專利名稱：：診斷缺血的方法診斷缺血的方法相關(guān)申請(qǐng)的交叉參考本申請(qǐng)要求2007年5月1日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)第60/915,366號(hào)的優(yōu)先權(quán)，其內(nèi)容通過引用納入本文。對(duì)于聯(lián)邦資助下研發(fā)所得發(fā)明的權(quán)利的聲明本發(fā)明在國(guó)立衛(wèi)生研究院(NationalInstitutesofHealth)以及國(guó)立神經(jīng)疾病和中風(fēng)研究院(NationalInstituteofNeurologicalDisorders和中風(fēng))(NINDS)授予的政府資助號(hào)NS043252、NS028167、NS042774、NS044283和NS056302的支持下進(jìn)行。政府享有本發(fā)明的某些權(quán)利。
背景技術(shù)：
：缺血事件如中風(fēng)是美洲的第三大死因。不同的中風(fēng)亞型具有其自身的具體控制措施，準(zhǔn)確診斷對(duì)于各種中風(fēng)患者的及時(shí)治療至關(guān)重要。目前，用于診斷急性缺血性中風(fēng)與出血性中風(fēng)的最佳方法依賴于成像技術(shù)。然而，迄今為止沒有用于確定缺血性中風(fēng)病因的這種最佳方法。目前，缺血性中風(fēng)的病因主要取決于臨床醫(yī)生根據(jù)間接臨床信息的判斷。急性缺血性中風(fēng)的主要病因包括動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和心臟栓塞性中風(fēng)。動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)需要進(jìn)行手術(shù)或使用阿司匹林和血小板抑制劑；心臟栓塞性中風(fēng)需要用抗凝劑，如芐丙酮香豆素鈉(coumadin)治療。為了確定中風(fēng)的病因，對(duì)患者進(jìn)行磁共振成像或頸動(dòng)脈多普勒成像，以確定頸動(dòng)脈中是否出現(xiàn)動(dòng)脈粥樣硬化，測(cè)定患者的超聲心動(dòng)圖以確定他們的心臟中是否有血凝塊。超聲心動(dòng)圖的特異性很高，但靈敏度很低。即使擁有最好的信息，也無法確定中風(fēng)的實(shí)際原因就是說，目前無法直接檢測(cè)病因。而且，所有發(fā)生瞬時(shí)缺血性發(fā)作且患有中風(fēng)的對(duì)象中約30-50%病因不明。因此，本領(lǐng)域需要準(zhǔn)確診斷缺血事件(包括例如，中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)的方法。本發(fā)明滿足了這些和其他需要。發(fā)明概述本發(fā)明提供通過檢測(cè)在缺血中差異表達(dá)的基因的表達(dá)水平，診斷缺血(例如栓塞性和血栓形成性中風(fēng)以及瞬時(shí)缺血性發(fā)作)的方法。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式提供診斷缺血或發(fā)生缺血的傾向的方法。該方法包括測(cè)定來自哺乳動(dòng)物對(duì)象的生物樣品中多種缺血相關(guān)基因的表達(dá)水平，其中所述水平與這些基因的正常對(duì)照水平有差異(即提高或降低)則表明所述對(duì)象患有缺血或處于發(fā)生缺血的風(fēng)險(xiǎn)中，其中所述多種缺血相關(guān)基因選自表1、2、3、4、5、6或7所列的基因。例如，在一些實(shí)施方式中，測(cè)定選自表l的多種，即兩種或多種基因，艮卩LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1(也稱為NAIP〃/LOC728519)、TSHZ3、DF(也稱為CFD)、FBN2、IER3、NUMB、LAK(也稱為ALPK1)、CD8B1、RRAS2、C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185和C7orf41中兩種或多種基因的表達(dá)水平。在-些實(shí)施方式中，測(cè)定表1所列基因中5種或多種、IO種或多種、15種或多種、20種或多種、或者23種基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平的差異(即提高或降低)分別是高或低至少約1.3倍、1.4倍或1.5倍。在一些實(shí)施方式中，測(cè)定選自表l、9和IO中鑒定的LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB、LAK、CD8B1和RRAS2的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14種基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表達(dá)提高至少約1.3倍，以及與正常對(duì)照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表達(dá)降低至少約1.3倍，則表明該對(duì)象已經(jīng)歷心臟栓塞性中風(fēng)或處于心臟栓塞性中風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)中。在一些實(shí)施方式中，測(cè)定選自表1、8和10中鑒定的C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的2、3、4、5、6、7、8、9或10種基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平6相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表達(dá)降低至少約i.3倍表明該對(duì)象已經(jīng)歷動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)，或者處于動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)中。在一些實(shí)施方式中，缺血選自栓塞性中風(fēng)、血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作。在一些實(shí)施方式中，樣品是血液。在一些實(shí)施方式中，通過檢測(cè)缺血相關(guān)基因探針與所述生物樣品的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來確定表達(dá)水平。在一些實(shí)施方式中，在核酸陣列上進(jìn)行所述雜交步驟。本發(fā)明另一實(shí)施方式提供缺血參比表達(dá)概況，其包括表l、2、3、4、5、6或7所列多種基因的基因表達(dá)模式。在一些實(shí)施方式中，所述缺血參比表達(dá)概況包括表l所列多種基因的基因表達(dá)模式。在一些實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表達(dá)提高至少約1.3倍，以及與正常對(duì)照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表達(dá)降低至少約1.3倍是心臟栓塞性中風(fēng)的參比表達(dá)概況。在一些實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表達(dá)降低至少約1.3倍表明是動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)的參比表達(dá)概況。本發(fā)明另一實(shí)施方式提供篩選治療或預(yù)防缺血的化合物的方法。該方法包括a)使候選化合物與表達(dá)表1、2、3、4、5、6或7中所列一種或多種基因的細(xì)胞相接觸；和b)選擇調(diào)節(jié)表l、2、3、4、5、6或7中所列一種或多種基因的表達(dá)水平的化合物。在一些實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平相比，降低選自LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的至少一種基因的表達(dá)，或者相對(duì)于對(duì)照水平提高選自CD8B1和RRAS2的至少一種基因的表達(dá)的化合物被鑒定為可用于治療或預(yù)防缺血，包括例如，心臟栓塞性中風(fēng)的化合物。在一些實(shí)施方式中，提高選自C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的至少一種基因的表達(dá)的化合物被鑒定為可用于治療或預(yù)防缺血，包括例如，動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)的化合物。本發(fā)明另一實(shí)施方式提供包含與表1、2、3、4、5、6或7所列的多種核7酸序列特異性結(jié)合(即特異性雜交)的多種多核苷酸的陣列。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供包含與表1所列的多種核酸序列特異性結(jié)合(即特異性雜交)的多種多核苷酸的陣列。本發(fā)明另一實(shí)施方式提供包含與表1、2、3、4、5、6或7所列的多種核酸序列特異性結(jié)合的多種多核苷酸(例如引物)的反應(yīng)混合物。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供包含與表1所列的多種核酸序列特異性結(jié)合的多種多核苷酸(例如引物)的反應(yīng)混合物。在一些實(shí)施方式中，反應(yīng)混合物是PCR混合物，例如，多重PCR混合物。以下詳述進(jìn)一步描述了本發(fā)明的這些和其它實(shí)施方式。表格簡(jiǎn)要說明表1列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的23種基因的列表。表2列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的77種基因的列表。表3列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的95種基因的列表。表4列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的133種基因的列表。表5列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的259種基因的列表。表6列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的466種基因的列表。表7列出在缺血(如，心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中差異表達(dá)的706種基因的列表。表8列出實(shí)施例1所述相對(duì)于正常對(duì)照對(duì)象在動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)中差異表達(dá)的所選基因的相對(duì)表達(dá)水平。表9列出實(shí)施例1所述相對(duì)于正常對(duì)照對(duì)象在心臟栓塞性中風(fēng)對(duì)象中差異表達(dá)的所選基因的相對(duì)表達(dá)水平。表10列出表1所列基因在心臟栓塞性中風(fēng)對(duì)象中相對(duì)于正常對(duì)照對(duì)象；動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)對(duì)象中相對(duì)于正常對(duì)照和心臟栓塞性中風(fēng)對(duì)象中相對(duì)于動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)對(duì)象的相對(duì)表達(dá)水平。附圖簡(jiǎn)要說明圖1說明在心臟栓塞性和動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)患者之間差異調(diào)節(jié)的至少改變1.5倍的基因表達(dá)熱圖。圖2是按照23種基因的表達(dá)模式用PAM對(duì)病因不明的中風(fēng)樣品進(jìn)行病因預(yù)測(cè)。圖3是心臟栓塞性中風(fēng)-特異性基因與動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)-特異性基因的功能比較。為簡(jiǎn)明起見，省略了明顯重復(fù)的功能類型。圖4a說明動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)-特異性基因在健康血細(xì)胞亞型中的表達(dá)活性。圖4b說明心臟栓塞性中風(fēng)-特異性基因在健康血細(xì)胞亞型中的表達(dá)活性。圖5是通過聚類分析對(duì)病因不明的中風(fēng)樣品進(jìn)行病因預(yù)測(cè)。圖6是在PAM中用23種基因?qū)σ阎呐K栓塞性中風(fēng)樣品進(jìn)行的10-倍交叉驗(yàn)證結(jié)果。圖7是在PAM中用23種基因?qū)σ阎獎(jiǎng)用}粥樣硬化性中風(fēng)樣品進(jìn)行的10-倍交叉驗(yàn)證結(jié)果。發(fā)明詳述I.引言本發(fā)明提供診斷缺血(如，中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作("TIA"))的方法。本發(fā)明基于對(duì)患有缺血(如，中風(fēng)和TIA)的對(duì)象的不同基因表達(dá)模式的鑒定。檢測(cè)表1、2、3、4、5、6或7中所列多種基因的表達(dá)模式能夠明確診斷對(duì)象發(fā)生或有發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)的缺血類型。因此，本發(fā)明提供確定缺血(中風(fēng)和TIA)病因的第一種直接方法?？衫帽疚乃龅幕虮磉_(dá)模式方便地診斷、監(jiān)測(cè)和預(yù)測(cè)缺血(如，中風(fēng)和TIA)。例如，可檢測(cè)該基因表達(dá)模式，以便對(duì)對(duì)象發(fā)生或有發(fā)生傾向的缺血事件的類型進(jìn)行明確分類。在一些實(shí)施方式中，也可將該基因表達(dá)模式用作缺血參比概況。在其它實(shí)施方式中，可利用該基因表達(dá)模式鑒定用于治療或預(yù)防缺血的化合物。II.定義除非另有說明，本文所用的所有科技術(shù)語具有本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常所理解的含義。通常，本文所用的命名和下述細(xì)胞培養(yǎng)、分子遺傳學(xué)、有機(jī)化學(xué)和核酸化學(xué)以及雜交中的實(shí)驗(yàn)室步驟均為本領(lǐng)域熟知和常用的。使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行核酸和肽合成。通常，按照生產(chǎn)商說明書進(jìn)行酶反應(yīng)和純化步驟。通常，按照本領(lǐng)域和各種通用參考文獻(xiàn)所述的常規(guī)方法進(jìn)行這些技術(shù)和步驟(通常參見，Sambrook等，《分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》(MOLECULARCLONING:ALABORATORYMANUAL),第3版(20(H)冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社(ColdSpringHarborLaboratoryPress),紐約冷泉港(ColdSpringHarbor,N.Y.)以及Ausubel等，《新編分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)指南》(CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY),1990-2008，韋利科學(xué)出版社(WileyInterscience))，將它們引入本文全文中。本文所用的命名以及下述分析化學(xué)和有機(jī)合成中的實(shí)驗(yàn)室步驟均為本領(lǐng)域熟知且常用的。也可使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)或其變型進(jìn)行化學(xué)合成或化學(xué)分析。本文所用的"缺血"或"缺血事件"指特征是某區(qū)域血管受阻而造成局部區(qū)域血供(即循環(huán))不足的疾病和失調(diào)。缺血包括例如，中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作。中風(fēng)包括例如，缺血性中風(fēng)(包括但不限于心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣栓塞性或動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)，即頸動(dòng)脈、主動(dòng)脈、心臟和腦中動(dòng)脈粥樣硬化引起的中風(fēng)，小血管中風(fēng)(即腔隙性中風(fēng))，血管壁疾病即血管炎引起的中風(fēng)，感染引起的中風(fēng)，血液病引起的中風(fēng)，偏頭痛引起的中風(fēng)和藥物如激素治療引起的中風(fēng))、出血性缺血性中風(fēng)、腦出血和蛛網(wǎng)膜下腔出血。"缺血參比表達(dá)概況"指相對(duì)于正常對(duì)照，缺血中差異性表達(dá)(即過表達(dá)或低表達(dá))的一組基因(如表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因)的表達(dá)模式。表達(dá)水平比正常對(duì)照水平高至少約1.3、1.4、1.5、1.6.、1.7、1.8、1.9、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍的表1、2、3、4、5、6或7中的基因是缺血中過表達(dá)的基因，表達(dá)水平比正常對(duì)照水平低至少約1.3、1.4、1.5、1.6.、1.7、1.8、1.9、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍的表1、2、3、4、5、6或7中的基因是缺血中低表達(dá)的基因?；蛘?，表達(dá)水平比正常對(duì)照水平高至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的基因是缺血中過表達(dá)的10基因，表達(dá)水平比正常對(duì)照水平低至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的基因是缺血中低表達(dá)的基因。"多種"指兩種或多種，例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或更多種(如基因)。在一些實(shí)施方式中，多種指50、96、100、150、192、200、250、384或500種基因。在一些實(shí)施方式中，"多種"指一個(gè)或多個(gè)表格所列的所有基因，例如，表l、表2、表3、表4、表5、表6和/或表7中所列的所有基因。"樣品"或"生物樣品"包括組織切片，例如活檢或尸檢樣品，以及為組織學(xué)目的獲取的冰凍切片。這類樣品包括血液，痰，組織，裂解細(xì)胞，腦活檢樣品，培養(yǎng)細(xì)胞例如原代培養(yǎng)物、外植體和轉(zhuǎn)化細(xì)胞，糞便，尿液等。生物樣品通常獲自真核生物體，最優(yōu)選哺乳動(dòng)物，例如靈長(zhǎng)動(dòng)物，如黑猩猩或人；牛；犬；貓；嚙齒動(dòng)物如豚鼠、大鼠、小鼠；兔；或鳥類；爬行動(dòng)物；或魚類。本文所用的"陣列"指包含連接的核酸或肽探針的固相支持物。陣列通常包含偶聯(lián)于基材表面不同已知位置的多種不同的核酸或肽探針。這些陣列也稱為"微陣列"或俗語"芯片"，本領(lǐng)域通常有記載，例如美國(guó)專利號(hào)5,143,854、5,445,934、5,744,305、5,677,195、6,040,193、5,424,186和Fodor等，Sc/匿e,251:767-777(1991)。通?？衫脵C(jī)械合成法或光導(dǎo)向的合成法生產(chǎn)這些陣列，光導(dǎo)向的合成法利用光刻法和固相合成法的組合。利用機(jī)械合成法合成這些陣列的技術(shù)參見例如美國(guó)專利號(hào)5,384,261。陣列可包括平坦平面，或者可以是珠、凝膠、聚合表面、纖維如光纖、玻璃或如美國(guó)專利號(hào)5,770,358、5,789,162、5,708,153、6，040，193和5,800,992所述的任何其它合適基材上的核酸或肽?？梢詫㈥嚵邪b成能夠進(jìn)行診斷或進(jìn)行所有包含裝置的其它操作的形式，參見例如，美國(guó)專利號(hào)5,856,174和5,922,591。術(shù)語"基因"指參與產(chǎn)生多肽鏈的DNA區(qū)段；其包括編碼區(qū)之前和之后的區(qū)域(前導(dǎo)物和尾隨物)，以及單個(gè)編碼區(qū)(外顯子)之間的插入序列(內(nèi)含子)。在本文中術(shù)語"核酸"和"多核苷酸"可互換使用，它們指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸和它們的聚合物。該術(shù)語包括含有已知核苷酸類似物或修飾的主鏈殘基或連接的核酸，它們是合成、天然產(chǎn)生的和非天然產(chǎn)生的，它們與參比核酸的結(jié)合特性類似，它們與參比核苷酸的代謝方式類似。這類類似物的例子包括但不限于硫代磷酸酯、氨基磷酸酯(phosphoramidates)、膦酸甲酯、手性-膦酸甲酯、2-0-甲基核糖核苷酸、肽-核酸(PNA)。除非另有說明，具體核酸序列也包括其保守修飾變體(如，簡(jiǎn)并密碼子取代)和互補(bǔ)序列，以及明確指出的序列。具體說，可通過產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)選擇的(或所有)密碼子的第三個(gè)位置被混合堿基和/或脫氧肌苷殘基取代的序列獲得簡(jiǎn)并密碼子取代(Batzer等，NucleicAcidRes.19:5081(1991);Ohtsuka等，J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985);Rossolini等，Mol.Cell.Probes8:91-98(1994))。術(shù)語核酸與基因、cDNA、mRNA、寡核苷酸和多核苷酸可互換使用。術(shù)語"嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件"指通常在核酸的復(fù)雜混合物中，探針與其目標(biāo)子序列雜交，但不與其他序列雜交的條件。嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件是序列依賴性的，在不同情況下不同。較長(zhǎng)的序列在較高溫度下特異性雜交。有關(guān)核酸雜交的廣泛指南參見Tijssen，《生物化學(xué)和分子生物學(xué)技術(shù)_與樣麼薪#/>夯^)〉(rec/m^ww/"A/o/ecw/ar//j^〃'cfea"o"w/r/zA^c/e,c/Vo6es)，"核酸觀!l定的雜交原理和方案概覽"(Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidassays)(1993)。通常，選擇的嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件比特定序列在確定離子強(qiáng)度、pH下的解鏈點(diǎn)低約5-10°C。Tm是50%靶點(diǎn)互補(bǔ)探針與靶序列雜交平衡時(shí)的溫度(在確定的離子強(qiáng)度、pH和核酸濃度下)(靶序列過量，在Tm時(shí)50%探針被平衡地占據(jù))。嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件是鹽濃度小于約1.0M鈉離子，-一般約0.01至1.0M鈉離子濃度(或其它鹽)，pH7.0至8.3，對(duì)短探針(例如，10-50個(gè)核苷酸)而言溫度至少約為30°C、對(duì)長(zhǎng)探針(例如大于50個(gè)核苷酸)而言至少約60°C的條件。也可加入去穩(wěn)定劑，如甲酰胺獲得嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件。在選擇性或特異性雜交中，陽性信號(hào)至少是背景雜交信號(hào)的兩倍，任選10倍。示范性的嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件可以如下所述50%甲酰胺、5xSSC和l。/。SDS，42°C培育，或者5xSSC、1%SDS、65。C培育，用0.2xSSC和0.1%SDS在65T洗滌。如果編碼的多肽基本相同，那么在嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件下不相互雜交的核酸仍然基本相同。例如，用遺傳密碼所允許的最大密碼子簡(jiǎn)并性產(chǎn)生核酸拷貝時(shí)可能發(fā)生這種情況。在這種情況下，核酸一般在中等嚴(yán)謹(jǐn)?shù)碾s交條件下雜交。示范性"中等嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件"包括37'C，在40%甲酰胺、1MNaCl、1%SDS的緩沖液中雜交，45°C，IXSSC洗滌。陽性雜交至少是背景的兩倍。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員不難認(rèn)識(shí)到，可利用其他雜交和洗滌條件提供類似嚴(yán)謹(jǐn)性的條件。術(shù)語"分離的"、"純化的"或"生物純的"指實(shí)質(zhì)上或基本上不含其天然狀態(tài)通常伴隨的組分的物質(zhì)。一般用分析化學(xué)技術(shù)如聚丙烯酰胺凝膠電泳或高效液相色譜測(cè)定純度和均一性。作為制劑中存在的主要物質(zhì)的蛋白質(zhì)是基本純的。術(shù)語"純化的"指核酸或蛋白質(zhì)在電泳凝膠中基本上產(chǎn)生一條條帶。具體地，這意味著核酸或蛋白質(zhì)至少85%純、更優(yōu)選至少95%純，最優(yōu)選至少99%純。用于核酸部分時(shí)，術(shù)語"異源"指該核酸包含在天然情況下不存在于同一關(guān)系中的兩個(gè)或多個(gè)子序列。例如，核酸一般是重組產(chǎn)生的，具有兩個(gè)或多個(gè)來自無關(guān)基因的序列，它們經(jīng)排列組成新的功能性核酸，例如啟動(dòng)子來自一個(gè)來源而編碼區(qū)來自另一來源。相似地，異源蛋白表示該蛋白包含天然情況下不存在于同一關(guān)系中的兩個(gè)或多個(gè)子序列(如融合蛋白)。"表達(dá)載體"是重組或合成產(chǎn)生的核酸構(gòu)建物，其具有一系列專門化的核酸元件以便在宿主細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄特定核酸。表達(dá)載體可以是質(zhì)粒、病毒或核酸片段的一部分。表達(dá)載體-般包含與啟動(dòng)子操作性連接的待轉(zhuǎn)錄核酸。術(shù)語"多肽"、"肽"和"蛋白質(zhì)"在本文中可互換使用，指氨基酸殘基的聚合物。該術(shù)語可應(yīng)用于一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基是相應(yīng)天然產(chǎn)生氨基酸的人工化學(xué)模擬物的氨基酸聚合物，以及天然產(chǎn)生的氨基酸聚合物和非天然產(chǎn)生的氨基酸聚合物。術(shù)語"氨基酸"指天然產(chǎn)生的和合成的氨基酸，以及以類似于天然產(chǎn)生的氨基酸的方式起作用的氨基酸類似物和氨基酸模擬物。天然產(chǎn)生的氨基酸是遺傳密碼編碼的氨基酸，以及隨后修飾的氨基酸，如羥基脯氨酸、a-羧基谷氨酸和O-磷酸絲氨酸。"氨基酸類似物"指與天然產(chǎn)生的氨基酸具有相同基本化學(xué)結(jié)構(gòu)的化合物，即a碳結(jié)合于氫、羧基、氨基和R基，如高絲氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亞砜、甲硫氨酸甲基锍。這種類似物具有修飾的R基(如正亮氨酸)或修飾的肽主鏈，但與天然產(chǎn)生的氨基酸的基本化學(xué)結(jié)構(gòu)保持相同。"氨基酸模擬物"指結(jié)構(gòu)不同于氨基酸的一般化學(xué)結(jié)構(gòu)，但作用方式類似于天然產(chǎn)生的氨基酸的化學(xué)化合物。在本文中，氨基酸可用IUPAC-IUB生物化學(xué)命名委員會(huì)推薦的通用三字13母代號(hào)或單字母代號(hào)表示。同樣，核苷酸可用其普遍接受的單字母代碼表示。"保守修飾變體"可應(yīng)用于氨基酸和核酸序列。對(duì)于特定的核酸序列，保守修飾變體指編碼相同或基本相同的氨基酸序列的核酸，或者當(dāng)核酸不編碼氨基酸序列時(shí)，指基本相同的序列。由于遺傳密碼的簡(jiǎn)并性，大量功能相同的核酸編碼任何給定的蛋白質(zhì)。例如，密碼子GCA、GCC、GCG和GCU都編碼丙氨酸。因此，在密碼子確定為丙氨酸的每個(gè)位置上，可將密碼子改變?yōu)樗龅娜魏蜗鄳?yīng)密碼子而不改變編碼的多肽。這類核酸變異是"沉默變異"，是保守修飾變異的一種。本文所述的編碼多肽的每種核酸序列也描述該核酸的每種可能的沉默變異。本領(lǐng)域技術(shù)人員認(rèn)識(shí)到，可修飾核酸中的各個(gè)密碼子(除了AUG禾口TGG，AUG通常是甲硫氨酸的唯一密碼子，TGG通常是色氨酸的唯一密碼子)，以產(chǎn)生功能相同的分子。因此，在所述的各序列中暗示了編碼多肽的核酸的各沉默變異。至于氨基酸序列，本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，對(duì)核酸、肽、多肽或蛋白質(zhì)序列進(jìn)行單個(gè)取代、缺失或加入以在編碼序列中改變、加入或刪除一個(gè)氨基酸或少量氨基酸是"保守修飾變體"，其中改變導(dǎo)致氨基酸被化學(xué)上相似的氨基酸所取代。提供功能相似的氨基酸的保守取代表是本領(lǐng)域熟知的。這類保守修飾的變體包括并不排除本發(fā)明的多態(tài)性變體、種間類似物和等位基因。以下八組各自含有可互相保守取代的氨基酸1)丙氨酸(A)，甘氨酸(G);2)天冬氨酸(D)，谷氨酸(E);3)天冬酰胺(N)，谷胺酰胺(Q);4)精氨酸I，賴氨酸(K);5)異亮氨酸(1)，亮氨酸(L)，甲硫氨酸(M)，纈氨酸(V);6)苯丙氨酸(F)，酪氨酸(Y)，色氨酸(W);7)絲氨酸(S)，蘇氨酸(T);和8)半胱氨酸(C)，甲硫氨酸(M)(參見例如，Creighton，/VWezVw(1984))。在兩種或多種核酸或多肽序列中，術(shù)語"相同"或"相同性"百分?jǐn)?shù)指在比較窗口或指定區(qū)域上，采用以下序列比較算法之一或通過手工比對(duì)和視覺觀察來比較和比對(duì)最大對(duì)應(yīng)性時(shí)，兩個(gè)或多個(gè)序列或子序列相同或具有一定百分?jǐn)?shù)相同的氨基酸殘基或核苷酸(即，在缺血相關(guān)基因(如表l、2、3、4、5、6或7所列基因)的某特定區(qū)域上60%相同，優(yōu)選65%、70%、75%、80%、85%、90%或95%相同)。然后，可稱這些序列"基本相同"。該定義也指測(cè)試序列的互補(bǔ)序列。優(yōu)選在長(zhǎng)度至少約25個(gè)氨基酸或核苷酸的區(qū)域上存在相同性，或者更優(yōu)選在長(zhǎng)度50-100個(gè)氨基酸或核苷酸的區(qū)域上存在相同性。在序列比較中，一般將一種序列用作與測(cè)試序列相比的參比序列。使用序列比較算法時(shí)，測(cè)試和參比序列均輸入計(jì)算機(jī)，如果必要指定子序列坐標(biāo)，指定序列算法程序參數(shù)。可使用默認(rèn)的程序參數(shù)，或者可指定另選的參數(shù)。然后，該序列比較算法根據(jù)程序參數(shù)計(jì)算出測(cè)試序列相對(duì)于參比序列的序列相同性百分?jǐn)?shù)。為了將核酸和蛋白質(zhì)與缺血相關(guān)核酸和蛋白質(zhì)進(jìn)行序列比較，使用BLAST和BLAST2.0算法和下面討論的默認(rèn)參數(shù)。本文所用的"比較窗"包括參考選自20-600，通常約50-200，更常見約100-150數(shù)量的毗連位置的區(qū)段，對(duì)兩個(gè)序列進(jìn)行最優(yōu)比對(duì)后，可將該區(qū)段的序列與相同數(shù)量的毗連位置的參比序列作比較。比對(duì)序列進(jìn)行比較的方法是本領(lǐng)域熟知的?？赏ㄟ^，例如Smith和Waterman的局部同源性算法，Adv.Appl.Math.2:482(1981)，通過Needleman和Wunsch的同源性比對(duì)算法，J.Mol.Biol.48:443(1970)，通過Pearson和Lipman的相似性搜索法，Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA85:2444(1988)，通過計(jì)算機(jī)執(zhí)行這些算法(遺傳學(xué)計(jì)算組(GeneticsComputerGroup)的威斯康星遺傳學(xué)軟件包(WisconsinGeneticsSoftwarePackage)中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA，575理學(xué)博士(ScienceDr.)，威斯康星州麥迪遜(Madison,WI))，或通過手工比對(duì)和目測(cè)(參見例如，《新編分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)指南》(CurrentProtocolsinMolecularBiology)(Ausubel等編，1995增刊))進(jìn)行最優(yōu)序列比對(duì)以便比較。適合測(cè)定序列相同性和序列相似性百分?jǐn)?shù)的算法的優(yōu)選例子分別是BLAST和BLAST2.0算法，參見Altschul等，Nuc.AcidsRes.25:3389-3402(1977)和Altschul等，J.Mol.Biol.215:403-410(1990)。使用BLAST和BLAST2.0，設(shè)定本文所述的參數(shù)，以確定本發(fā)明核酸和蛋白質(zhì)的序列相同性百分?jǐn)?shù)。進(jìn)行15BLAST分析的軟件可從公眾渠道國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)獲f尋(http:〃ncbi.nlm.nih.gov/)。該算法包括首先通過在查詢序列中鑒定長(zhǎng)度W的短字來鑒定高評(píng)分序列對(duì)(HSP)，該短字與數(shù)據(jù)庫(kù)序列中相同長(zhǎng)度的字比對(duì)時(shí)，匹配或滿足一些正值閾值評(píng)分T。T稱為相鄰字評(píng)分閾值(Altschul等，同上)。這些初始相鄰字命中用作啟動(dòng)搜索發(fā)現(xiàn)含有它們的更長(zhǎng)的HSP的種子。該字命中在沿各序列的兩個(gè)方向上延伸，直到可增加累積的比對(duì)評(píng)分。對(duì)于核苷酸序列而言，利用參數(shù)M(—對(duì)匹配殘基的獎(jiǎng)勵(lì)評(píng)分；總是>O)和N(錯(cuò)配殘基的罰分；總是O)計(jì)算累積評(píng)分。對(duì)于氨基酸序列而言，用評(píng)分矩陣計(jì)算累積評(píng)分。在以下情況出現(xiàn)時(shí)中止字命中在各個(gè)方向上的延伸累積比對(duì)評(píng)分比最大獲得值降低X;由于一個(gè)或多個(gè)負(fù)評(píng)分殘基比對(duì)的累積，累積評(píng)分變?yōu)榱慊蛄阋韵?；或者達(dá)到各序列的末端。BLAST算法參數(shù)W、T和X決定了比對(duì)的靈敏度和速度。BLASTN程序(對(duì)核苷酸序列而言)采用的默認(rèn)值如下字長(zhǎng)(W)11，期望值(E)10，M=5，N=-4，以及比較兩條鏈。對(duì)氨基酸序列而言，BLASTP程序使用的默認(rèn)值為字長(zhǎng)3，期望值(E)10，BLOSUM62評(píng)分矩陣(參見Henikoff和Henikoff'Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915(1989))比對(duì)(B)50，期望值(E)10，M=5，N=-4，以及比較兩條鏈。BLAST算法也對(duì)兩種序列進(jìn)行相似性的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析(參見例如，Karlin和Altschul，Proc.Nat，l.Acad.Sci.USA90:5873-5787(1993))。BLAST算法提供的相似性的一種度量是最小概率和(P(N))，它說明兩種核苷酸或氨基酸序列之間隨機(jī)發(fā)生匹配的概率。例如，如果測(cè)試核酸與參比核酸的比較中最小概率和小于約0.2，更優(yōu)選小于約0.01，最優(yōu)選小于約0.001，則認(rèn)為該核酸類似于參比序列。說明兩種核酸序列或多肽基本相同的指標(biāo)是第一種核酸編碼的多肽與第二種核酸編碼的多肽產(chǎn)生的抗體能發(fā)生免疫交叉反應(yīng)，如下所述。因此，如果(例如)某多肽與第二種多肽的區(qū)別僅為保守取代，則該兩種肽通?；鞠嗤?。兩種核酸序列基本相同的另一指標(biāo)是兩種分子或其互補(bǔ)序列在嚴(yán)謹(jǐn)條件下互相雜交，如下所述。兩種核酸序列基本相同的另一指標(biāo)是可利用相同的引物擴(kuò)增該序列。術(shù)語"選擇性(或特異性)雜交"指當(dāng)某序列出現(xiàn)在復(fù)雜混合物(如細(xì)胞或文庫(kù)的總DNA或RNA)中吋，該分子在嚴(yán)謹(jǐn)雜交條件下只與某特定核苷酸序列結(jié)合、雙鏈化或雜交。"宿主細(xì)胞"指含有表達(dá)載體并且支持該表達(dá)載體復(fù)制或表達(dá)的細(xì)胞。宿主細(xì)胞可以是，例如，原核細(xì)胞如大腸桿菌(Kco//)，或真核細(xì)胞如酵母細(xì)胞或哺乳動(dòng)物細(xì)胞，如CHO細(xì)胞。表達(dá)或活性的"抑制劑"、"激活劑"和"調(diào)節(jié)劑"分別指用體外和體內(nèi)試驗(yàn)鑒定的表達(dá)或活性的抑制性、激活性或調(diào)節(jié)性分子，例如配體、激動(dòng)劑、拮抗劑及其類似物和模擬物。術(shù)語"調(diào)節(jié)劑"包括抑制劑和激活劑。抑制劑是，例如，抑制本發(fā)明多肽或多核苷酸表達(dá)，或者結(jié)合、部分或完全阻斷刺激或酶活性、降低、防止、延遲激活，滅活、脫敏或下調(diào)本發(fā)明多肽或多核苷酸活性的物質(zhì)，如拮抗劑。激活劑是，例如，誘導(dǎo)或激活本發(fā)明多肽或多核苷酸的表達(dá)，或者結(jié)合、刺激、提高、打開、激活、促進(jìn)、增強(qiáng)活化或酶活性、敏化或上調(diào)本發(fā)明多肽或多核苷酸活性的物質(zhì)，如激動(dòng)劑。調(diào)節(jié)物包括天然產(chǎn)生的和合成的配體、拮抗劑、激動(dòng)劑、分子等。鑒定抑制劑和激活劑的實(shí)驗(yàn)包括例如，在存在或不存在本發(fā)明多肽或多核苷酸的條件下將推定的調(diào)節(jié)物化合物施加于細(xì)胞，然后測(cè)定對(duì)本發(fā)明多肽或多核苷酸活性的功能影響。將用潛在的激活物、抑制劑或調(diào)節(jié)物處理的包含本發(fā)明多肽或多核苷酸的樣品或試驗(yàn)物與沒有抑制劑、激活物或調(diào)節(jié)物的對(duì)照樣品作比較，以檢測(cè)影響程度。對(duì)照樣品(未用調(diào)節(jié)物處理)的相對(duì)活性值指定為100%。相對(duì)于對(duì)照，本發(fā)明多肽或多核苷酸的活性值約為80%，任選為50%或25-1%時(shí)，實(shí)現(xiàn)了抑制。相對(duì)于對(duì)照，本發(fā)明多肽或多核苷酸的活性值為110%，任選為150%，任選為200-500%,或1000-3000%或更高時(shí)，實(shí)現(xiàn)了激活。本文所用術(shù)語"測(cè)試化合物"或"候選藥物"或"調(diào)節(jié)劑"或其語法等同形式描述了天然產(chǎn)生或合成的任何分子，如蛋白質(zhì)、寡肽(如長(zhǎng)約5至25個(gè)氨基酸，優(yōu)選長(zhǎng)約10至20個(gè)或12至18個(gè)氨基酸，優(yōu)選長(zhǎng)12、15或18個(gè)氨基酸)，有機(jī)小分子、多糖、脂質(zhì)、脂肪酸、多核苷酸、RNAi、寡核苷酸等。測(cè)試化合物可以是測(cè)試化合物文庫(kù)的形式，例如提供足夠多樣性的組合文庫(kù)或隨機(jī)文庫(kù)。測(cè)試化合物任選地連接于融合伙伴，如靶向化合物、拯救化合物、二聚化化合物、穩(wěn)定化合物、可尋址化合物和其它官能部分。通常，通過鑒定具有某些所需特性或活性，如抑制活性的測(cè)試化合物(稱為"先導(dǎo)化合物")，產(chǎn)生先導(dǎo)化合物變體，并評(píng)估這些化合物變體的特性和活性，從而產(chǎn)生具有有用特性的新化學(xué)實(shí)體。這種分析中常常采用高通量篩選(HTS)方法。"有機(jī)小分子"指分子量大于約50道爾頓且小于約2500道爾頓，優(yōu)選小于約2000道爾頓，優(yōu)選約100至1000道爾頓，更優(yōu)選約200至500道爾頓的天然產(chǎn)生或合成的有機(jī)分子。III.缺血的診斷本發(fā)明提供通過檢測(cè)對(duì)象的樣品(如血液樣品)中多種缺血相關(guān)基因的表達(dá)診斷缺血(如中風(fēng)或瞬時(shí)缺血性發(fā)作)或發(fā)生缺血的傾向的方法。在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，檢測(cè)表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因的表達(dá)。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，檢測(cè)表l所列多種基因的表達(dá)。在一個(gè)實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、1ER3、NUMB和LAK的表達(dá)提高至少約1.3倍，以及與正常對(duì)照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表達(dá)降低至少約1.3倍則表明該對(duì)象已經(jīng)歷心臟栓塞性中風(fēng)或處于心臟栓塞性中風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)中。在另一實(shí)施方式中，與正常對(duì)照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表達(dá)降低至少約1.3倍表明該對(duì)象己經(jīng)歷動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)，或者處于動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或動(dòng)脈粥樣栓塞性中風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)中?？梢岳帽绢I(lǐng)域已知的任何方法檢測(cè)基因表達(dá)。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)理解，測(cè)定基因表達(dá)的方法并不是本發(fā)明的重要方面。本領(lǐng)域已知利用核酸雜交技術(shù)進(jìn)行的各種具體DNA和RNA測(cè)定方法(參見Sambrook，同上和^W5w6e/，同上)，可用于檢測(cè)表l、2、3、4、5、6或7所列基因的表達(dá)。一些方法包括電泳分離(如檢測(cè)DNA的Southern印跡和檢測(cè)RNA的Northern印跡)，但也可在不進(jìn)行電泳分離的情況下測(cè)定DNA和RNA(如斑點(diǎn)印跡)?？衫没蚪MDNA(如來自人)的Southern印跡篩選限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)，以檢測(cè)是否存在影響本發(fā)明多肽的遺傳病。核酸雜交模式的選擇并不重要。本領(lǐng)域技術(shù)人員已知各種核酸雜交模式。例如，常見模式包括夾心實(shí)驗(yàn)和競(jìng)爭(zhēng)或置換實(shí)驗(yàn)。雜交技術(shù)通常參見Hames和Higgins《核酸雜交，實(shí)踐方法》(NucleicAcidHybridization,APracticalApproach),IRL出版社(1985);Gall和Pardue，Proc.Nat，Acad.Sci.U.S.A.,63:378-383(1969);和John等，Nature,223:582-587(1969)。雜交復(fù)合物的檢測(cè)可能需要產(chǎn)生信號(hào)的復(fù)合物結(jié)合于靶和探針多核苷酸或核酸的雙鏈體。通常，這類結(jié)合通過偶聯(lián)配體的探針和偶聯(lián)信號(hào)的抗-配體之間的配體和抗-配體相互作用發(fā)生。信號(hào)產(chǎn)生復(fù)合物的結(jié)合也不難通過暴露于超聲波能量而加速。標(biāo)記使得可以間接檢測(cè)雜交復(fù)合物。例如，當(dāng)標(biāo)記是半抗原或抗原時(shí)，可用抗體檢測(cè)樣品。在這些系統(tǒng)中，通過將熒光或酶分子連接于抗體，或者在某些情況下連接放射性標(biāo)記而產(chǎn)生信號(hào)(參見例如，Tijssen，"酶促免疫實(shí)驗(yàn)的實(shí)踐和理論"(尸rac"cerAeo^。/五"z戸/m扁謹(jǐn)馬w)，《生物化學(xué)和分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)》(丄fl6o;-ato7Tec/zm々wes5/oc/zew^^vA/b/ecw/ar脂ogy)，Burdon和vanKnippenberg編，艾思威爾出版社(Elsevier)(1985)，第9-20頁(yè))。該探針通常直接標(biāo)記或者間接標(biāo)記，例如用同位素、生色團(tuán)、發(fā)光團(tuán)、色原體直接標(biāo)記，或者用隨后可結(jié)合鏈霉親和素復(fù)合物的生物素間接標(biāo)記。因此，本發(fā)明試驗(yàn)中所用的可檢測(cè)標(biāo)記可以是第一標(biāo)記(該標(biāo)記包含能直接檢測(cè)的元素或產(chǎn)生可直接檢測(cè)的元素)或第二標(biāo)記(該檢測(cè)標(biāo)記結(jié)合于第一標(biāo)記，例如免疫標(biāo)記中常見的情況)。通常，利用標(biāo)記的信號(hào)核酸檢測(cè)雜交。可通過通常用于檢測(cè)是否存在雜交多核苷酸的若干方法中的任何一種標(biāo)記互補(bǔ)核酸或信號(hào)核酸。最常用的檢測(cè)方法是使用"H、l25I、35S、l4C或"P-標(biāo)記探針等進(jìn)行放射自顯影。其它標(biāo)記包括例如，結(jié)合于標(biāo)記抗體的配體、熒光團(tuán)、化學(xué)發(fā)光劑、酶和可用作標(biāo)記配體的特異性結(jié)合成對(duì)成員的抗體。標(biāo)記的引入、標(biāo)記步驟和標(biāo)記的檢測(cè)參見Polak和VanNoorden"免疫細(xì)胞化學(xué)研究介紹"(/"fro甴c"卵to/www"oq^oc/zewWo0，第2版，施普林格弗萊格公司(Springer-Verlag)，NY(1997);以及Haugland《熒光探針和研究化學(xué)品》(//""必ooAo/F/worwce"http://Vo6es/esea廠c/2C7zem/ca&)，分子探爭(zhēng)f公百J(MolecularProbes,Inc.)出版的聯(lián)合手冊(cè)和目錄(1996)。通常，用監(jiān)測(cè)特定探針或探針組合的檢測(cè)器測(cè)定檢測(cè)試劑標(biāo)記。檢測(cè)器通常包括分光光度計(jì)、光電管和光電二極管、顯微鏡、閃爍計(jì)數(shù)器、照相機(jī)、膠片等，及其組合。合適的檢測(cè)器的例子可由本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的各種商業(yè)來源廣泛獲得。通常，將包含結(jié)合的標(biāo)記部分的底物的光學(xué)圖像數(shù)字化，以便進(jìn)行后續(xù)計(jì)算機(jī)分析。最常見的是定量測(cè)定通過結(jié)合檢測(cè)試劑而固定于固相支持物的標(biāo)記的量，從而確定RNA含量。一般，相對(duì)于不包含調(diào)節(jié)劑的對(duì)照孵育，或相對(duì)于對(duì)特定反應(yīng)類型建立的基線，在孵育期間存在調(diào)節(jié)劑會(huì)提高或降低固定于固相支持物的標(biāo)記量。檢測(cè)和定量測(cè)定標(biāo)記的方式是本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的。在優(yōu)選實(shí)施方式中，耙核酸或探針固定于固相支持物。適用于本發(fā)明實(shí)驗(yàn)的固相支持物是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的。本文所用的固相支持物是以基本固定的形式安排的基材。例如，在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式中，用微陣列檢測(cè)基因表達(dá)模式。微陣列提供了一種同時(shí)檢測(cè)大量基因的表達(dá)水平的方法。各陣列由附連于固相支持物的多種核酸(如，與表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因雜交的多種核酸)的可重現(xiàn)圖樣構(gòu)成。在一個(gè)實(shí)施方式中，該陣列含有與表l所列多種基因雜交的多種核酸。標(biāo)記的RNA或DNA與陣列上的互補(bǔ)探針雜交，然后通過激光掃描檢測(cè)。測(cè)定陣列上每種探針的雜交強(qiáng)度，并將其轉(zhuǎn)化為缺血(如中風(fēng)或瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中相對(duì)基因表達(dá)水平的定量讀數(shù)。在一些實(shí)施方式中，由對(duì)象獲得樣品，由樣品分離總mRNA并轉(zhuǎn)化為標(biāo)記的cRNA，然后與陣列雜交。參照陣列上和樣品中的合適對(duì)照計(jì)算相對(duì)轉(zhuǎn)錄物水平。參見Mahadevappa和Warrington，Ato.說'o&c/z"o/.17，1134-1136(1999)。各種自動(dòng)化的固相測(cè)定技術(shù)也是合適的。例如，可使用極大規(guī)模的固定聚合物陣歹i」(VLSIPSTM)，獲自艾菲美特公司(Affymetrix，Inc.)(加州圣克拉拉(SantaClara，CA))檢測(cè)同時(shí)參與同一調(diào)節(jié)途徑的多種基因的表達(dá)水平的改變。參見Tijssen，同上，F(xiàn)odor等(1991)Science,251:767-777;Sheldon等(1993)ClinicalChemistry39(4):718-719和Kozal等(1996)NatureMedicine2(7):753-759?？墒褂?，例如，特異性結(jié)合雙鏈體核酸的標(biāo)記的檢測(cè)部分(如，RNA-DNA20雙鏈體的特異性抗體)進(jìn)行檢測(cè)。一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例采用識(shí)別DNA-RNA異源雙鏈體的抗體，其中抗體連接于酶(通常通過重組或共價(jià)化學(xué)結(jié)合連接)。該酶與底物反應(yīng)時(shí)產(chǎn)生可檢測(cè)產(chǎn)物，從而檢測(cè)抗體。Coutlee等(1989)j"a/_y"c"/181:153-162;Bogulavski(1986)等//mmw"o/.M"/zocfe89:123-130;Prooijen-Knegt(1982)￡x/.Ce〃141:397-407;Rudkin(1976)Atoww265:472-473，Stollar(1970)尸亂淑'"caof.園65:993-1000;Ballard(1982)嵐/顯腸/.19:793-799;Pisetsky和Caster(1982)Mo/./扁畫/.19:645-650;Viscidi等(1988)JC7/".M/c油'a/.41:199-209;和Kiney等(1989)/C7/".M/croWo/.27:6-12記載了RNA雙鏈體，包括同源和異源雙鏈體的抗體。包含DNA:RNA雜交體的特異性抗體的試劑盒可購(gòu)自，例如，大戟診斷公司(DigeneDiagnostics,Inc.)(馬里蘭州貝茲維爾(Beltsville，MD))。除可獲得的抗體外，本領(lǐng)域技術(shù)人員還可容易地用現(xiàn)有技術(shù)制備核酸雙鏈體的特異性抗體，或者修飾可購(gòu)得或從公共渠道獲得的這些抗體。除上述技術(shù)外，本領(lǐng)域技術(shù)人員已知產(chǎn)生多克隆和單克隆抗體的通用方法(參見例如，Paul(第3版)《基礎(chǔ)免疫學(xué)》(FundamentalImmunology)紐約拉文出版社公司(RavenPress,Ltd.,NY)(1993);Coligan，等，《新編免疫學(xué)實(shí)驗(yàn)指南》(CurrentProtocolsinImmunology),韋利科學(xué)出版社(WileyInterscience)(1991-2008);Harlow禾口Lane，《抗體實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》(Antibodies:ALaboratoryManual)紐約冷泉港出版社(1988);Harlow和Lane,《使用抗體》(UsingAntibodies),紐約冷泉港出版社(1999);Stites等(編)《基礎(chǔ)和臨床免疫學(xué)》(BasicandClinicalImmunology)(第4版)加州洛斯阿爾托斯的蘭格醫(yī)學(xué)出版公司(LangeMedicalPublications,LosAltos，CA)和其中引用的參考文獻(xiàn)；Goding《單克隆抗體原理和實(shí)踐》(Mo"oc/o"a/爿胎'6ofife&'尸〃'"c^/ma"c/尸ra"/ce)(第2版)紐約州紐約學(xué)術(shù)出版社(AcademicPress,NewYork,NY)(1986);以及Kohler和MilsteinNature256:495-497(1975))。用于制備抗體的其它合適技術(shù)包括在噬菌體和相似載體中選擇重組抗體文庫(kù)(參見Huse等Science246:1275-1281(1989);和Ward等Nature341:544-546(1989))。特異性的單克隆和多克隆抗體和抗血清的結(jié)合KD通常為至少約0.1fiM，優(yōu)選至少約0.01(iM或更好，最好優(yōu)選0.001jiM或更好。本發(fā)明所用核酸可以是正或負(fù)探針。正探針結(jié)合其靶點(diǎn)，形成雙鏈體證明存在耙點(diǎn)。負(fù)探針不能結(jié)合懷疑的耙點(diǎn)，不形成雙鏈體證明存在耙點(diǎn)。例如，野生型特異性核酸探針或PCR引物可用作測(cè)定只存在感興趣的核苷酸序列的樣品的負(fù)探針?？赏ㄟ^使用擴(kuò)增所檢測(cè)靶核酸的核酸擴(kuò)增體系來提高雜交實(shí)驗(yàn)的靈敏度。這類體系的例子包括聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)體系，特別是RT-PCR或?qū)崟r(shí)PCR，以及連接酶鏈反應(yīng)(LCR)體系。本領(lǐng)域近期描述的其它方法是基于核酸序列的擴(kuò)增法(NASBA，安大略省米西索加市的坎基公司(Cangene，Mississauga，Ontario))和QBeta復(fù)制酶體系?？衫眠@些體系直接鑒定突變體，其中設(shè)計(jì)PCR或LCR引物以便只在所選序列存在時(shí)延伸或連接?；蛘?，通?？衫?，例如，非特異性PCR引物擴(kuò)增所選序列，隨后探測(cè)擴(kuò)增的靶區(qū)域中是否含有表明有突變的特定序列。測(cè)定本發(fā)明核酸表達(dá)水平的另一種方式是原位雜交。原位雜交實(shí)驗(yàn)是熟知的，通常參見Angerer等，Me&ods五"矽wo/.152:649-660(1987)。在原位雜交實(shí)驗(yàn)中，來自小腦或海馬區(qū)的細(xì)胞，優(yōu)選人細(xì)胞固定于固相支持物，一般是載玻片。如果準(zhǔn)備檢測(cè)DNA，則用加熱或堿使細(xì)胞變性。然后使細(xì)胞在適當(dāng)溫度下接觸雜交溶液，以便使標(biāo)記的特異性探針退火。優(yōu)選用放射性同位素或熒光報(bào)道物標(biāo)記該探針。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式中，用微陣列檢測(cè)基因表達(dá)模式。微陣列提供了一種同時(shí)檢測(cè)大量基因的表達(dá)水平的方法。各陣列由附連于固相支持物的多種核酸(如，與表l、2、3、4、5、6或7所列多種基因雜交的多種核酸)的可重現(xiàn)圖樣構(gòu)成。在一個(gè)實(shí)施方式中，該陣列含有與表1所列多種基因雜交的多種核酸。標(biāo)記的RNA或DNA與陣列上的互補(bǔ)探針雜交，然后通過激光掃描檢測(cè)。測(cè)定陣列上每種探針的雜交強(qiáng)度，并將其轉(zhuǎn)化為缺血(如中風(fēng)或瞬時(shí)缺血性發(fā)作)中相對(duì)基因表達(dá)水平的定量讀數(shù)。在一些實(shí)施方式中，由對(duì)象獲得樣品，由樣品分離總mRNA并轉(zhuǎn)化為標(biāo)記的cRNA，然后與陣列雜交。參照陣列上和樣品中的合適對(duì)照計(jì)算相對(duì)轉(zhuǎn)錄物水平。參見Mahadevappa和Warrington，Ato.5/o/ec/2"o/,17，1134-1136(1999)。在其它實(shí)施方式中，利用定量RT-PCR檢測(cè)表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因的表達(dá)。在一個(gè)實(shí)施方式中，利用定量RT-PCR檢測(cè)表1所列多種基因?？蓱?yīng)用技術(shù)的概覽可參見例如，定量PCR概述(iZ0/gw朋故油've尸O)，Bustin編，2004，國(guó)際大學(xué)線(InternationalUniversityLine);《定量PCR方案》(2wa"故a"ve尸C//VotocoW，Kochanowski和Reischl編，1999，休曼出版社(HumanaPress);《PCR的臨床應(yīng)用》(C7Z"/ca/^^//caf/ow0/尸C7)，Lo編，2006，休曼出版社；《PCR方案方法和應(yīng)用指南》(尸0/Votoco/r^&MeAo^aw/々7/"cfl"om)(Innis等編(1990))以及《PCR技術(shù)在DNA擴(kuò)增中的原理和應(yīng)用》(尸C7Tec/mo/ogvv^p〃c""om1#DiV/4/^/7斷ca"o")(Erlich編(1992))。此外，擴(kuò)增技術(shù)還可參見美國(guó)專利號(hào)4,683,195和4，683，202。本領(lǐng)域已知的用于多重PCR的方法可應(yīng)用于本發(fā)明。因此，本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式中提供包含與表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因的核酸序列特異性雜交的多種多核苷酸(如引物)的反應(yīng)混合物。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供包含與表1所列多種基因的核酸序列特異性結(jié)合的多種多核苷酸(例如引物)的反應(yīng)混合物。在一些實(shí)施方式中，反應(yīng)混合物是PCR混合物，例如，多重PCR混合物。本發(fā)明依賴重組遺傳學(xué)領(lǐng)域的常規(guī)技術(shù)。通常，下述重組DNA技術(shù)中的術(shù)語和實(shí)驗(yàn)室步驟均為本領(lǐng)域熟知且常用的。用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行克隆，DNA和RNA的分離、擴(kuò)增和純化。涉及DNA連接酶、DNA聚合酶、限制性核酸內(nèi)切酶等的酶反應(yīng)通常按照生產(chǎn)商說明書進(jìn)行。披露本發(fā)明所用的全部方法的基礎(chǔ)文本包括Sambrook等，《分子克隆，實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》(MolecularCloning,ALaboratoryManual)(第3版，2001);Kriegler，《基因轉(zhuǎn)移和表達(dá)實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》(GeneTransferandExpression:ALaboratoryManual)(1990);以及《新編分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)指南》(CurrentProtocolsinMolecularBiology)(Ausubel等編，1994-2008，韋利科學(xué)出版社))。對(duì)核酸而言，以千堿基(kb)或堿基對(duì)(bp)為單位給出大小。它們是獲自瓊脂糖或丙烯酰胺凝膠電泳、測(cè)序核酸或公開的DNA序列的估計(jì)值。對(duì)蛋白質(zhì)而言，以千道爾頓(kDa)或氨基酸殘基數(shù)目為單位給出大小。由凝膠電泳、測(cè)序的蛋白質(zhì)、推導(dǎo)的氨基酸序列或公開的蛋白質(zhì)序列估計(jì)蛋白質(zhì)大小。按照固相亞磷酰胺三酯法，用如VanDevanter等，NucleicAcidssRes.12:6159-6168(1984)所述的自動(dòng)合成儀化學(xué)合成不能從市場(chǎng)上購(gòu)得的寡核苷酸，該方法首先由Beaucage和Caruthers記載于TetrahedronLetts.22:1859-1862(1981)。寡核苷酸的純化通過天然丙烯酰胺凝膠電泳或陰離子交換HPLC進(jìn)行，如Pearson和Reanier，J.Chrom.255:137-149(1983)所述。IV.缺血參比概況本發(fā)明還提供缺血參比概況。參比概況包括有關(guān)多種缺血相關(guān)基因(即表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因)的表達(dá)水平與特定缺血類型相關(guān)聯(lián)的信息。在一個(gè)實(shí)施方式中，缺血參比概況將表l所列多種基因的表達(dá)水平與特定缺血類型相關(guān)聯(lián)。該概況可方便地用于診斷、監(jiān)測(cè)和預(yù)測(cè)缺血。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式提供已經(jīng)歷心臟栓塞性中風(fēng)或處于發(fā)生心臟栓塞性中風(fēng)風(fēng)險(xiǎn)中的對(duì)象的缺血參比概況。因此，該缺血參比概況與選自下組的多種基因的表達(dá)水平相關(guān)聯(lián)LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB、LAK、CD8B1禾口RRAS2。例如，與正常對(duì)照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表達(dá)提高至少約1.3倍，以及與正常對(duì)照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表達(dá)降低至少約1.3倍的表達(dá)概況是已經(jīng)歷心臟栓塞性中風(fēng)或處于心臟栓塞性中風(fēng)風(fēng)險(xiǎn)中的對(duì)象的參比概況。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式提供已經(jīng)歷動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)或處于發(fā)生動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)風(fēng)險(xiǎn)中的對(duì)象的缺血參比概況。因此，缺血參比概況與選自下組的多種基因的表達(dá)水平相關(guān)聯(lián)C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK。與正常對(duì)照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表達(dá)降低至少約1.3倍的表達(dá)概況是己經(jīng)歷動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)，或者處于動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)風(fēng)險(xiǎn)中的對(duì)象的參比概況。可將參比概況輸入數(shù)據(jù)庫(kù)，例如包含適合預(yù)定分類的數(shù)據(jù)的關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)。每個(gè)表格或關(guān)系各列包含一個(gè)或多個(gè)數(shù)據(jù)分類。每行包含各列限定的分類的獨(dú)特?cái)?shù)據(jù)實(shí)例。例如，典型的本發(fā)明數(shù)據(jù)庫(kù)包括記載樣品的表，該表各列是年齡、性別、生育狀態(tài)、表達(dá)概況等。另一張表記載疾病癥狀、水平、樣品標(biāo)識(shí)、表達(dá)概況等。在--個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明將實(shí)驗(yàn)樣品與參比樣品數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行匹配。該數(shù)據(jù)庫(kù)由用作參比樣品的多種不同樣品組合而成。在一個(gè)實(shí)施方式中，在患者訪問醫(yī)務(wù)人員過程中從患者獲得單個(gè)參比樣品。也通過任何可用方法獲得關(guān)于該樣品的生理、疾病和/或藥理狀態(tài)等信息。此種方法可包括但不限于，表達(dá)概況分析、臨床分析、醫(yī)療史和/或患者面談。例如，可通過面談確定患者的年齡、性別、種族來源、疾病癥狀或過往診斷以及患者目前正在進(jìn)行何種治療。獲得多份這類參比樣品。可以從某個(gè)單獨(dú)個(gè)體獲得一份參比樣品或在不同時(shí)間獲得一份以上樣品。本領(lǐng)域技術(shù)人員認(rèn)識(shí)到，基于數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比較的預(yù)測(cè)結(jié)果的置信水平隨著數(shù)據(jù)庫(kù)中參比樣品數(shù)量增加而提高。該數(shù)據(jù)庫(kù)組成若干組參比樣品。每個(gè)參比樣品包含有關(guān)生理、藥理和/或疾病狀態(tài)的信息。一方面，該數(shù)據(jù)庫(kù)是關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)，數(shù)據(jù)組成三個(gè)數(shù)據(jù)表，一張表中樣品主要根據(jù)生理狀態(tài)分組，一張表中樣品主要根據(jù)疾病狀態(tài)分組，還有一張表中樣品主要根據(jù)藥理狀態(tài)分組。在每張表中，可按照其余兩個(gè)分類對(duì)樣品進(jìn)行進(jìn)一步分組。例如，生理狀態(tài)表可進(jìn)一步按照疾病和藥理狀態(tài)進(jìn)行分類。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)理解，本發(fā)明可表現(xiàn)為方法、數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)或程序產(chǎn)品。因此，本發(fā)明可采取數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)、方法、分析軟件等形式。按照本發(fā)明編寫的軟件可儲(chǔ)存于某種形式的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中，如存儲(chǔ)器、硬盤、DVDROM或CDROM，或者通過網(wǎng)絡(luò)傳輸并由處理器執(zhí)行。本發(fā)明還提供用于分析生理狀態(tài)、疾病狀態(tài)水平和/或療效的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括處理器和耦聯(lián)于所述處理器的編碼一種或多種程序的存儲(chǔ)器。存儲(chǔ)器中編碼的程序使處理器進(jìn)行上述方法步驟，其中計(jì)算機(jī)系統(tǒng)將表達(dá)概況以及有關(guān)生理、藥理和疾病狀態(tài)的信息作為輸入接受?？衫糜?jì)算機(jī)系統(tǒng)執(zhí)行本發(fā)明實(shí)施方式的軟件(參見例如，美國(guó)專利號(hào)5,733,729)。V.鑒定治療或預(yù)防缺血的化合物的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明也提供鑒定治療或預(yù)防缺血的化合物的方法。不難按照本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的方法鑒定治療或預(yù)防缺血的化合物。可利用許多不同的篩選方案鑒定調(diào)節(jié)缺血相關(guān)基因的活性或表達(dá)水平的物質(zhì)(即，降低缺血中過表達(dá)的基因的活性或表達(dá)和提高缺血中低表達(dá)的基因的活性或表達(dá)的物質(zhì))。25可通過篩選調(diào)節(jié)缺血相關(guān)基因表達(dá)的物質(zhì)進(jìn)行初步篩選。本發(fā)明篩選方法可通過體外實(shí)驗(yàn)或基于細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)進(jìn)行?？梢栽诒磉_(dá)一種或多種缺血相關(guān)基因的任何細(xì)胞中進(jìn)行基于細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)理解，可以在不含內(nèi)源性缺血相關(guān)基因的細(xì)胞中表達(dá)缺血相關(guān)基因。基于細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)可包括利用全細(xì)胞或細(xì)胞組分來篩選結(jié)合或調(diào)節(jié)缺血相關(guān)基因的物質(zhì)。合適的基于細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)參見例如，DePaola等，AnnalsofBiomedicalEngineering29:1-9(2001)。也可利用體內(nèi)實(shí)驗(yàn)來鑒定可用于治療或預(yù)防缺血的物質(zhì)。這種方法的基本形式包括將初步篩選鑒定的先導(dǎo)化合物給予用作缺血模型的動(dòng)物，然后測(cè)定缺血是否實(shí)際上得到改善。驗(yàn)證研究所用的動(dòng)物模型通常是任何種類的哺乳動(dòng)物。合適動(dòng)物的具體例子包括但不限于靈長(zhǎng)動(dòng)物(如黑猩猩、猴等)和嚙齒動(dòng)物(如小鼠、大鼠、豚鼠、兔等)。作為缺血相關(guān)基因表達(dá)的潛在調(diào)節(jié)劑檢測(cè)的物質(zhì)可以是任何小分子化合物或生物實(shí)體，如多肽、糖、核酸或脂質(zhì)?；旧?，任何化學(xué)化合物均可用作本發(fā)明實(shí)驗(yàn)中的潛在調(diào)節(jié)劑，但最常使用可溶于水性溶液或有機(jī)溶液(特別是基于DMSO)的化合物。設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)，通過自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)步驟并提供來自任何方便來源的化合物篩選大規(guī)?；瘜W(xué)文庫(kù)，通常平行運(yùn)行(例如，在機(jī)器人實(shí)驗(yàn)中微量滴定板上的微量滴定形式)。在一個(gè)實(shí)施方式中，高通量篩選方法包括提供含有大量潛在治療性化合物(潛在調(diào)節(jié)劑或配體化合物)的組合化學(xué)或肽文庫(kù)。然后，利用本文所述的一種或多種實(shí)驗(yàn)篩選這類"組合化學(xué)文庫(kù)"或"配體文庫(kù)"，以鑒定具有所需特征性活性的文庫(kù)成員(特別是化學(xué)物種或亞類)。由此鑒定的化合物可用作常規(guī)"先導(dǎo)化合物"，或者本身可用作潛在或?qū)嶋H的治療劑。組合化學(xué)文庫(kù)是通過化學(xué)合成或生物合成，通過組合多種化學(xué)"結(jié)構(gòu)模塊"如試劑產(chǎn)生的多樣性化合物集合。例如，通過以每種可能的方式組合一組化學(xué)結(jié)構(gòu)模塊(氨基酸)至給定化合物長(zhǎng)度(即多肽化合物中的氨基酸數(shù)量)形成線性組合化學(xué)文庫(kù)如多肽文庫(kù)?？赏ㄟ^這類化學(xué)結(jié)構(gòu)模塊的組合混合來合成幾百萬種化合物。組合化學(xué)文庫(kù)的制備和篩選方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的。這類組合化學(xué)文庫(kù)包括但不限于肽文庫(kù)(參見例如，美國(guó)專利5,010,175，F(xiàn)urka，Int.J.Pept.Prot.Res.37:487-493(簡(jiǎn))和Houghton等，Nature354:84-88(1991))。也可使用產(chǎn)生化學(xué)多樣性文庫(kù)的其它化學(xué)類型。這些化學(xué)類型包括但不限于類肽(如PCT公開WO91/19735)、編碼肽(如PCT公開WO93/20242)，隨機(jī)生物寡聚物(如PCT公開WO92/00091)，苯并二氮萆(如美國(guó)專利5,288,514)，多樣異構(gòu)體如乙內(nèi)酰脲、苯并二氮萆和二肽(Hobbs等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA90:6909-6913(1993))，插烯多肽(Hagihara等，J.Amer.Chem.Soc.114:6568(1992))，具有葡萄糖支架的非肽類肽模擬物(Hirschmann等，J.Amer.Chem.Soc.114:9217-9218(1992))，類似的小化合物有機(jī)綜合體文庫(kù)(Chen等，J.Amer.Chem.Soc.116:2661(1994))，低聚氨基甲酸酯類(Cho等，Science261:1303(1993))和/或肽酰膦酸酯類(Campbell等，J.Org.Chem.59:658(1994))，核酸文庫(kù)(參見Ausubel,Berger和Sambrook，同上)，肽核酸文庫(kù)(參見例如，美國(guó)專禾lj5,539,083)，抗體文庫(kù)(參見例如，Vaughn等，NatureBiotechnology,14(3):309-314(1996)和PCT/US96/10287)，糖文庫(kù)(參見例如，Liang等，Science,274:1520-1522(1996)和美國(guó)專利5,593,853)，有機(jī)小分子文庫(kù)(參見例如，苯并二氮蕈，BaumC&EN，1月18日，第33頁(yè)(1993);類異戊烯，美國(guó)專利5,569,588;噻唑垸酮和偏噻嗪烷酮(metathiazanone)，美國(guó)專利5,549,974;吡咯垸，美國(guó)專利5,525,735和5,519,134;嗎啉代化合物，美國(guó)專利5，506，337;苯并二氮萆，5,288,514等)?？少?gòu)得制備組合文庫(kù)的裝置(參見例如，ECISTM，紐約州特洛伊市的應(yīng)用生物物理學(xué)有限公司(AppliedBioPhysicsInc.,Troy,NY)，MPS,3卯MPS，肖一塔基州路易斯維爾市的先進(jìn)化學(xué)技術(shù)公司(AdvancedChemTech，LouisvilleKY)，Symphony,Rainin，馬薩諸塞州沃本(Woburn，MA)，433A加州福斯特城應(yīng)用生物系統(tǒng)公司(AppliedBiosystems，F(xiàn)osterCity,CA)，9050Plus,馬薩諸塞州貝德福德密理博公司(Millipore，Bedford,MA))。此外，許多組合文庫(kù)本身可購(gòu)得(參見例如，新澤西州普林斯頓的CG公司(ComGenex，Princeton,N丄)，密蘇里州圣路易斯的替普斯公司(Tripos，Inc.,St.Louis，MO)，賓夕法尼亞州艾克斯頓的3D制藥公司(3DPharmaceuticals,Exton，PA)，馬里蘭州哥倫比亞的馬泰克生物科學(xué)公司(MartekBiosciences,Columbia,MD)等)。試劑盒本發(fā)明也提供用于診斷缺血或發(fā)生缺血的傾向的試劑盒。例如，本發(fā)明提供的試劑盒包括一個(gè)或多個(gè)反應(yīng)容器，這些容器中包含等份的一些或所有本發(fā)明反應(yīng)組分。這些等份可以是液體或干燥形式。反應(yīng)容器可包括能夠在同一容器中保持、加工和/或擴(kuò)增樣品的樣品加工筒或其它容器。該試劑盒可包含與表1、2、3、4、5、6或7所列多種基因雜交的多種核酸探針。在一個(gè)實(shí)施方式中，該試劑盒包含與表1所列多種基因雜交的多種核酸探針?？蓪⑻结樄潭ㄔ诒疚乃龅年嚵猩稀４送?，該試劑盒可包括有利于擴(kuò)增和/或檢測(cè)反應(yīng)的合適的緩沖液、鹽和其它試劑(如引物)，以測(cè)定表l、2、3、4、5、6或7所列多種基因的表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方式中，該試劑盒包括有利于擴(kuò)增和/或檢測(cè)反應(yīng)的合適的緩沖液、鹽和其它試劑(如引物)，以測(cè)定表1所列多種基因的表達(dá)水平。該試劑盒也包括有關(guān)使用該試劑盒的書面說明書。實(shí)施例提供以下實(shí)施例，以說明而非限制要求保護(hù)的本發(fā)明。材料和方法人對(duì)象將急性缺血性中風(fēng)患者(n-45個(gè)樣品，獲自15位患者)編入CLEAR試驗(yàn)。參與單位的單位倫理委員會(huì)批準(zhǔn)了該研究方案和知情同意書。臨床診斷中風(fēng)患者，并進(jìn)行計(jì)算機(jī)斷層腦掃描以排除出血。簽署知情同意書后，將患者隨機(jī)分組，在中風(fēng)發(fā)作3小時(shí)內(nèi)以雙盲方式給予標(biāo)準(zhǔn)劑量r-tPA(激活酶)或1:3的依替巴肽和低劑量r-tPA(激活酶)的組合。分別在治療前("<3小時(shí)樣品")、血栓溶解治療后約2小時(shí)("5小時(shí)樣品")和中風(fēng)發(fā)作后24小時(shí)("24小時(shí)樣品")從每位患者抽血(15ml)，裝入PAXgene試管中。從中風(fēng)對(duì)象總共收集45份血液樣品。額外的信息參見ClinicalTrials.gov中的標(biāo)號(hào)NCT00250991。利用TOAST標(biāo)準(zhǔn)(Adams等，S/rafe(1993)24:35-41)評(píng)估中風(fēng)的病因，分成以下類別動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)、心臟栓塞性中風(fēng)和病因不確定的中風(fēng)。出于研究設(shè)計(jì)的原因通常將患有小動(dòng)脈腔隙性中風(fēng)的患者排除在CLEAR試驗(yàn)之外，本文報(bào)道的患者均未患有腔隙性中風(fēng)。從8位健康志愿者抽取對(duì)照外周血樣品(11=16個(gè)樣品)。每位志愿者隔天(onedayapart)貢獻(xiàn)兩份獨(dú)立的血液樣品。健康對(duì)照沒有心腦血管疾病、近期感28染或血液疾病的病史。樣品處理通過肘前窩靜脈穿刺，將每個(gè)對(duì)象的全血(15ml)收集到6個(gè)PAXgene真空管(德國(guó)希爾敦的PAX公司(PreAnalytiX，Hilden，Germany))中。室溫下靜置2小時(shí)后，將PAXgene試管冷凍于-8(TC。按照生產(chǎn)商說明書分離總RNA(PAXgene血液RNA試劑盒，德國(guó)PAX公司(PreAnalytiX，Germany))。RNA來自PMN(嗜中性粒細(xì)胞、嗜堿性細(xì)胞和嗜酸性細(xì)胞)、單核細(xì)胞(PBMC-淋巴細(xì)胞、巨噬細(xì)胞/單核細(xì)胞)、血小板和血紅細(xì)胞前體。微陣列雜交和RT-PCR按照標(biāo)準(zhǔn)艾菲美特方案(AffymetrixProtocols)(艾菲美特表達(dá)分析技術(shù)手冊(cè)(AffymetrixExpressionAnalysisTechnicalManua))豐示記、雜交禾口掃描RNA樣品。用單循環(huán)靶點(diǎn)標(biāo)記方案標(biāo)記10!ig總RNA。將含有超過54,000組探針的艾菲美特人U133Plus2陣列用于各RNA樣品。也對(duì)該RNA樣品進(jìn)行RT-PCR。微陣列數(shù)據(jù)分析將探針?biāo)降臄?shù)據(jù)儲(chǔ)存在Affymetrbc.cel文件中，用強(qiáng)大多陣列平均軟件(RobustMulti-arrayAverage,RMA)(獲自萬維網(wǎng)址bioconductor.org/)總結(jié)。用基因斯普林軟件(Gen印ringsoftware)(加州雷德伍德城的SG公司(SiliconGenetics,RedwoodCity,CA))對(duì)心臟栓塞性中風(fēng)、動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)、病因不明的中風(fēng)和對(duì)照進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，包括單向方差分析(ANOVA)。用BJ(Benjamini-Hochberg)假發(fā)現(xiàn)率(FDR)控制多重比較，5。/oFDR(〈0.05)被認(rèn)為是顯著的。應(yīng)用不同的改變倍數(shù)過濾以最大程度降低n型誤差。也在心臟栓塞性中風(fēng)和動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)之間進(jìn)行直接比較(斯氏t檢驗(yàn)(Student，st-test))，以便與ANOVA分析作比較。用斯氏T檢驗(yàn)或菲希爾精確檢驗(yàn)(Fisher'sexacttest)分析人口統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。這些方法的詳細(xì)描述參見我們之前的研究。參見例如，Tang等，5ra,"尺mAfo/Sra/"(2004)132:155-167;Tang等，^朋yVewra/(2004)56:808-814;和Tang等，JCe"6所oot/F/owAf"a6(2006)26(8):1089-102。實(shí)施例1:鑒定心臟栓塞性中風(fēng)和動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)中差異表達(dá)的基因心臟栓塞性和動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)患者的人口統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)各組間年齡、性別或種族無顯著差異，高膽固醇血癥或高血壓病史方面無差異。許多心臟栓塞性中風(fēng)患者有心臟病史，但動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)患者均無心臟病史(p^.06)。心臟栓塞性中風(fēng)和動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)的差異表達(dá)概況單向ANOVA(FDR<0.05，SNK事后檢驗(yàn)(Student-Newman-Keulsposthoctest),相等方差)產(chǎn)生660種在心臟栓塞性與動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)中差異調(diào)節(jié)的基因。斯氏T檢驗(yàn)(pO.001)得到135種在心臟栓塞性中風(fēng)與動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)中差異表達(dá)的基因。用t檢驗(yàn)鑒定這135種基因，其中95種也是用單向ANOVA鑒定的基因。使用1.5倍改變過濾，總計(jì)77種基因在心臟栓塞性中風(fēng)和動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)之間的調(diào)節(jié)明顯有差異(用ANOVA或T檢驗(yàn)確定顯著性；改變倍數(shù)〉1.5)。使用這77種基因進(jìn)行的皮爾遜(Pearson)聚類分析顯示，在中風(fēng)后的各個(gè)時(shí)間點(diǎn)，對(duì)照樣品和患有心臟栓塞性中風(fēng)的對(duì)象的樣品與患有動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)的對(duì)象的樣品明顯不同(圖1)。利用來自ANOVA分析的660種基因或是利用來自t檢驗(yàn)的135種基因進(jìn)行聚類分析，均得到這一結(jié)論。接下來，我們檢測(cè)了對(duì)鑒定的病因相關(guān)基因而言可能混淆的因素。在鑒定為人種相關(guān)基因的54種基因中(白/黑，t檢驗(yàn).FDRO.05,改變倍數(shù)>1.5)，沒有一種屬于上述77種病因相關(guān)的基因。在中風(fēng)前服用阿司匹林的患者中鑒定的受阿司匹林調(diào)節(jié)的424種基因中，只有5種屬于上述77種病因相關(guān)的基因(6.5%)(Tang等，Met///>^W/zmm(2006)67:462-466)。病因不明患者的病因預(yù)測(cè)利用微陣列預(yù)測(cè)分析(PAM)確定能夠?qū)⑿呐K栓塞性中風(fēng)與動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)區(qū)別開的最少基因數(shù)量。PAM使用縮小的最接近形心(centroid)發(fā)現(xiàn)能區(qū)分兩種或多種類型的最可靠的基因。(Tang等，2006,同上；Tibshir肌i等，2002，/VocAto/」cac/Sc/"M99:6567-6572)。PAM鑒定到最少需要23種基因才能最佳地區(qū)分心臟栓塞性中風(fēng)與動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)。10倍交叉驗(yàn)證和棄一法證明，這23種基因能夠?qū)碜圆∫蛞阎闹酗L(fēng)對(duì)象的33個(gè)樣品中的32個(gè)樣品正確分類(表l)。關(guān)于健康對(duì)照，這23種基因可分成3個(gè)亞組，使用1.3倍表達(dá)改變作為顯著改變。與對(duì)照對(duì)象相比，LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、30BIRCl、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK在患有心臟栓塞性中風(fēng)的對(duì)象中的表達(dá)增加至少1.3倍；與對(duì)照對(duì)象相比，RRAS2和CD8B1在患有心臟栓塞性中風(fēng)的對(duì)象中的表達(dá)降低至少1.3倍。與對(duì)照對(duì)象相比，C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK在患有動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)的患者中的表達(dá)降低至少1.3倍。因此，通過檢測(cè)這23種基因的表達(dá)水平，我們可以以95.2%的靈敏度和100%的特異性診斷心臟栓塞性中風(fēng)，以100%的靈敏度和95.2%的特異性診斷動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)。因此，只需要對(duì)每位患者篩選一小組基因，這可以在一個(gè)實(shí)時(shí)PCR實(shí)驗(yàn)中同時(shí)進(jìn)行。通過在中風(fēng)病因不明的另外六位患者中預(yù)測(cè)中風(fēng)原因，證明了這組基因的效力。這六位患者均被診斷為心臟栓塞性中風(fēng)，這意味著他們應(yīng)接受節(jié)丙酮香豆素鈉治療而不是其它類型的治療，以預(yù)防未來發(fā)生中風(fēng)。通過檢測(cè)少至23種基因的血液基因表達(dá)，我們能夠在早至中風(fēng)發(fā)作后3小時(shí)客觀地區(qū)分心臟栓塞性中風(fēng)與動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)。如上所述，本文所述的基因表達(dá)概況可用于在病因不明的患者中確定中風(fēng)或TIA原因。利用PAM和23種基因的最小集合預(yù)測(cè)根據(jù)臨床TOAST標(biāo)準(zhǔn)無法確定中風(fēng)原因的對(duì)象的病因。PAM將所有12個(gè)未知樣品分類為心臟栓塞性中風(fēng)，概率超過90%(92.9-99.9%，圖2)。動(dòng)脈粥樣硬化和心臟栓塞調(diào)節(jié)基因的功能分析然后，通過聚類分析對(duì)在心臟栓塞性中風(fēng)和動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)之間差異調(diào)節(jié)的基因進(jìn)行分類。鑒定到兩個(gè)基因亞組一個(gè)亞組相對(duì)于健康對(duì)照主要在心臟栓塞性中風(fēng)中調(diào)節(jié)(1.2倍過濾為281種基因或1.3倍過濾為148種基因)，另一個(gè)亞組相對(duì)于健康對(duì)照主要在動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)中調(diào)節(jié)(1.2倍過濾為84種基因或1.3倍過濾為63種基因)。接著用NB系統(tǒng)(NextbioSystem)(美國(guó)加州庫(kù)珀蒂諾(Cupertino，CA，USA))探究?jī)蓚€(gè)病因特異性基因列表的功能，上述系統(tǒng)是基于網(wǎng)頁(yè)的數(shù)據(jù)搜索和分析引擎。按照改變倍數(shù)對(duì)基因排序，然后用NB(Nextbio)中的GO、KEGG通路和REACTOME數(shù)據(jù)庫(kù)查詢，p值截止值為0.05。此分析發(fā)現(xiàn)，心臟栓塞性中風(fēng)調(diào)節(jié)的基因主要參與對(duì)病原體的應(yīng)答，包括免疫細(xì)胞活化、防御反應(yīng)、增殖和凋亡。相反，動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)中主要調(diào)節(jié)的基因與止血、細(xì)胞因子和趨化因子有關(guān)(圖3)。對(duì)于所列的許多功能通路而言，與動(dòng)脈粥樣硬化性和心臟栓塞性中風(fēng)有關(guān)的通路很少出現(xiàn)重疊。將NB系統(tǒng)中保存的所有高通量研究(目前有6000個(gè)研究)與我們的研究相比后證明，動(dòng)脈粥樣硬化特異性表達(dá)概況與以下疾病共有大部分基因克羅恩氏病(28種基因相同)(GEO系列GSE3365)，(Burczynski等，JMo/D/ag"(2006)8:51-61)潰瘍性結(jié)腸炎(14種基因相同)(GEO系列GSE3365)，(Burczynski等，2006，同上)和類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(26種基因相同)(GEO系列GSE4588)。另一方面，心臟栓塞特異性表達(dá)概況與敗血癥和感染性休克患者的表達(dá)概況最相似(在第1天分別有105種基因禾口109種基因相同)(GEO系列GSE4607)。(Wong等，Ge"om/oy(2007)30(2):146-55)。中風(fēng)病因調(diào)節(jié)基因的細(xì)胞類型來源心臟栓塞性與動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)中調(diào)節(jié)的基因可能在或不在血液特定細(xì)胞類型中表達(dá)。使用我們獲自健康對(duì)照的參比基因列表(Du等，Ge"ow/c^(2006)87(6):693-703)，大部分動(dòng)脈粥樣硬化性中風(fēng)中調(diào)節(jié)的基因似乎在血小板和單核細(xì)胞中調(diào)節(jié)(圖4a)，而大部分心臟栓塞性中風(fēng)中調(diào)節(jié)的基因似乎在嗜中性粒細(xì)胞中表達(dá)(圖4b)。實(shí)施例2中風(fēng)的診斷獲得血液樣品。從血液樣品分離RNA，標(biāo)記RNA并施加于微陣列或相似平臺(tái)，以檢測(cè)血液中所有表達(dá)的基因(包括例如，表1、2、3、4、5或6所列的基因)。然后，可由微陣列計(jì)算血液中每種基因的表達(dá)。然后，利用合適軟件，如微陣列預(yù)測(cè)分析(PAM)計(jì)算患者中基因表達(dá)改變是由中風(fēng)造成的概率。用改變代表中風(fēng)的概率為85。/。以上確認(rèn)中風(fēng)的診斷。然后進(jìn)行下-一個(gè)步驟，以確定中風(fēng)病因。這點(diǎn)非常重要，因?yàn)閯?dòng)脈粥樣硬化引起的中風(fēng)可能需要手術(shù)治療或血管支架；而心臟栓塞引起的中風(fēng)需要用合適的藥物，包括例如芐丙酮香豆素鈉、華法林等進(jìn)行抗凝治療；和腔隙性疾病/高血壓引起的中風(fēng)需要用阿司匹林和其它抗-血小板藥物聯(lián)合高血壓藥物進(jìn)行治療。從用于診斷中風(fēng)的相同微陣列，評(píng)價(jià)患者血液樣品中表l所列基因的表達(dá)。將這些基因的表達(dá)與對(duì)照或參比樣品作比較，或與陣列上用作對(duì)照基因的基因組合作比較。如表1所示，動(dòng)脈粥樣硬化引起的中風(fēng)中增加的基因在心臟栓塞引起的中風(fēng)中降低；在心臟栓塞引起的中風(fēng)中增加的基因在動(dòng)脈粥樣硬化引起的中風(fēng)中降低；一些基因只在心臟栓塞引起的中風(fēng)中或只在動(dòng)脈粥樣硬化引起的中風(fēng)中改變。再次將所有23種基因的表達(dá)概況輸入PAM，PAM計(jì)算給定患者的中風(fēng)是心臟栓塞性、動(dòng)脈粥樣硬化性或是由其它原因引起的概率。如果對(duì)給定中風(fēng)病因而言概率為85%或更高，則報(bào)告該中風(fēng)病因。如果對(duì)任何中風(fēng)病因而言概率為50%，則該基因表達(dá)概況無法確定中風(fēng)病因。應(yīng)理解，本文所述的實(shí)施例和實(shí)施方式只是為了說明，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)了解據(jù)此作出的各種修飾或改變，它們包括在本申請(qǐng)的構(gòu)思和范圍以及所附權(quán)利要求書的范圍內(nèi)。通過引用將本文引用的所有發(fā)表物、專利、專利申請(qǐng)和登錄號(hào)全部納入本文用于所有目的。<table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table>表2<table>tableseeoriginaldocumentpage35</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因通用名基因描述剛—001928Hs,155597DF補(bǔ)體的D組分(脂肪細(xì)胞蛋白酶)NM—003831Hs.445511RIOK3R10激酶3(酵母)剛—022763Hs.159430FA謂4FAD104副_001343Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反應(yīng)性磷蛋白(果蠅)NM一020152Hs.222802C21orf7染色體21開放閱讀框7BC029493Hs.369265IRAK3白介素-1受體-相關(guān)性激酶3BF976693Hs.376675CDNAFU34層f's,克隆FCBBF3007597NM—000945Hs.280604PPP3R1蛋白磷酸酶3(以前稱為2B)，調(diào)節(jié)亞基B，19kDa,tx同種型(鈣調(diào)瞵酸酶B,i型)A1215106Hs.591381INSR胰島素受體X82240Hs.2484TCL1AT細(xì)胞白血病/淋巴瘤1AAW296309Hs.405667CD8B1CD8抗原，p多肽1(p37)M85256Hs.554197IGKC分離的供體Z克隆Z55K免疫球蛋白K輕鏈可變區(qū)mRNA，部分cdsAF439512Hs.387787KLRK1殺傷細(xì)胞凝集素樣受體超家族K，成員1剛—005442Hs.591663EOMES脫中胚蛋白(eomesodermin)同源物(爪蟾(Xenopuslaevis))AI424825Hs.435052A丁P8A1ATP酶，氨基磷脂轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(APLT),I類，8A型，成員1剛_006159Hs.505326NEIX2NEL-樣蛋白2(雞)603i卯322FlNIHMGC95智人cDNA克隆IMAGE:52617175'，mRNA序列._BC00I872Hs.510635IGHM同義同MU;智人免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)n,mRNA(cDNA克隆MGC:1228IMAGE:3544448),完整cdsAW006735Hs.85258CD8ACD8抗原，a多肽(p32)NM一007360Hs.387787殺傷細(xì)胞凝集素樣受體超家族FC，成員I剛—002261Hs-74082KLRC3問義問NKG2E，NKG2-E;同種型NKG2-E由轉(zhuǎn)錄物變體NKG2-E編碼；goj且分整合于膜[goid0016t)21][證據(jù)IEAj;§0_功能跨膜受休活性[goid0004S88][證據(jù)TAS][pmid9683661；go—功能凝集素[goid0005530][證據(jù)IEA];go—功能糖結(jié)合[goid0005529][證據(jù)lt:A];go—過程細(xì)胞防御反應(yīng)[goid0006968]l證據(jù)TAS][pmid9683661];go過程異嗜性細(xì)胞粘附[goid0007l57][證據(jù)IEA];智人殺傷細(xì)胞凝柒素扭受休超家族C,成員3(KLRC3)，轉(zhuǎn)錄物變體NKG2-E，mRNA.M1323IHs.534032TRGV9T細(xì)胞受體Y棊因座AI753792Hs.502004RRAS2相關(guān)RAS病毒(r-ras)癌基因同源物2M16768Hs.534032TRGV9T細(xì)胞受體(V-J-c)前體；人T細(xì)胞受體y鏈VJCI-Cl卜Cm區(qū)mRNA,完整cds剛—003175Hs.458346XCU趨化因子(C基序)配體2U96394Hs.449601IGL@克隆P2-147抗-氧化LDL免疫球蛋n輕鏈FabmRNA，部分cdsM2733Hs.534032TRGV9T細(xì)胞受體Y基因座U23772Hs.546295XCU趨化因子(C基序)配體1NM—004931Hs.405667CD8B1CD8抗原，p多肽1(p37)剛—006275Hs.6891SFRS6剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸的蛋白6BC020552Hs.379186PDCD6程序性細(xì)胞死亡蛋白6剛—001548Hs.203151F1T1含:…卜四肽貫s的r-擾疾誘導(dǎo)蛋niBC005248Hs.461178EIF1AY真核翻i斧起始因子1A,Y-連接剛—004660Hs.99120DDX3YDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,Y-連接NM—001008Hs-282376RPS4Y1核糖體蛋白S4，Y-連接36表3<table>tableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因通用名稱基因描述AF298547Hs.369279NALP2含有NACHT、富亮氨酸重復(fù)和PYD的蛋白2AW157571Hs.47卯66MARLIN1多巻曲螺旋GABABRl-結(jié)合蛋白AA767131Hs.121432KIAA0073KIAA0073蛋白NMJJ04356Hs.54457CD81CD81抗原(抗增殖抗體1的靶點(diǎn))A1702465Hs.23606轉(zhuǎn)錄序列U90339Hs.584739ADK腺昔激酶AW296309Hs,405667CD8B1CD8抗原，P多肽l(p37)AI753792Hs.502004RRAS2相關(guān)RAS病毒(r-ras)癌基因同源物2剛—004931Hs.405667CD8B1CD8抗原，卩多肽1(p37)39<table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述躍—001928Hs.155597DF補(bǔ)體的D組分(脂肪細(xì)胞蛋白酶)NM一003831Hs.445511RI0K3RIO激酶3(酵母)剛—022763Hs.159430FAD104FAD104NM—001343Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反應(yīng)性磷蛋白(果蠅)剛—020152Hs.222802C21orf7染色體2開放閱讀框7BC029493Hs.369265IRAK3白介素-1受體-相關(guān)性激酶3BF976693Hs.376675CDNAFU34100fis,克隆FCBBF3007597NM_000945Hs.280604PPP3R1蛋白磷酸酶3(以前稱為2B),調(diào)節(jié)亞基B,19kDa，a同種型(鈣調(diào)磷酸酶B，I型)AI2'5106Hs.591381INSR胰島素受體A脂801Hs.191356BIRC1與蛋白sp非常相似的轉(zhuǎn)錄序列:Q13075(智人)BIRl人含有桿狀病毒IAP重復(fù)的蛋白1AW270105Hs.643卯2RNF3環(huán)指蛋白3BG913589Hs.59214LOCI44871DnaJ(Hsp40)同源物，亞家族C，成員3W73230Hs.200100Ellslzd56c09,slSoares胎心NbHHI9W智人cDNA克隆IMAGE:3446563'類似于含有元件MEkl5"重i元件，mRNA序列.BF69I447Hs.644051B4GALT5UDP-Gal:PGlcNAcpl，4-半乳糖基轉(zhuǎn)移酶，多肽5剛_005502Hs.429294ABCA1ATP-結(jié)合盒，亞家族A(ABC1)，成員1剛—000361Hs,2030THBD血栓調(diào)節(jié)蛋白A證4569Hs.195403DOCK5胞質(zhì)分裂作用蛋白(dedicatorofcytokinesis)5AB051833Hs.123239ACRBP頂體蛋白結(jié)合蛋白剛—004126Hs.83381GNG11鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，"IY07846Hs.322852GAS2U生長(zhǎng)阻滯-特異性蛋白2樣蛋白1BE327727Hs.443301轉(zhuǎn)錄序列M36532Hs.155097CA2碳酸酐酶11NM一017526Hs.23581OBRGRP瘦激素受體AW205122Hs.496572FLJ22679假擬蛋白FU22679AI141116Hs.123239ACRBP頂體蛋n結(jié)介蛋nAW293296Hs.163893轉(zhuǎn)錄序列N63244Hs.592143TUBB1微管蛋白，piBG120535VNN1602346858F1NIHMGC90智人cDNA克隆1MAGE:44416955'，mRNA序列.AU152763Hs.586165CDNAFLJ10742廠is'克隆NT2RP3001629BC003064Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反應(yīng)性磷蛋白(果蠅)N63920Hs.5%025CDNA克隆1MAGE:5294823，部分cdsBG251467Hs.22514MSCP線粒體溶質(zhì)載體蛋白AF237762Hs.306199GPR84G蛋白偶聯(lián)受體84AW206560Hs，M6轉(zhuǎn)錄序列AI97I2UHs.434494SYNJ2突觸伸蛋白2AU36805Hs-278436ZNF537鋅指蛋白537BC026299Hs.518727克隆IMAGE:4275461，mRNABE675324Hs.200770轉(zhuǎn)錄序列NM—021647Hs,178121K1AA0626剛一O18482Hs.106015DDEF1同義詞PAP，PAG2，ASAP1，ZG14P，KIAA1249;智人發(fā)育和分化增強(qiáng)因子1(DDEF1)，mRNA.AA149644Hs.150718JAM3連接粘著分子3AF325460Hs.351S12CLECSF7C-型(鈣依賴性糖識(shí)別結(jié)構(gòu)域)凝集素，超家族成員7AW665656Hs.633892GLUL谷氨酸-氨連接酵(谷胺酰胺合酶)41<table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述U23772Hs.546295XCX1趨化因子(C基序)配體1NM一004931Hs.405667CD8B1CD8抗原，(3多肽1(p37)畫—006275Hs.689ISFRS6剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸的蛋白6BC020552Hs.379186PDCD6程序性細(xì)胞死亡蛋白6剛—001548Hs.20315諸l鵬塔軸BC005248Hs.461178E1F1AY真核翻譯起始因子1A,Y-連接固一00466t)Hs.99120DDX3YDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,Y-連接NM—001008Hs.282376RPS4Y1核糖體蛋白S4，Y-連接43<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述AI640434Hs.60545FLJ謡7假擬蛋白FU10357AW043859Hs.235795克隆IMAGE:5263020，mRNAH68759Hs.122514轉(zhuǎn)錄序列剛一004536Hs.191356」BIRC1含桿狀病毒IAP重復(fù)的蛋白1AF0畫0Hs,335205全長(zhǎng)插入物cDNA克隆YW04H08NM—003189Hs.73828TAUT-細(xì)胞急性淋巴細(xì)胞性白血病1AW138767Hs.274256ELOVL7假擬蛋白FU23563NM—003693Hs.534497SCARF1F類清道夫受體，成員1BG177759Hs.497873WDR26WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域26AW264036Hs.478588BCL6B細(xì)胞CU7淋巴瘤6(鋅指蛋白51)AL1簡(jiǎn)7Hs.59214DNAJC3DnaJ(Hsp40)同源物，亞家族C，成員3剛—0腦8Hs.05134MBNL3肌盲蛋白樣蛋白3(muscleblind-like3)(果Jll尾)AI640434Hs.60I545FU10357假擬蛋白FU10357AI332764Hs.516646轉(zhuǎn)錄序列AI719730Hs.24258GUCY1A3鳥苷酸環(huán)化酶1,可溶，a3圃J30441Hs.351812CLECSF7C-型(鈣依賴性糖識(shí)別結(jié)構(gòu)域)凝集素，超家族成員7AW796364Hs.371594MKNK1與蛋白ref相似度不高的轉(zhuǎn)錄序列:NP—060265.1(智人)假擬蛋白FU20378[智人]BC043380Hs.468274CDNA克隆IMAGE:5223469，部分cdsNM—017698FU22679AW069181Hs.603149ZAKcr43e01.xl人骨髓基質(zhì)細(xì)胞智人cDNA克隆HBMSCcr43e013',mRNA序列.AF350881Hs.272225TRPM6瞬時(shí)受體潛在陽離子通道，亞家族M，成員6AA082707Hs.592262MLL5廿髓/淋巴性或混合譜系白血病5r::胸同源物，果蠅)AL035700S咖GRL2從Em:AL451064配對(duì)蛋白質(zhì)Tr:075368Sw:P55822Tr:Q9BPY5Tr:Q9BRB8Sw:Q9WUZ7中的bA177G23.1延續(xù)；染色體6ql3-15上來自克隆RP1-75K24的人DNA序列含有SH3結(jié)構(gòu)域結(jié)1^性富谷氨酸蛋門樣蛋fl2的SH3BGRL2基因的3'末端，完整序列N66571Hs.501898MRVH鼠逆轉(zhuǎn)錄病遊科整六位點(diǎn)1同源物AA482548Hs-497873WDR26zt34b03.slSoares卵巢腫瘤NbHOT智人c:DNA克隆1MAGE:7242053'，mRNA序歹ij.AI052659Hs.334019轉(zhuǎn)錄序列AF074331PAPSS2智人PAPS合成酶-2(PAPSS2)mRNA，完整cdsAI682905Hs.280342PRKARIA蛋白激酶，cAMP依賴性，調(diào)節(jié)性，l刑，a(組織特異忡:消'A;械因l)A1022066Hs.480763轉(zhuǎn)錄序列A1953847Hs.148741舊RDC2含有舊R結(jié)構(gòu)域的蛋白2NM—000361Hs.203OTHBD血栓調(diào)節(jié)蛋白AY151286Hs-196384P丁GS2旅列腺桌-內(nèi)過氧化物合酶2(前列腺素G/H合酶和環(huán)加氧酶)AL713724Hs.487994MRNA;cDNADKFZp66700416(來自克隆DKFZp66700416)A1831952Hs,56758NDE1nudE核分布棊因E同源物1(構(gòu)巢曲霉(A.nidnlans))N45231Hs.513053DNAJA4DnaJ(Hsp40)同源物，亞家族A,成員4AA044825Hs.520757TBXAS1血栓烷A合酶1(血小板，細(xì)胞色素P450，家族5，亞家族A)A1476341Hs.93825CDNAFU39784fls，克隆SPUEN2002314BF195718Hs.221889CSDA冷激結(jié)構(gòu)域蛋白AAL833423Hs.379548MRNA:cDNADKFZp313H2139(來自克隆DKFZp313H2139)NM一009590Hs.143102A0C2胺氧化酶，含锏的蛋ri2(視網(wǎng)膜特異性)AA770170Hs.499489MIRc-mir，免疫識(shí)別的細(xì)胞調(diào)節(jié)蛋白BE965029Hs.501928厶;母L2601658812R1NIHMGC69智人cDNA克隆MAGE:38861313',mRNA序列.BC0I8042Hs,279815CSAD半胱氨酸亞磺酸脫羧酶46<table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述W國(guó)3Hs.3707250SBPL1A氧固醇(oxysterol)結(jié)合蛋白-樣蛋白1AAA057437Hs.458747轉(zhuǎn)錄序列NM—024565Hs.14070FU14166假擬蛋白FLJ14166AI356228Hs.515351KIAA1533KIAA1533AI937121Hs.29282轉(zhuǎn)錄序列A陽045Hs.61438轉(zhuǎn)錄序列N24643Hs.4權(quán)7WSB1含有WD重復(fù)和SOCS盒的蛋白1AU122258AU122258MAMMAl智人cDNA克隆MAMMAl0020095'，mRNA序列，AI278204Hs.99472MRNA;cDNADKFZp56400862(來自克隆DKFZp564O0862)AW450374Hs.593734克隆IMAGE:4824518，mRNABE888885Hs.220950FOX03ACDNA克隆MAGE:4814010,部分cdsAK023845USP34泛素特異性蛋白酶34BF511336Hs.591641轉(zhuǎn)錄序列R12665Hs.11594CDNAFU27273fis,克隆TMS00761BC006428Hs.l89H9CXXC5CXXC指5AI354636Hs.586401qu95c03.xlNCICGAPGas4智人cDNA克隆IMAGE:19798123'，mRNA序列.AK025248Hs.546419FU13220假擬蛋白FU13220BE675549Hs.79170TTC9.:十四肽貫復(fù)結(jié)構(gòu)域9NM—000579Hs.450802CCR5趨化因子(C-C基序)受體5AB020630Hs.45719PPP1R16B蛋白磷酸酶l，調(diào)節(jié)(抑制)亞基I6BNM—002985Hs.514821CCL5趨化因子(C-C基序)配體5剛—014392Hs-518595D4S234E染色體4上的DNA區(qū)段(獨(dú)特)234種表達(dá)序列A1821566Hs.642748TTC16耐扭蛋廣i(torsin)家族2，成員AAA771779Hs.461074ZFP卯鋅指蛋白90同源物(小鼠)A1084226Hs.58831TOSOFas誘導(dǎo)凋亡的調(diào)節(jié)物AF057557Hs.58831TOSOFas誘導(dǎo)凋亡的調(diào)節(jié)物NM_005356Hs.470627IXK淋巴細(xì)胞-特異性蛋白質(zhì)酪氨酸激酶BC04I468Hs.434746LOC339988假擬蛋白LOC339988(LOC339988),mRNABC002556RAB31PNM—002002Hs.465778FCERgE的Fc片段的低親和11類受體(CD23A)NM—018556Hs.5卯883S1RPB2信號(hào)調(diào)節(jié)蛋白卩2AB020630Hs.45719蛋白磷酸酶l，調(diào)節(jié)(抑制)亞基16BAF298547Hs.369279NALP2含有NACHT、宮亮氨酸爪S和PYD的蛋白2AW157571Hs.479066MARL1N1多巻曲螺旋GABABRl-結(jié)合蛋白AA76713IHs.121432KIAA0073KIAA0073蛋白M21121Hs.514821CCL5趨化因子(C-C基序)配體5NM—004356Hs.54457CD81CD81抗原(抗增殖抗體1的靶點(diǎn))BF432238Hs.585799ZNF286CDNAFU31089fis，克隆IMR321000092NM—004310Hs.160673RHOHras同源物基因家族，成員HBC000533Hs,567374EIF3S8真核翻譯起始因于3，亞基8，110kDaU07236Hs.470627LXK淋巴細(xì)胞-特異性蛋白質(zhì)酪氨酸激酶A1702465Hs.23606轉(zhuǎn)錄序列AU155091Hs.633678克隆IMAGE:4814008，mRNA謂339Hs,584739ADK腺貨激酶AW575245Hs.266331FREBB細(xì)胞中表達(dá)的Fc受體同源物NM—030915Hs.567598LBH可能是小鼠肢芽和心臟基因的直向In〗源物AI524095Hs.403857LY9淋巴細(xì)胞抗原9AW204712Hs.385493C10orfl28假擬蛋白LOC17037148GenBankID獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述U49396」Hs.40簡(jiǎn)P2RX5嘌呤能受體P2X,配體-門控離子通道，5AA781795Hs.546467EPSTI1上皮基質(zhì)相互作用蛋白l((乳腺))BF433219轉(zhuǎn)錄序列，BC003574Hs.2484TCL1AT-細(xì)胞白血病/淋巴瘤1AAB051458Hs-419171KIAA1671KIAA1671蛋白剛—004114Hs.6540FGF13成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子13BF446578Hs.125293RASGEF1ARasGEF結(jié)構(gòu)域家族，成員1AAA931562Hs.444049與蛋白ref相似度不高的轉(zhuǎn)錄序列:NP—060312.1(智人)假擬蛋白FU20489[智人〗BF514552Hs.292449FCRH3Fc受體-樣蛋白3X82240Hs.2484TCUAT-細(xì)胞白血病/淋巴瘤1AAW296309Hs.405667CD8B1CD8抗原.卩多肽1(p37)M85256Hs.554197IGKC分離的供體Z克隆Z55K免疫球蛋白k輕鏈可變區(qū)mRNA，部分cdsAF439512Hs.387787KLJIKI殺傷細(xì)胞凝集素樣受體超家族K，成員l麗一005442Hs.591663EOMES脫中胚蛋白同源物(爪蟾)A腦825Hs.435052ATP8A1ATP酶，氨基磷脂轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(APLT)，I類，8A型，成員1畫一006159Hs.505326NELL2NEL-樣蛋白2(雞)B1547087603隨22F1麗MGC95智人cDNA克隆[MAGE:52617175',mRNA序列.BC001872Hs.5腕51GHM同義詞MU;智人免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)p，mRNA(cDNA克隆MGC12281MAGE:3544448)，完整cdsAW006735Hs.85258CD8ACD8抗原，a多肽(p32)NM—007360Hs,387787Kl且l殺傷細(xì)胞凝集素樣受體超家族K，成員1剛—002261Hs.7權(quán)2KLRC3l"J義詞NKG2E，NKG2-E;同種型NKG2-E由轉(zhuǎn)錄物變體NKG2-E編碼；goj且分整合于膜[goid0016021Jf證據(jù)1RA1;go—功能跨股受休活性[goid0004888][證據(jù)TAS][pmid9683661|;go—功能撫集素[goidOC)05530][證據(jù)舊A];go—功能糖結(jié)合[goid0005529][^據(jù)IEA；go—過程細(xì)胞防御反應(yīng)[goid0006968][證據(jù)TAS][pmid9683661];go過程異嗜性細(xì)胞粘附[goid0007157][證據(jù)lEA];智人殺傷細(xì)胞凝集素樣受^超家族C，成員3(KLRC3)，轉(zhuǎn)錄物變體NKG2-E，mRNA.M13231Hs.534032TRGV9T細(xì)胞受體Y基因座AI753792Hs.502004RRAS2相關(guān)RAS病毒(was)癌基因同源物2M16768Hs.534032TRGV9T細(xì)胞受體(V-J-C)前體；人T細(xì)胞受體Y鏈VJC1-CI1-CIII區(qū)mRNA，完整cdsNM—,175Hs.458346XCLI趨化因子(C基序)配體2U96394Hs.44%01IGL@克隆P2-147抗-氧化LDL免疫球蛋l(fā)'—i輕鏈FabmRNA，部分cdsM27331Hs.534032TRGV9丁細(xì)胞受體"/S因座U23772Hs.546295XCU趨化因子(C基序)配體1NM—004931Hs,405667CD8BICD8抗原，(i多肽I(p37)剛—006275Hs.6891SFRS6剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸的蛋白6BC020552Hs.379186PDCD6程序性細(xì)胞死亡蛋白6NM—001548Hs.203151F1T1含—:.:.十四肽歌復(fù)的千擾素誘導(dǎo)蛋ri1BC005248Hs.461178EfFIAY真核翻i孕起始因子IA，Y-連接剛一00466t)Hs.99120DDX3YDEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,Y-連接固—OO畫Hs.282376RPS4Y1核糖體蛋白S4，Y-連接49<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage51</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>GenBankfD獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述3'，mRNA序列AF188298Hs.481980DAB2失能同源物2，促分裂原反應(yīng)性磷蛋白(果蠅)薩J)05卯6Hs.446125MAK雄性生殖細(xì)胞-相關(guān)性激酶BC002716Hs.496572FU22679假擬蛋白FLJ22679AK0235i2Hs.463439SPAG9精子相關(guān)抗原9AA010315Hs.60371轉(zhuǎn)錄序列AF051151Hs.135853TLR5toll-樣受體5B匿94560STF1AGENCOURTJ0424238NIH—MGC—79智人cDNA克隆IMAGE:66633435',mRNA序列NM一002607Hs.535898PDGFA血小板衍生生長(zhǎng)因子a多肽AK024748Hs.297343CAMKK2鈣/鈣調(diào)蛋白-依賴性蛋白激酶激酶2，卩U76248Hs.477959S1AH2SIA同源物2(果蠅)AI819198Hs.208229GPR54G蛋白偶聯(lián)受體54AI452469Hs.605187與蛋白ref相似度不高的轉(zhuǎn)錄序列:NP009032.1(智人)肌氨酸脫氫酶二甲基甘氨酸脫氫酶-樣蛋白l[智人]AA037483Hs,458395HISTIH2BCzk34a02.slSoares一妊娠—子宮—NbHPU智人cDNA克隆IMAGE:4846823',mRNA序列U56237Hs.631534FCARIgA的Fc片段的受體廳045Hs.29189轉(zhuǎn)錄序列AW299958Hs.524491PAPSS23'-磷酸腺苷5'-磷酸硫酸合酶2AK02腦Hs.106015CDNAFL川921fis,克隆HEMBB1000318畫_002398Hs.526754MEIS1Meisl，骨髄親嗜性病毒整合位點(diǎn)1同源物(小鼠)AV725666Hs.220950F0X03ACDNA克隆IMAGE:4814010，部分cdsAK026714Hs.7886PEU1PELI同源物1(果蠅)剛—005373Hs.82906MPLCDC20細(xì)胞分裂周期蛋白20同源物(釀酒酵付-)AK024382未命名蛋白質(zhì)產(chǎn)物；智人cDNAFUI4320fis，克隆PLACE3OO0455.AA702409Hs,5訓(xùn)7轉(zhuǎn)錄序列A1074467Hs.593643轉(zhuǎn)錄序列A1368358Hs.496%9NPLN-乙酰神經(jīng)氮酸丙酮酸裂合酶(——.吡啶竣酸介酶)H28667Hs-444451ZAK含有不育性a基序和亮氨酸拉鏈的激酶AZKAL544951Hs.280604PPP3R1AL544951智人胎盤COT25-標(biāo)準(zhǔn)化的智人cDNA克隆CS()DIO12YC115-PRlME，mRNA序列AL050388Hs.487046SOD2超氧化物歧化酶2，線粒體AI829674Hs.584845轉(zhuǎn)錄序列剛_0腦4Hs.24309THEDC1假擬蛋白FU11106AA362254Hs.529633轉(zhuǎn)錄序列AW130600Hs-99472MRNA;cDNADKFZp56400862(來自克隆DKFZp56400862)N25732Hs.591328F0X03Ayx83c03.slSoares黑色素細(xì)胞2NbHM智人cDNA克隆IMAGE:2683243'，mRNA序列NMJH7815Hs.442782C14orf94染色體14開放閱讀框94AK055448房587智人cDNAFU30886f"is，克隆FEBRA2005014,與鋅指蛋白84略有相似S69189Hs-464137ACOX1?；?輔酶A氧化酶1，棕櫚酰AU146027Hs.592326AU146027HEMBA1智人cDNA克隆HEMBA10065953'，mRNA序列BE439987Hs.462214GAS7生長(zhǎng)附滯-特異性蛋白7AI363213Hs—381058K1AA0146K1AA0146蛋白BF508786Hs.613959MRNA;cDNADKFZp686J24234(來自克隆DKFZp686J24234)BF680284Hs.34558CDNA:FU21l99fis，克隆COL00235H93077Hs,519694C5orf4染色體5開放閱讀框4A園924Hs.191850轉(zhuǎn)錄序列W簡(jiǎn)3Hs.370725OSBPUA氧固醇結(jié)合蛋白-樣蛋白1A53<table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因ID通用名稱基因描述AW977516Hs.592755轉(zhuǎn)錄序列BF9柳30Hs.,84RAI1視黃酸誘導(dǎo)蛋白1NM—005263Hs.73172GFI1生長(zhǎng)因子依賴性蛋白1AI347139Hs.8162MGC39372假擬蛋白MGC39372NM—002832Hs.402773PTPN7蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶，非受體型7NM—,62Hs.191334UNG尿嘧啶-DNA糖基化酶AA679705Hs.535464E固8真核翻譯起始因子3，亞基8，110kDaAY007128Hs.469728CDNAFU26765fis，克隆PRS02774AK074465Hs.462833FIJ31952假擬蛋白HJ3I952NM—001504Hs,198252CXCR3趨化因子(C-X-C基序)受體3固—005715Hs.557541UST糖醛基-2-磺基轉(zhuǎn)移酶AA683481Hs,22546MGC20446假擬蛋白MGC20446A隨961Hs.36972CD7CD7抗原(p41)A畫285Hs.503891USP28tw83h09.xlNCI—CGAP—HN5智人cDNA克隆IMAGE:22663373'類似于含有Alu重復(fù)元件i有元孖MER29重復(fù)元件，mRNA序列.AL582804Hs.403857乙Y9淋巴細(xì)胞抗原9NM—000107Hs.643521DDB2損傷特異性DNA結(jié)合蛋白2，48kDaAL833685Hs.440508MRNA;cDNADKFZp66700522(來自克隆DKFZp66700522)BE56818415E1.2細(xì)胞色素c氧化酶亞基Via多肽1BG250907Hs.591503克隆IMAGE:5178133，mRNANM_018281Hs.476319FU10948假擬蛋白FU10948BG542955Hs.133916LOCI52485假擬蛋白LOCI52485AK024386Hs.155742GRHPR乙醛酸還原酶/羥基丙酮酸還原酶NM—024070Hs.521075STAG3基質(zhì)抗原3AB014719Hs.618112APBA2淀粉樣卩(A4)前體蛋白-結(jié)合蛋白，家族A，成員2(Xll-樣)D42043Hs.98910RAFTUN筏聯(lián)蛋廣JAY043466Hs.292449FCRH3Fc受體-樣蛋白3A1017564Hs.492716MGC21654未知MGC21654產(chǎn)物NM—005317Hs.465511GZMM粒酶M(淋巴細(xì)胞中間酶1)AL527430Hs.2006GSTM3谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M3(腦)NM—014767Hs,523009SPOCK2l"J義詞蘋:丸Sn聚糖-2;go—組分胞外基質(zhì)[goid0t)05578][證據(jù)NAS][pmid10386950];go—功能鈣離子結(jié)合[goid0005509j[證據(jù)1DAj[pniid10386950];go過程突觸發(fā)生[goid0007416j[證據(jù)NASj[pmid10386950j;go—過程胞外l^質(zhì)組織和生物發(fā)生[goid0030198][證據(jù)NAS][pmid10386950];go—過程細(xì)胞分化的調(diào)節(jié)[goidt)045595][證據(jù)NAS][pmid10386950];智人sparc/卄粘連蛋白，cwcv和kazal-樣結(jié)構(gòu)域蛋白聚糖(寧丸蛋n聚糖)2(SPOCK2)，mRNA.BC040914Hs.322462克隆IMAGE:5745627，mRNAAK001164Hs.599785CDNAFU10302fis，克隆NT2RM2000042AK097515Hs.120250FLJ40597假擬蛋白FU40597NM—005608Hs.155975P丁PRCAP蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶，受體型，c-相關(guān)蛋白AI457120Hs.331420PPAT磷酸核糖焦磷酸酰氨轉(zhuǎn)移酶AA541630Hs.170019RUNX3侏儒(runt)-相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子3NM—024709FU14146假擬蛋白FU1446NM—(M3330Hs.642710畫E7非轉(zhuǎn)移細(xì)胞中表達(dá)的蛋白7(核苷-二磷酸激酶)AL520200Hs.4207%MGC15429假擬蛋白MGC15429剛—003752Hs.567374EIF3S8真核翻譯起始因于3，亞基8，110kDaBE259729Hs.438429RPS19核糖體蛋白S19AW043830Hs.471441轉(zhuǎn)錄序列R12665Hs.11594CDNAFU27273fis，克隆TMS00761BC006428Hs.189119CXXC5CXXC指558<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table>GenB加kID獨(dú)特基因ID基因描述AI640434Hs,601545假擬蛋白FLJ10357AW043859Hs.235795"克隆IMAGE:5263020，mRNA"H68759Hs.22514轉(zhuǎn)錄序列剛一004536Hsl91356含桿狀病毒IAP重復(fù)的蛋白1AF086010Hs.335205全長(zhǎng)插入物cDNA克隆YW04H08畫_003189Hs.73828T-細(xì)胞急性淋巴細(xì)胞性白血病1AW138767Hs.274256假擬蛋白FLJ23563畫一003693Hs.534497"F類清道夫受體，成員1"BG177759Hs,497873WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域26AW264036Hs.478588B細(xì)胞CLL/淋巴瘤6(鋅指蛋白51)ALH9957Hs.59214"DnaJ(Hsp40)同源物，亞家族C,成員3"剛_018388Hs.腦34肌盲蛋白樣蛋白3(果蠅)A國(guó)434Hs細(xì)545假擬蛋白FLJ10357AU32764Hs.516646轉(zhuǎn)錄序列AI719730Hs.24258"鳥苷酸環(huán)化酶1，可溶，ot3"NMJ30441Hs.351812"C-型(鈣依賴性糖識(shí)別結(jié)構(gòu)域)凝集素，超家族成員7"AW796364Hs.371594與蛋白ref相似度不高的轉(zhuǎn)錄序列:NP—060265,1(智人)假擬蛋白FU20378[智人]BC043380Hs.468274■'CDNA克隆IMAGE:5223469,部分cds"NM—017698AW069181Hs扁149"cr43e01.xl人骨髓基質(zhì)細(xì)胞智人cDNA克隆HBMSC—cr43e013'，mRNA序列"AF350881Hs.272225"瞬時(shí)受體潛在陽離子通道，亞家族M，成員6"AA082707Hs.592262"骨髓/淋巴性或混合譜系白血病5(.--:胸問源物，果蠅)"AL035700"從Em:AL451064配對(duì):蛋白質(zhì)Tr:075368Sw:P55822Tr:Q9BPY5Tr:Q9BRB8Sw:Q9WUZ7中的N66571Hs.501S98鼠逆轉(zhuǎn)錄病^科整介位點(diǎn)1同源物AA482548Hs.497873"zt34b03.slSoares卵覓腫癇NbHOT智人cDNA克隆1MAGE:7242053',mRNA序列."A1052659Hs.334019轉(zhuǎn)錄序列AF074331"智人PAPS合成酶-2(PAPSS2)mRNA，完整cds"AI682905Hs.280342"蛋白激酶，cAMP依賴性，調(diào)節(jié)性，I型'ct(組織特異性消火基因I)'1AI02馬6Hs.480763轉(zhuǎn)錄序列AI953847Hs.148741含有IBR結(jié)構(gòu)域的蛋白2NM—000361Hs.2030血栓調(diào)節(jié)蛋白AY151286Hs-196384前列腺素-內(nèi)過氧化物合酶2(前列腺素G/H合酶和環(huán)加氧酶)AL713724Hs.487994MRNA;cDNADKFZp66700416(來自克隆DKFZp66700416)AI831952Hs.56751SnudE核分布基因E同源物1(構(gòu)巢曲霉)N45231Hs,513053"DnaJ(Hsp40)同源物,亞家族A，成員4"AA044825Hs.520757"血栓烷A合酶1(血小板，細(xì)胞色素P450,家族5,亞家族A)"A1476341Hs.93825"CDNAFU39784f's，克隆SPLEN2002314"BF1()5718Hs.221889冷激結(jié)構(gòu)域蛋白AAL833423Hs.379548MRNA;cDNADKFZp313H2139(來自克隆DKFZp313H2139)NM一009590Hs.143102"胺氧化酶，含锏的蛋白2(視網(wǎng)膜特異性)"AA770170Hs.499489"c-tnir，免疫識(shí)別的細(xì)胞調(diào)節(jié)蛋白'1BE965029Hs.501928"6016588!2R1N1H—MGC—69智人cDNA克隆IMAGE:388613131，mRNA序列"BC01謝2Hs.279815半胱氨酸亞磺酸脫羧酶AA218974"zr02gl2.sl司査塔基NT2神經(jīng)元前體937230智人cDNA克隆IMAGE:6503743'，mRNA序列,"AF188298Hs.481980"失能同源物2，促分裂原反應(yīng)性磷蛋白(果蠅)"63<table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table>GenBankID獨(dú)特基因ID基因描述AK001393Hs.134857假擬蛋白MGC12458剛一000313Hs.64016蛋白質(zhì)S(a)AW027474Hs.446678核受體共同激活物2AI422414Hs.484551轉(zhuǎn)錄序列剛一004196Hs.280881細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶-樣蛋白I(CDC2-相關(guān)性激酶)AI374686Hs.122523轉(zhuǎn)錄序列AW184034Hs.600998v-raf鼠肉瘤病毒癌基因同源物BlBC025707Hs.484099」"鉀大電導(dǎo)鈣激活通道，亞家族M，p成員rAA815354Hs.520684"假擬LOC284527(LOC284527)，mRNA"AF306674Hs.132050假擬蛋白MGC40368W93728Hs.77890"鳥苷酸環(huán)化酶l，可溶，(B"麗_003326Hs.181097"腫瘤壞死因子(配體)超家族，成員4(tax-轉(zhuǎn)錄激活的糖蛋白1，34kDa)"R62432Hs.211252"溶質(zhì)載體家族24(鈉/鉀/鈣交換蛋白)，成員3"AI821895Hs.433060轉(zhuǎn)錄序列AW051591Hs-388364假擬蛋白LOC285533剛_000187Hs.368254"尿黑酸l，2-加雙氧酶(尿黑酸氧化酶)"AK023837Hs.159799甲狀腺激素受體相關(guān)蛋白2BF446281Hs.433307"支鏈酮酸脫氫酶El,a多肽(槭糖尿病)"BE046521Hs.191482"cut-樣蛋白l，CCAAT置換蛋白(果蠅)"AW006409Hs.532144"組蛋白1，H3d"AI476341Hs.93825"CDNAFLJ39784fis，克隆SPLEN2002314"BF512068Hs.575090轉(zhuǎn)錄序列AA488687Hs.390594"溶質(zhì)載體家族7，(陽離子氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，y+系統(tǒng))成員ir剛—0024i3Hs.8腦微粒體谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶2R64696"yi22fl2,rlSoares胎盤Nb2HP智人cDNA克隆IMAGE:1400155'類似于含有Alu重復(fù)元件；AV699911Hs310421與蛋白sp相似度不高的轉(zhuǎn)錄序列:P23961(智人)ALUC人H!！ALUC類警告條t:j!!!!NM—002350Hs.491767v-yes-lYamaguchi肉瘤油戰(zhàn)相關(guān)性癌基L別i。源物AI698731Hs.202238轉(zhuǎn)錄序列AA215519"zr97a07.rlNCI—CGAP—GCB1智人cDNA克隆陽GE:6836045'，mRNA序列"BC000195Hs.279583DORA反義鏈蛋白1AW累786Hs.507260"溶質(zhì)載體家族15，成員4"AA705029Hs,529488"與蛋白pdb非常相似的轉(zhuǎn)錄序列.，1BGM(大腸桿菌)0鏈O，B-半乳糖苷酶"BC020868Hs-632256信號(hào)傳導(dǎo)蛋白和轉(zhuǎn)錄激活蛋白5B隨849515Hs.636486富亮氨酸承s:激酶1AW269743Hs.254477"CDNAFU20182fis，克隆COLF01卯"BC039825Hs.446125雄性牛殖細(xì)胞-相關(guān)性激酶NM—014339Hs.129751白介素f7受體AW196696Hs.484363與蛋白ref非常相似的轉(zhuǎn)錄序列NPJ)60卯4.1(智人)歌利亞蛋廣1;可能是小鼠g卜相關(guān)性鋅指蛋AI583964Hs.544636轉(zhuǎn)錄序列BE552138Hs.632488補(bǔ)體組分(3b/4b)受體卜樣AI738802Hs.644106細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶(CDC2-樣)11BC025708Hs.592017假擬蛋白FLJ11175BE327650Hs.369978假擬蛋白FU11753A1972498Hs.97469"克隆IMAGE:4812754，mRNA"AI668625Hs.380094全長(zhǎng)插入物cDNAYO61D0967<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>表8<table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>權(quán)利要求1.一種診斷缺血或發(fā)生缺血的傾向的方法，所述方法包括測(cè)定來自哺乳動(dòng)物對(duì)象的生物樣品中多種缺血相關(guān)基因的表達(dá)水平，其中所述水平與所述基因的正常對(duì)照水平相比提高或降低則表明所述對(duì)象患有缺血或處于發(fā)生缺血的風(fēng)險(xiǎn)中，其中所述多種缺血相關(guān)基因選自表1、2、3、4、5、6或7所列的基因。2.如權(quán)利要求l所述的方法，其特征在于，所述多種缺血相關(guān)基因選自表1所列的基因。3.如權(quán)利要求l所述的方法，其特征在于，所述提高是與所述正常對(duì)照水平相比高至少約1.3倍，所述降低是與所述正常對(duì)照水平相比低至少約1.3倍。4.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，與正常對(duì)照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表達(dá)提高至少約1.3倍，以及與正常對(duì)照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表達(dá)降低至少約1.3倍則表明所述對(duì)象已經(jīng)歷心臟栓塞性中風(fēng)或處于心臟栓塞性中風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)中。5.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，與正常對(duì)照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表達(dá)降低至少約1.3倍表明該對(duì)象已經(jīng)歷動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)，或者處于動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)中。6.如權(quán)利要求l所述的方法，其特征在于，所述缺血是選自下組的成員栓塞性中風(fēng)、血栓形成性中風(fēng)和瞬時(shí)缺血性發(fā)作。7.如權(quán)利要求l所述的方法，其特征在于，所述缺血是心臟栓塞性中風(fēng)。8.如權(quán)利要求l所述的方法，其特征在于，所述缺血是動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)。9.如權(quán)利要求l所述的方法，其特征在于，所述樣品是血液。10.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在亍，通過檢測(cè)缺血相關(guān)基因探針與所述生物樣品的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來確定所述表達(dá)水平。11.如權(quán)利要求IO所述的方法，其特征在于，所述雜交步驟在核酸陣列上進(jìn)行。12.—種缺血參比表達(dá)概況，其包括表l、2、3、4、5、6或7所列多種基因的基因表達(dá)模式。13.—種缺血參比表達(dá)概況，其包括表1所列多種基因的基因表達(dá)模式。14.如權(quán)利要求13所述的缺血參比表達(dá)概況，其特征在于，與正常對(duì)照水平相比基因LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的表達(dá)提高至少約1.3倍，以及與正常對(duì)照水平相比基因CD8B1和RRAS2的表達(dá)降低至少約1.3倍是心臟栓塞性中風(fēng)的參比表達(dá)概況。15.如權(quán)利要求13所述的缺血參比表達(dá)概況，其特征在于，與正常對(duì)照水平相比基因C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的表達(dá)降低至少約1.3倍是動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)的參比表達(dá)概況。16.—種篩選用于治療或預(yù)防缺血的化合物的方法，所述方法包括以下步驟a)使候選化合物與表達(dá)表1、2、3、4、5、6或7所列一種或多種基因的細(xì)胞相接觸；和b)選擇調(diào)節(jié)表l、2、3、4、5、6或7所列一種或多種基因的表達(dá)水平的化合物。17.如權(quán)利要求16所述的方法，其特征在于，與正常對(duì)照水平相比，降低選自LEPROT、PCGF3、PPP3R1、PVRL2、INSR、BIRC1、TSHZ3、DF、FBN2、IER3、NUMB和LAK的至少一種基因的表達(dá)，或者相對(duì)于對(duì)照水平提高選自CD8B1和RRAS2的至少一種基因的表達(dá)的化合物被鑒定為可用于治療或預(yù)防缺血的化合物。18.如權(quán)利要求17所述的方法，其特征在于，所述缺血是心臟栓塞性中風(fēng)。19.如權(quán)利要求16所述的方法，其特征在于，提高選自C21orf7、DAB2、JAM3、ITGA2B、PPBP、SYNJ2、SLC25A37、ZNF185、C7orf41和LAK的至少一種基因的表達(dá)的化合物被鑒定為可用于治療或預(yù)防缺血的化合物。20.如權(quán)利要求19所述的方法，其特征在于，所述缺血是動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成性中風(fēng)。21.—種陣列，其包含與表l、2、3、4、5、6或7所列多種核酸序列結(jié)合的核酸。全文摘要本發(fā)明提供診斷缺血的方法和組合物、缺血參比表達(dá)概況以及鑒定治療或預(yù)防缺血的化合物的方法。文檔編號(hào)C40B40/08GK101688245SQ200880021712公開日2010年3月31日申請(qǐng)日期2008年4月30日優(yōu)先權(quán)日2007年5月1日發(fā)明者F·夏普,徐惠春申請(qǐng)人:加利福尼亞大學(xué)董事會(huì)