本申請涉及生物信息學,尤其涉及一種預測抗原表位信息的技術。
背景技術:
1、精確預測抗原與抗體的結合構型,對免疫藥物的研發(fā)很有幫助。雖然抗原與抗體單獨的結構現(xiàn)在可以被高精度地預測,但確定抗原與抗體復合物的三維結構仍然是一個挑戰(zhàn)。而確定抗原上能夠被抗體識別和結合的特定區(qū)域(即抗原表位)對后續(xù)抗原抗體結合構型預測和抗體功能預測都有很大幫助。傳統(tǒng)的表位預測方法依賴于經(jīng)驗評分函數(shù)(empirical?scoring?functions)和剛體模擬(rigid?body?simulations)來進行預測。經(jīng)驗評分函數(shù)的預測受限于已知的抗原表位數(shù)據(jù)集的大小和質(zhì)量,剛體模擬則忽略了蛋白質(zhì)從待結合到結合態(tài)的構象變化,預測精度往往有限。
技術實現(xiàn)思路
1、本申請的一個目的是提供一種預測抗原表位信息的方法與設備。
2、根據(jù)本申請的一個方面,提供了一種預測抗原表位信息的方法,該方法包括:
3、基于待對接的抗原信息與待對接的抗體信息,分別確定抗原表面原子信息與抗體表面原子信息;
4、基于所述抗原表面原子信息與所述抗體表面原子信息,分別確定相應的抗原塊信息與抗體塊信息;
5、基于所述抗原塊信息與所述抗體塊信息,利用相應的深度學習網(wǎng)絡,確定相應的抗原表位信息。
6、根據(jù)本申請的一個方面,提供了一種預測抗原表位信息的計算機設備,包括存儲器、處理器及存儲在存儲器上的計算機程序,其特征在于,所述處理器執(zhí)行所述計算機程序以實現(xiàn)如上所述任一方法的步驟。
7、根據(jù)本申請的一個方面,提供了一種計算機可讀存儲介質(zhì),其上存儲有計算機程序,其特征在于,該計算機程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如上所述任一方法的步驟。
8、根據(jù)本申請的一個方面,提供了一種計算機程序產(chǎn)品,包括計算機程序,其特征在于,該計算機程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如上所述任一方法的步驟。
9、根據(jù)本申請的一個方面,提供了一種預測抗原表位信息的設備,該設備包括:
10、一一模塊,用于基于待對接的抗原信息與待對接的抗體信息,分別確定抗原表面原子信息與抗體表面原子信息;
11、一二模塊,用于基于所述抗原表面原子信息與所述抗體表面原子信息,分別確定相應的抗原塊信息與抗體塊信息;
12、一三模塊,用于基于所述抗原塊信息與所述抗體塊信息,利用相應的深度學習網(wǎng)絡,確定相應的抗原表位信息。
13、與現(xiàn)有技術相比,本申請基于待對接的抗原信息與待對接的抗體信息,分別確定抗原表面原子信息與抗體表面原子信息;基于所述抗原表面原子信息與所述抗體表面原子信息,分別確定相應的抗原塊信息與抗體塊信息;基于所述抗原塊信息與所述抗體塊信息,利用相應的深度學習網(wǎng)絡,確定相應的抗原表位信息。本申請專注于抗原與抗體結合過程中的表面信息,通過對抗原、抗體結合中表面信息的學習,來預測抗原表位,提高了預測效率與準確性。
1.一種預測抗原表位信息的方法,其中,所述方法包括:
2.根據(jù)權利要求1所述的方法,其中,所述基于待對接的抗原信息與待對接的抗體信息,分別確定抗原表面原子信息與抗體表面原子信息包括:
3.根據(jù)權利要求1或2所述的方法,其中,所述基于所述抗原表面原子信息與所述抗體表面原子信息,分別確定相應的抗原塊信息與抗體塊信息包括:
4.根據(jù)權利要求3所述的方法,其中,所述基于所述抗原表面原子信息與所述抗體表面原子信息,分別確定抗原、抗體的各表面原子對應的整合信息包括:
5.根據(jù)權利要求3或4所述的方法,其中,所述基于所述抗原、抗體的各表面原子對應的整合信息,分別確定相應的抗原塊信息與抗體塊信息包括:
6.根據(jù)權利要求5所述的方法,其中,所述基于所述抗原、抗體的各表面原子對應的整合信息,分別確定相應的抗原塊信息與抗體塊信息還包括:
7.根據(jù)權利要求1至6中任一項所述的方法,其中,所述基于所述抗原塊信息與所述抗體塊信息,利用相應的深度學習網(wǎng)絡,確定相應的抗原表位信息包括:
8.根據(jù)權利要求1至7中任一項所述的方法,其中,所述方法還包括:
9.根據(jù)權利要求1至8中任一項所述的方法,其中,所述方法還包括:
10.一種預測抗原表位信息的計算機設備,包括存儲器、處理器及存儲在存儲器上的計算機程序,其特征在于,所述處理器執(zhí)行所述計算機程序以實現(xiàn)如權利要求1至9中任一項所述方法的步驟。
11.一種計算機可讀存儲介質(zhì),其上存儲有計算機程序/指令,其特征在于,該計算機程序/指令被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如權利要求1至9中任一項所述方法的步驟。
12.一種計算機程序產(chǎn)品,包括計算機程序,其特征在于,該計算機程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如權利要求1至9中任一項所述方法的步驟。