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用于皮膚型人乳頭瘤病毒分型檢測的核酸序列及其應(yīng)用的制作方法

文檔序號(hào):12645263閱讀:302來源:國知局
用于皮膚型人乳頭瘤病毒分型檢測的核酸序列及其應(yīng)用的制作方法與工藝
本發(fā)明屬于微生物病原檢測領(lǐng)域,尤其涉及用于皮膚型人乳頭瘤病毒分型檢測的核酸序列及其應(yīng)用。
背景技術(shù)
:人乳頭瘤病毒(Humanpapillomavirus,HPV)是一種屬于乳多空病毒科的乳頭瘤空泡病毒A屬,是球形DNA病毒,能引起人體皮膚黏膜的鱗狀上皮增殖。表現(xiàn)為尋常疣、生殖器疣(尖銳濕疣)等癥狀。隨著性病中尖銳濕疣的發(fā)病率急速上升和宮頸癌、肛門癌等的增多,人乳頭瘤病毒(HPV)感染,越來越引起人們的關(guān)注。HPV廣泛的存在于自然環(huán)境之中,與人類的健康息息相關(guān),人們開始探索越來越多的HPV相關(guān)疾病。目前已分離出200多種HPV,不同的型別能夠引起不同的臨床表現(xiàn),不同的HPV型別所導(dǎo)致的疾病不同,疾病的預(yù)后也不同,甚至同一疾病的臨床表現(xiàn),也因感染型別不同而略有區(qū)別,檢測出患者感染的具體型別,對于疾病的篩選和診斷、疾病的治療和預(yù)后有著極大的幫助。HPV與多種皮膚黏膜疾病相關(guān),其中包括良性和惡性的增生病變??梢饠?shù)種皮膚型疾病,例如良性皮膚疣,日光性角化病(AKs)和非黑素瘤皮膚癌(NMSCs)。在健康人的皮膚上也常常檢出皮膚HPV型別,皮膚型HPV感染中最常見的疾病即為皮膚疣類疾病,可分為尋常疣、跖疣和扁平疣這三大類,不同的HPV型別感染可導(dǎo)致不同的皮膚疣疾病的發(fā)生。尋常疣多由HPV1、2、4型感染引起,HPV2型別可能是引起人群手、足尋常疣的最常見型別;扁平疣則多由HPV3、10、28引起;不同的HPV型別引起的皮膚疣臨床表現(xiàn)都略有不同,例如角化程度的不同;HPV的感染具有顯著的地域差異,通過對本地區(qū)患者HPV感染型別的檢測,結(jié)合對治療效果的分析,從而對推動(dòng)皮膚疣個(gè)體化治療方案的實(shí)施提供分子流行病學(xué)依據(jù)。但是目前絕大部分的HPV檢測方法是針對黏膜型HPV,缺乏一種成熟的可應(yīng)用于臨床的皮膚型HPV檢測方法和核酸序列。綜上所述,為了滿足臨床中對HPV的分型檢測需要,亟需研究一種實(shí)用、準(zhǔn)確、特異和靈敏的檢測方法。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:針對上述問題,本發(fā)明提供用于皮膚型人乳頭瘤病毒分型檢測的核酸序列及其應(yīng)用,該核苷酸序列可以快速的、精確的檢測出皮膚型HPV的型別,能夠滿足臨床上對皮膚型HPV分型檢測的需要。為了實(shí)現(xiàn)上述目的,本發(fā)明提供的用于分型檢測皮膚型人乳頭瘤病毒的核酸序列具體為可用于分型檢測30種皮膚型別的人乳頭瘤病毒的30對引物核酸序列。設(shè)計(jì)并篩選引物核酸序列:首先對各皮膚型別HPV的L1區(qū)段進(jìn)行對比,選取差異較大的部分進(jìn)行設(shè)計(jì)引物核酸序列,每一型別設(shè)計(jì)3-10對候選引物;然后分別以本團(tuán)隊(duì)人工合成的標(biāo)準(zhǔn)病毒核酸(Genbank序列號(hào),見表1),以及大量HPV感染的臨床生物樣本為模板,使用上述多對候選引物進(jìn)行大量反復(fù)的多聚酶鏈反應(yīng),對得到的產(chǎn)物進(jìn)行測序,驗(yàn)證擴(kuò)增的特異性與靈敏性;最終得到特異性與靈敏性俱佳的30對引物,引物的核苷酸序列如SEQIDNo:1至SEQIDNo:60。所述的30對引物的核苷酸序列及其對應(yīng)檢測的HPV型別,見表2。表1標(biāo)準(zhǔn)病毒核酸序列的Genbank序列號(hào)。表230種檢測皮膚HPV型別的引物核苷酸序列?;虻腎D號(hào)用于檢測HPV性別引物核甘酸序列SEQIDNo:1HPV1正向引物GCTGTACTCCTGCTTCAGSEQIDNo:2反向引物TGCATGTTGCTTGAACAACSEQIDNo:3HPV2正向引物CTGCCAGTTTACAGGATACCSEQIDNo:4反向引物AGACACGGTAGGCATAGCSEQIDNo:5HPV3正向引物TGGGTTGTACCCCACCTATGSEQIDNo:6反向引物GCAGGTGGTCTGGCAAATSEQIDNo:7HPV4正向引物CCTGCAATAGGTGAACATTGSEQIDNo:8反向引物GGCCATTTACAAACTGTGGSEQIDNo:9HPV5正向引物GATCCAAATGTTTATTGTAGGATGSEQIDNo:10反向引物ATTGACGATGTCTAAACTGACSEQIDNo:11HPV7正向引物GAGTGTTTAGAGTACGCTTGSEQIDNo:12反向引物CAGACGAGTTTTCCACATCTSEQIDNo:13HPV8正向引物TGTTTTAGCACAAATCAATGCSEQIDNo:14反向引物CATTCCAGAAGTTAAACTTTGCSEQIDNo:15HPV9正向引物ACCGTTTGCTAACAGTGGSEQIDNo:16反向引物GCCTATTTCAATACCTCTACAGSEQIDNo:17HPV10正向引物CATATTAAAGAGCAACGGTGGSEQIDNo:18反向引物TCAGAAGGAACACACAAGCSEQIDNo:19HPV12正向引物CTCAAATAACTATGCCACAGGSEQIDNo:20反向引物GTCACCATCTTCAATGAAAGTGSEQIDNo:21HPV14正向引物AGGTATAGAAATAGGCAGAGGSEQIDNo:22反向引物TTCTACACATGGCAAGGCSEQIDNo:23HPV27正向引物CCAATAGGTCTGATGTTCCTTSEQIDNo:24反向引物GGTCCGAGATAGTGGTACTSEQIDNo:25HPV28正向引物CACAACAGGGAGATTGCCSEQIDNo:26反向引物AACATGCTGTCGCCATACSEQIDNo:27HPV29正向引物ACAGAGTCTCAACCGTTGSEQIDNo:28反向引物CGTGTCTTCCAAGCTAGTGSEQIDNo:29HPV41正向引物TACTTTCCTCCATGCTGCSEQIDNo:30反向引物AACCTCAATCCCACGAATSEQIDNo:31HPV48正向引物GAGACTCTGTCTTCTTTTTTGGSEQIDNo:32反向引物CGTCTAAGCCAATAAGGCCSEQIDNo:33HPV49正向引物CCTGCAGCAAGTCAACAGSEQIDNo:34反向引物GCCATCCGTACTTACACTASEQIDNo:35HPV50正向引物GGATGCTGATATATTAGCTCATCTSEQIDNo:36反向引物TTTCTGTAAGGTTGACATTCCSEQIDNo:37HPV57正向引物CCGGATGAGCTATATGTCAAGSEQIDNo:38反向引物ACAAAGAGACATTTGTGCTGSEQIDNo:39HPV63正向引物TTCCTACCCAACCGATCASEQIDNo:40反向引物TTATCTCCAAAGGCAAATCGSEQIDNo:41HPV65正向引物CCATTGGATGTAGTTGCTACSEQIDNo:42反向引物ATCCTGACCTTCTTGAGCSEQIDNo:43HPV75正向引物CCTTAAAATGGCCAATGACASEQIDNo:44反向引物CGTGGGAACATAAATAGAGTTGSEQIDNo:45HPV76正向引物TCCTTACTGTAGGCCACCSEQIDNo:46反向引物ACCTCTACAGGCCCAAACSEQIDNo:47HPV77正向引物TACTACCCCAGGAGACTGSEQIDNo:48反向引物AAACAGTTGTTCCCGACGSEQIDNo:49HPV94正向引物GACTTCACTGCATTACAGTTSEQIDNo:50反向引物CCAACGTTTTGGTCACCASEQIDNo:51HPV95正向引物TTCTTCTTTGGCCGAAGGSEQIDNo:52反向引物CGGTTAAAAAGCTGAGATTCACSEQIDNo:53HPV115正向引物ACATACAAAGGACTGACATCTSEQIDNo:54反向引物GTAGTATCTACCAATGCAAACCSEQIDNo:55HPV117正向引物CTAGTTCTGTTGGGGACGSEQIDNo:56反向引物CCACCACAGTCACAAACASEQIDNo:57HPV125正向引物CCTGATTATTTGGGCATGGSEQIDNo:58反向引物GTGTAGGACAATATACAGCACSEQIDNo:59HPV160正向引物TAGGCCTCAGTGGTCATCSEQIDNo:60反向引物CAATCACCTGACGTGGAT所述的30對引物可用于制備快速檢測皮膚型HPV型別的診斷產(chǎn)品,例如試劑盒等。為了實(shí)現(xiàn)上述目的,本發(fā)明還提供一種用于檢測皮膚型HPV型別的試劑盒,具體包括以下組分:所述30對引物中的一對引物,SYBRGreenI,dNTPs,pfuDNA聚合酶,10×pfuBuffer。本發(fā)明的有益效果。本發(fā)明提供的一系列用于皮膚型人乳頭瘤病毒(HPV)分型檢測的核酸序列靈敏度高,特異性強(qiáng),能夠滿足臨床上對皮膚型HPV分型檢測的需要。由于皮膚型HPV大部分為Beta屬,小部分屬Alpha屬、Gamma屬、Mu屬或Nu屬,屬間的HPVL1區(qū)段同源性均在60%以上,甚至部分需分型檢測的HPV型別同源性高達(dá)89%,使得皮膚型HPV間的分型檢測困難較大,根據(jù)現(xiàn)有技術(shù)對本發(fā)明的30種HPV型別篩選到特異性和靈敏性均合適的引物核酸序列較為困難,而本發(fā)明通過大量的實(shí)驗(yàn)檢測,篩選出了靈敏性和特異性俱佳的引物,實(shí)現(xiàn)了臨床上對皮膚型HPV分型檢測;為了尋找到適宜的核酸引物序列,投入了兩年多的研究精力和近百萬的研究經(jīng)費(fèi),設(shè)計(jì)并篩選引物核酸序列,對其進(jìn)行測序,驗(yàn)證擴(kuò)增的特異性與敏感性,結(jié)果表明這一系列引物核酸序列的檢測結(jié)果準(zhǔn)確性與靈敏性均高。本發(fā)明構(gòu)建了30組用于皮膚型HPV型別分型檢測的核酸序列,檢測的型別涵蓋了臨床所需,可填補(bǔ)應(yīng)用于臨床的皮膚型HPV分型檢測方法這一領(lǐng)域的空白。附圖說明圖1引物篩選曲線。圖2引物靈敏性與特異性檢測反應(yīng)曲線。圖3PCR產(chǎn)物電泳條帶;其中,條帶1:樣本1;條帶2:樣本2;條帶3:樣本3;條帶4:樣本4;條帶5:樣本5;條帶6:樣本6;條帶7:樣本7;條帶8:樣本8;條帶9:樣本9。具體實(shí)施方式下面結(jié)合具體實(shí)施例對本發(fā)明作進(jìn)一步的說明。以下實(shí)施例將有助于對本發(fā)明的了解,但這些實(shí)施例僅為了對本發(fā)明加以說明,本發(fā)明并不限于這些內(nèi)容。在實(shí)施例中未作特殊說明的操作方法均為本
技術(shù)領(lǐng)域
常規(guī)操作方法。實(shí)施例1。設(shè)計(jì)并篩選引物核酸序列:首先對各皮膚型別HPV的L1區(qū)段進(jìn)行對比,選取差異較大的部分進(jìn)行設(shè)計(jì)引物核酸序列,每一型別設(shè)計(jì)多對候選引物;然后分別以本團(tuán)隊(duì)人工合成的標(biāo)準(zhǔn)病毒核酸以及大量HPV感染的臨床生物樣本為模板,使用上述多對候選引物進(jìn)行大量反復(fù)的多聚酶鏈反應(yīng),對得到的產(chǎn)物進(jìn)行測序,驗(yàn)證擴(kuò)增的特異性與靈敏性;最終得到特異性與靈敏性俱佳的30對引物,引物的核苷酸序列如SEQIDNo:1至SEQIDNo:60。具體的篩選方法包括以下步驟。(1)隨機(jī)挑選一組候選引物對,在離心管中進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng),反應(yīng)體系為25μl,反應(yīng)體系具體為正向引物和反向引物各0.2μM,SYBRGreenI,dNTP0.8μM,pfuDNA聚合酶2.5U,10×pfuBuffer5μl,1ng/μl質(zhì)粒DNA;同時(shí)設(shè)置一組陰性對照,將上述反應(yīng)體系中質(zhì)粒DNA用ddH2O代替,其余成分相同;將離心管放入ABIStepOnerealtimePCR儀中反應(yīng),設(shè)置溫度為94℃,預(yù)變性5min,進(jìn)入如下循環(huán)94℃50s,49℃50s,72℃1min,40cycles,72℃5min;從所獲得擴(kuò)增曲線或者瓊脂糖凝膠電泳圖片觀察是否有符合的產(chǎn)物存在,可以明確樣本中HPV類型,進(jìn)而采用該方法初步篩選出核苷酸序列如SEQIDNo:1至SEQIDNo:60的引物。(2)檢測篩選出的30種HPV型別引物對的靈敏性及相互間特異性:將一種HPV型別的引物核酸序列,分別與該型別不同濃度的質(zhì)粒DNA以及其余HPV型別的質(zhì)粒DNA進(jìn)行反應(yīng);觀察反應(yīng)速率以及是否有交叉反應(yīng),每一種HPV型別的引物驗(yàn)證需8個(gè)反應(yīng)體系,反應(yīng)體系與步驟1中的反應(yīng)體系相同,其中3個(gè)反應(yīng)體系中加入該型別不同濃度的質(zhì)粒DNA1μL,濃度分別為1ng/μl、質(zhì)粒DNA稀釋10倍以及質(zhì)粒DNA稀釋220倍,4個(gè)反應(yīng)體系中加入其余HPV型別的質(zhì)粒DNA1ng/μl,1個(gè)反應(yīng)體系中加入ddH2O代替質(zhì)粒DNA作為陰性對照組;在熒光PCR儀中進(jìn)行反應(yīng),觀察擴(kuò)增情況,篩選出可被該型別不同濃度質(zhì)粒DNA擴(kuò)增,又無交叉反應(yīng)的最佳引物,即特異性、靈敏性具佳的引物,在保證30種HPV型別的相互間無交叉反應(yīng)的基礎(chǔ)上,同時(shí)保證引物核酸序列具有較高的擴(kuò)增效率。實(shí)施例2。使用檢測HPV1型別的候選引物核酸序列檢測的方法。(1)隨機(jī)挑選一組HPV1型別候選引物對,在離心管中進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng),反應(yīng)體系為25μl,反應(yīng)體系具體為正向引物和反向引物各0.2μM,SYBRGreenI,dNTP0.8μM,pfuDNA聚合酶2.5U,10×pfuBuffer5μl,1ng/μl質(zhì)粒DNA;同時(shí)設(shè)置一組陰性對照,將上述反應(yīng)體系中質(zhì)粒DNA用ddH2O代替,其余成分相同;將離心管放入熒光PCR中反應(yīng),設(shè)置溫度為94℃,預(yù)變性5min,然后進(jìn)入如下循環(huán)94℃50s,49℃50s,72℃1min,40cycles,72℃5min;再挑取3組候選引物重復(fù)擴(kuò)增反應(yīng),從所獲得擴(kuò)增曲線,引物篩選曲線如圖1,其中線1:HPV1型別第一組引物擴(kuò)增曲線。線2:HPV1型別第二組引物擴(kuò)增曲線。線3:HPV1型別第三組引物擴(kuò)增曲線。線4:HPV1型別第四組引物擴(kuò)增曲線。線5:無質(zhì)粒DNA的陰性對照組;可以明確樣本中HPV1類型,進(jìn)而篩選出核苷酸序列如SEQIDNo:1和SEQIDNo:2的引物。(2)檢測篩選出的HPV1型別引物的靈敏性及相互間特異性:將一種HPV型別的引物核酸序列分別與該型別不同濃度的質(zhì)粒DNA以及其余HPV型別的質(zhì)粒DNA進(jìn)行反應(yīng);觀察反應(yīng)速率以及是否有交叉反應(yīng),每一種HPV型別的引物驗(yàn)證需8個(gè)反應(yīng)體系,反應(yīng)體系與步驟1中的反應(yīng)體系相同,其中3個(gè)反應(yīng)體系中加入該型別不同濃度的質(zhì)粒DNA,濃度分別為1ng/μl、質(zhì)粒DNA稀釋10倍以及質(zhì)粒DNA稀釋220倍,4個(gè)反應(yīng)體系中分別加入其余HPV型別的質(zhì)粒DNA為1ng/μl,1個(gè)反應(yīng)體系中加入ddH2O代替質(zhì)粒DNA作為陰性對照組,在熒光PCR儀中進(jìn)行反應(yīng),觀察擴(kuò)增情況,篩選出可被該型別不同濃度質(zhì)粒DNA擴(kuò)增,又無交叉反應(yīng)的最佳引物,即特異性、靈敏性具佳的引物,在保證30種HPV型別的相互間無交叉反應(yīng)的基礎(chǔ)上,同時(shí)保證引物核酸序列具有較高的擴(kuò)增效率。引物靈敏性與特異性檢測反應(yīng)曲線,見圖2;其中線1:HPV1質(zhì)粒濃度為1ng/μl時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線2:HPV1質(zhì)粒DNA濃度稀釋2倍時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線3;HPV1質(zhì)粒濃度稀釋220倍時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線4:加入HPV2、HPV3、HPV4、HPV5、HPV7、HPV8、HPV9質(zhì)粒DNA時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線5:加入HPV10、HPV12、HPV14、HPV27、HPV28、HPV29、HPV41質(zhì)粒DNA時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線6:加入HPV48、HPV49、HPV50、HPV57、HPV63、HPV65、HPV75質(zhì)粒DNA時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線7:加入HPV76、HPV77、HPV94、HPV95、HPV115、HPV117、HPV125、HPV160質(zhì)粒DNA時(shí),HPV1核酸引物序列的擴(kuò)增曲線;線8:無質(zhì)粒DNA的陰性對照組。一、對臨床樣本進(jìn)行HPV型別檢測。使用篩選出的引物核酸序列檢測皮膚疣臨床樣本型別。樣本來自中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院皮膚科門診皮膚疣病人,收集30例皮膚疣臨床樣本,使用質(zhì)粒小量DNA提取試劑盒提取樣本DNA,反應(yīng)體系中加入約1ng臨床樣本DNA,反應(yīng)體系同實(shí)施例1中的步驟1;使用通用皮膚型HPV引物核酸序列對樣本進(jìn)行測序檢測,如圖3,其中條帶1:樣本1擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶2:樣本2擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶3:樣本3擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶4:樣本4擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶5:樣本5擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶6:樣本6擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶7:樣本7擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶8:樣本8擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶;條帶9:樣本9擴(kuò)增產(chǎn)物電泳帶。兩種檢測方法測出樣本的HPV型別,對比結(jié)果,可看出本發(fā)明核酸序列的檢測正確率為100%,且靈敏性更高,檢測結(jié)果見表3。表3兩種檢測方法結(jié)果對比。檢測結(jié)果顯示,本發(fā)明的核酸序列檢測結(jié)果比通用引物檢測結(jié)果準(zhǔn)確。序列表<110>中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院,中國科學(xué)院過程工程研究所,中科芯瑞(蘇州)生物科技有限公司<120>用于皮膚型人乳頭瘤病毒分型檢測的核酸序列及其應(yīng)用<160>60<210>1<211>18<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV1正向引物<400>1gctgtactcctgcttcag18<210>2<211>19<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV1反向引物<400>2tgcatgttgcttgaacaac19<210>3<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV2正向引物<400>3ctgccagtttacaggatacc20<210>4<211>18<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV2反向引物<400>4agacacggtaggcatagc18<210>5<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV3正向引物<400>5tgggttgtaccccacctatg20<210>6<211>18<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV3反向引物<400>6gcaggtggtctggcaaat18<210>7<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV4正向引物<400>7cctgcaataggtgaacattg20<210>8<211>19<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV4反向引物<400>8ggccatttacaaactgtgg19<210>9<211>24<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV5正向引物<400>9gatccaaatgtttattgtaggatg24<210>10<211>21<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV5反向引物<400>10attgacgatgtctaaactgac21<210>11<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV7正向引物<400>11gagtgtttagagtacgcttg20<210>12<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV7反向引物<400>12cagacgagttttccacatct20<210>13<211>21<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV8正向引物<400>13tgttttagcacaaatcaatgc21<210>14<211>22<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV8反向引物<400>14cattccagaagttaaactttgc22<210>15<211>18<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV9正向引物<400>15accgtttgctaacagtgg18<210>16<211>22<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV9反向引物<400>16gcctatttcaatacctctacag22<210>17<211>21<212>DNA<213>人工序列<220><221>HPV10正向引物<400>17catattaaagagcaacg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