與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記、獲得方法及用圖
【技術領域】
[0001] 本發(fā)明涉及與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，及與苧麻纖維強度緊密連鎖的 分子標記的獲得方法和與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記用于苧麻品種選育及苧麻纖 維強度提高中的用途。
【背景技術】
[0002] 關聯(lián)分析是基于自然變異群體、利用連鎖不平衡規(guī)律來研究遺傳變異與目標性狀 相關關系的研究方法（Mackay et al.，2007)。與傳統(tǒng)的QTL相比，關聯(lián)分析不需要構建作 圖群體、廣度大、精度高、能檢測到同一位點多個等位基因 （Meuwissen et al.，2000 ;Khush et al.，2001)。2001年，Thornsberry等（2001)首次成功地將關聯(lián)分析應用于植物，發(fā)現(xiàn) dwarfS基因不但與赤霉素新陳代謝有關，而且可以影響玉米株高。這個結果說明基于LD的 關聯(lián)分析可以用來進行基因功能的驗證，也可以進行基因挖掘，用于研究植物的數(shù)量遺傳 性狀有一定的可行性。
[0003] 纖維細度和強度是衡量苧麻纖維質量好壞的重要指標，纖維越細、強度越大，紡織 出來的成品耐磨和抗壓性越好。如何培育出細度大、強度高，可適合生產生活使用的苧麻新 品種是目前苧麻育種迫切需要解決的問題。改良新品種的方法之一就是從分子水平上改變 苧麻老品種的遺傳結構，使之產生對生產有利的遺傳變異。但是目前，有關于苧麻纖維強度 發(fā)育相關基因的研究仍然很少。

【發(fā)明內容】

[0004] 本發(fā)明的一個目的是解決至少上述問題和/或缺陷，并提供至少后面將說明的優(yōu) 點。
[0005] 本發(fā)明還有一個目的是提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記SSR標記 RAM0200〇
[0006] 本發(fā)明再有一個目的是提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記SSR標記 RAMO186〇
[0007] 本發(fā)明再有一個目的是提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記SSR標記 c07〇
[0008] 本發(fā)明再有一個目的是提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記SSR標記 RAM0571〇
[0009] 本發(fā)明再有一個目的是提供與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記的獲得方法。
[0010] 本發(fā)明又一目的是提供與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記及所述分子標記用 于苧麻品種選育及苧麻纖維強度提高中的用途。
[0011] 為此，本發(fā)明提供的技術方案為：
[0012] 一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記RAM0200。
[0013] -種與芒麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記RAM0186。
[0014] -種與芒麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記RAM0571。
[0015] -種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記c07。
[0016] -種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記的獲得方法，包括如下步驟：
[0017] 步驟一、利用93對SSR標記引物，對多份苧麻種質進行檢測以得到該多份苧麻種 質的93個SSR標記的基因型；
[0018] 步驟二、利用Tassel軟件的連鎖不平衡分析程序，分析步驟一中得到的該多份苧 麻種質的SSR標記的基因型，計算出連鎖不平衡配對檢測的K矩陣圖；
[0019] 步驟三、利用Structure軟件和該多份芒麻種質的93個SSR標記的基因型對所述 多份苧麻種質進行群體結構分析生成Q值矩陣；
[0020] 步驟四、利用Tassel軟件的MLM程序，以步驟二中得到的K矩陣圖和步驟三中得 到的Q值矩陣作為協(xié)方差，在顯著性水平P < 〇. 05下，將分子標記數(shù)據(jù)和所述多份苧麻種 質纖維強度的數(shù)量性狀數(shù)據(jù)進行Q值矩陣、K矩陣圖和MLM程序混合線性模型的邏輯回歸 率檢驗，輸出各SSR位點的顯著性水平P及其對表型變異的解釋率R 2數(shù)據(jù)；
[0021] 步驟五、首先利用GenALEx軟件分析該多份芒麻種質的93個SSR標記的基因型輸 出PCA矩陣，再利用Tassel軟件的MLM程序，以該PCA矩陣和步驟二中得到的K矩陣圖作 為協(xié)方差，在顯著性水平P < 〇. 05下，將分子標記數(shù)據(jù)和所述多份苧麻種質的纖維強度的 數(shù)量性狀數(shù)據(jù)進行PCA矩陣、K矩陣圖和MLM程序混合線性模型的邏輯回歸率檢驗，也輸出 各SSR位點的顯著性水平P及其對表型變異的解釋率R 2數(shù)據(jù)；以及，
[0022] 步驟六、選取步驟四和步驟五中顯著性水平P < 0. 05和表型變異解釋率0. 09 < R2 < 0. 27的SSR位點，以得到與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記。
[0023] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記的獲得方法中，所述步 驟三中，利用Structure軟件進行群體結構分析時，設定亞群數(shù)目k = 2或k = 6,使用 Clummpp軟件合并亞群數(shù)目k = 2或k = 6時的各自3個運行的結果生成兩個Q值矩陣；
[0024] 所述步驟四中，利用Tassel軟件的MLM程序分別采用該兩個Q值矩陣作為協(xié)方差 進行兩次PCA矩陣、K矩陣圖和MLM程序混合線性模型的邏輯回歸率檢驗，輸出兩組各SSR 位點的顯著性水平P及其對表型變異的解釋率R2數(shù)據(jù)。
[0025] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記的獲得方法中，所述步驟 一中，所述93對SSR標記引物的核苷酸序列依次分別為SEQ ID NO :1~186所示；
[0026] 所述多份苧麻種質為104份苧麻種質。
[0027] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記的獲得方法中，所述步驟 五中，所述多份苧麻種質的纖維強度的數(shù)量性狀數(shù)據(jù)為各個苧麻品種的單纖維支數(shù)數(shù)據(jù)。
[0028] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記的獲得方法中，所述步驟 二中，計算連鎖不平衡配對檢測的K矩陣圖前，首先過濾掉該多份苧麻種質的SSR標記的基 因型中基因頻率小于5%的基因型。
[0029] 與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記及所述分子標記用于苧麻品種選育及苧麻 纖維強度提高中的用途，所述分子標記為SSR標記RAM0200、RAM0186、RAM0571、和/或c07。
[0030] 本發(fā)明至少包括以下有益效果：
[0031] 本發(fā)明利用93對多態(tài)性SSR引物對104份苧麻核心種質進行全基因組多態(tài)性位 點掃描，在其纖維強度得到精確測量的基礎上，對苧麻的群體結構進行分析，同時利用關聯(lián) 分析的方法，獲得了與纖維強度顯著關聯(lián)的位點，為今后篩選優(yōu)良種質、基因定位和克隆以 及分子標記輔助育種打下基礎。本發(fā)明的與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記對于現(xiàn)階段 我國苧麻的育種和生產具有重要意義。同時，本發(fā)明也為分子標記育種提供了有益的借鑒。 本發(fā)明的其它優(yōu)點、目標和特征將部分通過下面的說明體現(xiàn)，部分還將通過對本發(fā)明的研 究和實踐而為本領域的技術人員所理解。
【附圖說明】
[0032] 圖1為本發(fā)明93對SSR引物的變性聚丙烯酰氨凝膠垂直電泳條帶圖的部分結果。
[0033] 圖2本發(fā)明中全基因組連鎖不平衡直觀圖的部分結果。
[0034] 圖3為本發(fā)明群體結構分析中對數(shù)似然值隨亞群個數(shù)的變化的結果圖。
[0035] 圖4為本發(fā)明群體結構分析中ΔΚ值隨亞群個數(shù)變化的結果圖。
【具體實施方式】
[0036] 下面結合附圖對本發(fā)明做進一步的詳細說明，以令本領域技術人員參照說明書文 字能夠據(jù)以實施。
[0037] 本發(fā)明利用2012年104份核心種質三季麻混合樣的纖維強度數(shù)據(jù)，結合采用93 對SSR引物對核心種質分析所得的親緣關系和群體結構的分析結果，將纖維強度相關性狀 數(shù)據(jù)與分子多態(tài)性標記進行關聯(lián)分析，尋找與纖維強度發(fā)育相關基因產生緊密連鎖的分子 標記，用來為苧麻分子標記輔助選擇、設計育種、相關基因分離等后續(xù)研究以及實現(xiàn)苧麻纖 維強度遺傳改良提供依據(jù)。
[0038] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記 b64〇
[0039] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記 RAM0200〇
[0040] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記 RAMO186〇
[0041] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記 RAM0571〇
[0042] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維強度緊密連鎖的分子標記，所述分子標記為SSR標記 c07〇