用于癌癥的分子診斷試驗(yàn)的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了用以鑒別用于癌癥的分子診斷試驗(yàn)的方法和組合物。所述試驗(yàn)鑒別了對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)的癌癥亞型并且能夠?qū)@一亞型內(nèi)的患者進(jìn)行分類。本發(fā)明可以用于在施用任何抗血管生成劑之前確定患有癌癥的患者對(duì)治療方案在臨床上是有反應(yīng)的還是無(wú)反應(yīng)的。這一試驗(yàn)可以用于不同癌癥類型中并且與直接地或間接地影響血管生成或血管生成信號(hào)傳導(dǎo)的不同藥物一起使用。此外，本發(fā)明可以用作某些癌癥類型的預(yù)后指標(biāo)。具體地說(shuō)，本發(fā)明是針對(duì)預(yù)測(cè)性標(biāo)志物的某些組合的使用，其中所述預(yù)測(cè)性標(biāo)志物的表達(dá)與對(duì)治療方案的反應(yīng)性或無(wú)反應(yīng)性相關(guān)。
【專利說(shuō)明】用于癌癥的分子診斷試驗(yàn)
[0001]相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0002]本發(fā)明要求于2011年6月2日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)61/492，488的優(yōu)先權(quán)益，所述申請(qǐng)以引用的方式并入本文。
發(fā)明領(lǐng)域
[0003]本發(fā)明涉及一種適用于診斷不同解剖部位的癌癥的分子診斷試驗(yàn)，所述分子診斷試驗(yàn)包括與血管生成有關(guān)的常見亞型的使用。本發(fā)明包括從基因表達(dá)水平獲得基因分類模型。一個(gè)應(yīng)用是對(duì)癌癥治療藥物種類的反應(yīng)的分層和針對(duì)癌癥治療藥物種類選擇患者，并且因此指導(dǎo)患者治療選擇。另一個(gè)應(yīng)用是將癌癥患者分層為對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)的那些和對(duì)于抗血管生成治療劑沒有反應(yīng)的那些。本發(fā)明提供一種試驗(yàn)，所述試驗(yàn)可以指導(dǎo)療法選擇以及在新型治療劑的臨床試驗(yàn)評(píng)估過(guò)程中選擇用于富集策略的患者群。本發(fā)明可以用作包括卵巢癌、乳癌以及成膠質(zhì)細(xì)胞瘤在內(nèi)的某些癌癥的預(yù)后指標(biāo)。所述血管生成亞型可以由新鮮/冷凍(FF)的患者樣品或經(jīng)過(guò)福爾馬林固定石蠟包埋的FFPE的患者樣品來(lái)鑒別。
[0004]背景
[0005]制藥行業(yè)一直在尋求比當(dāng)前施用的藥物更有效的、更具特異性或具有更少不良副作用的新型藥物治療選擇。由于人類群體內(nèi)的遺傳變異性使許多已認(rèn)可的藥物的有效性產(chǎn)生了顯著差異，故正在不斷地開發(fā)藥物療法替代品。因此，雖然當(dāng)前有多種多樣的藥物療法選擇可供使用，但是在患者無(wú)法起反應(yīng)的情況下仍總是需要更多療法。
[0006]傳統(tǒng)上，醫(yī)師所使用的治療模式一直是開出在治療疾病方面可能得到最高成功率的一線藥物療法。如果一線療法無(wú)效，則開出替代性藥物療法。對(duì)于某些疾病來(lái)說(shuō)，這種模式明顯不是最佳的治療方法。例如，在如癌癥等疾病中，第一次治療經(jīng)常是最重要的并且為成功治療提供了最佳機(jī)會(huì)，因此對(duì)于選擇將針對(duì)特定患者的疾病最有效的初始藥物的需求變高。
[0007]在西方國(guó)家中，卵巢癌是所有婦科癌癥之中引起死亡的主導(dǎo)原因。這種高死亡率是由大多數(shù)患者在晚期進(jìn)行診斷所致。上皮性卵巢癌(EOC)占卵巢惡性腫瘤的90%并且被分為不同的組織學(xué)類別，包括漿液性、粘液性、子宮內(nèi)膜樣、透明細(xì)胞、過(guò)渡型、混合型、以及未分化的亞型。越來(lái)越多的證據(jù)表明這些不同的組織學(xué)起因于不同的病因?qū)W。近期在用于分類上皮性卵巢癌的方法學(xué)方面已經(jīng)取得進(jìn)展(McCluggage, W.G.“Morphologicalsubtypes of ovarian carcinoma:a review with emphasis on new developments andpathogenesis，’’PATHOLOGY，2011 年 8 月;43 (5):420-32)。其后果之一是以前被分類為子宮內(nèi)膜樣的許多腫瘤現(xiàn)在被分類為漿液性的。
[0008]卵巢癌的當(dāng)前標(biāo)準(zhǔn)治療是減瘤手術(shù)(debulking surgery)和基于鉬紫杉燒的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞毒性化學(xué)療法。然而，不是所有患者都對(duì)其有反應(yīng)，并且在對(duì)其有反應(yīng)的那些中，大約70%將會(huì)經(jīng)歷復(fù)發(fā)?；诮M織學(xué)或分子分類的卵巢癌特異性靶向療法尚未進(jìn)入市場(chǎng)。類似地，對(duì)于其它類型的癌癥，仍然沒有選擇適當(dāng)細(xì)胞毒性化學(xué)治療劑的準(zhǔn)確方式。[0009]微陣列和分子基因組學(xué)的出現(xiàn)有可能對(duì)疾病的診斷能力和預(yù)后分類產(chǎn)生顯著影響，它們可以幫助預(yù)測(cè)單個(gè)患者對(duì)確定的治療方案的反應(yīng)。微陣列提供了對(duì)大量遺傳信息的分析，從而提供個(gè)體的遺傳指紋。更值得關(guān)注的是，這一技術(shù)最終將為定制藥物治療方案提供必要工具。
[0010]當(dāng)前，健康護(hù)理專業(yè)人員具有很少的途徑來(lái)幫助他們鑒別將受益于化學(xué)治療劑的癌癥患者。最佳一線藥物的鑒別一直很難，因?yàn)闆]有可用的方法來(lái)準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)哪種藥物治療對(duì)于特定癌癥的生理學(xué)將是最有效的。這一不足導(dǎo)致相對(duì)較差的單一藥劑反應(yīng)率以及增加的癌癥發(fā)病率和死亡。此外，患者經(jīng)常不必要地經(jīng)受無(wú)效、有毒的藥物療法。
[0011]血管生成是腫瘤新血管形成的關(guān)鍵組成部分并且對(duì)于腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移是必不可少的。因此，它是治療干預(yù)的關(guān)鍵領(lǐng)域并且一直與不良預(yù)后和存活率降低相關(guān)。這促進(jìn)了靶向血管生成相關(guān)性過(guò)程和途徑的多種藥劑的開發(fā)，包括作為市場(chǎng)主導(dǎo)品并且首個(gè)被FDA批準(zhǔn)的抗血管生成劑貝伐單抗(bevacizumab)(阿瓦斯汀(Avastin)),由Genentech/Roche生產(chǎn)。
[0012]包括貝伐單抗的治療方案已經(jīng)展示出廣泛的臨床活性1-10。然而，在大多數(shù)癌癥中，在貝伐單抗添加至細(xì)胞毒性化學(xué)療法之后沒有顯示出總存活率(OS)益處8，12—13。這表明，相當(dāng)大比例的腫瘤或是最初對(duì)VEGF阻斷(貝伐單抗的作用機(jī)制)具有抗性，抑或快速發(fā)展對(duì)VEGF阻斷的抗性。事實(shí)上，當(dāng)接受貝伐單抗單藥療法時(shí)，21%的卵巢癌患者、10%的腎癌患者以及33%的直腸癌患者顯示部分消退，從而表明貝伐單抗在小亞組的患者中可能是有活性的，但是這種增量的益處在未選擇的患者中未達(dá)到顯著性。因此，使用對(duì)貝伐單抗有反應(yīng)的生物標(biāo)志物將會(huì)改進(jìn)治療結(jié)果的評(píng)定并且因此能夠鑒別將從貝伐單抗治療接受最大臨床益處的患者亞組。這在轉(zhuǎn)移性乳癌的情況下將是特別相關(guān)的，其中臨床上有益的生物標(biāo)志物的缺乏削弱了貝伐單抗的使用。迄今，還沒有這種生物標(biāo)志物在臨床上被驗(yàn)證可用來(lái)預(yù)測(cè)貝伐單抗功效。高血壓和VEGF多態(tài)性是迄今為止顯示出潛力的僅有的生物標(biāo)志物，但是關(guān)于其在臨床環(huán)境中的使用仍然存在重要問(wèn)題。
[0013]抗血管生成療法的另一種方法是同時(shí)靶向多種血管生成途徑而不是選擇性地靶向VEGF途徑。理論上，多靶向抗血管生成劑應(yīng)比如貝伐單抗等藥劑更完全地抑制血管生成，并且因此可以產(chǎn)生更大的治療益處。已經(jīng)假定在一些腫瘤中，血管生成可能僅在疾病的早期需要VEGF，但隨著疾病進(jìn)展，其由另外的血管生成途徑驅(qū)動(dòng)。因此，通過(guò)靶向多種途徑，有可能抵消可以導(dǎo)致對(duì)VEGF抑制的抗性的補(bǔ)償逃避機(jī)制。
[0014]對(duì)于其它類型的癌癥，仍然沒有選擇哪些患者將會(huì)或?qū)⒉粫?huì)對(duì)使用抗血管生成治療劑或單藥劑抗血管生成療法的標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理有反應(yīng)的準(zhǔn)確方式。
[0015]因此，所需要的是一種分子診斷試驗(yàn)，其與標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理組合抑或作為單藥劑治療將有助于基于患者對(duì)于抗血管生成治療劑的預(yù)測(cè)反應(yīng)來(lái)對(duì)患者分層。這將允許應(yīng)接受替代療法的那些患者的快速鑒別。這種分子診斷試驗(yàn)應(yīng)以足夠的準(zhǔn)確度預(yù)測(cè)在不同癌癥類型內(nèi)的治療反應(yīng)性。
[0016]發(fā)明概述
[0017]公開了使用在癌癥中表達(dá)的一組生物標(biāo)志物的方法，這樣使得當(dāng)一些或全部轉(zhuǎn)錄物過(guò)表達(dá)或表達(dá)不足時(shí)，它們鑒別出在與血管生成有關(guān)的分子信號(hào)傳導(dǎo)中出現(xiàn)上調(diào)的癌癥的亞型。本發(fā)明還提供了用于指示對(duì)于抗血管生成劑的反應(yīng)性或無(wú)反應(yīng)性的方法。在不同方面，這組生物標(biāo)志物可以形成單參數(shù)或多參數(shù)預(yù)測(cè)性試驗(yàn)的基礎(chǔ)，所述試驗(yàn)可以使用如微陣列、Q-PCR、免疫組織化學(xué)、ELISA或可以量化mRNA或蛋白質(zhì)表達(dá)的其它技術(shù)等本領(lǐng)域已知方法來(lái)實(shí)現(xiàn)。
[0018]此外，本文所描述的癌癥亞型是許多類型的癌癥共有的并且不限于單一癌癥疾病類型。因此，本文所公開的表達(dá)簽名(expression signature)可以用于預(yù)測(cè)癌癥治療劑在不同組織中不同癌癥類型的反應(yīng)性或無(wú)反應(yīng)性。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，這些生物標(biāo)志物適用于評(píng)估癌癥腫瘤對(duì)于抗血管生成治療劑的反應(yīng)性。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥是卵巢癌。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥是成膠質(zhì)細(xì)胞瘤。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥是乳癌。
[0019]本文所描述的本發(fā)明不限于任何一種藥物；它可以用于鑒別對(duì)直接地或間接地影響或靶向血管生成過(guò)程的一系列當(dāng)前使用的、正在研發(fā)的和新型藥物中的任何一種有反應(yīng)者和無(wú)反應(yīng)者。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明可以用于評(píng)估作為單一藥劑抑或與標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理療法組合的輔藥或新輔藥貝伐單抗或達(dá)沙替尼。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明可以用于在卵巢癌中評(píng)估阿瓦斯汀、VEGF-TRAP治療。
[0020]本發(fā)明涉及使用至少或至多10種不同的反應(yīng)分類來(lái)預(yù)測(cè)對(duì)藥物的反應(yīng)，所述反應(yīng)如總存活率、無(wú)進(jìn)展存活率、放射反應(yīng)、(如由RECIST定義)完全反應(yīng)、部分反應(yīng)、穩(wěn)定疾病，以及血清學(xué)標(biāo)志物如但不限于，PSA、CEA、CA125、CA15-3以及CA19-9。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明可以用于評(píng)估卵巢、乳房以及成膠質(zhì)細(xì)胞瘤的存活率。
[0021]另一方面，本發(fā)明涉及鑒別癌癥中的血管生成亞型。所述亞型可以通過(guò)測(cè)定某些生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行檢測(cè)。表達(dá)簽名限定了一組生物標(biāo)志物，其表達(dá)將預(yù)測(cè)對(duì)于抗血管生成劑有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)的癌癥類型。在某些示例性實(shí)施方案中，所述表達(dá)簽名包括了選自表IA和IB中所列出的生物標(biāo)志物的兩種或更多種生物標(biāo)志物。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述表達(dá)簽名包括了選自SEQ ID N0:632至801(組I)或SEQ ID N0:802至974(組II)的序列的兩種或更多種生物標(biāo)志物。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述表達(dá)簽名包括了選自表2A和2B中所列出的生物標(biāo)志物的兩種或更多種生物標(biāo)志物。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述表達(dá)簽名包括表2A和2B中所列出的生物標(biāo)志物并且其對(duì)應(yīng)權(quán)重是使用PLS分類器確定。
[0022]另一方面，本發(fā)明涉及用于以上所列出的如qPCR、微陣列以及免疫測(cè)定(如免疫組織化學(xué)、ELISA、蛋白質(zhì)印跡等)的常規(guī)診斷應(yīng)用的試劑盒。這類試劑盒包括了測(cè)定基因或基因產(chǎn)物的表達(dá)和量化mRNA或蛋白質(zhì)表達(dá)的適當(dāng)試劑和說(shuō)明書。
[0023]還公開了用于在有或無(wú)血管生成表型的情況下鑒別人類腫瘤的方法。在某些示例性實(shí)施方案中，這類方法可以用于鑒別對(duì)直接地抑或間接地抑制與血管生成有關(guān)的過(guò)程的藥物敏感和有反應(yīng)的患者。在某些其它示例性實(shí)施方案中，這類方法可以用于鑒別對(duì)直接地抑或間接地抑制與血管生成有關(guān)的過(guò)程的藥物具有抗性或沒有反應(yīng)的患者。
[0024]另一方面，本發(fā)明可以在某些癌癥類型中用作預(yù)后指標(biāo)。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥是卵巢癌。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥是乳癌。在又另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥是成膠質(zhì)細(xì)胞瘤。
[0025]本發(fā)明還涉及指導(dǎo)患者的有效治療。此外，提供了涉及選擇患者治療方案和選擇患者用于直接地或間接地影響血管生成的當(dāng)前或開發(fā)階段藥物的臨床試驗(yàn)的方法。[0026]此外，本文描述了使存檔的經(jīng)過(guò)福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)的活組織檢查材料以及新鮮/冷凍(FF)組織適用于所有轉(zhuǎn)錄物的測(cè)定，并且因此與最廣泛可獲得的活組織檢查材料的類型相容的方法。生物標(biāo)志物表達(dá)水平可以使用從FFPE組織、新鮮冷凍組織或已經(jīng)儲(chǔ)存在溶液(如RNAIater?:)中的新鮮組織獲得的RNA來(lái)確定。
[0027]附圖簡(jiǎn)述
[0028]圖1提供了表示在Almac Diagnostics的上皮性卵巢癌樣品集的199個(gè)漿液樣品中最可變的基因的分層合并聚類分析的熱圖。探針集簇的功能分析匯總于圖像的右側(cè)。橫過(guò)圖像頂部的圖例指示每個(gè)樣品被分配的分類器組以用于分類器產(chǎn)生(即，種類標(biāo)記)。
[0029]圖2A和2B表示使用功能富集分析在上皮性卵巢癌訓(xùn)練集的199個(gè)僅漿液樣品中得到的血管生成探針集簇的功能分析結(jié)果。圖2A示出了表示前10個(gè)富集的基因本體(GeneOntology)生物過(guò)程的顯著性的直方圖。紅色條形指示在錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率校正之后P值為0.05的過(guò)程的顯著性。圖2B表示了基因本體生物過(guò)程樹的子集，其中過(guò)程包括由簇3中的探針集編碼的一種或多種基因。紅色的過(guò)程指示在錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率校正之后P值為0.05的過(guò)程的顯著性。黑色的過(guò)程包括由簇3中的探針集編碼的一種或多種基因，但不具顯著性。
[0030]圖3表示在鑒別與血管生成有關(guān)的分子亞型的示例性25-基因表達(dá)簽名內(nèi)基因的功能富集結(jié)果。紅色條形指示在錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率校正之后P值為0.05的過(guò)程的顯著性。
[0031]圖4提供了先前未治療的患有高分級(jí)成膠質(zhì)細(xì)胞瘤的患者在初始手術(shù)切除之后無(wú)復(fù)發(fā)存活率(事件發(fā)生時(shí)間，以周為單位)的卡普蘭-邁耶曲線(PhillipsHS, Kharbanda S，Chen R, Forrest WF等，“Molecular subclasses of high-grade gliomapredict prognosis, delineate a pattern of disease progression, and resemblestages in neurogenesis, ^CANCER CELL, 2006 年 3 月；9 (3): 157-73.PMID: 16530701 ;Costa BM, Smith JS, Chen Y, Chen J 等,“Reversing H0XA9oncogene activation byPI3K inhibition:epigenetic mechanism and prognostic significance in humanglioblastoma,，，CANCER RES, 2010 年 I 月 15 日；70 (2):453-62.PMID: 20068170)。
[0032]圖5提供了在用達(dá)沙替尼治療之后，示例性25-基因分類器模型在16個(gè)前列腺細(xì)胞系內(nèi)的分類性能的ROC曲線圖。在應(yīng)用所述分類器模型之后，AUC是大約0.84。95%的置信限是使用 1000 次引導(dǎo)迭代確定的(Wang XD, Reeves K, Luo FR, Xu LA 等，“ Identificationof candidate predictive and surrogate molecular markers for dasatinib inprostate cancer:rationale for patient selection and efficacy monitoring, ”GENOMEB10L2007;8(II):R255.PMID:18047674)。
[0033]圖6提供了表示在根據(jù)更新的病理學(xué)分類標(biāo)準(zhǔn)重新分類的上皮性卵巢癌樣品集的265個(gè)漿液樣品中最可變的基因的分層合并聚類分析的熱圖。探針集簇的功能分析匯總于圖像的右側(cè)。橫過(guò)圖像頂部的圖例指示每個(gè)樣品被分配的分類器組以用于分類器產(chǎn)生(即，種類標(biāo)記)。
[0034]圖7A和7B表示使用功能富集工具(FET)算法在上皮性卵巢癌訓(xùn)練集的265個(gè)僅漿液樣品中得到的血管生成探針集的功能分析結(jié)果。圖7A示出了表示前10個(gè)富集的基因本體生物過(guò)程的顯著性的直方圖。紅色條形指示在錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率校正之后P值為0.05的過(guò)程的顯著性。圖7B表示基因本體生物過(guò)程樹的子集，其中過(guò)程包括由簇2 (血管生成)中的探針集編碼的一種或多種基因。紅色的過(guò)程指示在錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率校正之后P值為0.05的過(guò)程的顯著性。黑色的過(guò)程包括由所述血管生成簇中的探針集編碼的一種或多種基因，但不具顯著性。
[0035]圖8表示在鑒別與血管生成有關(guān)的分子亞型的示例性45-基因分類器模型內(nèi)基因的功能富集結(jié)果。紅色條形指示在錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率校正之后P值為0.05的過(guò)程的顯著性。
[0036]圖9提供了在用達(dá)沙替尼治療之后，45-基因分類器模型在16個(gè)前列腺細(xì)胞系內(nèi)的分類性能的ROC曲線圖。在應(yīng)用所述分類器模型之后，AUC是大約0.95。95%的置信限是使用1000次引導(dǎo)迭代確定的。
[0037]圖10提供了表示在根據(jù)更新的病理學(xué)分類標(biāo)準(zhǔn)重新分類的上皮性卵巢癌樣品集的265個(gè)漿液樣品中最可變的基因的分層合并聚類分析的熱圖。探針集簇的功能分析匯總于圖像的右側(cè)。橫過(guò)圖像的頂部的圖例指示每個(gè)樣品應(yīng)該被分配的分類器組以用于非血管生成或無(wú)反應(yīng)組分類器的產(chǎn)生。
[0038]圖11提供了在重新分類的卵巢樣品集中非血管生成樣品組(圖3a，樣品簇I)與血管生成樣品組(圖10，樣品簇2和3)的無(wú)進(jìn)展存活率(以周為單位)的卡普蘭-邁耶曲線的比較。
[0039]圖12A和12B提供了表不在乳癌樣品集的51個(gè)ER陰性樣品中最可變的基因(圖12A)和在乳癌樣品集的56個(gè)ER陽(yáng)性樣品中最可變的基因(圖12B)的分層合并聚類分析的熱圖。對(duì)于顯示出血管系統(tǒng)發(fā)育/血管生成或免疫反應(yīng)/IFN信號(hào)傳導(dǎo)的那些簇，探針集簇的功能分析匯總于圖像的右側(cè)
[0040]序列表
[0041]所附序列表中列出的核酸和氨基酸序列是使用核苷酸堿基的標(biāo)準(zhǔn)字母縮寫示出，如37C.F.R.§ 1.822中所定義。僅示出每一核酸序列的一條鏈，但是互補(bǔ)鏈應(yīng)理解為涵蓋于提到的任何所展示的鏈內(nèi)。
[0042]序列表是作為ASCII文本文件以命名為ADL_0801WP_ST25.txt的文件的形式提交，它是在2012年6月4日創(chuàng)建并且為352，839個(gè)字節(jié)，以引用的方式并入本文。
[0043]發(fā)明詳述
[0044]除非另外定義，否則本文所使用的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有與本公開所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通常所理解相同的意義。分子生物學(xué)中常見術(shù)語(yǔ)的定義可以在以下文獻(xiàn)中找至丨J:Benjamin Lewin, Genes IX,由 Jones and Bartlet 出版，2008(ISBN0763752223)；Kendrew 等(編著)，The Encyclopedia of Molecular Biology,由 Blackwell ScienceLtd.出版，1994(ISBN0632021829) ；Robert A.Meyers (編著)，Molecular Biologyand Biotechnology:a Comprehensive Desk Reference,由 VCH Publishers, Inc.出版，1995 (ISBN9780471185710) ；Singleton 等，Dictionary of Microbiology andMolecular Biology,第 2 版，J.ffiley&Sons (New York, N.Y.1994),以及 March, AdvancedOrganic Chemistry Reactions,Mechanisms and Structure,第 4 版,Johnffiley&Sons (New York, N.Y.1992)。
[0045]除非上下文另外清楚地指示，否則單數(shù)形式“一個(gè)/種(a) ”、“一個(gè)/種(an) ”以及“所述(the)”包括復(fù)數(shù)形式的`指代物。類似地，除非上下文另外清楚地指示，否則詞語(yǔ)“或”意圖包括“和”。術(shù)語(yǔ)“包含(comprises)”意指“包括(includes)”。在相矛盾的情況下，將以本說(shuō)明書(包括術(shù)語(yǔ)解釋)為準(zhǔn)。[0046]如本文所用，術(shù)語(yǔ)“標(biāo)志物組”、“表達(dá)分類器”、“分類器”、“表達(dá)簽名”或“簽名”可以可互換地使用。
[0047]本申請(qǐng)中所引用的所有出版物、公布的專利文獻(xiàn)、以及專利申請(qǐng)指示了本申請(qǐng)所涉及的一個(gè)或多個(gè)領(lǐng)域中的技術(shù)水平。本文所引用的所有出版物、公布的專利文獻(xiàn)、以及專利申請(qǐng)?zhí)卮艘砸玫姆绞讲⑷?，其引用程度就如同具體地并且個(gè)別地指示每一單個(gè)出版物、公布的專利文獻(xiàn)、或?qū)＠暾?qǐng)是以引用的方式并入。
[0048]綜述
[0049]當(dāng)前癌癥研究工作的主要目標(biāo)是通過(guò)將分子參數(shù)結(jié)合到臨床治療決策中來(lái)增加患者圍術(shù)期系統(tǒng)療法的功效。遺傳藥理學(xué)/基因組學(xué)是個(gè)體對(duì)外來(lái)化合物或藥物的反應(yīng)中所涉及的遺傳/基因組因素的研究。對(duì)本發(fā)明的生物標(biāo)志物的表達(dá)具有刺激或抑制作用的藥劑或調(diào)節(jié)劑可以被施用至個(gè)體以治療(預(yù)防性地或治療性地)患者的癌癥。理想的情況是，同時(shí)將個(gè)體的藥物基因組學(xué)與這種治療結(jié)合考慮。治療劑代謝的差異有可能通過(guò)改變藥理學(xué)活性藥物的劑量與血液濃度之間的關(guān)系而導(dǎo)致嚴(yán)重毒性或治療失效。因此，了解個(gè)體的藥物基因組學(xué)允許選擇對(duì)預(yù)防性或治療性治療有效的藥劑(例如，藥物)。這種藥物基因組學(xué)可以進(jìn)一步用于確定適當(dāng)?shù)膭┝亢椭委煼桨?。因此，可以確定在個(gè)體中本發(fā)明的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，以便由此選擇適合于個(gè)體的治療性或預(yù)防性治療的一種或多種藥劑。
[0050]本發(fā)明涉及一種適用于診斷不同解剖部位的癌癥的分子診斷試驗(yàn)，所述分子診斷試驗(yàn)包括與血管生成有關(guān)的常見亞型的使用。本發(fā)明包括將受試者鑒別為對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)的表達(dá)簽名。所述表達(dá)簽名是通過(guò)獲得來(lái)自已知病理學(xué)和/或臨床結(jié)果的樣品集的樣品的表達(dá)譜來(lái)得到。所述樣品可以源自相同的樣品組織類型或不同的組織類型。如本文所用，“表達(dá)譜”包含了表示給定樣品中所分析的每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的一組值。
[0051]然后使用數(shù)學(xué)模型分析來(lái)自所述樣品集的表達(dá)譜。可以應(yīng)用不同的數(shù)學(xué)模型，并且所述數(shù)學(xué)模型包括但不限于，來(lái)自以下領(lǐng)域的模型:模式識(shí)別(Duda等，PatternClassification,第 2 版，John Wiley, New York2001)、機(jī)器學(xué)習(xí)(Schdlkopf
等,Learning with Kernels,MIT Press, Cambridge2002 ；Bishop,Neural Networksfor Pattern Recognition, Clarendon Press, 0xfordl995)、統(tǒng)計(jì)學(xué)(Hastie 等,TheElements of Statistical Learning, Springer, New York2001)、生物信息學(xué)(Dudoit等,2002, J.Am.Statist.Assoc.97: 77-87 ；Tibshirani 等,2002, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA99:6567-6572)或化學(xué)計(jì)量學(xué)(Vandeginste 等，Handbook of Chemometrics andQualimetrics,第B部分，Elsevier, Amsterdaml998)。所述數(shù)學(xué)模型鑒別所述樣品集中所表達(dá)的最能預(yù)測(cè)給定疾病表型的一種或多種生物標(biāo)志物。這一種或多種生物標(biāo)志物限定了表達(dá)簽名。因此，表達(dá)簽名包括被鑒別為最能預(yù)測(cè)給定疾病表型的生物標(biāo)志物。在某些示例性實(shí)施方案中，所述數(shù)學(xué)模型限定了每個(gè)所鑒別的生物標(biāo)志物的變量，如權(quán)重。在某些示例性實(shí)施方案中，所述數(shù)學(xué)模型限定了決策函數(shù)。所述決策函數(shù)可以進(jìn)一步限定閾值得分，所述閾值得分將樣品集分成兩種疾病表型，如但不限于，對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)和無(wú)反應(yīng)的樣品。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述決策函數(shù)和表達(dá)簽名是使用線性分類器限定的。[0052]為了使用限定的表達(dá)簽名來(lái)對(duì)新樣品分類，分離出由所述表達(dá)簽名限定的生物標(biāo)志物并且確定這一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)譜。以用于限定表達(dá)簽名的同一數(shù)學(xué)模型對(duì)新樣品生物標(biāo)志物表達(dá)譜進(jìn)行分析。在某些示例性實(shí)施方案中，所述數(shù)學(xué)模型限定了所述新樣品的表達(dá)得分。所述表達(dá)得分可以通過(guò)使用非線性、代數(shù)、三角或相關(guān)手段將生物標(biāo)志物的表達(dá)值與對(duì)應(yīng)的標(biāo)量權(quán)重組合以獲得單個(gè)標(biāo)量值來(lái)確定。將所述表達(dá)得分與閾值得分相比較并且將樣品分類為對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)的。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，大于參考表達(dá)值的樣品表達(dá)值指示患者將對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，低于閾值得分的樣品表達(dá)得分指示患者將對(duì)于抗血管生成治療劑沒有反應(yīng)。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，低于閾值表達(dá)得分的樣品表達(dá)得分指示患者具有癌癥類型或有發(fā)展癌癥類型的風(fēng)險(xiǎn)，所述癌癥類型對(duì)于抗血管生成治療劑沒有反應(yīng)。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，高于參考表達(dá)得分的樣品表達(dá)得分指示患者具有癌癥類型或有發(fā)展癌癥類型的風(fēng)險(xiǎn)，所述癌癥類型對(duì)于抗血管生成治療劑具有反應(yīng)。在表達(dá)簽名是源自于包含一種類型的癌癥組織的組織樣品集的情況下，所述表達(dá)簽名不限于僅對(duì)具有相同癌癥類型的組織中的相同癌癥亞型進(jìn)行鑒別，還可以用于共享相同癌癥亞型的其它癌癥類型。例如，在表達(dá)簽名是源自于卵巢癌樣品的情況下，所述表達(dá)簽名可以用于鑒別不同癌癥(如成膠質(zhì)細(xì)胞瘤或乳癌)中的類似血管生成亞型。
[0053]本文所公開的表達(dá)簽名的一種應(yīng)用是對(duì)涵蓋抗血管生成療法的治療藥物種類的反應(yīng)的分層和針對(duì)所述治療藥物種類選擇患者。通過(guò)檢查腫瘤中一組鑒別的生物標(biāo)志物的表達(dá)，有可能確定哪種治療劑或藥劑組合將最可能降低癌癥的生長(zhǎng)速率。還有可能確定哪種治療劑或藥劑組合將最不太可能降低癌癥的生長(zhǎng)速率。通過(guò)檢查一組生物標(biāo)志物的表達(dá)，因此有可能消除無(wú)效的或不當(dāng)?shù)闹委焺Ｖ匾氖?，在某些?shí)施方案中，這些確定可以在逐個(gè)患者的基礎(chǔ)上或在逐個(gè)藥劑的基礎(chǔ)上進(jìn)行。因此，可以確定具體治療方案是否可能使特定患者或患者類型受益，和/或具體方案是否應(yīng)該繼續(xù)。本發(fā)明提供了可以指導(dǎo)療法選擇以及在新型治療劑的臨床試驗(yàn)評(píng)估過(guò)程中選擇用于富集策略的患者群的試驗(yàn)。例如，當(dāng)評(píng)估推定的抗血管生成劑或治療方案時(shí)，可以使用本文所公開的表達(dá)簽名和方法選擇用于臨床試驗(yàn)的個(gè)體，所述個(gè)體具有對(duì)于抗血管生成劑有反應(yīng)的癌癥類型。血管生成亞型可以由新鮮/冷凍(FF)或經(jīng)過(guò)福爾馬林固定石蠟包埋的(FFPE)患者樣品進(jìn)行鑒別。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥類型是卵巢癌。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥類型是成膠質(zhì)細(xì)胞瘤。在又一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述癌癥類型是乳癌。
[0054]如果與在不接觸治療劑的情況下癌癥的生長(zhǎng)相比，癌癥的生長(zhǎng)速率由于與治療劑相接觸而受到抑制，那么所述癌癥對(duì)所述治療劑“有反應(yīng)”。癌癥的生長(zhǎng)可以按多種方式測(cè)量。例如，腫瘤的大小或測(cè)量適于所述腫瘤類型的腫瘤標(biāo)志物的表達(dá)。
[0055]如果當(dāng)與在不接觸治療劑的情況下癌癥的生長(zhǎng)相比，癌癥的生長(zhǎng)速率并未由于與治療劑相接觸而受到抑制，或在極低的程度上受抑制，那么所述癌癥對(duì)所述治療劑“無(wú)反應(yīng)”。如上所述，癌癥的生長(zhǎng)可以按多種方式測(cè)量，例如，腫瘤的大小或測(cè)量適于所述腫瘤類型的腫瘤標(biāo)志物的表達(dá)。對(duì)治療劑無(wú)反應(yīng)的品質(zhì)是高度可變的，其中不同癌癥在不同條件下對(duì)于給定治療劑呈現(xiàn)出不同水平的“無(wú)反應(yīng)性”。再者，可以使用除腫瘤的生長(zhǎng)大小以外的另外標(biāo)準(zhǔn)來(lái)評(píng)定無(wú)反應(yīng)性的測(cè)量，如但不限于，患者的生活質(zhì)量和轉(zhuǎn)移程度。
[0056]鑒別表達(dá)簽名[0057]本發(fā)明的表達(dá)簽名是通過(guò)分析患者樣品集中某些生物標(biāo)志物的表達(dá)譜來(lái)進(jìn)行鑒另O。適合用于本發(fā)明中的生物標(biāo)志物包括DNA、RNA以及蛋白質(zhì)。從患者樣品中分離所述生物標(biāo)志物并且測(cè)定其表達(dá)水平以獲得有關(guān)所述患者樣品集中所分析的每個(gè)樣品的一組表達(dá)譜。
[0058]a.表達(dá)譜
[0059]在某些實(shí)施方案中，所獲得的表達(dá)譜是基因組或核酸表達(dá)譜，其中所述樣品中一種或多種核酸的量或水平得到確定。在這些實(shí)施方案中，所測(cè)定的用以產(chǎn)生在診斷或預(yù)后方法中采用的表達(dá)譜的樣品是核酸樣品。核酸樣品包括了含有所分析的細(xì)胞或組織的表型決定性生物標(biāo)志物的表達(dá)信息的核酸群體。在一些實(shí)施方案中，核酸可以包括RNA或DNA核酸，例如，mRNA、CRNA、CDNA等，只要樣品保留從中獲得所述樣品的宿主細(xì)胞或組織的表達(dá)信息即可。所述樣品可以按如本領(lǐng)域已知的多種不同的方式進(jìn)行制備，例如，通過(guò)從細(xì)胞中分離mRNA，其中所分離的mRNA是以分離的、擴(kuò)增的形式使用，或被用于制備cDNA、cRNA等，如差異基因表達(dá)領(lǐng)域中已知的。因此，測(cè)定樣品中mRNA的水平包括由所述mRNA制備cDNA或cRNA，并且隨后測(cè)量所述cDNA或cRNA。所述樣品通常是使用標(biāo)準(zhǔn)方案，由從需要治療的受試者采集的細(xì)胞或組織，例如經(jīng)由組織的活組織檢查來(lái)制備，其中可以產(chǎn)生這類核酸的細(xì)胞類型或組織包括了存在待測(cè)定的表型的表達(dá)模式的任何組織，包括但不限于，疾病細(xì)胞或組織、體液等等。
[0060]可以使用任何常規(guī)方案由初始核酸樣品產(chǎn)生表達(dá)譜。雖然已知多種不同的產(chǎn)生表達(dá)譜的方式，如在差異基因表達(dá)/生物標(biāo)志物分析領(lǐng)域中所采用的那些，但是用于產(chǎn)生表達(dá)譜的一種代表性并且便利的方案類型是基于陣列的基因表達(dá)譜產(chǎn)生方案。這類應(yīng)用是雜交測(cè)定，其中采用的核酸展示了在待產(chǎn)生的表達(dá)譜中待測(cè)定/表達(dá)譜分析的每個(gè)基因的“探針”核酸。在這些測(cè)定中，首先由所測(cè)定的初始核酸樣品制備靶核酸的樣品，其中制備可以包括使用標(biāo)記物(例如，信號(hào)產(chǎn)生系統(tǒng)的成員)對(duì)所述靶核酸進(jìn)行標(biāo)記。在靶核酸樣品制備之后，使所述樣品與所述陣列在雜交條件下相接觸，從而在與附接至陣列表面的探針序列互補(bǔ)的靶核酸之間形成復(fù)合物。然后定性地抑或定量地檢測(cè)雜交復(fù)合物的存在?？梢詫?shí)踐用來(lái)產(chǎn)生主題方法中所采用的表達(dá)譜的具體雜交技術(shù)包括以下專利中描述的技術(shù):美國(guó)專利號(hào) 5，143，854 ;5，288，644 ;5，324，633 ;5，432，049 ;5，470，710 ;5，492，806 ；5，503，980 ;5，510，270 ;5，525，464 ;5，547，839 ;5，580，732 ;5，661，028 ;5，800，992 ;其公開內(nèi)容以引用的方式并入本文;以及W095/21265 ；W096/31622 ；W097/10365 ；W097/27317 ；EP373203 ;以及EP785280。在這些方法中，使“探針”核酸的陣列與如以上所描述的靶核酸相接觸，所述陣列包括了針對(duì)表達(dá)正進(jìn)行測(cè)定的每種生物標(biāo)志物的探針。接觸是在雜交條件(例如，如以上所描述的嚴(yán)格雜交條件)下進(jìn)行，并且然后去除未結(jié)合的核酸。所得到的雜交核酸的模式提供了有關(guān)已經(jīng)被探查的每種生物標(biāo)志物的表達(dá)的信息，其中所述表達(dá)信息是關(guān)于基因是否被表達(dá)并且通常是在何種水平上被表達(dá)，其中所述表達(dá)數(shù)據(jù)(即，表達(dá)譜)可以是定性的和定量的。
[0061]b.疾病和樣品組織來(lái)源
[0062]在某些示例性實(shí)施方案中，患者樣品集包括癌癥組織樣品，如存檔的樣品。所述患者樣品集優(yōu)選是源自于已經(jīng)通過(guò)預(yù)后、復(fù)發(fā)可能性、長(zhǎng)期存活率、臨床結(jié)果、治療反應(yīng)、診斷、癌癥分類或個(gè)體化的基因組譜表征的癌癥組織樣品。如本文所用，癌癥包括但不限于，白血病、腦癌、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、結(jié)腸直腸癌、喉癌、乳癌、皮膚癌、黑色素瘤、肺癌、肉瘤、宮頸癌、睪丸癌、膀胱癌、內(nèi)分泌癌、子宮內(nèi)膜癌、食道癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、淋巴瘤、成神經(jīng)細(xì)胞瘤、骨肉瘤、胰腺癌、垂體癌、腎癌等。在一個(gè)實(shí)施方案中，本文所描述的方法是指用抗血管生成劑、抗血管生成靶向療法、血管生成信號(hào)傳導(dǎo)抑制劑治療癌癥，但不限于這些類別。這些癌癥還包括這些癌癥在發(fā)病的不同階段的子類和亞型。在某些示例性實(shí)施方案中，所述患者樣品集包括卵巢癌樣品。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述患者樣品集包括乳癌樣品。在又另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述患者樣品集包括成膠質(zhì)細(xì)胞瘤樣品。
[0063]“生物樣品”、“樣品”以及“試驗(yàn)樣品”在本文可互換地用于指從個(gè)體獲得或以另外的方式得到的任何材料、生物流體、組織或細(xì)胞。這包括血液(包括全血、白細(xì)胞、外周血單核細(xì)胞、血沉棕黃層、血漿以及血清)、痰、眼淚、粘液、洗鼻液、鼻抽吸物、呼吸、尿、精液、唾液、腦膜液、羊水、腺液、淋巴液、乳頭抽吸物、支氣管抽吸物、滑液、關(guān)節(jié)抽吸物、腹水、細(xì)胞、細(xì)胞提取物、以及腦脊髓液。這還包括所有前述的實(shí)驗(yàn)分離的部分。例如，可以將血液樣品分級(jí)分離為血清或含有如紅血細(xì)胞或白細(xì)胞(white blood cell/leukocyte)等特定類型的血細(xì)胞的部分。如果需要，樣品可以是來(lái)自個(gè)體的樣品的組合，如組織與流體樣品的組合。術(shù)語(yǔ)“生物樣品”還包括了含有均質(zhì)化固體材料的材料，如例如來(lái)自糞便樣品、組織樣品或組織活組織檢查的材料。術(shù)語(yǔ)“生物樣品”還包括源自于組織培養(yǎng)或細(xì)胞培養(yǎng)的材料。用于獲得生物樣品的任何適合的方法都可以采用；示例性方法包括例如靜脈切開術(shù)、拭子(例如，口腔拭子)以及細(xì)針抽吸活組織檢查程序。還可以例如通過(guò)顯微解剖(例如，激光捕獲顯微解剖(LCM)或激光顯微解剖(LMD))、膀胱沖洗、涂片(例如，PAP涂片)或?qū)Ч芄嘞磥?lái)收集樣品。從個(gè)體獲得或得到的“生物樣品”包括在從個(gè)體獲得之后已經(jīng)以任何適合的方式進(jìn)行處理的任何此類樣品，例如，新鮮冷凍或經(jīng)過(guò)福爾馬林固定和/或石蠟包埋的。
[0064]如本文所用，術(shù)語(yǔ)“患者”包括人類和非人類動(dòng)物。用于治療的優(yōu)選的患者是人?！盎颊摺迸c“受試者”在本文可互換地使用。
[0065]c.生物標(biāo)志物
[0066]如本文所用，術(shù)語(yǔ)“生物標(biāo)志物”可以指基因、mRNA、cDNA、反義轉(zhuǎn)錄物、miRNA、多肽、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)片段，或是指示基因表達(dá)水平抑或蛋白質(zhì)產(chǎn)生水平的任何其它核酸序列或多肽序列。當(dāng)生物標(biāo)志物指示個(gè)體中的異常過(guò)程、疾病或其它狀況或是所述異常過(guò)程、疾病或其它狀況的跡象時(shí)，如與指示個(gè)體中的正常過(guò)程、無(wú)疾病或其它狀況或是所述正常過(guò)程、無(wú)疾病或其它狀況的跡象的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平或值相比，所述生物標(biāo)志物一般被描述為過(guò)表達(dá)抑或表達(dá)不足的?！吧险{(diào)(Up-regulation) ”、“上調(diào)的(up-regulated) ”、“過(guò)表達(dá)(over-expression) ”、“過(guò)表達(dá)的(over-expressed) ”以及其任何變化形式在本文可互換地用于指生物樣品中一種生物標(biāo)志物的值或水平大于在來(lái)自健康或正常個(gè)體的類似生物樣品中通常檢測(cè)到的生物標(biāo)志物的值或水平(或者值或水平的范圍)。所述術(shù)語(yǔ)還可以指生物樣品中一種生物標(biāo)志物的值或水平大于可以在特定疾病的不同階段檢測(cè)到的生物標(biāo)志物的值或水平(或者值或水平的范圍)。
[0067]“下調(diào)(Down-regulation) ”、“下調(diào)的(Down-regulated) ”、“表達(dá)不足(under-expression) ”、“表達(dá)不足的(under-expressed) ”以及其任何變化形式在本文可互換地用于指生物樣品中一種生物標(biāo)志物的值或水平小于在來(lái)自健康或正常個(gè)體的類似生物樣品中通常檢測(cè)到的生物標(biāo)志物的值或水平(或者值或水平的范圍)。所述術(shù)語(yǔ)還可以指生物樣品中一種生物標(biāo)志物的值或水平小于可以在特定疾病的不同階段檢測(cè)到的生物標(biāo)志物的值或水平(或者值或水平的范圍)。
[0068]此外，如與指示個(gè)體中的正常過(guò)程或者無(wú)疾病或其它狀況或是所述正常過(guò)程或者無(wú)疾病或其它狀況的跡象的生物標(biāo)志物的“正常”表達(dá)水平或值相比，過(guò)表達(dá)抑或表達(dá)不足的生物標(biāo)志物還可以被稱為“差異表達(dá)的”或稱為具有“差異水平”或“差異值”。因此，生物標(biāo)志物的“差異表達(dá)”還可以被稱為生物標(biāo)志物自“正常”表達(dá)水平的變化。
[0069]術(shù)語(yǔ)“差異生物標(biāo)志物表達(dá)”與“差異表達(dá)”在本文可互換地用于指相對(duì)于生物標(biāo)志物在正常受試者中的表達(dá)或相對(duì)于其在對(duì)特定療法有不同地反應(yīng)或具有不同預(yù)后的患者中的表達(dá)，所述生物標(biāo)志物的表達(dá)在患有特定疾病的受試者中被激活至更高或更低的水平。所述術(shù)語(yǔ)還包括生物標(biāo)志物的表達(dá)在相同疾病的不同階段被激活至更高或更低的水平。還應(yīng)理解，差異表達(dá)的生物標(biāo)志物可以在核酸水平或蛋白質(zhì)水平下被激活抑或被抑制，或者可以經(jīng)歷選擇性剪接以產(chǎn)生不同的多肽產(chǎn)物。這類差異可以通過(guò)包括mRNA水平、miRNA水平、反義轉(zhuǎn)錄物水平、或者多肽的蛋白質(zhì)表面表達(dá)、分泌或其它分配在內(nèi)的多種變化來(lái)證實(shí)。差異生物標(biāo)志物表達(dá)可以包括兩個(gè)或更多個(gè)基因或其基因產(chǎn)物之間的表達(dá)的比較；或兩個(gè)或更多個(gè)基因或其基因產(chǎn)物之間的表達(dá)比率的比較；或甚至是同一基因的兩種不同地加工的產(chǎn)物的比較，其在正常受試者與患有疾病的受試者之間不同；或在同一疾病的不同階段之間的比較。差異表達(dá)包括在例如正常細(xì)胞和患病細(xì)胞之中、或在經(jīng)歷了不同疾病事件或疾病階段的細(xì)胞之中，生物標(biāo)志物中的瞬時(shí)或細(xì)胞表達(dá)模式的定量和定性差
巳
[0070]在某些示例性實(shí)施方案中，所述生物標(biāo)志物是RNA轉(zhuǎn)錄物。如本文所用，“RNA轉(zhuǎn)錄物”是指編碼和非編碼RNA，包括信使RNA (mRNA)、選擇性地剪接的mRNA、核糖體RNA (rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)、小核RNA(snRNA)以及反義RNA。測(cè)量生物樣品中的mRNA可以用作檢測(cè)所述生物樣品中對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)和基因的水平的替代。因此，本文所描述的任何生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組還可以通過(guò)檢測(cè)適當(dāng)?shù)腞NA來(lái)進(jìn)行檢測(cè)。生物標(biāo)志物表達(dá)譜分析的方法包括但不限于，定量 PCR、NGS> RNA 印跡(northern blot)、DNA 印跡(southern blot)、微陣列、SAGE、免疫測(cè)定(ELISA、EIA、凝集法、濁度測(cè)定法、比濁法、蛋白質(zhì)免疫印跡(Westernblot)、免疫沉淀法、免疫細(xì)胞化學(xué)、流式細(xì)胞術(shù)、Luminex測(cè)定)、以及質(zhì)譜法。給定樣品的總體表達(dá)數(shù)據(jù)可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化以便針對(duì)起始材料的不同量、萃取和擴(kuò)增反應(yīng)的不同效率進(jìn)行校正。
[0071]在某些示例性實(shí)施方案中，適用于區(qū)分對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)和無(wú)反應(yīng)的癌癥類型的生物標(biāo)志物可以通過(guò)以下方式來(lái)確定:鑒別出在如使用所述表達(dá)檢測(cè)方法測(cè)定的患者數(shù)據(jù)集中的樣品與以上所討論的患者樣品集之間呈現(xiàn)最高程度的變化性的生物標(biāo)志物?？梢允褂帽绢I(lǐng)域中已知用于鑒別表達(dá)數(shù)據(jù)中的高度可變的數(shù)據(jù)點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)計(jì)方法來(lái)鑒別高度可變的生物標(biāo)志物。例如，將組合的背景和差異過(guò)濾器可以用于所述患者數(shù)據(jù)集。背景過(guò)濾器是基于探針集的選擇，其中在指定顯著性a的探針集處，高于由背景標(biāo)準(zhǔn)偏差0 Bg(由Expression Console軟件得到)限定的閾值的表達(dá)E和表達(dá)差異varE以及標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)分布ζα的分位點(diǎn)在以下條件下得到保持:
[0072]E>log2((za σ Bg)) ；log2((varE) >2[log2( σ Bg)-E-1og2 (log ⑵)]。
[0073]其中a限定顯著性閾值。在某個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述顯著性閾值是6.3.10_5。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，所述顯著性閾值可以是在1.0.10_7至1.0.10_3之間。
[0074]在某些示例性實(shí)施方案中，所述高度可變的生物標(biāo)志物可以進(jìn)行進(jìn)一步分析以基于類似的基因表達(dá)譜將患者數(shù)據(jù)集中的樣品分成亞型或簇。例如，生物標(biāo)志物可以基于其表達(dá)的上調(diào)或下調(diào)彼此高度相關(guān)的程度來(lái)進(jìn)行聚類。可以使用本領(lǐng)域中已知的不同聚類分析技術(shù)。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，使用了分層合并聚類來(lái)鑒別癌癥亞型。為了確定每個(gè)亞型的生物相關(guān)性，可以將每個(gè)簇內(nèi)的生物標(biāo)志物進(jìn)一步映射至其對(duì)應(yīng)的基因并且通過(guò)交叉參照含有關(guān)于與所述基因相關(guān)聯(lián)的生物活性和生物途徑的信息的一個(gè)或多個(gè)基因本體數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行注釋。在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，針對(duì)血管生成、血管系統(tǒng)發(fā)育以及免疫反應(yīng)一般功能項(xiàng)所富集的簇中的生物標(biāo)志物被分組到推定的血管生成樣品組中并且用于表達(dá)簽名的產(chǎn)生。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，針對(duì)血管生成、血管系統(tǒng)發(fā)育以及免疫反應(yīng)一般功能性術(shù)語(yǔ)而上調(diào)和富集的簇中的生物標(biāo)志物被分入推定的血管生成樣品組并且用于表達(dá)簽名的產(chǎn)生。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，針對(duì)血管生成、血管系統(tǒng)發(fā)育以及免疫反應(yīng)一般功能性術(shù)語(yǔ)而下調(diào)和富集的簇中的生物標(biāo)志物被分入推定的血管生成樣品組并且用于表達(dá)簽名的產(chǎn)生。有關(guān)進(jìn)行生物標(biāo)志物簇的功能分析的其它細(xì)節(jié)提供于以下實(shí)施例部分中。
[0075]在一個(gè)示例性實(shí)施方案中，適用于獲得用于區(qū)別對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)的癌癥亞型的表達(dá)簽名的生物標(biāo)志物包括表1A、表IB或兩個(gè)表中所列出的那些生物標(biāo)志物。在另一個(gè)示例性實(shí)施方案中，適用于獲得用于區(qū)別對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)的癌癥亞型的表達(dá)簽名的生物標(biāo)志物包括組I (包含SEQ ID N0:632至801)或組11(包含SEQ ID N0:802至974)或兩組中所列出的那些生物標(biāo)志物。這些生物標(biāo)志物被鑒別為具有了確定患者對(duì)治療劑的反應(yīng)的預(yù)測(cè)價(jià)值。其表達(dá)與對(duì)于試劑、更確切地說(shuō)對(duì)于抗血管生成治療劑的反應(yīng)或反應(yīng)的缺乏相關(guān)。通過(guò)檢查腫瘤中一組鑒別的生物標(biāo)志物的表達(dá)，可以確定哪種治療劑或藥劑組合將最可能降低癌癥的生長(zhǎng)速率。通過(guò)檢查腫瘤中一組鑒別的生物標(biāo)志物，還可以確定哪種治療劑或藥劑組合將最不太可能降低癌癥的生長(zhǎng)速率。通過(guò)檢查一組生物標(biāo)志物的表達(dá)，因此有可能消除無(wú)效的或不當(dāng)?shù)闹委焺Ｖ匾氖?，在某些?shí)施方案中，這些確定可以在逐個(gè)患者的基礎(chǔ)上或在逐個(gè)藥劑的基礎(chǔ)上進(jìn)行。因此，可以確定具體治療方案是否可能使特定患者或患者類型受益，和/或具體方案是否應(yīng)該繼續(xù)。
[0076]表IA:圖1的血管生成和免疫反應(yīng)簇基因
【權(quán)利要求】
1.一種預(yù)測(cè)受試者對(duì)于抗血管生成治療劑的反應(yīng)性的方法，所述方法包括: 對(duì)從所述受試者獲得的患病組織的試驗(yàn)樣品中的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行測(cè)量以確定樣品表達(dá)得分，其中所述生物標(biāo)志物是由表達(dá)簽名限定； 將所述樣品表達(dá)得分與閾值表達(dá)得分相比較；以及 基于所述樣品表達(dá)得分是高于還是低于所述閾值表達(dá)得分，將所述受試者分類為有反應(yīng)的或無(wú)反應(yīng)的。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述患病組織是癌癥組織。
3.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述癌癥是卵巢癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤或乳癌。
4.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述樣品表達(dá)值是通過(guò)測(cè)量每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平并且將其乘以對(duì)應(yīng)權(quán)重來(lái)確定,其中每種生物標(biāo)志物的權(quán)重是通過(guò)所述表達(dá)簽名來(lái)確定。
5.如權(quán)利要求4所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是通過(guò)包括以下各項(xiàng)的方法獲得的: 從患病組織的樣品集中分離總RNA ； 將所述分離的總RNA與微陣列雜交以獲得樣品表達(dá)數(shù)據(jù)集； 選擇在所述微陣列上具有高于限定的顯著性閾值的變化性的那些探針以形成初步生物標(biāo)志物集； 使用聚類算法在所述初步生物標(biāo)志物集內(nèi)產(chǎn)生具有類似表達(dá)譜的生物標(biāo)志物簇； 鑒別每個(gè)生物標(biāo)志物簇的生物過(guò)程或生物途徑； 選擇對(duì)應(yīng)于目標(biāo)生物過(guò)程或生物途徑的簇；以及 通過(guò)使用監(jiān)督式或無(wú)監(jiān)督式訓(xùn)練算法分析所述患病組織的樣品集中所選擇的簇中的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平來(lái)限定表達(dá)簽名。
6.如權(quán)利要求5所述的方法，其中所述微陣列是轉(zhuǎn)錄組陣列，其包括了結(jié)合至被核實(shí)為在試驗(yàn)樣品集中表達(dá)的RNA轉(zhuǎn)錄物的探針集，所述核實(shí)是通過(guò)從所述試驗(yàn)樣品集中分離RNA轉(zhuǎn)錄物并進(jìn)行測(cè)序，并且將所述分離的RNA轉(zhuǎn)錄物序列與已知的RNA轉(zhuǎn)錄物序列交叉驗(yàn)證來(lái)進(jìn)行，其中所述試驗(yàn)樣品集包含與所述患者試驗(yàn)樣品相同的組織。
7.如權(quán)利要求6所述的方法，其中所述探針集包括在每個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄物的3’端的300個(gè)核苷酸內(nèi)結(jié)合的探針。
8.如權(quán)利要求5至7中任一項(xiàng)所述的方法，其中RNA轉(zhuǎn)錄物包含編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物，所述編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物包括信使RNA(mRNA)、選擇性地剪接的mRNA、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn) RNA(tRNA)、小核 RNA(snRNA)、微小 RNA(miRNA)以及反義 RNA。
9.如權(quán)利要求5至8中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是使用PLS分類器、SVM分類器、SDA分類器、或DSDA分類器來(lái)限定。
10.如權(quán)利要求9所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是使用PLS分類器來(lái)限定。
11.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包含來(lái)自表1A或表IB的兩種或更多種基因。
12.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括來(lái)自表2A或2B的兩種或更多種基因。
13.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括了包含SEQIDNO:632至801(組I)或SEQ ID NO:802至974(組II)的序列的兩種或更多種基因。
14.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括ALPK2、BGN,C0L8A1、FAP、FN1、GJB2、INHBA、ITGA5、L0XL1、LUM、MIR1245、MMP2、NKD2、PLAU、RAB31、SFRP2、THBS2、HMP3、VCAN。
15.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括表2A中所列出的基因。
16.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括表2B中所列出的基因。
17.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括了包含組I或組II的序列的基因。
18.如權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括GJB2、INHBA、THBS2、SFRP2、以及 PLAU。
19.如權(quán)利要求1至18中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述抗血管生成治療劑是VEGF途徑靶向性治療劑、血管生成素-TIE2途徑抑制劑、內(nèi)源性血管生成抑制劑、以及免疫調(diào)節(jié)劑。
20.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述VEGF途徑靶向性治療劑包括貝伐單抗(阿瓦斯汀)、阿柏西普(VEGF捕獲劑)、MC-1121B (禮來(lái)單抗)、伊馬替尼(格列衛(wèi))、索拉非尼(蕾莎瓦)、吉非替尼(易瑞沙)、舒尼替尼(索坦)、埃羅替尼、替沃扎尼、西地尼布(雷森汀)、帕唑帕尼(福退癌)、BIBF1120(瓦蓋特)、多韋替尼、司馬沙尼(索格)、阿西替尼(AG013736)、凡德他尼(扎迪瑪)、尼羅替尼(達(dá)希納)、達(dá)沙替尼(撲瑞賽)、瓦他拉尼、莫替沙尼、ABT-869、TK1-258或其組合。
21.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述血管生成素-TIE2途徑抑制劑包括AMG-386、PF-4856884CVX-060, CEP-11981, CE-245677, MED1-3617, CVX_241、曲妥珠單抗(赫賽汀)或其組合。
22.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述內(nèi)源性血管生成抑制劑包括血小板反應(yīng)蛋白、內(nèi)皮生長(zhǎng)抑素、腫瘤抑素、血管能抑素、抑制蛋白、血管抑素、血管形成抑制素、干擾素α或其組合。
23.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述免疫調(diào)節(jié)劑包括沙利度胺和來(lái)那度胺或其組合。
24.一種將受試者診斷為患有癌癥或易于發(fā)展對(duì)于抗血管生成治療劑有反應(yīng)的癌癥的方法，所述方法包括: 對(duì)從所述受試者獲得的患病組織的試驗(yàn)樣品中的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行測(cè)量以確定樣品表達(dá)得分，其中所述生物標(biāo)志物是由表達(dá)簽名限定； 將所述樣品表達(dá)值與閾值得分相比較；以及 基于所述表達(dá)得分是高于還是低于所述閾值得分，將所述受試者分類為有反應(yīng)的或無(wú)反應(yīng)的。
25.如權(quán)利要求24所述的方法，其中所述癌癥是卵巢癌或成膠質(zhì)細(xì)胞瘤。
26.如權(quán)利要求24至25中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述參考表達(dá)值是通過(guò)計(jì)算每種生物標(biāo)志物的表達(dá)值并且將其乘以對(duì)應(yīng)權(quán)重來(lái)確定，其中每種生物標(biāo)志物的權(quán)重是通過(guò)所述表達(dá)簽名來(lái)確定。
27.如權(quán)利要求24所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是通過(guò)包括以下步驟的方法獲得的: 從所述患病組織的樣品集中分離總RNA ； 將所述分離的總RNA與微陣列雜交以獲得一組表達(dá)值； 選擇在所述微陣列上具有高于限定的顯著性閾值的變化性的那些探針以形成初步生物標(biāo)志物集； 使用聚類算法在所述初步生物標(biāo)志物集內(nèi)產(chǎn)生具有類似基因表達(dá)譜的生物標(biāo)志物簇； 鑒別每個(gè)生物標(biāo)志物簇的生物過(guò)程或生物途徑； 選擇對(duì)應(yīng)于目標(biāo)生物過(guò)程或生物途徑的簇；以及 通過(guò)使用監(jiān)督式或無(wú)監(jiān)督式訓(xùn)練算法分析所述癌癥組織的樣品集中所選擇的簇中的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平來(lái)獲得所述表達(dá)簽名，其中所述表達(dá)值限定生物標(biāo)志物集、每種生物標(biāo)志物的對(duì)應(yīng)權(quán)重以及所述參考表達(dá)值。
28.如權(quán)利要求27所述的方法，其中所述微陣列是轉(zhuǎn)錄組陣列，其包括了結(jié)合至被核實(shí)為在癌癥組織的樣品集中表達(dá)的RNA轉(zhuǎn)錄物的探針集，所述核實(shí)是通過(guò)從所述癌癥組織分離RNA轉(zhuǎn)錄物并進(jìn)行測(cè)序，并且將所述分離的RNA轉(zhuǎn)錄物序列與已知的RNA轉(zhuǎn)錄物序列交叉驗(yàn)證來(lái)進(jìn)行。
29.如權(quán)利要求28所述的方法，其中所述探針集包括在每個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄物的3’端的300個(gè)核苷酸內(nèi)結(jié)合的探針。
30.如權(quán)利要求27至29中任一項(xiàng)所述的方法，其中RNA轉(zhuǎn)錄物包含編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物，所述編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物包括信使RNA (mRNA)、選擇性地剪接的mRNA、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn) RNA(tRNA)、小核 RNA(snRNA)、微小 RNA(miRNA)以及反義 RNA。
31.如權(quán)利要求25至30中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是使用PLS分類器、SVM分類器、SDA分類器、或DSDA分類器來(lái)限定。
32.如權(quán)利要求31所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是使用PLS分類器來(lái)限定。
33.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括來(lái)自表1A或表IB的兩種或更多種基因。
34.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括來(lái)自表2A或表2B的兩種或更多種基因。
35.如權(quán)利要求24至32所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括了包含組I或組II的序列的兩種或更多種基因。
36.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括ALPK2、BGN、C0L8A1、FAP、FN1、GJB2、INHBA、ITGA5、L0XL1、LUM、MIR1245、MMP2、NKD2、PLAU、RAB31、SFRP2、THBS2、HMP3、VCAN。
37.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括表2A中所列出的基因。
38.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括表2B中所列出的基因。
39.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括了包含組I或組II的序列的基因。
40.如權(quán)利要求24至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括GJB2、INHBA、THBS2、SFRP2、以及 PLAU。
41.如權(quán)利要求24至40中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述抗血管生成劑是VEGF途徑靶向性治療劑、血管生成素-TIE2途徑抑制劑、內(nèi)源性血管生成抑制劑、以及免疫調(diào)節(jié)劑。
42.如權(quán)利要求41所述的方法，其中所述VEGF途徑靶向性治療劑包括貝伐單抗(阿瓦斯汀)、阿柏西普(VEGF捕獲劑)、MC-1121B(禮來(lái)單抗)、伊馬替尼(格列衛(wèi))、索拉非尼(蕾莎瓦)、吉非替尼(易瑞沙)、舒尼替尼(索坦)、埃羅替尼、替沃扎尼、西地尼布(雷森汀)、帕唑帕尼(福退癌)、BIBF1120 (瓦蓋特)、多韋替尼、司馬沙尼(索格)、阿西替尼(AG013736)、凡德他尼(扎迪瑪)、尼羅替尼(達(dá)希納)、達(dá)沙替尼(撲瑞賽)、瓦他拉尼、莫替沙尼、ABT-869、以及 TK1-258。
43.如權(quán)利要求41所述的方法，其中所述血管生成素-TIE2途徑抑制劑包括AMG-386、PF-4856884CVX-060, CEP-11981, CE-245677, MED1-3617, CVX_241、曲妥珠單抗(赫賽汀)。
44.如權(quán)利要求41所述的方法，其中所述內(nèi)源性血管生成抑制劑包括血小板反應(yīng)蛋白、內(nèi)皮生長(zhǎng)抑素、腫瘤抑素、血管能抑素、抑制蛋白、血管抑素、血管形成抑制素、干擾素α ο
45.如權(quán)利要求41所述的方法，其中所述免疫調(diào)節(jié)劑包括沙利度胺和來(lái)那度胺。
46.一種確定患有 癌癥的受試者的預(yù)后的方法，所述方法包括: 對(duì)從所述受試者獲得的患病組織的試驗(yàn)樣品中的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行測(cè)量以確定樣品表達(dá)得分，其中所述生物標(biāo)志物是由表達(dá)簽名限定； 將所述樣品表達(dá)得分與閾值表達(dá)得分相比較；以及 基于所述樣品表達(dá)得分是高于還是低于所述閾值表達(dá)得分，將所述受試者分類為有反應(yīng)的或無(wú)反應(yīng)的。
47.如權(quán)利要求46所述的方法，其中所述患病組織是癌癥組織。
48.如權(quán)利要求47所述的方法，其中所述癌癥是卵巢癌、成I父質(zhì)細(xì)胞瘤、或乳癌。
49.如權(quán)利要求46至48中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述樣品表達(dá)值是通過(guò)測(cè)量每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平并且將其乘以對(duì)應(yīng)權(quán)重來(lái)確定，其中每種生物標(biāo)志物的每個(gè)權(quán)重是通過(guò)所述表達(dá)簽名來(lái)確定。
50.如權(quán)利要求49所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是通過(guò)包括以下步驟的方法獲得的: 從患病組織的樣品集中分離總RNA ； 將所述分離的總RNA與微陣列雜交以獲得樣品表達(dá)數(shù)據(jù)集； 選擇在所述微陣列上具有高于限定的顯著性閾值的變化性的那些探針以形成初步生物標(biāo)志物集； 使用聚類算法在所述初步生物標(biāo)志物集內(nèi)產(chǎn)生具有類似表達(dá)譜的生物標(biāo)志物簇； 鑒別每個(gè)生物標(biāo)志物簇的生物過(guò)程或生物途徑； 選擇對(duì)應(yīng)于目標(biāo)生物過(guò)程或生物途徑的簇；以及 通過(guò)使用監(jiān)督式或無(wú)監(jiān)督式訓(xùn)練算法分析所述患病組織的樣品集中所選擇的簇中的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平來(lái)限定表達(dá)簽名。
51.如權(quán)利要求50所述的方法，其中所述微陣列是轉(zhuǎn)錄組陣列，其包括了結(jié)合至被核實(shí)為在試驗(yàn)樣品集中表達(dá)的RNA轉(zhuǎn)錄物的探針集，所述核實(shí)是通過(guò)從所述試驗(yàn)樣品集分離RNA轉(zhuǎn)錄物并進(jìn)行測(cè)序，并且將所述分離的RNA轉(zhuǎn)錄物序列與已知的RNA轉(zhuǎn)錄物序列交叉驗(yàn)證來(lái)進(jìn)行，其中所述試驗(yàn)樣品集包含與所述患者試驗(yàn)樣品相同的組織。
52.如權(quán)利要求51所述的方法，其中所述探針集包括在每個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄物的3’端的300個(gè)核苷酸內(nèi)結(jié)合的探針。
53.如權(quán)利要求50至57中任一項(xiàng)所述的方法，其中RNA轉(zhuǎn)錄物包含編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物，所述編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物包括信使RNA(mRNA)、選擇性地剪接的mRNA、核糖體RNA (rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn) RNA (tRNA)、小核 RNA (snRNA)、微小 RNA (miRNA)以及反義 RNA。
54.如權(quán)利要求50至53中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是使用PLS分類器、SVM分類器、SDA分類器、或DSDA分類器來(lái)限定。
55.如權(quán)利要求46至54所述的方法，其中所述表達(dá)簽名是使用PLS分類器來(lái)限定。
56.如權(quán)利要求4 6至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括來(lái)自表1A或表IB的兩種或更多種基因。
57.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括來(lái)自表2A或2B的兩種或更多種基因。
58.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括了包含SEQIDNO:632至801(組I)或SEQ ID NO:802至974(組II)的序列的兩種或更多種基因。
59.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括ALPK2、BGN、C0L8A1、FAP、FN1、GJB2、INHBA、ITGA5、L0XL1、LUM、MIR1245、MMP2、NKD2、PLAU、RAB31、SFRP2、THBS2、HMP3、VCAN。
60.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述表達(dá)簽名包括表2A中所列出的基因。
61.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括表2B中所列出的基因。
62.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括了包含組I或組II的序列的基因。
63.如權(quán)利要求46至55中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表達(dá)簽名包括GJB2、INHBA、THBS2、SFRP2、以及 PLAU。
64.如權(quán)利要求46至63中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述抗血管生成治療劑是VEGF途徑靶向性治療劑、血管生成素-TIE2途徑抑制劑、內(nèi)源性血管生成抑制劑、以及免疫調(diào)節(jié)劑。
65.如權(quán)利要求64所述的方法，其中所述VEGF途徑靶向性治療劑包括貝伐單抗(阿瓦斯汀)、阿柏西普(VEGF捕獲劑)、MC-1121B (禮來(lái)單抗)、伊馬替尼(格列衛(wèi))、索拉非尼(蕾莎瓦)、吉非替尼(易瑞沙)、舒尼替尼(索坦)、埃羅替尼、替沃扎尼、西地尼布(雷森汀)、帕唑帕尼(福退癌)、BIBF1120 (瓦蓋特)、多韋替尼、司馬沙尼(索格)、阿西替尼(AG013736)、凡德他尼(扎迪瑪)、尼羅替尼(達(dá)希納)、達(dá)沙替尼(撲瑞賽)、瓦他拉尼、莫替沙尼、ABT-869、TK1-258或其組合。
66.如權(quán)利要求64所述的方法，其中所述血管生成素-TIE2途徑抑制劑包括AMG-386、PF-4856884CVX-060, CEP-11981, CE-245677, MED1-3617, CVX_241、曲妥珠單抗(赫賽汀)或其組合。
67.如權(quán)利要求64所述的方法，其中所述內(nèi)源性血管生成抑制劑包括血小板反應(yīng)蛋白、內(nèi)皮生長(zhǎng)抑素、腫瘤抑素、血管能抑素、抑制蛋白、血管抑素、血管形成抑制素、干擾素α或其組合。
68.如權(quán)利 要求64所述的方法，其中所述免疫調(diào)節(jié)劑包括沙利度胺和來(lái)那度胺或其組口 ο
【文檔編號(hào)】G01N33/50GK103733065SQ201280037298
【公開日】2014年4月16日 申請(qǐng)日期:2012年6月4日 優(yōu)先權(quán)日:2011年6月2日
【發(fā)明者】D·P·哈金, F·帕特森, C·特林德, E·J·奧布賴恩, C·米基, C·古爾利, L·A·希爾, K·E·基廷, J.奧唐納, M·拜爾斯喬, S·德哈羅, V·普勞特斯基, R·肯尼迪, T·戴維森, A·溫特, A·麥克卡維甘 申請(qǐng)人:阿爾瑪克診斷有限公司