雞翻毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于家禽基因工程中的分子標(biāo)記制備技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種作為雞標(biāo)記輔助選擇關(guān)聯(lián)分析的與雞翻毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其在關(guān)聯(lián)分析中應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002]近年來，隨著分子遺傳學(xué)和生物技術(shù)的發(fā)展，雞分子生物學(xué)水平上的研究也越來越多。我國是一個(gè)講究美食的國家，對(duì)雞的青睞，源于千百年來養(yǎng)成的飲食習(xí)慣，禽產(chǎn)品的消費(fèi)市場(chǎng)以鮮活為主，注重產(chǎn)品外部性狀，要求產(chǎn)品具有很好的買相，如羽毛顏色、形狀等。這些性狀雖無直接經(jīng)濟(jì)價(jià)值，但由于我國不同地區(qū)長(zhǎng)期形成的消費(fèi)習(xí)慣，就導(dǎo)致了對(duì)某種性狀的偏愛，情愿出較高的價(jià)錢購買，從而就形成了間接的經(jīng)濟(jì)性狀。
[0003]雞主要有平毛、絲毛和翻毛三個(gè)羽毛類型，翻毛雞類似于人的卷發(fā)，不僅外觀美，還具有一定的抗熱性。目前，翻毛雞品種選育和商品化生產(chǎn)面臨著一些技術(shù)難題，主要問題是翻毛性狀的保持。由于翻毛性狀由共顯性基因控制，純合翻毛基因型和雜合半翻型很難通過表型選育，使得翻毛雞群體難以純化。所以，利用常規(guī)育種手段，選擇的周期長(zhǎng)，進(jìn)展緩慢。此外，要想純化翻毛群體，需要通過測(cè)交的方法檢出雜合個(gè)體。當(dāng)對(duì)某一待測(cè)個(gè)體進(jìn)行測(cè)交時(shí)，需觀測(cè)到5個(gè)以上的后代均為翻毛時(shí)，才有95%的把握認(rèn)定待測(cè)個(gè)體基因型為顯性純合。這樣需要進(jìn)行大量的測(cè)交，不僅延長(zhǎng)選育的周期，還造成很高的財(cái)力、人力負(fù)擔(dān)。因此，分離克隆影響雞的翻毛性狀的新基因并尋找重要的分子標(biāo)記用于雞標(biāo)記輔助選擇，對(duì)加速雞新品種的選育，加快我國養(yǎng)雞業(yè)的發(fā)展具有極其重要的意義。分子標(biāo)記(DNAMolecular marker)技術(shù)的發(fā)展完善，為家禽改良提供了新的手段，利用分子標(biāo)記輔助選擇(Marker Assisted Select1n，MAS)對(duì)基因型進(jìn)行輔助選擇，可以充分利用表型、系譜和遺傳標(biāo)記的信息，與只利用表型和系譜信息的常規(guī)選種方法相比，具有更大的信息量，優(yōu)越性非常明顯。因此，標(biāo)記輔助選擇越來越受到重視，并不斷地被應(yīng)用到家禽育種的實(shí)踐中去。目前，在雞的選育中已發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用了一些DNA分子標(biāo)記，如雞魚腥味(FM03)基因、綠殼(SLC01B3)基因和矮小(dw)基因等。
[0004]與其他幾種遺傳標(biāo)記一一形態(tài)學(xué)標(biāo)記、生物化學(xué)標(biāo)記、細(xì)胞學(xué)標(biāo)記相比，DNA分子標(biāo)記具有很多優(yōu)點(diǎn):在雞的基因組中變異豐富、標(biāo)記的數(shù)量幾乎是無限的；不影響雞目標(biāo)性狀的表達(dá)，與不良性狀沒有連鎖關(guān)系、能夠快而簡(jiǎn)便的檢測(cè)標(biāo)記與雞相關(guān)性狀的相關(guān)性。廣泛應(yīng)用于遺傳育種、基因組作圖、基因定位、物種親緣關(guān)系鑒別、基因庫構(gòu)建、基因克隆等方面。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]KRT75相關(guān)基因在毛發(fā)和指甲發(fā)育中發(fā)揮重要作用，但是其功能研究還不是很透徹，本發(fā)明通過尋找該基因中的變異位點(diǎn)，通過與性狀間的關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)基因與性狀間的關(guān)系是研究基因功能的一個(gè)重要手段，也是進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇的基礎(chǔ)，基于此，本發(fā)明提供了作為雞標(biāo)記輔助選擇的與雞翻毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，并將該分子標(biāo)記作為雞的標(biāo)記輔助選擇的應(yīng)用。
[0006]本發(fā)明通過以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn):
雞翻毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID N0:1所示。
[0007]更具體地，在SEQ ID NO:1所示序列的第117位堿基處有一個(gè)A117-G117的堿基替換，該替換引起SNP多態(tài)性。
[0008]其中用于檢測(cè)SEQ ID NO:1所示序列的第117位堿基處有一個(gè)A117-G117的堿基替換的引物對(duì)的DNA序列如下所示:
正向引物:5' -TGATGACCTACGGAACAACC-3'，
反向引物:5' -ATGGCAATGGATGGCTGA -3'。
[0009]前述雞翻毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記按如下方法構(gòu)建: a提取待測(cè)雞的基因組DNA ;
b雞E22C19W28_E50C23KRT基因連鎖群區(qū)域設(shè)計(jì)引物。
[0010]C以基因組DNA為模板，用設(shè)計(jì)引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物，PCR產(chǎn)物直接測(cè)序，對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行比對(duì)，對(duì)突變位點(diǎn)和翻毛性狀進(jìn)行相關(guān)分析驗(yàn)證，從而找到上述引物對(duì)；
d利用上述引物進(jìn)行擴(kuò)增，測(cè)定產(chǎn)物核苷酸序列。
[0011]本發(fā)明的雞翻毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記可用于應(yīng)用于與雞翻毛相關(guān)性狀標(biāo)記輔助選擇的關(guān)聯(lián)分析上。
[0012]本發(fā)明還提供了了一種輔助鑒定翻毛雞中的翻毛基因純合子(AA)、翻毛基因雜合子(AG)和平毛基因純合子(GG)的方法，包括如下步驟:
a提取待測(cè)雞的基因組DNA ;
b以基因組DNA為模板，用所述引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；c根據(jù)PCR產(chǎn)物測(cè)序鑒定PCR擴(kuò)增直接測(cè)序，測(cè)定產(chǎn)物核苷酸序列，從而判斷是待測(cè)雞為候選是翻毛基因純合子，還是翻毛基因雜合子和平毛基因的純合子。
[0013]本發(fā)明保護(hù)所述引物對(duì)在輔助鑒定翻毛雞中的翻毛基因純合子(AA)、翻毛基因雜合子(AG)和平毛基因純合子(GG)中的應(yīng)用。
[0014]所述的引物對(duì)可用于制備輔助鑒定翻毛雞中的翻毛基因純合子、翻毛基因雜合子和平毛基因純合子的試劑盒。
[0015]所述引物對(duì)，所述方法或所述試劑盒均可用于翻毛雞育種。如需對(duì)翻毛雞進(jìn)行選育以提高純度，該標(biāo)記可用以對(duì)翻毛位點(diǎn)的變化進(jìn)行跟蹤，從而在選育后代中保持翻毛性狀。
[0016]本發(fā)明還保護(hù)一種翻毛雞育種方法，是采用翻毛雞中的翻毛基因純合子進(jìn)行
育種。
[0017]本發(fā)明可以彌補(bǔ)常規(guī)育種方法的不足，縮短育種周期，提高育種的準(zhǔn)確性。本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn):(I)建立在翻毛基因精細(xì)定位的基礎(chǔ)之上，在定位區(qū)域內(nèi)找到I個(gè)SNP位點(diǎn)，該標(biāo)記與翻毛性狀顯著關(guān)聯(lián)，根據(jù)標(biāo)記基因型推斷個(gè)體為翻毛的準(zhǔn)確性大于94%; (2)不受性別限制；(3)本發(fā)明在個(gè)體雛雞階段即可推斷出個(gè)體表型及基因型，可以早選擇早淘汰，可縮短育種時(shí)間，加快育種進(jìn)程，節(jié)省飼養(yǎng)成本。
【附圖說明】
[0018]圖1:是本發(fā)明中雞E22C19W28_E50C23區(qū)域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段。所用的引物序列用方框標(biāo)注(括號(hào)內(nèi)為突變的堿基)。
[0019]圖2是本發(fā)明中雞E22C19W28_E50C23區(qū)域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段測(cè)序圖，基因型AA。
[0020]圖3是本發(fā)明中雞E22C19W28_E50C23區(qū)域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段測(cè)序圖，基因型AG。
[0021]圖4是本發(fā)明中雞E22C19W28_E50C23區(qū)域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段測(cè)序圖，基因型GG。
【具體實(shí)施方式】
[0022]
下面結(jié)合附圖和具體實(shí)施例對(duì)本發(fā)明作進(jìn)一步說明，這些實(shí)施例僅用于舉例說明本發(fā)明，而不對(duì)本發(fā)明的范圍構(gòu)成任何限制。
[0023]實(shí)施例1、雞E22C19W28_E50C23區(qū)域雞的KRT基因連鎖群A117G突變位點(diǎn)的特異性引物設(shè)計(jì)
修水黃羽烏雞是我國著名的翻毛雞品種，因翻毛基因?yàn)轱@性基因，所以群體中仍存在部分?jǐn)y帶隱性基因的雜合子。翻毛基因純合子之間