP的檢測(cè)
[0035] 1、基因組DNA提取
[0036] 雞翅靜脈采血，ACD抗凝劑（1. 32% (m/v)檸檬酸鈉、0. 48% (m/v)檸檬酸、1. 47% (m/v)葡萄糖）抗凝后經(jīng)裂解、蛋白酶（購(gòu)自生工生物工程（上海）股份有限公司）消化處 理，采用酚仿法提取DNA，滅菌雙蒸水溶解。
[0037] 2、基因分型
[0038] 取各待測(cè)雞的基因組DNA，采用美國(guó)昂飛公司的600KAffymetrixAxiomChicken GenotypingArray(商品目錄號(hào)：902148)檢測(cè)每個(gè)個(gè)體的基因型。
[0039] 三、母雞在每個(gè)周齡所產(chǎn)雞蛋的蛋重單性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
[0040] 米用genome-wideefficientmixed-modelassociation(GEMMA)統(tǒng)計(jì)分析軟 件的混合線性模型進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，具體可參考："Genome-wideefficientmixed-model analysisforassociationstudies'，，XiangZhouetal. ,NatureGenetics,VOLUME 44,NUMBER7,JULY2012，以及"Efficientmultivariatelinearmixedmodel algorithmsforgenome-wideassociationstudies'，，KrinaTZondervanandLonR Cardon,PROTOCOL,VOLUME2,NUMBER10,OCTOBER, 2012〇
[0041] 統(tǒng)計(jì)分析模型為：
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