專利名稱：評價rna圖案的方法
評價RNA圖案的方法相關(guān)交叉引用本專利申請要求下列臨時申請的優(yōu)先權(quán)2008年10月30日提交的美國臨時申請No. 61/109,742 ；2008年11月7日提交的美國臨時申請No. 61/112，571 ；2008年11 月12日提交的美國臨時申請No. 61/114，045 ；2008年11月12日提交的美國臨時申請 No. 61/114, 058 ；2008年11月13提交的美國臨時申請No. 61/114，065 ；2009年2月9日提交的美國臨時申請No. 61/151，183 ；2009年10月2日提交的Caris MPI案卷No. 2310 (WSGR 參考 No. 37901-706. 103)，其名稱為 “MicroRNA Profiles in Exosomers Derived From prostate Adenocarcinomas” ；2009 年 10 月 9 日提交的美國臨時申請 No. 61/250，454 和 2009年10月19日提交的美國臨時申請No.61/253，027，上述臨時申請的每一個的全文均以引用方式并入本文。
背景技術(shù)：
通過提供疾病或病狀的診斷、預(yù)后或治療選擇從而提供表征疾病或病狀的改善方法可以顯著提高患者的醫(yī)療保健?？梢栽缙跈z測疾病或病狀，或者確定其所處的階段，以確定應(yīng)當(dāng)選擇何種治療方法。疾病或病狀可以是上皮癌或惡性腫瘤。有多種不同種類的上皮細(xì)胞，并且這些細(xì)胞可以發(fā)展為不同種類的癌癥。例如，上皮細(xì)胞可以構(gòu)成被稱為扁平細(xì)胞的平面表層。此外，上皮細(xì)胞可以呈現(xiàn)腺狀形式(被稱為腺瘤狀細(xì)胞)。另外，上皮細(xì)胞可以形成彈性層(被稱為移行細(xì)胞)。惡性腫瘤占所有癌癥的約約85%，并且包括乳癌、前列腺癌、肺癌、結(jié)腸癌、膀胱癌和卵巢癌?；谏掀さ陌┌Y通常導(dǎo)致這樣的實(shí)體或腫瘤，癌癥細(xì)胞由其遷移到整對象內(nèi)，從而最終駐留于其它的位置，并形成繼發(fā)瘤或轉(zhuǎn)移瘤。用于導(dǎo)致實(shí)體瘤的癌癥的一種主要療法是手術(shù)切除或通過物理或化學(xué)手段將腫瘤消融。在將癌癥從對象中除去之后(例如，通過手術(shù)切除)，可以對癌癥在相同位置或繼發(fā)位置的復(fù)發(fā)的監(jiān)測或檢測情況進(jìn)行指示，從而可以針對應(yīng)當(dāng)采用的治療而采用額外的療法。同樣，可以在治療期指示監(jiān)測癌癥治療成功度的一些手段，以確定該療法是否成功，以及適當(dāng)?shù)剡m應(yīng)相應(yīng)的療法。需要表征癌癥(如上皮癌)的方法。例如，雖然前列腺特異性抗原(PSA)測試對前列腺癌的控制做出了貢獻(xiàn)，但是其也具有明顯的缺陷，該缺陷來自于抗原對前列腺組織是特異性的而對前列腺癌不具有特異性。雖然該測試對PSA抗原是高度特異性的，但是并非所有前列腺癌都向血清中釋放過量水平的抗原。這導(dǎo)致缺乏臨床靈敏度，并且導(dǎo)致采用常規(guī)的PSA檢測經(jīng)常錯過具有臨床意義的癌癥。目前認(rèn)為正常的PSA值小于4. Ong/mL。據(jù)信，至少20%的患有明顯前列腺癌的人可能具有小于4. 0ng/mL的PSA值。然而，由于PSA是通過正常的、無痛增生的、惡化前的組織和惡化組織進(jìn)行的，因此發(fā)現(xiàn)升高的PSA(大于4. Ong/mL)并不總是指示癌癥。如果血清 PSA在4.0至lOng/mL的范圍內(nèi)，即使使用重復(fù)的并且更徹底的活組織檢查(10-12個核芯) 也只有25-30%的幾率發(fā)現(xiàn)前列腺癌。發(fā)現(xiàn)PSA值升高通常導(dǎo)致對象進(jìn)行不舒服的并且經(jīng)直腸的活組織檢查。為了確認(rèn)血清PSA升高的原因，對具有明顯升高的PSA的人進(jìn)行兩次或更多次活組織檢查也不是罕見的。
因此，需要改善的方法來表征癌癥。本文提供的是滿足這種要求的方法和系統(tǒng)，并且也提供相關(guān)的優(yōu)點(diǎn)。以引用方式的并入本說明書所提到的所有文獻(xiàn)公開和專利申請均以引用的方式并入，引入的程度好像是每一篇單獨(dú)的文獻(xiàn)公開或?qū)＠墨I(xiàn)被具體地并且獨(dú)立地指出以引用的方式并入。發(fā)明概述本發(fā)明提供的是通過檢測或評價RNA或RNA圖案而表征疾病或病狀的方法。表征病狀的方法可以包括診斷、預(yù)后、監(jiān)測、選擇治療方法或?qū)⒓膊』虿?如癌癥)分類。癌癥可以是上皮癌，如乳癌、腦癌、胰腺癌、骨癌、肝癌、胃癌、肺癌、結(jié)腸癌、膀胱癌、前列腺或卵巢癌。RNA圖案可以包括檢測miRNA，如miRNA的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括表征對象內(nèi)的癌癥，包括確定所述對象的生物樣品內(nèi)的miRNA圖案，其中miRNA圖案包括所述樣品中多種miRNA的每一種的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，與通過檢測少于多種miRNA的每一種的表達(dá)水平而進(jìn)行的表征相比，所述表征具有提高的靈敏度。miRNA可以選自表1。本發(fā)明還提供將癌癥分類(如良性癌或惡性癌)的方法，以及確定在進(jìn)行非活組織樣品的初始分析后是否應(yīng)當(dāng)獲取實(shí)體活組織的方法。該方法還可以包括基于分類或活組織檢查的結(jié)果選擇療法或治療方案。將癌癥分類或確定是否應(yīng)當(dāng)獲取活組織的方法可以包括確定miRNA的表達(dá)水平，如miRNA的拷貝數(shù)/微升。所述方法還包括確定確定PSA的表達(dá)水平(如蛋白水平)或PCA3評分，所述PCA3評分為生物樣品的PCA3表達(dá)水平與PSA表達(dá)水平之間的比值。所述方法還可以包括確定乘積值以表征癌癥?？梢酝ㄟ^將miRNA的表達(dá)水平(如miR-141)與PSA的水平相乘來獲得所述乘積值。例如，miRNA的拷貝數(shù)/微升可以乘以每納克。本文還提供通過確定一種或多種miRNA的表達(dá)水平來表征癌癥(如前列腺癌) 的方法，所述 miRNA 例如為 miR-141、miR-629、miR-671_3p、miR_9、miR-491、miR-182、 miR125a-3p> miR-324-5p> miR-148b> miR-222 miR—370。RNA或RNA圖案還可以與其它非RNA生物標(biāo)志物結(jié)合用于表征癌癥。附圖簡述通過附圖和以下的描述來闡述一個或多個實(shí)例性實(shí)施方案的詳細(xì)情況。其它特征、目標(biāo)和優(yōu)點(diǎn)從這些描述和附圖以及權(quán)利要求書是顯而易見的。

圖1 示出前列腺癌樣品的基因分析的結(jié)果。A)在第一個研究中，在Agilent 44K 表達(dá)譜平臺上分析14個前列腺癌組織的基因表達(dá)譜。列出了最經(jīng)常過表達(dá)的基因。B)在獨(dú)立的研究中，通過采用與A)相同的平臺分析6個前列腺癌組的基因表達(dá)水平。確認(rèn)頭 100個表達(dá)基因。列出6個前列腺癌中有5個和6個存在列入頭100個基因的那些基因。 C)通過免疫組織化學(xué)(IHC)檢測得自22個對象的前列腺癌樣品中的基因過表達(dá)。列出22 個樣品中至少10個過表達(dá)的那些基因。圖2示出6個前列腺癌樣品的表達(dá)譜。該圖示出對6個前列腺癌樣品進(jìn)行Agilent 基因芯片分析所得的表達(dá)譜(其中基因名稱列于右側(cè))。暗色或陰影表示高的表達(dá)水平。圖3示出癌癥樣品的分析。分析6個前列腺癌的組的基因表達(dá)水平，并且列出頭 100個表達(dá)基因。將6個前列腺癌中有5個和6個存在列入頭100個基因的那些基因列于圖IB中。圖4為示出通過以下方法獲得的miRNA的頻率(列于χ軸上)的圖，所述方法為 分析數(shù)據(jù)庫中最經(jīng)常過表達(dá)的基因(通過免疫組織化學(xué)(IHC)和在Agilent 44K芯片的基因表達(dá)圖譜而進(jìn)行)，檢索可公共進(jìn)入的miRNA數(shù)據(jù)庫中的已知與這些基因相關(guān)的小分子 RNA (例如，檢索http //www.小分子RNA. org)，并且將通過觀察的頻率將miRNA分級。圖5為示出PSA值與miR-141的水平的乘積(25個確認(rèn)具有前列腺癌的對象相對于25個沒有前列腺癌的對象)。A)列出前列腺癌對象和正常對象的miR-141拷貝、PSA水平和乘積值；B)為示出正常對象和前列腺癌對象(PrCa)中的miR-141和PSA的平均值、標(biāo)準(zhǔn)偏差、置信水平和上限水平以及下限水平。圖6為示出與本文公開的一種或多種方法一起施用的代表性邏輯器件的框圖，如接收數(shù)據(jù)、確定RNA表達(dá)水平、計(jì)算乘積值、表征癌癥、傳輸結(jié)果或數(shù)據(jù)并且輸出結(jié)果的器件。發(fā)明詳述本文提供通過評價對象的生物樣品中的RNA或RNA圖案而表征病狀或疾病的方法。表征疾病或病狀的方法可以包括檢測、診斷、預(yù)后或監(jiān)測疾病或病狀。表征還可以包括檢測或診斷(包括發(fā)病前早期檢測)，確定預(yù)后或療法，或者確定疾病或病狀的狀態(tài)或發(fā)展情況。表征還包括確定藥物效力，或選擇疾病或病狀的治療方法以及疾病或病狀的預(yù)后和可能性分析，如基于RNA或多種RNA (如RNA圖案)確定疾病或病狀的復(fù)發(fā)、擴(kuò)散或反彈。表征疾病或病狀還可以包括將疾病或病狀分類。此外，在樣品中確認(rèn)的RNA或RNA圖案可以用于確定是否需要獲取另外的樣品(如活組織)以進(jìn)行進(jìn)一步分析?？梢愿鶕?jù)本文公開的方法和組合物表征的疾病或病狀可以是癌癥。癌癥的例子包括膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌、腎癌、宮頸癌、卵巢癌、乳癌、淋巴瘤；尤文肉瘤、造血組織腫瘤、實(shí)體瘤、胃癌、結(jié)腸癌、腦癌、上皮癌；鼻咽癌、子宮癌、肝癌、頭頸癌、腎癌、雄性生殖細(xì)胞腫瘤、惡性間皮瘤、骨髓增生異常綜合癥、胰腺或膽汁癌、前列腺癌；甲狀腺癌、尿道上皮、腎癌、胚胎性癌肉瘤(Wilm' s tumor)、小細(xì)胞肺癌、黑色素瘤、皮膚癌、骨肉瘤、成神經(jīng)細(xì)胞瘤、白血病(急性淋巴球肉瘤、急性骨髓肉瘤、急性淋巴肉瘤)、多形性成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、成神經(jīng)管細(xì)胞瘤、淋巴瘤或橫紋肌肉瘤。癌癥可以是上皮癌。上皮癌為覆蓋并包被身體的皮膚組織的癌癥，如乳癌、腦癌、肝癌、胰腺癌、胃癌、骨癌、結(jié)腸癌、膀胱癌、卵巢癌或肺癌。在一些實(shí)施方案中，癌癥是前列腺癌。樣品可以基于由對象獲得生物樣品評價一種或多種RNA0生物樣品可以是得自對象的任何生物組織、液體或細(xì)胞。樣品可以是固體或液體。樣品可以是異質(zhì)細(xì)胞群。樣品可以是痰、血液、血細(xì)胞(例如，白細(xì)胞)、活組織、尿、腹膜液、胸膜液或得自它們的細(xì)胞?；罱M織可以是細(xì)針吸氣活組織、核芯針活組織、真空輔助活組織、開放手術(shù)活組織、剃刮活組織、穿刺活組織、切口活組織、刮除活組織或深剃刮活組織。生物樣品還可以包括組織的片段，如為了組織學(xué)用途而采取的冷凍片段或福爾馬林固定的片段。樣品可以是腫瘤組織、圍繞腫瘤的組織或非腫瘤組織。對象可以包括哺乳動物，如牛、鳥、狗、馬、貓、羊、豬或靈長類動物(包括人類或非人類靈長類動物)。在一些實(shí)施方案中，對象可以是具有特定性別或年齡的人類。例如，對象的年齡可以是約30、35、40、45、50、55或60歲。為了表征前列腺癌，對象可以是至少50 歲的男性人類。對象可以患有既往疾病或病狀，或者具有既往疾病或病狀的家族史(如癌癥)?；蛘?，對象可以不具有任何已知的既往病狀。對象還可以對目前或以前的治療(如癌癥的治療)不反應(yīng)。外來體在一些實(shí)施方案中，可以由生物樣品的外來體評價本文公開的一種或多種RNA。 外來體為由各種不同的細(xì)胞釋放到細(xì)胞外環(huán)境中的囊泡，所述細(xì)胞包括(但不限于)樹狀細(xì)胞、腫瘤細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、間皮細(xì)胞、上皮細(xì)胞或來自不同組織或器官的細(xì)胞。當(dāng)細(xì)胞膜的片段自發(fā)收入鞘中并且最終發(fā)生胞外分泌時，在細(xì)胞內(nèi)產(chǎn)生外來體(Keller et al., Immunol. Lett. 107(2) 102-8 (2006)) 外來體也可以成為微囊泡、納米囊泡、囊泡、膜小泡 (dexosome)、水泡、前列腺小體、微、腔內(nèi)囊泡、內(nèi)涵體狀囊泡或胞外分泌的囊泡。外來體還可以包括來自血漿膜或內(nèi)膜的任何排出膜結(jié)合顆粒。外來體還可以包括結(jié)合有脂質(zhì)雙層膜的細(xì)胞源結(jié)構(gòu)，所述雙層膜源于血漿膜的多個部分的突出外翻(起泡) 分離和蜜蜂，或者含有各種細(xì)胞來源的膜相關(guān)蛋白的任何細(xì)胞內(nèi)膜結(jié)合小泡結(jié)構(gòu)的排出， 包括源自主體循環(huán)的表面結(jié)合分子(其與外來體腔內(nèi)包含的分子一起選擇性地結(jié)合源自腫瘤的蛋白)，所述源自腫瘤的蛋白包括但是不限于源自腫瘤的小分子RNA、mRNA和細(xì)胞內(nèi)蛋白。外來體還可以包括膜片段。外來體由腫瘤細(xì)胞分泌以及它們與輸送蛋白和核酸(例如micro RNA)的相關(guān)性表明其參與病理過程。已經(jīng)在多種體液中發(fā)現(xiàn)外來體，所述體液包括但不限于血漿、支氣管肺泡灌洗液和尿，從而指明其體內(nèi)相關(guān)性。已經(jīng)指出外來體具有多種不同的作用，并且認(rèn)為其參與細(xì)胞之間的連通，以及蛋白、RNA、DNA、病毒和朊病毒囊泡的輸送。評價一種或多種來自外來體的RNA可以為癌癥檢測提供改善的靈敏度和特異度， 所述癌癥檢測例如為癌癥的預(yù)后、監(jiān)測、疾病分期和治療決定。評價一種或多種RNA以表征癌癥的方法包括檢測具有特定RNA或特定RNA圖案的外來體的量。在其它實(shí)施方案中，檢測外來體的RNA或RNA圖案可以用于表征癌癥。用于分析的外來體可以為異質(zhì)的外來體群或勻質(zhì)或基本勻質(zhì)的外來體群。在分析外來體之前可以將外來體純化或濃縮?？梢允褂梅肿优抛枭V、密度梯度離心、差式離心、納米膜超濾、免疫吸附劑捕獲、親和純化、微流體分離或其組合，由生物樣品濃縮或分離外來體。例如，可以采用分子排阻色譜(如凝膠滲透柱)、離心或密度梯度分離或過濾方法)。例如，外來體可以通過以下方法分離差式分離、陰離子交換和/或凝膠滲透色譜(例如美國專利 No. 6，899，863和6，812，023所述的方法)、瓊脂糖密度梯度、細(xì)胞器官電泳(例如，如美國專利No. 7，198，923所述的那樣)、磁性細(xì)胞分選(MACQ或者施用納米膜超濾濃縮器的方法?？梢圆捎梅蛛x或濃縮方法的各種組合。結(jié)合劑或捕獲劑可以通過結(jié)合外來體成分，從而用于分離外來體?？梢栽趯⑼鈦眢w由生物樣品濃縮或分離之后使用結(jié)合劑或捕獲劑。例如，可以首先從生物樣品分離出外來體，然后將具有特定生物標(biāo)記物的外來體用該生物標(biāo)記物用的結(jié)合劑進(jìn)行分離。因此，由異質(zhì)的外來體群中分離出具有特定生物標(biāo)記物的外來體。或者，可以將結(jié)合劑用于含有外來體的生物樣品中，而不提前進(jìn)行外來體的分離步驟。例如，結(jié)合劑可以用于從生物樣品中分離具有特定生物標(biāo)記物的外來體。
結(jié)合劑可以包括但不限于DNA、RNA、適配子、單克隆抗體、多克隆抗體、Fab、Fab單鏈抗體、合成抗體、適配子(DNA/RNA)、類胨、zDNA、肽核酸(PNA)、鎖定核酸(LNA)、外源凝集素、合成或天然存在的化合物(包括但不限于藥物、標(biāo)記試劑)或樹枝狀大分子。在一些實(shí)施方案中，前列腺特異性外來體或前列腺外來體(如來自血樣或尿的外來體)被用于評價一種或多種RNA，以表征癌癥?？梢圆捎脤η傲邢侔┰醇?xì)胞具有特異性的抗原用的抗體或任何其它結(jié)合劑來分離得自前列腺癌細(xì)胞的外來體，所述抗原例如為PSA、 TMPRSS2、FASLG、TNFSF10、PSMA、NGEP、Il-7RI、CSCR4、CysLTlR、TRPM8、Kvl. 3、TRPV6、TRPM8、 PSGR、MISIIR、半乳糖凝集素-3、PCA3、TMPRSS2:ERG、它們的片段、它們的任意組合或?qū)η傲邢侔┘?xì)胞具有特異性的抗原的任意組合。結(jié)合劑可以為PSA、PSMA、mAB 5D4、XPSM-A9、 XPSM-A10、半乳糖凝集素-3、E-選凝素、半乳糖凝集素-l、E4(IgG^i k)或它們的任意組合物。用于分離外來體的結(jié)合劑或捕獲劑還可以是結(jié)合核外體“管家蛋白”(如CD63、CD9、 CD81或Rab-5b)的試劑，或者采用EpCAM用的結(jié)合劑來分離外來體。RNA可以采用評價任何種類的RNA來表征疾病或病狀，如癌癥。RNA可以是小分子 RNA (miRNA或miR)、mRNA、小核RNA、s iRNA、小核仁RNA或核糖RNA。RNA圖案可以包含任何的RNA種類，如小分子RNA (miRNA或miR)、mRNA、小核RNA、小核仁RNA、核糖RNA或它們的組合。RNA圖案可以包含單一種類的RNA或多種RNA的任意組合，如miRNA和mRNA。評價RNA 可以包括確定或檢測RNA的表達(dá)水平，如與對照相比的過表達(dá)或低表達(dá)、是否存在RNA、或 RNA的拷貝數(shù)(如樣品的拷貝數(shù)/微升，如血漿的拷貝數(shù)/微升或血清的拷貝數(shù)/微升)。 在一些實(shí)施方案中，評價RNA為檢測或確定RNA的序列，或檢測RNA的突變或變型。可以采用多種RNA來表征疾病或病狀，如癌癥。例如，RNA圖案可以包含2種或更多種不同的 RNA,如至少 2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、 1000、2500、5000、7500、10，000,100,000,150,000,200, 000,250, 000,300, 000,350, 000、 400，000,450, 000,500, 000,750, 000 或 1，000，000 種不同的 RNA。在一些實(shí)施方案中，RNA 圖案包含至少 2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、1000、2500、 5000,7500,10, 000,100, 000,150, 000,200,000,250,000,300,000,350,000,400,000、 450，000,500, 000,750, 000或1，000, 000種不同的miRNA。RNA圖案還可以包含一種或多種不同的miRNA與其它種類的RNA(如mRNA)的組合。本文提供評價一種或多種RNA的方法，該方法可用于診斷癌癥。診斷可以包括負(fù)診斷，如不存在癌癥。在其它實(shí)施方案中，診斷可以包括確認(rèn)癌癥的階段，或者癌癥的發(fā)病前階段。一種或多種RNA還可以用于提供癌癥的預(yù)后，如提供患有癌癥的風(fēng)險或易感性或者癌癥的侵入性或惡性程度。評價樣品中的一種或多種RNA還可以用于選擇癌癥療法。還可以采用檢測一種或多種RNA來確認(rèn)癌癥療法或治療的效力，如對象病狀的相對改善程度或惡化程度?？梢源_認(rèn)用有效的療法或無效療法治療的患者的樣品中的一種或多種RNA的評價情況，并且將其用作選擇對象的療法的參照。在另一個實(shí)施方案中，隨著對象的癌癥逐漸惡化或變好，一種或多種RNA的水平可以改變，并且與處于癌癥的惡化或變好階段中的患者中的一種或多種 RNA的參照進(jìn)行比較?；谝环N或多種RNA選擇的治療或療法可以是癌癥的療法，如抗癌方案或選自以下療法中的療法免疫療法、抗生長因子或信號傳導(dǎo)療法、放射療法、內(nèi)分泌療法或人抗體療法、化療法。治療可以包括施用DNA破壞劑、拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑、有絲分裂抑制劑或它們的組合。許多化療劑目前在本領(lǐng)域內(nèi)是已知的，并且可以與本文所述的一種或多種化合物組合使用。例如，化療劑可以選自由下列化合物組成的組有絲分裂抑制劑、烷基化試劑、抗代謝物、嵌入抗生素、生長因子抑制劑、細(xì)胞循環(huán)抑制劑、酶、拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑、生物反應(yīng)調(diào)節(jié)劑、抗激素、血管形成抑制劑和抗雄激素。如本文所用，癌癥治療、癌癥療法等包括諸如手術(shù)之類的治療，例如切除、侵蝕、消融(通過物理或化學(xué)手段或者物理手段或化學(xué)手段的組合進(jìn)行)、縫合、激光或者其它方式物理改變身體的組織或器官)；放射療法；施用化療劑或上述任意兩種或所有方法的組合。組合療法可以依次進(jìn)行或者同時進(jìn)行。在手術(shù)之前進(jìn)行的諸如放射療法和/或化療法等治療被稱為非侵入性療法。在手術(shù)之后進(jìn)行的諸如放療和/或化療等治療在本文中被稱為輔助療法。可用于前列腺治療的手術(shù)的例子包括但不限于前列腺的徑向前列腺切除術(shù)、冷凍療法、經(jīng)尿道切除術(shù)等。還可以采用一種或多種RNA的檢測來確認(rèn)癌癥療法或治療的效力，如對象病狀的相對改善情況或惡化情況?？梢源_認(rèn)正在進(jìn)行癌癥治療的患者的一種或多種RNA，并且將其與改善或有意效果進(jìn)行相關(guān)化，然后將其用作參照。例如，通常通過確認(rèn)是否發(fā)生下列一種或多種事件來評價改善情況或有益效果腫瘤尺寸減小、腫瘤細(xì)胞增殖的減少、細(xì)胞數(shù)量的降低、心血管發(fā)生的減少和/或細(xì)胞凋亡增加。在一些情況下，一種或多種這些事件可以導(dǎo)致腫瘤部分或完全消除，并且延長對象的存活期?；蛘?，對于末期癌癥而言，治療可能導(dǎo)致疾病停滯、生活治療更好并且/或者存活期延長。這些事件中的任意一者的相反結(jié)果和/ 或停滯可能指示治療或療法無效。評價治療的其它方法是本領(lǐng)域內(nèi)已知的，并且包括在本文內(nèi)。不同的評價方法可以與不同的RNA或RNA圖案相關(guān)。評價一種或多種RNA還可以用于監(jiān)測對象內(nèi)抗癌治療方案或治療的進(jìn)展，或者癌癥的復(fù)發(fā)。例如，整個治療過程中多個時間點(diǎn)的RNA或RNA圖案。RNA或RNA圖案還可以用于監(jiān)測患者內(nèi)的癌癥擴(kuò)散。例如，miR-141可以用于檢測結(jié)腸癌的復(fù)發(fā)。目前，結(jié)腸癌的復(fù)發(fā)通過抗原CEA(癌胚抗原)測量。然而，CEA在單獨(dú)使用時可能具有復(fù)雜的組織。例如， 并不是所有的轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌都表達(dá)CEA，從而導(dǎo)致需要額外的標(biāo)記物，如miR-141。對于基于上皮的癌癥(如卵巢癌、乳癌、肺癌和膀胱癌)而言，其它的單抗原測試的相似組織也是已知的?？梢酝ㄟ^周期性地從對象中獲取樣品并且周期性地由對象的樣品監(jiān)測RNA或RNA 圖案，從而確認(rèn)復(fù)發(fā)。例如，如果與對照樣品中的miR-141量(對應(yīng)于沒有上皮癌的對象) 相比，周期性血樣中的miR-141的量顯示出穩(wěn)定的變化或者其量顯著提高，則上皮癌已經(jīng)復(fù)發(fā)。在一個實(shí)施方案中，在從對象中除去癌癥(例如通過手術(shù))后，監(jiān)測對象，并且通過評價RNA或RNA圖案，可以確認(rèn)癌癥在相同位置或繼發(fā)位置的復(fù)發(fā)，從而可以采用額外的療法進(jìn)行治療。在另一個實(shí)施方案中，通過在治療階段使用在治療中或治療之前采取的樣品 (用于分析RNA或RNA圖案)監(jiān)測來檢測對象?；赗NA或RNA圖案，可以確認(rèn)療法是否成功，療法是否合適，或者患者是否還應(yīng)當(dāng)試試其他的療法。分類在另一個實(shí)施方案中，評價一種或多種RNA可以用于將癌癥分類或分期。分類和分期也可以用于評價癌癥的治療。
例如，可以基于惡性腫瘤的 !分類將癌癥分類。該癌癥分期系統(tǒng)可以用于描述對象身體內(nèi)的癌癥程度。T描述腫瘤的大小，以及是否腫瘤是否已經(jīng)侵入相鄰組織，N描述所涉及的區(qū)域淋巴結(jié)，并且M描述遠(yuǎn)距離的轉(zhuǎn)移。
!由國際抗癌聯(lián)合會(UICC)維護(hù)，并且被美國癌癥聯(lián)合委員會(AJCC)和國際婦產(chǎn)科協(xié)會(FIGO)使用。人們將會理解，并不是所有腫瘤都具有 M分類，如腦瘤。通常測量T(a，is，(0), 1-4)作為原發(fā)腫瘤的大小或直接程度。N((K3)是指擴(kuò)散到區(qū)域淋巴結(jié)的程度NO表示區(qū)域淋巴結(jié)中不存在腫瘤細(xì)胞，m 表示腫瘤細(xì)胞擴(kuò)散到最近的或少量的區(qū)域淋巴結(jié)，N2表示腫瘤細(xì)胞擴(kuò)散到m和N3之間的程度；N3表示腫瘤細(xì)胞擴(kuò)散到最遠(yuǎn)的或者大量的區(qū)域淋巴結(jié)。M(0/1)是指是否存在癌癥轉(zhuǎn)移M0表示不存在遠(yuǎn)距離的轉(zhuǎn)移；Ml表示轉(zhuǎn)移已經(jīng)達(dá)到遠(yuǎn)距離的器官(區(qū)域淋巴結(jié)之外)。 還可以評價其它的參數(shù)。G(l-4)是指癌癥細(xì)胞的級別(即，如果癌癥細(xì)胞看起來與正常細(xì)胞相似，它們處于低級，而如果癌癥細(xì)胞看起來分化較差，則它們處于高級)。R(0/l/2)是指手術(shù)的完整性(即，切割邊界是否存在癌細(xì)胞)。L(0/1)是指侵入淋巴管的程度。V(0/1) 是指侵入靜脈的程度。C(l-4)是指V的確定度(質(zhì)量)的改型。所述方法還包括基于Gleason評分系統(tǒng)將前列腺癌分類。Gleason評分系統(tǒng)基于由病理學(xué)家評價的顯微腫瘤模式，同時解析活組織樣品。當(dāng)活組織內(nèi)存在前列腺癌時， Gleason評分基于正常腺狀組織結(jié)構(gòu)的損失的程度(即腺體的形狀、大小和分化)。典型的 Gleason評分系統(tǒng)具有5個基本的組織模式(其在技術(shù)上被稱為腫瘤“級別”)。顯微確定由癌癥導(dǎo)致的正常腺狀結(jié)構(gòu)的損失程度由級別(1至5中的數(shù)值)表示，其中5表示最差的級別。級別1通常是患癌前列腺非常類似于正常的前列腺組織。在級別2時，前列腺組織仍然具有完好的腺體，但是它們較大，并且在其之間具有更多的組織，而在級別3，組織仍然具有可識別的腺體，但是細(xì)胞較暗。在高的放大倍數(shù)下，級別為3的樣品的一些細(xì)胞已經(jīng)離開腺體，并且開始侵入周圍的組織。級別為4的樣品具有含有極少可識別的腺體的組織，并且許多細(xì)胞正侵入周圍的組織。位于級別為5的樣品，組織不具有可識別的腺體，并且通常在整個周圍組織內(nèi)都是細(xì)胞片。例如，在初始分析生物樣品的一種或多種RNA之后，基于一種或多種RNA的水平可以由病理學(xué)家進(jìn)行另外的分析，其中病理學(xué)家確定樣品的Gleason評分。可以在獲取活組織之前，分析生物液體(如尿)的一種或多種RNA，以確定對象的Gleason。評價一種或多種RNA還可以用于將癌癥分類為惡性癌癥(例如，侵入性癌癥)或兩性癌癌癥(例如無痛癌癥)。例如，可以確定生物樣品的miRNA圖案，并且將其用于是將癌癥分類為侵入性癌癥還是無痛癌癥。例如，本文所公開的方法可以通過區(qū)別良性癌(例如無痛癌)和惡性癌(例如，侵入性癌)，從而將前列腺癌分類。分類可以基于RNA的量或水平，或者基于多種RNA中的每一種的水平。例如，當(dāng) RNA (如miRNA)的水平少于約3000拷貝/微升樣品(如血清樣品)時，癌癥的類別為無痛的上皮癌。如果RNA的水平介于約1000和約3000拷貝/微升之間，則癌癥的類別可以為良性癌，其中所述RNA的水平例如為少于約1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、 1900、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900 或 3000 拷貝 / 微升。在一些實(shí)施方案中，如果檢測的RNA亞組的表達(dá)水平少于約3000拷貝/微升樣品，則癌癥被分裂為良性癌。在其它實(shí)施方案中，當(dāng)檢測的RNA亞組的表達(dá)水平介于約1000至約3000拷貝/微升樣品之間時，則癌癥被分類為良性癌，其中所述RNA亞組的表達(dá)水平例如為少于約 1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、2000、2100、2200、2300、2400、2500、 2600、2700、2800、2900 或 3000 拷貝 / 微升。在一些實(shí)施方案中，當(dāng)RNA (如miRNA)的水平為至少約9000拷貝/微升樣品(如血清樣品)，如介于約9000至約沈000拷貝/微升之間時，上皮癌(如前列腺癌)的類別為惡性癌。例如，樣品的RNA表達(dá)水平為至少約9100、9200、9300、9400、9500、9600、9700、 9800、9900、10000、10100、10200、10300、10400、10500、10600、10700、10800、10900、11000、 11100、11200、11300、11400、11500、11600、11700、11800、11900、12000、12100、12200、 12300，12400、12500、13000、13500、14000、14500、15000、15500、16000、16500、17000、 17500、18000、18500、19000、19500、20000、20500、21000、21500、22000、22500、23000、 23500、24000、24500、25000 或 25，500 拷貝 / 微升。第二生物樣品可以用以非侵入方式獲取的樣品(如尿或血液樣品)進(jìn)行一種或多種RNA的評價，以表征疾病或病狀，如癌癥。這可以減少對象的不必要的活組織檢查的次數(shù)，或者其它侵入性過程。因此，在一些實(shí)施方案中，對得自對象的第一樣品進(jìn)行一種或多種RNA的評價。基于對該第一樣品進(jìn)行的一種或多種RNA的評價情況，可以獲取用于分析的第二樣品， 以表征癌癥。例如，第二樣品可以與第一樣品的種類不同，并且用于不同類型的分析，如組織學(xué)檢查，如免疫組織化學(xué)(IHC)、原位雜交(熒光原位雜交)、PCR、實(shí)時PCR、微陣列分析或測序?？梢园凑毡鹊诙悠犯俳槿牖蚯秩氲姆绞将@取第一樣品。例如，第一樣品可以為尿或血液，而第二樣品可以為活組織。例如，第一樣品可以是用于評價一種或多種RNA的血樣，并且根據(jù)RNA的水平，可以獲取組織學(xué)檢查用活組織，以表征癌癥，如診斷患癌組織是否存在或癌癥的階段。例如，如果第一樣品中的RNA水平介于約1500至約9000拷貝/微升之間，則從對象采取第二樣品(如用于組織學(xué)檢查的活組織或組織樣品)，其中所述RNA水平例如為約 1600、1700、1800、1900、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900、3000、 3100、3200、3300、3400、3500、3600、3700、3800、3900、4000、4100、4200、4300、4400、4500、 4600、4700、4800、4900、5000、5100、5200、5300、5400、5500、5600、5700、5800、5900、6000、 6100、6200、6300、6400、6500、6600、6700、6800、6900、7000、7100、7200、7300、7400、7500、 7600、7700、7800、7900、8000、8100、8200、8300、8400、8500、8600、8700、8800、或 8900 拷貝 / 微升。在一些實(shí)施方案中，如果該水平介于約1500至約4500拷貝/微升，則從對象中采取第二樣品。在又一些實(shí)施方案中，如果RNA(如miRNA)的水平少于約1500拷貝/微升(如少于約1100、1200、1300、1400或1500拷貝/微升)，則不從對象采取第二樣品。在一些實(shí)施方案中，評價一種或多種評價一種或多種RNA被用于確定是否需要第二或第三樣品，如第二或第三活組織。例如，在初始觀察到血清miR-141升高后，則隨后采用負(fù)活組織或負(fù)第二活組織。該方法包括這樣的步驟從對象獲取血樣，并且確定對象血樣的血清中miR-141的量，然后當(dāng)血清miR-141的量顯著不同于對照樣品中的miR-141量或者不同于相同患者以前測定的miR-141水平時，則指示活組織，miR-141水平的任何升高都指示需要另外的活組織。靈敏度和特異度
本文公開的方法和組合物還可以使得癌癥表征的靈敏度和特異度提高，所述癌癥的表征例如為檢測、診斷、預(yù)后或監(jiān)測癌癥的復(fù)發(fā)和療效。靈敏度可以通過(真陽性的數(shù)量)/(真陽性的數(shù)量+假陰性的數(shù)量)確定。特異度可以通過(真陰性的數(shù)量)/(真陰性的數(shù)量+假陽性的數(shù)量)。評價本文公開的一種或多種RNA可以用于以至少約70%或75%的特異度表征癌癥。例如，癌癥可以以下列特異度表征約76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、 89、90、91、92、93、94、95、96、或 97%。癌癥可以以下列特異度表征約 97. 1,97. 2,97. 3、
97.4,97. 5,97. 6,97. 7,97. 8,97. 8,97. 9,98. 0,98. 1,98. 2,98. 3,98. 4,98. 5,98. 6,98. 7、
98.8,98. 9,99. 0,99. 1,998. 2,99. 3,99. 4,99. 5,99. 6,99. 7,99. 8,99. 9% 在又一個實(shí)施方案中，癌癥可以以100%的特異度表征。在一些實(shí)施方案中，癌癥可以以至少約60%的靈敏度表征，所述靈敏度例如為約 60、65、70、75、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96 或 97 %。癌癥可以以下列靈敏度表征約 97. 1,97. 2,97. 3,97. 4,97. 5,97. 6,97. 7,97. 8,97. 8,97. 9,98. 0、
98.1、98· 2、98· 3、98· 4、98· 5、98· 6、98· 7、98· 8、98· 9、99· 0、99. U998. 2、99· 3、99· 4、99· 5、
99.6,99. 7,99. 8,99. 9%。在又一些實(shí)施方案中，癌癥可以以100%的靈敏度表征。在一些實(shí)施方案中，評價多種RNA使得癌癥表征的特異度和靈敏度與評價少于所述的多種RNA的情況相比得到提高。例如，與檢測少于所述的多種RNA相比，靈敏度或特異度可以增加至少約 5、10、15、20、30、；35、40、50、75、100、150、200、250、500、1000%或更多。例如，使用一種RNA表征癌癥的靈敏度為50 %，而使用附加的RNA使得靈敏度提高至60 % (提高了 20% )。因此，在一些實(shí)施方案中，被分析RNA的數(shù)量為使得數(shù)量的增加提供增加的靈敏度或特異度的數(shù)量。在一些實(shí)施方案中，在表征癌癥時，評價至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、 15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、1000、2500、5000、7500、10，000,100, 000,150, 000、 200，000,250, 000,300, 000,350, 000,400, 000,450, 000,500, 000,750, 000 或 1，000，000 種 RNA與評價少于該數(shù)量的RNA相比，提供增加的特異度或靈敏度。例如，在表征癌癥時，評價至少兩種RNA(如至少兩種miRNA)與評價兩種miRNA中的一種相比，可以提供增加的特異度或靈敏度。小分子RNA本文評價的一種或多種RNA可以包含一種或多種小分子RNA (miRNA、miR)。MiRNA 是長度為約21-23個核苷酸的短鏈RNA。MiRNA被由DNA轉(zhuǎn)錄的基因編碼，但是并不被轉(zhuǎn)錄為蛋白(非編碼RNA)。相反，它們首先由被稱為pri-miRNA的初級轉(zhuǎn)錄體加工為短臂環(huán)狀結(jié)構(gòu)(被稱為pre-miRNA)，最后被加工為功能miRNA，因?yàn)槠淝绑w通常形成在自互補(bǔ)區(qū)域彼此向后折疊的結(jié)構(gòu)。然后，它們被動物中的核酸酶Dicer或植物中的DCLl加工。成熟的 miRNA分子與一種或多種信使RNA(mRNA)分子是部分互補(bǔ)的。miRNA的序列可以在可公眾獲得的數(shù)據(jù)庫獲得(如 http://www. microRNA. org 或 http://www. mirz. unibas. ch/cgi/ miRNA. cgi)。有多種miRNA參與基因調(diào)節(jié)，并且miRNA為一類不斷增多的非編碼RNA中的一部分(目前其被認(rèn)為是基因調(diào)控的主要層次)。在一些情況下，miRNA可以通過結(jié)合其目標(biāo) mRNA的3-UTR中嵌入的調(diào)節(jié)位置而干擾轉(zhuǎn)錄。目標(biāo)識別包括目標(biāo)位置(具有種子區(qū)域，即 miRNA的5端的位置2-8)的互補(bǔ)堿基對，但是種子互補(bǔ)的正確程度并沒有精確確定，并且可以由3’對進(jìn)行調(diào)節(jié)。在其它情況中，miRNA起到類似于小干擾RNA(SiRNA)的作用，并且結(jié)合精確互補(bǔ)的mRNA序列，從而破壞目標(biāo)轉(zhuǎn)錄體。多種miRNA的表征提示它們影響多種過程，包括早期發(fā)育、細(xì)胞增殖和細(xì)胞死亡、 凋亡和脂肪代謝。例如，已經(jīng)表明一些miRNA(如lin-4、let-7、mir-14、mir-23和bantam) 在細(xì)胞分化和組織發(fā)育中起到重要作用。據(jù)信，其它miRNA由于具有分化的位相和時序表達(dá)模式而類似地具有重要作用。在一些實(shí)施方案中，評價單一一種miRNA以表征癌癥。在另一些實(shí)施方案中，評價至少 2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、1000、2500、5000、 7500,10,000,100,000,150,000,200,000,250,000,300,000,350,000,400,000,450,000、 500，000、750，000或1,000，000種miRNA。在一些實(shí)施方案中，評價1種以上的miRNA與其它種類的RNA的組合，以表征癌癥。在一些實(shí)施方案中，用miRNA檢測前列腺癌。例如，樣品中小分子RNA的可檢測的水平可以指示前列腺癌，并且不可檢測的水平不指示前列腺癌。在一些實(shí)施方案中， 采用 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、1000、2500、5000、 7500,10, 000,100, 000,150, 000,200, 000,250, 000,300, 000,350, 000,400,000,450,000、 500，000,750, 000、1，000, 000或更多種miRNA，以評價前列腺癌。表達(dá)水平的改變(如是否存在、miRNA與參照水平相比的低表達(dá)或過表達(dá))可以用于表征癌癥，其中所述參照水平例如為根據(jù)沒有癌癥的對象(如受控的年齡和性別)而確定的水平。例如，用于將前列腺癌分類為良性癌或惡性癌的參照水平可以包括從對象獲取血樣，確定對象血樣中的miRNA的量，并且將該miRNA的量與具有良性前列腺癌或惡性前列腺癌的一種或多種對照進(jìn)行比較。比較miRNA的量與一種或多種對照的步驟可以包括獲取具有良性前列腺癌的多個對象的血液中的存在的miRNA范圍，以得到第一對照范圍；獲取具有惡性前列腺癌的多個對象的血液中的存在的miRNA范圍，以得到第二對照范圍并且比較對象血液中的miRNA的量與第一和第二對照范圍，以確定對象的前列腺癌是分為良性前列腺癌還是惡性前列腺癌。MiR-200 家族在一些實(shí)施方案中，miRNA是miR-200家族的成員。據(jù)認(rèn)為，miR-200家族通過針對 E-鈣粘蛋白阻遏因子^Bl和而確定癌細(xì)胞的上皮表型。miR-200家族包括miR-141、 miR-236、miR-200a、mir-200b、mir-200c 和 mir_429。在一些實(shí)施方案中，分析一種以上的 miR-200家族成員，以檢測上皮癌。例如，miR-141可以由血液取(血清或血漿)中獲得，并且將其與轉(zhuǎn)移性上皮癌的發(fā)生相關(guān)化。MiR-141可用于檢測癌癥復(fù)發(fā)和上皮癌(如前列腺癌)的療效，包括采用 miR-141監(jiān)測進(jìn)行過癌癥手術(shù)切除的對象。例如，目前用諸如血清PSA等其它標(biāo)記物監(jiān)測對象的前列腺癌。血清PSA的平穩(wěn)升高表示癌癥的復(fù)發(fā)和擴(kuò)散。然而，許多前列腺癌轉(zhuǎn)移瘤并不表達(dá)PSA，因此使用該方法會錯過許多前列腺癌。到檢測出癌癥時，其通常已經(jīng)擴(kuò)散至超出了任何治療方案的范圍。就目前的診斷方案而言，其它的上皮癌具有類似的組織?；蛳嚓P(guān)的MiRNAmiRNA 也可以是與下列物質(zhì)的 mRNA 相作用的 miRNA :PFKFB3、RHAMM(HMMR)、cDNA FLJ42103、ASPM、CENPF, NCAPG、雄激素受體、EGFR、HSP90、SPARC、DNMT3B、GART、MGMT、SSTR3或T0P2B。例如，可以檢測的小分子RNA以及與其相關(guān)的基因列于表1中。miR可以用于表
征上皮癌(如前列腺癌)。 表1 基因名稱及其相關(guān)miRNA
權(quán)利要求
1.一種表征前列腺癌的方法，包括(a)確定對象的生物樣品中的一種或多種miRNA的表達(dá)水平，以及(b)由所述對象的生物樣品確定PCA3評分，其中所述的PCA3評分是PCA3的表達(dá)水平與PSA的表達(dá)水平之間的比值；以及(c)基于所述miRNA和PCA3評分中的至少亞組表征所述前列腺癌。
2.權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(a)和(b)中使用單獨(dú)的生物樣品。
3.權(quán)利要求1所述的方法，其中通過下列步驟表征所述的前列腺癌當(dāng)所述的miRNA 水平低于約3000拷貝/微升并且所述的PCA3評分小于約35時，將所述癌癥分類為良性癌。
4.權(quán)利要求1所述的方法，其中通過下列步驟表征所述的前列腺癌當(dāng)所述的miRNA 水平大于約9000拷貝/微升并且所述的PCA3評分大于約35時，將所述的癌癥分類為惡性癌。
5.一種表征對象內(nèi)的癌癥的方法，包括(a)確定所述對象的生物樣品中的多種miRNA中的每一種的表達(dá)水平，以及(b)基于所述的多種miRNA的每一種的所述表達(dá)水平表征所述癌癥，其中與通過檢測少于所述多種miRNA中的每一種的表達(dá)水平所進(jìn)行的表征相比，步驟 (b)中的表征具有增加的靈敏度或特異度。
6.權(quán)利要求5所述的方法，其中所述的多種包括至少10種miRNA。
7.權(quán)利要求5所述的方法，其中所述的多種miRNA中的至少亞組選自表1。
8.權(quán)利要求5所述的方法，其中所述多種miRNA中的至少亞組選自由下列組成的組 miR-629> miR-671-3p> miR—9、miR-491> miR-182> miR125a-3p> miR-324-5p> miR-148b> miR-222、miR-141、miR-99、miR-101、miR-130、miR-135、miR-148、miR-182、miR-186、 miR-206、miR-320、miR-374、miR-433、miR-496、miR-517、miR-590、miR-620、miR-768、 miR-223>miR-203>miR-199>miR-519>miR-302>miR-30>miR-20>miR-200>miR-23>miR-29> miR-181、miR-548 和 miR-370。
9.一種將癌癥分類為良性癌的方法，包括(a)確定對象的生物樣品中的一種或多種miRNA的表達(dá)水平，以及(b)當(dāng)在所述樣品中檢測出少于約3000拷貝/微升的所述miRNA中的至少亞組時，將所述癌癥分類為良性癌。
10.一種將癌癥分類為惡性癌的方法，包括(a)確定對象的生物樣品中的一種或多種miRNA的表達(dá)水平，以及(b)當(dāng)在所述樣品中檢測出大于約9000拷貝/微升的所述miRNA中的至少亞組時，將所述癌癥分類為惡性癌。
11.權(quán)利要求9或10所述的方法，還包括基于所述的分類將選擇療法或治療方案。
12.權(quán)利要求9或10所述的方法，其中將所述分類的結(jié)果通過網(wǎng)絡(luò)傳輸。
13.一種表征癌癥的方法，包括確定所述對象的第一生物樣品中的一種或多種miRNA的表達(dá)水平，其中如果在所述樣品中檢測出約1000至約4500拷貝/微升的所述miRNA中的至少亞組，則獲取第二生物樣品。
14.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述第一生物樣品選自由異質(zhì)細(xì)胞樣品、痰、血液、血細(xì)胞、血清、活組織、尿、腹膜液和胸膜液所組成的組。
15.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述第一生物樣品不是活組織。
16.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述第二生物樣品是活組織。
17.權(quán)利要求13所述的方法，其中通過免疫組織化學(xué)、原位雜交(如熒光原位雜交)、 PCR、實(shí)時PCR、微陣列分析或測序來分析所述第二生物樣品。
18.權(quán)利要求5、9、10或13所述的方法，其中所述癌癥為上皮癌。
19.權(quán)利要求18所述的方法，其中所述上皮癌為乳癌、腦癌、胰腺癌、骨癌、肝癌、胃癌、 肺癌、結(jié)腸癌、膀胱癌、前列腺或卵巢癌。
20.一種表征前列腺癌的方法，包括(a)確定對象的生物樣品中的一種或多種miRNA的表達(dá)水平，以及(b)確定對象的生物樣品中的前列腺特異性抗原(PSA)的表達(dá)水平，以及(c)基于所述miRNA和所述PSA水平中的至少亞組表征所述前列腺癌。
21.權(quán)利要求20所述的方法，其中將單獨(dú)的生物樣品用于步驟(a)和(b)。
22.權(quán)利要求20所述的方法，其中所述PSA的所述表達(dá)水平為蛋白水平。
23.權(quán)利要求20所述的方法，其中通過下列步驟表征所述前列腺癌當(dāng)所述miRNA水平小于約3000拷貝/微升并且所述PSA水平小于約3ng/ml時，將所述前列腺癌分類為良性癌。
24.權(quán)利要求20所述的方法，其中通過下列步驟表征所述前列腺癌當(dāng)所述miRNA水平大于約9000拷貝/微升并且所述PSA水平大于約^g/ml時，將所述前列腺癌分類為惡性癌。
25.權(quán)利要求20所述的方法，還包括將所述miRNA中的一種的表達(dá)水平與所述PSA水平相乘，以獲得乘積值，其中將所述乘積值用于表征所述前列腺癌。
26.權(quán)利要求25所述的方法，其中所述miRNA為miR-141。
27.權(quán)利要求25所述的方法，其中所述表征的靈敏度至少為約75%。
28.權(quán)利要求25所述的方法，其中所述表征的特異度至少為約75%。
29.權(quán)利要求25所述的方法，其中通過下列步驟表征所述前列腺癌當(dāng)所述乘積值小于約1500時，將所述前列腺癌分類為良性癌。
30.權(quán)利要求23或四所述的方法，其中不從所述對象獲取另外的生物樣品。
31.權(quán)利要求25所述的方法，其中通過下列步驟表征所述前列腺癌當(dāng)所述乘積值大于約1500時，將所述前列腺癌分類為惡性癌。
32.權(quán)利要求M或31所述的方法，其中不從所述對象獲取另外的生物樣品。
33.權(quán)利要求32所述的方法，其中所述另外的生物樣品為活組織。
34.權(quán)利要求32所述的方法，其中通過免疫組織化學(xué)、原位雜交(如熒光原位雜交)、 PCR、實(shí)時PCR、微陣列分析或測序來分析所述另外的生物樣品。
35.權(quán)利要求1、9、10、13或20所述的方法，其中所述多種miRNA中的至少亞組選自表1。
36.權(quán)利要求1、9、10、13或20所述的方法，其中所述多種miRNA中的至少亞組選自由下列組成的組miR-629、miR-671-3p、miR-9、miR-491、miR-182、miR125a-3p、miR-3M-5p、 miR-148b、miR-222、miR-141、miR-99、miR-101、miR-130、miR-135、miR-148、miR-182、miR-186、miR-206、miR-320、miR-374、miR-433、miR-496、miR-517、miR-590、miR-620、 miR-768>miR-223>miR-203>miR-199>miR-519>miR-302>miR-30>miR-20>miR-200>miR-23> miR-29、miR-181、miR-548 和 miR-370。
37.一種表征對象內(nèi)的前列腺癌的方法，包括(a)確定對象的生物樣品中的一種或多種miRNA的表達(dá)水平，其中所述miRNA中的至少亞組選自由下列組成的組miR-629、miR-671_3p、miR_9、 miR-491、miR-182、miR125a-3p、miR-324-5p、miR-148b 和 miR-222,以及(b)基于步驟(a)中的所述表達(dá)水平表征所述前列腺癌。
38.權(quán)利要求37所述的方法，還包括檢測miR-141。
39.權(quán)利要求37所述的方法，其中在(a)中選擇所述miRNA中的至少2種。
40.權(quán)利要求37所述的方法，其中在(a)中選擇所述miRNA中的至少5種。
41.權(quán)利要求1、5、9、10、13、20或37所述的方法，其中所述生物樣品選自選自由異質(zhì)細(xì)胞樣品、痰、血液、血細(xì)胞、血清、活組織、尿、腹膜液和胸膜液所組成的組。
42.權(quán)利要求1、5、13、20或37所述的方法，其中所述表征的結(jié)果通過網(wǎng)絡(luò)傳輸。
43.權(quán)利要求9或10所述的方法，其中其中所述分類的結(jié)果通過網(wǎng)絡(luò)傳輸。
44.一種檢測系統(tǒng)，其被構(gòu)造為評價選自由下列組成的組中的兩種或多種miRNA: miR-629> miR-671-3p> miR—9、miR-49U miR-182> miR125a-3p> miR-324-5p> miR-148b> miR-222 和 miR-141。
45.權(quán)利要求44所述的檢測系統(tǒng)，其中所述系統(tǒng)包含選擇性地與所述的兩種或多種 miRNA雜交的探針組。
46.權(quán)利要求44所述的檢測系統(tǒng)，其中所述系統(tǒng)包含PSA用的探針。
47.權(quán)利要求44所述的檢測系統(tǒng)，其中所述系統(tǒng)包含PCA3用的探針。
48.一種試劑盒，包含選擇性地與選自由下列組成的組中的兩種或更多種miRNA結(jié)合的探針組miR-629、miR-671_3p、miR_9、miR-491、miR-182、miR125a_3p、miR-324-5p, miR-148b、miR-222 和 miR-141。
49.權(quán)利要求48所述的試劑盒，其中所述探針中的每一個均與基材相連。
50.權(quán)利要求48所述的試劑盒，還包含PSA用的探針。
51.權(quán)利要求48所述的試劑盒，還包含PCA3用的探針。
52.權(quán)利要求48所述的試劑盒，還包含檢測PSA蛋白用的試劑。
全文摘要
本發(fā)明提供通過評價RNA水平(如確定RNA圖案)而表征癌癥的方法和組合物?？梢酝ㄟ^檢測一種或多種RNA(如小分子RNA)來進(jìn)行癌癥的診斷、預(yù)后、監(jiān)測和治療。
文檔編號C12Q1/68GK102308004SQ200980150550
公開日2012年1月4日 申請日期2009年10月30日 優(yōu)先權(quán)日2008年10月30日
發(fā)明者C·庫斯利馳, G·波斯特, M·克拉斯 申請人:卡里斯生命科學(xué)盧森堡控股有限責(zé)任公司