專利名稱：用于乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的方法和系統(tǒng)。具體地，本發(fā)明涉及結(jié)合臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估和遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估以改進(jìn)風(fēng)險(xiǎn)分析。
背景技術(shù)：
像其它常見癌癥一祥，乳腺癌表現(xiàn)出家族性聚集。很多流行病學(xué)研究已經(jīng)證實(shí)，總體而言，該疾病在乳腺癌患者的一級(jí)親 屬中約為常人的兩倍。家族研究，特別是雙胞胎研究，表明大多數(shù)(如果不是全部)的這種聚集具有遺傳基礎(chǔ)。例如，Peto和Mack (2000)估計(jì)，一個(gè)患病女性的MZ雙胞胎的乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)約比病例姊妹的風(fēng)險(xiǎn)高四倍。已經(jīng)鑒定出ー些乳腺癌易感性(susceptibility)基因，最重要的是BRCAl和BRCA2。這些基因中的突變引起乳腺癌的高風(fēng)險(xiǎn)(截止到70歲，分別約為65%和45%的等級(jí))?；谌后w的系列乳腺癌病例的突變篩查已經(jīng)顯示，僅有約15%的乳腺癌家族性風(fēng)險(xiǎn)能用這些基因中的突變來解釋。其它已知的乳腺癌易感性基因(TP53、PTEN、ATM、CHEK2)對(duì)于家族性風(fēng)險(xiǎn)僅有很小的貢獻(xiàn)(因?yàn)樗匾蛐缘?predisposing)突變很少和/或者僅引起較小的風(fēng)險(xiǎn))。因此，總的來說，估計(jì)已知的乳腺癌易感性基因解釋不多于20%的家族性風(fēng)險(xiǎn)。風(fēng)險(xiǎn)中的遺傳變異可能源自于罕見的高度外顯性(penetrant)突變(例如在BRCAl和BRCA2中的那些)或源自引起更多中等風(fēng)險(xiǎn)的變異。一些證據(jù)強(qiáng)烈表明，高度外顯性突變不是其余的乳腺癌家族性風(fēng)險(xiǎn)的主因。首先，多個(gè)病例家族的突變篩查已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，大多數(shù)具有很強(qiáng)家族史的病例(例如，四個(gè)或更多個(gè)患病親屬)具有BRCAl或BRCA2突變。其次，盡管在過去九年中做出了大量努力，但遺傳連鎖研究尚未鑒定出任何其它的連鎖基因座(loci)。再次，大系列乳腺癌家族的分離分析在調(diào)節(jié)BRCAl和BRCA2之后，沒有發(fā)現(xiàn)另外的主要的顯性乳腺癌易感性等位基因的證據(jù)。在ー個(gè)大型分析中，Antoniou等人(2009)發(fā)現(xiàn)，大部分乳腺癌的最簡約模型(parsimonious model)是多基因模型,相當(dāng)于大量較小影響的基因座倍增性結(jié)合。因此，技術(shù)所需的是另外的用于評(píng)估女性受試者中乳腺癌易感性的方法。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明涉及用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的方法。令人驚訝的是，作者發(fā)現(xiàn)，將單核苷酸多態(tài)性與臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估相結(jié)合提供超過單獨(dú)使用臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的優(yōu)勢(shì)。因此，在第一個(gè)方面，本發(fā)明提供用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的方法，其包括進(jìn)行女性受試者的臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估；進(jìn)行女性受試者的遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，其中遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括，在從女性受試者獲得的生物樣品中檢測至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在；和將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合，以獲得人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)。本發(fā)明也可用于將已經(jīng)使用臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估進(jìn)行分析的受試者重新分類。因此，另一方面，本發(fā)明提供確定通過臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估來分析的人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)是否應(yīng)該重新分類的方法，該方法包括將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合，以獲得人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)，其中遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括，在從女性受試者獲得的生物樣品中檢測至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在；和確定將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng) 估結(jié)合是否引起受試者發(fā)生乳腺癌表型風(fēng)險(xiǎn)的重新分類。在一個(gè)實(shí)施方式中，該方法的凈重新分類改進(jìn)(net reclassificationimprovement, NRI)大于0. 01,更優(yōu)選大于0. 05,甚至更優(yōu)選大于0. 08。在另ー個(gè)實(shí)施方式中，NRI為約0. 09。在一個(gè)實(shí)施方式中，通過臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估所確定的5年風(fēng)險(xiǎn)在約I. 5% 約2%之間。在該實(shí)施方式中，優(yōu)選該方法的凈重新分類改進(jìn)(NRI)大于0. 1，更優(yōu)選大于0. 12，甚至更優(yōu)選大于0. 15。在另ー個(gè)實(shí)施方式中，NRI為約0. 195。合適的臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估程序的例子包括，但不限干，Gail模型、Claus模型、Claus表格、BOADICEA> Jonker 模型、Claus Extended Formula、Tyrer-Cuzick 模型、和 Manchester評(píng)分系統(tǒng)。優(yōu)選地，使用Gail模型獲得臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。在一個(gè)實(shí)施方式中，臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括，從女性獲得關(guān)于以下一種或多種的信息乳腺癌、導(dǎo)管癌或小葉癌的病史、年齡、第一次月經(jīng)期的年齡、第一次生育的年齡、乳腺癌的家族史、之前乳腺活檢的結(jié)果、和人種/種族。優(yōu)選地，該方法包括檢測至少三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種、或十種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在。更優(yōu)選地，該方法包括檢測七種、八種、九種、或十種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在。在ー個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，單核苷酸多態(tài)性選自rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、和rs3817198、或與其中ー種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。在另ー個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，單核苷酸多態(tài)性選自rs2981582、rs3803662、 rs889312、 rsl3387042、 rsl3281615、 rs4415084、 rs3817198、 rs4973768、rs6504950、和rsll249433、或與其中一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。對(duì)于這兩個(gè)實(shí)施方式，優(yōu)選該方法包括檢測至少三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種、或十種單核苷酸多態(tài)性的存在，更優(yōu)選檢測七種、八種、九種、或十種單核苷酸多態(tài)性的存在。在一個(gè)實(shí)施方式中，在沒有協(xié)變量的對(duì)數(shù)加性模型下，通過邏輯回歸單獨(dú)地檢驗(yàn)單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌的關(guān)聯(lián)。在另ー個(gè)實(shí)施方式中，組合檢驗(yàn)單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌的關(guān)聯(lián)。優(yōu)選地，將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合包括將風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估相乗。女性可以是任何人種，例如高加索人(caucasian)、黒人、澳大利亞土著人種(australoid)、或蒙古人種(mongoIoid)。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，女性是高加索人。優(yōu)選地，該女性是絕經(jīng)后的。令人驚訝的是，本發(fā)明者已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，將單核苷酸多態(tài)性分析與臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合在之前已做過乳腺活檢的女性中提供明顯的益處。因此，在ー個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，該女性己經(jīng)做過乳腺活檢。本發(fā)明者也已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，將單核苷酸多態(tài)性分析與臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合，在臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估表明其具有發(fā)生乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)的女性的可能的重新分類中提供明顯的益處。因此，在另ー個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的結(jié)果表明應(yīng)該對(duì)該女性進(jìn)行更頻繁的篩查和/或預(yù)防性的抗乳腺癌治療。在另ー個(gè)實(shí)施方式中，如果使用本發(fā)明的方法確定受試者具有發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)，則該受試者更可能是反應(yīng)性雌激素抑制而不是非反應(yīng)性的。
另ー方面，本發(fā)明提供用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的系統(tǒng)，其包括用于進(jìn)行女性受試者的臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的系統(tǒng)指令；用于進(jìn)行女性受試者的遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的系統(tǒng)指令；和用于將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合以獲得人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的系統(tǒng)指令。優(yōu)選地，該系統(tǒng)是計(jì)算機(jī)執(zhí)行的系統(tǒng)。在一個(gè)實(shí)施方式中，該系統(tǒng)還包括一組標(biāo)志物探針或引物，其被設(shè)置以在從女性受試者獲得的生物樣品中檢測至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在；檢測器，其被設(shè)置為檢測ー種或多種來自這組標(biāo)志物探針或引物、或由這組標(biāo)志物探針或引物所產(chǎn)生的擴(kuò)增子的信號(hào)輸出，從而鑒定至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在或不存在。在一個(gè)實(shí)施方式中，該檢測器檢測ー種或多種光發(fā)射，其中該光發(fā)射指單核苷酸多態(tài)性的存在或不存在。在另ー個(gè)實(shí)施方式中，該系統(tǒng)包括從女性受試者得到的生物學(xué)樣品。在另ー個(gè)實(shí)施方式中，該樣品包括基因組DNA、擴(kuò)增的基因組DNA、cDNA、擴(kuò)增的cDNA、RNA或擴(kuò)增的RNA。在又一方面，本發(fā)明提供包含至少兩組用于擴(kuò)增兩種或更多種核酸的引物的試劑盒，其中該兩種或更多種核酸包括選自rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950、和 rsll249433 的單核苷酸多態(tài)性，或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。適合于本發(fā)明試劑盒的引物的例子提供于表6中。該試劑盒還可包括進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)所需要的其它試劑，例如緩沖液、核苷酸和/或聚合酶，以及用于從樣品中提取核酸的試劑。另ー方面，本發(fā)明提供包括至少兩種核酸的遺傳陣列，其中核酸獨(dú)立地包括選自 rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950、和rsll249433的單核苷酸多態(tài)性，或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。優(yōu)選地，該陣列包括代表各SNP的各個(gè)已知等位基因的核酸。另ー方面，本發(fā)明提供用于確定人類女性受試者對(duì)常規(guī)診斷檢測乳腺癌的需要的方法，包括使用本發(fā)明的方法來評(píng)估受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)。
又一方面，本發(fā)明提供ー種在人類女性受試者中篩查乳腺癌的方法，該方法包括使用本發(fā)明的方法來評(píng)估受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)，并且如果該受試者被評(píng)估為具有發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)，則對(duì)她們進(jìn)行乳腺癌常規(guī)篩查。合適的乳腺癌篩查方法的例子包括，但不限干，人工乳腺檢查和乳房X線照相術(shù)(mammography)。另ー方面，本發(fā)明提供ー種用于確定人類女性受試者對(duì)預(yù)防性抗乳腺癌治療的需求的方法，包括使用本發(fā)明的方法來評(píng)估受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)。
又一方面，本發(fā)明提供一種用于在人類女性受試者中預(yù)防乳腺癌的方法，該方法包括使用本發(fā)明的方法來評(píng)估受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)，并且如果受試者被評(píng)估為具有發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)，則對(duì)她們施用抗乳腺癌治療。合適的抗乳腺癌治療的例子包括，但不限于，他莫昔芬(tamoxifen)或雷洛昔芬(raloxifene)給藥。在一個(gè)實(shí)施方式中，該治療抑制雌激素。又一方面，本發(fā)明提供一種將ー組人類女性受試者分層(stratify)以進(jìn)行候選治療的臨床試驗(yàn)的方法，該方法包括使用本發(fā)明的方法來評(píng)估受試者發(fā)生乳腺癌表型的個(gè)人總體風(fēng)險(xiǎn)，和使用評(píng)估結(jié)果來選擇更可能對(duì)治療反應(yīng)的受試者。明顯的是，所述方法、試劑盒和系統(tǒng)的至少ー些特征可以結(jié)合一起使用。例如，用于檢測調(diào)節(jié)劑(modulators)的系統(tǒng)可以用來實(shí)踐調(diào)節(jié)劑檢測的方法。用于鑒定乳腺癌表型易感性與多態(tài)性之間的關(guān)聯(lián)的系統(tǒng)可以用于實(shí)踐本文中的方法。試劑盒可以用來實(shí)踐本文中的方法。因此，系統(tǒng)、方法和試劑盒的所述特征可以應(yīng)用到本文中不同的系統(tǒng)、方法和試劑盒。貫穿本說明書，詞語“包括”、或其變體例如“包含”或“含有”將被理解為意指包含所述元件、整體(integer)或步驟,或ー組元件、整體或步驟,但不排除任何其它元件、整體或步驟，或ー組元件、整體或步驟。以下通過下列非限制性的實(shí)施例并參考附圖對(duì)本發(fā)明進(jìn)行描述。


圖I示出Hosmer-Lemeshow檢驗(yàn)的結(jié)果以評(píng)估10-SNP風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的校準(zhǔn)。Ml示出結(jié)合的7-SNP和IO-SNP風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的接受者操作特征曲線(receiveroperating characteristic curvesノ。
具體實(shí)施例方式一般技術(shù)和定義除非另外具體定義，用于本文中的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語都將被認(rèn)為具有與本領(lǐng)域(例如，在細(xì)胞培養(yǎng)、乳腺癌分析、分子遺傳學(xué)、免疫學(xué)、免疫組織化學(xué)、蛋白質(zhì)化學(xué)和生物化學(xué)領(lǐng)域)普通技術(shù)人員通常理解的意義相同的意義。除非另外指出，用于本發(fā)明的重組蛋白、細(xì)胞培養(yǎng)和免疫學(xué)技術(shù)是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)程。這些技術(shù)通過以下來源中的文獻(xiàn)描述和解釋，例如，J. Perbal,A Practical Guide to Molecular Cloning, John Wiley and Sons (1984), J. Sambrook等人，Molecular Cloning A Laboratory Manual, Cold Spring Harbour LaboratoryPress (1989), T. A. Brown (編輯)，Essential Molecular Biology A Practical Approach,Volumes land 2, IRL Press (1991), D. M. Glover and B. D. Hames (編輯)，DNA Cloning A Practical Approach, Volumes 1-4, IRL Press (1995 and 1996),和 F. M. Ausubel 等人(編輯)，Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates andWiley-Interscience (1988,包括所有至今的更新)，Ed Harlow and David Lane (編輯)Antibodies A Laboratory Manual, Cold Spring Harbour Laboratory, (1988), andJ. E. Coligan 等人(編輯)Current Protocols in Immunology, John ffiley&Sons (包括所有至今的更新)。
應(yīng)該理解本發(fā)明并不限于特定的實(shí)施方式，當(dāng)然其可以改變。也應(yīng)該理解本文中使用的術(shù)語僅出于描述特定的實(shí)施方式的目的，而不是意在限制。除非上下文中另外清楚地指出，否則用于此說明書和所附權(quán)利要求中的単數(shù)和単數(shù)形式的術(shù)語，例如“ー個(gè)/一種”(a、an)和“該/所述(the) ”任選地包括復(fù)數(shù)的所指對(duì)象。因此，例如，提及“一種探針”任選地包括多個(gè)探針分子；相似地，依據(jù)上下文，作為實(shí)質(zhì)的物質(zhì)，使用術(shù)語“ー種核酸”任選地包括很多拷貝的該核酸分子。本文中使用的“乳腺癌表型”是指在個(gè)體中表現(xiàn)出發(fā)生乳腺癌傾向的表型。表現(xiàn)出乳腺癌傾向的表型可以，例如，在一組給定的環(huán)境條件下(飲食、身體活動(dòng)方式、地理位置等)，在具有該表型的個(gè)體中比在相關(guān)一般群體的成員中表現(xiàn)出更高的癌癥將會(huì)形成的可能性。本文中使用的“生物樣品”是指任何來自于或者可從人類患者得到的樣品，例如，來自患者的體液(血液、唾液、尿液等)、活檢、組織、和/或廢物。因此，組織活檢、糞便、痰(sputum)、唾液、血液、淋巴、淚液、汗液、尿液、陰道分泌物等可以容易地對(duì)其篩查SNP，基本上含有合適核酸的任何有興趣組織也能被篩查。這些樣品通常在知情同意之后通過標(biāo)準(zhǔn)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室方法取自于患者。這些樣品可以是以直接取自于患者的形式，或者可以至少部分被處理(純化)以除去至少ー些非核酸的材料。“多態(tài)性”是可變的基因座；即，在ー個(gè)群體內(nèi)，在多態(tài)性處的核苷酸序列具有多于ー種的形式或等位基因。多態(tài)性的ー個(gè)例子是“單核苷酸多態(tài)性”，其是基因組中單個(gè)核苷酸位置處的多態(tài)性(特定位置處的核苷酸在個(gè)體或群體之間可變)。本文中使用的術(shù)語“SNP”或“單核苷酸多態(tài)性”是指個(gè)體之間的遺傳變異；例如，生物體DNA中可變的單一含氮堿基位置。本文中使用的“SNP”是復(fù)數(shù)的SNP。當(dāng)然，當(dāng)提及本文的DNA時(shí)，該提及可包括DNA的衍生物，例如其擴(kuò)增子、RNA轉(zhuǎn)錄物等。術(shù)語“等位基因”是指在ー個(gè)特定基因座處出現(xiàn)或在此處編碼的兩種或更多種不同核苷酸序列中的ー種，或由這樣的基因座所編碼的兩種或更多種不同多肽序列中的一種。例如，第一種等位基因可以出現(xiàn)在一條染色體上，而第二種等位基因出現(xiàn)在第二條同源染色體上，例如，正如對(duì)于雜合個(gè)體的不同染色體、或群體中的不同純合或雜合個(gè)體之間的不同染色體所出現(xiàn)的。當(dāng)?shù)任换蚺c性狀相關(guān)聯(lián)(linked)并且當(dāng)?shù)任换虻拇嬖谑窃撔誀罨蛐誀钚问綄⒃诤性摰任换虻膫€(gè)體中出現(xiàn)的指示物時(shí)，該等位基因與該性狀“正”相關(guān)。當(dāng)?shù)任换蚺c性狀相關(guān)聯(lián)并且當(dāng)該等位基因的存在是該性狀或性狀形式將不會(huì)在含有該等位基因的個(gè)體中出現(xiàn)的指示物時(shí)，該等位基因和性狀“負(fù)”相關(guān)。
當(dāng)標(biāo)志物多態(tài)性或等位基因可以在統(tǒng)計(jì)上與表型關(guān)聯(lián)(正相關(guān)或負(fù)相關(guān))時(shí)，其與特定表型(乳腺癌易感性等)“相關(guān)”或“關(guān)聯(lián)”。用于確定多態(tài)性或等位基因是否在統(tǒng)計(jì)上關(guān)聯(lián)的方法為本領(lǐng)域技術(shù)人員公知。也就是說，特定的多態(tài)性在病例群體(例如，乳腺癌患者)中要比在對(duì)照群體(例如，不具有乳腺癌的個(gè)體)中更常出現(xiàn)。該關(guān)聯(lián)通常被推斷為在本質(zhì)上是原因性的，但其不必是——表型下的性狀與基因座的簡單遺傳相關(guān)(與之關(guān)聯(lián))足以讓相關(guān)/關(guān)聯(lián)產(chǎn)生。短語“連鎖不平衡”(LD)用來描述兩個(gè)鄰近的多態(tài)性基因型之間的統(tǒng)計(jì)相關(guān)性。通常來說，LD是指,假設(shè)配子之間哈迪-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)(統(tǒng)計(jì)獨(dú)立)時(shí)兩個(gè)基因座處的隨機(jī)配子的等位基因之間的相關(guān)性。LD通過Lewontin的相關(guān)參數(shù)(D，)或通過Pearson相關(guān)系數(shù)(r)量化(De vlin和Risch，1995)。LD值為I的兩個(gè)基因座被認(rèn)為是處于完全的LD。在另ー個(gè)極端，LD值為0的兩個(gè)基因座被稱為處于連鎖平衡。連鎖不平衡是根據(jù)用于單倍型頻率估計(jì)的期望最大化算法(EM)的應(yīng)用來計(jì)算的(Slatkin和Excoffier，1996)。鄰近基因型/基因座的根據(jù)本發(fā)明的LD值選為0. I以上，優(yōu)選0.2以上，更優(yōu)選0. 5以上，更優(yōu)選0. 6以上，再更優(yōu)選0. 7以上，優(yōu)選0. 8以上，更優(yōu)選0. 9以上,理想的為約I. O?！暗任换蝾l率”是指等位基因在個(gè)體內(nèi)、品系內(nèi)、或品系群體內(nèi)的ー個(gè)基因座出現(xiàn)的頻率(比例或百分比)。例如，對(duì)于等位基因“A”，基因型“AA”、“Aa”、或“aa”的二倍體個(gè)體具有分別為I. 0,0. 5、或0. 0的等位基因頻率。可以通過將來自品系或群體的個(gè)體樣品的等位基因頻率平均來估計(jì)該品系或群體(例如，病例或?qū)φ?內(nèi)的等位基因頻率。相似地，可以通過將組成群體的品系的等位基因頻率平均來計(jì)算品系群體內(nèi)的等位基因頻率。如果個(gè)體在一個(gè)給定基因座處僅有一種類型的等位基因(例如，二倍體個(gè)體在兩條同源染色體各自的ー個(gè)基因座處具有一個(gè)拷貝的相同等位基因)，則該個(gè)體為“純合的”。如果在ー個(gè)給定基因座處存在多于ー個(gè)的等位基因型(例如，具有兩種不同等位基因各自的一種拷貝的二倍體個(gè)體)，則該個(gè)體為“雜合的”。術(shù)語“同質(zhì)性”表示群體的成員在ー個(gè)或多個(gè)特定基因座處具有相同的基因型。相反，術(shù)語“異質(zhì)性”用來表示群體內(nèi)的個(gè)體在一個(gè)或多個(gè)特定基因座處的基因型不同?！盎蜃?座位”(locus)是染色體位置或區(qū)域。例如，多態(tài)性基因座是多態(tài)性核酸、性狀決定子、基因或標(biāo)志物所在的位置或區(qū)域。在一個(gè)另ー個(gè)實(shí)施例中，“基因的基因座”是能夠找到特定基因的物種基因組中的特定染色體部位(區(qū)域)?！皹?biāo)志物”、“分子標(biāo)志物”或“標(biāo)志物核酸”是指在鑒定基因座或連鎖基因座時(shí)用作參考點(diǎn)的核苷酸序列或其編碼產(chǎn)物(例如，蛋白質(zhì))。標(biāo)志物可從基因組核苷酸序列、或從表達(dá)的核苷酸序列(例如，從RNA、nRNA、mRNA、cDNA等)、或從編碼的多肽獲得。該術(shù)語也指與標(biāo)志物序列互補(bǔ)或在其側(cè)翼的核酸序列，例如，用作能夠擴(kuò)增標(biāo)志物序列的探針或引物對(duì)的核酸?！皹?biāo)志物探針”是可用于鑒定標(biāo)志物基因座的存在的核酸序列或分子，例如，與標(biāo)志物基因座序列互補(bǔ)的核酸探針。當(dāng)核酸，例如根據(jù)Watson-Crick堿基配對(duì)原則在溶液中特異性地雜交時(shí)，其為“互補(bǔ)的”?！皹?biāo)志物基因座”是能夠用來追蹤第二連鎖基因座的存在的基因座，例如，編碼或?qū)Ρ硇托誀畹娜后w變異有作用的連鎖或相關(guān)的基因座。例如，標(biāo)志物基因座可以用來監(jiān)測等位基因在ー個(gè)基因座例如QTL的分離，該等位基因在遺傳上或物通上與標(biāo)志物基因座連鎖。因此，“標(biāo)志物等位基因”、或者“標(biāo)志物基因座的等位基因”是在群體的標(biāo)志物基因座處發(fā)現(xiàn)的多個(gè)多態(tài)性核苷酸序列中的ー個(gè)，該群體對(duì)于該標(biāo)志物基因座為多態(tài)性的。一方面，本發(fā)明提供與目標(biāo)表型(例如乳腺癌易感性/抗性)相關(guān)的標(biāo)志物基因座。預(yù)計(jì)各個(gè)被鑒定的標(biāo)志物與對(duì)相關(guān)表型起作用的遺傳元件(例如QTL)具有緊密的物理和遺傳鄰近性(產(chǎn)生物理和/或遺傳連鎖)。對(duì)應(yīng)于群體成員之間遺傳多態(tài)性的標(biāo)志物可以用本領(lǐng)域已確立的方法進(jìn)行檢測。這些方法包括,例如,基于PCR的序列特異性擴(kuò)增方法、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)的檢測、同エ酶標(biāo)志物的檢測、等位基因特異性雜交(ASH)的檢測、單核苷酸延伸的檢測、基因組的擴(kuò)增可變序列的檢測、自主(self-sustained)序列復(fù)制的檢測、簡單序列重復(fù)(SSRs)的檢測、單核苷酸多態(tài)性(SNP)的檢測、或擴(kuò)增的片段長度多態(tài)性(AFLPs)的檢測。
在核酸擴(kuò)增的上下文中的術(shù)語“擴(kuò)增”，是為產(chǎn)生額外拷貝的選定核酸(或其轉(zhuǎn)錄形式)的任何過程。典型的擴(kuò)增方法包括多種基于聚合酶的復(fù)制方法，包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、連接酶介導(dǎo)的方法例如連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(LCR)和基于RNA聚合酶的擴(kuò)增(例如，通過轉(zhuǎn)錄)方法。“擴(kuò)增子”是擴(kuò)增出的核酸，例如，通過任何可用的擴(kuò)增方法(例如，PCR、LCR、轉(zhuǎn)錄等)通過擴(kuò)增模板核酸而生成的核酸。 當(dāng)使用給定核酸的序列構(gòu)建出特定核酸、或當(dāng)使用給定的核酸構(gòu)建出特定核酸時(shí)，該特定核酸“得自”該給定核酸?！盎颉笔腔蚪M中的一個(gè)或多個(gè)核苷酸序列，其共同編碼ー個(gè)或多個(gè)被表達(dá)的例如RNA或多肽的分子。該基因可以包括編碼序列，該序列轉(zhuǎn)錄為RNA，RNA之后可被翻譯為多妝序列，并可以包括幫助基因復(fù)制或表達(dá)的相關(guān)結(jié)構(gòu)序列或調(diào)節(jié)序列?！盎蛐汀笔签`個(gè)個(gè)體(或一組個(gè)體)在一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座的基因組成?；蛐陀蓚€(gè)體的一個(gè)或多個(gè)已知基因座的等位基因確定，一般由從其親代遺傳的等位基因的編譯(compilation)所確定?！皢伪缎汀笔莻€(gè)體在單條DNA鏈上多個(gè)遺傳基因座處的基因型。通常來說，通過單倍型描述的遺傳基因座是在物理上和遺傳上連鎖的，即，在同一條染色體鏈上。標(biāo)志物、探針、或引物“組”是指標(biāo)志物探針、弓I物的集合或小組、或由其得到的數(shù)據(jù)，其用于共同目的，例如，鑒定具有特定基因型(例如，發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn))的個(gè)體。對(duì)應(yīng)于標(biāo)志物、探針或引物、或衍生自其使用的數(shù)據(jù)常常被儲(chǔ)存在電子介質(zhì)中。盡管ー組中的成員各自具有在特定目的方面的應(yīng)用，但是選自該組和亞組(其包括某些，但并非所有的標(biāo)志物)的單獨(dú)標(biāo)志物也有效地實(shí)現(xiàn)特定目的。上述的多態(tài)性和基因、和相應(yīng)的標(biāo)志物探針、擴(kuò)增子或引物可以以物質(zhì)核酸的形式，或以包含核酸序列信息的系統(tǒng)指令的形式包括在本文的任何系統(tǒng)中。例如，該系統(tǒng)可以包括對(duì)應(yīng)于本文所述的基因或多態(tài)性(或擴(kuò)增其一部分)的引物或擴(kuò)增子。在上述的方法中，該標(biāo)志物探針或引物組任選地檢測多個(gè)所述基因或遺傳基因座中的多個(gè)多態(tài)性。因此，例如，該標(biāo)志物探針或引物組檢測這些多態(tài)性或基因或者任何其它本文定義的多態(tài)性、基因或基因座的各種中的至少ー種多態(tài)性。任何這樣的探針或引物可以包括任何這樣的多態(tài)性或基因、或其互補(bǔ)核酸、或其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(例如，通過例如轉(zhuǎn)錄或剪接從基因組序列產(chǎn)生的nRNA或mRNA形式)的核苷酸序列。在本文中使用的“邏輯回歸”(logistic regression)是指通過將數(shù)據(jù)擬合至邏輯曲線來預(yù)測事件發(fā)生的可能性的方法。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將會(huì)理解怎樣在本發(fā)明的背景中使用該方法。本文中使用的“Hosmer-Lemeshow檢驗(yàn)”是指用于測量擬合度缺乏的統(tǒng)計(jì)方法。使用該檢驗(yàn)的方法在領(lǐng)域內(nèi)公知(Hosmer Dff, Lemeshow S. Applied Logistic Regression.New York ffiley ；1989 Section 5. 2. 2)。本文中用到的“接受者操作特征曲線”是指ニ元分類系統(tǒng)的敏感度相對(duì)于(I-特異性)在其鑒別閾值變化時(shí)的圖表。ROC也可以通過將真陽性部分(TPR=真陽性率)相對(duì)于假陽性部分(FPR=假陽性率)作圖來對(duì)等地表示。也已知為相關(guān)操作特征曲線，因?yàn)槠涫莾蓚€(gè)操作特征(TPR和FPR)隨著標(biāo)準(zhǔn)變 化的比較。ROC分析對(duì)獨(dú)立地從成本環(huán)境或類別分布(并在將其具體化之前)選擇可能最佳的模型以及去除非最佳模型提供了工具。ROC分析以直接和自然的方式與作出診斷決策的成本/利益分析相關(guān)。ROC曲線首先是由電子工程師和雷達(dá)工程師在ニ戰(zhàn)中開發(fā)的，用來檢測戰(zhàn)場中的敵人目標(biāo)，因此也已知為信號(hào)檢測理論，之后很快就被引入到心理學(xué)中以解釋信號(hào)的感知性檢測。自那之后，ROC分析已經(jīng)被用于醫(yī)學(xué)、放射學(xué)、和其它領(lǐng)域數(shù)十年，并且不久以前已經(jīng)被引入像機(jī)器學(xué)習(xí)和數(shù)據(jù)挖掘等其它領(lǐng)域。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將清楚在本發(fā)明背景中的使用方法。本文中使用的術(shù)語“將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合來獲得總體風(fēng)險(xiǎn)”是指依賴于兩種評(píng)估結(jié)果的任何合適的數(shù)理分析。例如，臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估和遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的結(jié)果可以相加，更優(yōu)選相乗。本文中使用的術(shù)語“乳腺癌常規(guī)篩查”和“更頻繁的篩查”是相對(duì)的術(shù)語，并且是基干與建議給不具有鑒定出的發(fā)生乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)的受試者的篩查水平的比較。臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估任何合適的臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估程序可以用于本發(fā)明中。優(yōu)選地，臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估不包括對(duì)女性在ー個(gè)或多個(gè)基因座處進(jìn)行基因分型。在一個(gè)實(shí)施方式中，臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估流程包括從女性獲得關(guān)于以下一種或多種的信息乳腺癌、導(dǎo)管癌或小葉癌的病史、年齡、例如第一次月經(jīng)期年齡的月經(jīng)史、第一次生育的年齡、乳腺癌或其它癌癥的家族史包括診斷時(shí)的親屬年齡、之前乳腺活檢的結(jié)果、ロ服避孕藥的使用、體重指數(shù)、酒精消耗史、吸煙史、運(yùn)動(dòng)史、飲食和人種/種族。臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估程序的例子包括，但不限干，Gail模型(Gail等人，1989，1999 和 2007 ；Costantino 等人，1999 ；Rockhill 等人，2001)、Claus 模型(Claus 等人，1994和 1998)、Claus 表格、BOADICEA (Antoniou 等人，2002 和 2004)、Jonker 模型(Jonker 等人，2003)、Claus Extended Formula (van Asperen 等人，2004)、Tyrer-Cuzick 模型(Tyrer 等人,2004)'Manchester評(píng)分系統(tǒng)(Evans等人,2004)等。在ー個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估程序是Gail模型。Gail模型是構(gòu)成乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估工具的基礎(chǔ)的統(tǒng)計(jì)模型，以Mitchell Gail博士，NCI癌癥流行病學(xué)和遺傳學(xué)部的生物統(tǒng)計(jì)處(Biostatistics Branch of NCI ' sDivision of Cancer Epidemiology and Genetics)的高級(jí)研究員而命名。該模型使用女性自己的個(gè)人病史(之前乳腺活檢的數(shù)目和在任何之前的乳腺活檢樣品中非典型性增生的存在)、其自身生殖史(月經(jīng)開始的年齡和第一次生育孩子的年齡)、和她的ー級(jí)親屬(母親、姐妹、女兒)的乳腺癌史來預(yù)計(jì)她在特定時(shí)間階段內(nèi)發(fā)生浸潤性乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)。來自乳腺癌檢測示范項(xiàng)目(BCDDP)和來自NCI的監(jiān)測、流行病學(xué)和最終結(jié)果(NCI' sSurveillance, Epidemiology, and End Results, SEER)項(xiàng)目的數(shù)據(jù)被用于開發(fā)該模型，其中乳腺癌檢測示范工程是NCI和美國癌癥協(xié)會(huì)的聯(lián)合乳腺癌篩查研究，280，000名35 74歲婦女參與其中。對(duì)于非裔美國女性的估計(jì)是基于來自女性避孕劑和生殖經(jīng)歷(Women' sContraceptive and Reproductive Experiences, CARE)研究的數(shù)據(jù)和來自 SEER 數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)。CARE參加者包括1，607名具有浸潤性乳腺癌的女性和1，637名沒有浸潤性乳腺癌的女性。Gail模型已經(jīng)在大量白種女性中檢驗(yàn)，并已經(jīng)顯示其提供對(duì)乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)的準(zhǔn)確估計(jì)。也就是說，該模型對(duì)于白種女性已經(jīng)得到“驗(yàn)證”。也已在來自婦女健康倡導(dǎo)(Women' sHealth Initiative)的數(shù)據(jù)中針對(duì)非裔美國婦女對(duì)其加以檢驗(yàn),該模型運(yùn)行良好,但可能在先前活檢的非裔美籍女性中低估風(fēng)險(xiǎn)。還需要針對(duì)西班牙女性、亞洲女性和其它亞群體驗(yàn)證該模型，并且結(jié)果應(yīng)該由衛(wèi)生保健提供者針對(duì)具有特殊風(fēng)險(xiǎn)因素的女性來給予說明，例如對(duì)胸部進(jìn)行放射來治療何杰金氏病(Hodgkin ' s disease)的女性和增加乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)的基因突變的攜帯者。研究者正在進(jìn)行其它的研究，包括對(duì)于少數(shù)民族的研究，來收集更多數(shù)據(jù)以檢驗(yàn)和改進(jìn)該模型。遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估通過在兩個(gè)或更多個(gè)基因座針對(duì)已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性分析受試者的基因型來進(jìn)行遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。技術(shù)人員將會(huì)理解，每ー個(gè)SNP具有大于I. 0的與乳腺癌相關(guān)的優(yōu)勢(shì)比(odds ratio)，更優(yōu)選大于I. 02。這樣的SNP的例子包括，但不限于，指定為 rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950、rsll249433、rsl0941679、rs2180341、rs3744448、rsl6943468、rsl011970、rs2380205、rsl0995190、rs704010 和 rs614367 的那些(參見表 I)，或與其中一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。表I.與乳腺癌表型相關(guān)的SNP的例子.
權(quán)利要求
1.一種用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括 進(jìn)行所述女性受試者的臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估； 進(jìn)行所述女性受試者的遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，其中所述遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括，在來源于所述女性受試者的生物樣品中，檢測至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在；和 結(jié)合所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與所述遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，以獲得人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)。
2.一種確定通過臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估所分析的人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)是否應(yīng)該重新分類的方法，所述方法包括 結(jié)合所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，以獲得人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)，其中所述遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括，在來源于所述女性受試者的生物樣品中，檢測至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在，和 確定將所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與所述遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合是否引起所述受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的重新分類。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述方法的凈重新分類改進(jìn)(NRI)大于0.01。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述方法的凈重新分類改進(jìn)(NRI)大于0.05。
5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中由所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估確定的5年風(fēng)險(xiǎn)在約I. 5% 約2%之間。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述方法的凈重新分類改進(jìn)(NRI)大于0.I。
7.根據(jù)權(quán)利要求I 6中任一項(xiàng)所述的方法，其中進(jìn)行所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估使用選自Gail 模型、Claus 模型、Claus 表格、BOADICEA> Jonker 模型、Claus Extended Formula、Tyrer-Cuzick模型、和Manchester評(píng)分系統(tǒng)的模型。
8.根據(jù)權(quán)利要求I 7中任一項(xiàng)所述的方法，其中進(jìn)行所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括從所述女性獲得關(guān)于以下一種或多種的信息乳腺癌、導(dǎo)管癌或小葉癌的病史、年齡、第一次月經(jīng)期的年齡、第一次生育的年齡、乳腺癌的家族史、之前乳腺活檢的結(jié)果、和人種/種族。
9.根據(jù)權(quán)利要求7或權(quán)利要求8所述的方法，其中所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估使用Gail模型獲得。
10.根據(jù)權(quán)利要求I 9中任一項(xiàng)所述的方法，其包括檢測至少三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種或十種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在。
11.根據(jù)權(quán)利要求I 9中任一項(xiàng)所述的方法，其包括檢測七種、八種、九種或十種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在。
12.根據(jù)權(quán)利要求I 11中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述單核苷酸多態(tài)性選自rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、和 rs3817198、或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。
13.根據(jù)權(quán)利要求I 11中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述單核苷酸多態(tài)性選自rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950、和rsll249433、或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。
14.根據(jù)權(quán)利要求12或權(quán)利要求13所述的方法，其包括檢測至少三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種或十種所述單核苷酸多態(tài)性的存在。
15.根據(jù)權(quán)利要求12或權(quán)利要求13所述的方法，其包括檢測七種、八種、九種或十種所述單核苷酸多態(tài)性的存在。
16.根據(jù)權(quán)利要求I 15中任一項(xiàng)所述的方法，其中在沒有協(xié)變量的對(duì)數(shù)加性模型下，通過邏輯回歸單獨(dú)地檢驗(yàn)所述單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌的相關(guān)。
17.根據(jù)權(quán)利要求I 16中任一項(xiàng)所述的方法，其中對(duì)所述單核苷酸多態(tài)性結(jié)合檢測其與乳腺癌的相關(guān)。
18.根據(jù)權(quán)利要求I 17中任一項(xiàng)所述的方法，其中結(jié)合所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與所述遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估包括將所述風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估相乘。
19.根據(jù)權(quán)利要求I 18中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述女性是高加索人。
20.根據(jù)權(quán)利要求I 19中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述女性已經(jīng)做過乳腺活檢。
21.根據(jù)權(quán)利要求I 20中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的結(jié)果表明應(yīng)該對(duì)所述女性進(jìn)行更頻繁的篩查和/或預(yù)防性抗乳腺癌治療。
22.根據(jù)權(quán)利要求I 21中任一項(xiàng)所述的方法，其中如果確定所述受試者具有發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)，所述受試者更可能是反應(yīng)性雌激素抑制而不是非反應(yīng)性的。
23.一種用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的系統(tǒng)，包括 用于進(jìn)行所述女性受試者的臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的系統(tǒng)指令； 用于進(jìn)行所述女性受試者的遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的系統(tǒng)指令；和 用于結(jié)合所述臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與所述遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估以獲得人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的系統(tǒng)指令。
24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的系統(tǒng)，其為計(jì)算機(jī)執(zhí)行的系統(tǒng)。
25.根據(jù)權(quán)利要求23或權(quán)利要求24所述的系統(tǒng)，其還包括 一組標(biāo)志物探針或引物，其被設(shè)置以在來源于所述女性受試者的生物樣品中，檢測至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在； 檢測器，其被設(shè)置以檢測一種或多種來自所述標(biāo)志物探針或引物組或由所述標(biāo)志物探針或引物組產(chǎn)生的擴(kuò)增子的信號(hào)輸出，從而鑒定至少兩種已知與乳腺癌表型相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性的存在或不存在。
26.根據(jù)權(quán)利要求23 25中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中所述單核苷酸多態(tài)性選自rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、和 rs3817198、或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。
27.根據(jù)權(quán)利要求23 26中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中所述標(biāo)志物探針或引物組檢測一種或多種指定為 rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950和rsll249433的單核苷酸多態(tài)性，或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。
28.根據(jù)權(quán)利要求23 27中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中所述檢測器檢測一種或多種光發(fā)射，其中所述光發(fā)射指示所述單核苷酸多態(tài)性的存在或不存在。
29.根據(jù)權(quán)利要求23 28中任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中所述系統(tǒng)包括來源于所述女性受試者的生物樣品。
30.根據(jù)權(quán)利要求29所述的系統(tǒng)，其中所述樣品包括基因組DNA、擴(kuò)增的基因組DNA、cDNA、擴(kuò)增的cDNA、RNA或擴(kuò)增的RNA。
31.一種試劑盒，包括至少兩組用于擴(kuò)增兩種或更多種核酸的引物，其中所述兩種或更多種核酸包括選自 rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950和rsll249433的單核苷酸多態(tài)性，或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。
32.一種遺傳陣列，包括至少兩種核酸，所述核酸獨(dú)立地包括選自rs2981582、rs3803662、rs889312、rsl3387042、rsl3281615、rs4415084、rs3817198、rs4973768、rs6504950和rsl 1249433的單核苷酸多態(tài)性，或與其一種或多種處于連鎖不平衡的單核苷酸多態(tài)性。
33.一種用于確定人類女性受試者對(duì)常規(guī)診斷檢測乳腺癌的需要的方法，其包括使用根據(jù)權(quán)利要求I 22中任一項(xiàng)所述的方法來評(píng)估所述受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)。
34.一種在人類女性受試者中篩查乳腺癌的方法，所述方法包括使用根據(jù)權(quán)利要求I 22中任一項(xiàng)所述的方法來評(píng)估所述受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)，并且如果所述受試者被評(píng)估為具有發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)則對(duì)她們常規(guī)篩查乳腺癌。
35.一種用于確定人類女性受試者對(duì)預(yù)防性抗乳腺癌治療的需要的方法，其包括使用根據(jù)權(quán)利要求I 22中任一項(xiàng)所述的方法來評(píng)估所述受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)。
36.一種用于在人類女性受試者中預(yù)防乳腺癌的方法，所述方法包括使用根據(jù)權(quán)利要求I 22中任一項(xiàng)所述的方法來評(píng)估所述受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)，并且如果所述受試者被評(píng)估為具有發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)則對(duì)她們施用抗乳腺癌治療。
37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中所述治療抑制雌激素。
38.一種將一組候選治療的臨床試驗(yàn)的人類女性受試者分層的方法，所述方法包括使用根據(jù)權(quán)利要求I 22中任一項(xiàng)所述的方法來評(píng)估所述受試者發(fā)生乳腺癌表型的個(gè)人總體風(fēng)險(xiǎn)，并且使用評(píng)估結(jié)果來選擇更可能對(duì)所述治療反應(yīng)的受試者。
全文摘要
本發(fā)明涉及用于評(píng)估人類女性受試者發(fā)生乳腺癌表型的總體風(fēng)險(xiǎn)的方法和系統(tǒng)。具體地，本發(fā)明涉及將臨床風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估結(jié)合以改善風(fēng)險(xiǎn)分析。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102712949SQ201080033130
公開日2012年10月3日 申請(qǐng)日期2010年6月1日 優(yōu)先權(quán)日2009年6月1日
發(fā)明者B.沃爾澤, D.A.海因茲 申請(qǐng)人:遺傳技術(shù)有限公司